Karena semua ctenophor modern kecuali beroid memiliki larva seperti cydippid, secara luas diasumsikan bahwa nenek moyang mereka yang terakhir juga menyerupai cydippid, memiliki tubuh berbentuk telur dan sepasang tentakel yang dapat ditarik. Analisis morfologis murni Richard Harbison pada tahun 1985 menyimpulkan bahwa cydippid tidak monofiletik, dengan kata lain tidak mengandung semua dan hanya keturunan nenek moyang tunggal yang merupakan cydippid itu sendiri. Sebaliknya ia menemukan bahwa berbagai keluarga cydippid lebih mirip dengan anggota pesanan ctenophore lain daripada cydippid lainnya. Dia juga menyarankan bahwa leluhur umum terakhir dari ctenophores modern adalah cydippid-like atau beroid-like. Sebuah analisis filogeni molekuler pada tahun 2001, menggunakan 26 spesies, termasuk 4 spesies yang baru-baru ini ditemukan, menegaskan bahwa cydippid bukan monofiletik dan menyimpulkan bahwa nenek moyang terakhir dari ctenophores modern mirip cydippid. Juga ditemukan bahwa perbedaan genetik antara spesies-spesies ini sangat kecil - sangat kecil sehingga hubungan antara Lobata, Cestida dan Thalassocalycida tetap tidak pasti. Ini menunjukkan bahwa nenek moyang terakhir dari ctenophores modern relatif baru, dan mungkin cukup beruntung untuk selamat dari peristiwa kepunahan Cretaceous-Paleogene 65,5 juta tahun yang lalu sementara garis keturunan lainnya musnah. Ketika analisis diperluas untuk menyertakan perwakilan dari filum lain, disimpulkan bahwa cnidaria mungkin lebih erat kaitannya dengan bilaterian daripada kelompok mana pun dengan ctenofor tetapi diagnosis ini tidak pasti.
Dalam periode waktu apa Lobata, Cestida dan Thalassocalycida menjadi punah?
Peristiwa kepunahan Cretaceous – Paleogen
peristiwa kepunahan Cretaceous-Paleogene
Dalam PPO
periode NNO
waktu NNO
apa PRI
Lobata NNO
, PUN
Cestida NNP
dan CCN
Thalassocalycida NNP
menjadi VBI
punah VBI
? PUN