Le secrétaire général assiste le ministre pour l'administration du ministère. A cette fin, il coordonne l'action de l'ensemble des services et participe à leur évaluation. Il leur alloue les moyens de leur activité. Il est responsable de la fonction financière ministérielle. Il est l'ordonnateur principal délégué des crédits du ministère sans préjudice des attributions des responsables de programme. Il conduit les réflexions stratégiques relatives à l'organisation et à l'administration du ministère, à ses missions et à sa transformation. Il propose ses évolutions et met en œuvre la politique de modernisation. Il organise l'exercice de la tutelle des établissements publics nationaux et coordonne la relation du ministère avec ses services déconcentrés. Il élabore les principes généraux de gestion des ressources humaines, assure leur mise en œuvre et garantit le dialogue avec les personnels et leurs représentants. Il conduit et met en œuvre la transformation numérique du ministère. Il élabore la stratégie d'information et de communication interne et externe du ministère, la met en œuvre et évalue son efficacité. Il définit les modalités de traitement des questions juridiques et veille à leur mise en œuvre. Il propose au ministre la nomination des cadres dirigeants et experts de haut niveau. Il assure la préparation des nominations des représentants du ministère dans les différents organismes où il est représenté. Il assiste le ministre pour l'élaboration de la position du ministère dans les choix européens et internationaux. Il est responsable des missions de défense, de sécurité et d'intelligence économique du ministère.
La délégation ministérielle à l'accessibilité et la délégation aux cadres dirigeants lui sont rattachées.
Le secrétaire général dirige les activités des directions et services suivants qui composent le secrétariat général :
- la direction des affaires européennes et internationales ;
- la direction des affaires juridiques ;
- la direction de la communication ;
- la direction des ressources humaines ;
- la direction des affaires financières ;
- le service du pilotage et de l'évolution des services ;
- le service du numérique ;
- le service de défense, de sécurité et d'intelligence économique.
I. – La direction des affaires européennes et internationales assure la coordination générale des affaires européennes et internationales du ministère et des établissements publics placés sous la tutelle du ministère.
Elle prépare et pilote la politique européenne et internationale du ministère.
Elle coordonne les positions du ministère dans les instances chargées d'élaborer la position de la France sur les questions européennes et internationales et organise la représentation du ministère auprès des organisations internationales et des institutions européennes.
Elle est associée au suivi de la mise en œuvre par le ministère des engagements souscrits par le Gouvernement dans le cadre des institutions européennes et internationales et à la transposition de la législation européenne.
II. – La direction des affaires juridiques exerce une fonction d'animation, de conseil, d'expertise et d'assistance juridique auprès des directions et services d'administration centrale, des services déconcentrés et des établissements publics sous tutelle du ministère.
Elle est consultée sur les projets de textes législatifs ou réglementaires préparés par les directions générales et les autres directions ou services et assure le suivi des procédures d'adoption de ces textes. Elle coordonne la codification des textes législatifs et réglementaires. Elle est responsable de la qualité de la réglementation. Elle promeut la qualité, la sécurité juridique et la régularité de la commande publique.
Elle est associée à la préparation et à l'élaboration des textes communautaires et internationaux, coordonne les travaux de transposition des directives et en assure le suivi.
Elle traite le contentieux de niveau central du ministère et représente le ministre devant les juridictions compétentes. Sous réserve des instances de cassation et des recours dirigés contre les actes réglementaires, elle ne traite pas le contentieux du personnel de l'aviation civile, du personnel des corps du ministère chargé de l'industrie, ni le contentieux de l'inspection du travail des transports. Elle est le correspondant de l'agent judiciaire de l'Etat.
Elle assure la diffusion des connaissances juridiques et contribue au développement des compétences dans ce domaine. Elle donne son accord pour le recours à des prestations juridiques extérieures et coordonne l'intervention des conseils juridiques.
III. – La direction de la communication élabore, coordonne et met en œuvre la politique d'information et de communication du ministère.
Elle organise et met en œuvre la communication externe du ministère en veillant à sa cohérence d'ensemble. Elle coordonne la communication des organismes placés sous la tutelle ou l'autorité du ministre lorsque ceux-ci concourent aux politiques du ministère.
En liaison avec le service de défense, de sécurité et d'intelligence économique, elle élabore et développe le dispositif ministériel de gestion de la communication de crise.
Elle est l'interlocuteur du service d'information du Gouvernement pour la coordination de la communication gouvernementale.
Elle est responsable de la communication interne du ministère et veille à ce titre à répondre aux besoins d'information des agents sur l'ensemble des champs d'action du ministère.
IV. – La direction des ressources humaines élabore et met en œuvre la politique ministérielle des ressources humaines.
Elle élabore le plan national de gestion prévisionnelle des effectifs, des emplois et des compétences et en conduit la mise en œuvre. Elle élabore le budget du personnel du ministère, en effectifs et en crédits, et en assure la mise en place, sauf pour les personnels gérés par la direction générale de l'aviation civile.
Elle anime et coordonne les parcours professionnels.
Elle met en œuvre la politique de modernisation des statuts des personnels et élabore les statuts particuliers auxquels ils sont soumis, à l'exception des personnels gérés par la direction générale de l'aviation civile.
Elle organise les recrutements et les mobilités des personnels.
Elle coordonne la politique de conseil et d'orientation des agents.
Elle élabore le plan national annuel de formation et le document d'orientation à moyen terme de la formation professionnelle, et les met en œuvre. Elle coordonne et anime les services en charge du développement des compétences et de la formation professionnelle, et oriente leur activité. Elle élabore et coordonne la politique de formation initiale et continue des personnels.
Elle contribue à l'élaboration :
- du référentiel managérial et en coordonne la mise en œuvre ;

