Toutefois, dans ce délai de deux mois, l'autorité administrative compétente de l'Etat notifie par lettre motivée à l'établissement public prévu à l'article L. 143-16 les modifications qu'il estime nécessaire d'apporter au schéma lorsque les dispositions de celui-ci : 
1° Ne sont pas compatibles avec les directives territoriales d'aménagement maintenues en vigueur après la date du 13 juillet 2010 ou avec les prescriptions particulières prévues à l'article L. 122-26 et, en l'absence de celles-ci, avec les dispositions particulières aux zones de montagne et au littoral mentionnées à l'article L. 131-1 ; 
2° Compromettent gravement les principes énoncés à l'article L. 101-2, sont contraires à un projet d'intérêt général, autorisent une consommation excessive de l'espace, notamment en ne prévoyant pas la densification des secteurs desservis par les transports ou les équipements collectifs, ou ne prennent pas suffisamment en compte les enjeux relatifs à la préservation ou à la remise en bon état des continuités écologiques. 
Dans ce cas, le schéma ne devient exécutoire qu'après l'intervention, la publication et la transmission à l'autorité administrative compétente de l'Etat des modifications demandées.