Les membres de chaque section du Conseil national des universités pour les disciplines médicales, odontologiques et pharmaceutiques élisent en leur sein, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, un bureau composé d'un président, de deux vice-présidents et d'un assesseur.  
Tous les membres de la section élisent le président parmi les professeurs des universités et les personnels assimilés.
Les professeurs des universités et les personnels assimilés élisent, en leur sein, le premier vice-président ; les maîtres de conférences et les personnels assimilés élisent, en leur sein, le second vice-président et l'assesseur.
Dans les disciplines médicales, lorsque la section comprend un nombre de maîtres de conférences et de personnels assimilés inférieur à 20 % de l'ensemble des membres de la section, le second vice-président est élu parmi les professeurs des universités et les personnels assimilés par tous les membres de la section.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, celui-ci est suppléé par un des vice-présidents. Ils ne peuvent, toutefois, présider une délibération relative à un emploi d'un rang supérieur au leur. S'ils ne peuvent siéger, la présidence est assurée par le professeur ayant la plus grande ancienneté d'échelon dans le grade le plus élevé, présent à la séance.
Les membres de chaque sous-section du Conseil national des universités pour les disciplines médicales, odontologiques et pharmaceutiques élisent en leur sein, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, un président choisi parmi les professeurs de la sous-section. 
Le mandat du président, des vice-présidents et de l'assesseur est de trois ans, à moins que n'intervienne, au cours de cette période, le renouvellement du conseil.