Le troisième cycle des études pharmaceutiques, qui donne accès au diplôme d'Etat de docteur en pharmacie, comporte des formations propres à la pharmacie et des formations communes à la pharmacie et à la médecine dont les dispositions spécifiques sont prévues par décret. 
Au cours du troisième cycle qui conduit au doctorat en pharmacie et aux spécialisations, les stages concourant à la formation peuvent être effectués dans des services hospitaliers ou des laboratoires dirigés par des personnels appartenant ou non aux disciplines pharmaceutiques. Lorsqu'ils effectuent ces stages au titre de la cinquième année d'étude dite " hospitalo-universitaire ", les étudiants autres que les internes mentionnés à l'article L. 632-5 portent le titre d'étudiants hospitaliers en pharmacie et perçoivent une rémunération. Leur statut est fixé par décret en Conseil d'Etat. 
Sous réserve des dispositions prévues à l'article L. 633-3, seuls les étudiants nommés à l'issue d'un concours en qualité d'interne en pharmacie peuvent accéder aux formations du troisième cycle communes à la pharmacie et à la médecine et à certaines des formations propres à la pharmacie dont la liste est fixée par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé de la santé. 
Les internes des formations du troisième cycle des études pharmaceutiques sont soumis aux mêmes dispositions statutaires que les internes et les résidents en médecine. Leur formation théorique et pratique s'effectue à temps plein sous le contrôle des universités. Ils exercent des fonctions hospitalières ou extra-hospitalières rémunérées, soit dans les centres hospitaliers universitaires, soit dans les établissements hospitaliers, y compris militaires ou privés, liés à ces centres par convention, soit dans des organismes agréés extra-hospitaliers, soit dans des laboratoires agréés de recherche.