Le conseil scientifique examine l'ensemble des activités scientifiques menées par l'institut dans ses divers domaines d'intervention, y compris celles qui sont développées contractuellement avec des organismes publics ou privés.
 Il se prononce notamment :
 ― sur l'intérêt stratégique des programmes de recherche à venir, ainsi que sur l'adéquation des moyens techniques et en personnel qui leur sont affectés ;
 ― sur l'évaluation des programmes de recherche en cours ou achevés, ainsi que sur les résultats obtenus ;
 ― sur la création éventuelle d'unités mixtes de recherche ;
 ― sur la nomination des membres des commissions spécialisées à l'article 1er ;
 ― et, le cas échéant, sur les questions d'éthique ou de déontologie scientifique que lui soumet le directeur général de l'institut.
 Le conseil scientifique adresse un rapport annuel au conseil d'administration.