Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota (protista) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí nepřirozených skupin a incertae sedis); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články Klasifikace rostlin, Klasifikace hub a Klasifikace živočichů.

Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012 a 2019, lze v rámci eukaryot vyčlenit několik velkých skupin (Superskupina (biologie)|superskupin) bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Archaeplastida, Sar a několik menších, jako CRuMs, Cryptista, Haptista, Discoba a Metamonada; ukazuje i jejich přiřazení ke dvěma superskupinám Amorphea a Diaphoretickes, taktéž považovaným za přirozené.

Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a průběžně upravoval Thomas Cavalier-Smith, přičemž se snažil implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2019. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.

Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.

Systém dle Adla a kol. 
Založeno na systému Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes, který v r. 2019 přepracoval Sina M. Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005 a 2012 . Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet incertae sedis (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).

Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy "UniEuk" s cílem implementace v INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) a ENA (European Nucleotide Archive).

Skupiny, u kterých se sice předpokládá monofylie, ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.

DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA

AMORPHEA ()

Amoebozoa 
 Amoebozoa  – měňavkovci
 Tubulinea  [=Lobosea ] – lalokonozí
 Corycida 
 Echinamoebida 
 Elardia 
 Leptomyxida 
 Arcellinida  – krytenky
 Sphaerothecina 
 Difflugina 
 Heleopera sphagni 
 Phryganellina 
 Euamoebida 
 Evosea 
 Variosea 
 Flamellidae 
 Filamoeba 
 Heliamoeba 
 Protosteliida  – protostelidy
 Fractovitellida 
 Acramoebidae 
 Schizoplasmodiidae 
 Soliformoviidae 
 Angulamoeba 
 Cavosteliida 
 Ischnamoeba 
 Darbyshirella 
 Holomastigida 
 Dictyamoeba 
 Arboramoeba 
 Phalansterium 
 Eumycetozoa  – hlenky
 Dictyostelia  – diktyostelidy
 Myxogastria  [Myxomycetes ] – pravé hlenky
 Lucisporidia 
 Columellidia 
 Protosporangiida 
 Protosporangiidae 
 Ceratiomyxa 
 Cutosea 
 Archamoebea  – panoženky
 Mastigamoebida 
 Pelobiontida 
 Tricholimax 
 Entamoeba 
 Rhizomastix 
 Discosea 
 Flabellinia 
 Thecamoebida 
 Dermamoebida 
 Mycamoeba 
 Dactylopodida 
 Vannellida 
 Stygamoebida  (P)
 Centramoebia 
 Acanthopodida 
 Pellitida 
 Himatismenida

Obazoa 
 Obazoa 
 Apusomonadida  – apusomonády
 Breviatea 
 Opisthokonta 
 Holozoa 
 Ichthyosporea  [Mesomycetozoea ] – plísňovky
 Dermocystida  [Rhinosporidaceae ]
 Ichthyophonida  [Ichthyophonae ; Amoebidiidae ]
 Filasterea 
 Choanozoa  [Choanozoa ]
 Choanoflagellata  [Craspedomonadina ; Craspedomonadaceae ; Craspedophyceae ; Craspédomonadophycidées ; Craspedomonadophyceae ; Choanomonadea ; Choanoflagelliida ; Choanoflagellatea ; Choanomonada ] – trubénky
 Craspedida 
 Salpingoecidae 
 Acanthoecida 
 Acanthoecidae 
 Stephanoecidae 
 Metazoa  [Animalia ; Eumetazoa ] – živočichové (nejsou uvedeny kmeny tkáňovců; celkový podrobnější systém najdete v článku Klasifikace živočichů)
 Porifera  [Parazoa ] – houbovci, (živočišné) houby
 Hexactinellida  – křemití, křemitky
 Amphidoscophora 
 Hexasterophora 
 Demospongiae  – rohovití
 Verongimorpha 
 Keratosa 
 Heteroscleromorpha 
 Homoscleromorpha  – plakiny
 Calcarea  [Calcispongia ] – vápenatí
 Calcinea 
 Calcaronea 
 Trichoplax  [Placozoa ] – vločkovci
 Nucletmycea  [=Holomycota ]
 Incertae sedis Nucletmycea: Sanchytriaceae 
 Rotosphaerida  [junior syn. Cristidiscoidida ; Nucleariidae ]
 Fungi  – houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub)
 Opisthosporidia  (P)
 Aphelidea  [=Aphelidida ; =Aphelidiomyceta ; =Aphelidiomycota ; =Aphelidiomycotina ; =Aphelidiomycetes ; =Aphelidiaceae ] – afelidie
 Cryptomycota  [=Rozellida ; =Rozellomycota ; =Rozellosporidia ; =Rozellomycotina ]
 Microsporidia  – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
 Blastocladiales  [=Blastocladiineae ; Blastocladiomycota ; Blastocladiomycetes ]
 Chytridiomycota  – chytridiomycety
 Chytridiomycetes 
 Caulochytriales 
 Chytridiales 
 Cladochytriales 
 Gromochytriales 
 Lobulomycetales 
 Mesochytriales 
 Polychytriales 
 Polyphagales 
 Rhizophydiales 
 Rhizophlyctidales 
 Spizellomycetales 
 Synchytriales 
 Dikarya 
 Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes  [=Entorrhizaceae ; =Entorrhizales ; =Entorrhizomycetes ; =Entorrhizomycota ; =Entorrhizomycotina ]
 Ascomycota  – houby vřeckovýtrusé
 Taphrinomycotina 
 Archaeorhizomyces  [=Archaeorhizomycetes ; =Archaeorhizomycetales ]
 Neolecta  [=Neolectomycetes ; =Neolectales ; =Neolectaceae ]
 Pneumocystis  [=Pneumocystidales ; =Pneumocystidomycetes ; =Pneumocystidaceae]
 Schizosaccharomyces  [=Schizosaccharomycetaceae ; Schizosaccharomycetales ; =Schizosaccharomycetes ] – kvasinkotvaré
 Taphrinales  [=Taphrinomycetes ]
 Saccharomycetales  [=Saccharomycetes ; =Saccharomycotina ] – pravé kvasinky
 Pezizomycotina 
 Arthoniales  [=Arthoniomycetes ] – artoniotvaré
 Dothideomycetes 
 Eurotiomycetes 
 Geoglossaceae  [=Geoglossales ; Geoglossomycetes ]
 Laboulbeniomycetes 
 Lecanoromycetes 
 Leotiomycetes 
 Lichinales  [=Lichinomycetes ]
 Orbiliaceae  [=Orbiliales ; =Orbiliomycetes ]
 Pezizales  [=Pezizomycetes ]
 Sordariomycetes 
 Xanthopyreniaceae  [=Collemopsidiales ; Collemopsidiomycetes ]
 Xylonomycetes 
 Basidiomycota  – houby stopkovýtrusé
 Agaricomycotina 
 Agaricomycetes  – houby rouškaté
 Dacrymycetales  [=Dacrymycetes ]
 Tremellomycetes  – houby mozkovité
 Pucciniomycotina  [=Urediniomycetes ]
 Agaricostilbomycetes 
 Atractiellales  [=Atractiellomycetes ]
 Classiculales  [=Classiculomycetes ]
 Cryptomycocolax  [=Cryptomycocolacaceae ; =Cryptomycocolacales ; =Cryptomycocolacomycetes ]
 Cystobasidiomycetes 
 Microbotryomycetes 
 Mixia  [=Mixiaceae ; =Mixiales ; Mixiomycetes ]
 Pucciniomycetes  – rzi
 Spiculogloeaceae  [=Spiculogloeales ; =Spiculogloeomycetes ]
 Tritirachium  [=Tritirachiaceae ; =Tritirachiales ; =Tritirachiomycetes ]
 Ustilaginomycotina 
 Exobasidiomycetes 
 Malassezia  [=Malasseziales ; =Malasseziaceae ; =Malasseziomycetes ]
 Moniliella  [=Moniliellaceae ; =Moniliellales ; =Moniliellomycetes ]
 Ustilaginomycetes  – sněti
 Wallemiomycotina 
 Wallemia  [=Wallemiaceae ; =Wallemiales ; =Wallemiomycetes ]
 Geminibasidiaceae  [=Geminibasidiales ; =Geminibasidiomycetes ]
 Monoblepharidomycetes 
 Mucoromycota  [Zygomycota ; Mucoromyceta ] (?P)
 Glomeromycotina 
 Archaeosporales  [=Archaeosporomycetes ]
 Glomeromycetes 
 Diversisporales 
 Glomerales 
 Paraglomus  [=Paraglomeraceae ; =Paraglomerales ; =Paraglomeromycetes ]
 Mortierellaceae  [Mortierellales ; =Mortierellomycotina ; =Mortierellomycetes ; =Mortierellomycota ]
 Mucoromycotina 
 Endogonales  [=Endogonomycetes ]
 Mucorales  [=Mucoromycetes ] (P)
 Umbelopsidales  [=Umbelopsidomycetes ]
 Neocallimastigaceae  [=Neocallimastigales , =Neocallymastigacetes , =Neocallimastigomycota ]
 Olpidium  [=Olpidiaceae ; =Olpidiales ; Olpidiomycota ; =Olpidiomycotina ; =Olpidiomyceta ]
 Zoopagomycota  [Zygomycota ; Zoopagomyceta ] (?P)
 Entomophthoromycotina 
 Basidiobolus  [=Basidiobolomycetes ]
 Entomophthorales  [=Entomophthoromycetes ]
 Neozygitaceae  [=Neozygitomycetes ; =Neozygitales ]
 Zoopagales  [=Zoopagomycotina ]
 Kickxellomycotina 
 Asellariales  [=Asellariaceae ]
 Dimargaritaceae  [=Dimargaritales ]
 Harpellales 
 Kickxellaceae  [=Kickxellales ]

