Une convention triennale d'objectifs et de performance est conclue entre l'Etat et France compétences. Cette convention est rendue publique à sa signature et à son renouvellement. Elle définit les modalités de financement, la mise en œuvre des missions et les modalités de suivi de l'activité. Un rapport d'activité est remis chaque année au Parlement et au ministre chargé de la formation professionnelle pour indiquer la mise en œuvre des missions dévolues à France compétences.
L'institution est soumise en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Elle est soumise aux dispositions du code de la commande publique. A l'exception des fonds issus de dons, legs ou libéralités, ses disponibilités sont déposées au Trésor et ne donnent lieu à aucune rémunération