Em 15 de janeiro de 1998, a Lei de criação da Fundação foi alterada pela Lei nº 1.862. O Instituto de Ciência e Tecnologia do Distrito Federal (ICT/DF) foi incorporado à FAPDF por meio do Decreto nº 21.527, de 23 de agosto de 2000. Em 09 de agosto de 2005, sob a necessidade de reestruturação organizacional, a Lei de criação da FAPDF foi alterada novamente pela Lei nº 3.652 de 09 de agosto de 2005.