با اشتباه نشود. «خاتمی» و «محمد خاتمی» به اینجا تغییرمسیر دارند. برای برای دیگر افرادی با نام خاتمی را ببینید. برای برای دیگر افرادی با نام محمد خاتمی را ببینید. 
 (زادهٔ ۲۱ مهر ۱۳۲۲) محقق، روحانی، سیاستمدار و پنجمین است که طی دو دوره بین سال‌های ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۴ این مسئولیت را عهده‌دار بود. او سومین فرزند است.
 خاتمی از ۱۳۴۱ به فعالیت‌های سیاسی پرداخت و عضو اصفهان بود. او در ۱۳۵۹ نمایندهٔ مردم اردکان و میبد در بود و در همان سال به عنوان نمایندهٔ و سرپرست منصوب شد. او از ۱۳۶۱ تا ۱۳۷۱ ریاست و در طول جنگ تحمیلی و ریاست را نیز بر عهده داشت. خاتمی از سال ۱۳۷۱ مشاور رئیس‌جمهور و رئیس کتابخانهٔ ملی بود و در دانشگاه هم تدریس می‌کرد. او در سال ۱۳۷۵ با حکم علی خامنه‌ای عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی شد. روز پیروزی او در با کسب بیش از ۲۰ میلیون رأی با هفتاد درصد آراء به نامی برای بدل شد. او توسط بسیاری به عنوان رهبر شناخته می‌شود.
 خاتمی صاحب ایده‌ای به نام بود که شهرت جهانی یافت و با نام او شناخته می‌شود. نیز سال ۲۰۰۱ را بر اساس این ایده، سال گفتگوی تمدن‌ها نامید. او هم‌اکنون رئیس است. مجلهٔ در سال ۲۰۰۹ محمد خاتمی را چهارمین مرد قدرتمند ایران نامید. 
 سید محمد خاتمی در ۲۱ مهر ۱۳۲۲ خورشیدی در شهر در متولد شد. پدرش مؤسس مدرسهٔ علمیهٔ اردکان و شهر در سالیان نخستین پس از انقلاب ایران و مادرش (درگذشته ۱۳۹۴) هستند. او با ، خواهرزادهٔ و دختر علی‌اکبر صادقی استاد مشهور حقوق اسلامی در دانشگاه، در سال ۱۳۵۳ (در ۳۱ سالگی) ازدواج کرد. او دو دختر به نام‌های (زادهٔ ۱۳۵۵) و (زادهٔ ۱۳۶۱) و پسری به نام (زادهٔ ۱۳۶۷) دارد. لیلا، دارای دکترای ریاضی از دانشگاه تهران بوده و هم‌اکنون دانشیار دانشکدهٔ ریاضی در آمریکا است. 
عمادالدین هم در اسفند ۱۳۹۰ ازدواج کرده‌است و تنها فرزند خاتمی در ایران است. از سایر بستگان مشهور او می‌توان به برادرش (از رهبران ) منتخب اول مردم تهران در ششمین دورهٔ مجلس شورای اسلامی و نایب رئیس آن مجلس، اشاره کرد. در ضمن با نوهٔ ، که از فعالان حقوق زنان است، ازدواج کرده‌است.
 دیگر برادر خاتمی، ، فوق لیسانس مهندسی صنایع از دارد و طی دومین دورهٔ ریاست جمهوری خاتمی رئیس دفتر او بود. همچنین خواهر بزرگ‌تر خاتمی، ، به عنوان منتخب اول مردم اردکان در انتخابات شورای شهر سال ۱۳۷۸ انتخاب شد. خاتمی علاوه بر زبان مادری خود فارسی، به زبان‌های عربی، انگلیسی و آلمانی تسلط دارد. 
 خاتمی از نوجوانی به دروس حوزوی روی آورد و طلبه شد و در درس و دیگر اساتید مشهور شرکت کرد. وی تحصیلات خود را در رشتهٔ کارشناسی در ادامه داد و عضو هیئت‌مدیرهٔ انجمن اسلامی این دانشگاه بود.
 در سال ۱۳۴۸ (۱۹۶۹ میلادی) از این دانشگاه فارغ‌التحصیل شد و تحصیلات خود را تا سطح در رشتهٔ ادامه داد. در سال ۱۳۵۰ (۱۹۷۱ میلادی)، او به بازگشت و دروس عالی حوزوی را ادامه داد. در سال‌های ۱۳۵۷ تا ۱۳۵۹، با تأیید ، امامت را بر عهده داشت.
 سید محمد خاتمی به دلیل مطرح کردن طرح موفق به اخذ از و انگلستان و دانشگاه لیژ در بلژیک شد. 
 پس از پیروزی در سال ۱۳۵۷ و سقوط حکومت و قدرت گرفتن جمهوری اسلامی، او در انتخابات شرکت کرد و به عنوان نمایندهٔ مردم و وارد مجلس شد. در سال ۱۳۶۰ به فرمان به سرپرستی منصوب گردید و سال بعد از آن در کابینهٔ ، نخست‌وزیر وقت، به عنوان انتخاب شد و همین سمت را در کابینهٔ نیز به عهده داشت.
 ، رهبر فعلی جمهوری اسلامی در اوایل دههٔ هفتاد ایدهٔ مبارزه با تهاجم فرهنگی غرب را مطرح ساخت که توسط تمام نهادهای مختلف پیگیری شد، اما خاتمی با این دیدگاه کاملاً موافق نبود. پس از مدتی اختلاف نظر بین او و خامنه‌ای و مقاومت وی در مورد فضای مطبوعاتی و آزادی‌های فرهنگی، منجر به استعفای وی شد. 
 در ۳ خرداد ۱۳۷۱ محمد خاتمی با نوشتن نامه‌ای به اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس‌جمهور وقت، از مقام خود استعفا کرد. خاتمی در استعفانامهٔ خود نوشت در عرصهٔ فرهنگی ایران «با شکسته شدن همهٔ مرزهای قانونی، شرعی، اخلاقی و عرفی کار از نقد و ارزیابی (ولو غیرمنصفانه) گذشته و هر وسیله‌ای برای رسیدن به اهداف خاصی مباح شمرده شده‌است و بدین‌سان می‌رود که کار به کلی از روال منطقی و مشروع خارج شود و در نتیجه فضایی ناسالم و آشفته پدید آید که فوری‌ترین اثر آن دل‌زدگی و عدم امنیت اندیشمندان و هنرمندان سالم و صاحب شخصیت و حتی مؤمن و شیفتهٔ انقلاب و اسلام است.» 
 سال‌ها بعد گفت خاتمی با هاشمی رفسنجانی برای استعفا مشورت کرده بود و هاشمی رفسنجانی با وجود مخالفت، برای حفظ خاتمی «پافشاری» نکرده بود. موسوی لاری گفته بود: «هاشمی فکر می‌کرد که با ماندن خاتمی یک کانون تهاجم علیه دولتش شکل می‌گیرد که با رفتن خاتمی آن کانون از بین می‌رود.» 
 او از آغاز دههٔ ۷۰ مشاور رئیس‌جمهور و رئیس بود و هم‌زمان در دوره‌های دانشگاهی مختلف، اندیشهٔ سیاسی، فلسفه و اندیشهٔ سیاسی در اسلام تدریس می‌کرد. در سال ۱۳۷۵ به فرمان علی خامنه‌ای، به عضویت درآمد.
 در ، خاتمی به عنوان نمایندهٔ داخلی شرکت کرد. رقیب اصلی وی بود و نامزدهای دیگر در آن انتخابات و بودند. فضای انتخاباتی ریاست جمهوری در پاییز و زمستان سال ۱۳۷۵ خیلی بوی رقابت نمی‌داد و جریان محافظه کار در هشتمین سال ریاست جمهوری در دولت موسوم به سازندگی پیشاپیش خود را برندهٔ انتخابات می‌دانست. بر خلاف بسیاری از پیش‌بینی‌ها، خاتمی با اختلاف بیش از ۱۳ میلیون رأی با نفر قبل پیروز شد و حدود هفتاد درصد آراء را از آن خود نمود. در این انتخابات ۷۹٫۹۳ درصد واجدین شرایط یعنی ۲۹٬۱۴۵٬۷۵۴ نفر شرکت کردند که در نهایت محمد خاتمی ۲۰ میلیون رأی آورد. در آغاز رای‌گیری اتهامات وسیعی مبنی بر مخالفت وی با مبانی اسلام و انقلاب توسط جناح محافظه کار منتشر شد تا جایی که طی بیانیه‌ای؛ رأی دادن به ناطق نوری را وظیفهٔ شرعی و الهی خود نامید. 
 انتخاب او در ۲ خرداد ۱۳۷۶، دورهٔ جدیدی در سیاست ایران بود و جنبشی که از دل این قضیه آغاز شد، معمولاً « » نامیده می‌شود. این در ضمن اولین انتخابات رقابتی پس از پایان بود. پیش از آن خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی هر کدام دو بار با کسب اکثریت آرا به ریاست جمهوری انتخاب شده بودند. خاتمی در سال ۱۳۸۰ و انتخابات ۱۸ خرداد نیز پس از حدس و گمانه‌های مختلفی در مورد عدم شرکتش، شرکت کرد. خاتمی خود علت شرکتش را «میل مردم» می‌دانست.
 دورهٔ ریاست‌جمهوری خاتمی از برهه‌های مهم تاریخ سیاسی است شعار جامعهٔ مدنی وی که بعدها در قبال سکوت وی توسط علی خامنه‌ای به‌عنوان برداشتی از مدینة النبی نام برده شد در کنار توسعهٔ سیاسی از شعارهای اصلی وی بود. در همین راستا وی که در تصریح شده بود را، برای اولین بار برگزار کرد، و فعالیت‌های فرهنگی، هنری و سیاسی در فضایی بازتر از دولت‌های قبل و بعد انجام شد، در عین حال جناح مقابل ضمن انتقادات پیاپی وزیر کشور او را که از مهره‌های اصلی کابینه بود با پس از استیضاح بر کنار کرد. وزیر فرهنگ وی نیز یک بار استیضاح شد اما پس از دفاع از عملکرد خود توانست رأی اعتماد مجدد بگیرد.
