As universidades públicas são tuteladas pelos governos nacionais ou locais, cuja interferência na administração interna de cada universidade pode ser maior ou menor, conforme o país, a região ou o próprio estatuto da instituição. Em alguns casos, as universidades são tuteladas diretamente pelo departamento governamental de educação ou ensino superior, mas noutros estados essa tutela pode ser delegada numa entidade independente, normalmente de natureza colegial. Os órgãos de tutela governamental são normalmente sempre responsáveis pela alocação de fundos públicos às universidades, pela acreditação das instituições e dos seus cursos superiores e pelo regime de graus conferidos. Para além da componente financeira, dependendo do grau de autonomia atribuído às universidades, os órgãos de tutela poderão ter interferência no sistema de acesso, na criação, alteração ou extinção de cursos superiores, na organização interna das instituições, nos seus planos estratégicos universitários e no regime do pessoal docente. Contudo, uma grande parte das universidades públicas dispõe de uma alargada autonomia financeira, pedagógica e científica.