当社においては、従業員各自の「社員ページ」を設けており、従業員はそのページから人事･給与等の申請を行っています。従業員にマイナポータル連携により控除証明書等データを取得させるためにはどのようなシステム改修が必要となりますか。
自社システム等でマイナポータル連携を行うためには、自社システム等から、国税庁の「マイナポータル等連携プラットフォーム」に接続する機能を設ける必要があります。
 マイナポータル等連携プラットフォームは、マイナポータルに集約された情報のうち、税の申告に必要となる情報を抽出する機能等を有しており、自社システムから直接マイナポータルに接続するのに比べ、自社システム等の改修規模を抑えることができます。
 マイナポータル等連携プラットフォームへの接続方法については国税庁ホームページに情報を掲載しています。

https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/mynumberinfo/mnp_question/kaikei_question/api/about.htm