La hauteur des émissaires des rejets canalisés (différence entre l'altitude du débouché à l'air libre et l'altitude moyenne du sol à l'endroit considéré) exprimée en mètres est déterminée, d'une part, en fonction du niveau des émissions canalisées de COV à l'atmosphère, d'autre part, en fonction de l'existence d'obstacles susceptibles de gêner la dispersion des gaz.

Elle est fixée par l'arrêté d'autorisation d'exploiter ou un arrêté préfectoral complémentaire éventuellement au vu des résultats d'une étude des conditions de dispersion des gaz adaptée au site. Cette étude est obligatoire pour les rejets qui dépassent 150 kg/h de COV canalisés ou 20 kg/h dans le cas des COV visés à l'annexe III de l'arrêté ministériel du 2 février 1998 susvisé.

Pour les installations autorisées après le 16 novembre 2010, cette hauteur ne peut être inférieure à 10 mètres.