facts:
Sachverhalt:
A. Am 9. Dezember 2010 erstattete D._ bei der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl Strafanzeige gegen Polizeibeamte wegen einfacher Körperverletzung, eventuell Tätlichkeiten. Er machte geltend, die Polizeibeamten hätten ihn bei seiner Verhaftung am 18. August 2010 misshandelt.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl ermittelte in der Folge die Personalien der betroffenen Beamten. Mit Verfügung vom 5. Januar 2011 überwies die Leitende Staatsanwältin die Akten auf dem Dienstweg über die Oberstaatsanwaltschaft dem Obergericht des Kantons Zürich zum Entscheid über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Untersuchung gegen die Polizeibeamten wegen Amtsmissbrauchs etc.; dies mit dem Antrag, auf die Anzeige sei nicht einzutreten.
B. Mit Beschluss vom 21. Januar 2011 trat das Obergericht (III. Strafkammer) auf das Gesuch um Eröffnung oder Nichtanhandnahme der Strafuntersuchung nicht ein.
Es befand, § 148 des Gesetzes vom 10. Mai 2010 des Kantons Zürich über die Gerichts- und Behördenorganisation im Zivil- und Strafprozess (GOG/ZH; LS 211.1), wonach über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung gegen Beamte gemäss Art. 110 Abs. 3 StGB wegen im Amt begangener Verbrechen oder Vergehen das Obergericht entscheidet, widerspreche der Schweizerischen Strafprozessordnung vom 5. Oktober 2007 (StPO; SR 312.0) und sei damit nichtig (Art. 49 Abs. 1 BV). Gemäss Art. 309 f. StPO entscheide über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung die Staatsanwaltschaft. Auf Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO könne sich § 148 GOG/ZH nicht stützen.
Das Obergericht erwog abschliessend, im Interesse einer einheitlichen Praxis wäre es wünschenswert, wenn bei der Staatsanwaltschaft eine zentrale Stelle mit dem Entscheid über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme von Strafuntersuchungen gegen Beamte betraut würde. Dies wäre mit Art. 309 f. StPO vereinbar. Die Akten würden daher der Oberstaatsanwaltschaft zur weiteren Veranlassung überwiesen.
C. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich führt in der gleichen Rechtsschrift Beschwerde in Strafsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit dem Antrag, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache an dieses zur Fällung des Ermächtigungsentscheids zurückzuweisen.
D. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl haben auf Gegenbemerkungen verzichtet. Die Polizeibeamten haben sich nicht vernehmen lassen.

considerations:
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin erhebt sowohl Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG als auch subsidiäre Verfassungsbeschwerde nach Art. 113 ff. BGG.
Gemäss Art. 113 BGG beurteilt das Bundesgericht Verfassungsbeschwerden gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72-89 zulässig ist. Zu prüfen ist also zunächst, ob eine dieser Beschwerden gegeben ist.
1.2 Art. 72-89 BGG regeln die Beschwerde in Zivilsachen, in Strafsachen und in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Die Abgrenzung zwischen diesen Beschwerden ergibt sich grundsätzlich aus dem vom angefochtenen Entscheid betroffenen Rechtsgebiet. Je nachdem, ob der angefochtene Entscheid in einer Zivilsache, einer Strafsache oder einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit erging, ist die entsprechende Beschwerde zu ergreifen (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4235).
1.2 Art. 72-89 BGG regeln die Beschwerde in Zivilsachen, in Strafsachen und in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Die Abgrenzung zwischen diesen Beschwerden ergibt sich grundsätzlich aus dem vom angefochtenen Entscheid betroffenen Rechtsgebiet. Je nachdem, ob der angefochtene Entscheid in einer Zivilsache, einer Strafsache oder einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit erging, ist die entsprechende Beschwerde zu ergreifen (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4235).
1.3 1.3.1 Gemäss Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Art. 83 BGG regelt die Ausnahmen. Nach Art. 83 lit. e BGG ist die Beschwerde unzulässig gegen Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal. Aus dieser Bestimmung ergibt sich, dass das Ermächtigungsverfahren als öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu betrachten ist. Die Ermächtigung stellt eine Prozessvoraussetzung für das Strafverfahren dar (CHRISTOF RIEDO/GERHARD FIOLKA, in: Basler Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2011, N. 73 zu Art. 7 StPO). Sie wird aber in einem davon getrennten Verwaltungsverfahren erteilt (THOMAS HÄBERLI, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, S. 771 Fn. 157; ALAIN WURZBURGER, in: Commentaire de la LTF, 2009, N. 71 zu Art. 83 BGG). Erst nach der Ermächtigung kann das Strafverfahren durchgeführt werden. Das Ermächtigungsverfahren ist von diesem daher notwendig getrennt.
1.3.2 Der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. e BGG knüpft an aArt. 347 Abs. 2 lit. b StGB (in der Fassung von 2002) an. Danach konnten die Kantone die Strafverfolgung der Mitglieder lediglich ihrer obersten Vollziehungs- und Gerichtsbehörden wegen Verbrechen oder Vergehen im Amt vom Vorentscheid einer nicht richterlichen Behörde abhängig machen. Der Grund für den Ausschluss der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten insoweit besteht darin, dass bei solchen Entscheiden politische Gesichtspunkte berücksichtigt werden dürfen. Die Entscheide eignen sich damit nur beschränkt für die gerichtliche Überprüfung.
Mit dem Erlass von Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO wurde die Zulässigkeit eines Strafverfolgungsprivilegs auf alle Mitglieder kantonaler Vollziehungs- und Gerichtsbehörden ausgedehnt (vgl. RIEDO/FIOLKA, a.a.O., N. 80 zu Art. 7 StPO). Es bestehen keine Hinweise, dass damit eine Erweiterung des Ausschlusses der Beschwerde gemäss Art. 83 lit. e BGG auch auf kantonale Staatsbedienstete, welche nicht Mitglieder der obersten Vollziehungs- und Gerichtsbehörden sind, vorgenommen werden sollte. Dafür bestünde kein sachlicher Grund. Wie unten (E. 2.4) näher darzulegen ist, dürfen bei diesen Beamten politische Gesichtspunkte für den Ermächtigungsentscheid keine Rolle spielen. Dieser ist daher der gerichtlichen Überprüfung in jeder Hinsicht zugänglich, womit kein Grund besteht, die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auszuschliessen. Zu berücksichtigen ist überdies, dass gemäss Art. 15 Abs. 5 des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördenmitglieder und Beamten (VG; SR 170.32) bei Bundesbeamten gegen die Verweigerung der Ermächtigung durch das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist. Das unterstreicht die Justiziabilität solcher Entscheide.
In der vorliegenden Sache geht es um die Ermächtigung zur Strafverfolgung von Stadtpolizisten. Diese gehören nicht den obersten kantonalen Vollziehungs- und Gerichtsbehörden an. Der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. e BGG greift somit nicht.
1.4 Art. 89 BGG regelt die Beschwerdelegitimation. Absatz 1 umschreibt die allgemeine Beschwerdebefugnis. Absatz 2 enthält eine abschliessende Aufzählung besonderer Beschwerderechte.
Ein besonderes Beschwerderecht nach Art. 89 Abs. 2 BGG besteht im vorliegenden Fall nicht. Es stellt sich somit die Frage, ob die allgemeine Beschwerdebefugnis nach Art. 89 Abs. 1 BGG gegeben sei. Danach ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wer a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; b) durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und c) ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
Art. 89 Abs. 1 BGG ist in erster Linie auf Privatpersonen zugeschnitten, doch kann sich auch das Gemeinwesen darauf stützen, falls es durch den angefochtenen Entscheid gleich oder ähnlich wie ein Privater betroffen ist. Das Gemeinwesen kann auch in hoheitlichen Interessen derart berührt sein, dass ein schutzwürdiges Interesse im Sinne von Art. 89 Abs. 1 BGG anzunehmen ist. Bei Eingriffen in spezifische eigene Sachanliegen bejaht die Rechtsprechung die Beschwerdebefugnis des Gemeinwesens, wenn es in qualifizierter Weise betroffen ist. Dies ist dann anzunehmen, wenn ein Hoheitsakt wesentliche öffentliche Interessen in einem Politikbereich betrifft, der ihm zur Regelung zugewiesen wurde. Die Beschwerdebefugnis des Gemeinwesens zur Durchsetzung hoheitlicher Anliegen setzt eine erhebliche Betroffenheit in wichtigen öffentlichen Interessen voraus. Gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel von Art. 89 Abs. 1 BGG dürfen Gemeinwesen nur restriktiv zur Beschwerdeführung zugelassen werden. Das allgemeine Interesse an der richtigen Rechtsanwendung genügt nicht (BGE 136 II 383 E. 2.3 f. S. 385 f., 274 E. 4.1 f. S. 278 ff.; je mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat die allgemeine Beschwerdebefugnis des Gemeinwesens namentlich bejaht in Fällen, in denen einem Entscheid präjudizielle Bedeutung zukam (BGE 135 II 12 E. 1.2.2 S. 15 f.; 125 II 192 E. 2a/bb S. 195).
Der Kanton ist hier durch den angefochtenen Entscheid nicht gleich oder ähnlich wie eine Privatperson betroffen.
Wie das Bundesgericht in einem in der amtlichen Sammlung nicht veröffentlichten Urteil (8C_1025/2009 vom 19. August 2010) erwogen hat, sind schutzwürdige Interessen des Kantons zu bejahen, wenn es um die Prüfung geht, ob einem kantonalen Gesetz zu Recht wegen Bundesrechtswidrigkeit die Anwendung versagt wurde (E. 3.3.4.2). Ob dies ausnahmslos zutrifft, kann hier dahingestellt bleiben. Ein schutzwürdiges Interesse ist jedenfalls unter den gegebenen Umständen zu bejahen. Der angefochtene Entscheid betrifft wesentliche öffentliche Interessen des Kantons in einem Bereich, der diesem gemäss Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO zur Regelung überlassen wurde. Die Vorinstanz ist der Auffassung, der Kanton habe diese Bestimmung mit § 148 GOG/ZH nicht rechtswirksam umgesetzt. Dies führt dazu, dass Beamte nicht nur im vorliegenden, sondern auch in einer Vielzahl von künftigen Fällen vor ungerechtfertigter Strafverfolgung entgegen der Absicht des kantonalen Gesetzgebers keinen besonderen Schutz geniessen. Dies kann sich nachteilig auf das Funktionieren staatlicher Organe auswirken. Das Interesse an einem funktionierenden Staatsapparat ist für das Gemeinwesen aber von zentraler Bedeutung und deshalb als schutzwürdig anzuerkennen. Die Beschwerdeberechtigung des Kantons ist somit zu bejahen.
