令和３年度 所得税の改正のあらまし  
税 務 署  
                       
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  Ⅰ 令和３年度の主な改正事項  
１ 住宅・土地税制 
(1) 住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に係る居住の用に供する期間等の特例
（新型コロナ税特法６の２）について、次のとおり、措置が講じられました。 
    ① 住宅の新築取得等で特別特例取得に該当するものをした個人が、その特別特例取得を
した家屋を令和３年１月１日から令和４年 12 月 31 日までの間にその者の居住の用に供
した場合には、住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除、認定住宅の新築等に
係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の特例及び東日本大震災の被災者
等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の控除額に係る特例並びにこ
れらの控除の控除期間の３年間延長の特例を適用することができることとする（新型コ
ロナ税特法６の２①）。 
② 個人又は住宅被災者が、国内において、特例居住用家屋の新築取得等で特例特別特例
取得に該当するものをした場合には、上記①の住宅借入金等を有する場合の所得税額の
Ⅰ 令和３年度の主な改正事項･･･････････････････････････････････････････････１ページ  Ⅱ 令和２年度の改正事項のうち、令和３年分の所得税から適用される主なもの･･･16 ページ  
○ この改正のあらましにおいて使用する次の省略用語は、それぞれ次に掲げる法令を示します。  
所法･････････････････････････････････････････････････････････････････････････････････････所得税法  
所令･･･････････････････････････････････････････････････････････････････････････････所得税法施行令  
所規･････････････････････････････････････････････････････････････････････････････所得税法施行規則  
通則法･････････････････････････････････････････････････････････････････････････････････国税通則法  
措法･･･････････････････････････････････････････････････････････････････････････････租税特別措置法  
措令･････････････････････････････････････････････････････････････････････････租税特別措置法施行令 
措規･･･････････････････････････････････････････････････････････････････････租税特別措置法施行規則 
電帳法･････････････････電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律  
電帳規･････････電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則 
震災特例法･････････････････････････東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律  
新型コロナ税特法･･･････････････････････････････････････新型コロナウイルス感染症等の影響に対応する  
ための国税関係法律の臨時特例に関する法律  
新型コロナ税特令･････････････････････････････････････新型コロナウイルス感染症等の影響に対応するた  
めの国税関係法律の臨時特例に関する法律施行令  
改正法･････････････････････････････････････････所得税法等の一部を改正する法律(令和３年法律第 11号)  
改正措令･･････････････････････････租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令(令和３年政令第 119 号) 
特別控除に係る居住の用に供する期間等の特例を適用することができることとする。た
だし、その者の13年間の控除期間のうち、その年分の所得税に係る合計所得金額が1,000
万円を超える年については、この②の特例を適用しない（新型コロナ税特法６の２④～
（注）１ 上記①の「特別特例取得」及び上記②の「特例特別特例取得」とは、それぞれそ
の取得に係る対価の額又は費用の額に含まれる消費税額等相当額が、その取得に係
る課税資産の譲渡等につき現行の消費税率により課されるべき消費税額及び当該
消費税額を課税標準として課されるべき地方消費税額の合計額に相当する額であ
る場合における住宅の新築取得等又は特例居住用家屋の新築取得等のうち、その契
約が次の期間内に締結されているものをいう（新型コロナ税特法６の２②⑩、新型
コロナ税特令４の２①⑭）。 
イ 家屋の新築の場合…令和２年 10 月１日から令和３年９月 30 日まで 
ロ 家屋の取得又は家屋の増改築等の場合…令和２年 12 月１日から令和３年 11 月 
30 日まで 
２ 上記②の「特例居住用家屋」とは、居住の用に供する次の家屋をいう（新型コロ
ナ税特法６の２④、新型コロナ税特令４の２②）。 
イ 一棟の家屋で床面積が 40 ㎡以上 50 ㎡未満であるもの 
ロ 一棟の家屋で、その構造上区分された数個の部分を独立して住居その他の用途