DIAPHORETICKES ()

Incertae sedis Diaphoretickes 

 Microheliella 
 Ancoracysta 
 Rappemonads  [Rappephyceae ] – rappemonády
 Telonemia  [Telonemea ]
 Picozoa  [Picobiliphytes ; Picomonadea ] – pikomonády
 Haptista 
 Haptophyta 
 Pavlovales 
 Prymnesiophyceae 
 Prymnesiales 
 Phaeocystales 
 Isochrysidales 
 Coccolithales  – kokolitky
 Centroplasthelida  [Centrohelea ; Centroheliozoa ; ne však Centrohelida  (polyfyletické vymezení – zahrnovalo i Gymnosphaerida)] – centrohelidní slunivky
 Incertae sedis Centroplasthelida: Spiculophryidae 
 Pterocystida 
 Raphidista 
 Choanocystidae 
 Raphidiophryidae 
 Pterista 
 Oxnerellidae 
 Pterocystidae 
 Heterophryidae 
 Panacanthocystida 
 Yogsothothidae 
 Cryptista  [Cryptista ]
 Palpitomonas 
 Cryptophyceae  [Cryptophyta ; Cryptophyta ] – skrytěnky
 Cryptomonadales 
 Cyathomonadacea 
 Kathablepharidacea  [Kathablepharidae ]

Archaeplastida 
 Archaeplastida  – rostliny (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)
 Glaucophyta  [Glaucocystaceae ; Glaucocystophyta ] – glaukofyty
 Rhodophyceae  [Rhodophyta ; Rhodoplantae ] – ruduchy, zastarale červené řasy
 Cyanidiales  [Cyanidiophyceae ; Cyanidiophyta ]
 Proteorhodophytina 
 Compsopogonales  [Compsopogonophyceae ]
 Porphyridiophyceae 
 Rhodellophyceae  [Rhodellophytina ]
 Stylonematales  [Stylonematophyceae ]
 Eurhodophytina 
 Bangiales  [Bangiophyceae ]
 Florideophycidae 
 Hildenbrandia  [Hildenbrandiophycidae ]
 Nemaliophycidae 
 Corallinophycidae 
 Ahnfeltiophycidae 
 Rhodymeniophycidae 
 Chloroplastida  [Viridiplantae ; Chlorobionta ; Chlorobiota ] – zelené rostliny
 Chlorophyta 
 Ulvophyceae  (P) – porostovky
 Trebouxiophyceae  [Pleurastrophyceae ; Microthamniales ] (P?)
 Chlorophyceae  – zelenivky
 Chlorodendrophyceae  [prasinophyte clade IV ]
 Pedinophyceae 
 Chloropicophyceae  [prasinophyte clade VII A & B ]
 Picocystophyceae 
 Pyramimonadales  [prasinophyte clade I ]
 Mamiellophyceae  [prasinophyte clade II ]
 Nephroselmis  [Nephroselmidophyceae ; prasinophyte clade III ]
 Pycnococcaceae  [Pseudoscourfieldiales & Pseudoscourfieldiaceae ; prasinophyte clade V ]
 Palmophyllophyceae 
 Palmophyllales 
 Prasinococcales  [prasinophyte clade VI ]
 Streptophyta  [Charophyta ; Charophyceae ; Charophyceae ; Streptophyta ] – streptofyty
 Chlorokybus  [Chlorokybophyceae ]
 Mesostigma  [Mesostigmatophyceae ; Mesostigmata ]
 Klebsormidiophyceae 
 Phragmoplastophyta 
 Zygnematophyceae  – spájivky
 Coleochaetophyceae 
 Charophyceae  [Charales ; Charophytae ] – parožnatky
 Embryophyta  [Cormophyta ; Plantae ] – vyšší rostliny

