Les instituts exercent une fonction de relais entre le monde de la recherche et la société civile ou les institutions publiques. Ils sont administrés par un conseil et dirigés par un directeur choisi parmi les directeurs d'études et maîtres de conférences de l'école, et les autres enseignants-chercheurs et personnels assimilés qui exercent dans l'établissement. Le directeur est nommé par le président de l'école, sur proposition du conseil de l'institut, après avis du conseil d'administration.
Le conseil d'administration se prononce sur leur création ou leur suppression, à la majorité des deux tiers, après avis ou sur proposition du conseil scientifique. Chaque institut est créé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur qui fixe ses missions et ses compétences, la composition de son conseil, les modalités de désignation des membres de ce conseil, la durée des mandats de ses responsables et ses modalités de fonctionnement.
Le président du conseil est désigné dans les conditions prévues par l'arrêté de création de l'institut.