L'Etablissement public de sécurité ferroviaire est administré par un conseil d'administration composé pour une moitié de représentants de l'Etat et pour l'autre moitié d'un député et d'un sénateur, désignés respectivement par le président de l'Assemblée nationale et le président du Sénat, de personnes qualifiées en raison de leur compétence dans les domaines entrant dans les missions de l'établissement public ainsi que de représentants du personnel. Le conseil d'administration élit son président parmi ses membres.
L'établissement public est dirigé par un directeur général, nommé par décret. 
Les autorisations mentionnées à l'article L. 2221-1 sont délivrées par le directeur général.