1.5 Gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG kann nur das Gemeinwesen als solches an das Bundesgericht gelangen, nicht eine einzelne Behörde oder ein Verwaltungszweig ohne eigene Rechtspersönlichkeit (BGE 134 II 45 E. 2.2.3 S. 48 mit Hinweis).
Gemäss § 107 Abs. 1 lit. a GOG/ZH vertritt die Oberstaatsanwaltschaft den Kanton in Rechtsmittelverfahren vor dem Bundesgericht. Es ist somit davon auszugehen, dass die Oberstaatsanwaltschaft hier in Vertretung des Kantons Beschwerde führt.
1.6 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Die Beschwerde ist als solche in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen. Die falsche Bezeichnung des Rechtsmittels schadet nicht (BGE 133 II 396 E. 3.1 S. 399 mit Hinweis). Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde scheidet aus.
2. 2.1 Gemäss Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO können die Kantone vorsehen, dass die Strafverfolgung der Mitglieder ihrer Vollziehungs- und Gerichtsbehörden wegen im Amt begangener Verbrechen oder Vergehen von der Ermächtigung einer nicht richterlichen Behörde abhängt. Diese Bestimmung bietet den Kantonen die Möglichkeit, die Strafverfolgung sämtlicher Mitglieder ihrer Vollziehungs- und Gerichtsbehörden von einer Ermächtigung abhängig zu machen (RIEDO/FIOLKA, a.a.O., N. 77 ff. zu Art. 7 StPO; WOLFGANG WOHLERS, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, N. 22 zu Art. 7 StPO; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, N. 9 zu Art. 7 StPO).
Als Vollziehungsbehörden gelten alle Organisationen, die öffentliche Aufgaben wahrnehmen (RIEDO/FIOLKA, a.a.O., N. 83 zu Art. 7 StPO). Die beschuldigten Polizeibeamten sind somit als Mitglieder von Vollziehungsbehörden anzusehen.
2.2 Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO spricht ausdrücklich von der Ermächtigung einer nicht richterlichen Behörde. Diese Kompetenz hat der Kanton Zürich in Bezug auf Mitglieder des Regierungsrats, des Obergerichts, des Verwaltungsgerichts und des Sozialversicherungsgerichts ausgeschöpft, indem in Bezug auf diese Personen nach § 38 Abs. 1 des Kantonsratsgesetzes vom 5. April 1981 (KRG/ZH; LS 171.1) die Eröffnung einer Strafuntersuchung für im Amt begangene Verbrechen oder Vergehen eine Ermächtigung des Kantonsrats voraussetzt. Dabei dürfen nach der Rechtsprechung im Ermächtigungsentscheid nicht nur strafrechtliche Gesichtspunkte, sondern auch politische bzw. staatspolitische Überlegungen berücksichtigt werden (BGE 135 I 113 E. 1 S. 115 f. mit Hinweisen).
In Bezug auf Beamte gemäss Art. 110 Abs. 3 StGB entscheidet nach § 148 GOG/ZH das Obergericht über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung wegen im Amt begangener Verbrechen oder Vergehen. Vorbehalten bleibt die Zuständigkeit des Kantonsrats (vgl. § 38 Abs. 1 KRG/ZH). § 148 GOG/ZH wurde auf den Zeitpunkt des Inkrafttretens der StPO am 1. Januar 2011 erlassen.
Aus der Weisung des Regierungsrats vom 1. Juli 2009 zur kantonalen Gesetzesvorlage (im Entwurf § 150 GOG/ZH) ergibt sich, dass für Beamte und staatliche Angestellte, die nicht zu den in § 38 Abs. 1 KRG/ZH genannten Personen gehören, eine richterliche Ermächtigungsbehörde vorgesehen werden sollte. Es gehe hier nur um die Prüfung des Anfangsverdachts nach rechtlichen Gesichtspunkten, nicht um einen Entscheid nach Opportunitätsgründen. Somit werde die Möglichkeit von Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO nicht vollständig ausgeschöpft (ABl/ZH 2009 1632).
Es ist grundsätzlich zulässig, dass ein Kanton von den in Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO gewährten Gesetzgebungskompetenzen nur teilweise oder überhaupt keinen Gebrauch macht. Bei der Schaffung einer kantonalen Regelung hat er jedoch den bundesrechtlichen Anforderungen Rechnung zu tragen. In Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO wird ausdrücklich ein Ermächtigungsverfahren vor einer nicht richterlichen Behörde als zulässig bezeichnet. Damit wollte der Bundesgesetzgeber aber nicht ausschliessen, dass die Kantone richterliche Behörden zur Ermächtigung der Strafverfolgung einsetzen. Wenn es den Kantonen gestattet ist, nicht richterliche Ermächtigungsbehörden vorzusehen, muss es ihnen nach dem Grundsatz "in maiore minus" erst recht erlaubt sein, mit entsprechender Unabhängigkeit ausgestattete richterliche Behörden einzusetzen. Dass der eidgenössische Gesetzgeber mit Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO richterliche Ermächtigungsbehörden in den Kantonen ausschliessen wollte, kann umso weniger angenommen werden, als er im Bund teilweise selber solche eingesetzt hat (Art. 11 Abs. 1 BGG; Art. 50 Abs. 1 StBOG; Art. 12 Abs. 1 VGG; ebenso RIEDO/FIOLKA, a.a.O., N. 95 zu Art. 7 StPO).
2.3 Nach dem Wortlaut von § 148 Satz 1 GOG/ZH entscheidet das Obergericht über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung. In der Sache geht es dabei jedoch um eine Ermächtigung. Dies zeigt bereits der Vorbehalt nach § 148 Satz 2 GOG/ZH betreffend die Zuständigkeit des Kantonsrats. Gemeint ist damit dessen Zuständigkeit zum Ermächtigungsentscheid nach § 38 KRG/ZH. § 148 GOG/ZH stellt somit den Entscheid des Obergerichts jenem des Kantonsrats insoweit gleich. § 148 GOG/ZH verfolgt sodann denselben Zweck wie § 38 KRG/ZH. Auch mit § 148 GOG/ZH sollen Staatsbedienstete vor mutwilliger Strafverfolgung geschützt werden. Das Strafverfahren soll daher erst durchgeführt werden können, wenn eine (höhere) Behörde vorher ihre Zustimmung dazu erteilt hat. Alsdann kann die Staatsanwaltschaft die Untersuchung eröffnen. Der förmliche Entscheid über die Eröffnung oder die Nichtanhandnahme obliegt kraft ausdrücklicher bundesrechtlicher Regelung (Art. 309 und 310 StPO) in jedem Fall ihr, auch wenn § 148 GOG/ZH missverständlich die gleichen Begriffe verwendet.
§ 148 GOG/ZH kann sich demnach auf Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO stützen. Wenn die Vorinstanz vom Gegenteil ausgeht, verkennt sie die Tragweite dieser Bestimmung.
2.4 Klarzustellen ist Folgendes:
Wenn der Regierungsrat in der Weisung vom 1. Juli 2009 (ABl/ZH 2009 1632) ausführt, bei § 148 GOG/ZH gehe es um einen Entscheid nach rechtlichen Gesichtspunkten und nicht um einen solchen nach Opportunitätsgründen, so ergibt sich dies aus einer verfassungskonformen Auslegung von Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO. In BGE 135 I 113 wurde erwogen, dass beim Ermächtigungsentscheid nicht nur strafrechtliche, sondern auch politische Überlegungen berücksichtigt werden dürfen (E. 1 S. 115 f.). Doch ging es beim damals anwendbaren Art. 347 Abs. 2 lit. b aStGB, wie oben (E. 1.3.2) dargelegt, um die Strafverfolgung der Mitglieder der obersten Vollziehungs- und Gerichtsbehörden. Bei diesen mag es triftige Gründe geben, auch ausserstrafrechtliche Gesichtspunkte zu berücksichtigen, nicht aber beim übrigen Staatspersonal. Es ist nicht ersichtlich, weshalb es die Staatsräson gebieten soll, auch bei diesem Opportunität walten zu lassen. Dies wäre mit dem Gebot der Rechtsgleichheit (Art. 8 Abs. 1 BV) unvereinbar und stünde zudem in Widerspruch zum für Bundesbeamte geltenden Regime, wonach die Ermächtigung nur in leichten Fällen und sofern die Tat nach allen Umständen durch eine disziplinarische Massnahme des Fehlbaren als genügend geahndet erscheint, verweigert werden darf (Art. 15 Abs. 3 VG). Nach verfassungskonformer Auslegung von Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO dürfen demnach in Ermächtigungsverfahren - ausser bei obersten Vollziehungs- und Gerichtsbehörden - nur strafrechtliche Gesichtspunkte berücksichtigt werden (vgl. NICCOLÒ RASELLI, Die Ermächtigung zur Strafverfolgung gegen Mitglieder der obersten kantonalen Behörden, in: Aktuelle Probleme der Kriminalitätsbekämpfung, Festschrift SKG, 1992, S. 148 f.).
2.5 Die Vorinstanz scheint (angefochtener Entscheid S. 5 E. 4) davon auszugehen, von einem Ermächtigungsentscheid könne nur gesprochen werden, wenn die zuständige Behörde auch politischen Gesichtspunkten Rechnung tragen könne. Dem kann nicht gefolgt werden. Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO sagt nicht, nach welchen Kriterien die kantonale Behörde über die Ermächtigung zu befinden hat. Berücksichtigt die kantonale Behörde keine politischen Gesichtspunkte bzw. darf sie das nicht, ändert dies an der rechtlichen Natur ihres Entscheids nichts. So bleiben etwa Entscheide des Zürcher Kantonsrats nach § 38 KRG/ZH auch dann Ermächtigungsentscheide, wenn er keine politischen Gesichtspunkte berücksichtigt.
