O doutorado obtém-se com a defesa de uma tese, que deve ser um trabalho original. O ingresso direto no doutorado é voltado à pesquisa científica ao invés da docência como no caso do mestrado. As agências de fomento, que nos anos 1980 e 1990 incentivaram a ida de brasileiros ao exterior para se doutorarem, concluíram na última década que o Brasil já conta com cursos de doutorado de qualidade suficiente para que seja possível cursá-los no País e não mais no exterior. Enquanto o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico e a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo concedem pouquíssimas bolsas de doutorado no exterior, a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior mantém concessões, mas em número que tende a decrescer. A prioridade das agências, atualmente, é a concessão de estágios-sanduíche, isto é, de períodos de seis meses a um ano letivo para que o aluno de doutorado, matriculado no Brasil, entre em contato com centros avançados no exterior e entabule contatos que depois desenvolverá [carece de fontes]. Usualmente, o estágio sanduíche se dá durante o terceiro ano do curso.