1° Il est constitué quinze grands départements dirigés par des professionnels au sens de l'article 6 de la loi n° 2002-5 du 4 janvier 2002 relative aux musées de France nommés dans les conditions définies à l'article 1er du décret n° 86-1370 du 30 décembre 1986 fixant les dispositions statutaires applicables à certains emplois de la direction des musées de France. Ils ont le titre de chef de grand département. 
Outre les missions relatives aux collections placées sous leur responsabilité, ces départements remplissent à la demande du directeur des Musées de France, des missions d'étude, de recherche et de conseil dans le domaine de l'histoire de l'art et de la conservation des oeuvres. 
Ces départements sont les suivants :
-Le département des Antiquités nationales ;
-Le département des Antiquités grecques et romaines ;
-Le département des Antiquités égyptiennes ;
-Le département des Antiquités orientales ;
-Le département des Peintures ;
-Le département des Sculptures du Moyen Age, de la Renaissance et des Temps modernes ;
-Le département des objets d'art du Moyen Age, de la Renaissance et des Temps modernes ;
-Le département des arts graphiques (cabinet des dessins, chalcographie et collection de gravures et de dessins Edmond de Rothschild) ;
-Le département de Versailles et des Trianon ;
-Le département des arts asiatiques (musée Guimet) ;
-Le département d'Orsay ;
-Le département des arts et civilisations d'Afrique, d'Asie, d'Océanie et des Amériques (musée du quai Branly) ;
-Le département du XXe siècle (musée Picasso, musée de l'Orangerie à Paris, musée Fernand-Léger à Biot, musée Marc-Chagall à Nice) ; le musée national d'art moderne du Centre national d'art et de culture Georges-Pompidou est associé à la mission scientifique de ce département ;
-Le département des civilisations de l'Europe et de la Méditerranée ;
-Le département des arts de l'Islam. 
2° La gestion scientifique des autres musées nationaux est assurée par des membres du corps de la conservation des musées de France. 
3° La réunion des chefs des grands départements forme la commission scientifique des musées nationaux. Elle est consultée, en tant que de besoin, par le directeur des musées de France à la demande du président du conseil artistique des musées nationaux, organisé par le décret n° 2003-1302 du 26 décembre 2003 relatif au conseil artistique des musées nationaux, ou de la majorité des membres de ce conseil, sur les projets d'acquisition à titre onéreux ou gratuit des musées nationaux. La commission scientifique des musées nationaux conseille le ministre chargé de la culture sur toute question relative à la politique des musées. 
Le directeur des musées de France peut appeler aux séances toute personne dont il juge la présence utile.