当法人（公益社団法人）では、法人税法上の収益事業に該当する事業も行っていることから、収益事業と非収益事業について区分経理し、収益事業部門を特別会計とし、非収益事業部門を一般会計とする経理を行っています。このように会計単位を別々にしている場合には、収益事業部門の特別会計についてのみ申告すればよいのでしょうか。また、非収益事業部門の一般会計についても申告の必要がある場合、各部門ごとに申告すればよいのでしょうか。
収益事業部門及び非収益事業部門において行った課税資産の譲渡等について、合わせたところで申告をする必要があります。
【関係法令通達】 消費税法第4条第1項、第9条第1項、第42条、第45条、第60条第1項、第6項、第7項