Dohoda tiež stanovila obdobie prechodu pobaltských krajín do 31. decembra 1999. Bolo to oveľa kratšie obdobie, než aké bolo pridelené stredoeurópskym krajinám (ich prechodné obdobia boli vyhlásené za 10 rokov). Estónsko prechodné obdobie odmietlo, Lotyšsko dostalo prechodné obdobie štyroch rokov a Litva prechodné obdobie šiestich rokov.
Dohoda tiež stanovila obdobie prechodu pobaltských krajín do 31. decembra 1998 + 1