Le nombre de membres du directoire est déterminé, pour chaque grand port maritime, par décret.
Le président du directoire est nommé par décret, après avis du président du conseil régional de la région dans laquelle se trouve le siège du port ou, pour le grand port fluvio-maritime, après avis des présidents des conseils régionaux des régions dans lesquelles l'établissement public a sa circonscription, et après avis conforme du conseil de surveillance.
Le président du directoire porte le titre de directeur général.
Les autres membres du directoire sont nommés par le conseil de surveillance sur proposition du président du directoire.
La durée du mandat des membres du directoire est fixée par voie réglementaire.