L'autorisation unique est instruite et délivrée dans les conditions applicables à l'autorisation prévue aux articles L. 512-1 et L. 512-2 du code de l'environnement. 
Par dérogation à l'article L. 123-3 du code de l'environnement, l'enquête publique est, dans tous les cas, ouverte et organisée par le représentant de l'Etat compétent. 
Par dérogation au premier alinéa de l'article L. 123-6 du code de l'environnement, lorsque la réalisation du projet mentionné à l'article 9 est soumise à l'organisation de plusieurs enquêtes publiques, il est, dans tous les cas, procédé à une enquête unique régie par le chapitre III du titre II du livre Ier du même code. Cette enquête unique est ouverte et organisée par le représentant de l'Etat compétent. 
Le demandeur peut indiquer celles des informations fournies dans le dossier de demande d'autorisation unique dont il justifie qu'elles devraient rester confidentielles, parce que leur diffusion serait susceptible de porter atteinte aux intérêts mentionnés au I de l'article L. 124-4 et au II de l'article L. 124-5 du code de l'environnement. 
Par dérogation à l'article L. 425-6 du code de l'urbanisme et à l'article L. 341-7 du code forestier, lorsque l'autorisation unique vaut autorisation de défrichement au titre de l'article L. 341-3 du code forestier et que le projet mentionné à l'article 9 fait l'objet d'une demande de permis de construire, celui-ci peut être délivré préalablement à l'autorisation unique. 
Nonobstant toute disposition législative contraire, notamment celles des articles L. 111-3 et L. 112-1-1 du code rural et de la pêche maritime et de l'article L. 512-2 du code de l'environnement, les avis des commissions administratives à caractère consultatif requis pour la délivrance de l'autorisation unique, autres que, le cas échéant, celui du Conseil national de la protection de la nature, présentent, pour l'application de la présente ordonnance, un caractère facultatif.