Sans préjudice des mesures prises en application des articles R. 1332-41-1 et R. 1332-41-2 du code de la défense pour les systèmes d'information d'importance vitale et de l'article 9 de l'ordonnance du 8 décembre 2005 susvisée pour les systèmes d'information des autorités administratives faisant l'objet d'échanges par voie électronique ainsi que de l'homologation prévue par l'article R. 2311-6-1 du même code pour les systèmes d'information contenant des informations classifiées, les infrastructures et services logiciels informatiques qui composent le système d'information et de communication de l'Etat mentionné à l'article 1er du présent décret font l'objet, préalablement à leur mise en œuvre, d'une homologation de sécurité. 
L'homologation de sécurité est une décision formelle prise par l'autorité qualifiée en sécurité des systèmes d'information ou par toute personne à qui elle délègue cette fonction. Elle atteste que les risques pesant sur la sécurité ont été identifiés et que les mesures nécessaires pour maîtriser ces risques sont mises en œuvre. Elle atteste également que les éventuels risques résiduels ont été identifiés et acceptés par l'autorité qualifiée en sécurité des systèmes d'information.