事業部門ごとに課税売上割合に準ずる割合の承認を受けましたが、当課税期間の仕入控除税額の計算に当たり、課税売上割合に準ずる割合が95％以上の事業部門に係る課税仕入れ等の税額については、全額を控除対象とすることができますか。なお、当課税期間の課税売上高は4億円、課税売上割合は80％です。
平成24年4月1日以後に開始する課税期間について、その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額の全額を控除対象とすることができるのは、その課税期間における課税売上割合が95％以上であって、かつ、課税売上高が5億円以下の事業者に限られます（法30）。この場合の課税売上割合が95％以上であるかどうかの判定は、承認を受けた課税売上割合に準ずる割合で判定するのではなく、課税売上割合によって判定します（基通11-5-9）。したがって、質問の場合は課税売上割合が95％未満ですから、仕入控除税額の計算に当たっては、個別対応方式か一括比例配分方式のいずれかの方法で計算する必要があります。この場合において、個別対応方式により仕入控除税額を計算する場合は、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するものについて、承認を受けた課税売上割合に準ずる割合を適用して計算することとなります。
【関係法令通達】 消費税法第30条第2項、消費税法基本通達11-5-9