(۳ اسفند ۱۳۲۴ – ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ ) معروف به ، دومین پسر ، بنیانگذار نظام ، بود. خمینی در سال‌های پیش و پس از در سازماندهی روابط پدرش با مسئولان نقش مهمی داشت. او در ۴۹ سالگی در تهران درگذشت.
 نهی شدن از نخست‌وزیری در دولت ، نقشش در تخریب ، نقشش در و اتهام جعل دست‌خط پدرش، از موارد مورد توجهی هستند که پیرامون خمینی مطرح شده‌اند.
 احمد در روز بیست و چهارم اسفند ۱۳۲۴ در شهر به‌دنیا آمد. او پس از دورهٔ ابتدائی، ادامه تحصیل در علوم جدیده را برگزید. او به ورزش فوتبال روی آورد و هم‌زمان با تحصیل، عضو تیم فوتبال قم شد و مدتی نیز کاپیتان این تیم بود. 
 او پس از گرفتن دیپلم در رشتهٔ به تحصیل روی آورد، البته پیش از آن و توأم با تحصیل علوم جدید، نیز به فراگیری مقدمات پرداخته بود. دو دورهٔ مقدماتی و سطح را طی کرد و هم‌زمان با تحصیل به تدریس سطوح قبلی نیز اشتغال داشت و پس از آن و اصول را فرا گرفت.
 برخی از استادان حوزوی او عبارتند از: (درس خارج فقه)، (خارج اصول)، (خارج فقه) (خارج فقه) (شرح منظومه)، (اسفار)، (سطح و خارج)، (سطح) و 
 سید احمد خمینی در تاریخ ۱۳۴۸/۷/۱۱ با دختر ازدواج کرد و نتیجه این ازدواج سه به نام‌های: ، سید یاسر خمینی و بود که همگی معمّم هستند. 
 احمد خمینی دوران تبعید پدرش را بیشتر در قم و گذراند. او گهگاه نیز برای دیدار با والدینش به می‌رفت. گذرنامه و مجوز سفر او با وساطت صادر شده بود. 
 وی ابتدای حضور در تبعید، برای حضور در عراق و دیدار پدرش به‌صورت غیرقانونی از مرز خارج می‌شد که این امر حساسیت را برانگیخته بود.
در یکی از نامه‌های ساواک در خصوص حضور وی در سال ۱۳۴۴ در عراق و دیدار با پدرش چنین آمده‌است:
 «۱۹/۸/۴۴ – خیلی محرمانه
 به: ریاست شهربانی کل کشور (اداره اطلاعات)
 درباره: احمد مصطفوی خمینی فرزند روح‌الله
 خواهشمند است دستور فرمایید چنانچه نامبرده بالا تقاضای صدور یا تمدید گذرنامه و پروانه خروج نمود قبل از هر گونه اقدام مراتب را به این سازمان اعلام نمایند.
 از طرف رئیس سازمان اطلاعات و امنیت کشور. سپهبد نصیری» 
 چندین فقره بخشنامه و دستورالعمل مشابه از رئیس کل ساواک، اداره سوم و اداره نهم و ساواک شهر قم، در رابطه با پرونده سید احمد خمینی وجود دارد. 
 هنگامی ساواک مرکز از سفر احمد خبردار می‌شود که تلفنگرام فوری از ساواک همدان بدین شرح می‌رسد:
«روز گذشته سید احمد خمینی فرزند روح‌الله خمینی از عراق وارد و… در منزل سکونت اختیار نموده‌است.» 
 در ذیل همین تلفنگرام، ساواک کل در مرکز می‌نویسد:
«آقای صابری به ساواک قم بنویسید. این شخص در هفته گذشته از عراق به قم مراجعت نموده و پس از ورود به قم جهت ملاقات اشراقی به همدان رفته، ضمن اینکه ساواک قم در این زمینه اطلاعی نداده، این فعالیت‌ها را نموده – دستور مراقبت بدهید. اعمال وی دقیقاً تحت نظر باشد هدف از آمدن وی روشن گردد.» 