 واقعهٔ مهم دیگر بود. در جریان این کنفرانس، نهاد در از ۱۷ نفر از اصلاح‌طلبان، روزنامه‌نگاران و ملی-مذهبی‌ها از جمله ، ، ، ، و دعوت به عمل آورد.
این کنفرانس آغاز ارتباط میان اصلاح‌طلبان داخل و اپوزیسیون خارج تلقی شد و مورد مخالفت تندروها در داخل و خارج قرار گرفت. در جریان سخنرانی‌ها اعضای به اعتراضات شدید پرداخته و یکی از آنان خود را نیمه‌عریان کرد، از سویی علی‌رغم مصادف بودن با ماه محرم ۲ شب پیاپی گزیدهٔ ۳۰ دقیقه‌ای از کنفرانس را پخش کرد و روزنامه‌های مخالف اصلاحات خواستار محاکمه آنان شدند. شرکت‌کنندگان در کنفرانس پس از بازگشت بازداشت شدند و ۲ هفته بعد توقیف گستردهٔ روزنامه‌های اصلاح‌طلب توسط دادستانی و بازداشت برخی از روزنامه‌نگاران سرشناس آغاز گردید. 
 یکی از مهم‌ترین وقایع دوران ریاست جمهوری خاتمی، اعتراضات ۱۸ تیر ماه ۱۳۷۸ بود که به واقعهٔ شهرت یافت. شروع ماجرا از اعتراض عده‌ای از دانشجویان دانشگاه تهران در مورد توقیف روزنامهٔ سلام بود که با واکنش شدید نیروهای امنیتی روبه‌رو شد و در روز دوم، نیروهای امنیتی به خوابگاه دانشجویان حمله‌ور شدند و تعداد زیادی از دانشجویان را مورد ضرب و شتم قرار دادند که در ادامه به یک اعتراض همه‌جانبه از طرف قشرها مختلف و به‌خصوص دانشگاهیان تبدیل گردید. در نهایت حکومت به کمک نیروهای بسیج، سپاه و پلیس اعتراض‌ها را توسط حکومت نظامی اعلام نشده، بشدت سرکوب و مخالفان را به زندان انداخت که از جمله زندانیان معروف می‌توان به اشاره کرد. در نهایت دولت از سرکوبگران به عنوان نیروی فشار نام برد و این اولین بار بود که این نیرو رسماً موجودیت پیدا کرد.
 اما مهم‌ترین موضوع سیاسی دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی را می‌توان افشا و اعلام رسمی وجود عوامل خودسر در که عامل اعلام شدند، نامید. این افشاگری به دستگیری یکی از سرشناسان به نام منجر شد. او بعدتر و طی یک واقعهٔ مشکوک در زندان خودکشی کرد. 
در این واقعه نویسندگانی به‌طور سیستمانه به قتل رسیدند از جمله و ، و بودند.
 قضیهٔ مهم دیگر لایحهٔ اصلاح قانون مطبوعات به مجلس بود که به گفتهٔ بسیاری آغاز آزادی بیان در ایران به‌شمار می‌رفت و در حالی که مطابق با قوانین جمهوری اسلامی توسط نمایندهٔ منتخب مردم یعنی رئیس‌جمهور و برای تصمیم‌گیری توسط بیش از ده‌ها تن از نمایندگان اصلاح‌طلب مجلس ششم در دستور کار مجلس شورای اسلامی قرار می‌گرفت با ابلاغ نامهٔ رهبری به رئیس وقت مجلس که توسط او به تعبیر شد، به صورت یک‌طرفه از صحن علنی مجلس خارج شد و برای مدتی صحن مجلس را صحنهٔ نزاع لفظی نمایندگان اکثریت مجلس با نمایندگان اقلیت کرد که سرانجام با سخنان بایگانی شد.
 در سطح بین‌المللی، خاتمی با مطرح کردن طرح « » در ، مطرح شد و او را به عنوان مبدع این نظریه می‌شناسند. 
دو دورهٔ ریاست جمهوری سید محمد خاتمی به ویژه دورهٔ نخست، آبستن اتفاقات و بحران‌ها و کارشکنی‌های بزرگ و کوچک بسیاری بود که نقطهٔ اوج آن در ۱۸ تیرماه ۱۳۷۸ با اتفاق افتاد و اغلب با سازماندهی قبلی و از سوی مخالفان محافظه‌کار مذهبی و نظامی دولت سامان داده می‌شد تا جایی که به تعبیر خود وی برای دولت او هر ۹ روز یک بحران ایجاد می‌کردند. 
 خاتمی دولت را در شرایطی تحویل گرفت که بر اثر بحران ناشی از محکوم شدن مقامات بلندپایهٔ جمهوری اسلامی در دادگاه‌های به اتهام کشتن چند تن از رهبران در آلمان، در اوج تیرگی قرار داشت و همهٔ سفیران اروپایی ایران را ترک کرده بودند. همچنین ایران متهم به دست داشتن در حمله به پایگاه آمریکا در الخبر و کنیسهٔ یهودیان در شده و در آستانهٔ حملهٔ موشکی آمریکا قرار داشت. گروه طالبان نیز اغلب نقاط افغانستان از جمله مناطق مرزی ایران را تصرف و صدها نفر را در حملات پیاپی به روستاهای مرزی به گروگان گرفته بود. رأی غیرمنتظرهٔ مردم در و موضع مسالمت‌جویانهٔ وی نقش مؤثری در خارج کردن ایران از آن وضعیت بحرانی داشت. 
 سیاست تنش‌زدایی و ایدهٔ از مهم‌ترین اقدامات دولت خاتمی در عرصهٔ روابط خارجی بود. عبارت گفتگوی تمدن‌ها بعد از اینکه در سپتامبر ۱۹۹۸ در بیانیه‌ای سال ۲۰۰۱ را «سال گفتگوی تمدن‌ها» نام نهاد مشهور شد. پس از آن در بهمن ۱۳۷۷ دولت ایران مرکز بین‌المللی گفتگوی تمدن‌ها را برای هماهنگی فعالیت‌های مربوط به گفتگوی تمدن‌ها تأسیس کرد. محمد خاتمی در جلسهٔ افتتاحیهٔ که نیز در آن سخنرانی می‌کرد، شرکت نکرد اما رئیس‌جمهوری آمریکا در هنگام سخنرانی وی در سالن حاضر شد و سخنرانی رئیس‌جمهوری ایران را گوش کرد، اتفاقی که دیگر هرگز تکرار نشد. در پرتو این اقدامات ایران تا حدودی از انزوای جهانی پس از انقلاب خارج گردید. او اولین رئیس‌جمهور ایران بود که با دعوت دولت‌های اروپایی به ، و سفر رسمی انجام داده‌است. دولت در سال‌های اول دولت خاتمی در واکنش به تحولات ایران از تصویب تحریم‌های تازه‌تر علیه ایران در سنا جلوگیری کرد و شرکت‌های نفتی ، و را از شمول قانون تحریم‌های داماتا معاف ساخت. مصاحبهٔ او با تلویزیون نیز نقش فراوانی در بهبود چهرهٔ ایران در آمریکا داشت. گرچه تسلیم شدن وی در برابر موضع ضد رابطه با آمریکا و بی‌عملی وی در دیگر عرصه‌های سیاست خارجی از جمله برنامهٔ در دراز مدت به کشورهای غربی فهماند که نقش چندانی در ندارد موضوعی که خود وی نیز با اذعان به اینکه برخی دولت را به عنوان تدارکاتچی می‌خوانند، بدان اعتراف کرد و سال بعد آن را تکذیب نمود. 
یکی از مهم‌ترین مواضع وی سخنرانی علیه بود که توانست ایران را از تیررس حملات آمریکا پس از دور کند. دولت ایران گرچه به دلیل مخالفت علی خامنه‌ای نتوانست همکاری نظامی چندانی با در سرنگونی و داشته باشد، اما نقش سیاسی مؤثری در این تحول داشت. محمد خاتمی در نیمهٔ دوم دولت خود بنا داشت تنش زدایی و تعامل سازنده را با طرف غرب پی بگیرد. به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی مسئولیت مذاکرات را بر عهده گرفت و با حضور افرادی چون ، و مسئولیت مذاکرات با ، و را عهده‌دار شد. در ۲۹ مهر ۱۳۸۲ برابر با ۲۱ اکتبر ۲۰۰۳، در نشست مشترک وزرای خارجهٔ سه کشورِ اروپایی و هیئت ایرانی که در تهران، ، برگزار شد، بیانیه‌ای اعلام گردید که به موجب آن، ایران برای بازدید بازرسان آژانس انرژی اتمی از تأسیسات اتمی خود اعلام همکاری کرد و گازدهی در نطنز را در راستای راستی‌آزمایی و اثبات صلح‌آمیز بودن فعالیت هسته‌ای ایران، به صورت داوطلبانه و برای مدت محدود تعلیق کرد. بعد از این نیز توافق‌نامهٔ بروکسل در ۴ اسفند ماه ۱۳۸۲ برابر با ۲۳ فوریه ۲۰۰۴ به امضا رسید و ایران متعهد شد ساخت و آزمایش سانتریفیوژهای موردنیاز برای غنی‌سازی را متوقف کند که در پس آن توافق‌نامهٔ پاریس به امضا رسید. در پی این توافق سه کشور اروپایی از ارسال پروندهٔ اتمی ایران به شورای امنیت جلوگیری و قول استفاده از حق وتو در صورت ارسال پرونده به شورای امنیت را دادند. در انتها فشار نومحافظه‌کاران آمریکایی همچون ، و بر سبب شد تا طرف اروپایی به تعهدات خود پایبند نماند و بالاخره توافقات ایران و اروپا در ماه‌های پایانی دولت محمد خاتمی به پایان برسد و از این رو در آخرین ماه دولت هشتم، محمد خاتمی اعلام کرد که را از سر خواهد گرفت. 
خاتمی در زمان ریاست جمهوری خود با بسیاری از چهره‌های با نفوذ از جمله ، کوشیرو ماتسورا، ، ، ، ، ، و دیدار کرد. 
