Hernández habría estado ligado al narcotráfico desde el año 2004. Inició la conspiración para el transporte de más de 500 mil kilogramos de cocaína hacia EEUU, con la participación de Hernández. Es capturado en Miami, Juan Antonio Tony Hernández, acusado de ser operador del narcotráfico. Declarado culpable en 2019. Tony Hernández, fue condenado a cadena perpetua. Los fiscales de EEUU revelaron los nexos de Juan Orlando con el narcotráfico. Se revela que EEUUU solicitó la extradición del expresidente Hernández, siete días después de haber sido incluido en la Lista Engel.