Le conseil scientifique comprend sept personnalités françaises ou étrangères choisies en fonction de leurs compétences scientifiques et techniques et provenant :
 ― soit d'organismes d'enseignement supérieur ou de recherche ;
 ― soit d'établissements publics de l'Etat ou de centres techniques et organismes assimilés ;
 ― soit d'entreprises ou autres organismes de production de biens et services.
Les membres du conseil scientifique sont nommés à titre personnel par le directeur général de l'institut, après consultation du conseil d'administration, pour une durée de trois ans renouvelable. Le directeur général nomme également le président et le vice-président du conseil scientifique après consultation du conseil d'administration.
 Le directeur général et le directeur scientifique de l'institut assistent de droit aux réunions du conseil scientifique ainsi que les présidents des commissions scientifiques spécialisées et de la commission d'orientation de la recherche et de l'expertise. Le président du conseil scientifique et le directeur général peuvent en outre inviter aux réunions toute personne dont la présence est jugée utile.