برای دیگر کاربردها را ببینید. یا یکی از مراکز علمیِ مهمِ در زمان بوده‌است؛ و با بیش از ۱۷ سده قدمت، از باستانی‌ترین مراکز آموزشی خاورمیانه محسوب می‌شود. در این دانشگاه آموزش‌هایی در حوزه‌های ، ، و ارائه می‌شد. این آموزش‌ها بر اساس سنت زرتشتی و ایرانی، و همچنین با بهره بردن از سنت یونانی و هندی بود. نهادِ جدیدِ به عنوان مرکز درمان و آموزش پزشکی نیز در این دانشگاه شکل گرفت که اهمیت و تأثیر بسیاری در تاریخ علم پزشکی داشته‌است. به علاوه بیمارستانِ این دانشگاه، مهمترین مرکز پزشکی جهانِ باستان در قرن‌های ۶ و ۷ میلادی بوده‌است. شهری کهن در استان بوده‌است ولی در مورد مکان دقیق آن اختلاف نظر وجود دارد. معتقد است این شهر محتملا در محدوده میان شهرهای ، و قرار داشته‌است. 
 این شهر به‌سبب بیمارستان و دانشگاهی که در آن بوده شهرت بسیار داشته‌است. در دانشگاه جندی شاپور، برخی کتاب‌ها از زبان‌های ، ، و به ترجمه شد که ازآن‌جمله می‌توان به ، ، ، ، ، و اشاره کرد. همچنین برخی آثار فیلسوفان یونان نیز در این دانشگاه ترجمه شده‌است.
 مقاله‌های اصلی: و به‌نوشتهٔ ، واژه گندی‌شاپور، تحریف‌شدهٔ نام «وِه آنتیوخ شاپور» یعنی «بهتر از را شاپور ساخته» است. بر اثر جنگ‌های با روم، پادشاه ساسانی، اسیران رومی را در فارس و خوزستان اسکان می‌داد و با توانایی آنان، بر روی رود ساخت و را کرد. این رفتار شاپور یکم، سرآغاز ریشه‌دوانیدن مسیحیت در جنوب ایران گشت. 
 به‌روایت اکثر منابع تاریخ پزشکی دورهٔ اسلامی، این مرکز علمی در انتقال دانش پزشکی یونانی، ایرانی و هندی به عالم اسلام سهم فراوانی داشته‌است. نخستین بیمارستان‌های دورهٔ اسلامی طبق الگوی بیمارستان گندی‌شاپور بنا شد. بااین‌همه، اطلاعات تاریخی چندان نیست که بتوان تصویری دقیق از اوضاع علمی و فرهنگی این شهر عرضه کرد. آنچه در منابع دورهٔ اسلامی دربارهٔ پیشینهٔ علمی این شهر آمده‌است، گاه به افسانه می‌ماند. پژوهش‌های جدید نیز، بعضاً حاوی ادعاهایی ناسنجیده و غیر مستند است و تشخیص درستیِ این اطلاعات بسیار دشوار می‌نماید. 
 آورده‌است که ، بقایای تمام کتاب‌های پراکنده باستانی فارسی‌زبان را از هند و چین جمع‌آوری کرد و به خزانه افزود. پسر او راه پدر را ادامه داد و و تمام کتاب‌هایی را که از زبان‌های دیگر به پارسی ترجمه شده‌بود، گرد آورد. او هم‌چنین را به‌صورت یک کتاب گردآوری کرد؛ بنابراین پس از آن‌که اوستا را سوزاند آن را احیا کرد. کتابخانهٔ دیگری که در این زمان ساخته شد، کتابخانهٔ در گندی‌شاپور برای دانشگاه آن بود. علاقهٔ خاص او به جمع‌آوری کتاب‌ها از دورترین نقاط جهان مشهور است. گندی‌شاپور بهترین مرکز تحقیقاتی در دوران ساسانی بود. بسیای از دانشمندان از ملیت‌های مختلف مخصوصاً در آن‌جا گرد آمده‌بودند و بسیاری از کتاب‌ها به‌دستور به فارسی ترجمه شده‌بود. علاوه‌براین دو کتابخانه، کتابخانه‌های بزرگ و معتبر دیگری هم وجود داشت. همهٔ آتشکده‌ها و پرستشگاه‌ها مانند همهٔ بیمارستان‌ها و مراکز تحقیقاتی و آموزشی، گنجینهٔ کتاب‌های خود راریاشتند. 
 در مورد مکان گندی‌شاپور اختلاف نظر وجود دارد و مکان قطعی آن مشخص نشده‌است. برخی منابع قدیمی‌تر محل جندی‌شاپور را در اهواز می‌دانستند. معتقد است منظور از اهواز، ولایت اهواز ( ) بوده‌است، نه شهر امروزی. وی در دهه ۵۰ خورشیدی در کتاب در خصوص مکان شهر گندی‌شاپور مرور منابع انجام داده و چنین نتیجه گرفته که این شهر می‌بایست در محدوده میان شهرهای ، و قرار داشته باشد. شاه‌آباد را به عنوان محل احتمالی شهر گندی‌شاپور معرفی کرده و محمدزمان خدایی معتقد است دو جندی‌شاپور (شهر شاپور) وجود داشته که مورخان گاهی یکی را جای دیگری گرفته‌اند. وی شهر را همان شهر معروف گندی‌شاپور می‌داند. ابن حوقل جغرافیدان قرن چهارم هجری محل شهر جندی‌شاپور را یک منزلگاه تا و یک منزلگاه تا ذکر کرده‌است. 
 در سال ۱۳۱۶ احتمال اینکه جندی شاپور در حوالی روستای شاه‌آباد (شاه‌ابوالقاسم یا اسلام‌آباد) دزفول باشد را مطرح کرد. 
نظریه وجود شهر جندی‌شاپور در محل روستای شاه‌آباد که مقبره یکی از مریدان شیخ به نام شیخ ابوالقاسم بوده‌است، از آن جا ناشی می‌شود که سیدمحمدعلی مرتضوی از منسوبان در محل بقعه این عارف کتیبه ای مشاهده کرد که بر آن ابیاتی منسوب به حک شده بود و چون یعقوب در جندی شاپور وفات یافته بود، نتیجه گرفت که جندی شاپور احتمالاً در محل روستای شاه آباد مابین دزفول و شوشتر واقع شده باشد. برخی منابع از جمله برخی نویسندگان اروپایی نظیر که در دهه‌های گذشته در این خصوص مطلب نوشته‌اند، این نظریه را مبنا قرار داده یا نقل کرده‌اند. شعر روی کتیبه به شرح زیر است:
 در اواخر حیاتش در سال ۱۳۵۰ گفته نام شهری که وی معتقد است در محل شاه‌آباد قرار داشته «شاپور گَرد» (شهر شاپور) و نام منطقه بزرگتر اطراف آن «ویه‌اندیوشاپور» است. وی در ادامه تحقیقاتش جندی‌شاپور یا گندی‌شاپور را نامی تحریف شده دانسته و اظهار داشته شاپورگرد همان نیلاد و نیلاط اشکانی و نیلاب ساسانی است. 
 نظریه واقع شدن گندی‌شاپور در روستای شاه‌آباد دزفول مخالفانی دارد. ، دکتر محمدزمان خدایی پژوهشگر باستانشناسی و دکتر احمد خامه یار پژوهشگر مزارهای اسلامی نظریه را رد کرده‌اند. دربارهٔ دلایل امام شوشتری در واقع شدن این شهر در روستای شاه‌آباد می‌گوید: قبول این مطلب نیازمند دلایل و مدارک بیشتری است که وی در پنج مورد برشمرده است. اقتداری می‌گوید همه مورخان هم‌نظرند که در جندی‌شاپور دفن شده و در ادامه توضیح می‌دهد نظر امام شوشتری در مورد تعلق آرامگاه شاه‌ابوالقاسم در شاه‌آباد به صحیح به نظر نمی‌رسد. وی معتقد است که اگر هم جندی‌شاپور در آن حوالی باشد می‌تواند در منطقه نزدیک به تپه‌های باستانی منطقه باشد نه در شاه‌آباد. محمدزمان خدایی در مورد نظریه امام شوشتری معتقد است که با توجه به این که شیخ ابوالقاسم ۳۰۰ سال بعد از فوت یعقوب وفات یافته و بقعه او ۸۰۰ سال بعد از فوت یعقوب توسط فتحعلی‌خان حاکم شوشتر ساخته شده و همچنین با توجه به جنس سنگ، این کتیبه نمی‌تواند به مدت یازده قرن از زمان فوت یعقوب به جا مانده و نشانه‌ای از مقبره یعقوب لیث و در نتیجه شهر گندی‌شاپور باشد. وی همچنین دلایل جغرافیایی در رد فرضیه امام شوشتری برمی‌شمرد. 
احمد خامه‌یار با اشاره به قطعیت وجود قبر یعقوب لیث در جندی‌شاپور می‌گوید به نظر می‌رسد که دلایل ارائه شده برای اثبات اینکه بقعه شاه ابوالقاسم، آرامگاه یعقوب لیث صفاری است، کافی نیست. 
 محمد زمان خدایی پژوهشگر باستانشناسی را همان شهر جندی‌شاپور مشهور معرفی می‌کند. وی با ذکر دلایل تاریخی و زبانشناسی معتقد است که در نامگذاری شهرها و مناطق مشکلاتی بوده و دو جندی‌شاپور (شهر شاپور) وجود داشته‌است که مورخان گاهی یکی را جای دیگری گرفته‌اند. اما وی را همان شهر معروف و دانشگاهی جندی‌شاپور می‌داند. 
 معماری شهری گندی‌شاپور، همانند اردوگاه‌های رومی، مستطیلی‌شکل است. شبکهٔ بافتی این شهر، همانند است و در میانهٔ آن هشت راه عمود بر هشت راه دیگر و به‌صورت متقاطع است. به‌روایت ، دستور داد تا را مدتی در گندی‌شاپور زندانی و شکنجه کنند. او را در همین شهر، زنده پوست کندند و بر دروازه‌های شهر، آویختند. بدین‌سبب، این دروازه، «دروازهٔ مانی» نام گرفت، گرچه نویسندهٔ ، محل کشته‌شدن مانی را شهرکی به نام رادمِهر ذکر کرده‌است. در زمان ، ذوالاکتاف، رومی‌ها گندی‌شاپور را محاصره و قسمتی از حصار آن را ویران کردند. در این جنگ قیصر روم اسیر شد و شاپور یکم او را وادار کرد که از سرزمین خود، خاک آورده، گندی‌شاپور را بازسازی کند. شاپور دوم در تعمیر باروهای شهر، خشت و گل و آجر و گچ به‌کار برد. ازاین‌رو، نیمی از باروهای این شهر از خشت و نیمی دیگر از آن با آجر ساخته شد. هم‌چنین قیصر وادار شد که به‌سبب جبران درخت‌های خرمایی که بریده بود، درخت زیتون بکارد. گندی‌شاپور در زمان ، از خوش‌آب‌وهواترین و زیباترین مناطق کشور بود. 
 مؤلف ، گندی‌شاپور را شهری آباد و دارای نعمت فراوان معرفی کرده‌است. در سدهٔ چهارم هجری، از گندی‌شاپور به‌عنوان «کوره و نیز قصبه‌ای با هوای دلگشا، مرکز خوزستان، جایگاه سلطان، با شِکر فراوان (که به و صادر می‌شده)» یاد کرده و مذهب مردم آن‌جا را، اهل سنت ذکر کرده‌است. او نوشته که این شهر، دو نهر و کارگاه‌های بافندگی بسیار و آبادی‌های گرانمایه و کشتزارها و ارزانی و خیرات و فقیهان و ثروتمندان بسیار دارد. ، از بزرگی و آبادانی و کشاورزی و نخلستان‌های بسیارِ آن‌جا آورده‌است. 
