مقالهٔ اصلی: ، مربوط به نخستین دوره از جنگ‌های داخلی اسلام است که با نام نیز شناخته می‌شود. مهم‌ترین این شورش‌ها، شورش به رهبری بود که در نهایت به تأسیس دولت انجامید. رقابت و بر سر خلافت، و نیز رقابت ایران و از یک سو و و از سوی دیگر برای برتری در امپراتوری اسلامی از عوامل مؤثر در این جنگ‌ها بودند.
 علاوه بر ، برخی از شورش‌های محلی توسط مردم سرزمین‌های فتح شده نظیر ایرانیان نیز در این دوره سرکوب شد. 
 تا پیش از پیدایش جنبش ، تنها مدعی جدی برای کرسی خلافت و حکم‌رانی بر امپراتوری اسلام بودند. در سال‌های خلافت ، رقابت شدیدی میان دو شاخه از قریش، و بر سر این موضوع درگرفت. بنی هاشم خلیفه را متهم می‌کردند که مناصب مهم حکومتی را به خویشاوندان خود از بنی امیه می‌سپارد.
 این تنش‌ها در آخرین سال خلافت عثمان به اوج خود رسید. در این سال، اعتراض اهل ، و که برای شکایت به آمده بودند اوضاع پایتخت امپراتوری اسلامی را متشنج ساخت. اگرچه علی نقش میانجی میان خلیفه و معترضین را ایفا می‌کرد و پسران خود را نیز به حفاظت از جان عثمان گماشته بود، اما در مجموع حداقل از نظر معنوی از سرکردگان مخالف عثمان شناخته می‌شد. آشوب‌ها در نهایت به قتل خلیفه بدست معترضان در سال ۶۴۴ میلادی انجامید.
 بدون شک، اولین موضوعی که خلیفه بعدی باید بدان می‌پرداخت موضوع مجازات قاتلان عثمان بود. مهم‌ترین رقیب علی در این امر، ، که نامزد مطلوب مصریان و اکثریت قریش بود، نظر بر قصاص قاتلان داشت، اما اکثریت (اهالی اصلی مدینه) و اهل عراق (به رهبری ) که طرف‌دار علی بودند در نهایت نظر خود را به کرسی نشاندند. دانشنامه ایرانیکا می‌نویسد علی معتقد بود که عثمان به این دلیل کشته شد که مردم از وی تحت ستم بودند، بنابراین آن‌ها مشمول مجازات نمی‌شوند. 
 اندکی پس از آغاز خلافت علی، خون‌خواهی عثمان بهانه اولین شورش بر ضد او به رهبری طلحه و گردید. زبیر در جریان اعتراضات از عثمان حمایت کرده بود. فرماندار شام، نیز که خود از شاخه بنی امیه بود، حاضر به پذیرش خلافت علی تا قبل از مجازات قاتلان عثمان نگردید.
 علی که برای شکستن شورش طلحه و زبیر به عراق لشکر کشیده بود، با درهم‌شکسته‌شدن این شورش در ، شهر را پایتخت خود قرار داد و موقعیت خود را در عراق تثبیت نمود. پس از این پیروزی، شورش معاویه اصلی‌ترین تهدید برای خلافت علی به‌شمار می‌آمد. علی معاویه را به بیعت با خود فراخواند و تهدید کرد که اگر از این کار سر باز زند با او پیکار خواهد کرد. 
 معاویه بیعت خود را مشروط به حفظ حکومت شام و نیز در دست گرفتن حکومت مصر کرد و چون علی به این کار گردن ننهاد، معاویه که از حمایت سپاه شام اطمینان داشت به علی اعلام جنگ نمود. در مقابل علی نیز سپاهی از اهل عراق فراهم کرد و خود را آماده جنگ ساخت. بدین ترتیب، کشمکش علی و معاویه، به رقابت و بین عراق و شام بر سر تسلط بر امپراتوری اسلامی تبدیل شد.
 مقالهٔ اصلی: پس از جنگ صفین خریت به همراه ۳۰ یا ۳۰۰ تن (عدد مورد اختلاف است) به نزد علی رفته و اعلام کرد که قصد جدا شدن از وی را دارد. علی به خریت بیعتش را متذکر شد و او را از این کار بازداشت. اما خریت به همراه ۳۰۰ نفر به گروید و همان شب از علی جدا گردید و علیه علی شورش نمود. علی در پاسخ، زیاد بن خَصَفه را برای تعقیب و سرکوبش فرستاد. خریت و یارانش در ادامه مسیرشان به روستای نِفَّر در اطراف کوفه رفته و والی آنجا به نام زادان فرخ را کشتند. 
 زیاد بین واسط و بصره در جایی به نام مذّار با خریت وارد جنگ گردید و موفق شد وی را شکست دهد. دویست تن که به تازگی از کوفه به سپاه خریت ملحق شده بودند و به همراه خریت به اهواز گریختند. 
 خطر خریت برای علی به مرور جدی تر گردید. گروهی از بنی ناجیه شورش کردند و علی برای سرکوب خریت این بار مَعْقِل بن قیس ریاحی را فرستاد که توانست خریت را شکست دهد. اما خریت به نزد قبیله عبدالقیس گریخت و در آنجا پناه گرفت و آن‌ها را علیه علی شوراند. معقل موفق شد با امان دادن به سپاه خریت، گروه زیادی از آنان را به نزد خود بکشاند. خریت سرانجام توسط نعمان بن صهبان جرمی در همان جنگ کشته شد. 
