Des modalités particulières de gestion du service de santé au travail peuvent être établies par accord de groupe, d'entreprise ou à défaut par accord entre l'employeur et le comité d'entreprise. 
Dans le cas d'un service de santé au travail de groupe, l'accord prévoit les conditions dans lesquelles s'exercent la surveillance et la consultation prévues à l'article D. 4622-6.