Le secrétaire général dirige et coordonne la mise en œuvre des décisions du ministre de l'intérieur en matière de modernisation du ministère et d'action territoriale, et propose au ministre, en concertation avec l'ensemble des services du ministère, toutes mesures qu'il estime nécessaires.
 Il assure la gestion des moyens communs de l'administration centrale et territoriale et coordonne, en tant que de besoin, la gestion et l'utilisation des moyens relevant des autres directions générales et directions du ministère.
 Il est responsable des programmes de la mission « administration générale et territoriale de l'Etat ».
 Il est secondé par deux secrétaires généraux adjoints, le directeur de la modernisation et de l'action territoriale et le directeur des systèmes d'information et de communication, chef de la mission de gouvernance ministérielle des systèmes d'information et de communication.
 Le secrétaire général dispose d'un cabinet.
 Outre son rôle général de coordination et d'organisation, le cabinet du secrétaire général suit en propre les affaires réservées. Il comprend les services suivants :
 ― le bureau du cabinet ;
 ― le haut fonctionnaire adjoint pour l'égalité des droits ;
 ― la direction de projet en charge de la promotion de l'égalité des chances ;
 ― les hauts fonctionnaires chargés d'une mission temporaire ou affectés auprès du secrétaire général.
 Lui sont rattachés :
 ― la délégation interministérielle à la sécurité privée ;
 ― la délégation interministérielle à la lutte contre le racisme et l'antisémitisme ;
 ― le centre des hautes études du ministère de l'intérieur.
 Au titre de ses fonctions de haut fonctionnaire de défense, le secrétaire général est assisté d'un haut fonctionnaire de défense adjoint, chef du service du haut fonctionnaire de défense.
 Il est, pour le ministère de l'intérieur, l'interlocuteur du secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale et des fonctionnaires de défense et de sécurité.