 بعد از کشته شدن خریت، معقل بن قیس، افراد سپاه خریت را به اسیری گرفت. کسانی که مسلمان بودند، با قید ضمانت آزاد شدند. به سپاه خریت، اسلام عرضه شد تا مسلمان شوند. همهٔ آن‌ها بجز یک نفر پذیرفتند و آزاد شدند. اویی که نپذیرفت گردن زده شد. مسیحیان (قبیله خریت که از ابتدا در شورش با وی بودند) که ۵۰۰ تن بودند، حاضر نشدند مسلمان شوند، پس آزاد نشدند. ، والی فارس، آن‌ها را دید و مسیحیان به وی التماس کردند که آن‌ها را بخرد و آزاد کند. مصقله که احساس ترحم نسبت به اسیران کرده بود به معقل پیغام فرستاد که حاضر است اسیران را از او بخرد. معقل، بر طبق ، به ۲۰۰ هزار و بنا به روایت به ۳۰۰ هزار درهم آنان را به مصقله فروخت و به مصقله گفت که پول را به نزد خلیفه (علی) بفرستد. مصقله تنها بخشی از پول را فرستاد و بدون اینکه از اسیران بخواهد که در تأمین بقیهٔ پول برای آزاد شدن با وی همکاری بکنند، آنان را آزاد کرد. علی از وی بقیه پول را مطالبه کرد و مصقله با توجه به سرسختی علی و از طرف دیگر رویکرد بخشش‌گر معاویه در این امور، به سمت معاویه پناهنده شد و بعدها عهده‌دار مسئولیت‌های مختلفی از سوی وی شد. علی از عمل وی در شگفت شد که چون بزرگواران اسرا را آزاد کرد و سپس چون بندگان گریخت. علی، در نظر داشت وی را برای بازپرداخت دین زندانی کند و اگر وی را ناتوان بیابد آزاد نماید. 
 در دوران جنگهای داخلی بین مسلمانان و شورش ایرانیان به راه افتاد. شورش ایرانیان در آخرین سال خلافت اتفاق افتاد که توسط سپاهیان ارسالی خلیفه سرکوب شد. 
 در این باره می‌گوید: زرینکوب در کتاب می‌نویسد:
 در آورده‌است:
 در حالی که در سال‌های ۴۱–۳۵ هجری/۶۱–۶۵۶ میلادی، مسلمانان مشغول جنگهای داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل خارج شد. حتی بازماندگان تلاشهایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور انجام دادند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب زده را در دست گرفته و شورشها علیه والیان و افراد تحت حمایت آنان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات و پوشنگ همانند از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده و آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری/۷–۶۵۶ میلادی، فرمانهای علی به اشخاص برجسته محلی مبنی بردادن خراج به ماهویه مرزبان مرو باعث بروز شورشهایی در شرق خراسان علیه حکومت علی گردید و تا مرگ علی ادامه داشت. 
 بعد از ، هنگامی که علی مشغول شورشهای خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس و کرمان در سال ۳۹ هجری/۶۵۹ میلادی از دادن مالیات سرباز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می‌یافت و مردم این مناطق مأمورین جمع‌آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند. برای سرکوب شورشها فرستاده شد و توانست شورش مردم اصطخر را سرکوب کرده و فارس و کرمان را آرام کند. علی همچنین نیرویی کمکی به نیشابور فرستاد تا شورش آنجا را نیز آرام کند. 
 به نوشته ، فرزند موفق شد به عنوان شاه ایران در محلی که منابع چینی آن را جی لینگ نامیده‌اند مستقر شود که جی لینگ احتمالاً یا در سیستان بوده‌است. به تلاش پیروز در منابع اسلامی در هنگامی که از شورش زرنج، ، ، و خراسان در هنگام جنگ‌های داخلی مسلمانان در زمان خلافت علی نوشته‌اند، اشاره شده‌است. در این منابع، ذکری از نام نشده‌است، اما نوشته‌اند که هنگامی که خٌلید بن کعث، فرماندار جدید منصوب شده توسط علی برای خراسان، به نیشابور رسید. شنید که فرمانداران خراسانی شاه ساسانی (عمال الکسری) از کابل به خراسان آمده‌اند و خراسان شورش نموده‌است. کرون، می‌نویسد که در سال ۳۰ هجری/ ۶۵۰ یا ۳۱ هجری قمری/ ۶۵۱ میلادی (دوران خلافت عثمان) عبدلله ، فرماندار بصره پس از فتح شهر جور عازم استخر شد تا این شهر را دوباره فتح کند. او قصد کرد تا به عنوان تنبیه، جان تمام ساکنان شهر را بستانند. او به قولی چهل هزار نفر و بقولی دیگر یکصد هزار نفر و به عبارتی بسیاری را کشت. او بیشتر اشراف و اسواران را نیز نابود نمود. مانع نشد که مردم استخر دوباره در زمان خلافت علی قیام نکنند. 
 آورده‌است که پس از به خلافت رسیدن علی، او را به حکومت عراق فرستاد. مردم استخر بار دیگر شورش کردند و نیروهای ابن‌عباس بعد از خونریزی زیاد شورش را فرونشاند.
{"title": "شورش‌ها در زمان خلافت علی بن ابی‌طالب", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%B4%D9%88%D8%B1%D8%B4%E2%80%8C%D9%87%D8%A7_%D8%AF%D8%B1_%D8%B2%D9%85%D8%A7%D9%86_%D8%AE%D9%84%D8%A7%D9%81%D8%AA_%D8%B9%D9%84%DB%8C_%D8%A8%D9%86_%D8%A7%D8%A8%DB%8C%E2%80%8C%D8%B7%D8%A7%D9%84%D8%A8&oldid=35091934", "language": "fa"}