يجد الأسرى الفلسطينيون من مدينة القدس المحتلة، أنفسهم أمام معاناة مضاعفة بسبب وقوعهم بين مطرقة التمييز الإسرائيلي وسندان إهمال السلطة الفلسطينية. فهم من جانب أسرى فلسطينيون لكنهم في اغلب الحالات خارج أية صفقات تبادل كونهم من أبناء القدس، المدينة المحتلة التي تعتبرها إسرائيل عاصمتها.وحسب تقرير صادر عن مؤسسة القدس الدولية على معاناة قدامى الأسرى المقدسيين وحصلت الخليج على نسخة منه، يعاني الأسرى المقدسيون مرتين، حيث تفرض سلطات الاحتلال عليهم قوانين السجناء الإسرائيليين فتستثنيهم من أي صفقة تبادل، بينما تتعامل معهم كأسرى فلسطينيين فيما يتعلق بحقوقهم الإنسانية، بما في ذلك حرمانهم من رؤية ذويهم. ووفقا للتقرير فإن المؤسسة تسعى لاختراق جدران الصمت المحيطة بالأسرى المقدسيين البالغ عددهم 525 أسيراً، بينهم 6 نساء و12 طفلاً، ومنهم 51 أسيراً اعتقلوا قبل اتفاقات أوسلو. وأظهرت الدراسة أن الأسرى المقدسيين يعانون، كما باقي الأسرى، من ظروف الاعتقال السيئة، ومن وحشية تعامل جنود الاحتلال معهم، إضافة إلى الإهمال الطبي المتعمد، ما أدى إلى استشهاد 12 أسيراً منهم. ويقول أمين عام مؤسسة القدس الدولية د.محمد أكرم العدلوني إن أسرى القدس لا ذنب لهم سوى أنهم مقدسيون يقاومون الاحتلال، مشيراً إلى أن إسرائيل تعاملهم كشأن من شؤونها الداخلية. وأضاف للأسف الشديد فقد رسّخت عمليات التبادل السابقة هذا الفهم، والاتفاقيات المبرمة ما بين السلطة الفلسطينية وسلطات الاحتلال، هي الأخرى كرّست ذلك من خلال تجاهلهم واقتصار الحديث عن أسرى الضفة والقطاع.