سازمان سیاسی و با ساختار است. رهبری این سازمان با و است. از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پرده ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد. از ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ دبیرکل این سازمان است. 
 این سازمان در ۱۵ شهریور سال ۱۳۴۴ به رهبری ، و پایه‌گذاری شد؛ اما بعد از ، از فهرست رسمیِ بنیان‌گذاران، حذف شد و -که از سال ۱۳۴۵ به سازمان پیوسته بود-جایگزین او شد 
سازمان مجاهدین پس از شکل‌گیری، به اقدام مسلحانه بر ضد پرداخت. در سال ۱۳۵۱ (ساواک)، موفق به دستگیری رهبران اولیه این سازمان شده و به حکم دادگاه نظامی وقت، به جُرم «اقدام علیه امنیت کشور، اعمال تروریستی (ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)»، به ، محکوم و برخی نیز شدند. در سال ۱۳۵۴ خورشیدی، برخی به رهبریِ و ، اقدام به و حذف اعضای مذهبی، از جمله، در بیرون زندان کردند و با به‌دست گرفتن بخشی از سازمان، بیانیهٔ اعلام تغییر ایدئولوژی از اسلام به را منتشر کردند. پس از آن، اعضای سازمان به دو دسته: مارکسیست به رهبری و و نیز مسلمان به رهبری و ، تقسیم شدند. 
 پس از پیروزی ، بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق به رهبری و ، فعالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین، اعلام کردند؛ ولی دربارهٔ اختلاف نظر با روحانیان وقت، از جمله ، به مخالفت بر ضد روی آورد. پس از و برکناری ، این سازمان، هدف خود را سرنگونی عنوان کرد. اعضای سازمان مجاهدین، دو سال بعد از جنگ ایران و عراق، در سال ۶۱ به رفتند و با همکاری ، اقدام به تشکیل بازویی نظامی به نام «ارتش آزادی‌بخش ملی ایران» کرد و در کنار در جنگ بر ضد ایران، مشارکت کرد. این نیروی نظامی در طول ، از سوی خاک عراق، بیش از یک‌صد عملیات نظامی بر ضد مواضع نیروهای ایرانی شکل داد. مهم‌ترین عملیات نظامی سازمان در سال ۱۳۶۷ تحت عنوان انجام شد و جمهوری اسلامی در واکنش به آن همه اعضای زندانی سازمان را که حاضر به برائت از سازمان و ابراز ندامت از اعمال خود نشده بودند را در زندان‌های ایران اعدام کرد. اگرچه آمار دقیقی از تعداد اعدام شدگان منتشر نشده ولی ۱۸۷۹ نفر و دیگر منابع ۳۰۰۰ تا ۴۴۸۲ نفر تخمین زده‌اند.
 این سازمان به وسیله حکومت پهلوی سابق و جمهوری اسلامی ایران و دولت عراق به عنوان یک سازمان تروریستی شناخته شده‌است. برخی دولت‌های غربی نیز برای حدود یک دهه این سازمان را در فهرست گروه‌های تروریستی قرار داده بودند اما بعداً این سازمان را از این فهرست خارج کردند. 
 در دوران حکومت پهلوی و جمهوری اسلامی از لقب «مارکسیست اسلامی» برای این سازمان استفاده می‌شده‌است. در از سازمان مجاهدین خلق با عناوینی چون «سازمان منافقین» یاد می‌شود. بسیاری از اعضای جدا شده و همچنین محققین این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای دانسته و از عنوان فرقه رجوی برای اشاره بدان استفاده می‌گردد. 
 طبق گزارش سال ۱۳۸۸ مؤسسه بروکینز این سازمان به نظر غیر دموکراتیک است و محبوبیت ندارد اما به عنوان یک پروکسی در داخل ایران علیه حکومت تهران حضور عملیاتی دارد. یگانه ترابی خبرنگار و جاناتان وایت استاد علوم سیاسی مؤسسه اروپا گفته‌اند که این گروه هنوز هم میان ایرانیان نامحبوب است. 
 
 
 بنیان‌گذاران این سازمان، ، و که از فعالان مسلمان بودند (که پس از تشکیل ، از فعّالان یا هواداران آن سازمان شدند) و یکی از اعضای به نام معروف به «عبدی»، گرد هم آمدند و سازمانی را بنیان نهادند. در نخستین بیانیهٔ سازمان که در ۲۰ بهمن ۱۳۵۰ پخش گردید، آمده‌است:
 در بازجویی‌های خود چنین گفت:
 
 نام سازمانی گروه، در دورانی «سازمان آزادی‌بخش ایران» خوانده می‌شد و سپس «سازمان مجاهدین خلق» نام گرفت. البته هیچ‌یک از دو نام «آزادی‌بخش ایران» و «مجاهدین خلق» تا آن‌جا که بررسی‌ها نشان می‌دهد، از سوی بنیان‌گذاران و کادر مرکزی سازمان برگزیده نشده‌است. لیکن در مورد این که نام و آرم سازمان از سوی چه کسانی پیشنهاد، تصویب و در چه تاریخی روی آن توافق شد، سکوت شده‌است. تا قبل از شهریور ماه ۱۳۵۰ که بیش از هفتاد تن از بنیان‌گذاران، کادر مرکزی و شماری از اعضای هواداران و سازمان از سوی بازداشت شدند، هنوز سازمان دارای نام و آرمی نبوده‌است. پس از بازداشت در بازجو یی‌های خود صریحاً اعلام کرده‌است که:
 نیز در این زمینه در بازجویی‌های خود یادآور شده‌است:
 نیز در بازجویی‌های خود اظهار داشته‌است که: 
 برخی از بنیان‌گذاران سازمان در بازجویی‌های خود به نقش در گرایش آنان به مبارزهٔ مسلحانه اعتراف کرده‌اند. در بازجویی‌های خود آورده‌است:
 نیز در بازجویی‌های خود گفت:
 پس از دستگیری، محاکمه و محکومیت رهبران نهضت مانند ، و ، تحت تأثیر برخوردهای خشن حکومت شاه با مخالفان و سرکوب و شکست مبارزات مسالمت آمیز، پاسخ‌ها و رویکردهای سیاسی در نگاه این جوانان، پاسخ‌های معقول و راه‌گشا به حساب نمی‌آمد و آنان در جریان تدوین استراتژی به مبازره قهرآمیز و تفسیری رادیکال از رسیده و به تدریج با بهره‌گیری از تئوری‌های انقلابیون ، شیوهٔ جنگ چریکی شهری و کار مخفی سازمانی و مسلح شدن را در پذیرفتند. 
 در شهریور سال ۱۳۵۰ و در آستانهٔ برگزاری ، ۱۳ نفر از سران سازمان دستگیر و پس از شکنجه ۱۲ نفر از آنان اعدام شدند. از مجازات اعدام نجات یافت و بعدها سازمان را در اختیار گرفت. در آذر ماه همان سال از کادرهای سازمان توانست از زندان فرار کند و تا روز کشته شدنش در ۲۵ خرداد ۱۳۵۲، نقش مهمی در رهبری و مجدد و عملیات نظامی مجاهدین ایفا کرد. بدین ترتیب بقایای سازمان به فعّالیّت خود ادامه دادند و سازمان با چند عمل مسلحانه در جامعه ایران شناخته شد. در دهه ۱۳۵۰ با مقابله شدید با نیروهای سیاسی مسلح، سازمان مجاهدین نیز در شرایط دشواری به فعّالیّت مخفی خود ادامه می‌داد و از حمایت بعضی از روشنفکران مذهبی مسلمان و روحانیون شیعه برخوردار بود. 
