Pour les agents des douanes exerçant des fonctions de motocyclistes, l'aptitude physique est contrôlée tous les deux ans pour ceux en fonction depuis moins de cinq ans et annuellement pour ceux exerçant depuis cinq ans au moins. 
En cours de carrière, à titre complémentaire de leur emploi de marin, les agents des douanes peuvent exercer des activités subaquatiques professionnelles dans le cadre fixé par l'administration. 
En qualité de plongeur de bord, ils bénéficient d'une surveillance médicale particulière fondée sur un examen clinique général et des examens complémentaires spécialisés dans le respect des dispositions fixées à l'arrêté du 28 mars 1991 susvisé pris en application du décret n° 90-277 du 28 mars 1990 relatif à la protection des travailleurs intervenant en milieu hyperbare. 
Cette surveillance, visant à vérifier l'aptitude physique aux fonctions, est pratiquée avant l'affectation en milieu hyperbare, puis périodiquement selon l'âge des agents et, enfin, lors de tout incident ou accident d'hyperbarie. 
En cours de carrière, pour l'exercice de contrôle des espaces confinés des navires, les agents doivent satisfaire à des conditions d'aptitude physique particulières. Les modalités de contrôle et les procédures applicables notamment aux cas d'inaptitude sont fixées par l'arrêté du 16 avril 1986 susvisé.