La mise en œuvre et la mise à jour des traitements sont contrôlées par un magistrat du parquet hors hiérarchie, désigné pour trois ans par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, et assisté par un comité composé de trois membres nommés dans les mêmes conditions. 
Les autorités gestionnaires des traitements lui adressent, sur sa demande, toutes informations relatives à ces traitements. 
Ce magistrat peut ordonner toutes mesures nécessaires à l'exercice de son contrôle. 
Il établit un rapport annuel qu'il adresse au ministre de la justice ; il en adresse aussi copie aux autorités gestionnaires des traitements. 
Les pouvoirs qui lui sont confiés s'exercent sans préjudice du contrôle exercé par la Commission nationale de l'informatique et des libertés en application des dispositions et selon les modalités prévues par les articles 41 et 44 de la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978.