교육부장관후보자 황우여] "그러니까 이 부분에 대해서는 초기에는 이러한 위험성을 걱정을 많이 해서 우리가 20%라든지 여러 가지 보완 규정을 넣었습니다마는 지금은 자사고의 핵심 문제는 과연 건학이념과 그 설립목적이 제대로 되었느냐 하는 문제입니다."
유은혜 위원] "그런데 후보자께서는 지금 자사고가 사실은 일반고가 황폐화되는 데 굉장히 결정적 요인이 되고 있고 또 신흥 입시 명문고로 부활이 되는 그래서 굉장히 여러 가지 어려움을 겪고 있는 현실을 잘 알고 계시지 않습니까?"
교육부장관후보자 황우여] "그렇습니다."
유은혜 위원] "그래서 지금 이 부분에 대한 문제가 되고 있는 폐지의 논란 또 교육감이 교육부장관하고 협의하도록 되어 있는 이 과정에 대해서 장관이 되신다면 어떤 입장을 취하실 것입니까?"
교육부장관후보자 황우여] "여러 차례 말씀을 드린 바와 같이 자사고 문제는 건학이념이 뚜렷하고 그것을 중심으로 해서 유지되어야지 지금처럼 상위 50%를 추첨에 의해서 데리고 가서 한다면 다른 일반고에 대한 악영향이……"
유은혜 위원] "제가 시간이 없어서요 길게 말씀 못 들어서 죄송하지만 이 자사고 문제는 사실은 우리의 중ㆍ고등학교 입시까지를 정상화시키는 매우 핵심적인 문제라고 보기 때문에 이 부분과 관련해서도 좀 근본적인 대안들을 만들어 주시기를 요청드립니다.  그리고 역사 교과서 문제는 많이들 말씀을 하셨는데 2002년도에 후보자께서는 그때 검인정이 국정교과서에서 근현대사 교과서가 검인정으로 바뀔 때였는데 그 당시에는 “국정교과서가 독재정권 시절의 산물이었다.” 이런 비판도 많이 하셨어요.  그런데 지금은 또 다른 입장이시더라고요. 정권에 따라서 이런 역사 교과서에 대한 철학이나 소신이 바뀌어서는 안 되는 것 아닙니까?   여러 위원님들이 지적하셨기 때문에 이 부분은 좀 감안해 주시기 말씀드리고 국립대학재정회계법 관련해서 지금 기성회비 반환소송이 대법원 판결이 얼마 안 남은 것 같은데 저희 서면답변에 “국립대학 재정회계법을 제정하면 된다.” 이렇게 말씀하신 것 같아요.  그런데 법적으로 유일한 등록금은 수업료이지 않습니까? 그동안의 문제는 불법적으로 기성회비를 받아왔던 것이고 그래서 문제가 된 것인데 이것을 수업료에 합쳐서 받게 되면 고등교육법상 등록금 인상률 상한제에 위반하게 됩니다.   그런데 이 부분을 그냥 국립대학 재정회계법만 처리하면 된다는 것을 대안으로 생각하고 계신다면 이것은 매우 무책임하고 고등교육의 국가에 대한 책무를 지지 않겠다는 뜻과 다름없다고 생각하기 때문에 이 부분에 대해서는 어떻게 하시겠습니까?"

유은혜 위원] "제가 시간이 없어서요 길게 말씀 못 들어서 죄송하지만 이 자사고 문제는 사실은 우리의 중ㆍ고등학교 입시까지를 정상화시키는 매우 핵심적인 문제라고 보기 때문에 이 부분과 관련해서도 좀 근본적인 대안들을 만들어 주시기를 요청드립니다. 교육부장관후보자 황우여] "그렇습니다." 유은혜 위원] "그런데 후보자께서는 지금 자사고가 사실은 일반고가 황폐화되는 데 굉장히 결정적 요인이 되고 있고 또 신흥 입시 명문고로 부활이 되는 그래서 굉장히 여러 가지 어려움을 겪고 있는 현실을 잘 알고 계시지 않습니까?"