Les établissements de santé transmettent chaque année leurs comptes à l'agence régionale de santé. Pour les établissements de santé privés, l'agence régionale de santé peut, en complément, demander la transmission des comptes des organismes gestionnaires. 
Toutes autres pièces comptables nécessaires au contrôle sont mises à la disposition de l'autorité de tarification et, en tant que de besoin, communiquées par celle-ci aux services chargés de l'analyse économique et financière. 
En cas de non-respect de l'obligation de transmission, la sanction prévue à l'article L. 6113-8 est applicable. 
Sur la base de ces données comptables, l'agence régionale de santé contrôle l'absence de surcompensation financière sur le champ des activités mentionnées à l'article L. 6111-1. Elle procède, le cas échéant, à la récupération des sommes indument déléguées. 
Il n'y a de surcompensation que dans le cas où l'établissement de santé dépasse le taux de bénéfice raisonnable. 
Les règles d'application et de calcul de la surcompensation s'appliquent au plan national en conformité avec les règles européennes. 
Un décret en Conseil d'Etat fixe les règles de calcul et d'application de la surcompensation et détermine les modalités de transmission des comptes et de répartition des charges et des produits entre les activités mentionnées à l'article L. 6111-1 et les autres activités, les modalités de contrôle et de publicité, ainsi que le mécanisme de récupération.