En el caso conocido como El Chaparral, el Juzgado Noveno de Paz de San Salvador, también le giró orden de captura por los delitos de lavado de dinero, agrupaciones ilícitas e instigador en el delito de peculado. El expresidente también tiene órdenes de detención en el caso Corruptela y divulgación del Reporte de Operaciones Sospechosas ( ROS ). Todos esos expedientes están en la fase de investigación, tres en el Juzgado Séptimo de Instrucción y uno en el Juzgado Noveno de Instrucción de San Salvador. Funes también estaría señalado de haber pagado sobornos al exfiscal general salvadoreño, Luis Martínez, para que no lo investigara en el caso de la construcción de la presa Hidroeléctrica, El Chaparral, según una investigación fiscal que señala al exfiscal de haber recibida dádivas de varias personas, incluídos empresarios.