Nghị quyết số 02-NQ/HNTW ngày 24.12.1996 của Ban Chấp hành T.Ư Đảng khóa VIII yêu cầu: "Không tổ chức trường chuyên ở tiểu học và THCS", luật Giáo dục 2019 cũng chỉ cho phép có trường chuyên ở duy nhất cấp THPT. Thế nhưng, cả nước vẫn có trường THPT tồn tại khối THCS, tuy nằm trong trường THPT chuyên nhưng không được gọi là chuyên và cũng không biết… gọi là gì.
Mới đây nhất, năm 2023, khi Bộ GD-ĐT ban hành Thông tư 05 về Quy chế tổ chức và hoạt động của trường THPT chuyên, trong đó yêu cầu chấm dứt việc tuyển sinh mới và tổ chức lớp không chuyên trong trường chuyên dưới mọi hình thức, Báo Thanh Niên đã đặt vấn đề cần làm rõ với khối THCS trong trường THPT chuyên. Tuy nhiên, đại diện Bộ GD-ĐT khi đó cho rằng khối THCS không tác động bởi quy chế này vì trường chuyên chỉ dành cho THPT.
Trước đó, ông Nguyễn Xuân Thành, Vụ trưởng Vụ Giáo dục học (Bộ GD-ĐT), từng nêu quan điểm: "Việc phát hiện, bồi dưỡng học sinh (HS) giỏi, tạo nguồn cho trường THPT chuyên là nhiệm vụ của tất cả các trường THCS chứ không phải chỉ là nhiệm vụ của riêng một số trường THCS có uy tín, chất lượng cao. Trên thực tế, HS trúng tuyển vào THPT chuyên đến từ rất nhiều trường THCS, kể cả các trường THCS ở những vùng khó khăn. Nhiều HS đoạt giải HS giỏi quốc gia, quốc tế không phải là những HS đã từng được học trong các trường THCS có tiếng. Nhiều HS trong số đó được biết đến vào mỗi mùa Olympic quốc tế hằng năm là minh chứng rõ ràng cho điều đó.
Đối với hệ THCS của THPT chuyên Trần Đại Nghĩa (TP.HCM), hệ THCS của THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam (Hà Nội) cũng là hệ THCS giống như các trường THCS bình thường khác, được tổ chức trong mô hình trường liên cấp, thành lập theo Điều lệ trường THCS, trường THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học chứ tuyệt đối không được coi là hệ THCS chuyên".
Ông Thành cũng cho rằng cấp THCS là cấp học đang thực hiện phổ cập giáo dục theo chủ trương của Đảng và Nhà nước. Hơn nữa, luật Giáo dục đã quy định trường chuyên chỉ được thành lập ở cấp THPT. Từ nhiều năm qua, thực hiện Nghị quyết 29-NQ/TW, Bộ GD-ĐT đã và đang chỉ đạo tất cả các nhà trường, trong đó có các trường THCS, tăng cường thực hiện đổi mới phương pháp và hình thức tổ chức dạy học và kiểm tra, đánh giá theo định hướng phát triển năng lực và phẩm chất của HS; tạo điều kiện thuận lợi để mỗi HS có thể phát huy cao nhất tiềm năng nhằm phát triển theo năng khiếu, sở trường, hứng thú của bản thân trong một môi trường giáo dục đa dạng, toàn diện; bảo đảm cho HS có trình độ THCS có tri thức phổ thông nền tảng, đáp ứng yêu cầu phân luồng mạnh sau THCS.
Đến thời điểm này, trả lời PV Thanh Niên về việc Bộ có cho phép tiếp tục tuyển sinh lớp 6 ở 2 trường THPT chuyên hay không, Vụ trưởng Nguyễn Xuân Thành nói ngắn gọn: "Không phải Bộ có cho phép hay không mà phải thực hiện theo đúng luật, đúng quy định".
Nhiều ý kiến cho rằng việc thực hiện đúng quy định là cần thiết nhưng quy định đã có từ lâu, lẽ ra những gì không đúng phải được chấn chỉnh từ xa, từ sớm. Đặc biệt với ngành giáo dục, một mệnh lệnh được đưa ra có thể ảnh hưởng tới hàng loạt gia đình, phụ huynh và đặc biệt là HS, do vậy cần có thông báo sớm để không đẩy họ vào thế bị động, bất ngờ như vậy.
Gần đây nhất, nếu như từ khi ban hành quy chế mới về trường chuyên, Bộ GD-ĐT, các sở GD-ĐT cần thông báo rõ khối THCS trong trường chuyên cũng được coi là hệ không chuyên và phải dừng tuyển sinh từ năm 2024 thì phụ huynh, HS đã có phương án phù hợp cho con em mình.