Le Comité est soumis au contrôle budgétaire prévu par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 portant adaptation de divers textes aux nouvelles règles de la gestion budgétaire et comptable publique. À l'égard de celles des décisions du Comité qui ont une incidence financière, le contrôleur budgétaire dispose d'un droit de veto qu'il exerce dans les délais prévus à l'article R. 3441-32. 
Ce veto cesse d'avoir effet s'il n'est pas confirmé par le ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de sa notification au comité.