L'établissement définit les modalités d'utilisation de la contribution versée par l'entreprise après avis du directeur de thèse, du ou des responsables de la ou des unités de recherche concernés, du conseil de l'école doctorale et du doctorant concerné. 
La contribution de l'entreprise peut constituer tout ou partie de la rémunération perçue par le doctorant au titre d'un contrat conclu avec une personne publique ou un établissement associé à l'école doctorale dans les conditions fixées par l'arrêté pris en application de l'article L. 612-7 du code de l'éducation. Celle-ci est versée dans la limite de la durée du contrat et ne peut, en tout état de cause, excéder la durée prévue par l'arrêté susmentionné. 
Lorsque le doctorant bénéficie d'un revenu pour l'accomplissement de son projet de recherche doctorale aux termes d'un contrat conclu dans les conditions fixées à l'alinéa précédent, la contribution de l'entreprise peut, en outre, être utilisée sous la forme de moyens mis à sa disposition pour la réalisation de ses travaux de recherche.