La sous-direction transports et audiovisuel exerce la mission de l'Etat actionnaire dans les entreprises et organismes du secteur des transports et de l'audiovisuel qui rentrent dans le champ de compétence de l'agence. Elle comprend un bureau chargé des infrastructures de transport et du secteur de l'audiovisuel et un bureau chargé des opérateurs de transport et du secteur ferroviaire.