به دو دوره اطلاق می‌شود که مشتمل بر دولت‌های و می‌باشد که آغاز فعالیت آن ۱۷ مهر ۱۳۶۰ و پایان فعالیت ۲۵ مرداد ۱۳۶۸ می‌باشد. البته پس از ترور ، رئیس‌جمهور، به ریاست سرکار بود و از ۷ آبان ۱۳۶۰، رسماً میرحسین موسوی به نخست‌وزیری ایران دست یافت. در این دوران که با بخش عمدهٔ جنگ هم‌زمان بود و جناح چپ جمهوری اسلامی قدرتمند بود، او از چهره‌های نسبتاً معتدل به‌شمار می‌رفت. این دوران با نخست‌وزیری و ریاست میر حسین موسوی بر دستگاه اجرایی کشور به مدت هشت سال بوده‌است؛ و آخرین سال آن هم‌زمان با و رئیس‌جمهور وقت همراه شد.
 به گفته علی اکبر ولایتی، سید علی خامنه‌ای ریاست‌جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست‌جمهوری دارای ساختار مناسبی نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس‌جمهور هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدیدمی‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست‌جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت. خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاش‌های خود را معطوف ساختار سازی برای دفتر رئیس‌جمهور و نهاد ریاست‌جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس‌جمهور که کاستی آن به‌ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس‌جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. 
 پس از ، دومین رئیس‌جمهور جمهوری اسلامی ایران، شورای مرکزی و نیز به اتفاق آرا و به‌رغم مخالفت سیدعلی خامنه‌ای، او را به عنوان نامزد ریاست‌جمهوری انتخاب کردند و سید روح‌الله خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون در مقام ریاست جمهوری موافق نبود، با نامزدی او موافقت کرد. پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست‌جمهوری او حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان او بود. انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۱۱/ ۹۵٪) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد. در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ روح‌الله خمینی حکم ریاست‌جمهوری وی را کرد و او در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد. 
 سیدعلی خامنه‌ای در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ ه‍.ش را به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد، ولی نتوانست اکثریت آرا نمایندگان را کسب کند. در ۴ آبان ۱۳۶۰ ه‍.ش را به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد و او توانست اکثریت آرا نمایندگان مجلس را کسب کند. 
 سید علی خامنه‌ای ریاست‌جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که دارای ساختار مناسبی نبود. گروه‌های مشاور و کارگروه‌ها برای کمک به رئیس‌جمهور هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدیدمی‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست‌جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت. خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاش‌های خود را معطوف ساختار سازی برای و نهاد ریاست‌جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس‌جمهور که کاستی آن در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس‌جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ ه‍.ش به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. در پی اختلاف نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهارساله اول ریاست‌جمهوری، خامنه‌ای مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست‌جمهوری شرکت کند، اما پس از آنکه خمینی شرکت در انتخابات را تکلیف شرعی او دانست، برای شرکت در انتخابات چهارمین دوره ریاست‌جمهوری مصمم و نامزد شد و از خمینی خواست تا در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد. خمینی نیز با شرط او موافقت کرد. پس از پیروزی در انتخابات، و با زمزمه انتخاب نخست‌وزیری جدید از جانب او، برخی نظامیان در این خصوص به خمینی ابراز نگرانی کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره میرحسین موسوی است. خمینی نیز به جهت مصلحت جنگ به خامنه‌ای حکم کرد تا موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. خامنه‌ای با وجود مخالفت با این تشخیص، موسوی را به مجلس معرفی کرد. در دوره دوم ریاست‌جمهوری خامنه‌ای اختلاف‌های رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه تشدید شد. 
 دیدار با قشرهای مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرح‌ها، شرکت در همایش‌ها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات خامنه‌ای در دوره ریاست‌جمهوری بود. به گفته علی اکبر ولایتی حفظ ارتباط با مردم به‌ویژه خانواده‌های شهدا همچنین، سفرهای خامنه‌ای به استان‌ها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با قشرهای مختلف مردم، به‌ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن ازجمله ابتکارات، فعالیت‌های مستمر و مؤثر او بود. 
 در دوران هشت‌ساله ریاست جمهوری سید علی خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعال‌تر شد. یکی از شاخصهای توسعه سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعه روابط بود که در دوره اول ریاست‌جمهوری شروع شد و در دوره دوم توسعه یافت. او در دوره اول ریاست‌جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای ، و و در دوره دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ به کشورهای آسیایی و آفریقایی، ، ، ، ، و سفر نمود. از ۱۱ تا ۱۵ شهریور ۱۳۶۵ برای شرکت در هشتمین اجلاس سران در مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود. از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ به کشورهای و و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ به کشورهای و سفر کرد. 
 سیدعلی خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاه‌ها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را تشریح کرد. این سفر او با استقبال ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و مطبوعات بین‌المللی از او و فعالیتهایش برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ و سیاست‌های ایران در برابر ابرقدرت‌ها بود. امامت نماز جمعه مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود. 
 از اقدامات دیگر خامنه‌ای در زمینه سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروه‌های سیاسی شیعی در ، و و ایجاد تفاهم بین آن‌ها و تشکیل اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به اتحاد تبدیل کرد. و تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت‌گانه افغانستان نیز از مصداق‌های این رویکرد است. در این دوره، به دامنه حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، ، عراق و افغانستان افزوده شد. 
 همچنین ببینید: به گفته علی اکبر ولایتی، خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در مسائل جنگ به ایفای نقش پرداخت. در ۵ مهر ۱۳۵۹ در جبهه‌های جنگ حضور یافت تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقهٔ مورد حمله نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند. بر این اساس راهی جبههٔ جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه حاضر بود. پس از آن، در جبههٔ غرب حاضر شد، حضور او در جبهه‌ها تمام وقت نبود و برای کارهایی مانند اقامه نماز جمعه به تهران می‌آمد و برمی‌گشت. بیشتر وقت او در جبهه‌ها برای هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات صرف می‌شد. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه و بسیج و تهیهٔ نیازمندی‌های فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود. به فرمان سید روح‌الله خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ عهده‌دار کلیهٔ امور جنگ شد و خامنه‌ای در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نمایندهٔ خمینی در این شورا و نیز سخن‌گوی آن شد. در این مدت مشاور خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود. خامنه‌ای در عملیات حضور مستقیم داشت. 
 خامنه‌ای طی ۷ سال از دوران ریاست‌جمهوری‌اش که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های صلح که مأموریت بین ایران و عراق را داشتند، اختصاص داد. خامنه‌ای در این دوره رئیس بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در ۱۳۶۵ ه‍.ش و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام دادن اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد. روح‌الله خمینی در پاسخ به استعلام او در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ ه‍.ش مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد. در تابستان ۱۳۶۷ ه‍.ش با پذیرش توسط ایران، جنگ به پایان رسید. پذیرش قطعنامهٔ ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی‌رتبه در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ ه‍.ش به تصویب رسید و خمینی نیز این مسئله را قبول کرد. به دنبال این تصمیم سیدعلی خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در ۲۷ تیر ۱۳۶۷ ه‍.ش به ، ، پذیرش قطعنامهٔ ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد.
{"title": "ریاست‌جمهوری سید علی خامنه‌ای", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%B1%DB%8C%D8%A7%D8%B3%D8%AA%E2%80%8C%D8%AC%D9%85%D9%87%D9%88%D8%B1%DB%8C_%D8%B3%DB%8C%D8%AF_%D8%B9%D9%84%DB%8C_%D8%AE%D8%A7%D9%85%D9%86%D9%87%E2%80%8C%D8%A7%DB%8C&oldid=34828295", "language": "fa"}