L'agent comptable tient la comptabilité générale dans les conditions définies par le plan comptable applicable à l'établissement,             par instruction interministérielle prise après avis de l'autorité des normes comptables compétente . 
Lorsque l'agent comptable ne peut tenir lui-même la comptabilité matière, il en exerce le contrôle. Les instructions données à ce sujet au préposé doivent avoir recueilli l'accord de l'agent comptable qui demande qu'il soit procédé à l'inventaire annuel des stocks. 
En cas de perte, destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le chef d'établissement pourvoit à leur remplacement en établissant un certificat visé par le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques territorialement compétent.