La Commission nationale technique élabore un règlement intérieur définissant les modalités de son fonctionnement ; ce règlement intérieur prévoit notamment, en tant que de besoin, la création de groupes de travail spécialisés.
Le secrétariat de la commission est assuré par le bureau compétent de la direction générale de la performance économique et environnementale des entreprises au ministère chargé de l'agriculture.