Le calcul des sommes dues aux bénéficiaires est transmis par les services académiques au trésorier-payeur général chargé du paiement de la rémunération principale des bénéficiaires de l'indemnité. Ce dernier notifie les opérations effectuées à l'agent comptable du Centre national de la fonction publique territoriale, qui procède aux opérations de contrôle définies au B de l'article 12 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, à l'exception du contrôle du caractère libératoire du règlement qui incombe au trésorier-payeur général.