وقد حققت رغم ذلك استقلاليتها بالرغم من قلة الموارد أو حتى انعدامها في بعض الأحيان مشيرة أنه تم انجاز العديد من مشاريع القوانين التي تعتبر من الآليات اللازمة لمكافحة الفساد وهي مشاريع جاهزة تنتظر طرحها على المجلس الوزاري ثم تتبناها الحكومة وتحال بعد ذلك على مجلس نواب الشعب لمناقشتها والمصادقة عليها مؤكدة أن هيئة مكافحة الفساد تعمل من أجل إرادة وطنية مضيفة ان العلاقة بين الهيئة والقضاء علاقة تكاملية وليست تنافرية فعندما أنشأت لجنة مكافحة الفساد لجنة عبد الفتاح عمر كان هناك صراع مع القضاء وتواصل بعد إحداث هيئة مكافحة الفساد ثم تقلصت فكرة أن اللجنة والهيئة أنشأتا ليس للتدخل في القضاء بل لمكافحة الفساد وتأكد لدى أغلب القضاة بأن دور الهيئة التقصي عن حالات الفساد وتكوين ملف في الغرض ثم بعد أن يستكمل يحال على القضاء وهنا ينتهي دور هيئة مكافحة الفساد
تحدثت المستشارة المقررة لدى الهيئة الوطنية لمكافحة الفساد نجاة باشا خلال اليوم الدراسي لواقع القضاء اليوم الذي نظمته منظمتي أنا يقظ والشفافية الدولية باحد نزل العاصمة عن دور الهيئة في احالتها للعديد من ملفات الفساد على القضاء رغم أن امكانياتها تكاد تكون منعدمة