A l'issue de l'enquête publique, le schéma, éventuellement modifié pour tenir compte notamment des observations du public, des avis des communes, des personnes publiques consultées et du préfet, est approuvé par l'organe délibérant de l'établissement public. Il est transmis au préfet, à la région, au département et aux organismes mentionnés à l'article L. 121-4 ainsi qu'aux communes ou établissements publics ayant recouru à la procédure de l'article L. 122-9. Le schéma de cohérence territoriale approuvé est tenu à la disposition du public.
A l'issue de l'enquête publique, le chapitre individualisé valant schéma de mise en valeur de la mer ne peut être modifié qu'avec l'accord du préfet. 
La délibération publiée approuvant le schéma devient exécutoire deux mois après sa transmission au préfet. Toutefois, si dans ce délai le préfet notifie, par lettre motivée, au président de l'établissement public les modifications qu'il estime nécessaire d'apporter au schéma lorsque les dispositions de celui-ci ne sont pas compatibles avec les directives territoriales d'aménagement et, en l'absence de celles-ci, avec les dispositions particulières aux zones de montagne et au littoral mentionnées à l'article L. 111-1-1, compromettent gravement les principes énoncés aux articles L. 110 et L. 121-1, sont contraires à un projet d'intérêt général, autorisent une consommation excessive de l'espace, notamment en ne prévoyant pas la densification des secteurs desservis par les transports ou les équipements collectifs, ou ne prennent pas suffisamment en compte les enjeux relatifs à la préservation ou à la remise en bon état des continuités écologiques, le schéma de cohérence territoriale est exécutoire dès publication et transmission au préfet de la délibération apportant les modifications demandées. 
Le cas échéant, le chapitre individualisé mentionné au deuxième alinéa se substitue à la partie d'un schéma de mise en valeur de la mer existant qui concerne son territoire.