 بنا بر گفتهٔ اکثر مورخین، شهر جندی‌شاپور در زمان شاپور یکم (۲۴۲–۲۷۲ میلادی) بنیان‌گذاری شده‌است. شهر گندی شاپور از زمان شاپور اول دارای اهمیت ویژه‌ای شد، چنان‌که برخی از مورخین، آن را دومین شهر شاهنشاهی ساسانی دانسته‌اند. گفته می‌شود که شاپور دوم، مقر حکومتی‌اش را از آغاز تا سال سی‌ام سلطنت خود را در این شهر قرار داد و پیش از آن نیز، به دستور شاپور اول، تعدادی از کتاب‌های پزشکی یونانی را در آنجا به پهلوی ترجمه و نگهداری می‌کردند. اوج پیشرفت و اعتلای شهر و دانشگاه گندی شاپور در زمان خسرو انوشیروان بود که او نسطوریان (که بعدها جز فعالان اقتصادی نیز شدند) و دانشمندان یونانی را (به دلیل اختلافات مذهبی از سرزمینشان طرد شدند) را در گندی شاپور جای داد و با برگزاری مناظرات و جلسات علمی، موجب رونق بیشتر این دانشگاه شد. 
 دیدگاه‌های مختلفی دربارهٔ تاریخ تأسیس مدرسه وجود دارد. درحالی‌که برخی از محققان ادعا می‌کنند که در هنگام بنای شهر ساخته شده، برخی دیگر بیان می‌کنند که در زمان شاپور دوم تأسیس شده‌است. اگرچه شواهد موجود اجازه نمی‌دهد که تاریخ تأسیس دانشگاه را با شهر مرتبط ساخت، به‌راحتی می‌توان گفت که فعالیت‌های علمی که باعث شهرت گندی‌شاپور شد در همان دوران اولیه آغاز شد. طبق گفتهٔ ، جمعیت گندی‌شاپور شامل بسیاری از دانشمندان و صنعتگران انطاکیه، ازجمله پزشکان و فیلسوفان بود که همانند امپراتور اسیر روم والریانوس به‌اسارت گرفته شده‌بودند؛ بنابراین می‌توان فرض کرد که در آن زمان، گندی‌شاپور وارد دوران شکوفایی فرهنگی و فکری، به‌ویژه در مانند ، ، و ، شد. 
 به‌گزارش ، شاپور اول، هم‌زمان با بنیان‌نهادن شهر، جمعی از صاحبان حرفه‌های گوناگون و به‌ویژه طبیبان حاذق را از به گندی‌شاپور آورد. این گروه، نوجوانان را آموزش دادند و باعث شهرت شهر به‌عنوان مرکزی طبی شدند. این افراد را قیصر روم و همراهان اسیر وی معرفی کرده‌است که شاپور از مهارت آن‌ها در کارهای ساختمانی بهره برد. نیز اشاره کرده‌است که گروهی از پزشکان یونانی به‌ترویج در گندی‌شاپور پرداختند. این گزارش‌ها پیشینهٔ آموزش پزشکی را در گندی‌شاپور به حکومت شاپور اول بازمی‌گرداند. 
 به‌گفتهٔ ، این شهر تنها پس از مهاجرت ، و پزشک مشهور یونانی به آن‌جا، به‌جهت علوم پزشکی و معروف شد. تئودوروس که پزشکی عادی نبود، به‌عنوان پزشک سلطنتی به شاپور دوم خدمت کرد و چندین کتاب در زمینهٔ علوم پزشکی نوشت که یکی از آن‌ها در نهایت به زبان عربی ترجمه شد. شاپور دوم نیز تئودوروس را بزرگ داشت و کلیسایی برای او در شهر ساخت و برخی از مسیحیان را به خدمت او گماشت. 
 پیگیری‌های محققانهٔ تئودوروس این ادعا را تقویت می‌کند که مدرسهٔ گندی‌شاپور در زمان شاپور دوم ساخته شده‌است. از میان پژوهشگرانی که این نظریه‌ها را به مطرح می‌کنند، ، شرق‌شناس معروف، — که پیرو سارتون بود — و هستند. نصر ادعا می‌کند که شاپور دوم نه‌تنها گندی‌شاپور را به‌عنوان پایتختش گسترش داده و پذیرفته‌است، بلکه در آن دانشگاهی بزرگ که شامل یک مدرسهٔ پزشکی نیز می‌شده، بنا کرده‌است. هم‌چنین نخعی ادعا می‌کند که ساختن مدرسه هفت سال طول کشید و توسط شاپور دوم افتتاح شد. مدت کوتاهی پس از این رویداد، حدود ۵۰۰۰ دانشجو از ایران، روم، یونان، سوریه، عربستان و هند وارد مدرسه شدند، توسعه‌ای که گندی‌شاپور را به یک مرکز مهم منطقه‌ای در علم پزشکی تبدیل کرد. هرچند شواهد کافی برای اثبات و حمایت از این ادعاها وجود ندارد، اما این واقعیت که دانشمندانی از سرزمین‌های دیگر در زمان سلطنت خسرو اول به غرب قلمرو ساسانی آمده و در گندی‌شاپور مستقر شدند، نشان می‌دهد که مدرسه‌ای در آن شهر وجود داشته‌است؛ و اگر چنین نبوده‌باشد، دلیلی برای اسکان آنان توسط در این شهر وجود ندارد. اسکان این محققان در گندی‌شاپور و دانشگاه آن، این مطلب را تقویت می‌کند که خسرو اول، نخستین سازندهٔ دانشگاه بوده‌است. علاقهٔ خسرو اول به فلسفه، او را در غرب مشهور ساخت. دانشمندان آکادمی آتن پس از بسته‌شدن آکادمی در سال ۵۲۹ م توسط راهی گندی‌شاپور شدند. خسرو اول از چنین محققان و فیلسوفان برجسته‌ای مانند ، ، ، ، ، و استقبال کرد. او پس از اسکان آنان در گندی‌شاپور، آنچه را که آنان برای ادامه پژوهش و تحصیل علمی خود نیاز داشتند، فراهم ساخت. این محققان مدارس شهر را بازسازی و احیا کردند و در پژوهش‌های خود از آزادی بسیار برخوردار بودند. خسرو اول خود علاقه‌ای به فعالیت‌های آنان و بحث‌ها و مناظره‌های فلسفی با آنان داشت. علاوه‌براین، او این بحث‌ها و پاسخ‌های فیلسوفان به پرسش‌های خود را در بسیاری از کتاب‌ها ثبت کرد، یکی از آن‌ها به لاتین ترجمه شد و ترجمهٔ ناقص آن باقی مانده‌است. پس از شکست ژوستینین، خسرو اول، که به‌دنبال بود، در معاهدهٔ صلح تصریح کرد که تمام فیلسوفانی که در گندی‌شاپور زندگی می‌کنند، هرزمان که بخواهند، می‌توانند به میهن خود بازگردند. درست پس از این توافق، دانشمندانی که در گندی‌شاپور پناهنده بودند، از این فرصت برای رفتن به خانه استفاده کردند. بااین‌حال، دانش‌آموختگانی که در طول چهار سال اقامت در گندی‌شاپور تحصیل کرده‌بودند، اطمینان دادند که این مدرسه به‌عنوان نشان و معیاری آموزشی باقی خواهد ماند. 
