Le gestionnaire du registre des garanties d'origine vérifie par sondage l'exactitude des éléments figurant dans les dossiers de demande de garanties d'origine qu'il a reçus. Cette vérification ne peut porter que sur des garanties d'origine émises depuis moins de trois ans.
Les agents chargés des contrôles sont habilités par les préfets de région au vu de leurs connaissances techniques et juridiques sur proposition du gestionnaire du registre des garanties d'origine. Le silence gardé par le préfet de région pendant plus de deux mois sur une demande d'habilitation vaut décision d'acceptation. L'habilitation est délivrée pour une durée de cinq ans. Elle peut être restreinte ou retirée lorsque les conditions au vu desquelles l'habilitation a été délivrée cessent d'être remplies.

 Les contrôleurs peuvent recueillir auprès des demandeurs de garanties d'origine les éléments permettant de vérifier l'exactitude des informations mentionnées aux articles D. 446-25. Dans les conditions générales prévues aux articles L. 142-20 à L. 142-29, ils ont accès, entre 8 heures et 20 heures, aux installations de production de biogaz pour lesquelles une garantie d'origine a été demandée ou obtenue, à l'exception de tous locaux servant de domicile. Ils sont tenus de préserver la confidentialité des informations dont ils ont connaissance à l'occasion de leurs contrôles.

Le gestionnaire du registre des garanties d'origine vérifie notamment la cohérence entre le nombre de garantie d'origine dont l'émission a été demandée et la production injectée de l'installation correspondante.

Tout contrôle mettant en évidence des demandes de garanties d'origine reposant sur des informations erronées fait l'objet d'un procès-verbal mentionnant la date, le lieu et la nature des constatations effectuées. Le procès-verbal est notifié dans les trente jours qui suivent sa clôture au demandeur de la garantie d'origine, ainsi qu'au préfet de la région où est située l'installation, et au ministre chargé de l'énergie par lettre recommandée avec accusé de réception ou par tout autre moyen établissant la date de la réception.
Si le contrôle établit que la garantie d'origine repose sur des informations erronées, le biogaz produit postérieurement à la période sur laquelle portait la dernière garantie d'origine émise ne peut donner lieu à délivrance d'une garantie d'origine. Une nouvelle garantie d'origine ne pourra être délivrée que pour une période postérieure à un nouveau contrôle établissant la conformité aux éléments de la demande de garantie d'origine figurant à l'articles D. 446-25. Ce nouveau contrôle sera réalisé à la demande et aux frais du demandeur.