Dans les services autonomes de santé au travail, le médecin du travail est lié à l'employeur par un contrat de travail régi par le code du travail et conclu dans le respect du code de déontologie médicale. 
Il exerce ses activités dans les conditions prévues ci-après : 
Sa nomination est soumise pour accord au comité  social et économique qui doit se prononcer à la majorité des membres présents par un vote à bulletin secret. A défaut d'accord, la nomination est prononcée sur décision de l'inspecteur du travail prise après avis du médecin inspecteur du travail. 
Le projet de licenciement, la rupture conventionnelle et la rupture du contrat de travail à durée déterminée dans les cas prévus à l'article L. 4623-5-1 du code du travail sont soumis pour avis au comité  social et économique qui doit se prononcer à la majorité des membres régulièrement convoqués, présents ou représentés par un vote à bulletin secret après audition de l'intéressé. Ces mesures ne peuvent intervenir que sur autorisation de l'inspecteur du travail, après avis du médecin inspecteur régional du travail. 
La demande d'autorisation, dans les cas mentionnés au précédent alinéa, est adressée à l'inspecteur du travail dont dépend le service autonome qui l'emploie, par lettre recommandée avec avis de réception. 
La demande énonce les motifs du licenciement ou de la rupture anticipée ou du non-renouvellement du contrat de travail à durée déterminée envisagé. Elle est accompagnée du procès-verbal de la réunion du comité  social et économique. 
La demande est transmise dans les quinze jours suivant la consultation du comité  social et économique. 
En cas de mise à pied, la consultation du comité  social et économique a lieu dans un délai de dix jours à compter de la mise à pied. La demande d'autorisation de licenciement, de rupture conventionnelle ou de rupture du contrat à durée déterminée dans les cas prévus aux articles L. 4623-5-1 et L. 4623-5-2 du code du travail est transmise à l'inspecteur du travail dans les quarante-huit heures suivant la délibération des instances compétentes. 
L'inspecteur du travail procède à une enquête contradictoire au cours de laquelle le médecin du travail peut, sur sa demande, se faire assister par une personne de son choix appartenant au personnel du service autonome ou à la caisse de mutualité sociale dans laquelle il est en fonctions. 
L'inspecteur du travail prend sa décision dans un délai de quinze jours, réduit à huit jours en cas de mise à pied. Ce délai court à compter de la réception de la demande motivée présentée par l'employeur. Il n'est prolongé que si les nécessités de l'enquête le justifient. Le silence gardé par l'inspecteur du travail pendant ce délai vaut décision de rejet. 
La décision de l'inspecteur du travail est motivée. Elle est notifiée par lettre recommandée avec avis de réception : 
1° A l'employeur ; 
2° Au médecin du travail ; 
3° Au comité  social et économique. 
Le ministre chargé du travail peut annuler ou réformer la décision de l'inspecteur du travail sur le recours de l'employeur ou du médecin du travail. 
Ce recours est introduit dans un délai de deux mois à compter de la notification de la décision de l'inspecteur. 
Le silence gardé pendant plus de quatre mois sur ce recours vaut décision de rejet.