Universidad Nacional Mayor de San Marcos
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) es una universidad pública ubicada en la ciudad de Lima, Perú. Es considerada la institución educativa más importante, reconocida y representativa a nivel nacional. Es la primera universidad del Perú y Sudamérica, así como la primera universidad en ser fundada oficialmente por Real Provisión y autorizada por Real Cédula en las Américas, además de ser la de mayor tiempo en funcionamiento ininterrumpido desde su fundación en el continente, por lo que es referida como la universidad más antigua de América y figura en documentos y publicaciones oficiales como «Universidad del Perú, Decana de América». Tuvo sus inicios en los estudios generales que se brindaron en los claustros del convento del Rosario de la orden de Santo Domingo —actual Basílica y Convento de Santo Domingo— hacia 1548. Su fundación oficial fue gestada por fray Tomás de San Martín y se concretó el 12 de mayo de 1551 con el decreto del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico, en 1571 adquiere el grado de pontificia otorgado por el papa Pío V con lo que termina siendo nombrada como «Real y Pontificia Universidad de la Ciudad de los Reyes de Lima». Siendo reconocida por la Corona española como la primera universidad de América fundada oficialmente por Real Cédula, es referida también como «Universidad de Lima» durante todo el Virreinato. A lo largo de su historia, la universidad tuvo bajo tutela un total cuatro colegios mayores: el Colegio Real y Mayor de San Martín y el Colegio Real y Mayor de San Felipe y San Marcos, el Real Colegio de San Carlos —enfocado en derecho y letras, derivado de la fusión de los dos anteriores— y el Real Colegio de San Fernando —enfocado en medicina y cirugía—. En los tiempos de la emancipación adquiere un rol principal en la formación de varios de los líderes gestores de la independencia del Perú. Después de la proclamación de la independencia y durante la república mantiene tanto de manera coloquial como formal —en diversos tratados y documentos históricos— su denominación como «Universidad de Lima» hasta 1946, año en que se oficializa su nombre actual y denominación como universidad Nacional y Mayor.

La Universidad de San Marcos está considerada como la institución peruana de educación superior más importante y representativa por su «tradición, prestigio, calidad y selectividad», siendo además reconocida como la institución de mayor producción científica del Perú. Se ha posicionado en el  lugar a nivel nacional en determinadas ediciones de diversas clasificaciones de universidades, tales como en el primer Ranking Universitario del Perú elaborado por Asamblea Nacional de Rectores del Perú bajo el auspicio de la UNESCO en 2006, en los University Rankings by Academic Performance del URAP Center, en diversas ediciones de la Clasificación mundial de universidades QS por Quacquarelli Simonds, en los Rankings Web of Universities elaborados por CSIC y conocidos como Webometrics, en los University Web Rankings por 4ICU, y en los SIR World Reports por SCImago Research Center; siendo junto a la UPCH y PUCP, una de las tres únicas universidades peruanas que han aparecido en tal posición, así como la única pública en hacerlo. Además, cuenta con licenciamiento institucional de diez años otorgado por la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria (SUNEDU) y con una acreditación institucional internacional que certifica su calidad académica y administrativa. En cuanto a investigación, según información de la base de datos Scopus, la Universidad de San Marcos es a la fecha la  institución peruana en producción de artículos científicos, tanto anualmente como en el acumulado histórico. Diversos peruanos y latinoamericanos influyentes han salido de sus aulas, todos reconociendo y valorando el alto nivel de enseñanza y la activa e importante participación intelectual que tuvo la universidad y su alumnado a través de la historia del Perú. La Universidad de San Marcos ha sido referida muchas veces como un reflejo del Perú por manifestar tanto los avances como las limitaciones que ha tenido el país a lo largo de su historia; además de la valorada diversidad, preparación y activismo de su alumnado. Veintiún Presidentes de la República del Perú, seis candidatos peruanos a los Premios Nobel de Física, Literatura y Paz —del total de siete peruanos nominados entre 1901 y 1971, único periodo difundido actualmente por el Comité Noruego— y un ganador del Premio Nobel —Mario Vargas Llosa, hasta ahora el único peruano con dicho reconocimiento— han sido egresados, investigadores y/o profesores de esta casa de estudios.

En sus 470 años de funcionamiento la Universidad de San Marcos ha pasado por varios locales, de los cuales mantiene y destacan: la «Casona de San Marcos», local histórico de la universidad con más de 400 años de historia —parte del área y de la lista de edificaciones del Centro histórico de Lima que fueron reconocidas como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1988— y que en la actualidad es sede de las principales actividades culturales y de los otorgamientos de altos grados por parte de la universidad; el actual local de la Facultad de Medicina «San Fernando», inaugurado en 1901 para la primera escuela de medicina del país; y la llamada «Ciudad Universitaria», que desde 1960 es su sede principal, allí se ubican la mayoría de facultades, la biblioteca central, el estadio universitario y el rectorado, y se desarrollan la mayoría de actividades académicas y de investigación. Todos estos locales se ubican en el Cercado de Lima. La Universidad de San Marcos cuenta actualmente con 66 escuelas profesionales, agrupadas en 20 facultades, y estas a su vez en 5 áreas académicas, siendo la universidad peruana que abarca mayor cantidad de materias universitarias. Todas las facultades ofrecen tanto programas de pregrado como de posgrado. Cuenta además con diversos centros, instituciones y dependencias, como sus centros culturales, museos, bibliotecas, clínica y consultorios universitarios, fondo editorial, entre otros. Además, a través de su archivo histórico «Domingo Angulo», la universidad preserva documentos y escritos de gran relevancia histórica que datan de los siglos , ,  y . En 2019, el «Fondo Colonial y Documentos Fundacionales de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos: 1551-1852» se incorporó en el Registro de la Memoria del Mundo de la UNESCO, en reconocimiento de su significancia para la memoria colectiva mundial.

Historia

Reseña histórica 

El origen de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es también el origen de la educación superior en el Perú y América. Se remonta a los Estudios Generales llevados en los claustros del Convento del Rosario de la Orden de Santo Domingo—actual Basílica y Convento de Santo Domingo—, cerca de la plaza de Armas de Lima hacia 1548. Tenían como objetivo principal formar y educar al clero en los nuevos territorios incorporados al Imperio español. Posteriormente, el cabildo limeño enviaría a España a fray Tomás de San Martín y al capitán Juan Jerónimo de Aliaga, quienes —en gran parte gracias a las gestiones del primero— consiguen la orden de fundación de la universidad por parte del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico y la reina Juana I de Castilla, hija de los reyes católicos, mediante la Real Provisión expedida el 12 de mayo de 1551 en Valladolid; de ese modo se efectuó oficialmente la fundación de la Real Universidad de la Ciudad de los Reyes, también referida como Real Universidad de Lima. La lectura también de la Real Cédula, que autoriza oficialmente el funcionamiento de la «Universidad de Lima», indica como misión: «adoctrinar a los vecinos de estas tierras en la fe cristiana y el sometimiento al Rey». Con este principio, la universidad comenzó a funcionar oficialmente el 2 de enero de 1553, en la Sala Capitular del Convento de Nuestra Señora del Rosario de la Orden de Santo Domingo , bajo la dirección de su primer rector fray Juan Bautista de la Roca; la cátedra inicial fue dictada por Andrés Cianca y Corona Cosme Carrillo, bajo la supervisión del rector.

La orientación, en principio estrictamente monástica, así como el exclusivismo y conservación de los dominicos, y la continua disminución de miembros de otras congregaciones dio lugar a que los dominicos perdieran el predominio y generó además una reacción por parte de los profesores laicos; el reclamo de mayor apertura los llevó a solicitar a la Real Audiencia el cumplimiento de la Real Cédula de 1570, que disponía una libre elección del rector por parte de los docentes del claustro. El reclamo recayó en el virrey Francisco Álvarez de Toledo quien favoreció y dio fin al reclamo con la elección de Pedro Fernández de Valenzuela el 11 de mayo de 1571, el primer rector laico, y el significativo cambio en la orientación de la universidad. La oficialidad de la universidad es reafirmada por la bula papal Exponi Nobis de San Pío V del 25 de julio de 1571, luego de recibir el Pase Regio del Consejo de Indias; en ella sustraía a los tribunales eclesiásticos al declarar que «absuelve a frailes, lectores, maestros, estudiantes y a cualquiera de vosotros de todas y cualesquiera censuras, sentencias y penas eclesiásticas, por cualquier razón y causa contraídas», asimismo la universidad adquiere con esta bula su grado de pontificia, por lo que pasa a denominarse Real y Pontificia Universidad de la Ciudad de los Reyes de Lima. Producida esta primera reforma, la universidad se traslada a su segundo local, cercano a los extramuros de San Marcelo, donde antes había funcionado el Convento de la Orden de San Agustín. El 6 de septiembre de 1574 se elige por sorteo —entre los nombres de los cuatro evangelistas— la denominación oficial de la universidad, resultando finalmente el nombre oficial de Real y Pontificia Universidad de San Marcos y por ende al evangelista San Marcos como patrono de la institución. En 1575, la universidad cambia otra vez de establecimiento y se sitúa en la antigua Plaza del Estanque, después llamada Plaza de la Inquisición, donde actualmente se encuentra el edificio del Congreso del Perú, lugar donde continuaría su funcionamiento durante toda la época del Virreinato del Perú. 

La oficialmente nombrada Universidad de San Marcos, conocida entonces también como «Universidad de Lima», inicia sus labores en la época virreinal con las facultades de Teología y de Artes, posteriormente se crearían los cánones de Leyes y Medicina, no obstante en lo académico se adoptaron las normas que regían en España, es decir inicia sus funciones con la enseñanza de Filosofía como base para cualquier otro estudio superior. El 7 de julio de 1579 se estableció la «Cátedra de la Lengua General de los indios» para el estudio de la familia de lenguas andinas más extendida entre los nativos durante el Imperio incaico y el Virreinato del Perú: el quechua; su primer catedrático fue Juan de Balboa. El 27 de noviembre de 1579 los profesores solicitaron al rey Felipe II la institución de fuero que regía en la Universidad de Salamanca, figura jurídica medieval —antecedente de la actual autonomía universitaria— que facultaba al rector para que, con exclusión de los tribunales ordinarios, tuviera jurisdicción civil y criminal sobre los miembros del claustro. En 1581, y luego de la presencia absoluta de rectores laicos entre 1571 y 1581, el virrey Francisco Álvarez de Toledo autorizó que clérigos y laicos puedan ser elegidos; así ambos sectores gobernaron de manera alternada la Universidad de San Marcos, durante el periodo colonial, hasta 1820.

El apoyo a la secularización de la Universidad de San Marcos dado por el virrey Francisco Álvarez de Toledo y a la institución del fuero que ejercía su rector, y que también ejerció el rector del Real Convictorio de San Carlos, fundado el 7 de julio de 1770, fueron los factores decisivos que condujeron a la comunidad universitaria, estudiantes y profesores, hacia la realización del ideal boloñés que concebía a la universidad como espacio de libertad. De este modo, empezó a nacer el clima intelectual que posibilitó el cuestionamiento y las críticas al sistema colonial. Entre 1792 y 1811, el anfiteatro anatómico y las cátedras de medicina comenzaron a desarrollarse en el histórico local del Hospital Real de San Andrés. En esa época, tanto la Universidad de San Marcos como el Colegio de Derecho y Letras de San Carlos y el Colegio de Medicina de San Fernando —incorporados a ella posteriormente— comenzaron a ser vigilados cuidadosamente por el Virrey, por el hecho de albergar a profesores y alumnos sospechosos de avizorar y gestionar el fin del régimen colonial y el surgimiento de lo que es hoy la República Peruana. Presumiblemente fueron los privilegios de los que gozaban tanto la universidad y el convictorio, lo que permitió el ingreso del pensamiento de la ilustración en sus claustros, así surgen en su seno los planteamientos doctrinarios teóricos e ideológicos de la emancipación. En 1813, durante la administración del virrey José Fernando de Abascal, fue establecida la Facultad de Medicina «San Fernando» en homenaje al rey Fernando VII de España, en la plaza de Santa Ana —hoy plaza Italia— en el local que ocupó el Ministerio de Gobierno, la facultad se formó tomando como base el Colegio de Medicina del mismo nombre que estuvo ubicado en la plaza del Estanque. A lo largo de su historia, la universidad tuvo bajo tutela un total cuatro colegios mayores: el Colegio Real y Mayor de San Martín y el Colegio Real y Mayor de San Felipe y San Marcos, el Real Colegio de San Carlos —enfocado en derecho y letras, derivado de la fusión de los dos anteriores— y el Real Colegio de San Fernando —enfocado en medicina y cirugía—.

En los tiempos de la emancipación la universidad adquiere un rol principal en la formación de varios de los principales líderes gestores de la independencia del Perú. Desde el punto de vista jurídico con relación a la propiedad, la Universidad de San Marcos que perteneció al Estado monárquico, pasó a pertenecer a la joven República del Perú desde su independencia en 1821. El Primer Congreso Constituyente del Perú, que definió como realidad y como proyecto a la nueva República Peruana, fue presidido inicialmente por quien fue rector de la Universidad de San Marcos, Toribio Rodríguez de Mendoza; de los 64 diputados constituyentes, eran 54 los sanmarquinos y carolinos; y el local donde se reunía esta magna asamblea era la Capilla de la Universidad de San Marcos. Hoy en día, el Congreso de la República del Perú sigue funcionando en ese mismo local. En 1822 la universidad entrega su colección de 50 000 libros para formar la recién fundada Biblioteca Nacional del Perú. En 1840, los Colegios de San Carlos y San Fernando son asumidos por la Universidad de San Marcos. Durante el gobierno de Ramón Castilla, San Marcos fue facultada oficialmente por el presidente para aprobar universidades nuevas y controlar las de reciente creación. A lo largo del siglo , el local de la Universidad de San Marcos fue dejando de lado sus funciones académicas, volviéndose más regular su uso como espacio para las reuniones de la Cámara de Diputados y del Congreso de la República en general. La ausencia de cuidados y el abandono parcial de sus funciones universitarias conllevaron a un gradual deterioro de sus ambientes. Es en este contexto de fines del siglo  que la universidad dona totalmente su local al entonces aún joven Congreso de la República del Perú.

El crecimiento exponencial de la ciudad durante la revolución industrial del siglo , además de los esfuerzos del entonces presidente del Perú Manuel Pardo por mejorar la arquitectura y la planificación urbana de la ciudad durante 1870, obligó a la universidad trasladarse a un nuevo campus adyacente al antiguo monasterio Jesuita donde residía el Real Convictorio de San Carlos —actualmente este es llamado la «Casona del Parque Universitario» o simplemente la «Casona de San Marcos»—. Por esos años San Marcos ya era considerada el núcleo tutelar de las instituciones científicas y culturales durante el Virreinato y la naciente República; a ello se añadía el hecho de que sus profesores, graduados y hasta alumnos formaron parte de misiones que crearon diversas universidades hispanoamericanas.
En 1878, durante el gobierno de Manuel Pardo, se expidió el Reglamento General de Instrucción Pública, instituyéndose el concepto de universidades mayores y menores, correspondiendo a San Marcos el primer título y a las universidades de Arequipa y del Cusco, el segundo. Durante la Guerra del Pacífico y específicamente durante la ocupación de Lima por las tropas chilenas, se toman de la universidad objetos y bienes de arte y culturales, con el fin de ser llevados a Chile, vía marítima. A fines del siglo , la Facultad de Medicina «San Fernando», que estaba ubicada en un local en la antigua plaza de Santa Ana —hoy plaza Italia—, se traslada a su ubicación actual, la del histórico local de la Avenida Grau, en el Centro histórico de Lima. Una vez finalizada la guerra, por ley de 1901 se señala que la educación universitaria peruana corresponde a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y a las menores de Trujillo, Cusco y Arequipa, a las que se unió posteriormente la Universidad Católica de Lima (hoy PUCP) y las escuelas técnicas.

En los inicios del siglo , activistas universitarios promovieron una reforma dentro de la Universidad de San Marcos; este esfuerzo trascendió los límites de la universidad y se convirtió en un reflejo de un gran movimiento social en el Perú. La reforma universitaria planeaba el acceso a la educación de la clase media y popular, que hasta entonces tenía presencia minoritaria en San Marcos. Estos ideales iniciaron una larga tradición de activismo estudiantil en la universidad y alteraron el panorama político peruano. En 1909 los estudiantes de la Universidad de San Marcos tuvieron una activa participación en protestas contra los gobiernos dictatoriales peruanos. En 1916 se constituyó la Federación de Estudiantes del Perú (FEP), liderada principalmente por estudiantes de San Marcos. Las demandas del FEP incluían reformas universitarias como la actualización de los currículos, la remoción de profesorado no capacitado y la eliminación de la interferencia del gobierno peruano en la universidad. Durante el gobierno del presidente Augusto Leguía, se reorganizó el sistema educativo universitario y se concedió la autonomía universitaria. En 1928 se da la visita de al Perú de Herbert Hoover, 31.° presidente de los Estados Unidos. En su discurso durante el banquete que ofreció el presidente peruano Augusto B. Leguía, el presidente estadounidense destacó a Lima como «centro de civilización» y de radiante cultura y a la Universidad de San Marcos como la «decana del saber».

Desde la época virreinal, pasando por la independencia y la república hasta 1946, la universidad fue referida tanto coloquialmente como formalmente —en diversos tratados y documentos históricos— como «Universidad de Lima»; ese año se oficializa su denominación como Universidad Nacional Mayor de San Marcos, nombre que permanece hasta la actualidad. Entre los años de 1950 y 1960, la afluencia de mayor cantidad de alumnos de clase media en la Universidad de San Marcos llevó al gobierno a poner énfasis y crear áreas científicas y de investigación universitaria. En 1951, como conmemoración de los 400 años de fundación de la Universidad de San Marcos, la universidad adquiere un nuevo terreno para construir la nueva Ciudad Universitaria, en ella se inauguró ese mismo año el Estadio de la Universidad de San Marcos. Con motivo del cuatricentenario se realizó también una ceremonia que reunió a los rectores de las principales universidades iberoamericanas, quienes decidieron darle el título y reconocimiento de «Decana de América». Debido a ello —y dada también su primacía en el país— la universidad conserva desde entonces las denominaciones de Universidad del Perú y Decana de América. En 1958, ocurre un significativo incidente en la visita del entonces vicepresidente Richard Nixon, quien luego sería el 37° presidente de los Estados Unidos y también el primer presidente en dimitir tras el escándalo Watergate. Nixon tenía programada una conferencia en la Universidad de San Marcos como parte de su visita a Latinoamérica, sin embargo esta no se dio debido a la protesta de sanmarquinos, quienes se manifestaron en contra de la política de Estados Unidos en la región con frases como: Nixon, Go Home!. Dado el incidente la conferencia fue trasladada a la Universidad Católica de Lima, donde Nixon tuvo una recepción particularmente fría.