 متعاقب این گزارش و دستورالعمل‌های بعدی، ساواک قم، مراقبت از منزل خمینی و رفتارهای احمد را افزایش می‌دهد. اما چند ماه پس از این دوباره احمد مخفیانه از مرز عبور می‌کند و این بار نیز ساواک در هنگام بازگشت او، در مرز از سفر وی خبردار می‌شود. 
 احمد در نخستین اقامتش در نجف در سال (۴۴ و ۴۵) تکمیل آموزش دینی نزد پدر و برادرش را ادامه داد و حدود ۵ ماه بعد مخفیانه به ایران آمد. در مسیر بازگشت در بازداشت و به سازمان امنیت آنجا منتقل شد و اسناد و در پرونده‌های ساواک نشان می‌دهند او در بازجویی‌هایش مأمورین را فریب می‌دهد و هویتش در مرز برای ساواک شناخته نمی‌شود و پس از آزادی، از طریق و راهی قم می‌شود. 
 احمد پس از بازگشت از عراق، به تحصیل علوم دینی و دیدار از خانواده‌های زندانیان و تبعیدیان و انتقال پیام‌ها و سفارش‌های پدرش به منسوبین و نمایندگان شرعی خمینی در ایران و تنظیم امور بیت پدرش در قم می‌پرداخت. در پایان سال ۱۳۴۵ دوباره عازم عراق می‌شود و این بار مخفیانه از طریق خرمشهر به آن سوی مرز می‌رود و پس از یک هفته، خود را به نجف می‌رساند. در همین سفر است که او رسماً به سلک روحانیت درمی‌آید و « » را، به دست پدرش بر سر می‌نهد.
 سید احمد خمینی در دوران هویدا با گرفتن پاسپورت و به‌صورت قانونی از کشور خارج و به عراق و لبنان سفر می‌کند. 
 او در سال ۱۳۵۲ به عراق و لبنان رفته و در با مسائل منطقه و وضعیت شیعیان و مبارزه‌ای که در پیش روی داشتند صحبت کرده و با نیز دیدار داشته و زیر نظر وی آموزش نظامی دید. و در اواخر سال ۱۳۵۲ به ایران بازگشت.
 بعد از مرگ ، سید احمد خمینی مسئولیت بیت و دفتر روح‌الله خمینی را در نجف به عهده گرفت. وی در سال‌های اقامت در عراق با افرادی آشنا شد که او را پس از پیروزی انقلاب در عرصه‌های گوناگون یاری کردند. از جمله این افراد می‌توان به ، و اردستانی اشاره کرد. 
 در پی تبعید روح‌الله خمینی از نجف به ، احمد همراه پدرش بود. روح‌الله خمینی در وصیتنامه خویش تصریح کرده که مشاورِ آن سفر، احمد بوده‌است. 
 سید احمد به همراه پدرش در مهرماه ۱۳۵۷ را به قصد پاریس ترک کرد.
 سید احمد خمینی در پاریس علاوه بر برای تنظیم امور بیت و دفتر خمینی در و برگزاری مصاحبه‌های مطبوعاتی و ترجمه مصاحبه‌ها و پیام‌های او و جلوگیری از تحریف آنها، عهده‌دار برقراری ارتباط‌های گسترده و لازم بین گروه‌های مختلف با روح‌الله خمینی بود.
 در روز ۱۲ بهمن سال ۱۳۵۷ همراه با روح‌الله خمینی و در پرواز انقلاب به تهران بازگشت و در و رفاه تهران مستقر گردید. در اسفند همان سال به همراه پدرش عازم قم گردید.
 سید احمد خمینی در تاریخ ۱۰ اسفند ۱۳۵۷ همراه با پدرش عازم قم گردید و وسایل و زمینه‌های لازم را برای هدایت امور انقلاب و تنظیم امور بیت و دفتر روح‌الله خمینی و تأمین شرایط برای ارتباط‌های گسترده با مردم و مسئولین که روزانه در نوبت‌های متوالی به دیدار روح‌الله خمینی در قم می‌رفتند، فراهم نمود. او مسئول انتقال دستورهای پدرش به مراکز ذی‌ربط بود.
