Partie b) du document-cadre prévu à l'article L. 371-2 du code de l'environnement : « Un guide méthodologique identifiant les enjeux nationaux et transfrontaliers relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques. Il comporte un volet relatif à l'élaboration du schéma régional de cohérence écologique (SRCE) ou du document régional fixant les orientations et mesures de préservation et de restauration de la biodiversité qui en tient lieu ou s'y substitue. » 
1. Enjeux nationaux et transfrontaliers relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques : pour une cohérence écologique de la Trame verte et bleue à l'échelle nationale 
La cohérence nationale de la Trame verte et bleue est assurée en particulier par la prise en compte, dans les schémas régionaux de cohérence écologique, des enjeux relatifs à :
-certains espaces protégés ou inventoriés ;
-certaines espèces ;
-certains habitats ;
-des continuités écologiques d'importance nationale. 
Ces enjeux ne sont pas hiérarchisés mais leur intégration assure une cohérence écologique au sein d'un territoire régional, entre les territoires régionaux et transfrontaliers et au niveau national, notamment dans une perspective d'adaptation au changement climatique. Ces enjeux sont complémentaires et peuvent se recouvrir. 
La compatibilité des documents de planification et projets relevant du niveau national, et notamment les grandes infrastructures linéaires de l'Etat et de ses établissements publics, avec les orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques s'apprécie notamment au regard des atteintes susceptibles d'être portées à ces enjeux. 
Du fait des échelles déterminées par les textes qui instituent les documents, les cartographies du SRCE, des SRADDET, des SAR et du PADDUC peuvent ne pas faire apparaître certains éléments des continuités écologiques relevant d'une échelle cartographique plus fine que celles définies dans ces schémas. Dans ce cas, ils sont néanmoins identifiés dans le document-où ils peuvent être décrits de manière littérale-et ont vocation à être définis dans les documents déclinant la Trame verte et bleue à l'échelle locale (documents d'urbanisme, chartes de parcs naturels régionaux, etc.). Le SRCE, les SAR, le PADDUC et les SRADDET précisent la manière dont ces éléments peuvent être inclus dans ces documents de planification. 
1.1. Enjeux relatifs à certains espaces protégés ou inventoriés 
1.1.1. Les espaces intégrés automatiquement à la Trame verte et bleue 
Certains espaces bénéficiant d'une protection législative et réglementaire sont, en application de l'article L. 371-1 du code de l'environnement, intégrés automatiquement à la Trame verte et bleue, dans leur intégralité, en tant que réservoir de biodiversité ou corridor écologique.
-Sont intégrés aux réservoirs de biodiversité de la Trame verte et bleue :
-les cœurs de parcs nationaux, créés au titre des articles L. 331-1 et suivants du code de l'environnement ;
-les réserves naturelles nationales, régionales et de Corse, créées au titre des articles L. 332-1 et suivants du code de l'environnement ;
-les espaces identifiés par les arrêtés préfectoraux pris au titre des articles L. 411-1, R. 411-15 et suivants du code de l'environnement. 
Il est fortement recommandé d'y intégrer également les réserves biologiques créées au titre des articles L. 212-1 à L. 212-4 du code forestier.
-Sont intégrés aux corridors écologiques de la Trame verte et bleue :
-les couvertures végétales permanentes le long des cours d'eau mentionnées au I de l'article L. 211-14 du code de l'environnement, qui visent notamment à constituer des corridors rivulaires contribuant à la fois à garantir la qualité du milieu aquatique et à établir des corridors écologiques permettant le déplacement de certaines espèces par voie aquatique, terrestre ou aérienne ;
-Sont intégrés à la Trame verte et bleue, en qualité de réservoirs de biodiversité et de corridors écologiques :
-les cours d'eau, parties de cours d'eau ou canaux classés au titre de l'article L. 214-17 du code de l'environnement ; 
Un cours d'eau, quelle que soit sa taille, constitue un corridor écologique fluvial continu, aux multiples interrelations (longitudinale, latérale, verticale), et compose naturellement un réseau hydrographique au sein d'un bassin-versant. 
Les limites amont-aval du cours d'eau vont d'une source à un exutoire final (estuaire ou confluence avec un autre cours d'eau), les limites latérales sont celles du lit majeur, les limites verticales sont liées aux échanges nappe/ cours d'eau. Le bon fonctionnement du cours d'eau s'apprécie au sein de ces limites spatiales, plus particulièrement, pour les limites latérales, au sein du lit mineur et de l'espace de bon fonctionnement qui est une partie du lit majeur. 
Il est fortement recommandé d'y intégrer également les espaces de mobilité des cours d'eau et les espaces de bon fonctionnement des cours d'eau déjà identifiés sur la base d'études d'hydromorphologie fluviale, à l'échelle d'un bassin versant par les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE), schémas d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE) et schémas régionaux des carrières (SRC).
-Sont intégrés à la Trame verte et bleue, en qualité de réservoirs de biodiversité ou de corridors écologiques (ou les deux à la fois) :
-les zones humides d'intérêt environnemental particulier mentionnées à l'article L. 211-3 du code de l'environnement. 
Il est fortement recommandé d'y intégrer également les zones humides dont la préservation ou la remise en bon état est nécessaire pour atteindre les objectifs de la directive cadre sur l'eau, notamment les zones humides identifiées dans les SDAGE (notamment les registres des zones protégées), les programmes de mesures associés ou les SAGE. 
1.1.2. Les espaces dont la contribution à la Trame verte et bleue doit être examinée 
Les autres zones bénéficiant d'une protection ou identifiées au titre d'un inventaire doivent être évaluées au regard de leur contribution possible, en tout ou partie, à la Trame verte et bleue en tant que réservoir de biodiversité ou corridor écologique. Il convient également de prendre en compte l'évolution de ces zones dans la mesure du possible. 
S'agissant des zonages à évaluer au cas par cas, il est demandé autant que possible de préciser leurs modalités d'intégration (reprise de l'ensemble des périmètres d'un type de zonage, extraction de certains espaces au sein des périmètres, etc.). En outre, le SRCE, les SAR, le PADDUC et les SRADDET doivent faire la distinction entre les zonages non retenus, parce qu'inexistants dans la région, de ceux non retenus, parce que non pertinents pour la trame.
-Cet examen au cas par cas sera effectué pour :
-les sites Natura 2000 (articles L. 414-1 et suivants du code de l'environnement) ;
-les parcs naturels régionaux (articles L. 333-1 et suivants du code de l'environnement) ;
-les sites classés (articles L. 341-1 et suivants du code de l'environnement) ;
-les zones de reproduction (frayères), d'alimentation et de croissance des espèces (articles R. 432-1 et suivants du code de l'environnement) ;
-les zones agricoles protégées et les formations linéaires boisées (articles L. 112-2 et L. 126-3 du code rural et de la pêche maritime) ;
-les bois et forêts classés comme forêts de protection pour cause d'utilité publique (article L. 141-1 du code forestier) ;
-les forêts domaniales et communales (article L. 211-1 du code forestier) ;
-les zones identifiées comme particulièrement intéressantes pour leur biodiversité, notamment les ZNIEFF (article L. 411-5 du code de l'environnement), les espaces identifiés par les atlas de la biodiversité dans les communes et les espaces identifiés dans le cadre de la démarche REDOM (réseau écologique d'outre-mer) dans les départements et régions d'outre-mer ;
-les zones bénéficiant d'un label pour leur biodiversité, notamment les réserves de biosphère et les sites Ramsar ;
-les réserves de pêche (article L. 436-12 du code de l'environnement) si une gestion conservatoire est prévue ;
-les réserves de chasse et de faune sauvage organisées en réseau national ou en réseaux départementaux (article L. 422-27 du code de l'environnement) si une gestion conservatoire est prévue ;
-les espaces, paysages et milieux caractéristiques du patrimoine naturel et culturel montagnard (II de l'article L. 145-3 du code de l'urbanisme) ;
-la bande littorale des 100 mètres (III de l'article L. 146-4 du code de l'urbanisme) ;
-les aires optimales d'adhésion des parcs nationaux (article L. 331-1 du code de l'environnement) ;
-les immeubles relevant du domaine du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres, au sens des articles L. 322-9 et R. 322-8 du code de l'environnement, ainsi que les immeubles situés dans les zones de préemption du Conservatoire du littoral et des départements, au sens de l'article L. 142-3 du code de l'urbanisme ;
-les zones humides acquises par les agences de l'eau (article L. 213-8-2 du code de l'environnement) ou avec son concours ;
-les espaces acquis par les départements au titre de leur politique de protection, de gestion et d'ouverture au public des espaces naturels sensibles (articles L. 142-1 et L. 142-2 du code de l'urbanisme) ainsi que les terrains compris dans les zones de préemption créées au titre de cette politique (article L. 142-3 du code de l'urbanisme) ;
-les espaces gérés par les conservatoires régionaux d'espaces naturels (I de l'article L. 414-11 du code de l'environnement) ;
-les zones prioritaires pour la biodiversité définies au titre du décret n° 2017-176 du 13 février 2017 ;
-Doivent également être examinés les espaces suivants, identifiés par les présentes orientations nationales comme constituant des éléments pertinents des SDAGE, au sens du III de l'article L. 371-3 du code de l'environnement, en particulier ;
-les masses d'eau superficielles et leurs objectifs de bon état ;
-les orientations et dispositions contribuant aux objectifs de la directive cadre sur l'eau et à des objectifs de biodiversité, notamment sous forme cartographique ;
-les axes identifiés comme prioritaires ou importants pour le maintien et la restauration des habitats naturels et habitats d'espèces aquatiques (secteurs pertinents du registre des zones protégées …) ;
-les grandes orientations pour le classement des cours d'eau ;
-les réservoirs biologiques ;
-les masses d'eau prioritaires pour les opérations sur l'hydromorphologie listées dans les programmes de mesures associés ;
-les enjeux de migration locale entre zones de reproduction, croissance et alimentation d'espèces non prises en compte dans les classements de cours d'eau.
-Doit également être analysée l'intégration à la Trame verte et bleue, des espaces revêtant au moins un caractère semi-naturel situés :
-dans des périmètres de protection de captage d'eau ;
-dans des carrières réaménagées ;
-dans des friches ou sites industriels ;
-dans certaines bordures d'ouvrages linéaires situés en zone urbaine ;
-au-dessus ou au-dessous de réseaux de transport (gaz ou électricité …). 
1.2. Enjeux relatifs à certaines espèces 
La Trame verte et bleue doit permettre de préserver en priorité les espèces sensibles à la fragmentation dont la préservation est considérée comme un enjeu national et, par conséquent, pour lesquelles la préservation ou la remise en bon état de continuités écologiques est une solution adaptée. Ce faisant, la Trame verte et bleue doit contribuer au maintien et à l'amélioration de l'état de conservation de ces espèces. Dans sa mise en œuvre, la Trame verte et bleue est complétée par des analyses effectuées à des échelles plus locales permettant de prendre en compte des enjeux complémentaires relatifs à d'autres espèces. 
La mise en place de la Trame verte et bleue à l'échelle nationale vise à maintenir, voire à renforcer, les populations de ces espèces, en particulier au niveau de leurs bastions à l'échelle nationale, et de rendre possible la dispersion d'individus dans ou entre ces bastions au sein d'une aire de répartition inter-régionale et de leurs fronts d'avancée, dans une perspective de changement climatique. 
Sur la base du meilleur état des connaissances disponibles, les listes d'espèces concernées sont établies à l'annexe 1 pour chaque région et pour les groupes taxonomiques suivants :
-vertébrés : mammifères, oiseaux, reptiles, amphibiens ;
-invertébrés : rhopalocères, odonates et orthoptères. 
Le choix de ces espèces repose sur l'identification, dans chaque région, d'espèces menacées ou non menacées au niveau national pour lesquelles la région considérée possède une responsabilité forte en termes de conservation des populations au niveau national voire international et pour lesquelles les continuités écologiques peuvent jouer un rôle important. Le SRCE ainsi que les SRADDET doivent donc prendre en compte les nécessités de la préservation et de la circulation des espèces pour lesquelles une responsabilité nationale leur est reconnue par les listes de l'annexe 1. 
