La commission se réunit sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.
Le président désigne, parmi les membres de la commission, un ou plusieurs rapporteurs.
La commission ne peut délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents. Dans le cas contraire, une nouvelle séance peut se tenir sans obligation de quorum après un délai de quinze jours.
Les décisions sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
La commission établit son règlement intérieur, qui précise les modalités selon lesquelles, lorsqu'elle l'estime nécessaire, il est procédé à l'audition des représentants des associations, à l'occasion d'une demande d'agrément. Elle rédige un rapport annuel d'activité qui est transmis au ministre chargé de la santé et rendu public. Le secrétariat de la commission est assuré par la direction générale de la santé, qui procède en particulier à l'instruction des demandes d'agrément.