A la fin de chaque exercice, l'agent comptable en fonctions prépare le compte financier de l'établissement pour l'exercice écoulé. 
Le compte financier comprend : 
1° La balance définitive des comptes ; 
2° Le développement, par chapitre, des dépenses et des recettes budgétaires ; 
3° Le tableau récapitulatif de l'exécution du budget ; 
4° Les documents de synthèse comptable ; 
5° La balance des comptes des valeurs inactives. 
Le compte financier est visé par l'ordonnateur, qui certifie que le montant des ordres de dépenses et des ordres de recettes est conforme à ses écritures. 
Avant l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice, le conseil d'administration arrête le compte financier après avoir entendu l'agent comptable ou son représentant et affecte le résultat. 
Le compte financier accompagné éventuellement des observations du conseil d'administration et de celles de l'agent comptable est transmis à la collectivité territoriale de rattachement et à l'autorité académique dans les trente jours suivant son adoption. 
Avant l'expiration du sixième mois suivant la clôture de l'exercice, l'agent comptable adresse le compte financier et les pièces annexes nécessaires au directeur départemental des finances publiques. Sauf si le compte financier de l'établissement relève du 4° de l'article L. 211-2 du code des juridictions financières, il est transmis à      la chambre régionale des comptes territorialement compétente au plus tard le 31 décembre qui suit la clôture de l'exercice auquel il se rapporte.