La mission Doctrine comptable et contrôle interne comptable est chargée de la doctrine comptable en liaison avec les instances nationales et internationales compétentes et de la conception et de l'animation des dispositifs de contrôle interne comptable. Elle exploite des données issues de l'audit interne et externe comptable destiné à assurer la qualité comptable dans l'ensemble des domaines d'activité ayant un impact comptable.