Sar 
 Sar  [Harosa ]
 Stramenopiles  [Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2017]
 Bigyra 
 Opalozoa 
 Nanomonadea  [linie environmentálních vzorků MAST-3 ]
 Opalinata  [Slopalinida ]
 Proteromonadea  (P)
 Opalinea  – opalinky
 Blastocystis 
 Placidida 
 Bicosoecida 
 Sagenista 
 Labyrinthulomycetes  [Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986] – labyrintuly
 Amphitremida 
 Amphifilida 
 Oblongichytrida 
 Labyrinthulida 
 Thraustochytrida 
 Pseudophyllomitidae  [linie environmentálních vzorků MAST-6 ]
 Gyrista 
 Developea 
 Hyphochytriales 
 Anisolpidiaceae 
 Hyphochytrium  [Hyphochytridiomycetaceae ]
 Rhizidiomycetaceae 
 Peronosporomycetes  [Oomycetes ] – řasovky, oomycety
 "Saprolegniální linie" 
 "Peronosporální linie" 
 Pirsoniales 
 Actinophryidae 
 Ochrophyta  – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)
 Chrysista 
 Incertae sedis Chrysista: linie environmentálních vzorků Synchromophyceae , Chrysomerophyceae 
 Chrysophyceae  – zlativky
 Chromulinales 
 Hibberdiales 
 Ochromonadales 
 Paraphysomonadida 
 Synurales 
 Eustigmatales 
 Phaeophyceae  [Phaeophyceae , Phaeophyceae ] – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
 Ascoseirales 
 Desmarestiales 
 Dictyotales 
 Discosporangiales 
 Ectocarpales 
 Fucales  – chaluhotvaré
 Ishige  [Ishigeacea ; Ishigeales ]
 Laminariales 
 Nemoderma  [Nemodermatales ]
 Onslowiales 
 Ralfsiales 
 Scytothamnales 
 Sphacelariales 
 Sporochnales 
 Syringodermatales 
 Tilopteridales 
 Phaeothamniophyceae 
 Phaeothamniales 
 Pleurochloridales 
 Raphidophyceae  – chloromonády
 Schizocladia  [Schizocladales ]
 Xanthophyceae  [Heterokontae ; Heteromonadea ; Xanthophyta ] – různobrvky
 Tribonematales 
 Vaucheriales 
 Diatomista 
 Bolidophyceae  [Parmales ]
 Diatomeae  [=Bacillariophyta ] – rozsivky
 Leptocylindrophytina 
 Leptocylindrophyceae 
 Corethrophyceae 
 Ellerbeckiophytina 
 Probosciophytina 
 Melosirophytina 
 Coscinodiscophytina 
 Rhizosoleniophytina 
 Arachnoidiscophytina 
 Bacillariophytina 
 Mediophyceae 
 Biddulphiophyceae 
 Bacillariophyceae 
 Dictyochophyceae 
 Dictyochales 
 Pedinellales 
 Rhizochromulinales 
 Pelagophyceae 
 Pelagomonadales 
 Sarcinochrysidales 
 Pinguiophyceae 
 Alveolata 
 Colpodellida 
 Vitrellaceae 
 Colpodellaceae 
 Chromeraceae 
 Alphamonaceae 
 Perkinsidae  [Perkinsozoa ; Perkinsozoa ]
 Colponemida  (P)
 Colponemidia 
 Acavomonidia 
 Palustrimonas 
 Oxyrrhis  [Oxyrrhinaceae ]
 Dinoflagellata  – obrněnky
 Syndiniales 
 Incertae sedis Syndiniales: Ellobiopsidae 
 Euduboscquellidae 
 Amoebophryidae 
 Syndinidae 
 Sphaeriparaceae 
 Noctilucales  [Noctiluciphyceae ]
 Dinophyceae 
 Gymnodiniphycidae 
 Gymnodinium 
 Amphidinium 
 Gyrodinium 
 Kareniaceae 
 Ceratoperidiniaceae 
 Torodiniales 
 Levanderina 
 Margalefidinium 
 Cochlodinium 
 Ptychodiscales 
 Borghiellaceae 
 Tovelliaceae 
 Suessiaceae 
 Peridiniphycidae 
 Gonyaulacales 
 Peridiniales 
 Thoracosphaeraceae 
 Podolampadaceae 
 Kryptoperidiniaceae 
 Heterocapsaceae 
 Amphidomataceae 
 Oxytoxaceae 
 Centrodiniaceae 
 Dinophysales 
 Prorocentrales 
 Apicomplexa  – výtrusovci
 Incertae sedis Apicomplexa: Agamococcidiorida 
 Incertae sedis Apicomplexa: Protococcidiorida 
 Aconoidasida  [=Hematozoa ] (P) – krvinkovky
 Haemospororida 
 Piroplasmorida  – klíštěnky
 Nephromycida 
 Conoidasida  (P)
 Coccidia  (P) – kokcidie
 Adeleorina 
 Eimeriorina 
 Gregarinasina  (P) – gregariny, hromadinky
 Archigregarinorida  (P)
 Eugregarinorida  (P)
 Neogregarinorida 
 Cryptogregarinorida 
 Blastogregarinea 
 Ciliophora  [Ciliata ; Infusoria ] – nálevníci, obrvení
 Postodesmatophora 
 Karyorelictea 
 Kentrophoridae 
 Loxodida 
 Cryptopharyngidae 
 Loxodidae 
 Geleiidae 
 Heterotrichea  – různobrví
 Blepharismidae 
 Climacostomidae 
 Condylostomatidae 
 Fabreidae 
 Gruberiidae 
 Coliphorina 
 Folliculinidae 
 Maristentoridae 
 Peritromidae 
 Spirostomidae 
 Stentoridae 
 Intramacronucleata 
 Incertae sedis Intramacronucleata: Protocruzia  [Protocruziidae ; Protocruziidia ]
 SAL 
 Incertae sedis SAL: Cariacothrix  [Cariacotrichea ]
 Incertae sedis SAL: Mesodiniidae 
 Incertae sedis SAL: Phacodinium  [Phacodiniidia ]
 Spirotrichea 
 Euplotia 
 Euplotida 
 Discocephalida 
 Perilemmaphora 
 Hypotrichia  – spodobrví
 Oligotrichia  – sporobrví
 Licnophoridae 
 Kiitrichidae 
 Lamellicorticata 
 Armophorea 
 Incertae sedis Armophorea: Mylestomatidae 
 Metopida  (P)
 Clevelandellida 
 Caenomorphidae 
 Odontostomatida  – hřebenoústí
 Litostomatea 
 Rhynchostomatia 
 Haptoria  (P)
 Helicoprorodontidae 
