Le gestionnaire du système d'information sur l'élevage peut sous-traiter la réalisation de certaines tâches. Cette sous-traitance ne modifie en rien les engagements du gestionnaire vis-à-vis du ministère en charge de l'agriculture, ni sa responsabilité quant à la conformité des résultats produits.
 Il impose à ses sous-traitants dans le cadre d'une convention les contraintes et les obligations que le ministère en charge de l'agriculture a mis à sa charge, en particulier s'agissant des clauses de confidentialité et de sécurité des données.
 Il informe le ministère en charge de l'agriculture en cas de sous-traitance et un double de la convention lui est transmis.