Le comité d'orientation scientifique comprend :
 - le président du conseil de direction ;
 - le directeur et le directeur adjoint de l'IESR ;
 - le doyen de la section de l'Ecole pratique des hautes études chargée de l'enseignement des sciences religieuses, ou son représentant ;
 - un enseignant-chercheur de l'Ecole pratique des hautes études désigné par le conseil scientifique de celle-ci ;
 - quinze personnalités qualifiées françaises et étrangères extérieures à l'Ecole pratique des hautes études.
 Les personnalités qualifiées sont nommées par tiers par le président du conseil de direction, par le directeur de l'IESR et par l'assemblée des enseignants-chercheurs de la section de l'Ecole pratique des hautes études de l'enseignement des sciences religieuses.
 Le mandat de l'enseignant-chercheur de l'Ecole pratique des hautes études et des personnalités qualifiées est d'une durée de quatre ans, renouvelable une fois.
 Le comité peut, en fonction de son ordre du jour, entendre toute personne qualifiée dont il souhaite recueillir l'avis.