住宅借入金等特別控除の適用を受けた者が、その後、その対象とした家屋の前に居住の用に供していた家屋及び土地等を譲渡し、居住用財産の譲渡所得の特別控除の特例等の適用を受ける場合には、過去に遡及して住宅借入金等特別控除の適用ができなくなると思われますが、その場合の手続はどうするのですか。
一定の資産を譲渡したことにより、次のからに掲げるいずれかの特例の適用を受ける場合において、その資産を譲渡した年の前3年以内の各年分（注）の所得税について住宅借入金等特別控除を受けているときは、その譲渡した日の属する年分の確定申告期限までに、その前3年以内の各年分（注）の所得税について修正申告書又は期限後申告書を提出し、その住宅借入金等特別控除の額に相当する税額を納付しなければならないこととされています(租税特別措置法第41条の3第1項)。
【関係法令通達】 租税特別措置法第41条の3第1項