Le conseil d'administration de la fédération est investi des pouvoirs les plus étendus pour administrer celle-ci. Il peut constituer un bureau dont la composition et les attributions sont déterminées par les statuts. 
Il nomme, en dehors de ses membres, le directeur général et le révoque. Il fixe les conditions dans lesquelles il lui délègue les pouvoirs nécessaires à la gestion de la fédération ; il peut lui donner délégation pour représenter la fédération en justice. 
Le conseil d'administration arrête et vote le budget propre de la fédération et les comptes de la fédération ainsi que les comptes combinés des institutions de retraite complémentaire et de la fédération dont elles relèvent. Il établit le rapport de gestion. 
Dans le respect des dispositions des accords nationaux interprofessionnels et des décisions de la commission paritaire, le conseil d'administration fixe les paramètres du régime. Il prend les mesures nécessaires à l'application des décisions de la commission paritaire et à la mise en oeuvre de la compensation financière entre les institutions membres de la fédération. 
Il est chargé des relations avec les institutions de retraite complémentaire qui y adhèrent et notamment :
-de proposer au ministre chargé de la sécurité sociale d'accorder ou de retirer l'autorisation de fonctionnement aux institutions de retraite complémentaire membres de la fédération ;
-d'approuver le règlement de la fédération et de veiller à son application ;
-d'appliquer les sanctions mentionnées à l'article R. 922-52 ;
-de donner son accord préalable à la conclusion de toute convention par laquelle une institution de retraite complémentaire délègue à un organisme extérieur tout ou partie de sa gestion ;
-d'élaborer les modifications statutaires soumises au vote, selon le cas, de l'assemblée générale ou de la commission paritaire.