facts:
Sachverhalt:
A. A.a Mit Entscheid vom 10. Juli 2003 des Einzelrichters Schuldbetreibung und Konkurs des Kantons Nidwalden wurde über die Y._ AG, mit Sitz in Hergiswil, der Konkurs eröffnet. Im Rahmen des summarisch durchgeführten Konkursverfahrens legte das Konkursamt Nidwalden vom 6. bis 26. Februar 2004 den Kollokationsplan auf; aufgrund einer nachträglich zugelassenen Forderung wurde der Kollokationsplan vom 24. August bis 13. September 2005 erneut aufgelegt. Gegen die Kollokationspläne gingen weder Beschwerden noch Klagen ein.
A.b Mit Entscheid vom 20. Januar 2011 erlaubte der Einzelrichter Schuldbetreibung und Konkurs dem Konkursamt, das Konkursverfahren über die Y._ AG (in Anwendung von Art. 95 KOV) sofort zu schliessen, d.h. ohne auf die durchgeführte Geltendmachung der nach Art. 260 SchKG abgetretenen Ansprüche zu warten. Mit Entscheid vom 22. Februar 2011 wurde das Konkursverfahren als geschlossen erklärt.
B. B.a Am 11. März 2011 ersuchte X._ das Konkursamt, eine Forderung von Fr. 1'602'427.67 in den Kollokationsplan aufzunehmen. Gleichzeitig erhob er Beschwerde nach Art. 17 SchKG und verlangte, den Kollokationsplan aufzuheben bzw. im Rahmen einer Neuauflage oder Ergänzung über die Abweisung oder Zulassung der eingegebenen Forderung zu entscheiden.
B.b Am gleichen Tag erhob X._ Beschwerde (nach ZPO) beim Obergericht Nidwalden und beantragte, den Entscheid des Konkursrichters vom 22. Februar 2011 über die Schliessung des Konkursverfahrens aufzuheben. Am 9. Juni 2011 gewährte das Obergericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung und sistierte das Verfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Beschwerdeverfahrens nach Art. 17 SchKG.
B.c Mit Entscheid vom 28. Oktober 2011 trat das Kantonsgericht (Zivilgericht/Einzelgericht SchKG) als kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen auf die betreibungsrechtliche Beschwerde von X._ nicht ein.
C. X._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. November 2011 an das Bundesgericht gelangt. Der Beschwerdeführer beantragt, der Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde vom 28. Oktober 2011 sei aufzuheben. In der Sache sei der Kollokationsplan aufzuheben und das Konkursamt anzuweisen, die angemeldete Forderung zu beurteilen bzw. durch Neuauflage oder Ergänzung des Kollokationsplanes über Abweisung oder Zulassung zu entscheiden. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die kantonale Aufsichtsbehörde hat unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Stellungnahme verzichtet.
Das Konkursamt hat sich nicht vernehmen lassen.

considerations:
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde, welche die Beurteilung einer Konkurseingabe zum Gegenstand hat. Entscheide kantonaler Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 19 SchKG).
1.2 Die vorliegende Beschwerde ist unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze gegeben (Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Der Beschwerdeführer, dessen Forderungseingabe nach dem angefochtenen Entscheid ohne Erwahrung bleibt, ist zur Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich legitimiert (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde gegen den letztinstanzlichen Entscheid ist fristgemäss erhoben worden (Art. 75 Abs. 1, Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG) und grundsätzlich zulässig.
1.3 Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (BGE 133 III 589 E. 2 S. 591).
2. Die Aufsichtsbehörde hat festgehalten, dass der Beschwerdeführer die Forderung bereits früher (vor dem 11. März 2011) eingegeben hatte, diese jedoch vom Konkursamt "offenbar schlichtweg vergessen ging", zumal weder über die Anerkennung noch Abweisung der Eingabe entschieden worden sei. Aus folgenden Gründen sei nicht möglich, die Konkurseingabe noch zu berücksichtigen:
2.1.1 Im Zeitpunkt, als der Beschwerdeführer sich an das Konkursamt bzw. die Aufsichtsbehörde gewendet habe, sei das Konkursverfahren vollständig durchgeführt worden. Versehentlich übergangene Eingaben könnten nach den Regeln über die verspäteten Eingaben bzw. nach Art. 251 Abs. 1 SchKG wohl berücksichtigt werden. Nach der Verteilung bzw. wenn alles verteilt worden sei, könne auf eine Konkurseingabe jedoch nicht mehr eingetreten werden.
2.1.2 Im Übrigen verneinte die Aufsichtsbehörde ein schutzwürdiges Interesse an der betreibungsrechtlichen Beschwerde, da die "materielle Prüfung der Forderung nicht mehr möglich" sei. Ein Vollstreckungsverfahren sei nicht mehr am Laufen, "trotz der aufschiebenden Wirkung", welche das Obergericht dem Rechtsmittel gegen den Entscheid über den Konkursschluss des Konkursrichters zuerkannt habe. Schliesslich seien die Voraussetzungen zu Wiedereröffnung des Konkurses nicht gegeben, weshalb die Änderung des Kollokationsplanes "ebenfalls nicht möglich" sei. Zudem sei die Schuldnerin im Handelsregister gestützt auf den Entscheid des Konkursrichters über den Konkursschluss am 25. Februar 2011 im Handelsregister gelöscht worden.
3. Der Beschwerdeführer macht neben einer Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) im Wesentlichen geltend, dass er ein legitimes Interesse habe, seine vor Schluss des Konkursverfahrens angemeldete bzw. nicht behandelte Forderungseingabe prüfen zu lassen. Es sei denkbar, dass aus Abtretungsprozessen nach Art. 260 SchKG noch ein Erlös folge. Die massgebende Bestimmung (Art. 251 Abs. 1 SchKG) schliesse die Forderungseingaben nach der Verteilung nicht aus, zumal im konkreten Fall der Schluss des Konkursverfahrens nicht rechtskräftig bzw. das Vollstreckungsverfahren noch hängig sei.
4. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt die Behandlung einer Forderungseingabe im Konkurs. Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer die Forderung jedenfalls vor dem 11. März 2011 (nach Vorbringen des Beschwerdeführers am 18. Mai 2005) beim Konkursamt angemeldet hat und der Kollokationsplan (Auflagen vom 6. bis 26. Februar 2004 und vom 24. August bis 13. September 2005) in Rechtskraft erwachsen ist. Fest steht weiter, dass die Forderungseingabe weder im Kollokationsplan aufgenommen wurde, noch eine abweisende Verfügung (Art. 249 Abs. 3 SchKG) getroffen wurde, sondern "schlichtweg vergessen" ging. Streitfrage ist, ob die Aufsichtsbehörde die Behandlung der Konkurseingabe als nicht mehr zulässig erachten darf.
4.1 Zu Recht hat die Aufsichtsbehörde angenommen, dass die Beschwerde nach Art. 17 SchKG offen steht, wenn es um allfällige Verfahrensfehler bei der Erstellung des Kollokationsplanes geht (AMONN/ WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, § 46 Rz. 42). Die Rechtsprechung lässt ausnahmsweise zu, dass auf einen rechtskräftigen Kollokationsplan zurückgekommen werden darf, wenn sich herausstellt, dass eine Forderung gar nicht kolloziert worden ist (vgl. BGE 96 III 74 E. 3 S. 78 ff.; 111 II 81 E. 3a S. 84). Weiter hat die Aufsichtsbehörde zu Recht festgehalten, dass versehentlich bei der Kollokation übergangene Ansprachen, sobald das Versehen entdeckt wird, in analoger Anwendung von Art. 251 SchKG wie verspätete Eingaben zu berücksichtigen sind (BGE 68 III 141 E. 1 S. 143 ff.).
4.2 Gemäss Art. 251 Abs. 1 SchKG können verspätete Konkurseingaben bis zum Schluss des Konkursverfahrens angebracht werden. Die Vorinstanz ist der Auffassung, dass unter "Schluss des Konkursverfahrens" im Sinne dieser Bestimmung "bis zur Verteilung" gemeint ist. Nach ihren Feststellungen waren am 11. März 2011 die Verlustscheine im Konkurs, in dem alle Gläubiger vollumfänglich zu Verlust gekommen sind, bereits ausgestellt und verteilt worden. Zu prüfen ist, was "Schluss des Konkursverfahrens" bedeutet, bzw. ob die am 11. März 2011 vom Beschwerdeführer als übergangen gemeldete Forderung noch als Eingabe nach Art. 251 Abs. 1 SchKG berücksichtigt werden kann, oder - wie die Vorinstanz im Ergebnis gefolgert hat - nunmehr als im Konkurs nicht eingegebene Forderung gelten muss.
4.2.1 Das Bundesgericht hat mit BGE 51 III 198 (E. 2 S. 201) entschieden, dass Kollokationseingaben (und Kollokationsklagen) auch nach erfolgter Verteilung noch möglich sind (vgl. bereits BGE 34 II 334 E. 14 S. 357). Im Rahmen der SchKG-Revision von 1991/1997 wurde betreffend Art. 251 Abs. 1 SchKG weder eine Systemwidrigkeit noch ein Bedarf zur Anpassung an eine anderslautende Gerichtspraxis erkannt, sondern der bisherige Wortlaut "bis zum Schluss des Konkursverfahrens" ("jusqu'à la clôture de la faillite", "fino alla fine della chiusura del fallimento") bestätigt (vgl. Botschaft, BBl. 1991 III 1, Ziff. 207.42 S. 151, vgl. Ziff. 113 S. 8). In der Literatur wird die Praxis gemäss BGE 51 III 198 ff. durchgehend als massgebend bezeichnet und angenommen, dass - wie zuletzt im Urteil 4C.105/2004 vom 31. August 2004 E. 5.1 - mit "Schluss des Konkursverfahrens" die Verfügung des Konkursrichters nach Art. 268 Abs. 1 SchKG gemeint ist (HIERHOLZER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 15, 18 am Ende zu Art. 251 SchKG; JAQUES, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 1 zu Art. 251 SchKG; AMACKER/KÜNG, in: Kurzkommentar SchKG, 2009, N. 20 zu Art. 251 SchKG; JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl., Bd. II, 1997/1999, N. 3 zu Art. 251 SchKG; so bereits JAEGER, Schuldbetreibung und Konkurs, 1911, N. 2 zu Art. 251 SchKG, und BLUMENSTEIN, Handbuch des Schweizerischen Schuldbetreibungsrechts, 1911, S. 822 oben).
4.2.2 Einzig nach der Auffassung von GILLIÉRON sollen nachträgliche Konkurseingaben nur solange zulässig sein, als die definitive Verteilungsliste noch nicht in Rechtskraft erwachsen ist (Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Bd. III, 2001, N. 9 zu Art. 251 SchKG). Der vom Kommentator angeführte BGE 30 I 432 ff. bietet für diese Interpretation keine hinreichende Grundlage. Nach diesem Urteil "bleibt die Möglichkeit der Kollokation, der Feststellung [Erwahrung] verspätet angemeldeter Konkursforderungen, bis zum Schluss des Konkursverfahrens die gleiche [d.h. wie für rechtzeitig angemeldete], und fällt bei der Verteilung in Betracht, dass die Bedingungen für die Gleichstellung des Nachzüglers sich wesentlich anders gestalten [...]" (BGE 30 I 432 S. 433). Zutreffend leitet die weitere Lehre aus diesem Urteil mit Blick auf Abs. 3 von Art. 251 SchKG einzig ab, dass die verspätete Eingabe vor Auszahlung der Konkursdividende geschehen muss, um einen praktischen (Dividenden-) Erfolg zu haben (u.a. JAQUES, a.a.O., N. 13 zu Art. 251 SchKG; HIERHOLZER, a.a.O., N. 18 zu Art. 251 SchKG; vgl. bereits BLUMENSTEIN, a.a.O., S. 755 Fn. 12). Der von der Vorinstanz zitierte HIERHOLZER (a.a.O., N. 19 zu Art. 251 SchKG) sagt nicht, dass auf eine Konkurseingabe nach der Verteilung nicht mehr einzutreten sei, sondern hält (zu Recht) fest, dass der Nachzügler nichts erhält, wenn alles verteilt wurde. Nichts anderes kann die Aufsichtsbehörde aus dem von ihr angeführten BGE 38 I 643 (E. 2 S. 647) ableiten. Mit diesem Urteil wird vielmehr präzisiert, dass der verspätete Gläubiger sogar dann keinen Anspruch auf Abschlagszahlungen hat, die vor der Anmeldung stattgefunden haben, selbst wenn er die Verspätung der Konkurseingabe nicht verschuldet hat. Der Schluss der Vorinstanz, dass im Fall, in dem es nichts zu verteilen gibt, nachträgliche Konkurseingaben nicht mehr zulässig seien, überzeugt insoweit nicht.
