La gestion des filiales mentionnées à l'article L. 2142-5 est autonome au plan financier dans le cadre des objectifs du groupe. 
Elles ne peuvent notamment pas bénéficier de subventions attribuées par l'Etat, le Syndicat des transports d'Ile-de-France et les autres collectivités publiques au titre du fonctionnement et de l'investissement des transports dans la région Ile-de-France. 
Les emprunts émis par la régie ou ses filiales pour couvrir des dépenses d'investissements peuvent bénéficier de la garantie des collectivités territoriales. Les délibérations accordant la garantie sont exécutoires de plein droit.