یا محل دفن ، است. این مکان که در در ، واقع است، نزد شیعیان امامی به‌عنوان « » و مکانی مقدس گرامی داشته می‌شود. سالانه زائران بسیاری به زیارت این زیارت‌گاه می‌آیند.
 دیرینگی قدیمی‌ترین بخش‌های این حرم به سال ۶۱۰ ه‍.ق (دههٔ ۱۲۳۰ م) می‌رسد. از دورهٔ هم‌زمان با نوسازی بسیاری از بناهای کهن خراسان در ، و ، به این مکان نیز توجه ویژه‌ای شد. بسیاری از ساختمان‌های این حرم از دورهٔ به‌ویژه روزگار به‌جا مانده‌است. وسعت حرم در طول این بازسازی‌ها از ۱۲ هزار مترمربع به مساحت کنونی آن در حدود یک میلیون متر مربع رسیده‌است که آن را تبدیل به یکی از بزرگترین اماکن مذهبی جهان کرده‌است. این بنا در دوره‌های مختلف حکومت در ایران، مورد توجه شاهان قرار گرفته‌است و بارها توسط خاندان‌های مختلف حکومتی، بازسازی و توسعه یافته‌است. از تاریخچه حرم تا پیش از دوره سامانیان اطلاع اندکی در دست است و تنها به داشتن بقعه‌ای مشهور به بقعه هارونیه که علی بن موسی الرضا در آن دفن شده‌است اشاره شده‌است.
 حرم امام رضا مجموعه‌ای است با کانونِ آرامگاهِ علی بن موسی الرضا که دیگر ، ، ، ، و را دربر می‌گیرد. نقطه مرکزی حرم که محل دفن علی بن موسی الرضاست، به روضه منوره مشهور است و فضایی چهارگوش با طول و عرض تقریبی ۱۰ متر است. در گرداگرد این فضا، رواق‌ها، مساجد و صحن‌هایی هستند که هر کدام مربوط به دوره تاریخی مشخصی هستند. قدیمی‌ترین و نزدیکترین بنای متصل به روضه منوره، مسجد بالاسر است. مسجد گوهرشاد که اولین مسجد جامع مشهد نیز بود در فضای حرم قرار گرفته است. در فضای روضه منوره، یک ضریح موجود است که از جنس نقره و طلا است. وجود ایوان‌ها، رواق‌ها و مدرسه‌ها در گرداگرد حرم، به وسعت این حرم افزوده‌است. هم‌اکنون ۲۱ رواق، چهار ایوان، ۴ مدرسه، ۲ سقاخانه، ۹ صحن و ۶ بست در حرم گزارش شده‌است. علاوه بر موارد فوق الذکر، مقبره‌های بسیاری نیز در حرم وجود دارند.
 از مراکز وابسته به حرم می‌توان به آستان قدس رضوی اشاره کرد که مدیریت و اداره حرم را عهده‌دار است. ریاست این نهاد بر عهده متولیان است که در دوره‌های مختلف حکومتی، با شرایط و ویژگی‌های مختلفی وضع می‌شدند. علاوه بر بناهای زیارتگاهی حرم امام رضا، کتابخانه، موزه، دارالشفاء، مهمانسرا، نقاره‌خانه و چند بنای دیگر نیز به این حرم متعلق است.
 
 
 (به : ؛ زادهٔ ۱۱ ذی‌قعدهٔ ۱۴۸ هجری قمری / ۲۹ دسامبر ۷۶۵ میلادی – درگذشتهٔ آخر صفر ۲۰۳ هجری قمری / ۵ سپتامبر ۸۱۸ میلادی)، فرزندِ و و از نسل ، ، است. او امام هشتم بعد از پدرش موسی کاظم و پیش از پسرش است. می‌گوید به‌نظر می‌رسد که همهٔ منابع، موافق هستند که وی از نظر سیاسی ساکت و علاقه‌مند به تعلیم دینی بوده‌است. می‌گوید علی بن موسی در بخشِ بزرگی از زندگی‌اش، نقشی سیاسی نداشت، اما به‌خاطر علم و تقوایش معروف بود. علی بن موسی الرّضا تا سال ۱۷۹ ه‍.ق که پدرش، ، در مدینه می‌زیست، در همراهیَش به‌سر می‌بُرد. پس از دستگیری و انتقالِ موسی کاظم به عراق توسط هارون، اموال و دستورهای پدر به وی می‌رسید و رسیدگی به امور شیعیان و پرداخت طلب، به وکالت از پدرش توسط وی انجام می‌شد. او در دوران امامتش در عهد هارون، در صریا زندگی می‌کرد. دوران پنج سالهٔ خلافتِ امین به گذشت. علی بن موسی الرّضا خویش را از این درگیری برکنار داشت. این دوران، آرامشی نسبی برای فعالیت‌های علی بن موسی الرّضا به‌وجود آورد و وی فرصت گسترش تعالیم خویش را یافت. با مرگِ و به‌حکومت رسیدنِ مأمون، خلیفه با بحران‌های فراوانی مواجه شد. مأمون تصمیم گرفت با منصوب کردنِ او به جانشینی‌اش، حمایتِ گروه‌های مختلف شیعه را به سمت خود جلب کند. به‌گفتهٔ ، مورخ شیعه، مأمون و مشاورانش برای آرام کردن علویان در خراسان و سایر سرزمین‌های اسلامی، به فکر انتصاب یکی از علویان به مقامِ ولایتعهدی افتادند. از بین آنها، علی بن موسی الرضا به‌جهت منزلت و اعتبار و نیز عدم شرکت در قیام علیه حکومت، بهترین گزینه بود. 
 
بر همین اساس، در سال ۲۰۰ ه‍. ق، مأمون برای علی بن موسی الرّضا دعوتنامه‌ای جهت آمدن به مرو نوشت و ، دایی و غلامی به‌نام فِرناس یا یاسر را فرستاد تا همراه او در این باشند. از سوی دیگر، ، محدث شیعه، چنین گزارش می‌کند که مأمون در نامه‌نگاری‌های متعدد، از علی بن موسی درخواستِ عزیمت به مرو را می‌کرد و علی بن موسی این درخواست را با بهانه‌ها و دلایل گوناگون رد می‌نمود. این امتناع سبب شد تا مأمون به‌اجبار علی بن موسی را به مرو بیاورد. به‌گزارشی که ، محدث شیعه، در نقل می‌کند، پس از رسیدن علی بن موسی الرضا به مرو، مأمون در ابتدا پیشنهاد کرد تا از خلافت به‌نفع خلافت علی بن موسی کناره‌گیری کند. علی بن موسی در ردِّ ادعای مأمون به او گفت: «اگر خلافت متعلق به توست، پس حق نداری ردایی که خداوند تنت کرده، از تن بیرون بیاوری و به دیگری ببخشی؛ اما اگر خلافت متعلق به تو نیست، اجازه نداری چیزی که متعلق به تو نیست را به من ببخشی.» پس از آن، مأمون پیشنهاد ولایتعهدی را داد، اما علی بن موسی الرّضا از پذیرش این پیشنهاد سرباز می‌زد. علی بن موسی نزدیک به دو ماه در برابر پیشنهادِ ولایتعهدی مقاومت کرد و در نهایت با اکراه، آن را پذیرفت، به‌شرط اینکه هیچ فعالیت حکومتی رسمی انجام ندهد. منابع بعدیِ امامیه مانند ، تأکید می‌کنند که علی بن موسی ولایتعهدی را تنها بدین دلیل که به مرگ تهدید شده بود، پذیرفت. اولین موج مخالفت‌ها در انتصاب علی بن موسی، از جانب برخی از سران کاخ مأمون گزارش شده‌است. طبق آنچه نقل می‌کند، دلیل این افراد، کینه شخصی از علی بن موسی بوده‌است. تصمیمِ شگفت‌آورِ ولایتعهدیِ علی بن موسی الرّضا که از سوی خلیفه گرفته شد، بی‌درنگ مخالفتِ شدیدِ گروه‌های مخالف به‌ویژه عباسیان را برانگیخت و این مخالفت حتی در — که زیر نفوذِ وزیر ایرانی‌تبار، بود — دیده می‌شد. فشارهای حزبِ مخالفشخلیفه در بغداد، او را از این تصمیم پشیمان کرد. نگرانی آنان به‌خاطر بیرون آوردنِ امپراتوری اسلامی از دست عباسیان توسط علویان و ایرانی‌ها بود. اعضاء این حزب مخالف در بغداد بیعتِ خود با مأمون را شکستند و عمویش (د. ۲۲۴ ه‍.ق/۸۳۹ م) را به‌عنوانِ خلیفه در ۲۸ ۲۰۱ ه‍.ق/۱۷ ژوئیهٔ ۸۱۷ م منصوب کردند. با رسیدن خبر عزل مأمون به مرو، علی بن موسی الرّضا پیشنهادِ عزل خویش از ولایتعهدی را به مأمون داد، اما در مقابل مأمون تصمیم گرفت به بغداد برگردد و از حقش دفاع کند. در دوم سال ۲۰۲ ه‍. ق، شش ماه پس از استعفای از وزارت، هنگامی که مأمون به‌همراه ولیعهد و دربار، قصدِ غرب کرده بود، فضل در سرخس توسط چند تن از فرماندهان سپاه با ضربات چاقو در حمام کشته شد. به‌گزارش قرشی، دو روز بعد وقتی کاروان مأمون به رسید، علی بن موسی بیمار شد و درگذشت. به گزارش بیهم دائو، بیشتر منابع نزدیک به واقعه — از جمله منابع — از دلایل طبیعی به عنوان علت درگذشت علی بن موسی یاد کرده‌اند و در گزارش‌هایی که به قتل وی دلالت دارند، اشاره‌ای مبنی بر دست داشتن مأمون در آن نکرده‌اند. اما در اکثر منابع امامیه از قرن چهارم هجری به بعد و به تبع آنها، منابع اهل سنت، نظریه به قتل رسیدن علی بن موسی الرضا به دستور مأمون و بر اثر مسمومیت مطرح شد. 
 
