Le contrôle de la gestion de l'agent comptable est assuré par le directeur général des finances publiques, ou par les directeurs régionaux ou départementaux des finances publiques pour les organismes ayant leur siège dans leur ressort.
 Les agents comptables sont soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances et, éventuellement, des corps de contrôle des ministères de tutelle.