En ce qui concerne les installations appartenant aux services et organismes dépendant de l'Etat qui sont inscrites sur une liste établie par décret, les pouvoirs attribués au préfet par le présent titre sont exercés soit par le ministre chargé des installations classées, soit par le ministre chargé de la défense pour les installations qui relèvent de son département. 
Les dispositions du présent titre ne sont pas applicables aux installations mises en œuvre à titre temporaire, sur une période inférieure à six mois consécutifs sur un même site, à partir de matériels et d'équipements opérationnels des forces armées déployés pour des missions de la défense nationale. Toutefois, ces installations sont mises en œuvre en limitant les atteintes aux intérêts mentionnés à l'article L. 511-1. 
Pour l'application des dispositions du présent titre aux installations classées pour la protection de l'environnement relevant du ministère de la défense, les éléments susceptibles de porter atteinte aux intérêts de la défense nationale et à la sécurité publique ne peuvent être mis à disposition du public, ni être soumis à consultation ou à participation du public.