 
تغییر ایدئولوژی سازمان مجاهدین در سال ۱۳۵۴ کمی بعد از فرار از زندان صورت گرفت. در آن زمان اکثریت اعضای مرکزیت «سازمان مجاهدین خلق» که خارج از زندان بودند، تحت تأثیر تقی شهرام و به گرویدند. آن‌ها در نخستین اعلامیه خود پس از تغییر ایدئولوژی آوردند: پس از این اعلامیه، مجاهدین مارکسیست با حفظ آرم سازمان و تغییر علائم و نشان‌های گذشته، حذف آیات قرآن و تاریخ پیدایش سازمان و نیز افزودن مشت گره کرده به نشانه وابستگی به ، آرم جدیدی را برای خود تهیه کردند. نشریه «جنگل» را به جای «مجاهد» به عنوان ارگان سازمان منتشر کردند و هر سه ماه یکبار نیز نشریه «قیام کارگر» را انتشار دادند. 
 اما اکثریت اعضای سازمان در داخل زندان که در راس آن‌ها افرادی چون ، و قرار داشتند در اصول خود و پایبندی به اسلام باقی ماندند. مسعود رجوی اعلام گرایش سازمان به مارکسیسم را یک حرکت فرصت‌طلبانه اعلام نمود و آن را زمینه‌ساز رشد تمایلات راست ارتجاعی خواند. بخش خارج از کشور نیز به‌طور جداگانه مخالفت خود را با این حرکت فرصت طلبانه با صدور اعلامیه‌ای با امضای «تعدادی از اعضای سازمان» اعلام نمودند.
 درگیری‌های خونینی نیز بر اثر اختلافات مجاهدین مارکسیست و مسلمان رخ داد. ، و به دست مارکسیست‌های حاکم بر سازمان ترور شدند. از بازماندگان جمع اولیه تشکیل‌دهنده سازمان مجاهدین خلق که در سال ۵۴ به مارکسیسم گرایید، در توضیح این تغییر ایدئولوژی می‌گوید:
 انشعاب سال ۱۳۵۴ به‌طور کلی ضربات مهلکی را بر این سازمان وارد کرد. ساواک طی مدت کوتاهی توانست تعداد زیادی از افراد و گروه‌های پراکنده مارکسیست و مذهبی وابسته به سازمان مجاهدین را به تدریج شناسایی کند و از بین ببرد؛ به‌طوری‌که از اواسط سال ۱۳۵۵ دیگر عملاً سازمانی وجود نداشت. از طرف دیگر انشعاب در سازمان مجاهدین باعث شد که برخلاف دوره‌های قبل اتحاد استراتژیک بین نیروهای مارکسیست و مذهبی در مقابله با شاه از بین رفته و جای خود را به بدبینی شدید و مرزبندی دقیق بین مارکسیستها و مذهبی‌ها بدهد. گروه‌های مسلح مذهبی جدید بر خلاف قبل، از همکاری با نیروهای مارکسیست به خاطر عقاید ضد دینی و ترس از خیانت آن‌ها پرهیز می‌کردند. گفته شده که سرخوردگی مجاهدین از پشتیبانی روحانیون و ناتوانی در جذب روشنفکران جدید که غیرمذهبی بودند از جمله علل گرایش نهایی سازمان به مارکسیسم می‌باشد. 
 بعد از این اتفاق، برخی از روحانیون (از جمله ، ، ، ، انواری، ، و ) که از قبل در زندان درگیرهایی با زندانیان داشتند، در اطلاعیه‌ای در اسفند ۱۳۵۴ با اشاره به نجاست کفار، اعلام کردند که تمامی زندانیان مسلمان باید از هرگونه ارتباط با (غذا خوردن، تماس بدنی، وسایل مشترک زندانیان هم‌بند، ...) پرهیز کنند. 
 در پیروزی ، مجاهدین خلق این واقعه را به رهبر انقلاب ( ) و ملّت ایران تبریک گفتند 
و او را «امام» نامیدند. 
 که مدتی پیش از و سرنگونی ، در ۳۰ دی ۱۳۵۷ از زندان آزاد شده و ریاست سازمان مجاهدین را به عهده گرفته بود، به همراه به دیدار رفتند. مجاهدین با استفاده از فضای آزادتری که پدید آمده بود، با بالا گرفتن تب فعّالیت‌های سیاسی همچون سایر احزاب به سرعت رشد کرد. دیدگاه‌ها و نگرش‌های مختلف احزاب و گروه‌ها پیرامون نوع حکومت پس از سرنگونی حکومت ، مطالبات قومی و در خواست در میان برخی ، دخالت برخی دولت‌های خارجی و نهایتاً ضعف نهادهای مدنی و فرهنگ فعالیت دموکراتیک، تب شدید فعالیت‌های سیاسی در ایران پس از انقلاب را به سمت تنش و درگیری مسلحانه پیش برد. مرگ ، باعث افزایش تنش میان دو طرف گردید، چرا که با توجّه به محبوبیت فراوان او در میان مجاهدین و مقبولیتش در بین روحانیون سنتی و دیگر گروه‌های مذهبی، دعوت او به آرامش ممکن بود کارساز واقع شود. 
 پس از انقلاب سازمان مجاهدین خلق با نام رسمی جنبش ملی مجاهدین فعالیت خود را آغاز کرده و در تراکت‌های رسمی نیز خود را به همین نام می‌خواند. 
 در پی تعیین صلاحیت نامزدهای اولین در سال ۱۳۵۸، به عنوان کاندید سازمان مجاهدین، اعلام آمادگی نمود که مخالفت برخی همچون را برانگیخت. این گروه طی نامهٔ سرگشاده‌ای به ، خواستار حذف برخی کاندیداها، که منحرف نامیده بود، شد و عنوان داشت که در غیر این صورت، خود وارد عمل خواهد شد. متعاقباً در تاریخ ۲۹ دی، از دربارهٔ و اعتقاد نامزدها به ، پرسشی به عمل آمد و وی در پاسخ نوشت:
 با اعلام نظر ، از دور انتخابات کنار رفت و سازمان مجاهدین خلق تلویحاً را در این امر مقصر قلمداد کرد. از آن روز به بعد، مجاهدین به صورت علنی به محکوم کردن حکم پرداختند و مقامات دولتی نیز در پاسخ، به توقیف ، که فروش آن ۱۶ برابر بیشتر از روزنامهٔ روحانیون حاکم (حزب جمهوری اسلامی) بود، بازداشت چندین تن از سران آن سازمان و ممنوع اعلام کردن فعّالیّت آن‌ها پرداختند. اتفاقات دیگری همچون دستگیری ، یکی از مهم‌ترین اعضای سازمان، آن هم به اتهام جاسوسی، وضعیت را وخیم‌تر کرد.
 در این مرحله، یعنی بعد از سرنگونی نظام سلطنتی، تا سرفصل ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ که مجاهدین به آن فاز سیاسی می‌گویند، برنامهٔ کار مجاهدین فعالیت افشاگرانهٔ سیاسی بود. در همین ایام که ارگان رسمی سازمان مجاهدین بود با تیراژ قریب به ۵۰۰ هزار نسخه در سراسر کشور منتشر می‌گردید. 
