Q:

Alterar a pasta de dependências do projeto (lib)

Ao compilar meu projeto no Netbeans é gerado os arquivos dessa forma:
./dist
./dist/meuProjeto.jar
./dist/readme.txt
./dist/lib
./dist/lib/dependencia1.jar
./dist/lib/dependencia2.jar

E eu quero que seja gerado sem a pasta lib, dessa forma:
./dist
./dist/meuProjeto.jar
./dist/readme.txt
./dist/dependencia1.jar
./dist/dependencia2.jar

Sei que tem alterar o build.xml, mas não encontrei nada que se referia em como alterar o destino dos .jar dependentes.

A:

Para conseguir o resultado desejado tive que fazer dois ajustes.
1º No arquivo meuProjeto\nbproject\build-impl.xml ajustei a linha:
<globmapper from="*" to="lib/*"/>

Para:
<globmapper from="*" to="*"/>

Essa linha tem como finalidade definir o caminho de onde estão os .jar dependentes, em relação ao .jar sendo executado. Esse caminho é gerado por esse script e fica no manifest.mf que é salvo dentro do .jar compilado.
2º No arquivo meuProjeto\build.xml adicionei as linhas:
<target name="-post-jar">
    <echo message="Copiando as bibliotecas dependentes para o mesmo diretório do jar"/>
    <copy todir="${dist.dir}">
        <fileset dir="${dist.dir}\lib"/>
    </copy>
    <delete dir="${dist.dir}\lib"/>
</target>

PS: Lembrando que está solução é extremamente dependente da IDE usada, neste caso o NetBeans.

