The ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) Consortium is an international collaboration of research groups funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI).
The pilot ENCODE project cost an estimated $55 million; the scale-up was about $130 million; and the NHGRI could award up to $123 million in the next phase. Some researchers argue that they have yet to see a solid return on that investment. ENCODE was designed to pick up where the Human Genome Project left off. Although that massive effort revealed the blueprint of human biology, it quickly became clear that the instruction manual for reading the blueprint was sketchy at best. GENCODE is a scientific project in genome research and part of the ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) scale-up project. The GENCODE consortium was initially formed as part of the pilot phase of the ENCODE project to identify and map all protein-coding genes within the ENCODE regions (approx. 1% of Human genome). The APPRIS server has been used in the context of the scale up of the ENCODE project to annotate the Human genome but APPRIS is being used for other species (e.g. mouse, rat and zebrafish). The pipeline is made up of separate modules that combine protein structure and function information and evolutionary evidence. The National Human Genome Research Institute (NHGRI) launched a public research consortium named ENCODE, the Encyclopedia Of DNA Elements, in September 2003, to carry out a project to identify all functional elements in the human genome sequence. The APPRIS server has been used in the context of the scale up of the ENCODE project to annotate the Human genome but APPRIS is being used for other species (e.g. mouse, rat and zebrafish). The pipeline is made up of separate modules that combine protein structure and function information and evolutionary evidence. The goal of ENCODE is to build a comprehensive parts list of functional elements in the human genome, including elements that act at the protein and RNA levels, and regulatory elements that control cells and circumstances in which a gene is active. ENCODE investigators employ a variety of assays and methods to identify functional elements. The discovery and annotation of gene elements is accomplished primarily by sequencing a diverse range of RNA sources, comparative genomics, integrative bioinformatic methods, and human curation. Coinciding with the completion of the Human Genome Project in 2003, the ENCODE Project began as a worldwide effort involving more than 30 research groups and more than 400 scientists. The approximately 20,000 genes that provide instructions for making proteins account for only about 1 percent of the human genome. A goal of the ENCODE Project is to link variations in the expression of certain genes to the development of disease. The ENCODE Project has given researchers insight into how the human genome functions. The ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) Consortium is an international collaboration of research groups funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI). ENCODE investigators employ a variety of assays and methods to identify functional elements. The discovery and annotation of gene elements is accomplished primarily by sequencing a diverse range of RNA sources, comparative genomics, integrative bioinformatic methods, and human curation. The results of the ENCODE project are presented in 30 papers, published simultaneously in Nature, Genome Research and Genome Biology, and collected here. The latest chapter in our story is ENCODE; an ambitious project which aims to characterise all the functional element in the human genome. This animation shows how ENCODE is the next major step along this path. The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project dishes up a hearty banquet of data that illuminate the roles of the functional elements of the human genome. Here, six scientists describe the project and discuss how the data are influencing research directions across many fields. The latest chapter in our story is ENCODE; an ambitious project which aims to characterise all the functional element in the human genome. This animation shows how ENCODE is the next major step along this path. The Broad Institute describes the purpose of the ENCODE Project. The National Human Genome Research Institute announces results of the ENCODE Project in a Press Release and provides an overview of the ENCODE Project. Some of the outcomes of the ENCODE Project are detailed by Cold Springs Harbor Laboratory. A goal of the ENCODE Project is to link variations in the expression of certain genes to the development of disease. The ENCODE Project has given researchers insight into how the human genome functions.