 مسعود رجوی از چند ماه پیش از وقایع خرداد ۱۳۶۰ در مصاحبه‌ای در اسفند ماه ۵۹ پیش‌بینی کرده بود که در صورت عدم تشکیل «یک مجلس واقعاً ملی فراگیر» به معنی مجلسی که شامل اعضای سازمان باشد، «خبری از زندگی مسالمت‌آمیز در کار نخواهد بود.» به گفته سعید حجاریان، در اسنادی که سال ۶۶ از سازمان مجاهدین به دست آمد، مسعود رجوی تحلیل کرده بود که اگر با بنی‌صدر متحد شود «قطعی است که می‌تواند رژیم را جارو کند» و پیشنهاد کرده بود که با ریختن نیروها به خیابان بنی‌صدر را تحریک به مقابله با رژیم کنند. ابراهیم یزدی، گفته‌است که رهبری سازمان پیشتر از وقایع خرداد ۶۰ دچار «تخیلات انقلابی» شده بود و در دیداری به او گفته بودند که می‌خواهند «تجربه انقلاب را تکرار کنند» اما او به صراحت به آن‌ها گفته‌است «شما اشتباه می‌کنید.. امروز بدنه جامعه با شما نیست. شما یک گروه اقلیت و کوچکی هستید و اگر بخواهید این کارها را بکنید… متلاشی خواهید شد.» کیهان در ۳۱ خرداد ۶۰ نوشت که مجاهدین خلق انتظار سقوط بنی‌صدر و عدم حمایت مردم از او را نداشتند و به همین دلیل به شیوه نهایی خود که جنگ مسلحانه با نظام بود روی آوردند. به گفته یکی از مسئولان حفاظت مرکزی سازمان، مسعود رجوی از قبل طی سفرهایی نظر مساعد دولت‌های خارجی از جمله عراق، فرانسه و آمریکا را برای قیام مسلحانه به دست آورده بود. 
 به دنبال کشمکش‌ها و اختلاف نظرهای رئیس‌جمهور وقت، با و تلاش ناموفقش در جهت سلب اختیارات آنان و در نتیجه از دست دادن حمایت ، از آن‌جا که او به تنهایی توان مقابله با مخالفانش را نداشت و پیش‌تر هیچ‌گاه به ایجاد یک حزب یا ائتلاف اقدام نکرده بود، با مجاهدین خلق که پیش‌تر از آن‌ها به شدت انتقاد کرده بود، متحد شد. در اواخر ماه خرداد او که برای حفظ جان خویش در اختفا به سر می‌برد، مردم را به قیام فراخواند. مجاهدین خلق نیز در پی تعارضات شدید با نظام جمهوری اسلامی در سال ۱۳۵۹، از حمایت کرده و در تاریخ ۲۹ خرداد ۱۳۶۰ از هوادارانشان خواستند تا علیه نظام به خیابان‌ها بریزند. یک روز پس از آن، تظاهرات خشونت‌آمیزی در شهرهای مختلف کشور به راه افتاد. در تهران حدود پانصد هزار نفر در خیابان‌ها به دادن شعار و اعتراض و درگیری با نیروهای نظام پرداختند. نظام نیز با اعلام ، مبنی بر اینکه «آنان که علیه حاکمان شرع حرف می‌زنند، با اسلام به مبارزه می‌پردازند»، به سرعت عکس‌العمل نشان داد. چنان‌که تنها در اطراف حدود ۵۰ نفر کشته، ۲۰۰ نفر مجروح و ۱۰۰۰ نفر دستگیر شدند. روز بعد، برکنار و دستور بازداشت او توسط ، به اتهام خیانت و توطئه علیه نظام، صادر شد و به این ترتیب رقابت‌های سیاسی وارد عرصهٔ خشونت‌آمیزی گشت. 
 در روز در حالی که در دفتر ، اجلاسی از سران آن در حال برگزاری بود، بمب قدرتمندی منفجر شده و بیش از هفتاد تن از مقامات بلندپایه حکومتی از جمله، دبیرکل حزب و رئیس ، چهار تن از وزرای کابینهٔ دولت، ۲۳ نمایندهٔ مجلس و چندین تن از دیگر مقامات ترور شدند. مدتی بعد کرسی ریاست جمهوری به سپرده شد و به سمت دبیرکل انتخاب شد. هم چنین وی را به مقام نخست‌وزیری خویش برگزید. و که در خفا به سر می‌بردند، توسط خلبان اختصاصی شاه سابق ایران، ، طی یک عملیات پروازی از به وسیلهٔ یک از کشور خارج و در فرودگاه فرود آمدند. و به همراه برخی گروه‌های دیگر، آغاز فعالیت را برای مبارزه با اعلام کردند. 
 دو ماه پس از حادثهٔ بمب‌گذاری ماه تیر، در انفجار مهیب دیگری در دفتر ریاست جمهوری به تاریخ ۸ شهریور، و ترور شدند. گرچه هیچ گروهی مسئولیت بمب‌گذاری‌ها را برعهده نگرفت، اما ، مجاهدین خلق را عامل این اقدامات اعلام نمود. با این وجود مجاهدین مسئولیت دیگر ترورها را پس از عزل پذیرفتند. از جمله ترورهایی که در فاصله چند ماه اتفاق افتاد، می‌توان به ترور شهرهای ، ، ، و ، یک استاندار، سرپرست زندان اوین، تنی چند از قضات دادگاه‌های انقلاب، نمایندگان مجلس، مقامات پایین رتبه دولتی و اعضای سازمان‌های انقلابی اشاره کرد. 
 در ماه شهریور ۱۳۶۰، مجاهدین، هواداران جوان خود را برای اعتراض و درگیری مسلحانه با عوامل حکومتی به خیابان‌ها فرستادند. در تاریخ ۵ مهر ماه ۱۳۶۰ آنان از و موشک انداز علیه نیروهای استفاده نموده و برخی از گروه‌های کوچکتر چپ‌گرا همچون ، دست به مشابهی زدند. حکومت وقت در پاسخ به اقدامات مسلحانه، نیروهای ضداطلاعاتی را بسط داد و در ابعادی وسیع به دستگیری بسیاری از اعضای گروه و افراد مشکوک به همکاری با آنان شد.
 در روز ۱۹ بهمن ۱۳۶۰ نیروهای موفق به کشف محل اختفای اصلی رهبران مجاهدین در تهران در محلهٔ شده و پس از محاصرهٔ آن محل و چند ساعت درگیری مسلحانه آن را تصرف کردند. در این واقعه ۲۳ نفر از جمله مرد شماره ۲ سازمان، همسر و ، همسر اول ، کشته و پسر خردسال مسعود و اشرف نیز به اسارت درآمد. این واقعه از سوی مجاهدین به «عاشورای مجاهدین» نامیده شد. 
 با وجود وقوع حوادث خشونت‌آمیز سال ۱۳۶۰ و کشته شدن برخی مقامات بلندپایه، بر خلاف پیش‌بینی مجاهدین خلق و سایر مبارزان مسلح که با ضربه وارد آوردن به وسیلهٔ عملیات مسلحانه و حذف فیزیکی نیروهای «مکتبی»، امید به سلب قدرت و ضعیف نمودن آنان داشتند، نه تنها از قدرت این نیروها کاسته نگردید، بلکه تمامی مراکز تصمیم‌گیری نیز در اختیار آنان قرار گرفته و فضای سیاسی کشور بسته شد. بدین ترتیب، همه گروه‌های سیاسی، جز آن‌هایی که در ردیف نیروهای «مکتبی» قرار داشتند، از میدان خارج شدند. 
 در سپتامبر ۱۹۸۰ این گروه با انتقال به ، شروع به مبارزه علیه با همکاری ارتش بعث عراق نمودند. در سال ۱۹۸۶ میلادی دولت فرانسه مجاهدین را به خروج از پاریس مجبور کرد و از آن پس مرکز استقرار آن‌ها شهر پایتخت عراق شد. مجاهدین پس از آن به تأسیس شهری در شمال بغداد، در استان اقدام کردند. این شهر که نامیده می‌شد، مرکز اقامت مجاهدین بود و پس از اشغال توسط نیروهای از سال ۲۰۰۳ تا اول ژانویه ۲۰۰۹ توسط آمریکائی‌ها حفاظت می‌شد. دولت عراق از اول ژانویه سال ۲۰۰۹ مسولیت ادارهٔ را به دست گرفت که این موضوع باعث نگرانی ساکنین این اردوگاه و حامیان آن‌ها شد. 
 
پس از انتقال اعضا به ، زوج‌ها ملزم به جدایی از یکدیگر شدند و سازمان فرزندانشان را به اروپا منتقل کرد. بسیاری از آنان دیگر فرزندانشان را ندیدند. یک بازدیدکنندهٔ اروپایی از می‌گوید: پس از بازگشت در سال ۱۳۶۵ به ، در سال ۱۳۶۶ مجاهدین، را به منظور سرنگونی ، تأسیس کرده و در سراسر مرز و ، با همراهی با ارتش عراق در جنگ عراق علیه ایران، دست به تهاجم علیه نیروهای نظامی ایران زدند و تا مرداد بیش از صد رشته عملیات نظامی علیه و انجام دادند. 
 این سازمان هم چنین متهم به همکاری با صدام در سرکوب و قتل‌عام کردها و شیعیان عراق است. هرچند که سازمان این اتهام را رد می‌کند. 
 چندی پس از انتقال اغلب نیروهای سازمان به عراق و تغییر استراتژی به جنگ ، در آخرین سال و در شرایطی که توان نظامی ایران در پی چندین سال جنگ فرسایشی و توان اقتصادی و روحی ایرانیان با کاهش بسیار شدید درآمدهای نفتی شدیداً تحلیل رفته‌است، سازمان مجاهدین، رویارویی علنی با نیروهای ایرانی در جبهه‌ها را آغاز می‌کند. 
 مقالهٔ اصلی: این عملیات برای اول فروردین سال ۱۳۶۷ در اطراف برنامه‌ریزی شده بود، امّا درگیری دو تن از نیروهای شناسایی سازمان و دستگیر شدن آن‌ها توسط نیروهای ایرانی، منجر به تردیدهایی پیرامون لو رفتن احتمالی عملیات و تعویق یک هفته‌ای آن شد. نهایتاً این عملیات در ۸ فروردین آغاز شد. 
 در جریان این عملیات و بر اساس ادعای مجاهدین، تلفات وارده به لشکر ۷۷ خراسان ۳۵۰۰ تن کشته و مجروح و ۵۰۸ اسیر، بیان می‌شود و مقدار زیادی تجهیزات جنگی به غنیمت آنان درآمد. مجاهدین تعداد تلفات خود را ۱۲۳ نفر گزارش داده و پس از اجرای عملیات منطقه را ترک و به خاک عراق بازگشتند. 
 مقالهٔ اصلی: سه ماه پس از عملیات آفتاب که مجاهدین را در موقعیت سیاسی و تبلیغاتی مناسبی قرار داد، در ۲۸ خرداد ۱۳۶۷، سازمان عملیات چلچراغ را اجرا می‌کند. هدف از این عملیات تصرف شهر است که محقّق می‌شود. این عملیات در ابتدا به صورت مشترک بین تیپ‌های زرهی عراق و پیاده سازمان مجاهدین شروع شد. این تهاجم در چهار محور به‌طور ۵۰ کیلومتر و عمق ۲۰ کیلومتر صورت گرفت. گفته می‌شود شب قبل از آغاز عملیات، ارتش عراق اقدام به آتش بر روی محورهای منطقه می‌کرد.
 مجاهدین برای حمله و تصرف مهران از از چهار محور به شهر مرزی مهران هجوم برده و شهر را تصرف کردند.
 بنا به ادعای سازمان مجاهدین در لشکر ۱۶ زرهی قزوین، لشکر ۱۱ سپاه پاسداران و گردان‌های مختلف توپخانه و کاتیوشای حکومت اسلامی به‌طور کامل از بین رفته و ۸ هزار تن از نیروهای نظامی کشته و زخمی شدند. ۱۵۰۰ نفر نیز در داخل این عملیات اسیر شدند. پس از انجام عملیات و تصرف مهران، نیروهای سازمان اقدام به جمع‌آوری تجهیزات و وسایل خود کرده و در ظرف دو روز به پشت مرزهای عراق برگشتند. 
 منابع ایرانی ضمن پذیرش شکست در ، اعلام کردند که پیروزی مجاهدین ناشی از پشتیبانی و استفاده از بوده‌است. 
 مقالهٔ اصلی: شش روز پس از قبول قطعنامهٔ آتش‌بس توسط و در شرایطی که نیروهای عراقی با بهره‌برداری از ضعف شدید روحیهٔ نیروهای ایرانی، مجدداً به حمله کرده و تا آستانهٔ تصرّف آن پیش می‌روند، سازمان مجاهدین عملیاتی با نام فروغ جاویدان را آغاز می‌کند.
 در شب آغاز عملیات گفت: «براساس تقسیمات انجام شده، ۴۸ ساعته به خواهیم رسید… کاری که ما می‌خواهیم انجام دهیم در حد توان و اشل یک ابرقدرت است؛ چون فقط یک ابرقدرت می‌تواند کشوری را ظرف این مدت تسخیر کند… از هم ترسی نداشته باشید؛ هر سه ساعت به سه ساعت دستور می‌دهم هواپیماهای عراقی بیایند و آن‌جا را بمباران کنند. را هم با هواپیما هر سه ساعت به سه ساعت مورد هدف قرار خواهیم داد… علاوه بر آن، ضدهوایی و موشک سام ۷ هم که داریم… تا به همراه ستون‌ها خواهد بود. از نظر هوایی ناراحت نباشید چون هواپیماهای عراقی پشتیبان ما هستند و تمام ماشین‌ها به صورت ستون حرکت می‌کنند.»
 هدف مجاهدین از این عملیات تصرف اعلام شد امّا بر خلاف دو عملیات قبلی، به شکست گسترده و تلفات شدید سازمان منتهی می‌شود. مطابق اعلام رسمی مجاهدین ۱۳۰۴ نفر از اعضای آن طی این عملیات کشته شدند. در این مورد می‌گوید: «تدارک منافقین خیلی وسیع بوده و ضربه وارده بر آن‌ها خیلی عمیق است. ۱۲۰ ، ۶۰ نفربر و ۶۰۰ خودرو دیگر، حدود ۵۰۰۰ رزمنده و همین تعداد پشتیبانی و تدارک‌چی و طرح رسیدن به ، خیلی احمقانه و ساده لوحانه و هفتاد درصد انهدام»
 این آخرین فرصتی بود که از سوی به مجاهدین برای تجزیهٔ بخشی از خاک و ایجاد یک منطقهٔ خودمختار داده شده بود. 
