La direction des services de transport comprend :
― la sous-direction des transports ferroviaires et collectifs et des déplacements urbains ;
― la sous-direction de la sécurité et de la régulation ferroviaires ;
― la sous-direction des ports et du transport fluvial ;
― la sous-direction des transports routiers ;
― la sous-direction du droit social des transports terrestres ;
― le secrétariat général au tunnel sous la Manche.
La direction des services de transport s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire et du service technique des remontées mécaniques et des transports guidés.