Como precursor do MEC, esteve o Ministério da Instrução Pública, Correios e Telégrafos, criado em 1890 em atendimento a Benjamin Constant. Durante o governo de Floriano Peixoto, entre 1891 e 1892, o ministério é extinto, passando a ser uma diretoria no Ministério da Justiça e Negócios Interiores. Em 1930, foi criado o Ministério dos Negócios da Educação e Saúde Pública. No dia 15 de janeiro de 1937, passou a se chamar Ministério da Educação e Saúde e suas atividades passaram a ter um limite à administração da educação escolar, educação extra-escolar e da saúde pública e assistência médico-social.