یکی از است که در تقسیم‌بندی حوضه‌های آبریز ایران، حوضهٔ فرعی به‌شمار می‌رود و زیرمجموعهٔ است. مساحت این حوضه، ۴۱٬۵۵۰ کیلومتر مربع است و رود اصلی آن است. 87/3 درصد آن در استان اصفهان، 4/9 در استان چهارمحال و بختیاری، 4/6 در استان فارس و 3/2 در استان یزد واقع شده است. در سالهای اخیر، آورد حوضه‌ی زاینده رود به دلایل مختلف از جمله خشکسالی کاهش زیادی داشته است. 
 رود اصلی این حوضه، است که از ارتفاعات در سرچشمه می‌گیرد و پس از طی ۴۰۵ کیلومتر وارد گاوخونی می‌شود. حوضه گاوخونی نیز در شرق رشته‌کوه زاگرس قرار دارد و از شمال غربی به جنوب شرقی کشیده شده‌است. بخش غربی آن، درهٔ زاینده‌رود است و با حرکت به سوی شرق، ارتفاع آن کاسته شده و دشت‌ها گسترش می‌یابد. رودهای این حوضه به تالاب می‌ریزند. وسعت این تالاب متغیر است و در دوران پرآبی به ۵۰۰ کیلومتر مربع می‌رسد. 
 قسمت عمده‌ای از حوضه به‌خصوص در پایین‌دست دارای اقلیم خشک و نیمه‌خشک می‌باشد. حداکثر میزان بارش حوضه در 1400 میلی‌متر و حداقل بارش حوضه در 88 میلی‌متر می‌باشد. متوسط بارش در اصفهان 130 میلی‌متر در سال می‌باشد. بخش عمده‌ای از بارندگی حوضه در ماههای رخ می‌دهد و در فصل بارش موثری وجود ندارد. متوسط سالانه پتانسیل در حوضه 1500 میلی‌متر است. لذا بدون دسترسی به منابع قابل اطمینان آب، در سطح حوضه زاینده‌رود ممکن نخواهد بود. 
 برپایهٔ دستورالعمل تقسیم‌بندی حوضه‌های ایران، حوضهٔ آبریز گاوخونی به زیرحوضه‌های زیر تقسیم می‌شود:
{"title": "حوضه آبریز گاوخونی", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%AD%D9%88%D8%B6%D9%87_%D8%A2%D8%A8%D8%B1%DB%8C%D8%B2_%DA%AF%D8%A7%D9%88%D8%AE%D9%88%D9%86%DB%8C&oldid=34519107", "language": "fa"}