私が住んでいる市では中学生以下である子の医療費について助成を受けることができ、市内の医療機関で診療や医薬品の処方を受けたとしても、窓口でこれらに対する費用の支払が全額免除されています。一方、医療保険者から送付された「医療費通知」には、この助成により実際には負担していない医療費の額が自己負担額の欄（「被保険者等が支払った医療費の額」欄）に記載されていました。
この場合であっても、「医療費通知」に記載のある自己負担額に基づいて医療費控除を受けることができるのでしょうか。 
ご質問のように、一定の住民の方を対象として、医療機関での診療などに係る医療費の負担について市区町村において独自の制度に基づいて助成（自己負担額の減免）が行われている場合があります。
また、「医療費通知」に記載される「被保険者等が支払った医療費の額」は、医療保険者が作成時点で把握している情報に基づいて記載されているため、公費負担医療制度や市区町村による医療費助成、減額査定、未収金などが「医療費通知」に反映されない（つまり、「被保険者等が支払った医療費の額」から助成分が差し引かれずに記載されている）場合があります。
ところで、医療費控除は、その年中に実際に支払った医療費を対象に控除額を計算することとなりますので、ご質問のように窓口で自己負担額の減免があるにもかかわらず、その金額が「医療費通知」に反映されていない場合は、この減免分を除く実際に負担した医療費の額に基づいて医療費控除の額を計算することになります。
したがって、具体的には、「医療費控除の明細書」の「１ 医療費通知に関する事項」のうち「(2) (1)のうちその年中に実際に支払った医療費の額」欄へ実際に支払った医療費の合計額を記載し、「医療費通知」に減免分がある旨を付記（記載例は問 ９参照）した上で、「医療費控除の明細書」と「医療費通知」を確定申告書に添付してください。
なお、上記のような窓口での医療費の減免のほか、事後的に給付を受ける医療費を補填する保険金など（注）がある場合においても、支払った医療費の額からその医療費を補填する保険金などの額を差し引いて医療費控除の額を計算します。
（注）この保険金などは、①生命保険契約に基づいて支払われる医療保険金、②社会保険に関する法律やその他の法令の規定に基づき、医療費の支払を給付原因として支給される給付金（例えば、出産育児一時金、高額療養費）、③法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補填を目的として支払を受ける給付金などをいいます。詳しくはパンフレット『医療費控除を受けられる方へ』を参照してください。 