Le ministre chargé de l'agriculture ou son représentant préside la Commission nationale des enseignants-chercheurs en formation plénière, la commission restreinte aux membres des bureaux des sections et la commission permanente de la Commission nationale des enseignants-chercheurs. 
Les réunions de section sont présidées par le président ou, en cas d'empêchement, par l'un des vice-présidents, dans le respect des dispositions du deuxième alinéa de l'article 20 du décret n° 92-172 du 21 février 1992 susvisé.