支払金額が税法の定める一定の金額を超え、報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書などを税務署長に提出する必要があると判断できた段階で支払先からマイナンバー（個人番号）を収集しようと考えていますが、それでよいでしょうか。また、収集したが結果として法定調書の提出が不要になった場合、マイナンバー（個人番号）を廃棄する必要があると思いますが、その廃棄作業を行うまでの期間はどの程度許容されますか。
ご質問のように、法定調書の提出の要否が判断できた段階でマイナンバー（個人番号）を収集することができます。
また、収集した番号が不要となった場合には、毎年度末に廃棄を行う等の通常の事務の廃棄のタイミング等を捉えるなど、マイナンバー（個人番号）及び特定個人情報の保有に係る安全性及び事務の効率性等勘案し、適切に対応してください。

（参考） 「特定個人情報の適正な取扱いに関する ガイドライン（事業者編）」に関するQ&A Q6-5