Les comptes de l'autorité sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet des adaptations nécessaires après approbation par le ministre chargé du budget et le ministre chargé des transports.

L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice et le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations.

Le compte financier est préparé et présenté par l'agent comptable, puis soumis pour approbation au collège de l'autorité par le président.

 L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier et les pièces annexes au plus tard à l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice.