El 27 de noviembre del año 2009, en la Sala de lo Contencioso Administrativo de la Corte Suprema de Justicia ( CSJ ), se inició un proceso contra Salvador Sánchez Cerén, entonces ministro de Educación, por haber avalado el 9 de julio de ese año, al Consejo Superior Universitario de la UMOAR para el período 2009 - 2012. Esa demanda fue interpuesta por Juan José Solórzano Arriola y Alfredo Antonio Lobo, pero la retiraron en octubre del año 2012, un mes antes de que el FMLN oficializara la candidatura a la Presidencia de Sánchez Cerén, el 11 de noviembre de ese mismo año. Sánchez Cerén necesitaba tener un camino limpio y sin obstáculos legales, pero como la demanda le afectaba su candidatura, su jefe de campaña, Manuel Melgar, supuestamente se habría acercado a Solórzano Arriola y Lobo, para negociar el retiro de ese demanda y a cambio les regresarían la UMOAR y expulsarían al Consejo Superior Universitario 2009 - 2012, del que eran parte los tres profesionales que ahora han interpuesto la denuncia en la Fiscalía. En el escrito presentado en el Ministerio Público, los denunciantes señalan esa supuesta negociación que se habría dado y con la cual se permitió que la actual administración de facto de esa universidad siga fungiendo. Esa supuesta negociación política y las presuntas influencias de Juan José Solórzano Arriola con altos dirigentes del FMLN, habrían llevado al Ministerio de Educación a no cumplir incluso una sentencia de la Sala de lo Contencioso Administrativo, incluso a no ser capturado por la Policía, a pesar de las dos órdenes de captura que tiene vigentes por dos supuestas estafas agravadas. La demanda en la Sala de lo Contencioso Administrativo quedó activa porque los dos apoderados legales de los miembros fundadores de la UMOAR siguieron el proceso a título personal, pero el 30 de agosto de 2013, el tribunal superior ratificó al Consejo Superior Universitario 2009 - 2012 y se pronunció a favor del Mined y la DNES, tras esa sentencia que pronunciaron el 9 de julio de 2009.