Pour chaque sinistre ayant fait l'objet d'une reconnaissance en tant que calamité agricole, les agents de la direction départementale des territoires ou de la direction départementale des territoires et de la mer contrôlent, avant le versement du premier acompte, 5 % des demandes présentées par télédéclaration afin de vérifier l'existence des pièces mentionnées aux b, c et d de l'article D. 361-25 ainsi que la conformité des dommages déclarés au regard de ces pièces. 
Si le demandeur ne peut présenter ces pièces dans un délai de vingt jours à compter de la date de réception du courrier du préfet les réclamant, sa demande est rejetée. 
Les conclusions des contrôles donnent lieu au calcul d'un taux d'écart égal à la différence entre le montant de l'indemnité calculée sur la base de la télédéclaration et le montant de l'indemnité calculée sur la base des éléments constatés et des pièces mentionnées au deuxième alinéa du présent article rapporté au montant de l'indemnité calculée sur la base des éléments constatés. 
En cas d'application des deux alinéas qui précédent, l'intéressé est mis à même de présenter ses observations dans les conditions prévues à l'article 24 de la loi n° 2000-321 du 12 avril 2000 relative aux droits des citoyens dans leurs relations avec l'administration. 
En cas de différence entre le montant de l'indemnité calculée sur la base des éléments télédéclarés et le montant de l'indemnité calculée sur la base des éléments constatés, le montant de l'indemnité versée est calculé conformément aux dispositions de l'article D. 361-42.