2.6 Die Vorinstanz verweist darauf, § 148 GOG/ZH enthalte keine Bestimmungen über den Ablauf des Verfahrens, obwohl ein kantonales Ermächtigungsverfahren gemäss Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO dem kantonalen Verwaltungsrecht und nicht dem Strafprozessrecht unterstehe. Dem ist entgegenzuhalten, dass auch § 38 Abs. 2-5 KRG/ZH - wie das Bundesgericht (BGE 135 I 113 E. 1 S. 115) bereits dargelegt hat - das Verfahren nur höchst rudimentär regelt. Gleichwohl handelt es sich dabei um ein auf Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO gestütztes Ermächtigungsverfahren. Zur ausführlichen Regelung des Verfahrens vor Obergericht hatte der kantonale Gesetzgeber im Übrigen keinen zwingenden Grund. Gemäss § 38 Abs. 1 GOG/ZH bildet das Obergericht zur Behandlung der einzelnen Rechtsstreitigkeiten Kammern. § 39 Abs. 1 GOG/ZH regelt deren Besetzung. Im Übrigen richtet sich das Ermächtigungsverfahren nach den allgemeinen Grundsätzen der Bundesverfassung und der Europäischen Menschenrechtskonvention. So haben die Beteiligten insbesondere Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV (BGE 135 I 113 E. 2.2 f. S. 118; RIEDO/FIOLKA, a.a.O., N. 99 zu Art. 7 StPO; SCHMID, a.a.O., N. 11 zu Art. 7 StPO).
2.6 Die Vorinstanz verweist darauf, § 148 GOG/ZH enthalte keine Bestimmungen über den Ablauf des Verfahrens, obwohl ein kantonales Ermächtigungsverfahren gemäss Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO dem kantonalen Verwaltungsrecht und nicht dem Strafprozessrecht unterstehe. Dem ist entgegenzuhalten, dass auch § 38 Abs. 2-5 KRG/ZH - wie das Bundesgericht (BGE 135 I 113 E. 1 S. 115) bereits dargelegt hat - das Verfahren nur höchst rudimentär regelt. Gleichwohl handelt es sich dabei um ein auf Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO gestütztes Ermächtigungsverfahren. Zur ausführlichen Regelung des Verfahrens vor Obergericht hatte der kantonale Gesetzgeber im Übrigen keinen zwingenden Grund. Gemäss § 38 Abs. 1 GOG/ZH bildet das Obergericht zur Behandlung der einzelnen Rechtsstreitigkeiten Kammern. § 39 Abs. 1 GOG/ZH regelt deren Besetzung. Im Übrigen richtet sich das Ermächtigungsverfahren nach den allgemeinen Grundsätzen der Bundesverfassung und der Europäischen Menschenrechtskonvention. So haben die Beteiligten insbesondere Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV (BGE 135 I 113 E. 2.2 f. S. 118; RIEDO/FIOLKA, a.a.O., N. 99 zu Art. 7 StPO; SCHMID, a.a.O., N. 11 zu Art. 7 StPO).
2.7 2.7.1 Fragen kann man sich höchstens, ob der angefochtene Entscheid im Ergebnis bundesrechtskonform sei, weil es sich bei den Polizeibeamten um solche der Stadtpolizei und damit um Beamte der Gemeinde handelt (vgl. § 1 ff. des Polizeiorganisationsgesetzes vom 29. November 2004 des Kantons Zürich [POG/ZH; LS 551.1]). Gemäss Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO können die Kantone vorsehen, dass die Strafverfolgung der Mitglieder ihrer Vollziehungs- und Gerichtsbehörden von einer Ermächtigung abhängt. Im Schrifttum wird die Auffassung vertreten, erfasst seien damit ausschliesslich Mitglieder kantonaler Behörden. Die Strafverfolgung von Mitgliedern kommunaler Behörden dürfe daher nicht von einer Ermächtigung abhängig gemacht werden (RIEDO/FIOLKA, a.a.O., N. 81 zu Art. 7 StPO; ROBERT ROTH, in: Commentaire Romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, N. 29 zu Art. 7 StPO; PETER GOLDSCHMID UND ANDERE: Kommentierte Textausgabe zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2008, S. 7; STEFAN TRECHSEL/VIKTOR LIEBER; in: Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 5 zu Art. 347 StGB; tendenziell ebenso SCHMID, a.a.O., N. 9 zu Art. 7 StPO).
Wie es sich damit verhält, hat das Bundesgericht in BGE 120 IV 78 - der die insoweit mit Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO identische frühere Bestimmung des Strafgesetzbuches betraf - offengelassen (E. 1a S. 81).
2.7.2 § 148 GOG/ZH sieht den Entscheid des Obergerichts nicht nur bei Beamten des Kantons, sondern bei Beamten schlechthin und damit auch bei solchen der Gemeinde vor.
Dies ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Dass es den Kantonen gestattet sein muss, auf eine Differenzierung zwischen Beamten des Kantons und der Gemeinde zu verzichten, zeigt gerade der vorliegende Fall. § 27 POG/ZH sieht gemeinsame Einsätze der Kantons- und der Stadtpolizei vor. Bei einer Festnahme kann es somit ohne Weiteres vorkommen, dass Beamte der Kantons- und der Stadtpolizei zusammenwirken. Es wäre ungereimt und auch für die betroffenen Polizeibeamten nicht nachvollziehbar, wenn das Ermächtigungserfordernis - im gleichen Verfahren - nur bei den Kantons-, nicht aber bei den Stadtpolizisten gelten würde. Bei beiden Kategorien besteht das Bedürfnis, die Beamten vor mutwilliger Strafverfolgung zu schützen.
Zu berücksichtigen ist zudem Folgendes: Gemäss Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO dürfen die Kantone nach der klaren Entscheidung des Gesetzgebers die Strafverfolgung auch ihrer niederen Beamten vom Ermächtigungserfordernis abhängig machen. Damit kann es ihnen vernünftigerweise nicht verwehrt sein, das Ermächtigungserfordernis ebenso vorzusehen bei Beamten von Gemeinden wie insbesondere der Stadt Zürich, die gegebenenfalls eine viel höhere Stellung bekleiden und daher für das Funktionieren staatlicher Organe wichtiger sind.
Es ist im Übrigen kein sachlicher Grund dafür ersichtlich, einzig bei Gemeindebeamten die Möglichkeit des Ermächtigungserfordernisses auszuschliessen. Auch Gemeindebeamte tragen wesentlich zum guten Funktionieren der Staatstätigkeit bei und verdienen daher Schutz vor mutwilliger Strafverfolgung.
3. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und die Angelegenheit in Aufhebung des angefochtenen Entscheids an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese in der Sache entscheide.
Es sind weder Kosten zu erheben noch Parteientschädigungen zuzusprechen.

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 21. Januar 2011 aufgehoben und die Sache an dieses zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Härri


facts:
Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) war bei der B._ AG angestellt und im Rahmen eines Kollektivversicherungsvertrages mit der X._ Zusatzversicherungen AG (Beschwerdegegnerin) gegen Erwerbsausfall taggeldversichert. Das versicherte Taggeld betrug 80 % des Lohnanspruchs und war ab dem 90. Krankheitstag für eine maximale Dauer von 730 Tagen zu leisten. Der Beschwerdeführer arbeitete zudem in einem Nebenverdienst bei der C._ AG.
Ab 21. Juni 1999 war der Beschwerdeführer krank. Die Beschwerdegegnerin richtete ab dem genannten Zeitpunkt Taggeldleistungen aus. Am 19. Juni 2001 stellte die Beschwerdegegnerin die Taggeldzahlungen ein.
Mit Verfügungen vom 4. April 2003 beziehungsweise vom 18. Juni 2004 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem Beschwerdeführer rückwirkend ab 1. Juni 2000 eine Viertelsrente und ab 1. Juli 2004 eine Dreiviertelsrente zu. Mit Verfügung vom 25. Juni 2004 gewährte sie dem Beschwerdeführer rückwirkend auch für die Zeit vom 1. Juni 2000 bis 30. Juni 2004 eine Dreiviertelsrente.
In der Folge machte die X._ Versicherungen AG für die Zeit vom 1. Juni 2000 bis 19. Juni 2001 eine Überversicherung des Beschwerdeführers geltend. Dieser war jedoch nicht bereit, den verlangten Betrag zurückzuzahlen.
B. Am 29. November 2005 erhob die Beschwerdegegnerin gegen den Beschwerdeführer Klage beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit dem Begehren, dieser sei zufolge Überentschädigung zu verpflichten, den Betrag von Fr. 7'877.85 zurückzuerstatten. Zudem sei ihr für den Zeitraum vom 1. Mai bis zum 30. November 2003 gegenüber der IV-Stelle direkte Verrechnungskompetenz einzuräumen.
Mit Urteil vom 7. Februar 2007 verpflichtete der Einzelrichter des Sozialversicherungsgerichts den Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin den Betrag von Fr. 7'877.85 zu bezahlen. Im Übrigen (Verrechnungskompetenz gegenüber der IV-Stelle) wies er die Klage ab.
C. Der Beschwerdeführer erhob Beschwerde in Zivilsachen und eventuell subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts vom 7. Februar 2007 sei, soweit es den Beschwerdeführer zur Rückerstattung von Fr. 7'877.85 an die Beschwerdegegnerin verpflichtet, aufzuheben.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Der Einzelrichter des Sozialversicherungsgerichts verzichtete auf eine Vernehmlassung.

considerations:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid am 7. Februar 2007 ergangen ist, richtet sich das Verfahren nach dem BGG (Art. 132 Abs. 1 BGG).
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 132 III 291 E. 1; 131 III 667 E. 1 mit Hinweisen).
2.1 Nach Art. 12 Abs. 2 und 3 des Krankenversicherungsgesetzes (KVG; SR 832.10) unterliegen Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung dem Versicherungsvertragsgesetz (VVG; SR 221.229.1). Streitigkeiten aus solchen Versicherungen sind privatrechtlicher Natur (BGE 124 III 44 E. 1a/aa, 229 E. 2b). Als Rechtsmittel an das Bundesgericht kommt daher die Beschwerde in Zivilsachen in Betracht.
