La formation spécialisée dite " de la nature " exerce les compétences dévolues à la commission au titre du I de l'article R. 341-16. 
Les membres du quatrième collège sont des personnes ayant compétence en matière de protection de la flore et de la faune sauvage ainsi que des milieux naturels. 
Lorsque la formation spécialisée se réunit en instance de concertation pour la gestion du réseau Natura 2000, le préfet peut inviter des représentants d'organismes consulaires et des activités présentes sur les sites Natura 2000, notamment agricoles, forestières, extractives, touristiques ou sportives, à y participer, sans voix délibérative.
Lorsque la formation spécialisée est chargée d'émettre un avis sur un acte réglementaire relatif à la protection de sites d'intérêt géologique, le préfet peut inviter des personnes et des représentants des organismes consulaires et des activités concernés à y participer, sans voix délibérative.