 ، در روایت ماجرای اعدام مانی نقاش به روزگار ، آورده‌است که چوبهٔ دار مانی را در کنار دیوار بیمارستان شهر برپا کردند. اگر این مطلب صحت تاریخی داشته‌باشد، پیشینهٔ فعالیت بیمارستان گندی‌شاپور تا نیمهٔ دوم قرن سوم میلادی به عقب می‌رود؛ اما بر این عقیده است که مدرسهٔ گندی‌شاپور را شاپور دوم، معروف به ذوالاکتاف، تأسیس کرد و ادارهٔ آن را به اولیای سپرد. در ادامه، او نوشته‌است که پزشکان و استادان آن‌جا — که برخی یونانی و برخی ایرانی بودند — پیش از آغاز خدمت روزانه، در مراسم دعای صبحگاهی شرکت می‌کردند، اما از گزارش منابع کهن بیش از این روشن نیست که ذوالاکتاف از هند طبیبی به شوش آورد و احتمالاً برای پزشکی مسیحی، به نام تئودوروس یا تئودوسیوس، کلیسایی در گندی‌شاپور بنا کرد. تئودوروس ظاهراً در آن‌جا طب تدریس می‌کرد و وی از معدود کتاب‌های فارسی است که در دورهٔ اسلامی به عربی ترجمه شد. 
 دو حادثهٔ دیگر بر رشد علمی گندی‌شاپور و نفوذ آموزه‌های یونانی در این مرکز افزود: نخست آن‌که در ۴۸۹ میلادی امپراتور ، در پی حکم تکفیری که در باب صادر کرده‌بود، مدرسهٔ دینی و پزشکی را بست. متألّهان این مرکز به و پزشکان آن‌جا به گندی‌شاپور کوچیدند و بدین‌سان از قلمرو به پادشاهی ساسانی پناه بردند. در آن روزگار رُها شهری کاملاً بود، اما گندی‌شاپور شهری جهانی بود و از هر تعصبی آزاد بود. حادثهٔ دیگر در پی سخت‌گیری ، امپراتور روم (حک: ۵۲۷–۵۶۷ میلادی)، بر و بستن در ۵۲۹ میلادی رخ داد. هفت حکیم نوافلاطونی را ترک گفتند و به امید دیدار پادشاهی مطابق با آرمان ، به دربار روی آوردند. 
 خسرو انوشیروان در گردآوری و ترجمهٔ متون یونانی و هندی کوشید و گویا خود از تلفیق آثار یونانی و هندی کتابی در پزشکی تألیف کرد. وی ، رئیس پزشکان ایرانی و سرپرست مدرسه و بیمارستان گندی‌شاپور، را برای جمع‌آوری برخی کتاب‌های پزشکی به هند فرستاد و پزشکی هندی به نام را برای تدریس طب هندی به گندی‌شاپور فراخواند. در سال بیستم پادشاهی انوشیروان، به‌دستور وی، گروهی از پزشکان گندی‌شاپور گرد آمدند و به بحث دربارهٔ موضوعات پزشکی پرداختند. قفطی، ضمن ذکر نام چند تن از اعضای این انجمن، نوشته‌است که مناظرات آن‌ها ثبت و ضبط می‌شد. از لحن وی چنین برمی‌آید که به ترجمهٔ عربی این مناظرات دسترسی داشته‌است. با این وصف، دشوار می‌توان این سخن الگود را پذیرفت که اگرچه به‌فرمان انوشیروان کتابی در سی مجلد دربارهٔ سموم تألیف شد و دانش نجوم مورد تشویق قرار گرفت، اما شاه نتوانست در گندی‌شاپور مدرسهٔ طب تأسیس کند. درواقع، گندی‌شاپور به‌روزگار پادشاهی انوشیروان در اوج شکوفایی علمی بود. 
 نخستین مدارک در زمینهٔ یادگیری پزشکی به یک مجموعه جلسات بحث و مناظرهٔ پزشکی-فلسفی، بنا بر فرمان ، در حدود ۶۱۰ م اشاره دارد که در آن پزشک ارشد نیز شرکت کرد. 
 در دورهٔ ساسانیان، در مدرسه و بیمارستان تازه‌بنیاد جندی‌شاپور خوزستان، آگاهی‌های پزشکی و شیوه‌های درمانی یونانی، هندی، سریانی، ایرانی با همدیگر آمیخته شد و سنت پزشکی جندی‌شاپور در سایه پشتیبانی‌های سیاسی-اقتصادی ساسانیان چنان بارور و شکوفا گشت که گه‌گاه، این شهر، شهر بقراط خوانده می‌شد. 