2.2 Bei der vorliegenden Streitsache, mit der Taggeldleistungen zurückverlangt werden, handelt es sich überdies um eine vermögensrechtliche Angelegenheit.
2.2.1 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens 30'000 Franken beträgt (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Vorliegend beträgt der Streitwert lediglich Fr. 7'877.85, weshalb sich die Beschwerde in Zivilsachen insofern als unzulässig erweist.
2.2.2 Erreicht der Streitwert den massgebenden Betrag nicht, ist die Beschwerde in Zivilsachen dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG) oder wenn ein Bundesgesetz eine einzige kantonale Instanz vorschreibt (Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG). Der Beschwerdeführer beruft sich auf diese beiden Bestimmungen:
2.2.2.1 Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, so ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (Art. 42 Abs. 2 BGG).
Der Beschwerdeführer missachtet diese Begründungspflicht. Er führt lediglich einige Fragen auf, die sich seines Erachtens im vorliegenden Fall stellen. Sodann macht er zwar geltend, diese seien von grundsätzlicher Bedeutung. Indessen begründet er mit keinem Wort und ist auch nicht ersichtlich, weshalb dies der Fall sein soll. Die Beschwerde in Zivilsachen erweist sich somit auch insofern als unzulässig.
2.2.2.2 Der Beschwerdeführer ist ferner der Meinung, die Beschwerde sei zulässig, weil ein Bundesgesetz eine einzige kantonale Instanz vorschreibe, wobei er sich auf Art. 85 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 2004 betreffend die Aufsicht über Versicherungsunternehmen (Versicherungsaufsichtsgesetz, VAG, SR 961.01) beruft.
Nach Art. 85 Abs. 1 VAG entscheidet das Gericht privatrechtliche Streitigkeiten zwischen Versicherungsunternehmen oder zwischen Versicherungsunternehmen und Versicherten. Für Streitigkeiten aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung nach dem KVG sehen die Kantone ein einfaches und rasches Verfahren vor, in dem das Gericht den Sachverhalt von Amtes wegen feststellt und die Beweise nach freiem Ermessen würdigt (Art. 85 Abs. 2 VAG).
Eine einzige kantonale Instanz schreiben verschiedene Bundesgesetze auf dem Gebiet des Immaterialgüterrechts (Art. 64 Abs. 3 URG [SR 231.1]; Art. 58 Abs. 3 MSchG [SR 232.11], Art. 37 DesG [SR 232.12], Art. 76 Abs. 1 PatG [SR 232.14]; Art. 42 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. März 1975 über den Schutz von Pflanzenzüchtungen [Sortenschutzgesetz, SR 232.16]), Art. 14 Abs. 1 des Kartellgesetzes (KG, SR 251) und Art. 23 des Kernenergiehaftpflichtgesetzes vom 18. März 1983 (KHG, SR 732.44) vor.
Für Streitigkeiten aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung ist hingegen von Bundesrechts wegen nicht eine einzige kantonale Instanz vorgeschrieben. Art. 85 Abs. 1 VAG verlangt lediglich, dass privatrechtliche Streitigkeiten durch "das Gericht" ("le juge") entschieden werden; gemeint sind ordentliche Gerichte (oder Schiedsgerichte) und nicht eine Verwaltungsbehörde (vgl. zu Art. 47 aVAG vom 5. Mai 1976, der Art. 85 VAG entspricht [BBl 2003 3789, 3839]: BGE 125 III 461 E. 2 S. 464; BBl 1976 II 917). Es wird aber nicht vorgeschrieben, dass das Gericht als einzige kantonale Instanz entscheidet. Art. 85 Abs. 2 VAG statuiert sodann für Streitigkeiten aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung ein einfaches und rasches Verfahren und die Untersuchungsmaxime analog den Bestimmungen für gewisse Mietrechts- und Arbeitsrechtsstreitigkeiten (Art. 274d und Art. 343 OR; vgl. BGE 127 III 421 E. 2 S. 424 mit Hinweisen). Aus diesen Verfahrensvorschriften ergibt sich aber keine Verpflichtung der Kantone, eine einzige kantonale Instanz vorzusehen. Der Fall von Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG, wonach die Beschwerde in Zivilsachen bei nicht erreichtem Streitwerterfordernis dennoch zulässig ist, wenn ein Bundesgesetz eine einzige kantonale Instanz vorschreibt, liegt demnach nicht vor.
Daran ändert nichts, dass im Kanton Zürich - wie der Beschwerdeführer vorbringt - über Klagen aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung nach der geltenden kantonalen Prozessordnung lediglich eine Instanz entscheidet. Die Kantone sind frei, ob sie ein Sozialversicherungsgericht oder ein Zivilgericht mit solchen Streitigkeiten betrauen (vgl. BGE 125 III 461 E. 2 S. 464). Im Kanton Zürich ist das Sozialversicherungsgericht zuständig (§ 2 lit. b des Gesetzes des Kantons Zürich vom 7. März 1993 über das Sozialversicherungsgericht [GSVGer]). Dieses nimmt zwar von der Einbettung in die zürcherische Gerichtsorganisation her die Stellung eines oberen Gerichts ein (vgl. Urteil 5C.94/1998 vom 15. Juni 1998 E. 2b). Es fungiert aber in den vorliegend interessierenden Streitigkeiten nicht als Rechtsmittelinstanz. Dies kollidiert mit dem Prinzip der "double instance", wie es das Bundesgerichtsgesetz für Zivilsachen vorschreibt (Art. 75 Abs. 2 Satz 2 BGG), und erfordert zu gegebener Zeit eine Anpassung der kantonalen Ordnung (Art. 130 Abs. 2 BGG). Es ändert aber nichts daran, dass für Streitigkeiten aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung kein Bundesgesetz eine einzige kantonale Instanz vorschreibt und demnach die Beschwerdemöglichkeit nach Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG entfällt.
2.2.2.3 Die erhobene Beschwerde in Zivilsachen ist somit weder unter dem Titel von Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG noch nach Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG zulässig, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
3. Der Beschwerdeführer erhebt subsidiäre Verfassungsbeschwerde.
3.1 Diese ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72 - 89 zulässig ist (Art. 113 BGG). Nachdem vorliegend die Beschwerde in Zivilsachen unzulässig ist (Erwägung 2), und der angefochtene Entscheid des Einzelrichters des Sozialversicherungsgerichts innerkantonal ausser mit der Revision mit keinem Rechtsmittel angefochten werden kann (§ 29 GSVGer; Urteil 5C.94/1998 vom 15. Juni 1998 E. 2b), erweist sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als zulässig. Dass der Einzelrichter des Sozialversicherungsgerichts die Anforderungen des BGG an die kantonalen Vorinstanzen (Art. 114 BGG i.V.m. Art. 75 Abs. 2 Satz 2 BGG) insofern nicht erfüllt, als er nicht als Rechtsmittelinstanz entschieden hat (vgl. Erwägung 2.2.2.2 vorne), hindert das Eintreten auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht, da die Frist für die kantonalen Ausführungsvorschriften (Art. 130 Abs. 2 BGG) noch läuft.
3.2 Mit der Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 116 BGG). Der Beschwerdeführer muss angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde, und substantiiert darlegen, worin die Verletzung besteht (vgl. der zu Art. 90 OG ergangene BGE 130 I 26 E. 2.1 S. 31, 258 E. 1.3). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechtes nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 118 BGG). Es kann davon nur abweichen, wenn die Sachverhaltsfeststellung unter Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts zustande kam (Art. 118 Abs. 2 und Art. 116 BGG), was der Beschwerdeführer präzise geltend zu machen hat (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 118 Ia 20 E. 5a).
3.3 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Die Begründung des angefochtenen Entscheids komme einer formellen und materiellen Rechtsverweigerung gleich, weil sie auf "zentrale Argumente" des Beschwerdeführers nicht eingehe.
Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) folgt unter anderem die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (BGE 130 II 530 E. 4.3 S. 540; 129 I 232 E. 3.2; 126 I 97 E. 2b).
Diesen Anforderungen wird der angefochtene Entscheid gerecht, indem er nachvollziehbar darlegt, aus welchen Überlegungen die Vorinstanz zu ihrem Entscheid gelangte. Namentlich wird klar, dass sie Art. 28 der AVB zur Anwendung brachte und wie sie diese Bestimmung auslegte (E. 4). Der angefochtene Entscheid enthält auch Ausführungen zur Rechtsmittelbelehrung (E. 8). Eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör, insbesondere der Begründungspflicht, ist weder dargetan noch ersichtlich.
Soweit der Beschwerdeführer sich zur Begründung seiner Gehörsrüge gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz richtet, indem er ihr vorwirft, sich auf offensichtlich unzutreffende Angaben betreffend die massgebliche Zeit der Überentschädigungsberechnung zu beziehen, und eigene, vom angefochtenen Entscheid abweichende Zahlen betreffend Taggeldleistungen und "entgangenem Lohn" präsentiert, kann er nicht gehört werden. Er zeigt nicht auf, dass die gerügten Sachverhaltsfeststellungen unter Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts, namentlich des Willkürverbots, zustande gekommen wären (vgl. Erwägung 3.2 vorne).
Die Verfassungsbeschwerde erweist sich als unbegründet, soweit - mit Blick auf die kaum rechtsgenügliche Motivation - überhaupt darauf eingetreten werden kann.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdegegnerin ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. der zu Art. 159 Abs. 1 OG ergangene BGE 115 Ia 12 E. 5 S. 21).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juni 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:

region: Federation

bge_label: critical


facts:
Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Beschwerdegegnerin, Klägerin) ist eine in O._ (Kanton Zug) domizilierte Aktiengesellschaft mit einem Aktienkapital von Fr. 40'500'000.-- (4'050'000 vinkulierte Namenaktien zu Fr. 10.--). Ihr Verwaltungsratspräsident ist D._.
