5·16 쿠데타 4·19 혁명으로 출범한 제2공화국은 채 1년도 안되어 5·16 군사 쿠데타로 주저앉고 말았다. 이에 따라 이 땅에 참된 민주주의를 실현할 수 있는 기회를 가져다 준 4월 혁명은 미완의 혁명으로 끝나 버렸다. 4월 혁명으로 집권하게 된 민주당은 오랜 희망이었던 내각 책임제의 정치 구도 속에 윤보선 대통령, 장면 총리 체제로 출범했다. 그러나 실권 없는 대통령과 총리 사이에는 갈등과 불화가 그치지 않았다. 구파 출신인 윤보선은 신파 출신인 장면을 사사건건 견제하려 들었고 장내각의 도산을 획책하기도 했다. 4·19 혁명으로 집권한 민주당 정권은 어려운 민생은 돌보지 않은 채 구태의연한 신·구파간 정쟁만 일삼아 새로이 변화된 면모를 기대했던 국민의 여망을 채워 주지 못했다. 그리고 학생들을 비롯한 각계의 시위가 연일 끊이지 않아 사회가 극히 혼란한 상황이었다. 이러한 상황은 한국 전쟁 후 미국의 지원을 받아 비약적으로 성장한 군부 내 엘리트들의 궐기를 촉발하도록 자극하였다. 당시 군부 내에서는 이러한 시대 상황을 두고 만주군 출신 장교 등 몇몇 집단이 앞서거니 뒤서거니 하면서 쿠데타를 구상하고 있던 상황이었다. 박정희 소장과 그의 조카 사위인 김종필 중령을 중심으로 하는 장교 250여 명과 사병 3,500여 명이 중심이 된 쿠데타군은 1961년 5월 16일 새벽 3시경 한강 어귀에 진입하여 약간의 총격전 끝에 예정보다 약 1시간 늦게 서울 입성에 성공했다. 이들 쿠데타군은 중앙청 및 서울 중앙 방송국 등 목표지점을 일제히 점거하고, 5시 첫 방송을 통해 거사의 명분을 밝히는 한편 6개항의 혁명 공약을 국내외에 선포했다. 뒤이어 9시에는 '군사혁명위원회' 포고령으로 전국에 비상계엄을 선포하고 오후 7시를 기해 장면 정권을 인수한다고 발표하였다. 거사 후 한국군의 작전 지휘권을 장악하고 있던 유엔군 사령관 매그루더 장군은 쿠데타 반대 성명을 발표하면서 강제 진압의 의사를 밝혔으나 윤보선 대통령이 "올 것이 왔다."고 군사 쿠데타의 필연성을 인정, 반란군에 승복하면서 매그루더 장군의 쿠데타 저지 요구를 거절함으로써 쿠데타는 기정 사실화됐다. 한편 피신해 있던 장면 총리는 18일 은신처에서 나와 국무 회의를 열고 내각 총사퇴와 군사혁명위원회에 정권 이양을 의결했으며, 윤보선 대통령은 국무회의의 결정을 그대로 재가했다. 같은 날, 미 국무성도 한국군사혁명위원회의 지도자가 반공 친미적임을 지적하면서 쿠데타를 사실상 승인하여 쿠데타의 성공은 최종 확정되었다. 쿠데타군은 최고 권력기구로 군사혁명위원회를 구성하여 의장에는 당시 육군참모총장인 장도영, 부의장은 쿠데타의 실질적 지도자인 박정희를 선임했다. 그리고 5월 18일 군사혁명위원회를 국가재건최고회의로 개칭하고 산하에 7개 분과 위원회를 두어 본격적인 군정에 들어갔다. 이들은 '반공 구국' 등의 혁명 공약을 실천한다는 명분하에 혁신·민주 세력을 탄압하기 시작하였다. 아울러 3·15 부정 선거와 관련 최인규, 발포 책임자 곽영주, 정치 깡패 이정재 등을 처단했다. 한편, 쿠데타 세력 간에는 정권의 장악이 확실해지면서 내부의 권력 쟁탈전이 치열하게 전개되었다. 5·16 군사 쿠데타의 얼굴 마담이었던 장도영을 몰아내고 실권자인 박정희가 최고회의 의장에 취임했다. (박정희 세력은 7월 3일 장도영과 쿠데타의 핵심이었던 육사 5기 출신의 박치옥, 문재준 등이 반혁명 쿠데타를 기도했다는 혐의로 체포하고 김종필 계열의 육사 8기들이 권력의 핵심을 장악했다.) 군정기간 동안 적발된 반혁명 사건이 13건에 달했고, 최고회의에 흡수되었던 최고위원 장성들의 상당수가 관련 혐의로 제거되어 63년 2월 최고회의에는 발족 당시 32명 위원 가운데 6명만 남을 정도의 치열한 숙청이 단행되었다.
5•16은 혁명이아니라 쿠데타이다