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また、新幹線（整備新幹線）の開業によって、夜行列車が通る並行在来線がＪＲ旅客鉄道会社から第三セクター鉄道会社へ移管されることにより、第三セクター鉄道会社へ支払う線路使用料が発生するようになる事も、夜行列車の運行を難しくしいる。
また、新幹線（整備新幹線）の開業によって、夜行列車が通る並行在来線がＪＲ旅客鉄道会社から第三セクター鉄道会社へ移管されることにより、第三セクター鉄道会社へ支払う線路使用料が発生するようになる事も、夜行列車の運行を難しくしている。