La Cour des comptes comprend sept chambres composées chacune d'un président de chambre, de conseillers maîtres, de conseillers référendaires et d'auditeurs.
Le premier président affecte aux chambres les magistrats, conseillers maîtres et référendaires en service extraordinaire, conseillers experts, rapporteurs extérieurs, agents contractuels contribuant à la certification et vérificateurs.
Les magistrats ne peuvent être affectés plus de sept années consécutives au sein d'une même chambre. Toutefois, ils peuvent, pour raisons de service, être maintenus au sein de la même chambre au-delà de cette durée pendant une période maximale de deux ans.