 دوران یکسالهٔ اقامت روح‌الله خمینی در قم در فاصله اسفند ۵۷ تا بهمن ۱۳۵۸ که بر اثر عارضه قلبی عازم بیمارستان قلب تهران (شهید رجائی) گردید، دوران تحولات اساسی در و اجتماعی ایران بود. در همین مقطع، و انتخابات و انتخابات نخستین دورهٔ برگزار گردیدند. 
 روحانی ، ، در سال ۱۳۵۸ پس از ، در یک گفتگو با رسانهٔ امید ایران، در اشاره به پیش از انقلاب گفت: «وقتی جنازه رضاخان را می‌آوردند ما بنزین تهیه کردیم که جنازه را آتش بزنیم ولی متأسفانه نشد». صادق خلخالی، نخستین حاکم شرعی دادگاه‌های انقلاب در ایرانِ جمهوری اسلامی، که احکام اعدام جنجالی فراوانی را نیز برای خدمت‌گذاران حکومت پادشاهی صادر کرد، در خاطراتش، از خراب کردن آرامگاه رضاشاه در اردیبهشت ۱۳۵۹ گفته‌است: «ما به دفتر رفتیم و طبق معمول از هر دری سخن به میان می‌آمد و گفته شد زمان آن فرا رسیده‌است که مقبره پهلوی خراب شود. ما می‌خواستیم به او و یارانش نشان دهیم که دیگر در ایران هیچ ریشه و پایه و خانه‌ای ندارد». بر پایهٔ بخشی از همین روایت، امکانات را عباس دوزدوزانی، سرپرست وقت در اختیار آنان قرار داده بود و به همراهی وی، عازم شد. در شب نخست عملیات خراب‌سازی آرامگاه، احمد خمینی، فرزند رهبر انقلاب اسلامی ایران، خمینی، به آرامگاه شاه آمد و خلخالی این سر زدن را، به عنوان نشانی از موافقت رهبر جمهوری اسلامی دانست. کار تخریب آرامگاه، نزدیک ۲۰ روز ادامه یافت و از و جرثقیل هم در این کار، بهره‌برداری شد. این کار با استعلام از شخص خمینی انجام شد. 
 پس از انتخاب به ریاست جمهوری، از سوی رئیس‌جمهوری به عنوان نامزد نخست‌وزیری پیشنهاد شد که با مخالفت پدرش از این امر نهی گردید. 
 سید احمد خمینی بعد از مدتی از مخالفان شدید شده و پس از حوادث سال شصت در برابر این گروه قرار می‌گیرد.
 نیز در دیدارش با هیئت مرگ از نقش سید احمد خمینی در این این ماجرا می‌گوید. منتظری می‌گوید که هیئت مرگ به‌جای انتقال پیام وی به خمینی موضوع را به احمد خمینی گفته و او در پاسخ گفته توجه نکنید و به کارتان ادامه دهید. 
 منتظری در دیدار اولش در مرداد ۱۳۶۷ با هیئت مرگ هم به آن‌ها می‌گوید:
 او همچنین در کتاب خاطرات خود دو نامه روح‌الله خمینی برای اجرای اعدام‌ها را دستخط احمد خمینی می‌داند. 
 در ۲۸ مرداد ۱۳۶۱ از ترور جان به در برد. 
 اخبار جنگ از طریق احمد به روح‌الله خمینی می‌رسید و علاوه بر آن، ابلاغ پیام‌های سرّی و علنی خمینی در رابطه با امور نظامی و ارتباط با و فرماندهان نظامی و شرکت در جلسات شورا و برنامه‌ریزی ملاقاتِ رزمندگان ارتشی و سپاهی و بسیجی با از دیگر مسئولیت‌های او بود. 
 وی پس از مرگ روح‌الله خمینی فاقد قدرت سابق بوده و با وجود انتصاب و عضو و و بر اساس حکم دیگر آن نفوذ سابق را نداشت. عضویتش در نهادهای مذکور تا زمان مرگش ادامه داشت. او همچنین عضو هیئت امنای مرکزی بود. او در همین زمان متنی بلند به نام در مورد عزل حسین‌علی منتظری از قائم مقامی رهبری منتشر کرد. احمد خمینی در دومین دوره نمایندگی استان تهران را بر عهده داشت. 
