Existujú štyri identifikované podtypy vírusu Ebola. Tri zo štyroch spôsobili ochorenie u ľudí: Ebola-Zaire, Ebola-Sudan a Ebola-Ivory Coast. Štvrtý, Ebola-Reston, spôsobil ochorenie u subhumánnych primátov, ale nie u ľudí.
Existuje iba typ eboly, ktorá má vplyv na človeka