Le conseil d'administration comprend vingt-six membres ainsi répartis : 
1° Quatre représentants de l'Etat dont : 
a) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ; 
b) Le directeur général de la mondialisation, du développement et des partenariats au ministère chargé des affaires étrangères ou son représentant ; 
c) Le préfet de région ou son représentant ; 
d) Le recteur d'académie, chancelier des universités ou son représentant ; 
2° Un représentant du conseil régional du siège de l'établissement, désigné par ce conseil ; 
3° Un représentant de l'     Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement et un représentant du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement, désignés par leur président-directeur général ; 
4° Six personnalités qualifiées comprenant autant de femmes que d'hommes, représentatives des professions et des activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, dont au moins une parmi les anciens élèves et une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur ; 
5° Treize membres élus dont : 
a) Trois représentants des professeurs et personnels assimilés ou leurs suppléants ; 
b) Trois représentants des maîtres de conférences et assimilés et des autres enseignants ou leurs suppléants ; 
c) Quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ; 
d) Trois représentants des étudiants ou leurs suppléants. 
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat. Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.