Pour les poissons, espèces également sensibles à la fragmentation, la cohérence nationale de la Trame verte et bleue repose sur l'intégration à la Trame verte et bleue régionale du SRCE et des SRADDET, des cours d'eau classés au titre des dispositions de l'article L. 214-17 du code de l'environnement ainsi que sur celle des cours d'eau identifiés comme prioritaires pour la préservation ou la remise en bon état des continuités écologiques nécessaires aux poissons migrateurs amphihalins et illustrés par la carte 6 de l'annexe 3. 
Les besoins de connectivité de ces espèces reposent notamment sur la préservation ou la remise en bon état de leurs habitats. 
Cette démarche de cohérence nationale ne vise pas toutes les espèces. La construction de la Trame verte et bleue peut s'appuyer sur d'autres espèces et bénéficiera en tout état de cause à de nombreuses autres espèces. 
1.3. Enjeux relatifs à certains habitats (1) 
La Trame verte et bleue doit permettre de préserver en priorité les habitats naturels sensibles à la fragmentation dont la préservation est considérée comme un enjeu national et, par conséquent, pour lesquels la préservation ou la remise en bon état de continuités écologiques est une solution adaptée. Ce faisant, la Trame verte et bleue contribue au maintien et à l'amélioration de l'état de conservation de ces habitats naturels. 
Les habitats constituant un enjeu national pour la Trame verte et bleue qui doivent être pris en compte notamment par le SRCE et les SRADDET sont les habitats naturels d'intérêt communautaire relevant de la directive n° 92/43/ CEE du Conseil du 21 mai 1992 et jugés sensibles à la fragmentation. 
Sur la base du meilleur état des connaissances disponibles, la liste de ces habitats naturels est établie à l'annexe 2. 
La cohérence nationale de la Trame verte et bleue au regard des habitats s'appuie également sur :
-les continuités nécessaires à la préservation des espèces identifiées dans la région comme constituant un enjeu national par les listes de l'annexe 1 ;
-les continuités écologiques d'importance nationale décrites dans les tableaux de l'annexe 3.
1.4. Les continuités écologiques d'importance nationale 
La cohérence nationale de la Trame verte et bleue repose également sur des enjeux de préservation ou de remise en bon état relatifs à des continuités écologiques d'importance nationale. 
Ces continuités écologiques, communes à au moins deux régions administratives, ou ayant un sens écologique à l'échelle des grands bassins hydrographiques ou par rapport à un pays frontalier répondent à des enjeux d'intérêt national. 
Elles sont décrites dans les tableaux et illustrées de façon sommaire dans les 6 cartes figurant en annexe 3 et correspondent à des enjeux de :
-déplacement pour la faune et la flore inféodées à de grands types de milieux :
-milieux ouverts : milieux thermophiles et milieux frais à froids ;
-milieux boisés ;
-milieux bocagers ;
-migration pour l'avifaune ;
-migration pour les poissons migrateurs amphihalins. 
Ces descriptions et illustrations peuvent permettre au SRCE et aux SRADDET d'identifier à leur échelle les espaces correspondant à ces continuités d'importance nationale qui seront intégrés à la trame verte et bleue régionale mais ne peuvent, compte tenu de la généralité des descriptions et de l'échelle retenue pour la représentation, constituer des délimitations servant de base à des mesures réglementaires. 
2. Elaboration du schéma régional de cohérence écologique d'Ile-de-France : pour une cohérence en termes d'objectifs et de contenu 
Le schéma régional de cohérence écologique comporte notamment, outre un résumé non technique (défini à l'article R. 371-31 du code de l'environnement) :
-un diagnostic du territoire régional et une présentation des enjeux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques à l'échelle régionale (article R. 371-26 du code de l'environnement) ;
-un volet présentant les continuités écologiques retenues pour constituer la Trame verte et bleue régionale et identifiant les réservoirs de biodiversité et les corridors qu'elles comprennent (article R. 371-27) ;
-un plan d'action stratégique (article R. 371-28) ;
-un atlas cartographique (article R. 371-29) ;
-un dispositif de suivi et d'évaluation (article R. 371-30). 
2.1. Diagnostic du territoire régional et présentation des enjeux régionaux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques 
2.1.1. Diagnostic du territoire régional 
Le schéma régional de cohérence écologique contient un diagnostic qui doit permettre de disposer d'une connaissance partagée pour l'élaboration du schéma dans les domaines de la biodiversité, de l'eau, des paysages, mais aussi en termes d'activités socio-économiques et d'aménagement du territoire. Ce diagnostic porte, d'une part, sur la biodiversité du territoire, en particulier les continuités écologiques identifiées à l'échelle régionale et, d'autre part, sur les interactions positives et négatives entre la biodiversité et les activités humaines. 
Il s'appuie sur les enjeux de niveau régional définis dans ces différents domaines, mais intègre également les liens avec les territoires limitrophes et les enjeux de cohérence nationaux 
Ce diagnostic est notamment fondé sur l'analyse des connaissances scientifiques, des informations et données disponibles au moment de sa réalisation, en particulier des informations cartographiques, de l'inventaire national du patrimoine naturel et des inventaires locaux et régionaux, le cas échéant avec l'appui de l'agence régionale de la biodiversité, des avis d'experts et du conseil scientifique régional du patrimoine naturel. 
Il identifie également les éventuelles lacunes de connaissance sur certaines parties du territoire régional ou sur certaines thématiques. 
S'agissant de l'analyse de la biodiversité du territoire, le diagnostic peut, en particulier, porter sur :
-le recensement des zonages de protection, des zonages d'inventaire, de données et expertises concernant des habitats et espèces à enjeu de préservation, remarquables, rares ou communs, menacés ou non menacés ;
-la prise en compte des continuités écologiques ainsi que des habitats et des espèces sensibles à la fragmentation dans le contexte du changement climatique (front d'avancée des aires de répartition d'espèces notamment) ;
-les risques pouvant être induits par la dispersion d'espèces, notamment d'espèces exotiques envahissantes et les risques sanitaires ;
-les politiques relatives à la protection de la biodiversité mises en œuvre sur le territoire, à une échelle régionale ou locale, notamment, le cas échéant, la stratégie régionale pour la biodiversité (article L. 110-3 du code de l'environnement) ;
-les actions et expériences existantes à différentes échelles de territoire d'identification ou de gestion concernant la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques.
-S'agissant de l'analyse des interactions positives et négatives entre biodiversité et activités humaines, le diagnostic peut, en particulier, porter sur :
-la fragmentation du territoire régional, les tendances d'évolution et les principaux facteurs expliquant ces évolutions ;
-les processus socio-économiques, notamment les activités agricoles, forestières, de loisirs et de sport, les infrastructures de transport, l'urbanisation et ses effets connexes (bruit, lumière artificielle nocturne, etc.) et les dynamiques du territoire pouvant avoir un effet sur les continuités écologiques, leur tendance d'évolution et leurs influences positives et négatives sur la biodiversité au regard des objectifs de préservation des continuités écologiques ;
-les services rendus par la biodiversité et par les continuités écologiques au territoire et aux activités qu'il abrite, notamment les services de pollinisation, d'épuration des eaux, de lutte contre les risques naturels et contre les changements climatiques (dont la protection du littoral) ;
-les grands projets d'aménagement de portée régionale ;
-les documents de planification existants ou en cours sur le territoire régional ou sur des territoires voisins pouvant impacter le territoire régional, en particulier le schéma directeur régional d'Île-de-France (SDRIF), les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE), les directives d'aménagement des bois et forêts (DRA), les schémas de planification ou d'orientation sur l'éclairage nocturne, les schémas régionaux d'aménagement des bois et forêts (SRA), les schémas régionaux de gestion sylvicole des bois et forêts des particuliers (SRGS), les plans régionaux d'agriculture durable (PRAD), le programme régional de développement agricole et rural (PRDAR), les programmes de développement rural régionaux (PDRR), les programmes régionaux de la forêt et du bois (PRFB), les plans départementaux d'itinéraires de promenades et de randonnée (PDIPR), les plans départementaux des espaces, sites et itinéraires (PDESI), les directives territoriales d'aménagement (DTA) et les directives territoriales d'aménagement et de développement durable (DTADD), les SAGE, les SCoT ou les PLU ;
-les enjeux en matière d'intégration de la nature en ville et les projets mis en œuvre dans ce domaine ;
-les unités paysagères, leurs enjeux et les grands traits relatifs à leur fonctionnement écologique ;
-les apports des continuités écologiques à la diversité et la qualité des paysages et les perspectives de préservation et de gestion des paysages. 
2.1.2. Présentation des enjeux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques à l'échelle régionale 
Le SRCE présente les enjeux régionaux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques. Ces enjeux résultent du diagnostic territorial, en particulier du croisement entre les continuités écologiques identifiées à l'échelle régionale et les éléments de fragmentation du territoire, notamment les causes majeures de morcellement des habitats et les principaux obstacles au déplacement des espèces. Ils traduisent les atouts du territoire régional en termes de continuités écologiques, les avantages procurés par ces continuités pour le territoire et les activités qu'il abrite, ainsi que les menaces et pressions pesant sur ces continuités écologiques. 
Les enjeux régionaux sont hiérarchisés et spatialisés et intègrent ceux partagés avec les territoires limitrophes. 
Ils peuvent être présentés ou illustrés dans le schéma régional de cohérence écologique :
-par type de milieux (ou sous-trames) ;
-par type d'activités humaines pour mettre en évidence les effets positifs et négatifs des différentes activités sur l'environnement, en particulier sur les continuités écologiques, les conséquences des améliorations ou dégradations de l'environnement pour les acteurs du territoire, ainsi que les réponses envisageables pour chacun des acteurs ;
-par territoire infra-régional pour préciser et décliner des enjeux régionaux ou mettre en valeur des enjeux peu pris en compte à l'échelle régionale mais revêtant une importance spécifique pour certains territoires ;
-par des documents graphiques et cartographiques intégrés à l'atlas cartographique. 
2.2. Présentation de la Trame verte et bleue régionale 
2.2.1 Description et objectifs des éléments de la Trame verte et bleue régionale (réservoirs de biodiversité et corridors écologiques) 
Le schéma régional de cohérence écologique présente, parmi les continuités écologiques identifiées sur le territoire régional, celles retenues pour constituer la Trame verte et bleue régionale. Il traduit en cela les choix collectifs opérés en réponse aux enjeux, prenant en compte les activités socio-économiques, et par là même l'ambition de la Trame verte et bleue régionale en faveur de tout ou partie des continuités écologiques de la région. 
Doivent ainsi figurer dans le schéma régional de cohérence écologique :
-les éléments de la Trame verte et bleue régionale (réservoirs de biodiversité et corridors écologiques), en précisant :
-leurs caractéristiques, leur contribution à la Trame et leur place dans le fonctionnement écologique de l'ensemble du territoire régional ;
-leur rattachement à l'une des cinq sous-trames suivantes :
-milieux boisés ;
-milieux ouverts ;
-milieux humides ;
-cours d'eau ;
-milieux littoraux pour les régions concernées. 
La notion de sous-trame correspond ici à l'ensemble des espaces constitués par un ensemble de milieux caractéristiques de cette sous-trame identifié au niveau régional à partir de l'analyse de l'occupation des sols ou à partir d'une cartographie de la végétation
-les objectifs de préservation ou de remise en bon état assignés à chaque élément, et les raisons justifiant ces choix. Un objectif de préservation est affecté aux éléments de la Trame verte et bleue jugés fonctionnels, et un objectif de remise en bon état est affecté aux éléments dont la fonctionnalité est à améliorer ou à rétablir ;
-la localisation, la caractérisation et la hiérarchisation des obstacles aux continuités écologiques constitutives de la Trame verte et bleue régionale. 
La présentation de la Trame verte et bleue régionale est illustrée à travers l'atlas cartographique du SRCE mais peut porter également sur des éléments non cartographiés à l'échelle régionale ou nécessitant d'être précisés à l'échelle de territoires infra régionaux. 
