内示を受けた交付金事業について、関係機関との協議等に時間を要しており、事業の遅延が見込まれている。このような場合、あらかじめ内示額を下回る交付申請を行い、内示額と交付申請の差額（残額）は翌年度に交付を受けることとしたいが、よいか。
御質問のように、あらかじめ内示額を下回る交付申請を行い、翌年度に内示額との差額の交付を求めることは、当年度において交付金の不用を生じさせ、また、翌年度にこの不用とした交付金の交付を求めるものであり、交付金予算の非効率な執行を招くことから問題である。
本交付金においては、関係機関との協議や用地買収等に不測の日数を要して事業が遅延するといった場合、交付金を翌年度に繰り越すことを可能としており、御質問のような場合は、このような繰越制度を活用して、交付金予算を効率的、経済的に執行すべきである。
したがって、御質問の場合、内示額のとおり交付申請を行い、交付決定を受けた後、結果的にやむなく事業が遅延した分について交付金を翌年度に繰り越すべきである。