Les commissions scientifiques spécialisées comprennent des membres élus et des membres nommés par le président de l'institut. Elles sont créées par délibération du conseil d'administration après avis du conseil scientifique. Elles sont composées pour moitié de membres élus par les personnels propres de l'institut et les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et pour moitié de membres nommés par le président de l'institut. Le président de l'institut fixe les règles de leur fonctionnement et les modalités d'élection de leurs membres élus. 
Les commissions scientifiques spécialisées assistent le président de l'institut. Elles participent à l'évaluation périodique de l'activité des unités de recherche qui relèvent de leur secteur, conformément aux dispositions du 2° de l'article 11 du décret n° 2006-1334 du 3 novembre 2006 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. 
Elles contribuent à l'élaboration du rapport de conjoncture et de prospective établi par le conseil scientifique. 
Elles sont consultées par le président, dans leur secteur de compétence, sur : 
1° La création, la modification et la suppression des unités de recherche de l'institut ; 
2° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin ; 
3° La participation financière à apporter dans le cadre des programmes de l'institut aux projets scientifiques des formations ou des équipes n'appartenant pas à l'institut ; 
4° Toute autre question qu'il leur soumet. 
Pour rendre leur avis, elles s'appuient sur les évaluations de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Elles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de leurs membres.