La sous-direction de la performance interne assure :
1. Le contrôle de gestion du service ;
2. La tenue de la comptabilité analytique du service ;
3. L'animation d'un système de management de la qualité, du contrôle interne et de la gestion des risques. 
4. La dématérialisation des procédures du service ;
5. La gestion de proximité des ressources humaines civiles et militaires du service ;
6. L'animation et la coordination des actions du service relatives à l'environnement, l'hygiène, la santé, la sécurité au travail et la prévention ;
7. La mise en œuvre des dispositions relatives à la protection du secret au sein du service ;
8. La coordination des actions de communication du service ;
9. La rédaction et la gestion des engagements d'objectifs et de performance.