 Trichostomatia  – brvoústí
 Isoendo 
 CONthreeP  [Ventrata ]
 Incertae sedis CONthreeP: Askenasia 
 Incertae sedis CONthreeP: Cyclotrichiidae 
 Incertae sedis CONthreeP: Paraspathidium 
 Incertae sedis CONthreeP: Pseudotrachelocercidae 
 Incertae sedis CONthreeP: Discotrichidae  [Discotrichida ]
 Phyllopharyngea 
 Synhymeniida 
 Nassulopsidae 
 Orthodonellidae 
 Scaphidiodontidae 
 Synhymeniidae 
 Subkinetalia 
 Cyrtophoria 
 Rhynchodia 
 Suctoria  – rournatky
 Colpodea 
 Bursariomorphida 
 Bryometopidae 
 Bursaridiidae 
 Bursariidae 
 Colpodida 
 Incertae sedis Colpodida: Bardeliellidae 
 Incertae sedis Colpodida: Hausmanniellidae 
 Incertae sedis Colpodida: Ilsiellidae 
 Incertae sedis Colpodida: Pseudochlamydonellidae 
 Incertae sedis Colpodida: Marynidae 
 Bryophryina 
 Colpodina 
 Grossglockneriidae  [Grossglockneriina ]
 Cyrtolophosidida 
 Cyrtolophosididae 
 Kreyellidae 
 Platyophryida 
 Ottowphryidae 
 Platyophryidae  (P)
 Sagittariidae 
 Sorogenidae 
 Woodruffiidae 
 Nassophorea  (P)
 Colpodidiidae 
 Nassulida 
 Furgasoniidae 
 Nassulidae 
 Microthoracida 
 Microthoracidae 
 Leptopharyngidae 
 Prostomatea  (P) – předoústí
 Apsiktratidae  [Prostomatida ]
 Prorodontida 
 Balanionidae 
 Cryptocaryonidae 
 Colepidae 
 Holophryidae 
 Lagynidae 
 Metacystidae 
 Placidae 
 Plagiocampidae 
 Prorodontidae 
 Urotrichidae 
 Plagiopylea 
 Plagiopylida 
 Epalxellidae  (možná patří do Odontostomatida)
 Plagiopylidae 
 Sonderiidae 
 Trimyemidae 
 Oligohymenophorea  – chudoblanní
 Apostomatia 
 Apostomatida 
 Astomatophorida 
 Pilisuctorida 
 Astomatia 
 Anoplophryidae 
 Buetschliellidae 
 Clausilocolidae 
 Contophryidae 
 Haptophryidae 
 Hoplitophryidae 
 Intoshellinidae 
 Maupasellidae 
 Radiophryidae 
 Hymenostomatia 
 Tetrahymenida 
 Ophryoglenida 
 Peniculia  (P)
 Peniculida 
 Urocentridae  [Urocentrida ]
 Peritrichia  – kruhobrví
 Sessilida 
 Mobilida 
 Scuticociliatia  (P)
 Philasterida 
 Pleuronematida 
 Thigmotrichida 
 Loxocephalida  (P)
 Rhizaria 
 Incertae sedis Rhizaria: Gymnosphaerida  (X)
 Cercozoa 
 Incertae sedis Cercozoa: Discocelia  [Discocelis ]
 Incertae sedis Cercozoa: Psammonobiotidae  (X) (pravděpodobně součást Euglyphida)
 Incertae sedis Cercozoa: Volutellidae 
 Cercomonadida  [=Cercomonadidae ; Cercobodonidae ] – kořenonožci
 Paracercomonadida 
 Glissomonadida  [Heteromitidae ; Bodomorphidae ]
 Sandonidae 
 Dujardinidae 
 Bodomorphidae 
 Proleptomonadidae 
 Allapsidae 
 Viridiraptoridae 
 Pansomonadidae 
 Sainouroidea  [Helkesida ]
 Sainouridae 
 Helkesimastigidae 
 Guttulinopsidae 
 Thecofilosea 
 Phaeodarea  [Tripylea ]
 Phaeoconchia 
 Phaeocystina 
 Phaeogromia 
 Phaeosphaeria 
 Cryomonadida 
 Rhogostomidae 
 Protaspidae 
 Ventricleftida 
 Tectofilosida 
 Chlamydophryidae 
 Ebriacea  [Ebriidae ; Ebriida ]
 Imbricatea  [Imbricatea ]
 Spongomonadida  [Spongomonadidae ]
 Marimonadida 
 Variglissida 
 Silicofilosea 
 Thaumatomonadida  [Thaumatomastigidae ]
 Thaumatomonadidae 
 Esquamula 
 Peregriniidae 
 Euglyphida 
 Euglyphina 
 Assulinidae 
 Sphenoderiidae 
 Trinematidae 
 Euglyphidae  – křeménky
 Tracheleuglypha 
 Cyphoderiidae 
 Paulinellidae 
 Metromonadea 
 Granofilosea 
 Massisteridae 
 Clathrulinidae  [Desmothoracida ]
 Chlorarachnea 
 Endomyxa 
 Vampyrellida 
 Phytomyxea  – nádorovky
 Plasmodiophorida 
 Phagomyxida 
 Filoreta 
 Gromia  – tobolinky
 Ascetosporea 
 Haplosporida  – haplosporidie
 Microcytida 
 Paramyxida 
 Claustrosporidium 
 Paradiniidae 
 Retaria 
 Foraminifera  – dírkonošci
 Monothalamea 
 Tubothalamea 
 Miliolida 
 Spirillinida 
 Ammodiscidae 
 Globothalamea 
 Rotaliida 
 Planorbulinidae 
 Discorboidea 
 Discorbidae 
 Rosalinidae 
 Rotalioidea 
 Elphidiidae 
 Ammoniidae 
 Elphidiellidae 
 Haynesinidae 
 Glabratelloidea 
 Rotaliellidae 
 Buliminoididae 
 Glabratellidae 
 Calcarinoidea 
 Calcarinidae 
 Nummulitoidea 
 Nummulitidae 
 Serioidea 
 Uvigerinidae 
 Bolivinitidae 
 Cassidulinidae 
 Sphaeroidinidae 
 Globobuliminidae 
 Incertae sedis Rotaliida:
 Nonionidae 
 Virgulinellidae 
 Buliminidae 
 Epistominellidae 
 Stainforthiidae 
 Cibicididae 
 Chilostomellidae 
 Pullenidae 
 Nuttalidae 
 Discorbinellidae 
 Astrononionidae 
 Oridorsalidae 
 Melonidae 
 Cymbaloporidae 
 Rubratelliidae 
 Murrayinelliidae 
 Globigerinida  (P)
 Robertinida 
 Textulariida  (P)
 Carterina  [Carterinida ]
 Radiolaria 
 Acantharea  – strontnatci
 Chaunocanthida 
 Holocanthida 
 Symphyacanthida 
 Arthracanthida 
 Taxopodida 
 Polycystinea 
 Spumellaria 
 Nassellaria 
 Collodaria 
 Aquavolonida 
 Tremula  [=Tremulida ]

