Les missions du contrôle sanitaire aux frontières comprennent : 
1° Le contrôle des règles d'hygiène des points d'entrée mentionnés à l'article R. 3115-6 et des points d'entrée du territoire mentionnés aux articles R. 3115-16 et R. 3115-17, notamment la surveillance des vecteurs et des réservoirs d'agents pathogènes ; 
2° Le contrôle sanitaire des moyens de transport ; 
3° Le contrôle sanitaire des voyageurs ; 
4° La préparation et la réponse aux urgences de santé publique au niveau des points d'entrée mentionnés à l'article R. 3115-6 et des points d'entrée du territoire mentionnés aux articles R. 3115-16 et R. 3115-17. 
Les missions du contrôle sanitaire aux frontières sont réalisées sous l'autorité du préfet.