扶養控除等申告書などの一定の書類の提出を受けて作成した帳簿を備えている場合には、扶養控除等申告書への従業員等のマイナンバー（個人番号）の記載を不要とすることができるとされていますが、給与支払者が扶養控除等申告書以外の方法で従業員等のマイナンバー（個人番号）を収集し、システム上で管理している場合などにも、最初は必ずマイナンバー（個人番号）を記載した扶養控除等申告書の提出をしなければならないのですか。（平成28年5月17日追加）

平成29年1月1日以後に支払を受けるべき給与等に係る扶養控除等申告書について、一定の帳簿を備えていれば扶養控除等申告書に従業員等のマイナンバー（個人番号）の記載を不要とできる取扱いは、給与支払者が扶養控除等申告書などの一定の税務関係書類の提出を受けて作成された帳簿を備えていることが要件となっています(Q1-3-2参照)。


したがって、帳簿作成に当たっては、最初にマイナンバー（個人番号）の記載された扶養控除等申告書などの一定の税務関係書類が提出されていることが前提とされています。


なお、一定の場合には、扶養控除等申告書に直接マイナンバー（個人番号）を記載せずに、「記載すべきマイナンバー（個人番号）は給与支払者に提供済のマイナンバー（個人番号）と相違ない」旨を記載して提出することができることを明らかにしている（Q1-5-1）ところであり、この方法により提出を受けた扶養控除等申告書及びその申告書と紐付けられるよう管理されたマイナンバー（個人番号）に基づき帳簿を作成することは可能です。