De quin tema parla el text següent?
Un alineament de seqüències en bioinformàtica és una forma de representar i comparar dues o més seqüències o cadenes d'ADN, ARN, o estructures primàries proteiques per ressaltar les seves zones de similitud, que podrien indicar relacions funcionals o evolutives entre els gens o proteïnes consultades. Les seqüències alineades s'escriuen amb les lletres (representant aminoàcids o nucleòtids) en files d'una matriu en què, si cal, s'insereixen espais perquè les zones amb idèntica o similar estructura s'alineïn.  Si dues seqüències en un alineament comparteixen un avantpassat comú, les no coincidències poden interpretar-se com mutacions puntuals (substitucions), i els forats com indels (mutacions d'inserció o deleció) introduïdes en un o dos llinatges en el temps que va transcórrer des que divergí. En l'alineament de seqüències proteiques, el grau de similitud entre els aminoàcids que ocupen una posició concreta en la seqüència es pot interpretar com una mesura aproximada de la conservació en una regió particular o motius de seqüència entre llinatges. L'absència de substitucions, o la presència de substitucions molt conservades (la substitució d'aminoàcids la cadena lateral té propietats químiques similars) en una regió particular de la seqüència indica que aquesta zona té importància estructural o funcional. Tot i que les bases nucleotídiques de l'ADN i ARN són més semblants entre si que amb els aminoàcids, la conservació de l'aparellat de bases podria indicar papers funcionals o estructurals similars. L'alineament de seqüències es pot utilitzar amb seqüències no biològiques, com en la identificació de similituds en sèries de lletres i paraules del llenguatge humà o en anàlisi de dades financeres. Seqüències molt curtes o molt similars es poden alinear manualment. Tot i així, els problemes més interessants necessiten alinear seqüències llargues, molt variables i extremadament nombroses que no poden ser alineades per humans. El coneixement humà s'aplica principalment en la construcció d'algorismes que produeixin alineaments d'alta qualitat, i ocasionalment ajustant el resultat final per a representar patrons que són difícils d'introduir en algorismes (especialment en el cas de seqüències de nucleòtids). Les aproximacions computacionals a l'alineament de seqüències es divideixen en dues categories: alineament global i alineament local. Calcular un alineament global és una forma d'optimització global que "força" a l'alineament a ocupar la longitud total de totes les seqüències introduïdes (seqüències problema). Comparativament, els alineaments locals identifiquen regions similars dins de llargues seqüències que normalment són molt divergents entre si. Sovint es prefereixen els alineaments locals, però poden ser més difícils de calcular perquè s'hi afegeix el desafiament d'identificar les regions de major similitud. S'apliquen gran varietat d'algorismes computacionals al problema d'alineament de seqüències, com a mètodes lents, però d'optimització, de programació dinàmica, i eficients mètodes heurístics o probabilístics dissenyats per a cerca a gran escala en bases de dades.
El text tracta sobre informàtica.