El 3 de diciembre de 2007, un escrito de la Corte de Cuentas de la República llegó al Ministerio de Obras Públicas, cuyo titular era Jorge Nieto ; el escrito comienza citando otra correspondencia enviada por él al entonces presidente de la contraloría, Rafael Hernán Contreras, quien consultaba sobre modificaciones en el contrato llave en mano de la construcción bulevar Diego de Holguín, tramo II. Contreras le dice a Nieto que la ejecución de la obra requiere una resolución inmediata a los conflictos y que una cláusula por la cual se renuncia al arbitraje puede ser objeto de moficicación para adecuarla a los procedimientos ya establecidos en la Ley. Respecto al contrato llave en mano, Contreras dice que en el presente caso ( contrato de tramo II de la Diego de Holguín ) no se trata de ninguna de las figuras que prohíbe la Ley de Adquisiciones y Contratadiones de la Administración Pública ( Lacap ) sino de una modificación de forma, la cual es viable realizar. Los fiscales que llevaron el caso ante los tribunales explicaron que una de las principales ilegalidades de Nieto fue haber modificado el contrato llave en mano y haber beneficiado al contratista Copreca - Linares para que recibiera pagos sin haber teminado el bulevar, esto incluyendo un arbitraje que, según la Fiscalía General de la República, fue un arreglo directo entre el exministro y la constructora. El escrito de 2007 dice que Hernán Contreras recomendó a Nieto viabilizar la obra, a través de un arbitraje. Según los hijos del exministro, Jorge y Carlos ambos de apellidos Nieto Punyed, dicen que esta carta fue excluida como prueba de parte de la Fiscalía General, en el proceso penal. Los hermanos Nieto también dicen que el Tribunal Quinto de Sentencia no valoró toda la prueba presentada en el proceso y que seleccionó aquella que señalaba a su padre, dejando de lado la prueba de descargo. Señalan que el Tribunal hizo sus propios cálculos para determinar una responsabilidad civil de $ 12. 9 millones, cuando el peritaje financiero contable no concluyó eso. Jorge Nieto Meléndez fue condenado a 12 años de cárcel el pasado 29 de mayo por peculado.