بدأت شهرة الخرطوم قبل نحو قرنين، وتحولت رويداً رويداً إلى مدينة حديثة حيث تأثرت حضرياً بما حولها، بعدما كانت منطقة غير مأهولة تغطيها الغابات، التي لايزال أشهرها في وسط الخرطوم عند القتاء النيلين الأبيض والأزرق، وكان يأتيها المسافرون ليعبروا عندها النيل ويرتادها صائدو الأسماك في مواسم الصيد ويعودون أدراجهم بما اصطادوا . ولا يقطنون فيها لأن مياه الفضيان كانت تغرق أجزاء كبيرة من الخرطوم آنذاك .ومن أشهر الشخصيات التي ارتبط اسمها بالخرطوم الفقيه أرباب العقائد حين تركها في حوالي عام 1691 وعبر النهر وانتقل إلى جزيرة توتي ليقوم بإنشاء قرية كبيرة مأهولة حيث أسس مسجده وخلوته الدينية لتعليم القرآن وأصول الفقه، وشيئاً فشيئاً ذاع صيت الشيخ أرباب العقائد وتوافد عليه طلاب العلم من كل فج وقد ذكر كاتب الشونة أن الرحال قد شدت إليه وأن تلاميذه تجاوز عددهم الألف طالب .وحسب المؤرخين، فإن الخرطوم كانت موجودة قبل أن يأتي أمر تأسيسها كعاصمة للحكم لاحقاً، وهو ما تم على أيدي الأتراك، ففي ذلك الوقت كانت سلطنة الفونج في أوج قوتها وعظمتها وكانت عاصمتها سنار، وكان ملوك العبدلاب يحكمون الجزء الشمالي من السودان بالوكالة عن سلاطين الفونج وكانت عاصمتهم في منطقة الحلفايا الحالية بمدينة الخرطوم بحري .العصر التركيوفي عام 1820 أرسل محمد علي باشا والي مصر، ابنه إسماعيل على رأس قوة كبيرة لفتح الأقاليم المنضوية تحت مملكة الفونج بينما أرسل محمد بك خسرو الاستمبولي السهير بالدفتردار لفتح مملكة الفور، وقد بدأ السودان عصراً جديداً يعرف بالعصر التركي، تميز في أيامه الأولى بالقلاقل والاضطرابات والثورات والحروب، وظلت جيوش الأتراك في حرمة مستمرة لإسكات الاضطرابات وفتح الأقاليم التي لم تفتح بعد .وقد تحول بريق الخرطوم إلى مدينة ودمدني (نحو 270 كيلومتراً جنوباً)، عندما نقل الاتراك العاصمة إلى هناك، إلا أن خورشيد باشا أعاد إلى الخرطوم مجدها وأقام فيها بشكل دائم، ويعد مؤسسها الأول حيث اتسعت في عهده اتساعاً عظيماً، فأسس فيها مسجداً كبيراً وبنى ثكنات للجند كما شجع الأهالي على بناء منازل وذلك بتصنيعه للطوب الأحمر في منطقة سوبا وتقديمه للأهالي مجاناً لكي يبنوا منازلهم .وجاء بعده عبداللطيف باشا، وأضاف منشآت جديدة، فبنى قصر الحكمدارية (مقر الحكومة) وهو القصر الذي قتل فيه غوردون باشا، وقد شيد من جديد في عهد الإنجليز، واستمر إدخال التحسينات عليه إلى أن أصبح القصر الجمهوري الحالي المقر الرسمي لحكومة السودان . واستمرت الخرطوم عاصمة للأتراك حتى سقطت على أيدي قوات الثورة المهدية في عام 1885 .الخرطوم الحديثةوحظيت الخرطوم الحديثة، باهتمام اللورد الإنجليزي كتشنر الذي سعى إلى إنشاء مدينة على النمط الأوروبي، وقد قسم المدينة إلى قسمين كبيرين يفصل بينهما شارع فيكتوريا الذي تحول الآن إلى شارع القصر وكان القسم الشرقي في أغلبه الأعم للسكنى، في حين كان القسم الغربي للنشاط الحكومي والمالي، وقد جعل كتشنر ثكنات الجيش على أطراف المدينة وبدأت الحياة تدب في المدينة الخربة منذ أواخر عام 1899 لتستمر إلى يومنا هذا .وقد غزت الأشكال المعمارية الحديثة مدينة الخرطوم، واختلفت من أوروبية إلى مساكن شعبية أهلية وطرز إسلامية، وأخرى آسيوية بفضل العمالة الصينية التي وفدت مع استخراج البترول منذ نحو عقد من الزمان، وتمددت الخرطوم حتى صارت دولة قائمة بذاتها، وارتفع عدد سكانها ليبلغ نحو 14 مليون نسمة، قبل هجرة الجنوبيين الأخيرة بعد الاستفتاء .وتضم الخرطوم خليطاً من كل قبائل السودان، وتحولت قرويتها واعتمادها السابق على الزراعة، إلى مدينة حديثة تعتمد على الصناعة ووسائل العيش العصرية وإن كان بعض أطرافها يحتفظ بقرويته وزراعته .