La sous-direction de la coopération multilatérale et partenariale comprend :
 ― la division de l'Union européenne, des organisations internationales et des réseaux ;
 ― la division des projets et des financements multilatéraux et des partenariats ;
 ― la division de la gestion des crises extérieures.
 Elle anime et coordonne la coopération institutionnelle et multilatérale en relation avec les organisations internationales et européennes et en s'appuyant sur les experts des directions compétentes. Elle anime et coordonne les différents réseaux de coopération internationale mis en place par la direction de la coopération internationale.