 (종합상황실) 종합상황실을 설치하여 감염병 유입‧발생 동향에 대한 24시간 위기 상황 감시 기능을 강화한다.
 (위기대응분석관) 위기대응분석관을 신설하여 역학데이터 등 감염병 정보 수집분석 및 감염병 유행 예측 기능을 강화하고, 체계적 역학조사를 위해 역학조사관 교육‧관리 기능을 보강한다. 
  이를 통해 감염병의 특성을 신속하게 파악하고 대응하여 감염병의 대규모 확산을 미연에 방지하고, 백신치료제 개발에 유용한 정보를 생산‧제공할 수 있을 것으로 기대된다.
 (감염병정책국‧감염병위기대응국) 기존 감염병관리센터는 감염병정책국으로 재편되어 감염병 예방 및 관리에 관한 법률(이하 감염병예방법) 등 감염병 관련 법령과 정책‧제도를 총괄 운영하게 된다. 
  긴급상황센터는 감염병위기대응국으로 재편되며, 감염병 치료병상 및 비축 물자 확보 등 위기 대응 역량을 높인다.
 (의료안전예방국) 더불어, 의료안전예방국을 신설하여 백신 수급 및 안전 관리, 의료감염 감시 등 일상적인 감염병 예방 기능을 강화한다.
 (건강위해대응관) 생활 속 건강위해요인 예방사업을 적극 추진하고, 원인불명의 질병 발생 시 신속히 분석대응하기 위해 건강위해대응관도 신설된다. 
< 감염병연구소 신설, 감염병 연구를 포함한 보건의료 연구개발 역량 제고 > 
 (국립보건연구원) 국립보건연구원에는 연구기획조정부를 신설하여 연구개발(R&D) 전략 수립 및 성과관리 기능을 강화한다. 
  바이오 빅데이터 및 의료인공지능 등 미래의료 분야 연구 기능과 신장질환 등 맞춤형 질환 연구를 위한 인력도 보강된다. 
 (국립감염병연구소) 국립보건연구원 소속 감염병연구센터는 3센터 12과 100명 규모의 국립감염병연구소로 확대 개편된다. 
  국립감염병연구소에는 감염 바이러스에 대한 연구 뿐 아니라, 임상연구 및 백신개발 지원 기능 등을 보강하여 全주기 감염병 연구개발체계를 구축한다. 
  이로써, 본청의 감염병 정책 및 위기대응 기능과 국립감염병연구소의 연구개발 기능이 연계되어 감염병 대응 역량이 극대화할 것으로 기대된다.

(위기대응분석관) 위기대응분석관을 신설하여 역학데이터 등 감염병 정보 수집분석 및 감염병 유행 예측 기능을 강화하고, 체계적 역학조사를 위해 역학조사관 교육‧관리 기능을 보강한다. 이를 통해 감염병의 특성을 신속하게 파악하고 대응하여 감염병의 대규모 확산을 미연에 방지하고, 백신치료제 개발에 유용한 정보를 생산‧제공할 수 있을 것으로 기대된다.