facts:
Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich führte gegen A._ eine Strafuntersuchung wegen vorsätzlicher schwerer Körperverletzung und vorsätzlichen Verbreitens menschlicher Krankheiten. Mit Einstellungsverfügung vom 26. November 2004 wurde das Strafverfahren eingestellt. Die Verfügung ist in Rechtskraft erwachsen.
Die Staatsanwaltschaft erhob indessen Anklage wegen fahrlässiger Begehung der gleichen Delikte. In der Anklageschrift vom 28. Juli 2005 wird A._ vorgeworfen, er habe die Geschädigte X._ beim ungeschützten Geschlechtsverkehr im Frühjahr/Sommer 2002 mit dem HI-Virus angesteckt. Dazu sei es gekommen, obwohl er früher mehrfach mit B._ ungeschützt sexuell verkehrt und diese ihm im Juli 2000 mitgeteilt habe, dass sie HIV-positiv sei. Im Wissen um die Möglichkeit, von B._ oder einer anderen Person mit dem HI-Virus angesteckt worden zu sein, habe A._ es unterlassen, einen HIV-Test zu machen, und die Geschädigte über das Ansteckungsrisiko nicht aufgeklärt. Damit habe er den ungeschützten Geschlechtsverkehr - auf die Nichtexistenz der eigenen HIV-Positivität und das Ausbleiben einer Infizierung vertrauend - in pflichtwidriger Unvorsicht ausgeführt.
B. Das Bezirksgericht Zürich sprach A._ am 27. März 2006 der fahrlässigen schweren Körperverletzung (Art. 125 Abs. 1 und 2 StGB) sowie der fahrlässigen Verbreitung menschlicher Krankheiten (Art. 231 Ziff. 2 StGB) schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von 9 Monaten. Es verpflichtete ihn, der Geschädigten X._ eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 30'000.-- zu bezahlen und ihr den aus der HIV-Infizierung entstandenen Schaden vollumfänglich zu ersetzen. Für die Bemessung des Schadenersatzes verwies es die Geschädigte auf den Zivilweg.
C. Gegen das Urteil des Bezirksgerichts erhob A._ Berufung (im Schuldpunkt) und X._ Anschlussberufung (im Zivilpunkt). Mit Urteil vom 28. März 2007 sprach das Obergericht des Kantons Zürich A._ vollumfänglich frei. Auf die Zivilforderungen der Geschädigten trat es nicht ein.
D. X._ führt gegen das Urteil des Obergerichts vom 28. März 2007 Beschwerde ans Bundesgericht mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Beschwerdegegner der schweren fahrlässigen Körperverletzung im Sinne von Art. 125 Abs. 1 und 2 StGB sowie der fahrlässigen Verbreitung menschlicher Krankheiten im Sinne von Art. 231 Ziff. 2 StGB schuldig zu sprechen und angemessen zu bestrafen.
X._ verlangt weiter, der Beschwerdegegner sei zu Schadenersatz und Genugtuung zu verpflichten, es seien ihm die Kosten des vorinstanzlichen und des vorliegenden Verfahrens vollumfänglich aufzuerlegen, und sie sei für beide Verfahren angemessen zu entschädigen. Schliesslich stellt sie ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
E. Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich lässt sich mit dem Antrag auf Gutheissung der Beschwerde vernehmen. A._ beantragt deren vollumfängliche Abweisung.

considerations:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Zur Beschwerde in Strafsachen ist gemäss Art. 81 Abs. 1 BGG das Opfer berechtigt, wenn es vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat (lit. a) und der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (lit. b). Opfer ist insbesondere, wer durch eine Straftat in seiner körperlichen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist (Art. 2 Abs. 1 OHG). Wird Beschwerde gegen einen Einstellungsbeschluss oder ein freisprechendes Urteil geführt, genügt es, dass eine die Opferstellung begründende Straftat in Betracht fällt (BGE 131 IV 195 E. 1.1.2, mit Hinweis).
