L'Institut national de l'origine et de la qualité est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements nationaux à caractère administratif et par les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.