http://www.nature.com/news/encode-the-human-encyclopaedia-1.11312 https://en.wikipedia.org/wiki/GENCODE https://en.wikipedia.org/wiki/GENCODE https://www.encodeproject.org/ http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/genomicresearch/encode https://www.encodeproject.org/ http://www.nature.com/encode/ http://www.nature.com/encode/ http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/genomicresearch/encode
what is project encode
Project Encode क्या है
ENCODE (डीएनए तत्वों का विश्वकोश) कंसोर्टियम राष्ट्रीय मानव जीनोम अनुसंधान संस्थान (NHGRI) द्वारा वित्त पोषित अनुसंधान समूहों का एक अंतरराष्ट्रीय सहयोग है।
पायलट ENCODE परियोजना की लागत अनुमानित $ 55 मिलियन है; स्केल-अप लगभग $ 130 मिलियन था; और NHGRI अगले चरण में $123 मिलियन तक का पुरस्कार दे सकता है। कुछ शोधकर्ताओं का तर्क है कि उन्हें अभी तक उस निवेश पर ठोस रिटर्न नहीं मिला है। ENCODE को उस स्थान को लेने के लिए डिज़ाइन किया गया था जहाँ मानव जीनोम परियोजना को छोड़ा गया था। यद्यपि उस बड़े पैमाने पर प्रयास ने मानव जीव विज्ञान के खाका का खुलासा किया, लेकिन यह जल्दी से स्पष्ट हो गया कि ब्लूप्रिंट पढ़ने के लिए निर्देश पुस्तिका सबसे अच्छी तरह से स्केच थी। GENCODE जीनोम अनुसंधान में एक वैज्ञानिक परियोजना है और ENCODE (डीएनए तत्वों के ENCyclopedia) स्केल-अप प्रोजेक्ट का हिस्सा है। GENCODE कंसोर्टियम को शुरू में ENCODE क्षेत्रों (मानव जीनोम का लगभग 1%) के भीतर सभी प्रोटीन-कोडिंग जीन की पहचान करने और मैप करने के लिए ENCODE परियोजना के पायलट चरण के हिस्से के रूप में बनाया गया था। APPRIS सर्वर का उपयोग मानव जीनोम को एनोटेट करने के लिए ENCODE परियोजना के पैमाने के संदर्भ में किया गया है, लेकिन APPRIS का उपयोग अन्य प्रजातियों (जैसे माउस, चूहा और ज़ेब्राफिश) के लिए किया जा रहा है। पाइपलाइन अलग-अलग मॉड्यूल से बना है जो प्रोटीन संरचना और कार्य जानकारी और विकासवादी साक्ष्य को जोड़ती है। राष्ट्रीय मानव जीनोम अनुसंधान संस्थान (NHGRI) ने मानव जीनोम अनुक्रम में सभी कार्यात्मक तत्वों की पहचान करने के लिए एक परियोजना को पूरा करने के लिए सितंबर 2003 में ENCODE, डीएनए तत्वों का विश्वकोश नामक एक सार्वजनिक अनुसंधान संघ शुरू किया। APPRIS सर्वर का उपयोग मानव जीनोम को एनोटेट करने के लिए ENCODE परियोजना के पैमाने के संदर्भ में किया गया है, लेकिन APPRIS का उपयोग अन्य प्रजातियों (जैसे माउस, चूहा और ज़ेब्राफिश) के लिए किया जा रहा है। पाइपलाइन अलग-अलग मॉड्यूल से बना है जो प्रोटीन संरचना और कार्य जानकारी और विकासवादी साक्ष्य को जोड़ती है। ENCODE का लक्ष्य मानव जीनोम में कार्यात्मक तत्वों की एक व्यापक भागों की सूची बनाना है, जिसमें प्रोटीन और आरएनए स्तरों पर कार्य करने वाले तत्व और नियामक तत्व शामिल हैं जो कोशिकाओं और परिस्थितियों को नियंत्रित करते हैं जिनमें एक जीन सक्रिय है। ENCODE जांचकर्ता कार्यात्मक तत्वों की पहचान करने के लिए विभिन्न प्रकार के assays और तरीकों को नियोजित करते हैं। जीन तत्वों की खोज और एनोटेशन मुख्य रूप से आरएनए स्रोतों, तुलनात्मक जीनोमिक्स, एकीकृत जैव सूचना विधियों और मानव क्यूरेशन की एक विविध श्रेणी को अनुक्रमित करके पूरा किया जाता है। 2003 में मानव जीनोम परियोजना के पूरा होने के साथ, ENCODE परियोजना 30 से अधिक अनुसंधान समूहों और 400 से अधिक वैज्ञानिकों को शामिल करते हुए एक विश्वव्यापी प्रयास के रूप में शुरू हुई। लगभग 20,000 जीन जो प्रोटीन बनाने के लिए निर्देश प्रदान करते हैं, मानव जीनोम का केवल 1 प्रतिशत हिस्सा है। ENCODE परियोजना का एक लक्ष्य रोग के विकास के लिए कुछ जीनों की अभिव्यक्ति में भिन्नता को जोड़ना है। ENCODE प्रोजेक्ट ने शोधकर्ताओं को यह जानकारी दी है कि मानव जीनोम कैसे कार्य करता है। ENCODE (डीएनए तत्वों का विश्वकोश) कंसोर्टियम राष्ट्रीय मानव जीनोम अनुसंधान संस्थान (NHGRI) द्वारा वित्त पोषित अनुसंधान समूहों का एक अंतरराष्ट्रीय सहयोग है। ENCODE जांचकर्ता कार्यात्मक तत्वों की पहचान करने के लिए विभिन्न प्रकार के assays और तरीकों को नियोजित करते हैं। जीन तत्वों की खोज और एनोटेशन मुख्य रूप से आरएनए स्रोतों, तुलनात्मक जीनोमिक्स, एकीकृत जैव सूचना विधियों और मानव क्यूरेशन की एक विविध श्रेणी को अनुक्रमित करके पूरा किया जाता है। ENCODE परियोजना के परिणाम 30 पत्रों में प्रस्तुत किए गए हैं, जो प्रकृति, जीनोम अनुसंधान और जीनोम जीवविज्ञान में एक साथ प्रकाशित हुए हैं, और यहां एकत्र किए गए हैं। हमारी कहानी का नवीनतम अध्याय ENCODE है; एक महत्वाकांक्षी परियोजना जिसका उद्देश्य मानव जीनोम में सभी कार्यात्मक तत्व को चिह्नित करना है। यह एनीमेशन दिखाता है कि कैसे ENCODE इस पथ के साथ अगला बड़ा कदम है। डीएनए तत्वों का विश्वकोश (ENCODE) परियोजना डेटा का एक हार्दिक भोज बनाती है जो मानव जीनोम के कार्यात्मक तत्वों की भूमिकाओं को रोशन करती है। यहां, छह वैज्ञानिक परियोजना का वर्णन करते हैं और चर्चा करते हैं कि डेटा कई क्षेत्रों में अनुसंधान दिशाओं को कैसे प्रभावित कर रहे हैं। हमारी कहानी का नवीनतम अध्याय ENCODE है; एक महत्वाकांक्षी परियोजना जिसका उद्देश्य मानव जीनोम में सभी कार्यात्मक तत्व को चिह्नित करना है। यह एनीमेशन दिखाता है कि कैसे ENCODE इस पथ के साथ अगला बड़ा कदम है। ब्रॉड इंस्टीट्यूट ENCODE परियोजना के उद्देश्य का वर्णन करता है। राष्ट्रीय मानव जीनोम अनुसंधान संस्थान एक प्रेस विज्ञप्ति में ENCODE परियोजना के परिणामों की घोषणा करता है और ENCODE परियोजना का अवलोकन प्रदान करता है। ENCODE परियोजना के कुछ परिणाम कोल्ड स्प्रिंग्स हार्बर प्रयोगशाला द्वारा विस्तृत हैं। ENCODE परियोजना का एक लक्ष्य रोग के विकास के लिए कुछ जीनों की अभिव्यक्ति में भिन्नता को जोड़ना है। ENCODE प्रोजेक्ट ने शोधकर्ताओं को यह जानकारी दी है कि मानव जीनोम कैसे कार्य करता है।
प्रोजेक्ट एन्कोड म्हणजे काय?
