Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions du titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Les disponibilités de l'établissement sont déposées auprès d'un comptable du Trésor. 
L'agent comptable du fonds est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la sécurité sociale, de l'emploi et du budget. 
Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics. 
Le fonds est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935 organisant le contrôle financier des offices et des établissements publics autonomes de l'Etat.