4.2.3 Die Vorinstanz übergeht im Wesentlichen, dass der aufgrund einer verspäteten Konkurseingabe zugelassene Gläubiger ab diesem Zeitpunkt am Konkursverfahren teilnimmt (u.a. JAQUES, a.a.O, N. 13 zu Art. 251 SchKG), und dass im Fall, in dem keine Verteilung stattgefunden hat, den Nachzügler insoweit keinen Nachteil trifft (DE GUMOËNS, De la procédure de collocation, 1913, S. 156). Selbst nach vollständiger Verteilung aller Aktiva kann ein Gläubiger jedoch noch Interesse an der Eingabe und Kollokation haben, um die Rechte nach Art. 265 SchKG (Verlustschein) sowie Art. 269 SchKG (nachträglich entdeckte Vermögenswerte) wahren zu können (JAEGER/WALDER/KULL/ KOTTMANN, a.a.O., N. 3 zu Art. 251 SchKG). Spätere bzw. nachträgliche Verteilungen, d.h. Verteilungen nach Schluss des Konkursverfahrens (und damit verbundener Löschung im Handelsregister) sind nicht nur im Fall des Nachkonkurses möglich, sondern z.B. auch bei nachträglichen Einkünften für die Masse aus Prozessen, welche die Gläubiger nach Art. 260 SchKG führen (M. STAEHELIN, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 5, 8 zu Art. 268, N. 19 zu Art. 269 SchKG). Darauf hat die Aufsichtsbehörde selber hingewiesen. Ob es zu nachträglichen Verteilungen kommt (bzw. kommen könnte), ist für die Frage, ob die Konkurseingabe zu behandeln ist, entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht zu erörtern. Ausschlaggebend ist, dass so lange, als der Konkurs nicht geschlossen ist, ein Gläubiger die Erwahrung einer Forderung verlangen kann, nicht jedoch nach Schluss des Konkursverfahrens (BLUMENSTEIN, a.a.O., S. 822, S. 823/824). Es bleibt dabei, dass entgegen der Auffassung der Vorinstanz eine Kollokationsverfügung auch nach der Verteilung bzw. bis zum gerichtlichen Konkursschluss möglich bleibt.
4.3 Die Vorinstanz hat angenommen, dass die Eingabe vom 11. März 2011 unzulässig sei, weil das Konkursverfahren ohnehin geschlossen sei bzw. der Konkursrichter den Schluss verfügt habe. Diese Auffassung ist nicht haltbar.
4.3.1 Entgegen der Darstellung der Aufsichtsbehörde ist das Konkursverfahren durch den Entscheid des Konkursrichters vom 20. Januar 2011 nicht geschlossen worden. Mit diesem Entscheid erteilte der Konkursrichter (nach Art. 95 KOV) dem Konkursamt erst die Bewilligung, den Konkurs sofort schliessen zu dürfen, was das Konkursamt in der Folge tat. Erst mit Entscheid vom 22. Februar 2011 schloss der Konkursrichter das Konkursverfahren. Dieser Entscheid ist jedoch nach den Sachverhaltsfeststellungen nicht rechtskräftig, sondern das Rechtsmittelverfahren (Beschwerde nach ZPO) ist nach Gewährung der aufschiebenden Wirkung sistiert worden. Darauf weist der Beschwerdeführer zu Recht hin. Dem Konkursamt steht nichts entgegen, um über die Erwahrung der angemeldeten Forderung zu entscheiden.
4.3.2 Im Weiteren besteht für die kantonale Aufsichtsbehörde weder ein Anlass noch eine hinreichende Zuständigkeit, um "vorfrageweise" zu überprüfen, ob das Konkursgericht die Regeln über den Konkursschluss nach Art. 268 SchKG verletzt hat. Sie lässt ausser Acht, dass das Obergericht das Rechtsmittel gegen den Entscheid über den Konkursschluss gerade deshalb sistiert hat, um den Ausgang der Beschwerde nach Art. 17 SchKG abzuwarten, denn die Erledigung der betreibungsrechtlichen Beschwerden gehört zur vollständigen Durchführung des Konkurses (vgl. M. STAEHELIN, a.a.O., N. 5 zu Art. 268 SchKG). Daran vermag (entgegen der Auffassung der Aufsichtsbehörde) die mit dem Konkursschluss verbundene Löschung der Schuldnerin im Handelsregister nichts zu ändern, zumal - infolge Gewährung der aufschiebenden Wirkung - ein vollstreckbarer Entscheid über den Konkursschluss nicht vorliegt.
4.4 Nach dem Dargelegten ist mit Bundesrecht nicht vereinbar, wenn die Aufsichtsbehörde eine Kollokationsverfügung gestützt auf die Eingabe des Beschwerdeführers vom 11. März 2011 verweigert hat. Das Konkursamt hat einen Entscheid über die Erwahrung bzw. Zulassung oder Abweisung der angemeldeten Forderung zu treffen. Hingegen ist der Antrag des Beschwerdeführers auf Abänderung oder Neuauflage des Kollokationsplanes unzulässig; diese Frage stellt sich erst, falls das Konkursamt die verspätete bzw. versehentlich übergangene Forderungseingabe für begründet hält (vgl. Art. 251 Abs. 4 SchKG, Art. 69 KOV; HIERHOLZER, a.a.O., N. 20 zu Art. 251 SchKG; JAQUES, a.a.O., N. 15 zu Art. 251 SchKG). Über die Rüge einer Verletzung des rechtlichen Gehörs ist beim vorliegenden Ergebnis nicht zu entscheiden.
5. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde in Zivilsachen, soweit darauf eingetreten werden kann, gutzuheissen und der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. In der Sache ist das Konkursamt anzuweisen, über die Erwahrung der eingegebenen Forderung zu entscheiden.
Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Hingegen wird der Kanton Nidwalden, dessen Aufsichtsbehörde die Entscheidungen des Konkursamtes beurteilt, für das bundesgerichtliche Verfahren entschädigungspflichtig (Art. 68 Abs. 2 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde in Zivilsachen wird, soweit darauf einzutreten ist, gutgeheissen, und der Entscheid des Kantonsgerichts des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung/Einzelgericht SchKG als Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, vom 28. Oktober 2011 wird aufgehoben.
1.2 Das Konkursamt Nidwalden wird angewiesen, die Konkurseingabe des Beschwerdeführers im Konkurs über die Y._ AG, mit Sitz in Hergiswil, zu behandeln.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Nidwalden hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Kantonsgericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung/Einzelgericht SchKG als Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Mai 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante


facts:
Sachverhalt:
A. Am 27. Juni 2007 setzte der Stadtrat von Zürich das Strassenprojekt "Flankierende Massnahmen N4/N20-Westumfahrung" fest. Mit diesem Projekt soll die durch die Eröffnung der Westumfahrung ermöglichte Entlastung des Stadtgebiets vom Durchgangsverkehr zwischen dem linken Zürichseeufer und dem Limmattal sichergestellt werden. Gleichzeitig wies der Stadtrat unter anderen eine Einsprache der X._ AG ab, deren Grundstück Kat.-Nr. AU3445 für den geplanten Verkehrsknoten Seebahnstrasse/Hohlstrasse teilweise bean-sprucht und deren Gebäude Seebahnstrasse .../Hohlstrasse ... dafür abgebrochen werden müsste.
B. Einen von der X._ AG gegen den Beschluss des Stadtrats erhobenen Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich am 1. Oktober 2008 ab, soweit er darauf eintrat. Dagegen erhob die X._ AG Beschwerde, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 4. Juni 2009 abwies.
C. Am 17. August 2009 reichte die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ein Revisionsgesuch gegen dessen Entscheid vom 4. Juni 2009 ein. Sie begründete das Revisionsgesuch damit, dass in Bezug auf einen am Entscheid mitwirkenden Richter ein Anschein von Befangenheit vorliege, weshalb dieser in den Ausstand hätte treten müssen.
D. Am 25. August 2009 hat die X._ AG ebenfalls gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben (Verfahren 1C_373/2009). Sie beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben. Die Vorinstanz stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Stadt Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde.
E. Die Beschwerdeführerin hält im weiteren Schriftenwechsel an ihrer Beschwerde vom 25. August 2009 fest. Die Stadt Zürich und die Vorinstanz halten an ihren Anträgen ebenfalls fest. Mit Verfügung vom 17. September 2009 hat das Bundesgericht ein von der Beschwerdeführerin gestelltes Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde vom 25. August 2009 abgewiesen.
F. Mit Beschluss vom 8. September 2009 ist das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich auf das Revisionsgesuch vom 17. August 2009 nicht eingetreten, weil sein Entscheid vom 4. Juni 2009 nach dessen Anfechtung beim Bundesgericht durch die Beschwerdeführerin nicht rechtskräftig geworden sei. Gegen diesen Beschluss ist die X._ AG am 19. Oktober 2009 wiederum ans Bundesgericht gelangt und zwar mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sowie subsidiärer Verfassungsbeschwerde (Verfahren 1C_467/2009). Sie beantragt, die Vorinstanz sei anzuweisen, auf das Revisionsgesuch vom 17. August 2009 einzutreten. Die Vorinstanz beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Stadt Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde.

considerations:
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin ficht einerseits den Entscheid des Verwaltungsgerichts Zürich vom 4. Juni 2009 an und andererseits den Beschluss vom 8. September 2009, mit welchem das Verwaltungsgericht auf ein gegen den gleichen Entscheid gestelltes Revisionsbegehren nicht eingetreten ist. Die einzige im Revisionsgesuch an das Verwaltungsgericht erhobene Rüge, welche die Frage der Unabhängigkeit eines mitwirkenden Richters betrifft, hat die Beschwerdeführerin auch in ihrer ersten Beschwerde ans Bundesgericht gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 vorgebracht. Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich, beide Verfahren zu vereinigen.
2. Vorab ist über die Zulässigkeit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. August 2009 zu befinden.
2.1 Dem Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Strassenprojekt gemäss kantonalem Strassengesetz vom 27. September 1981 (Strassengesetz; LS 722.1) und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG zu Grunde, gegen welche die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht grundsätzlich zulässig ist. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 ff. BGG liegt nicht vor.
2.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht möglich ist (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Es stellt sich die Frage, ob der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 4. Juni 2009 in diesem Sinne letztinstanzlich ist, zumal gegen Entscheide des Verwaltungsgerichts nach § 86a des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) unter gewissen Voraussetzungen die Revision verlangt werden kann. Fraglich ist, ob der Begriff der Letztinstanzlichkeit nach Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG sämtliche Rechtsmittel und Rechtsbehelfe umfasst, die im Kanton gegen Entscheide eines oberen kantonalen Gerichts zur Verfügung stehen. Dies zu bejahen bedeutete, dass vorliegend zunächst das Gesuch um Revision gestellt werden müsste, sofern diese zulässig wäre.
