当社では、本年1月に労働基準監督署から、労働者に対して実労働時間に即した割増賃金を支払うよう行政指導を受け、過去3年間の実労働時間に基づく残業手当と実際に支払った残業手当との差額を一括して支払うこととしました。この場合、残業手当の課税年分はいつになりますか。
照会の場合は、本来各支給日に支払うべき残業手当が一括して支払われたものと認められますので、本来の残業手当が支払われるべきであった各支給日の属する年分の給与所得となります(所得税基本通達36-9(1))。なお、給与規程等の改訂が過去に遡って実施されたため、残業手当の差額が一括支給されるような場合には、その差額について支給日が定められているときはその支給日、支給日が定められていないときはその改訂の効力が生じた日となります(所得税基本通達36-9(3))。
【関係法令通達】 所得税基本通達36-9