A UFMS possui cursos de graduação e pós-graduação, ambos presenciais e a distância. Os cursos de pós-graduação englobam os cursos de especialização e os programas de mestrado e doutorado. Segundo a avaliação do Índice Geral de Cursos criado pelo MEC, a UFMS é a segunda melhor universidade de Mato Grosso do Sul com conceito 4, que vai de 1 até 5, perdendo apenas para a Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD). Na edição de 2014 do Guia do Estudante, a UFMS ficou em primeiro lugar no ano de 2013 como a melhor universidade de Mato Grosso do Sul ultrapassando, até então, a UFGD, como melhor instituição de ensino superior. Há ainda a proposta de criação da Universidade Federal do Pantanal (UFPAN) com sede em Corumbá absorvendo o atual Campus do Pantanal (CPAN) parte da UFMS e também a Universidade Federal do Bolsão (UFB) com sede em Três Lagoas absorvendo os atuais Campus de Paranaíba e Campus de Três Lagoas ambos também parte da UFMS hoje.