A l'appui de cette présentation de la Trame verte et bleue régionale, le schéma régional de cohérence écologique expose, dans un chapitre distinct, les approches et la méthodologie retenues pour l'identification et le choix des réservoirs de biodiversité et des corridors écologiques. 
Cet exposé peut notamment porter sur :
-Concernant l'identification et le choix des réservoirs de biodiversité :
-la façon de prendre en compte des zonages de protection et d'inventaire ;
-l'identification d'autres espaces ;
-les éventuelles approches complémentaires relatives à la qualité des milieux (critère de perméabilité ou analyse multicritères) et à la présence de certaines espèces ou certains habitats.
-Concernant l'identification et le choix des corridors écologiques :
-la méthode retenue pour caractériser les continuités écologiques « potentielles », pouvant s'appuyer en particulier sur une ou plusieurs des trois approches suivantes : interprétation visuelle, dilatation-érosion ou perméabilité des milieux ;
-la démarche retenue pour l'identification des obstacles à ces continuités écologiques.
-Concernant le choix des cours d'eau complémentaires aux cours d'eau classés :
-la prise en compte de critères écologiques mais également d'un critère d'opportunité au regard notamment de la présence de structures potentielles de portage ou d'animation ;
-la prise en compte des éléments pertinents des SDAGE et des secteurs identifiés au sein des programmes de mesures comme portant des enjeux de continuité et de qualité hydromorphologique des cours d'eau non liés à des obstacles, en particulier les besoins de restauration physique permettant notamment de restituer une continuité latérale ;
-la prise en compte d'autres enjeux, et en particulier :
-des enjeux de migration locale entre zones de reproduction, croissance et alimentation d'espèces sur les cours d'eau n'ayant pas été retenus dans le cadre des classements au titre de la progressivité de la démarche mais dont l'opportunité de classement pourra se poser lors d'une prochaine révision ;
-des enjeux déjà identifiés dans des SAGE, contrats de rivière ou autres démarches de planification locale, relatifs notamment aux espaces de mobilité des cours d'eau ;
-des besoins de maintien et de remise en bon état des habitats naturels aquatiques et des habitats d'espèces notamment non piscicoles sur des espaces identifiés par d'autres démarches en faveur de la biodiversité et en lien avec les autres éléments de la Trame verte et bleue. 
2.2.2. Description de la prise en compte des enjeux nationaux et transfrontaliers relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques 
Le SRCE précise, dans une partie spécifique, la manière dont la Trame verte et bleue régionale répond aux enjeux définis dans le 1 de la présente partie. 
2.3. Plan d'action stratégique 
Le SRCE contient un plan d'action stratégique qui constitue un cadre de référence à l'échelle régionale pour la mise en œuvre d'actions de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques. Il doit permettre aux acteurs locaux d'intégrer les objectifs du SRCE dans leurs activités, leurs politiques ou leurs financements, de développer des partenariats et de s'impliquer dans des maîtrises d'ouvrage adaptées. 
Le plan d'action n'emporte par lui-même aucune obligation de faire ou de ne pas faire à l'égard des acteurs locaux. Les actions seront mises en œuvre dans le respect des compétences respectives des acteurs concernés et des procédures propres aux outils mobilisés. Au-delà de la Région et de l'Etat, les autres acteurs locaux pourront faire part de leur engagement à mettre en œuvre des actions de préservation ou de remise en bon état des continuités écologiques. Cet engagement pourra utilement être pris avant l'approbation du schéma et figurer dans ce cas au plan d'action. 
Le plan d'action stratégique doit être le fruit d'une réflexion sur l'évolution de la biodiversité et des continuités écologiques à long terme, de manière à intégrer les enjeux du changement climatique et la façon dont celles-ci constituent une des réponses à ses effets. 
Son élaboration tient compte d'aspects socio-économiques, de la contribution des usages à la protection de la biodiversité et de leur nécessaire conciliation ainsi que de la pertinence de maintenir certains obstacles susceptibles de limiter la dispersion d'espèces, notamment d'espèces exotiques envahissantes, ou la propagation de maladies animales ou végétales. 
Le plan d'action stratégique n'a pas nécessairement vocation à proposer l'exhaustivité des actions dans le domaine de la gestion et de la remise en bon état des continuités écologiques, ni à proposer des actions à toutes les échelles territoriales de mise en œuvre de la Trame verte et bleue (régionale, infra-régionale, parcellaire). 
Le plan d'action stratégique présente :
-les outils et moyens de mise en œuvre mobilisables et la manière de les déployer, selon les différents enjeux ou acteurs concernés et en indiquant, le cas échéant, leurs conditions d'utilisation et leur combinaison ;
-les modalités de mise en synergie des différentes politiques publiques et des différents schémas associés ;
-des actions prioritaires en faveur de la préservation et de la remise en bon état des continuités écologiques ;
-les efforts de connaissance à mener, notamment en vue de l'évaluation de la mise en œuvre du schéma, sur la base des lacunes identifiées dans le diagnostic du territoire régional et en lien avec la stratégie régionale pour la biodiversité ;
-les modalités de financement et d'animation de toutes les mesures qu'il contient. 
Il importe de s'assurer de la cohérence du plan d'action stratégique avec la stratégie régionale pour la biodiversité lorsqu'elle existe. Cette dernière a notamment vocation à compléter le plan d'actions sur des sujets relatifs à la préservation et à la connaissance de la biodiversité non directement liés à la planification régionale. 
2.3.1. Outils et moyens mobilisables et préconisations pour la mise en œuvre locale 
Le plan d'action stratégique présente les outils et moyens mobilisables pour la mise en œuvre d'actions de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques, notamment : mesures contractuelles, partenariats et dispositifs d'accompagnement technique ou financier, démarches ou mesures de planification, mesures réglementaires ou actions foncières. Il peut rappeler les mesures existantes et formuler des propositions de nouvelles mesures ou de combinaisons de mesures à développer. Le choix des outils s'effectue en fonction de leur efficacité attendue au regard de l'objectif de préservation ou de remise en bon état de continuités écologiques, en tenant compte des aspects socio-économiques et en privilégiant autant que possible les mesures contractuelles et la responsabilisation des acteurs dans ces démarches. 
Ces outils sont présentés :
-par sous-trames identifiées dans la Trame verte et bleue régionale et, le cas échéant, par grands types de milieux identifiés au sein de ces sous-trames ou par grands types d'acteurs concernés ;
-par référence aux objectifs de préservation ou de remise en bon état assignés aux éléments de la Trame verte et bleue régionale ;
-en explicitant leurs conditions d'utilisation et de combinaison éventuelle. 
La mobilisation d'outils et de moyens relevant de différentes politiques publiques sectorielles peut plus particulièrement concerner les politiques de protection des espaces naturels, de gestion de l'eau et des milieux associés, les politiques liées à l'énergie et au climat, les politiques de préservation ou de restauration des paysages, les politiques agricoles et forestières, et les politiques de gestion, d'aménagement du territoire et de développement économique, notamment au niveau de la maîtrise foncière, de la gestion des espaces ruraux, des infrastructures de transport, de la planification urbaine et des activités de tourisme et de loisirs. 
Le plan d'action contient notamment :
-des recommandations pour articuler les différentes politiques de préservation de la biodiversité ;
-des préconisations pour mettre en place des synergies entre politiques publiques, pour développer des liens avec d'autres plans d'actions mis en œuvre en faveur d'autres politiques publiques, notamment en faveur de la préservation de la biodiversité, ou pour orienter les politiques en faveur d'une préservation ou d'une remise en bon état des continuités écologiques. Ces préconisations peuvent également concerner des espaces situés en dehors de la Trame verte et bleue afin d'assurer son fonctionnement écologique optimal ;
-des mesures notamment contractuelles et leurs instruments d'accompagnement identifiés (technique ou financier) prenant en compte les aspects socio-économiques et permettant, de façon privilégiée, d'assurer la préservation et, en tant que de besoin, la remise en bon état des continuités écologiques à différentes échelles (régionale, territoires de projets infra-régionaux ou parcellaire). 
Le plan d'action peut :
-s'appuyer sur l'analyse des mesures de gestion ou de préservation dont bénéficient les éléments de la Trame verte et bleue régionale et leur adéquation avec les objectifs qui leur sont affectés ;
-identifier des territoires où la mise en œuvre des actions mérite d'être recherchée en priorité pour répondre à des enjeux particuliers de préservation des continuités écologiques ;
-identifier des secteurs prioritaires pour la réalisation de diagnostics et programmes d'actions territoriaux locaux, qui permettront de définir des actions précises dans le contexte local écologique et socio-économique et d'identifier le dispositif administratif et juridique le plus adapté pour la mise en œuvre de ces actions. 
2.3.2. Identification d'actions prioritaires 
Le plan d'action du SRCE contient des actions prioritaires portant sur des éléments de la Trame verte et bleue régionale devant bénéficier en priorité de mesures de préservation ou de remise en bon état et prenant en compte les activités socio-économiques. Ces actions prioritaires sont :
-justifiées et hiérarchisées notamment au regard du rapport coût-bénéfice, correspondant à des priorités d'intervention (zones à enjeux forts, obstacles majeurs à des continuités, zones frontalières à enjeux interrégionaux, etc.) ;
-établies au regard des objectifs de préservation ou de remise en bon état assignés aux éléments de la Trame verte et bleue régionale ;
-précises et opérationnelles, de nature diverse : actions de gestion, travaux de remise en bon état, etc. ;
-spatialisées sur une carte de synthèse régionale contenue dans l'atlas cartographique du schéma régional de cohérence écologique. 
Parmi les actions prioritaires figurent en particulier, au regard des obstacles identifiés :
-des actions de restauration nécessaires pour assurer en priorité la dynamique fluviale et la continuité écologique, tant longitudinale que latérale, des cours d'eau constitutifs de la Trame verte et bleue en tenant compte des enjeux de restauration des espaces de bon fonctionnement des cours d'eau ;
-des actions de restauration de la fonctionnalité des continuités écologiques, notamment par la gestion et la restauration de milieux naturels et semi-naturels ;
-des actions de traitement des obstacles (effacement ou adaptation) liées à des infrastructures linéaires existantes sélectionnées en fonction de leur rapport coût-bénéfice permettant d'améliorer la perméabilité des infrastructures. 
Pour chacune des actions prioritaires, le schéma régional de cohérence écologique identifie spécifiquement le type de maîtrise d'ouvrage potentielle et les outils mobilisables pour sa réalisation. Le schéma peut également contenir des cahiers des charges types applicables aux actions prioritaires identifiées. 
2.4. Atlas cartographique 
Le schéma régional de cohérence écologique contient un atlas cartographique qui illustre et appuie, en tout ou partie, les éléments descriptifs du schéma. 
Cet atlas rassemble des cartes de synthèse régionale et des cartes à une échelle plus précise. 
Chaque document cartographique est accompagné d'une légende et d'une notice explicative précisant en particulier la méthode d'élaboration, les limites d'utilisation des données et les « avertissements » d'utilisation nécessaires. 
Afin d'assurer la cohérence interrégionale du schéma régional de cohérence écologique, l'atlas cartographique contient en particulier :
-une carte des éléments de la Trame verte et bleue régionale et de leurs objectifs de préservation ou de remise en bon état qui leur sont assignés à l'échelle 1/100 000, identifiant les principaux obstacles à la fonctionnalité des continuités écologiques ;
-une carte de synthèse régionale schématique des éléments de la Trame verte et bleue (format A3 ou A4) ;
-une carte des actions prioritaires inscrites au plan d'action stratégique du SRCE. 
Ces cartes identifient notamment les éléments suivants, dont la représentation est pertinente à l'échelle de la carte, en appliquant les prescriptions de représentation figurant à l'annexe 4 :
-les réservoirs de biodiversité ;
-les corridors ;
-les cours d'eau identifiés dans la trame bleue ;
-les espaces de mobilité des cours d'eau ;
-les obstacles aux continuités écologiques constitutives de la Trame verte et bleue régionale. 
D'autres espaces ayant une fonction de perméabilité paysagère (espaces naturels et semi-naturels favorables a priori au déplacement de nombreuses espèces) pourront être ajoutés si nécessaire ; ceux-ci n'ayant alors pas de caractère juridique contraignant. 