 
 بنابر معتبرترین گزارش‌ها، درگذشت علی بن موسی در آخرین روزِ صفر سال ۲۰۳ ه‍.ق اتفاق افتاده‌است. تاریخ‌های دیگری در همان محدودهٔ ماه صفر برای این واقعه ذکر شده‌است. علی بن موسی درحالی‌که در — محل دفن هارون — متوقف شده بود، در حومهٔ در درگذشت. خلیفه از گروهی از علویان و خویشاوندان علی بن موسی الرّضا از جمله عمویش، محمد بن جعفر، درخواست کرد تا پیکر علی بن موسی را بررسی و تأیید کنند که او به مرگ طبیعی درگذشته است و دستور داد که پیکرش در کنار قبر پدرِ خویش، هارون، در منزل در در نزدیکیِ به خاک سپرده شود. مأمون غم و اندوهِ بسیاری از خود نشان داد و بنابر گزارش‌ها بدون در مراسمِ تشییع پیکر حاضر شد و به‌مدت سه روز در آنجا به عزاداری پرداخت. بااین‌حال بسیاری از منابع، او را متهم به دست داشتن در مسمومیتِ علی بن موسی الرّضا دانسته‌اند. پیکر رضا را در سمت بالاسرِ قبرِ دفن کردند. به‌گزارش ، محدث شیعه، علی بن موسی الرّضا در سفر بازگشتش از مرو، هنگام ورود به و بر سر قبر هارون، به خبر دفن شدنش در بالاسرِ هارون را داد. سپس از نیت مأمون برای دفن پیکرش در کنار هارون پرده برداشت و به هرثمه اطمینان داد که پایینِ پا و پشت سرِ هارون به‌خاطر سختی، زمین شکافته نمی‌شود و مأمون مجبور است که او را در بالاسرِ هارون دفن کند. بنابر روایت دیگری از شیخ صدوق، در ، به‌نقل از هرثمه، بعد از آنکه وی مسموم شد، فرزندش، ، — که پیش از آن در مدینه بود — به‌صورتِ معجزه‌گونه‌ای به خراسان آمد و پدرش را پیش از تغسیل و تکفین مأمون، غسل و کفن نمود. مأمون به‌مدت یک روز، درگذشت علی بن موسی الرّضا را از مردم مخفی کرد و در روز بعد، پس از اطلاع مردم از درگذشت علی بن موسی الرّضا و اجتماع و اعتراضشان، از محمد بن جعفر خواست تا مردم را پراکنده کند. سپس دستور داد تا شبانه او را دفن نمایند. 
 بنا بر گزارشی از و به نقل از در نخستین ، در عمارتی ییلاقی وجود داشت و افرادی از رجال دولتی آن زمان مانند و در آن اقامت داشتند. در برخی از منابع تاریخی این عمارت را دارِ گفته‌اند و آن را مِلک شخصی وی دانسته‌اند. تقی بینش همچنین احتمال می‌دهد که بنای اصلی در دورهٔ جنید بن عبدالرحمن — که از سال ۱۱۱ تا ۱۱۶ ه‍.ق فرمانروای از جانب هشام بود و اغلب در یا طوس اقامت داشت — ساخته شده‌باشد و دیگران آن را توسعه داده باشند. ساختمان حرم در باغ حمید که یک ارگ حکومتی بوده قرار داشت و مالکیت آن در اختیار حمید بن قحطبه نبود، اما چون وی آخرین فردی بود که در این باغ سکونت داشته، این باغ به نام وی مشهور گردیده‌است. می‌نویسد: «این باغ و بنای باشکوه آن از ابتدا متعلق به حمید بن ابی‌غانم طائی بوده و هارون را در این بنا به‌خاک سپرده‌اند.» بنابراین به‌نظر می‌رسد به‌واسطهٔ تشابه اسمی، به‌نام حمید بن قحطبه مشهور گردیده‌است. 
 پیش از دفن علی بن موسی الرّضا در سناباد، نام این منطقه «قُبّهٔ هارونی» بوده‌است. مشهور است که مأمون بر قبر پدرش، گنبدی را ساخته بود. اکنون نیز دیوار چینی قدیمی حرم، که بنای آن منسوب به مأمون است، وجود دارد و بنای فعلی بر روی همان ساخته شده‌است. بعد از دفن علی بن موسی الرضا، نام این منطقه به مشهدعلی‌الرضا و به اختصار مشهد مبدل شد. این منطقه بعدها و پس از تخریب شهر طوس، جایگزین این شهر شد تا جایی که دیگر شهر طوس احیا نشد. اسم این شهر را ابن حوقل «المشهد»، یاقوت حمویی «مشهدالرضا» و حمدالله مستوفی «مشهد مقدس» عنوان داده‌اند. در کتاب آمده‌است که چون منطقه سناباد شیعه نشین بود و هارون در آنجا دفن شده بود، مأمون علی بن موسی الرضا را در آنجا دفن کرد تا در طی فعالیت‌های عمرانی شیعیان بر روی مقبره امامشان، بارگاه هارون نیز توسعه و احیاء گردد. 
 پس از دفن علی بن موسی، آبادانی آنجا شتاب گرفت و اقدام به ساخت بناهایی در آنجا کردند. در دورهٔ ، ساختمان و قُبّهٔ جدیدی بر آن مقبره ساخته شد و این ساخت و سازها تا دورهٔ ادامه داشت و در حکومت صفویان به اوج خود رسید. توسعهٔ آرامگاه در عصر با طلاکاری ایوان صحن ادامه داشت. در دورهٔ ، ضریح جدیدی برای بقعه ساخته شد. در دوران ، بیشتر تلاش‌ها معطوف به بازسازی، ترمیم و تغییر کاربری‌های بخش‌های مختلف حرم شد. پس از ، طرح‌های مختلفی در توسعهٔ حرم اجرا شد و بیشترین حجم توسعه مربوط به این دوران بوده‌است. 
 حرم امام رضا که به حریم رضوی نیز شناخته می‌شود، به جهت دفن علی بن موسی الرضا برای شیعیان و همین‌طور اهل سنت؛ به عنوان یک زیارتگاه و کانون معنوی حائز اهمیت بوده‌است. در اینباره شواهد تاریخی چندان زیادی مربوط به قبل از دوره صفویه وجود ندارد. از آنجا که حضور علی بن موسی الرضا در منطقه شرق اسلامی، تأثیر شگرفی به نفع علویان و بر ضد عباسیان داشت، موجب گسترش معارف شیعه در منطقه نیز شد. بعد از قتل علی بن موسی الرضا نیز تبلیغ تعالیم وی، به راویان و شاگردان وی محول شد و مزار او، کانون معنوی برای شیعیان و پس از اندکی اهل سنت شد. شاعرانی همچون دعبل نیز از همان ابتدا به این آرامگاه توجه داشتند و در اشعار خود به آن اشاره یا به زیارت او دعوت می‌کردند. نقل کرامت‌هایی توسط شیخ صدوق در باب ۶۹ از کتاب عیون اخبارالرضا، نشان‌دهنده تبدیل شدن این مکان به قطبی معنوی در همان ابتدا است. در اینباره از ناطق بالحق در کتاب الافادة فی تاریخ الائمه السادة آمده‌است که رونق مزار علی بن موسی الرضا با وجود اینکه در کنار هارون الرشید مدفون است و شیعیان هر اثری از آثار مخالفان را نابود می‌کردند؛ شایان توجه است. او زائران را از میان عوام و سلاطین شیعه و سنی گزارش می‌کند. از بزرگان اهل سنت که به زیارت علی بن موسی الرضا رفته یا به آن اهتمام داشتند می‌توان به ابوبکر ابن خزیمه، ابوعلی ثقفی، ابن حبان، محمد بن علی بن سهل ماسرجسی، ابوالحسین بن ابی‌بکر فقیه و حاکم نیشابوری اشاره کرد. این مکان امروزه به عنوان بزرگترین بقاع از بقاع متبرکه در ایران می‌باشد. 
 مقالهٔ اصلی: از این منطقه و بنا تا پیش از دوره سامانیان اطلاعاتی در دست نیست و گمانه زنی می‌شود که پیش از اسلام در این منطقه، آتشکده‌ای وجود داشته‌است که گنبدی بر فراز آن بوده‌است. بنابر گزارش ، امیر فائق‌الخاصه که که از امرای خراسان بود، بنایی را بر این مزار ساخت. آورده‌اند که در قرن چهارم، تعداد شیعیان در اطراف حرم امام رضا به قدری زیاد بود که وقتی اهل سنت قصد کردند تا بر روی قبر هارون، صندوقچه‌ای قرار بدهند، ابوالعلاء صاعد بن محمد بن استوائی، نیشابوری (م ۴۳۱ ه‍.ق) از این کار برای جلوگیری از اختلاف و نزاع، جلوگیری کرد. همین امر سبب شد تا وی مورد بازخواست خلفای عباسی نیز قرار بگیرد. از توسعه این بنا در دوران پیش از دیلمیان خبر چندانی گزارش نشده‌است و تنها به رونق داشتن زیارت این مرقد پرداخته شده‌است. 
 عصر به جهت به روی کار آمدن حاکمانی شیعی، رونقی را در ساختمان این بنا سبب شد. در زمان بقعه تعمیر، و به پاره‌ای از تزئینات آراسته شد و اطراف کاخ حُمید بن قحطبه خانه‌های مسکونی افزوده شد و توسعه یافت و دژ مستحکمی آن را محافظت می‌کرد. در این روزگار زیارت حرم امام رضا رواج بیشتری از پیش گرفت. 
 در سده چهارم هجری قمری، سبکتکین غزنوی، حرم امام رضا را تخریب کرد و زیارت آن را ممنوع اعلام کرد. ، را که به‌دست پدرش تخریب شده‌بود، از نو ساخت و بنایی زیبا بر روی آن برپاکرد. با این وجود روایاتی تاریخی گواه آن است که حرم توسط سبکتکین خراب نشده‌است و پسرش محمود غزنوی تنها به بازسازی حرم مشغول شده‌است. در آمده‌است: « در آن (بقعه) زیارت‌های بسیاری فرمود و مناره‌ای کرد و دیهی خرید فاخر و بر آن وقف کرد.» چند تن دیگر از امیران غزنوی نیز به مرمت و تکمیل بقعه پرداختند و به آبادانی مشهد مشغول شدند. در این خصوص معروف به دبیر که از رجال و دبیران دربار بود در سال ۴۲۵ ه‍.ق ضمن مرمت بقعه، اولین بنا را به آن افزود که این بنا به معروف است. در حوادث قرن پنجم آورده‌اند که حرم بار دیگر به دست فاتحان ترک تخریب و در قرن ششم مجدد تجدید بنا شد. 
 در قرن‌های ششم و هفتم تعمیرات و خدمات زیادی در آنچه امروز نامیده می‌شود انجام دادند. از جمله امیر عمادالدوله — که مقرب پادشاهان سلجوقی بود — در سال ۵۱۵ ه‍. ق، حرم را تعمیر کرد و ، دختر خواهرزادهٔ ، در سدهٔ ششم ه‍.ق گنبدخانهٔ حرم را با کاشی‌های ممتاز زرین‌فام — که به معروف است — مزین کرد که این کاشی‌ها تاکنون در حرم موجودند. متن این کتیبه‌ها جابه‌جا شده و تاریخ دقیق ساخت‌اش روشن نیست؛ با این‌حال برخی آن را مربوط به سال ۵۱۲ یا ۵۵۷ ه‍.ق دانسته‌اند. این کاشی‌ها به دوران علاءالدین محمد خوارزمشاه به سال ۶۱۲ مرمت شدند. این کتیبه‌ها اکنون با قاب‌های بزرگ شیشه‌ای محافظت می‌شوند. در همین دوران‌ها، شرف الدین ابوطاهر بن سعد بن علی قمی پس از مرمت بنا، گنبدی را نیز بر آن ساخت. در همین دوره اولین سنگ قبر باقی‌مانده بر روی قبر قرار گرفت. در سال ۵۴۸ ه‍.ق ترکان غز به مشهد و طوس حمله کردند و در طی آن عالمان شهر را کشته و شهر را به آتش کشیدند. در همین حمله به حرم نیز آسیب‌هایی وارد شد که بعدها توسط سلطان سنجر مرمت شد. به عقیده برخی از کارشناسان، در عصر خوارمشاهیان بازسازی در حرم امام رضا صورت گرفت و مقدار زیادی از کاشی‌های زرین فام و سنجری، متعلق به این دوران است. دو کتیبه مربوط به دوران خوارزمشاهیان بر دیوار شمالی گنبدخانه به نام «صفهٔ شاه‌طهماسبی» جای دارند. علاوه بر این در ضلع شمالی رواق دارالحفاظ، کتیبه‌ای با کاشی ممتاز مربوط به همین دوره وجود دارد. دو محراب از کاشی یکپارچه نیز — که در گذشته درون حرم نصب شده‌بودند و اکنون در موزه جای دارند — از کارهای هنری همین دوران است. محراب جنوب‌غربی و درِ طلای جنوبی گنبدخانه نیز متعلق به ۶۱۲ ه‍.ق است. 
 همچنین ببینید: در دوران حیات ابن بطوطه (۷۰۳–۷۷۹ ه‍.ق)، حرم دارای قندیل‌های نقره، پرده‌های ابریشمی و فرش‌های گوناگون بوده‌است و هنوز قبر هارون باقی بوده‌است. بر روی قبر هارون نیز شمعدان می‌گذاشتند تا با آنها شناخته شود. به‌گزارش در شرح ، در سال ۶۱۸ ه‍.ق به طوس حمله کردند و این شهر را غارت کرده و مردم را به قتل رساندند. سپس وارد مشهد شدند و آن‌جا را هم خراب کردند. عطاردی در از قول ابن ابی الحدید می‌نویسد که مغول‌ها مردم مشهد را به قتل رساندند، به حرم رضوی خسارت‌هایی زدند و اموال و اثاثیهٔ آن را غارت کردند، اما به بنای اصلی صدمه نزدند. همچنین در از خرابی حرم به دست مغول‌ها چیزی نگفته‌است و نیز در — که حملهٔ مغول‌ها را به طوس و مشهد را شرح داده — بیان می‌کند که مغولان این حرم را خراب نکردند، زیرا کتیبه‌های سال ۶۱۲ ه‍.ق که قبل از این حمله نصب شده بوده هنوز برجاست. با این وجود پطروشفسکی تأیید می‌کند که حرم در سال ۶۱۸ به دست مغولان تخریب شد. بعدها اولجایتو که مذهب شیعه پذیرفته بود، این حرم را بنا کرد. در نهایت، فرسودگی‌ها و احیاناً خرابی‌ها و خسارات واردشده به حرم در دورهٔ حکومت بازسازی شد. دو کتیبهٔ در ضلع شمالی گنبدخانه نیز، متعلق به سال‌های ۷۱۲ و ۷۶۰ ه‍.ق هستند. بنابر گزارشی که ابن بطوطه در سال ۷۳۴ ه‍. ق، پس از یک سده از واقعه هجوم مغول به حرم امام رضا گزارشگر آن است؛ حرم امام رضا عمارتی زیبا با کاشی‌کاری‌ها و ضریح نقره‌ای تصویر شده‌است و اثری از خرابی وجود ندارد. این احتمال داده شده‌است که این عمارت به تصویر کشیده شده، از ساخته‌های سلطان محمد خدابنده بوده باشد. همچنین گنبد حرم نیز از ساخته‌های اوست. بر همین اساس گنبد حال حاضر را مربوط به این دوره دانسته‌اند. ابنیه این دوره را مسجد بالاسر، یک مدرسه و چند بنای کوچک متصل به ضلع شمالی حرم دانسته‌اند. 
 در دوران حکومت ، آثار ارزنده‌ای در حرم و اطراف آن احداث شد. از این میان می‌توان به دو رواق دارالحفاظ و دارالسیاده و همین‌طور مسجد گوهرشاد اشاره کرد که به سال ۸۲۱ و با نظارت قوام‌الدین شیرازی، از معماران بزرگ وقت تأسیس شدند. این مسجد، نخستین مسجد جامع شهر بود. ، و — که به ضلع غربی دارالسیاده وصل بود اما اکنون جز رواق دارالولایه قرار دارد — از دیگر بناهای ساخته شده در این دوران است. کارشناس با توجه به یافتن قبر ابوالقاسم بابرین بایسنغر بن شاهرخ در زیر گنبد مدرسه سابق بالاسر، ساخت این مدرسه را به وی نسبت داده‌اند. این سه مدرسه، به‌طور همزمان ساخته شده‌اند. دارالحفاظ که مابین حرم و مسجد گوهرشاد بود و بنای تحویلخانه یا خزانه که در مشرق دارالحفاظ قرار داشت نیز به این دوره منسوب است. بنای صحن عتیق که صحن تیموری نام داشت و همین‌طور ایوان طلا نیز در این دوره پی ریزی شد که در عصر صفویان تکمیل شد. در همین دوره یک به دستور گوهرشاد ساخته می‌شود که قدیمی‌ترین پنجره فولاد حرم است که اکنون در موزه آستان قدس نگهداری می‌شود. 
 
