Le fonds prend en charge au titre du 5° de l'article 8-1, dans la limite d'un montant arrêté conjointement par les ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget, les frais engagés par l'Agence technique de l'information sur l'hospitalisation pour mettre en œuvre les missions d'expertise qui lui sont confiées. 
 Ces frais sont remboursés à l'Agence technique de l'information sur l'hospitalisation, sur présentation des justificatifs de dépenses. 
 Pour les marchés passés par l'agence, une avance de trésorerie correspondant à la moitié du montant du marché signé peut être versée par la Caisse des dépôts et consignations, sur présentation du contrat. 
 Au dernier trimestre de l'année concernée, et compte tenu de l'ensemble des dépenses exposées au vu des justificatifs transmis, les sommes avancées et non utilisées sont reversées au fonds de modernisation des établissements de santé publics et privés.