El 4 de febrero de 1913 ocurrió un hecho sin precedentes en la historia de El Salvador : Aquella noche, el presidente asistía a un concierto de la banda de los Supremos poderes en la hoy plaza Gerardo Barrios. Lo acompañaban su sobrino Tomás Peralta y sus amigos Francisco y Carlos Dueñas. Sentado en una de esas bancas fue que Cinco heridas de machete y un balazo en el hombro Ahí empezó su larga agonía. Hubo originalmente informes alentadores sobre su salud, pero el deterioro fue imparable. Trece días después del crimen, El Gobierno declaró 30 días de luto y el país se vio conmocionado. La causa del crimen nunca quedó totalmente esclarecida pero. Nunca hubo una investigación policial seria, la rapidez del fusilamiento de los tres campesinos y el suicidio del mayor Carmona generaron aún más dudas sobre lo sucedido. Su familia era de origen portugués que se estableció en el país. Durante su gobierno implantó una serie de reformas sociales y económicas, fundo la Guardia Nacional, estabilizó las finanzas públicas del Estado y fue un opositor al endeudamiento externo.