Le domaine confié à Voies navigables de France en application de l'article L. 4314-1 est le domaine public fluvial de l'Etat tel qu'il est défini aux articles L. 2111-7, L. 2111-10 et L. 2111-11 du code général de la propriété des personnes publiques, à l'exclusion : 
1° Des cours d'eau, lacs, canaux et plans d'eau domaniaux ayant fait l'objet d'un décret de radiation ; 
2° Des cours d'eau, lacs, canaux et plans d'eau non reliés au réseau principal des voies navigables dont la liste est fixée à l'article D. 4314-3 ; 
3° Des cours d'eau, lacs, canaux, plans d'eau et ports intérieurs faisant l'objet d'une expérimentation de transfert de propriété conformément à l'article L. 3113-2 du code général de la propriété des personnes publiques ; 
4° Du domaine public fluvial dont la gestion est confiée aux ports autonomes fluviaux, tel qu'il est défini par les dispositions législatives et réglementaires qui leur sont propres ; 
5° Du domaine public fluvial inclus dans la circonscription des grands ports maritimes, telle qu'elle est définie conformément à l'article L. 5312-5, ainsi que du domaine public fluvial dont la gestion leur est confiée au titre des services annexes, dans les conditions prévues à l'article R. 111-13 du code des ports maritimes ; 
6° Des emprises des ports maritimes implantés sur le domaine public fluvial. 
Les chenaux de navigation restent confiés à l'établissement en cas de transfert de propriété ou d'une expérimentation de transfert de propriété d'un port intérieur en application des articles L. 3113-1 et L. 3113-2 du code général de la propriété des personnes publiques. 
L'étendue de ce domaine peut être modifiée par le déclassement ou la remise à une autre personne publique d'un élément de celui-ci. 
Un arrêté conjoint des ministres chargés des transports et du domaine énumère les éléments du domaine public confié à Voies navigables de France.