Lorsque le déroulement des opérations fait apparaître la nécessité d'une modification substantielle du projet scientifique d'intervention, un projet révisé est soumis au préfet de région, qui dispose d'un délai de quinze jours pour l'approuver ou en demander la modification. A défaut de notification d'une décision dans ce délai, le projet révisé est réputé refusé. 
En cas de découvertes survenues pendant l'opération conduisant à remettre en cause les résultats du diagnostic et les données scientifiques du cahier des charges, le préfet de région peut formuler des prescriptions complémentaires. 
Les modifications et prescriptions complémentaires mentionnées aux alinéas précédents ne peuvent conduire à modifier l'économie générale du contrat mentionné à l'article 40. 
En cas de découverte d'importance exceptionnelle, le préfet peut, par une décision motivée prise après avis de la     commission territoriale de la recherche archéologique, prolonger la durée d'intervention et, le cas échéant, demander une modification du projet de construction ou d'aménagement. Le surcoût éventuel de la fouille archéologique induit par ces décisions peut être financé sur les crédits du Fonds national pour l'archéologie préventive.