Le contrôleur financier suit la préparation et l'exécution du budget de l'établissement. Les projets de décrets, d'arrêtés ou de décisions interministérielles susceptibles d'entraîner une répercussion financière directe sur l'établissement lui sont communiqués ; il fait connaître, en tant que de besoin, son avis sur ces projets.
 Ses avis relatifs aux prises de participation et constitutions de filiales sont transmis par l'autorité de tutelle au ministre du budget en même temps que les projets auxquels ils se rapportent.