L'agent comptable de la caisse nationale est nommé par le conseil d'administration de la caisse nationale et agréé par le ministre chargé de la sécurité sociale et le ministre chargé du budget. 
L'agent comptable national est chargé des opérations comptables et financières de la caisse nationale et en assume la responsabilité sous le contrôle du conseil d'administration. 
Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1, les comptes annuels et les comptes combinés du régime sont établis par l'agent comptable national et arrêtés par le directeur général. Les comptes annuels et les comptes combinés sont ensuite présentés par le directeur général et l'agent comptable national au conseil d'administration. 
Toute décision de caractère individuel prise en matière de gestion du personnel est communiquée à l'agent comptable qui porte mention de la disponibilité des crédits correspondants et de sa conformité aux autorisations budgétaires. 
En cas d'absence momentanée ou d'empêchement de l'agent comptable, ses fonctions sont exercées conformément aux dispositions de l'article R. 122-4 ou par un agent comptable secondaire qu'il a préalablement désigné à cet effet.