A mediados de la década de 1960, por requerimiento de un espacio aún mayor, varias facultades de la universidad empezaron a trasladarse al terreno de la Ciudad Universitaria, donde actualmente se ubican 17 de las 20 facultades de la universidad. Este nuevo campus se ubica en una zona que albergó complejos arqueológicos de la Cultura Maranga, estos fueron restaurados y protegidos —como en el caso de la Huaca San Marcos—, luego de haber sido parcialmente destruidos durante la construcción de la Av. Venezuela en la década de 1940. En 1969 se introduce además el sistema de organización por departamentos académicos —hoy escuelas académicas—. El 22 de septiembre de 1984 fue promulgado el actual estatuto de la universidad. Con cerca de 40 000 estudiantes y más de 4000 docentes, la universidad ofrece estudios de pregrado en 65 áreas, maestrías en 77 y doctorados en 27, siendo hoy en día la mayor oferta académica del país. Cuenta actualmente con 20 facultades agrupadas en 6 bloques principales, sus departamentos académicos publican varias revistas especializadas y operan 3 importantes museos en Lima así como institutos de investigación. Según los criterios e indicadores de la UNESCO, la Universidad de San Marcos es la única universidad del Perú que cubre las diversas áreas del conocimiento tales como ciencias puras, ciencias humanas, ciencias histórico-sociales, ciencias de la salud, ciencias económico-empresariales y técnicas e ingenierías.

Actualmente, pese a las limitaciones de presupuesto en el sistema universitario peruano, la Universidad de San Marcos está considerada como la institución peruana de educación superior más importante y representativa por su «tradición, prestigio, calidad y selectividad de ingreso», siendo además reconocida como la institución de mayor produccción científica del Perú. Ha sido considerada como la mejor del Perú según rankings universitarios como el de la Asamblea Nacional de Rectores del Perú de 2006 que fue auspiciado por la UNESCO, el University Ranking by Academic Performance de 2010, 2011 y 2012 elaborado por el URAP Center, los QS World University Rankings de 2011/2012 y 2012/2013, el SIR World Reports elaborado por SCImago Research Center, el ranking de producción científica nacional de Scopus de 2020, el University Web Ranking por 4ICU de 2015 y 2016, y el ranking mundial de universidades Webometrics del Consejo Superior de Investigaciones Científicas de 2011-I, 2012-I, y 2021-I, en los cuales se ubicó en el  lugar. Además, cuenta con licenciamiento institucional de 10 años otorgado por la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria (SUNEDU) y con acreditaciones institucionales a nivel internacional que certifica su calidad académica y administrativa.

Diferentes peruanos y latinoamericanos influyentes han salido de sus aulas; todos reconociendo y valorando el alto nivel de enseñanza de la universidad como principal ente educativo del país, así como destacando la activa e importante participación intelectual que tuvo la universidad y su alumnado a través de la historia del Perú. Así también, la Universidad de San Marcos ha sido referida muchas veces como un reflejo del Perú por haber manifestado y sido parte tanto de los avances como limitaciones que ha tenido el país a través de los siglos, así como por la diversidad y potencial de su alumnado. En el 2010 se le concede por primera vez el Premio Nobel a un peruano, siendo el escritor samarquino Mario Vargas Llosa el acreedor de esta distinción. Vargas Llosa es uno de los estudiantes más ilustres que ha tenido la Universidad de San Marcos, en tal sentido la universidad le otorgó el título de Doctor honoris causa en el 2001. Como homenaje por la obtención del Premio Nobel, el 30 de marzo del 2011 en el marco de las celebraciones por su 460.º aniversario, la Universidad de San Marcos distinguió a Vargas Llosa con su máxima condecoración: la Medalla de Honor Sanmarquina en el grado de Gran Cruz; además creó una cátedra que lleva su nombre e inauguró una sala museo sobre el escritor y sus años en su alma mater. La ceremonia se realizó en la «Casona de San Marcos» y contó con la participación de intelectuales sanmarquinos quienes también han sido compañeros, amigos y profesores de Vargas Llosa. En 2018, la Benemérita Sociedad Fundadores de la Independencia reconoció a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos como institución Benemérita en virtud de su participación, valor y trascendencia histórica en la construcción y defensa del Perú, colocándose además el estandarte de la universidad en el Salón de los Héroes. En 2019, la universidad otorga, por primera vez en su historia moderna, un grado de doctorado con base en una tesis elaborada y defendida enteramente en quechua, marcando así un hito histórico para el desarrollo de investigaciones en lenguas nativas americanas en la país y la región.

Sobre la importancia de la Universidad de San Marcos en la historia del Perú y América, el Libertador Simón Bolívar dijo el día que recibió el grado de Doctor Honoris Causa:

Sobre la importancia de la Universidad de San Marcos como la más antigua institución universitaria americana, Albert Einstein expresó al recibir el grado de Doctor Honoris Causa en el marco del 400º aniversario de la universidad conmemorado en 1951:

Sobre la importancia de la Universidad de San Marcos, Mario Vargas Llosa, premio Nobel de Literatura 2010, dijo el día que fue condecorado por su alma mater:

La primera y más antigua universidad de América 

La Universidad Nacional Mayor de San Marcos, fundada el 12 de mayo de 1551, es la universidad más antigua de América, al ser la universidad que más tiempo ha funcionado ininterrumpidamente desde su fundación, y la única de las universidades americanas fundadas durante el siglo  en permanecer en operación sin un cierre permanente desde entonces hasta la actualidad. El funcionamiento continuo resulta de relevancia al observar los casos de varias universidades fundadas en la época virreinal que finalmente fueron clausuradas durante las guerras de independencia hispanoamericanas o debido a conflictos internos. En mérito de su antigüedad y continuidad, y con motivo del cuatricentenario de su fundación, en 1951 se realizó una ceremonia que reunió a los rectores de las principales universidades iberoamericanas, quienes decidieron darle el título y reconocimiento de «Decana de América».

Al respecto de la primacía de una universidad en América, existen dos universidades que pueden recibir esta distinción:

 La Universidad Nacional Mayor de San Marcos, que fue la primera universidad fundada por Real Provisión y autorizada por Real Cédula en América, el 12 de mayo de 1551. Esto implica que fue la primera universidad oficial y solemnemente constituida por la Corona española en América, es decir, cumpliendo todas las formalidades reales y canónicas exigidas en la época. El Archivo General de Indias, que cuenta con documentos del período colonial español entre el siglo  hasta el siglo , no contiene documentos oficiales anteriores a 1551 que reconozcan a una universidad o institución de educación superior anterior a la Universidad de San Marcos.

 La Universidad de Santo Tomás de Aquino, que tiene una prioridad extra-oficial entre las universidades de América basándose en la bula In Apostolatus Culmine de Paulo III, de fecha 28 de octubre de 1538. Sin embargo, esta no contó con el pase regio del rey Carlos I de España, es decir, no tuvo la aprobación real requerida sino hasta el 23 de febrero de 1558. El 2 de agosto de 1758, el rey Fernando VI de España emitiría una real cédula prohibiendo a la Universidad de Santo Tomás autodenominarse la primada de América, al no corresponderle tal atribución histórica por encima de las universidades de San Marcos de Lima, México y otras de América. Siglos después, la Universidad de Santo Tomás de Aquino sería clausurada a inicios del siglo  por motivo de las guerras internas acontecidas en República Dominicana.

Es importante mencionar que tanto la Universidad de San Marcos como la Universidad de Santo Tomás de Aquino —y por extensión la Real y Pontificia Universidad de México— comenzaron a funcionar como estudios generales y a entregar títulos en fechas no determinadas antes de oficializarse como universidades, razón por la cual es necesario para los historiadores establecer puntos de partida para el origen de las primeras universidades en América, siendo estos los documentos con los que se autorizó la fundación de cada universidad. Queda en el debate la validez legal y real de cada documento, así como los resultados de futuras investigaciones histórico-jurídicas en torno al surgimiento de la universidad y la educación superior en América.

Símbolos de la universidad 

Desde su fundación en 1551, la Universidad de San Marcos ha tenido diversos símbolos institucionales, entre los cuales destacan los siguientes:
 Escudo: Desde su fundación hasta 1574, el primer escudo oficial mostraba una imagen de la Virgen del Rosario, considerada patrona de los frailes dominicos; a la derecha, una representación del Océano Pacífico y abajo una lima —fruta, en referencia a la ciudad de Lima—. El escudo fue aprobado por el rey Carlos I de España en 1551. Para fines de 1570, después de la bula papal de Pío V, el escudo fue modificado, reemplazando la imagen de la Virgen del Rosario con la del nuevo patrón de la universidad, el apóstol San Marcos. Se ignoran los colores que fueron usados en ese escudo, ya que los documentos en el siglo  estaban únicamente en blanco y negro. No fue sino hasta 1929 que los colores: azul para el océano, negro o marrón para la imagen del santo, celeste para el fondo y plateado para las columnas, se difundieron. El segundo escudo original con la imagen de San Marcos ha sido el símbolo de mayor duración de la universidad: se usó por casi cuatrocientos años. En 1929 se introdujeron oficialmente los colores originales mencionados en los textos antiguos: azul para el océano, negro o marrón para la imagen del santo, celeste para el fondo y plateado para las columnas, etc. Esta última actualización del escudo es la que hoy en día se utiliza, siguiendo una tradición que data de mediados del siglo . A continuación se cita la descripción original que da sobre el escudo la Constitución de la Universidad de San Marcos de 1578:

 Bandera: En manuscritos antiguos se encuentran referencias a un estandarte oficial de la Universidad de San Marcos, se indicaba que estaba compuesto por el escudo mayor de la universidad centrado en un fondo blanco; esta descripción dio lugar a la aparición de estandartes y banderas de la universidad que siguieron dichos patrones durante el siglo ,  y . Durante el siglo  surge la preocupación por oficializar el uso de una bandera institucional única para la universidad. Si bien ya se había generalizado el uso de una bandera blanca con el escudo de la universidad en el centro, recién se oficializa su uso mediante resolución rectoral el 14 de junio del 2010, indicando que por razones históricas se decide ubicar el emblema oficial: escudo de la universidad, sobre un fondo blanco que contiene todas las posibilidades cromáticas del espectro de luz, al hacer referencia a la variedad de colores que distinguen individualmente a cada facultad en las actividades académicas y deportivas.
 Himno: El himno universitario es regularmente interpretado en ceremonias especiales y aniversarios de la Universidad de San Marcos, principalmente por el Coro universitario. La letra del himno fue compuesta por Manuel Tarazona Camacho y la música por Luis Craff Zevallos.

La Universidad Nacional Mayor de San Marcos menciona también otros documentos simbólicos para la universidad. Entre ellos destacan la Cédula Real por la cual el rey Carlos I de España autorizó la fundación de la universidad en 1551, y el Quipu hallado en la Huaca San Marcos, ambos permanecen bajo custodia de la universidad como documentos y materiales de alto valor histórico.

Organización

Gobierno 

La Universidad de San Marcos fue originalmente gobernada por clérigos de órdenes monásticas; durante el periodo de la Ilustración, las reformas Borbónicas la transformaron en una institución secular, que mantiene continuidad hasta hoy en día.

Actualmente, los órganos de gobierno de la universidad son:

 Asamblea universitaria: Es el máximo órgano de gobierno en la universidad. La conforman: el rector y los dos vicerrectores, los decanos de las facultades, el director de la escuela de postgrado, representantes de los docentes, representantes de los estudiantes —que constituyen un tercio del número total de integrantes de la asamblea—, representantes de los graduados, y el presidente de la Federación de estudiantes de la Universidad de San Marcos con derecho a voz, sin voto. También pueden asistir a la asamblea funcionarios administrativos del más alto nivel, cuando son requeridos como asesores, sin derecho a voto. Las principales atribuciones de la asamblea universitaria son: la modificación del estatuto de la universidad, requiriendo en tal caso la mayoría de sus miembros hábiles; aprobar el Plan general de desarrollo y funcionamiento de la universidad y realizar su evaluación anualmente; pronunciarse e intervenir en los asuntos de interés general de la universidad y en los casos especiales que solicite el consejo universitario; del mismo modo, se encarga de la elección del rector y vicerrectores, así como declarar la vacancia de estos cargos.
 Consejo universitario: Es el órgano encargado de la dirección y ejecución de la universidad. Está integrado por el rector —quien lo preside—, los dos vicerrectores, los decanos de las facultades, el director de la escuela de postgrado, representantes de los estudiantes —un tercio del total de miembros del consejo—, un representante de los graduados y el presidente de la Federación de estudiantes de la universidad con derecho a voz, sin voto. Así como en la asamblea universitaria, funcionarios administrativos de más alto nivel pueden asistir al consejo cuando estos son requeridos como asesores, sin derecho a voto. Son atribuciones del consejo: formular el plan general de desarrollo y funcionamiento de la universidad, así como establecer sus políticas; formular y aprobar el reglamento general de la universidad, el reglamento de elecciones y otros reglamentos especiales y presentarlos a la asamblea universitaria para que esta los ratifique, conferir grados académicos y títulos profesionales aprobados por las facultades, otorgar distinciones honoríficas, reconocer y revalidar los estudios y reconocer grados y títulos de universidades extranjeras cuando la universidad esté autorizada para hacerlo.
 Rectorado: El rectorado es el órgano de gobierno universitario constituido principalmente por el rector. El rector es la primera autoridad ejecutiva de la universidad, así como su representante legal y la imagen institucional de ella. La Universidad de San Marcos ha tenido 215 rectores desde su fundación, diversos personajes han asumido el rectorado de la universidad a lo largo de la época virreinal y republicana del Perú, es así que el rector magnificus es también símbolo de la continuidad institucional desde la fundación hasta el presente. En enero de 2016, el consejo universitario designó a Antonia Castro Rodríguez —quien hasta entonces venía desempeñándose como vicerrectora académica— como rectora interina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, para garantizar el adecuado proceso de transición y adecuación a la nueva ley universitaria peruana. En de junio de dicho año, la sucedió como rectora interina Luisa Negrón Ballarte. Posteriormente, mediante sufragio universal, Orestes Cachay Boza resultaría elegido como rector para el periodo 2016-2021 y seguidamente Jeri Ramón Ruffner para el periodo 2021-2026.
 Vicerrectorado: Lo componen dos vicerrectores: uno académico de pregrado y otro de investigación y postgrado. Los actuales vicerrectores de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos son: Carlos Cabrera Carranza como vicerrectora académica de pregrado, y José Niño Montero como vicerrector de investigación y postgrado.

El gobierno y administración de las facultades y escuelas están a cargo de los Decanos y los Directores de Escuela, respectivamente. Además, las unidades de posgrado de cada facultad están a cargo sus respectivos directores, siendo el Director de la Escuela de Posgrado el director general.

Áreas, facultades y escuelas 

La Universidad de San Marcos cuenta con 20 facultades agrupadas en 5 áreas académicas, en las cuales se ofrece 65 programas de pregrado, 77 maestrías y 27 doctorados; siendo así la universidad que cuenta con mayor cantidad de programas de estudio, tanto para pregrado como posgrado, en el Perú. En la actualidad, la organización de la universidad por áreas académicas es supervisada por su Vicerrectorado Académico de Pregrado.

Ciencias de la salud 
El área de Ciencias de la Salud está compuesta por las siguientes facultades:

 Facultad de Medicina «San Fernando» (FMSF): Es la Facultad de Medicina Humana de la Universidad de San Marcos, llamada también Facultad de Medicina «San Fernando», es la primera facultad de medicina del Perú. Su historia se remonta a las primeras cátedras de medicina esbozadas entre las primeras dictadas en la Universidad de San Marcos en el siglo , luego de la creación del Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Fernando en 1811, y finalmente a su instalación oficial como facultad el 6 de octubre de 1856 por Cayetano Heredia. La facultad también recibe coloquialmente el nombre de Facultad de Medicina de Lima. En la actualidad ofrece estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: medicina humana, obstetricia, enfermería, tecnología médica y nutrición. San Fernando envía al extranjero y recibe estudiantes del exterior mediante la Sección de Intercambios Estudiantiles (SIE), aproximadamente el 40% de sus egresados realizan sus estudios de posgrado en el extranjero. Cabe resaltar que en los Exámenes Nacionales de Medicina en el Perú (ENAM), la facultad de Medicina «San Fernando» ha obtenido en numerosas oportunidades el primer lugar.

 Facultad de Farmacia y Bioquímica (FFB): Es la primera institución a nivel universitario en formar químicos farmacéuticos en el Perú. Sus orígenes se remontan a la creación del Protoboticario en 1808 y a la inclusión de la enseñanza de farmacia en el cuadro sinóptico del plan de estudios del Colegio de Medicina, Farmacia y Cirugía. En 1931 se crea la escuela de Farmacia. Sería recién el 29 de octubre de 1943 que la ley aprueba la creación de la Facultad de Farmacia y Bioquímica. La facultad brinda en la actualidad estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: farmacia y bioquímica, ciencias de los alimentos y toxicología.

 Facultad de Odontología (FO): La odontología nace como profesión a nivel nacional como una sección de la Facultad de Medicina de la Universidad de San Marcos en el año de 1868. Sería recién en 1920 que estos estudios se independizan con la creación del Instituto de Odontología. El año siguiente este instituto se incorpora a la universidad y de manera oficial se crea la Facultad de Odontología. En la actualidad el local de la facultad se ubica en el campus universitario y brinda la enseñanza de estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en su escuela profesional de: odontología. Cuenta además con clínicas odontológicas al servicio de la comunidad.

 Facultad de Medicina Veterinaria (FMV): La enseñanza de la medicina veterinaria en el Perú se inicia con la Escuela Nacional de Agronomía. Por otro lado, en 1940 se crea la Sección de Veterinaria en la Escuela Militar de Chorrillos que en 1943 se convertiría en la Escuela Militar de Ciencias Veterinarias. En 1944 las dos escuelas mencionadas se juntan, naciendo la Escuela Nacional de Ciencias Veterinarias, la cual en 1946 se transformaría en la actual Facultad de Medicina Veterinaria, dando inicio en el Perú a la enseñanza de la medicina veterinaria a nivel universitario. En 1956, la facultad se traslada a su actual local en San Borja. Siendo la facultad pionera en la enseñanza de medicina veterinaria en el Perú, ofrece actualmente estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en su escuela profesional de: medicina veterinaria. Cuenta además con una clínica veterinaria al servicio de la comunidad.

