Outre le haut fonctionnaire de défense, la mission des affaires juridiques et le bureau du cabinet, l'administration centrale du ministère de l'environnement comprend :
   - la direction des ressources humaines, des moyens et de la qualité de la vie ;
   - la direction de l'eau ;
   - la direction de la prévention des pollutions et des risques ;
   - la direction de la nature et des paysages ;
   - la direction de la recherche et des affaires économiques et internationales.