No caso da Universidade de São Paulo (USP), o curso de Engenharia de Computação foi criado dentro da Escola Politécnica, que já oferecia um curso de Engenharia Eletrônica com ênfase em sistemas, e o curso original de bacharelado em Ciência da Computação continuou sendo oferecido pelo Instituto de Matemática e Estatística, não havendo qualquer relação entre os dois cursos. A primeira turma de engenheiros de computação da Poli-USP iniciou-se em 1989 na cidade de Cubatão, no modelo cooperativo, intercalando ciclos de estágio com ciclos acadêmicos, similar ao existente na Universidade de Waterloo. Na USP de São Carlos, o curso de Engenharia de Computação foi criado através da parceria entre a Escola de Engenharia de São Carlos e o Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação da Universidade de São Paulo.