 Facultad de Psicología (FPSI): El primer antecedente del estudio de la psicología en el Perú es la creación de la Sección de Psicología en 1955 como parte de la Facultad de Letras de la Universidad de San Marcos. Ya en 1963 se creó el departamento de Psicología y a partir de entonces, y a la par con el desarrollo de la psicología experimental a nivel mundial, se comienza a gestar la creación de la Facultad de Psicología, iniciativa promovida por el psicólogo alemán Walter Blumenfeld; la cual es creada oficialmente en 1988, siendo la primera del Perú. Actualmente la facultad ofrece los estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en su escuela profesional de: psicología, con pre-especialidades en psicología clínica, organizacional, social-comunitaria y educacional, y en su escuela profesional de: psicología organizacional y de gestión humana. Cuenta con diversos laboratorios psicología de experimental, una ludoteca, una clínica docente, consultorios psicológicos al servicio de la comunidad, entre otros.

El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área A, así como las escuelas profesionales que las conforman:

Ciencias básicas 
El área de Ciencias Básicas está compuesta por las siguientes facultades:

 Facultad de Química e Ingeniería Química (FQIQ): Tiene sus antecedentes en la Facultad de Ciencias en la Universidad de San Marcos, creada el 7 de abril de 1855. En esa fecha se iniciaron formalmente los estudios de química en San Marcos a cargo los doctores italianos Antonio Raimondi y José Eboli. En 1935 se crea la especialidad de química en la universidad. En 1946, el entonces presidente José Luis Bustamante y Rivero promulga la Ley 10555, que crea la facultad de Química de la Universidad de San Marcos. El 24 de abril de 1964, se introdujo el estudio de la ingeniería química con lo cual la facultad adquiere la denominación actual de Facultad de Química e Ingeniería Química. Brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en su escuelas profesionales de: química, ingeniería química, e ingeniería agroindustrial.

 Facultad de Ciencias Biológicas (FCB): Tiene sus antecedentes en la creación de la Facultad de Matemáticas y Ciencias Naturales, el 28 de agosto de 1861, que incluía la cátedra de historia natural. El 15 de marzo de 1866, se independizó como Facultad de Ciencias; incluía entonces el área de historia natural, las asignaturas de mineralogía, geología, botánica y zoología. El primer decano fue Antonio Raimondi, estudioso italiano de las ciencias naturales del Perú. Desde los inicios del siglo  tiene a su cargo el Museo de Historia Natural de Lima y otros institutos de investigación. A mediados del siglo  hubo una reforma del programa de estudio de las ciencias biológicas y se dispuso el otorgamiento del título profesional de biólogo. Actualmente brinda estudios de: pregrado, especialización y posgrado; en sus escuelas profesionales de: ciencias biológicas, genética y biotecnología y microbiología y parasitología.

 Facultad de Ciencias Físicas (FCF): Los estudios de la física clásica se iniciaron en la Facultad de Ciencias Matemáticas de la Universidad de San Marcos a mediados del siglo . Sin embargo, el estudio de la física moderna no fue instituido oficialmente sino hasta 1966, con la creación de la Facultad de Ciencias Físicas. Actualmente brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: física, e ingeniería mecánica de fluidos. Tiene a su cargo el Museo Histórico de Ciencias Físicas de la universidad y el Instituto de Investigaciones Físicas.

 Facultad de Ciencias Matemáticas (FCM): La Facultad de Ciencias Matemáticas inicia su funcionamiento en el año 1850. En 1862 se le denominó facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, posteriormente en 1876 toma el nombre de Facultad de Ciencias. De esta facultad saldrían reconocidos científicos y matemáticos como Federico Villarreal y Santiago Antúnez de Mayolo. A fines del siglo  surgiría de esta facultad la iniciativa de crear la actual Universidad Nacional de Ingeniería. Hoy en día, a la facultad se le denomina Facultad de Ciencias Matemáticas, y está ubicada en la Ciudad Universitaria. Brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: ciencias matemáticas, estadística, investigación operativa y computación científica.

El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área B, así como las escuelas profesionales que las conforman:

Ingenierías 
El área de Ingenierías está compuesta por las siguientes facultades:

 Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica (FIGMMG): La enseñanza de la ingeniería geológica se inicia cuando se crea la especialidad de geología en 1935, posteriormente en 1968 se crean los programas académicos de geología e ingeniería geológica. En 1971 se crea la Escuela académico-profesional de Ingeniería metalúrgica. La Escuela de Ingeniería de minas se creó el día 5 de noviembre de 1980. Las Escuela de Ingeniería geográfica se creó al día siguiente, el 6 de noviembre de 1980. En 1983, la asamblea universitaria aprueba la creación de la Facultad de Geología, Minas, Metalúrgica, Ciencias geográficas y Mecánica de fluidos que integraban dichas escuelas profesionales. En 1991, se reestructura la facultad y la escuela de mecánica de fluidos pasa a integrar a la Facultad de Ciencias Físicas. En 2009 y 2014 se crea la Escuela de Ingeniería civil y la Escuela de Ingeniería ambiental respectivamente; siendo esta la conformación final de la actual Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica. Actualmente brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: ingeniería geológica, ingeniería minera, ingeniería metalúrgica, ingeniería geográfica, ingeniería civil e ingeniería ambiental.

 Facultad de Ingeniería Industrial (FII): Tiene su principal antecedente en el programa académico de ingeniería industrial, establecido en 1969. Sin embargo, este programa no funcionó independientemente sino hasta 1982, año en que se separó de las especialidades de ingeniería electrónica e ingeniería de mecánica de fluidos. Sería recién el 7 de diciembre de 1988, que la asamblea universitaria crearía la actual Facultad de Ingeniería Industrial, la misma que se consolida en su organización, con la perspectiva de cumplir a cabalidad con el rol que le corresponde de acuerdo a sus programas de estudio. Brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: ingeniería industrial, ingeniería textil, e ingeniería de seguridad y salud en el trabajo.

 Facultad de Ingeniería Electrónica y Eléctrica (FIEE): Tuvo sus antecedentes en los estudios de eléctrica y electrónica en la Facultad de Ciencias Físicas. Posteriormente estos estudios se independizarían de la facultad y constituirían conjuntamente una nueva, la actual Facultad de Ingeniería Electrónica y Eléctrica de la Universidad de San Marcos. Actualmente brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: ingeniería electrónica, ingeniería eléctrica, ingeniería biomédica e ingeniería de telecomunicaciones.

 Facultad de Ingeniería de Sistemas e Informática (FISI): Su principal antecedente es la Escuela de Computación fundada con la colaboración del gobierno francés en la Facultad de Ciencias Matemáticas en 1969, siendo la primera escuela de computación, sistemas e informática en el Perú. En 1996, se independizan estos estudios con la creación de la escuela académico-profesional de Ingeniería de sistemas. El 30 de octubre de 2000, mediante resolución rectoral, se crea la Facultad de Ingeniería de Sistemas e Informática de la Universidad de San Marcos. Actualmente tiene a su cargo el Centro de Informática de la universidad. Brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: ingeniería de sistemas, e ingeniería de software.

El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área C, así como las escuelas profesionales que las conforman:

Ciencias económicas y de la gestión 
El área de Ciencias Económicas y de la Gestión está compuesta por las siguientes facultades:

 Facultad de Ciencias Administrativas (FCA): Tiene sus inicios en los estudios de administración dados en la Facultad de Ciencias políticas y administrativas, creada en 1875. En 1920 la facultad cambió su denominación a la de Facultad de Ciencias políticas y económicas, reestructurando su plan curricular. En 1943 cambia nuevamente su nombre al de Facultad de Ciencias económicas y comerciales. Hacia 1960 la facultad contaba con la Escuela de administradores. En 1984, se concreta la creación de una facultad independiente para el estudio de la administración, la que es la actual Facultad de Ciencias Administrativas. La facultad brinda actualmente estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en su escuelas profesionales de: administración, administración de turismo y administración de negocios internacionales.

 Facultad de Ciencias Contables (FCC): Se origina con los estudios de contabilidad dados en la Facultad de Ciencias políticas y administrativas, creada en 1875. En 1920 la facultad cambió su denominación a la de Facultad de Ciencias políticas y económicas, reestructurando su plan curricular. En 1943 cambia nuevamente su nombre al de Facultad de Ciencias económicas y comerciales. Hacia 1960, la facultad contaba con la Escuela de contadores. En 1984, se concreta la creación de una facultad independiente para el estudio de la contabilidad, la que es la actual Facultad de Ciencias Contables de la Universidad de San Marcos. Actualmente brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: contabilidad, gestión tributaria y auditoría empresarial y pública.

 Facultad de Ciencias Económicas (FCE): Tiene sus antecedentes en los estudios de economía dados en la Facultad de Ciencias políticas y administrativas, creada en 1875. En 1920 la facultad cambió su denominación a la de Facultad de Ciencias políticas y económicas, reestructurando su plan curricular. En 1943 cambia nuevamente su nombre al de Facultad de Ciencias económicas y comerciales. Hacia 1960, la facultad contaba con la Escuela de economistas. En 1984, se concreta la creación de una facultad independiente para el estudio de la economía, la que es la actual Facultad de Ciencias Económicas. Brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: economía, economía pública y economía internacional.

El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área D, así como las escuelas profesionales que las conforman:

Humanidades y ciencias jurídicas y sociales 
El área de Humanidades y Ciencias Jurídicas y Sociales está compuesta por las siguientes facultades:

 Facultad de Letras y Ciencias Humanas (FLCH): Tiene sus antecedentes en la fundación de la Universidad de San Marcos, cuando esta contaba con las facultades de teología y artes, que luego derivarían en la Facultad de Letras que desarrollaría sus actividades principales en el Patio de Letras de la Casona de San Marcos. En 1854 y bajo el gobierno de Ramón Castilla, adopta el nombre de facultad de Filosofía y Humanidades; en 1876, se le devuelve el título de facultad de Letras. A inicios del siglo , la facultad cambió varias veces de nombre al incluir nuevos programas, hasta que en 1965 le es fijado el nombre actual de Facultad de Letras y Ciencias Humanas. Actualmente se ubica en la Ciudad Universitaria. Brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: literatura, filosofía, lingüística, comunicación social, arte, bibliotecología y ciencias de la información, danza y conservación y restauración. La facultad tiene a su cargo diversos institutos de investigación, museos como el Museo de Arte de la universidad y el Centro de Idiomas de la Universidad de San Marcos.

 Facultad de Educación (FEDU): Tiene sus antecedentes en la cátedra de Pedagogía dictada en la Universidad de San Marcos a partir del 18 de marzo de 1876, con la autorización del entonces presidente del Perú Manuel Pardo y Lavalle. A partir del 1901, la cátedra de Pedagogía formó parte del plan de estudios de la Facultad de Filosofía y Letras como curso obligatorio. El 14 de diciembre de 1925 se creó la sección de Pedagogía en la Facultad de Letras. No sería hasta el 24 de abril de 1946 que con la promulgación del Estatuto Universitario de 1946 se crea, en la Universidad de San Marcos, la Facultad de Educación. En 1984 se crean las escuelas profesionales con las que cuenta hoy en día. Actualmente brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: educación y educación física. Ubicada principalmente en la Ciudad Universitaria, cuenta además con el Colegio de aplicación San Marcos, ubicado en el distrito de Lince.

 Facultad de Derecho y Ciencia Política (FDCP): Sus antecedentes se remontan a la fundación de la Universidad de San Marcos en 1551, cuando se creó dentro de la universidad el Colegio Real Felipe para la enseñanza de leyes. En 1770 se fundó el histórico Real Convictorio de San Carlos —fusionando los existentes Colegio San Felipe de derecho y Colegio San Martín de filosofía y leyes—. En estos claustros se formaron varios ideólogos de la gesta emancipadora sudamericana. Durante el gobierno de Augusto B. Leguía la facultad de jurisprudencia se transformó en la Facultad de Derecho. El 28 de junio de 1935 se dio un nuevo estatuto universitario en el que se la denominó Facultad de Derecho y Ciencia Política como se la conoce hasta la actualidad. Ubicada actualmente en la Ciudad Universitaria, brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: derecho y ciencia política. Cuenta además con un consultorio jurídico gratuito al servicio de la comunidad.

 Facultad de Ciencias Sociales (FCS): Los antecedentes de la facultad se remontan a las creaciones de las primeras cátedras de estudios sociales, tales como las de historia desde 1857, la de sociología desde 1896, y la de arqueología desde 1920. En 1969, con la promulgación de la Ley Orgánica de la Universidad Peruana se crea, en la Universidad de San Marcos, el Departamento de Ciencias histórico-sociales. El 24 de septiembre de 1984, en adecuación a la Ley Universitaria, se estableció una nueva estructura académica administrativa creando la Facultad de Ciencias Sociales agrupando los programas de estudios sociales dictados en la universidad. Ubicada actualmente en la Ciudad Universitaria, brinda estudios de: pregrado, especializaciones y posgrado; en sus escuelas profesionales de: historia, sociología, antropología, arqueología, trabajo social y geografía. La facultad tiene a su cargo el Museo de Arqueología y Antropología de la universidad.

El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área E, así como las escuelas profesionales que las conforman:

Admisión 
La admisión para los estudios de pregrado, que otorgan bachillerato universitario y luego licenciatura, se realiza principalmente mediante un examen de admisión. Si bien existen modalidades para realizar un examen especial por el caso de traslados, extranjeros, primeros puestos de colegios y para discapacitados, el tipo de examen más requerido es el ordinario que se realiza dos veces al año: en marzo y en septiembre. El examen de admisión de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es considerado el examen de admisión a estudios de pregrado más riguroso del Perú, siendo estadísticamente el más selectivo a nivel nacional; esto debido principalmente a la dificultad del mismo y al gran número de postulantes con los que cuenta la universidad. Precisamente, ello se expresa en la fortísima competencia que se genera en la admisión de nuevos alumnos, presentándose al año un aproximado de 60 000 postulantes para alrededor de 6000 vacantes —repartidos en dos procesos de admisión: marzo y septiembre, y que incluye a los postulantes que rinden el examen general ordinario y/o el examen del centro preuniversitario—, siendo aproximadamente un 10% el ratio de selectividad en la admisión. Desde 2016, el nuevo método de evaluación para cada concurso de admisión, es la aplicación del examen de destrezas cognitivas a los postulantes (Prueba DECO®), el cual busca que los postulantes demuestren habilidad y razonamiento crítico, antes que la teorización y el memorismo al responder sobre diferentes temas evaluados. Consta de una evaluación de 100 preguntas -30 de habilidades (5 en idioma inglés) y 70 de conocimientos- el cual dura tres horas. Como referencia, en el 2019 se presentaron 58 516 postulantes para estudios de pregrado. En el caso de los estudios de postgrado, tanto para los estudios de maestrías, especializaciones y doctorados, la admisión se realiza mediante una inscripción en la Escuela de posgrado de la Universidad de San Marcos. Al existir un número de vacantes limitadas, se realiza un examen de admisión que es elaborado y calificado por un jurado especial de acuerdo al área de estudios a la que se postula. En este proceso existe también una alta competencia. En el año 2020, tras la suspensión del primer examen de admisión del 12 de marzo, debido a la pandemia por el COVID-19, y tras pasar más de 6 meses sin la aplicación de la misma, el Consejo Universitario decidió aprobar la aplicación del examen de admisión de manera virtual, siendo el primero de su tipo en la historia de la universidad, los días 2 y 3 de octubre de ese mismo año. Y desde el año 2022, el examen realizado por aspirantes a la Escuela Profesional de Medicina Humana, se toma por separado de los demás postulantes de carreras del Área de Ciencias de la Salud, esto debido a algunos incidentes suscitados en los exámenes del 2022.

Campus 

Desde su fundación, la Universidad de San Marcos ha contado con siete diferentes locales principales, teniendo dos traslados principales durante el siglo , uno a mediados del siglo , y el último a mediados del siglo :

 Primer local: La actual Basílica y convento de Santo Domingo, específicamente en la Sala Capitural del entonces denominado Convento Grande de Nuestra Señora del Rosario de la Orden de los Dominicos. Allí tomó lugar la inauguración de la universidad el 2 de enero de 1553 y fue el principal escenario de sus actividades hasta 1571.
 Segundo local: Corresponde al que se mudó en 1572, la actual Iglesia de San Marcelo. En dicho lugar se realizó en 1574 el sorteo para definir el nombre de la institución, quedando esta nombrada en honor al evangelista San Marcos como "Real y Pontificia Universidad de San Marcos".
 Tercer local: Al que se mudó en 1576 y que corresponde a un histórico edificio ubicado en la entonces Plaza del Estanque, después llamada de la Inquisición y actualmente Plaza Bolívar o del Congreso. Este local fue sede de la universidad por alrededor de 300 años, hasta los inicios de la república. Desde 1822 hasta 1867, la universidad compartió este espacio con el entonces naciente Congreso del Perú. Posterior a ello, San Marcos cambiaría de sede, cediendo totalmente el referido local.
 Cuarto local: Fundado en 1581, corresponde al actual Colegio Real de San Marcos, el cual fue un centro de enseñanza donde se impartían cátedras de cánones y leyes bajo la rectoría del también rector de la Universidad de San Marcos.
 Quinto local: Corresponde al traslado de la universidad al local del antiguo Convictorio de San Carlos, entonces residencia sanmarquina, acontecido en 1867. Dicha sede permanecería por 90 años como la principal de la universiadad. Desde 1992 a la actualidad, en día en dicho local funciona el Centro Cultural de la Universidad de San Marcos.
 Sexto local: El local definitivo de la Facultad de Medicina «San Fernando», el cual inició su edificación en la Avenida Grau a fines del . Este tiene sus antecedentes en la formación sanmarquina en la materia originada en 1634 con las Cátedras Prima y de Vísperas de medicina y en la conformación de la Facultad de Medicina «San Fernando» en 1856, la cual ocupó diversos locales históricos previos a su ubicación actual. También comprende al Jardín Botánico de Lima y la Facultad de Farmacia.
 Séptimo local: La actual Ciudad Universitaria, ubicada entre la Avenida Universitaria y la Avenida Venezuela. Este campus inicia su construcción en 1951, y en los años 60 durante el gobierno de Manuel Prado, la universidad desarrolla su traslado. En ella se ubican actualmente el rectorado, la biblioteca central y 17 de las 20 facultades de la universidad. Además, dentro de sus límites se ubican varias huacas precolombinas.

