A qui es va encarregar la nova construcció de la capella?
Una vegada aconseguida l'autorització per part de Carles I, es va encarregar la direcció de la nova construcció de la capella a l'arquitecte Alonso de Covarrubias, començant les obres el 1531. Quedava situada entre el costat nord de la capella de Santiago i la de santa Leocàdia, a la capçalera de l'edifici. L'entrada es va fer per l'antiga Capella de Santa Bàrbara a través d'un arc decorat amb escultures. Consta d'una nau dividida per dos arcs ogivals amb un vestíbul d'entrada, dos trams, i un absis poligonal. La nau té una volta de creueria gòtica, però l'ornamentació i els sepulcres són d'estil renaixentista i plateresc.
Alonso de Covarrubias