Si l'unité foncière sur laquelle une construction est ou doit être implantée est répartie sur le territoire de plusieurs communes ou établissements de coopération intercommunale ayant institué un seuil minimal de densité, le versement pour sous-densité est calculé en répartissant la surface de la construction au prorata de la surface de l'unité foncière comprise sur le territoire de chaque collectivité. 
Si l'unité foncière mentionnée à l'alinéa précédent est répartie sur le territoire d'une même collectivité entre plusieurs des secteurs mentionnés à l'article L. 331-36, il est fait application du seuil minimal de densité le moins élevé pour le calcul du versement pour sous-densité.