República y los tribunales han recibido peticiones de organizaciones y víctimas de guerra para que se investiguen casos cometidos en el conflicto, entre ellos, el asesinato del arzobispo salvadoreño Monseñor Óscar Romero, la masacre de la zona Rosa, el derribo del helicóptero en Lolotique, San Miguel ; además, el asesinato del entonces presidente de la Comisión de Derechos Humanos ( no gubernamental ) Herbert Anaya Sanabria, y el secuestro de Armando Durán. Seis sacerdotes jesuitas y dos colaboradoras fueron asesinados en el Centro Pastoral de la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas ( UCA ).