Die Y._ Beteiligungen AG mit Sitz in P._ hat ein Aktienkapital von Fr. 2'500'000.00, aufgeteilt in 5'000 Inhaberaktien und 5'000 Namenaktien zu je Fr. 250.--. Die Y._ Beteiligungen AG verfolgt insbesondere den Zweck, sich an der ebenfalls in P._ domizilierten Y._ AG, die sich mit der Herstellung und dem Verkauf von Werkzeugen und Werkzeugmaschinen beschäftigt, dauernd zu beteiligen.
A._, B._ und C._ (Beschwerdeführer, Beklagte 1-3) sowie die verstorbenen E.A._ und F.A._ sind bzw. waren Verwaltungsräte der Y._ Beteiligungen AG. E.B._ und F.B._(Beklagte 4 und 5) sind die einzigen Erbinnen von E.A._ bzw. F.A._; sie traten in dieser Eigenschaft an deren Stelle in den Prozess ein.
A.b Der vorliegenden Verantwortlichkeitsklage liegt eine prozessuale Auseinandersetzung zwischen der Beschwerdegegnerin und der Y._ Beteiligungen AG zugrunde:
Die Familienholding Z._ AG in O._ besass seit den 1980-er Jahren einen erheblichen Anteil am Aktienpaket der Y._ Beteiligungen AG. Nach Darstellung der Beschwerdegegnerin standen sich seit 1989 in der Y._ Beteiligungen AG im Wesentlichen eine Mehrheitsgruppe mit einem Aktienkapital von rund 52 % und eine Minderheitsgruppe mit einem solchen von rund 47 % gegenüber, wobei die Beschwerdegegnerin mit 2'093 Inhaberaktien sowie die Z._ AG, die mit ihren 2'530 Namenaktien im Aktienbuch der Gesellschaft eingetragen war, zur Minderheitsgruppe gehört hätten. Im Jahr 1998 fusionierte die Beschwerdegegnerin mit ihrer Tochtergesellschaft, der Z._ AG, indem sie deren Aktiven und Passiven übernahm. Die Beschwerdegegnerin ersuchte hierauf den Verwaltungsrat der Y._ Beteiligungen AG um Übertragung der Y._-Aktien von der Z._ AG auf die Beschwerdegegnerin. Die Y._ Beteiligungen AG bzw. ihr Verwaltungsrat verwehrte der Beschwerdegegnerin die Eintragung.
Im Juli 1999 erhob die Beschwerdegegnerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Y._ Beteiligungen AG Klage auf Anordnung der Eintragung ihrer 2'530 Namenaktien im Aktienbuch der Gesellschaft. Das Handelsgericht hiess die Klage am 21. Mai 2001 vollumfänglich gut. Es entschied, dass die Verweigerung der Eintragung rechtsmissbräuchlich gewesen sei und verpflichtete die Y._ Beteiligungen AG zur Eintragung des Transfers der Aktien von der Z._ AG auf die Beschwerdegegnerin im Aktienbuch. Die Y._ Beteiligungen AG zog das Urteil des Handelsgerichts zunächst an das Kassationsgericht des Kantons Zürich weiter, das die Nichtigkeitsbeschwerde mit Beschluss vom 19. März 2002 abwies. Eine gegen den Entscheid des Kassationsgerichts erhobene staatsrechtliche Beschwerde wies das Bundesgericht am 5. März 2003 ab (Verfahren 4P.118/2002). Die Y._ Beteiligungen AG erhob gegen das handelsgerichtliche Urteil auch Berufung an das Bundesgericht. Dieses wies die Berufung mit Urteil vom 5. März 2003 ab. Es erkannte, dass der Verwaltungsrat durch die Weigerung, die Namenaktien in das Aktienbuch einzutragen, gegen das Gleichbehandlungsgebot im Sinne von Art. 717 Abs. 2 OR verstossen und nicht im Interesse der Gesellschaft gehandelt habe. Überdies schloss es sich der Beurteilung des Handelsgerichts an, dass die Eintragungsverweigerung rechtsmissbräuchlich gewesen sei (Verfahren 4C.242/2001).
B. Am 22. Oktober 2003 erhob die Beschwerdegegnerin beim Bezirksgericht Zürich Verantwortlichkeitsklage mit dem Begehren, die Beklagten seien solidarisch zu verpflichten, der Y._ Beteiligungen AG einen Betrag von mindestens Fr. 1.2 Mio. zu bezahlen, wobei die Ersatzpflicht jedes Beklagten festzustellen sei. Die Beschwerdegegnerin machte als Schaden die Kosten geltend, die der Y._ Beteiligungen AG infolge der vom Verwaltungsrat geführten gerichtlichen Auseinandersetzung um die Eintragung der besagten 2'530 Namenaktien in Form von Gerichtsgebühren, Parteientschädigungen sowie weiteren Kosten (Anwalts- und Expertenhonoraren) entstanden waren.
Am 27. Februar 2006 wies das Bezirksgericht die Klage ab. Auf Berufung der Beschwerdegegnerin hin hob das Obergericht des Kantons Zürich das Urteil des Bezirksgerichts mit Rückweisungsbeschluss vom 4. April 2007 auf und wies den Prozess zur Ergänzung des Verfahrens und zu neuem Entscheid an das Bezirksgericht zurück. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde der Beklagten am 25. März 2008 ab, soweit es darauf eintrat. Das Bezirksgericht hiess in der Folge am 10. Juni 2011 die Klage im Umfang von Fr. 1'217'131.-- nebst Zins zu 5 % ab 1. Juli 2001 gut und bestimmte den Umfang der solidarischen Haftung der Beklagten.
Gegen dieses Urteil erhoben alle Beklagten Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich. Sie beantragten die vollumfängliche Klageabweisung mangels Pflicht- und Rechtswidrigkeit sowie mangels Verschuldens. Im Eventualstandpunkt beanstandeten sie die Schadenszinsberechnung. Die Beschwerdegegnerin erhob Anschlussberufung hinsichtlich der Kosten- und Entschädigungsregelung.
Am 11. Mai 2012 fällte das Obergericht folgendes Urteil:
"1. Die Klage wird im Umfang von Fr. 1'217'131.-- nebst Zins zu 5% ab 13. März 2002 gutgeheissen.
Für diesen Betrag haften die Beklagten 1-5 im nachfolgenden Umfang solidarisch:
Der Beklagte 1 mit Fr. 123'168.--, der Beklagte 2 mit Fr. 1'093'963.-- und die Beklagten 3-5 je mit Fr. 1'217'131.--, je nebst Zins zu 5% seit 13. März 2002.
Im Übrigen wird die Klage abgewiesen.
2. Die erstinstanzliche Kostenfestsetzung (Dispositiv-Ziffer 3) wird bestätigt.
3. Die Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens werden zu einem Viertel der Klägerin und je zu 3/20 den Beklagten 1-5 (je unter solidarischer Haftung der Beklagten 2-5 für weitere 12/20) auferlegt.
Der Anteil der Klägerin wird vorab aus dem von ihr geleisteten Barvorschuss bezogen.
Die Kosten des ersten Berufungsverfahrens (Proz.-Nr. LB060037) werden zu einem Viertel der Klägerin und je zu 3/20 den Beklagten 1-5 auferlegt, unter solidarischer Haftung der Beklagten 2-5 für weitere 12/20.
4. Die Beklagten 1-5 werden zu je einem Fünftel verpflichtet, der Klägerin eine Parteientschädigung von Fr. 55'000.-- für das erstinstanzliche Verfahren und das erste Berufungsverfahren zu bezahlen, unter solidarischer Haftung der Beklagten 2-5 für den vollen Betrag von Fr. 55'000.--.
5. Die Entscheidgebühr für das vorliegende Berufungsverfahren wird auf Fr. 50'000.-- festgesetzt.
6. Die Entscheidgebühr wird den Beklagten 1-5 unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt und mit den von ihnen geleisteten Kostenvorschüssen verrechnet.
7. Die Beklagten 1-5 werden in solidarischer Haftbarkeit verpflichtet, der Klägerin eine Parteientschädigung von Fr. 44'000.-- für das vorliegende Berufungsverfahren zu bezahlen.
8. (...)"
C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, den Rückweisungsbeschluss des Obergerichts vom 4. April 2007 und das Urteil des Obergerichts vom 11. Mai 2012 aufzuheben. Die Klage sei abzuweisen. Eventualiter seien die Dispositivziffern 5 und 7 des Urteils des Obergerichts vom 11. Mai 2012 aufzuheben und es sei die Sache zur Festsetzung der Entscheidgebühr und der Parteientschädigung für das Berufungsverfahren basierend auf einem Streitwert von Fr. 1'277'131.-- an das Obergericht zurückzuweisen.
Die Beklagten 4 und 5 erhoben separat Beschwerde in Zivilsachen (Verfahren 4A_373/2012).
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Die Beschwerdeführer haben eine Replik eingereicht.

considerations:
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich ausser gegen den Endentscheid der Vorinstanz vom 11. Mai 2012 auch gegen den Rückweisungsbeschluss vom 4. April 2007, mit dem die Vorinstanz die grundsätzliche Haftung der fünf Beklagten gemäss Art. 754 OR bejahte. Dies ist grundsätzlich zulässig. Beim mitangefochtenen Rückweisungsbeschluss vom 4. April 2007 handelt es sich um einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 BGG, gegen den kein Rechtsmittel an das Bundesgericht ergriffen wurde und der sich auf den Inhalt des hier angefochtenen Endentscheids auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG).
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Die Beschwerdegegnerin beantragt allerdings, auf das Eventualbegehren sei mangels materiellen Antrags nicht einzutreten.
