Lill-Ysjön kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:

Lill-Ysjön (Junsele socken, Ångermanland), sjö i Sollefteå kommun,  (56,2 ha)
Lill-Ysjön (Vibyggerå socken, Ångermanland), sjö i Kramfors kommun,  (4,91 ha)

Se även
Ysjön

Listor över Sveriges insjöar baserat på namn