Le passeport de mission est délivré :
-par le préfet ou le sous-préfet ;
-à Paris, par le préfet de police ;
-à l'étranger, par le chef de poste diplomatique ou consulaire. 
La demande est déposée auprès de l'autorité compétente pour délivrer le passeport. Toutefois, pour les agents du ministère de la défense, la demande de passeport de mission peut être déposée auprès des agents des formations administratives du ministère de la défense visés au II de l'article 3 du décret n° 2016-1460 du 28 octobre 2016.