Un comité d'orientation est placé auprès du président de l'établissement. Il émet des avis sur les orientations culturelles de l'établissement et sur l'ensemble de ses activités. Il évalue l'accomplissement de ses différentes missions. 
Il constitue l'instance scientifique, prévue par l'article 14 du décret n° 2002-628 du 25 avril 2002 pris pour l'application de la loi n° 2002-5 du 4 janvier 2002 relative aux musées de France, compétente en matière d'acquisition et de restauration des biens destinés aux collections nationales. 
Le comité d'orientation comprend douze membres au maximum, choisis en raison de leur expertise dans les domaines couverts par les différentes activités de l'établissement. 
Le directeur général a accès aux séances du comité d'orientation. Il peut demander que le comité se réunisse pour examiner les questions dont il le saisit. 
Le président et les autres membres du comité d'orientation sont nommés par le ministre chargé des sports, pour une durée de trois ans renouvelable. 
Le comité établit son règlement intérieur.