Le projet de budget du centre est préparé par le directeur qui le transmet à la région et au recteur de région académique. Il doit être soumis au vote du conseil d'administration et adopté en équilibre réel dans le délai de trente jours suivant la notification de la participation de la région.
Sans préjudice du contrôle de légalité exercé par le représentant de l'Etat, le budget devient exécutoire dans un délai de trente jours à compter de la dernière date de réception par chacune des deux autorités mentionnées au premier alinéa, sauf si la région ou le recteur de région académique a fait connaître son désaccord motivé. Dans ce cas, ou lorsque le budget n'est pas adopté dans les trente jours suivant la notification de la participation de la région, il est fait application de la procédure prévue aux e et f de l'article L. 421-11 du code de l'éducation, sous réserve du second alinéa de l'article L. 114-13 du présent code.
Le budget, dès qu'il est adopté ou réglé, est transmis à l'agent comptable.