Le comité d'orientation constitue en son sein des sous-comités thématiques, à raison d'un sous-comité par département thématique de l'Agence française d'expertise technique internationale. Les sous-comités thématiques prennent la dénomination de « comités d'orientation sectoriels ».
La composition des sous-comités est arrêtée par le délégué interministériel à la coopération technique internationale sur proposition des ministères intéressés, y compris les ministères de tutelle. Un sous-comité comprend au plus vingt membres.
Les présidents des sous-comités sont nommés par le délégué interministériel à la coopération technique internationale sur proposition des ministères intéressés.
Les sous-comités sont consultés et participent à la définition de la stratégie pluriannuelle et de la programmation annuelle de chaque département thématique de l'agence, en lien avec les ministères intéressés. Ils favorisent la coordination entre les acteurs publics et privés intervenant dans leur champ.