Sur l'ensemble des cartes du schéma régional de cohérence écologique, apparaissent les éléments de repérage suivants pour faciliter leur lecture :
-principales zones urbanisées de la région ;
-nom des principales villes ;
-échelle numérique (fraction ex. 1/100 000) et échelle graphique (ex. barre graduée en km, ex. 1,2 et 5 km) ;
-indication du Nord ;
-limites régionales voisines. 
Sur la base des connaissances disponibles, les cartes 1 et 2 citées ci-dessus, font apparaître le prolongement de certains éléments de la Trame verte et bleue au-delà des frontières régionales, en particulier les éléments de la Trame verte et bleue identifiés en commun avec les régions voisines. 
Sur la carte 1 citée ci-dessus, les éléments de la Trame verte et bleue sont distingués selon les sous-trames auxquelles ils sont rattachés, selon des modalités fixées librement au niveau régional. Les éléments appartenant à plusieurs sous-trames (humide-boisé, humide-ouvert, littoral-humide, etc.) sont représentés soit par la superposition des couleurs correspondantes aux sous-trames concernées soit par une couleur spécifique aux éléments appartenant à plusieurs sous-trames. 
Les jeux de données géographiques utilisés pour la création des éléments cartographiques du schéma régional de cohérence écologique sont conformes au standard de données « Continuités écologiques régionales » établi et mis à jour par le      Conseil national de l'information géolocalisée. 
Cet atlas cartographique peut utilement comporter :
-d'autres cartes de synthèse régionale, illustrant, en particulier, les enjeux sur les continuités écologiques définis au 2.1.2 de la partie 2 du présent document :
-d'autres cartes au 1/100 000, en particulier pour chaque sous-trame présente sur le territoire :
-une carte d'éléments de la Trame verte et bleue ;
-une carte des principaux obstacles aux continuités écologiques constitutives de la Trame verte et bleue régionale ;
-des cartes de territoires infra-régionaux à une échelle plus précise en tant que de besoin. 
2.5. Dispositif de suivi et d'évaluation 
Le SRCE présente le dispositif de suivi établi au niveau régional pour permettre l'évaluation de la mise en œuvre du schéma et des résultats obtenus du point de vue de la préservation et de la remise en bon état des continuités écologiques. 
Ce dispositif repose sur les éléments issus du diagnostic du territoire et la collecte de différents types d'informations, à partir de bibliographies, d'inventaires, de diagnostics territoriaux (concernant notamment les interrelations entre biodiversité et activités humaines) et d'entretiens réalisés auprès de l'ensemble des acteurs concernés. 
Le dispositif de suivi mis en place s'appuie notamment sur des indicateurs relatifs aux aspects suivants :
-éléments composant la trame verte et bleue du schéma régional de cohérence écologique ;
-fragmentation du territoire régional et son évolution ;
-niveau de mise en œuvre du schéma régional de cohérence écologique (en particulier, actions prioritaires, mobilisation des outils identifiés dans le plan d'action du schéma régional et synergies des politiques publiques avec les objectifs du schéma et de préservation des continuités écologiques) ;
-niveau d'intégration des enjeux relatifs à la Trame verte et bleue et de la prise en compte du schéma régional de cohérence écologique par les documents de planification et d'urbanisme ;
-contribution de la trame régionale à la cohérence nationale de la Trame verte et bleue. 
Ces indicateurs peuvent être complétés par d'autres indicateurs définis au niveau régional et adaptés aux objectifs et axes d'interventions précisés dans le plan d'action stratégique. 
Cette évaluation peut également porter sur les effets de la mise en œuvre du schéma sur les activités socio-économiques et l'aménagement du territoire. 
3. Les enjeux relatifs à la préservation et à la restauration de la biodiversité dans le schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires : pour une prise en compte de la biodiversité en amont des choix d'aménagement 
Préambule 
Le schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires (SRADDET), prévu aux articles L. 4251-1 et suivants du code général des collectivités territoriales, est un schéma dit « intégrateur » puisqu'il rassemble les politiques sectorielles qui relèvent de la compétence de la région, à savoir, l'implantation des différentes infrastructures d'intérêt régional, le désenclavement des territoires ruraux, l'habitat, la gestion économe de l'espace, l'intermodalité et le développement des transports, la maîtrise la valorisation de l'énergie, la lutte contre le changement climatique, la pollution de l'air, la protection et la restauration de la biodiversité, ainsi que la prévention et la gestion des déchets. Il peut également fixer des objectifs concernant d'autres politiques sectorielles selon les conditions définies au troisième alinéa de l'article L. 4251-1 du code général des collectivités territoriales. 
La compétence du SRADDET comprend la protection et la restauration de la biodiversité, ce qui se traduit, compte tenu de la nature du schéma, en particulier par la déclinaison régionale de la politique trame verte et bleue. 
Son élaboration est confiée à la région qui est également en charge de sa mise en œuvre. Il a pour finalité la planification, la programmation et la définition d'orientations pour le territoire régional s'agissant des politiques sectorielles qui lui sont attribuées, tout en prenant en compte les documents, projets et schémas énumérés à l'article L. 4251-2 du code général des collectivités territoriales. Dans ce cadre, il se doit d'identifier les enjeux régionaux relevant de ces politiques et d'analyser les interactions tant positives que négatives entre ces enjeux afin de les mettre en cohérence. 
Les articles L. 4251-1 et R. 4251-1 du code général des collectivités territoriales prévoient que le SRADDET est composé :
-d'un rapport consacré aux objectifs du schéma illustrés par une carte synthétique ;
-d'un fascicule regroupant les règles générales organisé en chapitres thématiques ;
-de documents annexes. 
L'état des lieux ainsi que les analyses des interactions permettent de définir la stratégie régionale prévue dans le SRADDET, et d'en déduire des objectifs de moyen et long terme, dans un souci d'équilibre et d'égalité des territoires. 
Les objectifs du SRADDET doivent être pris en compte par les schémas de cohérence territoriale et, à défaut, par les plans locaux d'urbanisme, les cartes communales ou les documents en tenant lieu, ainsi que par les plans de déplacements urbains, les plans climat-air-énergie territoriaux et les chartes des parcs naturels régionaux qui doivent être compatibles avec les règles générales du schéma, comme le prévoit l'article L. 4251-3 du code général des collectivités territoriales. 
Le SRADDET comprend des annexes définies à article R. 4251-13 du code général des collectivités territoriales. Le SRADDET est ainsi constitué a minima des trois annexes suivantes :
-un rapport sur les incidences environnementales établi dans le cadre de l'évaluation environnementale ;
-l'état des lieux de la prévention et de la gestion des déchets dans la région ;
-le diagnostic du territoire régional, la présentation des continuités écologiques retenues pour constituer la trame verte et bleue régionale, le plan d'action stratégique et l'atlas cartographique prévus par les articles R. 371-26 à R. 371-29 du code de l'environnement. 
Enfin, le SRADDET doit s'inscrire dans la perspective de sa mise en œuvre opérationnelle. Ceci implique, tout particulièrement en ce qui concerne les politiques de biodiversité, d'attacher une importance particulière à la cohérence entre les différentes parties du document et de ses annexes (dont l'évaluation environnementale) et de proposer des indicateurs mesurables de cette mise en œuvre, en relation avec les objectifs définis. 
Le présent chapitre se propose d'apporter des précisions sur les modalités de prise en compte des ONTVB et d'intégration des enjeux relatifs aux continuités écologiques dans le cadre de l'élaboration des SRADDET. 
3.1. Le SRADDET et les orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques 
Aux termes de l'article L. 4251-2 du code général des collectivités territoriales, le SRADDET doit notamment prendre en compte : « Les orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques définies par le document-cadre prévu à l'article L. 371-2 » du code de l'environnement (article L. 4251-3,3°, g). 
Cette prise en compte des ONTVB par le SRADDET s'effectue à plusieurs niveaux :
-au niveau de la partie 1-choix stratégiques de nature à contribuer à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques. Cette partie définit les enjeux et objectifs généraux de la politique Trame verte et bleue, qui constituent de grandes orientations pour l'ensemble des politiques auxquelles elle donne un cadre général. Le SRADDET doit définir ainsi sa politique pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques au regard de ces grands enjeux.
-au niveau de la partie 2, chapitre 1, qui définit les enjeux nationaux et transfrontaliers relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques. Ce chapitre définit les critères scientifiques et techniques permettant d'assurer une cohérence dans l'identification des continuités écologiques à l'échelle nationale mais également transfrontaliers-les pays limitrophes ayant pour la plupart développé des politiques publiques équivalentes à la Trame verte et bleue. Le contenu de ce chapitre à visée opérationnelle doit être utilisé pour l'élaboration de l'annexe du SRADDET définie au 3° de l'article R. 4251-13 du code général des collectivités territoriales et, plus particulièrement, du volet présentant les continuités écologiques retenues pour constituer la trame verte et bleue régionale. Le rapport et le fascicule des règles générales du SRADDET le prennent également en compte lorsqu'ils se fondent sur les éléments issus de cette annexe.
-au niveau du présent chapitre. Le présent chapitre apporte des précisions destinées à faciliter l'intégration des enjeux relatifs aux continuités écologiques dans chacune des composantes du SRADDET, la cohérence générale du schéma et sa mise en œuvre opérationnelle. 
3.2. Le rapport du SRADDET 
Aux termes de l'article R. 4251-2 du code général des collectivités territoriales : « Le rapport du schéma fait la synthèse de l'état des lieux de l'aménagement, du développement durable et de l'égalité des territoires dans la région, identifie les enjeux dans les domaines de compétence du schéma, expose la stratégie régionale et fixe les objectifs qui en découlent ». 
3.2.1. Synthèse de l'état des lieux de l'aménagement, du développement durable et de l'égalité des territoires dans la région 
La synthèse de l'état des lieux, plus particulièrement en ce qui concerne les enjeux de biodiversité, doit se fonder et se référer en tant que de besoin à l'annexe du SRADDET prévue à l'article R. 4251-13 du code général des collectivités territoriales constituée par : « 3° Le diagnostic du territoire régional, la présentation des continuités écologiques retenues pour constituer la trame verte et bleue régionale, le plan d'action stratégique et l'atlas cartographique prévus par les articles R. 371-26 à R. 371-29 du code de l'environnement ». 
Cette synthèse de l'état des lieux en matière de biodiversité cherche à identifier les tendances et évolutions au travers des outils de suivi et des indicateurs disponibles. Elle établit également un diagnostic par sous-trames qui permettra de déterminer les enjeux particuliers associés à la trame verte et bleue régionale (habitats remarquables constitutifs de certaines sous-trames, espaces et espèces patrimoniales associées, structures paysagères remarquables, etc.). 
A cette fin, le diagnostic du territoire régional doit mettre en évidence les relations entre les évolutions constatées en matière de biodiversité et les caractéristiques de l'aménagement du territoire, en particulier la consommation des espaces naturels, agricoles et forestiers, le développement des infrastructures de transports, la fragmentation des territoires, les effets du changement climatique, la simplification et la banalisation des paysages. Il analyse de la manière la plus fine possible ces interactions et attache une importance particulière aux interactions potentielles entre :
-les infrastructures de transport et la perméabilité des milieux vis-à-vis des continuités écologiques
-le développement des énergies renouvelables et la préservation de la biodiversité. 
Le diagnostic s'attache aussi à analyser les interactions entre les tendances et évolutions de la biodiversité et les autres politiques sectorielles qui influent sur celle-ci, même si elles n'entrent pas dans le champ de compétence du SRADDET, notamment les activités agricoles, forestières, de tourisme et de loisirs. 
Le diagnostic identifie également les synergies entre politiques publiques en matière de préservation de la biodiversité afin notamment d'identifier les complémentarités et les leviers pouvant être mobilisés pour améliorer leur efficacité. 
Afin d'assurer une meilleure cohérence et complémentarité des politiques publiques, le schéma pourra utilement s'appuyer sur les outils et dispositifs existants en matière de biodiversité aux échelles régionale et infra-régionale. Peuvent notamment être sollicités la stratégie régionale pour la biodiversité (prévue au second alinéa de l'article L. 110-3 du code de l'environnement), les atlas des paysages, les politiques déployées par les départements en matière de préservation et de mise en valeur de la biodiversité et des paysages (espaces naturels sensibles définis aux articles L. 142-1 et suivants du code de l'urbanisme en particulier). 
