La sous-direction des services opérationnels définit, prépare et met en oeuvre les capacités propres de protection civile du ministère.
 Elle assure le maintien en condition opérationnelle des équipages et des aéronefs du groupement des moyens aériens conformément à la réglementation aéronautique en vigueur et assure les missions aériennes de service public confiées aux avions et hélicoptères de la sécurité civile.
 Elle exécute les opérations de recherche, de neutralisation, d'enlèvement et de destruction des munitions et des explosifs.
 Elle prépare et met en oeuvre les formations militaires de la sécurité civile dans toutes les circonstances qui appellent une intervention spécialisée ou urgente face aux risques naturels et technologiques.
 La sous-direction des services opérationnels contribue aux actions internationales de secours, notamment dans le cadre du mécanisme communautaire de coopération renforcée dans le domaine de la protection civile.