 무역 이권 개입 의혹으로 불운의 추방을 당한 사정과 별개로, 로드리게즈가 일본 활동을 통해 남긴 가장 큰 업적은 그의 뛰어난 지적 능력이 돋보이는 ‘일본학’ 연구이다. 그는 뛰어난 일본어 능력을 발판 삼아 《일본어문전(日本語文典·Arte da Lingua de Iapam)》이라는 책을 집필하였다. 1604년부터 1608년에 걸쳐 나가사키학림(學林·교회의 부속 학교)에서 출간된 동 책자는 형태론, 품사론, 문장·호칭론의 3부로 나뉘어 라틴어 문법을 기초로 분석한 일본어의 구조, 문법, 발음, 구어와 문어의 차이, 각종 문서의 작성법, 경어법, 방언 등 일본어에 대한 체계적 연구 결과를 담고 있다. 1620년에는 동 책자의 문법 부분을 축약·정리하는 한편, 신철자(표기)법과 인명(人名)·호칭론 등의 내용이 추가된 《일본어소문전(日本語小文典·Arte Breve da Lingoa Iapoa)》이 마카오에서 출간되었다. 이들은 서양 어학의 관점에서 최초로 일본어를 체계적으로 정리한 기념비적인 연구서로 언어학사(史)에 자리매김하고 있다.
 로드리게즈는 만년에 예수회 본부의 요청으로 《일본교회사·Historia da Igreja de Iapam)》를 집필한다. 비록 출간에는 이르지 못했지만, 남겨진 사본을 통해 밝혀진 그의 일본에 대한 방대한 지식과 이해는 놀라운 것이었다. 로드리게즈 이전에도 프로이스나 발리냐노 등에 의해 일본의 역사와 문화가 기술된 바 있지만, 로드리게즈는 적응주의에 의해 철저한 현지화 교육을 받은 사제답게 일본 포교의 선결 과제로서 ‘일본이란 무엇인가?’라는 물음에서 출발하여 언어·역사·문화·자연·지리 등에 대한 포괄적이고도 세밀한 분석을 통해 기존 기술과는 격이 다른 일본론을 전개하고 있다. 한 지역의 총체를 구성하는 각 요소를 분리하여 체계적으로 다루는 이러한 접근은 근대의 ‘지역연구’에서 채택하고 있는 방식으로, 17세기 초에 이미 근대적 방법론에 필적하는 분류와 접근법이 엿보이는 그의 각종 저술은 그가 서구의 ‘일본학’(Japanology) 연구의 선구자로 불리기에 손색이 없음을 증명하고 있다. 

무역 이권 개입 의혹으로 불운의 추방을 당한 사정과 별개로, 로드리게즈가 일본 활동을 통해 남긴 가장 큰 업적은 그의 뛰어난 지적 능력이 돋보이는 ‘일본학’ 연구이다. 그는 뛰어난 일본어 능력을 발판 삼아 《일본어문전(日本語文典·Arte da Lingua de Iapam)》이라는 책을 집필하였다.