に供することができるものにつきその各部分を区分所有する場合には、その者の
区分所有する部分の床面積が 40 ㎡以上 50 ㎡未満であるもの 
③ 要耐震改修住宅を耐震改修した場合の特例についても上記①及び②の特例が適用で
きる措置を講じるほか、所要の改正を行う（新型コロナ税特法６の２⑥⑧等）。 
(2) 住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除（措法 41）について、その適用対象と
なる既存住宅及び要耐震改修住宅の範囲に、床面積要件等を満たす家屋であることにつき、
控除を受けようとする者が提出をした書類に記載がされた不動産識別事項等により税務
署長が入手し、又は参照したその家屋の登記事項証明書に係る情報により税務署長の確認
を受けたものを含めることとされました（措令 26②㉛、措規 18 の 21②二㉕）。  
(3) 優良住宅地の造成等のために土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例（措法
31 の２）について、その適用対象となるマンション敷地売却事業は、マンション敷地売却
事業の認定買受計画に、決議特定要除却認定マンション（改正前：決議要除却認定マンシ
ョン）を除却した後の土地に新たに建築される一定のマンションに関する事項等の記載が
あるマンション敷地売却事業とされました（措法 31 の２②十）。 
(4) 換地処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例（措法 33 の３）について、その適
用対象に、マンションの建替え等の円滑化に関する法律の敷地分割事業が実施された場合
《適用関係》この改正は、令和４年１月１日以後に確定申告書を提出する場合について適用さ
れます（改正措令附則 12）。  
においてその資産に係る敷地権利変換により除却敷地持分等を取得したときが追加され
ました（措法 33 の３⑧）。 
(5) 特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の 1,500 万円特別控除（措法 34
の２）について、次の措置が講じられました。 
① 適用対象となる特定の民間住宅地造成事業のための土地等の譲渡について、次の見直
しを行った上、その適用期限を３年延長する（措法 34 の２②三）。 
イ 適用対象から開発許可を受けて行われる一団の宅地造成事業に係る土地等の譲渡
を除外する。 
ロ 適用対象となる土地区画整理事業として行われる一団の宅地造成事業に係る土地
等の譲渡について、施行地区の全部が市街化区域に含まれる土地区画整理事業として
行われる一団の宅地造成事業に係る土地等の譲渡に限定する。 
② 適用対象となるマンション敷地売却事業について、通行障害既存耐震不適格建築物に
該当する決議特定要除却認定マンション（改正前：決議要除却認定マンション）の敷地
の用に供されている土地等につき実施されたマンション敷地売却事業とする（措法 34
の２②二十二の二）。 
 (6) 被災市街地復興土地区画整理事業等のために土地等を譲渡した場合の 2,000 万円特別
控除（震災特例法 11 の５②）について、その適用対象となる事業が次に掲げる土地等の区
分に応じそれぞれ次に定める事業とされた上、その適用期限が５年延長されました。 
① 特定住宅被災市町村の区域のうち復興推進区域内にある土地等 その土地等が所在す
る特定住宅被災市町村又はその特定住宅被災市町村の存する県が単独で又は共同して作
成した東日本大震災からの復興を図るための一定の計画に記載された事業 
② 特定住宅被災市町村の区域のうち復興推進区域以外の区域内にある土地等 その土地
等が所在する特定住宅被災市町村又はその特定住宅被災市町村の存する県が単独で又は
共同して作成した東日本大震災からの復興を図るための一定の計画に記載された事業
（令和３年３月 31 日においてその計画に記載されていたものに限る。） 
２ 事業所得等関係  
(1) 試験研究を行った場合の所得税額の特別控除（措法 10）について、次の措置が講じられ
① 一般の試験研究費の額に係る特別税額控除制度について、次のとおりとする。 
 イ 令和４年及び令和５年の各年分における特別税額控除割合については、下記ロにか     
《適用関係》上記①の改正は、令和３年４月１日以後に行う土地等の譲渡について適用されま
す（改正法附則 35①）。 
《適用関係》上記の改正は、令和３年４月１日以後に行う土地等の譲渡について適用されます
（改正法附則 91）。 
かわらず、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める割合とした上、その特別
税額控除割合（下記ニの措置の適用がある場合にはその適用後）の上限を 14％とする
（措法 10②）。 
（ｲ） 増減試験研究費割合が 9.4％を超える場合･･････10.145％＋｛（増減試験研究費
割合－9.4％）×0.35｝ 
（ﾛ） 増減試験研究費割合が 9.4％以下である場合･･････10.145％－｛（9.4％－増減試
験研究費割合）｝×0.175（特別税額控除割合は２％が下限） 
（ﾊ）  その年が開業年である場合又は比較試験研究費の額が零である場合･･････8.5％ 
ロ 特別税額控除割合を次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める割合（10％を
上限）とする（措法 10①）。 
（ｲ）（ﾛ）に掲げる場合以外の場合･･････10.145％－｛（9.4％－増減試験研究費割合）
×0.175｝（特別税額控除割合は２％が下限） 
（ﾛ） その年が開業年である場合又は比較試験研究費の額が零である場合･･････8.5％ 
ハ 令和４年及び令和５年の各年分のうち基準年比売上金額減少割合が２％以上であり、
かつ、試験研究費の額が基準年試験研究費の額を超える年分の控除上限額に調整前事
業所得税額の５％相当額を加算する（措法 10③二）。 
ニ 試験研究費割合が 10％を超える場合における特別税額控除割合を割り増す措置及
