Le président ou le directeur de l'établissement recrute le doctorant contractuel par contrat d'une durée de trois ans, sur proposition du directeur de l'école doctorale, après avis du directeur de thèse et du directeur de l'unité ou équipe de recherche concernée.
Le contrat doctoral est écrit, il précise sa date d'effet qui doit intervenir au plus tard six mois après la première inscription en doctorat, sauf dérogation du conseil académique, ou dans les établissements non dotés d'un conseil académique, du conseil scientifique de l'établissement employeur ou de l'organe en tenant lieu, siégeant en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et personnels assimilés , son échéance et l'objet du service confié au doctorant contractuel. Le cas échéant, est précisée la nature des activités autres que les activités de recherche liées à la préparation du doctorat que le doctorant contractuel accepte d'exercer. La liste de ces activités peut être modifiée chaque année par avenant.
Le contrat peut comporter une période d'essai d'une durée de deux mois. Durant cette période, le contrat peut être rompu par l'une ou l'autre des parties, sans indemnité ni préavis, par lettre recommandée avec accusé de réception.
Si l'inscription en doctorat n'est pas renouvelée, il est mis fin de plein droit au contrat de doctorant contractuel au terme de la première ou de la deuxième année du contrat, dans les conditions et avec les indemnités prévues aux titres XI et XII du décret du 17 janvier 1986 susvisé.