La durée du troisième cycle des études de médecine est comprise entre trois et six ans. Elle est fixée, pour chaque spécialité, par les maquettes de formation définies par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense. 
Le troisième cycle est organisé en trois phases à l'exception des spécialités dont la durée est de trois ans et qui comprennent deux phases, les phases 1 et 2. Chaque phase comprend une formation en stage et une formation hors stage. 
La phase 1 dite phase socle correspond à l'acquisition des connaissances de base de la spécialité et des compétences transversales nécessaires à l'exercice de la profession. 
La phase 2 dite phase d'approfondissement correspond à l'acquisition approfondie des connaissances et des compétences nécessaires à l'exercice de la spécialité suivie. 
La phase 3 dite phase de consolidation correspond à la consolidation de l'ensemble des connaissances et des compétences professionnelles nécessaires à l'exercice de la spécialité. 
Les durées des phases de formation sont définies par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense. 
L'ensemble des connaissances et des compétences acquises, nécessaires à l'exercice de la spécialité suivie est mentionné dans le cadre du contrat de formation défini à l'article R. 632-26.