La Commission nationale pour la lutte contre l'habitat indigne mentionnée à l'article R. 321-1 est constituée d'un représentant de l'agence, d'un représentant des ministres en charge de la santé, de l'action sociale, du logement, d'un représentant de l'Union des entreprises et des salariés pour le logement, d'un représentant des services communaux d'hygiène et de santé mentionnés au troisième alinéa de l'article L. 1422-1 du code de la santé publique et d'une personnalité qualifiée en matière de lutte contre l'habitat indigne. Ses membres sont désignés par le ministre chargé du logement. 
Cette commission est chargée de rendre des avis sur le financement par l'agence des opérations prévues aux IV et V de l'article R. 321-12, le versement du solde de l'aide de l'agence pour ces opérations et, le cas échéant, sur le reversement du montant total ou partiel des sommes déjà perçues par le bénéficiaire conformément au deuxième alinéa de l'article R. 522-6 et à l'article R. 523-3. Lorsqu'il prend des décisions relevant de la compétence de la Commission nationale pour la lutte contre l'habitat indigne, le directeur général de l'agence ne peut passer outre aux avis de cette commission qu'avec l'accord du conseil d'administration. 
La commission est présidée par le membre nommé en tant que personnalité qualifiée en matière de lutte contre l'habitat indigne. Son secrétariat est assuré par l'agence. Ses modalités de fonctionnement sont définies par un règlement intérieur, approuvé par le conseil d'administration.