A社とB社は、それぞれ各年4月1日から翌年3月31日までを事業年度とする法人です。今般、両社は、X年4月1日を合併期日として、新たにC社を設立する新設合併を行いました。なお、税務上、この新設合併は適格合併の要件を満たすものです。この新設合併設立法人であるC社については、その設立の登記をX年4月1日に行うこととしていましたが、同日が日曜日であったため、登記所が閉庁されていました。そのため、翌日（月曜日）の4月2日に登記申請を行い、C社については、同日を設立の日とする登記がなされるとともに、被合併法人であるA社とB社も、同日を解散の日とする登記がなされたところです。ところで、平成19年3月13日付で改正された法人税基本通達1−2−4《解散、継続又は合併の日》によれば、税務上の「合併の日」は、会社法の適用を受ける新設合併の場合は、新設合併設立法人の設立登記の日となっています。したがって、会社法上も税法上も被合併法人であるA社とB社は、X年4月1日には存続したままで、X年4月2日付でC社にその権利義務が承継され、解散されたこととなります。この場合、被合併法人であるA社とB社は、X年4月1日の1日だけの事業年度が生ずることから、X−1年4月1日からX年3月31日までの事業年度に組んだ決算とは別に、X年4月1日の1日だけの事業年度の損益に係る決算を組み、その事業年度の確定申告書を提出しなければならないのでしょうか。登記申請が休日であったため、やむを得ず翌日提出しただけのものであり、従来の取扱いのように、新設合併設立法人の事業年度の損益に合算して申告することができないでしょうか。
貴社の場合、会社法上も税法上も、新たな事業年度が開始したX年4月1日には存続したままで、X年4月2日付で新設合併設立法人にその権利義務が承継され、解散されたこととなります。したがって、原則として、X年4月1日の1日だけの事業年度（すなわち、この事業年度が当該新設合併により解散した被合併法人の合併の日の前日を含む事業年度となります。）の損益に係る決算を組み、その事業年度に係る確定申告書を提出しなければなりません。しかしながら、当初からX年4月1日に登記申請をしようとしながら、たまたま行政機関の休日であったため登記申請ができず、やむを得ず翌日に提出したような場合に、1日間又は2日間だけの損益を取り出し、通常の決算とは別の決算を組むということは、企業の決算実務に多大な事務負担を負わせることとなると考えられます。そこで、上記のようにX年4月1日の1日だけの事業年度が生じたような場合において、次の(1)から(3)までの要件を満たすときは、次の(2)に掲げる損益の帰属による確定申告書の提出が認められます。
【関係法令通達】 法人税基本通達1−2−4