Le président du centre est choisi parmi les personnalités ayant une compétence dans le domaine de la recherche scientifique et technologique. Il est nommé sur proposition du ministre chargé de la recherche pour une durée de quatre ans. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel de la République française et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article 3-2.