Le directeur de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger dirige l'établissement public national dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration. Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration. Il assure le fonctionnement des services de l'agence. Il recrute, affecte et gère l'ensemble des personnels de l'agence sur lesquels il a autorité. 
Il représente l'agence en justice et dans les actes de la vie civile. 
Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes de l'agence. 
Dans le cadre du budget de l'agence approuvé par le conseil d'administration, il notifie les budgets des établissements en gestion directe ou des groupements de gestion d'établissements. 
Il arrête le montant des frais de scolarité, des frais d'examen et des autres tarifs conformément aux principes fixés par le conseil d'administration. 
Il procède à l'attribution des bourses scolaires dans les conditions prévues par le décret n° 91-833 du 30 août 1991 relatif aux bourses scolaires au bénéfice d'enfants français résidant avec leur famille à l'étranger. 
Il conclut les contrats et conventions sous réserve des dispositions de l'article D. 452-8. 

Le directeur de l'agence définit les attributions des chefs d'établissement. Il peut déléguer aux chefs des établissements en gestion directe ou à ceux des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article D. 452-1 tout ou partie de ses pouvoirs dans les domaines du recrutement et de la gestion des personnels, du fonctionnement des services, de la représentation de l'agence en justice et de la conclusion de conventions. 
Il peut déléguer sa signature.