Sous réserve des dispositions de l'article R. 114-6-1, les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Toutefois, le compte financier est établi par l'agent comptable, arrêté par le directeur et approuvé lors de la même séance du conseil d'administration que celle qui approuve les comptes annuels et les comptes combinés.