  손실보상은 손실 발생 상황이 종료된 이후 보상하는 것이 원칙이나, 감염병 대응의 장기화로 인한 의료기관의 부담을 덜어주고자 매월 개산급 형태로 지급하는 것이다. 
   (경과) (1차, 4.9.) 1,020억 원, (2차, 5.29.) 1,308억 원, (3차 6.29.) 622억 원, (4차, 7.31.) 1,073억 원
 이번 5차 개산급을 포함하여 총 5,019억 원을 지급하게 되며, 추경 및 예비비로 확보한 7,000억 원의 약 72%를 집행했다.
  이 중 감염병전담병원(74개소)에 총 3,443억 원이 지급되었으며, 지방의료원(36개소)에 총 1,943억 원이 지급되었다.
 이번 5차 개산급은 203개 의료기관 대상 총 996억 원 규모이며, 의료기관당 평균 지급액은 약 4.9억 원이다. 
 5차 개산급 지급대상에는 코로나19 환자 치료의료기관(감염병전담병원, 국가지정입원치료병상 운영병원, 중증환자긴급치료병상 운영병원)과 선별진료소 운영병원, 생활치료센터 협력병원도 포함된다.
  감염병전담병원 508억 원 등 치료의료기관에 총 824억 원을 지급하며, 선별진료소 운영병원 107개소에 총 172억 원을 지급한다. 
   보건소 등을 제외한 손실보상 대상 선별진료소 운영병원 357개소 중(8.26일 기준) 진료비 손실이 발생하여 손실보상을 청구한 154개소에 손실보상 개산급 지급(47개소는 코로나19 환자 치료의료기관 유형으로 보상)
   생활치료센터 협력병원은 모두 선별진료소 운영병원에 포함됨
< 코로나19 손실보상 5차 개산급 지급 현황 (단위: 개소수, 억원) >
   각 유형별 중복 숫자 제외, 지급액은 유형별 전액 표시
 보상항목은 정부지방자치단체 지시로 병상을 비웠으나 환자 치료에 사용하지 못한 병상 손실(~7.31일 분까지), 환자 치료에 사용한 병상에서 발생한 손실(~7.31일 분까지), 코로나19 환자 외 일반환자 감소 또는 생활치료센터 진료 지원으로 인한 진료비 손실이다. 
  일반환자 감소 손실은 진료비 청구가 완료된 4월분까지 지급하며, 감염병전담병원으로 계속 운영 중인 곳은 재정상 어려움을 적기에 해소하기 위해 5~7월 예상분의 70%까지 추가 지급한다. 
   감염병전담병원 운영이 종료된 의료기관의 경우 9월부터 ▴회복기간 손실(최대 2개월)과 ▴장례식장, 매점 등 의료부대사업 손실도 보상 예정 
 이번 8월부터는 코로나19 방역 대응 과정에서 폐쇄업무정지소독 조치된 의료기관에 대해서도 손실보상금을 지급한다. 
 코로나19 확진환자 방문 등으로 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따라 정부지자체의 폐쇄업무정지 또는 소독 명령을 받은 경우 손실보상 대상이다.

이번 8월부터는 코로나19 방역 대응 과정에서 폐쇄업무정지소독 조치된 의료기관에 대해서도 손실보상금을 지급한다. 코로나19 확진환자 방문 등으로 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따라 정부지자체의 폐쇄업무정지 또는 소독 명령을 받은 경우 손실보상 대상이다. 손실보상은 손실 발생 상황이 종료된 이후 보상하는 것이 원칙이나, 감염병 대응의 장기화로 인한 의료기관의 부담을 덜어주고자 매월 개산급 형태로 지급하는 것이다.