Il est mis fin à l'habilitation lorsque son titulaire n'exerce plus les fonctions à raison desquelles il a été habilité. 
Il est également mis fin à l'habilitation lorsque les conditions définies aux articles R. 331-16 et R. 331-17 cessent d'être remplies. La personne intéressée est préalablement informée des motifs et de la nature de la mesure envisagée et mise à même de présenter des observations. En cas d'urgence, le président de la Haute Autorité peut suspendre l'habilitation pour une durée maximale de six mois.