一の収用事業のために資産の譲渡が2以上の年にわたって行われた場合の租税特別措置法第65条の2((収用換地等の場合の所得の特別控除))の規定による5,000万円控除の特例については、最初の年に譲渡した資産についてのみ適用され、2年目以後に譲渡した資産については適用されないこととされていますが（租税特別措置法第65条の2第3項第2号）、事業の施行地について計画変更があり、その事業の施行につき合理的と認められる事情があるときは、拡張された地域については別事業として同要件を判定するものと取り扱われています（租税特別措置法関係通達（法人税編）65の2−10）。ところで、××川水系における導水事業においては、近年の人口増加に伴う水道水の需要が著しく増大していることに対処するため、××大堰からの取水量を増加する実施計画の変更認可が行われました。この事業の当初の実施計画の認可は25年前に行われており、当時、漁業権の価値の減少に伴う漁業補償金が支払われていますが、今回の計画変更により、河川の水量の減少、流況の変化等による魚類の生息環境の悪化、取水口への魚類の迷入の増加等により漁業権の更なる価値の減少があることによる漁業補償金(総額3億円)が支払われます。この事業計画の変更は、上記の取扱いのような事業施行地の拡張はありませんが、この取扱いに準じて別事業として取り扱い、5,000万円控除の特例を適用することができると解して差し支えありませんか。
照会意見のとおりで差し支えありません。ただし、今回の補償の対象となる漁業権の減少部分と前回の補償の対象となった漁業権の減少部分との重複の有無に留意する必要があります（重複する部分がある場合、その重複部分については租税特別措置法第65条の2の規定の適用を受けることはできません。）。
【関係法令通達】 租税特別措置法第65条の2第3項第2号租税特別措置法関係通達（法人税編）65の2−10土地収用法第5条第3項