SNCF Réseau soumet chaque année aux ministres chargés des transports, de l'économie et du budget un programme opérationnel d'investissements détaillant le contrat mentionné à l'article 12 ainsi que les modalités de son financement. 
Au sein de ces programmes, les projets unitaires dont le montant excède un seuil, fixé par arrêté du ministre chargé des transports, sont soumis à son approbation, sur la base d'un dossier indiquant l'objectif du projet, la consistance des travaux, l'évaluation de la dépense correspondante et de la rentabilité économique et sociale de l'investissement projeté. Les méthodes d'évaluation sont conformes aux règles fixées par le ministre chargé des transports pour les projets d'infrastructure. 
Les investissements financés par les collectivités territoriales, leurs groupements ou les organismes publics en application de l'article L. 2111-10-1 du code des transports donnent lieu à convention avec SNCF Réseau.