台湾向け水産物を輸出する際の必要な手続きを教えてほしい
台湾向け水産物の輸出にあたっては、産地、品目によって下記の証明書が必要となります。

原発規制関係証明書（放射性物質検査報告書、産地証明書）
衛生関係証明書（動物衛生証明書及び貝類衛生証明書）
魚種・品目ごとの証明書（漁獲証明書等）

各証明書の発行対象及び発行に必要な手続きについては以下の通りです。
1. 原発規制関係
原発規制に係る台湾側の規制措置として、5県産（福島、茨城、栃木、群馬、千葉）産の全ての食品（酒類を除く）及び岩手県、宮城県産の水産物は放射性物質検査報告書及び産地証明書が必要です。それ以外の40都道府県については、産地証明書が必要となります。
（参考）台湾による日本産食品の輸出に係る原発関連の規制について
台湾側から産地証明書として認められている書類として、衛生証明書のほか、地方農政局等、都道府県発行の産地証明書、商工会議所発行の原産地証明書（産地の都道府県名及び指定文言が記載されたもの）などがあります。輸出品目に添付が必要な証明書が産地証明書として認められる場合は、地方農政局等、都道府県で発行する産地証明書や商工会議所で発行する原産地証明書を取得していただく必要はありません。産地証明書の申請先、産地の考え方等は以下のQ&A（7-4-3、7-4-4、7-4-10等）をご確認ください。
（参考）諸外国・地域による輸入規制に関するQ&A
（参考）原産地証明書とは - 東京商工会議所（外部リンク）（参考）輸出食品等に対する放射性物質に関する検査の実施機関について
2. 衛生証明書関係
台湾向け水産食品（貝類（加工品を含む）、一部の活水産動物）の輸出には、衛生証明書発行機関が発行する衛生証明書を添付することが必要ですので、以下をご確認ください。
2-1. 動物衛生証明書
台湾が指定する生きている水産動物については、動物衛生証明書が必要です。輸出の都度、証明書発行機関である都道府県水産部局に必要な書類を添えて申請してください。詳しい手続きについては、以下の農林水産省HPの台湾向け輸出水産動物の衛生証明書発行等に関する取扱要領を御確認の上、証明書発行機関に御相談ください。証明書発行機関のリストについても同HPを参照ください。
台湾向け輸出水産動物の取扱いについて
2-2. 貝類衛生証明書
貝類（食用の貝類及びこれらの加工品）については、衛生証明書が必要です。
台湾向け輸出貝類を輸出しようとする者が、輸出の都度、衛生証明書発行機関（活の場合：水産庁又は一部の都道府県水産部局、活以外の場合：施設又は輸出者の事業者が所在する地域を所管する地方農政局等）に必要な書類を添えて申請し、衛生証明書の発行を受ける必要があります。
必要な手続きについては、農林水産省HPの以下のページに「台湾向け輸出貝類の取扱要綱」が掲載されていますので、ご確認ください。
証明書や施設認定の申請（台湾）
証明書発行機関のリストも当該ページに掲載していますので、ご確認ください。
申請手続きの詳細については、申請先の証明書発行機関にお問い合わせ下さい。
3. 魚種・品目ごとの手続き
上記のほか、特定のマグロ類等（クロマグロ、メバチ、メカジキ、ミナミマグロ）及びメロを輸出する際には、漁獲証明書が必要となります。加えて、キャビアを輸出・再輸出する際の国際ルールを遵守するため、必要な登録制度があります。
その他 | 証明書や施設認定の申請 まぐろ類の輸出証明書の発行に関する手続
4. その他
以上の情報に加えて、食品包装やラベル表示、重金属規制等の台湾内の規制や、他の手続きや必要書類について、輸入事業者を通じて台湾当局に確認した上で、輸出の手続きを進めてください。なお、台湾側の水際検査で、基準値以下であっても微量の放射性物質が検出された場合、台湾当局はその結果と産地を衛生福利部食品薬物管理署のHPに公表し、業者に対して廃棄又はシップバックの行政指導を行っています。また台湾で流通する日本産食品に対して、国名だけでなく、都道府県単位の産地表示を求めています。（参考）アジア｜各国の食品・添加物等の規格基準参考として、JETROのホームページもご確認ください。
（参考）台湾 日本からの輸出に関する制度 水産物の輸入規制、輸入手続き（外部リンク）