«خامنه‌ای» به اینجا تغییرمسیر دارد. برای دیگر کاربردها را ببینید. (زادهٔ ۲۹ فروردین ۱۳۱۸) و دومین است. او طبق اصول ۱۰۷ و ۱۱۰ عالی‌ترین مقام کشور و محسوب می‌شود. او همچنین است و ریاست را بر عهده دارد.
 خامنه‌ای از ۴ سالگی در مکتب‌خانه شروع به تحصیل کرد. سپس به دبستان رفت و پس از پایان تحصیلات ابتدایی وارد شد. تحصیلات کلاسیک را تا سال ادامه داد. او تحصیلات حوزوی خود را در حوزه‌های علمیهٔ ، و فرا گرفت. حدود ۱۸ سال داشت که از اجازه روایت را کسب کرده بود. خامنه‌ای در نوجوانی با طلبه و بنیان‌گذار و رهبر آشنا شد. به گفتهٔ خودش اولین جرقه‌های انگیزش انقلابی اسلامی را نواب صفوی در وی به وجود آورد. او در سال ۱۳۳۶ ه‍.ش با دیدار کرد. آشنایی و دیدار با خمینی باعث تقویت روحیهٔ انقلابی خامنه‌ای شد. او در راستای اهدافِ نهضت خمینی، به فعالیت‌های ضد ادامه داد و در جریان این مبارزات، حکومت پهلوی شش بار او را بازداشت کرد. در سال ۱۳۵۶ه‍.ش او را به مدت سه سال به تبعید کرد که با اوج‌گیری اعتراضات مردمی در سال ۱۳۵۷ه‍.ش این حکم بی‌اثر شده و سپس به تهران بازگشت.
 پس از انقلاب ۱۳۵۷ ه‍.ش ایران، خامنه‌ای عضوی از ، امام جمعه تهران، و معاون وزیر دفاع شد. پس از آن، یک دوره نماینده تهران در و دو دوره رئیس‌جمهور ایران شد. در دوران ریاست‌جمهوری خامنه‌ای رئیس و اولین رئیس و همچنین نائب رئیس اول بود. بعد از در سال ۱۳۶۸ ه‍.ش او را به عنوان دومین رهبر ایران انتخاب کرد. او از سال ۱۳۷۳ ه‍.ش به عنوان یکی از مراجع تقلید شیعیان مورد قبول اعلام شده اما برخلاف عرف، تاکنون به جای انتشار ، تنها به انتشار اکتفا کرده‌است.
 نام خامنه‌ای در سال ۲۰۱۵ میلادی از سوی در رتبهٔ ۱۸ فهرست قرار گرفت. در مجلهٔ می‌نویسد که خامنه‌ای از زمان رهبر شدنش تاکنون، از راه‌های متفاوتی برای افزایش نفوذش در بخش‌های مختلف نظام ایران پس از انقلاب استفاده کرده‌است. خامنه‌ای در دوره رهبری خود با امواج اعتراضی گسترده‌ای از جمله ، اعتراضات در سال‌های و ، ه‍. ش، ، و ه‍.ش مواجه شده‌است. خبرنگاران، وبلاگ‌نویسان و دیگر افراد در ایران به جرم توهین به او محاکمه و به مجازات‌هایی مانند زندان و شلاق محکوم شده‌اند و برخی از آن‌ها نیز در زندان درگذشتند. در دوره حاکمیتش اتفاق افتاد که او آن را احتمال «حمله بیولوژیکی» توصیف و واردات واکسن آمریکایی و انگلیسی به ایران را ممنوع کرد.
 در ژوئن ۲۰۱۹ ایالات متحده آمریکا، خامنه‌ای و دفتر او را تحریم کرد. 
 
 
 جد بزرگ خامنه‌ای، سید محمد حسینی تفرشی، از سلسله است. شجرهٔ وی به می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف ، چهارم شیعیان، است. جدش سید حسین خامنه‌ای در به دنیا آمد و در حوزهٔ علمیهٔ نجف، در زمرهٔ فقها و مدرسان آن حوزه و از علمای طرف‌دار بود. پدرش، از علما و مجتهدان عصر خود بود و از ، و اجازه داشت. 
 ، پدربزرگ مادری خامنه‌ای، مفسر قرآن و امام جماعت بوده که در زمان به علت اعتراض به کشتار مردم در ، به تبعید می‌شود. به گفته در ، سلسلهٔ نسب خامنه‌ای از سوی مادر به ، امام ششم شیعیان، می‌رسد. بنا به گفتهٔ مراد ویسی در ، پدر بزرگ مادری او، زاده و بزرگ‌شدهٔ و دانش‌آموختهٔ و نیز از و مشخصاً بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. وی سالیان بسیار امام جماعت مسجد گوهرشاد بود و به اشتغال داشت و کتاب تفسیر قرآن را نوشت. او در زمان در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به تبعید شد. 
 ید علی حسینی خامنه‌ای ۲۹ فروردین ۱۳۱۸ ه‍.ش در متولد شد. تاریخ تولد او در شناسنامه ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ ه‍.ش ثبت شده‌است که با ۱۶ ژوئیهٔ ۱۹۳۹ میلادی برابر است، اما خود او تاریخ صحیح زادروزش را ۲۹ فروردین همان سال می‌داند. او از دوران کودکی در خانواده‌ای فقیر پرورش یافت. بنابر گزارش خود او از دوران کودکی‌اش این دوران در فقر گذشت و تا حدود پنج سالگی در خانه‌ای نسبتاً کوچک در محله‌ای فقیرنشین در مشهد ساکن بود که فقط یک اتاق و یک زیرزمین داشت. بعدها جمعی از ارادتمندان به سید جواد خامنه‌ای زمین کوچکی را در کنار آن خانه خریداری و هدیه کردند و خانه‌اش دارای سه اتاق شد. او تحصیل را از چهار سالگی به همراه ، برادر بزرگش در مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن آغاز کرد و پس از مدتی دورهٔ دبستان را در نخستین مدرسهٔ اسلامی مشهد، به نام «دارالتعلیم دیانتی» گذراند. در همین روزها، یادگیری قرائت و قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد. 
 خامنه‌ای با علاقه شخصی و تشویق والدین، هم‌زمان با تحصیل در کلاس ، تحصیلات مقدماتی حوزوی را در مدرسهٔ سلیمان‌خان مشهد آغاز کرد. وی بخشی از مقدمات را نزد پدرش آموخت. به اعتقاد وی تحصیلش در مدرسه سلیمان خان در سال‌های اول دهه ۱۳۳۰ ه‍.ش که همزمان با حضور در مشهد بود، تأثیر زیادی در آینده سیاسی او داشت. او ادامه تحصیلاتش را در گذراند و دورهٔ سطح را در آنجا به پایان رساند. او همچنین هم‌زمان با تحصیلات حوزوی، دورهٔ دبیرستان را تا سال ادامه داد. 
 خامنه‌ای را نزد سید جلیل حسینی سیستانی، را نزد پدر و میرزا احمد حسینی سیستانی، ، و را نیز نزد پدر و هاشم قزوینی آموخت. در سال ۱۳۳۴ ه‍.ش در درس حاضر شد. وی در سال ۱۳۳۶ ه‍.ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به رفت و در دروس مدرسانِ بنام ، ازجمله ، ، ، و میرزا حسن بجنوردی شرکت کرد؛ ولی به دلیل عدم تمایل پدرش برای اقامت در نجف، به بازگشت. در همین سال و پیش از رفتن به قم، به او داد. 
 سید علی خامنه‌ای، در اواخر سال ۱۳۳۷ ه‍.ش در ۱۹ سالگی به قم رفت. در هنگام ورودش به در مستقر شد و حجره گرفت. دوران اقامتش در قم با شرکت در درس استادانی همچون ، ، و در و و در گذشت. و بیشتر وقتش در این دوره را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند و در مجموع پنج سال بین سال‌های ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ ه‍.ش را در قم ماند. در سال ۱۳۴۳ ه‍.ش با نابینا شدن یکی از چشمان پدرش به دلیل ، برای کمک به پدر به مشهد بازگشت و در آنجا بار دیگر در جلسات درس سید هادی میلانی حضور یافت که تا ۱۳۴۹ ه‍.ش تداوم داشت. 