び控除上限額を加算する措置の適用期限を２年延長する（措法 10②二③一）。 
② 中小企業技術基盤強化税制について、次の見直しを行う。 
イ 増減試験研究費割合が８％を超える場合の措置を増減試験研究費割合が 9.4％を超
える場合に次のとおりとする措置に見直した上、その適用期限を２年延長する（措法
10⑤⑥）。 
(ｲ) 特別税額控除割合に、その増減試験研究費割合から 9.4％を控除した割合に 0.35 
を乗じて計算した割合を加算する。 
(ﾛ) 控除上限額に調整前事業所得税額の 10％相当額を加算する。 
ロ 上記①ハと同様の措置を講じられた（措法 10⑥三）。 
ハ 試験研究費割合が 10％を超える場合における特別税額控除割合を割り増す措置及
び試験研究費割合が 10％を超える場合（上記イの場合を除く。）における控除上限額
を加算する措置の適用期限を２年延長する（措法 10⑤⑥）。 
③ 特別試験研究費の額に係る特別税額控除制度について、共同研究又は委託研究であっ
て国立研究開発法人その他これに準ずる者における研究開発の成果を実用化するために
行うものに係る一定の試験研究費の額の特別税額控除割合を 25％とする（措法 10⑦二）。 
④ 試験研究費の額について、次の見直しを行う（措法 10⑧一）。 
イ 研究開発費として経理した金額のうち、棚卸資産若しくは固定資産（事業の用に供
する時において試験研究の用に供する固定資産を除く。）の取得に要した金額とされ
るべき費用の額又は繰延資産（試験研究のために支出した費用に係る繰延資産を除く。）
となる費用の額を加える。 
ロ 売上原価等の額、新たな知見を得るため又は利用可能な知見の新たな応用を考案す
るために行う試験研究に該当しない試験研究のために要する費用の額及び上記イの固
定資産又は繰延資産の償却費等を除外する。 
(2) 中小事業者が機械等を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除（措法 10 の３）
について、その対象資産から匿名組合契約その他これに類する一定の契約の目的である事
業の用に供するものを除外した上、その適用期限が２年延長されました（措法 10 の３①）。  
(3) 給与等の支給額が増加した場合の所得税額の特別控除（措法 10 の５の４）について、
次の見直しを行った上、その適用期限が２年延長されました。 
① 青色申告書を提出する個人が、国内新規雇用者に対して給与等を支給する場合におい
て、新規雇用者給与等支給額から新規雇用者比較給与等支給額を控除した金額のその新
規雇用者比較給与等支給額に対する割合が２％以上であるときは、控除対象新規雇用者
給与等支給額の15％（教育訓練費の額から比較教育訓練費の額を控除した金額のその比
較教育訓練費の額に対する割合が20％以上である場合には、20％）相当額の特別税額控
除ができる。ただし、特別税額控除額については、調整前事業所得税額の20％相当額を
限度とする。 
② 青色申告書を提出する中小事業者が、各年分（上記①の措置の適用を受ける年分を除
く。）において国内雇用者に対して給与等を支給する場合において、雇用者給与等支給
額から比較雇用者給与等支給額を控除した金額のその比較雇用者給与等支給額に対す
る割合が 1.5％以上であるときは、控除対象雇用者給与等支給増加額の 15％（次に掲げ
る要件を満たす場合には、25％）相当額の特別税額控除ができる。ただし、特別税額控
除額については、調整前事業所得税額の 20％相当額を限度とする。 
イ 雇用者給与等支給額から比較雇用者給与等支給額を控除した金額のその比較雇用
者給与等支給額に対する割合が 2.5％以上であること。 
ロ 次に掲げる要件のいずれかを満たすこと。 
(ｲ) 教育訓練費の額から比較教育訓練費の額を控除した金額のその比較教育訓練費
の額に対する割合が 10％以上であること。 
(ﾛ) その中小事業者が、その年の 12 月 31 日までにおいて中小企業経営強化法の認定
を受けたものであり、その認定に係る経営力向上計画に記載された経営力向上が確
実に行われたことにつき証明がされたものであること。 
《適用関係》この改正は、令和４年分以後の所得税について適用されます（改正法附則 25）。 
 ただし、上記③の改正については、令和３年４月１日以後に支出する試験研究費の額につい
て適用されます（改正措令附則６①）。 
《適用関係》この改正は、令和３年４月１日以後に取得等をする対象資産について適用されま
す（改正法附則 27）。 
(4) 事業適応設備を取得した場合等の特別償却又は所得税額の特別控除（措法 10 の５の６）
が次のとおり創設されました。 
① 青色申告書を提出する個人で産業競争力強化法に規定する認定事業適応事業者であ
るものが、産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律の施行の日から令和５年３月
31 日までの間に、情報技術事業適応の用に供するために特定ソフトウエアの新設若し
くは増設をし、又は情報技術事業適応を実施するために利用するソフトウエアのその利
用に係る費用（繰延資産となるものに限る。）を支出する場合において、その新設又は
増設に係る特定ソフトウエア並びにその特定ソフトウエア又はその利用するソフトウ
エアとともに情報技術事業適応の用に供する機械装置及び器具備品（主として産業試験
研究の用に供される一定のものを除く。）の取得等をして、その個人の事業の用に供し
たときは、その取得価額（下記②の制度の対象となる資産と合計して 300 億円を上限と
する。）の 30％相当額の特別償却とその取得価額の３％（情報技術事業適応のうち産業
競争力の強化に著しく資する一定のものの用に供するものについては、５％）相当額の
特別税額控除との選択適用ができることとする。ただし、特別税額控除額については、
下記②の制度及び下記③の制度の特別税額控除措置と合計して調整前事業所得税額の
20％相当額を限度とする（措法 10 の５の６①⑦）。 
② 青色申告書を提出する個人で産業競争力強化法に規定する認定事業適応事業者であ
