8 de junio de 2018, se acusó a Funes y demás imputados de sustraer $ 351, 035, 400. 49 de las arcas del Estado, configurándose delitos como lavado de dinero, peculado, casos especiales de lavado de dinero y activos, así como casos especiales del delito de encubrimiento, ilícitos que menciona la Ley Especial de Extinción de Dominio. Entre los bienes que la Fiscalía busca que pasen al Estado hay lujosas casas, ranchos de playa y terrenos, ubicados en el departamento de La Libertad, así como unas 20 manzanas cultivadas de caña de azúcar. Se menciona una casa en Sierra Alta, Santa Elena, vinculada a Ada Mitchell Guzmán, compañera de vida del expresidente, así como dos propiedades de Ada Luz Sigüenza de Guzmán. También hay una casa ligada a la ex primera dama, Vanda Pignato y dos avionetas del empresario Miguel Menéndez, conocido como Mecafé, que la fiscalía encontró en el aeropuerto de Ilopango. La Fiscalía presentó solicitud de ratificación de secuestro para garantizar que bienes de acusados no fueran traspasados, ni vendidos. Se venció el plazo para oficializar la petición de extinción de dominio, pero el Ministerio Público solicitó una prórroga. Fue presentada la solicitud de extinción de dominio con la cual la Fiscalía pretende que los bienes de acusados en Saqueo Público pasen al Estado.