Identifica la temàtica clau del text següent.
S'ha proposat un nombre de models d'evolució de l'ADN de Màrkov. Aquests models de substitució difereixen pel que fa als paràmetres emprats per a descriure les taxes de mutació, és a dir en les que els nucleòtids reemplacen a altres amb el pas de les generacions. Aquests models s'utilitzen freqüentment en anàlisis de filogènia molecular. En particular, s'utilitzen en el càlcul de la versemblança d'un arbre, en aproximacions de l'estimació dels arbres bayesians i de màxima versemblança (Maximum Likehood), i s'utilitzen per a estimar la distància evolutiva entre seqüències a partir de les diferències observades entre aquestes. Aquests models són descripcions fenomenològiques de l'evolució de l'ADN com una cadena de quatre estats discrets. Aquests models de Màrkov no representen explícitament el mecanisme de mutació ni l'acció de la selecció natural. Més aviat descriuen les taxes relatives dels diferents canvis. Per exemple, biaixos de mutació i selecció purificadora afavoreixen els cansi conservatius i probablement ambdós són responsables de la taxa relativament elevada de transicions en comparació amb les transversions en les seqüències que evolucionen. Tanmateix, el model de Kimura (K80) que es descriu més avall senzillament intenta capturar l'efecte de les dues forces en un paràmetre que reflecteix la taxa relativa de transicions i transversions. Les anàlisis evolutives de seqüències es duen a terme en una àmplia varietat d'escales temporals. Per això és convenient expressar aquests models en termes de taxes instantànies de canvis entre diferents estats (les matrius Q de sota). Si donem un estat inicial (ancestral) a la primera posició, la matriu del model Q i la longitud de la branca expressant el nombre esperat de canvis que s'han donat des de l'ancestre, aleshores podem derivar la probabilitat de la seqüència descendent tenint cadascun dels quatre estadis. Els detalls matemàtics d'aquesta transformació des de taxa-matriu a matriu de probabilitats en descriuen a la secció de models matemàtics de substitució de la pàgina de models de substitució. Expressant en termes de taxes instantànies de canvi podem evitar estimar grans nombres de paràmetres per a cada branca en un arbre filogenètic (o cada comparació si l'anàlisi inclou moltes comparacions de seqüències per parelles).
El text tracta sobre informàtica.