Les frais de déplacement à l'étranger et dans les collectivités d'outre-mer sont remboursés forfaitairement sur la base des taux maximaux fixés par l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission prévues à l'article 3 du décret du 3 juillet 2006 susvisés. 
Les remboursements s'effectuent après production des justificatifs originaux de paiement de l'hébergement auprès du seul ordonnateur. 
Pour les missions à l'étranger, une avance est consentie, sur demande du missionnaire, à hauteur de 100 % du montant des indemnités de séjour.
L'indemnité de mission se décompte par journée complète passée dans le pays ou dans la collectivité d'outre-mer où s'accomplit le déplacement. La journée d'arrivée et la journée de départ donnent lieu chacune à l'attribution d'une indemnité journalière. Lorsque l'arrivée et le départ ont lieu le même jour, il est attribué forfaitairement la moitié d'une indemnité journalière. 
Conformément à la dérogation prévue à l'article 7 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, en cas de mission effectuée à l'étranger par le ministre, les membres de son cabinet, ou par toute personne sur autorisation du directeur concerné, les indemnités journalières peuvent être majorées. Elles sont alors calculées sur la base de cinq tiers des taux fixés par l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission prévues à l'article 3 du décret du 3 juillet 2006 susvisés.
L'agent accomplissant une mission temporaire à l'étranger perçoit autant d'indemnités journalières de mission que de nuits ou de fractions de nuit passées à la destination ou aux destinations figurant sur son ordre de mission. La nuit s'apprécie comme la période comprise entre zéro heure et cinq heures.L'agent dont la mission s'étend sur deux ou plusieurs jours perçoit, au titre de sa dernière journée de mission, 50 % du taux de son indemnité journalière si sa mission s'y est prolongée au-delà de 17 heures. 
Dans le cas où l'agent est logé ou nourri gratuitement, les indemnités de mission sont réduites dans la limite du pourcentage fixé par l'article 2 de l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission prévues à l'article 3 du décret du 3 juillet 2006 susvisés. 
En cas de nécessité de service, le missionnaire peut se faire rembourser, sur présentation de factures originales, les frais engagés pour la délivrance d'un passeport, d'un visa, ou pour des vaccins obligatoires.