Le préfet de police des Bouches-du-Rhône est assisté pour l'exercice de ses fonctions d'un sous-préfet, directeur de son cabinet.
Sans préjudice des compétences du préfet de la zone de défense et de sécurité Sud, du préfet de région et du préfet de département, il a autorité fonctionnelle sur les chefs des services déconcentrés des administrations civiles de l'Etat à compétence départementale, sur le commandant du groupement de gendarmerie départementale des Bouches-du-Rhône et, le cas échéant, sur les chefs des services mentionnés au dernier alinéa de l'article 18 ou des responsables de leurs unités et délégations territoriales.
 Sans préjudice des compétences du préfet de département, il a autorité fonctionnelle sur les sous-préfets d'arrondissement du département des Bouches-du-Rhône et, pour toutes les matières de police administrative prévues à l'article 78-3, sur les services de la préfecture des Bouches-du-Rhône.
 Sans préjudice des compétences du préfet de la zone de défense et de sécurité Sud, le préfet de police des Bouches-du-Rhône dispose, en tant que de besoin, du secrétariat général de zone de défense et de sécurité.