L'établissement de retraite additionnelle de la fonction publique est soumis au régime financier et comptable défini par les dispositions du décret du 29 décembre 1962 susvisé relatives aux établissements publics nationaux à caractère administratif ainsi que par celles du décret du 10 décembre 1953 susvisé. 
Il est doté d'un plan comptable adapté à ses spécificités, approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale, après avis de l'Autorité des normes comptables. 
Les comptes sont tenus de façon à distinguer la gestion du régime lui-même du fonctionnement propre de l'établissement. 
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.
L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.