 مقالهٔ اصلی: پس از پذیرش در هجدهم ژوئیه ۱۹۸۸ میلادی، توسط ، برای آتش‌بس بین این کشور و ، در ۲۴ ژوئیه، سازمان مجاهدین خلق، برای براندازی دولت اقدام به حمله‌ای گسترده به مرزهای غربی و جنوب غربی تحت عنوان «عملیات فروغ جاویدان» نمود و جمهوری اسلامی در پاسخ به این حمله، «عملیات مرصاد» را به اجرا گذاشت. اگرچه عملیات نظامی مجاهدین به راحتی توسط نیروهای ایرانی خنثی شد، امّا دستاویزی برای مقامات حکومتی فراهم کرد تا بسیاری از مخالفان سیاسی از جمله مجاهدین را که چندین سال پیش از آن دستگیر و محکوم شده بودند را به صورت فیزیکی حذف نمایند. ، که هنگام اعدام‌ها از مقامات بلندپایهٔ جمهوری اسلامی و قائم مقام رهبری بود، بعدها در خاطرات خود مطالبی دربارهٔ آن اعدام‌ها نگاشت که نشان می‌دهد دستور اعدام تمامی زندانیان سیاسی که تا آن زمان بر عقیدهٔ خود پابرجا بودند، توسط ، در اواخر تابستان سال ۱۳۶۷ صادر شده‌است. بنا به گزارش ، این اعدام‌ها که در اقصی نقاط به انجام پیوست، اغلب در نقاطی بسیار دور از محل حمله و شامل زندانیان سیاسی از جمله تعداد نامعلومی زندانیان عقیدتی که پیشتر سال‌ها در زندان به سر می‌برده‌اند بوده‌است. بدین دلیل این افراد نمی‌توانستند نقشی در حمله یا جاسوسی ایفا کرده باشند. بسیاری از آنان پیش از اعدام، محاکمه و به مدت‌های مختلفی به حبس در سال‌های آغازین دههٔ هشتاد محکوم شده بودند و در فعّالیت‌های غیرخشونت‌آمیز از جمله پخش روزنامه یا اعلامیه یا تظاهرات شرکت داشتند و بسیاری نیز در زمان دستگیری یا و کم سن و سال بوده‌اند. طی سال ۱۹۸۱ این اعدام‌ها را ثبت کرده‌است. گزارش‌ها حاکی است که محاکمه‌ها در صورتی که اصلاً محاکمه‌ای در کار می‌بود، شتاب‌زده انجام می‌شد و به متهمان امکان تعیین یا دفاع از خود داده نمی‌شد. در میان قربانیان آن سال تعداد زیادی از نوجوانان و زنان وجود داشتند اکثریت اعدام‌شدگان آن سال از هواداران سازمان مجاهدین خلق بودند، اما صدها عضو و هوادار گروه‌های سیاسی دیگر از جمله (جناحهای مختلف)، ، ، و دیگران نیز به‌همراه آنان اعدام گشتند. 
 پس از شکست در عرصه جنگ با ایران مسعود رجوی دستور انقلاب ایدئولوژیک را صادر کرد. در انقلاب ایدئولوژیک جدایی اجباری اعضای متأهل، فرستادن فرزندان این افراد به اروپا و برگزاری جلسات اعتراف به گناهان در حضور جمع به اعضای سازمان تحمیل شد. در این فرایند به اعضای سازمان گفته می‌شده که آن‌ها در صورت تبعیت از رجوی مسئولیتی در برابر خدا نخواهند داشت زیرا رجوی مسئولیت پیروانش را بر عهده خواهد گرفت. بر این عقیده است که در اوایل سال ۱۳۶۷(۱۹۸۷ میلادی) سازمان مجاهدین خلق همه ویژگی‌های اصلی یک فرقه مذهبی - سیاسی را دارا بود. رهبری ستایش شده که عنوان رسمی رهبر یا مسئول اول و به‌طور غیررسمی امام نامیده می‌شد. لقب امام حال شباهت زیادی به لقب امام زمان منجی مورد انتظار شیعیان دارد. رجوی با اشاره قلم شورای مرکزی سازمان مجاهدین خلق را منحل کرد و شورایی پانصد نفره را جایگزین آن کرد. مجاهدین سلسله مراتبی خشک خلق کرد که در آن دستورات از بالا میِآمد و افراد رده پایین سازمان وظیفه‌ای جز اطاعت کردن بدون پرسش زیاد ندارند. سازمان کتابچه‌های راهنمای خاص خودش، فهرست سانسور و البته یک ایدائولوژی منقرض را تولید کرد. ایدائولوژی سازمان به رغم اینکه این موضوع را تکذیب می‌کرد عبارت بود از ترکیب پیام‌های مذهب تشیع با علوم اجتماعی مارکسیستی. 
 بعد از خاتمهٔ جنگ، مجاهدین کلیهٔ نیروهای خود را در متمرکز نمودند. رهبر گروه از آن زمان به بعد دیده نشده و به احتمال فراوان کشته شده‌است. گرچه سازمان مجاهدین با پخش پیام‌هایی منسوب به وی مدعی زنده بودن اوست. این شهر موضوع اصلی‌ترین اختلاف بین مجاهدین و جمهوری اسلامی بود. جمهوری اسلامی تلاش‌های زیادی برای منحل کردن و اخراج اعضای مجاهدین یا بازگرداندن آن‌ها به چه مستقیماً و چه از طریق افراد وابسته به خود در دولت به کار بست. متقابلاً مجاهدین نیز دست به کمپین گسترده‌ای در میان مردم زدند تا حمایت‌هایی را کسب نمایند؛ از جمله اعلام نمودند که ۵ میلیون و دویست هزار نفراز مردم عراق با امضای بیانیه‌ای، حمایت خودشان را از مجاهدین اعلام کرده و خواهان خلع ید از جمهوری اسلامی در عراق شدند. در این حال مشاور امنیت ملّی عراق اعلام کرد که دولت عراق به اعضای گروه مجاهدین خلق اعلام کرده‌است که دو راه بیش‌تر ندارند، یا این که به ایران بازگردند یا کشور دومی را برای حضور خود انتخاب کنند، چرا که تحت هیچ شرایطی دیگر نمی‌توانند در خاک عراق بمانند. با شروع انتقال اکثر ساکنین اشرف به آخرین گروه از اعضای سازمان مجاهدین خلق در تاریخ ۱۶ سپتامبر ۲۰۱۲ میلادی از قرارگاه اشرف خارج، و بیشتر از ۲۰۰۰ نفر از اعضای این گروه در لیبرتی ساکن شدند. با این حال همچنان شمار اندکی از اعضا در اردوگاه ماندند که در پی حمله‌ای در سپتامبر ۲۰۱۳ این اردوگاه به‌طور کامل تخلیه شد. در نهایت در سال ۱۳۹۵ کمپ لیبرتی تعطیل شد و آخرین افراد سازمان مجاهدین خلق ایران به کشورهای اروپایی و بیشتر به آلبانی منتقل شدند. 
 بعد از آن که به ریاست جمهوری انتخاب گردید، سیاست‌مداران آمریکایی در دولت وقت ، یعنی دولت که سالیان به دنبال جناح میانه‌رویی درون نظام جمهوری اسلامی بودند، از انتخاب استقبال کرده و برای نزدیک شدن به وی و بنا به درخواست وی به منظور نشان دادن حسن نیّت خود، نام سازمان مجاهدین را در لیست سازمان‌های تروریستی قرار دادند. در همان اوان، ، معاون وزارت خارجهٔ آمریکا در امور خاور نزدیک، به این واقعیت اذعان نمود. این واقعیّت توسّط مقامات دیگری از ایالات متّحده نیز اذعان شده‌است. بار دیگر در تاریخ ۱۲ ژانویه سال ۲۰۰۹ وزارت امور خارجه آمریکا، مجاهدین خلق را یک گروه تروریستی شناخت. 
