作品（成果物）の制作及び納品を依頼され、発注者との間で契約しましたが、同契約書によれば、第三者の知的財産権を侵害しないことについて表明保証をしなければいけないと定められていました。具体的には、どのような対応をすればよいでしょうか。
主として、第三者の既存の著作権や商標権を侵害していないか、注意する必要があります。意図的に既存のデザインを真似ることが権利侵害の危険を孕むのは当然です。仮に意図的でなかったとしても、結果的に第三者の既存のデザインに類似してしまっている場合には、著作権や商標権の権利侵害が成立する可能性があります。
対策としては、例えば、商標権、意匠権、特許権など特許庁に登録されている知的財産権について、特許庁「特許情報プラットフォーム（J-PlatPat）」にて検索することが考えられます。
https://www.j-platpat.inpit.go.jp/
また、インターネット上の画像検索ツールを用いて類似画像が無いかを確認することも考えられます。なお、このような調査に係るコストが対価に十分に反映されていない場合には、当該調査自体、発注者側で対応するように交渉することも考えられます。
そのほかにも、万が一第三者の権利を侵害し損害賠償請求を受けた場合等に備えて、フリーランスや個人事業主向けの損害賠償責任保険に加入しておくことも考えられます。