Les substituts généraux sont désignés parmi les magistrats des juridictions financières et parmi les rapporteurs extérieurs en fonction à la Cour ainsi que les magistrats de l'ordre judiciaire, sur proposition du procureur général. 
Un membre du corps des magistrats des chambres régionales des comptes et un magistrat de l'ordre judiciaire apportent en qualité de substituts généraux leur concours à l'accomplissement des missions du procureur général. 
Le magistrat de l'ordre judiciaire peut être détaché à la Cour des comptes selon les modalités définies à l'article L. 123-1.