3.2.2. Identification des enjeux en matière de continuités écologiques 
L'article R. 4251-7 du code général des collectivités territoriales prévoit que les enjeux régionaux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques sont hiérarchisés et spatialisés. 
Les enjeux sont analysés et hiérarchisés en prenant en compte les choix stratégiques, les lignes directrices et les enjeux nationaux et transfrontaliers identifiés au sein du présent document-cadre afin d'assurer la cohérence nationale de la politique trame verte et bleue. 
Ils peuvent être déclinés de manière globale sur l'ensemble du territoire et par sous-trame et mis en relation avec les enjeux dans les autres domaines de compétence du schéma. Ils peuvent également faire l'objet de descriptions territorialisées lorsque cela s'avère pertinent, en fonction notamment des bassins hydrogéographiques, d'entités biogéographiques cohérentes ou de territoires administratifs. 
3.2.3. La prise en compte des enjeux de préservation de la biodiversité dans la stratégie régionale du SRADDET 
La stratégie du SRADDET est l'expression de la façon dont la région entend concilier les enjeux dans ses domaines de compétences, et en particulier les impératifs de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques avec les nécessités du développement durable et de l'aménagement. Elle devrait rechercher les synergies existant dans ses domaines de compétence pour répondre aux enjeux en matière de biodiversité. 
Il sera pertinent de ne pas réduire ces modalités de conciliation aux seuls espaces définis au II de l'article L. 371-1 du code de l'environnement et aux articles L. 145-1 et suivants et L. 146-1 et suivants du code de l'urbanisme (zones de montagne et communes littorales ou participant aux équilibres économiques et écologiques littoraux) et de rechercher notamment une coordination et une complémentarité d'objectifs entre enjeux de préservation et de restauration de la biodiversité, de consommation des espaces naturels, agricoles et forestiers, de préservation des masses d'eau et de qualité des paysages. 
La stratégie contribue à la cohérence nationale de la Trame verte et bleue dans le respect des choix stratégiques, des lignes directrices et des enjeux nationaux et transfrontaliers du présent document. A cette fin, ce volet du rapport précisera la façon dont il assure cette cohérence, non seulement pour rendre lisibles et compréhensibles les effets attendus du schéma à une échelle tant locale que supra-régionale, mais également pour en constituer une base du dispositif d'évaluation du schéma. 
La stratégie pourra s'inspirer des principes d'action préventive et de correction, de solidarité écologique, de l'utilisation durable, de complémentarité entre l'environnement, l'agriculture, l'aquaculture et la gestion durable des forêts énoncés par l'article L. 110-1 du code de l'environnement et s'inscrire dans la perspective de stopper la perte de biodiversité. 
3.2.4. Les objectifs du schéma 
L'article R. 4251-6 du code général des collectivités territoriales précise : « Les objectifs de protection et de la restauration de la biodiversité sont fondés sur l'identification des espaces formant la trame verte et bleue définis par le II et le III de l'article L. 371-1 du code de l'environnement et précisés par l'article R. 371-19 du même code./ Ils sont déterminés notamment par une analyse des enjeux régionaux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques, qui sont hiérarchisés et spatialisés ». 
Les objectifs définis par le SRADDET résultent ainsi de l'état des lieux, de la détermination des enjeux et de leur hiérarchisation ainsi que de la stratégie régionale qu'ils proposent de décliner, en matière de continuités écologiques, avec la trame verte et bleue régionale. 
L'annexe 3 du SRADDET permet de définir, en particulier :
-les sous-trames, leurs caractéristiques et les enjeux qui y sont associés ;
-les éventuels territoires à enjeux particuliers pour lesquels des objectifs et des mesures spécifiques ont été identifiés ;
-les enjeux relatifs à la préservation et à la restauration de la biodiversité, notamment à la fragmentation du territoire, les obstacles en particulier ceux identifiés comme prioritaires. 
Les objectifs du SRADDET relatifs à la biodiversité répondront aux enjeux de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques définis par la Trame verte et bleue en tenant compte des différentes politiques publiques en faveur de la biodiversité, notamment la stratégie régionale pour la biodiversité, les politiques de création d'espaces protégés, les dispositifs mis en œuvre en faveur du réseau Natura 2000 et les schémas directeurs d'aménagement et de gestion de l'eau. 
3.3. La carte synthétique 
Le sixième alinéa de larticle L. 4251-1 du code général des collectivités territoriales prévoit que : « Une carte synthétique indicative illustre les objectifs du schéma » et l'article R. 4251-3 du même code précise que : « La carte synthétique illustrant les objectifs du schéma […] est établie à l'échelle du 1/150 000. Elle peut être décomposée en plusieurs cartes relatives aux éléments qui la constituent, de même échelle et à caractère également indicatif ». 
Il sera donc possible d'élaborer des cartes à la même échelle que la carte synthétique afin d'illustrer les objectifs assignés aux continuités écologiques en matière de préservation et de remise en bon état, par sous-trame. De même, des cartes de synthèse pourront illustrer des enjeux particuliers relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques par exemple en matière résorption des obstacles à la continuité, de fragmentation ou de préservation de structures paysagères. Ces cartes n'auront pas d'effet contraignant, pas plus que les documents graphiques qui pourraient figurer dans le fascicule des règles générales. 
3.4. Le fascicule des règles générales 
3.4.1. Un fascicule unique 
L'outil principal pour atteindre les objectifs définis par le rapport du SRADDET réside dans le pouvoir réglementaire reconnu à la région par l'article L. 4251-1 du code général des collectivités territoriales qui lui permet d'énoncer des règles générales qui « (…) sont regroupées dans un fascicule du schéma régional qui comprend des chapitres thématiques » (9e alinéa, 1re phrase). 
La région est libre de l'organisation et du contenu de ce fascicule puisque le premier alinéa de l'article R. 4251-8 du même code dispose que : « Le fascicule est structuré en chapitres dont le nombre, les thèmes et l'articulation sont librement décidés par la région, dans les domaines de compétence du schéma ». 
Il en résulte que les règles destinées à atteindre les objectifs en matière de biodiversité peuvent se retrouver dans plusieurs chapitres et qu'une même règle peut poursuivre plusieurs objectifs. 
3.4.2. Règles générales en matière de préservation de la biodiversité 
Les règles générales doivent « contribuer à atteindre les objectifs » retenus par le rapport, comme le prévoit l'article L. 4251-1 du code général des collectivités territoriales. C'est une condition nécessaire de la légalité de la règle. 
Les dispositions réglementaires (articles R. 4251-9 à R. 4251-12 du même code) précisent le contenu de ces règles en matière d'infrastructures de transport, d'intermodalité et de développement des transports, de climat, d'air et d'énergie, de protection et de la restauration de la biodiversité, de prévention et de gestion des déchets. 
S'agissant des règles générales relatives à la préservation de la biodiversité, le premier alinéa de l'article R. 4251-11 du code général des collectivités territoriales dispose : « En matière de protection et de la restauration de la biodiversité, sont définies les règles permettant le rétablissement, le maintien ou l'amélioration de la fonctionnalité des milieux nécessaires aux continuités écologiques ». 
L'article R. 4251-11 décrit ainsi le contenu minimal obligatoire des règles relatives aux continuités écologiques, étant observé que le deuxième alinéa de l'article R. 4251-8 indique qu'en dehors des règles définies par les articles R. 4251-9 à R. 4251-12, peut être définie « toute autre règle générale contribuant à la réalisation des objectifs du schéma ». 
Les règles générales du SRADDET relatives aux enjeux de préservation et de restauration de la biodiversité devront donc contribuer, au regard des objectifs retenus, à :
-la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques, selon leur état ainsi que le maintien ou l'amélioration de leurs fonctionnalités ;
-la cohérence à l'échelle du territoire régional des continuités écologiques déclinées à travers les documents infra-régionaux auxquels le SRADDET est opposable et qui doivent identifier ces continuités. 
Ces règles pourront servir d'autres objectifs du SRADDET, notamment les objectifs de maîtrise de l'artificialisation des sols et de consommation des espaces naturels, agricoles et forestiers. 
En ce qui concerne les documents d'urbanisme (schéma de cohérence territoriaux, plans locaux d'urbanisme et cartes communales), les règles générales pourront prescrire des objectifs qualitatifs. Ces règles peuvent recommander des outils particuliers en indiquant les types de zonages, zonages indicés ou sur-zonages adaptés aux enjeux et proposer la mise en œuvre d'opérations l'aménagement et de programmation s'agissant des plans locaux d'urbanisme. 
Elles s'attachent à définir des prescriptions concrètes avec lesquelles les schémas de cohérence territoriaux (SCoT) ou à défaut les documents d'urbanisme intercommunaux ou communaux, les chartes des Parcs naturels régionaux, les plans de déplacement urbains (PDU) et les plans climats-air-énergie territoriaux (PCAET) devront être compatibles. 
Comme le permet l'article L. 4251-1 (8e alinéa, 1re phrase) du code général des collectivités territoriales : « Ces règles générales peuvent varier entre les différentes grandes parties du territoire régional ». Il en résulte que si les règles doivent être générales et ne pas entrer dans un degré de détail incohérent avec l'échelle régionale du schéma, elles peuvent cependant être géographiquement différenciées. 
Ces règles sont cependant conditionnées au respect de deux principes généraux :
-Elles ne doivent pas « […] méconnaître les compétences de l'Etat et des autres collectivités territoriales. » (article L. 4251-1, 7e alinéa).
-Elles « ne peuvent avoir pour conséquence directe, pour les autres collectivités territoriales et les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, la création ou l'aggravation d'une charge d'investissement ou d'une charge de fonctionnement récurrente », sauf dans le cadre d'une convention conclue en application de l'article L. 4251-8 du code général des collectivités territoriales (article L. 4251-1, 8e alinéa, 2nde phrase). 
Il serait souhaitable que chacune des règles générales du SRADDET tienne compte des objectifs de maintien, de rétablissement, et d'amélioration de la fonctionnalité des milieux nécessaires aux continuités écologiques. 
3.4.3. Les documents graphiques et les propositions de mesures d'accompagnement associés aux règles générales 
Le troisième alinéa de l'article R. 4251-8 du code général des collectivités territoriales prévoit que pour la réalisation des objectifs du schéma : « […] l'énoncé d'une règle peut être assorti, à titre de compléments dépourvus de tout caractère contraignant :
-de documents graphiques ;
-de propositions de mesures d'accompagnement destinées aux autres acteurs de l'aménagement et du développement durable régional. 
Ces compléments sont distincts des règles et identifiés en tant que tels ». 
Sont ainsi soulignés :
-le fait que ces compléments sont une possibilité offerte et non une obligation ;
-le caractère illustratif des documents graphiques ;
-la différence entre les normes contraignantes que sont les règles générales et ces mesures d'accompagnement, proposées librement à tous les acteurs du développement régional ;
-l'obligation faite de distinguer formellement des compléments, en les isolant des règles et en évitant toute rédaction pouvant prêter à confusion sur leur portée. 
Les documents graphiques pourront ainsi illustrer la règle sous différentes formes, (plans schématiques, bloc-diagrammes, coupes, etc.) à des fins pédagogiques. 
En matière de biodiversité, les propositions et mesures sont précisées par le deuxième alinéa de l'article R. 4251-11 du code général des collectivités territoriales : les règles générales « sont assorties de l'indication des actions de gestion, d'aménagement ou d'effacement des éléments de fragmentation mentionnées par l'article R. 371-20 du code de l'environnement ainsi que des mesures conventionnelles et des mesures d'accompagnement permettant d'atteindre les objectifs de préservation et de remise en bon état de la fonctionnalité des continuités écologiques ». 
