L'Etat et l'Agence concluent tous les trois ans un contrat d'objectifs et de performance. Il précise notamment les conditions dans lesquelles sont mises en œuvre les orientations stratégiques et les objectifs opérationnels, ainsi que les moyens alloués et le calendrier d'exécution. Ce contrat définit également les indicateurs permettant d'assurer le suivi et l'évaluation des actions.