Tout prestataire qui fournit des services d'assistance en escale sur les aérodromes mentionnés à l'article R. 216-4, doit opérer une stricte séparation comptable entre les activités liées à la fourniture de ces services et  ses autres activités. Cette séparation est effectuée suivant des règles définies à cet effet par un arrêté du ministre chargé de l'aviation civile et du ministre chargé du budget.
L'existence de cette séparation comptable et la régularité des comptes font l'objet, chaque année, d'une vérification spécifique par le ou les commissaires aux comptes. Lorsqu'il s'agit d'un établissement public doté d'un agent comptable, celui-ci peut effectuer lui-même cette vérification. La vérification donne lieu à l'établissement d'un rapport.
Dans le cas d'un exploitant d'aérodrome, le ou les commissaires aux comptes, ou l'agent comptable, doivent également vérifier que le produit des redevances perçues auprès des transporteurs aériens pour l'usage des installations aéronautiques ne contribue pas au financement de son activité d'assistance en escale.
Si le prestataire d'assistance en escale est un transporteur aérien, le ou les commissaires aux comptes précisent si cette comptabilité englobe ou non la part d'activité de ce transporteur aérien consacrée à l'auto-assistance.