 반면, 검찰은 정치적 중립을 무시하는 권력에 굴복해서는 안 된다는 명분으로 맞섰다.
  공교롭게도 그해 1월 여소야대였던 국회의 정치개혁 특위는 국회법을 개정해 검찰총장 인사청문회를 도입했다.
  당시 다른 권력기관장(국정원장, 국세청장, 경찰청장) 인사청문회와 함께 처음 시작됐다.
  입법 취지는 “국회의 대정부 통제 기능 강화”였다.
  검찰의 독립과 정치적 중립을 강조하는 보수 야권의 목소리가 반영된 제도였다.
  사상 첫 검찰총장 인사청문회(3월 28일)에 임한 송광수 총장은 “국가보안법은 필요하다”는 등의 소신 발언으로 노무현 정부와 다른 의견을 보였다.
  청문회 이후 임명장을 받을 때 송 총장은 청와대에서 노 대통령을 만났다.
  그가 2009년 한 인터뷰에서 전한 내용은 당시 청와대와 검찰의 미묘한 기류를 보여 준다.
  ▶노 대통령 = “검찰총장이 높다 해도 대통령 밑에 있습니다.
  대통령의 통치 철학을 따라야 합니다.
 ” ▶송 총장 = “….
 ” ▶노 대통령 = “국민이 가장 위에 있고 그 다음에 대통령이 있고 총장은 그 밑에 있습니다.
 ” ▶송 총장 = “네, 맞습니다.
 ” ▶노 대통령 = “그렇기 때문에 검찰총장은 대통령의 통치 철학에 따라야 합니다.
 ” 송 총장이 이후 고개를 숙이고 있자 당시 배석한 강금실 법무장관이 분위기를 전환했다고 한다.
  송 총장은 “앞으로 참 어려운 일이 많겠구나”하는 생각이 들었다고 회고했다.
  당시 노 대통령이 요구한 것이 지금 문재인 대통령이 말하는 ‘검찰에 대한 민주적 통제’와 일맥 상통한다.
  ‘의견 개진’ 입법에 청와대 비상 검찰을 통제하는 방법은 대통령의 인사권이었다.
  그러나 법무부와 대립한 검찰은 인사협의권을 계속해서 요구했다.
  검찰청법 34조 1항의 ‘총장의 의견 개진’ 절차는 2003년 12월, 갈등을 불완전하게 봉합한 결과였다.
  당시 협상 과정을 잘 아는 검찰 인사는 “검찰은 ‘협의하여야 한다’를 요구했고, 법무부는 ‘검찰총장의 의견을 들어’로 절충안을 냈다.
  격론이 벌어졌고, 의견이 수렴되기는 했다.
  최종안은 국회 법사위에서 위원장 대안으로 만들어졌다”고 말했다.
  그는 “당시 법무부는 겉으로는 반대하면서도 (인사 협의 조항이) 총장의 권리 형식이 아닌 장관의 의무 형식으로 바꾸는 선에서 타협했다”고 말했다.
  16대 국회에 계류된 6건의 검찰청법 개정안이 법사위원장 대안으로 합쳐졌다.
  당시 한나라당의 김기춘 의원(전 대통령 비서실장)이 위원장이었다.
 
공교롭게도 그해 1월 여소야대였던 국회의 정치개혁 특위는 국회법을 개정해 검찰총장 인사청문회를 도입했다. 당시 다른 권력기관장(국정원장, 국세청장, 경찰청장) 인사청문회와 함께 처음 시작됐다. 입법 취지는 “국회의 대정부 통제 기능 강화”였다.