Les commissions territoriales des voies navigables assistent le président du conseil d'administration et le directeur général ou son représentant dans l'exercice de leurs missions et donnent leur avis sur toute question qu'ils leur soumettent.
 Elles peuvent notamment être consultées sur les péages, droits fixes et redevances domaniales, les priorités d'investissements, les schémas de développement et les conditions d'exploitation du réseau.
 Elles peuvent, en outre, se saisir de toutes questions relatives à l'exercice des missions de l'établissement public, dans les limites de leur circonscription. Elles se réunissent au moins une fois par an.