Le directeur général est nommé par décret, pour une durée de trois années renouvelables, sur le rapport du ministre chargé de l'agriculture. 
Le directeur général soumet au président les projets de délibérations du conseil d'administration. Il assure l'exécution de ces délibérations. Il assure la direction de l'établissement et le représente dans tous les actes de la vie civile, dans ses rapports avec les tiers et dans les relations internationales. Il représente l'établissement en justice. 
Il a autorité sur l'ensemble du personnel. 
Il recrute, nomme et gère les fonctionnaires membres du corps des adjoints techniques de l'établissement public Les Haras nationaux régi par le décret n° 2006-1761 du 23 décembre 2006 relatif aux dispositions statutaires communes applicables aux corps d'adjoints techniques des administrations de l'Etat ainsi que les personnels non titulaires de l'établissement. 
Il est ordonnateur principal des dépenses et recettes de l'établissement et peut désigner des ordonnateurs secondaires. 
Il peut déléguer sa signature à des agents de l'établissement dans des limites qu'il détermine.