Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement, et à ce titre, notamment : 
 1° Il détermine l'organisation et les règles de fonctionnement de l'Agence ainsi que les missions dévolues aux préfets outre-mer lorsqu'ils ont la qualité de délégué territorial, sous réserve de l'article R. 1803-29 ; 
 2° Il approuve le contrat d'objectifs et de performance triennal avec l'Etat ; 
 3° Il détermine les programmes généraux d'activité et d'investissement ainsi que les actions pouvant bénéficier des programmes européens ; 
 4° Il arrête le budget initial et les budgets rectificatifs ; 
 5° Il détermine les conditions générales d'emploi et de rémunération ; 
 6° Il arrête le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ; 
 7° Il autorise la conclusion d'emprunts ; 
 8° Il approuve le rapport annuel d'activité ; 
 9° Il autorise les conventions passées avec des collectivités territoriales, avec des groupements de collectivités territoriales, avec des établissements publics et avec des entreprises publiques ou privées ; 
 10° Il autorise l'octroi d'avances à des organismes ou sociétés contribuant à l'exécution des missions de l'établissement ; 
 11° Il autorise l'achat, l'échange et la vente d'immeubles, la constitution de nantissements et d'hypothèques et les projets de baux et de locations d'immeubles ; 
 12° Il autorise les conventions de mise à disposition avec le service chargé des domaines ; 
 13° Il détermine les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés conclus par l'agence ; 
 14° Il accepte ou refuse les dons et legs ; 
 15° Il autorise les actions en justice, ainsi que la négociation et la conclusion de transactions ; 
 16° Il adopte le règlement intérieur de l'établissement. 
 Le conseil peut s'entourer de comités spécialisés. 
 Pour l'exercice des missions prévues aux 14° et 15° ci-dessus, le conseil d'administration peut, par délibération, déléguer ses attributions au directeur général pour certaines catégories d'opérations, en raison de leur nature ou du montant financier engagé. Le directeur général rend compte des décisions prises au conseil d'administration suivant. 
 Le conseil d'administration est informé des travaux des comités consultatifs mentionnés à l'article R. 1803-29.