یکی از است که در تقسیم‌بندی حوضه‌های آبریز ایران، حوضهٔ اصلی به شمار می‌رود. مساحت این حوضه، ۴۴٬۱۶۵ کیلومتر مربع است. حوضه آبریز قره‌قوم تنها یک زیرحوضهٔ درجه ۲ دارد و شامل آبراه‌هایی است که به منتهی می‌شوند.
 حوضه قره‌قوم در شرق و شمال و در مرز ایران با و قرار دارد و بخش بسیار کوچکی از را نیز دربرمی‌گیرد. این حوضه شامل رودهایی است که به می‌ریزند. بخشی از این رودها در خاک ایران وارد تجن می‌شوند و برخی پس از ورود به ترکمنستان وارد می‌شوند. رودهای مهم این حوضه، و هستند.
 هریرود از کوه‌های در افغانستان سرچشمه می‌گیرد و بخشی از مرز ایران با افغانستان و ترکمنستان را شکل می‌دهد. رودهایی از جمله و به هریرود می‌ریزند. کشف‌رود نیز از سرچشمه می‌گیرد و پس از گذر از شمال ، در نزدیکی با هریرود تلاقی می‌کند. پس از تلاقی، رود با نام رود تجن شناخته می‌شود. شاخه‌های کوچکی نیز در شمال خراسان رضوی جریان دارند که پس از ورود به ترکمنستان به کانال قره‌قوم (ادامهٔ رود تجن) منتهی می‌شوند. 
 برپایهٔ دستور العمل تقسیم‌بندی حوضه‌های ایران، حوضهٔ آبریز قره‌قوم به زیرحوضه‌های زیر تقسیم می‌شود:
{"title": "حوضه آبریز قره‌قوم", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%AD%D9%88%D8%B6%D9%87_%D8%A2%D8%A8%D8%B1%DB%8C%D8%B2_%D9%82%D8%B1%D9%87%E2%80%8C%D9%82%D9%88%D9%85&oldid=20345499", "language": "fa"}