Sont entendus comme coûts et pertes liés à la perte d'animaux ou de végétaux au sens du deuxième alinéa de l'article R. 361-53 du code rural et de la pêche maritime : 
― les coûts ou pertes liés à la mortalité des animaux, sur la base de la valeur marchande objective de ces animaux ; 
― les coûts ou pertes liés à l'abattage des animaux décidé, d'une part, sur ordre de l'administration lorsque l'indemnisation de l'Etat ne couvre pas la totalité des coûts et pertes liés à cet abattage ou, d'autre part, dans le cadre d'un plan de lutte collective mené par les professionnels, sur la base de la valeur de remplacement des animaux abattus, déduction faite de la valeur bouchère de ceux-ci ; 
― les coûts ou pertes liés à l'euthanasie des animaux pour raison de bien-être animal, sur la base de la valeur de remplacement des animaux euthanasiés ; 
― les coûts liés à la désinfection des locaux d'élevage ; 
― les coûts liés à des mesures imposées de lavage ou de désinfection de matériels agricoles ; 
― les coûts ou pertes liés à la mortalité ou dépérissement des végétaux, sur la base de la valeur de remplacement des végétaux morts ou dépéris et du coût d'élimination des végétaux morts ou dépéris, déduction faite de la valeur résiduelle du végétal mort ou dépéri ; 
― les coûts ou pertes liés à la destruction des végétaux, sur la base de leur coût de destruction et du préjudice économique lié aux végétaux détruits, lequel inclut les frais de replantation et les coûts de remise en culture pour les cultures pérennes, déduction faite de la valeur résiduelle du végétal détruit ; 
― les coûts ou pertes liés aux mesures de taille des végétaux, sur la base du coût de taille des végétaux et du préjudice économique lié aux végétaux taillés, déduction faite de la valeur résiduelle du végétal taillé.