Une convention passée entre la ou les autorités compétentes pour la gestion des fonds nationaux ou européens et l'organisme payeur régit les conditions dans lesquelles cet organisme payeur verse les sommes accordées par les autorités de gestion de fonds au titre de l'élaboration des documents d'objectifs, de la mise en œuvre des documents d'objectifs et des contrats Natura 2000.
L'organisme payeur rend compte de cette activité à l'autorité de gestion de fonds, au ministre chargé de l'environnement et au ministre chargé de l'agriculture dans les conditions prévues à l'article D. 313-14 du code rural et de la pêche maritime, ainsi qu'au ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture.