ХСО обвиняли в массовых убийствах и этнических чистках (в частности, в отношении сербов и боснийцев), а также в сговоре с целью изгнать нехорватов или истребить их на территории нового независимого государства.
ХСО массакүләм үтерүләрдә һәм этник чистартуларда гаепләнде (аерым алганда, сербларга һәм босниялеләргә карата), шулай ук хорват булмаганнарны куып чыгару һәм аларны яңа бәйсез дәүләт территориясендә юк итү өчен сүз куештыруда гаепләделәр.