Ciudad Universitaria 

Desde el año 1966, la Ciudad Universitaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, conocida generalmente como «Ciudad Universitaria de Lima» o simplemente Ciudad Universitaria, es el campus principal de la Universidad de San Marcos y el punto focal de la Avenida Universitaria —al darle a esta su nombre y por ser el punto desde el cual esta vía se expande tanto al norte como al sur—. Sus principales entradas se ubican a en la Av. Universitaria, la Av. Venezuela, la Av. Germán Amézaga y la Av. Óscar Benavides —ex Av. Colonial—, en el distrito de Lima. En la Ciudad Universitaria de San Marcos se ubican las principales instalaciones administrativas de la universidad, como el rectorado. En ella se localizan 17 de las 20 facultades de la Universidad de San Marcos, la biblioteca central, el Estadio de la Universidad de San Marcos, el gimnasio universitario, el comedor de la Ciudad Universitaria y una de las residencias universitarias. Además, la Ciudad incluye el complejo arqueológico de la Huaca San Marcos, que es preservado y estudiado por alumnos e investigadores sanmarquinos.

Desde el año 2007 se estuvieron realizando obras viales en los exteriores de la Ciudad Universitaria. Las obras impuestas por el ex alcalde Luis Castañeda de la Municipalidad Metropolitana de Lima fueron ampliamente cuestionadas por el alumnado Sanmarquino, debido a pretendía mutilar casi 29 000 metros cuadrados del campus, y debido a que la construcción de un anillo vial implicaría la desaparición de áreas verdes y de parte de la zona amortiguamiento necesaria para las actividades académicas en el campus. En el año 2008, especialistas de la Universidad Nacional de Ingeniería y del CDL-Colegio de Ingenieros del Perú se sumaron al oportuno pedido estudiantil para la re formulación de las obras de la municipalidad, señalando que esas obras estaban sobre dimensionadas, que carecían de sustentos técnicos suficientes y que había otras opciones para los flujos de tránsito en la zona. Actualmente, las obras se encuentran paralizadas por una medida cautelar del Instituto Nacional de Cultura (INC), al constatarse que esas obras dañaron parte del patrimonio cultural en la Huaca San Marcos. Finalizada la gestión del ex alcalde Luis Castañeda, se espera un acuerdo entre la nueva gestión de la alcaldesa Susana Villarán y la universidad, que signifique un mejor beneficio para ambas partes y para los vecinos, preservando la integridad de la Huaca San Marcos, conservando la zona de amortiguamiento y las áreas verdes del campus, y no incurriendo en construcciones injustificadas y mal diseñadas. En enero del 2011, la nueva gestión municipal reconoció que el anillo vial era innecesario, dándole la razón a la postura de la Universidad de San Marcos que tenía sustento en las evaluaciones de especialistas del Colegio de Ingenieros del Perú y de la Universidad Nacional de Ingeniería. Representantes de la universidad tomaron esta noticia de la mejor forma, quedando pendiente hasta la fecha una conciliación y acuerdo para el ajuste de la obra para la población universitaria y la comuna limeña.

Biblioteca central 

Desde 1768 la universidad buscó instituir —además de las colecciones propias de cada facultad— una biblioteca central, sin embargo, esta no llegaría a concretizarse del todo hasta 1871. Saqueadas durante la ocupación chilena durante la Guerra del Pacífico, a inicios del  se inició un proceso modernización emprendido por el bibliotecólogo Pedro Zulen y el historiador peruano Jorge Basadre, proceso que logró la reorganización y catalogación total de los títulos habidos. La actual Biblioteca Central «Pedro Zulen» de la universidad es la culminación de varios proyectos de informatización y modernización. La biblioteca central funciona en un edificio de 19.800 m², siendo así la biblioteca universitaria más grande del Perú y una de las más grandes de América Latina. Está constituida de cuatro edificios unidos entre sí, tiene cinco niveles y se ubica en la Plaza cívica del campus universitario.

El edificio tiene la capacidad de atención a 2500 usuarios simultáneamente. Posee un escenario multifuncional, 400 butacas y diversos sistemas de alta tecnología que permiten la vigilancia por video cámara, conexión a Internet, sistemas de videoconferencia, proyectores multimedia, radio enlaces y equipos de audio y sonido profesional. La biblioteca cuenta con todos sus procesos automatizados, como por ejemplo lo relacionado con la adquisición de publicaciones de la universidad, así como la catalogación y clasificación de los textos y recursos que ofrece la biblioteca. La universidad busca digitalizar toda la información de origen nacional que se encuentra en la biblioteca a través de su servicio de biblioteca virtual, de este modo a mediano plazo incluiría colecciones de periódicos y revistas —que datan del siglo —, libros de reconocidos autores peruanos e importantes obras que, por su escaso número o al ser ejemplares únicos, son de uso restringido. La Biblioteca Central «Pedro Zulen», con el auspicio de la UNESCO, dirige la iniciativa de desarrollar e implementar procesos de digitalización y publicación electrónica en el área de las tesis y otros documentos, utilizando para ello estándares internacionales como OAI-PMH, TEI Lite, Dublin Core, ETD-MS, XML, entre otros. Esta iniciativa que ha recibido el nombre de Cybertesis de la Universidad de San Marcos es actualmente el repositorio más grande del Perú.

Sistema de bibliotecas 

Cada una de las facultades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta con su propia biblioteca especializada en las áreas de estudio de cada facultad, estas se conectan entre sí a través del Sistema de Bibliotecas (SISBIB) de la universidad. Actualmente además del sistema de bibliotecas, la Universidad de San Marcos cuenta con la Biblioteca Central «Pedro Zulen», que incluye la mayor parte de los títulos de la universidad, y que dirige la actividad principal del SISBIB. Además de la biblioteca central y de las bibliotecas de cada facultad ubicadas en la Ciudad Universitaria el SISBIB tiene también a su cargo cuatro bibliotecas especializadas localizadas como otras dependencias universitarias: Biblioteca España de las Artes, Biblioteca «Instituto Raúl Porras Barrenechea», Biblioteca del Museo de Historia Natural «Javier Prado», y Biblioteca-Museo «Temple-Radicati».

Clínica y consultorios universitarios 

La actual Clínica de la Universidad de San Marcos, inaugurada en febrero de 1998 reorganizando los consultorios clínicos anteriores, se ubica dentro del campus universitario. En este centro de salud se realizan atenciones a estudiantes, jubilados, docentes, personal administrativo y a la comunidad vecina, realizando operaciones y otros casos de emergencia por traumatismo, quemaduras y lesiones graves. Brinda servicios de farmacia, radiología, atención de enfermedades respiratorias, despistaje de diabetes, despistaje de sida, psicología, odontología, ginecología, cirugía estética, etc. Regularmente realiza, en conjunto con otras instituciones, campañas de vacunación, de donación de sangre y de educación sexual.

Residencias universitarias 
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta con dos residencias universitarias destinadas a sus dos campus principales:

 La Residencia de la Ciudad Universitaria está ubicada en el campus principal, entre las Avenidas Universitaria y Venezuela. Alberga estudiantes hombres y mujeres; provincianos de la costa, sierra y selva del Perú; de todas las especialidades. Esta residencia alberga actualmente 101 estudiantes.

 La Residencia Julio C. Tello está ubicada en la Av. Grau 1190, cerca de la Facultad de Medicina «San Fernando» de la Universidad de San Marcos. Este recinto alberga a estudiantes provincianos —solo varones— de todas las especialidades. Actualmente cuenta con 92 estudiantes.

Estadio de la Universidad de San Marcos 

El Estadio de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, denominado oficialmente como el «Coloso de América», se encuentra ubicado prácticamente en el centro de la Ciudad Universitaria. Sus accesos principales son por la cuadra 5 de la Av. Amézaga y por la cuadra 36 de la Av. Venezuela, en la ciudad de Lima, Perú. Fue inaugurado en 1951 conmemorando los 400 años de fundación de la Universidad de San Marcos. El estadio de San Marcos contó inicialmente con una capacidad total para 70 000 personas, llegando a ser en su momento el estadio de mayor capacidad en el Perú. Recientemente ha sido acondicionado a una capacidad oficial de 32 000 personas. El remodelado recinto será escenario oficial del Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2019 y de los Juegos Panamericanos de 2019.

En el plano local, ha sido el estadio oficial del equipo de fútbol de la universidad, el Club Deportivo Universidad San Marcos, que jugó hasta 2011 en la Segunda División del Perú. Además de la práctica deportiva, el estadio ha sido utilizado también como espacio para el desarrollo de actividades extra-académicas de los estudiantes, docentes y personal administrativo de la Universidad de San Marcos. En los últimos años ha sido también escenario de multitudinarios conciertos, presentándose bandas y artistas como Metallica, Korn, Gustavo Cerati, Marc Anthony, Bon Jovi, Green Day, The Smashing Pumpkins, Fania All-Stars, Iron Maiden, Shakira, Slayer, Van Halen, Bad Religion, Juanes, Aerosmith, Pearl Jam, Noel Gallagher, Lady Gaga, entre otros.

Complejo Casona de San Marcos 

El complejo de la Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es una de las propiedades con mayor trayectoria histórica de la universidad. Actualmente este complejo comprende a la denominada Casona que data de 1605 y donde funcionó el Real Convictorio de San Carlos y la Universidad de San Marcos por muchas décadas antes mudarse a la Ciudad Universitaria, el Panteón de los Próceres y el Parque Universitario, en el cual se puede visitar la Torre Alemana con el reloj universitario y diversos monumentos de intelectuales sanmarquinos, tales como los erigidos a Bartolomé Herrera, Sebastián Lorente e Hipólito Unanue, que son Patrimonio Cultural de la Nación.

Campus San Fernando 

El campus principal de la Facultad de Medicina «San Fernando» de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es el área que comprende la mayor cantidad de facultades — Medicina y Farmacia-Bioquímica — y unidades académicas relacionadas al área de ciencias de la salud de la universidad — Medicina Humana, Farmacia y Bioquímica, Enfermería, Tecnología Médica, Toxicología, Obstetricia, Ciencia de los Alimentos y Nutrición —.  Además de los edificios académicos y administrativos, este campus comprende el Jardín Botánico «San Fernando», el principal jardín botánico de la Universidad de San Marcos, fundado el 18 de marzo de 1787 por el rey Carlos III de España; también comprende al comedor de estudiantes de Cangallo y unas cuadras más allá a la residencia universitaria «Julio C. Tello». Se ubica junto a la Morgue Central de Lima y cerca de dos de los principales centros de salud de la capital: el Hospital Nacional Dos de Mayo y el Hospital Guillermo Almenara Irigoyen, referido antes como Hospital Obrero.

Investigación 

La Universidad Nacional Mayor de San Marcos ha colaborado en el desarrollo científico del Perú a lo largo de su historia. Está entre las 10 universidades peruanas, de más de 80, que realizan investigación con estándares internacionales; esto debido principalmente a que el desarrollo de la investigación no ha sido un área financiada correctamente por el gobierno peruano en las últimas décadas. La Universidad de San Marcos es también actualmente la institución de mayor producción científica del Perú, tanto anualmente como en el acumulado histórico.

En relación con el desarrollo de la actividad investigadora en San Marcos, a mediados del siglo , el gobierno peruano dio disposiciones para poner énfasis y crear áreas científicas y de investigación universitaria. En tal sentido, en esos años, se crearon en la Universidad de San Marcos diversos museos e institutos que han promovido la investigación en diversas ramas del saber humano. Durante los últimos años de la década de 1990 y a inicios del año 2000, la universidad volvió una renovar su sistema de investigación; esta vez enfocando muchos puntos del conocimiento humano a través de la asignación de proyectos específicos a diversos departamentos académicos. En la actualidad, el desarrollo de las investigaciones de la universidad es supervisado por su Vicerrectorado de Investigación y Postgrado.

Institutos de investigación 
Actualmente la Universidad de San Marcos cuenta con 37 unidades académicas de investigación referidas usualmente como institutos. Cada uno de estos se agrupan de acuerdo al área académica en que desarrollan su investigación, así se clasifican principalmente en las áreas de: ciencias de la salud, ciencias básicas, ingenierías, ciencias económicas y de la gestión, y humanidades y ciencias jurídicas y sociales. De acuerdo a sus áreas de estudio, los centros de investigación cuentan con museos y laboratorios especializados donde exhiben y realizan estudios en materias concernientes a sus áreas. Cada instituto también cuenta con sus propias publicaciones donde presentan informes y resultados de los trabajos y estudios de sus investigadores. Además de estos institutos, la Universidad de San Marcos también tiene a su cargo otros importantes institutos, museos, centros, bibliotecas, y seminarios en Lima que —de forma no obligatoria— realizan investigaciones conjuntamente con sus facultades afines.

Desde 2015, luego de ganar el primer concurso de centros de excelencia convocado por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONCYTEC), la Universidad de San Marcos cuenta también con el Centro de Investigaciones Tecnológicas, Biomédicas y Medioambientales (siglas: CITBM), siendo este el primer centro de excelencia del Perú dedicado a la integración de la investigación científica con el desarrollo y la innovación tecnológica. Está liderado por la Universidad de San Marcos y conformado por tres empresas nacionales y tres centros de excelencia internacionales. Cuenta además con varios colaboradores nacionales e internacionales. Las dos líneas de investigación del centro son: biotecnología y salud; y agua, suelo y sociedad.

A continuación se brinda una relación de las principales institutos de investigación de la Universidad de San Marcos:

A continuación se describen algunos de los institutos de investigación de la Universidad de San Marcos anteriormente mencionados:

 Instituto de Investigaciones Clínicas: Es el instituto encargado de estimular, coordinar y realizar investigación básica y aplicada en medicina, en el contexto de los problemas de interés nacional o regional.

 Centro de Investigación en Bioquímica y Nutrición «Alberto Guzmán Barrón»: Fundada en 1957, es el centro responsable de la investigación científica básica y aplicada en los campos de bioquímica, de la nutrición, salud, biología molecular, genética molecular y de áreas relacionadas, dando prioridad a las líneas de investigación que ayudan a resolver los problemas de interés nacional.

 Instituto Nacional de Biología Andina: Es el organismo responsables de la investigación orientada al mejor conocimiento de los problemas de la vida en la altura, en los aspectos genético, morfológico, bioquímico, fisiológico, patológico, sociológico, antropológico, etc.

 Instituto de Patología: Es la unidad encargada de contribuir a la investigación y al desarrollo científico-técnico nacional en el campo de la patología humana.

 Instituto de Medicina Tropical "Daniel A. Carrión" (IMT): Fue creado en 1963 por un convenio entre el gobierno alemán y la Universidad de San Marcos, fue el primer instituto especializado la investigación y tratamiento de enfermedades tropicales e infecciosas en el Perú. Gracias a este instituto la Facultad de Medicina «San Fernando» ha sido designada por el Ministerio de Salud del Perú como el principal centro de referencia para la lepra en todo el país. Actualmente ofrece a la comunidad, principalmente a personas de bajos recursos económicos, atención médica especializada en enfermedades infecciosas y tropicales, tanto en consultorio externo como en análisis de laboratorios, a precios asequibles.

 Instituto de Ética en Salud: Organismo encargado de garantizar el desarrollo ético de las investigaciones médicas y de salud producidas por la universidad.

 Unidad de Investigación de la Facultad de Farmacia y Bioquímica: Esta encargado de planificar y coordinar las actividades de investigación tanto del Instituto de Química Biológica, Microbiología y Biotecnología, como del Instituto de Recursos Naturales y Terapéuticos «Juan de Dios Guevara». Así también, desarrolla talleres y jornadas de investigación en coordinación con los institutos de su facultad.

 Instituto de Investigación de Ciencias Farmacéuticas y Recursos Naturales «Juan de Dios Guevara»: Es el organismo de la universidad responsable de las investigaciones sobre ciencias farmacéuticas y sobre recursos naturales y terapéuticos.

 Instituto de Investigación en Química Biológica, Microbiología y Biotecnología «Marco Antonio Garrido Malo»: Es el organismo encargado de las investigaciones en materia de química biológica, microbiología y biotecnología de la universidad.

 Centro Latinoamericano de Enseñanza e Investigación en Bacteriología Alimentaria: Es la unidad de la universidad responsable de desarrollar investigaciones y capacitaciones en materia de bacteriología alimentaria.

 Instituto de Investigaciones Estomatológicas: Es la unidad responsable de las investigaciones en estomatología de la universidad, así como de la publicación y difusión de estas a través de su revista académica y jornadas científicas.

 Instituto Veterinario de Investigaciones Tropicales y de Altura (IVITA): Creado en 1961, es el centro de investigación perteneciente encargado de las investigaciones en medicina veterinaria y zootecnia. Actualmente, posee cuatro estaciones experimentales: dos en ecosistemas andinos (El Mantaro y Maranganí-La Raya) y dos en ecosistemas de trópico húmedo (Pucallpa e Iquitos).

 Instituto de Investigaciones Psicológicas (IIPSI): Es la unidad encargada de desarrollar las actividades de investigación en relación con el área de la psicología. El instituto también promueve y supervisa los proyectos de investigación de los docentes y estudiantes de psicología de la universidad.

 Instituto de Investigación de Ciencias Biológicas «Antonio Raimondi» (ICBAR): Fundado en 1977, esta unidad se encarga del desarrollo investigaciones sobre la biodiversidad y ecología, biotecnología, salud y sanidad, producción y manejo de recursos biológicos, así como su difusión, preservación, utilización y transferencia tecnológica dentro de las normas que rigen la vida académica de la universidad. El instituto realiza anualmente desde 1991 la Reunión Científica ICBAR, de gran importancia en el ámbito nacional.

 Instituto de Investigación de Física: Es el centro encargado de las investigaciones en materia de física y áreas afines. También se encarga del desarrollo de coloquios y jornadas científicas enfocadas en estudiantes y profesores-investigadores.

 Instituto de Investigación de Ciencias Matemáticas: Fundado en 1992, es la unidad responsable de investigaciones en la áreas de la matemática pura, matemática aplicada, estadística, computación científica e investigación operativa.

 Unidad de Investigación de la Facultad de Química e Ingeniería Química: Es la unidad a cargo de las investigaciones transversales de química e ingeniería química, sí como de coordinar la interrelación e investigaciones de los institutos específicos para cada una de dichas áreas.

 Instituto de Ciencias Químicas: Esta unidad de investigación coordina el desarrollo de las actividades de investigación relacionadas con la ciencia química, tanto de forma teórica como experimental. Ha involucrado estudios químicos, estudios de fenómenos físico-químicos, fitoquímicos, modelos de interacción, síntesis de compuestos, entre otros.