 در سال ۱۳۶۸ نامه ای پس از مرگ خمینی منتشر شد که در پاسخ به نامه محتشمی پور وزیر کشور وقت اعلام شده بود حضور اعضای نهضت آزادی در عرصه‌های مختلف سیاسی ممنوع است متعاقب انتشار این نامه این نامه را جعلی دانسته و سید احمد خمینی را به جعل این نامه متهم کرد. پس از آن اعضای بیت حسینعلی منتظری نیز با تأیید این ادعا اعلام کردند که این نامه جعلی بوده و سید احمد خمینی برخی از نامه‌های منسوب به خمینی را می‌نوشته‌است. متعاقب این ادعاها دادگاهی تشکیل شده تا به موضوع رسیدگی کند ولی با تطویل دادگاه و مرگ بازرگان و احمد خمینی پرونده مختومه می‌گردد.
 بنا به اعلام رئیس در سالهای بعد با تکرار این اتهام از سوی قوه قضائیه ماجرا را رسیدگی کرده و با شکایت متقابل به عنوان متولی این آثار و تأیید اصل این دست خط مطابق با قانون توسط مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، حزب و دبیرکل وقت آن به شلاق و سپس به جریمه نقدی محکوم می‌شوند. 
 از سوی دیگر نهضت آزادی با رد این ادعا اعلام کرده‌است که در زمان حیات جلسه دادگاه با وجود حضور کارشناسان خط شهربانی به علت عدم حضور سید احمد خمینی و بعد از آن تطویل دادگاه تشکیل نشده و نظر کارشناس مستقل در این مورد به ثبت نرسید و در دادگاه دوم نیز صرفاً مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی به عنوان متولی و شاکی نظر خود را تأیید کرد. 
 ، برخی از نامه‌های منسوب به خمینی را نوشته سید احمد یا رسولی محلاتی اعلام کرده و گفتند که صرفاً امضای روح‌الله خمینی پای آن بوده‌است. 
 در صبحگاه روز ۲۱ اسفند ۱۳۷۳، خبر بستری شدن او منتشر شد. گزارش‌های بعدی حاکی از آن بود که عارضهٔ قلبی و تنفسی ناگهانی در حالت خواب سبب ایست کامل قلب و تنفس برای لحظاتی گردید و همین امر موجب بروز شده‌است. پس از پنج روز، تلاش تیم پزشکی نتیجه نبخشید و «احمد خمینی» در شامگاه ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ درگذشت. 
 بعد از مرگ ناگهانی احمد خمینی در ۱۳۷۳ که بر اساس اعلام منابع دولتی، بر اثر اعلام شد، شایعاتی در مورد طبیعی نبودن مرگ وی وجود داشت، تا این که بعد از ماجرای پاییز ۱۳۷۷ و بحث‌هایی که در این زمینه در مطبوعات ایران از سوی و رقبایشان جریان داشت، از چهره‌های مطبوعاتی، مدعی شد که به وی گفته‌است که رئیس دادگاه که پرونده رسیدگی به این ماجرا به وی سپرده شده بود، در دیداری با فرزند او گفته‌است که مجرمان قتل‌های زنجیره‌ای گفته‌اند که احمد خمینی توسط محفل کشته شده‌است. این حرف‌ها را در یک جلسه گفتگو و مناظره در جمع دانشجویان در که قرار بود هم در آن شرکت کند اظهار داشته بود. این گفته او از سوی نیازی تکذیب شد و او به اتهام نشر اکاذیب قرار گرفت. از خواستار شد که در زمینهٔ درستی یا نادرستی گفته‌های او اظهار نظر کند؛ که سید حسن خمینی در نامه‌ای، درستی اظهارات عمادالدین باقی را تأیید کرد. 
 در متن بازجویی‌های معاون امنیتی وقت و متهم ، آمده‌است که وی با اشاره به برخی انتقادات سید احمد خمینی به وضعیت موجود، گفته: «متأسفانه حاج احمد آقا به راه یک طرفه بدی وارد شده بود که برگشت نداشت.» 
