L'inspection de l'apprentissage est assurée par des fonctionnaires des corps d'inspection à compétence pédagogique ou, dans le cas de l'enseignement supérieur, par des enseignants-chercheurs. Ces fonctionnaires sont commissionnés par les ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur. Le commissionnement de ces fonctionnaires est délégué au recteur. 
Pour l'apprentissage agricole, elle est assurée par l'inspection de l'enseignement agricole et une mission régionale dont les inspecteurs de l'enseignement agricole ou, à défaut, les fonctionnaires chargés d'inspection sont commissionnés par le ministre chargé de l'agriculture. Cette mission est placée sous l'autorité du directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt.
L'organisation de la mission et ses relations avec l'administration centrale sont déterminées par le ministre chargé de l'agriculture. 
Pour le secteur de la jeunesse, des sports et de la vie associative, l'inspection de l'apprentissage est assurée par une mission régionale dont les inspecteurs de la jeunesse et des sports sont commissionnés à cet effet par le ministre chargé de la jeunesse et des sports, placée sous l'autorité du directeur régional de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale.L'organisation de la mission est déterminée par le ministre chargé de la jeunesse, des sports et de la vie associative.