防除で捕獲した動物はどのように処分すればよいですか？
動物の種類に応じて、関連法令（動物愛護管理法、外来生物法等）に留意しながら適切に処置することが必要です。ここでは、主に哺乳類や鳥類、カメなどの爬虫類を想定して回答します。
防除で捕獲した動物については、殺処分を想定することが基本となります。
生き物を殺すことに抵抗を感じるかもしれませんが、防除では多数の動物が捕獲されることから、その全てを適切に飼養し続けることは現実的には困難です。長期的な見通しをもって冷静に判断することが必要です。
動物の愛護及び管理に関する法律（以下、「動物愛護管理法」。）の第44条では、愛護動物をみだりに殺し、又は傷つけることが禁止されています。なお、人の占有していない野生の外来種については、動物愛護管理法の対象とはなりませんが、その処分に当たっては、できる限り対象となる動物に苦痛を与えない方法をとるようにしましょう。
【参考】環境省ウェブサイト　動物の殺処分方法に関する指針
https://www.env.go.jp/nature/dobutsu/aigo/2_data/laws/shobun.pdf
殺処分の方法としては、哺乳類や鳥類の場合には薬剤や二酸化炭素を用いた手法、爬虫類の場合には冷凍による手法が一般的です。なお、殺処分後の処理方法とコストについても検討しておくことが必要です。
生き物を殺すことについて反発の声が上がることも想定されますが、外来種の防除では、生き物をみだりに殺しているわけではなく、在来の生物の命を守るなど、生態系等の保全のために必要な行為であることを地域住民に理解してもらうために、事業の目的やその効果を説明することも必要です。
もし、殺さずに済む方法があればそれを採用しても構いませんが、あとで再び捨てられたり逃げ出したりしないよう、十分な注意が必要です。なお、特定外来生物に指定されている種類をペットとして飼養したり、生きたまま譲渡したり運搬することは外来生物法で禁止されています。（動物園等における展示等、特別に許可を得た場合を除く。）
平成27年12月に国内で初の特定外来生物の根絶事例となったカナダガンでは、27羽が許可を得た動物園などに引き取られましたが、残りはやむを得ず殺処分となりました。