Pour les installations autorisées après le 1er janvier 2000, le premier bilan de fonctionnement de l'installation est présenté au préfet au plus tard dix ans après la date de l'arrêté d'autorisation initial jusqu'au 31 décembre 2012. 
Pour les installations existantes à la date du 1er janvier 2000 et n'ayant pas fait l'objet d'un bilan de fonctionnement conformément à l'arrêté du 17 juillet 2000 susvisé, le premier bilan de fonctionnement est présenté au préfet selon le calendrier suivant, fonction de la date du dernier arrêté d'autorisation accordé après enquête publique avant le 1er janvier 2000 :
-avant le 31 décembre 2004 si l'arrêté a été pris au cours d'une année se terminant par 1, 2, 3 ou 4 ;
-avant le 31 décembre 2005 si l'arrêté a été pris au cours d'une année se terminant par 5 ou 6 ;
-avant le 31 décembre 2006 si l'arrêté a été pris au cours d'une année se terminant par 7 ou 8 ;
-avant le 30 juin 2007 pour toutes les autres installations. 
Le bilan de fonctionnement est ensuite présenté au moins tous les dix ans à compter de la date mentionnée ci-dessus. 
Pour les installations relevant du régime de l'autorisation et n'ayant pas d'arrêté d'autorisation à la suite d'un classement postérieur à leur création, ces dispositions sont applicables en fonction de la date de publication du décret de classement. 
Les exploitants des installations classées visées à l'annexe 2 du présent arrêté doivent présenter leur bilan de fonctionnement avant le 30 juin 2007. 
Lorsqu'un nouvel arrêté d'autorisation est accordé après enquête publique, le bilan de fonctionnement suivant est présenté au plus tard dix ans après la date de cet arrêté. 
Le préfet peut prescrire un bilan de fonctionnement de manière anticipée lorsque les circonstances l'exigent, notamment suite à une modification de l'impact de l'installation sur l'environnement, en cas de changements substantiels dans les meilleures techniques disponibles permettant une réduction significative des émissions sans imposer des coûts excessifs, ou suite à une pollution accidentelle.