Le congé de longue maladie prévu à l'article L. 4138-13 est attribué en raison d'une affection grave et invalidante autre que celles énumérées à l'article R. 4138-47. 
Ce congé est accordé, sur demande ou d'office, par décision du ministre de la défense, ou du ministre de l'intérieur pour les militaires de la gendarmerie nationale, sur le fondement d'un certificat  d'un médecin des armées, par périodes de six mois renouvelables. 
Les dispositions relatives au congé de longue durée pour maladie prévues aux articles R. 4138-47 à R. 4138-57 s'appliquent également au congé de longue maladie, à l'exception du deuxième alinéa de l'article R. 4138-55.