Le contrôleur suit la préparation du budget et de ses décisions modificatives. A cette fin, l'ISAE lui communique les informations nécessaires en temps utile. Il reçoit, à l'appui du projet de budget avec ses annexes, le contrat d'objectifs et de moyens, un état retraçant les grandes composantes de la masse salariale et les perspectives la concernant, un échéancier prévisionnel des entrées et sorties de personnel permanent et non permanent. Il est informé des perspectives financières pluriannuelles et reçoit à ce titre une présentation détaillée des opérations d'investissement permettant de le renseigner sur la capacité d'engagement de l'établissement.