Le ministre chargé des ports maritimes, en même temps qu'il soumet à l'avis des ministres mentionnés à l'article R. 5313-1 le projet de décret portant création du port autonome, engage la procédure d'instruction préalable à la détermination de la circonscription du port. 
Le préfet du département du port principal établit, sur proposition du directeur du port autonome existant ou du directeur du port intéressé, le dossier à soumettre à l'instruction. 
Ce dossier comporte une notice indiquant : 
1° Les limites de circonscription du futur port autonome ; 
2° S'il y a lieu, la date à laquelle le régime de l'autonomie défini par le présent chapitre sera substitué au régime d'autonomie précédemment en vigueur ; 
3° Si la circonscription du port autonome à créer englobe un ou plusieurs ports, la liste des conseils portuaires qui doivent être consultés ; 
4° La liste des collectivités publiques, des services et établissements publics intéressés à consulter. Les collectivités publiques intéressées sont les régions, les départements, les communes et les établissements de coopération intercommunale compétents en matière d'aménagement de l'espace sur le territoire desquels s'étend la circonscription du port autonome ; 
5° Un plan indiquant le périmètre de l'établissement autonome tant du côté de la mer que du côté des terres.