Les missions et les compétences des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, la désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont arrêtées par le règlement intérieur de l'établissement et lui sont annexées. 
Chaque institut, département, laboratoire de recherche et service dispose d'un budget propre, qui est intégré au budget de l'école dans les conditions définies par l'article L. 719-5 du code de l'éducation et les textes pris pour son application.