Le médecin du travail veille, sous la responsabilité du chef d'établissement, à l'application des dispositions du code de la santé publique sur les vaccinations obligatoires. 
Il procède lui-même ou fait procéder à ces vaccinations ainsi qu'à celles qui seraient imposées par une épidémie. Les agents peuvent les faire pratiquer par le médecin de leur choix. Ils fournissent un certificat détaillé. 
Le médecin du travail est habilité à pratiquer les vaccinations qui sont recommandées en cas de risques particuliers de contagion.