Le président fixe l'ordre du jour. 
Il ne peut refuser d'inscrire à l'ordre du jour les questions sur lesquelles la conférence de territoire est chargée de faire des propositions en application de l'article L. 1434-17, ni celles demandées par la moitié au moins de ses membres ou par le directeur général de l'agence régionale de santé. 
Il peut, en fonction de l'ordre du jour, inviter le représentant de l'Etat compétent dans les départements du ressort de la conférence à participer, sans prendre part au vote, aux séances de la conférence de territoire.