L'agent comptable de la caisse est désigné sur la proposition de la commission de gestion par arrêté du ministre chargé de la culture et du ministre chargé du budget. Il est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité et sous le contrôle de la commission de gestion, de l'ensemble des opérations financières de la caisse. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé par arrêté du ministre chargé du budget.

    L'agent comptable du théâtre national de l'Opéra de Paris peut être nommé agent comptable de la caisse de retraites des personnels du théâtre national de l'Opéra de Paris. A ce titre, il perçoit exclusivement une indemnité de responsabilité de caisse. Il est assisté par un fondé de pouvoir choisi par la commission de gestion de la caisse parmi le personnel de celle-ci et rémunéré sur le budget de celle-ci.