Le conseil d'administration définit la politique générale de l'établissement dans le cadre des orientations fixées par les ministres de tutelle. Il dispose notamment des compétences suivantes :
   1° Il approuve le budget et ses modifications, le compte financier de l'exercice clos et l'affectation du résultat et se prononce sur le rapport annuel d'activité ;
   2° Il fixe les orientations de la politique tarifaire, les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés conclus par l'établissement, les conditions générales d'emploi et de rémunération du personnel, le règlement intérieur de l'établissement ;
   3° Il décide de la création ou de la suppression de filiales, des acquisitions ou cessions de participations, de l'achat, de la vente ou de la location d'immeubles ;
   4° Il autorise les emprunts et accepte les dons et legs ;
   5° Il décide des actions en justice et des transactions. Il peut déléguer ces pouvoirs au directeur général de l'établissement.