るものが、産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律の施行の日から令和５年３月
31 日までの間に、情報技術事業適応を実施するために利用するソフトウエアのその利
用に係る費用を支出した場合には、その支出した費用に係る繰延資産の額（上記①の制
度の対象となる資産と合計して 300 億円を上限とする。）の 30％相当額の特別償却と
その繰延資産の額の３％（情報技術事業適応のうち産業競争力の強化に著しく資する一
定のものを実施するために利用するソフトウエアのその利用に係る費用に係る繰延資
産については、５％）相当額の特別税額控除との選択適用ができることとする。ただし、
特別税額控除額については、上記①の制度及び下記③の制度の特別税額控除措置と合計
して調整前事業所得税額の 20％相当額を限度とする（措法 10 の５の６③⑧）。 
③ 青色申告書を提出する個人で産業競争力強化法に規定する認定事業適応事業者（その
認定事業適応計画（エネルギー利用環境負荷低減事業適応に関するものに限る。）にそ
の計画に従って行うエネルギー利用環境負荷低減事業適応のための措置として生産工
程効率化等設備等を導入する旨の記載があるものに限る。）であるものが、産業競争力
強化法等の一部を改正する等の法律の施行の日から令和６年３月 31 日までの間に、そ
の計画に記載された生産工程効率化等設備等の取得等をして、その個人の事業の用に供
した場合には、その取得価額（500 億円を上限とする。）の 50％相当額の特別償却とそ
の取得価額の５％（その生産工程効率化等設備等のうちエネルギーの利用による環境へ
の負荷の低減に著しく資する一定のものについては、10％）相当額の特別税額控除との
《適用関係》この改正は、令和４年分以後の所得税について適用されます（改正法附則 30）。 
選択適用ができることとする。ただし、特別税額控除額については、上記①の制度及び
上記②の制度の特別税額控除措置と合計して調整前事業所得税額の 20％相当額を限度
とする（措法 10 の５の６⑤⑨）。 
(5) 所得税の額から控除される特別控除額の特例（措法 10 の６）について、特定税額控除
規定を不適用とする措置に、事業適応設備を取得した場合等の特別税額控除制度を加えた
上、その適用期限が３年延長されました（措法 10 の６①⑤）。 
(6) 特定船舶の特別償却（措法 11）について、次の措置が講じられました。 
① 再生可能エネルギー発電設備等の特別償却制度について、所要の経過措置が講じられ
た上、適用期限の到来をもって廃止された（旧措法 11①、改正法附則 32①）。  
② 船舶の特別償却制度について、その適用期限が２年延長された（措法 11①）。  
(7) 特別償却等に関する複数の規定の不適用（措法 19）について、個人の有する減価償却
資産の取得価額又は繰延資産の額のうちに上記⑴の制度の対象となる試験研究費の額が
含まれる場合において、その試験研究費の額につき上記⑴の制度の適用を受けたときは、
その減価償却資産又は繰延資産については、他の特別償却又は特別税額控除の規定を適用
しないこととされました（措法 19②）。 
(8) 次の措置について、その適用期限が２年延長されました。 
① 地域経済牽引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償
却又は所得税額の特別控除（措法 10 の４①）。  
② 特定中小事業者が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は所得税額の
特別控除（措法 10 の５の３①）。 
③ 医療用機器等の特別償却（措法 12 の２①～③）。  
④ 事業再編計画の認定を受けた場合の事業再編促進機械等の割増償却（措法 13 の２①）。 
⑤ 特定都市再生建築物の割増償却（措法 14①）。  
(9)  次の措置について、所要の経過措置が講じられた上、廃止されました。 
① 高度省エネルギー増進設備等を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除（旧
措法 10 の２、改正法附則 26）。 
② 特定中小事業者が経営改善設備を取得した場合の特別償却又は所得税額の特別控除
（旧措法 10 の５の２、改正法附則 28）。 
３ 金融・証券税制  
(1) 障害者等の少額預金の利子所得等の非課税（所法 10）について、次の措置が講じられま
① 非課税貯蓄申告書又は非課税貯蓄限度額変更申告書の提出をする者がその氏名等を
金融機関の営業所等の長に告知をする場合において、当該告知をした事項につき確認を
受けた際に行うこととされていたこれらの申告書への当該告知をした事項につき確認
した旨の当該金融機関の営業所等の長の証印を要しないこととする（所法 10⑤）。  
② 金融機関の営業所等に対する次に掲げる書類等の書面による提出に代えて、当該書類
等に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行うことができることとする。この場合
において、当該提供があったときは、当該書類等の提出があったものとみなす（所法 10
⑧⑨等）。 
イ 非課税貯蓄申込書 
ロ 非課税貯蓄申告書 
ハ 非課税貯蓄限度額変更申告書 
（注）障害者等の少額公債の利子の非課税措置（措法４）についても同様の改正が行われ
ています。 
(2) 利子所得の分離課税等（措法３）について、同族会社が発行した社債の利子等で、その
同族会社の判定の基礎となる株主である法人と特殊の関係のある個人及びその親族等が
支払を受けるものを、総合課税の対象とすることとされました（措法３①四、措令１の４
⑤等）。  
（注）１ 上記の「法人と特殊の関係のある個人」とは、その法人との間に発行済株式等
の 50％超の保有関係等がある個人をいいます（措令１の４③④等）。  
２ 一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例（措法 37 の 10）における償還金につ
