Outre le président nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'aviation civile parmi les membres ou anciens membres du Conseil d'Etat, le collège permanent est composé de cinq membres titulaires et d'un nombre égal de suppléants nommés par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile :
- quatre membres représentant l'Etat : un membre du Conseil général de l'environnement et du développement durable, un représentant du ministre chargé de l'aviation civile, un membre de la gendarmerie des transports aériens désigné sur proposition du ministre de l'intérieur et un représentant du ministre chargé de l'économie et des finances désigné sur proposition de celui-ci ;
- une personnalité qualifiée choisie en raison de ses compétences dans le domaine de l'aviation civile. 
Le vice-président, choisi parmi les membres du collège permanent, est nommé par décret sur le rapport du ministre chargé de l'aviation civile.