Les missions et les compétences des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, leurs modalités d'organisation et de fonctionnement, de désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leur mandat sont arrêtées par le conseil d'administration dans les conditions d'adoption du règlement intérieur de l'établissement et lui sont annexées. 
Chaque institut, département, laboratoire de recherche et service dispose d'un budget propre, qui est intégré au budget de l'école dans les conditions définies à l'article L. 719-5 du code de l'éducation et du décret pris pour son application.