Le montant de chaque cautionnement est fixé préalablement à l'installation du comptable par arrêté du recteur d'académie. Il fait l'objet d'une révision triennale.
Pour les établissements nouvellement créés, le montant du cautionnement est déterminé, pour le premier exercice de fonctionnement, par référence à celui d'un établissement de même importance et révisé dès que les résultats de ce premier exercice sont connus.
Toute modification dans la composition d'un groupement entraîne une révision automatique du cautionnement.