 Instituto de Ingeniería Química: Este instituto se encarga del desarrollo de trabajos e investigaciones que involucren la ingeniería química. En tal sentido comprende estudios de ingeniería ambiental, cinética química, catálisis y biotecnología, síntesis de compuestos, estudio de fenómenos físico-químicos, entre otros.

 Instituto de Investigación de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica (IIGEO): Encargado de diseñar líneas y estrategias de investigación y desarrollo acordes con el planteamiento de proyectos técnicos y científicos que promuevan el desarrollo local, regional y nacional. Ejecuta proyecto en las siguientes líneas de investigación: ingeniería geológica, ingeniería de minas, ingeniería metalúrgica, e ingeniería geográfica.

 Instituto de Investigación de Ingeniería Industrial (IIII): Es el instituto responsable de la investigación en materia de ingeniería industrial. Entre sus líneas de investigación comprende los temas de tecnologías de la información, gestión y producción industrial, diseño y tecnología industrial, y diseño y tecnología textil.

 Instituto de Investigación de Ingeniería Electrónica y Eléctrica: Tiene la responsabilidad de conducir y desarrollar todas las actividades inherentes al campo de la investigación en las áreas de la ingeniería electrónica y eléctrica. Integra, coordina y ejecuta los proyectos de los profesores y alumnos de la facultad dedicados a la investigación.

 Instituto de Investigación de Ingeniería de Sistemas e Informática (IIFISI): Esta unidad tiene la misión de promover la mejora de la producción intelectual correspondiente a las áreas de ingeniería de sistemas e informática, e ingeniería de software de la universidad.

 Instituto de Investigación de Ciencias Administrativas (IICA): Es el organismo a cargo de las actividades de investigación relacionadas con las ciencias administrativas. Busca desarrollar proyectos de investigación de calidad e innovación a nivel nacional.

 Instituto de Investigación de Ciencias Financieras y Contables (IICFC): Es la unidad responsable de la invesitgación en materia de ciencias financieras y contables. Desarrolla proyectos que fomentan la actualización profesional y el análisis de la investigación contable, social y de gestión empresarial.

 Instituto de Investigaciones Económicas (IIE): Es el organismo responsable de la producción de investigación en economía, abarcado las áreas de teoría económica, economía pública y economía internacional.

 Instituto de Investigaciones Humanísticas (IIH): Este instituto tiene la misión de formar investigadores en el campo de las humanidades: literatura, arte, ciencias de la comunicación y de la información, y filosofía; así como la de fomentar la investigación y la publicación de los resultados de las investigaciones realizadas en el instituto. Realiza regularmente seminarios, coloquios, debates, talleres, conferencias, simposios, congresos, mesas redondas y cursos de capacitación para sus miembros investigadores.

 Instituto de Lingüística Aplicada (CILA): Fue creado en 1972 como Centro de Investigación de Lingüística Aplicada, nombre que mantuvo hasta 1984. Desde hace más de 20 años viene haciendo investigaciones de la diversidad lingüística y cultural del Perú, en las que incluye a las lenguas y dialectos andino, amazónicos e hispánicos.

 Instituto del Pensamiento Peruano y Latinoamericano (IPPLA): Ha podido diseñar y ejecutar proyectos de investigación sobre diferentes aspectos del pensamiento peruano. En principio el instituto tiene como finalidad realizar investigaciones sobre el pensamiento peruano y latinoamericano, dentro de ello se ha concentrado fundamentalmente y prioritariamente en las siguientes áreas: pensamiento estrictamente filosófico, pensamiento científico-tecnológico, pensamiento ideológico-político, pensamiento teológico-religioso, y pensamiento estético-artístico-literario.

 Instituto de Investigaciones Lingüísticas (INVEL): Fue creado como organismo del departamento académico de lingüística para realizar trabajos de investigación en las áreas básicas de lingüística general (teórica), lingüística aplicada, lingüística hispánica y lingüística amerindia.

 Instituto de Investigaciones Educativas: Busca desarrollar estrategias y metodologías de enseñanza que permitan maximizar el potencial intelectual del estudiantado. Sus principales áreas de investigación son: administración y planificación de la educación, formación magisterial, diseño curricular, y evaluación pedagógica.

 Unidad de Investigación de Derecho y Ciencias Políticas: Fundada en 1998, es la encargada de la elaboración de trabajos de investigación sobre las disciplinas jurídicas y de ciencia política, así como de la presentación de estas en eventos académicos pertinentes.

 Instituto de Investigación Histórico Sociales: Fundado en 1988, es el instituto responsable de las investigaciones y publicaciones de la universidad en el ámbito de las ciencias histórico-sociales. Coordina además diversas actividades académicas relacionadas con los precesos de investigación social.

Grupos de investigación 
Además de los institutos de investigación, la universidad cuenta con alrededos de 500 grupos de investigación agrupados por áreas académica y facultad, estos son los núcleos de investigación de temáticas específicas que operan bajo el liderazgo de docentes investigadores apoyados por estudiantes, egresados e investigadores asociados.

Producción y publicaciones científicas 
Según el balance anual que elabora el Consejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica (CONCYTEC) del Perú en el año 2009, el 20% de la producción científica peruana fue generada por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, lo que la convierte en la institución peruana de mayor producción científica en todas las líneas de actividad. De la misma forma, según el Ranking Iberoamericano de instituciones de investigación —elaborado por SCImago research group—, la Universidad de San Marcos se posiciona en el Perú como la principal universidad pública en actividad investigadora y publicaciones científicas. Varias publicaciones científicas de la Universidad de San Marcos y sus institutos de investigación aparecen en prestigiosas revistas de divulgación científica, como en las revistas Nature y Science. Entre los temas de investigación más relevantes publicados en las últimas décadas destacan las investigaciones que se vienen realizando en la ciudadela de Caral, investigaciones médicas sobre la diabetes, y los descubrimientos del fósil del cetáceo gigante prehistórico: Livyatan melvillei, del pingüino gigante prehistórico: Inkayacu paracasensis, y del primer fósil de Plesiosaurio localizado en territorio peruano.

A continuación se incluye el número de publicaciones científicas de la Universidad de San Marcos desde 1990 hasta el 2019 (año más reciente de data publicada y considerada por la edición 2021 del SCImago Institutions Rankings):

Las principales publicaciones científicas de la Universidad de San Marcos se realizan en las revistas académicas Alma Máter —humanidades, ciencias sociales, y ciencias empresariales— y Theorema —ciencias básicas, ciencias de la salud, e ingenierías—, y en las 20 revistas oficiales de cada una de las facultades de la universidad, las cuales se listan a continuación —es preciso indicar que además de las revistas listadas abajo, cada escuela profesional cuenta también con una revista académica propia:

A continuación se da una breve descripción de las principales publicaciones académicas de las facultades de la Universidad de San Marcos, listadas anteriormente:

 Anales de la Facultad de Medicina: Es la principal publicación oficial de la Facultad de Medicina «San Fernando» destinada a la difusión de asuntos de educación, investigación y temas relacionados con la medicina, a la práctica médica, a la enseñanza médica universitaria y al mejoramiento de la salud pública.

 Ciencia e Investigación: Es una publicación del Instituto de Investigación de la Facultad de Farmacia y Bioquímica. Se encarga de publicar artículos de carácter científico, originales e inéditos en el campo de las ciencias farmacéuticas y biomédicas.

 Odontología Sanmarquina: Es la revista científica publicada por el Instituto de Investigación Estomatológica de la Facultad de Odontología. Difunde información científica y técnica relacionada con las áreas de la estomatología y odontología.

 Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú: La principal revista de la Facultad de Medicina Veterinaria difunde artículos científicos originales relacionados con el campo de las ciencias veterinarias, especialmente en las áreas de producción y salud animal, salud pública y educación veterinaria, así como en las áreas de anatomía, histología, farmacología, fisiología, nutrición, forrajes y genética. Los trabajos tratan sobre animales de compañía, de producción, de fauna silvestre y de laboratorio.

 Revista de Investigación en Psicología: Es una publicación del Instituto de Investigaciones Psicológicas de la Facultad de Psicología, dedicada a difundir las investigaciones en los temas de la psicología científica, en todas las áreas de investigación, en las modalidades cualitativas y cuantitativas.

 Revista Peruana de Química e Ingeniería Química: Es una publicación científica semestral editada por la Unidad de Investigación de la Facultad de Química e Ingeniería Química. La revista difunde artículos científicos originales e inéditos en el campo de las ciencias químicas y de la ingeniería química, elaborados tanto por investigadores nacionales como extranjeros.

 Revista Peruana de Biología: Es una publicación científica arbitrada producida por el Instituto de Investigaciones de Ciencias Biológicas «Antonio Raimondi», de la Facultad de Ciencias Biológicas de la universidad. Se encarga de publicar artículos completos, originales e inéditos en los temas de biodiversidad, biotecnología, ecología, manejo ambiental y biomedicina.

 Revista de Investigación de Física: Es una publicación científica arbitrada, editada por la Facultad de Ciencias Físicas. Se dedica a la publicación de artículos de contribución en física y artículos de enseñanza de la física que resulten de un proceso riguroso de iniciación científica y entrenamiento en investigación.

 Pesquimat: Es una publicación del Instituto de Investigación de la Facultad de Ciencias Matemáticas. Difunde artículos originales e inéditos que contribuyen al conocimiento en las áreas de matemática pura, estadística, investigación operativa y computación científica.

 Revista del Instituto de Investigación de la Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica: Es una publicación del Instituto de Investigación de la Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica que se encarga de publicar resultados de investigaciones originales e inéditas en el área de ciencias de la tierra.

 Industrial Data: Es la principal publicación científica, de periodicidad semestral, editada por el Instituto de Investigación de la Facultad de Ingeniería Industrial. Se publican trabajos de investigación originales e inéditos en el campo de la ingeniería industrial y áreas afines.

 Electrónica-UNMSM: Es la revista científica editada por el Instituto de Investigación de la Facultad de Ingeniería Eléctrica y Electrónica. Difunde artículos primarios y originales en los temas de ingeniería eléctrica, electrónica, telecomunicaciones, tecnologías de la información, telemática, entre otros.

 Revista de Investigación de Sistemas e Informática: Es una publicación científica editada por el Instituto de Investigaciones de la Facultad de Ingeniería de Sistemas e Informática. De periodicidad semestral, se dedica a publicar artículos originales e inéditos en los temas relacionados con el campo de la ingeniería de sistemas, ingeniería de software, ciencias de la computación e informática.

 Gestión en el Tercer Milenio: Publicado por la Unidad de Investigación de la Facultad de Ciencias Administrativas, incluye los resultados de investigaciones en el campo de la administración desarrolladas por docentes e investigadores, así como aportes de profesionales del mundo académico y empresarial.

 Quipukamayoc: Es la revista de investigación contable editada por el Instituto de Investigación de la Facultad de Ciencias Contables, que promueve y difunde artículos sobre temas de actualidad contable de alto nivel académico, tanto para la comunidad universitaria como empresarial.

 Pensamiento Crítico: Es publicada por el Instituto de Investigación de la Facultad de Ciencias Económicas, difunde trabajos que abordan los problemas de la economía desde distintas perspectivas. La revista busca ser un espacio para el debate académico que abarque los distintos campos de la economía.

 Letras: Es la revista de difusión científica de la Facultad de Letras y Ciencias Humanas, destinada a la publicación de artículos de investigación, revisión bibliográfica y artículos de opinión vinculados a los estudios humanísticos en el ámbito peruano y latinoamericano.

 Escritura y Pensamiento: Revista publicada por la Unidad de Investigaciones de la Facultad de Letras y Ciencias Humanas, dedicada a temas académicos y de investigación en humanidades —literatura, arte, ciencias de la comunicación y de la información, y filosofía—, lingüística y sobre el pensamiento peruano y latinoamericano.

 Investigación Educativa: Revistas de investigación publicada por el Instituto de Investigación de la Facultad de Educación. Difunde los trabajos de investigación realizados por sus docentes miembros en los campos de la educación y academia.

 Docentia et Investigatio: Es una publicación de la Unidad de Investigación de la Facultad de Derecho y Ciencia Política. Difunde los trabajos de investigación que realizan los docentes y alumnos de la facultad en el afán de contribuir al desarrollo de las ciencias jurídicas y la ciencias políticas.

 Investigaciones Sociales: Es una publicación científica producida por el Instituto de Investigaciones Histórico Sociales de la Facultad de Ciencias Sociales. Su propósito principal es contribuir al esfuerzo que despliegan las ciencias sociales en el Perú, con el examen riguroso de la naturaleza y el contenido de las trasformaciones de la sociedad y la cultura peruana y latinoamericana.

Fondo editorial 

El Fondo Editorial de la Universidad de San Marcos es la división encargada de publicar libros, revistas y periódicos bajo el sello de la universidad, luego de que las propuestas hayan superado rigurosas instancias de selección. Para que un trabajo consiga ser publicado, debe de también cumplir con las normas de publicación impuestas, así como con el manual de estilo que el sello indica a través de su página web. Las publicaciones se realizan tanto en formato tradicional como formato impreso y vía Internet. Las publicaciones del fondo editorial pueden adquirirse en la librería y centro de producción de la universidad: CENPROLID, ubicado en la "Ciudad Universitaria".

Cultura y patrimonio

Centros culturales 
En la actualidad la Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta con dos importantes centros culturales en dos de sus edificios históricos. La conocida Casona de San Marcos —su principal centro cultural— y el Colegio Real de San Marcos.

Casona de la Universidad de San Marcos 

El Centro Cultural «La Casona» de San Marcos (siglas: CCSM), comúnmente conocido como «la Casona» del Parque Universitario, es el principal local histórico de la universidad. Fundado como sede del noviciado jesuita de San Antonio Abad, se convierte en la sede central de la universidad el año 1861, quedando como tal hasta mediados del siglo , cuando la universidad se traslada a su actual campus de la Ciudad Universitaria. Tras su reciente restauración, la «Casona» es el principal referente de la actividad cultural y artística de la Universidad, y una de las construcciones mejor conservadas de la época colonial en la ciudad de Lima. Es uno de los principales atractivos turísticos del Centro histórico de Lima. El complejo forma parte del área y de la lista de edificaciones del centro histórico de la capital que en 1988 fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.

La historia de la Casona se remonta al año 1605, cuando Antonio Correa Ureña hace entrega a los jesuitas de un importante donativo para la construcción de su noviciado o casa de probación. En los primeros años el complejo consistía tan solo de una capilla y dos patios. Tras su destrucción por el terremoto de 1746 fue reconstruida por los jesuitas siguiendo el mismo trazado anterior. Permanecería así hasta 1767, cuando expulsada la orden jesuita del Virreinato del Perú, pasa a ser el local del Real Convictorio de San Carlos. En 1821, proclamada la independencia del Perú, el complejo de la Casona pasó a ser el local principal de la Universidad de San Marcos, alcanzando entonces su máximo esplendor. El salón general de la Casona sanmarquina tuvo importancia histórica como local del primer Congreso Constituyente del Perú en tiempo de independencia, además de ser testigo de los sucesos de la guerra del Pacífico con la invasión chilena en Lima y la destrucción y apropiación de varias de sus colecciones.

Desde el traslado de la universidad, la Casona permaneció como un local de gran valor histórico e importancia no solo para la universidad sino para la ciudad, razón por la cual en 1989 la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI) y el Instituto Nacional de Cultura suscriben un convenio Perú-España para conseguir la restauración del complejo arquitectónico y adecuándolo a nuevo uso como espacio dedicado a la cultura, investigación y creación artísticas. En la actualidad la Casona, como Centro Cultural de San Marcos, ofrece cursos de extensión cultural, exposiciones y es sede de varios museos universitarios y centros de investigación. Dentro de la Casona destaca el Salón de Grados —antigua Capilla de Loreto—, donde se realizan las ceremonias oficiales de los doctorados honoris causa que otorga la universidad.

Colegio Real de la Universidad de San Marcos 

El Centro Cultural «Colegio Real» de las Culturas Peruanas Contemporáneas, constituido como tal en el 2006, es el segundo centro cultural de la Universidad de San Marcos y también uno de los edificios históricos de Lima al localizarse en los ambientes del antiguo «Colegio Real» de San Marcos que data del período colonial, al costado del Congreso de la República del Perú. Está conformado por tres dependencias de la universidad: El Instituto de Lingüística Aplicada CILA, el Archivo Histórico «Domingo Angulo» de la Universidad de San Marcos, y del Seminario de Historia Rural Andina. Regularmente se realizan exposiciones y muestras, que principalmente toman lugar en la sala de exposiciones del Colegio Real.

La historia del Colegio Real se remonta a fines del siglo , cuando fue fundado por iniciativa del virrey Francisco Álvarez de Toledo en 1592. Fue un colegio con estudios de cánones y leyes, para la educación de los hijos, nietos y descendientes de los conquistadores españoles y pobladores del reino, así como para las personas de reconocidos méritos. El rector del colegio era también el rector de la Universidad de San Marcos; la administración cotidiana del colegio recaía en el vicerrector, que residía en el claustro. Ambos cargos tenían una duración de dos años y se mantenían aún en el caso de que el rector dejase de serlo de la Universidad. El bienio rectoral corría a partir del 28 de junio, víspera de la festividad de San Pedro y San Pablo. En el Colegio se guardaban las constituciones y ceremonias del Colegio Mayor Santa Cruz. Después de las reformas borbónicas que provocaron la expulsión de los jesuitas, el plantel se refundió en el Convictorio de San Carlos. A fines del siglo , el Inspector de Guerra Gabriel de Avilés y del Fierro dedicó el local a cuartel del Regimiento Real de Lima. Posteriormente durante la época republicana fue sede del Estado Mayor del Ejército. Desde fines del siglo , la Universidad de San Marcos le ha dado al Colegio Real las funciones de un Centro Cultural y Archivo Histórico.

Centros de altos estudios y de investigaciones 
La Universidad de San Marcos cuenta con los siguientes centros de altos estudios y de investigaciones, dos de los cuales funcionan además como casas-museo y cuentan con sus respectivas bibliotecas especializadas:

 El Instituto Raúl Porras Barrenechea: Centro de Altos Estudios y de Investigaciones Peruanas (siglas: IRPB) fue creado en homenaje al ilustre maestro sanmarquino Raúl Porras Barrenechea. El instituto tiene a su cargo: la Casa-Museo Raúl Porras Barrenechea —parte de la Ruta Literaria «Mario Vargas Llosa»—, declarada monumento histórico y artístico, por lo cual se conserva, custodia y exhibe permanentemente todas sus obras de arte, mobiliario, pinturas, esculturas, fotografías, recuerdos familiares y personales; el archivo Porras; y el museo de los escritores peruanos. Se ubica en el distrito de Miraflores y es vecina de la Casa-Museo de Ricardo Palma, lo que le permite desarrollar a cabalidad los fines para los que ha sido fundada y que la han convertido en uno de los polos de la actividad cultural del país. Sus investigaciones principales abarcan las áreas de humanidades, artes y ciencias sociales.

