甲が農地法の許可を受けて乙に貸し付けていた農地の約1/2が丙(県)の県道事業のために買収されることとなりましたが、甲が金銭による補償に代えて当該農地の残地に係る乙の耕作権の消滅を希望しました。そこで、甲、乙及び丙の三者で、甲と乙との賃貸借契約を農地法の規定により解約することによりその農地に係る耕作権を消滅させ、乙はその消滅の対価を丙から直接受け取ることとしました。この場合の乙の受け取る耕作権の消滅の対価は、収用等の対償に充てるために収用等の買取りを行う者によって買い取られる場合に該当するものとして、1,500万円控除の特例を適用して差し支えないでしょうか。
土地収用法に規定する替地(収用対償地)には、耕作権等の土地の上に存する権利も含まれますから、耕作権も1,500万円控除の特例の適用対象となる土地等に該当します。しかし、収用事業の施行者が替地とする目的で耕作権を取得することは、農地と同様、農地法の規定により認められていないことから、照会のような方法をとらざるを得ないものと考えられます。したがって、乙の耕作権の譲渡については、収用対償用地が農地等である場合の取扱い(措通34の2-4)に準じて、1,500万円控除の特例を適用して差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第34条の2第2項第2号租税特別措置法関係通達34の2-4農地法第3条土地収用法第82条