 در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۸۹، یک دادگاه استیناف در حکم کرد که نگه داشتن سازمان مجاهدین در لیست تروریستی اشتباه بوده‌است و اینکه وزارت خارجه آمریکا می‌باید در این نامگذاری تجدید نظر کند. این موضوع برای این سازمان که ۱۳ سال برای خارج شدن از لیست تروریستی آمریکا تلاش می‌کرد یک پیروزی بزرگ محسوب می‌شود. 
 
روز دوشنبه، ۷ بهمن ۱۳۸۷، با خارج شدن نام سازمان مجاهدین خلق ایران از لیست تروریستی موافقت کرد. در اطلاعیه‌ای که از سوی صادر گردید گفت: پیش از آن نیز در ، دادگاه ویژه‌ای در رأی داد که دولت این کشور، بایستی نام سازمان مجاهدین خلق ایران را از فهرست گروه‌های تروریستی حذف و فعالیت‌شان را در قانونی اعلام کرد. بیش از ۱۰۰ عضو از خواستند که نام مجاهدین خلق را از لیست سازمان‌های تروریستی آمریکا حذف نماید. قانون‌گذاران در نامه‌ای گفتند که سازمان مجاهدین خلق ایران به‌وضوح نشان داده‌است که دشمن بنیادگرایی اسلامی است. 
 
کمیتهٔ پارلمانی ایران آزاد که از حمایت اکثریت و بیش از ۲۰۰ عضو برخوردار است، روز ۲۰۰۹ اعلام کرد: 
 اقدام با اعتراض جمهوری اسلامی ایران مواجه شد. قشقایی سخنگوی وقت وزارت خارجه ایران گفت: «این مسئله برخورد کاملاً دوگانه و گزینشی با موضوع تروریسم را نشان می‌دهد. اتحادیه اروپا که در راستای سیاست تروریسم خوب و تروریسم بد، حرکت می‌کند، علاوه بر جنایاتی که منافقین در ایران و عراق انجام داده‌اند کاملاً واضح و روشن است که این گروهک فرقه‌گرا، جزئی از تروریسم هستند و دستشان به خون ۱۶ هزار ایرانی آغشته‌است.» 
 الیزابت روبین در مقاله‌ای در روزنامهٔ نیویورک تایمز بر این نکته تأکید کرده بود که حذف این گروه از سازمان‌های تروریستی اقدامی اشتباه خواهد بود. وی در مورد توضیح در مورد این گروه نوشت:
 
 هم‌اکنون این سازمان تنها در دو کشور عراق و ایران به عنوان سازمان تروریستی شناخته می‌شود و هیچ کشور دیگری این سازمان را به عنوان تروریست ذکر نکرده‌است. 
 سازمان مجاهدین خلق از طریق لابی‌ها و آکسیون‌های برنامه‌ریزی شده و صرف هزینه‌های هنگفت، سعی در جلب شخصیت‌های پرنفوذ سیاسی به عنوان «حامی» خروج نام این گروه از «فهرست گروه‌های تروریستی» در اتحادیه اروپا و ایالات متحده آمریکا کرده‌است. 
 به عنوان نمونه شرکت با بیش از ۸۰۰ وکیل دادگستری که در استخدام دارد، نقش مهمی را در حذف نام سازمان مجاهدین خلق ایران از «فهرست گروه‌های تروریستی » داشت. روزنامه ، هزینه این شرکت لابی‌گر در آن دعاوی به نفع سازمان مجاهدین را چندین میلیون دلار برآورد کرده‌است. 
 همچنین، روزنامه نوشت که برخی افراد و سیاستمداران آمریکایی که در میانشان از مدیران سابق سازمان سیا و اف‌بی‌آی نیز دیده می‌شود از مجاهدین خلق برای حضور در اجتماعات و سخنرانی و حمایت‌های سیاسی رشوه می‌گیرند. «جیمز ولسی» و «پورتو گاس» از رؤسای سابق سیا، «لوئیس جی. فری» مدیرکل سابق اف‌بی‌آی، «تام ریچ» وزیر امنیت ملی در دولت جورج بوش، « » دادستان کل سابق و ژنرال «جیمز جونز» اولین مشاور امنیت ملی در دوره باراک اوباما از جمله این افراد هستند. 
 ، فرماندار پیشین در که به نفع خروج نام این گروه از «فهرست گروه‌های تروریستی» در ایالات متحده آمریکا فعالیت و در همایش‌های طرفداران این سازمان سخنرانی می‌کند، دریافت مبلغ ۱۵۰ هزار دلار را به عنوان «حق سخنرانی» به نفع این سازمان تأیید کرده‌است. 
 دادگاهی در روز ۲۰ تیر ۱۳۸۹، حکم دستگیری ۳۹ تن از اعضای سازمان مجاهدین خلق ایران، از جمله و ، رهبران این گروه، را به اتهام «جنایت علیه بشریت» صادر کرد. اتهام کمک به در سرکوب اکثریت شیعه و اقلیت کُرد این کشور مبنای این حکم دادگاه را تشکیل می‌دهد. در سال ۱۹۹۱ و به دنبال ، شورش‌هایی ضددولتی در جنوب و شمال به راه افتاد که با خشونت بسیار آن‌ها را فرونشاند. سازمان مجاهدین خلق هرگونه کمک به در فرونشاندن این شورش‌ها را تکذیب می‌کند. خبرگزاری رویترز از قول یکی از سخنگویان این سازمان «تصمیم دادگاه عراقی را سیاسی و آخرین هدیه دولت نوری المالکی به دولت ایران» توصیف کرد. 
 کنگره سراسری سازمان مجاهدین هم‌زمان به مناسبت پنجاه و دومین سالگرد تأسیس سازمان روز چهارشنبه ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ در پایتخت و ۵ پایتخت دیگر برگزار شد. این کنگره در اجتماع خود را به عنوان دبیرکل جدید انتخاب کرد. ریاست این کنگره را زهره اخیانی به عهده داشت که از شهریور ۱۳۹۰ دبیرکل این سازمان بود. براساس آئین‌نامه داخلی سازمان مجاهدین خلق دبیرکل هر دو سال یک بار انتخاب می‌شود. این در سه مرحله انجام می‌شود. در شور اول که در ۲۹ مرداد ۱۳۹۶ برگزار شد، زهرا مریخی ۸۶ درصد آرای شورای مرکزی این سازمان را از میان ۱۲ کاندیدا به دست آورد. در شور دوم که روز ۱۲ شهریور ۱۳۹۶ در ۱۰ مرکز برگزار شد وی ۸۴ درصد آرای مسئولان و کادرهای سازمان را از میان ۴ کاندیدا کسب کرد؛ و سرانجام در شور سوم و نهایی در ۱۵ شهریور در یک رأی‌گیری علنی در اجتماع سراسری، وی به اتفاق آرا به‌عنوان مسئول اول سازمان مجاهدین خلق ایران انتخاب شد. 
