Le fonds de mutualisation adresse au ministre chargé de l'agriculture une demande de paiement de la contribution correspondant aux indemnisations versées sur la base du programme approuvé. Cette demande de remboursement comprend : 
― la liste des agriculteurs bénéficiaires de l'indemnisation ; 
― la liste des pertes économiques indemnisées et le montant pour chacune d'entre elles, répartis par agriculteur ; 
― les dates de versement des indemnités aux agriculteurs ; 
― l'engagement qu'il a été procédé à la vérification des pièces justificatives fournies par les agriculteurs et qu'il s'est assuré de leur éligibilité, pour chacun des agriculteurs concernés ; 
― l'engagement d'entreprendre les démarches nécessaires pour obtenir réparation des pertes économiques subies dans le cas où l'origine du foyer de maladie ou de l'incident environnemental peut être imputée à un responsable identifié ; 
― le cas échéant, les justificatifs relatifs au paiement de frais financiers associés à l'emprunt commercial contracté par le fonds de mutualisation pour financer une partie du programme d'indemnisation. 
Le ministre chargé de l'agriculture peut solliciter du fonds de mutualisation tout complément d'information nécessaire à l'examen de la demande de remboursement. 
Le contrôle prévu à l'article 29 du règlement (CE) n° 1122/2009 de la Commission du 30 novembre 2009 susmentionné est effectué par l'établissement mentionné à l'article L. 313-1. L'absence de tout ou partie des pièces justificatives prouvant l'admissibilité de la demande de paiement ou la non-conformité de ces pièces entraîne l'inéligibilité partielle ou totale du programme d'indemnisation à la contribution financière prévue à l'article 71 du règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil du 19 janvier 2009 susmentionné.