این مقاله به مواردی می‌پردازد که در آن‌ها نحوه رسیدگی به پرونده‌های ترور و شکنجه مورد انتقاد قرار گرفته‌است.
 مقالهٔ اصلی: در روز عاشورا سال ۱۳۷۳، بمبی در در در ۳۰ خرداد ۱۳۷۳ ( ) مقارن روز ، ۲۶ نفر کشته و بیش از ۳۰۰ نفر زخمی شدند. حکومت ایران را عامل این حادثه دانست و دو زن به همین اتهام توسط قوه قضاییه محاکمه و سپس با تخفیف در مجازات اعدام نگردیدند و از سرنوشت آن‌ها اطلاعی در دست نیست.
 دو روایت از علت اصلی این انفجار وجود دارد که یکی می‌گوید عبدالشکور که یکی از دستیاران نزدیک از اعضای است به انجام این بمبگذاری اعتراف نموده‌است و روایت دیگر این انفجار را از اعمال توسط باند و نیروهای داخلی می‌شمارد. 
 در سال ۱۳۷۶ و در مقدمات ، دستگیری گسترده شهرداران تهران و نهایتاً خود انجام شد. دستگیری و بازجویی از این افراد توسط حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی به فرماندهی انجام می‌گرفت و همچنین او دستور کارگزاری شنود در دفتر وزیران، معاونان و برخی دیگر مقام‌ها را صادر می‌نمود. چندی بعد نقدی در دادگاه نظامی به اتهام شکنجه متهمان این پرونده به ۸ ماه حبس قطعی محکوم شد ولی هیچگاه خبری از زندانی شدن وی در رسانه‌ها منتشر نشد. 
 مقالهٔ اصلی: در سال ۱۳۷۷ گروهی از مأموران وزارت اطلاعات به جرم ترور و قتل فعالان سیاسی و فرهنگی دستگیر شدند. در محاکمه این افراد به جرم چهار فقره قتل، چهار نفر به قصاص محکوم شدند. دو نفر از مدیران میانی وزارت اطلاعات هر دو به جرم آمریت و صدور دستور در راستای اجرای دو فقره قتل داریوش فروهر و همسرش به دو فقره حبس ابد محکوم شدند. به جرم معاونت در قتل به ده سال زندان و سایر متهمان شامل به دو و نیم تا چهار سال زندان محکوم گردیدند. محکومان به قصاص نیز بعداً به دلیل رضایت اولیای دم تبرئه شدند. 
 یکی از انتقاداتی که بر این محاکمه می‌شود آن است که دستگاه قضایی حاضر نشد به غیر از چهار قتل آخر، به سایر قتل‌ها و توطئه‌هایی که توسط این افراد انجام شده بود رسیدگی کند. از جمله ، و… انتقاد دیگر آن است که در این دادگاه تنها مأموران مورد محاکمه قرار گرفتند در حالی که آمران محاکمه نشدند. دستگاه قضایی همچنین وکیل مقتولان را محاکمه و زندانی کرد. 
 مقالهٔ اصلی: در شب ۱۳۷۸ نیروهای موسوم به به حمله کردند. در این حمله طبق گزارش‌های مختلف ۲ الی ۷ نفر از دانشجویان کشته شدند. چشم یک دانشجوی پزشکی تخلیه شد؛ و تعداد زیادی دانشجو زخمی شدند. 
 دو سال پس از این رویداد دادگاهی تشکیل داد و همه نیروهای پلیس و شبه نظامیان وابسته را تبرئه کرده و فقط یک سرباز به نام اروج‌علی ببرزاده بخاطر دزدیدن یک دستگاه ریش‌تراش محکوم شد. ۱۵۹ نماینده مجلس ششم این اقدام دستگاه قضایی را محکوم کردند. در نماز جمعه از سوی دیگر در ۹ بهمن ۱۳۸۸ ، رئیس قوه قضائیه مخاطب قرار داد و گفت: «در ۱۸ تیر ضعف نشان دادید؛ چند نفر در آن زمان اعدام شدند؟ اگر حالا هم ضعف نشان دهید آینده بدتری در انتظار شماست.» 
