農地の耕作者甲は、耕作権の一部を地主乙に返還し、乙から底地を取得しました。つまり、耕作権と底地との交換をしました。農地について所有権を移転するには、農地法により知事の許可を要しますが、農地を農地のまま移転する場合の許可は、取得者が相当規模の農地を耕作している者に限られています（農地法3）。甲は、耕作面積が少なく、いわゆる3条許可(農地法)を受けることができないので、非農地化することを前提とした移転の許可(農地法5)を受けて移転をし、その後引き続き耕作しています。この甲と乙の耕作権と底地の交換について所得税法第58条の交換の特例を適用することができますか。
所得税法第58条でいう譲渡資産の譲渡の直前の用途と同一の用途に供するとは、現実にその用に供しているかどうかにより判定すべきものであり、非農地化を前提とするいわゆる5条許可(農地法)により取得した土地であっても、現実に耕作していれば、耕作権との交換について所得税法第58条は適用されます。なお、交換の特例の適用のある耕作権は、農地法第3条、第5条又は第18条の規定の適用のあるものに限られることに留意してください。
【関係法令通達】 所得税法第58条所得税基本通達58-2の2農地法第3条、第5条、第18条