Carlos murió atropellado tras una persecución entre el sábado 8 y domingo 9 de marzo de 1980. Uno de los hombres clave en el día del asesinato del comandante Marcos es el actual vicepresidente, Felix Ulloa, quien aún en su libro Historias y Memorias él estuvo ese día con Raúl Hernández en Santa Ana, de hecho lo esperaba en el casco urbano de esa ciudad para regresar juntos a San Salvador, luego de una reunión en las instanaciones de la Federación Nacional Sindical de Trabajadores Salvadoreños ( Fenastras ). Ulloa narra en sus memorias que a las 12 : 25 de la tarde salió de la catedral de Santa Ana rumbo al local de Fenastras, mientras se conducía en su vehículo, en menos de tres minutos y a una cuadra de llegar, señala que unos hombres armados cerraban el paso en esa calle, en su libro explica que visualizó dos pick ups que se movilizaron rápidamente recogiendo también a los que bloquean el paso en la calle, no me cupo la menor duda, venían del local de FENASTRAS, remarcó. Una señora que pasó a mi lado con sollozos contenidos me dijo, se los llevaron los escuadrones de la muerte, a esos ya no los volveremos a ver, pobres muchachos, agregó Ulloa. No obstante, la familia desconoce si las investigaciones han solicitado la colaboración del vicepresidente en el caso, principalmente porque consideran que fue un hecho impactante para Ulloa al escribirlo en su biografía. La Fiscalía señaló que las investigaciones están detenidas, pues al no encontrar los cuerpos en la plaza solicitaron un listado de trabajadores que pudieran ser testigos. El 6 de marzo de 1980, Raúl Hernández fue asesinado en Santa Ana y el 9 del mismo mes, muere Carlos Arias, ambos fueron enterrados en la plaza Salvador Allende de la UES. El 15 de febrero de 2019, la hermana de Raúl denunció el asesinato. Inician las excavaciones en la plaza Salvador Allende de la UES, en busca de los restos de los estudiantes.