Les propositions de mesures d'accompagnement peuvent rassembler des préconisations d'outils, identifier des partenariats et dispositions d'accompagnement technique ou financier, des démarches ou mesures de planification, des mesures réglementaires ou des actions foncières. Elles peuvent rappeler les mesures existantes et en formuler de nouvelles ou des combinaisons de mesures à développer et faire référence à d'autres plans et programmes existants, en cohérence avec les politiques publiques en faveur de la préservation et la gestion durable des espaces naturels et semi-naturels et de préservation et de restauration de la biodiversité mises en œuvre à différentes échelles de territoires. 
Le choix de l'outil à privilégier sera fonction de son efficacité attendue au regard de l'objectif de préservation ou de remise en bon état des continuités écologiques, en tenant compte des aspects socio-économiques. 
On privilégiera les mesures contractuelles, les méthodes ou les financements que la région propose de mobiliser dans le cadre de la mise en œuvre de son schéma. 
Lorsque la région agit au titre de son rôle de chef de file en matière de biodiversité, ces propositions peuvent associer d'autres collectivités territoriales, à condition toutefois que les implications financières et le respect des compétences soient définis dans le cadre d'une contractualisation ou d'un conventionnement. 
Dans le cadre de leur mise en œuvre, les contrats ou les conventions pourront mobiliser tout axe d'intervention contribuant directement ou indirectement à la préservation ou la restauration de la biodiversité. Ces mesures pourront notamment se référer aux solutions fondées sur la nature dans la mesure où celles-ci sont techniquement mobilisables, et en particulier s'agissant :
-des projets de restauration des continuités écologiques visant à réduire la fragmentation des milieux, de restauration de paysages, notamment ceux jugés prioritaires pour le territoire régional ;
-des projets en faveur des activités agricoles et forestières, en visant la durabilité des systèmes d'exploitation et leur convergence avec les enjeux de biodiversité et en relation avec les plans régionaux d'agriculture durable et les programmes régionaux de la forêt et du bois ;
-des projets prenant en compte les enjeux littoraux, l'évolution du trait de côté et la stratégie régionale mer et littoral ainsi que les documents de façade ;
-des projets liés à la résorption des risques d'inondation et d'immersion et relatifs à la reconquête du bon état écologique des masses d'eau ;
-des projets liés à la réduction de la pollution lumineuse, de la pollution de l'air et de la prévention et gestion des déchets ;
-des projets liés à des objectifs de qualité et de diversité des paysages, et d'amélioration du cadre de vie (nature en ville, etc.) ;
-les efforts en matière de connaissance à mener, en particulier s'agissant de l'état des conservation des espèces et milieux naturels et des interactions entre les enjeux de continuités écologiques et les autres politiques publiques, notamment en vue de l'évaluation de la mise en œuvre du schéma, sur la base des lacunes identifiées dans le diagnostic du territoire régional. 
Les attentes s'agissant de la mise en œuvre des mesures conventionnelles et des mesures d'accompagnement peuvent faire l'objet d'une description précise au regard des objectifs auxquels elles sont associées, de manière à ce que leurs incidences puissent être évaluées au terme de la mise en œuvre du schéma. 
3.4.4. Modalités de suivi de l'application des règles générales et de l'évaluation de leurs incidences. 
L'article L. 4251-1 (9e alinéa, 2nde phrase) du code général des collectivités territoriales prévoit que le fascicule : « indique les modalités de suivi de l'application des règles générales et de l'évaluation de leurs incidences ». 
Le dernier alinéa de l'article R. 4251-8 du même code précise qu'outre les modalités, le fascicule comprend également les indicateurs de suivi et d'évaluation et que « (…) ce dispositif de suivi et d'évaluation doit permettre à la région de transmettre à l'Etat les informations mentionnées au II de l'article L. 4251-8 », c'est-à-dire toutes les informations relatives à la mise en œuvre du schéma qui sont nécessaires à l'Etat pour réaliser les analyses, bilans, évaluations, notifications, rapports et autres documents prévus par des dispositions nationales ou communautaires ainsi que par des conventions internationales. 
Le dispositif à mettre en place vise ainsi à analyser l'application des règles générales ainsi que leur contribution à atteindre les objectifs en matière de biodiversité, ce qui doit le structurer. Doivent pouvoir être évalués dans le même cadre les partenariats et mesures conventionnelles mises en place. 
Il conviendra de s'appuyer, pour la définition de ce dispositif et des indicateurs, sur les expériences et bilans des SRCE et d'utiliser autant que possible des indicateurs communs avec les autres régions, notamment en se référant aux indicateurs proposés à l'échelon national par le ministère en charge de l'écologie ou par le Comité national de la biodiversité. 
En matière de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques, les indicateurs devraient porter a minima sur :
-les éléments composant la trame verte et bleue du schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires ainsi que leur déclinaison dans les documents d'urbanisme ;
-la mise en œuvre des actions en faveur des continuités écologiques ;
-la fragmentation du territoire régional et son évolution ;
-la contribution de la trame régionale à la cohérence nationale de la Trame verte et bleue. 
Les indicateurs régionaux retenus reposent, dans toute la mesure du possible, sur les questions évaluatives préalablement retenues. 
3.4.5. Les annexes 
L'article R. 4251-13 du code général des collectivités territoriales précise le contenu attendu de l'annexe relative aux continuités écologiques ainsi que la nature des éventuelles autres annexes du SRADDET : « 3° Le diagnostic du territoire régional, la présentation des continuités écologiques retenues pour constituer la trame verte et bleue régionale, le plan d'action stratégique et l'atlas cartographique prévus par les articles R. 371-26 à R. 371-29 du code de l'environnement ». 
Le contenu de cette annexe prend en compte les éléments exposés à la partie 3.5 de la présente partie du document cadre. 
En outre, le même article précise que le SRADDET peut contenir d'autres annexes à caractère facultatif : « Peuvent en outre figurer dans les annexes tous documents, analyses, évaluations et autres éléments utilisés pour élaborer le schéma que la région estime nécessaire de présenter à titre indicatif ainsi que ceux qui portent sur la mise en œuvre de celui-ci, notamment la contribution attendue du contrat de plan Etat-région ». 
3.5. Concertation et modalités d'élaboration 
Le législateur a souhaité laisser la région libre de décider des modalités d'élaboration du SRADDET et l'article L. 4251-5 du code général des collectivités territoriales confie le soin de déterminer ces modalités à une délibération du conseil régional à l'issue d'un débat au sein de la conférence territoriale de l'action publique. Ce même article précise que cette délibération « fixe le calendrier prévisionnel d'élaboration et les modalités d'association des acteurs ainsi que la liste des personnes morales associées sur les différents volets du schéma régional ». 
Le législateur a également souhaité que les principaux acteurs régionaux dans chacun des domaines du schéma soient consultés, mais a eu pour souci de ne pas alourdir la procédure d'élaboration de ce schéma intégrateur. 
N'est donc prévue formellement que l'association du comité régional de la biodiversité (défini à l'article L. 371-3 du code de l'environnement) à cette élaboration du SRADDET (article L. 4251-5, I, 9° du code général des collectivités territoriales), qui pourra veiller à la cohérence des politiques et initiatives en faveur de la biodiversité (terrestre, aquatique et marine) menées à l'échelle de la région. Conformément à ses missions définies à l'article D. 134-20 du code de l'environnement, le comité régional de la biodiversité « s'assure en particulier de la prise en compte des orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques, ainsi que des éléments pertinents du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux, mentionné à l'article L. 212-1 ». 
L'efficacité de la politique de la Trame verte et bleue dépend cependant aussi d'une concertation large sur les objectifs du SRADDET et d'une animation territoriale appropriée pour la mise en œuvre du schéma. 
Il serait souhaitable que la région, dans une phase préalable, mobilise les acteurs régionaux, en particulier les agences régionales de la biodiversité lorsqu'elles existent. 
3.6. Elaboration de l'annexe relative aux continuités écologiques : pour une cohérence en termes d'objectifs et de contenu 
L'annexe comporte notamment :
-un diagnostic du territoire régional et une présentation des enjeux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques à l'échelle régionale (article R. 371-26 du code de l'environnement) ;
-un volet présentant les continuités écologiques retenues pour constituer la Trame verte et bleue régionale et identifiant les réservoirs de biodiversité et les corridors qu'elles comprennent (article R. 371-27 du même code) ;
-un plan d'action stratégique (article R. 371-28 du même code) ;
-un atlas cartographique (article R. 371-29 du même code). 
3.6.1. Diagnostic du territoire régional et présentation des enjeux régionaux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques 
3.6.1.1. Diagnostic du territoire régional 
L'annexe relative aux continuités écologiques contient un diagnostic qui doit permettre de disposer d'une connaissance partagée pour l'élaboration du schéma dans les domaines de la biodiversité, de l'eau, des paysages, mais aussi en termes d'activités socio-économiques et d'aménagement du territoire. Ce diagnostic porte, d'une part, sur la biodiversité du territoire, en particulier les continuités écologiques identifiées à l'échelle régionale et, d'autre part, sur les interactions positives et négatives entre la biodiversité et les activités humaines. 
Il s'appuie sur les enjeux de niveau régional définis dans ces différents domaines, mais intègre également les liens avec les territoires limitrophes et les enjeux de cohérence nationaux. 
Ce diagnostic est notamment fondé sur l'analyse des connaissances scientifiques, des informations et données disponibles au moment de sa réalisation, en particulier des informations cartographiques, de l'inventaire national du patrimoine naturel et des inventaires locaux et régionaux, le cas échéant avec l'appui de l'agence régionale de la biodiversité, des avis d'experts et du conseil scientifique régional du patrimoine naturel. 
Il identifie également les éventuelles lacunes de connaissance sur certaines parties du territoire régional ou sur certaines thématiques. 
S'agissant de l'analyse de la biodiversité du territoire, le diagnostic peut, en particulier, porter sur :
-le recensement des zonages de protection, des zonages d'inventaire, de données et expertises concernant des habitats et espèces à enjeu de préservation, remarquables, rares ou communs, menacés ou non menacés ;
-la prise en compte des continuités écologiques ainsi que des habitats et des espèces sensibles à la fragmentation dans le contexte du changement climatique (front d'avancée des aires de répartition d'espèces notamment) ;
-les risques pouvant potentiellement être induits par la dispersion d'espèces, notamment d'espèces exotiques envahissantes et les risques sanitaires ;
-les politiques relatives à la protection de la biodiversité mises en œuvre sur le territoire, à une échelle régionale ou locale, notamment, le cas échéant, la stratégie régionale pour la biodiversité (article L. 110-3 du code de l'environnement) ;
-les actions et expériences existantes à différentes échelles de territoire d'identification ou de gestion concernant la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques.
-S'agissant de l'analyse des interactions positives et négatives entre biodiversité et activités humaines, le diagnostic peut en particulier porter sur :
-la fragmentation du territoire régional, les tendances d'évolution et les principaux facteurs expliquant ces évolutions ;
-les processus socio-économiques, notamment les activités agricoles, forestières, de loisirs et de sport, les infrastructures de transport, l'urbanisation et ses effets connexes (bruit, lumière artificielle nocturne, etc.) et les dynamiques du territoire pouvant avoir un effet sur les continuités écologiques, leur tendance d'évolution et leurs influences positives et négatives sur la biodiversité au regard des objectifs de préservation des continuités écologiques ;
-les services rendus par la biodiversité et par les continuités écologiques au territoire et aux activités qu'il abrite, notamment les services de pollinisation, d'épuration des eaux, de lutte contre les risques naturels et contre les changements climatiques (dont la protection du littoral) ;
-les grands projets d'aménagement de portée régionale ;
-les documents de planification existants ou en cours sur le territoire régional ou sur des territoires voisins pouvant impacter le territoire régional, en particulier les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE), les directives d'aménagement des bois et forêts (DRA), les schémas de planification ou d'orientation sur l'éclairage nocturne, les documents stratégiques de façade maritime, les objectifs de gestion du trait de côte définis par la stratégie nationale ou par les déclinaisons locales, les plans départementaux d'itinéraires de promenades et de randonnée (PDIPR), les plans départementaux des espaces, sites et itinéraires (PDESI) ;
-les schémas régionaux d'aménagement des bois et forêts (SRA), les schémas régionaux de gestion sylvicole des bois et forêts des particuliers (SRGS), les plans régionaux d'agriculture durable (PRAD), le programme régional de développement agricole et rural (PRDAR), les programmes de développement rural régionaux (PDRR), les programmes régionaux de la forêt et du bois (PRFB), les directives territoriales d'aménagement (DTA) et les directives territoriales d'aménagement et de développement durable (DTADD), les SAGE, les SCoT ou les PLU et PLUi ;
-les enjeux en matière d'intégration de la nature en ville et les projets mis en œuvre dans ce domaine ;
-les entités paysagères, leurs enjeux et les grands traits relatifs à leur fonctionnement écologique.
