Le conseil national fixe le montant de la cotisation versée à chaque ordre par toute personne inscrite au tableau, qu'elle soit physique ou morale.
Il détermine également les quotités de cette cotisation qui seront attribuées à chaque conseil, en précisant la part consacrée au fonctionnement des chambres disciplinaires placées auprès de ces instances.
Les cotisations sont obligatoires. Toutefois, la cotisation n'est pas due par le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme réserviste sanitaire ou relevant des dispositions de l'article L. 4143-1 du code de la défense dès lors qu'il n'exerce la profession qu'à ce titre.
La cotisation doit être réglée au cours du premier trimestre de l'année civile en cours.
Le conseil national gère les biens de l'ordre, définit sa politique immobilière et contrôle sa mise en œuvre. Il peut créer ou subventionner des oeuvres intéressant la profession médicale ainsi que des oeuvres d'entraide.
Il valide et contrôle la gestion des conseils. Il reçoit de ces derniers leurs documents budgétaires et comptables. Le conseil national peut demander tout autre document qui lui semble nécessaire.
Les modalités de cette validation et de ce contrôle sont fixées par le règlement de trésorerie élaboré par le conseil national et applicables à l'ensemble des instances ordinales.
Les conseils doivent préalablement l'informer de la création et lui rendre compte de la gestion de tous les organismes dépendant de ces conseils.
Il verse aux conseils une somme destinée à assurer une harmonisation de leurs charges sur le plan national.
Un commissaire aux comptes certifie annuellement les comptes combinés au niveau national des conseils de l'ordre.