Une commission départementale compétente en matière de nature, de paysages et de sites siège dans chaque département. 
Cette commission est présidée par le représentant de l'Etat dans le département. Lorsqu'elle intervient dans les cas prévus aux articles L. 111-9, L. 121-10, L. 121-12, L. 121-27, L. 121-29, L. 121-39, L. 121-41, L. 122-7, L. 122-11, L. 122-14 et L. 122-19 du code de l'urbanisme, elle siège dans une formation comprenant des représentants de l'Etat, des représentants élus des collectivités territoriales et des établissements publics de coopération intercommunale et des personnalités qualifiées en matière de sciences de la nature ou de protection des sites ou du cadre de vie. 
En Corse, les attributions dévolues à la commission des sites, perspectives et paysages sont exercées par le conseil des sites de Corse prévu à l'article L. 4421-4 du code général des collectivités territoriales.