 
وی طی سخنانی در سال اول ریاست جمهوری پیرامون آزادی گفت: در سال‌های اول ریاست جمهوری وی آزادی مطبوعاتی نسبی در کشور شکل گرفت و برای اولین بار پس از تابستان ۱۳۶۰ برخی نیروهای اپوزیسیون توانستند نشریاتی را چاپ کنند یا مقالاتی در انتقاد از عملکرد مقامات عالی‌رتبه منتشر کنند. این آزادی نسبی و تغییر در فرم و محتوای مطبوعات با استقبال مردم مواجه شد تا جایی که تیراژ روزنامه‌ها برای اولین بار در اردیبهشت ۱۳۷۷ از دو میلیون نسخه در روز گذشت. در این دوره سراسری در در مهرماه سال ۱۳۷۶ پس از روی کار آمدن محمد خاتمی تأسیس شد. گرچه دولت وی پس از و استعفای از معاونت مطبوعاتی وزارت فرهنگ وارشاد اسلامی، همچون گذشته به دفاع از مطبوعات نپرداخت تا جایی که در دور دوم دولت او نیز اغلب از داشتن نشریه محروم بود. دولت همچنین در برابر توقیف پیاپی مطبوعات توسط قاضی دادگاه مطبوعات و دادستان تهران و همچنین محاکمه و زندانی کردن روزنامه‌نگاران حتی هنگامی که وزیر کشور و مدیر مسئول را شامل شد، اقدام خاصی صورت نداد. همچنین در این دوره روزنامه‌های جدیدی که با شتاب وارد حوزه‌های جدیدی می‌شدند که نزدیک به دو دهه از ورود به آن منع شده بودند انتشار یافتند. اگرچه از یک سو استقبال و افزایش مخاطبان و تأثیرگذاری مطبوعات را به همراه داشت، اما در عین حال، موجب بروز مخالفت‌ها و برخوردهایی جدی با نشریات و روزنامه‌نگاران نیز شد. چنین شرایطی باعث شد که مطبوعات، در هشت سال ریاست جمهوری محمد خاتمی، همواره یکی از اصلی‌ترین و بحث برانگیزترین موضوعات مطرح باشند و در لباس یکی از عمده‌ترین چالش‌های جمهوری اسلامی ظاهر شد. در این دوره روزنامه‌هایی مانند ، ، ، ، ، ، ، و در جریان در اردیبهشت ۱۳۷۹ بدستور توسط و با استناد به قانون اقدامات تأمینی مصوب ۱۳۳۹، توقیف شدند. 
 پیش از خاتمی، طنز سیاسی در محدودهٔ حکومت سیاسی و بیشتر دولت و نهادهای انتخابی به انتقاد می‌پرداخت و از همین رو در نوشته‌های طنز به معادلات جناح‌های قدرت توجه می‌شد، تابوهایی مانند روحانیون و برخی مقامات عالی‌رتبه وجود داشت و در حقیقت به قول ، بزرگترین طنزپرداز این دوران، طنز در خدمت ارزش‌های انقلابی و اسلامی بود.
اما پس از دوم خرداد، طنز سیاسی از این محدوده فراتر رفت و در روزنامه‌های دوم خردادی طنزپردازی در موضع نویسنده بیرون حاکمیت قرار گرفت. جز شخص رهبر که طنزنویسی در مورد او می‌توانست به معنی اهانت تلقی شود و مجازات به دنبال داشته باشد، هر مقام سیاسی و هر نهاد و قدرت سیاسی به موضوع طنز تبدیل شد. روحانیون نیز سوژهٔ طنز قرار گرفتند و حتی کل انقلاب و مجموعهٔ نظام نیز توسط طنزنویسان به رشتهٔ طنز درآمدند. مهم‌ترین نشریهٔ طنز دوران خاتمی بود. 
 در زمانی که کرسی ریاست جمهوری را به محمد خاتمی سپرد، ۱۴۳۸۶ عنوان کتاب در سال تولید شده بود و در زمانی که محمد خاتمی دولت را به می‌سپارد سالانه ۳۸۹۹۱ عنوان کتاب تولید شده‌است. سیاست‌های اولین وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی محمد خاتمی سبب شد تا سختگیری در مقابل برخی آثار به حداقل برسد. کتاب‌هایی که در دورهٔ وزارت اجازهٔ چاپ مجدد نداشتند، در این دوره بدون هیچ مشکل خاصی به چاپ رسیدند و وزیر ارشاد در یک اعلام عمومی گفت که کتاب‌هایی که برای بار اول از ارشاد مجوز چاپ دریافت کردند، دیگر نیازی به مراجعهٔ دوباره برای دریافت مجوز ندارند. این کار سبب شد تا کتاب‌هایی چون رمان ده‌جلدی ، که در دورهٔ قبل به مدت سه سال از چاپ آن ممانعت می‌شد، فرصت چاپ بیابند. بخش مهمی از فعالیت‌های حوزهٔ کتاب در دورهٔ خاتمی به چاپ و انتشار کتاب‌های مرتبط با موضوعات سیاسی اجتماعی و تاریخی اختصاص یافت. در بخش کانون‌های فعال کتاب نیز نیز دوران پرفرازونشیبی را طی کرد. تکمیل و راه‌اندازی که کلنگ آن در دورهٔ ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی به زمین زده شده بود و بودجه آن نیز در همان دوره اختصاص یافته بود، نیز از دیگر اقداماتی بود که در دورهٔ ریاست جمهوری محمد خاتمی سرانجام یافت. در سال‌های پایانی دههٔ هفتاد نیز کانون‌های فرهنگی هنری نقد کتاب و نشریات حوزهٔ کتاب فعالیتِ خود را آغاز کردند. در دورهٔ محمد خاتمی نشریات حوزهٔ کتاب هم رونقی جدی گرفت و وزارت ارشاد، به خصوص در این زمینه سرمایه‌گذاری‌های فراوانی کردند. 
 اینترنت در دوران هشت‌سالهٔ دولت اصلاحات در کنار رشد شگفت‌انگیزش، موانع و محدودیت‌هایی از جمله مسدود کردن سایت‌ها و وبلاگ‌ها گرفته تا احضار مسئولان سایت‌ها به دادگاه و زندانی شدن وبلاگ نویسان را از سر گذراند. کارت‌های اینترنتی به وفور و با هزینهٔ کم در هر فروشگاه و یافت می‌شد و کافه‌های اینترنتی در سطح شهرها گسترش یافتند. با گسترش وبلاگ‌های متعدد و در پی آن با گسترده‌تر شدن فیلترینگ در این دوره، دولت را با انتقاداتی فراوانی در زمینهٔ روش انتخاب سایت‌ها، دلایل و مستندات قانونی مسدود کردن سایت‌ها مواجه کرد. 
 در تئاتر در دوران خاتمی پس از هجده سال دوری به صحنهٔ تئاتر بازگشت و صحنه‌های تئاتر شاهد حضور پیش‌کسوتانی مانند نیز بود. در این دوران که مدت‌ها بود کاری در آن صورت نمی‌گرفت، دوباره فعال شده بیشتر نمایش‌های سنتی و ملی را پوشش می‌داد. خانهٔ نمایش در ادارهٔ تئاتر که ویژهٔ کارهای تجربی بود، دوباره راه‌اندازی شد و ساختمان ادارهٔ تئاتر که به خاطر اختلاف با مالک آن در آستانهٔ تعطیلی رفته بود با اعتراض تئاتری‌ها از مالک آن برای تئاتر خریداری شد و تالار فردوسی نیز تأسیس شد. بنیاد رودکی و فعال تر از گذشته شد. 
 در سال ۱۳۷۷ تبدیل به یک جشنوارهٔ بین‌المللی شد و از آن سال به بعد گروه‌های تئاتری خارجی در جشنواره حضور پیدا کردند.
یکی از اقدامات مهم دورهٔ خاتمی تأسیس خانهٔ تئاتر در سال ۱۳۷۸ و تدوین برنامهٔ پنج‌ساله بود. با ایجاد خانه تئاتر انجمن‌های بازیگران، کارگردانان، نمایشنامه‌نویسان، نمایشگران عروسکی، نمایش خیابانی، طراحان صحنه، کارکنان فنی و منتقدان و نویسندگان شکل گرفتند. 
در بخش سینما شاید چشمگیرترین دستاورد این دوره رشد سازمان‌های فرهنگی و هنری غیردولتی و تشکل‌های صنفی باشد. طبق آمار وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی بیش از ۴۳٪ تشکل‌های صنفی تا سال ۱۳۸۱ بعد از ورود خاتمی برپا شدند. در این دوره پس از سال‌ها بخش فیلم کوتاه و مستند، مجدداً به جشنوارهٔ اصلی سینمای ایران برمی‌گردد و حتی از سال ۱۳۸۱ وارد بخش مسابقه می‌شود. در دوران خاتمی را گرفت و دیگر آثاری مانند ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، ، و نیز در این دوره ساخته شد و فیلم‌های توقیفی مانند ، و اکران گشت. با روی کار آمدن خاتمی در مجموع فضای جدید و بازتری در بخش سینما ایجاد می‌شود. با نگاهی اجمالی به این دوره می‌توان پی برد که عموم فیلم‌سازان توجه خود را به ساخت فیلم‌هایی با مضامین اجتماعی معطوف کرده بودند و درصد جز مخاطب در اویل کار وزارت فرهنگ ارشاد اسلامی مثبت بود. از نکات منفی دورهٔ دوم دولت وی کاهش تعداد تماشگران در سینماها بود. کاهش تعداد تماشاگران سینما که چند سالی پیش از دولت محمد خاتمی آغاز شده بود، طی دورهٔ دوم ریاست وی دوباره ادامه یافت و حتی به وضوح نرخ نزول آن بیشتر شد. تا انتهای دورهٔ ریاست محمد خاتمی بسیاری از تشکل‌ها در زمینهٔ سینما و فیلم‌سازی، به‌ویژه در حمایت از فیلم‌های کوتاه و مستند بوجود آمد. انجمن مستندسازان سینمای ایران، انجمن تهیه‌کنندگان سینمای مستند، کانون سینماگران جوان، خانهٔ سینماگران جوان و بسیاری از جملهٔ این تشکل‌ها بود که در پایتخت و سایر شهرها برپا شد. 
 تأسیس و ثبات در دوران دولت خاتمی را بزرگترین دستاورد وی در زمینه موسیقی برمی‌شمارند. موسیقی کلاسیک غربی اگرچه در این دوره با حضور تحرکی نسبی به خود گرفت، اما در سال‌های اخیر وضعیت به دلیل نبود سیاستی واحد دچار آشفتگی شد. اگر چه در اجراهای گروهی، همانند دونوازی‌ها و سه‌نوازی‌ها و چهارنوازی‌ها رشدی چشمگیر داشت و از علاقه‌مندی نسل جوان به این‌گونه موسیقی خبر می‌داد، اما اجراهای ارکستر سمفونیک تهران، به جز مواردی که با رهبری و این اواخر ، اجرا شد، مابقی با استقبال عمومی روبه‌رو نمی‌شد. همچنین در بخش موسیقی زنان اگرچه نخستین جشنواره موسیقی بانوان در سال ۱۳۷۵ و در دولت رخ داد، اما نهادینه شدن آن در دولت خاتمی صورت گرفت، به‌نحوی که در دو سال آخر دبیر جشنوارهٔ یادشده نیز به یک بانوی موزیسین سپرده شد. ممنوعیت خوانندگی بانوان در مجامع عمومی، مرکز موسیقی وزارت فرهنگ و ارشاد را به این صرافت انداخت تا جشنواره‌ای ویژه بانوان تدارک بیند.
در بخش موسیقی خارجی نیز اجرا در کاخ نیاوران صورت گرفت. 
جدال چندساله بر سر رهبری دائمی ارکستر سمفونیک تهران نیز در ایجاد این وضعیت تأثیری جدی داشت. جدالی که در نهایت با درگذشت فریدون ناصری در روزهای اخیر به نوعی پایان یافت. در بخش موسیقی پاپ در ایران به رغم بازار اقتصادی مؤثری که در سال‌های آغازین دولت خاتمی به دست آورد، نتوانست با همان شدت و حدت آن مسیر را تداوم بخشد.
 در دوران خاتمی توانست تا نامزدی جایزهٔ موسیقی پاپ بی‌بی‌سی نیز به پیش برود. در بخش موسیقی محلی و سنتی در دورهٔ خاتمی موسیقی سنتی با پس رفت و بی‌اقبالی عمومی دچار شد، در مقابل موسیقی بومی نواحی ایران با اقبال و سرمایه‌گذاری دولتی روبه‌رو گردید و برگزاری باب شد. موسیقی سنتی هرچه در داخل به سمت فترت و ضعف سوق داده شد، در خارج از ایران به توفیقاتی دست یافت که در منحصربه‌فرد بود. نامزدی آلبوم غزل، کار مشترک ، و نیز نامزدی آلبوم ، کار مشترک ، و برای و اجرا در اجراهای آمریکا، اروپا و کانادا سبب شد تا در این سال‌ها همان موقعیتی را به دست آورد که موسیقی هند در دهه‌های ۶۰ تا ۸۰ در غرب به دست آورده بود. در سال ۱۳۷۷ با پشتیبانی دفتر امور موسیقی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی توسط راه‌اندازی شد. نهاد دیگری که در این دوره تاسيس و به ثبات رسید بود، اين نهاد در مهرماه سال ۱۳۷۷ و با حضور جمعی از چهره‌های شاخص موسيقی سنتی و کلاسيک شکل گرفت. 
در این سال‌ها علاوه بر فعالیت‌های آشکار موسیقی در حوزهٔ موسیقی پاپ، برخی از گروه‌های جوان که برای ارائهٔ آثارشان در سالن‌های عمومی با دشواری‌های فراوانی چون دریافت مجوز از ارشاد، از یک سو و هراس از هجوم گروه‌های فشار از دیگر سو روبه‌رو بودند، با استفاده از اینترنت، نوعی موسیقی را رواج و رونق دادند که به معروف شد. 
 آغاز دولت خاتمی با کاهش قیمت نفت و کاهش درآمدهای ارزی حاصل به ۹/۹ میلیارد دلار همراه بود. استقراض از بانک مرکزی جهت رفع کسری بودجه به افزایش تورم به بیش از ۲۰ درصد در سال ۱۳۷۸ انجامید که به تدریج به حدود ۱۳ درصد کاهش یافت. دولت در این زمان سیاست یکسان‌سازی نرخ ارز را به اجرا درآورد. از این رو پایین‌ترین میزان تورم در میان دولت‌های جمهوری اسلامی ایران در هشت سال ریاست جمهوری وی رخ داد. رشد اقتصادی بالای شش درصد به کاهش بدهی‌های خارجی کمک نمود. تشکیل حساب ذخیرهٔ ارزی، اصلاح سامانهٔ مالیاتی، تثبیت نرخ ارز و تصویب، ممنوعیت استقراض دولت از بانک مرکزی، کاهش تسهیلات تکلیفی، تأسیس بانک‌های خصوصی و اجرای قانون از مهم‌ترین اقدامات دولت خاتمی به حساب می‌آید. بیشترین نرخ سرمایه‌گذاری در میان دولت‌های جمهوری اسلامی ایران در هشت سال ریاست جمهوری وی رخ داد. در طول برنامهٔ سوم توسعه از سال ۱۳۷۹ تا ۱۳۸۳ چهار بانک خصوصی اجازهٔ فعالیت یافتند و واحدهای منطقه‌ای بورس در مراکز استان‌ها فعال شده و دو بازار کالایی بورس فلزات و کشاورزی نیز راه‌اندازی شده‌است. گسترش شبکهٔ تلفن ثابت و همراه، بهره‌برداری از و راه‌اندازی و راه‌آهن بافق–مشهد و بهره‌برداری از ۵۰ سد از جملهٔ پروژه‌های بزرگ برنامهٔ سوم توسعه بوده‌است. در حوزهٔ جاده‌ای اگرچه پیشرفت کار در و قابل توجه بود ولی در پروژهٔ احداث و ترمیم و که پررفت‌وآمدترین مسیر جاده‌ای ایران است، تغییر محسوسی اتفاق نیفتاد. دولت اول محمد خاتمی چهارهزار و ۵۰۹ دستگاه اتوبوس به ناوگان جاده‌ای ایران افزود و میانگین سن آن را بیش از دوازده سال کاهش داد و در سال‌های پایانی دولت محمد خاتمی ۲۲ فروند هواپیما به ناوگان هوایی ایران افزوده شد تا مجموع هواپیماهای شرکت‌های هواپیمایی ایران به ۸۵ فروند برسد. 
در دورهٔ ریاست‌جمهوری محمد خاتمی بزرگ‌ترین قرارداد سرمایه‌گذاری خارجی در صنعت خودروی ایران با ، ، و امضا شد و همچنین خودروی ملی ساخته شد و تولید خودروی کنار گذاشته شد. قرارداد پروژه رنو تندر۹۰ بزرگ‌ترین قرارداد سرمایه‌گذاری خارجی تولید خودرو در ایران است که بر اساس آن در فاز اول قرار بود سالانه ۳۰۰هزار دستگاه و در مراحل بعدی ۵۰۰هزار دستگاه خودرو تولید شود. در دولت اصلاحات ۴۸۱ کیلومتر آزادراه ساخته شد که از مجموع آزادراه‌های احداث شده در سال‌های پیش از انقلاب ۱۹۷۹ افزون‌تر است. اجرای ناموفق برنامهٔ خصوصی‌سازی و ادامهٔ پرداخت یارانه‌ها و ناتوانی در حذف آن‌ها از بزرگ‌ترین نقاط ضعف دولت خاتمی به‌شمار می‌رفت. دو میدان بزرگ نفتی و در زمان ریاست‌جمهوری خاتمی کشف شد. مسئولان وزارت نفت نیز در دفاع از عملکرد خود، آغاز برداشت از میدان‌های مشترک نفت و گاز ایران با کشورهای عربی از جمله را که به گفتهٔ آن‌ها مانع از تضییع حقوق ایران شده، جزو دست‌آوردهای دولت قلمداد کردند. ایران در سال ۱۹۹۹ مقام نخست اکتشاف را در جهان به دست آورد. 
مدیران نفتی خاتمی همچنین بهره‌برداری از پنج فاز بزرگ‌ترین میدان گازی جهان یعنی را در کارنامهٔ خود دارند و با طراحی ۱۷ فاز دیگر ایران را تا ۱۷۹ سال آینده برخوردار از ثروت گاز کرده‌اند. درآمد محصولات پتروشیمی ایران نیز در این سال‌ها به مدد سرمایه‌گذاری ۱۸ میلیارد دلاری، ۲ میلیارد و ۲۰۰ میلیون دلار افزایش یافته‌است. 
 در بخش بنزین، عدم توفیق دولت در احداث پالایشگاه‌های جدید اصلی‌ترین انتقادی بوده که طی این سال‌ها مجلس ایران نسبت به ارائهٔ لوایح تأمین اعتبار واردات بنزین داشته‌است. احداث پالایشگاه‌های جدید در ایران به دورهٔ اجرای برنامهٔ پنج‌سالهٔ چهارم توسعه که از امسال اجرای آن آغاز شده موکول شد. این در شرایطی است که در طول هشت سالِ گذشته نیاز ایران به بنزین به واسطهٔ رشد ۸۴درصدی مصرف، شش برابر شد و دولت ناچار شد برای تأمین اعتبار دو میلیارد و ۲۰۰ میلیون دلاری واردات بنزین در روزهای پایانی مأموریتش هم به مراجعه کند. حجم نقدینگی در پایان سال ۱۳۷۱ به سه‌هزار و ۵۸۶ میلیارد تومان و در پایان سال ۱۳۷۹ به ۲۴ هزار و ۹۱۱ میلیارد تومان رسید. از دیگر اقدامات دولت محمد خاتمی که تا آن زمان، خیلی کمتر انجام شده بود می‌توان به تولید و صادرات محصولات صنعتی با ارزش‌افزوده، کاهش وابستگی به نفت و سرمایه‌گذاری در امور زیربنایی اشاره کرد. در موضوع رشد اقتصادی ایران تنها سال ۱۳۸۱ در دولت دوم محمد خاتمی، رشد اقتصادی ۸٫۷۵ درصدی را تجربه کرده‌است. زمانی که خاتمی در سال ۱۳۷۶، دولت را تحویل گرفت، نرخ رشد اقتصادی، منفیِ ۰٫۲ بود و در سالی که دولت را تحویل داد، نرخ رشد به ۶٫۲ رسید، رشد اقتصادی دورهٔ اول و دوم خاتمی به کاهش بدهی‌های خارجی کمک نمود. در طول هشت سال دوران خاتمی در مجموع بیش از ۲۶۴۸ میلیارد تومان از سهام شرکت‌های دولتی از طریق برگزاری مزایده و عرضه در بورس تهران به بخش غیردولتی واگذار شد. از دیگر فعالیت‌های اقتصادی راه‌اندازی‌شده در زمان خاتمی می‌توان به و ایجاد اشاره کرد. در حالی که مجموع برداشت از حساب ذخیرهٔ ارزی در سال ۱۳۷۹ معادل صفر و در سال ۱۳۸۰ معادل ۰٫۹ میلیارد دلار بوده‌است، این میزان در سال‌های بعدی به شدت روند صعودی به خود گرفته‌است و در دوران ریاست موجودی میلیاردی این حساب نزدیک به صفر رسید. در بحث هم وضعیت درآمدهای نفتی دولت هفتم و هشتم نشان می‌دهد که مجموعاً در این دوره ۱۵۷ میلیارد دلار نفت صادر شد. این رقم نسبت به دو دولت قبلی یعنی دولت‌های پنجم و ششم حدود ۱۱ درصد بیشتر بوده و نسبت به دولت‌های نهم و دهم ۲۹۴ درصد کمتر بوده‌است. به لحاظ درآمدهای نفتی در مقایسه با سایر دولت‌های بعد از انقلاب، دولت اصلاحات از درآمد نفتی متوسط برخوردار بوده‌است. در این دوران متوسط سالانهٔ صادرات نفت و گاز ۲۱/۶۶ میلیارد دلار بود و متوسط سالانهٔ صادرات غیرنفتی ۴/۷۸ میلیارد. همچنین متوسط سالانهٔ واردات کالا ۲۰/۶۱ میلیارد دلار ثبت شده‌است. پس از انقلاب ۱۳۵۷ تا دورهٔ اول ریاست‌جمهوری محمد خاتمی، هیچ قراردادی در زمینهٔ نفت و گاز با شرکت‌های بین‌المللی امضا نکرد. در این سال‌ها بی‌ثباتی داخلی از یک سو و بدبینی به شرکت‌های بین‌المللی در کنار تأکید بر حق حاکمیت ملی بر منابع طبیعی مانعی بر سر اجازهٔ فعالیت شرکت‌های نفت و گاز بین‌المللی در ایران بود. در سال ۱۳۷۷ با هدف جذب سرمایه و تکنولوژی خارجی برای توسعهٔ منابع و کشور، برای اولین بار قراردادهای بیع متقابل به شرکت‌های خارجی ارائه شد. این قراردادها زمینه‌ساز ورود شرکت‌هایی همانند ، و به بازار عظیم نفت و گاز ایران شد. اما نکتهٔ منفی صنعت گاز در دولت محمد خاتمی عدم شفافیت اطلاعات قراردادهای گازی بود که سبب شده که مردم با رخداد حادثهٔ قطع گاز و کمبود آن در دو فصل بسیار سرد نسبت به پروژهٔ صادرات گاز ایران بدبین باشند. در مجموع با سیاست تنش‌زدایی خاتمی در دوران هشت سال ریاست‌جمهوری، ایران از وجههٔ قابل‌قبولی در جهان برخوردار بود به‌طوری که طی دورهٔ ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۳ حدود ۷/۱۷ میلیارد دلار سرمایه‌گذاری در زیرساخت‌ها و بخش تولید شد که ۷۱ درصد آن از تسهیلات خارجی و ۲۹ درصد از منابع داخلی استفاده شده بود. وضعیت در هشت سالهٔ ریاست محمد خاتمی یکی از باثبات‌ترین دوره‌های خود را سپری کرد. دلار از حدود ۶۴۰ تومان در سال ۷۶ در سال ۸۴ به حدود ۹۰۰ تومان رسید که به معنی افزایش ۴۰ درصدی در هشت سال است. در بحث رفاه اجتماعی نیز طرح پزشک خانواده در سراسر کشور آغاز شد و با اجرای طرح حدود ۲۲ میلیون نفر از روستاییان تحت پوشش طرح پزشک خانواده و خدمات بهداشتی-درمانی قرار می‌گیرند. 
 در دوران خاتمی تحول قابل‌توجهی در حوزهٔ زنان صورت گرفت. گرچه هیچ وزیر زنی در کابینهٔ وی جای نگرفت اما به معاونت رئیس‌جمهوری و ریاست رسید. افزایش دانشجویان دختر در دانشگاه‌ها و موسسه‌های آموزش عالی است که در سال ۱۳۷۶ حدود ۳۷ درصد بود و در سال ۱۳۸۳ به بیش از ۵۳ درصد رسید که در حقیقت یک رشد ۴۷درصدی را نشان داد. مشارکت سیاسی-اجتماعی زنان نیز در این سال‌ها رشد قابل‌توجهی را نشان می‌دهد. تعداد زنانی که در انتخابات داوطلب نمایندگی مجلس شدند، ۳۵۱ نفر بودند که این رقم با یک جهش ۴۳ درصدی در انتخابات در سال سال ۱۳۸۳ به ۵۰۴ نفر رسید. در سال ۱۳۷۶ فقط ۶۷ زنان در ایران وجود داشت که این رقم اکنون به بیش از ۴۸۰ مورد رسید، یعنی فعالیت‌های سیاسی، اجتماعی زنان در این بخش رشد زیادی معادل ۶۱۶ درصد داشت. یکی از مسائل مهم زنان در دوران هشت سال و شاید همهٔ سال‌های پیش از آن، قوانین و مقررات مدنی و جزایی است که زمینه را برای نقض حقوق زنان فراهم می‌کند. بر اساس نتایج پژوهش ملی مرکز امور زنان که در سال ۱۳۸۱ انجام شد یکی از مطالبات زنان امروز جامعهٔ ایران اصلاح همین قوانین و مقررات است. مجموعه قوانینی که در هشت سال دولت خاتمی برای رفع مشکلات زنان و پاسخ به نیازهای امروز آنان به تصویب رسید، اندک بود. اصلاح قوانین مربوط به سن ازدواج، تعیین مصادیق عُسر و حَرَج و حضانت فرزند که اولویت را تا هفت‌سالگی به مادر داد، از مهم‌ترین فعالیت‌های حقوقی دولت خاتمی است. قانون دیگری که در زمان دولت اصلاحات به تصویب رسید لغو ممنوعیت اعزام دانشجویان دختر به خارج از کشور بود که با بحث و جدل بسیار همراه شد. در بررسی آمارهای مربوط به مشارکت اقتصادی زنان در سال‌های ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۳ نشان می‌دهد که نرخ فعالیت اقتصادی زنان همواره سهم اندکی را به خود اختصاص داده‌است. نرخ رشد تعداد زنان ناشر در سال‌های ۱۳۷۶ تا ۱۳۷۹ بیش از ۵۶ درصد و نرخ رشد تعداد زنان نویسنده بیش از ۳۰۰ درصد بوده‌است. در بخش اجتماعی نیز در بین رهبران ، محمد خاتمی نخستین فردی بود که لفظ جامعهٔ مدنی را بر زبان آورد. در این باب، سال ۱۳۷۷ سال اوج‌گیری گفتمان توسعهٔ سیاسی است. در واقع تنها در این مقطع است که مفهوم توسعهٔ سیاسی به‌طور مستقیم به‌کار می‌رود، زیرا در مقاطع دیگر جامعه، اساساً شاخص‌ها مفاهیم توسعهٔ سیاسی و نه اصطلاح و مفهوم آن رو است. گفتمان توسعه سیاسی در این سال حتی از نخستین سال پیروزی انقلاب مشروطه نیز جایگاه بالاتری دارد. به‌طور کلی، می‌توان سال ۱۳۷۷ را نقطهٔ اوج منحنی شاخص‌های توسعهٔ سیاسی ایران دانست، اما تحقق این موضوع به علت برخی از سیاسی‌کاری‌ها در احزاب کشور به مرور رنگ خود را از دست داد. 
 خاتمی در دورهٔ دوم ریاست‌جمهوری در ضمن تلاش بسیاری برای تصویب ی اصلاح و تبیین اختیارات ریاست‌جمهوری داشت که بارها به جرم مغایرت با شرع و قانون اساسی توسط قانون اساسی رد شد. در اواخر دوران ریاست جمهوری خاتمی، انتخابات مجلس هفتم برگزار شد که رد صلاحیت گستردهٔ نامزدهای از سایر مشکلات او بود. در پایان دورهٔ اول ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی به‌ویژه پس از ماجرای کوی دانشگاه بسیاری او را به پرگویی متهم می‌کردند. به هنگام انتخابات ریاست جمهوری دورهٔ هشتم به سال ۱۳۸۰، اما، پژواک فریادهای خاتمی از دهان نامزدهای ریز و درشت مخالف او به گوش می‌رسید تا نشان از اثرگذاری درازمدت منش و روش خاتمی باشد. خاتمی در این دوره با ۲۲ میلیون رأی برای بار دوم به ریاست جمهوری ایران رسید. با شروع دور دوم ریاست بر موج انتقادات به محمد خاتمی نیز بالا گرفت. خاتمی در معرفی کابینهٔ دوم را در کنار خود می‌دید. با گذشت زمان، گویی اقبال مردم به خاتمی، در حال تحلیل رفتن بود. کناره‌گیری مردم از سیاست ورزی موجب شد تا در یکی از آزادترین انتخابات برگزار شده در جمهوری اسلامی، کمترین میزان مشارکت مردمی به ثبت برسد تا در در تهران به پیروزی دست یابند. در سال ۱۳۸۳، پیشروی مخالفان خاتمی تا آنجا ادامه یافت که رئیس قوهٔ مجریه ترجیح داد لوایح دوگانهٔ اختیارات ریاست‌جمهوری را با اعتراض و برای پرهیز از تنش بیشتر، از مجلسی که اکثریت آن در اختیار مخالفان اصلاحات بود، بازپس بگیرد. در بُعد اقتصاد، با این حال بسیاری از تحلیلگران اقتصادی همچنان از آثار درازمدت و کلان سیاست‌های اقتصادی خاتمی دفاع کرده و به او نمرهٔ قبولی دادند. در عرصهٔ سیاست خارجی، در دو سال پایانی ریاست‌جمهوری خاتمی، بحران هسته‌ای موقعیت روبه‌تثبیت ایران در عرصهٔ جهانی را بار دیگر متزلزل کرد. ماجرای مرگ مشکوک ، پروندهٔ و وضعیت بحرانی تلاش‌های خاتمی را برای تغییر نگاه جهانی به ایران کم اثر کرده‌است. 
 
خاتمی در واپسین ماه‌های ریاست‌جمهوری‌اش در جمع دانشجویان در مورد انتقاد قرار گرفت و سرانجام به خشم آمد. در پاسخ به دانشجویی که با لحنی تند از او سراغ وعده‌های عمل‌نشده‌اش را می‌گرفت، خاتمی به خود پرسش‌کننده اشاره کرد و گفت: مقالهٔ اصلی: خاتمی در سال ۲۰۰۱ در سفری به آمریکا در سخنرانی ایراد کرده بود. 
اما پس از دریافت و ورود مجدد وی به در اواخر ماه اوت سال ۲۰۰۶ عده‌ای از جمله ، همسر سخنگوی دولت احمدی‌نژاد و ، خواستار خلع لباس روحانیت از وی شدند. هم در واکنش، این سخنان را ناشی از وحشت از جریانی به نام کابوس خاتمی خواند. سفر دوم خاتمی به آمریکا مورد استقبال شماری از اعضای هیئت نمایندگی ایران در قرار گرفت. وی به محض ورود به ، بدون سپری کردن قواعد ورود به خاک آمریکا که حتی برای برخی مقام‌ها و شخصیت‌های سیاسی تراز اول کشورها نیز اعمال می‌شود، با خودروهای تشریفاتی از باند فرودگاه به محل اقامتش در منتقل شد. خاتمی در و سخرانی درباره گفتگوی تمدن‌ها و فرهنگ‌ها ایراد نمود. 
 خاتمی در اواخر سال ۲۰۰۶، به دعوت چند نهاد و دانشگاه برای چند سخنرانی عازم شد.
او ابتدا با دعوت دانشگاه سنت اندروز به رفت و در در شهر در منطقهٔ فایف سخنرانی با عنوان «دوستی بدون مرز» ایراد کرد. پس از آن خاتمی در میان تشویق شدید حضار، دکترای افتخاری از این دانشگاه دریافت و مرکز ایران‌شناسی را افتتاح کرد. 
هم‌زمان با استقبال مقامات و دانشجویان دانشگاه، تظاهراتی اعتراضی از طرف برخی گروه‌های مخالف جمهوری اسلامی در بیرون سالن برگزار شد که خواهان دستگیری و محاکمه خاتمی به اتهام فعالیت‌های ضدانسانی و سرکوب مخالفان در دورهٔ ریاست جمهوری‌اش بودند. 
خاتمی در ادامه با سخرانی در ، سیاست‌های بوش را شعله‌ور شدن رادیکالیسم در کل جهان معرفی کرد و در جمع ایرانیان حاضر در جلسهٔ مشترک با بیان اینکه خاورمیانه باید از سلاح هسته‌ای عاری شود گفت که خشونت را باید منزوی نمود. خاتمی سپس به دعوت مراکز دانشگاهی انگلستان و به لندن سفر کرد. وی در این سفر ضمن افتتاح مرکز مطالعات شیعه در ، در نشستی با مسئولین کلیسای انگلیکان فعالیت‌های این کلیسا در زمینه گفت‌وگوی بین‌الادیان برای خاتمی تشریح داده شد. 
 اولین سفر محمد خاتمی به عنوان رئیس‌جمهور با عنوان سفری سه‌روزه به ایتالیا با دعوت رسمی دولت ، به عنوان اولین سفر یک مقام بلندپایهٔ ایرانی به پس از انقلاب ۱۳۵۷، در ۱۸ اسفند ۱۳۷۷ آغاز گردید که با استقبال فراوان رسانه‌ها مواجه شد. خاتمی در این سفر به‌جز دیدار با نخست‌وزیر ایتالیا، رهبر و همچنین رئیس‌جمهور و رؤسای مجالس سنا با نمایندگان نیز دیدار کرد. خاتمی در ادامهٔ سفر خود در به سخرانی پرداخت. سفر خاتمی به ایتالیا را تاریخی و دعوتی به گفتگو خواند. دیدار خاتمی که ریاست سازمان کنفرانس اسلامی را نیز بر عهده داشت با پاپ رهبر کاتولیک‌ها این دیدار را به گفتگوی میان اسلام و مسیحیت تعبیر کرد. این دیدار در کانون توجه رسانه‌های بین‌المللی قرار گرفت از جمله روزنامهٔ نوشت، صحنه‌ای که در آن پاپ به خاتمی و هیئت بلندپایه همراه از جمله سه روحانی معمم خوش‌آمد گفت بسیار تماشایی بود. نیز دربارهٔ دیدار خاتمی و پاپ نوشت که این دیدار اهمیتی تاریخی دارد. 
امضای یک پیرامون مبارزه با مواد مخدر، یادداشت همکاری‌های علمی و فنی و یادداشت همکاری‌های دوجانبه و یک‌جانبه از برنامه‌های سفر وی بود که با امضای قرارداد توسعه حوزه نفتی و توافقنامه میان مؤسسهٔ بیمهٔ اعتبار صادراتی ایتالیا و ایران همراه شد. خاتمی ساعتی پس از دیدار با پاپ و بازگشت از ساعت چهار بعدازظهر را با بدرقهٔ معاون وزیر خارجهٔ ایتالیا به قصد تهران ترک کرد. خاتمی در دیدار با پاپ بر گفتگوی اسلام و مسیحیت برای عرضهٔ زندگی بهتر به بشریت تأکید کرد و محتوی پیام را محبت خواند. خاتمی در ۱۳ اردیبهشت ۱۳۸۶ نیز با دعوت به عنوان رئیس مؤسسهٔ بین‌المللی گفتگوی تمدن‌ها به ایتالیا سفر کرد که با سخرانی در با حضور نخبگان و اندیشمندان واتیکان همراه شد. 
 از مهم‌ترین سفرهای محمد خاتمی در زمان ریاست‌جمهوری‌اش سفر به است. خاتمی دو بار به سفر کرد که سفر سال ۱۳۷۸ خاتمی به فرانسه حائز اهمیت بود که به دعوت رسمی رئیس‌جمهور فرانسه به این کشور سفر کرد و وی با در دیدار نمود. در حاشیه این سفر که رسانه‌های فرانسه در توصیف آن از عبارت «گرم و با تشریفات کامل» استفاده کردند، برخی از رسانه‌های جناح راست افراطی فرانسه از شیراک انتقاد کردند که به چه دلیلی استقبال این‌چنین غیرمتعارفی را برای رئیس‌جمهور ایران ترتیب داده‌است. ‏ در سفر دوم خاتمی به فرانسه به علاوه بر استقبال رسمی ، نخست‌وزیر وقت فرانسه، رئیس مجلس سنا و بسیاری از شخصیت‌ها و رجال سیاسی فرانسه نیز برای دیدار با محمد خاتمی در محل اقامت رئیس‌جمهور سابق ایران حضور یافتند. وی در این سفر در نشست ادبی، فرهنگی «شوقی و لامارتین» که در مقر سازمان علمی-تربیتی-فرهنگی ملل متحد در پاریس برگزار شد، شرکت کرد. خاتمی در این سفر علاوه بر دیدارهای رسمی با وزیر کشور و رئیس‌جمهور فرانسه، با مدیرکل یونسکو نیز دیدار کرد و در ضیافت نخبگان فرانسوی نیز که به افتخار او ترتیب داده شده بود، شرکت کرد.‏ 
 پمحمد خاتمی یک بار در زمان ریاست جمهوری در سال ۲۰۰۰ و یک بار هم بعد از آن در سال ۲۰۰۸ به سفر کرد. میزبان خاتمی در سفر اول بود. خاتمی به دعوت بنیاد کوربر، سفر دوم خود را به آلمان انجام داد. وی در ادامه در در حضور اساتید این دانشگاه سخرانی کرد. 
 محمد خاتمی در ۲۶ اکتبر ۲۰۰۲ به دعوت آنا پالاسیو، وزیر امور خارجهٔ اسپانیا، و بار دیگر در ۲ اوت ۲۰۰۸ با دعوت فدریکو مایور مدیرکل سابق برای شرکت در کنفرانس گفت‌وگوی مذاهب و فرهنگ‌ها و ادیان و برپایی صلح به سفر کرد. در سفر اول، خوسه ماریا اسنار رئیس دولت اسپانیا، سفر محمد خاتمی به اسپانیا را نقطهٔ عطفی در روابط دو کشور خواند. 
 محمد خاتمی بعد از سفر دوم خود در سال ۲۰۰۸ با دعوت رئیس‌جمهور راهی این کشور شد. خاتمی در طول زمان حضور خود در اتریش با درخواست وزارت علوم این کشور در و سخرانی خود را در باب صلح و علم و مذهب ایراد نمود. 
 محمد خاتمی برای اولین بار در ۱۶ می ۱۹۹۹ به عربستان سفر کرد که مورد بازتاب و استقبال رسانه‌های این کشور قرار گرفت. خاتمی دومین بار برای مراسم خاک‌سپاری به عربستان سفر کرد. خاتمی برای بار سوم در سال ۲۰۰۹ به عنوان مهمان ویژهٔ مجمع شورای تعامل و تفاهم جهانی با دعوت پادشاهی عربستان به این کشور سفر کرد. وی ضمن دیدار با پادشاه وقت عربستان، در ملاقات‌های جداگانه با صدراعظم سابق آلمان، نخست‌وزیر سابق ایتالیا، رئیس‌جمهور سابق آلمان و رئیس‌جمهور سابق نیجریه دیدار و گفتگو کرد. 
 محمد خاتمی در ماه می ۲۰۰۳ به بیروت سفر کرد. این سفر سه‌روزه که با استقبال رسانه‌ها، و ریاست جمهوری این کشور مواجه شد با سخرانی وی در با حضور بیش از ۲۰ نمایندهٔ پارلمان، سندیکای روزنامه‌نگاران لبنان، رهبران طوایف مذهبی لبنان و رسانه‌های جمعی همراه شد. 
