Les ressources du fonds sont constituées par : 
 1° Une dotation des régimes obligatoires de base d'assurance maladie dont le montant est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé, du budget, de la sécurité sociale, des personnes âgées et des personnes handicapées en fonction de l'objectif national de dépenses d'assurance maladie ; 
 2° Une dotation de l'Etat ; 
 3° Le cas échéant, une dotation de la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie ; 
 4° Le cas échéant, toute autre dotation ou subvention prévue par des dispositions législatives ou réglementaires. 
 Au sein des ressources du fonds, sont identifiés : 
 a) Les crédits destinés au financement des actions tendant à la promotion de la santé, à l'éducation à la santé, à la prévention des maladies et à la sécurité sanitaire, qui ne peuvent être affectés au financement d'activités de soins ou de prises en charge et d'accompagnements médico-sociaux ; 
 b) Les crédits destinés au financement de la prévention des handicaps et de la perte d'autonomie ainsi qu'au financement des prises en charge et accompagnements des personnes handicapées ou âgées dépendantes, qui ne peuvent être affectés au financement d'activités de soins.