L'agence est administrée par un conseil d'administration qui comprend quinze membres : 
 1° Cinq représentants de l'Etat : 
a) Un représentant du ministre chargé du budget ; 
b) Un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale ; 
c) Un représentant du ministre chargé de l'emploi et de la formation professionnelle ; 
d) Un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ; 
e) Un représentant du ministre chargé des transports ; 
 2° Deux personnalités choisies en raison de leurs compétences, nommées par arrêté du ministre chargé de l'outre-mer ; 
 3° Un représentant élu issu de chacune des régions de Guadeloupe et de La Réunion, des collectivités de Guyane et de Martinique ainsi que du Département de Mayotte ; 
 4° Trois représentants élus du personnel. 
 Le directeur général participe aux séances avec voix consultative. 
 Le commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget, assiste aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. 
Le contrôleur budgétaire ou son représentant, l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président peuvent assister aux séances avec voix consultative. 
 Les préfets, délégués territoriaux de l'Agence, peuvent assister aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.