いても同様の改正が行われています。 
 (3) 勤労者財産形成住宅（年金）貯蓄の利子所得等の非課税（措法４の３の２）について、
次の措置が講じられました。 
① 勤労者、勤務先の長又は事務代行先の長（以下「提出者」という。）は、次に掲げる
書類等（以下「財産形成非課税申込書等」という。）の提出を受けるべき者が一定の要
件を満たす場合には、財産形成非課税申込書等の提出に代えて、当該財産形成非課税申
込書等に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行うことができることとする。この
場合において、当該提出者は、氏名又は名称を明らかにする措置であって一定のものを
講じなければならないものとし、当該措置を講じているときは、その財産形成非課税申
込書等を提出したものとみなす（措法４の３の２①～③等）。 
イ 財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申込書 
ロ 財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申告書 
ハ 財産形成非課税住宅（年金）貯蓄限度額変更申告書 
② 提出者は、上記①により上記①ロに掲げる申告書に記載すべき事項を電磁的方法によ
り提供する場合には、当該申告書の提出の際に経由すべき勤務先（当該勤務先が委託勤
務先である場合には、当該委託に係る事務代行先）の長の最高限度額等を証する書類の
《適用関係》上記②の改正は、令和３年４月１日以後に提供する非課税貯蓄申込書等に記
載すべき事項について適用されます（改正法附則３②等）。 
《適用関係》この改正は、令和３年４月１日以後に支払を受けるべき社債の利子等について
適用されます（改正法附則 16 等）。 
提出に代えて、当該書類に記載されるべき事項の電磁的方法による提供を行うことがで
きることとする。この場合において、当該提出者は、当該申告書に当該書類を添付して、
提出したものとみなす（措法４の３の２⑤⑥）。   
(4) 特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例（措法 37 の
11 の４）等について、次の措置が講じられました。 
① 特定口座源泉徴収選択届出書及び源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書等の書
面による提出に代えて行う電磁的方法によるこれらの書類等に記載すべき事項の提供
の際に併せて行うこととされている住所等確認書類の提示又は特定署名用電子証明書
等の送信を要しないこととする（措法 37 の 11 の４①、37 の 11 の６②等）。 
② 居住者等の源泉徴収選択口座においてその年中に行われた一定の譲渡等につき金融
商品取引法の投資一任契約に係る一定の費用の金額がある場合には、当該源泉徴収選択
口座を開設している金融商品取引業者等は、当該居住者等に対し、当該費用の金額（当
該金額が当該源泉徴収選択口座においてその年最後に行われた一定の譲渡等に係る源
泉徴収口座内通算所得金額を超える場合には、その超える部分の金額を控除した金額）
の 15％相当額の所得税を還付しなければならないこととする（措法 37 の 11 の４③）。  
(5) 株式等を対価とする株式の譲渡に係る所得の計算の特例（措法 37 の 13 の３）が次のと
おり創設されました。 
個人が、その有する株式（以下「所有株式」という。）を発行した法人を株式交付子会
社とする株式交付によりその所有株式を譲渡し、その株式交付に係る株式交付親会社の株
式の交付を受けた場合（その株式交付により交付を受けた株式交付親会社の株式の価額が
交付を受けた金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額のうちに占める割合が 100 分
の 80 に満たない場合を除く。）には、その譲渡した所有株式（交付を受けた株式交付親
会社の株式に対応する部分に限る。）の譲渡損益を計上しないこととする（措法 37 の 13
(6) 非課税口座内の少額上場株式等に係る配当所得及び譲渡所得等の非課税措置（ＮＩＳ
Ａ）（措法 37 の 14）等について、次に掲げる書類等の書面による提出に代えて行う電磁
的方法による当該書類等に記載すべき事項の提供の際に併せて行うこととされている住
所等確認書類の提示又は特定署名用電子証明書等の送信を要しないこととされました
（措法 37 の 14⑬⑯、37 の 14 の２⑳等）。 
《適用関係》上記①の改正は、令和３年４月１日以後に提供する特定口座源泉徴収選択届出書
等について適用され、上記②の改正は、令和４年１月１日以後に行う一定の譲渡等について
適用されます（改正法附則 36②③等）。  
《適用関係》この改正は、令和３年４月１日以後に行われる株式交付について適用されます（改
正法附則 36⑤）。 
《適用関係》この改正は、令和３年４月１日以後に提供する財産形成非課税申込書等に記
載すべき事項について適用されます（改正法附則 19 等）。 
① 金融商品取引業者等変更届出書 
② 非課税口座廃止届出書 
③ 未成年者口座廃止届出書 
(7) 特別事業再編を行う法人の株式を対価とする株式等の譲渡に係る譲渡所得等の課税の
特例（旧措法 37 の 13 の３）について、廃止されました（旧措法 37 の 13 の３、改正法附
則 36⑥）。 
４ その他の所得税関係 
(1) 非課税所得（所法９）について、国又は地方公共団体が保育その他の子育てに対する助
成を行う事業その他これに類する一定の助成を行う事業により、その業務を利用する者
の居宅等において保育その他の日常生活を営むのに必要な便宜の供与を行う業務又は認
可外保育施設その他一定の施設の利用に要する費用に充てるため支給される金品につい
ては、所得税を課さないこととされました（所法９①十六、所規３の２）。 
（注）１ 上記の「その他これに類する一定の助成を行う事業」とは、国又は地方公共団体
が行う事業で、妊娠中の者に対し、子育てに関する相談、上記の業務その他の援助
