Theo Bộ Tài chính, đến ngày 30-11-2023, Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình có khoản nợ thuế 941,7 tỉ đồng. Trong đó, tiền thuê đất 475,2 tỉ đồng; thuế thu nhập doanh nghiệp 7,2 tỉ đồng; tiền phạt vi phạm hành chính 974 triệu đồng; tiền chậm nộp 458,2 tỉ đồng.
Về đề nghị khoanh nợ và không tính tiền chậm nộp, Bộ Tài chính cho rằng theo quy định của Luật Quản lý thuế về các trường hợp được khoanh nợ tiền thuế, khu liên hợp không thuộc trường hợp được khoanh tiền thuế nợ và không tính tiền chậm nộp.
Do đó, cơ quan thuế không có căn cứ để thực hiện khoanh nợ, không tính tiền chậm nộp đối với các khoản tiền thuế, tiền thuê đất còn nợ của khu liên hợp theo kiến nghị của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch
Khu liên hợp Mỹ Đình được khởi công xây dựng vào quý 1/2002 và khánh thành vào tháng 9-2003. Công trình có hai hạng mục chính là sân vận động Mỹ Đình và Cung thể thao dưới nước, thiết chế thể thao trị giá 53 triệu USD.
Năm 2018, Thanh tra Chính phủ chỉ ra nhiều sai phạm tại khu liên hợp này. Theo kết luận của cơ quan thanh tra, khu liên hợp đã tự ý cho thuê mặt bằng, không đấu giá và công khai mức giá. Khu này cũng chưa kê khai, nộp tiền thuê đất của các hợp đồng cho thuê mặt bằng ngắn hạn và dài hạn.
Trước đó, tại phiên giải trình về xây dựng, quản lý, sử dụng thiết chế văn hóa thể thao giai đoạn 2013 - 2023 do Ủy ban Văn hóa, Giáo dục của Quốc hội tổ chức tháng 1-2024, Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch Nguyễn Văn Hùng nói về khoản nợ thuế của khu liên hợp này.
Theo Bộ trưởng Nguyễn Văn Hùng, việc cưỡng chế thuế đối với Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình rất khó khăn. Bộ cũng đang chỉ đạo lập đề án tổng thể khai thác, sử dụng hiệu quả tài sản công và đầu tư công, trong đó có Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình.