売り⼿が負担する振込⼿数料を、会計上は⽀払⼿数料として処理し、消費税法上は対価の返還等と取り扱うことはできますか。

ご質問のとおり取り扱って差し⽀えありません。なお、消費税法上、売上値引きとして処理する場合には、対価の返還等の元となった適⽤税率（判然としない場合には合理的に区分）による必要があるほか、帳簿に対価の返還等に係る事項（※）を記載し、保存することが必要となりますので、ご留意ください。
※   ご質問のように、帳簿上、⽀払⼿数料として処理していたとしても、当該⽀払⼿数料を対価の返還等として取り扱うことが要件設定やコード表、消費税申告の際に作成する帳票等により明らかであれば問題ありません。