「今回のヘルプデスク業務において、ISO9001を有していることはあまり重要ではなく、それよりもコールセンターのヘルプデスクに関する経験があることの方が重要である」という提言がよろしいのではないでしょうか。
（「ISO9001の条件を入れてしまうことで、コールセンターのヘルプデスク経験がある優れた業者を排除してしまうリスクがある」という言い方もできるかと思われます）
受託実績については、調達仕様書７.（３）に記載済みですのでご確認下さい。また、 ISO9001の認証取得については、サービスの品質管理及び向上といった趣旨から必要と判断したところです。