فقد تبين للعلماء أن كل أنواع الجراثيم تتجمع في كبسولات ماكينة القهوة ويقول فريتس تيتجماير رئيس مختبر علم الأحياء الدقيقة الغذائي في جامعة مونستر للعلوم التطبيقية في ألمانيا هذه الكبسولات تساعد على نمو العفن وإذا تركت كبسولة القهوة المستخدمة في الماكينة لأيام قليلة قبل أن تتخلص منها فربما يتبقى بعض أنواع العفن ما يؤثر على القهوة القادمة كما أن حاويات المياه والأنابيب في ماكينات القهوة بيئة تكاثر مثالية للبكتريا إذا لم يتم تنظيفها بشكل ملائم ويوضح الخبير يمكن أن تستقر البكتريا هناك في شكل أغشية حيوية
محبو القهوة يمكن أن يدققوا كثيرا عندما يتعلق الأمر بإعداد ومذاق شرابهم المفضل ولكن ربما ينبغي عليهم أن يأخذوا في اعتبارهم تطبيق نفس السلوك الحصيف عندما يتعلق الأمر بنظافة ماكينات القهوة الخاصة بهم