El general Juan Rafael Bustillo fue intimado por el Juzgado Segundo de Primera Instancia de San Francisco Gotera, en Morazán por los delitos de asesinato, violación agravada, privación de libertad, violación de morada, robo, daños agravados, estragos, actos de terrorismo y actos preparatorios de terrorismo, delitos contemplados en el Codigo Penal de 1973, ya derogado. Este proceso inició por denuncia interpuesta el 26 de octubre de 1990, por Pedro Chicas Romero, en la cual expuso una serie de crímenes cometidos en el caserío El Mozote y otros lugares aledaños. Por la masacre conocida como El Mozote, perpetrada entre el 10 y 11 de diciembre de 1981, se hicieron diligencias encaminadas a la investigación en los años 1990 hasta septiembre de 1993. Pero en este último año el Juzgado Segundo de Primera Instancia terminó las pesquisas y decretó un sobreseimiento invocando la Ley de Amnistia, aprobada por la Asamblea Legislativa. Hasta en ese año, en el proceso no existían personas individualizadas, pero en el 26 de noviembre del año 2006, querellantes presentaron una acusación formal pidiendo anular el sobreseimiento definitivo dictado en 1993 y se reabriers el caso. Aún con la información y la individualizacion de Bustillo y otros seis militares, el juzgado no accedió a reabrir el caso porque en ese año aún estaba vigente la Ley de Amnistía, pero tras la derogación de dicha ley, el 30 de septiembre de 2016 por la Sala de lo Constitucional, el juzgado reabrió el proceso y citó a los imputados para intimarlos. Bustillo, quien fue el comandante de la Fuerza Aérea, entre octubre de 1979 y diciembre de 1989, es acusado como un mediador de los hechos, es decir que dieron supuestamente las órdenes como parte de un aparato organizado de poder enquistado en la Fuerza Armada. El imputado a pregunta del juez dijo que iba rendir su declaración indagatoria hoy, pero su abogado defensor lo asesoró y finalmente se programará para otra fecha, algo que fue cuestionado por el querellante David Morales, quien sostuvo que se daban las condiciones para que