Das Bundesgericht verlangt im Hinblick auf die reformatorische Natur der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 107 Abs. 2 BGG) auch hinsichtlich der vom Ausgang der Hauptsache unabhängigen Anfechtung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsregelung grundsätzlich einen materiellen, d.h. bezifferten Antrag, widrigenfalls es auf diesbezügliche Begehren nicht eintritt (Art. 42 Abs. 1 BGG; Urteile 4A_410/2011 vom 11. Juli 2012 E. 1.2; 4A_164/2011 vom 10. November 2011 E. 1.3.2; allgemeiner: BGE 134 III 235 E. 2 S. 237). Die Rechtsbegehren sind allerdings unter Berücksichtigung der Beschwerdebegründung nach dem Vertrauensprinzip auszulegen (BGE 136 V 131 E. 1.2 S. 136; 133 II 409 E. 1.4.2; 123 IV 125 E. 1; 105 II 149 E. 2a). Vorliegend findet sich bezüglich des eventualiter angefochtenen Kosten- und Entschädigungsentscheids auch in der Beschwerdebegründung keine exakte Bezifferung. Immerhin erfolgt insofern eine betragsmässige Präzisierung, als sowohl im Rechtsbegehren selbst als auch in der Begründung ausgeführt wird, dass die Beschwerdeführer die Festsetzung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung auf der Basis eines Streitwertes von Fr. 1'277'131.-- verlangen. Zudem begründen sie in der Beschwerde, weshalb sie diesbezüglich die Rückweisung verlangen, weil sie nämlich - zutreffend - davon ausgehen, dass das Bundesgericht die Gerichtskosten und die Parteientschädigung für das vorinstanzliche Verfahren nicht selbst gestützt auf die zürcherischen Gebührenverordnungen festlegen würde (vgl. analog bei Aufhebung eines kantonalen Kostenentscheids infolge Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst: Urteil 4A_688/2011 vom 17. April 2012 E. 2, nicht publ. in: BGE 138 III 425). Mit Blick auf diese Ausführungen kann das Eventualbegehren als hinlänglich betrachtet und darauf eingetreten werden.
2. 2.1 Die Mitglieder des Verwaltungsrates und alle mit der Geschäftsführung oder mit der Liquidation befassten Personen sind sowohl der Gesellschaft als den einzelnen Aktionären und Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich, den sie durch absichtliche oder fahrlässige Verletzung ihrer Pflichten verursachen (Art. 754 Abs. 1 OR). Die Voraussetzungen einer Haftung aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit sind demnach das Vorliegen eines Schadens, einer Pflichtverletzung, des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen Schaden und Pflichtverletzung sowie eines Verschuldens (BGE 132 III 342 E. 4.1, 564 E. 4.2). Sind für einen Schaden mehrere Personen ersatzpflichtig, so ist jede von ihnen insoweit mit den anderen solidarisch haftbar, als ihr der Schaden aufgrund ihres eigenen Verschuldens und der Umstände persönlich zurechenbar ist (Art. 759 Abs. 1 OR; differenzierte Solidarität).
2.2 Vorliegend ist unbestritten, dass die ins Recht gefassten Beklagten als Verwaltungsräte der Y._ Beteiligungen AG grundsätzlich der Verantwortlichkeit nach Art. 754 OR unterliegen. Die Beschwerdegegnerin macht als Aktionärin der Y._ Beteiligungen AG den Schaden geltend, welcher dieser Gesellschaft durch die Kosten der gerichtlichen Auseinandersetzung um die Eintragung der 2'530 Namenaktien der Z._ AG auf den Namen der Beschwerdegegnerin erwuchsen (Gerichtsgebühren, Parteientschädigungen, Anwalts- und Expertenhonorare). Sie erblickt das rechtswidrige und schuldhafte Handeln des Verwaltungsrats darin, dass er diese gerichtliche Auseinandersetzung führte, obwohl die Verweigerung der Eintragung rechtsmissbräuchlich und damit haltlos war. Durch das erfolglose Prozessieren darüber habe er der Y._ Beteiligungen AG unnötige Kosten verursacht.
2.3 Die Vorinstanz bejahte im Rückweisungsbeschluss vom 4. April 2007 die Haftung der Beschwerdeführer nach Art. 754 OR. Dabei stützte sie sich vor allem auf die Erwägungen des Bundesgerichts im Urteil 4C.242/2001 vom 5. März 2003. Die Vorinstanz argumentierte zusammenfassend dahingehend, wenn - wie das Bundesgericht unmissverständlich dargelegt habe - die Eintragungsverweigerung pflicht- und rechtswidrig gewesen sei, sei erst recht die Verteidigung der Eintragungsverweigerung durch alle Instanzen hindurch rechtswidrig und damit haftungsauslösend. Der Hinweis der Beschwerdeführer auf Meinungen von Fachleuten und die Minderheitsmeinung eines Handelsrichters vermöge angesichts der überaus deutlichen bundesgerichtlichen Antwort die Rechtswidrigkeit ihres Tuns nicht aus der Welt zu schaffen. Zum Verschulden führte die Vorinstanz aus, die Beschwerdeführer hätten sich der Rechtsmissbräuchlichkeit der Eintragungsverweigerung spätestes bei Einleitung des Prozesses vor Handelsgericht bewusst sein müssen. Im Endentscheid vom 11. Mai 2012 betrachtete sich die Vorinstanz an die im Rückweisungsbeschluss vorgenommene Beurteilung der Pflichtwidrigkeit und des Verschuldens gebunden. Es bleibe dabei: Die Missbräuchlichkeit der Eintragungsverweigerung schlage auf die Prozessführung über diese Frage durch.
2.4 Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von Art. 754 OR. Sie beanstanden, dass die Vorinstanz von der Rechtswidrigkeit der Eintragungsverweigerung auf die Pflichtwidrigkeit der Prozessführung über die Eintragung geschlossen habe. Damit habe sie in unzulässiger Weise die Rechtswidrigkeit des Nichteintragungsentscheids mit derjenigen des Prozessführungsentscheids gleichgesetzt. Die Vorinstanz lasse die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Haftung für prozessuales Verhalten ausser Acht. Zudem habe sie den Grundsatz der ex ante Betrachtung missachtet, indem sie von der seitens des Bundesgerichts nachträglich festgestellten Missbräuchlichkeit der Eintragungsverweigerung auf die Missbräuchlichkeit der Prozessführung geschlossen habe. Ex ante betrachtet sei das prozessuale Verhalten der Beschwerdeführer nicht pflichtwidrig. Es habe mehrere sachliche Gründe gegeben, sich der Klage der Beschwerdegegnerin zu widersetzen. Zum einen hätten sich die Beschwerdeführer auf ein Gutachten eines Rechtsprofessors verlassen können, wonach gewichtige Argumente für die erfolgreiche Anrufung der Escape-Klausel und der Fiduzia-Klausel bestanden hätten. Zum andern hätten sie über ein Gutachten eines weiteren Rechtsprofessors und namhaften Aktienrechtsspezialisten verfügt, der die Position der Beschwerdegegnerin im Falle einer Klage über die Eintragung als "schwach" beurteilt habe. Schliesslich hätten die Beschwerdeführer auch eine Verfügung des Einzelrichters des Bezirksgerichts Bülach, welche die Rechtsauffassung der genannten Professoren gestützt habe und in der Folge vom Obergericht bestätigt worden sei, in ihre Entscheidfindung einfliessen lassen. Gestützt auf diese Entscheidungsgrundlagen hätten jedenfalls mehr Gründe dafür gesprochen, sich der von der Beschwerdegegnerin erhobenen Klage zu widersetzen als diese anzuerkennen. Auch der Entscheid zur Beschreitung des Rechtsmittelweges habe auf zuverlässigen Grundlagen und sachlichen Gründen basiert. Die Vorinstanz habe zudem den Grundsatz verletzt, wonach der Verwaltungsrat nicht für die materielle Richtigkeit seiner Entscheide haftet. Sie hätten den Prozessführungsentscheid mit aller zumutbaren Sorgfalt gefällt. Dafür, dass das Bundesgericht ex post ihrem Standpunkt nicht Recht gegeben habe, könnten sie nicht zur Verantwortung gezogen werden, gebe es doch keine Erfolgshaftung des Verwaltungsrates. Das Verhalten der Beschwerdeführer sei ex ante betrachtet auch nicht schuldhaft.
3. 3.1 Zunächst ist klarzustellen, um welchen Schaden es geht, der durch welche pflichtwidrige Handlung der Beschwerdeführer verursacht worden sein soll. Hierbei sind einerseits zu unterscheiden der direkte Schaden, der durch das Verhalten des Verwaltungsrats der Y._ Beteiligungen AG direkt im Vermögen der Beschwerdegegnerin entstand, und andererseits der Schaden, welcher der Beschwerdegegnerin indirekt dadurch entstand, dass der Verwaltungsrat eine Verminderung des Vermögens der Y._ Beteiligungen AG und damit einen Wertverlust der von der Beschwerdegegnerin gehaltenen Aktien dieser Gesellschaft verursachte (vgl. dazu BGE 132 III 564 E. 3.1; 131 III 306 E. 3.1). Sodann gilt es zu differenzieren nach der Eintragungsverweigerung als Schaden verursachende Handlung und der Prozessführung über die Eintragungsverweigerung. Die Beschwerdegegnerin klagte den indirekten Schaden ein, der durch die Führung der gerichtlichen (und schliesslich durch die Gesellschaft verlorenen) Auseinandersetzung über die Eintragungsfrage entstanden ist. Dazu ist sie nach Art. 756 OR berechtigt (BGE 131 III 306 E. 3.1.1 S. 310 f.). Der Schaden besteht im Wesentlichen in den angefallenen Gerichts- und Parteikosten sowie den Experten- und Anwaltshonoraren. Das Verhalten des Verwaltungsrates, das diesen Schaden verursacht haben soll, waren die Entscheide, sich der Klage auf Eintragung zu widersetzen und das Urteil des Handelsgerichts mit den zur Verfügung stehenden Rechtsmitteln anzufechten.
Es fragt sich mithin, ob der Entschluss des Verwaltungsrates, die Eintragungsfrage gerichtlich entscheiden zu lassen, pflichtwidrig gefällt wurde.
