Le directeur général est nommé par arrêté du ministre chargé de l'urbanisme, après consultation du préfet de région et du président du conseil d'administration. Les fonctions de directeur général sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration. 
Le directeur général est chargé de l'instruction préalable des affaires qui sont de la compétence de l'établissement public. Il assiste de droit aux réunions du conseil d'administration et du bureau. Il en prépare et exécute les décisions, en particulier le programme pluriannuel d'interventions et ses tranches annuelles,        le budget . 
Il gère l'établissement, le représente, passe les contrats, este en justice, prépare et conclut les transactions dans les conditions fixées par le conseil d'administration. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses. Il recrute le personnel et a autorité sur lui. Il peut déléguer sa signature. 
Le directeur général, ou son adjoint, dans les limites des compétences qui lui ont été déléguées peut, par délégation du conseil d'administration, être chargé d'exercer au nom de l'établissement les droits de préemption dont l'établissement est titulaire ou délégataire et le droit de priorité dont l'établissement est délégataire. Il rend compte de cet exercice au conseil d'administration, à chacune de ses réunions.