Un comité de suivi des autorisations de mise sur le marché, composé dans des conditions fixées par décret, est constitué au sein de l'agence. 
Le directeur général de l'agence peut, avant toute décision, consulter le comité de suivi des autorisations de mise sur le marché sur les conditions de mise en œuvre des autorisations de mise sur le marché des produits phytopharmaceutiques et adjuvants mentionnés à l'article L. 253-1 du code rural et de la pêche maritime, et des matières fertilisantes et supports de culture en application du neuvième alinéa de l'article L. 1313-1 du présent code. 
Les procès-verbaux des réunions du comité de suivi des autorisations de mise sur le marché sont rendus publics.