Le fonctionnaire hospitalier en période de professionnalisation est en position d'activité dans son corps l'origine. Le temps passé en période de professionnalisation est pris en compte tant pour l'ancienneté que pour le calcul du minimum de temps requis pour postuler à une promotion de grade ou accéder à un corps hiérarchiquement supérieur. 
Ce temps est également pris en compte pour la retraite et donne lieu aux retenues pour pension civile dans les conditions prévues à l'article L. 9 du code des pensions civiles et militaires de retraite.

La rémunération de l'agent est maintenue pendant la période de professionnalisation. 
Par accord écrit entre l'agent et son établissement, les heures de formation effectuées en dehors du temps de travail dans le cadre dl'une période de professionnalisation peuvent excéder le montant des droits acquis par l'intéressé au titre du droit individuel à la formation dans la limite de cent vingt heures pendant une même année civile. Dans ce cas, l'agent bénéficie de l'allocation de formation.