В этом случае надо сдать уточненную декларацию, поясняют налоговики.
Сдать уточненку можно через личный кабинет
Для этого нужно зайти в раздел «Доходы» — «Подать декларацию» — «Подать декларацию 3-НДФЛ» — «Заполнить декларацию онлайн».
Когда при продаже жилья надо и не надо сдавать 3-НДФЛ и платить налог, читайте тут.
Кстати, если у вас есть обязанность сдать 3-НДФЛ, а вы ее не сдали, то камеральную проверку и начисление налога проведут без декларации.