 خاتمی پس از پایان دوران ریاست جمهوری نیز فعالیت‌های خود را ادامه می‌دهد. او مؤسسهٔ (بنیاد آزادی رشد و آبادانی ایران) را تأسیس کرده‌است و مسئولیت را نیز به عهده دارد.
از مجموعه اسناد و هدایای دوران ریاست‌جمهوری محمد خاتمی « » تأسیس شد. این یادمان بر اساس قانون به سازمان اسناد و کتابخانهٔ ملی وابسته‌است. فعالیت یادمان ریاست جمهوری سید محمد خاتمی با روی کار آمدن دولت محمود احمدی‌نژاد متوقف شد و ساختمان این یادمان در مجموعهٔ سعدآباد که جزو بناهای دولتی است پلمب گردید. تلاش‌های سازمان اسناد و کتابخانهٔ ملی برای بازگشایی این یادمان در دولت احمدی‌نژاد بود. با آغاز کار دولت بار دیگر پروندهٔ یادمان ریاست جمهوری خاتمی گشوده شده و احتمالاً به‌زودی این یادمان بازگشایی خواهد شد.
 مقالهٔ اصلی: محمد خاتمی رئیس‌جمهور سابق ایران پیش‌تر اعلام کرده که اگر مردم بخواهند در دورهٔ دهم شرکت خواهد کرد. این در حالی است که برخی از حامیان وی با برگزاری همایش، او را دعوت به این امر کرده بودند. وی در روز بیست و سوم دی ماه ۱۳۸۷ در دیدار با جمعی از مردم ایلام در تهران، از احتمال کاندیداتوری خود یا خبر داد. پس از انتخابات دهم وی همچون و به جمع معترضین به نتایج انتخابات پیوست و خواستار انجام مجدد دربارهٔ نتایج انتخابات شد و همچنین در تظاهرات‌هایی نظیر ۲۵ خرداد، و ۲۲ بهمن در حمایت از و اعتراض به دهم شرکت نمود. 
محمد خاتمی هم چنین در دی‌ماه ۱۳۸۹ در آستانهٔ سالگرد اعتراضات به نتایج انتخابات دهم در روز عاشورا با نمایندگان دیدار کرد و خواستار برگزاری انتخاباتی سالم و آزاد شد. پس از این دیدار، محمد خاتمی از سوی حامیان و افرادی چون ، و متهم به براندازی نظام و تهدید به دستگیری شد. 
 در شب عاشورای ۱۳۸۸ بیش از پنجاه نفر از اعضای گروهک فشار به هواداران که در جماران به مراسم عزاداری می‌پرداختند، حمله کردند. در حالی که سید محمد خاتمی در ، در حال سخنرانی بود و جمعیت زیادی در این حسینیه حاضر بودند اعضای گروهک فشار در شب با فریادهای «حیدر حیدر»، «ابوالفضلِ علم‌دار نگه دار»، به این مکان حمله کردند و موجب نیمه‌تمام ماندن سخنرانی سید محمد خاتمی شدند. اصول‌گرایان همواره اعتراضات روز عاشورا را و امام سوم شیعیان می‌داند در حالی که در شب عاشورا به مراسم عزاداری حمله و عده‌ای را مضروب کردند. 
 محمد خاتمی در روز ۲۲ بهمن ۱۳۸۸ به حمایت از در راهپیمایی شرکت کرد. وی که در مسیر خیابان زنجان به سمت در حال حرکت بود با حمله نیروهای به خودروی حامل وی مواجه شد. همچنین برادر او، ، نیز به همراه همسرش، ، در این راهپیمایی دستگیر شدند که پس از بازداشتی کوتاه‌مدت آزاد شدند. 
 در سال ۱۳۸۸ از قول به نقل از یک مقام اطلاعاتی اعلام کرد سید محمد خاتمی رئیس ممنوع‌الخروج شده‌است. این خبر بلافاصله به وسیلهٔ به نقل از مخابره شد و پس از مخابرهٔ چندین تکذیبیه از منابع مختلف نزدیک به خاتمی را به دنبال داشت در مهم‌ترین آن‌ها ، سید محمد خاتمی با این استدلال که «برای ممنوعیت خروج می‌بایست تصمیم قضایی اتخاذ شود حال آنکه تاکنون چنین تصمیمی برای آقای خاتمی گرفته نشده‌است» این خبر را تکذیب کرد. چند سال بعد و بعد از اتمام دورهٔ فعالیت ، این موضوع دوباره مطرح شد. این بار ، رئیس وقت مجلس شورای اسلامی در مصاحبه با اعلام کرد که مسبب ممنوع‌الخروج شدن خاتمی در زمان دولت دهم ایران بوده‌است. احمدی‌نژاد در واکنش به این سخن اعلام بی‌اطلاعی کرد و این موضوع را در حیطهٔ اختیارات دانست. خاتمی نیز مدتی بعد در واکنش به این اظهارنظرها، این موضوع را بی‌اهمیت دانست. در آذر ۱۳۹۲ زمانی که خاتمی سعی داشت برای مراسم درگذشت به آفریقای جنوبی سفر کند، با وجود همکاری جهت اخذ ویزا برای وی، به وی اطلاع داده می‌شود که وی ممنوع‌الخروج است. این اعلام با مقاومت خاتمی روبه‌رو می‌شود و وی درخواست می‌کند حکم رسمی ممنوع‌الخروجی وی اظهار شود که در مقابل این درخواست وی، این حکم به وی عرضه می‌شود. 
 در ۲۳ آبان سال ۱۳۹۰، حدود ۴ ماه قبل از انتخابات مجلس نهم، خاتمی انتخابات را حق یکایک مردم ایران دانست و گفت که «اگر در همهٔ حوزه‌ها نامزدهای موردعلاقهٔ همگان باشند و تضمینی باشد که اساس تعیین‌کننده رأی مردم است و فضا باز و آزاد و متناسب با انتخابات سالم و رقابتی باشد همه شرکت می‌کنند». 
 
 
 
 خاتمی پیش از انتخابات دربارهٔ شرکت کردن یا عدم شرکتش پاسخ روشنی نداده بود. 
محمد خاتمی علی‌رغم انتظار طرفدارانش، و در حالی که «آزادی انتخابات، احزاب، مطبوعات و زندانیان سیاسی» را شرط شرکت اصلاح‌طلبان در انتخابات مجلس نهم دانسته بود، در حسینیهٔ پنج‌تن منطقهٔ گیلاوند واقع در حوزهٔ انتخابیه دماوند و فیروزکوه رأی خود را به صندوق انداخت که با واکنش‌های تندی از جانب برخی چهره‌های اصلاح‌طلب و مردم به‌ویژه در فضای اینترنت و مواجه شد. محمد نوری‌زاد از جمله افرادی بود که به شرکت خاتمی در انتخابات واکنش نشان داد و در مصاحبه با دویچه‌وله گفت: «از جمع کنده شده و به‌صورت فرد در این انتخابات شرکت کرده‌است.» 
 ، فعال سیاسی و روزنامه‌نگار در نوشت در روز ۱۳ اسفند دیداری با خاتمی داشته، خاتمی در این دیدار بیان کرده «اخبار نگران‌کننده‌ای از برنامه و نقشه‌های تندروهای جریان حاکم» داشته که رأی دادن وی «حرکتی غافلگیرکننده» برای برهم زدن آن نقشه‌ها بوده‌است. وی اظهار نمود ادعا ندارد که درست تصمیم‌گیری کرده‌است و گفته به‌جای نگرانی از آبروی خود نگران «افراد در بند، حصرها، اصلاحات، و نقشه‌های شومی است که پیشاروی مردم، آرمان‌های انقلاب، جمهوریت و اصل نظام» است. 
 
 
 
 در ۳۰ آبان ۱۳۹۱ جمعی از اصلاح‌طلبان طرفدار شرکت در انتخابات به دیدار خاتمی رفتند و دربارهٔ انتخابات با او به گفت‌وگو نشستند. پس از آنکه عده‌ای از اینان از علاقهٔ خاتمی به بازگشت به قدرت صحبت کردند. فردای آن روز، وبسایت رسمی سید محمد خاتمی متن سخنرانی دیروزش را منتشر کرد که نشان داد که خاتمی به دنبال بازگشت به قدرت نیست و معتقد است مشکل این نیست چه کسی کاندیدا شود، بلکه خواست اصلی اصلاح‌طلبان را آزادی و امنیت منتقدان و تن دادن حکومت به خواست مردم می‌داند. 
 او در این سخنرانی به شدت از فضای حاکم و جریان‌هایی که به هر نحو ممکن حاضر به شرکت در انتخابات هستند انتقاد کرد و عدم شرکت در انتخابات را به معنای خروج از نظام ندانست. 
 
 
 
 همچنین از مجامع بین‌المللی، دولت‌های عربی و اسلامی به خاطر انفعال در مسئلهٔ سرکوب مردم غزه که او آن را «وحشیانه و خونین» نامید به شدت انتقاد نمود. 
 همچنین از تحریم‌های بین‌المللی نیز به شدت انتقاد کرده و ضمن انتقاد توأمان از سیاست خارجی حاکمیت فعلی و نیز سوءمدیریتِ موجود که اثرگذاری تحریم‌ها را افزایش داده، گفته‌است: «غربی‌ها و دیگران چه فکر می‌کنند آن‌هایی که دم از انسان می‌زنند! امروز بزرگ‌ترین فشار را مردم ما دارند متحمل می‌شوند. چه تحریم هوشمندی؟ این تحریم برای فشار آوردن روی مردم است حقوق بشر و انسان چه شده؟ من به این روش‌ها اعتراض می‌کنم.» 