 La Fundación Biblioteca-Museo Temple Radicati: Centro de Altos Estudios y de Investigaciones Peruanistas (siglas: FBMTR) fue creada en homenaje a los ilustres sanmarquinos Ella Dunbar Temple Aguilar de Radicati y Carlo Radicati di Primeglio, quienes donaron su inmueble y la totalidad de bienes culturales a la universidad, entre ellos una invaluable colección de 26 quipus. La fundación tiene a su cargo la Casa-Museo Temple Radicati, así como su biblioteca especializa. Tiene entre sus funciones promover los estudios e investigaciones de carácter jurídico, histórico, antropológico, arqueológico, sociológico, ecológico, y geográfico, así como la realización de diversas actividades culturales.

 El Centro de Estudios Asiáticos (siglas: CEAS) es una organización enfocada en el estudio e investigación de los países de Asia, tales como China, Taiwán, Japón, Corea, Indonesia, India, Tailandia entre otros, en materias de economía, política, cultura, arte, sociedad, historia y relaciones internacionales. Se fundó el 7 de noviembre de 2018 en la Casona de San Marcos en el marco de la Segunda Reunión Anual del Consorcio Universitario Fudan - América Latina (FLAUC), evento co-organizado por la Universidad de Fudan y la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Los principales objetivos del CEAS son: el desarrollo y fomento del conocimiento sobre los países de Asia, la generación de investigaciones afines, y la propuesta de políticas adecuadas para un mejor aprovechamiento de las oportunidades que brinda esta región, en materias de desarrollo, inversión, comercio y turismo.

Museos universitarios 
Además de los dos centros de altos estudios y de investigaciones que funcionan también como casas-museo, la Universidad de San Marcos cuenta actualmente con cinco instituciones que funcionan exclusivamente como museos, estas son:

 Museo de Historia Natural de Lima: El Museo de Historia Natural, fundado el 28 de febrero de 1918, se ubicó hasta 1934 en la Casona de San Marcos; actualmente se ubica fuera del campus universitario, en el distrito de Jesús María. El museo es un importante centro de información sobre la biodiversidad peruana, de este modo sirve de forma documentada a estudiantes y científicos nacionales. Los estudios realizados por los investigadores del museo incluyen estudios ecológicos, inventarios de la biodiversidad del país y el monitoreo de comunidades naturales. Las colecciones del museo incluyen ejemplares de flora, fauna y gea, muchos de los cuales tienen además un valor histórico, al ser ejemplares obtenidos por importantes naturalistas como Antonio Raimondi, Augusto Weberbauer, Ramón Ferreyra, Emma Cerrate, Wolfgang Karl Weyrauch, los esposos Hans Koepcke y María Koepcke, entre otros. Actualmente las colecciones superan el millón y medio de ejemplares, muchos de las cuales son exhibidas al público de forma abierta y permanente o en exhibiciones temporales.
Museo Paleontológico de Sacaco: Es un museo paleontológico ubicado en el distrito de Bella Unión, uno de los trece distritos de la provincia de Caravelí, ubicada en el departamento de Arequipa. Forma parte del conjunto de museos de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos adjunto a la Facultad de Ciencias Biológicas y filial del Museo de Historia Natural de Lima. El museo resguarda la Zona Paleontológica de Sacaco, reconocida por el Ministerio de Cultura del Perú como Patrimonio Cultural de la Nación, siendo esta uno de los Sitios Paleontológicos de las Cuencas Pisco y Camaná que en conjunto forma parte de la lista indicativa de posibles nominados como Patrimonio de la Humanidad en el Perú.

 Museo de Arte: Fundado en 1970 por el historiador de arte Francisco Stastny, bajo el nombre de Museo de Arte e Historia, se encuentra ubicado en el patio de Derecho de la Casona de San Marcos. Actualmente está compuesto de cuatro colecciones: la de «Arte popular», formada por cerámicos y tejidos de pueblos de la sierra y selva, que recogen las tradiciones antiguas en la elaboración de los mismos; la colección de «Retratos» que representan a docentes sanmarquinos y autoridades de los siglos ,  y ; la de «Arte moderno y contemporáneo», constituida por pinturas y esculturas ganadoras de concursos que organizó la universidad entre 1950 y 1970; y la colección del archivo de «Pintura campesina». Además de las exposiciones el museo realiza variadas publicaciones, e impulsa talleres para el alumnado universitario y el público en general.

 Museo de Arqueología y Antropología: Fundado en 1919 por el arqueólogo peruano Julio C. Tello, bajo el nombre de Museo de Arqueología y Etnología, se ubica entre el patio de Letras y el patio de los Jazmines de la Casona de San Marcos. El museo ha recibido a lo largo de su historia el apoyo de reconocidos investigadores como Julio César Tello, Luis Eduardo Valcárcel, Luis Lumbreras, Ruth Shady, entre otros. En 1946, un considerable conjunto de objetos históricos fueron trasladados al Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia del Perú, sin embargo, la colección del museo sigue abarcando una amplia diversidad de objetos culturales: líticos, cerámica, textiles, metales y material orgánico. Resalta la participación que tiene el museo y el área de arqueología de la universidad en diversos proyectos arqueológicos, como: los estudios sobre Chavín, Paracas y el valle Casma; la recuperación y estudio de las construcciones de Caral, primera civilización americana; y el trabajo de investigación realizado en muchos sitios arqueológicos y huacas del país. El museo realiza además diversos cursos y talleres; así como publicaciones, exposiciones y conferencias donde dan a conocer resultados de recientes estudios arqueológicos y antropológicos.

 Museo Histórico de Ciencias Físicas: Fue creado el 11 de noviembre de 1986 con el objetivo de exhibir las piezas que formaban parte del gabinete de física que anteriormente se ubicaba en la Casona de la Universidad de San Marcos. El actual Museo Histórico de Ciencias Físicas está conformado por cuatro áreas: el área de óptica y física moderna, el área de mecánica de sólidos y fluidos, el área de calor y ondas, y el área de electricidad y magnetismo. La finalidad actual del museo es promover esta disciplina, así como también dar a conocer instrumentos que tiempo atrás permitieron realizar experimentos en esta área de investigación. El museo se ubica en el pabellón de la Facultad de Ciencias Físicas de la universidad, en la Ciudad Universitaria.

 Museo de la Historia de la Medicina Peruana: Es la institución encargada de preservar el acervo médico, histórico, bibliográfico y documental de los orígenes de la medicina moderna en el Perú y la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Entre los objetos y documentos que preserva destacan: el instrumental médico histórico; las actas de los consejos de Facultad y expedientes de graduación; el archivo de Hipólito Unanue; el archivo de Daniel Alcides Carrión formado por su epistolario familiar y publicaciones sobre la verruga; acuarelas y manuscritos de Antonio Raimondi; cuadros de sanmarquinos y sanfernandinos destacados; volúmenes antiguos de las revistas centenarias: The Lancet, JAMA, entre otras; colección de tesis de bachiller y de doctor en medicina de 1856 a 1978; obras desde el  de autores clásicos; material fílmico, y otros.

 Museo de Paleontología: Es la institución encargada de preservar y exhibir el acervo de la Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Está compuesto por los gabinetes de paleontología, petrología y mineralogía.

 Museo de Minerales: Es la institución encargada de preservar y exhibir acervo de la Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y parte de la colección privada de Guido del Castillo, ingeniero de minas y gestor cultural peruano. Fue inaugurado en septiembre de 2019, en el marco del 35° aniversario de la Escuela Profesional de Ingeniería Geológica. Cuenta con una importante colección de minerales fluorescentes, la segunda de su tipo en el Perú.

Sitios arqueológicos 

La Universidad Nacional Mayor de San Marcos tiene bajo su custodia diversos sitios arqueológicos, restos, piezas y colecciones históricas, destacando los siguientes:

 Huaca de San Marcos y otros del complejo arqueológico Maranga: Estos sitios arqueológicos se ubican dentro del campus universitario principal. Son parte del complejo monumental Maranga, perteneciente a la cultura Lima, que se extiende entre el distrito de Lima, el distrito de San Miguel y el distrito de Pueblo Libre, habiendo restos arqueológicos conservados de este complejo en otros lugares como dentro del Parque de las Leyendas y dentro de la Pontificia Universidad Católica del Perú. La edificación principal se ubica en uno de los extremos del campus y tiene el nombre de «Huaca de San Marcos» o «Huaca San Marcos». Esta es estudiada y custodiada por arqueólogos e investigadores de la Universidad de San Marcos, en ella se han encontrado diversos ceramios, ofrendas como el spondylus y quipus. Teniendo el conjunto una gran importancia cultural, el Ministerio de Cultura del Perú declaró primero a la huaca San Marcos y luego a todos los sitios arqueológicos menores del campus, como Patrimonio Cultural de la Nación.

 Sitio arqueológico de Pacopampa: Este complejo ceremonial se ubica en el departamento de Cajamarca, provincia de Chota, distrito de Querocoto. Pablo Macera organizó en 1966 un viaje al lugar arqueológico, anteriormente identificado por Rafael Larco Hoyle y en 1970 consiguió que Emilio Choy Ma, investigador de Perú Antiguo, hiciera una donación a San Marcos para adquirir el Centro Ceremonial Pacopampa. Desde esa fecha la universidad ha tenido un cuidado permanente del monumento arqueológico. Diferentes arqueólogos han llegado a realizar 16 campañas arqueológicas. En la primera etapa intervinieron los arqueólogos Hermilio Rosas y Ruth Shady. Luego han realizado investigaciones diferentes los arqueólogos Rosa Fung Pineda, Peter Kaulicke, Isabel Flores, Idilio Santillana, Daniel Morales Chocano y Jaime Miasta Gutiérrez. En 2009 una misión arqueológica de Japón liderada por el Yuji Seki identificó el ajuar funerario de una mujer denominada la «Dama de Pacopampa», la cual tendría casi 3000 años de antigüedad. El 21 de noviembre de 2010, el Ministerio de Cultura del Perú declaró al Sitio arqueológico de San Pedro de Pacopampa como Patrimonio Cultural de la Nación.

Zona Paleontológica de Sacaco: Hace millones de años el actual desierto de Sacaco era una bahía con seres descomunales por sus dimensiones, una zona marina que a raíz de los cambios geológicos ha conservado los fósiles de diversas especies que vivieron durante el mioceno superior y el plioceno inferior; entre estos sobresalen tiburones enormes, ballenas, ostras gigantes y megaterios que hoy están al descubierto. En ese contexto, Hans Jacob Siber funda el Museo Paleontológico de Sacaco para preservar la zona paleontológica del mismo nombre, la cual fue reconocida por el Ministerio de Cultura del Perú como Patrimonio Cultural de la Nación. Esta zona forma parte de los Sitios Paleontológicos de las Cuencas Pisco y Camaná que en conjunto se encuentran actualmente en la lista indicativa de posibles nominados como Patrimonio de la Humanidad en el Perú.

Bibliotecas especializadas 
La Universidad de San Marcos, además de su Biblioteca central y las bibliotecas de sus facultades ubicadas principalmente en la Ciudad Universitaria, cuenta con otras cuatro importantes bibliotecas especializadas:
 Biblioteca España de las Artes: Denominada antes «Biblioteca España del Centro Cultural de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos», está dedicada a recopilar, organizar, preservar y diseminar el acervo bibliográfico y audiovisual, facilitar el acceso a información cultural especializada, así como apoyar la investigación de sus áreas temáticas.
 Biblioteca «Instituto Raúl Porras Barrenechea»: En él se guardan los papeles personales del educador sanmarquino Raúl Porras Barrenechea, sus ficheros de investigación, cartas, papeletas, cuadernos, libretas de notas y apuntes, publicaciones, y textos originales de su producción escrita, conjunto documental que constituye el Archivo Porras. En este local se conservan también el Archivo Melitón Porras y parte del Archivo José Gálvez, entregado por sus herederos.
 Biblioteca del Museo de Historia Natural: El Museo de Historia Natural «Javier Prado» cuenta con colecciones de enorme valor histórico en su biblioteca, las cuales son producto de importantes naturalistas como Antonio Raimondi, Augusto Weberbauer, María Koepcke, entre otros. Estas colecciones convierten a la biblioteca y al museo en importantes centros de información sobre la biodiversidad —flora, fauna y gea— peruana.
 Biblioteca Temple-Radicati: Forma parte de la Fundación Biblioteca-Museo «Temple-Radicati», la cual fue constituida en 1996 gracias a las donaciones de Ella Dunbar Temple Aguilar de Radicati y Carlo Radicati di Primeglio. La colección está compuesta por enciclopedias españolas e italianas, diccionarios, libros de historia, geografía, sociología, literatura y novelas varias, derecho, arte, arqueología, etc.

Colecciones y manuscritos 

A través de su Archivo Histórico «Domingo Angulo», la Universidad Nacional Mayor de San Marcos preserva ejemplares de documentos y escritos de gran relevancia histórica que datan de los siglos , ,  y , tales como la Real Provisión y la Real Cédula del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico del 12 de mayo de 1551 y la bula papal Exponi Nobis de Pío V del 25 de julio de 1571, con las que se funda y se reafirma la constitución de la Universidad de San Marcos como la primera universidad del continente americano. En 2019, el «Fondo Colonial y Documentos Fundacionales de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos: 1551 -1852» se incorporó en el Registro de la Memoria del Mundo de la UNESCO, en reconocimiento de su significancia para la memoria colectiva mundial.

Diversas instituciones de la Universidad de San Marcos como la Biblioteca central, el Museo de historia natural, el Museo de arqueología y antropología, el Instituto Raúl Porras Barrenechea, entre otros, cuentan además con las que fueron colecciones y manuscritos privados de ilustres sanmarquinos que dejaron como legado a su universidad; trabajos de autores e investigadores como César Vallejo, José María Arguedas, Raúl Porras Barrenechea, Ella Dunbar Temple, Julio César Tello, Antonio Raimondi, etc. Estos manuscritos y colecciones son conservados por la Universidad de San Marcos y encargados a la dependencia universitaria correspondiente de acuerdo al contexto histórico y científico de ellos.

Otros centros, escuelas y direcciones culturales 
La Universidad de San Marcos cuenta con organismos y direcciones que promueven actividades culturales, a continuación la descripción de algunas de ellas:

 Ballet Universitario: El ballet de San Marcos (BSM) tiene más de cuarenta años de existencia. Tiene como sede principal de la escuela de ballet y de sus presentaciones el local del Centro Cultural de San Marcos. Los últimos años, el ballet de San Marcos ha estado bajo la dirección de Vera Stastny, de manera que se han propiciado las colaboraciones de coreógrafos como las del costarricense Rogelio López y del británico Royston Maldoom.

 Banda Universitaria: La dirección de banda y orquesta de San Marcos es una unidad artística, cultural y protocolar de la Universidad de San Marcos. Actualmente es una dependencia del Centro Cultural de San Marcos. Tiene su origen en el año 1996 cuando las autoridades universitarias concibieron la idea de dotar a San Marcos con una Banda de Música. El conjunto, conformado por sanmarquinos interesados en el rubro, participa en los actos protocolares de la universidad e invitaciones a los cuales fuera citado.

 Centro de Idiomas: El centro de idiomas de la UNMSM es la institución encargada de brindar cursos de: inglés, francés, portugués, alemán, italiano, quechua, coreano y español para extranjeros. Cuenta con un laboratorio equipado con vídeo y cabinas de audio individuales. Brinda los cursos en diferentes horarios, con frecuencia diaria, interdiaria y de solo fines de semana. El centro de idiomas de la Universidad de San Marcos ofrece sus cursos a la comunidad universitaria y al público en general, funciona principalmente en el local de la Facultad de Letras y Ciencias Humanas, dentro de la Ciudad Universitaria, en el distrito de Lima, y sus locales están ubicados en el distrito de Los Olivos y en el distrito de San Juan de Lurigancho.

 Cine y Televisión: La actual dirección de cine y televisión de San Marcos tiene su principal antecedente en el «Cine Arte de San Marcos», organización que realiza su primera sesión en el año 1967 en la Casona del Parque Universitario, actualmente sede del Centro Cultural de San Marcos. Desde entonces se realizan proyecciones filmográficas, conferencias, exposiciones y seminarios regularmente. En abril de 1998, el Cine Arte de San Marcos se incorpora al Centro Cultural de San Marcos e inicia la publicación de su revista de cultura cinematográfica: «BUTACA sanmarquina». Desde 2006 se han implementado talleres dictados por cineastas como Giovanna Pollarolo, Josué Méndez y Armando Robles Godoy. Desde ese mismo año la dirección del programa de Cine y Televisión, como se denomina actualmente, de la universidad está a cargo de Mario Pozzi-Escot.

 Coro Universitario de San Marcos: El coro de la Universidad de San Marcos (CUSM) fue fundado en noviembre de 1954 a petición de varios alumnos sanmarquinos. Tuvo como primera directora a la musicóloga, arreglista y compositora Rosa Alarco Larrabure, quien dedicó gran parte de su vida a la investigación de la música tradicional peruana. El CUSM ha ofreciendo innumerables presentaciones en diversos lugares del Perú y ha participado en festivales nacionales e internacionales. Actualmente el CUSM está integrado por estudiantes de diferentes facultades, trabajadores, docentes y egresados de la Universidad de San Marcos.

 Teatro Universitario de San Marcos: El teatro de la Universidad de San Marcos (TUSM) fue fundado el 4 de septiembre de 1946 en Lima, a petición de varios alumnos de la facultad de Letras, con Manuel Beltroy como director y único profesor entonces; siendo esta la primera iniciativa en el Perú para un programa universitario de teatro. A través de los años, el TUSM ha participado en numerosos festivales y encuentros internacionales en Latinoamérica, Dinamarca y Mónaco, entre otros países. Actualmente está bajo la dirección de Mario Delgado Vásquez.

