Les préfets organisent et mettent en œuvre une enquête de surveillance nationale impliquant des exploitations désignées par tirage au sort ou en fonction d'une analyse de risque ou en fonction de considérations logistiques afin d'évaluer le niveau d'infection de l'influenza aviaire hautement pathogène, les liens épidémiologiques entre exploitations et l'extension de l'infection.
Cette enquête peut porter sur l'analyse du registre d'élevage, sur les flux d'animaux, de personnels et de matériels en lien avec l'élevage avicole, sur l'état de santé des animaux présents et, le cas échéant, sur des analyses de laboratoire. Le préfet peut exiger toutes les informations utiles dans ce cadre auprès des entreprises concernées.