Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel près le ministre de l'éducation nationale et la ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche est désigné pour exercer le contrôle budgétaire des organismes suivants : 
Académie des technologies ; 
Académie des sciences d'outre-mer ; (1)
Agence nationale de la recherche ; 
Centre d'études et de recherches sur les qualifications ; (1)
Centre international d'études pédagogiques ;
Réseau Canopé ; 
Centre national de la recherche scientifique ; 
Centre national d'enseignement à distance ; 
Centre national des œuvres universitaires et scolaires ; 
Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France ;
Etablissement public d'aménagement universitaire d'Ile-de-France ; 
Institut de recherche pour le développement ; 
Institut des hautes études pour la science et la technologie ; 
Institut national de la recherche agronomique ; 
Institut national de la santé et de la recherche médicale ; 
Institut national de recherche en informatique et en automatique ; 
Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ; 
Institut national d'études démographiques ; 
Lycée d'Etat Jean Zay internat d'excellence Paris ; 
Office national d'information sur les enseignements et les professions.