Les ressources de l'agence sont constituées par : 
1° Une subvention de l'Etat ; 
2° Des contributions des régimes d'assurance maladie ; 
3° Des contributions de la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie pour des actions concernant les établissements et services médico-sociaux ou les prises en charge et accompagnements en direction des personnes âgées ou handicapées ; 
4° Des ressources propres, dons et legs ; 
5° Sur une base volontaire, des versements de collectivités territoriales ou d'autres établissements publics.
Les contributions prévues aux 2° et 3° sont déterminées par la loi de financement de la sécurité sociale.