当事業団では、交付要綱において人件費に充てるべきこととされている補助金を国から交付されており、当該補助金を給料及び通勤手当として職員に支払っています。この場合、当該補助金は特定支出のためにのみ使用するものでないことから、全額が特定収入に該当することとなると考えられますが、当該補助金における実績報告書において通勤手当として支出した金額が明らかにされている場合には、当該金額のみを特定収入とし、それ以外の金額については、特定収入に該当しないものとして取り扱ってよいでしょうか。
資産の譲渡等の対価以外の収入の使途が特定されているかどうかは、一般的には法令又は交付要綱等（国、地方公共団体又は特別の法律により設立された法人から資産の譲渡等の対価以外の収入を受ける際にこれらの者が作成した当該収入の使途を定めた文書をいう。）に定めたところによりますが、この場合の交付要綱等には、補助金等を交付する者が作成した補助金等交付要綱、補助金等交付決定書のほか、これらの付属書類である補助金等の積算内訳書、実績報告書を含むこととされています（基通16−2−2)。したがって、実績報告書において、通勤手当として支出した金額が明らかにされている部分に係る補助金を特定収入とし、給料として支出した金額に係る補助金を特定支出のためにのみ使用することとされている収入として特定収入に該当しないものとして取り扱って差し支えありません。
【関係法令通達】 消費税法第60条第4項、消費税法施行令第75条第1項第6号、第4項、消費税法基本通達16-2-2