Der Beschwerdeführerin kommt aufgrund der erlittenen HIV-Infektion ohne weiteres Opferstellung zu. Sie hat sich am Verfahren beteiligt und der angefochtene Entscheid wirkt sich unmittelbar auf ihre Zivilansprüche aus, weil die Vorinstanz infolge Freispruchs des Beschwerdegegners darauf nicht eingetreten ist. Die Beschwerdeführerin ist somit legitimiert. Da die Beschwerde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht wurde, ist auf sie einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine unrichtige Anwendung der Unschuldsvermutung und des Grundsatzes "in dubio pro reo" (Art. 32 Abs. 1 BV; Art. 6 Ziff. 2 EMRK). Die Vorinstanz sei mit dem Befund, eine direkte Übertragung des HI-Virus durch den Beschwerdegegner sei nicht nachgewiesen, in Willkür verfallen.
2.1 Die Rüge richtet sich gegen die Beweiswürdigung bzw. Feststellung betreffend den natürlichen Kausalzusammenhang, was nach ständiger Praxis des Bundesgerichts eine Tatfrage ist (BGE 125 IV 195 E. 2b, mit Hinweis). Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 BGG; vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG (1. Variante), wenn sie willkürlich ist (Botschaft des Bundesrates zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001; BBl 2001 4338). Stellt die Vorinstanz den Sachverhalt unter Verletzung verfahrensrechtlicher Vorschriften, namentlich des Bundesverfassungs- oder Völkerrechts, fest, ist der Beschwerdegrund der rechtsfehlerhaften Sachverhaltsfeststellung nach Art. 97 Abs. 1 BGG (2. Variante) gegeben (bundesrätliche Botschaft, S. 4338).
2.2 Nach dem in Art. 32 Abs. 1 BV und in Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Grundsatz "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis der Schuld zu vermuten, dass der wegen einer strafbaren Handlung Angeklagte unschuldig ist (BGE 129 I 49 E. 4 S. 58).
Der Grundsatz besagt als Beweiswürdigungsregel, dass sich der Strafrichter nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Dabei sind bloss abstrakte und theoretische Zweifel nicht massgebend, weil solche immer möglich sind und absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann. Es muss sich um erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel handeln, d.h. um solche, die sich nach der objektiven Sachlage aufdrängen (BGE 124 IV 86 E. 2a S. 88, mit Hinweisen).
Bei der Beurteilung von Fragen der Beweiswürdigung im Rahmen von Art. 97 BGG beschränkt sich das Bundesgericht wie bisher auf eine Willkürprüfung.
2.3 Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt vor, wenn der angefochtene kantonale Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (BGE 127 I 38 E. 2a; 124 IV 86 E. 2a S. 88, je mit Hinweisen). Ein Verstoss gegen Art. 9 BV kann namentlich vorliegen, wenn das Gericht auf ein nicht schlüssiges Gutachten abstellt, oder umgekehrt, wenn es in Fachfragen ohne triftige Gründe vom Gutachten abweicht (vgl. BGE 129 I 49 E. 4; 128 I 81 E. 2 S. 86).
3. 3.1 Die Vorinstanz hält eingangs fest, es sei unbestritten, dass der Beschwerdegegner und die Beschwerdeführerin Anfang/Mitte Juni 2002 ungeschützten Geschlechtsverkehr hatten. Der erste positive HIV-Test der Beschwerdeführerin datiere vom 14. August 2002. Mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit liege der Ansteckungszeitpunkt gemäss den Ausführungen des behandelnden Arztes, Dr. med. C._, im Juni 2002, was durch das Gutachten von Prof. Dr. D._ und Dr. E._ vom Nationalen Zentrum für Retroviren der Universität Zürich vom 5. August 2004 bestätigt werde (angefochtener Entscheid, Ziff. 1.2.3.1 S. 13).
3.2 Die Vorinstanz würdigt das Gutachten vom 5. August 2004 als einziges direktes Beweismittel für die Frage, ob der Beschwerdegegner Ende Mai 2002 HIV-positiv gewesen sei und er das HI-Virus direkt auf die Beschwerdeführerin übertragen habe (Ziff. 1.2.3.1 S. 13 und 14 unten).