2.3 Bei den nach Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG zu ergreifenden ausserordentlichen Rechtsmitteln handelt es sich (nur) um solche, die gegen Entscheide eines oberen kantonalen Gerichts bei einer "zusätzlichen kantonalen Gerichtsinstanz" erhoben werden können, mithin beim iudex ad quem. Das ergibt sich aus Art. 100 Abs. 6 BGG (der französische Gesetzestext lautet: "Si la décision d'un tribunal cantonal supérieur peut être déférée à une autre autorité judiciaire cantonale..."), wonach (nur) in diesen Fällen erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz die Rechtsmittelfrist gegen den Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts zu laufen beginnt. Das trifft auf die sogenannte kassatorische Revision, mit welcher wie vorliegend Verfahrensverletzungen beim iudex a quo geltend gemacht werden können, nicht zu. Im Übrigen ist die kassatorische Revision ein spezifisches Institut des öffentlichen Verfahrensrechts (z.B. Art. 66 Abs. 2 lit. c VwVG [SR 172.021], Art. 147 Abs. 1 lit. b DBG [SR 642.11] bzw. Art. 51 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 [StHG; SR 642.14] sowie zahlreiche kantonale Verwaltungsrechtspflegegesetze). Die kantonalen Zivilprozessordnungen sehen sie nur vereinzelt vor (VOGEL/SPÜHLER, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8. Auflage, 13. Kapitel Rz. 88). Weder die Schweizerische Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 (ZPO; AS 2010 1739; Art. 328 und 396) noch die Schweizerische Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (StPO; AS 2010 1881; Art. 410) kennen sie.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig, ob das ausserordentliche Rechtsmittel der kassatorischen Revision ergriffen wurde oder nicht.
2.4 War demnach die Beschwerdeführerin von vornherein nicht gehalten, ein kantonales Revisionsgesuch einzulegen, steht dem Eintreten auf die gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nichts entgegen, zumal die Beschwerdeführerin als Adressatin des angefochtenen Entscheids und Eigentümerin des betroffenen Grundstücks zur Beschwerde legitimiert ist (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG) und auch die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind.
3. Damit steht fest, dass im Rahmen des Entscheids über die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. August 2009 auch die Rüge zu behandeln ist, ein am Entscheid beteiligter Richter sei nicht unabhängig gewesen (vgl. E. 8). Weil die Beschwerdeführerin in ihrem Revisionsgesuch vom 17. August 2009 ans Verwaltungsgericht die gleiche (und nur diese) Rüge erhoben hat, entfällt mit der Behandlung dieses Vorbringens durch das Bundesgericht im Rahmen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 das Rechtsschutzinteresse (vgl. Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG) an der Behandlung der Beschwerden gegen den Beschluss vom 8. September 2009, mit welchem das Verwaltungsgericht auf das Revisionsgesuch vom 17. August 2009 nicht eingetreten ist. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde vom 19. Oktober 2009 gegen den Beschluss des Verwaltungsgerichts vom 8. September 2009 ist somit nicht einzutreten.
4. Die Beschwerdeführerin stellt den Antrag, es sei eine mündliche Parteiverhandlung durchzuführen. Vor Bundesgericht findet eine Parteiverhandlung nur ausnahmsweise statt (Art. 57 BGG). Die Vorinstanz hat eine mündliche (öffentliche) Parteiverhandlung durchgeführt (vgl. nachfolgend E. 5.2). Damit ist dem Anspruch auf Durchführung einer Verhandlung nach Art. 6 Abs. 1 EMRK Genüge getan. Eine nochmalige (öffentliche) Parteiverhandlung vor Bundesgericht, das als Rechtsmittelinstanz im Wesentlichen nur eine Rechtskontrolle ausübt (vgl. Art. 105 BGG), ist nicht erforderlich. Die Anordnung einer mündlichen Parteiverhandlung vor Bundesgericht ist auch nicht durch Art. 29 Abs. 2 BV indiziert, besteht doch im vorliegenden Rechtsmittelverfahren kein Anspruch auf mündliche Anhörung. Der Antrag auf Durchführung einer Parteiverhandlung ist daher abzuweisen.
5. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs im Sinne von Art. 29 Abs. 2 BV sowie eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 30 Abs. 3 BV, weil die Vorinstanz die von ihr gestellten Beweisanträge und offerierten Beweismittel so gut wie ignoriert habe. Sie sei auf ihre Anträge auf Durchführung eines Augenscheins sowie die Erstellung eines gerichtlichen Gutachtens über die Machbarkeit bzw. Kosten einer Auskragung der Seebahnstrasse in Richtung Bahndamm nicht eingegangen. Sie habe sich mit den von ihr anlässlich der öffentlichen Verhandlung eingereichten Unterlagen nicht genügend auseinandergesetzt.
5.1 Aus dem verfassungsrechtlichen Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV ergibt sich für die Parteien das Recht, Beweisanträge zu stellen, und für die Behörden die Pflicht, rechtzeitig und formgültig angebotene Beweisbegehren entgegenzunehmen und zu berücksichtigen (vgl. BGE 127 I 54 E. 2b S. 56). Indes kann der Richter das Beweisverfahren schliessen, wenn die Anträge nicht erhebliche Tatsachen betreffen. Gleichermassen kann er Beweisanträge ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs ablehnen, wenn er aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener antizipierter Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148; 131 I 153 E. 3 S. 157; 130 II 425 E. 2.1 S. 428; 124 I 208 E. 4a S. 211; je mit Hinweisen).
5.2 Anlässlich der öffentlichen Verhandlung erhielt die Beschwerdeführerin Gelegenheit, ihre Standpunkte mündlich nochmals darzulegen, und reichte mehrere Fotos, weitere Beilagen sowie ein Gutachten ein. Das Gutachten sollte aufzeigen, dass beim Verkehrsknoten Seebahnstrasse/Hohlstrasse Projektvarianten möglich seien, welche einen Abbruch der Liegenschaft der Beschwerdeführerin entbehrlich machen würden.
Die Vorinstanz hat in E. 5.2 des angefochtenen Entscheids untersucht, ob der durch das Strassenprojekt verursachte Eingriff in die Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin verhältnismässig ist. So hat sie namentlich geprüft, ob für den Verkehrsknoten Seebahnstrasse/Hohlstrasse Varianten realisierbar wären, welche die verkehrstechnischen Bedingungen und verkehrsplanerischen Vorgaben ebenfalls erfüllten, ohne dass ein Abbruch des Gebäudes der Beschwerdeführerin erforderlich wäre. Die Vorinstanz hat sich dabei auf die umfangreichen Untersuchungen der Planungsbehörden gestützt. Zudem hat sie die von der Beschwerdeführerin eingereichten Akten entgegengenommen und diese - soweit entscheidwesentlich - für ihren Entscheid berücksichtigt. Insbesondere hat sie sich in E. 5.2 des angefochtenen Entscheids mit dem von der Beschwerdeführerin eingereichten Gutachten und den darin vorgeschlagenen Projektvarianten auseinandergesetzt und begründet, weshalb den Schlussfolgerungen des Gutachtens nicht gefolgt werden kann. Indem die Vorinstanz in vorweggenommener antizipierter Beweiswürdigung angenommen hat, die Durchführung eines Augenscheins oder die Einholung eines gerichtlichen Gutachtens würde nichts an ihrer Überzeugung ändern, ist sie nicht in Willkür verfallen. Die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe in Verletzung von Art. 29 Abs. 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK i.V.m. Art. 30 Abs. 3 BV im Rahmen des vorinstanzlichen Verfahrens und der durchgeführten öffentlichen Verhandlung angebotene Beweise ungerechtfertigterweise nicht entgegengenommen bzw. nicht genügend berücksichtigt, erweist sich als unbegründet.
6. Nicht gefolgt werden kann sodann dem Einwand der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe ihre Begründungspflicht und damit Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 9 BV verletzt, weil sie im Hinblick auf die durch das Projekt bedingte Beschränkung ihrer Eigentumsrechte die zwingend vorzunehmende Abwägung zwischen den entgegenstehenden privaten und öffentlichen Interessen nicht vorgenommen habe. Die Vorinstanz hat in E. 5.3 des angefochtenen Entscheids nachvollziehbar begründet, weshalb die öffentlichen Interessen an der Verwirklichung des Projekts ihrer Ansicht nach die dagegen stehenden privaten Interessen der Beschwerdeführerin überwiegen würden.
7. Eine Verletzung von Art. 29 Abs. 1 und 2 sowie Art. 9 BV erblickt die Beschwerdeführerin auch darin, dass die Vorinstanz eine vom Regierungsrat des Kantons Zürich begangene Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör als im Beschwerdeverfahren geheilt betrachtet hat, anstatt den Entscheid des Regierungsrats wegen der Gehörsverletzung aufzuheben.
7.1 Unbestritten ist, dass der Regierungsrat das sich aus Art. 29 Abs. 2 BV ergebende Recht der Beschwerdeführerin verletzt hat, sich zu den Eingaben der Gegenpartei zu äussern, indem er in seinem Entscheid teilweise auf eine Stellungnahme der Stadt Zürich abgestellt hat, welche der Beschwerdeführerin nicht vorgängig zur Kenntnis gebracht worden war. Die Stadt Zürich hat sich in dieser Stellungnahme zur Frage geäussert, in welcher Tiefe die verschiedenen Varianten vorgängig zur Projektfestsetzung untersucht worden sind. Die Vorinstanz führte dazu aus, dass die Beschwerdeführerin während der laufenden Beschwerdefrist genügend Gelegenheit hatte, Einsicht in die fragliche Stellungnahme zu verlangen und sich im Beschwerdeverfahren dazu zu äussern. Um einen formalistischen Leerlauf und eine weitere Verzögerung des bereits mit zwei Schriftenwechseln durchgeführten Rekursverfahrens zu vermeiden, könne die Gehörsverletzung als geheilt betrachtet werden.
7.2 Das Recht, angehört zu werden, ist formeller Natur. Die Verletzung des rechtlichen Gehörs führt ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Es kommt mit anderen Worten nicht darauf an, ob die Anhörung im konkreten Fall für den Ausgang der materiellen Streitentscheidung von Bedeutung ist, d.h. die Behörde zu einer Änderung ihres Entscheids veranlasst wird oder nicht (BGE 127 V 431 E. 3d/aa S. 437; 132 V 387 E. 5.1 S. 390). Nach der Rechtsprechung kann aber jedenfalls eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann (BGE 133 I 201 E. 2.2 S. 204; 127 V 431 E. 3d/aa S. 438). Von einer Rückweisung der Sache ist selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs dann abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (BGE 133 I 201 E. 2.2 S. 204 f.; 132 V 387 E. 5.1 S. 390).
7.3 Die Beschwerdeführerin erhielt im Rekursverfahren vor dem Regierungsrat Gelegenheit, zur Rekursantwort der Stadt Zürich inklusive Beilagen Stellung zu nehmen. Der Regierungsrat stellte der Beschwerdeführerin am 28. Mai 2008 sodann die Verfügung zu, mit welcher die Stadt Zürich zu einer weiteren Stellungnahme innert 20 Tagen aufgefordert worden ist. Die Stadt Zürich reichte diese am 16. Juni 2008 fristgerecht ein. Der Regierungsrat wies den Rekurs der Beschwerdeführerin am 1. Oktober 2008 ab, ohne ihr die letzte Stellungnahme der Stadt Zürich zuvor zugestellt oder ihren Eingang angezeigt zu haben. Im Verfahren vor der Vorinstanz hatte die Beschwerdeführerin ausreichend Gelegenheit, sich schriftlich und anlässlich der öffentlichen Parteiverhandlung auch mündlich zu den vom Regierungsrat übernommenen Ausführungen der Stadt Zürich zu äussern.
7.4 Die vor dem Regierungsrat strittigen Punkte lagen sodann im Bereich der Prüfungsbefugnis der Vorinstanz. Mit der Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich kann jede für den Entscheid erhebliche unrichtige oder ungenügende Feststellung des Sachverhalts angefochten werden (§ 51 VRG). Weiter kann jede Rechtsverletzung geltend gemacht werden (§ 50 Abs. 1 und 2 VRG). Zwar ist die Rüge der Unangemessenheit im Rahmen der Beschwerde ans Verwaltungsgericht nur ausnahmsweise zulässig (§ 50 Abs. 3 VRG). Vorliegend lagen aber keine Ermessensfragen, sondern lediglich Rechtsfragen im Streit (vgl. dazu auch BGE 116 Ia 94 E. 2 S. 95 f.). Die Vorinstanz hat ihre Kognition ausgeschöpft und sich keine irgendwie geartete Zurückhaltung auferlegt. Sie hat somit weder gegen Art. 29 Abs. 1 und 2 BV noch gegen den Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 9 BV) verstossen, indem sie die nicht besonders schwerwiegende Gehörsverletzung als im Beschwerdeverfahren geheilt betrachtete.
8. Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe gegen Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 30 Abs. 1 BV verstossen, weil ein am Entscheid beteiligter Richter den Anschein von Befangenheit erweckt habe.
8.1 Die Befangenheit ergebe sich daraus, dass der beteiligte Richter als Zunftmeister der Zunft zur Zimmerleuten beim Wiederaufbau des abgebrannten Zunfthauses in der Stadt Zürich ein Interesse an finanzieller Unterstützung durch die Stadt Zürich, also die Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren, gehabt habe. Der Stadtrat habe kurz vor dem angefochtenen Entscheid der Vorinstanz beschlossen, den Wiederaufbau des abgebrannten Zunfthauses mit einem Beitrag von Fr. 100'000.-- zu unterstützen. Der genannte Richter hätte deshalb nach Ansicht der Beschwerdeführerin spätestens nach der Zusprechung des Unterstützungsbeitrags durch die Stadt Zürich in Ausstand treten müssen.
8.2 Nach Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK, denen in dieser Hinsicht dieselbe Tragweite zukommt, hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Ob diese Garantien verletzt sind, prüft das Bundesgericht frei (BGE 133 I 1 E. 5.2 S. 3; 131 I 31 E. 2.1.2.1 S. 34 f.; je mit Hinweisen). Voreingenommenheit und Befangenheit werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Letzteres betrifft vor allem Konstellationen einer Vorbefassung des Richters. Bei der Beurteilung solcher Umstände ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken. Für die Ablehnung wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist (BGE 135 I 14 E. 2; 134 I 238 E. 2.1 S. 240; 133 I 1 E. 6.2; 131 I 24 E. 1.1, 113 E. 3.4; 114 Ia 50 E. 3b S. 54 f. und E. 3d; je mit Hinweisen).
8.3 Die Umstände, dass ein am Urteil mitwirkender Richter Zunftmeister (Präsident) der als Verein organisierten Zunft zur Zimmerleuten ist und die Stadt Zürich einen Unterstützungsbeitrag in der Höhe von Fr. 100'000.-- für den Wiederaufbau des abgebrannten Zunfthauses zur Zimmerleuten beschlossen hat, sind bei objektiver Betrachtung nicht geeignet, Misstrauen in die Unparteilichkeit des betreffenden Richters zu wecken, zumal zwischen dem von der Stadt Zürich gesprochenen Unterstützungsbeitrag für den Wiederaufbau des Zunfthauses und dem von der Vorinstanz beurteilten Strassenprojekt sachlich kein Zusammenhang besteht und auch keinerlei Anzeichen ersichtlich sind, dass diese beiden Sachverhalte von den Beteiligten in irgendeiner Form miteinander verknüpft worden wären. Dabei spielt es keine Rolle, ob die Zunft oder der Zunftmeister ein schriftliches oder mündliches Gesuch um Unterstützung an die Stadt Zürich gerichtet hat, weshalb sich die Durchführung eines Beweisverfahrens zu dieser Frage erübrigt.
8.4 Bei dieser Sachlage kann offen bleiben, ob die Beschwerdeführerin den Ausstand bereits im Vorfeld des Verwaltungsgerichtsurteils hätte geltend machen müssen, wie das Verwaltungsgericht ausführt. Die Rüge der Verletzung des Anspruchs auf einen unvoreingenommenen Richter erweist sich als unbegründet.
9. Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung von Art. 25a RPG, weil das vorliegend zu beurteilende Strassenprojekt der Stadt Zürich nicht mit den Planungen des Kantons Zürich für das neue Polizei- und Justizzentrum auf dem Areal des heutigen Güterbahnhofs koordiniert worden sei.
Das Gebot der Koordination von raumplanerischen und umweltrechtlichen Verfahren verlangt in materieller Hinsicht, dass die Rechtsanwendung inhaltlich abgestimmt wird, wenn für die Verwirklichung eines Projekts verschiedene materiellrechtliche Vorschriften anzuwenden sind und zwischen diesen Vorschriften ein derart enger Sachzusammenhang besteht, dass sie nicht getrennt und unabhängig voneinander angewendet werden dürfen (BGE 120 Ib 400 E. 5 S. 409). In formeller Hinsicht folgt aus der Koordinationspflicht, dass dort, wo für die Errichtung oder Änderung einer Baute Verfügungen mehrerer Behörden nötig sind, eine Behörde zu bezeichnen ist, die für ausreichende Koordination zu sorgen hat (Art. 25a Abs. 1 RPG). So sind unter anderem die Gesuchsunterlagen gemeinsam öffentlich aufzulegen und dürfen die Verfügungen keine Widersprüche enthalten (Art. 25a Abs. 2 lit. b und Abs. 3 RPG). Diese Grundsätze sind auf das Nutzungsplanverfahren sinngemäss anwendbar (Art. 25a Abs. 4 RPG).
Art. 25a RPG ist vorliegend nicht anwendbar, weil es sich beim zu beurteilenden Strassenprojekt und dem geplanten Polizei- und Justizzentrum auf dem Areal des Güterbahnhofs zwar um benachbarte, aber zwei verschiedene Projekte handelt, welche nebeneinander verwirklicht werden sollen. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, dass benachbarte Grossprojekte einer Koordination bedürfen, ist der Vorinstanz darin zuzustimmen, dass die raumplanungsrechtliche Abstimmung zwischen verschiedenen Grossprojekten über die Richt- und Nutzungsplanung sicherzustellen ist. Die Rüge der Verletzung von Art. 25a RPG erweist sich damit als unbegründet.
10. Weiter rügt die Beschwerdeführerin, der mit dem Ausbau des Verkehrsknotens Seebahnstrasse/Hohlstrasse verbundene Eingriff in ihre Eigentumsrechte sei nicht zulässig. Soweit ein Strassenprojekt wie vorliegend einen Eingriff in die Eigentumsrechte Privater darstellt, muss dieser auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (Art. 26 Abs. 1 i.V.m. Art. 36 BV). Das Vorliegen eines öffentlichen Interesses und die Verhältnismässigkeit prüft das Bundesgericht bei der Beschränkung von Grundrechten frei. Es auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (BGE 132 II 408 E. 4.3 S. 415 f.).
10.1 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, für den Eingriff in ihre Eigentumsrechte bestehe keine genügende gesetzliche Grundlage.
10.1.1 Sie macht geltend, die auf ihrem Grundstück eingetragene Baulinie, welche vom Regierungsrat im Jahr 1917 genehmigt worden sei, gewähre kein Enteignungsrecht im Sinne von § 110 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG; LS 700.1). Aber auch das Strassengesetz beinhalte keine Grundlage für die Eigentumsbeschränkung, weil interessierte Planungsverbände und Nachbargemeinden nicht eingeladen worden seien, sich zum Projekt zu äussern, und weil das Projekt vom Regierungsrat des Kantons Zürich nicht definitiv genehmigt worden sei.
Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, die bestehende Baulinie aus dem Jahr 1917 sei offenkundig nicht für das strittige Strassenprojekt festgesetzt worden. Daraus könne jedoch nicht abgeleitet werden, dass die Enteignung nicht zulässig sei. Die gesetzliche Grundlage für die Eigentumsbeschränkung sei im Strassengesetz offensichtlich gegeben. Der vom Gesetz verlangte Einbezug der kantonalen Stellen bei der Projektierung sei vollumfänglich gewährleistet gewesen. So seien die notwendigen flankierenden Massnahmen zur N4/N20-Westumfahrung vom Regierungsrat im Voraus definiert worden. Die Modalitäten der Zusammenarbeit zwischen der Stadt und dem Kanton Zürich seien in einem Vertrag geregelt worden, wobei die Gesamtprojektleitung und Gesamtkoordination sowie übergeordnete Spezialaufgaben einem Lenkungsausschuss übertragen worden seien, welcher sich aus Vertretern des Bundes, des Kantons sowie der Stadt Zürich zusammensetze. Für den technischen Bericht und den Verkehrsbericht zum Auflageplan seien die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons und das Tiefbauamt der Stadt Zürich gemeinsam verantwortlich gewesen.
10.1.2 Projekte für Strassen mit überkommunaler Bedeutung auf dem Gebiet der Städte Zürich und Winterthur werden vom jeweiligen Stadtrat ausgearbeitet und festgesetzt. Der kantonalen Baudirektion sowie den interessierten regionalen Planungsverbänden und Nachbargemeinden ist Gelegenheit zu geben, sich zu den Projekten zu äussern (§ 45 Abs. 1 und 2 Strassengesetz). Die bereinigten Projekte bedürfen der Genehmigung durch den Regierungsrat. Mit der Genehmigung ist das Enteignungsrecht erteilt (§ 45 Abs. 3 Strassengesetz). Das Strassengesetz sieht somit ausdrücklich vor, dass für den Strassenbau benötigtes Land und sonstige Rechte enteignet werden können (vgl. auch § 15 Abs. 1 i.V.m. § 18 und § 21 Strassengesetz). Nach kantonalem Recht ist das Enteignungsrecht erteilt, wenn die zuständige Behörde das Projekt festgesetzt hat und - sofern das Projekt wie vorliegend von einer übergeordneten Behörde genehmigt werden muss - zudem der Genehmigungsentscheid vorliegt.
10.1.3 Indem die Vorinstanz zum Schluss gekommen ist, der vom Gesetz verlangte Einbezug der kantonalen Stellen bei der Projektierung sei vollumfänglich gewährleistet gewesen, hat sie sich sinngemäss auf den Standpunkt gestellt, der Regierungsrat habe das Projekt in Anwendung der kantonalen Bestimmungen rechtmässig genehmigt. Die Anwendung und Auslegung kantonalen Rechts kann vor Bundesgericht nicht unmittelbar gerügt werden. Gerügt werden kann nur eine bundesrechtswidrige (im Wesentlichen willkürliche) Anwendung des kantonalen Rechts, wobei vom Beschwerdeführer zu begründen ist, inwiefern Bundesrecht verletzt worden ist (Art. 95 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG).
