Jusqu'à l'installation de la commission administrative paritaire du corps des agents des douanes pour l'administration de Mayotte, qui interviendra au plus tard dans un délai de six mois à compter de la publication du décret n° 2009-1699 du 30 décembre 2009, ses compétences sont exercées, pour les agents nommés dans ce corps, par la commission administrative paritaire du cadre C des agents titulaires de Mayotte. 
Toutefois, pendant cette période, lorsque la commission administrative paritaire siège pour l'examen des mesures d'intégration prises en application de l'article 23, elle est présidée par le directeur régional des douanes de Mayotte.