Q:

Quantidade de índice influência no desempenho?

Tenho um banco de dados relativamente grande. 
E a consulta nele varia bastante e tenho algumas dúvida com relação a desempenho:
1- Criar vários índices, levando em consideração o 

Where (E.condicao = '1') AND (E.situacao != 'desativado')...

Influencia no desempenho? (Além do espaço em disco?)
2 - Como ele define qual índice usar? 
3 - Existe alguma ponderação com relação a utilizar vários índices? 
Usando MySQL 5.5.

A:

1 - Criar vários índices, levando em consideração o

Where (E.condicao = '1') AND (E.situacao != 'desativado')...

Influencia no desempenho? (Além do espaço em disco?)

Acho que foi respondido em Quais as vantagens e desvantagens do uso de índices em base de dados?.

2 - Como ele define qual índice usar?

Usando álgebra relacional e teoria dos conjuntos confrontando com dados concretos e estatísticos da base de dados para obter heurísticas que determinam que um dos índices existentes produzirá resultado de forma mais eficiente, ou que um índice ser criado só para a operação pode compensar seu custo.
Neste exemplo ele procurará um índice que seja composto pela coluna condicao e se possível seguido da coluna situacao, que por sinal parece uma coluna ineficiente.

3 - Existe alguma ponderação com relação a utilizar vários índices?

Pode ver isso em Índices desnecessários no banco são um problema?.