 سابقه کنش‌های سیاسی وی برگرفته از سابقه خاندان اوست که زمینه‌ای سیاسی و مذهبی را فراهم ساخته بودند. اولین بارقه برای ورود وی به فعالیت سیاسی با دیدن در مشهد آغاز شده‌است. تنها دیدار او با نواب صفوی در سال ۱۳۳۱ ه‍.ش و در پی سفر نواب به و سخنرانی او در مدرسهٔ سلیمان خان بوده‌است. خامنه‌ای دربارهٔ این دیدار می‌گوید: «همان وقت جرقه‌های انگیزش انقلاب اسلامی به وسیله نواب صفوی در من به وجود آمد و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نواب در دل ما روشن کرد. 
 سیدعلی خامنه‌ای خود را از شاگردان ، ، و انقلابی می‌داند. گرچه اولین دیدار وی با روح‌الله خمینی در سال ۱۳۳۶ ه‍.ش صورت پذیرفت اما شخصیت سیاسی خمینی در جریان برای او هویدا شد. خامنه‌ای در سال ۱۳۴۱ ه‍.ش در جریان لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی به پیوست و مبارزه با می‌پردازد. وی را از نخستین افرادی می‌داند که قبل از با خمینی همراه شد. در بهمن ۱۳۴۱ ه‍.ق پس از همه‌پرسی آن لایحهٔ، سید علی خامنه‌ای و برادرش مأمور رساندن گزارش محمدهادی میلانی به خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه‌پرسی شدند. از این پس، خمینی وظیفه رساندن پیام‌هایش به روحانیون خراسان و مردم مشهد را به خامنه‌ای محول کرد. این پیام‌ها شامل ترسیم خط‌مشی مبارزه بود. در یکی از این پیام‌ها، از علما و روحانیون خواسته بود تا از روز هفتم محرم، واقعهٔ را بازگو کنند تا رفتار رژیم پهلوی با مخالفان برای مردم تبیین شود. 
 خامنه‌ای در منابر و مجالس برخی شهرهای همچون ، دربارهٔ مسائلی همچون «یورش به مدرسه فیضیه» و «سلطه بر جوامع اسلامی» سخنرانی می‌کرد. به دنبال این سخنرانی‌ها حکومت پهلوی وی را برای اولین بار در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ ه‍.ش در بیرجند توسط بازداشت و زندانی کرد. با ۱۳۴۲ ه‍.ش او را از به منتقل و تحویل بازداشتگاه نظامی کردند. مدت حبس او در این بازداشت ۱۰ روز عنوان شده‌است. وی پس از آزادی اول از زندان، با حضور در جلساتی که در منزل سید هادی میلانی به منظور تداوم نهضت خمینی در غیاب وی — که در حصر به سر می‌برد — تشکیل شد، ارتباط خود را با میلانی حفظ کرد و پس از مدتی راهی می‌شود و در آنجا فعالیت‌های سیاسی‌اش را ادامه می‌دهد. وی به طرفداری از ، و ، که به دلیل حمایت از سید روح‌الله خمینی زندانی بودند، برای این افراد می‌فرستد. او طلاب خراسانی را برای اعتراض به حصر خمینی رهبری کرد و نامه‌ای به — نخست‌وزیر وقت — نوشت. 
 بازداشت دوم او مربوط به سفرش به است. وی در دی ۱۳۴۲ ه‍.ش با عده‌ای از دوستانش به رفت و پس از سه روز توقف در و سخنرانی و دیدار با عالمان و طلاب شهر، عازم زاهدان شد. در آن جا نیز به دلیل سخنرانی‌ها و فعالیت سیاسی، مجدد توسط شهربانی بازداشت و در ۱۲ بهمن تحویل شد و از آنجا به در تهران منتقل شد. خامنه‌ای اسفند همان سال با قرار التزام به عدم خروج از تهران آزاد می‌شود و تا پیروزی همواره تحت کنترل وقت قرار داشت. 
 در پاییز ۱۳۴۳ ه‍.ش پس از بازگشت به مشهد، در کنار مراقبت از پدر فعالیت سیاسی خویش را ادامه داد. در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ ه‍.ش به تبعید سید روح‌الله خمینی در ضمن نامه‌ای خطاب به اعتراض کرد. وی به همراه روحانیونی چون ، ، ، ، ، ، سید و گروه یازده نفره‌ای را شکل دادند که فعالیت‌شان مبارزه با حکومت پهلوی بود. این گروه که به عنوان اولین تشکیلات سرّی شناخته می‌شود، در اواخر سال ۱۳۴۵ ه‍.ش توسط ساواک کشف شد و خامنه‌ای نیز به همین دلیل مورد تعقیب قرار گرفت. در همین دوران خامنه‌ای به ترجمه کتاب اقدام کرد. ساواک این کتاب را توقیف می‌کند ولی نمی‌تواند او را بازداشت کند. مدتی پس از آن، او مسجد امیرالمؤمنین را بر عهده گرفت. وی همچنین در بهار سال ۱۳۴۹ ه‍.ش سلسله جلساتی را برگزار کرد که ایده مبارزاتی آن مبتنی بر تدوین جهان بینی و ایدئولوژی اسلامی بوده‌است. با دستگیری سید حسین قمی و اعتراض خامنه‌ای، ساواک در چهارده فروردین ۱۳۴۶ ه‍.ش وی را در مراسم تشییع برای سومین بار دستگیر می‌کند. او تا ۲۶ تیرماه همان سال را در بازداشت سپری کرد. 
 در پی کشته‌شدن در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ ه‍.ش توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین مرجعیت خمینی در آن مقطع بود، خامنه‌ای تلاش کرد به همراه شمار دیگری اعتراضات مردمی به کشته شدن وی را به نفع مبارزه هدایت کند. بر اثر همین فعالیت‌ها بود که عده‌ای از دست به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از خمینی و انتقاد از حکومت پهلوی و ساواک زدند. به دنبال این فعالیت‌ها و با گسترش اعتراض‌ها و مبارزه‌ها، ساواک در ۲ مهر ۱۳۴۹ ه‍.ش خامنه‌ای را برای بار چهارم دستگیر، و تا ۲۱ دی ماه آن سال در زندان لشکر خراسان در بازداشت نگه‌داشت. وی پس از آزادی از این حبس، مجدد سخنرانی‌هایی در مخالفت با حکومت در هیئت ایراد کرد. خامنه‌ای در نهم شهریور ۱۳۴۹ ه‍.ش به عنوان سرپرست گروه امداد راهی مناطق زلزله زده جنوب خراسان و می‌شود. وی در این مدت نیز به فعالیت تبلیغی و سیاسی خویش ادامه می‌دهد. 
 خامنه‌ای در سال ۱۳۵۰ ه‍.ش به درخواست سخنرانی‌هایی در ، که مورد توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، انجام داد. به مناسبت مخالفت‌ها با از سوی خمینی، ساواک نسبت به فعالیت روحانیون مبارز بسیار حساس شد. به همین جهت خامنه‌ای در مرداد ۱۳۵۰ ه‍.ش به ساواک مشهد احضار، و مدتی در خراسان بازداشت شد. او پس از آزادی، فعالیت‌های خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یک مرتبه در آبان که بازداشت کوتاه‌مدتی در زندان لشکر خراسان بود. و دیگر بار در ۲۱ آذر که با اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به ۳ ماه حبس محکوم شد. 