の利用に対する助成を行う事業をいいます（所規３の２①）。 
   ２ 上記の「その他一定の施設」とは、児童福祉法に規定する放課後児童健全育成事
業、子育て短期支援事業、一時預かり事業等に係る施設をいいます（所規３の２③）。 
(2) 退職所得（所法 30）等について、次の見直しが行われました。 
① 短期退職手当等に係る退職所得の金額は、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次の
金額とする（所法 30②）。 
イ 当該短期退職手当等の収入金額から退職所得控除額を控除した残額が 300 万円以
下である場合 当該残額の２分の１に相当する金額 
ロ 上記イに掲げる場合以外の場合･･････150 万円＋｛収入金額－（300 万円＋退職所
得控除額）｝ 
 （注）上記の「短期退職手当等」とは、退職手当等のうち、退職手当等の支払をする者
から短期勤続年数（勤続年数のうち、役員等以外の者としての勤続年数が５年以下
であるものをいう。）に対応する退職手当等として支払を受けるものであって、特
定役員退職手当等に該当しないものをいう（所法 30④）。 
② 上記①の見直しに伴い、退職手当等に係る源泉徴収税額の計算方法及び退職所得の受
給に関する申告書の記載事項について、所要の整備を行う（所法 30⑦、201①、203①
二、所令 69 の２、71 の２、319 の３等）。 
《適用関係》この改正は、令和３年４月１日以後に提出する金融商品取引業者等変更届出書等
について適用されます（改正法附則 36⑦～⑨等）。 
《適用関係》この改正は、令和３年分以後の所得税について適用されます（改正法附則２）。 
(3) 家事関連費等の必要経費不算入等（所法 45）について、居住者が納付する医薬品、医
療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律の規定による課徴金及び延滞
金の額は、必要経費に算入しないこととされました（所法 45①十四）。 
(4) 寄附金控除（所法 78）について、その対象となる公益の増進に著しく寄与する法人の
主たる目的である業務に関連する寄附金から出資に関する業務に充てられることが明ら
かな寄附金が除外されました（所法 78②三）。 
(5) 所得税の確定所得申告（所法 120）等について、その計算した所得税の額の合計額が配
当控除の額を超える場合であっても、控除しきれなかった外国税額控除の額があるとき、
控除しきれなかった源泉徴収税額があるとき、又は控除しきれなかった予納税額がある
ときは、その申告書の提出を要しないこととするほか、源泉徴収税額等及び予納税額の還
付に係る還付加算金の計算期間等について、所要の整備が行われました（所法 120、122、
123、125、127、159、160、166 等）。 
(6) 給与所得者の源泉徴収に関する申告書の提出時期等の特例（所法 198）等について、給
与等の支払を受ける者が、給与等の支払者に対し、次に掲げる申告書の書面による提出に
代えて当該申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行う場合の要件であるそ
の給与等の支払者が受けるべき税務署長の承認を不要とするほか、これに伴う所要の措
置が講じられました（所法 198②、203④、203 の６⑤、措法 41 の２の２④、41 の３の４
① 給与所得者の扶養控除等申告書 
② 従たる給与についての扶養控除等申告書 
③ 給与所得者の配偶者控除等申告書 
④ 給与所得者の基礎控除申告書 
⑤ 給与所得者の保険料控除申告書 
⑥ 給与所得者の住宅借入金等を有する場合の所得税額等の特別控除申告書 
⑦ 給与所得者の所得金額調整控除申告書 
⑧ 退職所得の受給に関する申告書 
⑨ 公的年金等の受給者の扶養親族等申告書 
《適用関係》上記①の改正は、令和４年分以後の所得税について適用され、上記②の改正は、
令和４年１月１日以後に支払うべき退職手当等について適用されます（改正法附則５、９）。 
《適用関係》この改正は、令和３年４月１日以後に支出する特定寄附金について適用されます
（改正法附則６）。 
《適用関係》この改正は、令和４年１月１日以後に提出期限が到来する所得税の確定申告書に
ついて適用されます（改正法附則７）。 
《適用関係》この改正は、令和３年４月１日以後に提供する給与所得者の扶養控除等申告書等
に記載すべき事項について適用されます（改正法附則８、37）。 
(7) 青色申告特別控除（措法 25 の２）について、控除額 65 万円の適用要件である帳簿書
類の電磁的記録等による保存等について、その年分の事業に係る仕訳帳及び総勘定元帳
に係る電磁的記録等の備付け及び保存が国税の納税義務の適正な履行に資するものとし
て一定の要件を満たしていること（改正前：その年分の事業に係る仕訳帳及び総勘定元帳
につき電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法
律に規定する電磁的記録等の備付け及び保存を行っていること）とするほか、国税関係帳
簿書類の電磁的記録等による保存制度における承認制度の廃止に伴う所要の整備が行わ
れました（措法 25 の２④）。 
(8) 特定一般用医薬品等購入費を支払った場合の医療費控除の特例（セルフメディケーシ
ョン税制）（措法 41 の 17）について、次の見直しを行った上、その適用期限が５年延長
されました。 
① 対象となる医薬品の範囲について、次の見直しを行う。 
イ その使用による医療保険療養給付費の適正化の効果が低いと認められるものを除
外する。ただし、令和４年１月１日から、同日から令和８年 12 月 31 日までの間の一
定の日までの期間内に行った一般用医薬品等の購入の対価の支払については、この除
外する措置を適用しない（措法 41 の 17②一、③、措令 26 の 27 の２②④⑤）。 
ロ その製造販売の承認の申請に際して改正前の本特例の対象となる医薬品と同種の
効能又は効果を有すると認められる医薬品（改正前の本特例の対象となる医薬品を除