3.2.1 Die Sachverständigen führten im Gutachten aus:
"Beim Virus des Angeschuldigten handelt es sich um eine bisher nicht charakterisierte Rekombinante. (...) Mehrere Sequenzvergleiche mit verschiedenen Datenbanken aus der Schweiz und im öffentlichen internationalen Bereich ergaben keine nahe verwandten HIV-1-Isolate. Es handelt sich deshalb nicht um ein weit verbreitetes, gut charakterisiertes Virus." (act. 15/19, S. 20)
"Aufgrund der Divergenzen gegenüber anderen uns zur Verfügung stehenden Isolaten mit Sequenzen des Subtyps A sowie der statistischen Tests ('Bootstrapping') ist an einem gemeinsamen phylogenetischen Ursprung der Probandenisolate nicht zu zweifeln." (act. 15/19, S. 21 f.)
Die zusammenfassende Beurteilung der Sachverständigen lautete:
"Für die Beurteilung einer möglichen Virusübertragung zwischen dem Angeschuldigten und der Geschädigten ist der Umstand relevant, dass die Sequenz MB15181_2 und MB15181_3 des Angeschuldigten einen gemeinsamen Ast mit allen Sequenzen der Geschädigten bilden, der durch die statistische Analyse ebenfalls sehr gut abgesichert ist. Die Isolate der Geschädigten entspringen aus einem Ast, der dem Angeschuldigten zuzuordnen ist, und sie liegen alle innerhalb des Sequenzenschwarms des Angeschuldigten." (act. 15/19, S. 22)
"Die Infektion erfolgte deshalb in der Richtung vom Angeschuldigten auf die Geschädigte. (...) Diese Schlussfolgerungen sind ebenfalls vereinbar mit den klinischen Befunden, wonach aufgrund der niedrigen CD4-Werte des Angeschuldigten die Infektion bei ihm mit grosser Wahrscheinlichkeit früher als bei der Geschädigten erfolgte." (act. 15/19, S. 22)
"Mit Hilfe der vorliegenden Virussequenzen kann zwar die Richtung der Virusübertragung festgestellt werden, es ist aber nicht möglich festzustellen, ob die Übertragung direkt oder indirekt, d.h. über eine in dieser Untersuchung nicht vertretene weitere Person, welche vom Angeschuldigten infiziert worden wäre und das Virus dann auf die Geschädigte übertragen hätte, erfolgte. Aufgrund der Tatsache, dass der wiederholte ungeschützte Geschlechtsverkehr zwischen dem Angeschuldigten und der Geschädigten unbestritten ist und dass laut Akten in der fraglichen Zeit keine weiteren Sexualpartner vorhanden waren, kann eine Infektion der Geschädigten durch eine solche Drittperson jedoch praktisch ausgeschlossen werden." (act. 15/19, S. 22)
3.2.2. Die Vorinstanz folgt den Ausführungen der Sachverständigen insofern, als sie feststellt, dass das HI-Virus der Beschwerdeführerin von jenem des Beschwerdegegners abstammt, mithin dieser bereits infiziert war, bevor sie (im Juni 2002) ungeschützten Geschlechtsverkehr hatten (Ziff. 1.2.3.7 S. 23). Hingegen erachtet sie den Schluss, eine Infektion über eine Drittperson könne praktisch ausgeschlossen werden, als unzulässig. Wesentlich sei die Aussage, es sei nicht möglich festzustellen, ob die Übertragung direkt oder indirekt erfolgte. Die Möglichkeit einer direkten Übertragung sei somit genau so wahrscheinlich wie die Möglichkeit einer indirekten Übertragung über eine oder mehrere Drittpersonen (Ziff. 1.2.3.3 S. 17), was die Sachverständigen ausdrücklich offen liessen (Ziff. 1.2.3.7 S. 23).