-les apports des continuités écologiques à la diversité et la qualité des paysages et les perspectives de préservation et de gestion des paysages. 
3.6.1.2. Présentation des enjeux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques à l'échelle régionale 
L'annexe relative aux continuités écologiques présente les enjeux régionaux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques. Ces enjeux résultent du diagnostic territorial, en particulier du croisement entre les continuités écologiques identifiées à l'échelle régionale et les éléments de fragmentation du territoire, notamment les causes majeures de morcellement des habitats et les principaux obstacles au déplacement des espèces. Ils traduisent les atouts du territoire régional en termes de continuités écologiques, les avantages procurés par ces continuités pour le territoire et les activités qu'il abrite, ainsi que les menaces et pressions pesant sur ces continuités écologiques. 
Les enjeux régionaux sont hiérarchisés et spatialisés et intègrent ceux partagés avec les territoires limitrophes. 
Ils peuvent être présentés ou illustrés dans l'annexe relative aux continuités écologiques :
-par type de milieux (ou sous-trames) ;
-par type d'activités humaines pour mettre en évidence les effets positifs et négatifs des différentes activités sur l'environnement, en particulier sur les continuités écologiques, les conséquences des améliorations ou dégradations de l'environnement pour les acteurs du territoire, ainsi que les réponses envisageables pour chacun des acteurs ;
-par territoire infra-régional pour préciser et décliner des enjeux régionaux ou mettre en valeur des enjeux peu pris en compte à l'échelle régionale mais revêtant une importance spécifique pour certains territoires ;
-par des documents graphiques et cartographiques intégrés à l'atlas cartographique. 
3.6.2. Présentation de la trame verte et bleue régionale 
3.6.2.1. Description et objectifs des éléments de la trame verte et bleue régionale (réservoirs de biodiversité et corridors écologiques) 
L'annexe relative aux continuités écologiques présente, parmi les continuités écologiques identifiées sur le territoire régional, celles retenues pour constituer la trame verte et bleue régionale. Elle traduit en cela les choix collectifs opérés en réponse aux enjeux, prenant en compte les activités socio-économiques, et par là même l'ambition de la trame verte et bleue régionale en faveur de tout ou partie des continuités écologiques de la région. 
Doivent ainsi figurer dans l'annexe relative aux continuités écologiques :
-les éléments de la trame verte et bleue régionale (réservoirs de biodiversité et corridors écologiques), en précisant :
-leurs caractéristiques, leur contribution à la trame et leur place dans le fonctionnement écologique de l'ensemble du territoire régional ;
-leur rattachement à l'une des cinq sous-trames suivantes :
-milieux boisés ;
-milieux ouverts ;
-milieux humides ;
-cours d'eau ;
-milieux littoraux pour les régions concernées. 
La notion de sous-trame correspond ici à l'ensemble des espaces constitués par un ensemble de milieux caractéristiques de cette sous-trame identifié au niveau régional à partir de l'analyse de l'occupation des sols ou à partir d'une cartographie de la végétation.
-les objectifs de préservation ou de remise en bon état assignés à chaque élément, et les raisons justifiant ces choix. Un objectif de préservation est affecté aux éléments de la Trame verte et bleue jugés fonctionnels, et un objectif de remise en bon état est affecté aux éléments dont la fonctionnalité est à améliorer ou à rétablir ;
-la localisation, la caractérisation et la hiérarchisation des obstacles aux continuités écologiques constitutives de la trame verte et bleue régionale. 
La présentation de la trame verte et bleue régionale est illustrée à travers l'atlas cartographique de l'annexe relative aux continuités écologiques mais peut porter également sur des éléments non cartographiés à l'échelle régionale ou nécessitant d'être précisés à l'échelle de territoires infra régionaux. 
A l'appui de cette présentation de la trame verte et bleue régionale, l'annexe relative aux continuités écologiques expose, dans un chapitre distinct, les approches et la méthodologie retenues pour l'identification et le choix des réservoirs de biodiversité et des corridors écologiques. Cet exposé peut notamment porter sur :
-Concernant l'identification et le choix des réservoirs de biodiversité :
-la façon de prendre en compte des zonages de protection et d'inventaire :
-l'identification d'autres espaces ;
-les éventuelles approches complémentaires relatives à la qualité des milieux (critère de perméabilité ou analyse multicritères) et à la présence de certains espèces ou habitats.
-Concernant l'identification et le choix des corridors écologiques :
-la méthode retenue pour caractériser les continuités écologiques « potentielles », pouvant s'appuyer en particulier sur une ou plusieurs des trois approches suivantes : interprétation visuelle, dilatation-érosion ou perméabilité des milieux ;
-a démarche retenue pour l'identification des obstacles à ces continuités écologiques.
-Concernant le choix des cours d'eau complémentaires aux cours d'eau classés :
-la prise en compte de critères écologiques mais également d'un critère d'opportunité au regard notamment de la présence de structures potentielles de portage ou d'animation ;
-la prise en compte des éléments pertinents des SDAGE et des secteurs identifiés au sein des programmes de mesures comme portant des enjeux de continuité et de qualité hydromorphologique des cours d'eau non liés à des obstacles, en particulier les besoins de restauration physique permettant notamment de restituer une continuité latérale ;
-la prise en compte d'autres enjeux et, en particulier :
-des enjeux de migration locale entre zones de reproduction, croissance et alimentation d'espèces sur les cours d'eau n'ayant pas été retenus dans le cadre des classements au titre de la progressivité de la démarche mais dont l'opportunité de classement pourra se poser lors d'une prochaine révision ;
-des enjeux déjà identifiés dans des SAGE, contrats de rivière ou autres démarches de planification locale, relatifs notamment aux espaces de mobilité des cours d'eau ;
-des besoins de maintien et de remise en bon état des habitats naturels aquatiques et habitats d'espèces notamment non piscicoles sur des espaces identifiés par d'autres démarches en faveur de la biodiversité et en lien avec les autres éléments de la Trame verte et bleue. 
3.6.2.2. Description de la prise en compte des enjeux nationaux et transfrontaliers relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques 
L'annexe relative aux continuités écologiques précise, dans une partie spécifique, la manière dont la trame verte et bleue régionale répond aux enjeux définis dans le 1 de la présente partie. 
3.6.3. Plan d'action stratégique 
L'annexe relative aux continuités écologiques contient un plan d'action stratégique qui constitue un cadre de référence à l'échelle régionale pour la mise en œuvre d'actions de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques. Il doit permettre aux acteurs locaux d'intégrer les objectifs de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques dans leurs activités, leurs politiques ou leurs financements, de développer des partenariats, et de s'impliquer dans des maîtrises d'ouvrage adaptées. 
Le plan d'action n'emporte par lui-même aucune obligation de faire ou de ne pas faire à l'égard des acteurs locaux. Les actions seront mises en œuvre dans le respect des compétences respectives des acteurs concernés et des procédures propres aux outils mobilisés. Au-delà de la région et de l'Etat, les autres acteurs locaux pourront faire part de leur engagement à mettre en œuvre des actions de préservation ou de remise en bon état des continuités écologiques. Cet engagement pourra utilement être pris avant l'approbation du schéma et figurer dans ce cas au plan d'action. 
Le plan d'action stratégique doit être le fruit d'une réflexion sur l'évolution de la biodiversité et des continuités écologiques à long terme, de manière à intégrer les enjeux du changement climatique. 
Son élaboration tient compte d'aspects socio-économiques, de la contribution des usages à la protection de la biodiversité et de leur nécessaire conciliation ainsi que de la pertinence de maintenir certains obstacles susceptibles de limiter la dispersion d'espèces, notamment d'espèces exotiques envahissantes, ou la propagation de maladies animales ou végétales. 
Le plan d'action stratégique n'a pas nécessairement vocation à proposer l'exhaustivité des actions dans le domaine de la gestion et de la remise en bon état des continuités écologiques, ni à proposer des actions à toutes les échelles territoriales de mise en œuvre de la Trame verte et bleue (régionale, infra-régionale, parcellaire). 
Le plan d'action stratégique présente :
-les outils et moyens de mise en œuvre mobilisables et la manière de les déployer, selon les différents enjeux ou acteurs concernés et en indiquant, le cas échéant, leurs conditions d'utilisation et leur combinaison ;
-les modalités de mise en synergie des différentes politiques publiques et des différents schémas associés ;
-des actions prioritaires en faveur de la préservation et de la remise en bon état des continuités écologiques ;
-les efforts de connaissance à mener, notamment en vue de l'évaluation de la mise en œuvre du schéma, sur la base des lacunes identifiées dans le diagnostic du territoire régional et en lien avec la stratégie régionale pour la biodiversité. 
Le plan d'action stratégique s'assure d'être en cohérence avec la stratégie régionale pour la biodiversité lorsqu'elle existe. Cette dernière a notamment vocation à compléter le plan d'actions sur des sujets relatifs à la préservation et à la connaissance de la biodiversité non directement liés à la planification régionale. 
3.6.3.1. Outils et moyens mobilisables et préconisations pour la mise en œuvre locale 
Le plan d'action stratégique présente les outils et moyens mobilisables pour la mise en œuvre d'actions de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques, notamment : mesures contractuelles, partenariats et dispositifs d'accompagnement technique ou financier, démarches ou mesures de planification, mesures réglementaires ou actions foncières. Il peut rappeler les mesures existantes et formuler des propositions de nouvelles mesures ou de combinaisons de mesures à développer. Le choix des outils s'effectue en fonction de leur efficacité attendue au regard de l'objectif de préservation ou de remise en bon état de continuités écologiques, en tenant compte des aspects socio-économiques et en privilégiant autant que possible les mesures contractuelles et la responsabilisation des acteurs dans ces démarches. 
Ces outils sont présentés :
-par sous-trames identifiées dans la trame verte et bleue régionale et le cas échéant par grands types de milieux identifiés au sein de ces sous-trames ou par grands types d'acteurs concernés ;
-par référence aux objectifs de préservation ou de remise en bon état assignés aux éléments de la trame verte et bleue régionale ;
-en explicitant leurs conditions d'utilisation et de combinaison éventuelle. 
La mobilisation d'outils et de moyens relevant de différentes politiques publiques sectorielles peut plus particulièrement concerner les politiques de protection des espaces naturels, de gestion de l'eau et des milieux associés, les politiques liées à l'énergie et au climat, les politiques liées à la préservation et à la gestion du littoral, les politiques de préservation ou de gestion des paysages, les politiques agricoles et forestières, et les politiques de gestion, d'aménagement du territoire et de développement économique, notamment au niveau de la maîtrise foncière, de la gestion des espaces ruraux, des infrastructures de transport, de la planification urbaine et des activités de tourisme et de loisirs. 
Le plan d'action contient notamment :
-des recommandations pour articuler les différentes politiques de préservation de la biodiversité ;
-des préconisations pour mettre en place des synergies entre politiques publiques, pour développer des liens avec d'autres plans d'actions mis en œuvre en faveur d'autres politiques publiques, notamment en faveur de la préservation de la biodiversité, ou pour orienter les politiques en faveur d'une préservation ou d'une remise en bon état des continuités écologiques. Ces préconisations peuvent également concerner des espaces situés en dehors de la Trame verte et bleue afin d'assurer son fonctionnement écologique optimal ;
-des mesures contractuelles et leurs instruments d'accompagnement identifiés (technique ou financier) prenant en compte les aspects socio-économiques et permettant, de façon privilégiée, d'assurer la préservation et, en tant que de besoin, la remise en bon état des continuités écologiques à différentes échelles (régionale, territoires de projets infra-régionaux ou parcellaire). 
