Le secrétaire général de l'observatoire est nommé par arrêté du ministre chargé de l'énergie. Il instruit les dossiers relevant de la compétence de l'observatoire. Il prépare les réunions de l'observatoire et en assure le suivi. Il bénéficie en tant que de besoin de l'appui des services de l'Etat concernés et, en particulier, accède aux documents en leur possession concernant la diversification des activités d'Electricité de France et de Gaz de France autres que ceux comportant des informations couvertes par un secret protégé par la loi. Il présente chaque année aux membres de l'observatoire un bilan de l'action menée.
   Le secrétariat de l'observatoire est assuré par la direction de la demande et des marchés énergétiques.