Les militaires membres du Conseil supérieur de la fonction militaire restent affectés en position d'activité au sein de l'organisme dans lequel ils étaient affectés antérieurement à leur nomination au Conseil supérieur de la fonction militaire. Ils peuvent solliciter une affectation pour raison de service dans un autre organisme. Leur activité est exclusivement dédiée à l'exercice de la concertation. Ils peuvent continuer à exercer jusqu'à son terme l'un des mandats d'une instance de représentation du personnel militaire. 
 Lorsqu'un membre titulaire d'un conseil de la fonction militaire est dans l'impossibilité d'assister à une session, un suppléant représentant le même groupe de grades est appelé à siéger dans l'ordre des résultats du tirage au sort ou de l'élection.