Une convention passée entre l'Etat, la région ou, en Corse, la collectivité territoriale de Corse en leur qualité d'autorité de gestion des fonds européens, et l'agence de services et de paiement régit les conditions dans lesquelles cette agence verse les sommes accordées par l'Etat et par la région ou la collectivité territoriale de Corse au titre de l'élaboration des documents d'objectifs, de la mise de œuvre des documents d'objectifs et des contrats Natura 2000. 
L'Agence de services et de paiement rend compte de cette activité au ministre chargé de l'environnement et au ministre chargé de l'agriculture dans les conditions prévues à l'article D. 313-14 du code rural et de la pêche maritime, ainsi qu'au ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture.