当社は、A地方公共団体（公共施設等の管理者）からPFI法第16条に基づき公共施設等運営権の設定を受け、同法第22条に基づき公共施設等運営権実施契約を締結してコンセッション事業を行うこととしました。この実施契約上、本件公共施設等運営権の設定効力は来年4月1日に発生することとしており、当社は同日からコンセッション事業を行うこととしております。また、当社は本件公共施設等運営権の設定対価をA地方公共団体に分割して支払うこととしています。当社が分割して支払うこととしている本件公共施設等運営権の設定対価については、その設定効力が発生しコンセッション事業を開始することとなる来年4月1日の属する課税期間において、一括してその全額を課税仕入れとして計上することでよいでしょうか。
消費税の課税仕入れは、原則として、その課税仕入れを行った日の属する課税期間において行うこととされています。貴社のご見解のとおり、A地方公共団体に対して支払う本件公共施設等運営権（無形固定資産）の設定に係る対価については、分割して支払うこととされているか否かに関わらず、その全額が、課税仕入れを行った日、すなわちその権利設定の効力が発生しコンセッション事業が開始される日の属する課税期間における課税仕入れとなります。一方で、A地方公共団体においては、貴社から分割して受領することとなる本件公共施設等運営権の設定に係る対価の全額が、課税資産の譲渡等を行った日、すなわちその権利設定の効力が発生しコンセッション事業が開始される日の属する課税期間における課税売上げとなります。※　工業所有権等の実施権の設定についても、原則として、その設定に関する契約の効力発生日に行われたものとしています（消費税法基本通達9-1-15）。
【関係法令通達】 消費税法第2条第2項、消費税法基本通達9-1-15