Cinsiyet değiştirme ameliyatlarında iyileşme süreci kişiden kişiye değişebilir ancak genel olarak ameliyat sonrası iş hayatından uzak kalınması önerilmektedir. İyileşme süreci ameliyatın tipine ve kişinin vücut yapısına göre değişebilir, ancak normal hayata dönüş genellikle ameliyattan birkaç hafta sonra olur. Ameliyat sonrası dönemde doktorun önerilerine uyulması ve dinlenmeye önem verilmesi iyileşme sürecini hızlandırabilir.
Kadın, erkeğe 2 aşamalı yaklaşık 2 ay, erkekten kadına 3 hafta.