 Tuna de San Marcos: La tuna universitaria se crea por la iniciativa de unos jóvenes estudiantes en 1996. En los últimos años la Tuna de la Universidad de San Marcos ha participado en diversos certámenes y encuentros de la región, compitiendo con universidades nacionales y extranjeras y obteniendo los primeros lugares. La Tuna de San Marcos ha realizado recitales, festivales, encuentros y certámenes con el objetivo de difundir el arte del buen tunar, como los realizados en los principales auditorios de la Universidad de San Marcos, el ICPNA, el Parque de la Exposición, entre otros.

 Tuna Femenina de San Marcos: Más conocida como la tuniña se funda en el año 1999 por iniciativa de las propias estudiantes universitarias. Este es el único elenco de la universidad que la ha representado en Europa (Portugal y España), obteniendo diversos premios y reconocimientos en concursos y encuentros. Igualmente ha participado en actividades culturales en Chile, Ecuador y Bolivia, habiendo recorrido también el suelo patrio en casi toda su extensión. La tuniña organiza, cada dos años, la Bienal Internacional Tunas Perú, donde reúne las mejores tunas durante una semana, gracias al apoyo de la universidad e instituciones públicas, privadas y organismos internacionales.

Patrimonio de la Humanidad y del Perú 
La Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos —local histórico de la universidad con más de 400 años de historia—, el Colegio Real de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y la Basílica y Convento de Santo Domingo, son monumentos que forman parte del área y de la lista de edificaciones del Centro histórico de Lima reconocidas como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO desde 1988:

La Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta —o se relaciona históricamente— también con varios monumentos considerados por el Ministerio de Cultura del Perú como Patrimonio Cultural de la Nación, al ser obras arquitectónicas o lugares de valor artístico, histórico, cultural y social:

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Deportes 

La Universidad de San Marcos ha tenido mucha importancia en la actividad deportiva universitaria del Perú. El 7 de agosto de 1924, alumnos sanmarquinos fundaron la Federación Deportiva Universitaria del Perú. Esta federación organiza desde 1936 los Juegos deportivos universitarios nacionales, los Juegos deportivos universitarios regionales y los Campeonatos nacionales universitarios. Además, desde 1963 es partícipe de los Juegos mundiales universitarios que se denominan Universiadas.

La mayoría de actividades deportivas universitarias se desarrollan en el Gimnasio y en el Estadio de San Marcos. Entre los deportes y disciplinas se encuentran: fútbol, futsal, vóley, rugby, tiro, tenis de mesa, básquet, atletismo, fondismo (carrera de media distancia y carrera de larga distancia), balonmano, natación olímpica, lucha grecorromana, karate, judo, kung fu tradicional, sanda, taekwondo, aikido, capoeira, wing chun, taichí, xing yi quan, pa kua chang, chi kung, powerlifting, levantamiento de pesas, aeróbicos, esgrima, entre otros. Paralelo a esto, la universidad cuenta con varios equipos que participan en las ligas nacionales y regionales de distintos deportes. En este ámbito destaca el equipo de básquet de la Universidad de San Marcos que participa en la Liga de baloncesto de Lima, tanto en la división varones como en la división superior damas; como el equipo de fútbol Club Deportivo Universidad Nacional Mayor de San Marcos que llegó a participar en la Segunda División del Perú.

El atleta peruano con el récord nacional en 100 metros planos, denominado coloquialmente como «el hombre más rápido del Perú», es el sanmarquino Andy Martínez, deportista profesional y actual estudiante de Administración de Negocios Internacionales en la Universidad de San Marcos.

Juegos Universitarios Nacionales: Universiadas 

Los primeros Juegos universitarios se realizaron en 1936, en la ciudad de Lima. Participaron entre otras: la Universidad Nacional Agraria La Molina, la Universidad Nacional de Ingeniería, la Universidad Nacional San Agustín de Arequipa, la Universidad Nacional San Antonio Abad del Cuzco y la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, que fue la primera universidad sede del evento. Desde entonces se marcó la distancia de cuatro años entre cada Juego —recientemente se vienen desarrollando cada 2 años—, habiendo una edición especial al conmemorarse los cuatrocientos años de fundación de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en 1951. Ese mismo año, como parte del desarrollo urbano de Lima y de incentivo al deporte universitario, fue inaugurado el Estadio de la Universidad de San Marcos en el centro del campus principal.

La Universidad de San Marcos posee equipos para las diferentes disciplinas deportivas con los cuales ha sido campeón nacional en la mayoría de ediciones de las hoy denominadas Universiadas: Juegos universitarios nacionales —San Marcos ha ganado 9 de las 11 ediciones donde se declaró un campeón—, siendo así la universidad más exitosa en estos juegos nacionales.

Juegos Panamericanos 

Para la celebración de los Juegos Panamericanos de 2019, el Comité Organizador de Lima 2019 eligió a diversas instalaciones deportivas situadas entre la ciudad de Lima, así como en el Callao, como sedes panamericana. Entre ellas, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la cual tuvo la remodelación de su estadio para acoger todos los encuentros de fútbol tanto masculino como femenino.

Fútbol 
El fútbol, el deporte más popular en el Perú, ha tenido siempre especial significancia para el alumnado sanmarquino. A lo largo de su historia la Universidad de San Marcos ha contado con diversos equipos profesionales de fútbol, destacando entre ellos la Federación Universitaria de Fútbol (hoy Club Universitario de Deportes) y el Club Deportivo Universidad Nacional Mayor de San Marcos.

Origen del Club Universitario de Deportes 

José Rubio Galindo, estudiante de la Facultad de Letras, y Luis Málaga Arenas, estudiante de la Facultad de Medicina, dedicaban sus horas libres para intercambiar ideas con miras a concretar un deseo común: «conformar una gran institución». Luego se unirían Plácido Galindo, Eduardo Astengo, Rafael Quirós, Mario de las Casas, Alberto Denegri, Luis de Souza Ferreira (quien anotó el primer gol peruano en una Copa Mundial de Fútbol), Andrés Rotta, Carlos Galindo, Francisco Sabroso, Jorge Góngora, Pablo Pacheco, Carlos Lassus y Carlos Cillóniz entre otros.

Fue así que el 7 de agosto de 1924, a las 19:00 (UTC-5), los estudiantes universitarios se reunieron en la sede de la Federación de Estudiantes del Perú, en la calle Juan de la Coba 106, en la ciudad de Lima, dando origen a la Federación Universitaria de Fútbol como una asociación de los equipos representativos de las Facultades de la Universidad de San Marcos y las Escuelas Especiales de Ingeniería, Agronomía y Normal Central.

En el acta de fundación del club, se determinó instituir como escudo una letra «U» de color granate encerrada en un círculo del mismo color con fondo blanco albo. El diseño estuvo a cargo del arequipeño Luis Málaga Arenas, en ese entonces delegado de la Facultad de Medicina «San Fernando» y uno de los gestores más entusiastas de la formación de la Federación Universitaria de Fútbol. Los primeros escudos fueron de gran tamaño y de un acabado muy rústico. Se utilizaron en el lado izquierdo del pecho y en algunos casos al centro del uniforme. En la actualidad, el diseño oficial del escudo emplea una tipografía más estilizada y el fondo del escudo es color crema. En la indumentaria deportiva se usa siempre en el lado izquierdo.

El Comité Nacional de Deportes, máximo organismo del deporte peruano en aquella época, reconoció a la Federación Universitaria como si fuese una Liga. De ahí que, conjuntamente con la Liga Peruana de Fútbol, la Asociación Amateur, la Liga Chalaca, Circolo Sportivo Italiano y Lima Cricket and Football Club, conformaron la Federación de Fútbol. Tras participar en diferentes torneos interuniversitarios y partidos amistosos entre 1924 y 1927, la Federación Peruana de Fútbol invitó a la Federación Universitaria a participar en el Campeonato de Selección y Competencia (Torneo de Primera División) de 1928.

Debutó oficialmente el 27 de mayo ante el Club José Olaya de Chorrillos, al que venció por 7:1. Al finalizar el campeonato, la Federación Universitaria ocupó el segundo lugar detrás de Alianza Lima, con el que disputó el título en tres encuentros: (victoria 1:0, empate 1:1 y derrota 2:0). En 1929, el campeonato solo contó con la participación de doce equipos debido a la suspensión de Alianza Lima por negarse a ceder a sus futbolistas a la selección. En este torneo, Universitario obtuvo su primer título nacional, al finalizar el campeonato con siete victorias, tres empates y una derrota completando diecisiete puntos, uno más que el Circolo Sportivo Italiano al que había derrotado por 7:0. Carlos Cillóniz, futbolista de Universitario, anotó ocho goles, convirtiéndose en el máximo goleador del campeonato.

En 1930 se llevó a cabo la primera Copa del Mundo en Montevideo, Uruguay, y la selección peruana asistió a dicho acontecimiento con una plantilla en la que destacaba la presencia de ocho futbolistas del cuadro merengue (Eduardo Astengo, Carlos Cillóniz, Luis de Souza Ferreira, Alberto Denegri, Arturo Fernández, Plácido Galindo, Jorge Góngora y Pablo Pacheco). Luego del mundial se realizó la primera gira oficial del club: viajó a provincias en barco de vapor para enfrentar al Association White Star, al que derrotó por 1:0, luego realizó una gira por Huacho y participó en la Copa Gubbins. Ese mismo año, formó parte del grupo 2 en el torneo nacional, consiguiendo dos victorias y un empate, con lo cual avanzó a la liguilla final, donde ocupó el tercer lugar.

Al año siguiente, internamente surgieron discrepancias con las autoridades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, pues el rector José Antonio Encinas prohibió la utilización del nombre —Federación Universitaria de Fútbol— y ello dio lugar al cambio, por Club Universitario de Deportes, independizándose totalmente de la universidad. El club, que a la actualidad es el equipo con más títulos nacionales en la historia del fútbol peruano, mantiene un importante vínculo histórico con la Universidad de San Marcos.

Club Deportivo San Marcos 

En el 2001 la Universidad de San Marcos creó el Club Deportivo Universidad Nacional Mayor de San Marcos, el cual nació como club en verano de 2001. En los años posteriores ascendería en las liguillas distritales y regionales hasta alcanzar la Segunda División del Perú, donde jugó hasta el año 2011. El Club San Marcos jugó de local en el estadio de San Marcos ubicado en el campus universitario. El equipo bautizado con el nombre de «Los Leones», por ser este animal el símbolo del evangelista San Marcos, tuvo su mejor participación en el año 2006, cuando alcanzó el subcampeonato de la Segunda división de fútbol.

Posteriormente, la universidad crea el Deportivo San Marcos. El club participa desde el 2013 a la fecha en la primera división del Cercado de Lima. Es uno de los principales equipos animadores del torneo y fue tres veces subcampeón. Clasificó varias veces al torneo de Interligas de Lima. Luego la Asociación Deportiva Cultural San Marcos, que participó en el 2013 en la liga distrital de Puebo Libre y clasificando a las Interligas de Lima del mismo periodo. Finalmente, la universidad tienen su propio equipo de fútbol que participa en la Liga Universitaria de Fútbol organizada por FEDUP, desde 2008 al presente.

Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 	
	
El Estadio de la Universidad de San Marcos fue sede única del Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2019 que se desarrolló en Perú. El campeón del torneo fue Argentina, que logró su cuarto título en esta categoría. Perú quedó en quinto lugar.

Rankings académicos 

En los últimos años se ha generalizado el uso de rankings universitarios internacionales para evaluar el desempeño de las universidades a nivel nacional y mundial; siendo estos rankings clasificaciones académicas que ubican a las instituciones de acuerdo a una metodología científica de tipo bibliométrica que incluye criterios objetivos medibles y reproducibles, tomando en cuenta por ejemplo: la reputación académica, la reputación de empleabilidad para los egresantes, la citas de investigación a sus repositorios y su impacto en la web. Del total de 92 universidades licenciadas en el Perú, La Universidad Nacional Mayor de San Marcos se ha ubicado casi siempre dentro de los tres primeros lugares a nivel nacional en los diversos rankings universitarios internacionales. Junto a la Universidad Peruana Cayetano Heredia y la Pontificia Universidad Católica del Perú, es una de las tres únicas universidades peruanas que han llegando a ocupar la  posición a nivel nacional en determinadas ediciones de las clasificaciones académicas existentes, tales como los University Rankings by Academic Performance del URAP Center, la Clasificación mundial de universidades QS por Quacquarelli Simonds, los Rankings Web of Universities por CSIC conocido como Webometrics, y los SIR World Reports por SCImago Research Center, siendo a la fecha la única universidad pública peruana en haber alcanzado en varias ediciones dicha ubicación.

Convenios internacionales 
La Universidad de San Marcos ha contado con más de 500 convenios de cooperación internacional y actualmente con más de 150 convenios activos del tipo marco y específico con diversas universidades e instituciones a nivel mundial. La oficina general de cooperación y relaciones interinstitucionales es la entidad de la universidad encargada de la gestión y difusión de las becas y convenios. Esta se ubica en la sede central del rectorado.

Los convenios interinstitucionales de la universidad pueden involucrar la cooperación en investigaciones, el desarrollo y capacitación de docentes, programas de intercambio para estudiantes de pregrado y posgrado, organización de conferencias científicas, etc. Entre las principales instituciones educativas con las que la Universidad de San Marcos ha tenido convenios para intercambios de estudiantes e investigadores destacan la Universidad de Harvard (a través de LASPAU), Universidad Nacional Autónoma de México, Universidad de Oxford, Universidad de Bolonia, Universidad de Roma "La Sapienza", Academia China de Ciencias, Universidad de Fudan, Universidad de Salamanca, Universidad Complutense de Madrid, Universidad Autónoma de Madrid, Universidad Autónoma de Barcelona, Universidad de Colonia, Universidad de Montreal, Universidad de Buenos Aires, Universidad de Chile, Universidad de São Paulo, entre otras. Mientras que entre las principales organizaciones con las que se han mantenido vínculos de cooperación cabe mencionar al Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo, el Programa Mundial de Alimentos, la Unión Astronómica Internacional, la Organización Mundial de la Salud, UNICEF, entr otros.Vale destacar, que en el año 2016, el entonces rector Orestes Cachay y la ex vicerrectora Elizabeth Canales Aybar, firmaron un convenio de intercambio estudiantil con la Universidad de Harvard (Estados Unidos) a través de la organización LASPAU, en la cual se promovía un marco de cooperación interinstitucional que incluía el diseño e implementación de un programa para la administración de becas dirigido a estudiantes y profesores. Posteriormente se estableció el programa que se denominó «Sanmarquinos para el Perú (y el mundo)», que consistía en seleccionar a un grupo de alumnos quienes junto a algunos docentes viajarán en delegaciones separadas a la Universidad de Harvard durante 15 días para llevar talleres de liderazgo y capacitaciones de emprendimiento, y además para conocer, otras instituciones de la zona como el MIT, y sobre la cultura estadounidense. Los alumnos que fueron seleccionados debían ser los dos primeros puestos de la base en cada Escuela Profesional, al sexto ciclo o tercer año de estudios, y que estén sin ningún curso desaprobado en su historial académico, o lideres estudiantiles. El programa se llevó satisfactoriamente entre los años 2017 y 2019, siendo en el año 2019 (en su apogeo) cuando más de 20 docentes y 120 estudiantes realizaron la pasantía.  No obstante para 2020, debido a la pandemia del COVID-19, el programa tuvo que ser reprogramado debido a las restricciones de viaje impuestas por la pandemia, y luego debido a que el convenio tuvo fecha límite en septiembre del 2021, se dio por finalizado el programa. Con la llegada de Jeri Ramón al rectorado, el programa se reactiva en 2022, pero sin firmar el convenio con LASPAU, debido al vencimiento del convenio y porque además Laspau tiene prevista cesar operaciones en 2023. Por ello el rectorado tendrá que firmar convenio con otras mejores universidades del mundo para la pasantía. En la última edición del programa en el año 2022, los alumnos seleccionados tuvieron la estancia académica en la Universidad Nacional Autónoma de México.

Además de los convenios de la propia universidad anteriormente descritos, esta ha contado —como miembro principal de la Alianza Estratégica de la Universidad Peruana— con convenios para lograr intercambios de estudiantes de pregrado y posgrado de las tres principales universidades peruanas —UNMSM, UNI y UNALM—. Estos programas de intercambio se han dado principalmente con universidades de Alemania, Francia e Italia, España y Japón, además de otros países latinoamericanos, europeos, norteamericanos y asiáticos.

Personajes destacados 

Tanto formalmente como coloquialmente los personajes que han formado parte de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos; alumnos, catedráticos, investigadores, e incluso a quienes se les ha conferido la distinción de profesor honorífico o el título de Doctor honoris causa, han recibido el título de sanmarquinos. El vocablo ha sido de común uso por la población peruana a lo largo de su historia para referirse a los personajes allegados y destacados de esta casa de estudios, e incluso a las mascotas y animales adoptados por la comunidad universitaria.

Alumnos, catedráticos e investigadores 

En sus más 470 años de historia la Universidad Nacional Mayor de San Marcos ha visto transitar en sus instalaciones a numerosos alumnos, catedráticos, investigadores, decanos y rectores que han destacado en el ámbito local, nacional, latinoamericano y mundial. La Universidad de San Marcos ha tenido una influencia muy significativa en el desarrollo de materias de ciencias, medicina, ingenierías, derecho, política, sociales, letras humanidades, artes y deportes, a lo largo de la historia del Perú, logrando destacar los alumnos y catedráticos en épocas decisivas para la realidad nacional como: a lo largo del Virreinato —siglos ,  y —; durante el proceso de la Independencia —siglos  y —; y en la actual época republicana —siglos ,  y . Entre los sanmarquinos más destacados se puede mencionar a científicos e ingenieros como Pedro Peralta y Barnuevo, Santiago Antúnez de Mayolo —candidato al premio Nobel de Física en 1943—, Federico Villarreal, Antonio Raimondi, Alfred Rosenblatt, Eduardo de Habich, Carlos Bustamante Monteverde y Harald Helfgott; médicos como Hipólito Unanue, Cayetano Heredia, Daniel Alcides Carrión, Laura Rodríguez Dulanto, Honorio Delgado y Alberto Barton; escritores y artistas como Mario Vargas Llosa —premio Nobel de Literatura del 2010, único Nobel peruano hasta la fecha—, César Vallejo, Alfredo Bryce Echenique, José María Arguedas —candidato póstumo al premio Nobel de Literatura en 1971—, Ricardo Palma, Manuel González Prada, José Santos Chocano, Abraham Valdelomar, Javier Heraud, Blanca Varela, Ventura García Calderón —candidato al premio Nobel de Literatura en 1934— y Alberto Hidalgo —candidato al premio Nobel de Literatura en 1966—; investigadores sociales como Julio César Tello, María Rostworowski, Ruth Shady, Federico Kauffmann, José de la Riva Agüero y Osma, Javier Prado y Ugarteche, Alberto Tauro del Pino, Luis Valcárcel, Raúl Porras Barrenechea y Jorge Basadre; abogados y políticos como Francisco García-Calderón Landa —candidato al premio Nobel de Literatura en 1934—, Mariano H. Cornejo Zenteno —candidato al premio Nobel de la Paz desde 1931 hasta 1939—, José Bernardo de Tagle, José Joaquín de Olmedo, Bernardo O'Higgins, Víctor Raúl Haya de la Torre, Víctor Andrés Belaúnde y Beatriz Merino; economistas como Javier Silva Ruete, Manuel Ulloa, Pedro Beltrán y Daniel Schydlowsky Rosenberg; veintiún Presidentes de la República del Perú, siendo los tres últimos Manuel Prado, Valentín Paniagua y Alan García; entre muchos otros.

