Kategorizo habitatet e ndryshme të shkëmbinjve koralorë.
Shkëmbinjtë koralorë mund të ndahen në tre habitate kryesore: shkëmbinj nënujorë koralorë të cekët, shkëmbinj nënujorë koralorë mesofotikë dhe shkëmbinj nënujorë të thellë koralorë. Shkëmbi i cekët koral është lloji më i zakonshëm, që gjendet në ujërat e cekëta pranë bregut. Gumë koralore mesofotike gjendet në ujërat deri në 200 metra të thella dhe njihet edhe si "zona e muzgut". Shkëmbi i thellë koral gjendet në ujërat nën 200 metra dhe karakterizohet nga kanione, lugina dhe mure të thella.