Le préfet, conjointement avec le commandant de la zone terre pour ce qui concerne les terrains relevant du ministère de la défense, et l'autorité compétente de la région ou, en Corse, de la   collectivité de Corse signataires du contrat s'assurent du respect des engagements souscrits dans le cadre des contrats Natura 2000. 
A cet effet, des contrôles sur pièces sont menés par les services déconcentrés de l'Etat, par les services de la région ou, en Corse, de la   collectivité de Corse ou l'Agence de services et de paiement. Ceux-ci peuvent, après en avoir avisé au préalable le titulaire du contrat, vérifier sur place le respect des engagements souscrits.