Le comité, composé au plus de 160 membres, est constitué de cinq collèges répartis comme suit :
1° Un collège de représentants de collectivités territoriales et de leurs groupements représentant au moins 30 % des membres du comité, comprenant notamment des représentants de la région concernée, de l'ensemble des départements et des parcs naturels régionaux de la région ainsi que, sur proposition de chacune des associations départementales des maires de la région, des représentants des communes concernées, des groupements de collectivités compétents en matière d'aménagement du territoire, d'urbanisme et de gestion des cours d'eau ;
2° Un collège de représentants de l'Etat et de ses établissements publics représentant au moins 15 % des membres du comité, comprenant notamment des représentants de l'ensemble des parcs nationaux de la région ;
3° Un collège de représentants d'organismes socio-professionnels, de propriétaires, d'usagers de la nature, de gestionnaires et d'experts de la région représentant au moins 20 % des membres du comité ;
4° Un collège de représentants d'associations, d'organismes ou de fondations œuvrant pour la préservation de la biodiversité visés à l'article L. 141-3 et de gestionnaires d'espaces naturels représentant au moins 20 % des membres du comité ;
5° Un collège de scientifiques ou représentants d'organismes de recherche, d'études ou d'appui aux politiques publiques et de personnalités qualifiées représentant au moins 5 % des membres du comité.
La composition du comité assure une représentation équilibrée des femmes et des hommes. A cet effet, la proportion des membres de chaque sexe composant le comité ne peut être inférieure à 40 %. Afin de respecter l'objectif de parité entre les femmes et les hommes, les organismes appelés à proposer un membre soumettent nécessairement les noms d'une femme et d'un homme pour chaque représentant.