Pour l'accomplissement de ses missions, le centre, notamment :
   1. Crée et gère des unités de recherche, d'appui technique et de contrôle ;
   2. Organise des activités d'investigations et d'appui technique au profit des administrations intéressées avec lesquelles il peut passer des protocoles, en particulier pour l'exercice de certains contrôles ;
   3. Répond aux demandes urgentes d'investigations formulées par les ministres compétents lorsque la santé animale ou la santé publique sont mises inopinément en péril ;
   4. Coordonne ses travaux scientifiques avec ceux des organismes de recherche, en particulier l'Institut national de la recherche agronomique, avec lequel il élabore une programmation scientifique concertée ;
   5. Collabore, notamment dans le cadre de groupements d'intérêt public, de laboratoires associés ou de conventions, à des actions menées en commun avec d'autres organismes, des services de l'Etat ou des collectivités locales ;
   6. Participe à l'élaboration et à la mise en oeuvre d'accords de coopération internationale ;
   7. Assure dans le domaine de sa compétence les relations avec les laboratoires étrangers de même nature.