Esta portaria distinguiu claramente o Mestrado Profissional do Mestrado Acadêmico, caracterizando o primeiro como voltado ao emprego do método científico para a solução de problemas reais e multidisciplinares das organizações, enquanto o segundo tem, por objetivo, proporcionar, ao estudante, o emprego do método científico em problemas de pesquisa acadêmica de uma dada área de conhecimento. O trabalho acadêmico para obtenção do título de mestre profissional é uma dissertação com defesa diante de uma banca, como no mestrado acadêmico, mas existem outras exigências (como construção de protótipos e desenvolvimento de softwares funcionais, entre outras).