Les comptes financiers des exercices 2019 et 2020 de l'établissement « Communauté d'universités et établissements d'Aquitaine » sont établis, en lien avec l'ordonnateur, par l'agent comptable en fonctions lors de la suppression de l'établissement. Ils sont arrêtés et approuvés par le recteur de la région académique Nouvelle-Aquitaine. Le compte financier de l'exercice 2020 comprend en annexe les balances de sortie qui seront reprises par les universités de Bordeaux, de Bordeaux-III, de La Rochelle et de Pau et l'Institut d'études politiques de Bordeaux.