این فهرست دربردارنده اسامی حاکمان و خان هایی است که بر ، از زمان حکومت ، فرزند چنگیز، در سال ۱۲۲۷ تا برکناری آنان توسط و خواجه های نقشبندی در سال ١٧٠۵، حکومت کردند. البته شاخه‌ای از این خاندان در تا سال ١٩۴٩ فرمانروایی کرد. حاکمان خانات جغتای از نظر اقتدار و توانایی با یکدیگر تفاوت داشتندک حکومت خانات جغتای به عنوان ضعیف ترین دولت مغولان شناخته میشود و اکثر حاکمان آن افراد شعیفی بودند که بیشتر حکم دست نشاندگان فاتحان بزرگی چون و را داشتند.
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 جانشینان منصور خان در اویغورستان، به مرکزیت تورفان، به عنوان خان ادامه حکومت دادند. برخلاف خان های یارکند، خان های تورفان دارای اقتدار کمتر و عموما تحت نفوذ و سلطه خانات یارکند بودند.
 
 
 
 
 
 
 
 
 (١۶٣٨-١۶۵٣ در ) ١۶۵٣–١۶۵۵، پسر عبدالرحیم خان، در سال ١۶۵۵ کشته شد. 
 
 
 
 خانات قومول یک خان‌نشین خودمختار در قلمروی بود که در سال ١۶٩۶ ایجاد شد و حاکمان آن از نسل مستقیم جغتای خان و خان های تورپان بودند و تا سال ١٩۴٩ حکومت کردند.
{"title": "فهرست حاکمان خانات جغتای", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D9%81%D9%87%D8%B1%D8%B3%D8%AA_%D8%AD%D8%A7%DA%A9%D9%85%D8%A7%D9%86_%D8%AE%D8%A7%D9%86%D8%A7%D8%AA_%D8%AC%D8%BA%D8%AA%D8%A7%DB%8C&oldid=34636367", "language": "fa"}