Le secrétariat général prépare et met en oeuvre les programmes d'action relatifs à la politique du personnel, au développement et à l'emploi des moyens. Il organise les procédures de programmation et de gestion de l'INSEE et gère l'ensemble des moyens. Il coordonne les relations avec les organisations syndicales. 
Le secrétariat général comprend le département de la programmation et de la gestion, le département des ressources humaines, le département des services généraux, le département de l'informatique, le département de l'organisation et des méthodes de la production. 
Le département de la programmation et de la gestion prévoit les ressources, notamment budgétaires, et leurs emplois, prépare les arbitrages de répartition, met en place les ressources et en suit l'emploi à court terme et de façon rétrospective et assure la comptabilité générale de l'INSEE ; il élabore le programme triennal de travail et en suit l'exécution ; il assure le suivi de la performance budgétaire et le contrôle de gestion ; il comprend le centre de prestations financières de l'INSEE, chargé d'assurer des activités financières pour le compte de l'ensemble des services centraux et en région de la direction générale.
Le département des ressources humaines propose et applique les orientations de la politique et de la gestion de personnel de l'INSEE, élabore et met en oeuvre les actions de mise en valeur des ressources humaines, de formation des personnels et d'information interne.
Le département des services généraux assure, d'une part, pour le compte de l'ensemble des services centraux et en région de l'INSEE, la gestion du parc immobilier, les achats centralisés de matériels, de mobiliers et de prestations de services, en liaison avec le service des achats de l'Etat, ainsi que le suivi des conditions de travail, et, d'autre part, pour les seuls services centraux, l'appui logistique et les activités de service social.
Le département de l'informatique élabore, propose et met en oeuvre la politique informatique de l'INSEE, en ce qui concerne les matériels, les réseaux et les logiciels ; il assure la gestion particulière des personnels affectés au traitement automatisé de l'information, la préparation et le suivi du plan de charge des centres nationaux informatiques.
Le département de l'organisation des méthodes de la production organise les travaux de production statistique, en particulier les grandes opérations, étudie les questions techniques posées par la collecte et l'élaboration des données, fait évoluer les postes de travail et plus généralement propose des améliorations des conditions de travail.