Le service de la modernisation anime et pilote, en concertation avec les directions et services, les actions concourant à la modernisation des deux ministères. Il participe aux travaux interministériels dans les domaines relevant de son champ de compétence. 
Le service comprend :
-une mission qui conduit les travaux relatifs aux stratégies ministérielles de modernisation ; elle assure à ce titre le suivi des travaux de la révision générale des politiques publiques ;
-une mission qui coordonne les travaux des responsables de programme et des directions en matière de mesure de la performance et de contrôle de gestion ; elle concourt à l'élaboration des contrats pluriannuels de performance et assure le suivi des résultats des directions ;
-une mission qui traite des questions relatives à l'organisation des directions et services ; à ce titre, elle coordonne l'élaboration des textes réglementaires en cette matière ; elle anime et coordonne les actions ministérielles en matière de qualité de service et de simplifications.