As universidades têm uma organização interna baseada em unidades orgânicas de ensino e de investigação, onde se incluem faculdades, escolas, institutos, colégios e departamentos. Essas unidades dispõem de maior ou menor autonomia dentro da universidade, conforme a organização da mesma. No caso em que as suas unidades dispõem de uma grande autonomia, uma universidade pode constituir uma mera federação de escolas ou faculdades, agrupadas para efeitos meramente administrativos, eventualmente partilhando alguns recursos comuns. Muitas universidades deste tipo tiveram origem no agrupamento administrativo de escolas mais antigas, as quais, mesmo integradas numa instituição maior, mantiveram a sua identidade e parte da sua autonomia.