که در ۳ خرداد ۱۳۸۴ گشایش یافت، برای جمع‌آوری هدیه‌های رسمی و غیررسمی که در دوره ریاست جمهوری سید تقدیم شده‌است در نظر گرفته شده‌است. برای سایر دوره‌های ریاست جمهوری در ایران نیز موزه‌های جداگانه‌ای وجود دارد. این هدایا شامل اشیای ملی و اسناد روابط سیاسی ایران است که اسناد ملی محسوب می‌شوند و تحت نظر سازمان اسناد و است. 
 مکان قرارگیری این موزه تصویب شده‌است اما با تغییر دولت و تغییر مدیر ، برای بازدید عمومی از این موزه متوقف شد. در دوران محمود احمدی‌نژاد یازده هدیه نفیس متعلق به خاتمی از این مکان به سرقت رفت و پرونده آن بی‌نتیجه در پلیس به بایگانی سپرده شد. محمود احمدی‌نژاد نیز هدایای خود را در همین مکان نگهداری می‌کرد ولی پس از پایان دوره خود، همه آن‌ها را به یکباره به مکان نامعلومی برد. 
 ساختمانی که در در نظر گرفته شده از سال ۱۳۸۱ توسط نهاد ریاست جمهوری مورد و ترمیم قرار گرفته بود. این بنا که در دهه ۱۳۱۰ خورشیدی ساخته شده‌است، تقریباً ۲۵۰۰ متر مربع زیر بنا (در سه طبقه و یک زیرزمین) دارد. این بنا ابتدا برای سکونت فرزند با دختر ملک فاروق (پادشاه مصر) ساخته شد، پس از انقلاب ۱۳۵۷ به با کاربری تعلق گرفت، در برای اسکان همراهان سران کشورها تخصیص داده شد، و در دوره دوم ریاست جمهوری خاتمی برای موزه هدایا آماده شد. 
 در سال ۱۳۸۴ با مصوبه هیئت دولت وقت، بهره‌برداری از این بنا (با کاربری فرهنگی - یادمان ریاست جمهوری) به سازمان اسناد و واگذار شد. 
 این موزه حدود ۲۰۰۰ اثر در خود جای داده‌است که شامل قلب شیشه‌ای اهدایی رئیس‌جمهور ، قطعه‌ای از پرده اهدایی ولیعهد عربستان، انگشتر شهید حق‌جو، اهدایی فاطمه حق‌جو فرزند وی، و آثار اهدایی ، پاپ ، دبیر کل می‌شود. در بخشی از موزه نیز هدیه‌هایی که به اسلاف سید محمد خاتمی اهدا شده‌است، قرار دارد. 
 حجت‌الاسلام والمسلمین ، رئیس‌جمهور وقت ایران در سال ۱۳۸۱ پس از بازدید از موزه در افتتاح آن در دفتر یادبود موزه نوشت: «موزه را سندی از گذشته می‌دانند ولی باید آنرا شاهدی بر امروز و دلیلی برای فردا دانست. موزه عبرت آموز است از آن جهت که گذر زندگی و ناپایداری عمر طبیعی و عمر خدمت یا خیانت افراد را نشان می‌دهد.» در ادامه نوشت: «انسانها درگذرند ولی آن اندیشه و سیاست پیروز است که درخشان در درخشندگی زندگی پسینیان مؤثر باشد.» او با قدردانی از دست‌اندرکاران این موزه نوشت: «آنچه در این موزه جمع آمده‌است به احترام ملت بزرگوار ایران در سایه اعتمادی که به من شد به من اهدا شده‌است؛ بنابراین متعلق به مردم ایران است. در زندگی اگر سرمایه‌ای دارم عشق به این مردم و عزم خدمت به او بوده‌است. نمی‌دانم دراین عزم تا چه حد موفق بوده‌ام.»
{"title": "موزه هدایای ریاست‌جمهوری خاتمی", "link": "https://fa.wikipedia.org//w/index.php?title=%D9%85%D9%88%D8%B2%D9%87_%D9%87%D8%AF%D8%A7%DB%8C%D8%A7%DB%8C_%D8%B1%DB%8C%D8%A7%D8%B3%D8%AA%E2%80%8C%D8%AC%D9%85%D9%87%D9%88%D8%B1%DB%8C_%D8%AE%D8%A7%D8%AA%D9%85%DB%8C&oldid=35057256", "language": "fa"}