La mise en œuvre des deux parties du programme pluriannuel régional de gestion des risques est assurée par les conventions d'objectifs et de gestion conclues entre l'Etat et les caisses nationales mentionnées aux articles L. 227-1 et L. 611-7 du code de la sécurité sociale et à l'article L. 723-12 du code rural et de la pêche maritime, qui déterminent les règles d'affectation des moyens nécessaires. 
L'ensemble des objectifs nationaux et régionaux du programme pluriannuel régional de gestion du risque est inscrit dans les contrats pluriannuels de gestion des organismes et services d'assurance maladie, établis en application des articles L. 227-3 et L. 611-7 du code de la sécurité sociale et de l'article L. 723-12 du code rural et de la pêche maritime.