Ob die Beschwerdeführerin ihrer Rüge- und Begründungspflicht diesbezüglich in genügender Weise nachgekommen ist, kann offen bleiben, weil die Annahme der Vorinstanz, der Regierungsrat habe das festgesetzte Projekt genehmigt, jedenfalls nicht willkürlich im Sinne von Art. 9 BV und damit nicht bundesrechtswidrig ist. Zunächst ist zu bedenken, dass der Regierungsrat aufgrund der überkommunalen Bedeutung des mit dem Bau der N4/N20-Westumfahrung zusammenhängenden Projekts die notwendigen flankierenden Massnahmen bereits im Voraus definiert hat. Sodann ist zu beachten, dass das Projekt aufgrund der besonderen Umstände nicht von der Stadt Zürich alleine, sondern in Zusammenarbeit zwischen der Stadt und dem Kanton Zürich, welche vorgängig mit einer Vereinbarung geregelt worden ist, ausgearbeitet worden ist. Und schliesslich ist zu berücksichtigen, dass der Regierungsrat sich nach der Festsetzung des Projekts durch den Stadtrat mit dem Knoten Seebahnstrasse/Hohlstrasse ausführlich beschäftigt hat, und zwar im Rahmen des von der Beschwerdeführerin gegen die Projektfestsetzung erhoben Rekurses. Nach § 20 Abs. 1 VRG konnte die Beschwerdeführerin sämtliche Mängel des Verfahrens und der angefochtenen Anordnung rügen. Im Rekursverfahren erhielt unter anderem auch die kantonale Baudirektion Gelegenheit zur Stellungnahme. Der Regierungsrat hat sich in seinem Entscheid vom 1. Oktober 2008 mit den Einwänden der Beschwerdeführerin gegen das Projekt ausführlich auseinandergesetzt und den Rekurs abgewiesen. Unter diesen Umständen ist es nicht offensichtlich unhaltbar, wenn sich die Vorinstanz auf den Standpunkt stellt, der Regierungsrat habe das Projekt in Anwendung der kantonalen Bestimmungen rechtmässig genehmigt.
Die Frage, ob interessierte Planungsverbände und Nachbargemeinden nach § 45 Abs. 1 Strassengesetz in genügender Weise ins Projektierungsverfahren einbezogen worden sind, ist für die Beurteilung, ob die Beschränkung der Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage beruht, nicht relevant.
§ 45 Abs. 3 i.V.m. § 18 und § 21 Strassengesetz bilden somit eine genügende gesetzliche Grundlage für den von der Beschwerdeführerin gerügten Eingriff in ihre Eigentumsrechte. Ob darüber hinaus - wie die Stadt Zürich geltend macht - im Hinblick auf die im Jahr 1917 festgesetzte Baulinie auch § 110 PBG eine genügende gesetzliche Grundlage für den Eingriff darstellen würde, kann offen bleiben.
10.2 Mit dem Strassenprojekt "Flankierende Massnahmen N4/N20-Westumfahrung" und dem geplanten Ausbau des Knotens Seebahnstrasse/Hohlstrasse, welcher Bestandteil des Projekts bildet, soll die durch die Eröffnung der Westumfahrung ermöglichte Verkehrsentlastung auf dem Strassennetz der Stadt Zürich sichergestellt werden. Am Ausbau des Knotens, der einen Eingriff in die Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin zur Folge hat, besteht somit ein öffentliches Interesse. Davon scheint auch die Beschwerdeführerin auszugehen, macht sie doch nicht geltend, der geplante Ausbau des Verkehrsknotens liege nicht im öffentlichen Interesse, sondern nur, die Vorinstanz habe es unterlassen, die sich entgegenstehenden privaten und öffentlichen Interessen gegeneinander abzuwägen (zu diesem Einwand vgl. nachfolgend E. 10.3.3).
10.3 Das Verhältnismässigkeitsprinzip besagt, dass eine Grundrechtseinschränkung zur Erreichung des angestrebten, im öffentlichen Interesse liegenden Ziels geeignet, erforderlich und dem Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Einschränkung zumutbar sein muss (BGE 135 I 176 E. 8.1).
10.3.1 Der geplante Ausbau des Verkehrsknotens Seebahnstrasse/ Hohlstrasse soll es ermöglichen, die bisher nur in eine Richtung befahrene Seebahnstrasse für den Gegenverkehr zu öffnen, ohne dass dadurch die Funktionsfähigkeit des Verkehrsknotens beeinträchtigt wird. Indem die Seebahnstrasse für den Gegenverkehr geöffnet wird, kann die Weststrasse im Sinne des Projekts umgebaut und vom Durchgangsverkehr befreit werden. Die Vorinstanz hat aufgezeigt, dass der projektierte Ausbau des Verkehrsknotens geeignet ist, eine solche Verkehrsführung zu ermöglichen und die gewünschte Verkehrsentlastung auf dem Strassennetz des Stadt Zürich sicherzustellen.
10.3.2 Der Eingriff in die Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin ist dann erforderlich im Sinne des Verhältnismässigkeitsprinzips, wenn keine anderen Massnahmen zur Verfügung stehen, welche gleich gut oder besser geeignet sind, den im öffentlichen Interesse liegenden Zweck des Ausbaus des Verkehrsknotens zu erfüllen, ohne dass das Gebäude der Beschwerdeführerin dafür abgebrochen werden müsste.
Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, es seien für den Verkehrsknoten Seebahnstrasse/Hohlstrasse andere, viel bessere Lösungen möglich. Hierfür verweist sie auf ein von ihr bei der Vorinstanz eingereichtes Gutachten. Konkret schlägt sie Varianten vor, bei denen die Seebahnstrasse nach Osten verschoben werden soll. Die heutige Seebahnstrasse ist durch eine abfallende Böschung von einer parallel verlaufenden Gleisparzelle der SBB getrennt. Die von der Beschwerdeführerin angeregte Verschiebung der Seebahnstrasse nach Osten würde eine gestützte Überdeckung der zu den Geleisen abfallenden Böschung und eine Anpassung der über die Geleise an den Verkehrsknoten führenden Brücke notwendig machen.
Dem angefochtenen Entscheid ist zu entnehmen, dass die Stadt Zürich zahlreiche Varianten der Ausbildung des Verkehrsknotens Seebahnstrasse/Hohlstrasse geprüft hat, darunter auch mehrere Varianten, welche die Liegenschaft der Beschwerdeführerin nicht tangiert hätten. Diese Varianten sind allerdings verworfen worden, weil sie die meisten Bedingungen nicht erfüllt haben, welche Voraussetzung für die Funktionsfähigkeit des Verkehrsknotens sind. So ist vorausgesetzt worden, dass die zwei parallelen Fahrspuren der Seebahnstrasse in Richtung Hohlstrasse sowie die rechte Fahrspur auf der Hohlstrasse in Richtung Seebahnstrasse normgemäss für Lastwagen mit Anhänger befahrbar sein müssen. Ausserdem bedarf es für Fussgängerübergänge mit mehr als zwei Fahrspuren einer Schutzinsel. Die Vorinstanz hat insbesondere aufgezeigt, dass Varianten mit einer Verschiebung der Seebahnstrasse Richtung Osten mit grossen Nachteilen verbunden wären. Diesbezüglich hatten die ortskundigen Planungsbehörden zu berücksichtigen, dass die über die Geleise an den Verkehrsknoten führenden Brücke eine Gewichtsbeschränkung von 28 Tonnen aufweist und dass die Böschung zwischen der heutigen Seebahnstrasse und der Gleisparzelle dank dem Vorkommen mehrerer regional gefährdeter und seltener Pflanzenarten im Inventar der kommunalen Naturschutzobjekte steht. Die Vorinstanz hat überzeugend dargelegt, dass eine von der Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren zunächst vorgeschlagene Variante mit einer Verschiebung der Seebahnstrasse Richtung Osten mit grossen Nachteilen verbunden wäre. Gegen eine solche Variante spricht neben der Beanspruchung der Gleisparzelle der SBB, einer möglichen Kollision mit den Sicherheitsbedürfnissen der Bahn und der erforderlichen Überdeckung der geschützten Böschung, dass eine aufwändige Anpassung der über die Geleise führenden Brücke erforderlich wäre, dass bei Staubildungen im Kreuzungsbereich der öffentliche Verkehr unerwünschterweise behindert werden könnte, dass die Fahrspuren nicht die notwendigen Schleppkurvenradien für die Befahrbarkeit mit Lastwagen aufweisen würden, dass mit dieser Variante insgesamt mehr Land für den Strassenbau beansprucht würde und dass ebenfalls ein Gebäude abgebrochen werden müsste. Die Vorinstanz hat aber auch aufgezeigt, dass drei weitere Varianten, welche von der Beschwerdeführerin gestützt auf ein von ihr anlässlich der öffentlichen Verhandlung eingereichtes Gutachten vorgeschlagen worden sind, nicht zweckmässig sind. Diese drei Varianten verzichten zwar auf eine Beanspruchung des nördlichen Areals des Güterbahnhofs. Zwei der drei Varianten beinhalten aber eine noch markantere Verschiebung der Seebahnstrasse Richtung Osten und damit eine noch einschneidendere Überdeckung der geschützten Böschung. Die dritte Variante würde die Böschung weniger beeinträchtigen, erfüllt aber mit nur einer Fahrspur auf der Seebahnstrasse Richtung Hohlstrasse die verkehrsplanerischen Vorgaben nicht.
Es zeigt sich somit, dass sämtliche von der Beschwerdeführerin vorgeschlagenen Varianten, welche eine Verschiebung der Seebahnstrasse nach Osten beinhalten, unzweckmässig und somit nicht geeignet sind, den im öffentlichen Interesse liegenden Zweck des Ausbaus des Verkehrsknotens Seebahnstrasse/Hohlstrasse zu erfüllen, ohne dass das Gebäude der Beschwerdeführerin dafür abgebrochen werden müsste. An dieser Einschätzung vermögen die Einwände der Beschwerdeführerin - soweit es sich dabei nicht ohnehin um unzulässige neue Vorbringen im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG handelt - nichts zu ändern. Zunächst ist für die Bejahung der Erforderlichkeit des Eingriffs in die Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin nicht erheblich, ob bei den vorgeschlagenen Ersatzvarianten die geschützte Böschung wie von der Vorinstanz festgestellt mit einer Tiefe von 8-9 Metern oder nur von 6.3 bzw. 7.3 Metern überdeckt werden müsste, weshalb es sich auch erübrigt den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt in Anwendung von Art. 105 Abs. 2 BGG zu überprüfen bzw. zu korrigieren. Sodann kann der Argumentation der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wonach Flora und Fauna der geschützten Böschung durch die von ihr vorgeschlagene Konstruktion kaum tangiert würde. Weiter ist auch der Einwand unbehilflich, wonach ein in der Nähe liegendes Bauprojekt Lebensräume für Tiere zerstören werde, was für dieses andere Projekt kein Hinderungsgrund gewesen sei. Schliesslich kann die Beschwerdeführerin auch daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten, dass der Gegenverkehr in der Seebahnstrasse und die damit verbundene Entlastung der Weststrasse bereits im Sommer 2010 eingeführt wird, weil es sich bei den am Knoten Seebahnstrasse/Hohlstrasse hierfür notwendigen Anpassungen um eine provisorische Lösung handelt und die Verkehrskapazität des Verkehrsknotens aufgrund der engen Platzverhältnisse ungenügend ist.