- de la politique d'évaluation et en coordonne la mise en œuvre ;

- de la politique d'accompagnement des services et des cadres et met en œuvre les missions de diagnostics et d'appui en ressources humaines.
Elle coordonne les fonctions ressources humaines du ministère et, en collaboration avec le service du pilotage et de l'évolution des services, des établissements placés sous tutelle ministérielle.
Elle est chargée des politiques sociales. Elle conduit l'action du ministère en matière d'organisation et de conditions de travail, de sécurité et de santé au travail, et de prévention des risques professionnels. Elle conduit la politique d'emploi, pour le ministère, des travailleurs handicapés.
Elle instruit les dossiers relatifs aux droits à pension des agents et concourt à la mise en œuvre du droit à l'information sur les retraites.
Elle assure la gestion administrative et la paye des personnels, à l'exception de ceux qui sont gérés par la direction générale de l'aviation civile et de ceux dont la gestion ou la paye est déconcentrée.
Elle est chargée des relations sociales et anime le dialogue social national.

Elle assure la maîtrise d'ouvrage des systèmes d'information des ressources humaines.

Elle assure la coordination des ressources humaines de l'administration centrale et la gestion de proximité du secrétariat général.

Elle pilote la politique ministérielle en matière de diversité et d'égalité professionnelle entre les femmes et les hommes.
 V. - La direction des affaires financières assiste le secrétaire général dans ses fonctions de responsable de la fonction financière ministérielle. Elle est responsable du pilotage de la programmation, de la préparation et de l'exécution du budget du ministère en dépenses et en recettes. Elle programme et gère les moyens budgétaires du programme soutien du ministère.

 Elle assure le pilotage financier des opérateurs et celui du volet fiscal ministériel des projets de lois de finances.

 Elle tient la comptabilité de l'ordonnateur et assure les activités budgétaires et comptables mutualisées. Elle est la référente ministérielle en matière de réglementation financière et s'assure de la mise en œuvre des dispositifs de contrôle interne dans le cadre d'une politique de conformité financière.

 Elle est la correspondante ministérielle de la Cour des comptes. Elle organise l'ensemble du soutien de l'administration centrale et des cabinets ministériels. Elle anime et coordonne la politique des achats du ministère de manière éco-responsable et socio-responsable. Elle est responsable de la passation des marchés du secrétariat général, des marchés mutualisés et des marchés qui lui sont confiés par délégation des directions d'administration centrale.