 مقالهٔ اصلی: اسفند ۱۳۷۸ ترور شد. او از ترور جان به در برد اما معلول شد. ضارب او، ، پس از این ترور محاکمه شد و به ۱۵ سال زندان محکوم شد. سعید عسگر پس از گذشت یک سال از زندان آزاد شد و در خرداد ۱۳۸۲ رهبری حدود ۲۵۰ نفر لباس شخصی را در حمله به خوابگاه شهید همت (طرشت) عهده‌دار بود. 
 زهرا (زیبا) کاظمی ( - ) - تبار بود که در مسافرتی حرفه‌ای به قصد تهیه گزارش در ایران، هنگام ناآرامی‌ها و اعتراضات دانشجویی، به جرم عکس‌برداری حین تجمع برخی از خانواده‌های زندانیان در مقابل ، بازداشت و در زندان کشته شد. (به گفته منابع دولتی ایران وی در زندان درگذشته‌است)
 بازداشت وی تحت نظارت دادستان تهران که در موارد متعددی در نقض حقوق بشر نقش داشته‌است انجام گرفت.
 پرونده وی پس از گذشت سال‌ها در دستگاه قضایی جمهوری اسلامی به سرانجامی نرسید و تنها متهم پرونده نیز که یکی از کارمندان رده پایین بود، تبرئه شد.
 مقالهٔ اصلی: در سال ۱۳۸۱ در ۶ تن از اعضای یکی از مساجد کرمان با شنیدن سخنرانی به این نتیجه رسیده بودند که خودشان می‌توانند خاطیان را مجازات کنند و با این تفسیر ۵ نفر را به قتل رساندند. حکم قصاص این افراد بارها تأیید و نقض شد و سرانجام با رضایت اولیای دم، پرونده مختومه گردید. 
 در جریان روز ۳۰ خرداد ۱۳۸۸، به ضرب گلوله به قتل رسید. ، پزشکی که در صحنه قتل حضور داشت بعداً ادعا کرد که شخصی به نام عامل این قتل بوده‌است. در همین زمان فرمانده نیروی انتظامی از تحت تعقیب بودن آرش حجازی خبر داد. کارگر جاوید هرگز محاکمه نشد و تنها در ادعا کرد که قاتل نیست. خواهر مقتول نیز از عباس کارگر به خاطر این که «ندا را به عرش اعلی رسانده‌است» تشکر کرد. 
 مقالهٔ اصلی: در جریان گروهی از دستگیرشدگان به منتقل شدند و شدیداً مورد شکنجه قرار گرفتند به گونه‌ای که پنج نفر از آن‌ها جان باختند و پزشک بازداشتگاه نیز اندکی بعد به طرز مشکوکی درگذشت.
 یکسال بعد دادگاهی برای پرونده این بازداشتگاه در سازمان قضایی نیروهای مسلح ایران و با جلساتی غیر علنی تشکیل شد. ۱۲ نفر از رده‌های مختلف نظامی نظیر سرتیپ و سرهنگ از متهمان در این دادگاه بودند. و یکسال بعد از آن، حکم دادگاه مبنی بر قصاص دو متهم، حبس، پرداخت دیه و جزای نقدی، انفصال موقت از خدمت و تحمل شلاق برای ۹ تن دیگر از متهمان صادر شد. 
 محکومان قصاص با رضایت اولیای دم نجات یافتند. مادر یکی از کشته‌شدگان خواستار محاکمه آمران این حادثه شد. چند تن از قضات بلند مرتبه نیز در این رابطه تعلیق شدند ولیکن هرگز محاکمه نگردیدند. سه سال و نیم بعد از ماجرا، سخنگوی قوه قضاییه گفت که محاکمه این افراد با مشکل حقوقی مواجه شده‌است و وعده داد که به زودی محاکمه شوند. 
