وواصلت الجزيرة استهدافها مملكة البحرين فيما بعد مرحلة الميثاق من خلال تغطيات برامج موجهة من بينها برنامج الفقر في البحرين الدولة الخليجية النفطية الذي أغلق بعد بثه مكتب الجزيرة في البحرين بأوامر حكومية رغم أن وزيرة الشؤون الاجتماعية فاطمة البلوشي كانت بين ضيوفه ومع بدايات ما سمي الربيع العربي شهدت البحرين أحداث فوضى وتخريب سرعان ما اندفعت قطر وإيران تدريجيا لدعمها والتحريض على تأجيجها عن طريق وسائل الإعلام والدعم المباشر وغير المباشر للكيانات الإرهابية الطائفية وعلى الرغم من أن قطر تظاهرت بالصمت أثناء الأحداث في دوار اللؤلؤة إلا أن تقرير لجنة تقصي الحقائق برئاسة القاضي الدولي محمود شريف بسيوني كشف أن قطر حاولت سرا لعب دور في الأزمة السياسية في البحرين
غطت قناة الجزيرة بعد تأسيسها في العام الكثير من الأحداث في البحرين في نشراتها الإخبارية خلال تلك الفترة وقامت بإجراء العديد من المقابلات مع رموز المعارضة خارج البحرين كان أهمها استضافة منصور الجمري على برنامج الاتجاه المعاكس عشية التصويت على ميثاق العمل الوطني في