Les décisions concernant les demandes d'aides relevant des programmes de développement rural sont prises par l'autorité de gestion mentionnée au I de l'article 78 de la loi n° 2014-58 du 27 janvier 2014 relative à la modernisation de l'action publique territoriale et d'affirmation des métropoles, conjointement avec le préfet et, le cas échéant, les autres financeurs, ou par le préfet lorsque les décisions concernent les demandes d'aides ne relevant pas des programmes de développement rural régionaux dont l'Etat est unique financeur. 
Préalablement à son installation, le candidat adresse sa demande au service chargé de l'instruction des dossiers dans le ressort duquel est situé le siège social de l'exploitation. Lorsque cette demande concerne des prêts à moyen terme spéciaux, elle est également adressée à l'établissement de crédit ou à la société de financement sollicité pour consentir des prêts. 
Dans le cas où des modifications substantielles concernant notamment les productions ou le programme d'investissements apparaissent nécessaires, un avenant au plan d'entreprise initial est établi.