La sous-direction du budget de la mission " recherche et enseignement supérieur " est responsable de l'élaboration du budget des programmes de la mission interministérielle " recherche et enseignement supérieur " placés directement sous la responsabilité du ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche. Elle coordonne l'exécution de ce budget ainsi que la rédaction des rapports annuels de performance et des autres documents de suivi de l'exécution budgétaire.
   Elle coordonne l'élaboration du budget et des documents budgétaires pour l'ensemble des programmes relevant de la mission interministérielle " recherche et enseignement supérieur ".
   Elle expertise la situation budgétaire, financière et comptable des établissements publics d'enseignement supérieur et de recherche et traite les questions fiscales concernant ces établissements en relation avec le ministre chargé du budget. Elle coordonne l'élaboration des textes relatifs à l'organisation budgétaire, financière et comptable des établissements d'enseignement supérieur et de recherche, conduite en collaboration avec la direction générale de l'enseignement supérieur et la direction générale de la recherche et de l'innovation.
   La sous-direction du budget de la mission " recherche et enseignement supérieur " est constituée :
   - du bureau du budget et de la réglementation financière de l'enseignement supérieur ;
   - du bureau de la réglementation et de la gestion financières des organismes de recherche ;
   - du bureau de la comptabilité de l'enseignement supérieur ;
   - du bureau du budget et de la comptabilité de la recherche.