 زهرا مریخی پس از انتخاب، با دست گذاشتن بر و ادای احترام به پرچم ایران و آرم سازمان مجاهدین سوگند خورد که همواره به تعهدات سنگین این مسئولیت پایبند باشد و تمام توانایی خود و سازمانش را، برای استقرار و در ایران بکار بگیرد. وی قدردانی خود را از تلاش‌های سلف خود، زهره اخیانی و مژگان پارسایی، رئیس شورای مرکزی مجاهدین خلق، ابراز نمود. او تلاش‌های آن‌ها و دیگر اعضای مجاهدین خلق را در طی ۱۴ سال گذشته، در طول یکی از خطرناک‌ترین و پیچیده‌ترین دوره‌های سازمان در و کمپ لیبرتی، مورد ستایش قرار داد. مریخی گفت: «سازمان مجاهدین خلق در حال حاضر دارای ۱۸ همردیف دبیرکل از جمله هفت دبیرکل سابق است.» وی همچنین نرگس عضدانلو ۳۶ ساله، ربیعه مفیدی ۳۵ ساله و نسرین مسیح ۳۹ ساله را به عنوان معاونین دبیرکل معرفی کرد. 
 رئیس شورای ملی مقاومت ایران که در این اجتماع شرکت داشت با تبریک به مناسبت انتخاب زهرا مریخی به عنوان دبیرکل جدید مجاهدین گفت: «این یک انتخاب درخشان، در اوج دموکراتیسم و انسجام و شکوفایی و در راستای سرنگونی فاشیسم دینی است که در هم ارتجاع و اختناق را نوید می‌دهد.» 
 در مرداد ماه سال ۱۳۹۲ استراتژی جدیدی تحت عنوان «برنامه ۱۰ ماده ای برای آیندهٔ ایران» توسط سازمان مجاهدین خلق منتشر شد که نشان از تغییر و چرخشِ دیدگاه اقتصادی این سازمان از سوسیالیسم به بازار آزاد حکایت داشت.
دربند هشتم این برنامه آمده‌است: «ما مالکیت شخصی، سرمایه‌گذاری خصوصی و بازار آزاد را به رسمیت می‌شناسیم و این اصل را پیشاروی خود داریم که چه در اشتغال و چه در کسب و کار، تمام مردم ایران باید از فرصت‌های برابر برخوردار باشند.» 
 سازمان مجاهدین خلق از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، علیه نظام جمهوری اسلامی ایران، اعلام مبارزهٔ مسلحانه کرد. مسعود رجوی در گزارشی گفته‌است در مرحله اول از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۱، ۱۲ هزار نفر کشته شده‌اند. به همین جهت این سازمان از سوی سازمان محسوب می‌شود. علاوه بر عملیات‌های مسلحانه‌ای که سازمان مسئولیت آن را پذیرفته‌است، برخی و عملیات‌های نظامی دیگر هم به سازمان نسبت داده شده‌است:
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 به مجموعه اقدامات سازمان مجاهدین در برخورد با اعضای سپاه پاسداران و بسیج و مردم و تلاش برای کسب اطلاعات از طریق شکنجه آنان در مرداد ۱۳۶۱ گفته می‌شود. 
 در پی لو رفتن خانه‌های تیمی در اوایل سال ۱۳۶۱ مجاهدین اعضای سپاه و افرادی مشکوکی را که در اطراف خانه‌های تیمی مشاهده می‌کردند، ربوده و برای کسب اطلاعات مورد شکنجه قرار می‌دادند. یکی از اعضای جداشدهٔ سازمان در کتاب خاطرات خود می‌نویسد: «ما شکنجه می‌کنیم چون مجبور هستیم، ولی وقتی حاکم شویم، نمی‌کنیم … جنگ ما با رژیم، جنگ دو سازمان مهندسی است. هر کدام بیشتر شکنجه کند، برنده است.» 
در این عملیات، که از اوایل مرداد تا ۲۵ همان ماه به طول انجامید در مجموع سه پاسدار کمیته انقلاب اسلامی، یک کفاش، یک معلم و یک مهندس هوادار سازمان قربانی شدند. 
 
 
 
 
 
 
 سازمان مجاهدین خلق اجتماعات و تظاهراتی‌هایی را در مخالف با جمهوری اسلامی ایران برگزار می‌کند و در آن‌ها اغلب از افراد غیر ایرانی با پرداخت هزینه سفر، اقامت، غذا و .. استفاده می‌کند. در برخی موارد رسانه‌ها گزارش داده‌اند که برخی از شرکت کنندگان در تظاهرات از ماهیت این سازمان یا اهداف تظاهرات بی‌خبر هستند و گاه حتی از اینکه موضوع اجتماع ایران است بی‌خبر بوده و تصور می‌کردند در مورد اجتماع کرده‌اند. هرچند سخنگوی این سازمان این مطلب را رد کرده و به حکومت ایران نسبت می‌دهد، اما گزارش‌ها فراوانی از سوی رسانه‌های غیروابسته نظیر در اینباره منتشر شده‌است. برای نمونه آلینا آلیمکووا، دختر دانشجوی قرقیز و خبرنگار آزاد سرویس قرقیزی رادیو اروپای آزاد، در مصاحبه‌ای با رادیو فردا چگونگی جذب شدن و ترغیب شدن برای سفر به پاریس و حضور در اجتماع مجاهدین خلق را تشریح کرده‌است. وی می‌گوید که یک آگهی برای سفر با با قیمتی باور نکردنی و بسیار ارزان قیمت را دیده‌است و با آگهی دهنده تماس گرفته. به وی گفته شده که با پرداخت تقریباً ۱۵۰ هزار تومان می‌تواند به پاریس برود و یک هفته در یک چهار ستاره همراه با اقامت کند به شرط آنکه تنها در یک میتینگ سیاسی حضور داشته باشد. وی می‌گوید که ۳۱ خردادماه ۱۳۹۲ ساعت ۹ شب سوار هشت دستگاه شده و همراه دیگر جذب شدگان که اغلب داشته بوده و شیفته هزینه پایین سر بودند به پاریس منتقل می‌شوند. قبل از حضور در میتینگ تلفن‌ها ی همراه و دوربین‌های همه گرفته می‌شود اما به آنان کوپنی برای دریافت و نوشیدنی رایگان ارائه می‌دهند. 
 سازمان مجاهدین خلق در کنفرانسی در سال ۲۰۰۲ اطلاعاتی پیرامون سایت نطنز ارائه کرده و مدعی افشای برنامه هسته‌ای ایران برای اولین بار شد. اما منابع آمریکایی و اسراییلی چندی بعد افشا کردند که این اطلاعات تماماً از منابع دیگر از جمله دستگاه اطلاعاتی اسراییل بدست آنان رسیده بوده‌است و همچنین پیش از این کنفرانس تصاویر ماهواره‌ای نطنز از سوی برخی سازمان‌های دیگر در آمریکا ارائه شده بود. 
همچنین در سال ، این سازمان ادعاهای تازه‌ای پیرامون برنامهٔ اتمی ایران ارائه داد که صحت آن را هنوز ثابت نکردند. 
 مقاله‌های اصلی: و برخی از رسانه‌های معتبر آمریکا از جمله ، و نشریه در گزارش‌هایی در سال ۲۰۱۲ میلادی، با استناد به دو مقام آمریکایی مدعی شدند که دولت با همکاری سازمان مجاهدین خلق در ترور دانشمندان هسته‌ای در دست داشته‌است. در واکنش، مقام‌های وابسته به سازمان مجاهدین این موضوع را همواره تکذیب کرده‌اند و آن را «کاملاً دروغ» خوانده‌اند. 
