وشدد الوزير في تصريح للصحافة على هامش افتتاح الملتقى الوطني الرابع للطريقة القادرية بالجزائر وعموم إفريقيا على عدم إقحام الزوايا في سجال وقضايا لا تعنيها قائلا إن من يريد أن يسيس نشاط الزوايا لا يفقه شيئا عنها واعتبر الوزير أن تنظيم هذا الملتقى تحت شعار الوحدة الوطنية هو بمثابة استجابة جديدة للنداء السابق الذي وجهه الرئيس بوتفليقة من أجل توحيد الخطاب الديني في المساجد مؤكدا أن الزوايا تلعب دورا إيجابيا في المحافظة على الوحدة الوطنية وتأمين الوطن والتصدي لمن وصفهم ب دعاة الفتنة الذين يريدون تمزيق البلاد باسم الطائفية والأفكار الشاذة لتشويه صورة الإسلام الذي هو بريء من هؤلاء واتهم الوزير أطرافا لم يسمها بضرب المرجعية الدينية بالجزائر والتشويش عليها من خلال محاولة إغراق الوطن بطوائف قتلها التاريخ على حد قوله مشيرا إلى أن التصدي لهذا الأمر لا يكون إلا بالعودة إلى المرجعية الدينية الأصيلة ودعا الوزير الجامعات إلى الالتحاق بركب المؤسسات الدينية من اجل مواجهة التطرف الفكري وحماية أمنها من الفتن المحدقة بها
قال وزير الشؤون الدينية والأوقاف محمد عيسى إن زيارة وزير الطاقة والمناجم السابق شكيب خليل لبعض الزوايا ليس لها أي طابع سياسي مثلما تم الترويج له مؤكدا في ذات السياق أن الزوايا حرة في استقبال من تشاء وليس لأي وزير أو مسؤول سلطة عليها أو توجيهها