Le budget est élaboré sous l'autorité du président ou du directeur de l'établissement conformément aux priorités et aux orientations définies par le conseil d'administration en cohérence avec les dispositions du contrat pluriannuel d'établissement.
A cette fin, un débat a lieu au conseil d'administration sur les orientations générales du budget de l'exercice ainsi que sur les engagements pluriannuels en cours et envisagés. 
Sur proposition du président ou du directeur de l'établissement, le conseil d'administration arrête la procédure interne d'élaboration du budget, notamment les modalités d'association des différentes composantes, dans le respect des compétences attribuées au conseil scientifique en matière de crédits de recherche, des dispositions de l'article L. 719-5 du code de l'éducation et de l'article L. 713-9 du même code relatif aux instituts et écoles internes.