く。）のうち、その使用による医療保険療養給付費の適正化の効果が著しく高いと認
められるものとして一定のものが追加された（措法 41 の 17②二、措令 26 の 27 の２
② 本特例の適用を受ける者がその年中に健康の保持増進及び疾病の予防への取組とし
て一定の取組を行ったことを明らかにする書類の確定申告書への添付又は提示を要し
ないこととし、当該取組の名称その他一定の事項を特定一般用医薬品等購入費の明細書
に記載しなければならないこととする。この場合において、税務署長は、その適用を受
ける者に対し、確定申告期限等から５年間、当該取組を行ったことを明らかにする書類
の提示又は提出を求めることができることとし、当該求めがあったときは、その適用を
受ける者は、当該書類の提示又は提出をしなければならない（措法 41 の 17④）。 
《適用関係》この改正は、令和４年分以後の所得税について適用されます。なお、青色申告書
を提出することにつき税務署長の承認を受けている個人が、その年において仕訳帳及び総勘
定元帳の電磁的記録等による備付け及び保存に係る承認を受けて当該仕訳帳及び総勘定元
帳の電磁的記録等による備付け及び保存を行っている場合には、その年において改正後の要
件を満たしているものとみなされます（改正法附則 34）。 
《適用関係》上記①の改正は、令和４年分以後の所得税について適用され、上記②の改正は、
令和３年分以後の確定申告書を令和４年１月１日以後に提出する場合について適用されます
（改正法附則 38）。 
５ 国際課税 
(1) 外国組合員に対する課税の特例（措法 41 の 21）について、次の措置が講じられました。 
① 特例適用申告書及びその添付書類を５年ごとに提出しなければならない（措法 41 の
21⑨⑩）。 
② 特例適用申告書等の配分の取扱者に対する書面による提出に代えて、当該配分の取扱
者に対して当該特例適用申告書等に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行うこ
とができることとする。この場合において、当該提供があったときは、当該特例適用申
告書等の提出があったものとみなす（措法 41 の 21⑪⑫）。 
③ 上記②により特例適用申告書等に記載すべき事項を電磁的方法により提供する場合
には、配分の取扱者に対する書面による当該特例適用申告書等に添付すべき書類の提出
に代えて、当該配分の取扱者に対して当該添付すべき書類に記載されるべき事項の電磁
的方法による提供を行うことができることとする。この場合において、当該提供を行っ
た非居住者等は、当該特例適用申告書等に当該添付すべき書類を添付して、提出したも
のとみなす（措法 41 の 21⑬）。 
(2) 外国金融機関等の店頭デリバティブ取引の証拠金に係る利子の課税の特例（措法 42）
について、次の措置が講じられました。 
  ① 非課税適用申告書等の店頭デリバティブ取引の証拠金に係る利子の支払をする者に
対する書面による提出に代えて、当該利子の支払をする者に対して当該非課税適用申
告書等に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行うことができることとする。こ
の場合において、当該提供があったときは、当該非課税適用申告書等の提出があったも
のとみなす（措法 42⑪）。 
  ② 外国金融機関等の店頭デリバティブ取引の証拠金に係る利子の課税の特例の適用期
限が３年延長された（措法 42①②）。 
(3) 外国金融機関等の債券現先取引等に係る利子の課税の特例（措法 42 の２）について、
次の措置が講じられました。 
① 非課税適用申告書等の特定利子の支払をする者に対する書面による提出に代えて、
当該特定利子の支払をする者に対して当該非課税適用申告書等に記載すべき事項の電
磁的方法による提供を行うことができることとする。この場合において、当該提供があ
ったときは、当該非課税適用申告書等の提出があったものとみなす（措法 42 の２⑭）。 
② 特定外国法人が特定金融機関等との間で行う債券現先取引に係る利子の非課税措置
の適用期限が２年延長された（措法 42 の２③）。  
６ 国税通則法等 
(1) 納税管理人制度（通則法117）について、次の措置が講じられました。 
① 納税管理人を定めるべき納税者が納税管理人の届出をしなかったときは、所轄税務署
長等は、その納税者に対し、納税管理人に処理させる必要があると認められる事項（以
下「特定事項」という。）を明示して、60日を超えない範囲内においてその準備に通常
要する日数を勘案して指定する日（以下「指定日」という。）までに、納税管理人の届
出をすべきことを書面で求めることができる（通則法117③）。 
② 納税管理人を定めるべき納税者が納税管理人の届出をしなかったときは、所轄税務署
長等は、国内に住所又は居所を有する者で特定事項の処理につき便宜を有するもの（以
下「国内便宜者」という。）に対し、その納税者の納税管理人となることを書面で求め
ることができる（通則法117④）。 
③ 所轄税務署長等は、上記①の納税者（以下「特定納税者」という。）が指定日までに
納税管理人の届出をしなかったときは、上記②により納税管理人となることを求めた国
内便宜者のうち次の者を、特定事項を処理させる納税管理人として指定することができ
る（通則法117⑤一）。 
イ その特定納税者と生計を一にする配偶者その他の親族で成年に達した者 
    ロ その特定納税者に係る国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実
についてその特定納税者との間の契約により密接な関係を有する者 
ハ 電子情報処理組織を使用して行われる取引その他の取引をその特定納税者が継続
的に又は反復して行う場を提供する事業者 
④ その他所要の措置を講じる。 
(2) 税務関係書類における押印義務（通則法 124 等）について、提出者等の押印をしなけれ
ばならないこととされている税務関係書類において、原則として、押印を要しないことと
するほか、所要の措置が講じられました（通則法 124②等）。  
