Le contrôle de l'Etablissement public foncier d'Ile-de-France est exercé par le préfet de région.
Les délibérations du conseil d'administration et celles prises par le bureau ne sont exécutoires qu'après approbation par le préfet de la région Ile-de-France, préfet de Paris.
L'absence de rejet ou d'approbation expresse dans le délai d'un mois après réception par le préfet de région des délibérations susmentionnées vaut approbation tacite, y compris dans les cas et conditions prévus par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.
Toutefois, les délibérations du conseil d'administration ou du bureau et les décisions du directeur général ou de son adjoint relatives à l'exercice du droit de préemption ou de priorité sont exécutoires de plein droit, dès leur transmission au préfet de région, si l'exercice par l'établissement du droit de préemption ou de priorité est prévu dans une convention visée à l'article 2, préalablement approuvée par le préfet de région.
Lorsque l'exercice par l'établissement du droit de préemption ou de priorité n'est pas prévu par une de ces conventions, l'absence de rejet ou d'approbation expresse des délibérations ou décisions susmentionnées, par le préfet de région, dans le délai de dix jours après réception, vaut approbation tacite. 
Par dérogation aux dispositions du deuxième alinéa du présent article les délibérations du conseil d'administration relatives aux acquisitions faites dans le cadre de l'article 5 sont exécutoires de plein droit dès lors que ces acquisitions portent sur la majorité des parts et sont inférieures à un seuil fixé par arrêté des ministres chargés de l'économie, du budget et de l'urbanisme. Lorsque ces acquisitions ou prises de participations sont supérieures au seuil précité, les délibérations du conseil d'administration ne sont exécutoires qu'après approbation par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, du budget et de l'urbanisme. Les délibérations du conseil d'administration relatives aux acquisitions faites dans le cadre de l'article 5, portant sur la minorité des parts ou actions, restent soumises à l'approbation du préfet de région dans les conditions prévues au troisième alinéa du présent article.