La commission d'instruction instruit l'affaire par tous les moyens qu'elle juge propres à l'éclairer. Elle doit convoquer l'intéressé, qui peut se faire accompagner de son défenseur, afin d'entendre ses observations. Le président fixe un délai pour le dépôt du rapport d'instruction, qui ne doit comporter que l'exposé des faits ainsi que les observations présentées par l'autorité qui a engagé la poursuite et celles présentées par la personne déférée. Ce rapport est transmis au président dans un délai qu'il a préalablement fixé et qui ne peut être supérieur à deux mois. Toutefois, le président peut ordonner un supplément d'instruction s'il estime que l'affaire n'est pas en état d'être jugée. Le rapport et les pièces des dossiers sont tenus à la disposition de la personne déférée et de l'autorité qui a engagé les poursuites, de leur conseil et des membres de la formation appelée à juger dans le délai fixé au troisième alinéa de l'article R. 712-35. 
Lorsque la poursuite concerne un étudiant en médecine, en odontologie ou en pharmacie et que les faits incriminés ont lieu à l'occasion de la participation de l'intéressé à l'activité hospitalière dans les conditions déterminées par les articles R. 6153-1 à R. 6153-91-1 du code de la santé publique, la commission d'instruction invite le chef du pôle ou, à défaut, le responsable du service, de l'unité fonctionnelle ou de toute autre structure interne à faire connaître ses observations. Sont également invités à faire connaître leurs observations le directeur de l'établissement public de santé dans lequel l'intéressé est affecté et, le cas échéant, le directeur de l'établissement public de santé où les faits se sont produits ou, à défaut, le responsable de l'entité de stage. 
Dans le cas où la juridiction est saisie de nouveaux éléments, le président ordonne la réouverture de l'instruction qui se déroule selon les formes prescrites au premier alinéa du présent article.