As Universidades Públicas no Brasil, em especial aquelas vinculadas ao Sistema Federal, adotam um modelo organizacional que se caracteriza por muitas similaridades em que predominam as decisões de Órgãos Colegiados. No caso da UFMS, a administração central se dá pela Reitoria que é o órgão executivo que administra, dirigindo, coordenando e superintendendo todas as atividades universitárias. O cargo de Reitor é exercido por um professor nomeado na forma da lei, para executar as decisões dos órgãos colegiados superiores da Universidade - Conselho Universitário (COUN); Conselho Diretor (CD), e Câmaras de Ensino, de Pesquisa e Pós-graduação e de Extensão. A Reitora responde administrativamente e juridicamente por todos os atos no âmbito da Instituição. Isso inclui o ordenamento de despesas sendo responsável perante o MEC e o Tribunal de Contas da União por gerir o terceiro maior orçamento do Estado. A Reitora é responsável também por aproximar a Universidade da comunidade, por meio de convênios e parcerias com outros órgãos e instituições.