L'établissement est administré par un conseil d'administration qui comprend vingt-deux membres : 
1° Dix membres de droit :
- le directeur du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
- le directeur général des patrimoines au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
- le secrétaire général au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
- le directeur général de l'enseignement scolaire au ministère chargé de l'éducation nationale ou son représentant ;
- Le directeur chargé de l'accueil et de l'intégration au ministère de l'intérieur ou son représentant ; 
- le directeur chargé de l'immigration au ministère de l'intérieur ou son représentant ;
- le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
- le directeur chargé de l'eau et de la biodiversité au ministère chargé de l'environnement ou son représentant ; 
- le directeur général du muséum national d'histoire naturelle ou son représentant ;
- le président du Haut Conseil à l'intégration ou son représentant ; 
2° Deux représentants de la ville de Paris ; 
3° Quatre personnalités qualifiées, nommées respectivement par les ministres chargés de l'intégration, de la culture, de l'éducation nationale et de la recherche ; 
4° Quatre membres du conseil d'orientation de l'établissement désignés dans les conditions fixées à l'article 20 ; 
5° Deux représentants du personnel de l'établissement élus dans les conditions fixées par un arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle. 
Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 2°, 3°, 4° et 5° sont désignés pour trois ans. Leur mandat est renouvelable. 
Pour les membres du conseil d'administration mentionnés aux 4° et 5° du présent article, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions que les titulaires pour un mandat de trois ans, afin de remplacer ces derniers en cas d'empêchement. 
Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 3° et 4° qui, sans motif légitime, s'abstiennent d'assister aux séances du conseil d'administration pendant trois séances consécutives sont réputés démissionnaires. Le président du conseil d'administration constate cette démission après avoir invité l'intéressé à produire ses observations. 
Toute vacance, pour quelque cause que ce soit, ou perte de la qualité au titre de laquelle les membres du conseil ont été désignés donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir.