Sin embargo, hacia el fin de sus días cambió de opinión y señaló en su obra Las Retractaciones (libro I, 21) que la piedra sobre la que se edifica la Iglesia, o congregación cristiana, no es Pedro.
Manaraq wañupushaspataq Pedromanta rimaspa nirqan: “Jesusqa manan Pedrotaqa nirqanchu: ‘ Qanmi qaqa kanki ’, nispachu aswanpas nirqanmi: ‘ Qanqa Pedron kanki ’, nispan ”, nispa.