 
 
 
 با در این دوران، بناها و آثار زیادی به حرم افزوده شد. علاوه بر اهدای نخستین ، به بازسازی و گنبد و طلاکاری کنار گنبد فرمان داد. گنبد طلاکاری شده در عصر سلطان محمد و مناره‌های طلاکاری شده در روزگار غزنویان، در دوران شاه طهماسب اول به مرمت نیاز داشتند و به دستور شاه مرمت صورت پذیرفت و بر گرد مشهد حصاری کشیده شد. 
 در سال ۹۹۷ ه‍.ق و مصادف با دومین سال سلطنت شاه عباس اول، مشهد مورد هجوم ازبکان قرار گرفت و در پی مقاومت مردم مشهد، عبدالله خان ازبک دستور قتل‌عام مردم مشهد را صادر کرد. مردمی که به حرم نیز پناهنده بودند در پی این حمله کشته شدند. سال بعد نیز عبدالمومن خان مجدد به مشهد حمله کرد و تمام سادات، عالمان و خادمانی که به حرم پناهنده بودند قتل‌عام کرد و جوی خون در حرم جاری کرد. پس از آن عبدالمومن خان دستور غارت حرم را داد و زنان و کودکان در حرم را به اسارت گرفت. در پی این حمله بود که شاه عباس به سال ۱۰۱۰ ه‍.ق پیاده به قصد زیارت حرم امام رضا به مشهد آمد و دستور بازسازی حرم را صادر کرد. بر اساس کتیبه نصب شده در حرم، این بازسازی به سال ۱۰۱۶ به پایان رسید. در عهد بنای کامل شد. در این دوره، رواق‌های و و و و به حوزهٔ حرم افزوده شد. بر سر در ایوان طلای صحن عتیق نام سلطان حسین بایقرا نقش بسته‌است که مربوط به اواخر قرن نهم قمری بوده‌است و توانسته‌است تا با کمک وزیرش امیر علیشیر نوایی، نیمی از صحن عتیق را پیش ببرد. شاه عباس همچنین شماری از قرآن‌های خطی منسوب به امامان شیعه را به آستان قدس هدیه کرد و املاکی را وقف این آستان نمود. شاه عباس دوم نیز صحن عتیق را تعمیر و کاشی‌کاری کرد. در دوران او و به دستورش گنبد را مجدد طلاکاری کردند. احداث ایوان شمالی و اتاق‌ها، غرفه‌ها، سردرها، و ایوان‌های شرقی و غربی آن، ایجاد رواق توحیدخانه و نیز گنبد الله‌ورودی‌خان از دیگر دستورات شاه عباس بود که به سرانجام رسید. به فرمان شاه، از این پس پیشوند « » را مانند و بر نام کسانی که به مشهد می‌آمدند اضافه کردند. 
 در سال ۱۰۸۴ ه‍.ق و در زمان ، در پی زمین‌لرزه‌ای، گنبد حرم آسیب دید و شماری از خشت‌های طلایی آن کنده شد. پس از این واقعه و به فرمان شاه، گنبد بازسازی گردید و کتیبه‌ای بر آن افزوده شد که این رخداد را حکایت می‌نماید. این کتیبه اکنون به صورت چهار در اطراف گنبد دیده می‌شود. شاه‌سلیمان گنبد مطهر را، که بر اثر زلزلهٔ ۱۰۸۴ق/ ۱۶۷۳م شکاف برداشته بود، به‌تصریح کتیبه‌ای که بر آن نصب شده‌است، مرمت کرد و چند مدرسه ساخت. دو بنای مهم آستان قدس ــ رواق الله‌وردی‌خان و رواق حاتم‌خانی ــ از ساخته‌های الله‌وردی‌خان و حاتم‌بیک اردوبادی، از امیران بزرگ صفوی است. ایوانی هم که در ضلع غربیِ دارالضیافه قرار دارد، از بناهای الله‌وردی‌خان است. به گزارش منابع، علاوه بر گنبد حرم، گنبد مسجد گوهرشاد و سه مدرسه پریزاد، دودر، بالاسر و پایین‌سر نیز در این زلزله آسیب دیدند که با دستور شاه سلیمان تعمیر شدند. در تعمیرات این دوره، دارالسیاده و گنبد حرم به سال ۱۰۸۶، مسجد گوهرشاد به سال ۱۰۸۴ تا ۱۰۸۹ و مدرسه پریزاد به همراه مدرسه بالاسر به سال ۱۰۹۱ بازسازی شدند. دو مدرسه دودر و پائین‌پا نیز به ترتیب در سال‌های ۱۰۸۸ و ۱۰۸۷ بازسازی‌شان تکمیل شد. 
 در دوره ایوان صحن تیموری که در دورهٔ ساخته و توسط شاه عباس یکم توسعه یافته‌بود، به‌فرمان طلاکاری شد. همچنین دیوار حرم رنگ‌آمیزی دوباره شد و گلدستهٔ شمالی صحن انقلاب بر فراز ایوان عباسی — که توسط شاه عباس توسعه یافته بود — ساخته و همراه با ایوان جنوبی صحن عباسی طلاکاری شد. همچنین در همان سال، به دستور نادرشاه یک پارچه‌ای از جنس ، از به مشهد آورده شد، و پس از آن شخصی به نام اسماعیل خان بر روی آن یک پوشش هشت ضلعی به همراه گنبد ساخت و طلاکاری کرد. پس از نادرشاه، توسط برخی از سلاطین افشاری، به این بنا تعرض‌هایی صورت گرفت. به سال ۱۱۸۳ ه‍.ق شاهرخ فرزند رضاقلی میرزا که نواده نادر بود بر خراسان حکومت می‌کرد و پس از آنکه در سال ۱۱۹۰ ه‍.ق در پرداخت حقوق درمانده شد؛ دستور داد تا طلاهای حرم را استخراج و از آنهامخارج سپاه را پرداخت کرد. نادرمیرزا نیز به اموال اوقافی حرم تعرض‌هایی کرده بود. میرزا مهدی مجتهد که تولیت وقت آستان بود به وی در این خصوص اعتراض‌هایی کرد که سرانجام به کشته شدن میرزا مهدی منتهی شد. 
 در عهد رواق دارالضیافه و سومین ضریح حرم احداث شدند. بنای صحن آزادی (صحن نو) نیز در سال ۱۲۳۳ به فرمان ساخته، و ایوان غربی آن طلاکاری شد. همچنین احداث رواق دارالسعاده در محوطهٔ بین صحن آزادی و رواق گنبد حاتم‌خانی در سال ۱۲۵۱ ه‍.ق و بنای — که بعداً به رواق دارالذکر تغییر یافت — در این دوره انجام شد. احداث دارالسعاده به سال ۱۲۵۱ انجام شد. به گواه کتیبه منسوب بر سر در ایوان شاه عباسی (ایوان شمالی صحن عتیق) این ایوان در عصر محمد شاه مرمت شده‌است. همچنین در دوران تولیت عضدالملک به تاریخ ۱۲۷۶ ه‍. ق، توحیدخانه مبارکه نیز مرمت شده‌است. او در سال ۱۲۷۵ دستور داده بود تا بر روی نقاشی‌های نفیس حرم و کاشی‌کاری‌های قدیمی، آینه‌کاری صورت بگیرد. ناصرالدین‌شاه نیز دستور داد ازارهٔ دیوار، تا بالای ایوان ناصری، و سقف مقرنس آن را با خشت‌های طلا بپوشانند. کمی بعد در دوران حکومت مظفرالدین شاه، دو صحن عتیق و جدید مرمت شدند. پس از آن و در پی وقایع انقلاب مشروطه در ایران، ارتش روسیه تزاری، به حرم امام رضا حمله برد و آن را گلوله‌باران کرد. در پی این حملات، گنبد و بخش‌هایی از حرم آسیب دید که با فعالیت‌های حسین میرزا نیرالدوله و کمک نیکوکاران، خرابی‌های تصحیح شد. این واقعه مربوط به سال ۱۳۳۰ ه‍.ق عنوان شده‌است. پیش از آن نیز به سال ۱۲۳۶ محمد حسن خان سالار پس از اعلان استقلال در مشهد، دستور داد تا طلاهای حرم را جمع کرده، ذوب نمایند و به نامش سکه ضرب کنند. او حرم را غارت کرد و چندی بعد پس از سرکوب قیامش، به سال ۱۲۶۸ مجدد درب‌های حرم با طلای ضخیم پوشش یافت. 
 در سال ۱۳۰۷ ه‍.ش در شبکه پیرامون فلکه حرم امام رضا، تغییرات اساسی صورت پذیرفت و فلکه‌ای به شعاع ۱۸۰ متر از نوک گنبد و به پهنای ۳۰ سانتی‌متر بر گرد حرم تأسیس شد. کمی بعد نیز ساختمان‌های موزه، کتابخانه و تالار تشریفات نیز به این حرم اضافه شد. از وقایع رویداده در عصر رضاشاه پهلوی، ماجرای مسجد گوهرشاد بود که پس از حضور جمعی از معترضان به تصمیمات حکومتی در حرم و مسجد گوهرشاد، به سال ۱۳۱۴ ه‍.ش جمعی از معترضان از جانب قزاق‌ها مورد حمله قرار گرفتند و بر اثر تیراندازی صورت گرفته در مسجد گوهرشاد، بین دو تا پنج هزار نفر کشته شدند. گزارش‌ها از دستگیری ۱۵۰۰ نفر می‌دهد. در زمان طرح توسعهٔ حرم با نظارت ، استاندار وقت استان خراسان و نایب‌التولیهٔ به انجام رسید. در سال ۱۳۵۳ خورشیدی خشت‌های طلایی گنبد را — که شفافیت خود را از دست داده‌بود — برداشتند و پس از رنگ‌آمیزی مجدد با آب طلا، در جای خود قرار دادند. در این دوران، ضریح نیز مرمت شد. همچنین با توسعه حرم، سقف فرسوده مسجد بالاسر با سقفی جدید و بتنی جابجا شد و این سقف از نو کاشی‌کاری و تزئین شد. حرم از ضلع شمالی نیز گسترش یافت و به دارالشکر متصل شد. محراب قدیمی مسجد نیز به موزه منتقل شد. در طرح توسعه حرم در این دوران، ساختمان‌های جدیدی به آستان اضافه شد و ساختمان موزه تأسیس شد. همچنین در فضای مشهد نیز تغییراتی همچون تعریض خیابان‌ها رخ داد. همچنین در این طرح، فاصله بین ضریح و ضلع غربی حرم که تنگنایی به عرض ۸۵ سانت بود، چاره‌ای اندیشیده شد و بر اساس آن، دیواره قدیمی حرم در سمت بالاسر که ضخامتی به مقیاس ۲٫۹۰ داشت و وزن گنبد بر روی آن قرار گرفته بود، تخریب شد و به جای آن پایه‌هایی بتنی جایگزین شد. بر همین اساس قسمت بالاسر گسترش و فضای حرم توسعه یافت. در این دوره کاربری بناهای اطراف مجموعه — که مربوط به سده‌های اخیر بودند — تغییر یافت و این بناها به صحن‌های حرم تبدیل شدند. مسجد زنانه، مسجد ریاض، گنبد اپک میرزا، رواق پس پشت، راه‌رو سقاخانه، محل چهل‌چراغ سابق، محل کشیک‌خانهٔ خدام، و همچنین برخی مدرسه‌ها، تیمچه‌ها یا فضاهای خالی به صورت رواق‌های دارالفیض، دارالشکر، دارالشرف، دارالسلام، دارالذکر، دارالعزه و دارالعباده درآمدند و ساخت صحن موزه (رواق کنونی امام خمینی) و تعویض صندوق عباسی به صندوق سنگی حاج حسین حجارباشی و نصب ضریح چهارم و نوسازی نقاره‌خانه نیز در این دوره رخ داد. رواق‌های دارالزهد، دارالشرف و دارالسرور از بناهای ساخته شده در این دوران است. از وقایع ایام پایانی حکومت پهلوی، مسئله تیراندازی مأموران ساواک به چند فراری در آبان ۱۳۵۷ بود که بر اثر آن چند گلوله به توحیدخانه و دیواره‌های کفشداری گنبداللهوردی‌خان اصابت کرد. مأموران همچنین در حرم گاز اشکآور پرتاب کردند و سرآخر موفق به دستگیری فراریان نشدند. در نهایت استاندار خراسان در رادیو مشهد، از مردم عذرخواهی کرد و مردم نیز به نشانه اعتراض، راهپیمایی برگزار کردند. 
 پس از و استقرار حکومت اسلامی در ایران، طرح توسعهٔ حرم دنبال شد و این مجموعه شاهد گسترش زیادی بود. در این دوره، طلای گنبد که بر اثر زمان ساییده شده بودند، با طلای جدید جایگزین شدند و گزارش این تعویض در لوحه‌ای نوشته و بر گنبد نصب شد. از دیگر اقدامات صورت گرفته در این دوره، ساخت رواق دارالولایه، صحن قدس، یک ایوان جدید، سقاخانه، صحن جمهوری اسلامی، دو گلدسته در پشت دربهای شمالی و جنوبی، بست شیخ بهایی، کتابخانه جدید، دانشگاه علوم رضوی و توسعه فلکه حرم و اجرای زیرگذر در زیر حرم است. صحن جامع رضوی، رواق‌های دارالولایه، دارالهدایه، دارالرحمه و دارالجابه از رواق‌های ساخته شده در این دوران است. در سال ۱۳۵۸ رواق پشت سر توسعه پیدا کرد و فضاهای پیش رو و پایین پا تعریض شدند. در این دوره چند بست همچون بست شیخ طبرسی و ساختمان‌های مختلفی چون ساختمان دانشگاه علوم اسلامی تأسیس شدند. در این دوره صحن عتیق به صحن انقلاب و صحن موزه به صحن امام خمینی تغییر نام پیدا کردند. در سال ۱۳۵۹ فضای داخلی بنای حرم توسعه یافت و ایستایی گنبد افزایش پیدا کرد و درهای ورودی به بنای حرم در سمت پیش‌رو و پایین پای مدفن، گشایش یافت. آخرین ضریح نصب شده بر روی قبر علی بن موسی الرضا، ضریح مشهور به ضریح آفتاب است که در اسفند ۱۳۷۹ نصب گردید. 
 از وقایع تاریخی این دوره می‌توان به انفجار بمب در سال ۱۳۷۳ ه‍.ش اشاره کرد که بر اثر آن، ۲۷ نفر کشته و ۲۹۰ نفر مجروح شدند. 
 صحن جمهوری اسلامی، پیامبر اعظم، هدایت، کوثر و رواق امام خمینی در این دوره ساخته شد. و مجموع مساحت مجموعه از ۱۲ هکتار در دوره‌های گذشته، به ۷۰ هکتار تا سال ۱۳۹۲ رسید. 
 بنای حرم قدیمی‌ترین و نخستین بنای مجموعهٔ آستان قدس رضوی است که مدفن علی بن موسی الرضا در زیر آن قرار دارد.
 روضه در لغت به معنای باغ است. روضه منوره، روضه مقدس و یا روضه رضویه در اصطلاح به مجموعه حرم امام رضا و علی الخصوص به محل دفن علی بن موسی الرضا گفته می‌شود. این مکان شامل فضایی چهارگوش است که عرض آن ۱۰.۴۰ و طول آن ۱۰.۹۰ متر است. در چهارگوشه این بنا نیز چهار صفه با دهانه‌ای ۳ متری وجود دارد که راه ورود به حرم را محیا می‌کنند. در قسمت بالای درگاه ورودی جنوب (پیش‌رو)، شرق (پایین پا) و شمال (پشت سر) روضه، تاریخ‌های ۱۱۵۵، ۱۲۷۵ و ۱۲۷۷ دیده می‌شود. تاریخ کتیبهٔ منظوم دور گنبدخانه نیز، در مصراع دوم بیتی آمده که سال ۱۲۸۷ را به‌دست می‌دهد. دو در طلاکاری شده در سمت جنوبی و شرقی قرار دارد. در جنوبی تاریخ ۱۲۷۳ ه‍.ق را بر خود دارد، اما روی آن، تاریخ ۱۲۷۵ ه‍.ق را به‌دست می‌دهد. درِ شرقی نیز به‌تاریخ ۱۲۸۴ ه‍.ق است. رواق دارالحُفّاظ در سمت جنوب روضه قرار دارد که با سه درِ نقره‌ای با دیگر فضاها در ارتباط است. تاریخ درها ۱۲۷۹، ۱۲۸۹ و ۱۳۷۱ ه‍.ق است. ماده تاریخ کتیبه‌ای بر بالای ازارهٔ رواق تاریخ ۱۲۶۹ را به‌دست می‌دهد. 
 مدفن علی بن موسی‌الرضا در بالای سر مدفن هارون در زیر گنبدخانهٔ بخش مرکزی و اصلی مجموعهٔ آستان قدس واقع شده‌است. در سال ۱۹۳ ه‍.ق هارون درگذشت و وی را دقیقاً در زیر قبه در مرکز بنا دفن کردند و پس از ده سال علی بن موسی‌الرضا را در بخش غربی در بالای سر هارون دفن کردند که مدفن وی به صفهٔ غربی نزدیک بود. بینش اما مدفن علی بن موسی الرضا در سمت شرقی می‌داند. پس از نصب جعبه و ضریح، تنگنایی به عرض ۸۵ سانتی‌متر در بخش غربی بنا به‌وجود آمد و حرکت زائران را محدود کرد. در سال ۱۳۴۴ دیوارهٔ غربی بنا را — که وزن گنبد بر روی آن قرار و ضخامتی حدود ۳ متر داشت — تراشیدند و ۲ متر از آن را به عرصهٔ درونی حرم افزودند. به این ترتیب تنگنای ذکر شده که در بالای سر مدفن قرار داشت به ۳٫۵ متر رسید و افزون بر آن یک دهانهٔ بزرگ به عرض ۴ متر و در دو طرف آن دو گذرگاه کوچک هر یک به عرض ۱٫۷ متر بین بنای حرم و مسجد بالاسر احداث شد. 
 