3.3 Die Vorinstanz prüft in der Folge, ob sich die Beschwerdeführerin bis zum positiven Testresultat im August 2002 auf indirektem Wege mit dem HI-Virus des Beschwerdegegners infiziert haben könnte.
3.3.1 Den Aussagen der Beschwerdeführerin zufolge käme in der Tat nur der Beschwerdegegner als Infektionsquelle in Betracht, weil er der einzige Mann gewesen wäre, mit dem sie ungeschützten Geschlechtsverkehr hatte. Darauf sei aber nicht abzustellen. Gerade im Kernpunkt, nämlich der Frage, mit welchen Männern und wie oft sie in der fraglichen Zeit Geschlechtsverkehr hatte, habe die Beschwerdeführerin nicht konzis, widerspruchsfrei und gleichbleibend ausgesagt. Anfänglich habe sie ihre Beziehung zu F._ zwischen April 2001 und Mai 2002 verschwiegen. Sodann habe sie zwar eine kurze Beziehung zu einer Discobekanntschaft ("G._") erwähnt, später aber einräumen müssen, dass sie mit G._ im Mai 2002 zweimal Geschlechtsverkehr hatte. Ferner falle auf, dass sie zum Kontakt in der Disco aussagte, sie habe sich "immer geschützt", obwohl sie nur von einer Discobekanntschaft erzählte. Damit sei nicht auszuschliessen, dass die Beschwerdeführerin in der fraglichen Zeit noch mit anderen Männern verkehrte, und es könne auch nicht ausgeschlossen werden, dass es sich dabei um ungeschützten Geschlechtsverkehr gehandelt habe (Ziff. 1.2.3.6 S. 21 ff.).
3.3.2 Nach den Aussagen des Beschwerdegegners sei es im Juni/Juli 2002 zweimal zu ungeschützten sexuellen Kontakten mit H._ gekommen, die in Spanien wohnt. Er habe sie für ein Wochenende in die Schweiz nach Zürich eingeladen, womöglich als die Beschwerdeführerin - vom 16. Juli 2002 bis 2. August 2002 (Ziff. 1.2.3.5 S. 19) - in Brasilien war. H._ habe er zwei bis drei Monate vorher in Marbella kennen gelernt, wo es zum Geschlechtsverkehr gekommen sei (Ziff. 1.2.3.7 S. 24).
3.3.3 Gestützt auf diese Aussagen kommt die Vorinstanz zum Schluss, es sei "denkbar und nicht völlig realitätsfremd", dass der Beschwerdegegner H._ in Marbella mit dem HI-Virus infizierte und diese ihrerseits einem unbekannten Dritten das Virus weitergab, welcher es dann auf die Beschwerdeführerin übertrug (Ziff. 1.2.3.7 S. 24). Damit fehle es am Nachweis einer direkten Übertragung des HI-Virus durch den Beschwerdegegner bzw. am Kausalzusammenhang (Ziff. 1.2.3.8 S. 24).
3.4 Die Beschwerdeführerin begründet ihre Willkürrüge im Einzelnen wie folgt: Es gebe keine Hinweise darauf, dass sie im relevanten Zeitraum Juni 2002 noch mit weiteren Personen ungeschützt sexuell verkehrt habe. Die Möglichkeit, dass der Beschwerdegegner H._ im Juni/Juli 2002 mit dem HI-Virus angesteckt haben soll, diese wiederum einen unbekannten Dritten, der das Virus im Juni 2002 auf sie übertragen haben könnte, sei eine rein theoretische Möglichkeit, denn: (1.) All dies müsste sich innerhalb eines Monates, nämlich im Juni 2002, abgespielt haben. (2.) H._ wohnte primär in Spanien und besuchte den Beschwerdegegner nur einmal in der Schweiz. (3.) Zu diesem Zeitpunkt weilte die Beschwerdeführerin gemäss Vorinstanz bereits in Brasilien, war also schon angesteckt. Die Variante, dass das HI-Virus über nur eine unbekannte Drittperson übertragen worden sei, just in dem Zeitraum (Juni 2002), als der Beschwerdegegner und die Beschwerdeführerin ungeschützten Geschlechtsverkehr praktizierten, erscheine als blosse Spielerei, zumal es sich bei dem festgestellten HI-Virus um eine seltene Virusart handle. Die Zweifel der Vorinstanz an der Tatbestandsverwirklichung seien höchstens theoretischer und abstrakter Natur, die auch in Berücksichtigung der Unschuldsvermutung nicht massgebend seien. Bezeichnend sei, dass nicht einmal mehr die Verteidigung vor Vorinstanz die objektive Tatbestandsverwirklichung in Frage gestellt habe (Beschwerde, S. 6 ff.).
