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リンカーンはまた、国務長官となる予定であったジェームズ・マディスンがワシントンＤ．Ｃ．にいなかったため、１８０１年３月５日からマディスンが正式に国務長官に着任した１８０１年５月２日まで国務長官代行も務めた。
リンカーンはまた、国務長官となる予定であったジェームズ・マディソンがワシントンＤ．Ｃ．にいなかったため、１８０１年３月５日からマディソンが正式に国務長官に着任した１８０１年５月２日まで国務長官代行も務めた。