감사원장은 대통령이 임명하지만 감사원은 직무와 관련해 독립을 보장받는 헌법기관이다.
  그러나 감사원의 감사 결과기 정치적 논란을 부른 일이 과거에도 적지 않았다.
    대표적인 예가 4대강 사업에 대한 감사였다.
  감사원은 22조원이 투입된 이명박 정부의 역점 사업인 4대강 사업을 네 차례 들여다 봤다.
  그 결과는 매번 달랐다.
  첫 번째 감사는 사업 초기인 2010년에 이뤄졌다.
  당시 감사원은 퇴적토의 과다 준설 등 일부 문제점을 지적했지만, 사업 전반에 대해서는 법적 문제가 없다고 결론 내렸다.
  감사 결과는 4대강 사업의 정당성을 내세우는 근거로 활용됐다.
   그러나 이명박 정부 마지막 해인 2012년 5월에 실시된 2차 감사에서는 보의 내구성과 수문의 안전성에 문제가 있고 수질 관리도 잘못됐다는 결론이 나왔다.
  박근혜 정부 첫해인 2013년 1월 시작된 3차 감사에서 감사원은 들러리 입찰 5건과 가격담합 입찰 13건을 밝혀냈다.
  또 4대강이 한반도 대운하를 염두에 둔 사업이었다는 결론을 냈다.
   문재인 대통령도 취임 직후인 2017년 5월 보 개방과 함께 4대강 사업에 대한 네 번째 감사를 지시했다.
  감사원은 4대강 사업은 홍수 예방 효과가 미미한 사업이었고, 사실상의 운하 개발 사업이 이명박 전 대통령의 지시로 이뤄졌다고 판정했다.
   감사 결과대로라면 아무 문제가 없던 사업(1차)이던 4대강 사업은 총체적 부실 사업(2차)이 됐다가 한반도 대운하의 사전단계(3차)로 바뀌고, 알고 보니 대통령의 지시에 따른 졸속 운하 개발 사업(4차)이었던 것으로 변화된 셈이다.
   감사원은 정부 교체기나 새 정부 출범 직후 전 정부의 핵심 사업에 대한 감사를 벌여왔다.
   박근혜 정부 때인 2015년에는 전 이명박 정부가 추진했던 해외자원 개발 사업에 대한 감사가 실시됐다.
  감사원이 이명박 정부 때인 2012년 “석유ㆍ가스의 자주 개발률이 증가했다”며 성과를 거둔 사업으로 결론 내렸던 사안이다.
  그러나 2015년 감사에서는 “사업의 목적인 자원 확보는 미미하다”며 이명박 정부의 자체 평가를 뒤집었다.
  당시 감사원은 특히 “추가 투자비 상당액을 부채로 충당할 수밖에 없어 종국에는 국민 부담이 가중될 우려가 있다”고 밝혔다.
   이명박 정부 때인 2008년에는 지방교부세 특감(特監)을 했다.
  사실상 교부금 25억원이 배정된 봉하마을을 타깃이 돼 ‘봉하마을 특감’이라고도 불렸다.
 
감사원장은 대통령이 임명하지만 감사원은 직무와 관련해 독립을 보장받는 헌법기관이다. 그러나 감사원의 감사 결과기 정치적 논란을 부른 일이 과거에도 적지 않았다. 대표적인 예가 4대강 사업에 대한 감사였다.