पायलट एनकोड प्रकल्पासाठी अंदाजे $ 55 दशलक्ष खर्च आला; स्केल-अप सुमारे 130 दशलक्ष डॉलर ्स होते; आणि एनएचजीआरआय पुढील टप्प्यात $ 123 दशलक्ष पर्यंत देऊ शकते. काही संशोधकांचा असा युक्तिवाद आहे की त्यांना त्या गुंतवणुकीवर अद्याप ठोस परतावा मिळालेला नाही. मानवी जीनोम प्रकल्प कोठे सोडला हे उचलण्यासाठी एनकोड डिझाइन केले गेले होते. त्या प्रचंड प्रयत्नातून मानवी जीवशास्त्राचा आराखडा उलगडला असला, तरी आराखडा वाचण्यासाठीची सूचना पुस्तिका चपखल असल्याचे लगेच स्पष्ट झाले. जेनकोड हा जीनोम संशोधनातील एक वैज्ञानिक प्रकल्प आहे आणि एनकोड (एन्सायक्लोपीडिया ऑफ डीएनए एलिमेंट्स) स्केल-अप प्रकल्पाचा एक भाग आहे. एनकोड प्रदेशातील (मानवी जीनोमच्या अंदाजे 1%) सर्व प्रथिने-कोडिंग जनुके ओळखण्यासाठी आणि नकाशा तयार करण्यासाठी एनकोड प्रकल्पाच्या पायलट टप्प्याचा एक भाग म्हणून जेनकोड कंसोर्टियम ची स्थापना करण्यात आली होती. मानवी जीनोमचे विश्लेषण करण्यासाठी एन्कोड प्रकल्पाच्या स्केलअपच्या संदर्भात एपीपीआरआयएस सर्व्हरचा वापर केला गेला आहे परंतु एपीपीआरआयएसचा वापर इतर प्रजातींसाठी (उदा. उंदीर, उंदीर आणि झेब्राफिश) केला जात आहे. पाइपलाइन स्वतंत्र मॉड्यूलपासून बनलेली आहे जी प्रथिने रचना आणि कार्य माहिती आणि उत्क्रांतीपुरावे एकत्र करते. नॅशनल ह्युमन जीनोम रिसर्च इन्स्टिट्यूटने (एनएचजीआरआय) सप्टेंबर २००३ मध्ये मानवी जीनोम अनुक्रमातील सर्व कार्यात्मक घटक ओळखण्याचा प्रकल्प राबविण्यासाठी एनकोड, एनसायक्लोपीडिया ऑफ डीएनए एलिमेंट्स नावाचे सार्वजनिक संशोधन संघ सुरू केले. मानवी जीनोमचे विश्लेषण करण्यासाठी एन्कोड प्रकल्पाच्या स्केलअपच्या संदर्भात एपीपीआरआयएस सर्व्हरचा वापर केला गेला आहे परंतु एपीपीआरआयएसचा वापर इतर प्रजातींसाठी (उदा. उंदीर, उंदीर आणि झेब्राफिश) केला जात आहे. पाइपलाइन स्वतंत्र मॉड्यूलपासून बनलेली आहे जी प्रथिने रचना आणि कार्य माहिती आणि उत्क्रांतीपुरावे एकत्र करते. एन्कोडचे उद्दीष्ट मानवी जीनोममधील कार्यात्मक घटकांची एक व्यापक भाग यादी तयार करणे आहे, ज्यात प्रथिने आणि आरएनए पातळीवर कार्य करणारे घटक आणि जनुक सक्रिय असलेल्या पेशी आणि परिस्थिती नियंत्रित करणारे नियामक घटक यांचा समावेश आहे. एनकोड अन्वेषक कार्यात्मक घटक ओळखण्यासाठी विविध प्रकारच्या अॅसेस आणि पद्धती वापरतात. जनुक मूलद्रव्यांचा शोध आणि विवेचन प्रामुख्याने आरएनए स्त्रोतांच्या विविध श्रेणीचे अनुक्रमण, तुलनात्मक जीनोमिक्स, एकात्मिक बायोइन्फॉर्मेटिक्स पद्धती आणि मानवी क्युरेशनद्वारे पूर्ण केले जाते. 