10.3.3 Zu prüfen bleibt, ob die Einschränkung in die Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin angesichts ihrer Schwere zumutbar ist, nämlich, ob der Ausbau des Verkehrsknotens Seebahnstrasse/Hohlstrasse ein vernünftiges Verhältnis zwischen dem angestrebten Ziel und dem Eingriff, den er für die Beschwerdeführerin bewirkt, wahrt. Dabei ist eine Abwägung vorzunehmen, welche das öffentliche Interesse am Ausbau des Verkehrsknotens und die durch den Eingriff beeinträchtigten privaten Interessen der Beschwerdeführerin miteinander vergleicht. Zurecht nicht in die Interessenabwägung einbezogen hat die Vorinstanz bei der Prüfung, ob der durch den Ausbau des Verkehrsknotens bedingte Eingriff in die Eigentumsgarantie der Beschwerdeführerin zumutbar ist, die Interessen der nicht am vorinstanzlichen Verfahren beteiligten Mieterinnen und Mieter der Liegenschaft sowie des in der Liegenschaft tätigen Gastwirtpaars und derer Angestellten.
Die Vorinstanz hat erwogen, das öffentliche Interesse an den flankierenden Massnahmen und damit auch an einer Umgestaltung des Knotens Seebahnstrasse/Hohlstrasse falle stark ins Gewicht. Beim privaten Interesse der Beschwerdeführerin am Erhalt ihres Grundstücks sei zu berücksichtigen, dass das Gebäude mit Baujahr 1881 eine sehr alte Bausubstanz aufweise und in der nächsten Zeit zumindest von aussen saniert werden müsste. Die teilweise renovierten Wohnungen genügten in ihren Grundrissen den heutigen Ansprüchen nicht mehr und das Lokal im Erdgeschoss sei veraltet. Nach der Abtretung von 56 m2 Land und dem Abbruch der Liegenschaft wäre auf dem verbleibenden Grundstück die Errichtung eines Neubaus mit etwa gleich viel Nutzfläche wie bisher möglich, sodass der von der Beschwerdeführerin beklagte Verlust von Wohnraum nur vorübergehender Natur sein sollte. Insgesamt würden die öffentlichen Interessen an der Verwirklichung des Projekts die dagegen stehenden privaten Interessen der Beschwerdeführerin überwiegen.
Zwar ist die Enteignung von 56 m2 Land und der Abbruch der Liegenschaft für die Beschwerdeführerin kein unbedeutender Eingriff in ihre privaten Interessen. Dass das Gebäude in der nächsten Zeit von aussen saniert werden müsste, wird von der Beschwerdeführerin indessen nicht bestritten. Nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz bei der Interessenabwägung mitberücksichtigt hat, dass nach der Abtretung auf dem verbleibenden Grundstück die Errichtung eines Neubaus mit etwa gleich viel Nutzfläche wie bisher möglich wäre. Das den privaten Interessen der Beschwerdeführerin entgegenstehende öffentliche Interesse am projektierten Ausbau des Verkehrsknotens ist gross. Es geht darum, die durch die Eröffnung der N4/N20-Westumfahrung ermöglichte Verkehrsentlastung auf dem Gebiet der Stadt Zürich sicherzustellen, von welcher eine grosse Anzahl von Personen profitiert, welche bis anhin vom Durchgangsverkehr stark belastet waren. Dies bedingt aber, dass die Seebahnstrasse und die Hohlstrasse als innerstädtische Hauptverkehrslinie normgemäss im Gegenverkehr befahren werden können und zwar auch von Lastwagen mit Anhängern. Erst der Ausbau des Verkehrsknotens Seebahnstrasse/Hohlstrasse ermöglicht nach der grundsätzlich verbindlichen Sachverhaltsdarstellung der Vorinstanz die störungsfreie Abwicklung des Durchgangverkehrs ohne Rückstaus. Die Vorinstanz hat das öffentliche Interesse am projektierten Ausbau des Verkehrsknotens zurecht höher eingestuft als die betroffenen privaten Interessen der Beschwerdeführerin. Der Eingriff in die Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin erweist sich als zumutbar.
11. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. August 2009 gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Stadt Zürich hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sowie die subsidiäre Verfassungsbeschwerde vom 19. Oktober 2009 gegen den Beschluss des Verwaltungsgerichts vom 8. September 2009 wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. August 2009 gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 4. Juni 2009 wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. August 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Mattle

region: Federation

bge_label: critical


facts:
Faits:
A. Par décision du 11 septembre 2000, l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après: l'Office fédéral) a admis la demande d'enregistrement du "saucisson vaudois" en tant qu'indication géographique protégée (ci-après: IGP). Après avoir rejeté deux oppositions formées à la suite de la publication de la demande d'enregistrement dans la Feuille officielle suisse du commerce, ledit Office a enregistré, le 24 septembre 2004, l'appellation "saucisson vaudois" comme IGP et l'a inscrite, avec le cahier des charges, dans le registre des appellations d'origine et des indications géographiques.
Le 23 décembre 2004, l'Association Charcuterie Vaudoise IGP (ci-après: l'Association) a déposé une demande tendant à différentes modifications du cahier des charges. Ces modifications étaient tirées, pour l'essentiel, des expériences faites lors des inspections réalisées au cours des trois années précédentes. L'Office fédéral a traité séparément la demande relative à l'étiquetage et l'a admise par décision du 19 mai 2006. Après avoir consulté la Commission des appellations d'origine et des indications géographiques (ci-après: la Commission) et les autorités concernées, l'Office fédéral, par décision du 21 juin 2007, a admis la requête de modification du cahier des charges sur trois autres points, soit la matière première (utilisation d'antioxydants et de sel de cuisine additionné de salpêtre), la fabrication et la traçabilité. Il l'a par contre rejetée en tant qu'elle concernait, d'une part, la modification de la longueur et du calibre du saucisson et, d'autre part, l'utilisation de museau de porc dans la fabrication. L'Association souhaitait, en effet, autoriser l'adjonction de museau de porc cuit dans le saucisson car il était apparu que les fabricants de Payerne et environs en utilisaient environ 4 % dans leur recette.
B. L'Association a attaqué la décision du 21 juin 2007 de l'Office fédéral devant le Tribunal administratif fédéral. Lors d'une séance d'instruction, les parties à la procédure ont trouvé un accord quant à la longueur et au calibre du saucisson. Dans son arrêt du 1er décembre 2009, le Tribunal administratif fédéral a pris acte de cet accord et a rejeté le recours quant à la demande de modification du cahier des charges relative à l'adjonction de museau de porc dans la fabrication du saucisson. Il a rappelé que l'art. 7 ch. 1 du cahier des charges, intitulé "Tri de la viande", excluait l'utilisation de couennes dans la fabrication du saucisson. Or, le museau de porc contenait de la couenne. En conséquence, son utilisation ne pouvait être admise. Les juges n'ont pas retenu l'argument de l'Association selon lequel elle considérait le museau de porc comme de la viande et non comme de la couenne. Selon ceux-ci, l'on pouvait, en effet, attendre des bouchers qu'ils sachent que le museau de porc contient de la couenne et que, partant, en excluant l'utilisation de celle-ci à l'art. 7 ch.1 du cahier des charges, ils n'autorisaient pas celle du museau de porc. Finalement, le Tribunal administratif fédéral a jugé que l'Association ne pouvait rien tirer du fait que la recette du saucisson vaudois était un secret bien gardé, ce qui aurait eu pour conséquence que le principal spécialiste, appelé à rédiger le cahier des charges, ne savait pas que certains charcutiers mettaient du museau de porc dans leur saucisson. Les juges ont considéré que le fait que des fabricants aient caché que le museau de porc entrait dans la composition de leur saucisson n'était pas compatible avec une demande d'IGP. En outre, aucun producteur n'avait formé opposition à la suite de la publication de l'enregistrement de l'IGP, ce qui aurait dû être le cas si certains n'étaient pas d'accord avec le cahier des charges qui interdisait l'utilisation de la couenne.
L'Office fédéral conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations.

considerations:
Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui sont déposés devant lui (ATF 136 I 43 consid. 1 p. 43; 136 II 101 consid. 1 p. 103).
1.1 Les motifs à l'appui du recours sont confus (cf. sur l'obligation de motiver: art. 42 al. 2 LTF et ATF 134 V 53 consid. 3.3 p. 60; 133 IV 119 consid. 6.3 p. 120 s. et les arrêts cités). En témoigne, leur intitulé, soit "Structure et organisation de la boucherie-charcuterie", "Besoin de fédérer tous les acteurs derrière l'indication géographique protégée", etc. On comprend toutefois que la recourante estime que les dispositions topiques de l'ordonnance du 28 mai 1997 concernant la protection des appellations d'origine et des indications géographiques des produits agricoles et des produits agricoles transformés (ci-après: ordonnance sur les AOP et les IGP ou l'ordonnance; RS 910.12) - qu'elle ne cite pas - ont été violées en tant que la demande de modification du cahier des charges a été refusée. Partant, l'obligation de motiver peut être considérée comme remplie et le recours sera, à cet égard, considéré comme recevable.
1.2 En tant que groupement de producteurs de saucissons vaudois dont la représentativité a été jugée suffisante par les instances précédentes pour déposer une demande d'enregistrement d'IGP (cf. art. 5 de l'ordonnance sur les AOP et les IGP), puis pour présenter une requête en modification du cahier des charges (cf. art. 14 de l'ordonnance sur les AOP et les IGP), l'Association Charcuterie Vaudoise IGP est atteinte par l'arrêt attaqué et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF).
1.3 Pour le surplus, le recours, qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions de l'art. 83 LTF, a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre a LTF). Il dès lors, en principe, recevable.
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322; 135 III 397 consid 1.4 p. 400 et les arrêts cités).
En outre, lorsque se posent des questions d'ordre technique, le Tribunal fédéral fait, en principe, preuve de retenue (ATF 134 III 193 consid. 4.4 p. 199; 125 II 643 consid. 4a p. 651 ss et les arrêts cités).
3. L'ordonnance sur les AOP et les IGP a été modifiée par la novelle du 14 novembre 2007 (RO 2007 6109) qui est entrée en vigueur le 1er janvier 2008. L'art. 23 al. 1 de cette ordonnance prévoit que les demandes d'enregistrement pendantes au moment de l'entrée en vigueur de cette novelle sont examinées selon le nouveau droit. Cette disposition ne dit rien des demandes de modification du cahier des charges. Par contre, selon l'art. 14 al. 1 de cette ordonnance, ces demandes font l'objet de la même procédure que celle prévue pour les enregistrements. Dès lors, il convient d'appliquer l'art. 23 de l'ordonnance sur les AOP et les IGP par analogie aux demandes de modification du cahier des charges.
Le 1er janvier 2008, la demande de modification, qui s'achève, le cas échéant, par l'enregistrement de la modification (art. 12 de l'ordonnance sur les AOP et les IGP), était pendante devant le Tribunal administratif fédéral, ce qui aboutit à traiter le présent cas selon le droit tel que modifié selon la novelle susmentionnée.
4. 4.1 Le recours porte sur la modification de l'art. 7 ch. 1 du cahier des charges du saucisson vaudois en tant que cette disposition a trait à la composition de ce saucisson. L'art. 7 dudit cahier, intitulé "Fabrication du Saucisson vaudois", prévoit:
"La fabrication comporte les étapes suivantes:
1. Tri de la viande: le tri doit exclure les tendons, les couennes, les parties sanglantes et les ganglions ainsi que les autres parties étrangères. Le rapport entre la quantité de viande maigre et celle de lard est de 3 pour 2. (...)"
La recourante demande la suppression du mot "couennes" et l'adjonction d'une phrase autorisant l'utilisation de museau de porc dans la fabrication du saucisson, laquelle aurait la teneur suivante:
"L'incorporation dans la pâte d'un maximum de 6 % de museau de porc cuit et haché à 2 mm est admise à condition que les proportions de gras, de maigre et de collagène soient respectées. Toute adjonction de couenne hormis celle recouvrant les tissus du museau est exclue."
