L'Institut des hautes études de l'éducation et de la formation comprend :
- le département des cycles métiers chargé de la conception et de la mise en œuvre des formations métier des personnels d'encadrement des ministères chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur et de la recherche ;
- le département de l'expertise et des partenariats chargé de développer l'expertise de l'Institut en lien avec ses partenaires et de mettre à profit cette expertise dans la formation continue des personnels d'encadrement ainsi que dans les formations métier ;
- un secrétariat général comprenant le bureau des affaires financières, le bureau de la maintenance et de la sécurité et la cellule informatique.
Une mission d'appui, chargée notamment du suivi des questions de ressources humaines, de la communication et de l'activité internationale de l'Institut, est placée auprès de l'adjoint au directeur.