وقد اطلع صاحب السمو رئيس الدولة بقصر البحر على التعديلات النهائية لتصميم المسجد التي كان سموه قد أمر بإدخالها من قبل في ضوء الشرح الكامل الذي قدمه سمو الشيخ سلطان بن زايد آل نهيان نائب رئيس مجلس الوزراء رئيس دائرة الأشغال ويضم المسجد الذي يعد صرحا إسلاميا كبيرا ومعلما حضاريا متميزا مآذن بارتفاع متر لكل منها ويستوعب المبنى الرئيسي آلاف مصل كما يشتمل على صحن كبير وسيقام بجانبه مركز إسلامي يضم متحفا للتراث الإسلامي وقاعات لتعليم القرآن وأخرى للمؤتمرات والمقتنيات الأثرية والعلمية والفنية
أصدر صاحب السمو الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان رئيس الدولة توجيهاته ببدد العمل في بناء مسجد زايد بن سلطان الثاني الذي يقع على مدخل مدينة أبوظبي بين طريقي المصفح والمطار