Les contrôles prévus à l'article R. 541-86 portent sur le respect de toutes les clauses du cahier des charges d'agrément ou d'approbation, en particulier sur celles relatives :
-aux objectifs et obligations concernant la collecte et le traitement des déchets, l'information et la communication, la prévention de la production de déchets, les études, la recherche et le développement ;
-aux obligations comptables et financières ;
-aux relations avec les différents acteurs de la filière ;
-au suivi, à l'observation et au contrôle de la filière. 
Le contenu détaillé des contrôles est précisé pour chaque filière dans le cahier des charges d'agrément ou d'approbation. S'agissant des agréments ou des approbations intervenus avant l'entrée en vigueur du décret n° 2014-759 du 2 juillet 2014 relatif aux contrôles périodiques et aux sanctions prévus à l'article L. 541-10 du code de l'environnement, la liste des clauses à contrôler est arrêtée par les ministres signataires de l'arrêté portant cahier des charges.