 در ۱۷ هجری/۶۳۸ میلادی، پس از تسخیر شوش، مسلمانان، به‌فرماندهی (یکی از سرداران ) دست به محاصرهٔ گندی‌شاپور زدند. می‌نویسد که پس از یک روز نبرد میان مدافعان و مهاجمان عرب، از میان سپاه اسلام، امان‌نامه‌ای به درون شهر پرتاب شد. مهاجمان مشاهده کردند که دروازه‌های شهر، ناگهان گشوده شد و مردم در بازارها، کار را از سرگرفتند. هنگامی‌که مسلمانان دلیل این رفتار را پرسیدند، مردم پاسخ دادند که شما به ما پیشنهاد امان دادید و ما هم پذیرفتیم. مهاجمان گفتند که ما چنین نکرده‌ایم. مردم شهر هم پاسخ دادند که ما دروغ نمی‌گوییم. بر مهاجمان آشکار شد که امان‌نامه را برده‌ای از تبار گندی‌شاپور به نام مُکَنِف، از سپاه اسلام، نوشته و به درون شهر پرتاب کرده بود. مسلمانان گفتند که نویسنده برده بوده، مردم شهر گفتند که ما آزاد و برده نمی‌شناسیم. سران لشکر به‌ناچار نامه‌ای به نوشتند و کسب تکلیف کردند. عمر در پاسخ نوشت: «مفاد امان‌نامه را اجرا کنید.» در نتیجه، مسلمانان پیمان را گرامی داشتند و از محاصرهٔ آن دست برداشتند. مردم گندی‌شاپور نیز حاضر به پرداخت گشتند. ، روایت طبری را با کمی تفاوت، بیان می‌دارد: «به‌سبب پرتاب تیری با پیوست امان‌نامه از سوی سپاه اسلام، شهر گندی‌شاپور از خطر غارت، ویرانی و کشتار رهایی یافت، اما نواحی اطراف آن در امان نماند، زیرا در حوالی گندی‌شاپور و شوش مدتی سرگرم جنگ بود و در ۲۱ هجری/۶۴۲ میلادی، رهسپار حمله به شد». می‌نویسد که: «ابوموسی اشعری به گندی‌شاپور رفت. اهالی از ترس، نزد او رفته، امان طلبیدند. ابوموسی با آنان عهد نمود که کسی را نکشد و به اسارت نگیرد و جز گرفتن سلاح جنگی، بر اموال‌شان تعرض نکند». 
 در دوران و ، فعالیت‌های علمی گندی‌شاپور اگرچه درخشش دوران ساسانی را نداشت، بااین‌حال متوقف نگردید. با بررسی فعالیت علمی در ، به‌جز دانش پزشکی، تاحدودی می‌توان به نقش رابطهٔ عنصر ایرانی با عنصر یونانی در رشته‌های مختلف و پی برد. در تاریخ تکامل نجوم در زبان عرب، می‌توان پی برد که از لحاظ زمانی، عنصر ایرانی و هندی مقدم بر یونانی بوده‌است. باآن‌که از لحاظ جغرافیایی، امویان به‌پایتختی به تمدن یونانی و نزدیک‌تر بودند و در آن ، نقش واسطه را ایفا می‌کردند، ولی در ابتدای امر، مترجمان علوم شامل نجوم و غالباً ایرانی بودند؛ چراکه منجمان در دربار ساسانی، گروهی متمایز و برجسته بودند. بااین‌وجود، در عصر خلافت اموی و پس از آن تا ۱۳۲ هجری/۷۵۰ میلادی، در نوشته‌ها و شعرهای عربی، هیچ اثری از عنوان اخترشناس (به : ) دیده نشده‌است. در نوشته‌های ، خلفای اموی از پزشکان گندی‌شاپوری، کمک می‌جستند. 
 سیلمز در تحقیقی که در سال ۲۰۰۵ در مجلهٔ آمریکایی علوم اجتماعی اسلامی چاپ شد با اشاره به سالم‌ماندن در حملهٔ اعراب به ایران می‌نویسد: 
 مرکز آموزشی گندی‌شاپور، باآن‌که در زمان اسلام دوران شکوفایی خود را پشت سر گذاشته‌بود، مایهٔ شگفتی اعراب گشت. در این مکان بود که کتاب‌های یونانی، و ، که در زمان ساسانیان به زبان پهلوی ترجمه گشته‌بودند، به عربی ترجمه شدند. فرای می‌نویسد که این فرایند ترجمه، گواهی بر دخالت ایرانیان در انتقال دانش کهن به جهان اسلامی بوده‌است. 
 آوازهٔ شهرت علمی این شهر را ، که از گندی‌شاپوریان طب آموخته و در طبابت کرده و ثروتی اندوخته بود، بیش از گذشته به گوش اعراب رساند. بااین‌که از فعالیت مدرسهٔ گندی‌شاپور، از زمان بازگشت حارث به تا زمان فراخوانده‌شدن نزد (حک: ۱۳۶–۱۵۸)، گزارشی در دست نیست، اما می‌توان با اطمینان گفت که در این میانه فترتی در فعالیت علمی گندی‌شاپور روی نداده‌است. شاید از تأثیر برخی آموزه‌های زرتشتی، مانند ، که زمانی بر اصول پزشکی یونانی رایج در گندی‌شاپور مؤثر بود، قدری کاسته شد، اما تعالیم مسیحی هم‌چنان مانع از اهتمام پزشکان گندی‌شاپور به برخی حوزه‌های پزشکی، چون کالبدشناسی می‌شد. آنان، به‌رغم تأثیرپذیری‌شان از پزشکی نظری یونان، فعالیت خود را بیشتر به و و محدود کرده‌بودند. محمدی بر آن است که پزشکان و استادان گندی‌شاپور درفاصلهٔ فتح این شهر به روزگار خلافت عمر تا اوایل دورهٔ عباسی مجبور بودند مستقل از حمایت حکومت به کار خود ادامه دهند و مدرسه و بیمارستان شهر را بگردانند. نخستین اشاره‌ها به بیمارستان در حوادث سال ۱۴۸ دیده می‌شود، هنگامی‌که خلیفه منصور عباسی به بیماری دشواری دچار شد و به‌دستور وی حاذق‌ترین طبیب آن روزگار — که به تشخیص مشاوران خلیفه، جرجیس بن بختیشوع، رئیس پزشکان گندی‌شاپور، بود — به فراخوانده شد. وی پس از درمان خلیفه عزت بسیار یافت و بعد از چهار سال اقامت در بغداد به گندی‌شاپور بازگشت و وعده داد تا شاگرد خود یا شهلاثا را به‌جای خود به بغداد بفرستد. به‌روزگار (حک: ۱۵۸–۱۶۹) نیز فرزند جرجیس، بختیشوع، برای درمان ، پسر خلیفه، چندی به بغداد رفت و در ۱۷۱ هجری نیز برای معالجهٔ به دارالخلافه رفت و اکرام بسیار دید. شش نسل از ، در عین حفظ ارتباط خود با گندی‌شاپور، سال‌ها از مهم‌ترین پزشکان دربار عباسی بودند. 
