لم يأت الدكتور مصطفى محمود رحمه الله من الأزهر ليكون عالماً أصولياً منضبطاً في العلوم الشرعية، وإنما أتى من الشارع والجامعة والفكر الغربي والتراث الإسلامي مؤخراً، وعندما كتب في المسرح والقصة القصيرة كان أقرب إلى الفلسفة منه إلى الأدب بل لعلنا نستطيع القول إنه استطاع أن يصَوركل الزلازل النفسية والفكرية التي مر بها في أدبه باحثاً عن الوجود وعن طرق تعالي الانسان فوق ذاته، معبراً عن الحدود التي توقف طموحاته كالزمن والمجتمع والإنسانية وروح العصر .اتهم مصطفى محمود بالكفر بعد صدور كتاب له بعنوان الله والإنسان وصودر الكتاب بناءً على تصريح من الأزهر الشريف، وكان ذلك أيام الرئيس جمال عبدالناصر، وفي عهد الرئيس أنور السادات طُلب من مصطفى محمود إعادة طباعة كتابه الله والإنسان فاستبدله بكتاب حوار مع صديقي الملحد لتتوطد بعدها علاقته بالرئيس حتى وفاته .واشتهر المرحوم بهجومه على الصهيونية واليهودية مما سبب وضع حارس على باب منزله لسنوات طويلة بتكليف من وزارة الداخلية لحراسته من التهديدات التي كان يتلقاها .كانت للمرحوم سقطات ككتابه في انكار شفاعة الرسول الأعظم صلى الله عليه وسلم لأمته، حيث اعتبر فهم المسلمين للشفاعة بهذا الشكل يؤدي إلى التواكل، ثم كتاب لا رجم للزانية وقد قوبلت سقطاته بردود فعل عنيفة لم تأخذ في الاعتبار صدق نواياه وخدمته للاسلام والمسلمين، وصولاته وجولاته مع أعداء الإسلام، مما أدى إلى أن يعيش سنوات حياته الأخيرة في عزلة عن الناس، لاسيما بعد أن منِع عن الكتابة في الأهرام بناء على توصية من السفارة الاسرائيلية .وانني عندما أنظر في رجالات القرن الماضي وحتى اليوم لا أجد الا من يؤخذ منه ويرد عليه فحبذا لو تعلمنا الرحمة في التعامل مع الناس وتقييم أفكارهم ولنذكر دائماً أن العصمة والهداية من الله سبحانه وتعالى .قد يصح القول إن مصطفى محمود ليس عالماً يصلح للفتوى، ولكنه مفكر كبير وعالم جليل وكاتب مقالة سياسية مر يجأر بالحق ولو على نفسه، وقد خصص كتبه الأخيرة لفضح إسرائيل ودورها في العبث بالعالم أجمعه .ونعود إلى مصطفى محمود (الانسان) الذي لم يوفق في زواجين مرا في حياته، ومع ذلك فقد خصص كل ما يملك لخدمة الناس بالعمل الخيري عن طريق جمعية محمود والمراكز الطبية الملحقة بها، فلم ينعكس فشله في حياته الشخصية والعائلية على نظرته إلى الناس بل بقي ماداً يده بالخير لكل من يستحق، مما جعل الكاتب الكبير فهمي هويدي يطالب الدُعاة بأن يقللوا من الكلام ويكثروا من الأفعال، مشيراً إلى المرحوم باعتباره مشروعاً فكرياً ومؤسسة خيرية .تنبأ مصطفى محمود منذ عقود بسقوط الحضارة الغربية وانهيار الرأسمالية وتوابعها، وعاش حياته زاهداً في جناح صغير بمسجده كان يسميه التابوت منكباً على القراءة معرضاً عن طعنات الطاعنين من المخلصين والمنافقين، وكان يؤكد دائماً أن انتصاراته على نفسه أهم من انتصاراته على الآخرين، حيث يستزيد من البصيرة والنور اللذين يمن الله بهما عليه .يقول الدكتور هشام الحمامي مدير المركز الثقافي العربي: إن الدكتور مصطفى محمود عمل في بداية حياته طبيباً في تخصص المخ والأعصاب واختار أن تكون حياته كلها بعد ذلك في إنارة (مخ الأمة) كلها بنور العلم والايمان .لقد كان رحمه الله حسب ابنته يملك روح انسان فيلسوف وقلب طفل محب للحياة والخير كما كان شديد التسامح، وفي ختام حفل اتحاد الأطباء العرب الذي أقيم تكريماً للراحل قبل وفاته بأشهر ولم يكن موجوداً فيه بسبب مرضه عرضت مقاطع من برنامجه العلم والإيمان .