 정태하 소장의 능숙하고 신속한 대처로 원자로 탱크의 균열을 신속히 복구했다. 그러나 제너럴 어토믹은 원자로 계통만 공급하기로 돼 있었고, 2차 계통인 배관 계통은 우리가 자력으로 설계와 시공을 끝내야 했다. 설상가상으로 연구소 내분으로 그동안 원자로 공사의 주축을 담당했던 윤세원, 김태봉 핵심 부장 인력들이 해임돼 그 공백이 컸다.
 문제는 그뿐이 아니었다. 당초 설계에는 원자로 건물 내부의 열교환기만 포함돼 있었고, 외부 냉각타워가 빠져 있던 것을 뒤늦게 발견했다. 외부 냉각타워는 원자로에서 빠져나온 뜨거운 냉각수를 전동팬으로 강제 냉각해 열을 대기로 방출하는 공랭식 냉각장치다. 이관(李寬) 연구관과 장근수(張根秀) 연구관의 주도로 냉각타워를 설계하고 자체 제작도록 했다.
 그해 10월 원자로 건물 외부에 설치하고 있던 냉각타워 공사가 완료돼 냉각계 시험도 성공적으로 끝마쳤다. 이때 원자로는 제너럴 어토믹사와 공급계약에 의해 도입한 것이라 우리 측에 설계도면을 넘기지는 않았다고 한다. 장지영(張志瑛) 연구관 등은 미국 측 기술진이 퇴근한 후 원자로 부품 하나하나와 설치절차 및 연결상태 등을 일일이 스케치했다고 한다. 원자로실 크레인도 이병호(李炳昊) 연구관이 최초설계를 보완해 다시 제작했다. 두 달간의 숨가쁜 사투가 이어졌다. 원자로 설치 준비가 비로소 끝난 것이다.
 1962년 1월 18일, 제너럴 어토믹사의 원자로 엔지니어인 존 배치(John Batch)가 원자로 최종 조립을 위해 방한했다. 존 배치는 1961년 9월에도 원자로 조립을 위해 왔으나, 우리 측 담당 부분이 너무 미흡하다며 다시 미국으로 돌아갔던 인물이다. 그러나 이번에는 달랐다. 연구소 연구관들은 존 배치를 도와 송요택(宋堯澤), 이병호, 이관, 장근수, 장지영 연구관 등이 기계설치에 참여했고, 운전제어실의 설치와 계측제어장치의 실험은 김종련(金鍾鍊) 연구관이 참여했다. 정태하 소장과 연구관들은 매일 자정 무렵까지 야근을 하고 철야도 불사했다. 존 배치는 2개월여 동안 한국에 머물며 그해 3월 18일 원자로 설치공사를 성공적으로 마무리한다. 단 5개월의 공기(工期)로 계획한 원자로 건설공사를 내분과 사고 등으로 7배의 시간이 더 걸려 장장 2년8개월 만에 완료한 것이다.

그해 10월 원자로 건물 외부에 설치하고 있던 냉각타워 공사가 완료돼 냉각계 시험도 성공적으로 끝마쳤다. 이때 원자로는 제너럴 어토믹사와 공급계약에 의해 도입한 것이라 우리 측에 설계도면을 넘기지는 않았다고 한다. 장지영(張志瑛) 연구관 등은 미국 측 기술진이 퇴근한 후 원자로 부품 하나하나와 설치절차 및 연결상태 등을 일일이 스케치했다고 한다.