Gregorio III, al quale succedette il 29 novembre 741. La consacrazione avvenne il 10 dicembre, senza aspettare la conferma dell'esarca (primate) di Ravenna che a questa funzione era stato delegato qualche anno prima dall'imperatore. Il gesto non aveva però alcuna connotazione polemica o di sfida, in quanto il nuovo pontefice era comunque conosciuto come saggio diplomatico e persona conciliante. Durante il pontificato di Zaccaria, era re dei Longobardi Liutprando. Poco tempo prima il duca di Spoleto Trasamondo II aveva mostrato tendenze indipendentiste rispetto al monarca, trattando direttamente con il nuovo papa, cui aveva donato alcuni territori dell'Italia centrale. Liutprando aveva reagito invadendo Spoleto, ma appena rientrato nella sua capitale Trasamondo, che in passato era stato protetto da Gregorio III dall'ira di Liutprando, aveva ripreso Spoleto. Zaccaria scoprì che l'alleanza del suo predecessore con il duca di Spoleto non proteggeva le città papali dal re dei Longobardi, allora si trovò costretto a sospendere l'alleanza con Trasamondo e a rivolgersi direttamente al re Liutprando, che incontrò a Terni nella primavera del 742. Il pontefice ottenne la promessa della restituzione di tutti i prigionieri, dei quattro castelli occupati nella campagna romana e una tregua ventennale fra Roma ed i Longobardi. Liutprando morì nel gennaio 744. Gli successe Rachis, che confermò la tregua ventennale e nel 749, dopo un inizio di campagna militare in Italia centrale che ancora una volta Zaccaria riuscì a bloccare, si ritirò nell'Abbazia di Montecassino. Nel 751 il successore Astolfo conquistò Ravenna e le altre città, e mettendo fine all'Esarcato d'Italia, ma questa volta Zaccaria comprese che la fermezza del nuovo re non gli avrebbe consentito alcun margine di mediazione e non si mosse. Consapevole che Asfolfo avrebbe presto marciato verso Roma, Zaccaria si mise nuovamente in cerca di alleati. Tentò di rivolgersi ai Franchi. Pipino il Breve governava di fatto il regno al posto del legittimo sovrano merovingio Childerico III come «Maggiordomo di palazzo», ma egli aspirava al trono. Valutando le circostanze, Pipino inviò a Zaccaria alcune lettere e, all'insaputa del suo re, ma con il consenso di tutti i Franchi, inviò una delegazione a Roma, guidata da san Burcardo, vescovo di Würzburg e di Fulrado, abate di Saint-Denis, chiedendogli se il titolo di re appartenesse a chi esercitava il potere o a chi era di sangue reale. Il pontefice rispose che doveva essere re colui che esercitava il potere. Questa fu una sentenza che segnò i tempi: stabilì la fine della dinastia merovingia, incapace di governare da più di un secolo. Childerico III allora fu deposto mentre Pipino il Breve fu unto e incoronato, a Soissons, re dei Franchi, da san Bonifacio, vescovo di Magonza. I rapporti tra Roma e Costantinopoli rimasero buoni, nonostante la fede iconoclasta dell'imperatore Costantino V Copronico, forse proprio perché durante il pontificato di Zaccaria la questione dell'iconoclastia non venne mai affrontata a fondo. Abile amministratore, Zaccaria seppe controllare molto bene le milizie papali e l'amministrazione civile dell'Urbe. Sviluppò inoltre il sistema della domus cultae, l'assegnazione a fittavoli di terre incolte e abbandonate di proprietà della Chiesa. Fece restaurare e abbellire inoltre numerose chiese e in particolare il Palazzo del Laterano, dove riportò la residenza papale. Morì a Roma il 15 marzo 752, all'età di 73 anni.