 
 
 
 تا کنون سه سنگ‌نوشته برای مدفن علی بن موسی الرضا به کار رفته‌است. نخستین سنگ مدفن مربوط به ۵۱۶ ه‍.ق است. این سنگ به طول ۴۰ سانتی‌متر و عرض ۳۰ سانتی‌متر و قطر ۶ سانتی‌متر از جنس مرمر است. روی این سنگ علاوه بر نقش محراب کلماتی با دیده می‌شود که از لحاظ قدمت و اهمیت خط کوفی آن، بسیار ارزش دارد. این متن چنین خوانده شده‌است: «أللهُ أکبَرُ هذا مُقامُ الرِّضا أقبَلْ عَلیٰ صَلَواتِک وَ لاتَکُنْ مِنَ الْغافِلینَ» در اطراف این سنگ سه کتیبه به چشم می‌خورد. حاشیهٔ نخست سنگ این متن را بر خود دارد: «أللّهُمَّ صَلِّ عَلیٰ محمّدٍ و علیٍّ و فاطِمَةَ و الْحسنِ و الْحسَینِ و علیٍّ و محمّدٍ و جعفَرٍ و موسیٰ و علیٍّ و محمّدٍ و علیٍّ و الْحسنِ و الْقائِمِ الْحُجَّةِ» کتیبهٔ دوم اطراف آن است و آیه‌ای از را دربردارد: «بِسْمِ اللهِ الرَّحْمٰنِ الرَّحِیمِ إِنَّمَا وَلِیُّکُمُ اللَّهُ وَرَسُولُهُ وَالَّذِینَ آمَنُوا الَّذِینَ یُقِیمُونَ الصَّلَاةَ وَیُؤْتُونَ الزَّکَاةَ وَهُمْ رَاکِعُونَ» در حاشیهٔ داخلی سنگ در اطراف نقش محرابی آن به خط ریزتر به تعمیر حرم و بانی آن اشاره شده‌است: «أمَرَ بِعمارَةِ الْمشهدِ الرَّضویِّ علیِّ بنِ موسٰی ألْعَبدُ الْمُذْنِبُ الْفَقیرُ إلیٰ رَحمَةِ اللهِ أبوالقاسم أحمدُ بنُ علیُّ بنُ أحمدُ الْعَلَویُّ الْحُسینی تَقَبَّلَ اللهُ مِنْهُ» در ذیل آن نیز، نام سازندهٔ سنگ «عبیدالله بن احمد قره» آمده‌است. 
 
دومین سنگ مدفن که هم‌اکنون بر روی مدفن موجود در قرار دارد و از جنس مرمر آهکی سفید رنگ به ابعاد ۶۰ در ۴۰ سانتی‌متر است. از تاریخچه این سنگ اطلاعاتی در دست نیست. سومین سنگ مدفن سنگی از معدن در نزدیکی است و رنگ سبز چمنی و ابعاد ۲٫۲۰ در ۱٫۱۰ و ضخامت یک متر و وزن ۳۶۰۰ کیلوگرم دارد. این سنگ که بر طبقهٔ همکف موجود است، هم‌زمان با نصب ضریح پنجم در سال ۱۳۷۹، در طبقهٔ همکف در حرم قرار داده‌شد. بر روی سنگ آخرین اطلاعات زندگانی علی بن موسی الرضا نقش بسته‌است. از اوایل قرن ششم ه‍.ق صندوقی چوبی روی مرقد امام وجود داشت. این صندوق از جنس چوب اعلا بود و با روکش و بست‌هایی از جنس نقره تزیین شده بود. این صندوق در سال ۵۰۰ ه‍.ق توسط انوشیروان زرتشتی که از اهالی اصفهان بود، به حرم امام رضا هدیه شد. ابن بطوطه در سال ۷۳۴ ه‍.ق در سفری به مشهد این صندوق را مشاهده کرده که با روکش نقره پوشیده شده و آن را در کتاب وصف نموده‌است. پس از پوسیده‌شدن صندوق نخست، صندوقی از چوب ، با روکش و میخ‌های طلا توسط شاه عباس صفوی در سال ۱۰۲۲ ه‍.ق بر روی مرقد نصب شد. بر لبهٔ فوقانی آن صفحه‌ای از طلا به خط نوشته شد: «کلب آستان ولایت شاه عباس الحسینی الموسوی الصفوی تقدیم نمود سنه ۱۰۲۲ ه‍. ق» این صندوق قرن‌ها در سرداب مانده و پوسیده شده‌بود تا این‌که در سال ۱۳۱۱ هجری شمسی آن را بیرون آورده و بست‌های سیاه‌شده‌اش را جلا دادند. طلای صندوق را زیر نظر عالمان وقت، صرف خرید املاکی برای وقف به حرم امام رضا نمودند. این صندوق اکنون در موزهٔ آستان قدس رضوی نگهداری می‌شود و نام آن صندوق عباسی بود. در سال ۱۳۱۱ خورشیدی صندوقی سنگی از جنس مرمر لیمویی از معدن به‌هزینهٔ حاج حسین حجارباشی زنجانی به جای صندوق دوم قرار داده‌شد. در سال ۱۳۷۹ به کلی صندوق سوم برداشته‌شد و به‌جای آن سنگ مدفن یک متری سبز رنگی که بالاتر به آن اشاره شده، قرار داده‌شد. 
 
از تاریخچه ضریح‌های نصب شده بر مدفن علی بن موسی الرضا پیش از دوران صفویه اطلاعاتی در دست نیست. با این وجود اولین ضریح حرم در دورهٔ صفویه نصب شد و از آن زمان تاکنون، در کل پنج ضریح برای مدفن علی بن موسی الرضا ساخته و نصب شده‌است. این ضریح از جنس چوب و طلا و نقره بوده و مربوط به اواسط قرن دهم و زمان حکومت است که در سال ۹۵۷ ه‍.ق ساخته و نصب شده‌است. در کتیبهٔ دور آن به نگاشته شده و بر کتیبه‌ای از جنس طلا در سر ضریح، سابقهٔ تاریخی و تاریخ نصب آن نوشته شده‌است که به شرح زیر است: «در عهد سلطنت بنده، شاه ولایت شاه طهماسب صفوی، این محجر مبارک در این مکان مقدس نصب گردید. سنه۹۵۷» پس از فرسوده‌شدن ضریح نخستین، دومین ضریح موسوم به ضریح «نگین‌نشان»، از جنس (جواهرنشان) در سال ۱۱۶۰ ه‍.ق توسط نوهٔ به حرم هدیه گردید که مزین به یاقوت و زمرد بود. در طول این ضریح، چهار دهانه و نیم و در عرض آن سه دهانه و نیم شبکیه وجود دارد. در کتیبهٔ سردر ورود به ضریح به خط طلایی نوشته شده‌است: 
 این ضریح بیشتر از ۲۶۷ سال است که بر مرقد علی بن موسی الرضا نصب است. پس از نصب ضریح سوم و چهارم، ضریح دوم در زیر این دو قرار داشت اما در هنگام نصب ضریح پنجم آن را به سرداب منتقل کردند و هم‌اکنون در زیر ضریح چهارم در سرداب بر روی مدفن قرار دارد. 
 در سال ۱۲۳۸ ه‍.ق در زمان ضریح فولادی ساده‌ای به ابعاد ۳ در ۴ متر به ارتفاع دو متر بر روی ضریح دوم نصب شد. این ضریح دارای ورقه‌های طلاکوب و طوق‌های طلای جواهر نشان است و بر روی آن سورهٔ هل اتی و به خط ثلث نوشته شده‌است. این ضریح در طرف پایین پا، در مرصع تقدیمی فتحعلی شاه قاجار نصب شده بود که در سال ۱۳۳۸ خورشیدی به‌علت پوسیدگی پایه‌هایش به موزهٔ آستان قدس رضوی انتقال یافت و به جای آن، ضریح چهارم روی ضریح نگین‌نشان (ضریح دوم) نصب شد. 
 چهارمین ضریح به نام «ضریح طلا و نقره» معروف به «شیر و شکر» در سال ۱۳۳۸ خورشیدی به ابعاد ۴ در ۳٫۶ و ارتفاع ۳٫۹ متر بر روی مدفن جایگزین ضریح سوم شد، به‌نحوی که ضریح دوم را دربرمی‌گیرد. این ضریح دارای چهارده دهانه بوده و هفت وزن داشت. تصدی ضریح چهارم بر عهدهٔ سید ابوالحسن حافظیان بود. او از استادان ماهر قلم‌زن اصفهان دعوت کرد و زیر نظر حاج محمدتقی ذوفن، این ضریح با کیفیتی عالی و در مدت بیش از سه سال ساخته شد. در چهارگوشهٔ ضریح، چهار خوشه انگور از جنس طلا نصب شده‌بود. بر صفحاتی از طلا، سورهٔ یس به خط ثلث نگاشته شده و دور ضریح را دربرگرفته بود. این ضریح به مدت ۴۱ سال بر روی مرقد قرار داشت و در نهایت در سال ۱۳۷۹ به موزهٔ آستان قدس رضوی انتقال پیدا کرد. 
 
