Les fonctions des membres de la commission ne donnent pas lieu à rémunération.
   Les membres de la commission ainsi que les personnes appelées à siéger avec voix consultative sont assimilés, pour le remboursement des frais de déplacement et de séjour, aux agents de l'Etat et aux personnes qui collaborent aux conseils, comités, commissions et autres organismes qui apportent leur concours à l'Etat, conformément au décret n° 90-437 du 28 mai 1990 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements des personnels civils sur le territoire métropolitain de la France lorsqu'ils sont à la charge des budgets de l'Etat, des établissements publics nationaux à caractère administratif et de certains organismes subventionnés. Ils reçoivent à ce titre des indemnités pour frais de déplacement et de séjour calculées dans les conditions fixées par ce décret.
   Les dépenses de fonctionnement de la commission sont à la charge de l'agence financière de bassin.