Avant l'expiration du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice, le compte financier est transmis, sous couvert du chef du service de l'enseignement, au commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne. 
Il est adressé par l'agent comptable avant l'expiration du sixième mois suivant la clôture de l'exercice au  comptable de la direction générale des finances publiques auprès de l'ambassade de France en Allemagne, afin d'être soumis au contrôle juridictionnel de la Cour des comptes. 
Le  comptable de la direction générale des finances publiques auprès de l'ambassade de France en Allemagne est compétent pour arrêter les comptes de chaque établissement dès lors que le montant des recettes ordinaires de l'exercice, y compris les subventions, est inférieur à 3 millions d'euros. Dans le cas contraire, il met le compte des établissements en état d'examen et les transmet, pour jugement, à la Cour des comptes.