در سال ۱۳۶۰ به‌علت ساییدگی شبکه‌های ضریح چهارم و سست‌شدن ارکان آن تعویض ضریح در دستور کار قرار داشت. در سال ۱۳۷۲ مطالعات و بررسی‌های مقدماتی این طرح آغاز شد و پس از طرح‌های متعددی که برای ساخت ضریح ارائه شد، نهایتاً طرح محمود فرشچیان از هنرمندان برجسته ایرانی، برای اجرا، برگزیده شد. کار ساخت و طراحی ضریح آغاز شد. ضریح پنجم به وزن ۱۲ تن و ابعاد ۴٫۷۸ در ۳٫۷۳ به ارتفاع ۳٫۹۶، از فولاد، آهن، طلا و نقره ساخته شد. ساخت این ضریح نزدیک به هفت سال به طول انجامید. در چهار جهت ضریح، ۱۴ به‌نشان قرار داد که همگی به یک محراب بزرگ‌تر مرتبط هستند، که آن نیز به واژهٔ الله ختم می‌شود. بر روی این ضریح نیز سوره‌های هل اتی و یس با خط ثلث طلا و نقره نوشته شده‌است. کار قلم‌زنی و زرگری ضریح برعهدهٔ خداداد اصفهانی و کار خطاطی آن نیز برعهدهٔ موحد قرار داشت. سرآخر به تاریخ بیست و یکم از بهمن ۱۳۹۷ و پس از مراسم غبارروبی حرم، مراحل نصب ضریح آغاز شد و پس از ۵۵ روز کار شبانه‌روزی، در تاریخ شانزدهم اسفند ۱۳۹۷ و مصادف با عید قربان، حرم با ضریح پنجم بازگشایی شد. دو بیت زیر از جمله ابیاتی است که بر روی ضریح پنجم نوشته شده‌است: در گذشته کف حرم نسبت به سطح زمین اطراف حدود دو متر گودتر بوده‌است و با توجه به بالاتر آمدن کف حرم در طول دوران‌های مختلف، این اختلاف شدیدتر شده و باعث شده که یک سرداب (زیرزمین) شکل گیرد. مدفن علی بن موسی الرضا حدود سه متر در زیر ضریح اصلی که در طبقهٔ همکف حرم موجود است، در سرداب واقع شده‌است که سقف سرداب، همان کف طبقهٔ همکف حرم فعلی است. زمان دقیق به‌وجود آمدن سرداب مشخص نیست، ولی بر اساس شواهد موجود، سرداب پس از محو شدن سنگ قبر هارون در سدهٔ هشتم ه‍.ق به‌وجود آمده‌است. در این باره ، نویسندهٔ کتاب بدر فروزان می‌گوید: «اصل مرقد شریف در سرداب قرار گرفته‌است که سقف آن سطح زمین حرم یعنی زیر ضریح را تشکیل می‌دهد… و تردیدی نیست که سرداب در سده‌های پنجم و ششم ه‍.ق نبوده‌است.» 
 در زمان نصب ضریح پنجم، ضریح مرصع فولادی معروف به نگین‌نشان را — که در زیر ضریح چهارم قرار داشت — به سرداب انتقال دادند، به نحوی که اتصالش با ضریح درون حرم برقرار شد. در گذشته داخل ضریح دریچه‌ای در سمت پایین پا در کف رو به سرداب وجود داشت. در سال ۱۳۷۹ رواق دارالاجابه به مساحت ۱۹۶۵ مطابق با پلان طبقهٔ همکف حرم در زیرزمین ساخته شد که ورود به سرداب را از طریق هشتی واقع در سمت ضلع شرقی مقدور ساخت و دریچهٔ ذکر شده که در کف حرم بود، بسته شد. این رواق ۱٫۶۰ متر پایین‌تر از سطح مدفن واقع شده‌است. 
 مقالهٔ اصلی: گنبد حرم دو پوسته‌ای است. پوستهٔ درونی (آهیانه) که از درون حرم دیده می‌شود، قدیمی‌ترین پوسته است و به‌روایتی پیش از خاکسپاری امام رضا موجود بوده و در اواخر سدهٔ نهم بر روی آن پوستهٔ بیرونی (خود) که گنبد طلایی کنونی است را ساختند. ارتفاع آن تا زیر نقطهٔ مرکزی حدود ۱۹ متر و تا بالای طوق گنبد ۳۱ متر است. 
 گنبد دارای دو پوشش است که در بالای ضریح قرار دارند: پوشش اول گنبد، حرم است که از و شده تشکیل شده و به آن قبّه می‌گویند و پوشش دوم بر فراز آن است که به آن گنبد گفته می‌شود. اختلاف این دو پوشش، فضایی خالی به ارتفاع ۱۳ متر است. سنگینی گنبد بر دیوارهای تالار است که ضخامت آن حدود ۲٫۹ متر است. ارتفاع قبه از کف حرم ۱۸٫۸۰ متر و تا انتهای گنبد (راس گنبد) حدود ۳۱٫۲۰ متر است. محیط دور گنبد از سطح خارجی آن ۴۲٫۱۰ متر و ارتفاع آن تا نیزه گنبد برابر ۱۶٫۴۰ متر و ارتفاع سر طوق گنبد ۳٫۵ متر است. از ابتدای گنبد تا شروع انحنای گنبد ۴٫۷۹ متر است. گنبد ابتدا با آجرهای زردرنگ ایرانی ساخته شده بود و پس از آن با کاشی تزیین یافت. در سال ۹۳۲ ه‍. ق، شاه طهماسب صفوی بدون آن که در اصل بنای گنبد تغییراتی ایجاد کند، برای نخستین بار گنبد را با خشت‌های طلا آراست. او نخست کاشی‌های گنبد را برچید و پس از آن روی گنبد را ورقه‌های مسی که رویه طلا داشت زراندود کرد و همچنین گلدستهٔ کنار گنبد را نیز به طلا آراسته نمود. 
 
در تاریخ آمده که مأمون پس از مرگ و دفن وی در بقعهٔ هارونی بر فراز آن بقعه قبه‌ای ساخت. به‌اعتقاد برخی مورخان، آن قبه بر اثر حوادثی مانند حملهٔ سبکتکین در اواخر قرن چهارم ه‍.ق و آسیب به حرم، تخریب شد و پس از آن در سال ۴۰۰ ه‍.ق به بازسازی حرم و ایجاد قبه‌ای بر فراز مدفن اقدام کرد. وزیر فردی به نام بود که ضمن تغییر در روضهٔ منوره و کاشی‌کاری آن اقدام به احداث گنبد بر فراز قبه نمود که بعد از گذشت حدود ۹۰۰ سال هنوز پابرجاست. در زیر کتیبهٔ دور گنبد، دو جمله از سازندگان گنبد آمده‌است که نشان می‌دهد کمال‌الدین یزدی کاشی‌کار گنبد و خطاط کتیبهٔ دور گنبد بوده‌اند. در سال ۹۹۷ ه‍.ق در زمان فتنهٔ ازبک‌ها، ضمن تاراج آستان قدس، طلای گنبد و گلدستهٔ آن را به‌غارت برد. پس از این حادثه، شاه عباس صفوی در سال ۱۰۱۰ ه‍.ق پیاده از اصفهان به مشهد سفر کرد و دستور طلاکاری دوبارهٔ گنبد را صادر کرد. این کار در سال ۱۰۱۶ ه‍.ق پایان یافت. در سال ۱۰۸۴ ه‍.ق زلزلهٔ شدیدی رخ داد که باعث ایجاد ترک در قسمت خارجی گنبد شد و تعدادی از خشت‌های طلای آن ریخت. پس از آن به فرمان گنبد تعمیر و دوباره طلاکاری شد. جریان این طلاکاری در چهار ترنج دور گنبد توسط خوشنویس آن زمان نوشته شده‌است. تاریخ این کتیبه ۱۰۸۶ ه‍.ق را نشان می‌دهد. در سال ۱۳۳۰ ه‍.ق گنبد توسط روس‌ها به توپ بسته شد که اکنون هم از درون گنبد جای اصابت گلوله‌ها قابل رویت است؛ پس از آن نیرالدوله والی خراسان به تعمیر این خرابی‌ها پرداخت. در سال ۱۳۵۹ آخرین طلاکاری گنبد به پایان رسید. در میانهٔ کتیبهٔ دورادور گنبد، بر لوحه‌ای، سال طلاکاری و تعمیر گنبد سال ۱۴۰۰ ه‍.ق گزارش شده‌است. بخش‌های مستقل حرم شامل محراب‌ها، مسجدها، مناره‌ها، رواق‌ها، صحن‌ها و بست‌هاست. 
 مقاله‌های اصلی: و مسجد بالاسر، در غرب بقعهٔ منوره و بالاسر بین حرم و رواق دارالسّیاده جای دارد و بعد از خود حرم از کهن‌ترین بناها در کنار روضهٔ منوره و نزدیک‌ترین مکان به ضریح است. این بنا به عصر غزنویان مربوط است و توسط ابوالحسن عراقی معروف به دبیر در سال ۴۲۵ ه‍.ق ساخته شده‌است؛ عراقی خود در همین مکان دفن شده‌است. این مسجد دارای ۴.۳۰ متر عرض هشت متر طول و ده متر ارتفاع است. در ضلع جنوبی این مسجد محرابی از کاشی معرق به سبکی بسیار جالب قرار دارد که تاریخ ساخت آن (۱۳۶۳ ه‍.ق) در یک سمت و نام کاشی‌ساز و نقاش محراب در سمت دیگر محراب مکتوب شده‌است. این مسجد دارای سه صفهٔ شرقی و غربی و شمالی است. به‌گزارش کتیبه‌ای به‌تاریخ ۱۱۱۹ ه‍.ق در مسجد بوده که اکنون موجود نیست. تاریخ کتیبه‌های باقی‌مانده در مسجد، ۱۲۶۲، ۱۲۷۵، ۱۲۸۷، ۱۳۰۹، ۱۳۸۵ و ۱۳۸۶ ه‍.ق است. 
 