 
در خلال سال‌های ‎۱۳۵۰–۱۳۵۳ ه‍.ش درس‌های تفسیر و ایدئولوژی سید علی خامنه‌ای در سه مسجد کرامت و امام حسن و میرزا جعفر در مشهد تشکیل می‌شد. این فعالیت‌ها موجب شد که در دی ماه ۱۳۵۳ ه‍.ش ساواک خانه‌اش در مشهد را تفتیش کند، او را دستگیر و بسیاری از یادداشت‌ها و نوشته‌هایش را ضبط کند. خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ ه‍.ش برای تبلیغ عازم می‌شود و جلساتی را در مساجد آن شهر برگزار می‌کند. در خرداد ۱۳۵۲ ه‍.ش جلسات تفسیر وی را ساواک در مسجد امام حسن و منزل وی تعطیل می‌کند. در آذر ۱۳۵۲ ه‍.ش به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت مشهد، فعالیت خود را در آنجا دنبال می‌کند ولی ساواک او را بازداشت می‌کند. در آبان ۱۳۵۳ ه‍.ش به دعوت به سخنرانی در مسجد جاوید تهران می‌پردازد. وی در دی ماه ۱۳۵۳ ه‍.ش دوباره بازداشت می‌شود و به زندان در تهران منتقل می‌شود. بنابر گفته وی، دشوارترین و سخت‌ترین دوران حبس برای او همین دوران بوده‌است. در نهایت وی در ۲ شهریور ۱۳۵۴ ه‍.ش از زندان آزاد شد. پس از آزادی از زندان به بازگشت و مجدد به فعالیت‌های سیاسی خود ادامه داد، اما دیگر امکان تشکیل کلاس‌های سابق به او داده‌نشد. خامنه‌ای دربارهٔ پنجمین بازداشت خویش توسط می‌نویسد: با درگذشت ، مبارزات جدی تر شد. رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، به سرکوب مبارزان پرداخت. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که خامنه‌ای هم جز آنان بود. در اواخر سال ۱۳۵۶ ه‍. ش، نیروهای امنیتی پهلوی وی را دستگیر و از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به مدت ۳ سال به تبعید شد. وی تا اواخر دوران حکومت پهلوی، به سبب ممانعتی که از خروج وی برای زیارت و دیدار با سید روح‌الله خمینی صورت گرفت از خروج از کشور منع شد. 
 ودر اواسط سال ۱۳۵۷ ه‍.ش با اوج‌گیری مبارزات ، از تبعیدگاه آزاد شده به بازگشت. به سبب فعالیت‌های مبارزاتی و سیاسی در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت و آمد قشرهای مختلف به منزل وی شدیداً نیروهای امنیتی وی را تحت نظر داشتند. به دنبال کشتار مردم در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ ه‍.ش در یزد، نامه‌ای در محکومیت این حرکت منتشر کرد که در سراسر کشور به صورت اعلامیه پخش شد. در ۲۸ تیر ماه ۱۳۵۷ ه‍.ش در پی اعتراض طلاب به تبعید سید علی خامنه‌ای، مأموران انتظامی این حرکت را سرکوب کردند. 
 به نظر در ، فعالیت‌های انقلابی و مردمی خامنه‌ای سبب آن شد که محل تبعید وی به تغییر یابد. بر همین اساس خامنه‌ای در ۲۲ مرداد به جیرفت تبعید شد و در آنجا نیز به فعالیت خود بر ضد حکومت پهلوی ادامه داد و سخنرانی‌هایی در ایراد کرد از جمله سخنرانی که در پانزدهم شهریور ۱۳۵۷ ه‍.ش صورت گرفت. وی علاوه بر نوشتن نامه به پیرامون حوادث کشور و مبارزه با حکومت پهلوی، راهکارهایی نیز ارائه می‌داد. وی در همین دوره برای فعالیت مبارزاتی علیه حکومت مخفیانه راهی شد. 
 در اول مهر ۱۳۵۷ ه‍.ش از کهنوج راهی مشهد شد و روند ساماندهی امور انقلابی و مبارزه را ادامه داد. در هنگام اقامت سید روح‌الله خمینی در فرانسه، اقامت وی را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم در دل مردم دانست و در نهایت خواستار بازگشت خمینی از فرانسه بود. هنگام اقامت در مشهد فعالیت مبارزاتی وی شدت بیشتری به خود گرفت و سخنرانی‌هایی افشاگرانه را ایراد می‌نمود. خمینی نیز با وی در ارتباط بود و خواستار ملاقات با وی و شد. خامنه‌ای در یک سخنرانی که در ایراد کرد خواستار بازگشت خمینی شد. به خاطر تشدید فعالیت‌های سیاسی در مشهد، ، و بار دیگر مأموران امنیتی وی را دستگیر کردند. از وی در اسناد ساواک به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده‌اند. در خطبه شب در ، بر خلاف سنت قبلی که دعایی برای خوانده می‌شد وی خطبه را به نام سید روح‌الله خمینی خواند و تظاهرات روز عاشورا در مشهد را نیز سامان‌دهی کرد. وی همچنین از جمله افراد معترض و متحصن به حمله مأموران حکومتی وقت به مشهد بود. وی همچنین در تظاهراتی که برای همراه ساختن کارکنان در جلوی جمعیت حضور داشت و سعی کرد تا از کشتار مردم در ۱۰ دی ماه ۱۳۵۷ ه‍.ش جلوگیری به عمل آورد. در ۲۲ دی ماه ۱۳۵۷ ه‍.ش با فرمان خمینی به عنوان یکی از اعضای انتخاب شد لذا مشهد را ترک کرد و راهی تهران شد. وی پس از استقرار در در آغاز پیروزی انقلابی اسلامی ایران، مسئول کمیته تبلیغات برای استقبال از خمینی بود. وی همچنین در تحصن‌ها و نشر اعلامیه و قطعنامه‌هایی که علیه بسته شدن توسط ، صادر شده بود، نقشی بسیار پر رنگ داشت. محل این تحصن‌ها عمدتاً بود. وی پس از آن عمدتاً مسئول کمیته دفتر تبلیغات سید روح‌الله خمینی بود و انتشار نشریه‌ای به نام او را بر عهده گرفت و در آن نیز مقالاتی نگاشت. 
 سرانجام، روح‌الله خمینی در ۲۳ دی ماه ۱۳۵۷ ه‍.ش را برای راهبری انقلاب تأسیس کرد و روز بعد از آن از کشور خارج شد. با خروج شاه و عدم موفقیت دولت ، خمینی در ۱۲ بهمن از تبعید در فرانسه به ایران بازگشت و با اعلام بی‌طرفی ارتش در ۱۵ بهمن، به نخست‌وزیری شکل گرفت. در نهایت در ۲۲ بهمن ۱۳۵۷ انقلاب به پیروزی رسید. 
 همچنین ببینید: و یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی خامنه‌ای در جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در بود. این شورا به دستور روح‌الله خمینی از اوایل آبان ۱۳۵۷ ه‍.ش شکل گرفت و اعضای آن توسط او به‌تدریج انتخاب شدند، و به صورت رسمی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ ه‍.ش تشکیل گردید. سید علی خامنه‌ای در اواخر دی ماه به پیشنهاد در این جلسات حضور پیدا کرد. شورا در این مقطع، مسئول تصمیم‌گیری‌های مهم از جملهٔ مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی بود. 
 
به‌رغم تغییر چندین‌باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانهٔ آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ ه‍.ش خامنه‌ای عضو ثابت آن باقی ماند. با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ ه‍.ش برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌ها راه یافتند و از جمله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب انتخاب گردید. در این زمان بود. همچنین وی به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیهٔ امور انتظامی، نظامی و امنیتی داشت انتخاب شد. از دیگر مأموریت‌های او از طرف شورای انقلاب، مسئولیت و نیز سرپرستی انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ ه‍.ش بود. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ ه‍.ش از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات استعفا کرد. همچنین ببینید: و خامنه‌ای پس از نامزدی برای در اسفند ۱۳۵۸ ه‍. ش، از سوی شامل تهران، و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد و در اردیبهشت ۱۳۵۹ ه‍.ش بعد از ، ، ، ، در پنجم شد و به اولین دورهٔ مجلس شورای اسلامی راه یافت. 
 در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود. از موضع‌گیری‌های مهم او در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های او در موافقت با طرح برای ریاست جمهوری اشاره کرد. با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ ه‍.ش و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ ه‍.ش در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب شدن در ه‍.ش از مجلس خارج شد. 
 همچنین ببینید: و سید علی خامنه‌ای از ۲۴ دی ۱۳۵۸ ه‍.ش به عنوان توسط سید روح‌الله خمینی منصوب شد. دوران امامت جمعه او در طول چهل سال گذشته را می‌توان به سه دوره تقسیم کرد که در طول این سه دوره، بیش از ۲۴۰ بار به اقامه نماز پرداخته‌است. اولین دوره، از ۲۸ دی ۱۳۵۸ ه‍.ش تا ترور او در ۶ تیر ۱۳۶۰ ه‍.ش ادامه داشت. دوره دوم، چند ماه پس از ترور تا انتخاب او به عنوان رهبر ادامه پیدا کرد. در این دوره در ه‍.ش که به امامت او بود بمب‌گذاری شد و طی آن ۱۴ نفر کشته و ۸۸ تن زخمی شدند. دوره سوم، امامت او از دوران رهبری تا کنون است. نماز جمعه ۲۷ خرداد ۱۳۹۸ ه‍.ش اولین نماز جمعه او از بهمن ۱۳۹۰ ه‍.ش به بعد است. 
