Le directeur est assisté pour la durée de son mandat d'un comité de pilotage formé d'au moins cinq personnalités scientifiques représentatives des établissements et laboratoires impliqués dans l'institut. Ces personnalités sont choisies par le directeur.
Le comité de pilotage prépare le projet scientifique et pédagogique ainsi que le budget de l'institut présentés une fois par an au conseil de direction. Il instruit les questions relatives à la gestion de l'institut. Il met en œuvre les orientations émanant du conseil de direction et assure la gestion ordinaire de l'institut.
Il se réunit autant que de besoin sur proposition du directeur de l'institut ou à la demande d'un tiers de ses membres.