2003 मध्ये मानवी जीनोम प्रकल्प पूर्ण झाल्यानंतर, एनकोड प्रकल्प 30 पेक्षा जास्त संशोधन गट आणि 400 हून अधिक शास्त्रज्ञांचा समावेश असलेला जागतिक प्रयत्न म्हणून सुरू झाला. प्रथिने बनविण्याच्या सूचना प्रदान करणारे अंदाजे 20,000 जनुक मानवी जीनोमच्या केवळ 1 टक्के आहेत. एनकोड प्रकल्पाचे उद्दीष्ट म्हणजे विशिष्ट जनुकांच्या अभिव्यक्तीतील भिन्नतेला रोगाच्या विकासाशी जोडणे. एन्कोड प्रकल्पाने संशोधकांना मानवी जीनोम कसे कार्य करते याबद्दल अंतर्दृष्टी दिली आहे. एनकोड (एनसायक्लोपीडिया ऑफ डीएनए एलिमेंट्स) कन्सोर्टियम हे राष्ट्रीय मानवी जीनोम रिसर्च इन्स्टिट्यूट (एनएचजीआरआय) द्वारे वित्तपोषित संशोधन गटांचे आंतरराष्ट्रीय सहकार्य आहे. एनकोड अन्वेषक कार्यात्मक घटक ओळखण्यासाठी विविध प्रकारच्या अॅसेस आणि पद्धती वापरतात. जनुक मूलद्रव्यांचा शोध आणि विवेचन प्रामुख्याने आरएनए स्त्रोतांच्या विविध श्रेणीचे अनुक्रमण, तुलनात्मक जीनोमिक्स, एकात्मिक बायोइन्फॉर्मेटिक्स पद्धती आणि मानवी क्युरेशनद्वारे पूर्ण केले जाते. एनकोड प्रकल्पाचे परिणाम नेचर, जीनोम रिसर्च आणि जीनोम बायोलॉजीमध्ये एकाच वेळी प्रकाशित आणि येथे संकलित केलेल्या 30 शोधनिबंधांमध्ये सादर केले जातात. आमच्या कथेतील नवीनतम अध्याय म्हणजे एनकोड; एक महत्वाकांक्षी प्रकल्प ज्याचे उद्दीष्ट मानवी जीनोममधील सर्व कार्यात्मक घटकांचे वैशिष्ट्य आहे. एन्कोड ही या मार्गावरील पुढची मोठी पायरी कशी आहे हे या अॅनिमेशनमधून दिसून येते. एनसायक्लोपीडिया ऑफ डीएनए एलिमेंट्स (एनकोड) प्रकल्प मानवी जीनोमच्या कार्यात्मक घटकांच्या भूमिकांवर प्रकाश टाकणार्या डेटाची हृदयस्पर्शी मेजवानी आयोजित करतो. येथे, सहा शास्त्रज्ञ प्रकल्पाचे वर्णन करतात आणि डेटा बर्याच क्षेत्रांमधील संशोधन दिशांवर कसा परिणाम करीत आहे यावर चर्चा करतात. आमच्या कथेतील नवीनतम अध्याय म्हणजे एनकोड; एक महत्वाकांक्षी प्रकल्प ज्याचे उद्दीष्ट मानवी जीनोममधील सर्व कार्यात्मक घटकांचे वैशिष्ट्य आहे. एन्कोड ही या मार्गावरील पुढची मोठी पायरी कशी आहे हे या अॅनिमेशनमधून दिसून येते. ब्रॉड इन्स्टिट्यूट एन्कोड प्रकल्पाचा उद्देश वर्णन करते. नॅशनल ह्युमन जीनोम रिसर्च इन्स्टिट्यूट एका प्रसिद्धी पत्रकात एन्कोड प्रकल्पाचे निकाल जाहीर करते आणि एनकोड प्रकल्पाचा आढावा प्रदान करते. एन्कोड प्रकल्पाचे काही परिणाम कोल्ड स्प्रिंग्स हार्बर लॅबोरेटरीने तपशीलवार दिले आहेत. एनकोड प्रकल्पाचे उद्दीष्ट म्हणजे विशिष्ट जनुकांच्या अभिव्यक्तीतील भिन्नतेला रोगाच्या विकासाशी जोडणे. एन्कोड प्रकल्पाने संशोधकांना मानवी जीनोम कसे कार्य करते याबद्दल अंतर्दृष्टी दिली आहे.
एनकोड (एनसायक्लोपीडिया ऑफ डीएनए एलिमेंट्स) कन्सोर्टियम हे राष्ट्रीय मानवी जीनोम रिसर्च इन्स्टिट्यूट (एनएचजीआरआय) द्वारे वित्तपोषित संशोधन गटांचे आंतरराष्ट्रीय सहकार्य आहे.