Cette commission est placée sous l'autorité des ministres chargés respectivement du budget et de l'agriculture. Elle est ainsi composée :
   - un inspecteur général des finances désigné pour une durée de trois ans par le ministre chargé de l'économie et des finances ;
   - un inspecteur général de l'agriculture désigné pour une durée de trois ans par le ministre chargé de l'agriculture ;
   - le secrétaire général des affaires européenne (SGAE) ou son représentant ;
   - le directeur général des douanes et droits indirects ou son représentant ;
   - le directeur général de la consommation, de la concurrence et de la répression des fraudes ou son représentant ;
   - le directeur du budget ou son représentant ;
   - le directeur général du Trésor et de la politique économique ou son représentant ;
   - le directeur général des politiques économique, européenne et internationale du ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
   - le directeur général de l'alimentation du ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
   - le secrétaire général du ministère de l'agriculture ou son représentant ;
   - le directeur des affaires financières et de la logistique du ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
   - le chef de la mission de contrôle général économique et financier auprès des organismes d'intervention de l'agriculture et de la pêche ou son représentant.
   Le directeur de la comptabilité publique, le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture, le directeur des affaires économiques, sociales et culturelles au ministère chargé de l'outre-mer ou leurs représentants participent aux travaux de la commission lorsque celle-ci traite des affaires relevant de leurs compétences respectives.
   Peuvent participer à ses travaux un magistrat de la Cour des comptes ainsi que le directeur des affaires criminelles et des grâces au ministère de la justice ou son représentant. Ce dernier assiste notamment la commission pour l'appréciation des éléments d'intentionnalité des manquements.
   La commission peut associer à titre consultatif à ses travaux tout autre fonctionnaire et les directeurs des organismes d'intervention agricole et organismes payeurs ou leurs représentants.