Le Conseil national de l'alimentation dispose d'un secrétariat. Les secrétaires sont nommés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de la consommation. Ils sont placés sous l'autorité conjointe de ces trois ministres et s'appuient pour exercer leur mission sur les services compétents des trois ministères.