Le conseil de l'éducation nationale se réunit sur convocation conjointe de ses deux présidents sur un ordre du jour portant sur des questions relevant à la fois de la compétence de l'Etat et     du Département de Mayotte ou sur convocation de l'un de ses présidents sur un ordre du jour portant sur des questions relevant de sa seule compétence. 
L'ordre du jour des séances du conseil de l'éducation nationale est arrêté conjointement par ses deux présidents lorsqu'il porte sur des questions qui relèvent à la fois de la compétence de l'Etat et de celle     du Département de Mayotte ou par l'un de ses présidents pour les questions qui relèvent de sa compétence. 
Sur la demande des deux tiers des membres du conseil, et sur un ordre du jour déterminé, le préfet de Mayotte et le président du conseil départemental convoquent le conseil de l'éducation nationale. 
Toute question proposée à la majorité des membres du conseil figure de droit à l'ordre du jour. 
Le conseil de l'éducation nationale est réuni au moins deux fois par an. 
Le règlement intérieur du conseil de l'éducation nationale est établi par le préfet de Mayotte et le président du conseil départemental et adopté par le conseil.