病院において、仕入税額控除について個別対応方式を採用する場合、薬品の仕入れについて課税売上げにのみ要するものと非課税売上げにのみ要するものとに分ける必要があるのでしょうか。また、その必要がなく、薬品の仕入れのすべてを共通用とした場合、課税売上割合に準ずる割合としてどのようなものが認められるのでしょうか。
保険診療でも自由診療でも、同一の薬品を用いることが多いことから、仕入れた薬品を仕入れの段階で、非課税売上げである保険診療に使用する薬品と、課税売上げである自由診療に使用する薬品とに区分することは困難であると認められます。したがって、このようにその区分することが困難な場合、その薬品や機材等の仕入れについては、課税・非課税共通用として区分することになります。この場合、課税売上割合に準ずる割合としては、例えば、保険診療と自由診療との患者数の比率や使用薬価の比率（使用実績による薬価の比率）などによることができます。
【関係法令通達】 消費税法第30条第2項、第3項、消費税法基本通達11-5-7