갑사 창건의 가장 오래된 연원은 6세기 신라 진흥왕대에 창건했다는 설이 있으며, 갑사가 화엄십찰의 하나로 「삼국유사」의 내용에서도 확인되어 적어도 9세기 이전에 창건되었음을 알 수 있다. 갑사 대웅전은 임진왜란 직후에 중건되어 여러 차례 중수를 거치면서 현재까지 이어져 온 불전이다. 17세기 기록에 의하면 금당자리라고 불리는 곳이 따로 있었기 때문에 삼국시대에 절이 창건될 때의 법당의 위치는 아니지만, 대웅전은 정유재란 이후 갑사에서 가장 먼저 재건된 건축물 중 하나로서 이후 그 형식을 대체로 유지해 온 것으로 추정된다. 또한 대웅전 내부의 ‘갑사소조삼세불(보물 제2076호)’이 1617년에 조성되었고, ‘갑사삼신괘불탱(국보 제298호)’은 1650년에 그려졌으며, 1659년에 「갑사사적비」가 세워지는 과정을 고려하면, 갑사 대웅전의 건립연대는 17세기 초에 지어졌음을 증명한다. 17세기 건축으로서 갑사 대웅전은 전환기 건축의 특징을 지닌다. 정면5칸, 측면3칸의 건축규모는 사례가 많지 않으며, 8척, 12척 등 간단한 비례로 구성하였고, 맞배지붕에서 정면과 배면 공포의 형식이 동일하고 등간격의 배치를 하고 있다. 이는 아직 조선 후기의 건축적 경향이 유행하기 이전의 상황을 간직하고 있다고 볼 수 있다. 목구조에서 휘어진 재료를 최소한으로 가공하여 새로운 미학을 탐구하는 태도 역시 이 시대에 새로 등장한 경향이라고 할 수 있다. 이처럼 갑사 대웅전은 17세기에 크게 확장된 다포계 맞배집의 전형적인 형식을 공유하면서 조선 후기의 건축적 경향을 제안하고 있다는 점에서 건축사적 가치가 높다. 갑사 대웅전은 연혁과 유래를 알 수 있는 각종 기록과 유물이 잘 남아 있고, 중건 당시인 17세기 다포 맞배건물의 특징으로 나타나고 있는 평면구성과 공포의 구성수법, 상부 가구와 닫집 등을 비교적 잘 간직하고 있다. 또 대웅전 내에는 건물의 역사와 함께한 불상과 불화 등의 귀중한 소장 유물이 온전히 잘 보전되고 있다.  정면 5칸의 비교적 큰 규모의 갑사 대웅전은 충남을 대표하는 통일신라시대 고찰의 주불전으로 17세기의 양식적 편년을 비롯한 건축사적 가치가 크다고 판단된다.
갑사 대웅전은 연혁과 유래를 알 수 있는 각종 기록과 유물이 잘 남아 있고, 중건 당시인 17세기 다포 맞배건물의 특징으로 나타나고 있는 평면구성과 공포의 구성수법, 상부 가구와 닫집 등을 비교적 잘 간직하고 있다. 정면 5칸의 비교적 큰 규모의 갑사 대웅전은 충남을 대표하는 통일신라시대 고찰의 주불전으로 17세기의 양식적 편년을 비롯한 건축사적 가치가 크다고 판단된다.