 سرنوشت نیز سبب مهاجرت گندی‌شاپوریان به بغداد را روشن می‌سازد. او که حتی سواد خواندن و نوشتن نداشت، سی سال در بیمارستان گندی‌شاپور داروسازی کرد و پس از آن‌که از کار برکنار شد با نومیدی به بغداد رفت، اما در آن‌جا، با اتکا به تجربیاتش، چشم‌پزشک مخصوص خلیفه شد. نیز در تبحر داشت و بیش از چهل اثر در پزشکی نگاشت. او در بغداد مدرّس مهم‌ترین مجلس درس طب آن روزگار بود و با آن‌که اصنافی گوناگون از اهل علم و ادب به حلقهٔ درس وی رفت‌وآمد داشتند، آن‌چنان‌که گزارش داده‌است او نیز، چون دیگر پزشکان گندی‌شاپور، مایل نبود دانش خود را به همگان بیاموزد. عتاب وی با ، از اهالی ، نیز به‌همین‌سبب بود. بااین‌وصف، حنین به درس راه یافت و یکی از بزرگ‌ترین چشم‌پزشکان دورهٔ اسلامی شد. به‌علاوه، ظهور او به‌عنوان مهم‌ترین مترجم سریانی آثار یونانی، بر دانش گندی‌شاپوریان افزود. او ۸۵ اثر را به سریانی ترجمه کرد که اغلب به‌درخواست پزشکان گندی‌شاپور به‌انجام رسید. برخی از این ترجمه‌ها برای دانشجویان گندی‌شاپوری متون درسی به‌شمار می‌آمدند. تقاضا برای ترجمه‌های سریانی، در کنار ترجمه‌های عربی، را نشانهٔ تداوم فعالیت علمی گندی‌شاپور دانسته‌است. ازسوی‌دیگر، مرکزیت‌یافتن بغداد در نهضت ترجمهٔ آثار یونانی باعث مهاجرت گستردهٔ طبیبان گندی‌شاپور به بغداد شد. آنان در آن‌جا بیش از گندی‌شاپور امکان تحقیق و تدریس پزشکی و دست‌یابی به ترجمه‌های سریانی داشتند. این مهاجرت‌ها اگرچه از رونق علمی گندی‌شاپور کاست، اما زمینهٔ انتقال دانش و تجربهٔ این مرکز علمی را به بغداد بیش از گذشته فراهم آورد و نقشی درخور توجه در شکل‌گیری نهاد بیمارستان در جهان اسلام داشت. 
 شهرت واقعی گندی‌شاپور در تاریخ ایران دورهٔ اسلامی، بر نقش معروف آن در انتقال دانش یا دقیق‌تر و نهاد بیمارستان آموزشی به جامعهٔ شهری ، و فراتر از آن به استوار است. محققان دربارهٔ میزان اهمیت مدرسهٔ گندی‌شاپور در انتقال دانش‌های دورهٔ باستان، به‌ویژه پزشکی، به عالم اسلام هم‌نظر نیستند. هرچند اغلب آنان مدرسهٔ گندی‌شاپور را اصلی‌ترین واسطهٔ انتقال پزشکی هند به جهان عربی‌زبان می‌شمرند و بدون وجود این مرکز امکان آگاهی‌یافتن مسلمانان از آموزه‌های پزشکی هند را در چنین زمان کوتاهی منتفی می‌دانند، اما دربارهٔ پزشکی یونانی و به‌ویژه جنبه‌های نظری آن اختلاف رأی دارند. ، با توجه به ترجمهٔ به‌قلم در دوره (حک: ۶۴–۶۵)، بر آن است که اولین آثار پزشکی علمی از یا مراکز علمی به دست اعراب رسید و این تصور که مسلمانان در پزشکی نیز مانند دیگر رشته‌های علمی نخست به سراغ میراث ساسانیان رفته، نیازمند تصحیح است. او هم‌چنین نقش گندی‌شاپور را در انتقال پزشکی نظری یونان به جهان عربی‌زبان اساسی ندانسته و برای آغاز پزشکی نظری نزد مسلمانان به توجه کرده که برپایهٔ تألیفات یونانی و نوشته‌های منسوب به ، جالینوس، ، و شکل گرفته و سهم دانش پزشکی ایرانیان در این اثر منحصر به نام گیاهان و داروها شده‌است. سزگین دربارهٔ علم نیز بیشتر به اعتراف به وجود نام‌های کیمیایی ایرانی در برخی اشعار دورهٔ اموی توجه کرده و به نقش مکتب گندی‌شاپور در انتقال این دانش به جهان عربی‌زبان نپرداخته‌است و این پرسش را جدی نگرفته که وجود نام‌های ایرانی در دانش‌هایی از این دست نشانهٔ چیست. 
 پیش از پرداختن به موضوع اخیر باید از زبان آموزش در مدرسهٔ گندی‌شاپور پرسید. پژوهشگران در این‌باره هم‌سخن نیستند. به‌نظر ، تدریس در گندی‌شاپور به زبان یونانی صورت می‌گرفته و زبان پهلوی تنها در داروسازی، آن هم به شکلی نه‌چندان آشکار، به‌کار می‌رفته‌است. این موضوع به‌ویژه به‌سبب تفاوت انواع گیاهی موجود در ایران و یونان و اسکندریه طبیعی به‌نظر می‌رسد؛ اما الگود زبان این مدرسه را در درجهٔ اول سریانی و در کنار آن فارسی و عربی و دیگر زبان‌های بومی متداول دانسته‌است. از تقاضای پزشکان گندی‌شاپوری هم‌روزگار با حنین برای ترجمهٔ آثار جالینوس به سریانی، می‌توان گمان برد که زبان علمی گندی‌شاپوریان حتی در سدهٔ سوم هجری سریانی بوده‌است. به‌علاوه، از ترجمهٔ آثار یونانی از فارسی به عربی به‌دست نسطوریان ساکن گندی‌شاپور، گزارشی در دست نیست. بااین‌همه، اگرچه تأثیر مستقیم زبان پهلوی در انتقال دانش‌های باستانی به عربی چندان زیاد نیست، اما سنّت ساسانی ترجمه و اقتباس علوم — که به‌ویژه در گندی‌شاپور تا دورهٔ عباسیان ادامه یافته‌بود — از اصلی‌ترین ریشه‌های فرهنگی نهضت ترجمه به‌شمار می‌آید. 