 همچنین ببینید: خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ ه‍.ش در هنگام سخنرانی هدف ترور قرار گرفت. او در آن زمان نماینده مجلس شورای اسلامی و امام جمعه تهران بود. سوءقصد به خامنه‌ای حدود یک هفته بعد از عزل ابوالحسن بنی‌صدر از مقام ریاست‌جمهوری از سوی مجلس صورت گرفت. یک روز بعد از این واقعه، انفجار در مقر حزب جمهوری اسلامی در تهران به کشته شدن شمار زیادی از اعضای این حزب، از جمله انجامید. 
 ضبط صوت، که درون آن بمب جاسازی شده بود، در سمت چپ نزدیک به قلب سخنران گذاشته شده بوده‌است. یکی از محافظان ضبط صوت را قدری به سمت راست جابه‌جا می‌کند و خامنه‌ای هم از میکروفون فاصله می‌گیرد. پس از چند دقیقه از شروع سخنرانی بمب منفجر می‌شود. خامنه‌ای به شدت مجروح و بیهوش شد، او را به سپس برای مراقبت بیشتر به منتقل کردند. یکی از محافظان می‌گوید بعد از اینکه خود را به تریبون رساند، دید که روی جداره داخلی ضبط نوشته شده بود «اولین عیدی به جمهوری اسلامی!». با وجود تلاش پزشکان برای ترمیم پوست دست راست او، دست راست او از کار افتاد. 
 این ترور را کار و می‌داند. ضمن رد وجود عاملی به نام قدیری عامل ترور را از فردی به نام اروج امیرخان‌زاده، عضو گروه رهروان فرقان، می‌داند. امیرخان‌زاده گفته بود که در بنیان‌گذاری رهروان فرقان با شخص دیگری به نام ایرج افشاری مشارکت کرده‌است. 
 
به گفته علی اکبر ولایتی، خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز ، در مسائل جنگ به ایفای نقش پرداخت. ساعاتی پس از شروع حمله به ایران اولین اطلاعیه در مورد حمله ارتش عراق به ایران را از رادیو اعلام کرد. در ۵ مهر ۱۳۵۹ ه‍.ش در جبهه‌های جنگ حضور یافت تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقهٔ مورد حمله نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند. بر این اساس راهی جبههٔ جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ ه‍.ش در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن، در جبههٔ غرب حاضر شد، حضور او در جبهه‌ها تمام وقت نبود و برای کارهایی مانند اقامه نماز جمعه به تهران می‌آمد و برمی‌گشت. بیشتر وقت او در جبهه‌ها برای هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات صرف می‌شد. از اقدامات این ستاد که خامنه‌ای در آن نقش داشت، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار بود. در پشتیبانی از جبهه‌های ، و نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل و و تهیهٔ نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود. از دیگر تلاش‌های وی ایجاد هماهنگی بین سپاه و در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود. به فرمان سید روح‌الله خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ ه‍.ش عهده‌دار کلیهٔ امور جنگ شد و خامنه‌ای در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ ه‍.ش نمایندهٔ خمینی در این شورا و نیز سخن‌گوی آن شد. در این مدت مشاور خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود. خامنه‌ای در عملیات حضور مستقیم داشت. بنا بر ادعای ، که در آن زمان را بر عهده داشته‌است، خامنه‌ای در نبرد در جبهه جنگ حضور یافته اما فرار وی از منطقه عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده‌است. از سوی دیگر سایت به نقل از ادعا دارد که در جریان جنگ اساساً چنین اتفاقی نیافتاده است، و در خاطرات هیچ‌کدام از رزمندگان به این موضوع اشاره نشده‌است. همچنین چند تن از نمایندگان مجلس در سال ۱۳۶۰ ه‍.ش از خامنه‌ای دربارهٔ علت شکست جنگ و نه فرار او، سؤال می‌کنند. خامنه‌ای در اینباره و در جلسه مجلس شورای اسلامی به تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ ه‍.ش می‌گوید: «در آن ماجرا هیچ‌کس مقصر نبوده و همه تلاش خود را کردند و خیانتی مشاهده نکردم.» 
 در تابستان ۱۳۶۷ ه‍.ش با پذیرش توسط ایران، جنگ به پایان رسید. پذیرش قطعنامهٔ ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی‌رتبه در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ ه‍.ش به تصویب رسید و خمینی نیز این مسئله را قبول کرد. به دنبال این تصمیم سیدعلی خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در ۲۷ تیر ۱۳۶۷ ه‍.ش به ، ، پذیرش قطعنامهٔ ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد. 
 مقالهٔ اصلی: پس از قتل و ، دومین رئیس‌جمهور ایران، شورای مرکزی و نیز به اتفاق آرا سید علی خامنه‌ای را به عنوان نامزد ریاست‌جمهوری انتخاب کردند، سید روح‌الله خمینی که با تصدی روحانیون در مقام ریاست جمهوری موافق نبود، با نامزدی او موافقت کرد. از مهم‌ترین حامیان او در انتخابات بود. انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ ه‍.ش برگزار شد و خامنه‌ای با کسب اکثریت آراء (۱۱/ ۹۵٪) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد. در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ ه‍.ش روح‌الله خمینی حکم ریاست‌جمهوری وی را کرد و او در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد. سیدعلی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ ه‍.ش را به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد، ولی نتوانست اکثریت آرا نمایندگان را کسب کند. در ۴ آبان ۱۳۶۰ ه‍.ش را به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد و او توانست اکثریت آرا نمایندگان مجلس را کسب کند. 
 خامنه‌ای ریاست‌جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که دارای ساختار مناسبی نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس‌جمهور هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدیدمی‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست‌جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت. خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاش‌های خود را معطوف ساختارسازی برای و نهاد ریاست‌جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس‌جمهور که کاستی آن در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس‌جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ ه‍.ش به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. در پی اختلاف نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهارساله اول ریاست‌جمهوری، خامنه‌ای مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست‌جمهوری شرکت کند، اما پس از آنکه خمینی آن را تکلیف شرعی او دانست، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست‌جمهوری نامزد شود و از خمینی خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و او هم پذیرفت. پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانه انتخاب نخست‌وزیر وقتی معلوم شد می‌خواهد فرد دیگری را برای نخست‌وزیری معرفی کند، برخی نظامیان و در راس آنها به خمینی گفتند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره میرحسین موسوی است. خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفت و به خامنه‌ای حکم کرد که موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. خامنه‌ای هم با وجود مخالفت خود، موسوی را به مجلس معرفی کرد. در دوره دوم ریاست‌جمهوری اختلافات رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد. 
 او طی ۷ سال از دوران ریاست‌جمهوری‌اش که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های صلح که مأموریت داشتند، اختصاص داد. در دوره ریاست‌جمهوری به دلیل مخالفت خمینی با حضور در جبهه‌های جنگ، فقط به بازدیدهای محدود می‌رفت. خامنه‌ای در این دوره رئیس بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در ۱۳۶۵ ه‍.ش و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام دادن اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد. روح‌الله خمینی در پاسخ به استعلام او در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ ه‍.ش مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد. 
 در دوران هشت‌ساله ریاست جمهوری سید علی خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعال‌تر شد. او در دوره اول ریاست‌جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ ه‍.ش به کشورهای ، و و در دوره دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ ه‍.ش به کشورهای ، ، ، و سفر کرد. برای شرکت در هشتمین اجلاس سران در مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران این کشورها گفت‌وگو کرد. از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ ه‍.ش به کشورهای و و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ ه‍.ش به کشورهای و سفر کرد. سید علی خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ ه‍.ش در چهل و دومین اجلاس شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاه‌ها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را تشریح کرد. این سفر او با استقبال ایرانیان و مسلمانان مقیم و مطبوعات بین‌المللی مواجه شد. از اقدامات دیگر خامنه‌ای در زمینه سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط با گروه‌های سیاسی شیعی در ، و و ایجاد تفاهم بین آن‌ها و تشکیل اشاره کرد. در این دوره، به دامنه حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، ، عراق و افغانستان افزوده شد. 
