当社は、電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律（以下「電子帳簿保存法」といいます。）第4条第3項の規定に基づき所定の要件を満たした上で、取引先から交付された請求書等についてスキャナで読み取った電磁的記録（注）により保存していますが、仕入税額控除の適用はありますか。
国税関係書類の全部又は一部について、当該国税関係書類に記載されている事項をスキャナにより電磁的記録に記録する場合に、所定の要件を満たすときは、当該国税関係書類に係る電磁的記録の保存をもって当該国税関係書類の保存に代えることができることとされています（以下「スキャナ保存」といいます。電子帳簿保存法4）。この国税関係書類は、消費税法第30条第7項に規定する請求書等も対象となります。したがって、国税関係書類（取引先から受け取った請求書等）に係る電磁的記録をスキャナ保存に係る所定の要件を満たして保存している場合には、その基となった書類を保存していない場合であっても消費税法第30条第7項に規定する請求書等が保存されていることとなりますので、仕入税額控除の適用を受けることができます。
【関係法令通達】 消費税法第30条第7項、電子帳簿保存法第2条第1項第3号、第4条第3項