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しかし、本願寺は武家の封建関係の外でこのような権力を握っていたことから、延暦寺や堺の町衆などと同様に、永禄１１年（１５６８年）には将軍・足利義昭を奉じて上洛し、義昭を通じて影響力を務めていた織田信長による圧迫を受けるようになり、顕如は信長と敵対する。
しかし、本願寺は武家の封建関係の外でこのような権力を握っていたことから、延暦寺や堺の町衆などと同様に、永禄１１年（１５６８年）には将軍・足利義昭を奉じて上洛し、義昭を通じて影響力を強めていた織田信長による圧迫を受けるようになり、顕如は信長と敵対する。