 گندی‌شاپوریان، افزون‌بر ترجمهٔ متون، به تألیف آثاری به‌ویژه در پزشکی و داروسازی همت گماشتند و از این طریق نیز بر پزشکی دورهٔ اسلامی تأثیر فراوان نهادند. جرجیس بن بختیشوع — که حنین آن را از سریانی به عربی ترجمه کرد — و کتاب اثر و آثار فراوان ازجمله در چشم‌پزشکی و نیز کتابی در آزمون دانش پزشکان به نام و اثر شاگرد وی، ، از مهم‌ترین آثار گندی‌شاپوریان است. در این زمینه به‌ویژه از تألیف ، رئیس بیمارستان گندی‌شاپور، نام برده که مرجع همهٔ بیمارستان‌ها و داروفروشی‌ها بوده‌است. الگود احتمال داده که نگارش این اثر آخرین اقدام رسمی مدرسهٔ گندی‌شاپور و درعین‌حال نخستین تجربهٔ تألیف اثری داروشناختی در جهان بوده‌است. از این اثر تا نیمهٔ دوم قرن پنجم در بیمارستان گندی‌شاپور استفاده می‌شد. 
 آثار تألیفی پزشکان گندی‌شاپور اغلب از میان رفته و فقط نقل‌قول‌هایی پراکنده از آن‌ها باقی است که هنوز تحقیقات کافی دربارهٔ اهمیت آن‌ها در تاریخ پزشکی صورت نگرفته‌است. به نظر سزگین، مهم‌ترین اثری که از این مدرسه به دست رسیده، ، نگاشته در قرن دوم، است. تفسیر این کتاب، به‌قلم ، نیز هنوز برجاست. 
 بیمارستان جندی شاپور به‌طور رسمی دارای مدرسهٔ پزشکی و نخستین بیمارستانِ دارای داروخانه و بخش داروسازی در جهانِ اسلام بوده‌است. 
 
پزشکان گندی‌شاپوری در بغداد قدر و منزلت بسیار داشتند. این موضوع از گلایهٔ یکی از طبیبان عصر از کسادی بازار پزشکان عرب در مقایسه با طب‌آموختگان گندی‌شاپوری یا مسیحی پیداست. پزشک فقیری از بغداد با نام خود را با پزشکان گندی‌شاپور این‌گونه مقایسه می‌کند: اسد بن غنی، هیچ‌گاه حتی در دوران فراگیرشدن بیماری‌ها آن‌قدر بیمار نداشت که ثروتی کسب کند؛ زیرا سه شرط را نداشت: او نه سوری، نه مسیحی و نه از گندی‌شاپور بود. 
 از خاندان مسیحی نسطوری (سریانی) بختیشوع، یازده تن پزشک بودند و سرسلسلهٔ آنها، نام بختیشوع داشته و پسرش جورجیوس، همان پزشک معروفی است که در مقام ریاست دانشگاه جندی شاپور، برای معالجه منصور دوانیقی، خلیفه عباسی در سال ۱۴۸ ه‍.ق به بغداد رفته‌است و پس از وی خلفای عباسی پیوسته یکی از پزشکان جندی شاپور را که غالباً از همین خاندان بوده‌اند، در دربر خود نگه می‌داشتند و همین امر خود یکی از عللی بود که از رونق مدرسه آن کاست و به رونق علمی بغداد افزود تا جایی که رفته رفته در این شهر بیمارستانی برپا شد و وارث بیمارستان جندی‌شاپور گشت. منصور عباسی که به بیماری معده دچار شده بود، از وجود جورجیس در مقام ریاست پزشکان جندی‌شاپور آگاه شد و دستور به احضارش را داد. جورجیس ناچار کار بیمارستان را به پسر خویش بختیشوع سپرد و همراه دو تن از شاگردان خود به نام‌های ابراهیم و عیسی بن شَهلافا به بغداد رفت. در بغداد او خلیفه را درمان کرد. منصور چون شفا یافت، او را خلعت داد و به ریاست پزشکان پایتخت برگزید. 
 جبرائیل بن بختیشوع دوم در سال ۲۱۳ ه‍.ق فوت کرد و در دیر سرمارجیس مدائن به خاک سپرده شد. پاره‌ای از افراد خاندان بختیشوع تألیف‌های معتبری از خود به یادگار گذاشتند. برای مثال ابوسعید عبیدالله بن جبرائیل دوم دو کتاب با عنوان‌های نوادرالمسائل و مناقب‌الاطباء دارد. 
 ابوزکریا یا یوحنا بن ماسویه، یکی از استادان برجسته مسیحی دانشگاه جندی‌شاپور است. او چهل سال در آن مرکز علمی و بیمارستان به کار تعلیم و مداوا پرداخته‌است. او نیز در زمان مأمون به بغداد آمد و رئیس بیت‌الحکمه شد و شاگردان برجسته‌ای چون حنین بن اسحاق در محضر او تلمذ کرده‌اند. ماسویه تا سال ۲۴۳ هجری قمری زنده بود و به دستور هارون بسیاری از کتاب‌های پزشکی که پس از فتح انقره (آنکارا) و عموریه و دیگر مراکز علمی روم شرقی به بغداد آورده شده بود، در اختیار وی قرار داده شد تا از روی آن‌ها رونوشت برداشته شود و به زبان عربی ترجمه گردد. 
 ابوزید حنین بن اسحاق عباسی از پزشکان مسیحی شهر حیره بود. در سال ۱۹۴ قمری متولد شد. پدرش به روایتی داروگر بوده‌است. وی در بصره عربی آموخت و در بغداد نزد پزشکان جندی شاپور به تعلم پرداخت. نخستین استاد وی یوحنا بن ماسویه، از متعلمان سابق جندی شاپور بود که بر شاگرد خود چنین خشم گرفت و گفت: «مردم حیره را به طب چه کار؟ برو در کوی و برزن صرافی کن». این تندی حنین را بر آن داشت تا با زبان یونانی به آموختن علم پزشکی بپردازد. از این رو عازم اسکندریه شد و به گفته ادوارد براون، هفت سال زبان یونانی آموخت و پس از آن عازم جندی شاپور گشت و نزد جبرائیل بن بختشیوع، آموزش جدید پزشکی را آغاز کرد و به مرور در بغداد رئیس دارالترجمه بیت الحکمه گردید و کتاب‌های متعددی به عربی ترجمه کرد و این کار را تا زمان مرگ خود (۲۶۴ ق) ادامه داد. حنین مترجمان متعددی را تربیت کرد و با کمک آنها، کتاب‌هایی را هم به زبان عربی برگرداند. پسران او (داوود و اسحاق) هم، هر دو از مترجمان برجسته بیت‌الحکمه بودند. شاگردانش از کتاب‌های یونانی و سریانی، آثار گرانبهایی در طب و فلسفه از خود به یادگار نهاده‌اند. اسحاق بن حنین نیز همانند پدر دارای تألیف‌های متعددی است که عبارتند از: الادویة المفردة، اصلاح الادویة المسهلة، المقولات، اختصار کتاب اقلیدس، المدخل الی صناعة المنطق، آداب الفلاسفة و نوادرهم و جز آن. 
