  이런 박씨의 퇴소 절차를 두고 2012년 초 의혹이 제기됐다.
  강용석 변호사(당시 국회의원)은 2012년 1월 박씨에게 병역비리 의혹이 있다고 주장했다.
  강 변호사는박씨의 공개적인 신체검사를 요구하며 자신이 제기한 의혹이 사실이 아닐 경우 의원직을 사퇴하겠다고 밝혔다.
  2월에는 박씨의 한방병원 MRI 영상을 공개하며 영상 바꿔치기 가능성을 제기했다.
  나흘 뒤 세브란스 병원에 재직하던 한모 교수가 감사원 게시판에 “MRI 사진을 보고 강 의원 주장이 사실이라고 확신하게 됐다, 병역 비리 여부를 확실히 규명해 달라”는 글을 올리며 논란은 점점 커졌다.
  고(故) 박 시장은 2012년 2월 20일 아들이 병무청에 낸 MRI 사진을 공개하겠다고 밝혔다.
  이에 이틀 뒤인 2월 22일 주신씨가 신촌 세브란스 병원을 찾아 공개 신체검사를 받았다.
  ‘기습 신검’ 논란이 있었지만 당시 세브란스 병원 측은 “한방병원 MRI 영상과 세브란스에서 촬영한 박씨의 MRI 영상은 피사체가 동일인이다”라고 판정했다.
  이 발표로 강 의원은 의원직에서 사퇴했고, 한 교수는 사과문을 작성해 발표하며 사건은 일단락되는듯 했다.
 하지만 이후에도 지속해서 의혹을 제기해온 양 박사 등은 재판에 넘겨졌다.
  양 박사 등은 “박씨가 세브란스 병원에서 받은 신체검사는 미리 찍어둔 대리인의 MRI 사진을 사용한 것”이라거나 “다른 MRI 촬영실에서 대리인 촬영을 하며 공개 신검 현장 모니터에 띄운 것”이라는 취지로 ‘대리 신검’의혹을 펼쳤다.
  이를 지방선거를 앞둔 시기의 허위사실공표라 판단한 검찰은 2014년 양 박사 등을 공직선거법 위반 혐의로 기소했다.
 1심에서는 박씨가 ▶2011년 병무청에서 직접 CT 촬영을 받았는지 ▶2012년 세브란스 병원에서 직접 MRI 촬영을 받았는지 ▶촬영 당시 대리인이 개입한 적은 없었는지 등이 쟁점이 됐다.
  당시 1심 재판을 맡은 서울중앙지법 형사27부(재판장 심규홍)는 양 박사 등이 주장한 내용이 허위라고 인정했다.
  법원은 "피고인들은 대리신검의 주관적이고 추상적인 가능성만 제시하고 구체적인 소명자료는 내지 못했다"고 판단했다.
 피고인들은 제출된 MRI나 X-ray 사진에 나타나는 ‘의학적 차이’를 볼 때 제출된 사진에 찍힌 사람이 박씨가 아니라고 주장했다.
 박씨가 제출한 MRI 영상 및 X-ray 사진에서 ‘황색 지방 골수 비율’을 볼 때 최소 35세 이상인 사람의 것으로 보이고, 치아 상태로 볼 때 “요즘은 잘 쓰지 않는 저렴한 아말감으로 치아 14개 이상을 치료했는데 이는 중산층 가정에서 나고 자란 20대 박씨의 치아로 볼 수 없다”고 주장했다.
 
박씨가 제출한 MRI 영상 및 X-ray 사진에서 ‘황색 지방 골수 비율’을 볼 때 최소 35세 이상인 사람의 것으로 보이고, 치아 상태로 볼 때 “요즘은 잘 쓰지 않는 저렴한 아말감으로 치아 14개 이상을 치료했는데 이는 중산층 가정에서 나고 자란 20대 박씨의 치아로 볼 수 없다”고 주장했다. 피고인들은 제출된 MRI나 X-ray 사진에 나타나는 ‘의학적 차이’를 볼 때 제출된 사진에 찍힌 사람이 박씨가 아니라고 주장했다.