当社は，納入業者(特定供給事業者)に対し，税抜単価で価格交渉を行い，発注し，支払は月末締めの翌月末支払となっています。ただし，消費税の端数処理については管理システムの都合上，納品の都度，納入された商品の合計金額に消費税率8％を乗じ，計算上生じた1円未満の端数を切捨て処理し，その合計額を支払っていますが，消費税転嫁対策特別措置法上問題はないでしょうか。
納入業者（特定供給事業者）と本体価格で取引を行う場合，支払ごとに本体価格を合計し，当該合計金額から算出した消費税額をこれに加えた額が，貴社と納入業者との間で取り決めた対価となります。したがって，御指摘の事案のように本体価格で取引を行い，1か月ごとに支払を行うこととしている場合において，1か月よりも短い区切りで消費税額の計算と1円未満の端数の切捨てを行うことにより，1か月に納入された商品の本体価格を合計し消費税額を計算した場合と比べ支払総額を1円以上減じることは，「減額」（消費税転嫁対策特別措置法第3条第1号前段）に該当し，違反となります。