 دیدار با قشرهای مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرح‌ها، شرکت در همایش‌ها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌های خامنه‌ای در دوره ریاست‌جمهوری بود. به گفته ولایتی سفرهای خامنه‌ای به استان‌ها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با قشرهای مختلف مردم، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن ازجمله فعالیت‌های مستمر او بود. 
 مقالهٔ اصلی: در ۸ شهریور ۱۳۶۲ ه‍.ش خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی و تقویت آن با حضور مسئولان اجرایی با پیشنهاد خود را براساس حکم روح‌الله خمینی عهده‌دار شد. و به دنبال آن برخی مسئولان اجرایی مانند نخست‌وزیر، وزرای فرهنگ و آموزش عالی و فرهنگ و ارشاد اسلامی و دو نفر دانشجو به انتخاب جهاد دانشگاهی به ستاد اضافه شد. خمینی این حکم را در پاسخ به استعلام خامنه‌ای به مناسبت بازگشایی دانشگاه‌ها صادر کرد. درپی بازگشایی دانشگاه‌ها و افزایش مراکز آموزشی و گسترش فعالیت ستاد انقلاب فرهنگی ضرورت تقویت این نهاد بیشتر احساس شد؛ بنابراین خامنه ای دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام روح‌الله خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳ ه‍. ش، صورت داد. در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام یافت، شورا با ترکیب جدیدی از اعضا تشکیل شد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد. 
 سومین دوره شورای انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۷۵ه‍.ش در دوران رهبری او تشکیل شد. و او طی حکمی اعضای جدید شورا را تعیین و بر اهمیت جایگاه و وظایف شورا تأکید کرد. خامنه ای همچنین در بهمن ۸۱ ه‍.ش با پایان یافتن دوره مسئولیت اعضای حقیقی شورا، اعضای جدید را برای یک دوره سه ساله منصوب کرد. تعیین اعضای جدید بار دیگر در اردیبهشت ۸۶ و خرداد ۹۰ و مهر ۹۳ نیز توسط او انجام گرفت. 
 مقالهٔ اصلی: در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، روح‌الله خمینی در پاسخ به نامه سران کشور، در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ ه‍.ش با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند. بر این اساس، سید علی خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص شد. او این سمت را تا پایان دورهٔ ریاست جمهوری عهده‌دار بود. 
 مقالهٔ اصلی: سید روح‌الله خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ ه‍.ش خطاب به سید علی خامنه‌ای هیئتی متشکل از ۲۰ نفر ازجمله او را تعیین نمود تا به همراه ۵ نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنج‌گانه بپردازند. پس از تشکیل شورا به عنوان رئیس و سیدعلی خامنه‌ای و به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند. شورا در طول ۴۱ جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط ، تمرکز در قوای و ، تمرکز در مدیریت ، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و شمار نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود. این جلسات تا پس از درگذشت روح‌الله خمینی ادامه داشت. 
 مقالهٔ اصلی: پیش از درگذشت خمینی، برای جانشینی او برگزیده شده بود. اما در ۶ فروردین سال ۱۳۶۸ ه‍.ش و همزمان با درگیری منتظری با سران نظام، روح‌الله خمینی وی را از این سمت عزل کرد و سپس وی نیز استعفا داد. پس از درگذشت روح‌الله خمینی — نخستین رهبر جمهوری اسلامی ایران — اعضاء در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ه‍. ش، سید علی خامنه‌ای را که در آن زمان بود، به سمت رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران برگزیدند. 
 به گفته علی اکبر ولایتی انتخاب خامنه‌ای به مقام رهبری بعد از درگذشت خمینی، یكی از فرازهای مهم تاریخ جمهوری اسلامی ایران است. عدم انتخاب جانشین برای خمینی از یک طرف و حساسیت‌های ناشی از شرایط «نه جنگ و نه صلح» بین ایران و عراق و تداوم دشمنی بین ابرقدرت‌ها و جمهوری اسلامی، به این دوره از تاریخ ایران حساسیت ویژه‌ای داده بوده‌است. 
 مقالهٔ اصلی: پس از مرگ روح‌الله خمینی، در ۱۵ خرداد ۱۳۶۸ ه‍. ش، مجلس خبرگان جلسه فوق‌العاده‌ای تشکیل داد. در این جلسه نخست با اکثریت مطلق آرا به استعفای حسینعلی منتظری رسمیت داده شد. سپس، در خصوص انتخاب یک بالفعل، که در آن زمان تنها مطرح بود، بحث شد و در این خصوص توافق حاصل نشد. نظر اکثر اعضاء بر آن بود که توان مدیریت سیاسی بر مرجعیت دینی اولویت دارد اما قانون اساسی در آن زمان مرجعیت را از شرایط رهبری عنوان کرده بود. اعضاء در این موضوع از و رجوع به نظر روح‌الله خمینی مبنی بر ضروری نبودن شرط مرجعیت پیروی کردند. در ادامه، موضوع شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از و و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد، که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. نهایتاً اغلب اعضا رأی به رهبری سید علی خامنه‌ای دادند، هرچند که خود وی صراحتاً مخالف بود و خود را شایسته این مقام نمی‌دانست. سرانجام ۸۰٫۹ درصد حاضران در مجلس خبرگان که ۷۲ درصد کل اعضا را تشکیل می‌دادند، به رهبری موقت سید علی خامنه‌ای رای موافق دادند. در انتخاب موقت رهبری ۱۴نفر مخالف بودند و در رای گیری دائم ۴ نفر مخالف بودند.
 سیاست داخلی در این دوره با پنجمین دور انتخابات ریاست‌جمهوری و نیز همه‌پرسی اصلاح قانون اساسی شروع می‌شود. از آغاز دوره رهبری سید علی خامنه‌ای تاکنون ۹ دولت تشکیل شده‌است. از جمله موضوعات مورد تاکید او در حوزه سیاست داخلی در دوره رهبری، اشتغال و بوده‌است. 
 براساس اصل ۱۱۰ قانون اساسی، تعیین سیاست‌های کلی نظام از‌جمله سیاست خارجی پس از مشورت با مجمع تشخیص مصلحت نظام و همچنین نظارت بر آنها بر عهده رهبر انقلاب اسلامی است. تصویب یا رد سیاست خارجی از اختیارات رهبر جمهوری اسلامی است و نظر وی در موارد مهم سیاست خارجی، فصل‌الخطاب است. خامنه‌ای اعتقاد به لزوم گسترش روابط دیپلماتیک با شرق و غرب به جز آمریکا و اسرائیل دارد و توجه به شرق و کشورهای همسایه را در اولویت می‌داند. 
 پدر خامنه‌ای، و پدربزرگ پدریش از روحانیان مقیم بودند و جد او از به هجرت کرده بود. سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجسته به‌شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسه بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است. سید جواد خامنه‌ای زاده است و در کودکی از نجف به تبریز آمد. پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی حوزه در نجف، در بازگشت به ایران در زندگی کرد و در کنار تدریس، به عنوان امام جماعت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد و فعالیت می‌کند. عموی وی، سید محمد خامنه‌ای، و شوهر عمه‌اش، ، از طرفداران بوده‌اند. مادرش ، دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. او دختر بود، که اصالتاً و مقیم مشهد بود. 
 سید جواد خامنه‌ای از ازدواج اولش سه دختر (علویه، بتول و فاطمه‌سلطان) داشت که همگی فوت کرده‌اند. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، ازدواج کرد که از این ازدواج دارای ۴ پسر (سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن) و یک دختر ( ) شد. ، برادر بزرگتر، عضو بود. او در دوره‌های و مجلس شورای اسلامی نماینده مشهد بود. او در دوران نمایندگی‌اش ترور شد اما از این ترور جان سالم بدر برد. در حال حاضر ریاست را بر عهده دارد. ، برادر کوچکتر، نیز روحانی و فعال سیاسی عضو است، که در سال ۱۳۷۹ را منتشر کرد، که بعداً به خاطر کاریکاتور اهانت آمیز به دستور توقیف شد. خواهر تنی او همسر است. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران بود که به گرایید و به پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت. ، تنها برادر غیر روحانی، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت، و عضو است. 
