L'habilitation cesse d'avoir effet si l'organisme habilité cesse de remplir les conditions prévues au 1° du deuxième alinéa de l'article R. 611-124. 
L'habilitation est retirée si, pendant une durée d'un semestre civil, l'organisme n'a pas atteint un effectif de     : 
1°) 4 000 assurés, dans le cas où il était habilité pour l'ensemble de la circonscription d'une caisse mutuelle régionale ; 
2°) 1 400 assurés par département, dans le cas où il était habilité pour une partie de la circonscription d'une caisse mutuelle régionale. 
Lorsque l'effectif minimum n'est atteint que dans certains départements de la circonscription de la caisse mutuelle régionale, une nouvelle habilitation, limitée à ces départements, peut être accordée. 
Les effectifs ci-dessus peuvent être modifiés, par arrêté du ministre chargé de la sécurité sociale, pour une caisse mutuelle régionale, sur proposition de celle-ci et après avis de la caisse nationale. Dans ce cas les nouveaux effectifs concernent tous les organismes assurant pour ladite caisse mutuelle régionale l'encaissement des cotisations et le service des prestations. 
L'habilitation est également retirée : 
1°) lorsque l'organisme cesse de remplir les obligations qui lui incombent ou ne dispose plus dans la circonscription de la caisse mutuelle régionale d'une organisation administrative lui permettant d'effectuer les opérations qui lui ont été confiées ; 
2°) lorsque le caractère de l'union, de la fédération ou du groupement d'organismes auquel elle avait été accordée s'est trouvé transformé à la suite d'adhésions nouvelles. 
Dans les cas prévus au deuxième alinéa et aux alinéas suivants, la caisse nationale se prononce au vu de l'avis de la caisse mutuelle régionale et des observations de l'organisme. 
En cas de mauvaise gestion administrative caractérisée, d'obstacle à contrôle ou d'organisation technique rendant ce contrôle impossible, le retrait d'habilitation peut être prononcé par le ministre chargé de la sécurité sociale, après avis de la caisse mutuelle régionale et de la caisse nationale et au vu des observations de l'organisme. En ce qui concerne les organismes régis par le code des assurances et les groupements régionaux de sociétés d'assurances, le retrait est prononcé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.