Le ministre chargé de l'agriculture instruit la demande et procède à l'évaluation de la contribution. 
Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget, pris après avis du Comité national de gestion des risques en agriculture, statue sur l'éligibilité de la demande et détermine les modalités de la contribution accordée, notamment les dépenses retenues ainsi que le montant maximum de cette contribution. 
Ce montant maximum est calculé sur la base des dépenses prévisionnelles présentées par le fonds de mutualisation. 
Le fonds de mutualisation adresse chaque année, pendant les trois premières années suivant son agrément, au ministre chargé de l'agriculture une demande de paiement partiel de la contribution correspondant aux coûts administratifs retenus par l'arrêté mentionné au deuxième alinéa et réellement engagés. 
Le contrôle prévu à l'article 29 du règlement (CE) n° 1122/2009 de la Commission du 30 novembre 2009 fixant les modalités d'application du règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil en ce qui concerne la conditionnalité, la modulation et le système intégré de gestion et de contrôle dans le cadre des régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs prévus par ce règlement est effectué par l'établissement mentionné à l'article L. 313-1. 
Il permet d'établir la présence et la conformité des pièces justificatives prouvant l'admissibilité de la demande de contribution. Tout document complémentaire permettant d'établir le respect des conditions d'attribution de la contribution peut être demandé au fonds de mutualisation. 
L'absence de tout ou partie des pièces justificatives prouvant l'admissibilité de la contribution ou la non-conformité de ces pièces peut entraîner l'inéligibilité partielle ou totale à la contribution. 
A l'issue du contrôle, l'établissement mentionné à l'article L. 313-1 procède au versement au fonds de mutualisation de la contribution sur la base de l'arrêté prévu au deuxième alinéa.