 این خانواده از مسیحیان حران بودند که به خدمت خلفای عباسی درآمدند. نیای بزرگ این خاندان قره نام داشت. پسرش ثابت بن قره (معروف به ثابت اول) پزشک معتضد (۲۱۰–۲۸۹ ه‍.ق / ۸۲۵–۹۰۱ م) بود. از او دو پسر به جای ماند، یکی ابراهیم (که شهرت علمی و فلسفی نداشت و دومی سنان. سنان بن ثابت پزشک راضی (۳۳۱ قمری/۹۴۲ میلادی) بود. از او دو پسر به نام ثابت و ابراهیم به جای ماند. ثابت بن سنان (معروف به ثابت دوم) رئیس بیمارستان عضدی بغداد (۲۹۵–۳۶۳ ه‍.ق/۹۰۷–۹۷۳ م) بود و ابراهیم بن سنان (معروف به ابراهیم دوم) رئیس هیئت ممتحنه پزشکان (۲۹۶–۳۳۶ ق. / ۹۰۸–۹۴۷ م) بود. از ابراهیم دوم نیز فرزندی به نام اسحاق شناخته شد که کار پدران خود را داشته‌است. 
 عیسی بن شهلا، یکی از پزشکان مشهور بغداد و از شاگردان جورجیوس بن بختشیوع بوده‌است. 
 شاپور بن سهل جندی‌شاپوری، رئیس بیمارستان جندی‌شاپور بود و در داروشناسی و طبابت متوکل عباسی شهرت بسیار یافت. 
 عیسی بن چهاربخت (مهاربخت) از مسیحیان جندی‌شاپور بود و در بغداد از پزشکان و داروشناسان برجسته به‌شمار آمده و از بقراط و جالینوس ترجمه‌هایی دارد. 
 دهشتک رئیس بیمارستان جندی شاپور و میخائیل برادرزادهٔ او، هر دو از پزشکان مشهور عصر اول عباسیان و ساکن بغداد و از برخورداران دارالعلم جندی‌شاپور بوده‌اند. 
 مؤلف در اوایل قرن ششم هجری، گندی‌شاپور را شهری خراب با چند ده پراکنده ثبت کرده‌است. در اوایل قرن هفتم هجری گزارش داده‌است که به‌جز بعضی ویرانه‌ها، نشانی از گندی‌شاپور باقی نمانده‌است. شوشتری در حدود ۱۰۵۰ هجری گزارش داد که ، حکمران خوزستان، بر ویرانه‌های گندی‌شاپور، آبادی‌ای به نام شاه‌آباد، مشتمل بر خانه‌ها و عصارخانه و حمام بنا نهاد. 
 متون پزشکی پزشکان گندی شاپور حتی زمانی که بیمارستان آن از رونق افتاد کماکان شناخته شده بودند. فهرست ابن ندیم در قرن دهم خیلی از این متون را برمی‌شمارد. جرجانی نویسنده دانشنامه پزشکی از ۱۱۲۵ نسخه‌ای نام می‌برد که زمانی در بیمارستان گندی شاپور به کار می‌رفت. الحاوی از هر دو نسخه دارونامه شاپور یادکرده و همچنین چکیده‌هایی از نوشتجات جرجیس بختیشوع و نوه اش جبرئیل را ذکر می‌کند[۵۸]. این ارجاعات و اشارات نه تنها نشان می‌دهد دانش پزشکی گندی شاپور تا چه گستره زمانی ادامه داشت بلکه بخشی از متون پزشکی که به وسیله پزشکان گندی شاپور نگاشته شده ولی در جای دیگر یافت نمی‌شوند را نیز حفظ کرده‌است. 
 دانشگاهی با نام «گندی‌شاپور» نیز در اهواز در سال ۱۳۳۴ خورشیدی گشایش یافت. پس از چندی این نام به «جندی‌شاپور» تغییر کرد. دانشگاه در نزدیکی رودخانهٔ کارون در زمینی هموار و نزدیک باغ گیاهان گرمسیری بنا گردید. در دوران ، بخش‌هایی از این دانشگاه را پایگاه فرماندهی خود قرار داده‌بود که پس از کشته‌شدن، به‌پاس فداکاری‌ها و جان‌فشانی‌های او، دانشگاه جندی‌شاپور به تغییر نام یافت. دزفول و به‌افتخار این دانشگاه باستانی، از نام جندی برخوردار است.
 در دانشگاه گندی‌شاپور دورهٔ ساسانیان، بخشی به گردآوری اطلاعات دربارهٔ بیماری‌های دریانوردان و راه‌های درمان آن‌ها اختصاص داشته‌است. در سفرهای دریایی اکتشافی که در زمان هخامنشیان انجام می‌شد، همواره پزشکانی با کاروان‌های دریایی همراه بودند که وظیفهٔ مراقبت‌های بهداشتی دریانوردان را برعهده داشته‌اند. در کتاب آمده‌است که «در دوران در بندر و نوعی دانشکدهٔ افسری به نام به آموزش و پرورش افسران ایران می‌پرداخت». 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 برای بیمارستان گندی‌شاپور:
 
 
 
 برای نهضت ترجمه:
{"title": "دانشگاه گندی‌شاپور", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%AF%D8%A7%D9%86%D8%B4%DA%AF%D8%A7%D9%87_%DA%AF%D9%86%D8%AF%DB%8C%E2%80%8C%D8%B4%D8%A7%D9%BE%D9%88%D8%B1&oldid=34551998", "language": "fa"}