Un secrétaire général est chargé du fonctionnement et de la coordination des services sous l'autorité du président.
Le personnel des services de l'Autorité des marchés financiers est composé d'agents contractuels de droit public et de salariés de droit privé. Dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat, des agents publics peuvent être placés auprès de l'Autorité des marchés financiers dans une position prévue par le statut qui les régit. 
Les dispositions des articles L. 2111-1, L. 2141-4, L. 2311-1 et L. 2312-1 à L. 2312-5, L. 2321-1, L. 2322-1 à L. 2322-4, L. 4523-11 et L. 4523-12, L. 4523-14 à L. 4523-17 et L. 4524-1 du code du travail sont applicables au personnel des services de l'Autorité des marchés financiers. Toutefois, ces dispositions peuvent faire l'objet d'adaptations résultant de décrets en Conseil d'Etat. 
Le collège de l'Autorité des marchés financiers établit le cadre général des rémunérations du personnel des services de l'Autorité des marchés financiers. Le secrétaire général rend compte de la gestion des services au collège dans des conditions fixées par celui-ci.