当社（３月末決算）は自己を通算親法人とする法人税法第64条の９第１項の承認を受けているところ、会計期間の途中（×１年10月末）にＡ社（３月末決算）の発行済株式の全てを取得し、Ａ社との間に完全支配関係を有することとなりました。当社は、Ａ社のグループ通算制度への加入に際して、所定の期限までに必要事項を記載した書類（加入時期の特例を適用する旨を記載した書類）を所轄税務署長に提出することで、Ａ社のグループ通算制度の適用上、Ａ社の会計期間（特例決算期間）の末日（×２年３月31日）の翌日（×２年４月１日）に通算承認の効力を生ずる特例の適用を受けることとしています（法法14一、64の９、法規８の３の３四）。今般、経営計画の変更により、当社を合併法人とし、Ａ社を被合併法人とする適格合併（以下「本件適格合併」といいます。）を×２年４月１日に行うこととなったところ、Ａ社は、特例決算期間の末日（×２年３月31日）まで、継続して通算親法人である当社との間に当社による完全支配関係があり、通算承認の効力が生ずる日（×２年４月１日）に消滅します。Ａ社において通算承認の効力が生ずる日と本件適格合併に伴うＡ社の消滅の日とが同日となる場合、グループ通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益（法法64の12）、時価評価除外法人に該当しない場合における欠損金の切捨て（法法57）等の規定の適用を受けることとなりますか。
本件適格合併により消滅するＡ社は、特例決算期間の末日の翌日（×２年４月１日）に通算承認の効力が生ずることとなるため、グループ通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益、時価評価除外法人に該当しない場合における欠損金の切捨て等の規定についてそれぞれ所定の要件に該当する場合には、これらの規定の適用を受けることとなります。
【関係法令通達】 法人税法第14条第４項、第８項、第57条第６項、第64条の９第11項、第64条の10第６項第５号、第64条の12法人税法施行規則第８条の３の３第４号