Conformément aux dispositions de l'article D. 653-61-3 du code rural et de la pêche maritime, lorsqu'un organisme tiers agréé cesse de respecter les conditions de son agrément, le ministre chargé de l'agriculture le met en demeure, par envoi d'un courrier recommandé, de se mettre en conformité avec les règles méconnues ou d'exposer les raisons aux manquements constatés.
En l'absence de réponse ou lorsque les explications fournies par l'organisme ne sont pas satisfaisantes, le ministre peut suspendre à titre transitoire l'agrément après consultation de la Commission nationale d'amélioration génétique.
La décision de suspension est notifiée à l'organisme par lettre recommandée avec accusé de réception. Celui-ci dispose alors d'un délai de douze mois pour se mettre en conformité avec la réglementation applicable. La suspension est levée lorsqu'il est mis fin aux manquements constatés.
Lorsque les justificatifs apportés ne permettent pas de constater que l'organisme respecte désormais la réglementation applicable, le retrait de son agrément en tant qu'organisme tiers exerçant l'enregistrement et le contrôle des performances des équidés peut être prononcé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, après avis de la Commission nationale d'amélioration génétique. L'organisme est préalablement appelé à présenter ses observations.