وبحسب اللواء عبد الفتاح عثمان مدير الإدارة العامة للإعلام بوزارة الداخلية فإن ثمة فرق عمل في وزارة الداخلية مخصصة لتعقب قيادات جماعة الإخوان المتورطين بالتحريض على القتل وعلى تهديد أمن البلاد وأشار إلى أنه وفي إحدى الملاحقات قامت فرقة أمنية بمداهمة لأحد الأماكن التي كان يتردد عليها المرشد إلى ذلك أعلن اللواء عثمان أن المرشد لم يقاوم الاعتقال وأن الشخص الذي كان متواجدا معه في تلك الشقة هو عبد الرحيم محمد بن عبد النبي وهو مدرس من محافظة بني سويف وتابع موضحا أن قوات الأمن والقوات المختصة تقوم بفحص المكان الذي تم القبض على الدكتور محمد بديع فيه أما عن المكان الذي نقل إليه المرشد فقال اللواء عثمان إن المرشد في مكان آمن مشيرا إلى أن العديد من التهم موجهة إليه منها القتل والتعذيب والتحريض وتهديد أمن الدولة واستقرار البلاد
وذلك تنفيذا لقرارات النيابة العامة بضبط وإحضار محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان ومن خلال جمع المعلومات ورصد التحركات وجار اتخاذ الإجراءات القانونية اللازمة حياله وبحسب ما قال تلفزيون الحياة فإنه تم نقل محمد بديع تحت حراسة أمنية مشددة إلى سجن طرة