L’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules constitue l'institut du Centre national de la recherche scientifique regroupant les disciplines de la physique nucléaire et de la physique des particules. Son directeur est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre de l’éducation nationale, après avis du directeur général du Centre national de la recherche scientifique et du directeur général des enseignements supérieurs et de la recherche au ministère de l’éducation nationale. 
Le budget de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules donne lieu à établissement d'un document distinct du budget du Centre national de la recherche scientifique. Il est approuvé et modifié dans les mêmes formes que le budget du Centre national de la recherche scientifique. 
Le directeur de l’institut peut être assisté par un directeur adjoint administratif et par un ou plusieurs directeurs adjoints scientifiques nommés par le directeur général du Centre national de la recherche scientifique, sur proposition du directeur de l’institut, après avis du directeur général des enseignements supérieurs et de la recherche au ministère de l’éducation nationale. 
Les fonctions de directeur de l’institut sont incompatibles avec celles de directeur d'un des organismes en relevant.