Incertae sedis EUKARYA 
 "CRuMs"  [Varisulca  (navíc obsahují Ancyromonadida a mohou být parafyletická či polyfyletická)]
 Collodictyonidae  [Diphylleidae ; Diphylleida ; Diphyllatea ; Sulcomonadidae ]
 Rigifilida 
 Mantamonas 
 Ancyromonadida  [=Planomonadida ]
 Hemimastigophora 
 Spironemidae 
 Meteora

Excavata 
 "Excavates" [Excavata ] (P)
 Discoba 
 Jakobida 
 Andalucina 
 Andaluciidae 
 Stygiellidae 
 Histionina 
 Tsukubamonadida 
 Heterolobosea 
 Pharyngomonada 
 Tetramitia 
 Selenaionidae 
 Neovahlkampfiidae 
 Eutetramitia 
 Vahlkampfiidae  (P)
 Gruberellidae 
 Acrasidae 
 Percolomonadidae 
 Psalteriomonadidae 
 Stephanopogonidae 
 Creneidae 
 Tulamoebidae 
 Euglenozoa 
 Euglenida  – krásnoočka
 Heteronematina  (P)
 Aphagea 
 Euglenophyceae  [Euglenea ]
 Rapaza 
 Eutreptiales 
 Euglenales 
 Phacaceae 
 Euglenaceae 
 Diplonemea 
 Diplonemidae 
 Hemistasiidae 
 Eupelagonemidae 
 Symbiontida 
 Kinetoplastea  – bičivky
 Prokinetoplastina 
 Metakinetoplastina 
 Neobodonida 
 Parabodonida 
 Eubodonida 
 Trypanosomatida  – trypanozomy
 Leishmaniinae 
 Malawimonadidae  – malawimonády
 Metamonada 
 Fornicata 
 "Organismy podobné Carpediemonas"  (P)
 Diplomonadida  – diplomonády
 Hexamitinae 
 Giardiinae 
 Retortamonadida  (P) – retortamonády
 Caviomonadidae 
 Parabasalia  – bičenkovci
 Trichomonadida  – bičenky, trichomonády
 Honigbergiellida  (P?)
 Hypotrichomonadida 
 Tritrichomonadida  (P)
 Cristamonadida 
 Spirotrichonymphida 
 Lophomonadida 
 Trichonymphida 
 Preaxostyla 
 Oxymonadida  – oxymonády
 Trimastigidae 
 Paratrimastigidae

Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe 
Systém vznikl již v r. 1998 (i když koncepci 6 říší, z toho 5 eukaryotických, publikoval Cavalier-Smith poprvé již v r. 1981), nadále aktualizovány ale byly (až do r. 2018) jsou pouze jeho části věnované protistním eukaryotům.. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Plantae/Archaeplastida a Neomycota/Dikarya u hub). Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty.

Klasifikační systém Cavaliera-Smithe se stal základem protistního a chromistního systému v řídicí klasifikaci živých organismů použité pro projekty Catalogue of Life a Species 2000.

Systém připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na vyšší taxonomické úrovně (nejníže do úrovně podřádu).