Le plan d'action peut :
-s'appuyer sur l'analyse des mesures de gestion ou de préservation dont bénéficient les éléments de la trame verte et bleue régionale et leur adéquation avec les objectifs qui leur sont affectés ;
-identifier des territoires où la mise en œuvre des actions mérite d'être recherchée en priorité pour répondre à des enjeux particuliers de préservation des continuités écologiques ;
-identifier des secteurs prioritaires pour la réalisation de diagnostics et programmes d'actions territoriaux locaux, qui permettront de définir des actions précises dans le contexte local écologique et socio-économique et d'identifier le dispositif administratif et juridique le plus adapté pour la mise en œuvre de ces actions. 
3.6.3.2. Identification d'actions prioritaires 
Le plan d'action de l'annexe relative aux continuités écologiques contient des actions prioritaires portant sur des éléments de la trame verte et bleue régionale devant bénéficier en priorité de mesures de préservation ou de remise en bon état et prenant en compte les activités socio-économiques. Ces actions prioritaires sont :
-justifiées et hiérarchisées notamment au regard du rapport coût-bénéfice, correspondant à des priorités d'intervention (zones à enjeux forts, obstacles majeurs à des continuités, zones frontalières à enjeux interrégionaux, …) ;
-établies au regard des objectifs de préservation ou de remise en bon état assignés aux éléments de la Trame verte et bleue régionale ;
-précises et opérationnelles, de nature diverse : actions de gestion, travaux de remise en bon état, etc. ;
-spatialisées sur une carte de synthèse régionale contenue dans l'atlas cartographique de l'annexe relative aux continuités écologiques. 
Parmi les actions prioritaires figurent en particulier, au regard des obstacles identifiés :
-des actions de restauration nécessaires pour assurer en priorité la dynamique fluviale et la continuité écologique, tant longitudinale que latérale, des cours d'eau constitutifs de la Trame verte et bleue en tenant compte des enjeux de restauration des espaces de bon fonctionnement des cours d'eau ;
-des actions de restauration de la fonctionnalité des continuités écologiques, notamment par la gestion et la restauration de milieux naturels et semi-naturels ;
-des actions de traitement des obstacles (effacement ou adaptation) liées à des infrastructures linéaires existantes sélectionnées en fonction de leur rapport coût-bénéfice permettant d'améliorer la perméabilité des infrastructures. 
Pour chacune des actions prioritaires, l'annexe relative aux continuités écologiques identifie spécifiquement le type de maîtrise d'ouvrage potentielle et les outils mobilisables pour sa réalisation. 
3.6.4. Atlas cartographique 
L'annexe relative aux continuités écologiques contient un atlas cartographique qui illustre et appuie, en tout ou partie, les éléments descriptifs du schéma. 
Cet atlas rassemble des cartes de synthèse régionale et des cartes à une échelle plus précise. 
Chaque document cartographique est accompagné d'une légende et d'une notice explicative précisant en particulier la méthode d'élaboration, les limites d'utilisation des données et les « avertissements » d'utilisation nécessaires. 
Afin d'assurer la cohérence interrégionale des enjeux relatifs aux continuités écologiques, l'atlas cartographique contient en particulier :
-une carte des éléments de la trame verte et bleue régionale et de leurs objectifs de préservation ou de remise en bon état qui leur sont assignés à l'échelle 1/100 000, identifiant les principaux obstacles à la fonctionnalité des continuités écologiques ;
-une carte de synthèse régionale schématique des éléments de la Trame verte et bleue (format A3 ou A4) ;
-une carte des actions prioritaires inscrites au plan d'action stratégique. 
Ces cartes identifient notamment les éléments suivants, dont la représentation est pertinente à l'échelle de la carte, en appliquant les prescriptions de représentation figurant en annexe 4 :
-les réservoirs de biodiversité ;
-les corridors ;
-les cours d'eau identifiés dans la trame bleue ;
-les espaces de mobilité des cours d'eau ;
-les obstacles aux continuités écologiques constitutives de la trame verte et bleue régionale. 
D'autres espaces ayant une fonction de perméabilité paysagère (espaces naturels et semi-naturels favorables a priori au déplacement de nombreuses espèces) pourront être ajoutés si nécessaire, ceux-ci n'ayant alors pas de caractère juridique contraignant. 
Sur l'ensemble des cartes, apparaissent les éléments de repérage suivants pour faciliter leur lecture :
-principales zones urbanisées de la région ;
-nom des principales villes ;
-échelle numérique (fraction ex. 1/100 000) et échelle graphique (ex. barre graduée en km, ex. 1,2 et 5 km) ;
-indication du Nord ;
-limites régionales voisines. 
Sur la base des connaissances disponibles, les cartes 1 et 2 citées ci-dessus font apparaître le prolongement de certains éléments de la Trame verte et bleue au-delà des frontières régionales, en particulier les éléments de la Trame verte et bleue identifiés en commun avec les régions voisines. 
Sur la carte 1 citée ci-dessus, les éléments de la Trame verte et bleue sont distingués selon les sous-trames auxquelles ils sont rattachés, selon des modalités fixées librement au niveau régional. Les éléments appartenant à plusieurs sous-trames (humide-boisé, humide-ouvert, littoral-humide, etc.) sont représentés soit par la superposition des couleurs correspondantes aux sous-trames concernées soit par une couleur spécifique aux éléments appartenant à plusieurs sous-trames. 
Les jeux de données géographiques utilisés pour la création des éléments cartographiques du schéma régional de cohérence écologique sont conformes au standard de données « Continuités écologiques régionales » établi et mis à jour par le      Conseil national de l'information géolocalisée. 
Cet atlas cartographique peut utilement comporter :
-d'autres cartes de synthèse régionale, illustrant en particulier les enjeux sur les continuités écologiques définis au 2.1.2 de la partie 2 du présent document ;
-d'autres cartes au 1/100 000, en particulier pour chaque sous-trame présente sur le territoire :
-une carte d'éléments de la Trame verte et bleue ;
-une carte des principaux obstacles aux continuités écologiques constitutives de la trame verte et bleue régionale ;
-des cartes de territoires infra-régionaux à une échelle plus précise, en tant que de besoin. 
4. Elaboration des documents d'aménagement valant schémas régionaux de cohérence écologique pour la collectivité de Corse et les départements et régions d'outre-mer 
4.1. Elaboration du Plan d'aménagement et de développement durable de Corse 
En application de l'article L. 4424-10 du code général des collectivités territoriales, le plan d'aménagement et de développement durable de Corse vaut schéma régional de cohérence écologique. 
A ce titre, il intègre un chapitre individualisé relatif à la Trame verte et bleue et prend en compte les orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques, en particulier :
-la partie 1 du présent document cadre relative aux choix stratégiques précisant les définitions, les objectifs et les grandes lignes directrices pour la mise en œuvre de la Trame verte et bleue ;
-la sous-partie 1 de la partie 2 relative aux enjeux de cohérence nationale ;
-la sous partie 2 de la partie 2 relative à la présentation des enjeux, à la présentation de la trame et à la cartographie pour ce qui est de leurs orientations relatives à l'identification et à la présentation des éléments de Trame verte et bleue. 
S'agissant du contenu du plan d'aménagement et de développement durable de Corse, l'article L. 4424-10 du code général des collectivités territoriales prévoit que le plan recense dans un chapitre individualisé assorti de documents cartographiques, les éléments constitutifs de la Trame verte et bleue en Corse. En particulier, il recense :
-les espaces protégés et identifie les espaces naturels importants pour la préservation de la biodiversité et définit des espaces naturels ou semi-naturels et des formations végétales linéaires ou ponctuelles qui permettent de les relier en constituant des continuités écologiques ;
-les cours d'eau et milieux aquatiques associés importants pour la préservation de la biodiversité qui n'ont pas été ainsi recensés ou identifiés. 
Par ailleurs, il peut, compte tenu du caractère stratégique au regard des enjeux de préservation ou de développement présentés par certains espaces géographiques limités, définir leur périmètre, fixer leur vocation et comporter des dispositions relatives à l'occupation du sol propres auxdits espaces, assorties, le cas échéant, de documents cartographiques dont l'objet et l'échelle sont déterminés par délibération de l'Assemblée de Corse. 
Il peut, par une délibération particulière et motivée de l'Assemblée de Corse, fixer, pour l'application du premier alinéa de l'article L. 146-6 du code de l'urbanisme, une liste complémentaire à la liste des espaces terrestres et marins, sites et paysages remarquables ou caractéristiques du patrimoine naturel et culturel du littoral et des milieux nécessaires au maintien des équilibres biologiques à préserver. 
Il peut également, par une délibération particulière et motivée de l'Assemblée de Corse, déterminer, en tenant compte de la fréquentation touristique de certains sites et de la préservation de l'environnement, les espaces situés dans la bande littorale définie au III de l'article L. 146-4 du code de l'urbanisme dans lesquels peuvent être autorisés, indépendamment des dérogations prévues au III du même article L. 146-4 et dans les conditions que le plan précise, des aménagements légers et des constructions non permanentes destinés à l'accueil du public, à l'exclusion de toute forme d'hébergement, dans le respect des paysages et des caractéristiques propres à ces sites. 
4.2. Elaboration des schémas d'aménagement régional valant schéma régional de cohérence écologique pour les départements et régions d'outre-mer 
L'article L. 371-4 du code de l'environnement prévoit que dans les régions et départements d'outre-mer, le schéma d'aménagement régional, mentionné aux articles L. 4433-7 à L. 4433-11 du code général des collectivités territoriales, prend en compte les orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques et vaut schéma régional de cohérence écologique. Si un schéma d'aménagement régional est approuvé avant l'approbation ou la révision des orientations nationales, il est, si nécessaire, modifié dans un délai de cinq ans. 
La partie 1 du présent document-cadre relative aux choix stratégiques précisant les définitions, les objectifs et les grandes lignes directrices pour la mise en œuvre de la Trame verte et bleue doit donc être prise en compte par le schéma d'aménagement régional de ces cinq départements d'outre-mer. 
Il en va de même dans la sous-partie 1 de la partie 2 du présent document-cadre, des développements consacrés aux « enjeux relatifs à certains espaces protégés ou inventoriés ». En revanche, les trois autres enjeux, marqués par une approche interrégionale métropolitaine ne sont pas pertinents pour les schémas d'aménagement régionaux d'outre-mer. 
Enfin, la sous-partie 2 de la partie 2 du présent document qui se rapporte aux éléments méthodologiques propres à assurer la cohérence des schémas régionaux en termes d'objectifs et de contenu est prise en compte par les schémas d'aménagement régionaux d'outre-mer, dans les conditions prévues par les dispositions du code général des collectivités territoriales relatives à l'élaboration et au contenu de ces schémas. 
S'agissant du contenu des schémas, les éléments méthodologiques du présent document sont notamment pris en compte dans le cadre des dispositions de l'article R. 4433-2-1 du code général des collectivités territoriales qui prévoient notamment que le schéma d'aménagement régional comprenne un chapitre individualisé relatif à la Trame verte et bleue régionale composé des éléments suivants :
-exposé des enjeux relatifs à la préservation et à la remise en bon état des continuités écologiques à l'échelle du territoire ;
-présentation des continuités écologiques retenues pour constituer la trame verte et bleue de la région et identifiant les éléments qui la composent ;
-définition des orientations et dispositions destinées à préserver et à remettre en bon état ces continuités, en indiquant les principales mesures qui pourraient être prises à cet effet par d'autres collectivités, organismes ou personnes. 
Par ailleurs, au-delà de ce chapitre individualisé, ces mêmes dispositions prévoient qu'une carte des éléments de la trame verte et bleue régionale et une carte des objectifs de préservation ou de remise en bon état des continuités écologiques, pouvant être établies à une échelle différente de celles qui sont prévues à l'article R. 4433-1, soient annexées au schéma, et que le dispositif de suivi et d'évaluation du schéma comprenne notamment des indicateurs relatifs à l'application des orientations et dispositions destinées à préserver et remettre en bon état les continuités écologiques. 
(1) Le terme « habitat » est entendu ici au sens large et recouvre les notions d'habitat naturel et d'habitat d'espèce.