El presidente de la República, Nayib Bukele, nombró a Villatoro fue director de Aduanas durante la gestión del expresidente Antonio Saca ( 2004 a 2009 ), fue jefe de la unidad del crimen organizado de la Fiscalía General de la República de 1998 - 2004. El presidente hizo un recuento de algunas estrategias con las cuales el Gobierno, afirma, ha logrado una drástica y constante disminución de homicidios en El Salvador. Bukele aseguró que en el combate a la violencia, luego de la reducción de homicidios ; ahora buscarán ya no solo bajar los homicidios sino encontrar a los homicidas. Según el mandatario, los homicidios se han ido bajado con el Plan Control Territorial, el trabajo de los centros penitenciarios, el trabajo de la Policía Nacional Civil, el trabajo de la Fuerza Armada y estrategias de inteligencia para reducir estos delitos. El presidente aseguró que ya están terminando el centro de investigación forense, para poder saber de quién es una gota de sangre o una uña con todo el sistema de ADN que van a tener. También, dijo, sabrán de quién es un arma. Villatoro fue nombrado como ministro en lugar de Rogelio Rivas, quien duró 21 meses en el cargo, desde que Bukele asumió como gobierno.