中小企業基本法上の「製造業、建設業、運輸業その他の業種」、「卸売業」、「サービス業」、「小売業」のうちどの業種に分類されるのかを判断する方法を教えてください。また、別業種に属する複数の事業を持つ場合は、どのように取り扱われますか。
まず、下記ＵＲＬの総務省が所管する日本標準産業分類(最新版は第13回)をご覧いただき、分類項目名、説明及び内容例示からどの分類にあてはまるのかご確認ください。
http://www.soumu.go.jp/toukei_toukatsu/index/seido/sangyo/02toukatsu01_03000023.html
次に、下記ＵＲＬの対応表からどの業種に該当するのかご確認ください。
http://www.chusho.meti.go.jp/soshiki/kaitei_13.pdf
なお、問い合わせの多いものにつきましては以下にまとめましたのでご確認ください。 
<農林漁業>
その他の業種に該当します。(日本産業分類上大分類Ａ(農業、林業)もしくはＢ(漁業)に該当するため)
<製造小売業>
製造した商品をその場で販売する場合、例えばパン屋であれば小売業に該当します。
(日本産業分類上大分類Ｉの中分類58パン小売業（製造小売）に該当するため)
製造した商品を製造場所以外で販売する場合は、工場は製造業、店舗は小売業になり、複数の業種に該当します。
<電気・ガス事業>
その他の業種に該当します。(日本産業分類上大分類Ｆ(電気・ガス・熱供給・水道業)に該当するため。)
また、別業種に属する複数の事業を持つ場合は「主たる事業」に該当する業種で判断されます。