Les responsables de périmètre de certification dont le règlement financier est de signe négatif versent le montant de ce règlement sur le fonds pour le règlement des écarts des responsables de périmètre de certification. En cas de défaut de paiement d'un responsable de périmètre de certification, le gestionnaire du réseau de transport français met l'intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai de cinq jours ouvrés.
Les responsables de périmètre de certification dont le règlement financier est de signe positif reçoivent du fonds pour le règlement des écarts des responsables de périmètre de certification le montant du règlement. La somme de ces règlements est au plus égale, pour une année de livraison donnée, à la somme des versements effectués au titre des règlements financiers négatifs. Le cas échéant, les règlements financiers positifs sont ramenés de manière proportionnelle à un niveau cohérent avec cette somme.
Le solde éventuel restant sur le Fonds pour le règlement des écarts des responsables de périmètre de certification, qui n'est pas la propriété du gestionnaire du réseau de transport français, est intégralement redistribué aux utilisateurs du réseau public de transport d'électricité selon des modalités fixées par la Commission de régulation de l'énergie.