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しかし、電子証明書となるＩＣカードおよびＩＣカートリーダーの購入、登録費用等や手数がかさむため（個人申告の場合の一般的な費用は登録及びＩＣカード（住民基本台帳カード＋電子証明付加手数料）代１，０００円＋カードリーダー２，０００円前後の合計３，０００円前後）、一般的な利用者からは敬遠されており利用率が著しく低くシステムの整備費用対効果の点で問題とされている。
しかし、電子証明書となるＩＣカードおよびＩＣカードリーダーの購入、登録費用等や手数がかさむため（個人申告の場合の一般的な費用は登録及びＩＣカード（住民基本台帳カード＋電子証明付加手数料）代１，０００円＋カードリーダー２，０００円前後の合計３，０００円前後）、一般的な利用者からは敬遠されており利用率が著しく低くシステムの整備費用対効果の点で問題とされている。