L'Agence française pour la biodiversité est soumise aux dispositions du titre Ier et du titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre chargé du budget. Il est également l'agent comptable du groupement comptable défini à l'article R. 331-42-1. 
En application des dispositions de l'article L. 131-1 du code de l'environnement, tout établissement qui sollicite son rattachement à l'Agence française pour la biodiversité peut être membre du groupement comptable s'il en fait la demande. 
Des agents comptables secondaires peuvent être nommés dans les mêmes conditions que l'agent comptable principal avec son agrément, après avis de la personne chargée de la direction de l'organisme. 
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle et du budget dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.