NADŘÍŠE: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Protozoa 
 Říše Protozoa  (P)
 Podříše Eozoa  (P)
 Infraříše a kmen Euglenozoa 
 Podkmen Euglenoida 
 Infrakmen Entosiphona 
 Třída Entosiphonea 
 Řád Entosiphonida 
 Infrakmen Dipilida 
 Nadtřída Rigimonada  (P)
 Třída Stavomonadea 
 Podtřída Homostavia 
 Řád Decastavida 
 Řád Petalomonadida 
 Podtřída Heterostavia 
 Řád Heterostavida 
 Třída Ploeotarea 
 Řád Ploeotiida 
 Nadtřída Spirocuta 
 Třída Peranemea  (P)
 Podtřída Peranemia 
 Řád Peranemida 
 Podtřída Anisonemia 
 Řád Anisonemida 
 Řád Natomonadida 
 Podřád Metanemina 
 Podřád Rhabdomonadina 
 Podtřída Acroglissia 
 Řád Acroglissida 
 Třída Euglenophyceae  – krásnoočka
 Podtřída Rapazia 
 Řád Rapazida 
 Podtřída Euglenophycidae 
 Řád Eutreptiida  (P) [=Eutreptiales]
 Řád Euglenida  [=Euglenales ]
 Podkmen Postgaardia 
 Třída Postgaardea  [=Symbiontida ]
 Řád Postgaardida 
 Řád Bihospitida 
 Podkmen Glycomonada 
 Třída Diplonemea 
 Řád Diplonemida 
 Třída Kinetoplastea  – bičivky
 Podtřída Prokinetoplastina 
 Řád Prokinetoplastida 
 Podtřída Metakinetoplastina 
 Řád Bodonida  (P)
 Podřád Neobodonina 
 Podřád Parabodonidina 
 Podřád Eubodonidina 
 Řád Trypanosomatida 
 Infraříše Excavata  (P)
 Kmen Percolozoa  [=Heterolobosea sensu lato]
 Podkmen Pharyngomonada 
 Třída Pharyngomonadea 
 Řád Pharyngomonadida 
 Podkmen Tetramitia 
 Třída Heterolobosea (sensu stricto)  (P)
 Řád Acrasida 
 Řád Schizopyrenida (sensu stricto) 
 Třída Lyromonadea 
 Řád Lyromonadida 
 Třída Percolatea 
 Řád Percolomonadida 
 Řád Pseudociliatida 
 Kmen Loukozoa  (P)
 Podkmen Eolouka 
 Třída Tsukubea 
 Řád Tsukubamonadida 
 Třída Jakobea 
 Řád Jakobida 
 Podkmen Metamonada 
 Infrakmen Anaeromonada  [Preaxostyla ]
 Třída Anaeromonadea 
 Řád Trimastigida 
 Řád Oxymonadida  – oxymonády
 Infrakmen Trichozoa 
 Nadtřída Parabasalia  – bičenkovci
 Třída Trichomonadea  – bičenky, trichomonády
 Podtřída Eotrichomonadia 
 Řád Trichomonadida 
 Podřád Trichomonadina 
 Podřád Honigbergiellina 
 Podřád Hypotrichomonadina 
 Řád Tritrichomonadina 
 Podtřída Cristomonadia 
 Řád Cristamonadida 
 Řád Spirotrichonymphida 
 Třída Trichonymphea 
 Řád Trichonymphida 
 Řád Lophomonadida 
 Nadtřída Fornicata 
 Třída Carpomonadea 
 Řád Carpediemonadida 
 Řád Chilomastigida 
 Řád Dysnectida 
 Třída Eopharyngea 
 Řád Diplomonadida  [=Diplozoa ] – diplomonády
 Podřád Distomatina 
 Podřád Giardiina 
 Řád Retortamonadida  – retortamonády
 Podkmen Neolouka 
 Třída Malawimonadea 
 Řád Malawimonadida 
 Podříše Sarcomastigota  (P)
 Kmen Amoebozoa  – měňavkovci
 Podkmen Lobosa  (P)
 Nadtřída Cutosa 
 Třída Cutosea 
 Řád Squamocutida 
 Nadtřída Glycopoda 
 Třída Tubulinea  [Lobosea ] – lalokonozí
 Podtřída Neolobosia 
 Nadřád Eulobosia 
 Řád Euamoebida 
 Podřád Amoebina 
 Podřád Nolandina 
 Řád Arcellinida  – krytenky
 Nadřád Trichosia 
 Řád Trichosida 
 Podtřída Leptomyxia 
 Řád Leptomyxida 
 Podtřída Echinamoebia 
 Řád Echinamoebida 
 Třída Discosea 
 Řád Glycostylida 
 Podřád Vannellina 
 Podřád Dactylopodina 
 Podřád Stygamoebina 
 Řád Dermamoebida 
 Řád Thecamoebida 
 Řád Centramoebida 
 Řád Himatismenida 
 Podřád Tectiferina 
 Podřád Parvamoebina 
 Podkmen Conosa 
 Infrakmen Semiconosia 
 Nadtřída Variosia 
 Třída Variosea 
 Řád Holomastigida 
 Řád Phalansteriida 
 Řád Artodiscida 
 Řád Varipodida 
 Řád Protostelida 
 Řád Ramamoebida 
 Nadtřída Mycetozoa  – hlenky
 Třída Stelamoebea 
 Podtřída Exosporeae  [Ceratiomyxomycetidae ]
 Řád Protosporangida 
 Řád Ceratiomyxida 
 Podtřída Dictyostelia 
 Řád Dictyostelida  – diktyostelidy
 Podtřída Myxogastria  [Myxomycetes ] – pravé hlenky
 Nadřád Lucisporidia 
 Řád Liceida 
 Řád Trichiida 
 Nadřád Columellidia 
 Řád Echinosteliida 
 Řád Fuscisporida 
 Infrakmen Archamoebae  – panoženky
 Třída Archamoebea 
 Řád Mastigamoebida 
 Řád Pelobiontida 
 Řád Rhizomastigida 
 Řád Entamoebida 
 Kmen Sulcozoa 
 Podkmen Apusozoa 
 Třída Thecomonadea 
 Řád Apusomonadida 
 Třída Breviatea 
 Řád Breviatida 
 Podkmen Varisulca 
 Nadtřída Multirhiza 
 Třída Diphyllatea 
 Řád Diphylleida 
 Třída Glissodiscea 
 Řád Planomonadida 
 Řád Discocelida 
 Řád Mantamonadida 
 Nadtřída Hilomonadia 
 Třída Hilomonadea 
 Řád Rigifilida 
 Kmen Choanozoa  (P) – trubénky
 Podkmen Choanofila 
 Třída Choanoflagellatea 
 Řád Craspedida 
 Řád Acanthoecida 
 Třída Filasterea 
 Řád Ministeriida 
 Třída Corallochytrea 
 Řád Corallochytrida 
 Třída Ichthyosporea  – plísňovky
 Řád Dermocystida 
 Řád Eccrinida 
 Podřád Trichomycina 
 Podřád Sphaeroformina 
 Podkmen Paramycia 
 Třída Cristidiscoidea  [=Opisthosporidia ]
 Řád Nucleariida  – nuklearie
 Řád Fonticulida 
 Třída Rozellidea 
 Řád Aphelidida 
 Řád Rozellida

Animalia 
Klasifikace (mnohobuněčných) živočichů, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998, je značně zastaralá a proto zde není uvedena (podrobnější aktuální systém, na kterém se Cavalier Smith také podílel, najdete v článku Klasifikace živočichů).
 Říše Animalia  [=Metazoa ] – živočichové

Fungi 
 Říše Fungi  – houby (podrobnější systém je uveden v článku Klasifikace hub)
 Podříše Eomycota 
 Kmen Archemycota 
 Podkmen Chytridiomycotina  – chytridiomycety
 Třída Monoblepharidomycetes 
 Řád Monoblepharidales 
 Třída Chytridiomycetes 
 Podtřída Rumpomycetidae 
 Řád Chytridiales 
 Řád Spizellomycetales 
 Řád Rhizophlyctidales 
 Řád Polychytriales 
 Podtřída Neocallimastigomycetidae 
 Řád Neocallimastigales 
 Podkmen Melanomycotina 
 Infrakmen Allomycotina 
 Třída Allomycetes  [=Blastocladiomycetes ]
 Řád Blastocladiales 
 Řád Physodermatales 
 Infrakmen Zygomycotina 
 Třída Zoomycetes 
 Podtřída Bolomycetidae 
 Řád Olpidiales 
 Řád Basidiobolales 
 Podtřída Pedomycetidae  (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
 Podtřída Entomomycetidae  (řád Entomophorales)
 Třída Glomomycetes 
 Řád Archaeosporales  [=Geosiphonales ]
 Řád Diversisporales 
 Řád Glomerales 
 Řád Paraglomerales 
 Třída Mucoromycetes  (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)
 Kmen Microsporidia  – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
 Podříše Neomycota  [=Dikarya ]
 Kmen Ascomycota  – houby vřeckovýtrusé
 Kmen Basidiomycota  – houby stopkovýtrusé

Plantae 
Klasifikace rostlin, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998, je značně zastaralá a je zde proto uvedena v obecnější verzi z r. 2004, pokrývající pouze nejvyšší taxony a i přesto plně neodpovídjící aktuálním představám o jejich přirozenosti (podrobný aktuální systém s úplným zahrnutím vyšších rostlin, na kterém se však Cavalier-Smith nepodílel, najdete v článku Klasifikace rostlin). 
 Říše Plantae  [=Archaeplastida ] – rostliny
 Podříše Biliphyta  (P)
 Infraříše Glaucophyta  [Glaucophyta ; Glaucocystaceae ; Glaucocystophyta ]– glaukofyty
 Infraříše Rhodophyta  [Rhodophyceae ; Rhodophyta ; Rhodoplantae ] – ruduchy, zastarale červené řasy
 Podříše Viridaeplantae  [Chloroplastida ; Chlorobionta ; Chlorobiota ] – zelené rostliny
 Infraříše Chlorophyta  (v širším smyslu, zahrnuje i Streptophyta kromě vyšších rostlin) (P) – zelené řasy
 Infraříše Cormophyta  [Embryophyta ] – vyšší rostliny

