公表サイトによって、屋号（ペンネーム等）で活動している個人事業者の氏名や住所が特定されてしまうのではないでしょうか。

個人事業者について公表する（確認できる）事項は、（１）氏名、（２）登録番号、（３）登録年月日、（４）登録取消（失効）年月日です。
主たる屋号（ペンネーム等）、及び主たる事務所の所在地については、登録する個人事業者自身から申出（希望）があった場合に限り公表されます。
このため、登録する個人事業者自身から、氏名のほかに屋号（ペンネーム等）を公表するという申出がなければ、屋号（ペンネーム等）の公表は行われず、公表サイトの情報によって、屋号（ペンネーム等）と氏名が直接的に紐づけられることはありません。
なお、「住所」は公表事項ではありません。
個人事業者の皆様におかれましては、「屋号（ペンネーム等）」や「主たる事務所の所在地等」を公表事項とするかどうかにつきまして、これらの点も踏まえてご検討ください。
また、公表サイトの機能のうち、データダウンロード機能においてダウンロードできるデータには、個人事業者の氏名等の情報は含まれておりません。