On va construir Sant Joan?
En l'àmbit religiós, Sagnier rebé diversos encàrrecs dels Salesians, com ara el Santuari de Santa Maria Auxiliadora (1889-1901), compost per un cor per a 300 persones i una església de tres naus separades per doble filera de sis columnes; per al seu disseny, Sagnier s'inspirà en la casa central dels Salesians a Torí. Entre 1892 i 1897 realitzà el col·legi de Jesús-Maria, al passeig de Sant Gervasi, 15, d'estil neogòtic, i entre 1892 i 1894 el col·legi del Sagrat Cor de Jesús, a la cantonada Diputació amb Bailén, sobre una edificació anterior de Josep Vilaseca. Al barri del Clot construí el Centre de la Mare de Déu del Carme i Sant Pere Claver (1899-1903), conjunt destinat a escoles i tallers d'oficis per a joves obrers, desaparegut el 1936. Igualment, com a arquitecte diocesà de Barcelona construí diverses parròquies als barris obrers de la ciutat: Sagrat Cor al Poblenou (1895-1926), Sant Joan a Horta (1909-1917), Sant Francesc d'Assís al Poblenou (1914-1917), Mare de Déu de Montserrat al Guinardó (1920-1924), Mare de Déu del Roser a Fort Pius (1923-1924), Crist Rei a La Sagrera (1924-1931), Santa Engràcia a Verdun (1925-1928), Sant Ramon Nonat a Collblanc (1925-1935); així com a diverses poblacions de la diòcesi: Santa Maria a Castelldefels (1903-1909), Santa Margarida a Santa Margarida i els Monjos (1920-1924), Sant Pere a Masquefa (1922-1925) i Santa Maria a Vilobí del Penedès (1925-1933). També va acabar l'església parroquial de Sant Pere de Ribes (1910) iniciada per Josep Codina.
Horta