Chromista 
 Říše Chromista  (P)
 Podříše Harosa  [=Sar ]
 Infraříše Halvaria 
 Nadkmen Heterokonta  [=Stramenopiles ]
 Kmen Gyrista 
 Podkmen Ochrophytina  – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)
 Infrakmen Chrysista 
 Nadtřída Limnistia 
 Třída Eustigmatophyceae 
 Třída Chrysomonadea  [=Chrysophyceae] – zlativky
 Třída Picophagea  [=Synchromophyceae ]
 Nadtřída Raphidoistia 
 Třída Raphidomonadea 
 Podtřída Raphidophycidae  (P) – chloromonády
 Podtřída Raphopoda 
 Nadtřída Fucistia 
 Třída Chrysomerophyceae 
 Třída Xanthophyceae  – různobrvky
 Třída Aurophyceae 
 Podtřída Aurearenophycidae 
 Podtřída Phaeothamniophycidae  [=Phaeothamniophyceae ]
 Třída Phaeophyceae  – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
 Podtřída Schizocladiophycidae  [=Schizocladiophyceae ]
 Podtřída Melanophycidae  – chaluhy v užším smyslu (např. řády Ectocarpales, Laminariales, Fucales)
 Infrakmen Diatomista 
 Nadtřída Hypogyrista 
 Třída Dictyochophyceae 
 Podtřída Pedinellia  [=Pedinellophycidae; =Actinochrysea/ia]
 Podtřída Pelagophycidae 
 Podtřída Sulcophycidae 
 Třída Pinguiophyceae 
 Nadtřída Khakista 
 Třída Bolidophyceae 
 Třída Diatomeae  [=Bacillariophyceae] – rozsivky
 Podtřída Corethrophycidae 
 Podtřída Rhizosoleniophycidae 
 Podtřída Eucentricophycidae 
 Podtřída Bacillariophycidae  [=Pennatophycidae]
 Podkmen Bigyromonada  (P)
 Třída Developea  [Biyromonadea ]
 Řád Developayellida 
 Třída Pirsonea 
 Řád Pirsoniida 
 Podkmen Pseudofungi 
 Třída Oomycetes  – řasovky, oomycety
 Třída Hyphochytrea 
 Kmen Bigyra 
 Podkmen Opalozoa 
 Infrakmen Placidozoa 
 Nadtřída Wobblata 
 Třída Placididea 
 Třída Nanomonadea 
 Třída Opalomonadea  [=MAST-12]
 Nadtřída Opalinata 
 Třída Opalinea  – opalinky
 Třída Blastocystea 
 Infrakmen Bikosia 
 Třída Bikosea 
 Podtřída Bikosidia  (řády Bicoecida, Anoecida, Pseudodendromonadida, Borokida)
 Podtřída Rictidia 
 Podkmen Sagenista 
 Třída Eogyrea  (MAST-4, MAST-6, MAST-7-11)
 Třída Labyrinthulea  – labyrintuly
 Bigyra incertae sedis:
 Třída Platysulcea 
 Řád Platysulcida 
 Nadkmen Alveolata 
 Kmen Miozoa 
 Podkmen Protalveolata  (P)
 Třída Colponemea 
 Řád Colponemida 
 Řád Palustrimonadida 
 Třída Acavomonadea 
 Řád Acavomonadida 
 Podkmen Myzozoa 
 Infrakmen Dinozoa 
 Parvkmen Perkinsozoa 
 Třída Perkinsea 
 Řád Acrocoelida 
 Řád Perkinsida 
 Řád Rastrimonadida 
 Třída Squirmidea 
 Parvkmen Dinoflagellata  – obrněnky
 Nadtřída Eodina 
 Třída Myzodinea 
 Řád Myzodinida 
 Třída Oxyrrhea 
 Nadtřída Syndina 
 Třída Endodinea 
 Řád Ichthyodinida 
 Třída Ellobiopsea 
 Třída Syndinea 
 Nadtřída Dinokaryota 
 Třída Peridinea 
 Podtřída Dinophycidae 
 Infratřída Peridinoidia 
 Infratřída Gymnodinoidia  [=Gymnodiniphycidae ]
 Řád Gymnodiniales 
 Řád Spirodinida 
 Infratřída Epidinia 
 Řád Torodinida 
 Podtřída Karlodinia 
 Třída Sulcodinea 
 Řád Gyrodinida 
 Řád Amphidinida 
 Třída Noctilucea 
 Infrakmen Apicomplexa 
 Parvkmen Apicomonada 
 Třída Apicomonadea 
 Podtřída Myzomonadia 
 Nadřád Chromovoridia 
 Řád Algovorida 
 Řád Chromerida 
 Řád Voracida 
 Řád Voromonadida 
 Nadřád Paraconoidia 
 Řád Colpodellida 
 Podtřída Vitrelloidia 
 Řád Vitrellida 
 Parvkmen Sporozoa 
 Třída Paragregarea 
 Třída Gregarinomorphea  – gregariny/hromadinky
 Podtřída Histogregaria 
 Podtřída Cryptogregaria 
 Podtřída Orthogregarinia 
 Třída Coccidiomorphea 
 Podtřída Coccidia  – kokcidie
 Podtřída Hematozoa  [Aconoidasida ] – krvinkovky
 Kmen Ciliophora  – nálevníci
 Podkmen Intramacronucleata 
 Infrakmen Spirotrichia 
 Třída Spirotrichea 
 Třída Cariacotrichea 
 Třída Armophorea 
 Třída Litostomatea 
 Infrakmen Ventrata 
 Třída Phyllopharyngea  (včetně Suctoria)
 Třída Colpodea , včetně Nassophorea  jakožto podtřída Nassophoria
 Třída Prostomatea 
 Třída Plagiopylea 
 Třída Oligohymenophorea  – chudoblanní
 Infrakmen Protocruzia 
 Třída Protocruzea 
 Podtřída Protocruziidia 
 Podkmen Postciliodesmatophora 
 Třída Karyorelictea 
 Třída Heterotrichea  – různobrví
 Infraříše Rhizaria 
 Kmen Cercozoa  – kořenonožci
 Podkmen Reticulofilosa  (P)
 Třída Chlorarachnea 
 Řád Chlorarachnida 
 Řád Minorisida 
 Třída Granofilosea 
 Řád Cryptofilida 
 Řád Desmothoracida 
 Řád Leucodictyida 
 Řád Limnofilida 
 Řád Axomonadida  (X)
 Třída Skiomonadea 
 Řád Tremulida 
 Řád Aquavolonida 
 Podkmen Monadofilosa 
 Nadtřída Eoglissa 
 Třída Metromonadea 
 Řád Metopiida 
 Řád Metromonadida 
 Třída Helkesea 
 Řád Helkesida 
 Nadtřída Ventrifilosa 
 Třída Sarcomonadea 
 Podtřída Paracercomonada 
 Řád Paracercomonadida 
 Podtřída Pediglissa 
 Řád Cercomonadida 
 Řád Glissomonadida 
 Podřád Allapsina 
 Podřád Sandonina 
 Podřád Pansomonadina 
 Třída Imbricatea 
 Podtřída Placonuda 
 Nadřád Nudisarca 
 Řád Variglissida 
 Řád Marimonadida 
 Nadřád Euglyphia 
 Řád Euglyphida 
 Řád Zoelucasida  (X)
 Nadřád Discomonada 
 Řád Discomonadida 
 Podtřída Placoperla 
 Nadřád Placofila 
 Řád Thaumatomonadida 
 Řád Discocelida 
 Nadřád Perlatia 
 Řád Spongomonadida 
 Řád Perlofilida  (X)
 Podtřída Krakenia 
 Řád Krakenida 
 Třída Thecofilosea 
 Podtřída Ventricleftia 
 Řád Ventricleftida 
 Podtřída Eothecia 
 Řád Matazida 
 Řád Ebriida 
 Řád Cryomonadida 
 Podtřída Phaeodaria 
 Řád Eodarida 
 Řád Opaloconchida 
 Podtřída Tectosia 
 Řád Tectofilosida  (nepatří sem dříve zahrnovaná Amphitremida, protože se nejedná o Rhizaria, Cercozoa, ale o Heterokonta/Stramenopiles, Labyrinthulea)
 Podřád Fiscullina 
 Kmen Retaria 
 Podkmen Endomyxa 
 Nadtřída Marimyxia 
 Třída Gromiidea  (P)
 Řád Gromiida 
 Řád Reticulosida 
 Třída Ascetosporea 
 Řád Claustrosporida  (X)
 Řád Haplosporida 
 Řád Mikrocytida 
 Řád Paradinida 
 Řád Paramyxida 
 Nadtřída Proteomyxia 
 Třída Vampyrellidea 
 Řád Vampyrellida  [=Aconchulinida ]
 Třída Phytomyxea 
 Řád Phagomyxida 
 Řád Plasmodiophorida 
 Podkmen Ectoreta 
 Infrakmen Foraminifera  – dírkonošci
 Třída Monothalamea 
 Třída Globothalamea 
 Třída Tubothalamea 
 Řád Miliolida 
 Řád Spirillinida 
 Infrakmen Radiozoa 
 Třída Polycystinea 
 Řád Collodarida 
 Řád Nassellaria 
 Řád Spumellaria 
 Třída Acantharea 
 Řád Arthracanthida  (včetně Symphyacanthida)
 Řád Chaunacanthida 
 Řád Holacanthida 
 Řád Acanthoplegmida  (X)
 Infrakmen Sticholonchia 
 Třída Sticholonchea 
 Řád Taxopodida 
 Podříše Hacrobia  (P)
 Kmen Cryptista 
 Podkmen Rollomonadia 
 Nadtřída Cryptomonada 
 Třída Cryptophyceae 
 Třída Goniomonadea 
 Nadtřída Leucocrypta  [=Kathablepharida ]
 Třída Leucocryptea 
 Podkmen Palpitia 
 Třída Palpitea 
 Podkmen Corbihelia 
 Nadtřída Endohelia 
 Třída Endohelea 
 Nadtřída Corbistoma 
 Třída Picomonadea  – pikomonády
 Třída Telonemea 
 Kmen Haptista 
 Podkmen Haptophytina  [≈Haptophyta ]
 Třída Coccolithophyceae  [=Prymnesiophyceae ] – kokolitky
 Třída Pavlovophyceae 
 Třída Rappephyceae  – rappemonády
 Podkmen Heliozoa 
 Třída Centrohelea  [=Centroheliozoa ] – centrohelidní slunivky

