扶養控除等申告書を2枚（マイナンバー（個人番号）の記載のないものと、マイナンバー（個人番号）のみ記載したもの）に分けて提出を受けてもよいですか。

扶養控除等申告書の様式については法令で定められているものではないため、法令で定められた記載事項（氏名、住所、マイナンバー（個人番号）等）が記載されていれば記載内容を複数枚に分割して提出することも可能です。
ただし、それぞれの用紙を紐付けるための措置を講ずるなど一体の申告書として管理できるよう手当願います。