2002년 8월 16·17일 잇따라 동아일보와 문화일보에 "대국민 경계령! 좌익세력 최후의 발악이 시작됩니다"는 제목의 광고를 냈다. "쌀, 마늘사건 등으로 농민을 분노케 해놓고, 거기에 노동세력, 홍위세력 등 좌익들이 불을 댕기면 광주사태의 확대판이 나올 수 있다. 광주사태는 소수의 좌익과 북한에서 파견한 특수부대원들이 순수한 군중들을 선동하여 일으킨 폭동이었다. 소요사태를 일으켜놓고 계엄령을 선포할 수 있다. 그렇게 되면 선거도 없고, 우익들이 잡혀가고, 김정일이 무혈로 서울을 장악하는 사태가 올 수 있다." 이란 내용의 광고로 논란을 일으켰다.같은해 12월 목포과학대 사회복지학과 교수 이동춘 등으로부터 피소당했다. 지만원은 ‘명예훼손’ 등의 혐의로 검찰에 구속된 뒤 2003년 1월 1심에서 징역 10월에 집행유예 2년 판결을 받았다. 2003년 8월 오마이뉴스는 '지만원과 늑대'라는 제목으로 지만원의 광고를 비판하는 기사를 썼다. 이후 지만원은 오마이뉴스의 기사 때문에 명예가 훼손됐다며 오마이뉴스를 상대로 낸 소송에서 패소했다. 재판부는 판결문에서 "인터넷 기사에는 다소 자극적이고 과장된 표현이 있지만 당초 지씨의 신문 광고가 5.18민주화운동을 `소수의 좌익이 북의 사주를 받아 일으킨 폭동'이라고 본질을 왜곡한 이상 그런 심한 비난과 반발을 유발했다고 봐야 한다"고 밝혔다. 2008년 5월 5.18 관련단체들은 그와 전사모(전두환 전 대통령을 사랑하는 모임), 역사학도 등에 대한 법적 대응절차를 거쳐고소한 바 있다. 기타 지만원의 시스템클럽의 논객도 이와 유사한 주장을 하고 있다. 2011년 5월 5·18 민주화운동 기록물의 유네스코 기록 유산 등재가 최종 심사 결과만을 남겨 두었을 때 지만원은 5·18이 북한군의 학살이라고 주장하면서 유네스코 본부에 반대 청원서를 제출했다.하지만 유네스코 세계기록유산 국제자문위원회는 지만원의 주장을 받아들이지 않고, 만장일치로 5·18 기록물을 유네스코 세계기록유산에 등재했다
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