Le centre est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185,204 à 208 et 220 à 228. 
Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics. 
Le Centre scientifique et technique du bâtiment est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 modifié relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.