صفهٔ شرقی مسجد متصل به حرم است و زائران پس از زیارت از طریق آن به مسجد بالاسر وارد می‌شوند. در گذشته بین حرم و صفهٔ شرقی دیواری بوده که در سال ۱۲۲۷ به دستور محمدولی میرزا، فرزند فتحعلی‌شاه قاجار در زمان استانداری خراسان برداشته، و این مسجد به حرم متصل شد. صفهٔ غربی به طول ۳٫۳ و عرض ۱٫۵ متر بین مسجد و روال دارالسیاده است. در گذشته پنجرهٔ نقره در این صفه قرار داشت و مسجد را از رواق دارالاخلاص جدا می‌کرد، اما در تابستان ۱۳۷۵ که مسجد بالاسر توسعه یافت، پنجرهٔ نقره را به مکانی دیگر منتقل کردند. صفه شمالی به رواق دارالشُکر مرتبط است. رواق دارالشکر از سوی دیگر به صحن عتیق راه دارد. تاریخ کتیبه‌های رواق ۱۳۸۶ و ۱۳۸۷ ه‍.ق است. مسجد دیگری که در نزدیکی روضه منوره قرار دارد، مسجد ریاض است که در پشت سر قرار گرفته‌است. مسجد گوهرشاد از مساجد ساخته شده در عصر تیموری است. تا پیش از ساخت این بنا، مساجد در منطقه خراسان، عموماً به صورت دو ایوانه — همچون — ساخته می‌شدند؛ اما گوهرشاد اولین مسجد به صورت چهار ایوانه را در خراسان بنا کرد. این مسجد در ضلع جنوبی هستهٔ مرکزی حرم امام رضا قرار دارد. این مسجد را با طاق ایوان بزرگ جنوبی، دو منارهٔ استوانه‌ای حجیم با پایه‌های چندضلعی مرمر در دو سوی آن توصیف کرده‌اند. براساس کتیبه‌های مربوط به این بنا؛ این ایوان توسط بایسنقرمیرزا — پسر شاهرخ و گوهرشاد — طراحی و بانی مسجد، گوهرشاد معرفی شده‌است. معمار این بنا قوام‌الدین شیرازی است. صحن مسجد تقریباً به‌شکل مربع بوده و در اطراف آن چهار ایوان بزرگ و در فواصل ایوان‌ها هفت وسیع و شش در ورودی و خروجی وجود دارد. طول صحن مسجد حدود ۵۶٫۱۳ متر و عرض آن ۵۸٫۱۸ متر است و در مجموعاً حدود ۲٬۸۷۳ مترمربع مساحت دارد. در وسط مسجد گوهرشاد، در محلی که حوض فعلی مسجد در آنجا وجود دارد، مکانی به نام مسجد پیرزن وجود داشت که در زمان ساخت مسجد گوهرشاد، راضی به خراب شدن منزلش برای توسعه مسجد نشد و خود منزلش را با چاه آب آن وقف حرم نمود و از این رو نام مسجد پیرزن گرفت. این مکان تا سال ۱۳۲۰ ه.ش حفظ شد و بعد از آن به طور کلی برداشته شد. 
 علاوه بر مساجد، محراب‌هایی در حرم گزارش شده‌است که دو محراب قدیمی در طرفین پیش روی مرقد علی بن موسی الرضا، از باشکوه‌ترین آنها عنوان گرفته‌است. بر این محراب‌ها با خط کوفی، آیات و احادیث نوشته شده‌است. 
 فضاهای مسقف و محصور در پیرامون حرم، نامیده می‌شوند. اکنون بزرگ‌ترین رواق حرم، رواق امام خمینی به مساحت ۶٬۳۰۰ مترمربع است که قبلاً صحن بوده و عملیات مسقف‌سازی آن از سال ۱۳۸۱ تا ۱۳۸۵ انجام شده‌است. رواق‌های حرم با سنگ‌فرش‌های سفید رنگ پوشیده شده‌است و دیواره‌های آن تا ارتفاع ۱.۵ متر سنگ و بعضا از ازاره و بالاتر از آن نیز آینه‌کاری است. مجموع رواق‌های حرم را تا سال ۱۳۹۰ ه.ش بیست و یک رواق گزارش کرده‌اندکه مجموع آنها ۵۶۳۸ متر مربع می‌باشد. رواق‌های ، ، دارالشّرف، دارالشّکر، دارالفیض، توحیدخانه، گنبد الله‌وردی‌خان، دارالضّیافه، دارالسّعاده، گنبد حاتم‌خانی، دارالسّلام، دارالسّرور، دارالعزّه، دارالذّکر، دارالزّهد، شیخ بهاءالدین، دارالعباده، دارالاخلاص، دارالولایه، دارالاجابه، دارالهدایه، دارالرّحمه، دارالحکمه، دارالحجّه، امام خمینی، دارالمرحمه از رواق‌های مجموعهٔ حرم هستند. رواق شیخ طوسی و رواق شیخ حر عاملی، رواق‌های زیربستی حرم در غرب و شرق رواق دارالحجّه، و رواق‌های کوثر، غدیر و دارالکرامه نیز، رواق‌های اقماری صحن جامع رضوی را تشکیل می‌دهند. 
 ایوان بخش مسقف از ساختمان را گویند که جلوی آن باز و درب و پنجره نداشته باشد. برای حرم امام رضا چهار ایوان اصلی در چهار طرف شرق، غرب، شمال و جنوب گزارش شده‌است. ایوان شمالی یا ایوان دارالسیاده ایوانی متصل به اماکن متبرکه، و ابعاد آن ۱۲ در ۱۲٫۷ متر است. در ضلع شمالی این ایوان بالای در ورودی به رواق دارالسیاده، سردری به پنجرهٔ نقرهٔ منبت‌کاری وجود دارد و در وسط آن عبارت «أنا مدینةُ العلم و علیٌ بابُها» دیده می‌شود. ایوان دیگر حرم، ایوان جنوبی است که به ایوان مقصوره معروف است. سردر ایوان دارای طاقی عظیم و کاشی‌کاری شده‌است. ایوان حدود ۵۰۰ مترمربع مساحت دارد و ارتفاع سردر آن ۲۷ متر و ارتفاع آن تا زیر سقف ۲۹ متر است. سقف گنبدی‌شکل ایوان حاوی سورهٔ یس و به خط محمدرضا امامی نوشته شده‌است. در ضلع جنوبی این ایوان محرابی از جنس سنگ مرمر وجود دارد. دو کتیبه یکی بر سنگ مرمر و دیگری بر کاشی معرق، حاشیهٔ محراب را آراسته‌اند. بر فراز ایوان مقصوره گنبد بزرگی به رنگ سبز وجود دارد و در طرفین آن دو گلدسته جای دارد. دور خارجی گنبد ۶۱٫۸۵ متر است. به‌علت خللی که در گنبد ایجاد شده‌بود، در سال ۱۳۴۱ خورشیدی گنبد قدیمی برچیده شد و دوباره با همان شکل و با استفاده از مصالح جدید گنبد فعلی ایجاد شد. تاریخ تجدید بنای آن بالای در ورودی داخل گنبد چنین نگاشته شده‌است: «در زمان تولیت محسن طاهری با سرپرستی آفرنده و همکاری علیرضا مسجدی و محمود قدیریان تجدید شد. ۱۳۴۱ شمسی» دو گلدسته در طرفین ایوان مقصوره قرار دارد که پایه‌های آن برخلاف سایر گلدسته‌ها روی زمین قرار دارد و ارتفاع آن ۴۳ متر است. ایوان شرقی به روان امام خمینی متصل است. در دو ضلع شمالی و جنوبی ایوان شش حجره و در بالای آن چهار غرفه وجود دارد. ایوان غربی قرینهٔ ایوان شرقی است. به ایوان غربی ایوان ساعت نیز گفته می‌شود به این علت که در بالاسر این ایوان، ساعتی قرار دارد که چهار طرف دارد و ساختمان ساعت در زمان ناصرالدین شاه تاسیس شده‌است. نام دیگر ایوان شرقی، ایوان نقاره‌خانه گزارش شده است. 
 در اطراف حرم امام رضا، ۱۰ مدرسه گزارش شده‌است که اکنون چهار مدرسه از آنها باقی مانده‌است. قدیمی‌ترین مدرسه حرم، مدرسه‌ای بوده‌است که در حاشیه غربی بازار زنجیر قرار داشت و در ناحیه بالاسر حرم جای گرفته بود و امروز از آن اثری باقی نمانده‌است. ۲۵۰ متر زیربنای این مدرسه بود که در دو طبقه ساخته شده بود. از میان مدارس معروف حرم می‌توان به مدرسه بالاسر که یکی از مدارس مربوط به دوره غزنویان است اشاره کرد. مؤسس آن به‌طور دقیق مشخص نیست. دو مدرسه دیگر پریزاد و مدرسه دو در، از مدارس دیگر حرم هستند که همزمان با هم ساخته شده‌اند. مدرسه بالاسر صحن کوچکی با چهار ایوان بود و ۲۱ حجره داشت. این مدرسه در دو طبقه، محلی برای سکونت طلاب و مهمانان بود و ورودی آن در حاشیه شرقی بازار زنجیر و نزدیک به صحن کهنه بود. سطح جرزها و لچکی غرفه و ایوان‌های این مدرسه با کاشی هفت رنگ با طرح‌های اسلیمی و ختایی و اسلیمی قطور و کَلوک‌های آجر و کاشی تزیین شده‌بود. این مدرسه به سال ۱۰۹۱ و در زمان حکومت سلیمان صفوی، مورد مرمت و بازسازی قرار گرفت. بعدها در سال ۱۲۰۳ نیز میرزا عبدالجواد — فرزند میرزا مهدی شهید از دانشمندان بزرگ زمان — این مسجد را که مخروبه شده بود مجدد تعمیر کرد و بار سوم در ۱۲۷۱ مورد مرمت قرار گرفت. امروزه از این مدرسه به جهت توسعه حرم، اثری باقی نمانده‌است و این فضا به دارالولایه و کفشکن جدیدالاحداث الحاق شده‌است. 
 مدرسه پریزاد از دیگر مدارس حرم است که واقف آن را پریزاد خانم ندیمه گوهرشاد آغا گزارش کرده‌اند. این مدرسه در جنب مسجد گوهرشاد و در مقابل مدرسه دو در قرار دارد. طلابی که در این مدرسه درس می‌خواندند ۲۰ الی ۳۰ نفر بوده‌اند که هر کدام شهریه مشخص داشتند. این مدرسه به سال ۱۰۹۱ و در زمان شاه سلیمان صفوی بازسازی شد. در سال ۱۳۴۶ نیز اداره اوقاف به بازسازی این مدرسه پرداخت اما در طرح توسعه حرم و پس از تخریب بازار در سال ۱۳۵۴، این مدرسه تخریب شد. در سال ۱۳۶۳، آستان قدس رضوی بازسازی مدرسه را به شکل سابق شروع کرد و در سال ۱۳۶۸ مدرسه بازسازی شد. این مدرسه از مدارس چهارایوانه عهد تیموری است دارای ۲۲ حجره در دو طبقه است. سطح دیوارها و لچکی ایوان‌ها و غرفه‌ها با کاشی معرّق و گچبری‌های نفیس تزیین شده‌است. 
 مناره یا گلدسته از مهم‌ترین بناهای معماری است که جایگاه ویژه‌ای در فرهنگ معماری و آداب اجتماعی ایران دارد، بنابراین پیش از آن‌که مناره‌ها به‌منظور اذان‌گفتن در کنار مساجد ایجاد شود، به‌عنوان برج‌های راهنما و برای هدایت مسافران ایجاد می‌شده‌است. با احتساب دو منارهٔ مسجد گوهرشاد، در مجموع دوازده مناره در بناهای حوزهٔ حرم وجود دارد. در مجموعهٔ قدیمی آستان قدس دو مناره وجود دارد. یکی در جنوب صحن انقلاب و نزدیک به گنبد طلا و دیگری در مقابل و قرینهٔ آن، در شمال صحن انقلاب و بالای ایوان عباسی است. این دو مناره، هر دو با روکش طلا تزیین شده‌اند و ارتفاع‌شان از کف صحن حدود ۴۰٫۵ متر است. منارهٔ کنار گنبد به‌صورت منفرد ساخته شده‌است و سابقهٔ تاریخی بیشتری دارد و به روایتی ساخت آن هم‌زمان با بنای گنبد و در اوایل قرن ششم ه‍.ق به صورت تک‌مناره بوده‌است. شاه طهماسب صفوی در قرن دهم ه‍.ق منارهٔ مذکور را بازسازی و طلاکاری کرد و پس از آن نادرشاه افشار هنگام زراندودکردن ایوان ، طلاکاری مناره را تجدید کرد. دومین مناره روی ایوان عباسی جای دارد که از آثار دورهٔ نادری است. این مناره از نظر آجرچینی و کاشی‌کاری و طلاکاری قرینه و همچون منارهٔ کنار گنبد است. بلندی منارهٔ کنار گنبد از سطح صحن انقلاب تا انتهای آن ۴۰٫۵ متر و محیط آن ۱۳ متر است. زیر مناره کتیبه‌ای به خط ثلث برجسته وجود دارد که صلوات بر پیامبر و امامان بر آن به‌دست بهاءالدین محمد الخادم در سال ۱۱۴۲ ه‍.ق نوشته شده‌است. 
 نقاره‌خانه از بخش‌های دیگر حرم امام رضاست. هر مرتبه از نقاره‌خوانی را «نوبت» گویند و رسم سلطان چنین بوده‌است که در اوقاتی از شب و روز که عیش و عشرت پیش می‌آمد، دستور نقاره نوازی داده می‌شد. این رسم در ایران شهرت داشت اما امروزه جز در حرم امام رضا، منسوخ شده‌است. رسم نقاره زنی در حرم امام رضا، یک امر محترم شمرده می‌شود. در ایام کنونی، در دو نوبت طلوع و غروب خورشید به مدت ۲۰ دقیقه نواخته می‌شود. در برخی روزهای خاص همچون روز سلام خاص، به مدت نیم ساعت نقاره زده می‌شود. وجود نقاره‌خانه در حرم امام رضا، به نوعی بیان شکوه و جلال بارگاه اوست و از همین رو به نقاره‌زنان حرم، «عملجات شکوه» گفته می‌شد و امروزه به آنان «نقاره‌چی» گفته می‌شود و به صورت مورثی به پسر نقاره‌چی قبلی با شرط صلاحیت اعطا می‌شود. نقاره‌خانه حرم در بخش شرقی صحن عتیق قرار دارد. از دیگر مراسم‌هایی که نقاره نوازی صورت می‌گرفت یا می‌گیرد، وقوع یکی کرامت در حرم، مناسبت‌های خاص همچون میلاد امامان و لحظه تحویل سال شمسی است. قدیمی‌ترین سند دربارهٔ تاریخچه نقاره‌نوازی در مشهد، مربوط به گزارش در کتاب است. از زمان دقیق نقاره‌نوازی در حرم امام رضا اطلاعاتی در دست نیست و قدیمی‌ترین سند نیز، همان گزارش در کتاب مهمان‌نامه بخارا می‌باشد که در آن از رونق این رسم در آن زمان یاد شده‌است. این گزارش مربوط به قرن نهم هجری قمری است. در این گزارش از وجود یک نقاره‌خانه نیز گزارش شده‌است. گزارش بعدی دربارهٔ نقاره‌خانه مربوط به عصر صفوی است که از وجود نظامی برای اداره نقاره‌خانه یاد شده‌است. در عهد قاجار به نقاره‌خانه، کرناخانه گفته می‌شد. امروزه در هنگام شفای بیماران در حرم نیز نقاره نواخته می‌شود. 
 
