Identifica la temàtica clau del text.
Una Gap penalty, o penalització per buit, com podria dir-se en català, és, en Bioinformàtica, una puntuació típicament negativa assignada a un gap, o buit, en un alineament de dues o més seqüències. Per entendre millor d'on prové el concepte, cal conèixer que les seqüències homòlogues, siguin de nucleòtids (ADN o ARN) o de proteïnes, han divergit d’un ancestre comú, i que l’alineament resultant ens mostra les regions conservades i les regions que han passat per esdeveniments evolutius com ara mutacions, insercions, delecions, duplicacions i inversions. Aquestes seqüències acostumen a ser de diferent longitud degut a les insercions i delecions (indels) produïdes des que les seqüències van divergir. Si són d’un o dos nucleòtids poden generar el desplaçament de la pauta de lectura i sovint tenen conseqüències deletèries. En canvi, si tenen lloc en tri-nucleòtids (el que es traduiria en un aminoàcid), el resultat és una extensió o escurçament de la seqüència que pot tenir implicacions en la funció de la proteïna. Quan es duu a terme una alineació entre dues o més seqüències, aquestes indels es refereixen conjuntament com a buits, els quals es representen amb un guió “-”.
El text tracta sobre informàtica.