当機関は、職員数が少なく、組織の規模が小さいが、太枠線のチェック項目すべてを行わなければいけないのか。
太枠線のチェック項目は全ての機関が実施する必要があります。なお、「研究機関における公的研究費の管理・監査のガイドライン」にも記載されているとおり、機関の性格や規模、コストやリソース等を考慮して実効性のある対策として実施してください。

参考：研究機関における公的研究費の管理・監査のガイドライン（実施基準）P3
  各節に示す「機関に実施を要請する事項」及び「実施上の留意事項」に掲げる内容は、機関の性格や規模、コストやリソース等を考慮して実効性のある対策として実施されることが必要である。
  また、企業等において、会社法に基づく内部統制システムの整備の一環等として規程等が既に設けられ、対策が実施されている場合や、大学等において、コンプライアンス関連の規程等により、これらを包括する体制等が整備されている場合は、本ガイドラインにおける対策をそれらに明確に位置付けた上でこれを準用することを可能とする。