Fylogenetické stromy 
Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu "Tree of Life" a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2020) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2019, případně systém T. Cavaliera-Smithe k r. 2018. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.

Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:
 Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených "superskupin" Amorphea (resp. Podiata, zahrnující navíc téměř všechna bývalá Apusozoa kromě ankyromonád) a Diaphoretickes (obdobná dříve zavedené skupině Corticata).
 Nejsou naopak zobrazeny ještě nadřazenější hypotetické klady Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády) , neboť o pozici kořene eukaryotického fylogenetického stromu není dosud přesvědčivě rozhodnuto.
 Excavata nejsou zobrazena jako klad, protože je zpochybněna jejich monofylie, třebaže ji některé dřívější studie potvrzovaly, ale jako tři samostatné vývojové linie Discoba, Metamonada a Malawimonas.
 Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=Sar: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria), namíslo skupiny Hacrobia s nedostatečně potvrzenou přirozeností uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve – Cryptista a Haptista (s určitou průkazností monofyletismu), a to podle aktuálních (2020) představ o jejich přirozeném postavení, tedy Cryptista jako sesterskou skupinu k Archaeplastida a Haptista jako sesterskou k TSAR.

Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.

Kořen fylogenetického stromu eukaryot 
Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.

V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:

 Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku mitochondrie z endosymbiotické α proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze. Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému "podstromu", dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad Opimoda (Podiata a malawimonády), druhou klad Diphoda (Diaphoretickes a Discoba). Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády. Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti, nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda. Eukaryotický kořen by proto měl ležet mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes, Hemimastigophora a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády), jak ukazuje první schéma vpravo.

 Dosud nevyvrácenou je též hypotéza Thomase Cavaliera-Smithe s eukaryotickým kořenem mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty, vizte druhé schéma vpravo (Varisulca jsou CRuMs doplněná o ankyromonády/planomonády). Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
 Jako spíše překonané je možno považobvat umístění eukaryotického kořene v metamonádách nebo uvnitř Discoba na větvi k jakobidům.

Určitou analytickou podporu nalezly některé další hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:
 Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene na bázi skupiny Archaeplastida. Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedena nebyla.
 Hypotéza s kořenem mezi Opisthokonta a ostatními skupinami byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin, i novější (2022) fylogenomickou analýzou 2 786 genů ve 158 eukaryotických liniích. Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.
 Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními Bikonta a Unikonta). Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělení eukaryot. Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α proteobakterií, ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.

Odkazy

Poznámky

Reference

Externí odkazy 
  Klasifikace eukaryot na Taxonomiconu (lze si vybrat z několika systémů)
  Eukaryota v projektu Tree of Life (Strom života)
  Moderní interaktivní fylogenetický strom organismů Tree to Strain
  Řád z chaosu (článek časopisu Vesmír z r. 2010, zabývající se aktuálním členěním a fylogenezí eukaryot)
  Proměny vyšší systematiky eukaryot a její odraz ve středoškolské biologii (článek časopisu Živa z r. 2016). Dostupné online ve formátu PDF.

Eukaryota
Biologická systematika
Strom života
Klasifikační systémy