L'Institut français du cheval et de l'équitation est chargé de la gestion de l'identification complémentaire des équidés par pose d'un transpondeur. 
Une convention entre l'Institut français du cheval et de l'équitation et le ministre chargé de l'agriculture précise les modalités de fonctionnement technique et financière relative à l'identification complémentaire des équidés par pose d'un transpondeur et à la gestion du fichier national du marquage électronique des équidés. Cette convention prévoit en particulier la tenue par l'Institut français du cheval et de l'équitation d'une comptabilité distincte des autres activités des haras nationaux des opérations d'identification et de marquage électronique des équidés. Une comptabilité distincte doit aussi être assurée pour l'éventuelle gestion de stocks de transpondeurs par le gestionnaire du marquage électronique.