برای حرم امام رضا دو سقاخانه گزارش شده‌است. یکی از آنها که ساقاخانه اسماعیل طلایی شهرت دارد؛ در وسط صحن انقلاب قرار گرفته‌است و پیش از آن به سقاخانه نادری مشهور بود. همچنین در مقابل ایوان طلای صحن جمهوری اسلامی نیز سقاخانه دیگری وجود دارد که با نمایی چون بیت‌المقدس طراحی و ساخته شده‌است. ابعاد این سقاخانه یک‌هشتم ابعاد حقیقی ساختمان قبة الصخره در بیت‌المقدس است. بنای سقاخانه نادری در سال ۱۳۴۷ ه.ش تجدید بنا شده‌است و سابقا به حوض اسماعیل‌طلایی شهرت داشت. از نام آن چنین برداشت می‌شود که سابقا حوض در این ناحیه قرار داشته که پس از لوله‌کشی آب، مبدل به شکل ظاهر آن شده‌است. حرم امام رضا تا سال ۱۳۹۰ دارای ۹ صحن می‌باشد. هر صحن، شامل یک فضای باز و محصور است که رواق‌ها و ایوان‌هایی در پیرامون آن وجود دارد. مساحت مجموع صحن‌های حرم، ۲۲۵٬۲۲۳ مترمربع است. صحن‌های و ، دو صحن تاریخی مجموعهٔ حرم را تشکیل می‌دهند. صحن‌های ، ، ، ، و و بعثت در طرح توسعهٔ حریم رضوی در دوره جمهوری اسلامی بنا شدند. بزرگ‌ترین صحن، صحن پیامبر اعظم به مساحت ۶۰٬۱۸۸ مترمربع است که در جنوب حرم قرار دارد. بر گرداگرد صحن‌ها نیز حجره‌های متعددی ساخته شده‌است که در دو طبقه هستند. 
 فضای بعد از صحن‌ها که به خیابان‌های بیرونی حرم منتهی می‌شوند بست نامیده می‌شود. این بست‌ها حریمی برای حفظ و حراست ابنیه آستان قدس هستند. زائران برای ورود به حرم، باید از بست‌ها عبور کنند. برای حرم امام رضا، تا سال ۱۳۹۰ ه.ش، چهار بست در چهار جهت اصلی گزارش شده‌است که به نام علمای شیعه نام‌گذاری شده‌اند. بست شیخ طوسی که با نام‌های بست علیا و بست بالاخیابان نیز شناخته می‌شود و دارای ۸۶ متر طول و ۳۰ متر عرض است. این بست از سمت شرق به صحن انقلاب و از سمت غرب به خیابان شیرازی منتهی می‌شود. بست دیگر بست شیخ حر عاملی است که بست سفلی و بست پایین خیابان نیز نام دارد. این بست دارای ۱۱۵ متر طول و ۲۹ متر عرض است و در شرق صحن انقلاب واقع شده‌است و رابط بین صحن انقلاب و خیابان نواب صفوی است. بست شیخ طبرسی دیگر بست حرم است که ۸۶.۵۰ متر طول و ۲۴ متر عرض دارد. این بست از شمال به صحن انقلاب و از جنوب به خیابان طبرسی منتهی می‌شود. بست شیخ بهایی آخرین بست حرم است که ۳۱.۷۵ طول و ۱۲۹ متر عرض آن است. شمال آن به حرم و جنوب آن به خیابان فلکه منتهی می‌شود. دو بست دیگر با نام‌های خسروی که به سمت خیابان خسروی مشهد باز می‌شود و بست امام رضا که به سمت خیابان امام رضا باز می‌شود؛ برای حرم گزارش شده‌است. 
 از جمله بناهای پیرامون حرم امام رضا، مقبره‌های شخصیت‌های متعددی است که در حرم دفن شده‌اند. از جمله مقبره‌های مشهور حرم امام رضا، مقبره پیرپالان دوز است که در قسمت شمال شرقی مجموعه حرم قرار دارد و شامل بنایی چهارگوش که گنبدی بر فراز آن است می‌باشد. این مقبره مربوط به دوران صفوی بوده‌است و احتمال داده شده‌است که در سال ۹۸۵ ه.ق ساخته شده باشد. در این مقبره محمد عارف عباسی از عرفای سلسله ذهبیه دفن شده‌است که به پیر پالان‌دوز مشهور است و از این رو به این مقبره، مقبره پیرپالان دوز گفته می‌شود. از دیگر مقبره‌های مشهور حرم امام رضا می‌توان به مقبره شیخ حر عاملی، مقبره شیخ بهایی، مقبره حسنعلی نخودکی و مقبره شیخ طبرسی اشاره کرد. از مدفونین مشهور در حرم امام رضا نیز می‌توان به حسنعلی مروارید، محمدتقی جعفری، حبیب‌الله گلپایگانی و علی فلسفی اشاره کرد. 
 در دوره پس از انقلاب اسلامی، در زیرگذر پیرامون حرم امام رضا، چهار پارکینگ طراحی و اجرا شد که با مساحتی بالغ بر ۱۱۲ هزار متر مربع، گنجایش ۲۷۸۱ خودرو را داراست. پارکینگ شماره یک این مجموعه با مساحت ۵۵۸۱۰ مترمربع در زیر و غرب واقع شده‌است. برای این پارکینگ چند دسترسی اضطراری با زیرگذر از طرف شرق حرم طراحی شده‌است. پارکینگ شماره یک در سال ۱۳۷۷ طراحی و اجرا شد و تا سال ۱۳۸۱ به بهره‌برداری رسید. پارکینگ شماره دو که در زیر و قسمتی از ضلع شرقی صحن جامع قرار دارد، بالغ بر ۲۷ هزار مترمربع مساحت دارد. این پارکینگ نیز همزمان با پارکینگ شماره یک شروع به ساخت شد و همزمان با آن مورده بهره‌برداری رسید. پارکینگ شماره سه حرم، مساحتی بالغ بر ۲۰ هزار متر مربع دارد و در زیر صحن هدایت واقع شده‌است. پارکینگ شماره چهار نیز در جنب سردر شیرازی قرار گرفته‌است و مساحت آن ۹۴۸۵ متر مربع گزارش شده‌است. این پارکینگ همزمان با پارکینگ شماره سه در سال ۱۳۸۷ طراحی و اجرا شد و در سال ۱۳۸۱ همزمان با باقی پارکینگ‌ها، به بهره‌برداری رسید. 
 مقالهٔ اصلی: تشکیلات آستان قدس رضوی و تولیت، که به اداره حرم موظف بوده‌اند، تاریخچه مشخصی پیش از دوره صفویه و شاه طهماسب اول ندارد. در منابع تنها به داشتن خادمانی برای حرم اشاره شده‌است. پس از آن در دوره صفویه با نصب نائب التولیه‌ها، امور حرم نظرم گرفت و پس از آن تا دوره معاصر این کار به‌طور منظم شکل می‌گرفت. اولین آئین‌نامه برای اداره آستان قدس، در سال ۱۳۰۵ ه‍.ش تدوین شد که تا سال ۱۳۲۸ ه‍.ش اجرا می‌شد. در این سال آئین‌نامه جدیدی با ۹ فصل و ۷۶ ماده تدوین شد و در سال ۱۳۴۰ دو ماده دیگر به آن مواد افزوده شد. در سال ۱۳۵۴ ه‍.ش نیز کارکنان آستانه، مشمول طرح‌بندی مشاغل شدند و یک آئین‌نامه اداری و مالی جدید برای آستان وضع شد. پس از به روی کار آمدن جمهوری اسلامی، اداره حرم با تغییرات گسترده‌ای همراه بود. در سال ۱۳۷۶ ه‍. ش، معاونتهای اماکن متبرکه و تشریفات، پشتیبانی و امر برنامه‌ریزی، اراضی و املاک، و فنی و عمرانی موقوفات، با زیرشاخه‌های متعدد خود، برای نظارت بر فعالیت‌های آستان قدس در نظر گرفته شد و سازمان اقتصادی آستان قدس رضوی با ۴ گروه کشاورزی، صنعت و معدن، منطقهٔ آزاد و خدمات زیربنایی سرخس، و خدمات و عمران و زیرگروه‌های متعددش، برای هماهنگی در شرکت‌های اقتصادی زیر نظر این مرکز، تأسیس شد. در این میان شانزده مؤسسهٔ فرهنگی و اجتماعی نیز امور فرهنگی و اجتماعی آستان قدس را سرپرستی می‌کنند. در سال ۱۳۶۳ ه‍.ش بنیاد پژوهش‌های اسلامی که وابسته به آستان قدس بود، تأسیس شد. هدف از تشکیل این بنیاد، نشر و ترویج فرهنگ اسلامی و ارائه خدمات فرهنگی بود. از سازمان‌های فرهنگی و علمی زیر نظر آستان قدس است که به سال ۱۳۶۳ ه‍.ش تأسیس شد. این دانشگاه در کنار بست طبرسی قرار دارد و در سال ۱۳۸۵ ه‍.ش بیش از ۷۰۰ دانشجو داشته‌است. این دانشگاه در سه سطح کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری دانشجو می‌پذیرد. دوره‌های کارشناسی شامل رشته‌های علوم قرآنی و حدیث، فلسفه و کلام اسلامی، ادبیات عرب، ادبیات فارسی، تاریخ اسلام، تاریخ فرهنگ و تمدن ملل اسلامی، حقوق و علوم حدیث است. در دورهٔ کارشناسی ارشد رشته‌های حقوق خصوصی، حقوق بین‌الملل، حقوق جزا و جرم‌شناسی و حقوق اسلامی نیز تدریس می‌شود. مجتمع‌های تجاری و مراکز صنعتی متعددی نیز از جمله موقوفات حرم به‌شمار می‌آیند که توسط آستان قدس اداره می‌شوند. 
 مقالهٔ اصلی: کتابخانه حرم امام رضا که با نام رسمی کتابخانه مرکزی آستان قدس رضوی فعال است، یکی از کهن‌ترین کتابخانه‌های جهان اسلام است که در شهر مشهد و محل حرم دایر است. این کتابخانه از جهت اهمیت، جایگاه ویژه‌ای دارد و از معتبرترین کتابخانه‌های علوم اسلامی است. در منابع تاریخی از این کتابخانه با نامهایی چون قرآن‌خانهٔ حضرت، کتابخانهٔ مبارکهٔ آستانهٔ مقدسه، کتابخانهٔ سرکار فیض آثار، کتابخانهٔ مشهد رضا، کتابخانهٔ مقدسهٔ روضهٔ مرضیهٔ رضویه و کتابخانهٔ مبارکهٔ رضویه یاد کرده‌اند. برای تأسیس این کتابخانه تاریخ دقیقی گزارش نشده‌است، اما قرائن تاریخی و برخی وقف‌نامه‌ها تاریخ تأسیس این کتابخانه را به پیش از ۳۶۳ ه‍.ق می‌رساند. از سال ۱۱۵۰ ه‍.ق به بعد، برای این کتابخانه، مکانی ویژه در نظر گرفته شده‌است. در سال ۱۳۰۰ ه‍.ش به بعد و همزمان با نیابت تولیت محمد ولی خان اسدی، کتابخانه توسعه بیشتری یافت و از قرائت خانه جدا شد. در سال ۱۳۳۰ ه‍.ش در ضلع شمال شرقی صحن امام خمینی، کتابخانه‌ای طراحی و ساخته شد و از سال ۱۳۳۴ وسائل جدیدی برای این کتابخانه تهیه شد. در سال ۱۳۵۶ این کتابخانه به طبقه دوم موزه آستان قدس منتقل شد. در سال ۱۳۶۰ ه‍.ش کتابخانه‌ای مستقل و وسیع در ۳۰ هزار متر مربع، طراحی و ساخته شد که بهره‌برداری از آن تا سال ۱۳۷۴ به تعویق افتاد. از همان سال نیز سازمانی باعنوان سازمان کتابخانه‌ها، موزه‌ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی تأسیس شد. تا سال ۱۳۸۳ ه‍.ش ۴۷ کتابخانه در مشهد، دیگر شهرهای ایران و هند از جمله کتابخانه لکهنو هند، کتابخانه و موزه ملک تهران و کتابخانه وزیری در یزد، از زیر مجموعه‌های این سازمان به حساب می‌آمدند. مجموع کتابهای کتابخانه مرکزی، حدود یک میلیون نسخه تخمین زده می‌شود که بیش از ۲۴۲ هزار نسخه خطی در آن گزارش شده‌است. ۹۴ هزار نسخه خطی قرآن از جمله این آثار خطی است. علاوه بر کتاب، ۴ میلیون برگ سند و ۶۱ هزار حلقه میکروفیلم در این کتابخانه نگاهداری می‌شوند. از این کتابخانه با نام‌های قرآن‌خانه، کتابخانه مبارکه آستان مقدسه، کتابخانه سرکار فیض آثار، کتابخانه مشهد رضا، کتابخانه مقدسه روضه مرضیه رضویه و کتابخانه مبارکه رضویه نیز یاد شده‌است. 
 کتابخانه مسجد گوهرشاد که با نام کتابخانه گوهرشاد نیز شناخته می‌شود، از کتابخانه‌های حرم است که در سمت چپ صحن جامع رضوی و در مقابل بنا شده‌است. معماری بنای این کتابخانه بر طبق معماری در ساخته شده‌است. این کتابخانه در سال ۱۳۳۲ خورشیدی توسط واقف آن سید سعید طباطبایی نایینی ساخته شد و تعداد ۵ هزار جلد کتاب چاپی و خطی به آن اهدا شد. به تاریخ ۱۳۵۱ خورشیدی تعداد کتاب‌های کتابخانه ۸۲۰۰ جلد توصیف شده‌است. در سال ۱۳۶۸ با تلاش آستان قدس رضوی، ساختمان فعلی کتابخانه با مساحت ۱۲۰۰ مترمربع در بست شیخ بهایی حرم احداث شد. در این کتابخانه در سال ۱۳۹۴ خورشیدی، ۶۵ هزار نسخه کتاب فارسی، عربی و لاتین وجود دارد و ظرفیت آن ۲۰۰ نفر است. 
 مقالهٔ اصلی: موزه آستان قدس رضوی، یکی از بزرگترین مجموعه‌های تاریخی و ارزشمند ایران و منطقه خاورمیانه است که اشیاء با ارزشی را در خود نگهداری می‌کند. پیش از تاسیس موزه، این اشیاء گرانبها در خزانه حرم امام رضا نگهداری می‌شد. رضاشاه به سال ۱۳۱۶ خورشیدی دستور ساخت ساختمانی برای موزه در حرم امام رضا را صادر کرد تا اشیاء خزانه در آنجا نگهداری شود. اولین موزه آستان قدس به سال ۱۳۲۴ خورشیدی توسط شاه افتتاح شد. در این موزه از آثار ارزشمندی چون قالی‌های قدیمی، پرده و پوشش‌های زربافت، قندیل‌های تاریخی و طلاکوب، قرآن‌های خطی و کتیبه‌های طلا مربوط به دوران صفوی و همینطور اشیاء اهدایی از جانب سلاطین مختلف نگهداری می‌شود. موزه‌های مختلف آستان قدس، دارای یک کتابخانه تخصصی در زمینه آثار باستانی و موزه‌داری، مرمت و... می‌باشد. از سال ۱۳۸۲ خورشیدی به بعد، سه زیرمجموعه برای اداره موزه‌های آستان قدس در راستای پژوهش، معرفی آثار، اداره و حفاظت و همچنین مرمت ایجاد شد و متخصصین زیادی به این مجموعه اضافه شدند. 
 با توجه به متون تاریخی، در کنار حرم امام رضا، شفاخانه یا دارالشفایی گزارش شده‌است که مردمان مستضعف برای امور درمانی خود، به آنجا مراجعه می‌کردند. قدیمی‌ترین گزارش در خصوص حضور طبیب و حکیم در حرم امام رضا و شفاخانه حرم، مربوط به دوره صفوی است. در میان اسناد وقفنامه‌های مربوط به حرم؛ سندی مربوط به سال ۹۳۱ ه.ق موجود است که طی آن عتیق‌علی بن احمد بن ملک اسماعیل طوسی املاکی را وقف حرم نمود و درآمد آن را برای درمان بیماران فقیر قرار داد. در حال حاضر، شفاخانه حرم، ۵۰۰ هزار بیمار را به صورت سالانه ویزیت می‌نماید و داروخانه این مرکز، بزرگترین داروخانه شهر مشهد است. علاوه بر این موارد، چند بیمارستان و مرکز درمانی در خارج از مشهد همچون بیمارستان امام رضا در سیرجان، مرکز توانبخشی رضویه در رفسنجان و بیمارستان مرتضوی در جهان‌آباد نوق را یاد کرد. 
 مهمانسرای امام رضا که سابقا با نام‌های کارخانه‌ی زواری، مهمان‌خانه‌زواری و آشپزخانه‌ی حضرتی نیز از آن یاد می‌شد، از اماکن رفاهی در حرم امام رضاست. در این مکان برا زائران غذا تهیه می‌شد و به صورت رایگان در اختیار آنان قرار می‌گرفت. در گذشته کارخانه خادمی با کارخانه زواری جدا بودند و خادمان و زائران در دو محل جدا غذایشان طبخ می‌شد. محل طبخ غذای خدمه در دوران قاجار، صحن نو و در ایوان جنوبی آن مجاور تیمچه حکاک‌ها قرار داشت. در همین دوره مهمان‌سرای مخصوص زائران نیز در حاشیه‌ی جنوبی بست بالاخیابان قرار داشت. در دوره تولیت اسدی، هر دو مهمانخانه خدام و زواری در بست بالاخیابان ادغام شدند و در سال ۱۳۲۳ خورشیدی، مهمان‌خانه تازه‌ای به نام مهمانخانه توس — که اولین هتل در مشهد بود — تاسیس شد و در مجاور آن ساختمان مهمان‌خانه حضرتی توسعه داده شد. با گسترش زائران و عدم کفاف مکان از پذیرایی مهمان‌ها، در دوران تولیت ولیان،‌ مهمان‌سرای فعلی در بست پایین خیابان مقابل صحن نو ساخته شد. سابقه پذیرایی از زائران در حرم امام رضا مربوط به قرن نهم است. ساختمان فعلی مهمانسرا در ضلع شمالی بست شیخ حر عاملی واقع شده‌است و در چهار طبقه شامل آشپزخانه، سالن پذیرایی و سالن پذیرایی خاص به همراه بخش اداری قرار دارد. این مهمانسرا در سال ۱۳۸۹ در زیربنایی بالغ بر صدهزار مترمربع تجدید بنا شد. 
 مقالهٔ اصلی: در دورهٔ سامانیان، حرم دارای خادم و مباشر بود و خدام آن، درِ مزار امام را شب‌ها بسته و روز می‌گشودند. شاید بتوان حسین‌بن علی بن صاعد بربری را به نوعی نخستین سرپرست مرقد علی‌بن موسی الرضا در حدود قرن سوم هجری دانست. اما سرپرستی و ادارهٔ امور حرم را تا پیش از دورهٔ صفوی، نقبای سادات برعهده داشتند. آنها از میان علویان و نقیبان ناحیه طوس انتخاب می‌شدند و علاوه بر منصب نقابت، منصب کلیدداری حرم را نیز برعهده داشتند. از متون تاریخی چنین برمی‌آید که منصب نقابت، ابتدا در اختیار علویان بوده و سپس از قرن پنجم و ششم به بعد، سادات موسوی نقابت و اداره حرم را به دست گرفته‌اند. بعد از ورود سادات رضوی در قرن نهم، نقابت به‌طور مشترک بین این دو سلسله سادات تقسیم شد و تا زمان صفویه که سادات رضوی از نظر قدرت و ثروت بر سادات موسوی پیشی گرفتند، ادامه داشت. بعد از تأسیس مسجد گوهرشاد توسط و وقف املاکی بر آن، حرم رضوی به علت برخوردار شدن مسجد از تمکن مالی و تشکیلات اداری زیر مجموعه آن شد. گرچه بخش مهمی از موقوفات آستان قدس مانند فرهادگرد، زرگران و الندشت، قبل از دوران صفویه وقف شد و برای اداره آنها سیستم اجرایی مشخصی وجود داشت، اما سرپرستی حرم به دلیل عدم تمکن مالی و وجود تشکیلات اداری، چندان مورد توجه شاهان و سلاطین نبود و بیشتر جنبه معنوی داشت، در این میان این بزرگان سادات بودند که در هر دوره به علت برخورداری از موقعیت اجتماعی و مذهبی، این مقام را در اختیار می‌گرفتند، اما مقام تولیت آستانه و درمجموع نظم سازمانی آستان قدس رضوی از دوره صفویه بوجود آمده‌است. همزمان با به قدرت رسیدن صفویان و رسمی شدن تشیع، مشهد از اهمیت ویژه‌ای برخوردار شد و خصوصاً با رواج سنت وقف در این دوره، زمین‌های زیادی وقف علی بن موسی الرضا شد که برای اداره این املاک منصبی به نام تولیت به وجود آمد. 
 این آرامگاه با توجه به موقوفات بسیار آن، در ابتدا از جانب سادات رضوی و موسوی که اصطلاحاً « » شناخته می‌شدند، اداره می‌شد. در دوران پادشاهی صفویه، دو منصب از جانب شاه به فقها محول می‌شد. یکی از این مناصب، نیابت شاهنشاه در امور بود. این منصب برای انجام امور مربوط به دو آرامگاه علی بن موسی الرضا و به عالمان دینی سپرده می‌شد. این منصب در دوره صفوی با عنوان «متولی سر کار فیض آثار روضه منوره» و در عصر قاجار با عنوان «متولی باشی» یا «نائب‌التولیه» تعبیر می‌شد. از دوره صفویه، این سِمَت به عنوان یکی از اختیارات درآمد و هر شاه، نائبی را برای آستان قدس معین می‌کرد. این رویه تا دوران حکومت پهلوی‌ها بر ایران، پابرجا ماند. پس از انقلاب سال ۱۳۵۷ ایران، عبدالعظیم ولیان به جهت اقناع افکار عمومی بازداشت شد و سید مهدی سراجی، جای وی را گرفت. در تاریخ ۲۵ بهمن ۱۳۵۷، اولین تولیت آستان قدس رضوی در دوره انقلاب با حکم سید روح‌الله خمینی منصوب شد. 
 شاه اسماعیل اول، سرسلسلهٔ دودمان صفوی پس از تصرف مشهد در سال ۹۱۶ه‍.ق درحالیکه غیاث‌الدین محمدصدر رضوی از دورهٔ تیموریان هنوز متولی حرم بود، ادارهٔ حرم را به یکی از منشیان برجستهٔ خود به نام خواجه‌عتیق‌علی منشی سپرد و آخرین متولی دورهٔ صفویه محمدرضا رضوی بود. اولین نائب‌التولیه دوره افشار، محمدرضا رضوی بود که پیشتر اشاره شد وی به عنوان آخرین متولی دورهٔ صفویه نیز بود و ابوطالب حسینی اصفهانی به عنوان آخرین نائب‌التولیه این دوره در تاریخ ثبت شده‌است. در اوایل دورهٔ قاجار، آقامحمدخان قاجار، فتحعلی‌بیگ کتول را در سال ۱۲۱۰ه‍.ق به سرپرستی آستان قدس منصوب کرد اما پس از کشته شدن وی، به سبب ضعف حکومت مرکزی، نادر میرزا فرزند شاهرخ افشار مشهد را گرفت و ظاهراً حرم متولی نداشت و ادارهٔ آن را بزرگان آستان قدس برعهده داشتند. پس از آنکه در سال ۱۲۱۸ه‍.ق مشهد به دست محمد میرزای قاجار افتاد، در اسناد به تولیت میرزامحمدعلی حسینی اشاره شده‌است و از مرتضی قلی‌خان طباطبایی نایینی به عنوان آخرین شخص در این عنوان در دورهٔ قاجار اشاره شده‌است. در عهد پهلوی فصل جدیدی در تاریخ آستان قدس گشوده شد و به دستور رضاشاه عنوان متولی‌باشی به نیابت تولیت تغییر یافت و محمدولی خان اسدی به عنوان نخستین نائب‌التولیه عصر پهلوی برگزیده شد و محمدصادق امیر عزیزی به عنوان آخرین نائب‌التولیه قبل از انقلاب در تاریخ ثبت شده‌است. پس از پیروزی انقلاب در سال ۱۳۵۷ه‍.ش روح‌الله خمینی نخست سرپرستی آستان را به واعظ طبسی واگذار کرد و پس از دو سال وی را به عنوان تولیت منصوب کرد و در حال حاضر احمد مروی تولیت آستان را برعهده دارد. 
 متولیان قبل از انقلاب وظایفی را برعهده داشتند. متولی واجبی که توسط شاه طهماسب ایجاد شده بود می‌بایست برطبق شرط‌های واقفان رفتار می‌کرد یعنی سرپرستی زمین‌های مطلقه یعنی موقوفات دیگران را برعهده داشت و متولی سنتی اختیار کامل دخالت در امور موقوفه را داشت؛ یعنی نظارت بر زمین‌های خاصه یعنی موقوفات خود شاه بر حرم را برعهده داشت. در دورهٔ قاجار، مجموعه متولی‌باشی-نایب‌التولیه و ناظرکل، تشکیلات داخلی آستانه و امور مربوط به موقوفات را بر عهده داشتند؛ به طوری که تمامی کارها با اطلاع آنها انجام می‌گرفت. برخی از وظایف متولیان در این دوره حضور در مراسم آیینی (اعیاد و سوگواری‌ها)، غبارروبی و تنظیف حرم، برپایی جشن و اطعام در ایام ولادت و تشویق ثروتمندان برای وقف موقوفه به آستانه، تعیین قاریان قرآن برای قرائت در صحن‌های حرم، رتق و فتق امور مربوط به مکتب‌خانه‌ها و مدارس و مواجب معلمین آنها به صورت نقدی و غیرنقدی، گسترش فرهنگ زیارت، نظارت بر آشپزخانه حرم، پرداخت کمکهای خیریه به کارمندان آستان، نظارت بر کمک‌های آستانه به زائرین در ماه‌های خاص، نظارت بر صورت مخارج تهیه لباس و کفش برای اطفال مکتب‌خانه بود. در دورهٔ فعلی تأکید برروی خدمت به زائرین به وبژه ضعفا، خدمت به مجاورین به ویژه مستضعفان، بهره‌گیری از ظرفیت فرهنگی آستان، نگهداری و نگهبانی از مجموعهٔ فضاها و بناهای آستان، حفاظت از موقوفات، سامان بخشیدن به بنگاه‌های اقتصادی و خدماتی آستان می‌باشد. 
 
