分子溯源工作组分析了从动物身上采集病毒的基因组数据。已有证据显示，与新冠病毒最相近的冠状病毒存在于蝙蝠和穿山甲体内，表明这两种哺乳动物可能是新冠病毒的宿主，但病毒相似度尚不足以使其成为新冠病毒的直接祖先。此外，水貂和猫等动物对新冠病毒高度易感，表明可能还有其他动物是潜在宿主。动物与环境工作组在对中国野生动物采样和检测中，没有发现新冠病毒的存在。动物与环境工作组对从菊头蝠和穿山甲等动物体内发现的与新冠病毒有亲缘关系的冠状病毒进行了分析。在疫情发生前后从中国31个省、区、市收集到的超过80000份野生动物、家畜和家禽样本中，也没检测到新冠病毒抗体或核酸的阳性结果 。 2021年8月16日，中国外交部发言人华春莹就世界卫生组织秘书处日前关于下阶段新冠病毒溯源问题的声明回答记者提问。外交部召开新冠病毒溯源问题驻华使节吹风会，全面阐述了中方在溯源问题上的立场主张和最新工作进展。华春莹强调，世卫组织是由成员国主导的。溯源工作事关重大，全球下阶段溯源工作也必须由成员国主导。