La recourante explique qu'il aurait fallu plusieurs années, après l'élaboration du cahier des charges, au chef expert de la charcuterie vaudoise pour découvrir que certains fabricants mettaient du museau de porc dans leur saucisson vaudois. En outre, ces fabricants ne se cantonneraient pas à la région de Payerne mais seraient disséminés dans tout le canton de Vaud. Ces personnes n'auraient pas fait savoir, lors de l'élaboration du cahier des charges, que leur recette du saucisson comprenait du museau de porc car ils ne se sentaient pas concernés par la démarche visant à obtenir une IGP et n'avaient pas conscience des conséquences que l'obtention d'une IGP n'autorisant pas le museau de porc aurait pour eux. En outre, contrairement à ce qu'aurait retenu le Tribunal administratif fédéral, ce serait involontairement que l'utilisation du museau de porc aurait été exclue lors de la rédaction du cahier des charges.
4.2 Bien qu'elle ne le mentionne pas expressément et que son grief se contente d'exprimer des considérations générales, la recourante s'en prend, tout d'abord, à la détermination des faits par le Tribunal administratif fédéral. En effet, savoir si les personnes en charge de l'élaboration du cahier des charges ont volontairement ou non exclu le museau de porc de la fabrication du saucisson vaudois est une question de fait.
Selon la recourante, pour les bouchers "il est évident que museau de porc et couenne sont deux notions - et deux matières premières de fabrication - clairement différentes, même si les tissus du museau sont recouverts de couenne". Partant, en excluant la couenne de la fabrication, il n'entendait pas en faire de même pour le museau. L'argumentation de l'intéressée sur ce point ne répond pas aux exigences de motivation (cf. consid. 2). En demandant de "mettre le groupement demandeur et son expert au bénéfice de la bonne foi" qui veut qu'ils n'entendaient pas exclure le museau de la fabrication du saucisson, elle se contente, en effet, d'opposer sa version des faits à celle retenue par les premiers juges. En outre, ses arguments sont en partie contradictoires, puisque, d'une part, comme susmentionné, elle prétend qu'en excluant la couenne les fabricants ne voulaient pas en faire de même avec le museau et, que, d'autre part, elle avance que ces fabricants ne savaient pas que certains d'entre eux utilisaient du museau. Partant, le Tribunal de céans devra se fonder sur les faits constatés par le Tribunal administratif fédéral, soit que les personnes appelées à élaborer le cahier des charges ont volontairement exclu le museau comme matière première pouvant être utilisée pour la fabrication.
4.3 Afin de trancher le grief relatif à la modification du cahier des charges, il convient d'examiner le système légal régissant les AOP et IGP.
4.3.1 L'art. 3 de l'ordonnance sur les AOP et les IGP prévoit:
"1 Peut être enregistré comme indication géographique le nom d'une région, d'un lieu ou, dans des cas exceptionnels, d'un pays, qui sert à désigner un produit agricole ou un produit agricole transformé:
a. originaire de cette région, de ce lieu ou de ce pays;
b. dont une qualité déterminée, la réputation ou une autre caractéristique peut être attribuée à cette origine géographique; et
c. qui est produit, transformé ou élaboré dans une aire géographique délimitée.
2 Les dénominations traditionnelles des produits agricoles ou des produits agricoles transformés qui remplissent les conditions fixées à l'al. 1 peuvent être enregistrées comme indications géographiques."
La procédure d'enregistrement est fixée aux art. 5 à 14 de l'ordonnance. Selon l'art. 5 al. 1 de l'ordonnance, tout groupement de producteurs représentatif d'un produit peut déposer une demande d'enregistrement auprès de l'Office fédéral. L'art. 6 de l'ordonnance prescrit que la demande doit prouver que les conditions fixées par l'ordonnance pour l'obtention de l'appellation d'origine ou de l'indication géographique sont remplies (al. 1) et qu'elle doit être assortie d'un cahier des charges (al. 3).
Le cahier des charges est l'élément central de l'IGP puisqu'il sert de base au contrôle de production, transformation ou élaboration du produit par les bénéficiaires de l'IGP (art. 18 al. 1 de l'ordonnance). A ce sujet, l'art. 7 al. 1 let. c de l'ordonnance dispose:
"1 Le cahier des charges comprend:
a. le nom du produit comprenant l'appellation d'origine ou l'indication géographique;
b. la délimitation de l'aire géographique;
c. la description du produit, notamment ses matières premières et ses principales caractéristiques physiques, chimiques, microbiologiques et organoleptiques;
d. la description de la méthode de l'obtention du produit;
e. la désignation d'un ou plusieurs organismes de certification ainsi que les exigences minimales relatives au contrôle;"
S'il admet une demande, après consultation de la Commission (art. 8 de l'ordonnance), l'Office fédéral la publie dans la Feuille officielle suisse du commerce (art. 9 de l'ordonnance). Ce n'est qu'après avoir statué sur d'éventuelles oppositions (art. 10 et 11 de l'ordonnance) que la dénomination est inscrite dans le registre des appellations d'origine et des indications géographiques (art. 12 de l'ordonnance).
Selon l'art. 14 al. 1 de l'ordonnance, les modifications du cahier des charges font l'objet de la même procédure que celle prévue pour les enregistrements, soit les art. 5 à 14 de l'ordonnance.
4.3.2 L'Office fédéral de l'agriculture a édité un guide, daté d'août 2009, pour le dépôt d'une demande d'enregistrement ou d'une demande de modification de cahier des charges (ci-après: le guide). Ce guide, qui n'a pas force de loi et ne lie pas le Tribunal fédéral, souligne que les critères fixés dans les cahiers des charges lors de l'enregistrement ne sont pas forcément définitifs et qu'ils peuvent être modifiés à la demande des filières lorsqu'elles le jugent nécessaire. Il précise, toutefois, qu'une demande de modification de ce cahier ne constitue pas une simple formalité puisqu'elle fait l'objet de la même procédure que celle prévue pour les enregistrements. Toujours selon le guide, les "exigences requises doivent correspondre aux conditions fixées par la base légale et être suivies par l'ensemble des acteurs d'une même filière concernés par les modifications demandées". Il s'agit donc d'une démarche collective et il est important, dès lors, que la procédure soit bien comprise de l'intérieur de la filière. En outre, l'Office fédéral relève que si la nature de la demande de modification vise à affaiblir le cahier des charges au point que les critères destinés à forger la typicité du produit ne seraient plus remplis, le groupement demandeur doit s'attendre à un rejet de la demande. En effet, l'Office fédéral examine si de manière générale la demande ne remet pas en question la dénomination protégée (guide p. 16).
A titre indicatif, on peut aussi se référer aux rapports d'activité édités chaque année par la Commission. Cette Commission est instituée par le Département fédéral de l'économie et elle conseille l'Office fédéral dans l'exécution de l'ordonnance sur les AOP et les IGP (art. 22 de l'ordonnance). Dans son rapport 2006, la Commission mentionne que les cas qui lui sont soumis ont évolué au fil des ans. En effet, les demandes portaient, au début de son activité, sur la reconnaissance de nouveaux cahiers des charges; par la suite, les requêtes ont touché de plus en plus à la modification de ces cahiers. A cet égard, le rapport 2006 souligne qu'il s'agit de garder le "haut niveau exigé au moment de l'enregistrement et non de le baisser après coup. En même temps, il ne faut pas mettre en danger la fabrication de produits enregistrés en posant des exigences surfaites". Le rapport 2007 souligne qu'il faut "concilier les souhaits de modification présentés par les groupements avec les dispositions de l'ordonnance sur les AOP et IGP. La question se pose souvent de savoir s'il s'agit de pur opportunisme ou de revendications justifiées qui, si elles n'étaient pas prises en compte, mettraient en cause l'existence du produit proposé. Cette pondération exige des connaissances techniques approfondies du procédé de fabrication et du produit final, car il convient de tenir compte à la fois des besoins du groupement et de ceux du marché, pour autant qu'ils ne sortent pas du cadre de l'ordonnance sur les AOP et IGP". Le rapport 2008 précise que dans la mesure où les changements demandés sont des changements formels qui conduisent à une épuration du cahier des charges, la Commission n'a rien à objecter. Par contre, lorsque le changement requis "pourrait conduire à un amoindrissement de la qualité ou de la typicité du produit, la Commission est beaucoup moins disposée à accepter de tels changements. Partant du principe que les cahiers des charges ont été soigneusement examinés par le groupement concerné avant d'être présentés, elle estime qu'ils ne nécessitent pas de changements notables peu de temps après leur enregistrement". A titre d'exemples, la Commission a refusé la modification proposant que les boîtes contenant le Vacherin Mont-d'Or soient fabriquées à l'extérieur de l'aire géographique. Elle s'est également prononcée contre celle qui voulait, d'une part, réduire la durée d'affinage du Berner Alpkäse et, d'autre part, ajouter de la crème dans sa composition. La Commission a, par contre, accepté d'ajouter à la protection du fromage Tête de Moine, la rosette obtenue en tournant la girolle.
5. 5.1 L'art. 14 al. 1 de l'ordonnance relatif à la modification du cahier des charges se contente de renvoyer à la procédure prévue pour les enregistrements.
5.2 Le Message du 27 juin 1995 concernant le paquet agricole 95 (FF 1995 IV 621; ci-après: le Message) ne donne pas beaucoup plus d'indications sur les conditions auxquelles sont soumises les modifications du cahier des charges. Il précise que ce cahier, que s'imposent volontairement les partenaires de la filière, "décrit le produit, c'est-à-dire les matières premières et les principales caractéristiques dudit produit. Ce cahier indique également la méthode d'élaboration et précise s'il existe des méthodes locales et constantes. Ces critères servent à éviter une banalisation du produit doté d'une appellation d'origine ou d'une indication géographique. Par contre, ils ne fixent pas définitivement un mode de production, le cahier des charges pouvant toujours être adapté en fonction de l'évolution technique" (FF 1995 IV 651 ch. 212).
Ainsi, le Message ne parle que de la modification du mode de production arrêté dans le cahier des charges. On pourrait en conclure qu'en ne citant que cet exemple le Conseil fédéral a voulu limiter les modifications aux cas où une IGP doit pouvoir s'adapter à l'évolution technique, faute de quoi elle deviendrait désuète et risquerait de ne plus être utilisée. Aucun autre élément ne vient pourtant corroborer une telle interprétation restrictive. L'interprétation historique ne permet donc pas de cerner plus précisément l'art. 14 al. 1 de l'ordonnance.
5.3 5.3.1 L'art. 14 al. 1 de l'ordonnance renvoie à la procédure prévue pour les enregistrements. La section 2 de l'ordonnance, intitulée "Procédure d'enregistrement", contient les art. 5 à 14 qui ne traitent pas uniquement de la procédure au sens formel du terme mais qui font également référence aux conditions de fond que doit remplir une demande d'enregistrement. En effet, l'art. 6 al. 1 de l'ordonnance décrète que la demande d'enregistrement doit prouver que les conditions fixées par l'ordonnance pour l'obtention de l'appellation d'origine ou de l'indication géographique sont remplies. Ces conditions de fond concernent plusieurs éléments de la requête d'enregistrement (cf. à cet égard J. DAVID MEISSER/DAVID ASCHMANN, Herkunftsangaben und andere geographische Bezeichnungen, in: von Büren/David, Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, III/2, 2e éd., p. 298 ss; LORENZ HIRT, Der Schutz schweizerischer Herkunftsangaben, 2003, p. 126 ss; SIMON HOLZER, Geschützte Ursprungsbezeichnungen (GUB) und geschützte geographische Angaben (GGA) landwirtschaftlicher Erzeugnisse, 2005, no 4.2, p. 249 ss) comme, par exemple, la représentativité du groupement qui dépose la demande (cf. art. 5 de l'ordonnance). Les conditions matérielles ayant trait au produit lui-même, qui est seul en cause ici, sont les suivantes:
le produit doit venir d'une certaine région, lieu ou pays (art. 3 al. 1 let. a de l'ordonnance et art. 6 al. 2 let. d de l'ordonnance),
le produit doit avoir une qualité déterminée, une réputation ou une autre caractéristique, soit un élément qui définit la typicité dont il doit faire preuve, qui peut être attribuée à cette origine (art. 3 al. 1 let. b et art. 6 al. 2 let. e et g de l'ordonnance),
le produit doit être fabriqué dans une aire géographique délimitée (art. 3 al. 1 let. c de l'ordonnance).
