본 명세서 에서 , 서열 상동성 또는 서열 동일 성 비율 은 예 를 들 어 program BLASTP , version blastp 2 . 2 . 5 ( November 16 , 2002 ; cf . Altschul , S . F . et al . ( 1997 ) Nucl . Acids Res . 25 , 3389 - 3402 ) 를 이용 하 여 측정 할 수 있 다 . 이러 한 구체 예 에서 , " 상동성 비율 은 바람직 하 게 는 쌍 으로 비교 하 여 레퍼런스 로서 야생 형 단백질 스 캐 폴드 를 이용 하 여 폴리펩타이드 서열 을 포함 한 전체 폴리펩타이드 서열 의 배열 ( matrix : BLOSUM 62 ; gap costs : 11 . 1 ; cutoff value set to 10 - 3 ) 에 기초 한다 . BLASTP 프로그램 출력물 에서 나온 결과 를 상기 배열 을 위해 상기 프로그램 에서 선별 된 총 아미노산 의 수 로 나누 었 을 때 나타난 "" 양성 ""( 상동성 아미노산 ) 의 수 의 비율 로 계산 한다 . "