Le dossier de demande de subvention et les pièces constitutives sont adressés au préfet de département (DDAF ou DDEA) du site sur lequel les actions sont menées. Dans le cas d'une action portant effet sur plus d'une région, la règle retenue est celle de la localisation géographique du siège de la structure bénéficiaire. 
Le demandeur dispose d'un délai d'un an à compter de la date de notification de la décision juridique pour réaliser les investissements matériels, à l'exception des investissements relevant de l'amélioration pastorale, pour lesquels le demandeur dispose d'un délai de deux ans pour la réalisation des travaux. 
En ce qui concerne les améliorations pastorales précisées à l'article 3, le préfet peut, à titre exceptionnel, accorder une prorogation d'une durée maximale d'un an. Cette décision se fonde sur les circonstances particulières tenant à la situation économique, sociale ou personnelle du bénéficiaire. Passé ce délai, prorogé ou non, la décision devient caduque et les sommes éventuellement versées font l'objet d'un recouvrement. 
Le commencement d'exécution d'un projet relevant de l'amélioration pastorale ne peut intervenir avant la date de la décision d'attribution de la subvention. Il peut être dérogé à cette règle uniquement dans les situations d'urgences précisées par voie de circulaire. 
Le commencement d'exécution se détermine à compter de l'émission de la première facture correspondant à l'investissement. Lorsque le projet nécessite des études préalables, ces études ne constituent pas un commencement d'exécution. 
Les autres opérations peuvent connaître un début d'exécution dès l'introduction de la demande d'aide. 
En cas de non-réalisation dans le délai d'un an d'un projet d'investissement portant sur l'achat de clôtures mobiles, le montant de la subvention engagée, au sens comptable et juridique, est déduit du plafond spécifique applicable à l'investissement prévu à l'article 14.