Le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile comprend :

- la sous-direction des compétences et des ressources humaines ;

- la sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion ;

- la sous-direction des affaires juridiques.

Par ailleurs, sont rattachés au secrétaire général de la direction générale de l'aviation civile en tant que services à compétence nationale :

-la direction du numérique de la direction générale de l'aviation civile ;

-le service national d'ingénierie aéroportuaire ;

-le service de gestion des taxes aéroportuaires.

L'Ecole nationale de l'aviation civile, établissement public, est placée sous la tutelle du secrétaire général de la direction générale de l'aviation civile.