Après sa nomination, l'interne relève, quelle que soit son affectation, de son centre hospitalier universitaire de rattachement pour tous les actes de gestion attachés à ses fonctions hospitalières notamment la discipline, la mise en disponibilité, les congés ainsi que le versement des éléments de rémunération mentionnés à l'article R. 6153-10 à l'exception du 3° et des charges sociales afférentes. 
Toutefois, lorsque l'interne est affecté dans un autre établissement de santé, un établissement du service de santé des armées, auprès d'un praticien agréé-maître de stage des universités, un organisme ou un laboratoire, un centre de santé ou une structure de soins agréée alternative à l'hospitalisation différent du centre hospitalier universitaire de rattachement ayant versé la rémunération, le remboursement à ce dernier des sommes ainsi versées et des charges afférentes fait l'objet d'une convention dont les modalités sont précisées par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur, de la santé, de la sécurité sociale et, le cas échéant, de la défense. 
Lorsque l'interne est affecté dans un établissement de santé, la convention peut prévoir que celui-ci assure directement le versement à l'interne des éléments de rémunération mentionnés à l'article R. 6153-10.