Le conseil de direction se réunit sur convocation de son président au moins trois fois par an. La convocation du conseil est de droit si elle est demandée par la moitié des membres en exercice ou par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture. Le directeur, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent de droit aux séances.