الإسلام أول دين سماوي يدخل أرض أوغندا، على أيدي التجار العرب، إضافة إلى تأثير المسلمين في البلاد المجاورة كالسودان ونيجيريا وتنزانيا، وتوجته الحملة المصرية على منابع النيل وثبتت أركانه في عام ،1860 فاعتنقه بعض الأمراء والملوك وحسن إسلامهم حتى استعمرت بريطانيا البلاد في العقد الأخير من القرن التاسع عشر وقد استطاع المستعمرون طمس الآثار الإسلامية.وحرص الاستعمار الإنجليزى على عرقلة أي نشاط للحركة الإسلامية، خصوصا في مجال التعليم، فالمسلمون في أوغندا يتركز معظمهم في الشمال المتصل بحدود السودان، ولما كان هناك إقبال من مسلمي أوغندا بالشمال على جامعة الخرطوم فقد أنشأ الاحتلال جامعة (ماكريري) ليحول دون اتصال مسلمي أوغندا بإخوانهم، ثم عهد إلى البعثات التبشيرية بالإشراف على التعليم لقطع الصلة بين المسلمين وثقافتهم الدينية وبدأت في هدم المدارس الإسلامية وإغلاقها. ولم يبق منها سوى 18 مدرسة في حين وصلت المدارس الثانوية التي تمتلكها الهيئات التبشيرية قبيل الاستقلال إلى (282) مدرسة، وحتى بعد الاستقلال ظل الوضع على ما هو عليه، وازداد اضطهاد المسلمين.رئيس مسلم وفي عهد عيدي أمين - وهو أول رئيس مسلم لأوغندا - بدأ المسلمون يتنفسون الصعداء، ولكن الاستعمار ومن ورائه مؤسساته شن حربا شعواء على الرجل الذي جعل أوغندا عضوا في منظمة المؤتمر الإسلامي؛ فأطيح به عام 1979 بتدخل مباشر من القوات التنزانية في عهد الرئيس السابق جوليوس نيريري المعروف بعدائه للإسلام، وبمباركة من الدولة الاستعمارية السابقة بريطانيا، وتولى الحكم خلفا له جود فيري بنيسا ليعود معه الاضطهاد ضد المسلمين.ونجح مسلمو أوغندا عن طريق المساجد والمدارس الإسلامية في مواجهة التبشير ودعوة المسلمين إلى الالتزام بدينهم ونشر التعاليم الإسلامية. وقاد المجلس الإسلامي الأعلى في العاصمة كمبالا حملة توحيد راية المسلمين، وجمعهم خلف إمام واحد هو المفتي العام لمسلمي أوغندا الشيخ شعبان رمضان موباجي بعد أن كانوا جماعات وطوائف عدة.يقول الأمين العام للمجلس الإسلامي بأوغندا الحاج إدريس كاسيني، إنه في فترة وجيزة تم بناء الثقة بين المجلس وعامة المسلمين وتعميق الإحساس بأهمية وجدية المجلس لخدمتهم، إضافة الى فتح قنوات اتصال مع المنظمات الخيرية الإسلامية يعاني مسلمو أوغندا من مشكلات كثيرة يأتي في مقدمتها الفقر والمرض والجهل والتخلف، وذلك بسبب الأمية التي تتفشى فيهم، ويعود ذلك إلى أن التعليم في أوغندا بدأ على يد الإرساليات التبشيرية مما أدى لابتعاد الأغلبية العظمى من المسلمين عنها، خوفا على عقيدة أطفالهم الدينية، خصوصا أن أوغندا قد شهدت طوال تاريخها موجات تنصيرية شديدة استهدفت مناطق المسلمين، مستغلة الفقر والحاجة ومدت يدها إلى أهاليها عبر إنشاء المستشفيات والمدارس ورعاية الأيتام والجوعى، وتزامن ذلك مع وجود يهودي مكثف، خصوصا أن الصهيونية العالمية لم تنس أن أوغندا كانت إحدى ثلاثة بلدان اختارها وزير المستعمرات البريطاني تشمبرلين وطنا قوميا لليهود. ورغم المناخ المهيأ للجماعات التبشيرية وإمكاناتها فإن النتائج التي حققتها لا تقاس بقدر النفقات التي أنفقتها، فالمسلمون في أوغندا تحدوا كل الظروف ولا يزالون متمسكين بدينهم، ناهيك عن أن أوغندا تعد من أكثر الدول التي يقبل فيها الوثنيون على اعتناق الإسلام يوميا؛ غير أن هذا الوجود المكثف لجماعات التبشير أسهم في تنامي نفوذها لدرجة أنها أوعزت إلى البرلمان الذي يضم 35 عضواً مسلماً من جملة أعضائه ال 308 ليتبنى تغييرا في قوانين الأحوال الشخصية. تنازلات حكومية شجعت هذه الخطوة المسلمين على الشعور بأهميتهم في المجتمع وضرورة استغلال هذا الدور في انتزاع تنازلات من الحكومة وزيادة نصيبهم في التشكيلة الوزارية التي يشغل المسلمون 3 مناصب وزارية فيها، وتجسد الطموح الإسلامي في الدعوة التي أطلقها مفتي أوغندا شعبان رمضان موباجي مطالبا فيها بحق المسلمين في الحصول على منصب نائب رئيس الجمهورية، ونقل موباجي هذا الطلب إلى الرئيس موسيفيني الذي رحب به مما يدلل على أن المسلمين في أوغندا قد بدأوا ينفضون غبار الماضي ليستعدوا للحصول على حقوق توازي أعدادهم. ويراهن مسلمو أوغندا في ذلك على ضرورة وجود دعم إسلامي لجمهورهم لاستعادة وزنهم السياسي والاقتصادي الذي شهد في الفترة الأخيرة تصاعدا نتيجة تراجع نسبة الأمية في صفوفهم وتوسعهم في ممارسة أنشطة اقتصادية وتجارية، ووجود بعض منظمات الإغاثة الإسلامية، التي ما زالت تعمل في البلاد وتدعم بناء المساجد والمدارس والمؤسسات الإسلامية، غير أن هذا الوجود لا يقارن من بعيد أو قريب بالوجود المكثف للمنظمات التبشيرية متأثرا بالحملة العالمية على الإرهاب التي اهتمت بإغلاق العديد من مراكز الإغاثة الإسلامية التي كانت ترعى فقراء المسلمين وتكفل أيتامهم وتتكفل بنفقات الدراسة لأبنائهم. وطالب موباجي الهيئات الإسلامية مثل الأزهر الشريف ورابطة العالم الإسلامي والجامعة الإسلامية بالمملكة العربية السعودية بدعم مسلمي أوغندا ومضاعفة عدد المنح الدراسية الممنوحة لهم وزيادة عدد الدعاة ومحفظي القرآن حتى تنجح في إيجاد صحوة إسلامية تعيد للمسلمين هناك دورهم الطبيعي.