Pour chacune de ces modalités, une pause méridienne d'au moins 45 minutes est ménagée chaque jour pour permettre la prise d'un repas. L'augmentation éventuelle de la pause méridienne est inscrite dans le règlement intérieur et modifie en conséquence les horaires de travail. 
Ces pauses ne sont pas comprises dans le temps de travail effectif, sauf lorsque les agents sont contraints de les prendre sur leur poste de travail à la demande de l'employeur afin de rester à sa disposition. 
Les horaires de l'agence sont arrêtés par le directeur général de l'agence, après concertation et avis du  comité technique, entre 7 heures et 20 heures dans une amplitude limitée à 12 heures consécutives. 
Sauf contraintes spécifiques de service, l'amplitude quotidienne maximale de la journée de travail d'un agent ne peut excéder 11 heures.