Les modalités de fixation de la tarification des établissements et services mentionnés au I de l'article L. 312-1 sont déterminées par un décret en Conseil d'Etat qui prévoit notamment : 
1° Les conditions et modalités de la tarification de certains établissements ou services, sous forme de prix de journée, tarifs de prestations ou forfaits journaliers et les modalités de globalisation des financements sous forme de forfaits annuels ou de dotations globales ; 
2° Les conditions dans lesquelles les personnes accueillies temporairement peuvent être dispensées d'acquitter tout ou partie des frais afférents à leur prise en charge. 
L'accueil temporaire est défini par voie réglementaire. Dans un délai de six mois à compter de la promulgation de la loi n° 2009-879 du 21 juillet 2009 portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires, un décret adapte les dispositions du présent code aux modalités de fonctionnement et de tarification de l'accueil temporaire des personnes accueillies dans les établissements et services mentionnés au 6° du I de l'article L. 312-1. Une évaluation du fonctionnement de ces établissements et services fait l'objet d'un rapport remis au Parlement avant le 15 octobre 2012. 
Les dépenses de fonctionnement des appartements de coordination thérapeutique mentionnés au 9° du I de l'article L. 312-1 sont prises en charge par les régimes d'assurance maladie, sans préjudice d'une participation des collectivités locales. 
Les dépenses médico-sociales des centres de soins, d'accompagnement et de prévention en addictologie et des structures dénommées " lits halte soins santé " relevant des catégories d'établissements mentionnées au 9° du I de l'article L. 312-1 sont prises en charge par l'assurance maladie sans préjudice d'autres participations, notamment des collectivités locales, et sans qu'il soit fait application des dispositions du code de la sécurité sociale et du code rural et de la pêche maritime relatives à l'ouverture du droit aux prestations couvertes par les régimes de base, au remboursement de la part garantie par l'assurance maladie, à la participation de l'assuré aux tarifs servant de base aux remboursements, ainsi qu'au forfait mentionné à l'article L. 174-4 du code de la sécurité sociale. 
Dans les établissements et services mentionnés au 6° du I de l'article L. 312-1 qui ne disposent pas de pharmacie à usage intérieur qui ne sont pas membres d'un groupement de coopération sanitaire ou d'un groupement de coopération sociale et médico-sociale disposant d'une pharmacie à usage intérieur, les prestations de soins mentionnées au 1° de l'article L. 314-2 ne comprennent pas l'achat, la fourniture, la prise en charge et l'utilisation de médicaments inscrits sur la liste des spécialités pharmaceutiques remboursables mentionnées à l'article, L. 162-17 du code de la sécurité sociale, ni ceux des produits et prestations mentionnés à l'article L. 165-1 du même code, à l'exception de certains dispositifs médicaux dont la liste est fixée par arrêté. Ces dispositions s'appliquent à compter du 1er janvier 2008. Elles sont applicables aux conventions mentionnées au I de l'article L. 313-12 en cours à cette date. 
Un arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale fixe la liste des spécialités pharmaceutiques, bénéficiant d'une autorisation de mise sur le marché et dispensées aux assurés hébergés dans les établissements mentionnés au 6° du I de l'article L. 312-1 du présent code, qui peuvent être prises en charge par les régimes obligatoires d'assurance maladie en sus des prestations de soins mentionnées au 1° de l'article L. 314-2. Ces spécialités pharmaceutiques sont prises en charge dans les conditions de droit commun prévues par la section 4 du chapitre II du titre VI du livre Ier du code de la sécurité sociale. Les dépenses relatives à ces spécialités pharmaceutiques relèvent de l'objectif mentionné à l'article L. 314-3-1 du présent code.