当社は、複数の事業所がある顧客との間では、その事業所ごとに契約を締結し、その代金を毎月まとめて顧客に請求しています。この代金請求に関しては、従来、毎月の請求額と消費税相当額の合計を記載した請求書に、その内訳として契約ごとの本体価格と消費税相当額（端数処理済）を記載したものを送付する方法で行ってきました。
適格請求書等保存方式の開始により、消費税の端数処理については「一の適格請求書につき、税率ごとに１回」とされたことを踏まえ、一カ月分をまとめて請求するのではなく、個々の契約ごとに適格請求書を作成・交付する方法に変更しましたが、交付した適格請求書の写しとして保存すべき量が多量となることや顧客の利便性も勘案し、複数の契約に係る料金を１カ月分まとめて一の適格請求書で請求する方法に改めることを検討していますが、問題ないでしょうか。また、その際に気を付けるべき点としてはどういったことがあるでしょうか。
適格請求書に記載する消費税額等は、適格請求書に記載した税率ごとに合計した課 税資産の譲渡等に係る税抜価額又は税込価額に、一定の割合（税抜価額の場合100 分の10（又は100分の８）、税込価額の場合110分の10（又は108分の8））を 乗じて算出し、その算出した消費税額等に１円未満の端数が生じた場合にその端数を 処理するため、適格請求書に記載する消費税額等の端数処理は一の適格請求書につき、税率ごとに１回行うこととなります。
ご質問のように、事業所ごとに締結した契約に基づき課税資産の譲渡等を行っているとしても、その課税資産の譲渡等に係る対価の額を請求書内で合計し、適格請求書の記載事項（課税資産の譲渡等に係る税抜価額又は税込価額）とすることは何ら問題ありません。
また、ご質問の場合の適格請求書の記載例としては、「消費税の仕入税額控除制度 における適格請求書等保存方式に関するＱ＆Ａの問66」にあるとおり、例えば、以下のように課税資産の譲渡等の税込価額を合計し、その合計金額から算出した消費税額等を記載することにより、適格請求書の記載事項である消費税額等とすることができます。
なお、契約ごとに算出した消費税額等を参考として記載することは問題ありませんが、法令で求められる適格請求書の記載事項としての消費税額等にはなりませんのでご留意ください。