ويحتوي الفندق على غرفة وجناحا أبرزها جناحا نيبتون وبوزيدان القائمان تحت الماء واللذان يجعلان من الإقامة في فندق أتلانتس تجربة فريدة لا مثيل لها حيث أقيم هذا القسم الذي يقع تحت الماء بوحي من أسطورة أتلانتس القارة الأسطورية المفقودة التي غرقت تحت الماء ويحتوي هذا الحوض المائي العملاق على العديد من التحف والقطع التي تمثل أنقاض هذه القارة المفقودة إلى جانب أكثر من ألف كائن مائي وتهدف أماكن الإقامة تحت الماء في أتلانتس النخلة في دبي إلى خلق شعور جميل من خلال تأمل الآثار القديمة للمدينة المفقودة الأسطورية حيث توفر الأجنحة الفاخرة المكونة من طابقين وثلاثة طوابق نوافذ ممتدة من الأرض حتى السقف تطل على بحيرة أمباسادور الشاطئية والتي تعد جزءا من أكبر أكواريوم في الهواء الطلق في الشرق الأوسط كما يمكن الاستمتاع بمشاهدة السمك وأسماك القرش وتشمل أسعار الجناح إقامة الدولفين لشخصين والدخول غير المحدود إلى حديقة أكوافنتشر المائية والأكواريوم موفرة للزوار فرصة نادرة لالتقاط لمحة عن الحياة البحرية
جاء فندق أتلانتس النخلة في قائمة أكثر الفنادق تحت الماء إبهارا في العالم والتي ضمت فندقا توفر مبيتا لا يصدق تحت الماء نشرها موقع يو إس نيوز الأميركي وقال الموقع يعد الحلم المسمى فندق أتلانتس نخلة جميرة في دبي واحدا من الفنادق القليلة في العالم التي تتيح لنزلائها النوم بقرب الأسماك وآلاف المخلوقات البحرية الأخرى