Pour l'application du dernier alinéa de l'article L. 6211-2, chaque ministre certificateur instaure une mission, placée sous son autorité, chargée du contrôle pédagogique des formations par apprentissage conduisant à l'obtention des diplômes relevant de sa compétence. 
Ces missions sont composées : 
1° D'inspecteurs ou d'agents publics habilités des ministères certificateurs ; 
2° D'experts désignés par les commissions paritaires régionales de l'emploi ou, à défaut, par les commissions paritaires nationales de l'emploi ; 
3° D'experts désignés par les chambres consulaires. 
En cas d'absence de désignation des personnes mentionnées aux 2° et 3°, le ministre certificateur met en demeure les instances concernées de procéder à cette désignation. 
Les personnes mentionnées aux 2° et 3° sont nommées par le ministre certificateur pour une durée de cinq ans. 
L'exercice du contrôle pédagogique est incompatible avec l'exercice d'une fonction dans un centre de formation d'apprentis ou la qualité de membre d'une instance d'un centre de formation d'apprentis. 
Les modalités d'organisation et de fonctionnement des missions de contrôle pédagogique sont fixées par arrêté de chaque ministre certificateur pour les diplômes qui le concernent.