日本国内で気象庁と同様の観測をおこなっているところはありますか？
国内では環境省が、24地点（平成26年3月時点）で観測を実施しています（越境大気汚染・酸性雨長期モニタリング計画）。

なお、環境省が観測を実施している24地点のうち12地点が、東アジア地区を対象として13カ国が参加する「東アジア酸性雨モニタリングネットワーク（EANET）」に参加しています（東アジア地区全体では55地点（東アジア酸性雨データ報告書2014））。また、環境省主導のもと設立された「アジア大気汚染研究センター」がEANETネットワークセンターを担当しています。
参考： 環境省による酸性雨対策