3.2 Nach Art. 717 Abs. 1 OR müssen die Mitglieder des Verwaltungsrats, sowie Dritte, die mit der Geschäftsführung befasst sind, ihre Aufgaben mit aller Sorgfalt erfüllen und die Interessen der Gesellschaft in guten Treuen wahren. Die gesetzlich normierte Treuepflicht verlangt, dass die Mitglieder des Verwaltungsrats ihr Verhalten am Gesellschaftsinteresse ausrichten. Für die Sorgfalt, die der Verwaltungsrat bei der Führung der Geschäfte der Gesellschaft aufzuwenden hat, gilt ein objektiver Massstab. Die Verwaltungsräte sind zu aller Sorgfalt verpflichtet und nicht nur zur Vorsicht, die sie in eigenen Geschäften anzuwenden pflegen (BGE 122 III 195 E. 3a S. 198; 113 II 52 E. 3a S. 56). Das Verhalten eines Verwaltungsratsmitglieds wird deshalb mit demjenigen verglichen, das billigerweise von einer abstrakt vorgestellten, ordnungsgemäss handelnden Person in einer vergleichbaren Situation erwartet werden kann (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 13 N. 575).
Die Sorgfalt richtet sich nach dem Recht, Wissensstand und den Massstäben im Zeitpunkt der fraglichen Handlung oder Unterlassung. Bei der Beurteilung von Sorgfaltspflichtverletzungen hat mithin eine ex ante Betrachtung stattzufinden (vgl. Urteile 4A_74/2012 vom 18. Juni 2012 E. 5.1; 4A_467/2010 vom 5. Januar 2011 E. 3.3; BERNARD CORBOZ, in: Commentaire romand, Code des obligations, Bd. II, 2008, N. 22 zu Art. 754 OR; GERICKE/WALLER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. II, 4. Aufl. 2012, N. 31c zu Art. 754 OR; WATTER/PELLANDA, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. II, 4. Aufl. 2012, N. 6 zu Art. 717 OR).
Das Bundesgericht anerkennt mit der herrschenden Lehre, dass die Gerichte sich bei der nachträglichen Beurteilung von Geschäftsentscheiden Zurückhaltung aufzuerlegen haben, die in einem einwandfreien, auf einer angemessenen Informationsbasis beruhenden und von Interessenkonflikten freien Entscheidprozess zustande gekommen sind (Urteile 4A_74/2012 vom 18. Juni 2012 E. 5.1 und 4A_306/2009 vom 8. Februar 2010 E. 7.2.4; GERICKE/WALLER, a.a.O., N. 31 f. zu Art. 754 OR; WATTER/PELLANDA, a.a.O., N. 6 zu Art. 717 OR; BÖCKLI, a.a.O., § 18 N. 401 f.; FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 28 Rz. 24).
3.3 Die missbräuchliche Führung eines Gerichtsverfahrens kann grundsätzlich einen Verstoss gegen die Treuepflicht nach Art. 717 Abs. 1 OR darstellen. Erscheint ein Prozess von vornherein als aussichtslos, muss mit entsprechenden Kostenfolgen im Falle des Unterliegens gerechnet werden, was dem Gesellschaftsinteresse zuwiderläuft. Der Verwaltungsrat hat - nötigenfalls unter Beizug eines Rechtsanwalts oder weiterer Fachpersonen - die Prozesschancen sorgfältig abzuklären. Auch hier gilt, dass die Prozessaussichten im Zeitpunkt der Einleitung des Prozesses zu beurteilen sind. Allein aufgrund des späteren Unterliegens im Prozess kann nicht auf eine Unterlassung der sorgfältigen Abwägung der Prozesschancen geschlossen bzw. der Entscheid über die Prozessführung als pflichtwidrig beurteilt werden (vgl. Urteil 4A_267/2008 vom 8. Dezember 2008 E. 5.2).
So kann nicht einfach von der später erkannten Rechtsmissbräuchlichkeit einer Handlung eo ipso auf die Rechtsmissbräuchlichkeit der Prozessführung über diese Handlung geschlossen werden, zumal beim Entscheid über die Prozessführung berücksichtigt werden darf, dass Rechtsmissbräuchlichkeit nur mit Zurückhaltung bejaht wird (BGE 135 III 162 E. 3.3.1 S. 169; 134 III 52 E. 2.1 S. 58 f.). Ansonsten würde jedes prozessuale Unterliegen einer Aktiengesellschaft oder zumindest jeder Prozessverlust, bei dem das Verhalten der Aktiengesellschaft als rechtsmissbräuchlich beurteilt wird, ohne weiteres eine aktienrechtliche Verantwortlichkeit der Organe auslösen, die den Prozessführungsentscheid gefällt haben. Zu denken ist etwa auch an Fälle der Entlassung eines Arbeitnehmers, die im Prozess als missbräuchlich beurteilt wird, oder der Kündigung eines Mietvertrags, die sich auf dem Rechtsweg als missbräuchlich herausstellt. Ein solcher Automatismus darf nicht Platz greifen. Vielmehr ist im Einzelfall abzuklären, ob es im Lichte der gegebenen Umstände und Prozessrisiken vertretbar erscheint, dass der Verwaltungsrat den Rechtsweg beschreitet. Stets ist zudem im Auge zu behalten, dass Entscheide des Verwaltungsrates betreffend Prozessführung auch in diesem Sinne am Gesellschaftsinteresse auszurichten sind, als das mit dem Prozess verfolgte Ziel von diesem gedeckt ist.
Das Gesellschaftsinteresse bildet demnach in zweierlei Hinsicht Richtschnur für die Beurteilung von Prozessführungsentscheiden des Verwaltungsrats: Zum einen kann es nicht im Interesse der Gesellschaft liegen, von vornherein aussichtslose Prozesse zu führen, die nur unnötige Kosten für die Gesellschaft generieren. Zum andern verbietet das Gesellschaftsinteresse, Prozesse zu führen, mit denen nicht ein im Gesellschaftsinteresse liegendes Ziel verfolgt wird.
3.4 Demnach ist vorliegend zu fragen, ob die Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Prozessführungsentscheids hinreichende Gründe zur Annahme hatten, dass ihr Standpunkt obsiegen könnte. Nachdem die Eintragungsverweigerung als gegen den Gleichbehandlungsgrundsatz verstossend und überdies als rechtsmissbräuchlich beurteilt wurde, stellt sich insbesondere die Frage, ob sie damals bei ihrem Entscheid, sich gegen die Klage der Beschwerdegegnerin auf Eintragung der Namenaktien gerichtlich zur Wehr zu setzen, damit rechnen mussten, dass die Verweigerung der Eintragung als missbräuchlich beurteilt werden würde. Mit einer entsprechenden Beurteilung mussten sie in guten Treuen nur dann nicht rechnen, wenn sie sachliche, im Gesellschaftsinteresse stehende Gründe hatten, die Eintragung zu verweigern.
Genau daran fehlt es aber. Die Beschwerdeführer vermochten keine solchen Gründe namhaft zu machen. Die Absicht, den Einfluss eines bestehenden Minderheitsaktionärs zurückzudrängen, stand ausserhalb des Zwecks der Vinkulierung und war mit dieser auch nicht zu erreichen. Die Beschwerdeführer nutzten die durch die Fusion zwischen der Beschwerdegegnerin und der Z._ AG entstandene Situation in missbräuchlicher Weise zugunsten der zur Mehrheitsgruppe gehörenden Aktionäre aus. Dies konnten die Beschwerdeführer nicht erst durch die nachträglichen Gerichtsentscheide erkennen. Es war bzw. musste ihnen schon beim Prozessführungsentscheid bewusst sein, dass ihnen sachliche, im Gesellschaftsinteresse liegende Gründe für die Eintragungsverweigerung fehlten. Gemäss den Feststellungen im Rückweisungsbeschluss gaben sie nämlich selber an, es sei ihnen bzw. der Y._ Beteiligungen AG seinerzeit im Wesentlichen darum gegangen, D._ die Einflussmöglichkeiten auf die Y._ Beteiligungen AG zu nehmen. Wenn sie argumentieren, dies sei im Interesse der Gesellschaft gelegen, da seitens D._ eine schädliche Geschäftspolitik zu befürchten gewesen sei, so kann darauf mangels entsprechender Feststellungen in den angefochtenen Entscheiden nicht abgestellt werden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Ohnehin vermögen blosse Befürchtungen das Gleichbehandlungsgebot der Aktionäre und das Rechtsmissbrauchsverbot nicht aufzuwiegen. Ein sachlicher Grund für die Eintragungsverweigerung könnte in diesen Befürchtungen nicht erblickt werden, was den Beschwerdeführern klar sein musste. Ihnen musste damit auch bewusst sein, dass sie das Rechtsinstitut der Vinkulierung zweckwidrig verwendeten. Demnach hatten sie damit zu rechnen, dass die Gerichte ihr Verhalten als rechtsmissbräuchlich qualifizieren würden (vgl. BGE 138 III 401 E. 2.2 mit Hinweisen; für den hier massgeblichen Zeitpunkt: BGE 121 II 97 E. 4 S. 103).
Ebensowenig helfen den Beschwerdeführern die Gutachten von zwei Rechtsprofessoren sowie die vom Obergericht bestätigte Verfügung des Einzelrichters des Bezirksgerichts Bülach vom 16. April 1999, auf die sie sich bei ihrem Prozessführungsentscheid gestützt haben wollen. Diese Gutachten und Entscheide äusserten sich nicht zur Frage eines Rechtsmissbrauchs. Jedenfalls ist solches im für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhalt der Vorinstanz nicht festgestellt. Einzig das Gutachten vom 10. März 2000 behandelte speziell die Frage der Rechtsmissbräuchlichkeit der Anrufung der Escape-Klausel. Aber auch diesbezüglich schweigen die angefochtenen Entscheide darüber, ob der Gutachter seine Beurteilung hinsichtlich des hier massgebenden Sachverhalts vornahm. Mangels entsprechender Feststellungen ist es dem Bundesgericht daher verwehrt anzunehmen, die Beschwerdeführer hätten gestützt auf einschlägige Fachmeinungen in guten Treuen annehmen dürfen, dass ihre Prozesschancen insbesondere hinsichtlich der Frage der Rechtsmissbräuchlichkeit intakt seien (Art. 105 Abs. 1 BGG). Immerhin ist den Beschwerdeführern zuzugestehen, dass sie sich um die rechtliche Abklärung des geplanten Vorgehens bemühten. Auch ist ihnen zugute zu halten, dass sie sich durch die Minderheitsmeinung von Handelsrichter Dr. Werner de Capitani, der die Haltung des Verwaltungsrates als nicht rechtsmissbräuchlich beurteilte, in gewissem Masse in der Ergreifung von Rechtsmitteln bestärkt fühlen durften. Das alles ändert aber nichts daran, dass sie keine in der Interessensphäre der Gesellschaft liegenden, vertretbaren Gründe für die Eintragungsverweigerung namhaft machen konnten. Ihnen musste daher schon im Vorfeld des Prozesses klar sein, dass sie ein erhebliches Risiko liefen, dass die Eintragungsverweigerung vor den Gerichten wegen Rechtsmissbrauchs nicht standhalten würde und sie deshalb im Prozess unterliegen würden. Indem sie sich dennoch für den Rechtsweg entschlossen, verletzten sie ihre Pflicht, im Gesellschaftsinteresse zu handeln.
