当社は各種の業務システム（販売等の個別取引データを保存）と会計システム（業務システムの集計データを保存）を連携させています。「仕訳帳」及び「総勘定元帳」を電磁的記録等により保存等することとした場合、会計システムのデータのみ保存しておけばよいでしょうか。
そのようなシステムを採用している場合において「仕訳帳」及び「総勘定元帳」を電磁的記録等により保存等するときには、原則として、集計データが保存されている会計システムのデータとともに、個別取引データが保存されている業務システムのデータを合わせて保存する必要があります。なお、法第８条第４項((過少申告加算税の軽減措置))の規定の適用を受けようとする場合には、この「仕訳帳」及び「総勘定元帳」を含む特例国税関係帳簿について全て優良な電子帳簿の要件を満たして保存等を行う必要があります。【解説】会計システムのデータのみを保存することとした場合、業務システムの集計データのみが保存され、販売等の個別取引データは保存されないため、結果として、保存した仕訳帳及び総勘定元帳のデータは、全ての取引を記載した帳簿とはなりません。これは、法人税法施行規則第54条において、仕訳帳は「全ての取引を借方及び貸方に仕訳する帳簿」、総勘定元帳は「全ての取引を勘定科目の種類別に分類して整理計算する帳簿」と規定されていることに反することになります。また、優良な電子帳簿の要件を満たそうとする場合においては、集計データのみの保存では、特例国税関係帳簿に記録される全ての取引に係るデータの訂正又は削除の履歴が確保できないことや、帳簿間の相互関連性が明確にならないことなどから、規則第５条第５項第１号イ及びロの要件が満たされないこととなります。(注)業務システムのデータを合わせて保存する方法以外に、法人税法施行規則第54条の要件を確保する方法として、業務システムのデータの保存に代えて、販売等の個別取引が記載された売上帳（補助簿等）を書面に出力して保存する方法も認められていますが、この方法による場合には、優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置の適用を受けることはできません。