Sous l'autorité du préfet, et sous réserve des compétences attribuées à d'autres services ou établissements publics de l'Etat, la direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt exerce les missions à caractère régional et départemental suivantes : 
1° La direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt met en œuvre les politiques relatives à l'agriculture et au développement des territoires. A ce titre, elle concourt : 
a) A la promotion des fonctions économique, sociale et environnementale de l'agriculture ; 
b) Au développement de filières alimentaires de qualité ; 
c) A la protection et à la gestion durable des espaces agricoles et forestiers, notamment péri-urbains, y compris par la mise en œuvre des mesures de police et de prévention y afférentes ; 
d) A la définition, à la mise en œuvre et au suivi des politiques nationales et communautaires de développement rural et de l'aménagement et du développement durable du territoire. Elle anime et coordonne les politiques de l'Etat relatives au développement des territoires ruraux. Elle assiste le préfet dans l'élaboration, la mise en œuvre, le suivi et l'évaluation des documents contractuels relatifs à ces politiques ; 
e) A la mise en œuvre des politiques d'aménagement et de gestion foncière de l'espace rural et des zones agricoles péri-urbaines en concourant à l'élaboration, à l'exécution et au financement des politiques territoriales. Elle est associée à l'élaboration des documents d'aménagement et d'urbanisme, notamment ceux qui impliquent des mesures en matière d'aménagement foncier agricole et rural et ceux ayant une incidence sur la protection des terres agricoles ; 
f) A l'orientation, au soutien et à la structuration des filières agricoles et agroalimentaires ainsi que de l'aquaculture d'eau douce, au renforcement de l'organisation économique des producteurs dans ces domaines, à la promotion de la qualité des produits et à la valorisation non alimentaire de la biomasse. Elle participe à la politique territoriale d'intelligence économique dans ces domaines ; 
g) A la gestion et au contrôle des aides publiques à l'agriculture et à la forêt ; elle assure la coordination des contrôles relatifs à ces aides ; 
h) A l'élaboration des programmes de développement agricole dans le cadre des orientations nationales ; 
i) A la connaissance des territoires ainsi qu'à l'établissement des stratégies et des politiques territoriales ; 
2° Elle met en œuvre la politique de l'alimentation, notamment : 
a) En appliquant les mesures relatives à la qualité de l'offre alimentaire, à l'aide alimentaire et à la sensibilisation du public et en évalue les résultats ; 
b) En veillant : 
― à l'hygiène et à la sécurité sanitaire des produits alimentaires, dans les domaines de compétence du ministère chargé de l'agriculture ; 
― à la santé et à l'alimentation animales, à la traçabilité des animaux et des produits animaux dont elle assure la certification ; 
― à la protection des animaux domestiques et de la faune sauvage captive, aux conditions sanitaires d'élimination des cadavres et des déchets animaux ; 
c) En contribuant : 
― à la qualité et à la sécurité des produits dans le domaine alimentaire ; 
― à la préparation des plans d'intervention sanitaire d'urgence ; 
d) En contrôlant l'exercice de la médecine vétérinaire, la délivrance et l'utilisation des médicaments vétérinaires ainsi que la production et la distribution des aliments médicamenteux ; 
e) En assurant la certification sanitaire des végétaux, des animaux et de leurs produits ainsi que les mesures de contrôle des échanges intra et extracommunautaires des espèces et produits animaux et végétaux, mentionnés aux articles L. 236-4 et L. 251-12 du code rural et de la pêche maritime ; 
f) En appliquant la réglementation relative à la surveillance biologique du territoire et au maintien du bon état sanitaire des végétaux, ainsi qu'en veillant à la mise en place de l'ensemble du dispositif de surveillance. A ce titre, elle effectue des mesures de contrôle relatives à la distribution et à l'application des produits phytosanitaires, ainsi qu'à la distribution des matières fertilisantes et des supports de culture ; elle délivre les certificats phytosanitaires aux exportateurs ; 
g) En réalisant la promotion des pratiques agricoles favorables à la qualité des productions végétales, préservant la santé publique et l'environnement, notamment par la mise en œuvre de mesures de police dans les exploitations agricoles relatives à la sécurité sanitaire alimentaire et à l'utilisation des produits phytosanitaires, des matières fertilisantes et des organismes génétiquement modifiés ; 
h) En assurant ou en contribuant aux contrôles des végétaux et produits végétaux, des animaux et des produits animaux et des aliments et en élaborant un plan-cadre de contrôle. Elle anime le réseau des laboratoires qui participent aux contrôles officiels ; 
i) En assurant l'inspection d'installations classées pour la protection de l'environnement, exerçant des activités agricoles et en contribuant à l'inspection de celles exerçant des activités agroalimentaires ; 
3° Elle met en œuvre la politique forestière et de mobilisation de la ressource en prenant en compte les préoccupations de gestion durable des forêts et de préservation de la biodiversité. A ce titre : 
a) Elle contribue à l'orientation et aux mesures d'organisation économique et de structuration de la filière de la forêt et du bois ; 
b) Elle prépare les travaux de la commission de la forêt et des produits forestiers ; elle concourt à l'élaboration des orientations forestières locales ; elle assiste le préfet dans l'exercice de ses compétences dans le domaine forestier ; 
c) Elle assure le contrôle de la commercialisation des matériels forestiers de reproduction ; 
d) Elle contribue à la politique relative à la prévention des incendies de forêt. 
Pour l'exercice des missions relatives à la forêt et au bois, la direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt peut faire appel aux services de l'Office national des forêts dans les conditions précisées par voie de convention et conformément aux dispositions de l'article L. 121-4 du code forestier ; 
4° Elle participe à l'évaluation de l'impact des politiques publiques mises en œuvre par le ministère chargé de l'agriculture ; elle pilote l'évaluation des programmes locaux de la compétence de ce ministère, et peut également contribuer à l'évaluation d'autres programmes ; 
5° Elle contribue à la définition et à la mise en œuvre de la politique de l'emploi dans les domaines agricole, agroalimentaire, forestier et de l'aquaculture d'eau douce, notamment en élaborant et en mettant en œuvre un plan d'actions en faveur de l'emploi et du développement de l'activité économique dans les domaines de compétence du ministère chargé de l'agriculture ; 
6° Elle contribue dans ses domaines de compétence : 
a) A la prévention des crises et à la planification de sécurité nationale. A ce titre, elle peut être chargée d'actions dans le domaine des affaires de défense et de la protection civile, à l'exception de l'organisation et du contrôle des exercices et de la planification, des activités d'alerte des populations et de gestion des crises ; 
b) A la prévention des pollutions, des nuisances et des risques technologiques ; 
c) A l'élaboration de la politique scientifique et technique en matière de recherche et développement ; 
d) Aux politiques de coopération internationale.