도 4 를 참조 하 면 , 먼저 소스 단백질 및 이종 단백질 의 이름 중 에서 의미 가 있 는 토큰 들 만 을 분리 하 고 , 상기 두 단백질 에 대한 토큰 을 비교 하 여 일치 하 는 정도 를 비교 한다 . 또한 , 상기 두 단백질 을 각각 구성 하 는 유전자 의 이름 에 일치 정도 역시 동일 하 게 비교 한다 ( S 131 ) . 다음 으로 , 두 단백질 에 할당 되 어 있 는 온톨로지 용어 들 의 개념 거리 비교 를 수행 하 여 일치 정도 를 비교 하 고 ( S 132 ) , 두 단백질 의 서열 정보 에 명시 된 특징 들 의 일치 하 는 정도 를 비교 한다 ( S 133 ) . 상기 에서 , 많 은 특징 이 일치 할수록 높 은 일치 정도 를 가지 게 된다 . 다음 으로 , BLAST 와 같 은 종래 서열 비교 알고리즘 을 이용 하 여 두 단백질 의 서열 의 일치 정도 를 판별 한다 ( S 134 ) .