Sans préjudice des pouvoirs de contrôle prévus par le décret n° 2011-1597 du 21 novembre 2011 susvisé, le délégataire visé à l'article 5 du présent décret peut vérifier par sondage l'exactitude des éléments figurant dans les dossiers de demande de garanties d'origine qu'il a reçus. Cette vérification ne peut porter que sur des garanties d'origine délivrées depuis moins de trois ans. Les agents chargés des contrôles sont habilités par le préfet au vu de leurs connaissances techniques et juridiques sur proposition du délégataire. L'habilitation est délivrée pour une durée de cinq ans. Elle peut être retirée lorsque les conditions au vu desquelles l'habilitation a été délivrée cessent d'être remplies. 
Les contrôleurs peuvent recueillir auprès des demandeurs de garantie d'origine les éléments permettant de vérifier l'exactitude des informations mentionnées à l'article 3 du présent décret. Ils ont accès, entre 8 heures et 20 heures, aux installations de production de biométhane pour lesquelles une garantie d'origine a été demandée ou obtenue, à l'exception de tous locaux servant de domicile. Ils sont tenus de préserver la confidentialité des informations dont ils ont connaissance à l'occasion de leurs contrôles. 
Tout contrôle fait l'objet d'un procès-verbal mentionnant la date, le lieu et la nature des constatations effectuées. 
Le procès-verbal est notifié dans les quinze jours qui suivent sa clôture au demandeur de l'attestation de garantie d'origine, ainsi qu'au préfet de la région où est située l'installation, par lettre recommandée avec accusé de réception ou par tout autre moyen établissant la date de la réception. 
Si le contrôle révèle que la délivrance des attestations repose sur des informations erronées, les attestations, correspondant au biométhane produit depuis le début de la période pour laquelle la demande d'attestations de garantie d'origine a été effectuée, sont annulées sur le compte de l'acheteur de biométhane attaché à cette installation. De nouvelles attestations de garantie d'origine ne pourront être délivrées que pour une période postérieure à un nouveau contrôle établissant la conformité aux éléments de la demande de garantie d'origine figurant à l'article 3 du présent décret. Ce nouveau contrôle sera réalisé à la demande et aux frais du demandeur.