Le conseil scientifique mentionné à l'article L. 1413-8 assiste le président du conseil d'administration et le directeur général. 
Il veille à la cohérence de la politique scientifique de l'institut. A ce titre, il émet des avis sur la politique scientifique de l'établissement, à la demande du président du conseil d'administration ou du directeur général ou de sa propre initiative. 
Le président du conseil d'administration et le directeur général l'informent sur les travaux et expertises réalisés par l'institut. 
Le conseil scientifique peut, en outre, de sa propre initiative, formuler toute observation ou recommandation dans ses domaines de compétence. 
Il élabore un rapport annuel relatif aux aspects scientifiques et techniques de l'activité de l'institut. Ce rapport est transmis au conseil d'administration.