Quin és el tema principal del text?
L'alineament múltiple de seqüències (MSA, per les sigles en anglès) es refereix al procés o resultat d’un alineament de seqüències de tres o més seqüències biològiques, generalment proteïnes, ADN o ARN. En alguns casos, es poden trobar relacions evolutives i inclús l'avantpassat comú. En cas que es vulgui inferir homologia s’ha de recórrer a l'anàlisi filogenètic. Podríem considerar que un MSA és una organització matricial d’un grup de seqüències, en la qual cada fila correspon a una seqüència diferent (per exemple, d’espècies diferents) i cada columna correspon a una posició equivalent en les seqüències. Les representacions visuals de l’alineament mostren les mutacions puntuals (un únic canvi d’aminoàcid o de nucleòtid) que apareixen com diferents caràcters en una mateixa columna, així com les insercions o delecions de fragments, conegudes com a indels, que apareixen com buits a les seqüències.Per dur a terme aquest procés s’usen algorismes computacionals per produir i analitzar els alineaments. La major part dels programes utilitzen mètodes heurístics en canvi d'optimitzacions globals, ja que trobar un alineament global per moltes seqüències és costós a nivell computacional. Per altra banda, les solucions heurístiques no et donen garanties sobre la qualitat de les mateixes i solen estar per sota de la solució òptima.
El text tracta sobre informàtica.