 همسر او متولد ۱۳۲۶ در است. او در خانواده‌ای بازاری و مذهبی اهل مشهد بزرگ شده و بنا به تأکید سید علی خامنه‌ای تاکنون فعالیت سیاسی رسمی نداشته‌است. اما معمولاً به دیدار خانواده کشته شدگان جنگ ایران و عراق می‌رود. تاکنون هیچ تصویری از او در رسانه‌ها به‌طور رسمی منتشر نشده‌است. 
 خامنه‌ای دارای ۶ فرزند دو دختر و چهار پسر است. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی، مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است. بزرگترین پسر سید علی خامنه‌ای است. او بیشتر به مشغول است. ، همچون پدرش به رفته و در چند عملیات هم شرکت کرده‌است. ارتباطی نزدیک با بسیج و سپاه دارد. که به نام محسن هم شناخته می‌شود، عضو است. او بیشتر به جمع‌آوری خاطرات پدر و اداره سایت او مشغول است. خامنه‌ای پسرانش را از فعالیت‌های اقتصادی یا داشتن مناسبت‌های حکومتی منع کرده‌است. 
 سید علی خامنه‌ای از زمان حضور در مشهد به کار تدریس مشغول بوده‌است. ابتدا تدریس در یعنی تدریس کتاب‌های ، و را انجام داد. وی پس از انقلاب نیز در طول دوره ریاست جمهوری‌اش تدریس تفسیر را ادامه داد. از سال ۱۳۶۹ ه‍.ش تا کنون وی تدریس دروس خارج فقه را آغاز کرد. او تاکنون مباحث و را تدریس کرده و در حال تدریس است. کلاس‌های او با حدود ۵۰۰ نفر برگزار می‌شود. 
 همچنین ببینید: دربارهٔ آثار وی می‌توان چهار دوره زمانی را در نظر گرفت:
 
 
 
 کتاب‌های وی را در چهار دسته پژوهش‌های تألیفی، کتاب‌های گردآوری‌شده از درس‌گفتارها و سخنرانی‌ها، ترجمه‌ها و در نهایت ترجمه-تألیف‌ها دسته‌بندی می‌شود. 
 در آذر سال ۱۳۷۳ ه‍. ش، با درگذشت — مرجع تقلید وقت — موضوع مرجع تقلید بعدی مطرح شد. در این زمان برخی از مراجع تقلید نظیر ، ، ، ، ، ، ، و بر مرجعیت وی گواهی دادند. همچنین و فهرستی از افراد صاحب صلاحیت برای مرجعیت را منتشر کردند که یکی از این افراد سید علی خامنه‌ای بود. در مقابل برخی از علما شیعه همچون ، ، ، وی را حائز صلاحیت مرجعیت نمی‌دانستند. به گفته محسن کدیور در آذرماه ۱۳۷۳ و مؤمن قمی در هنگام انتخاب سید علی خامنه‌ای به اعتراض جلسهٔ جامعه را ترک کردند اما مومن این موضوع را تکذیب کرد. مومن به همراه هشت نفر دیگر عضو شورای ۹ نفره افتای خامنه‌ای بودند که به همراه سید محمود شاهرودی مباحث فقهی را در قالب مباحثه با خامنه ای آموزش میدادند. اولین کتاب خامنه‌ای به نام در سال ۱۳۷۱ چاپ شد. 
 به نوشته آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن «حجت‌الاسلام سیدعلی خامنه‌ای» به عنوان رهبر ایران، رسانه‌های حکومتی، او و را به عنوان «آیت‌الله» معرفی کردند. انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بود. و از آنجایی آغاز شد که خامنه‌ای با انتخاب خویش به عنوان رهبری با استدلال فقهی مخالفت شدید کرد. بر اساس اصل صد و نهم قانون اساسی — قبل از همه‌پرسی ۱۳۶۸ — یکی از شرایط رهبر صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت عنوان شده بود که خامنه‌ای تا آن زمان مشمول آن شرط نبود. خواستار اصلاح قانون اساسی بود و بر همین اساس شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داد. او همچنین در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ ه‍.ش در نامه‌ای به — رئیس — نوشته بود: «... برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند.» مومن دلیل رای ندادن به رهبری خامنه‌ای در جلسه ۱۴ خرداد را اینطور توضیح داد که هنوز قانون اساسی جدید که در آن شرط مرجعیت حذف شد، به تصویب نرسیده بود. از این رو او بعدها از شایستگی خامنه ای برای احراز مقام رهبری دفاع می کرد. 
 سید علی خامنه‌ای، پیرامون علاقه به ایران بر این باور است که به جای تأکید بر ، باید بر تأکید شود، زیرا به عقیدهٔ او، افتخارات ایران بعد از اسلام در هیچ دوره‌ای از تاریخ ایران وجود نداشته‌است. او همچنین بیان کرده که پیشرفت‌های حکومت‌های ، و با پیشرفت‌های ، قابل مقایسه نیست. 
 وی به شعر و ادبیات فارسی و روسی علاقه‌مند است. و از نویسندگان مورد توجه وی هستند. و نیز از مترجمانی هستند که او به کارشان علاقه نشان داده‌است. وی سعی داشته همه ساله گپ و گفتی دوستانه با شاعران داشته باشد، برگزاری شب شعرهای نیمه رمضان که خامنه‌ای برگزار می‌کند، تبدیل به یکی از آیین‌های فرهنگی حکومت شده‌است که احتمالاً حاکی از علاقه وی به شعر و ادبیات است. ولی برخی برگزاری این جلسات را فرایندی دستوری و یک‌طرفه می‌دانند که به موجب آن قرار است شاعران، مجری اوامر بخشنامه‌ای وی باشند. گاهی در این جلسات شاعرانی از تاجیکستان، هند و افغانستان نیز حضور یافته‌اند. 
 او از نوجوانی کتاب‌های مختلف و ایرانی و خارجی بسیاری مطالعه کرده‌است. و نگاه بسیار حرفه‌ای به رمان دارد. او در هنگامی که در شهر مشهد، حضور داشته در انجمن‌های ادبی حاضر می‌شده و اشعاری نیز دارد. تخلص وی در اشعارش «امین» است. او اعتقاد دارد انقلاب، با آثار سینمایی و رمان به دنیا شناسانده می‌شود: «انقلاب بدون رمان نمی‌شود. انقلاب روسیه و انقلاب فرانسه با رمان‌هایشان معرفی شدند. یا بدون فیلم خوب نمی‌شود.» 
 معیارهای خامنه‌ای در مورد حلال یا حرام بودن موسیقی معیارهایی متغیر و مبهم است. خامنه‌ای همچون خمینی و منتظری تشخیص حلال یا حرام بودن موسیقی را موکول به نظر عرفی مکلف نموده‌است. عرف عام دربارهٔ موسیقی معیاری مبهم و متغیر است. چون تأثیر یک قطعه موسیقی بر شنوندگان مختلف و حتی بر شنونده واحد همیشه ثابت و یک دست نیست. وی، به تبعیت از اکثر فقهای شیعه، سازها را نیز بدون ارائه معیار طبقه‌بندی، به دو نوع «آلات مختص حرام» و «آلات مشترک» تقسیم کرده که این‌گونه تفکیک نیز ناممکن است چون آنچه محتوا و شکل و در نتیجه، تأثیر یک اثر موسیقایی را تعیین می‌کند، آهنگسازان و نوازندگان هستند و نه سازها. 
 از نگاه ولایتی شیوه مبارزاتی سید علی خامنه‌ای، بر اساس اندیشه اسلامی و گرفتن مبانی مبارزاتی از منابعی چون قرآن و احادیث در تقابل با اندیشه‌های مادی گرایانه و مارکسیستی و لیبرال بوده‌است. ولایتی از جمله علل موفقیت سید علی خامنه‌ای در مبارزات سیاسی را داشتن نگاه چند بعدی، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت سید روح‌الله خمینی و استفاده از منبر و عملگرایی می‌داند. 
