Les règles de fonctionnement de la commission sont fixées de telle manière que chacun des cinq collèges mentionnés au I de l'article R. 125-8-2 y bénéficie du même poids dans la prise de décision. Elles précisent, le cas échéant, la manière dont sont pris en compte les votes exprimés par les personnalités qualifiées mentionnées au II de l'article R. 125-8-2. 
La commission comporte un bureau composé du président et d'un représentant par collège désigné par les membres de chacun des collèges. 
La commission se réunit au moins une fois par an ou sur demande d'au moins trois membres du bureau. L'ordre du jour des réunions est fixé par le bureau. L'inscription à l'ordre du jour d'une demande d'avis au titre de l'article R. 512-19 ou du premier alinéa de l'article D. 125-31 est de droit. 
Sauf cas d'urgence, la convocation et les documents de séance sont transmis quatorze jours avant la date à laquelle se réunit la commission. Ces documents sont communicables au public dans les conditions prévues au chapitre IV du titre II du livre Ier. 
La commission met régulièrement à la disposition du public, éventuellement par voie électronique, un bilan de ses actions et les thèmes de ses prochains débats. 
Les réunions de la commission sont ouvertes au public sur décision du bureau.