Dans chaque institut, le directeur est assisté d'un conseil de discipline. Il est constitué au début de chaque année scolaire lors de la première réunion du conseil technique. Le conseil de discipline est présidé par le directeur général de l'agence régionale de santé ou son représentant. Il comprend : 
1° Le représentant de l'organisme gestionnaire siégeant au conseil technique ou son suppléant ; 
2° La puéricultrice, formatrice permanente siégeant au conseil technique ou son suppléant ; 
3° L'un des deux auxiliaires de puériculture, tiré au sort parmi les deux élus au conseil technique ou son suppléant ; 
4° Un représentant des élèves tiré au sort parmi les deux élus au conseil technique ou son suppléant.