Les missions des sous-directions et mission de la direction des affaires économiques et financières sont les suivantes :
La sous-direction des questions industrielles et des exportations sensibles traite des questions de coopération industrielle et des questions relatives aux exportations de produits ou de technologie déclarées sensibles ou stratégiques.
La sous-direction des affaires financières internationales suit l'évolution de la situation économique, financière et monétaire internationale en liaison avec les administrations concernées. Elle suit les travaux des institutions financières internationales. Elle est associée à la préparation et au suivi des décisions du comité interministériel pour la coopération internationale et le développement.
La sous-direction de l'environnement et des accords économiques sectoriels négocie les accords, en liaison avec les autres ministères concernés, sur la protection de l'environnement ainsi que la mise en oeuvre des règles qui s'y rapportent. En liaison avec les autres ministères concernés, elle négocie les accords dans le domaine des transports, de l'énergie, des matières premières et des technologies nouvelles.
La mission Entreprises anime et coordonne les relations du ministère des affaires étrangères avec les entreprises.