 پس از شروع فعالیت‌های تبلیغاتی کاندیداها و در میتینگ‌های تبلیغاتی خود به حمایت از عملکرد دولت اصلاحات و شخص سید محمد خاتمی پرداختند. چند روز مانده به انتخابات به پیشنهاد خاتمی، عارف به نفع روحانی از رقابت کناره‌گیری کرد. خاتمی سپس در بیانیه‌ای ضمن تشکر از عارف اعلام کرد که به رأی خواهد داد و از همه اصلاح‌طلبان نیز درخواست کرد که به وی رأی دهند. روحانی نیز در نامه‌ای به خاتمی ضمن تشکر از وی و محمدرضا عارف، گفتمان خود را گفتمان «عقلانیت و اعتدال و اصلاحات» نامید و ابراز امیدواری کرد که تمام تلاش خود را برای پیروزی این گفتمان انجام خواهد داد. روحانی نهایتاً با کسب ۱۸٬۶۱۳٬۳۲۹ رأی، رئیس‌جمهور ایران شد. پس از اعلام پیروزی وی در انتخابات، در پیام پیروزی و در اولین اظهارات رسمی خود ضمن تشکر از مردم و رهبر انقلاب، صراحتاً از حمایت‌های و سید محمد خاتمی تشکر کرد و گفت: «بی‌شک نقش امیدآفرین آیت‌الله و سید محمد خاتمی که از چهره‌های درخشان نظام در این خیزش خروش بودند شایستهٔ قدرشناسی است.» 
 با روی کار آمدن دولت یازدهم که از نیروهای اصلاح‌طلب نیز در آن بهره برده شده‌بود، خاتمی کوشید تا بتواند فاصلهٔ ایجادشده بین اصلاح‌طلبان ایران و هستهٔ مرکزی قدرت در ایران را کاهش دهد و با نزدیک شدن به شخص رهبر ایران، از میزان تنش موجود بکاهد. اما این آشتی‌جویی خاتمی، با واکنش منفی از جانب سید علی خامنه‌ای و حلقهٔ اطرافیان نزدیک وی روبه‌رو شد، به‌طوری‌که دستور ممنوع‌الخروجی خاتمی همچنان پابرجا ماند و وی نتوانست در مراسم تدفین نلسون ماندلا که در آفریقای جنوبی برگزار شد، شرکت کند. از طرف دیگر، هرگاه حسن روحانی تلاش کرد به اصلاح‌طلبان یا شخص خاتمی نزدیک شده یا نقش میانجی را ایفا کند، با تذکرها و هشدارهایی از جانب بیت رهبری و دستگاه‌های اطلاعاتی و نظامی روبه‌رو شد. اما خاتمی همچنان بر درخواست خود مبنی بر مودت نیروها در شرایط کنونی ایران تأکید می‌کند: «راه‌حل مشکلات کنونی، میدان دادن به افرادی با زبان تند و حصر و محدود کردن نیروها نیست؛ بلکه مصلحت نظام ما آشتی ملی است … عده‌ای به‌جای آشتی به حذف و کینه می‌اندیشند.»
 سید محمد خاتمی رئیس‌جمهور اصلاحات در تاریخ ۲۴ اردیبهشت ۱۳۹۶ در پیامی ویدئویی مردم را به شرکت در انتخابات ریاست جمهوری و حمایت از دعوت نمود. 
 محمد خاتمی در نیز مردم را دعوت به شرکت در انتخابات کرد و بطور غیرمستقیم از کاندید مورد حمایت اصطلاح‌طلبان ، حمایت کرد. وی پیش‌تر نیز پس از اعلام لیست نهایی نامزدهای تأیید صلاحیت شده، نسبت به «کم‌رنگ‌تر شدن و مورد تهدید جدی‌تر قرار گرفتن جمهوریت نظام» ابراز نگرانی کرده بود. اما این دعوت به مشارکت بر خلاف دوره‌های قبل با استقبال ضعیف روبه‌رو شد و عبدالناصر همتی با اختلاف زیاد پس از ، آرای باطله و در جایگاه سوم قرار گرفت. 
 تصاویر خاتمی در زمان رقابت ریاست جمهوری از طریق تبلیغات حسن روحانی رسانه‌ای شد که پیش از آن سابقه نداشت.
در بهمن ۱۳۹۳ سخنگوی قوهٔ قضائیه اعلام کرد که محمد خاتمی مشمول محدودیت رسانه‌ای شده‌است. شش‌صد استاد دانشگاه با عنوان «بدعتی نگران‌کننده و تهدیدی کم‌سابقه برای حقوق شهروندی در جمهوری اسلامی» طی نامهٔ سرگشاده خطاب به رئیس قوهٔ قضائیه به این رویه اعتراض کردند. 
 در ۲ اسفند ماه ۹۳ پس از درگذشت خواهرش، ، به جز و ، از بزرگان نظام که منتقد وی به‌نظر می‌رسند به وی پیام تسلیت ندادند. رهبر ایران پیام تسلیتی خطاب به مادر وی داده بود و نام خانوادگی خواهرش را خلیلی خطاب کرده بود که نام خانوادگی فرزند اوست که در جنگ کشته شده‌است. از آنجا که وی از دادن پیام به سید محمد خاتمی امتناع کرده بود و به‌نظر می‌رسد چون مادرشان یک ماه بعد از این پیام در وضعیت وخیم بیماری و بیهوشی قرار گرفت در بعضی رسانه‌ها از آن با تیتر «آیت‌الله خامنه‌ای درگذشت خواهر محمد خاتمی را به مادر متوفی تسلیت گفت» یاد شده بود. 
 در ۱۳ فروردین ۹۴ به‌دنبال درگذشت ، مادر سید محمد خاتمی، پس از ، ، نیز برای رئیس‌جمهور اسبق ایران پیام تسلیت فرستاد. کمی بعد ، نیز در پیامی به سید محمد خاتمی تسلیت گفت. خبر این تسلیت ابتدا در خبرگزاری میزان وابسته به قوهٔ قضاییه منتشر شد، اما چند ساعت بعد از روی این سایت برداشته شد. خبرگزاری میزان وابسته به قوهٔ قضاییه بعد از انتشار پیام تسلیت پورمحمدی وزیر دادگستری به محمد خاتمی رئیس‌جمهوری اسبق برای درگذشت مادرش ضمن حذف این مطلب، دبیر گروه قضایی این خبرگزاری را هم اخراج کرد. در تاریخ ۱۶ فروردین ماه نیز سید علی خامنه‌ای درگذشت مادر خاتمی را به بازماندگان و مردم اردکان و یزد تسلیت گفت. 
 در ۱۵ فروردین ۱۳۹۳، ، خبر از رفع محدودیت‌های رسانه‌ای اعمال‌شده بر خاتمی، در آینده‌ای نزدیک، خبر داد. 
 در نهایت در ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۴ یک خبرگزاری از پاسخ ، رئیس‌جمهور به نامهٔ اعضای خبر داد. اعضای مجمع در این نامه خواستار بیان علت ممنوع‌التصویری رئیس دولت اصلاحات شده بودند. پس از ارسال این نامه، دفتر رئیس‌جمهور نامه‌ای به قوهٔ قضائیه فرستاد و پاسخ سؤال مجمع را از این قوه خواستار شد و رونوشت این نامه نیز به مجمع روحانیون ارسال شد. پس از انتشار این خبر در این‌باره اظهار کرد: «پاسخ این نامه در مجمع روحانیون مطرح شد و به دلیل اینکه محتوای نامه قید «محرمانه» داشت، نمی‌توانم دربارهٔ جزئیات آن اطلاعاتی ارائه کنم.» 
 در ۲۳ خرداد ۱۳۹۴ ، رئیس‌جمهوری ایران در یک کنفرانس خبری در پاسخ به سؤالی مبنی به ممنوع‌التصویر و خبری سید محمد خاتمی، رئیس‌جمهور اسبق ایران ضمن دروغ خواندن این ادعا گفت: «شورای امنیت ملی هیچ مصوبه‌ای در زمینهٔ ممنوع‌التصویری کسی ندارد و اگر کسی چنین چیزی را به شورای امنیت ملی نسبت بدهد خلاف کرده و باید طبق قانون مجازات شود.» 
 در ۹ دی ۱۳۹۴، ، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی ایران، به دنبال اصرار بر ممنوع‌التصویر بودن سید محمد خاتمی و جلوگیری از انتشار تصاویر وی در روزنامه‌ها، اعلام کرد: «سخنگوی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی موضع وزارت‌خانه را اعلام کرد و در این خصوص هیچ مصوبه‌ای در جهت ممنوع‌التصویر بودن آقای خاتمی ندارد. اقدامی که در این خصوص شده، اقدام دستگاه قضایی با توجه به تشخیص این قوه بوده‌است و از نظر ما به‌عنوان وزارت ارشاد و ، چنین ممنوعیتی وجود ندارد.» 
 بعد از مدت‌ها ممنوع‌التصویر بودن سید محمد خاتمی در رسانه‌ها، برای اولین بار در ۶ بهمن ۱۳۹۴ تصویر و سخنرانی او را پخش کرد. صدا و تصویر رئیس دولت اصلاحات در برنامهٔ ویژهٔ «پارلمان» شبکهٔ خبر پخش شد. سخنرانی خاتمی در این برنامه به دوره‌ای برمی‌گشت که او نمایندهٔ مردم اردکان یزد در مجلس شورای اسلامی بود. برخی با توجه به پخش این تصاویر احتمال پایان ممنوع‌التصویری خاتمی در صداوسیما را مطرح نمودند. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 جایزهٔ گفتگوی جهانی در سال ۲۰۰۹ که از سوی سازمانی به همین نام در برگزار می‌شود، به دو چهرهٔ نامدار ایرانی تعلق گرفت که سال‌ها در زمینهٔ گفتگوی فرهنگ‌ها و تمدن‌ها فعالیت کرده‌اند؛ و سید محمد خاتمی سیاستمدار.
«جایزهٔ گفتگوی جهانی» در سال ۲۰۰۹ بنیان شد و از برندگان جایزه شایگان و خاتمی نیز برای شرکت در مراسمی در برپا می‌شود، دعوت شد. 
 و نیز به وی مدال طلا و دکترای افتخاری اهدا نمودند. این دکترای افتخاری نشانهٔ تقدیر و تجلیل از اقدامات فکری و عملی خاتمی در راستای بهبود روابط میان مسلمانان، مسیحیان و یهودیان است.
{"title": "سید محمد خاتمی", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%B3%DB%8C%D8%AF_%D9%85%D8%AD%D9%85%D8%AF_%D8%AE%D8%A7%D8%AA%D9%85%DB%8C&oldid=34930442", "language": "fa"}