Le premier président est chargé de la direction générale de la Cour des comptes. Après avis du procureur général, il définit l'organisation générale des travaux de la Cour, il répartit les attributions de la Cour entre les chambres et arrête le programme annuel des travaux au vu des propositions des présidents de chambre. 
Il préside les audiences solennelles, la chambre du conseil dans chacune des formations prévues à l'article R. 112-17, les chambres réunies en formation plénière et la conférence des présidents et le comité du rapport public et des programmes. Il peut présider les séances de chambre, les formations interchambres et les chambres réunies statuant en formation restreinte. 
Il signe les arrêts et décisions rendus sous sa présidence. 
Il fait connaître aux ministres compétents, par voie de référé, les observations formulées par la Cour.