 طبق گزارش ، خامنه‌ای هجدهمین فرد قدرتمند دنیا در سال ۲۰۱۵ و تنها فرد ایرانی است که جزو صد مرد قدرتمند دنیا قرار گرفته‌است. قبل از این، او بیست و ششمین شخص قدرتمند جهان در سال ۲۰۱۱ و بیست و یکمین در سال ۲۰۱۲ میلادی بوده‌است. در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم منتشر کرد. مقاله این‌چنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ سیدعلی خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود مؤسسهٔ کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسیِ» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند، در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است. در مستندی از در شبکهٔ ، آنچه خامنه‌ای را از اکثر رهبران و حاکمان تاریخ معاصر ایران متمایز کرده‌است، نگاه منطقی او به سیاست است. 
 مقالهٔ اصلی: سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد بر و روحیهٔ شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسهٔ دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان ، ، ، اطلاق می‌شود. خامنه‌ای معتقد است که توهم توطئه، خود یک توطئه است. به عقیدهٔ خامنه‌ای انکار دشمنی‌های آشکار آمریکا با نظام و ملت ایران، توطئه‌ای است برای کاهش حساسیت‌ها در مقابل شیطان بزرگ. وی در خصوص مذاکره با آمریکا می‌گوید که بر اساس تجربه، ایالات متحده با استفاده از قدرت رسانه ای، اقتصادی و نظامی‌اش، کشور طرف مذاکره را وادار به پذیرش مطالبات این کشور می‌کند و در شرایطی که مطالبات خود را نقد می‌گیرد، در برابر وعده‌هایی زیبا می‌دهد که عمدتاً در عمل محقق نمی‌شود؛ بنابراین، تا زمانی که کشور تا حدی قوی نشده که در برابر فشارهای آمریکا حین مذاکرات، یارای مقاومت داشته باشد، مذاکره با آمریکا ممنوع است. 
 در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند «ما را» سرکوب کند.» 
 سید علی خامنه‌ای، معتقد است:
 او عقیده دارد در نظام «ولایت مطلقه فقیه» ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند. از نظر او این حکومت و حاکمیت نه تنها اختیاری نیست، بلکه تحت عناوینی چون «مصلحت»، «حفاظت امت از دشمنان» و «اجرای حکم اسلام» گریز و چاره‌ای از آن نیست. او همچنین اعتقاد دارد دایرهٔ این حاکمیت می‌تواند تا آزادی شخصی افراد پیش برود. خامنه‌ای همچنین از «واجب بودن» اقدام علیه خواسته و صلاحدید مردم، در شرایطی که آن را مخالف با آنچه که او «مصالح عمومی اسلام و مسلمین» می‌نامد، سخن به میان می‌آورد و حتی بیان می‌دارد که این تشخیص مصالح بر دوش حاکم مسلمین یا همان «ولی فقیه» است: 
 او معتقد است «ولایت مطلقه فقیه یعنی انعطاف‌پذیری دستگاه ولایت» بدین معنی که مجموعه دستگاه‌هایی که رهبری در رأس آنها قرار دارد به‌طور دائم با انتخاب آنچه درست‌تر و کامل‌تر است، خود را به‌طور مدام متحول کنند. او به تناقض ذاتی در فهم «دشمنان» از مفهوم ولایت فقیه اشاره داشته و گفته‌است که «آنها می‌گویند ولایت فقیه یعنی عمل کردن به فهم فقیه عادل، درحالی‌که فقیهی که عادل است نمی‌تواند به میل خود عمل کند». ولی نظر سید علی خامنه‌ای در این زمینه در تناقض با نظرات حسینعلی منتظری است. به گفته ، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ از مسوولان حکومتی جهت عمل نکردن به سخنان او گلایه کرد. 
 همچنین ببینید: در گزارش سالانه سید علی خامنه‌ای در «زمره درندگان آزادی رسانه‌ها» در جهان قرار گرفته‌است. در سال ۲۰۰۰ ، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد. در اوایل کار ، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود. این طرح در تصویب شده‌بود. تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیرشده و به زندان افتاده‌اند. مانند ، ، ، ، و اشاره کرد. 
 خامنه‌ای تا کنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته‌است. به نوشته جلال کیهان منش، اغلب مخالفان وی در ایران را دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌کنند. بعضی مخالفانی که در دوره خمینی دستگیر و به زندان افتاده بودند نیز در دوره خامنه‌ای به حصر انداخته شدند؛ از جمله آن‌ها ، رهبر حزب توده ایران، بود که در نامه‌ای به خامنه‌ای پس از رسیدن او به قدرت در نامه‌ای به شرح شکنجه‌های زندان بر خودش، خانواده‌اش، و اعضای حزب توده پرداخت. او به همراه همسرش پس از اعتراف اجباری در زیر شکنجه به « » منتقل و تا هنگام مرگ در آنجا نگاه داشته شدند. 
 پس از درگذشت خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را دربرداشت. آن‌ها بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، که یکی از استادان او بود، در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و گفت:
 این سخنرانی (معروف به سخنرانی ۱۳ رجب) حصر منتظری را در پی داشت. این حصر برای شش سال ادامه یافت تا آنکه سرانجام در اواسط دوره دوم دولت اصلاحات در آن بازنگری شد. در رسانه‌های رسمی ایران برای سال‌ها از منتظری به بدی یاد می‌شد و او را «ساده‌لوح» و عامل غرب و می‌نامیدند. حسینعلی منتظری تا هنگام مرگ در آذر سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری سید علی خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست انتخابات آزاد، واگذاری قدرت و اجازه انتقاد از او داشت. 
 پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انتقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون و از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معترضان به انتخابات زیر سؤال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده‌است؛ به گونه‌ای که نیروهای اطلاعاتی نوری‌زاد و خزعلی را بارها دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار دادند. در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسی اش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد. 
 همچنین ببینید: خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود دربارهٔ زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده‌است. این دیدارها گاه به مناسبت روز زن در ایران بوده‌اند و گاه با فعالان زن در جهان عرب. دولت ایران اغلب به تبلیغ دیدگاه‌های او دربارهٔ زنان می‌پردازد و بسیج ایران نیز برپایه این دیدگاه‌ها منشوری تهیه کرده‌است تا به تبیین «زن مسلمان طراز انقلاب اسلامی» بپردازد. در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشهٔ مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند. به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به‌شمار می‌رود. او همچنین «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته‌است. 
 همزمان با رهبری سید علی خامنه‌ای، سیاست‌های محدودیتی برای زنان ایران دنبال شد. این شامل جلوگیری از سفر به خارج زنان بی‌اجازه «ولی» (که اغلب شوهر یا پدر می‌باشد) و می‌شود. سرکوب زنان از راه کنترل پوشش را هر سال اعمال می‌کند و زنان ناچار به بر سر گذاشتن می‌شوند. سرپیچی از این قانون اغلب دستگیری و جریمه نقدی به همراه دارد. در ژوئن ۱۹۹۸، سید علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژهٔ زنان همچون بود. 
 او در خطبه‌های سال ۱۳۹۷ شمسی، در انتقاد از سفرهای خارجی مردم گفت: 
 علی خامنه‌ای ۱۹ بهمن ۱۴۰۰ در دیدار با گروهی از فرماندهان نیروی هوایی ارتش، با استفاده از واژهٔ «تهاجم ترکیبی» که در ادبیات مقامات جمهوری اسلامی سابقه نداشت، بار دیگر با اشاره به وجود تهاجم فرهنگی علیه جمهوری اسلامی گفت: «نظام اسلامی نیازمند یک حرکت دفاعی و تهاجم ترکیبی با محوریت فریضه فوری و قطعی جهاد تبیین است.» او با حمله به فضای مجازی و رسانه‌های خارج از کشور، خواستار اتخاذ موضع «تهاجم ترکیبی» شد. 
 مقالهٔ اصلی: در ۲۱ فروردین ۱۳۷۶، دادگاهی در ، که به پرونده رسیدگی می‌کرد، در طی حکمی را، که سید علی خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور این ترور، متهم کرد. مرتضی سرمدی معاون ارتباطات وزیر امور خارجه ایران، در آن زمان اتهامات دستگاه قضائی آلمان را به شدت رد کرد و گفت: «ایران معتقد است مقامات قضایی آلمان و دستگاه قضایی این کشور تحت نفوذ صهیونیست‌ها به مبارزه سیاسی کثیفی علیه جمهوری اسلامی ایران دست یازیده‌اند.» 
 پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد، تمامی کشورهای عضو نیز، سفرای خود را از ایران فراخواندند.
ایران نیز در پاسخ به این حرکت ، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد. که تا سه ماه بعد و پیروزی در انتخابات ریاست جمهوری ادامه داشت. این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت. صدها تن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم به شادمانی و رقص در خیابان‌های آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد. 
 مقالهٔ اصلی: مدعی است که عبدالقاسم مصباحی، یکی از افراد بلندپایهٔ که در سال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت، در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بوده و ۲۰۰ میلیون دلار از حساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. در نهایت دادگاه آرژانتین هیچ حکمی دربارهٔ خامنه‌ای صادر نکرد و مقامات ایرانی مدعی هستند که تاکنون هیچ مدرکی علیه دخالت جمهوری اسلامی ایران در این خصوص ارائه نشده و سیستم قضایی آرژانتین را فاسد و موضوع را توطئه‌ای سیاسی از سوی و آمریکا تلقی می‌کنند. 
 به گفته و ، از مسئولان سابق زندگی شخصی خامنه‌ای بیشتر با استفاده از مردمی گذران می‌شود و حقوقی دریافت نمی‌کند. ، رئیس دفتر علی خامنه ای، سطح زندگی وی را پایین‌تر از حد متوسط ایران توصیف کرده‌است. و می‌گویند که وی زندگی ساده ای دارد و اوایل در دهه ۶۰ کل وسایل زندگی وی در حد یک وانت بوده‌است و غذایشان ساده‌تر از حالت معمول است. ، مشاور ، نیز وی را ساده زیست توصیف کرده‌است. همچنین بنا بر گزارش ، این خبرگزاری هیچ سندی یافت نکرده که نشان دهد علی خامنه ای از اموالی که تحت اختیار وی در بیت رهبری قرار دارد، برای زندگی شخصی استفاده کرده باشد. در ۱۱ نوامبر ۲۰۱۳ خبرگزاری رویترز تحقیقاتی شش ماه خود را بدین شکل انتشار داد: سید علی خامنه‌ای ۹۵ میلیارد دلار را در کنترل و مدیریت خود دارد. اصلی‌ترین کانون این دارایی «ستاد اجرایی فرمان امام» می‌باشد. این کانون اقتصادی تقریباً بخش‌های اصلی اقتصاد ایران از صنایع نفت تا بازار پول و ارتباطات و … را در دست دارد. این ستاد سرمایه اولیه‌اش را از طریق ضبط و مصادرهٔ اموال مردم عادی ایران، از اعضای اقلیت‌های دینی گرفته تا تجار و ایرانیان خارج از کشور، تشکیل داده‌است. 
 برخی خبرگزاری‌ها، ادعای ساده‌زیستی خامنه‌ای را رد کرده و دارایی امپراتوری مالی وی را «۲۰۰ دلار» می‌دانند. به گفته ، چهار نهاد «ستاد اجرایی فرمان امام»، « »، « » و « » ۶۰ درصد از ثروت ایران را به خود اختصاص داده و در اختیار دارند. این چهار نهاد وابسته به دفتر رهبر جمهوری اسلامی می‌باشد. خرید سهام یکی از بزرگترین بانکهای ایران در سال ۲۰۰۷ میلادی، و خرید سهام بزرگترین شرکت مخابراتی کشور در سال ۲۰۰۹ میلادی یکی از اقدامات خامنه‌ای بود که توسط ستاد اجرایی فرمان امام اجرا شد و در نتیجه این ستاد بعنوان یکی از صندوق‌های بزرگ سرمایه‌گذاری خصوصی جهان در سال ۲۰۱۰ درآمد. ، رئیس که زیر نظر سید علی خامنه‌ای می‌باشد، در روز دوشنبه ۶ مرداد ۱۳۹۹ در یک نشست خبری اعلام کرد که این بنیاد در سال ۱۳۹۸، ۳۶ هزار میلیارد تومان درآمد و ۷ هزار میلیارد تومان سود از گردش مالی این بنیاد داشته‌است. توکلی در گفتگویی با روزنامه در مرداد ۹۹ با اشاره به ۳۶ هزار میلیارد تومان گردش مالی بنیاد مستضعفان در سال، گفت، برای به اجرا درآمدن طرح شفافیت مالی کشور باید از دفتر علی خامنه‌ای شروع شود، در حالی که این دفتر مانع‌تراشی کرده و نمی‌گذارد این طرح پیش رود. 
 ایالات متحده در ژوئن ۲۰۱۹ خامنه‌ای و دفتر او را تحریم کرد. دونالد ترامپ گفت: «تحریم‌ها از طریق حکم اجرایی اعمال خواهد شد … و رهبر عالی و دفتر رهبری و آن‌هایی که با او و دفترش در ارتباط نزدیکی هستند، هدف قرار می‌دهد و آن‌ها را از دسترسی به منابع مالی کلیدی و پشتیبانی محروم خواهد کرد». ۱۶ ژوئیه ۲۰۲۱، ۱۷ سناتور جمهوری‌خواه آمریکایی به رهبری ، سناتور ، طرحی را به جهت اعمال تحریم علیه خامنه‌ای و ابراهیم رئیسی ارائه کردند. تد کروز دربارهٔ این تحریم‌ها، او را متهم به «فساد، خشونت و دزدیدن اموال ایرانیان» کرد و از رئیسی به عنوان «مسئول قتل‌عام هزاران ایرانی» نام برد. 
 خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ از رهروان در در هنگام سخنرانی، جان سالم به در برد، ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد. براساس اخبار منتشرشده در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است. 
 در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبگاه رسمی خامنه‌ای از عمل جراحی وی خبر داد. ، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند … رهبری پس از هفت روز در تاریخ ۲۴ شهریور ۱۳۹۳ از بیمارستان مرخص شدند.» او پیش از رفتن به بیمارستان در مصاحبه با شبکهٔ خبر ایران گفت: «جای نگرانی نیست. این به معنای آن نیست که مردم دعا نکنند، لیکن ان‌شاالله جای نگرانی نیست و یک عمل خیلی معمولی و عادی است.» 
 در ۲۸ نوامبر ۲۰۱۰، بخش‌هایی از اسناد و گزارش‌های را افشا کرد. در یکی از اسناد، یک پیام در تابستان سال ۲۰۰۹ توسط کنسولگری آمریکا در استانبول ارسال شده. در این پیام یک تاجر که نام و هویتش فاش نشده و از نزدیکان است، گفت که علی خامنه‌ای به نوع نادری از مبتلاست و انتظار می‌رود در ماه‌های آینده بمیرد و هاشمی رفسنجانی تمایلی برای اقدام پس از ندارد چون می‌خواهد جانشین او شود و سپس، انتخابات محمود احمدی‌نژاد را لغو کند. 
 در سال ۲۰۱۵ روزنامه فرانسوی ادعا کرد که خامنه‌ای مبتلا به سرطان درجه چهار است و این خبر را از «چندین منبع در محافل اطلاعاتی غربی» به دست آورده. مرحله چهارم این نوع سرطان وخیم‌ترین مرحله تلقی می‌شود و به گفته این روزنامه، منابع پزشکی اعتقاد داشتند که خامنه‌ای بیش از ۲ سال عمر نخواهد کرد. 
 در آذر ۱۳۹۹، یک کاربر تأیید شده از سوی توییتر با حدود ۵۰۰ هزار دنبال‌کننده به اسم «محمد مجید» (با نام کاربری محمد اهوازی) نوشت که حال خامنه‌ای رو به وخامت است و به این علت، دیدار او با حسن روحانی در روز جمعه لغو شده و مسئولیت بیت رهبر به منتقل شده‌است. او نوشت که اطرافیان وی این دفعه نگران شده‌اند و پزشکان ارشد برای معاینه حضور یافتند. این خبر در وبگاه و بازتاب یافت. مهدی فضائلی، از چهره و از اعضای دفتر خامنه‌ای این موضوع را تکذیب کرد.
{"title": "سید علی خامنه‌ای", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%B3%DB%8C%D8%AF_%D8%B9%D9%84%DB%8C_%D8%AE%D8%A7%D9%85%D9%86%D9%87%E2%80%8C%D8%A7%DB%8C&oldid=35091422", "language": "fa"}