En outre, l'art. 17a al. 2 de l'ordonnance, traitant des produits non conformes au cahier des charges, prévoit que lorsque ce cahier est modifié selon l'art. 14 al. 1, les produits agricoles et les produits agricoles transformés peuvent encore être fabriqués, conditionnés, étiquetés et commercialisés selon l'ancien droit pendant deux ans à compter de la date de publication des modifications. Il ressort donc de cette disposition que la modification peut toucher les différentes étapes de production d'un produit, soit la fabrication, le conditionnement, l'étiquetage et la commercialisation.
5.3.2 Il s'agit encore de relever que les prescriptions en matière d'IGP ont, entre autres buts, celui de garantir une certaine authenticité des produits, notamment leur qualité et leur provenance. Ainsi, les intérêts en cause ne sont pas uniquement ceux des producteurs qui utilisent l'IGP mais également ceux des consommateurs qui s'attendent à avoir un produit d'une certaine qualité (YVES DONZALLAZ, Traité de droit agraire suisse: droit public et droit privé, tome 1, 2004, p. 194 ss).
5.3.3 Ainsi, il ressort d'une interprétation systématique et téléologique que, si la modification peut toucher les différentes étapes de production d'un produit (cf. art. 17a al. 2 de l'ordonnance), elle est limitée à deux égards. D'une part, les intérêts des consommateurs doivent être pris en compte. D'autre part, les conditions de fond fixées dans l'ordonnance doivent toujours être remplies (art. 6 al. 1 de l'ordonnance) et ces conditions englobent celles relatives au produit lui-même décrites à l'art. 3 de l'ordonnance. Il ne faut, à cet égard, pas oublier que, lors d'une demande de modification, la situation est différente de celle existant au moment d'une demande d'enregistrement, puisqu'une IGP existe déjà, qu'un cahier des charges a préalablement été élaboré et enregistré et que ce cahier définit, notamment, la qualité et la typicité du produit.
5.4 5.4.1 En l'espèce, la modification requise consiste à autoriser le museau de porc comme ingrédient entrant dans la composition du saucisson vaudois. Pour ce saucisson, la matière première est un mélange de viande de porc dont les caractéristiques chimiques sont décrites à l'art. 4 du cahier des charges: il doit comprendre au minimum 60 % de viande maigre, dont la quantité de protéines totales est de 14 % au minimum et celle du collagène représente au maximum 20 % des protéines totales. La fabrication (art. 7 du cahier des charges) du saucisson comprend, notamment, les étapes du tri de la viande (ch. 1) et de la préparation (ch. 2). L'art. 7 ch. 1 précise que les tendons, les couennes, les parties sanglantes, les ganglions, ainsi que les autres parties étrangères du porc doivent être exclus de la préparation. Cet article définit ainsi la qualité du saucisson vaudois au sens de l'art. 3 al. 1 let. b de l'ordonnance pour laquelle l'IGP a été octroyée. Il a été rédigé par l'Association et a, en quelque sorte, été entériné par l'Office fédéral lorsque l'IGP a été enregistrée.
En élaborant le cahier des charges, qui est l'élément central d'une demande d'IGP (LORENZ HIRT, op. cit., p. 137; SIMON HOLZER, op. cit., p. 315), la recourante a expressément exclu la couenne de la composition du saucisson vaudois. Ce point est important car il ressort du procès-verbal de la séance du 15 janvier 2007 de l'Office fédéral de l'agriculture, durant laquelle ledit Office a décidé de suivre la recommandation de la Commission de rejeter la demande relative au museau, qu'il "n'est techniquement pas possible de déterminer si les couennes qui se trouveraient dans le saucisson proviendraient de museaux de porc ou seraient d'autres couennes". La qualité du saucisson pourrait ainsi être mise en danger par l'autorisation du museau puisque le saucisson pourrait contenir de la couenne autre que celle du museau sans que cela soit détectable et alors qu'il est admis par tous qu'il ne doit pas en comporter.
De plus, la station de recherche Agroscope Liebefeld-Posieux ALP a procédé à une étude quant à l'impact de l'ajout de museau dans le saucisson vaudois. Son rapport du 26 juin 2009 arrive à la conclusion qu'un tel ajout de 8 % modifie légèrement ("nur vereinzelt signifikant") les propriétés sensorielles du saucisson. En outre, il mentionne une différence de la composition chimique du saucisson puisque l'adjonction de museau entraîne une augmentation significative des protéines du collagène. Ainsi, le museau de porc a des conséquences sur la qualité du saucisson. Or, la Commission ainsi que l'Office fédéral, qui sont les plus à même d'évaluer l'impact du museau sur la qualité du saucisson, ont jugé qu'une telle altération de la qualité ne pouvait être entérinée par une modification du cahier des charges. Ce cahier est, en effet, la garantie d'un certain standard, lequel pourrait ne plus être atteint s'il était changé. Tel serait le cas en l'espèce puisque le museau altère la qualité du saucisson. La recourante reconnaît d'ailleurs elle-même qu'il résulte d'une dégustation comparative effectuée que, si le "saucisson avec museau se pèle mieux et tient mieux à la coupe ... son goût est légèrement moins bien évalué". A cet égard, il est révélateur, comme le relève le rapport d'activité 2006 de la Commission, que, selon la recourante, la pratique consistant à utiliser le museau dans le saucisson aurait toujours existé mais qu'elle n'avait pas été communiquée aux consommateurs "afin d'éviter tout risque en matière d'image". Compte tenu de ces éléments, on ne peut considérer que l'utilisation de museau serait dans l'intérêt des consommateurs.
A titre de comparaison, on peut signaler que la demande de modification de la recourante portait également sur l'art. 7 ch. 2 du cahier des charges relatif à la préparation du saucisson vaudois. Cet article mentionne que "les épices de base sont le sel de cuisine et le poivre. Les épices pouvant être prises en considération sont l'ail, la coriandre, la lie de vin et le vin blanc. Les additifs pouvant être pris en considération sont le sel nitrité (E 250), les acidifiants (E 331 ou E 575), les antioxydants (E 300 ou E 301), le lactose, le glucose, le saccharose et l'exhausteur de goût (E 621)...". L'Association souhaitait également autoriser l'utilisation, dans la préparation, de sel de cuisine additionné de salpêtre et de deux antioxydants (E 304 et E 307). La modification de l'art. 7 ch. 2 du cahier des charges a été admise dans ce sens. A la différence du museau de porc, il a été jugé que le sel additionné de salpêtre et les antioxydants n'altéraient pas la qualité du saucisson. En outre, ces ingrédients ne sont que secondaires en comparaison de la matière première qu'est le porc et le tri de la viande. Finalement, la rédaction même de l'art. 7 ch. 2 du cahier des charges marque une différence avec l'art. 7 ch. 1 de ce cahier puisque le ch. 2 a le caractère d'une norme potestative ("Kann-Vorschrift"), qui laisse le choix au fabricant d'utiliser les ingrédients mentionnés ou non, alors que le ch. 1, relatif au tri de la viande, est impératif.
Comme susmentionné, l'Office fédéral, soit une autorité dont le Tribunal fédéral, qui fait en l'espèce preuve de retenue (cf. consid. 2 supra), prend en compte le pouvoir d'appréciation étendu en la matière, sur proposition de la Commission, n'a pas voulu une modification du cahier des charges sur un point touchant à la qualité du produit et qui pourrait la modifier. Dès lors que, d'une part, l'IGP a été enregistrée pour un saucisson ne contenant pas de couenne et que le museau en contient et que, d'autre part, cet ingrédient modifie la qualité du saucisson, en admettre l'adjonction dans le saucisson vaudois reviendrait à violer l'art. 3 al. 1 let. b de l'ordonnance. Partant, les conditions fixées par l'ordonnance (art. 6 al. 1 de l'ordonnance), auxquelles l'art. 14 de l'ordonnance soumet les demandes de modification, ne seraient pas respectées.
5.4.2 La recourante prétend que l'adjonction du museau est une pratique locale, loyale et constante (cf. art. 6 al. 2 let. f et g de l'ordonnance) et qu'à ce titre la modification du cahier des charges devrait être admise.
Le cahier des charges ne mentionne pas que le saucisson vaudois peut facultativement contenir du museau de porc et cet ingrédient en a été volontairement exclu (cf. consid. 4.2). Ces faits suffisent à démontrer que l'utilisation du museau n'est pas une pratique locale, loyale et constante. Ceci est d'ailleurs corroboré par la demande d'IGP pour la saucisse aux choux vaudoise que la recourante a déposée parallèlement à celle du saucisson vaudois. En effet, l'art. 7 du cahier des charges de la saucisse aux choux, intitulé "Etapes de fabrication", sous sa lettre b "Tri de la viande", prévoit:
"Le tri doit exclure les tendons, les parties sanglantes, les ganglions et les autres parties étrangères. Le mélange de viande de porc maigre, de lard, de couennes cuites et de choux blanchis doit permettre de respecter les valeurs d'analyse. Ce mélange peut contenir facultativement du foie, du museau cuit, du coeur, de la langue, de la tête désossée ou de la bordure de lard."
Ainsi, non seulement cette disposition ne mentionne pas les couennes comme matière première à exclure de la fabrication, contrairement à l'art. 7 ch.1 du cahier des charges du saucisson vaudois, mais elle précise que le mélange de viande peut contenir facultativement, entre autres parties du porc, du museau cuit. Ces éléments confirment que la recourante a jugé que le saucisson vaudois, dans sa typicité (cf. consid. 5.3.1 et art. 3 al. 1 let. b de l'ordonnance), au contraire de la saucisse au choux, ne contenait ni couenne ni museau. Au demeurant, selon le recourante elle-même, seuls certains fabricants mettent du museau dans leur saucisson. Il ne s'agit donc pas d'une pratique généralisée. Si tel avait été le cas, et compte tenu du fait qu'une demande d'IGP doit être déposée par un groupement représentatif, le museau aurait été mentionné comme partie entrant dans la fabrication du saucisson. Par conséquent, l'utilisation de museau ne peut être considérée comme une pratique locale, loyale et constante.
5.4.3 Les considérations susmentionnées, ajoutées au fait que la demande de modification est survenue que très peu de temps après l'enregistrement de l'IGP - celui-ci date du 29 septembre 2004 et la demande du 23 novembre 2004 - suffisent à sceller le sort du recours et le Tribunal fédéral ne se prononcera pas sur l'argument de la recourante tendant à prouver qu'il est possible d'ajouter du museau au saucisson tout en restant dans "la plage de conformité, représentée en vert sur le modèle de rapport de test du produit tiré des paramètres du cahier des charges".
5.5 En conclusion, c'est à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a rejeté la demande de modification tendant à autoriser le museau de porc dans la composition du saucisson vaudois. Le grief de la recourante tiré d'une mauvaise application du droit fédéral doit dès lors être rejeté.
6. Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, à l'Office fédéral de l'agriculture et au Tribunal administratif fédéral, Cour II.
Lausanne, le 10 décembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Zünd Kurtoglu-Jolidon