4. 4.1 In der Lehre wird teilweise die Auffassung vertreten, dem Täter sei ein Kausalzusammenhang zwischen dem ungeschützten Geschlechtsverkehr und der HIV-Infektion des Opfers nur schwer nachzuweisen. Einerseits fehle es daran, wenn die Möglichkeit offen bleibe, dass sich das Opfer später oder auf anderem Wege angesteckt habe. Andererseits lasse sich aufgrund eines positiven Testresultats nicht auf einen bestimmten Übertrager schliessen, zumal es vorkommt und sogar eher wahrscheinlich ist, dass nach einem einmaligen Risikoverhalten noch keine Übertragung des Virus erfolgt (Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Aufl., Zürich 1997, Art. 231 N 9; Wilfried Bottke, Strafrechtliche Probleme von AIDS und der AIDS-Bekämpfung, in: Die Rechtsprobleme von AIDS, Bernd Schünemann/ Gerd Pfeiffer (Hrsg.), Baden-Baden 1998, S. 180; Paul Baumann, Strafrechtliche Probleme im Zusammenhang mit einer Aidsinfektion, in: Recht gegen Aids, Bern 1987, S. 139 f., 143 f.).
Nach heutigem Wissensstand kann indessen der Nachweis gelingen oder wenigstens erleichtert werden, wenn fest steht, wer sich zuerst infiziert hat (Fridolin Beglinger, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, Basel 2003, Art. 231 N 41). Statistische Tests und ein Vergleich der Virenstämme ermöglichen unter Umständen sowohl Rückschlüsse auf die Infektionsquelle als auch auf den Zeitpunkt der Infektion (Beglinger, a.a.O., Art. 231 N 41, mit zahlreichen Beispielen).
Genau dies leistet im vorliegenden Fall das Gutachten vom Nationalen Zentrum für Retroviren vom 5. August 2004. Aufgrund der DNA-Extraktion der Blutproben der Prozessbeteiligten, den Subtypenbestimmungen und phylogenetischen Analysen der HI-Viren ist erstellt, dass die Beschwerdeführerin mit einem zweifelsfrei vom Beschwerdegegner abstammenden HI-Virus infiziert wurde und dieser bereits vor Juni 2002 infiziert war. Davon geht auch der angefochtene Entscheid aus.
4.2 Die Vorinstanz verkennt allerdings die Tragweite der gutachterlichen Schlussfolgerung, wenn sie ausführt, die Frage nach der Übertragung durch eine Drittperson werde ausdrücklich offen gelassen. Erfahrungswissenschaften verfahren methodisch-abstrakt, d.h., Aufschluss über den Untersuchungsgegenstand können sie nur so weit geben, wie es ihre bestimmte Methode zulässt. Was sich dem methodischen Zugriff entzieht, darüber kann ein wissenschaftliches Gutachten keine Aussage treffen. Es liegt auf der Hand, dass die Übertragung des HI-Virus "über eine in dieser Untersuchung nicht vertretene weitere Person" nicht ausgeschlossen werden kann. Um eine allfällige Trägerschaft des unbekannten Dritten mit dem HI-Virus überhaupt festzustellen und es mit den bekannten Virussequenzen vergleichen zu können, bedürfte es je einer Blutprobe, die fehlt. Die Aussage im Gutachten ist daher nichts anderes als ein methodischer Hinweis. Sie besagt keineswegs, dass die Wahrscheinlichkeit einer indirekten Übertragung mit jener einer Direktübertragung gleichzustellen wäre. Aus statistischen Gründen leuchtet nämlich unmittelbar ein, dass mit jeder weiteren Person, die in einer hypothetischen Kettenübertragung hinzugedacht werden muss, die Übertragungswahrscheinlichkeit - exponentiell - abnimmt. Offensichtlich unzutreffend ist daher die Auffassung der Vorinstanz, dass die Möglichkeit einer direkten Übertragung genau so wahrscheinlich sei wie jene einer indirekten Übertragung über mehrere Drittpersonen.
