L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité et sous le contrôle du conseil d'administration, de l'ensemble des opérations financières de l'organisme. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé dans les limites déterminées par un arrêté du ministre chargé du budget et des ministres intéressés. 
Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1, l'agent comptable établit les comptes de l'organisme. 
En cas d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées par le fondé de pouvoir.
 En cas de vacance de l'emploi d'agent comptable, le directeur général ou le directeur de l'organisme national compétent désigne la personne chargée d'effectuer l'intérim jusqu'à la nomination d'un agent comptable. L'installation de l'agent comptable intérimaire s'effectue dans les mêmes conditions que celle de l'agent comptable. La durée de ses fonctions est limitée à six mois. L'intérim peut être renouvelé deux fois. Chaque renouvellement est effectué selon les mêmes modalités et pour une durée maximale de six mois.
Les dispositions du présent article sont applicables à tous les organismes à l'exception de ceux ayant le caractère d'établissement public. Toutefois, celles de l'alinéa précédent ne sont pas applicables aux organismes de mutualité sociale agricole.