Theo ghi nhận từ các bản phúc trình các năm 1869, 1872 của người Pháp, lúc này nhiều hộ dân ở Phú Quốc đã có đời sống sung túc từ nghề làm nước mắm. Cho thấy, nước mắm đã xuất hiện ở Phú Quốc trước đó đủ lâu để trở thành hàng hóa nổi tiếng.
Còn theo tài liệu điền dã của nhà nghiên cứu Hà Tấn Tài (chủ nhà thùng nước mắm Đại Đức), gia đình ông đã có 6-7 thế hệ sống ở Phú Quốc bằng nghề làm nước mắm cho tới bây giờ.
Quá trình dày công tìm hiểu và sưu tập, đến nay ông Tài đã có đủ tài liệu để xác định người làm nước mắm đầu tiên của gia tộc là bà ngoại tổ Phạm Thị Kỳ (1850-1920). Đây cũng là một trong những gia tộc có truyền thống làm nước mắm lâu đời nhất Phú Quốc.
Căn cứ theo độ tuổi của bà Kỳ thì nghề làm nước mắm ở Phú Quốc có từ khoảng 150 năm trước.
Tuy nhiên, đến 21-12-1916, nước mắm Phú Quốc của người bản xứ mới được chính quyền thuộc địa chính thức công nhận bằng văn bản pháp lý.
Đó là việc Chính quyền Liên bang Đông Dương ban hành Nghị định về nước mắm. Trong đó, quy định cụ thể về thành phần tạo thành nước mắm là cá biển tươi và muối.
Từ sau nghị định này, các nghiệp chủ ở Phú Quốc liên tiếp đại diện đưa nước mắm đi đấu xảo từ các năm 1922 đến 1926, gồm: Đỗ Văn Cự (1922); Phạm Văn Bảy (1923, 1925); Đinh Văn Nhiều (1924) và Huỳnh Thị Lượm (1926).
Đấu xảo là "hội thi đấu về sự tinh xảo", đây là cách gọi cũ của hoạt động hội chợ, triển lãm. Được tổ chức để giới thiệu và quảng bá các tác phẩm, sản phẩm hàng hóa nhằm tạo cơ hội cho thị trường, thúc đẩy thương mại, phát triển kinh tế trong khu vực và trên thế giới.
Đến ngày 18-4-1930, chính quyền thuộc địa ở Nam kỳ tiếp tục ban hành Nghị định về sản xuất và tiêu thụ nước mắm; đồng thời bãi bỏ các nghị định cũ năm 1916, 1924 và 1926.
Tại Điều 2 của nghị định mới có nội dung: Cấm triển lãm, trưng bày giới thiệu và bán dưới tên gọi nước mắm hoặc nước nhứt. Tất cả các sản phẩm nước mắm phải được làm từ cá tươi và muối biển. Sản phẩm này phải đáp ứng yêu cầu của Điều 3 và 4.
Nội dung Điều 4 quy định nước mắm Nam Đông Dương (gồm Phú Quốc) phải đảm bảo ít nhất 15gr đạm/lít. Trong khi ở Bắc Đông Dương (từ Thanh Hóa đến Quảng Trị) đảm bảo ít nhất 5gr đạm/lít. Các sản phẩm còn lại phải đảm bảo 2gr đạm/lít.
Đáng chú ý, tại Điều 5 của nghị định này cấm chất bảo quản…
Nghị định về sản xuất và tiêu thụ nước măm năm 1930 là dấu mốc quan trọng, đánh dấu một bước tiến mới của nước mắm Phú Quốc trong việc bảo hộ thương mại của nhà nước. Đây cũng là cơ sở thúc đẩy quá trình thương mại hóa diễn ra nhanh hơn và cư dân tham gia vào hoạt động sản xuất nước mắm càng nhiều hơn.
Kể từ sau Nghị định năm 1930 có hiệu lực, tại Phú Quốc có gần 40 nhà thùng sản xuất nước mắm với số lượng tương đối lớn và đạt tiêu chuẩn chất lượng vào thời điểm này.
Hiện nay, có hơn 100 nhà thùng sản xuất nước mắm hoạt động tại Phú Quốc.
Tháng 12-2022, nghề làm nước mắm ở Phú Quốc được Bộ Văn hóa – Thể thao và Du lịch công nhận là Di sản văn hóa phi vật thể quốc gia.