Le conseil d'administration comprend, outre un représentant de chacun des ministres de tutelle de l'établissement :

1° Les chefs d'établissement ou d'organisme membre qui peuvent nommer un représentant permanent ;

2° Un représentant de la région Ile-de-France, un représentant de la métropole du Grand Paris, un représentant de la ville de Paris, un représentant de l'établissement public territorial Plaine Commune et un représentant de la ville d'Aubervilliers ;

3° Quatre représentants des enseignants-chercheurs et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation, des enseignants et chercheurs exerçant leurs fonctions dans l'établissement public ou dans l'un des membres de l'établissement dont deux professeurs des universités ou assimilés et deux relevant des autres enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs ou assimilés ;

4° Deux représentants des autres personnels exerçant leurs fonctions dans l'établissement public et deux représentants des mêmes personnels exerçant leurs fonctions dans l'un des établissements membres ;

5° Quatre représentants des étudiants qui suivent une formation dans l'un des établissements membres ;

6° Huit personnalités qualifiées désignées de façon paritaire entre le nombre d'hommes et de femmes par arrêté conjoint des ministres de tutelle de l'établissement.

Le directeur général, l'agent comptable, le directeur du pôle documentaire et le président du conseil scientifique de l'établissement public assistent avec voix consultative au conseil.

Le recteur de l'académie de Paris,recteur de la région académique Ile-de-France, chancelier des universités, assiste également ou se fait représenter aux séances du conseil d'administration.