運営費交付金の機能強化経費「機能強化促進分」による戦略ごとの重点支援については、使途が縛られていて、大学の裁量により戦略的な執行ができないのではないか。
第３期中期目標期間における運営費交付金の重点支援「機能強化促進分」では、個別の取組を国が特定して支援するのではなく、各大学の裁量により設定する改革方針や構想としての「戦略」を対象に重点支援を行う仕組みとしており、戦略ごとの予算配分について、各大学の実状等に応じて戦略間の調整等を行うことも可能とし、国からの配分額の提示後の執行段階においても、大学の裁量による戦略的な資源配分が可能な仕組みとしています。また、基幹経費と同様に、機能強化促進分も「渡し切りの運営費交付金」であって、制度上、各大学が設定した様々な「戦略」に使用する中で、使途（人件費・物件費等）に制限はなく、各大学の裁量により支援対象を重点化することが可能となっています。例えば、第２期中期目標期間の「特別経費（プロジェクト分）」による支援とは異なり、継続的な資源配分を大学として戦略的に進めることで、「任期のない常勤の教職員の雇用」なども可能と考えられ、各大学の戦略性に応じて、高い使途の柔軟性を確保しています。