Entscheidend ist ohnehin nicht allein die Frage, ob die Beschwerdeführer im Vorfeld des Prozesses vor dem Handelsgericht bzw. der Ergreifung von Rechtsmitteln gegen das handelsgerichtliche Urteil hinreichende Abklärungen zu den Erfolgschancen tätigten und sich für ihr Vorgehen auf Fachmeinungen oder eine Minderheitsmeinung eines Handelsrichters stützen konnten. Unter dem Blickwinkel der Treuepflicht nach Art. 717 OR ist ausschlaggebend, ob die Prozessführung im Gesellschaftsinteresse lag oder nicht. Nun besteht aber nach den einzig massgeblichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz kein Zweifel daran, dass die Eintragungsverweigerung und damit auch die Prozessführung über diese Frage nicht im Gesellschaftsinteresse, sondern im Interesse einer Mehrheit der Aktionäre erfolgte. Die Vorinstanz erkannte daher ohne Verletzung von Art. 754 OR oder des Grundsatzes der ex ante Betrachtung, dass die Beschwerdeführer durch den Prozessführungsentscheid pflichtwidrig handelten.
3.5 Sie bejahte auch das Verschulden der Beschwerdeführer in zutreffender Weise. Für eine Haftung nach Art. 754 ff. OR genügt leichte Fahrlässigkeit (Urteil 4A_74/2012 vom 18. Juni 2012 E. 5; GERICKE/ WALLER, a.a.O., N. 32 zu Art. 754 OR; CORBOZ, a.a.O., N. 37 zu Art. 754 OR). Nun war es aber für den Verwaltungsrat ohne weiteres erkennbar, dass er mit dem Prozess über die Eintragungsverweigerung nicht Interessen der Gesellschaft, sondern solche der Aktionärsmehrheit verteidigte, und somit den Prozessführungsentscheid nicht am Gesellschaftsinteresse ausrichtete.
3.6 Zusammenfassend bejahte die Vorinstanz die Haftung der Beschwerdeführer zu Recht. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet. Das Quantitativ und der Zinsenlauf wie auch die Festlegung des Haftungsumfangs der fünf Beklagten sind nicht angefochten.
4. 4.1 Mit ihrem Eventualbegehren verlangen die Beschwerdeführer die Aufhebung der Dispositiv-Ziffern 5 und 7 des Urteils des Obergerichts vom 11. Mai 2012, in denen die Entscheidgebühr und die Parteientschädigung für das Berufungsverfahren gestützt auf einen Streitwert von Fr. 4'868'524.-- festgesetzt wurden. Die Beschwerdeführer rügen eine bundesrechtswidrige Bemessung des Streitwertes. Die Vorinstanz habe Art. 93 Abs. 1 ZPO verletzt, indem sie die einzelnen Beträge, in deren Umfang die Beschwerdeführer für die Klageforderung von Fr. 1'217'131.-- solidarisch haften, zusammengezählt habe. Richtigerweise finde Art. 93 Abs. 1 ZPO bei einer Klage gegen mehrere Solidarschuldner keine Anwendung. Die Zusammenrechnung scheitere bereits daran, dass nicht mehrere Begehren i.S.v. Art. 93 ZPO vorlägen. Ebenfalls lasse die Vorinstanz ausser Acht, dass sich der wirtschaftliche Wert des Streitgegenstandes durch den blossen Umstand, dass mehrere Solidarschuldner eingeklagt würden, nicht erhöhe.
Die Vorinstanz begründete die Zusammenrechnung damit, dass die von der Beschwerdegegnerin gegen die fünf Beklagten gemeinsam erhobenen Verantwortlichkeitsansprüche gegen jeden Beklagten separat erhoben und beurteilt werden könnten. Dass die Leistung schliesslich nur einmal erbracht werden müsse, ändere daran nichts. Solidarschuldner würden vielmehr grundsätzlich jeder einzeln zur Zahlung der ganzen Forderung verurteilt, und erst mit einer effektiven Zahlung würden sich die Verpflichtungen der Mitverpflichteten reduzieren.
4.2 Gemäss Art. 93 Abs. 1 ZPO im Titel über den Streitwert werden bei einfacher Streitgenossenschaft und Klagenhäufung die geltend gemachten Ansprüche zusammengerechnet, sofern sie sich nicht gegenseitig ausschliessen. Das BGG kennt in Art. 52 eine analoge Bestimmung. In der Botschaft vom 28. Juni 2006 zur ZPO wird die Zusammenrechnung der geltend gemachten Ansprüche damit gerechtfertigt, dass sich der wirtschaftliche Wert des Prozesses erhöht (BBl 2006 7291).
Voraussetzung für die Anwendung der Zusammenrechnungsregel ist demnach, dass in einer vermögensrechtlichen Sache eine einfache Streitgenossenschaft oder eine objektive Klagenhäufung vorliegt. Es muss eine Mehrheit von verschiedenen Begehren geltend gemacht werden, die sich überdies nicht ausschliessen dürfen (vgl. BEAT RUDIN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 12 f. zu Art. 52 BGG). Keine Zusammenrechnung erfolgt, wenn eine Forderung gleichzeitig gegen mehrere Solidarschuldner geltend gemacht wird. Hier wird wirtschaftlich bloss eine Leistung verlangt und es liegt keine Mehrheit verschiedener Begehren vor (MATTHIAS STEIN-WIGGER, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, Sutter-Somm und andere [Hrsg.], 2010, N. 9 zu Art. 93 ZPO; VIKTOR RÜEGG, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 2 zu Art. 93 ZPO; BEATRICE VAN DER GRAF, in: Kurzkommentar zur ZPO, Oberhammer [Hrsg.], 2010, N. 3 zu Art. 93 ZPO; RUDIN, a.a.O., N. 12 zu Art. 52 BGG; JEAN-MAURICE FRÉSARD, in: Corboz und weitere [Hrsg.], Commentaire de la LTF, 2009, N. 13 zu Art. 52 BGG; anders und nicht überzeugend: PETER DIGGELMANN, in: Schweizerische Zivilprozessordnung, Brunner und andere [Hrsg.], 2011, N. 1 zu Art. 93 ZPO).
4.3 Vorliegend ist unbestritten, dass auf Beklagtenseite eine einfache Streitgenossenschaft besteht. Hingegen fehlt es für eine Anwendung der Zusammenrechnungsregel bei der Verantwortlichkeitsklage gegen mehrere Solidarschuldner an mehreren "geltend gemachten Ansprüchen" im Sinne von Art. 93 Abs. 1 ZPO. Die Beschwerdegegnerin stellte nur ein Begehren auf Zahlung von Fr. 1'217'131.--. Dass jeder Solidarschuldner grundsätzlich das Ganze schuldet, ändert nichts daran, dass keine Mehrheit verschiedener Begehren vorliegt, die zusammengerechnet werden könnten. Zu Recht bringen die Beschwerdeführer auch vor, dass sich der wirtschaftliche Wert nicht erhöht, weil mehrere Solidarschuldner für die Klageforderung haften. Vielmehr würde sich umgekehrt für Klagen gegen mehrere Solidarschuldner bzw. diesbezügliche Rechtsmittel ein viel zu hohes Kostenrisiko ergeben, das durch kein entsprechendes Interesse gerechtfertigt wäre, namentlich auch nicht dadurch, dass die Begehren gegen die einzelnen Mitbeklagten unterschiedlich beurteilt werden können. Eine Zusammenrechnung der Beträge, in deren Umfang die einzelnen Beklagten für die Klageforderung solidarisch haften, darf daher nicht erfolgen. Die Vorinstanz verletzte damit Art. 93 Abs. 1 ZPO.
4.4 Hingegen ist unbestritten, dass zum Betrag der erstinstanzlich zugesprochenen und mit der Berufung bekämpften Forderung von Fr. 1'217'131.-- der Streitwert der Anschlussberufung von Fr. 60'000.-- hinzugerechnet werden durfte.
4.5 Die Beschwerde erweist sich im Eventualbegehren als begründet. Sie ist daher teilweise gutzuheissen und die Sache ist unter Aufhebung der Dispositiv-Ziffern 5 und 7 des Urteils vom 11. Mai 2012 an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird die Entscheidgebühr und die Parteientschädigung für das Berufungsverfahren basierend auf einem Streitwert von Fr. 1'277'131.-- neu festzusetzen haben.
5. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdeführer, die im Hauptpunkt der Haftung vollumfänglich unterliegen und lediglich bezüglich der Streitwertfestsetzung für die Kosten- und Entschädigungsregelung des vorinstanzlichen Verfahrens obsiegen, zu 19/20 kosten- und entschädigungspflichtig, dies in solidarischer Haftbarkeit (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 11. Mai 2012 in den Dispositiv-Ziffern 5 und 7 aufgehoben.
Die Sache wird zur Neufestsetzung der Entscheidgebühr und der Parteientschädigung für das Berufungsverfahren basierend auf einem Streitwert von Fr. 1'277'131.-- an das Obergericht zurückgewiesen.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 11. Mai 2012 bestätigt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden den Beschwerdeführern in solidarischer Haftbarkeit im Umfang von Fr. 11'400.-- und der Beschwerdegegnerin im Umfang von Fr. 600.-- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'600.-- zu entschädigen, in solidarischer Haftbarkeit.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer