Les premier et second niveaux sont organisés par des autorités responsables du contrôle interne comptable, dans le cadre de leurs attributions et dans le respect des principes énoncés par la direction des affaires financières. Ces autorités sont :
- l'état-major des armées (EMA) ;
- la direction générale de l'armement (DGA) ;
- le secrétariat général pour l'administration (SGA) ;
- l'état-major de l'armée de terre (EMAT) ;
- l'état-major de la marine (EMM) ;
- l'état-major de l'armée de l'air (EMAA) ;
- la direction générale de la sécurité extérieure (DGSE) ;
- la direction de la protection et de la sécurité de la défense (DPSD) ;
- la direction centrale du service de santé des armées (DCSSA) ;
- la direction centrale du service des essences des armées (DCSEA) ;
- la direction interarmées des réseaux d'infrastructure et des systèmes d'information de la défense (DIRISI) ;
- la direction centrale du service du commissariat des armées (DCSCA) ;
- le service interarmées des munitions (SIMu).