 بسیاری از اعضای جداشده سازمان و همچنین محققین این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای می‌دانند. مخالفت با خانواده و مغزشویی از ویژگی‌های اصلی فرقه است. مسعود رجوی در سال ۱۹۸۵ اولین مرحله از آنچه انقلاب ایدئولوژیک می‌خواند را اعلام کرد. مرحله تبدیل شدن مجاهدین خلق از سازمان به فرقه از این مرحله آغاز گردید. در این مرحله از اعضای رده بالای سازمان همسر خود را طلاق داد و مریم قجر با ازدواج کرد. 
 در فاز بعدی از آنچه رجوی انقلاب ایدئولوژیک می‌نامید در سال ۱۹۹۰ و پس از پایان جنگ ایران و عراق و شکست سازمان در برابر ایران، همه اعضا متأهل ملزم شدند که طلاق بگیرند و یکسال بعد وی فرزندان اعضا را از پایگاه اشرف به اروپا منتقل کرد و از خانواده‌ها جدا نمود. حدود ۸۰۰ کودک از خانواده‌ها جدا شده و اروپا انتقال یافتند تا تحت نظر سازمان بزرگ شوند. 
 خبرگزاری ایرنا نیز به نقل از سایت الحدث نیوز گفته‌است که ویکی لیکس اسنادی منتشر کرده که «اعضای گروهک تروریستی منافقین در سال ۲۰۱۱ وارد سوریه شدند تا با کشتار مردم و معارضان دولت این کشور، مسئولیت این کشتارها را به گردن ایران بیندازند.» 
 سایت «اینتر لینک» از سایت‌های مخالف این سازمان نیز مدعی اعزام دو تن از اعضای این سازمان به سوریه و کشته شدن آنان در آن کشور است. در تحلیلی در بخش فارسی رادیو فرانسه معتقد است که «محتوای این گزارش با اطلاعات رسمی انتشاریافته توسط دولت بریتانیا مبنی بر «حضور اتباع اروپایی در جنگ داخلی سوریه» و همچنین گزارش رسمی اخضر ابراهیمی نماینده سازمان ملل در این زمینه کاملاً همسو و قابل توجیه بنظر می‌رسد.» Georges Malbrunot خبرنگار روزنامه فیگارو در سال ۲۰۱۳ مدعی شد که برخی اعضای این سازمان در درگیری‌های کشته شده‌اند. یکی از نمایندگان پارلمان عراق نیز مدعی حضور این سازمان در سوریه شده‌است. عبدالله البشیر النعیمی از رهبران ارتش آزاد سوریه نیز در سال ۲۰۱۴ در اجتماعی از مجاهدین خلق در حضور یافت و سخنرانی کرد. 
 سازمان مجاهدین خلق سال‌ها در پوشش انجمن‌های خیریه و به ادعای کمک به فقرا در ایران به جمع‌آوری پول در کشورهای اروپایی اشتغال داشته و مبالغ قابل توجهی از این طریق بدست آورده‌است. پس از رویداد ۱۱ سپتامبر و زیر نظر گرفتن شدید تر نقل و انتقال پول در کشورهای غربی کمیسون نظارت بر خیریه‌های انگلیس Charity Commission for England and Wales پس از یکسال تحقیقات دستور بستن این خیریه و حسابهای آن را صادر کرد. 
 دادستان وقت در مورد ایدئولوژی سازمان می‌گوید «شاید یکی از دلایل انحراف نفاق که با صراحت مشخص شد، رسیدن به این نظریه بود که هدف وسیله را توجه می‌کند و می‌گفتند ما به هدف برسیم ولو اینکه یک بچه شیرخوار کشته شود. این بر می‌گردد به ایدئولوژی که اینها داشتند… منافقین به بچه در بیمارستان اسلام‌آباد رحم نکردند و بیماران را کشتند (مجروحان جنگی هم نبودند) ما از اسلام یادگرفتیم مجروح جنگی را هم به عنوان اسیر درمان کنیم نه اینکه بکشیم. در شهر ببینید چه جنایاتی را آفریدند نه به بچه رحم می‌کردند و نه به پیر این همان چیزی است که برای رسیدن به هدف از هر وسیله‌ای استفاده می‌کردند و مهم رسیدن به هدف بود و ابزار برایشان مهم نبود.» 
علاوه بر این تغییر مواضع رادیکالی و پای گذاشتن بر مواضعی که زمانی به عنوان اصول این سازمان ادعا می‌شدند موجب شده که برخی منتقدین مشی این سازمان را ماکیاولیستی تعریف کنند، به‌طوری‌که ایرانپور و رضائیان می‌نویسند:
«یکی دیگر از راهبردهای اساسی این فرقه در سالیان حیات سیاسی اش، تکیه بر مشی ماکیاولیستی بوده و دقیقاً بر همین اساس در نقاط حساس تاریخی حیات سیاسی خود به راحتی آرمان‌ها و شعارهای خود را زیر پا نهاده و بر خلاف آن عمل نموده‌است چرا که به باور ایشان “هدف وسیله را توجیه می‌کند”» 
 سازمان مجاهدین خلق با توجه به تغییرات ایدئولوژیک و رهبران هم در دوران قبل و هم بعد از دچار انشعاباتی شده‌است. مهم‌ترین انشعاب قبل از انقلاب با تغییر ایدئولوژی سازمان به رهبری به مارکسیست صورت گرفت.
 مقالهٔ اصلی: 
عناصری که در بیرون از زندان گرایش سازمان به مارکسیسم را اعلام کرده بودند، بعد از انقلاب ۱۳۵۷ از نام مجاهدین دست کشیده و تحت عنوان به فعالیت خود ادامه دادند و پس از انقلاب نیز رفته رفته به مخالفت با نظام جمهوری اسلامی پرداختند. اوایل انقلاب ایران توسط اعدام شد. یک نگرش دیگر که از طرف مدعیان این سازمان نسبت به تغییر ایدئولوژی آن عنوان می‌شود این است که: دومین انشعاب از مجموعه مجاهدین به رهبری و بعد از انقلاب صورت گرفت. وی که از مجاهدین مسلمان بود و با رهبری مخالفت داشت بعد از انقلاب اقدام به تشکیل گروهی با نام مجاهدین راستین فعالیت کرده و نشریه ای بنام راه اندازی کردند. فعالیت این گروه تا زمان دستگیری لطف‌الله میثمی ادامه داشت و بعد از آن میثمی را راه اندازی نشریه چشم‌انداز به فعالیت‌های سیاسی و فرهنگی خود ادامه داد.
 بعد از انقلاب ایدئولوژیک در این سازمان گروهی از افراد در اعتراض به این موضوع در پاریس گرد هم آمده و ضمن وفاداری به ارمان مجاهدین اولیه و اعلام گروهی بنام خواندند. 
 گروه دیگری که از این مجموعه جدا شدند افرادی به رهبری پرویز یعقوبی همسر سابق مینا ربیعی (خواهر و باجناغ سابق ) بودند. پرویز یعقوبی که از گروه مجاهدین اولیه بوده و از سال ۱۳۴۷ در این مجموعه فعالیت داشت.
{"title": "سازمان مجاهدین خلق ایران", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%B3%D8%A7%D8%B2%D9%85%D8%A7%D9%86_%D9%85%D8%AC%D8%A7%D9%87%D8%AF%DB%8C%D9%86_%D8%AE%D9%84%D9%82_%D8%A7%DB%8C%D8%B1%D8%A7%D9%86&oldid=35009418", "language": "fa"}