 استاد در بامداد ۱۳۸۸ به هنگام بیرون آمدن از منزلش بر اثر انفجار یک کنترل از راه دور ترور شد. هم‌زمان با انتشار خبر ترور این استاد دانشگاه، برخی رسانه‌های حکومتی ایران او را «دانشمند هسته‌ای» معرفی کردند اما با انتشار بیانیه‌ای هر نوع رابطهٔ استخدامی علی‌محمدی با آن مجموعه را تکذیب کرد. و استادان دانشکده فیزیک دانشگاه تهران در بیانیه خود اعلام کردند «دکتر مسعود علیمحمدی استاد دانشکده فیزیک دانشگاه تهران در رشتهٔ فیزیک نظری بوده‌اند. ایشان تحقیقات برجسته‌ای در زمینهٔ نظری دارند و انتساب ایشان به فعالیت‌های غیر مرتبط با رشته تخصصی ایشان مورد تأیید نیست.» و استاد فیزیک که دوست صمیمی وی بود نیز نوشت فعالیت‌های علمی وی بی‌ارتباط به فناوری هسته‌ای بوده‌است. 
 در سال ۱۳۸۹ فردی به نام به جرم قتل او دستگیر و توسط قوه قضاییه محاکمه و اعدام گردید. اتهام این فرد توسط بسیاری مور شبهه قرار گرفته‌است. از جمله گفته می‌شود که چه‌طور جمالی فشی آن‌گونه که در اعترافاتش گفته، سه بار به سفر کرده ولی مورد سوء ظن حکومت قرار نگرفته بود. همچنین ادعای استفاده وی از وسایلی مانند «کمربند حافظه‌دار برای ارسال اطلاعات»، «لپ‌تاپ ویندوز قرمز»، «لباس ضد باروت»، «موبایل با قابلیت فیلمبرداری مادون قرمز»، «هوندا ۱۲۵ با قابلیت ارتباط دیجیتالی با تل آویو» بیشتر شبیه سناریو فیلم‌های است. ماجرای فشی درست پس از ترور شروع شد. همسر علیمحمدی که در مصاحبه‌ای انتقاد کرده بود که هیچ‌کسی پیگیر پرونده ایشان نیست و در مصاحبه جدید گفت «آن زمان هیچی به ما گفته نشد. بعد از ترور دکتر شهریاری استاد دانشگاهی که ترور شد مسولان آمدند سراغ ما و گزارش دادند» پس از اعدام مجید جمالی فشی در برنامه خبر ۲۰:۳۰ تلویزیون جمهوری اسلامی تصویر یک پاسپورت اسرائیلی با عکس مجید جمالی فشی نشان داده و پاسپورت اسراییلی فشی نامیده شد در حالی که پاسپورت نشان داده شده در صداوسیما با استفاده از تصویر پاسپورتی که در سایت ویکی‌پدیا به راحتی قابل دسترس است جعل شده‌است و فتوشاپ کاران حتی به خود زحمت جابجایی جای مهرها را هم نداده‌اند. 
 مقالهٔ اصلی: در آبان ۱۳۹۱، ستار بهشتی وبلاگ‌نویس توسط پلیس ایران دستگیر شد و پس از چند روز در بازداشتگاه درگذشت. در این رابطه نماینده مردم تهران در مجلس ضمن انتقاد از سکوت دستگاه قضایی نسبت به موضوع مرگ او گفت: دولت‌های خارجی در این باره غوغا به پا کردند چرا و دستگاه قضایی در این خصوص توضیح نمی‌دهند، مرگی اتفاق افتاده و باید توضیح داده شود.
{"title": "نقد رسیدگی قوه قضائیه جمهوری اسلامی ایران به موارد ترور و شکنجه", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D9%86%D9%82%D8%AF_%D8%B1%D8%B3%DB%8C%D8%AF%DA%AF%DB%8C_%D9%82%D9%88%D9%87_%D9%82%D8%B6%D8%A7%D8%A6%DB%8C%D9%87_%D8%AC%D9%85%D9%87%D9%88%D8%B1%DB%8C_%D8%A7%D8%B3%D9%84%D8%A7%D9%85%DB%8C_%D8%A7%DB%8C%D8%B1%D8%A7%D9%86_%D8%A8%D9%87_%D9%85%D9%88%D8%A7%D8%B1%D8%AF_%D8%AA%D8%B1%D9%88%D8%B1_%D9%88_%D8%B4%DA%A9%D9%86%D8%AC%D9%87&oldid=32821200", "language": "fa"}