Doctores honoris causa 

El Doctor honoris causa es la más alta distinción académica que confiere esta casa superior de estudios. La Universidad de San Marcos comenzó a entregar este reconocimiento en el siglo  a los dos máximos libertadores de Sudamérica: José de San Martín y Simón Bolívar. Además de estos, entre las principales figuras que han recibido este reconocimiento por la universidad durante los siglos  y  destacan el papa Juan Pablo II, el presidente francés Charles de Gaulle, el escritor argentino Jorge Luis Borges, los investigadores Alberto Barton y Maria Reiche, los secretarios generales de Naciones Unidas Javier Pérez de Cuéllar y Ban Ki-moon, y los laureados con el Premio Nobel: Albert Einstein, Peter Agre, Peter C. Doherty, Pablo Neruda, Camilo José Cela, Mario Vargas Llosa, Muhammad Yunus, Adolfo Pérez Esquivel, Peter Diamond, Robert C. Merton, Eric Maskin, Cristóbal Pissarides, entre otros.

Cultura popular 

 Para el 6 de septiembre de 1574, en el segundo local de la universidad —la iglesia de San Marcelo—, ya se había elegido por sorteo la denominación oficial de la universidad. Las opciones fueron los cuatro evangelistas católicos: Mateo, Marcos, Lucas y Juan. El escritor peruano Ricardo Palma relata justamente en uno de los relatos de sus Tradiciones peruanas, octava serie (1896), titulado El patronato de San Marcos cómo la institución adquirió su nombre actual y al evangelista como su patrono —además de, por extensión, al León de San Marcos como su mascota.

En 1572, Francisco de la Cruz, sexto rector de la Universidad de San Marcos, fue acusado de ser alumbrado y por ende fue apresado por la Inquisición. Se le abrió un caso acusándolo además de falso profeta, conductas aberrantes en un exorcismo, ideas aberrantes como la restitución de tierras a los indígenas y herejía. El proceso llegó a su término en 1576, y aunque se le aplicó tormento para obligarlo a retractarse, fue hallado finalmente culpable por haber sido y ser hereje pertinaz, heresiarca, dogmatizador y enseñador de nueva secta y errores. Fue quemado en la hoguera durante un auto de fe el 1 de abril de 1578. Otro sanmarquino involucrado en un auto de fe fue el médico Francisco Maldonado da Silva, quemado en la hoguera el 23 de enero de 1639.

La Universidad de Harvard, fundada en Cambridge, Massachusetts en 1636, es la universidad más antigua de la América Anglosajona. A su vez, la Universidad de San Marcos, fundada en Lima, Perú en 1551, es en cierto modo su "contraparte" y "hermana", al ser la universidad más antigua de América Latina —en general, la más antigua del continente americano. Esta peculiaridad histórica ha contribuido a que recientemente se incremente significativamente la cooperación entre ambas instituciones en temas de intercambio de estudiantes, promoción de estudios, capacitación docente y apoyo a investigadores. Para 2019, más de 20 docentes y 140 estudiantes (primeros dos puestos al sexto ciclo) de la Universidad Mayor de San Marcos viajaron a recibir capacitaciones en la Universidad de Harvard. Así también, la universidad estadounidense ha indicado que apoyará investigaciones de su contraparte peruana, facilitando los estudios de postgrado de profesores y alumnos sanmarquinos.

 En 1811 la Escuela de Medicina de la Universidad de San Marcos comenzó sus operaciones en el Hospital Real de San Andrés, local que la universidad ya había comenzado a utilizar desde 1792, cuando inaugura allí su primer anfiteatro anatómico. Este recinto que formó parte de la universidad cuenta hasta la actualidad con un gran valor histórico. Por un lado, por ser el hospital más antiguo de Perú y Sudamérica, y por otro, por ser el último lugar que —según Garcilaso de la Vega y José de Acosta— se habría albergado un conjunto de momias de la realeza inca, entre estas las del emperador Pachacútec. En la actualidad, arqueólogos sanmarquinos están involucrados en un proyecto para la puesta en valor como centro cultural y museo de la medicina del referido local.

 En 1937 se levanta la «Torre del Reloj» de la Universidad de Puerto Rico; en ella se incluyen los escudos de la Universidad de San Marcos a la izquierda, el escudo de la Universidad de Puerto Rico al centro, y el escudo de la Universidad de Harvard a la derecha. San Marcos establecida en Lima, Perú en 1551 es la Universidad más antigua de las Américas. Harvard, fundada en Cambridge, Massachusetts en 1636 es la universidad más antigua de Estados Unidos. Ambas representan a las universidades más antiguas de América del Sur y de América del Norte, de las que la Universidad de Puerto Rico aspira heredar sus centenarias tradiciones educativas.

 La Oficina de Asuntos Interamericanos —Coordinator of Inter-American Affairs—, agencia de Estados Unidos, grabó en 1944 un documental sobre Lima que incluyó una visita a la Universidad de San Marcos, entonces localizada en la Casona del Parque universitario. En la grabación se puede observar el antiguo proceso de admisión consistente en un examen oral; uno de los maestros y evaluadores registrados en el documental es el historiador y diplomático sanmarquino Raúl Porras Barrenechea.
 Durante la Segunda Guerra Mundial, el médico peruano y sanmarquino Ernesto Pinto-Bazurco radicado en Alemania llegó a sufrir persecución por la Gestapo, llegando a estar en prisión política en el castillo de Laufen en 1942. Años después, al ser excarcelado, asumió el cargo de cónsul de Perú en Alemania, lo cual le permitió expedir documentación y pasaportes que ayudaron a varios judíos a escapar del holocausto fomentado por el régimen nazi. En 1948 retorna a Perú, donde retoma su profesión médica. Falleció el 19 de mayo del 2014. El castillo de Laufen, donde estuvo encarcelado, tiene en la actualidad una placa recordatoria en su honor.

 La novela corta El que acecha en el umbral, iniciada por el escritor de terror y ciencia ficción estadounidense H. P. Lovecraft y culminada en 1945 por August Derleth —escritor perteneciente al Círculo de Lovecraft—, menciona a la Universidad de San Marcos como una de las ubicaciones donde se guardan fragmentos del mítico Necronomicón, libro mágico ficticio del universo lovecraftiano. Las otras locaciones de fragmentos del grimorio son el Museo Británico, la Biblioteca Nacional de Francia, la Universidad de Harvard, la Universidad de Buenos Aires y la inexistente Universidad de Miskatonic.

 La novela Conversación en La Catedral (1969) del escritor peruano Mario Vargas Llosa, tiene como protagonista a Santiago Zavala, quien narra a través de la novela diversos acontecimientos de su vida, uno de los cuales es su paso por la Universidad de San Marcos durante la dictadura de Manuel Odría.

 Luis Abanto Morales, cantante y compositor peruano de canciones folclóricas, compuso una marinera titulada San Marcos, en honor a la cuatricentenaria casa de estudios.

 En la novela El hablador (1987), también del escritor Mario Vargas Llosa, tanto el primer narrador como Saúl Zuratas, personaje que desarrolla una profunda apreciación y conexión con la etnia Machiguenga, son ex estudiantes de la Universidad de San Marcos.

El 28 de noviembre de 1987, se estrena el capítulo 56 del anime , llamado también en Hispanoamérica: Los caballeros del Zodiaco. Dicho episodio se tituló:  y en él, el caballero de oro Shaka de Virgo hace uso de una técnica especial para enviar a su adversario de pelea, el caballero de bronce Ikki de Fénix, a través de los seis mundos de la metempsicosis —"rueda de reencarnaciones"—, siendo uno de estos el infierno. En dicha escena, una de las principales imágenes de fondo usadas por los animadores para representar el infierno es una foto del expresidente de Estados Unidos Richard Nixon siendo abucheado e insultado por estudiantes sanmarquinos en su visita a la Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en 1958.

 El complejo de la "Casona de la Universidad de San Marcos" —que incluye el "Parque Universitario" en su exterior—, de amplia importancia histórica y cultural, forma parte del área y de la lista de edificaciones del Centro histórico de Lima que fueron reconocidas como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO, en 1988.

 La serie de televisión estadounidense MacGyver escenifica a la Universidad de San Marcos en el episodio The Treasure of Manco (1990). En dicho episodio MacGyver, el protagonista, viaja a Perú y visita San Marcos para entrevistarse con María, hija de un reconocido arqueólogo sanmarquino, con quien indaga sobre un supuesto tesoro inca escondido en los Andes.

 En la versión de 1991 del billete de 20 nuevos soles —actualmente aún en circulación junto con la versión de 2011 y 2019— se tiene la imagen del catedrático y diplomático sanmarquino Raúl Porras Barrenechea. Al costado se observa el patio principal de la Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, donde dictó cátedra.

 En el libro autobiográfico El pez en el agua (1993), Mario Vargas Llosa, premio Nobel de Literatura 2010, relata varios episodios significativos en su vida, entre ellos su época como estudiante de derecho y de literatura en la Universidad de San Marcos.

 En 1994 Dark Horse Comics publicó una serie de 4 cómics llamada Indiana Jones and the Arms of Gold, parte de la famosa serie y franquicia estadounidense. En la historia, el joven Indiana Jones viaja a Perú y conoce al doctor Julio Huertas, un reconocido ex profesor de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, despedido por ser un activista del APRA y exiliado en Buenos Aires, Argentina. El doctor Huertas ayuda a Indiana Jones en su búsqueda de "El Dedo de Oro" —artefacto que según dicha ficción formaba "Los brazos de Chimu Taya de Cuzco", parte de la armadura de oro del gran emperador inca Pachacútec.

 La serie de televisión peruana Hombres de bronce, conducida por Alejandro Guerrero y producida por Panamericana Televisión a fines de los años 1990, emitió varios episodios dedicados a intelectuales sanmarquinos de inicios y mediados del , tales como: César Vallejo, Julio César Tello, Augusto Weberbauer, Daniel Alcides Carrión, José María Arguedas, Santiago Antúnez de Mayolo, entre otros. En dichos episodios, diversos patios de la Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos fueron utilizados en las representaciones de las épocas universitarias de los referidos personajes.

 El programa de televisión peruano A la vuelta de la esquina, conducido por Gonzalo Torres y producido por Plus TV, emitió un episodio titulado "Universidad San Marcos: La más antigua de América" (2009). En él se narra su origen y la significancia que ha tenido la institución en el desarrollo histórico de América Latina y el Perú.

 Desde el 2010 se ha popularizado el uso del Estadio de la Universidad de San Marcos como escenario de importantes conciertos, presentándose bandas y artistas como Metallica, Korn, Gustavo Cerati, Marc Anthony, Bon Jovi, Green Day, The Smashing Pumpkins, Fania All-Stars, Iron Maiden, Shakira, Slayer, Van Halen, Bad Religion, Juanes, Aerosmith, Pearl Jam, Noel Gallagher, Lady Gaga, entre otros.

 El Archivo peruano de imagen y sonido (ARCHI) recuperó en el 2011 una grabación en color del 12 de mayo de 1951, registro de Alfred William Gauger de la colocación simbólica de la primera piedra de la que sería la "Ciudad Universitaria" de San Marcos, todo esto como parte de las celebraciones del 400.º aniversario de la fundación de la universidad que se dieron en 1951.

 El examen de admisión de la Universidad de San Marcos de 1982 es representado en una escena de la película de comedia ¡Asu mare! de 2013, por entonces la producción cinematográfica peruana más taquillera. En esta, Carlos Alcántara Vilar, protagonista y relator de la historia narra como no consigue ingresar al ser descalificado por intento de plagio.

 La Universidad de San Marcos es considerada la universidad más representativa del país, y es usualmente referida como el reflejo del Perú. Una encuesta a nivel nacional elaborada por el diario El Comercio e Ipsos con motivo de las celebraciones del 28 de julio en 2013 mostró que al identificar al Perú con una universidad: El 41% lo hace con la Universidad de San Marcos, el segundo y tercer lugar son las identificaciones con la Universidad Nacional de Ingeniería (14%) y la Universidad Católica (7%).

En un estudio realizado a fines del 2013 por Ipsos sobre la percepción del egresado universitario en las mil empresas top del Perú, un 84% de las empresas indicaron que contrataría egresados de la Universidad de San Marcos. Le siguen en preferencias por el lado de las privadas: la Universidad Católica (61%) y la Universidad de Lima (52%), y por el lado de las públicas la Universidad Nacional de Ingeniería (66%).

 Según el Top 100 de las marcas más valoradas en el Perú, elaborado en el 2014 por el Brand Asset Valuator de Y&R —la base de datos sobre marcas más grande del mundo—, la marca Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) ocupó el  lugar de la categoría educación —categoría que representa para el consumidor peruano un medio de prestigio y progreso— y 30° a nivel general, al ser considerada una buena propuesta educativa transversal para todos los estratos de la sociedad peruana. Las universidades que completaron el Top 100 fueron: la Universidad Nacional de Ingeniería en segundo lugar (35° en el general), la Universidad Ricardo Palma en tercer lugar (44° en general), la Universidad Peruana Cayetano Heredia en el cuarto (71°), la Pontificia Universidad Católica del Perú en quinto (74°), y la Universidad de Lima en sexto lugar (79°).

 La Universidad de San Marcos cuenta con varias tradiciones y personajes propios de la cultura sanmarquina contemporánea. Entre las tradiciones más conocidas se encuentran las verbenas de cada facultad, así como las presentaciones de los sikuris; mientras que entre los personajes más conocidos se encuentra el comensal denominado el "Gusano legendario" quién es el primero en recibir su ración (especialmente en los almuerzos especiales de Fiestas Patrias y Navidad), la mascota sanmarquina de nombre "Perrovaca", la mascota conocida como el "Gato de la puerta 2", y la movilidad interna referida como el "Burro".

 El 12 de mayo del 2017, en el marco de las celebraciones por su 466º aniversario, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos se convierte en embajadora y licenciataria de la Marca Perú al recibir por parte de PromPerú la licencia de uso de la mencionada marca país. Esto en vista de la significancia histórica y académica de la universidad para el país y el continente americano.

 El programa de televisión peruano Sucedió en el Perú, conducido por Norma Martínez y producido por TV Perú, emitió un episodio titulado "Universidad de San Marcos" (2017). En él se narra la historia e importancia que ha tenido la institución en el desarrollo académico universitario de América Latina y el Perú. En uno de los videos promocionales del documental aparece una de las figuras más famosas de la cultura popular sanmarquina: "Perrovaca".

 En el marco de las celebraciones por el 196° aniversario de la independencia del Perú, la cadena internacional de noticias CNN elaboró una lista denominada "10 cosas en las que nadie puede superar a los peruanos". Junto con Machu Picchu, la gastronomía peruana, la Inca Kola, el pisco sour, la papa y las alpacas, la lista menciona a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos como uno de los principales patrimonio motivo de orgullo del Perú, al ser la oficialmente la primera y más antigua universidad de América.

La Universidad de San Marcos y su condición como la universidad más antigua de América —al fundarse el 12 de mayo de 1551 y ser la única de las universidades americanas del  que ha operado sin cierres permanentes hasta la actualidad— han sido reconocidas y mencionadas en diversos artículos y efemérides de publicaciones como la National Geographic, la revista TIME, el libro The Founding of Harvard College de Samuel Eliot Morison —reconocido marino militar e historiador de la Universidad de Harvard—, entre otros.

El inicio de los años 60 en la Universidad de San Marcos es representado en la película peruana La pasión de Javier de 2019. En esta se muestra al joven poeta peruano Javier Heraud ingresando a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos para estudiar derecho, al sentirse cada vez más comprometido con las problemáticas sociales del Perú. La película incluyó también algunas tomas del Patio de Ciencias de la Casona de la Universidad de San Marcos para representar el antiguo local de la Universidad Católica, donde Heraud estudiaba además literatura.

El documental peruano El viaje de Javier Heraud de 2019 incluye una escena en el Patio de Letras de la Casona de la Universidad de San Marcos en la cual Ariarca Otero, sobrina nieta de Heraud, conversa con Arturo Corcuera, poeta sanmarquino y amigo de Javier Heraud.

En la película Dora y la ciudad perdida de 2019, versión en imagen real de la serie Dora, la exploradora emitida por Nickelodeon, uno de sus protagonistas: Alejandro Gutiérrez, personaje es interpretado por el actor y comediante mexicano Eugenio Derbez, se presenta como explorador y profesor de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos de Lima. En la película, Dora y el profesor Gutiérrez emprenden en una aventura para ubicar un gran tesoro perdido de los incas en las alturas de Perú. Adicionalmente, Isabela Moner, actriz peruana-estadounidense que interpretó a Dora, declaró haber aprendido para la película un poco de quechua a partir de grabaciones de audio de un profesor de la Universidad de San Marcos de Perú.

En un estudio realizado en 2019 por Ipsos sobre la imagen y percepción de institutos y universidades del Perú entre jóvenes de 15 a 18 años, la principal universidad mencionada espontáneamente como opción de estudio fue la Universidad de San Marcos. Así también, en la evaluación de percepción de la mejor universidad para estudios de administración, derecho e ingeniería, la Universidad de San Marcos resultó primera en las dos primeras áreas, y segunda en el último rubro —solo por detrás de la Universidad Nacional de Ingeniería.

Véase también 
 Huaca de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos
 Símbolos de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos
 Anexo:Universidades más antiguas
 Universidades españolas en el Siglo de Oro
 Anexo:Universidades y colegios virreinales en Hispanoamérica
 Anexo:Universidades del Perú
 Sistema educativo del Perú

Notas

Referencias

Bibliografía

Enlaces externos 
 
 
 
 Universidad Nacional Mayor de San Marcos en YouTube