12일 법무법인 찬종 이병철 변호사에 따르면 박단 대한전공의협의회 비상대책위원장과 각 수련병원 전공의 대표들, 의과대학 학생 대표들, 의과대학 교수 대표들, 수험생(고등교육법상 응시생) 대표들은 이 장관과 조 장관을 상대로 서울행정법원에 행정소송 및 의대 증원 처분에 대한 집행정지신청을 제기했다. 이들은 헌법재판소에 헌법소원 및 가처분도 신청할 예정이다.
이 변호사는 "대학입시 5개월 전 대입전형을 갑자기 바꾼 사례는 1980년 전두환 정권 이후 처음"이라며 "대입 전형 시행계획과 입시요강을 변경하는 것은 고등교육법상 불가능하고, 의대 증원이 대학구조개혁에 해당한다는 것은 국민을 기망하는 것"이라고 말했다.
반면 정부는 의대 증원 결정 권한은 복지부장관에게 있으며, 교육부는 증원 규모를 대학별로 배분하는 역할을 한다는 입장이다.
교육부는 지난 8일 '의사 집단행동 중앙재난안전대책본부' 회의 후 보도 참고자료를 내고 "의대 정원 규모 확대는 보건의료기본법 24조에 따른 보건복지부 장관의 보건의료 정책상 결정"이라며 "교육부 장관은 고등교육법 시행령에 따라 복지부 장관과 협의해 의대별 정원 규모를 정하게 돼 있다"고 설명한 바 있다. '복지부 장관에게 고등교육법상 대학교 입학 정원을 결정할 권한이 없으므로, 의대 정원을 2000명 늘리는 결정이 무효'라는 의대 교수협의회의 주장을 반박한 것이다.