L'arrêt temporaire ne donne lieu qu'à un seul paiement versé après dépôt par le demandeur d'une demande de liquidation et de son traitement par les services compétents.
La liste des pièces justificatives à déposer pour obtenir la liquidation de l'arrêt temporaire figure à l'annexe 5 de cet arrêté. Le nombre de jours d'arrêt effectivement réalisé doit être mentionné et ne peut être inférieur à quinze sous peine de rendre inéligible la demande de paiement.
Dans le cas où un contrôle aurait identifié un navire en activité de pêche alors même que celui-ci était inscrit comme en arrêt à la date du contrôle mené, les services de contrôle en informent le service instructeur. Le résultat du contrôle est alors versé au dossier du demandeur et rend sa demande de paiement automatiquement inéligible, indépendamment des autres poursuites possibles.
L'aide à l'arrêt temporaire n'est pas cumulable avec le fonds de solidarité mis en place par l'Etat dans le cadre de la crise sanitaire due au covid-19 dès lors qu'il s'agit de la même période à indemniser. Cependant toute demande auprès du fonds de solidarité déposée avant la publication de l'arrêté ne rend pas inéligible son demandeur à un arrêt temporaire. Le montant perçu au titre du fonds de solidarité est déduit de l'indemnisation versée au titre de l'arrêt temporaire dès lors qu'il s'agit de la même période.