Le secrétaire général dirige les activités des directions et de la délégation suivantes : 
1. La direction de la modernisation et de l'action territoriale ; 
2. La direction des ressources humaines ; 
3. La direction de l'évaluation de la performance, et des affaires financières et immobilières ; 
4. La direction des systèmes d'information et de communication ; 
  5. Le service du haut fonctionnaire de défense ; 
6. La délégation à l'information et à la communication ; 
7. La mission "titres sécurisés" ; 
8. La mission "prévention et lutte contre la fraude documentaire".
Il dispose de la délégation aux affaires internationales et européennes.