Sous l'autorité du vice-président, le secrétaire général dirige les services du Conseil d'Etat et prend les mesures nécessaires à la préparation de ses travaux, à leur organisation et à la gestion du corps des          magistrats des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel. 
Le secrétaire général du Conseil d'Etat est nommé par décret du Président de la République, sur la proposition du garde des sceaux, ministre de la justice. Le vice-président du Conseil d'Etat est appelé à faire les présentations après avis des présidents de section. Le secrétaire général est choisi parmi les conseillers d'Etat et les maîtres des requêtes.