Au terme de l'instruction, l'autorité investie du pouvoir de nomination dont relève le fonctionnaire se prononce sur l'imputabilité au service et, lorsqu'elle est constatée, place le fonctionnaire en congé pour invalidité temporaire imputable au service pour la durée de l'arrêt de travail. 
Lorsque l'autorité investie du pouvoir de nomination ne constate pas l'imputabilité au service, elle retire sa décision de placement à titre provisoire en congé pour invalidité temporaire imputable au service et procède aux mesures nécessaires au reversement des sommes indûment versées. 
Si la demande de congé est présentée au cours d'un congé antérieurement accordé dans les conditions prévues aux articles L. 822-1 à L. 822-5, L. 822-6 à L. 822-11 et L. 822-12 à L. 822-17 du code général de la fonction publique, la première période de congé pour invalidité temporaire imputable au service part du premier jour du congé initialement accordé. 
Pour obtenir la prolongation du congé initialement accordé, le fonctionnaire adresse un nouveau certificat médical à l'autorité investie du pouvoir de nomination dont il relève précisant la durée probable de l'incapacité de travail.