خادمان حرم امام رضا به افرادی اطلاق می‌شود که به امور حرم رسیدگی می‌کنند. این افراد غالبا به صورت افتخاری به این کار مشغول هستند. تعداد آنها تا سال ۱۳۹۱ خورشیدی نزدیک به ۸۰۰۰ نفر عنوان شده‌است که نیمی از آنان افتخاری هستند. خادمان افتخاری از میان اقشار مختلفی به این امر مشغول هستند. وظایفی که خادمان در حرم امام رضا برعهده دارند عبارتند از: غبارروبی، شست و شو و تطهیر، اجرای مراسم گل‌آرایی، باز و بسته کردن درب‌ها، برگزاری برخی مراسمات ویژه و...؛ به خادمانی که وظیفه نظافت و فرش کردن صحن‌ها را عهده‌دار هستند، فراش نیز گفته می‌شود. به خادمان افتخاری، خادمان تشرفی نیز گفته می‌شود. در گذشته به سرپرست خادمان، خادم‌باشی گفته می‌شد که بعدها به سرکشیک و ناظم‌کشیک تغییر نام یافت. موقوفات حرم امام رضا و آستان قدس رضوی، گستره وسیعی از املاک و مستغلات را شامل می‌شود. آنچه از این موقوفات باقی مانده‌است، مربوط به پس از دوران صفویان است. همه املاک که وقف این آستان بوده‌اند و از میان رفته یا تصاحب شده‌اند، مشخص هستند. عادلشاه افشار یک صورت از موقوفات حرم را تهیه کرده‌است که در طومار علی‌شاه تنظیم شده‌است و اکنون در کتابخانه حرم محفوظ است. عضدالملک نیز که تولیت آستان در عصر قاجار را عهده‌دار بود، فهرستی از املاک و مستغلات موقوفه حرم را تنظیم کرد که به امضاء هیئت امنای آستان نیز رسید. این املاک به مرور زمان سند مالکیت به اسم آستان قدس دریافت کرده‌اند. این املاک شامل املاک کشاورزی، بازار، سرا، زمین، کارخانه، بیمارستان، حمام، باغ، کاریز، دکان و منزل است و بخش اصلی آنها در مشهد و شهرهای استان خراسان و برخی دیگر در سراسر ایران و بعضاً خارج از ایران نیز قرار دارند. قدیمی‌ترین موقوفه حرم بر اساس اسناد باقی‌مانده در آستان قدس رضوی، ۲۱ رقبه از جمله چند روستاست که بر اساس یک سند وقف‌نامه تنظیم شده به تاریخ ۹۳۱ ه.ق وقف آستان قدس شده‌است. این موقوفه امروزه به یک دامداری بزرگ مبدل شده‌است و تحت اداره آستان قدس است. علاوه بر املاک، کتاب‌ها نیز از موقوفات حرم بودند که موجب تاسیس کتابخانه حرم شدند. 
 یکی از موقوفات حرم، منبری است ساخته شده از چوب گردو و گلابی که به شیوه منبت کاری اثر دست محمد نجار خراسانی است. این منبر در روزگاران سلطنت فتحعلی شاه قاجار ساخته شده‌است و سازنده آن نیت کرده‌است تا پس از ظهور حجت بن الحسن، او بر این منبر سخنرانی کند. از همین جهت نام این منبر در بین عموم به منبر صاحب الزمان مشهور شده‌است. ارتفاع این منبر از زمین ۷٫۵ متر، و دارای ۱۴ پله است و در زاویهٔ جنوبی ایوان مقصوره در نزدیکی محراب قرار دارد. 
 همچنین ببینید: و حرم علی بن موسی الرضا طی چند سدهٔ اخیر در اثر ۴ حادثه دچار تخریب‌های جزئی و کلی شده‌است.
 
 
 
 
 در میان مردم ایران زیارت قبور بزرگان دین اهمیت خاصی دارد. زیارات امامان شیعه برای ایرانیان اهمیت ویژه‌ای دارد و از آن در فرهنگ عامی، به پابوسی امام نائل شدن گفته می‌شود. این عمل نزد ایرانیان از اعمال پر ثواب محسوب می‌شود که زیارت حرم امام رضا از جمله آن اعمال است. حیمز موریه گزارش می‌کند که هدف زائران علی بن موسی الرضا، نجات از دوزخ و وصول به بهشت است. جیمز بست در سفرنامه خود گزارش می‌کند که حتی گیاهان روییده در اطراف حرم برای زائران مقدس بوده‌است و مردم از آنها به عنوان تعویذ و شفادهنده استفاده می‌کردند. او همچنین حرم امام رضا را مشهورترین و مقدس‌ترین مکان در ایران توصیف می‌کند و گزارش می‌کند که مردمان برای گرفتن حاجت و شفا، مناسک‌های مختلفی چون بوسیدن ضریح و چرخاندن جسد میت در چهارگوشه حرم را انجام می‌دهند. 
 در اشعار بسیاری از مزار علی بن موسی الرضا یاد شده‌است و شاعران بسیاری به زیارت او ترغیب کرده‌اند. ابن باویه در این خصوص دو قصیده از صاحب بن عباد نقل می‌کند که زائران سرزمین طوس را مخاطب خویش قرار داده‌است. مجدود بن آدم سنایی و خاقانی شروانی از شاعران مشهور قرن ششم هستند که مزار علی بن موسی الرضا زیارت کرده و در مورد آن اشعاری سروده‌اند. 
 در حرم امام رضا تعداد ۱۳۵ کتیبه با احادیث مختلفی از معصومین نقش خورده و مضمون اغلب‌شان ارشاد و نصیحت و پند و اندرز است. این احادیث از سقف تا طاقی‌ها را گرفته، برای همه کس قابل قرائت و استفاده نیست و در حال حاضر جنبه تزئینی و تشریفاتی دارند. در سدهٔ ششم ه‍.ق گنبدخانهٔ حرم با کاشی‌های ممتاز زرین‌فام که به معروف است مزین شد که این کاشی‌ها تاکنون در حرم موجودند. همچنین زیر مناره کتیبه‌ای به خط ثلث برجسته وجود دارد که صلوات بر پیامبر و معصومین بر آن به‌دست بهاءالدین محمد الخادم در سال ۱۱۴۲ ه‍.ق نوشته شده‌است. در کتیبهٔ گلدستهٔ بالای ایوان عباسی معروف به گلدستهٔ نادری نیز، صلوات بر امامان بر خشت‌های زراندود و به خط ثلث نوشته شده‌است. آینه‌کاری‌ها، کتیبه‌کاری، کاشی‌کاری‌ها، مقرنس‌کاری، آجرکاری، گچ‌بری و معرق‌کاری‌های حرم، از آثار هنری است که در بخش‌های مختلف حرم وجود دارد. 
 
 
 حرم رضوی یکی از بزرگترین اماکن مذهبی جهان را شکل می‌دهد، به‌گونه‌ای که مساحت آن یک میلیون مترمربع و ظرفیت آن ۷۰۰ هزار نفر گزارش شده‌است. وسعت حرم از ۱۲ هزار مترمربع در گذشته به مساحت کنونی رسیده‌است. 
 تعداد کارکنان شاغل و اعضایی که به صورت افتخاری برای این آستان کار می‌کنند را نزدیک به ۲۰ هزار نفر عنوان کرده‌اند.
{"title": "حرم امام رضا", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%AD%D8%B1%D9%85_%D8%A7%D9%85%D8%A7%D9%85_%D8%B1%D8%B6%D8%A7&oldid=35128397", "language": "fa"}