 Elle élabore et met en œuvre la politique documentaire et d'archivage dans les services. 
VI. – Le service du pilotage et de l'évolution des services élabore la stratégie de transformation de l'ensemble des services du ministère, et des opérateurs sous sa tutelle, et en coordonne la mise en œuvre.
Il conduit la mise en œuvre de la réforme de l'Etat pour le ministère, qu'il représente dans les instances interministérielles concernées. ;

Il conduit les réflexions relatives aux missions du ministère et de ses établissements publics, coordonne l'élaboration des propositions relatives à leur évolution et contribue à leur mise en œuvre.
Il promeut les méthodes innovantes.
Il veille à la qualité des relations qu'entretiennent l'administration centrale et les services déconcentrés. Il est garant de la mise en œuvre des instructions du Premier ministre relatives à l'élaboration et à la diffusion des circulaires et veille à assurer leur application de façon cohérence.

En liaison avec les ministères compétents et avec les services concernés du ministère, il coordonne la fixation des objectifs et la définition des moyens des services déconcentrés, suit leur action et participe à leur évaluation. À ce titre, il conduit le dialogue de gestion.

Il définit les modalités d'évaluation de la performance et du contrôle de gestion dans les services, en coordonne la mise en place et en assure le pilotage national.

Il coordonne la tutelle des établissements publics.
Il élabore et coordonne la politique qualité du ministère.
Il est associé à la définition des orientations du réseau des organismes scientifiques et techniques du ministère.
Il promeut et accompagne les transformations vers une culture partagée du développement durable et de la transition écologique et solidaire.
Il assure la tutelle de :
- l'Ecole nationale des ponts et chaussées ;
- l'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat.
Il oriente l'activité de l'Ecole nationale des techniciens de l'équipement.
Il élabore la politique d'accompagnement et de transformation des pratiques managériales.
Il établit et propose la politique immobilière, foncière et patrimoniale du ministère et coordonne sa mise en œuvre.
 VII. - Le service du numérique initie et accompagne la transformation numérique du ministère. Il favorise l'évolution des pratiques numériques et en assure la gouvernance. Il veille à la mise en œuvre de la stratégie qu'il a définie. Il s'assure de la qualité des produits et des services et conduit l'évolution du schéma d'urbanisation, dont il est garant, selon la logique de l'Etat plateforme.

 En lien avec l'administrateur ministériel des données, il contribue à la valorisation du patrimoine des données du ministère et des établissements publics placés sous sa tutelle.

 Il assure la veille et la prospective sur les technologies émergentes et conduit les actions d'innovation.

 Il appuie le service du pilotage et de l'évolution des services et la direction des ressources humaines, notamment pour évaluer les effets de la transformation numérique sur l'organisation des services, pour traiter les questions relatives à la promotion des méthodes innovantes et à l'accompagnement du changement liées au numérique, ainsi que pour développer et valoriser les compétences.

 Sous le contrôle du haut fonctionnaire de défense et de sécurité, il élabore et met en œuvre la politique de sécurité des systèmes d'information.

 Il accompagne les directions et services du ministère pour l'élaboration, le déploiement, le maintien et l'évolution de leurs produits numériques, ainsi que pour la transformation des politiques publiques liées au numérique.

 Il industrialise et sécurise le socle technique et les plateformes d'infrastructure. 
VIII. – Le service de défense, de sécurité et d'intelligence économique assiste le secrétaire général dans l'exercice de ses missions de défense, de sécurité et d'intelligence économique.
Il prépare la politique de défense et de sécurité dans l'ensemble des domaines relevant de la compétence du ministère, organise et contrôle sa mise en œuvre.
Il organise l'inventaire des moyens relevant du ministère mobilisables en situation de crise ou de défense et leurs conditions de mobilisation. Il veille aux conditions d'organisation des transports de défense.
Il est chargé de l'application des dispositions relatives à la sécurité de défense, à la protection du secret et à la protection du patrimoine scientifique et technique, ainsi que des dispositions relatives à la sécurité des systèmes d'information.
Il met en œuvre le dispositif ministériel de veille opérationnelle et d'alerte et s'assure de son articulation avec le dispositif interministériel existant. Il met en œuvre les mesures et la veille intéressant l'intelligence économique. Il participe à la continuité des communications gouvernementales.
En outre, il veille à l'élaboration et à l'application de procédures appropriées d'inspection et de contrôle dans ses domaines d'attributions.