 참석자들은 행정, 산업, 농업-상업-조달, 재정, 철도-교통의 5개 분과로 나뉘어 분과회의를 열었다. 분과회의는 레베데프, 로마넨코, 프루소프 등 소련군 군사회의 위원들이 각각 맡아서 진행시켰다.65)
 분과위원회에서 토의된 안건은 농산물 확충과 소련군을 위한 식량공출 문제, 군수공장을 민수공장으로 개편하는 문제, 금융재정문제, 지방기구의 정비 및 통일문제였다. 그 가운데에서 가장 심각한 토의안건은 농산물 확충과 소련군을 위한 양곡공출문제였다. 양곡공출은 소련군이 각도별로 할당했는데, 참석자들은 “도별로 붉은 군대의 엄청난 숫자의 양곡공출을 할당받고도 아무런 불평과 반대를 표명하지 못했다”고 한다.66) 그러나 곡물수매 사업은 부진하여 1945년 연말 현재 목표량의 20퍼센트밖에 달성하지 못했다.67) 평안북도인민위원회의 대표로 이 회의에 참석했던 함석헌(咸錫憲)은 “한마디로 해서 모든 것이 우리 생각과는 어긋나는 것뿐이었다”고 회고했다.68) 10월11일의 전체회의에서는 소련군사령부가 제출한 「북조선자치기관 조직의 기본원칙」이 채택되고, 북한에 중앙집중적인 경제관리기구를 설치하기 위한 결의들도 채택되었다.
 5도인민위원회 연합회의가 끝나자 치스차코프 사령관은 이튿날로 「북조선주둔 소련군제25군사령관의 성명서」를 발표했다.69) 그것은 스탈린 비밀지령의 골자를 일반주민들에게 재천명하고, 구체적인 조치들을 명령한 것이었다. 「성명서」는 모든 반일 민주주의 정당 및 단체들의 결성과 활동을 허가한다고 천명하면서, 그러나 그러한 정당이나 단체들은 자신들의 강령 및 규약과 함께 지도기관의 인원명부를 인민위원회와 군경무사령관에게 제출할 것을 요구했다(제2항 제1조, 제3조). 그리고 모든 무장대는 해산하고 모든 무기와 탄약과 군용물자는 군경무사령관에게 바치라고 명령했다. 그 대신 사회질서를 유지하기 위하여 도임시인민위원회들은 소련군 사령부와의 협의 아래 “평민 중에서”일정한 수의 보안대를 조직하는 것을 허가한다고 했다(제2항 4조). 이 명령에 따라 10월 12일을 기하여 모든 무장부대는 해산되고, 지방치안 목적으로 새로 조직되는 보안대에는 소련군 사령부가 ‘평민’이라고 인정하는 사람들만 들어갈 수 있게 되었다.70)

5도인민위원회 연합회의가 끝나자 치스차코프 사령관은 이튿날로 「북조선주둔 소련군제25군사령관의 성명서」를 발표했다. 그것은 스탈린 비밀지령의 골자를 일반주민들에게 재천명하고, 구체적인 조치들을 명령한 것이었다. 「성명서」는 모든 반일 민주주의 정당 및 단체들의 결성과 활동을 허가한다고 천명하면서, 그러나 그러한 정당이나 단체들은 자신들의 강령 및 규약과 함께 지도기관의 인원명부를 인민위원회와 군경무사령관에게 제출할 것을 요구했다(제2항 제1조, 제3조).