(3) 電子帳簿等保存制度（電帳法４等）について、次のとおり見直しが行われました。 
① 承認制度が廃止された（電帳法４、５、旧電帳法６～９）。 
② 国税関係帳簿の電磁的記録等による保存制度については、電子計算機処理システムの
概要書その他一定の書類の備付け等の最低限の要件による電子帳簿（正規の簿記の原則
に従って記録されているものに限る。）の保存が可能となることとされた（電帳法４①、
電帳規２①）。 
なお、当該国税関係帳簿書類に係る電磁的記録の提示又は提出の要求に応じることが
できるようにしておくことを要件とされた（電帳規２②、３①）。 
③ 国税関係書類に係るスキャナ保存制度について、国税関係書類に係る電磁的記録の保
存が一定の要件に従って行われていない場合（当該国税関係書類の保存が行われている
場合を除く。）についても、その国税関係書類の保存場所に、その国税関係書類の保存
をしなければならないこととされている期間、その電磁的記録を保存しなければならな
いこととされた（電帳法４③、電帳規２⑫）。 
④ 電子取引の取引情報に係る電磁的記録を出力することにより作成した書面等の保存
をもって当該電磁的記録の保存に代えることができる措置が廃止された（電帳法７）。 
《適用関係》この改正は、令和４年１月１日から施行されます（改正法附則１ハ）。 
⑤ 加算税の適用について、次の措置が講じられた（電帳法８④⑤、電帳規５）。 
イ 一定の国税関係帳簿（所得税の青色申告者が保存しなければならないこととされる
仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿）に係る電磁的記録等の備付け及び保存が、国
税の納税義務の適正な履行に資するものとして一定の要件を満たしている場合にお
いて、当該電磁的記録等（一定の日以後引き続き当該要件を満たして備付け及び保存
が行われているものに限る。）に記録された事項に関し修正申告等があったときの過
少申告加算税の額については、通常課される過少申告加算税の額から当該修正申告等
に係る過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額（当該電磁的記録等に記録さ
れた事項に係るもの以外の事実に基づく税額を控除した税額に限る。）の 100 分の５
に相当する金額を控除した金額とする。ただし、その税額の計算の基礎となるべき事
実を隠蔽し、又は仮装されたものがあるときは、この限りでない。 
ロ スキャナ保存が行われた国税関係書類に係る電磁的記録又は電子取引の取引情報
に係る電磁的記録に記録された事項に関し期限後申告等があった場合において、その
税額の計算の基礎となるべき事実を隠蔽し、又は仮装していたところに基づき当該期
限後申告等をしていたときの重加算税の額については、通常課される重加算税の額に
当該期限後申告等に係る重加算税の額の計算の基礎となるべき税額（当該電磁的記録
に記録された事項に係る事実に基づく税額に限る。）の 100 分の 10 に相当する金額
を加算した金額とする。 
(4) 税務署長等が行う処分通知等について、電子情報処理組織を使用する方法（e-Tax）に
より行うことができる処分通知等の範囲に次の処分通知等が追加されました（令和３年
国税庁告示第15号）。 
① 期限後申告書又は修正申告書の提出があった場合に課される加算税の賦課決定通知
② 所得税の予定納税額等の通知（予定納税額の減額承認申請に対する処分に係る通知
を含む。） 
《適用関係》上記①～③の改正は、令和４年１月１日以後に備付けを開始する国税関係帳
簿又は同日以後に保存が行われる国税関係書類等について適用され、上記④の改正は、
令和４年１月１日以後に行う電子取引の取引情報について適用され、上記⑤の改正は、
令和４年１月１日以後に法定申告期限等が到来する国税について適用されます（改正法
附則 82）。 
《適用関係》上記①の改正は令和４年１月１日以後に行う送付について、上記②の改正は
令和５年１月１日以後に行う通知について、それぞれ適用されます（令和３年国税庁告
示第 15 号附則）。 
Ⅱ 令和２年度の改正事項のうち、令和３年分の所得税から適用される主なもの 
１ 確定申告書等の記載事項（所規 47 等）について、確定申告書等に記載する各種所得の生じ
た場所は、その支払者が法人である場合、支払者の本店等の所在地の記載に代えて、支払者
の法人番号の記載によることができること等の措置が講じられました（所規 47③三等）。 
２ 医療費控除の適用を受ける際の確定申告書の添付書類（所法 120）について、次の措置が講
じられました。 
① 医療保険者の医療費の額等を通知する書類の添付に代えて、次に掲げる書類の添付がで
きることとする（所法 120④二、所規 47 の２⑬）。 
 イ 審査支払機関（社会保険診療報酬支払基金及び国民健康保険団体連合会をいう。以下
同じ。）の医療費の額等を通知する書類（当該書類に記載すべき事項が記録された電磁
的記録を一定の方法により印刷した書面で国税庁長官が定める一定のものを含む。） 
 ロ 医療保険者の医療費の額等を通知する書類に記載すべき事項が記録された電磁的記録
を一定の方法により印刷した書面で国税庁長官が定める一定のもの 
② 電子情報処理組織を使用する方法（e-Tax）により確定申告を行う場合において、次に掲
げる書類の記載事項を入力して送信するときは、これらの書類の確定申告書への添付に代
えることができることとする。この場合において、税務署長は、確定申告期限等から５年
間、その送信に係る事項の確認のために必要があるときは、これらの書類を提示又は提出
させることができることとする（オン化省令５③一、⑤、平成 30 年国税庁告示第７号）。 
イ 医療保険者の医療費の額等を通知する書類 
ロ 審査支払機関の医療費の額等を通知する書類 
３ 寄附金控除の適用を受ける際の確定申告書の添付書類（所規 47 の２）について、特定寄附
金を受領した者の特定寄附金の額等を証する書類に代え、地方公共団体と寄附の仲介に係る
契約を締結している一定の事業者の特定寄附金の額等を証する書類の添付等ができることと
されました（所規 47 の２③一イ(2)）。  