ساختار یا stem-loop الگویی است که می‌تواند در تک رشته‌ای و البته بیشتر در رخ دهد. این ساختار به عنوان (hairpin) یا (hairpin-loop) نیز شناخته می‌شود. ساختار ذکرشده زمانی به وجود می‌آید که دو ناحیه از یک رشته، که معمولاً وقتی آنها را در دنباله از دو جهت مخالف می‌خوانیم مکمل یکدیگر هستند، به شکل یک فنر دوتایی جفت شوند (ساقه) به طوری که در انتهایشان یک حلقه جفت نشده دیده شود. این الگوها عموماً بخش کلیدی برای بسیاری از آر ان ای هستند.
 شکل یک ساختار به استحکام آن بر اساس ناحیه مارپیچ (ساقه) و حلقه انتهایی آن وابسته است. اولین پیش نیاز برای این ساختار وجود دنباله‌ای است که بتواند روی خود تا بخورد و فرم یک مارپیچ دوتایی جفت شده را به وجود آورد. استحکام این مارپیچ به کمک طول آن، تعداد بازهای جفت نشده موجود (که تعداد کمی از آنها به خصوص در ساقه‌های بلند قابل قبول هستند) و نوع بازهای موجود در ناحیه جفت شده مشخص می‌گردد. جفت و سه ایجاد می‌کند و بسیار محکم تر از جفت و با دو پیونn هیدروژنی است. در اسید ریبونوکلئیک (RNA) جفت گوانین و اوراسیل با دو پیوند هیدروژنی نیز مرسوم و مطلوب است.
 استحکام حلقه انتهایی نیز در فرم حلقه بنیادی مؤثر است. «حلقه» با تعداد حداقل سه یا جهار باز می‌تواند تشکیل شود و این حلقه‌های کوتاه پایداری زیادی دارند . حلقه‌های بزرگ که ساختار خاصی ندارند (مانند شبه گره‌ها) نیز پایداری کمتری دارند. یک حلقه بهینه از ۴ الی ۸ باز تشکیل شده است . حلقه های با نام (tetraloop) شناخته می‌شود که با توجه به اثر متقابل بازهای موجود خود به طور خاص پایدار است .
 ساختار حلقه-ساقه در mRNA و به خصوص در tRNA، که شامل سه حلقه بنیادی و یک دنباله است و فرم برگ شبدری دارد، رخ می‌دهد. یک آنتی کدون که (codon) را در طول فرایند ترجمه تشخیص می‌دهد در یکی از حلقه‌های جفت نشده tRNA وجود دارد. در شبه گره موجود در آر ان ای دو حلقه-ساقه وجود دارد که حلقه یکی از آنها بخشی از دیگری را تشکیل می‌دهد.
 بسیاری از ریبوزوم‌ها از ساختارهای حلقه‌-ساقه‌ای تشکیل شده‌اند. ریبوزوم سرچکشی (hammerhead ribozyme) نیز از سه حلقه-ساقه تشکیل شده است که در یک حلقه مرکزی جفت نشده به یکدیگر متصل می‌شوند.
 ساختار حلقه-ساقه‌ای در mRNA در (ribosome binding site) رخ می‌دهد و آغاز (translation)را کنترل می‌کند. 
 ---CCTGCXXXXXXXGCAGG---
که می‌تواند شکل زیر را به خود بگیرد:
 ---C G---
 C G
 T A
 G C
 C G
 X X
 X X
 X X
 X
 مثال طولانی‌تر دیگری که می‌تواند فرم حلقه-ساقه‌ای را به خود بگیرد در زیر آمده است:
{"title": "حلقه‌های بنیادی", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%AD%D9%84%D9%82%D9%87%E2%80%8C%D9%87%D8%A7%DB%8C_%D8%A8%D9%86%DB%8C%D8%A7%D8%AF%DB%8C&oldid=33428878", "language": "fa"}