Fuerzas combinadas del Ejército y de los cuerpos de seguridad, apoyadas por helicópteros, penetraron al mediodía del jueves 26 de junio a la Universidad de El Salvador después que en una zona marginal adyacente, conocida como La Fosa, se produjo un enfrentamiento armado con extremistas que dejó un saldo de por lo menos 15 muertos. Algunos subversivos huyeron hacia al interior de la Universidad y los militares los persiguieron, incursionando al campus. Al día siguiente, batallones de militares cateaban la Universidad, en busca de posibles escondites de armas en diferentes facultades. Los militares iban piso por piso derribando puertas en oficinas, locales estudiantes, bibliotecas, laboratorios, aulas. En otras facultades rompían vidrios de oficinas para penetrar en las mismas. Ulloa denunció que la ocupación fue el epílogo de una serie de actos contra la Universidad que han dañado moral y físicamente el centro de enseñanza superior. Nosotros pedimos al gobierno el cese de tanta represión y el debido respeto a la autonomía universitaria, decía Ulloa. Las autoridades universitarias denunciaron entonces la Habría otra intervención más el 12 de noviembre de 1989 y su ocupación duraría un año. Entre 1986 y 1990, hubo un cerco militar al campus a cargo de la Primera Brigada de Infantería a cargo del coronel Francisco Elena Fuentes.