Le secrétariat du comité de direction est assuré par le directeur général de FranceAgriMer ou son représentant. Il assure notamment la convocation aux réunions des membres du comité. Ce dernier se réunit au moins une fois par an pour arrêter le bilan du fonds relatif à l'exercice écoulé.
 La réunion du comité est de droit si elle est demandée par l'un des membres. Sauf circonstances exceptionnelles, elle se tient dans les quinze jours suivant la réception de la demande au secrétariat du comité.