Dans la limite des crédits ouverts à cet effet au budget du ministère de la justice, il est attribué aux magistrats honoraires exerçant des fonctions juridictionnelles pour l'accomplissement des fonctions judiciaires qui leur sont dévolues, une indemnité de vacation forfaitaire dont le taux unitaire est égal à 35/10 000 du traitement brut d'un magistrat du 5e échelon du premier grade. Le nombre de vacations allouées à chaque magistrat ne peut excéder trois cents par an. Les modalités d'attribution de cette indemnité sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du garde des sceaux, ministre de la justice. 
Les magistrats honoraires exerçant des fonctions juridictionnelles perçoivent pour toute journée de formation continue, dans la limite de trois journées par an, ainsi que pour leur formation préalable une indemnité de vacation correspondant à la moitié du taux unitaire défini au premier alinéa ; cette indemnité s'impute sur leurs vacations annuelles. 
Ils sont indemnisés de leurs frais de déplacement temporaire dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006.