Miembros del Grupo de Monitoreo Independiente de El Salvador ( GMIES ) y Carlos Palacios Campos, hermano del sacerdote o Rafael Palacios, instaron a la Fiscalía General de la República investigar el crimen denunciado en 2013. Presuntamente, el sacerdote fue asesinado por miembros de un grupo de exterminio, el 20 de junio de 1979, cuando regresaba de desayunar con una familia de la comunidad que atendía, en Santa Tecla. Ahí, cuatro hombres de la Unión Guerrera Blanca, un escuadrón de la muerte, lo golpearon y le dispararon en el cuerpo y la cabeza. El hermano del sacerdote explicó que la denuncia fue hecha hasta el 20 de marzo de 2013 porque durante el conflicto armado, las autoridades desaparecían a las personas que se atrevían a acusar a miembros de seguridad estatales que habían violentada o llevado a algún familiar. El hermano del padre Palacios dijo que en junio del año pasado acudieron nuevamente al Ministerio Público a rendir una declaración sobre cómo ocurrió la muerte del pastor católico, pero el proceso se mantiene estancado. " A partir de ese momento nosotros queríamos como familia Palacios Campos conocer la verdad del caso y conocer también a los asesinos intelectuales, materiales del hecho y que se aplique justicia porque eso es importante para nosotros ", aseveró Palacios Campos en conferencia de prensa. Asimismo, Benjamín Cuéllar, del Laboratorio de Investigación y Acción Social contra la Impunidad de la GMIES señaló que los cuatro fiscales de la unidad de delitos relativos al conflicto armado están saturados de casos de crímenes de guerra con al menos 60 casos cada uno, por que solicitan al fiscal general, Raúl Melara, que destine más recursos para resolver las denuncias y judicializar los casos. La GMIES ha denunciado nueve casos, entre ejecuciones extrajudiciales, casos de tortura, casos de desaparición forzada y masacres.