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ウイルスの遺伝子をもとに作成された進化系統樹と自然宿主となる動物の遺伝子の塩基配列に基づく進化系統樹はそれぞれほぼ一致することから、ハンタウイルスは自然宿主となる動物が分化する以前の祖先となる動物に感染し、それらの文化とともに共進化してきたと考えられている。
ウイルスの遺伝子をもとに作成された進化系統樹と自然宿主となる動物の遺伝子の塩基配列に基づく進化系統樹はそれぞれほぼ一致することから、ハンタウイルスは自然宿主となる動物が分化する以前の祖先となる動物に感染し、それらの分化とともに共進化してきたと考えられている。