Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut n'être pas membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président, contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission.