Le conseil d'administration, dont l'effectif ne peut dépasser quarante membres, comprend de 30 à 60 % de personnalités extérieures et des représentants élus des personnels et des étudiants. Les enseignants et assimilés doivent être en nombre au moins égal à l'ensemble des autres personnels et des étudiants. 
Le conseil élit pour un mandat de trois ans, au sein des personnalités extérieures, celui de ses membres qui est appelé à le présider. Le mandat du président est renouvelable. 
Le conseil d'administration détermine la politique générale de l'établissement, se prononce, sous réserve de la réglementation nationale, sur l'organisation générale des études, ainsi que sur les programmes de recherche, d'information scientifique et technique et de coopération internationale. Il propose les mesures propres à favoriser la vie de la communauté. Il vote le budget et approuve les comptes, il fixe la répartition des emplois qui sont alloués par les ministres compétents. Il autorise le directeur à engager toute action en justice. Il approuve les accords et conventions signés par le directeur et, sous réserve des conditions particulières fixées par décret, les emprunts, prises de participation, créations de filiales, acceptations de dons et legs, acquisitions immobilières. Lorsqu'un conseil académique compétent en matière disciplinaire n'a pas été créé, les compétences prévues aux articles L. 712-6-2, L. 811-5, L. 811-6 et L. 952-7 à L. 952-9 sont exercées par le conseil d'administration. 
Le conseil d'administration peut déléguer certaines de ses attributions au directeur, à l'exception de l'approbation du contrat d'établissement et des comptes ainsi que du vote du budget et du règlement intérieur. Celui-ci rend compte, dans les meilleurs délais, au conseil d'administration des décisions prises en vertu de cette délégation. 
La composition du conseil scientifique est celle fixée par l'article L. 712-5 pour la commission de la recherche et la composition du conseil des études et de la vie universitaire est celle fixée par l'article L. 712-6 pour la commission de la formation et de la vie universitaire. Lorsqu'un conseil académique n'a pas été créé, le conseil scientifique et le conseil des études et de la vie universitaire exercent les fonctions consultatives confiées au conseil académique par l'article L. 712-6-1 et le conseil d'administration exerce les fonctions décisionnelles prévues à ce même article.