La DCPJ est placée sous la direction d'un directeur nommé dans les conditions prévues par le décret n° 85-779 du 24 juillet 1985 modifié, qui exerce son autorité sur l'ensemble des services centraux et territoriaux de la direction centrale de la police judiciaire.
Le directeur central est assisté d'un directeur central adjoint, qui le seconde et, en cas d'absence, le supplée.
Chaque sous-directeur a autorité sur l'ensemble des personnels en service dans la sous-direction dont il a la charge et assiste le directeur central et le directeur central adjoint. Il anime et coordonne au niveau national l'activité des services dans les domaines relevant du champ de compétence de sa sous-direction.