発注者から示された報酬があまりにも低いと感じます。立場上、受け入れないといけないのでしょうか。
報酬や対価も、契約で合意すべき内容の一つです。発注者から示されたとしても、受注者が受け入れなければ合意は成立しません。しかし、金額が提示されているにもかかわらず、それに異議を唱えないうちに実際の業務が始まったり、計画が進んでしまったりすると、その金額で（黙示による）合意が成立しているとされてしまうことがあります。そのため、金額に納得できないのであれば、その時点で明確に相手方に異議を述べることが大切です。
また、発注者が取引上優越した地位にあり、金額交渉が十分に行われず、発注者の示した金額が需給関係を反映したものとは認められず、取引条件の違いを正当に反映したものとも認められない等、正常な商慣習に照らして不当に不利益を与えるような場合には、優越的地位の濫用として独占禁止法違反の問題にも発展する可能性があります。
もっとも、どのような場合に優越的地位の濫用に該当するかは、様々な事情を勘案して総合的に判断されます。