 با این حال از آنجا که اعترافات عاملان قتل‌های زنجیره‌ای در زندان و تحت فشار و شکنجه بوده‌است نمی‌توان اظهار نظر کرد که کدام یک از این اعترافات معتبر و کدامیک نامعتبر است، کما اینکه آن‌ها به عامل سیا و موساد بودن هم اعتراف کرده‌اند و نیز معترف شده‌اند قصد انجام عملیاتی ضدحکومتی در حد ترور محمد یزدی رئیس سابق قوه قضاییه را داشته‌اند. 
 در خاطرات خود در این باره چنین می‌نویسد: «دربارهٔ شایعات مربوط به مرگ احمد آقا صحبت بود. خیلی شایعات نادرست به خاطر مرگ نابهنگام وجود دارد و به نظر می‌رسد، ضدانقلاب در پشت شایعات باشد. رادیو اسرائیل هم شیطنت می‌نماید.» 
 در پی اعتراض و ایجاد اختلال در سخنرانی در سالگرد روح‌الله خمینی، در روز ۱۷ خرداد ۱۳۸۹ در اعتراض به این واقعه، تهدید کرد که اگر چنین رویدادهایی تکرار شوند او نیز در مورد وقایعی که بر پدر او سید احمد خمینی رفته بود، به روشنگری خواهد پرداخت.
 همچنین محمد جواد اکبرین پژوهشگر علوم اسلامی در گفتگو با بی‌بی‌سی گفت:
 مهاجر قبیله ایمان اوست که توسط مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی به قلم و با مقدمه فرزندش سید حسن خمینی منتشر شده‌است. این کتاب شامل بیان مطالب ناگفته از زندگی سید احمد خمینی، اسناد و مدارک ساواک، نامه منتشر نشده همراه با عکس‌های چاپ نشده از او می‌باشد.
 این کتاب، دفتر خاطراتی از سید احمد خمینی است، مؤلف مدتی در کنار وی سپری کرد و از شیوه زندگی و اخلاقی او مطالبی را بازگو کرده‌است.
 این مجموعه کوششی است در بازشناسی اندیشه و رفتار و کردار و شخصیت او. اغلب مطالب گردآورده شده در این مجموعه حاصل سخنرانی و اظهار نظر یاران وی است.
 «یادگار ماندگار» عنوان مجموعه مقالاتی است که نویسنده دربارهٔ افکار، اندیشه و مواضع سید احمد خمینی نوشته‌است. 
 سید احمد خمینی در نامه‌ای به عموی خود ضمن انتقاد شدید از ملی‌گرایان، چنین نظری را بیان می‌کند: 
 وی همچنین در این نامه از انتقاد کرد. 
 مقالهٔ اصلی: سید احمد خمینی در اظهارنظرهایی در سال ۱۳۶۹ با نام بردن از به عنوان شاگرد روح‌الله خمینی و بیان اینکه هیچ‌کس حق شکستن حریم رهبری را ندارد، حرمت رهبری نظام اسلامی را از اصول خدشه‌ناپذیر انقلاب اسلامی دانست و از همه خواست تا به دستورهای رهبری عمل کنند. وی در بخشی از این اظهار نظرها می‌گوید: 
 احمد خمینی در دو دوره پیاپی از سال ۱۳۶۸ تا هنگام درگذشت، نماینده رهبری در بود. وی همچنین از اعضای بود. 
 
او در مصاحبه‌ای که روز ۲۱ اسفند ۱۳۷۳ منتشر شد، (روز سکته و چهار روز پیش از مرگ) سخنان انتقادی تندی از او دربارهٔ اوضاع کشور در گفتگو با هفته‌نامه امید عنوان داشته بود:
{"title": "سید احمد خمینی", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D8%B3%DB%8C%D8%AF_%D8%A7%D8%AD%D9%85%D8%AF_%D8%AE%D9%85%DB%8C%D9%86%DB%8C&oldid=34927284", "language": "fa"}