Les centres de formation d'apprentis sont dotés d'un conseil de perfectionnement auquel s'appliquent les articles R. 6233-31 à R. 6233-51 du code du travail. 
Le conseil de perfectionnement élit son président parmi les membres représentants des organisations professionnelles d'employeurs et de salariés extérieurs au centre de formation d'apprentis. 
Les représentants des apprentis sont élus au scrutin uninominal à deux tours. 
Les représentants des personnels d'enseignement et d'encadrement sont élus au scrutin de liste à la représentation proportionnelle et à la plus forte moyenne. Lorsqu'une ou plusieurs unités de formation par apprentissage ont été créées dans le cadre d'une convention prévue à l'article L. 6232-8 du code du travail, les personnels d'enseignement et d'encadrement de ces unités participent à l'élection des représentants des personnels d'enseignement et d'encadrement du centre de formation d'apprentis au conseil de perfectionnement et y sont également éligibles 
Les attributions du conseil sont fixées par l'article R. 6233-40 du code du travail. 
Le conseil de perfectionnement est obligatoirement consulté sur l'organisation et le déroulement des formations du centre, compte tenu de l'ouverture et la fermeture des sections et du règlement intérieur. Il peut siéger en conseil de discipline. Il doit, dans ce cas, suivre à l'égard des apprentis la procédure prévue aux articles R. 811-39 à R. 811-43. 
Les représentants de la région au conseil d'administration sont tenus informés des réunions du conseil de perfectionnement.