Le conseil d'administration définit les principes généraux relatifs aux offres d'indemnisation incombant à l'office. En ce qui concerne les dommages mentionnés aux articles L. 1142-24-1, L. 1142-24-9, L. 1221-14, L. 3111-9, L. 3122-1 et L. 3131-4, il le fait sur la base des propositions du conseil mentionné aux articles L. 1142-24-3, L. 1142-24-13, L. 3111-9 et L. 3122-1. 
Il délibère en outre sur les matières suivantes : 
1° L'organisation générale de l'office et son règlement intérieur ; 
2° Le budget et ses modifications, ainsi que le compte financier ; 
3° Les emprunts et les encours maximaux de crédit de trésorerie ; 
4° Les contrats d'objectifs et de moyens passés avec l'Etat ; 
5° L'acceptation et le refus des dons et legs ; 
6° Les acquisitions, les aliénations et les échanges d'immeubles ; 
7° Les contrats ainsi que les marchés publics et conventions d'un montant supérieur à un seuil qu'il détermine ; 
8° Les actions en justice et les transactions, à l'exception de celles résultant de l'application des articles L. 1142-3, 
L. 1142-14, L. 1142-15, L. 1142-17, L. 1142-20, L. 1142-21, L. 1142-24-6, L. 1142-24-7, L. 1142-24-16, L. 1142-24-17, L. 1221-14, L. 3111-9, L. 3122-3, L. 3122-4 et L. 3131-4 ; 
9° La convention avec la caisse primaire d'assurance maladie mentionnée à l'article R. 1142-53 ; 
10° Les conditions générales d'emploi et de recrutement du personnel ; 
11° La désignation des représentants de l'office dans les commissions mentionnées à l'article L. 1142-5 ; 
12° Les questions relatives aux offres d'indemnisation et aux transactions auxquelles elles peuvent donner lieu, susceptibles d'avoir soit une portée exceptionnelle selon l'appréciation du directeur, et à son initiative, soit une incidence financière supérieure à un seuil fixé par le conseil lui-même ; 
13° Les rapports semestriels relatifs à son fonctionnement et à son activité qu'il transmet au ministre chargé de la santé en vue de la préparation de la loi de financement de la sécurité sociale. 
Les décisions du conseil d'administration sont exécutoires trente jours après leur réception par le ministre chargé de la santé et par le ministre chargé du budget, à moins que l'un d'entre eux n'y fasse opposition pendant ce délai. Lorsque l'un de ces deux ministres demande par écrit des informations ou des documents complémentaires, le délai est prorogé jusqu'à la production de ces informations ou documents. 
Toutefois, les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.