Sans préjudice du premier alinéa de l'article L. 3111-8, en cas de création ou de modification du ressort territorial d'une communauté urbaine, d'une communauté d'agglomération ou d'une métropole entraînant l'inclusion dans son ressort territorial de services de mobilité organisés par une région, cet établissement public est substitué à la région dans l'ensemble de ses droits et obligations pour l'exécution des services de mobilité désormais intégralement effectués sur son ressort territorial. Cette substitution intervient, de droit, dans un délai d'un an à compter de cette création ou de cette modification. 
Lorsque la compétence d'organisation de la mobilité est transférée par les communes qui en sont membres à une communauté de communes, créée ou préexistante, ou lorsque le périmètre d'une communauté de communes dotée de cette même compétence est modifié en entraînant la même situation d'inclusion, la substitution, pour l'exécution des services réguliers de transport public, des services à la demande de transport public et des services de transport scolaire, intervient à sa demande, dans un délai convenu avec la région. 
Une convention entre les autorités organisatrices concernées fixe les modalités du transfert et les conditions de financement des services de transport non urbains transférés, en tenant compte notamment d'une éventuelle modification du périmètre de l'assiette du versement transport. En cas de litige, le second alinéa de l'article L. 3111-8 s'applique aux procédures d'arbitrage. 
Si l'autorité organisatrice de la mobilité créée ou dont le ressort territorial est modifié ne relève pas de la catégorie des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, l'autorité organisatrice de la mobilité peut se substituer aux autres autorités organisatrices de transports après accord entre les parties.