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しかし国鉄分割民営化により山陽新幹線と（当車両所を含む）関連施設がＪＲ西日本に承継された一方で、その後建設が始まった九州新幹線の運営主体は九州旅客鉄道（ＪＲ九州）となり、九州新幹線の車両基地は当社諒恕とは別途設けられることになった。
しかし国鉄分割民営化により山陽新幹線と（当車両所を含む）関連施設がＪＲ西日本に承継された一方で、その後建設が始まった九州新幹線の運営主体は九州旅客鉄道（ＪＲ九州）となり、九州新幹線の車両基地は当車両所とは別途設けられることになった。