4.3 Die hypothetische Annahme, der Beschwerdegegner könnte H._ in Marabella (Spanien) mit dem HI-Virus angesteckt haben, diese wiederum eine Dritt- bzw. Viertperson (in der Schweiz), welche dann die Beschwerdeführerin angesteckt hätte, ist im höchsten Mass unwahrscheinlich. Selbst wenn man zu Gunsten des Beschwerdegegners für das vorliegende Verfahren annimmt, er habe H._ im Juni 2002 tatsächlich infiziert, bleibt sie eine bloss abstrakte Möglichkeit. Konkrete Anhaltspunkte dafür liegen nicht vor, weder für die (zweite) Übertragung des HI-Virus auf den unbekannten Dritten und noch weniger für die (dritte) Übertragung auf die Beschwerdeführerin. Die Vorinstanz lässt vermuten, H._ könnte das Virus dem Unbekannten bei ihrem Aufenthalt in der Schweiz weitergegeben haben, während die Beschwerdeführerin - vom 16. Juli 2002 bis 2. August 2002 - in Brasilien weilte, doch trug diese das Virus zum damaligen Zeitpunkt bereits in sich. Obwohl die Vorinstanz selbst feststellt, dass ihre Infektion "mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit" im Juni 2002 erfolgte, prüft sie alsdann die Hypothese einer unrealistischen Kettenübertragung bis August 2002. Damit setzt sie sich nicht nur in Widerspruch zu den eigenen Ausführungen, sondern weicht auch ohne triftige Gründe von den Feststellungen des behandelnden Arztes und der Gutachter ab.
4.4 Zusammenfassend stellt die Vorinstanz fest, dass der Beschwerdegegner ein seltenes HI-Virus in sich trägt und das auf die Beschwerdeführerin übertragene Virus zweifelsfrei von diesem abstammt, dass mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit ihre Ansteckung im Juni 2002 erfolgte und der Beschwerdegegner damals bereits infiziert war, und dass sie unbestrittenermassen im gleichen Zeitraum (Anfang/ Mitte Juni 2002) mehrfach ungeschützten Geschlechtsverkehr hatten. Bei dieser Sachlage bleibt die Hypothese einer indirekten HIV-Übertragung über mehrere Drittträger eine rein theoretische Möglichkeit, die vernünftige Zweifel an der Infizierung durch den Beschwerdegegner schlechterdings nicht zu begründen vermag. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz ist unhaltbar.
5. 5.1 Die Vorinstanz spricht den Beschwerdegegner vom Anklagevorwurf der fahrlässigen schweren Körperverletzung und des fahrlässigen Verbreitens menschlicher Krankheiten auch mangels Fahrlässigkeit frei.
Der Eventualbegründung liegt folgender Sachverhalt zu Grunde: Der Beschwerdegegner hatte in den letzten Jahren mit verschiedenen Frauen ungeschützten Geschlechtsverkehr. Dabei war ihm das Risiko, das mit ungeschützten sexuellen Kontakten einhergeht, bekannt und er wusste, wie man sich davor schützen kann. Er selber bezeichnete sein Verhalten als "Kamikaze". Im Juli 2000 eröffnete ihm eine seiner Sexualpartnerinnen, B._, dass sie HIV-positiv sei. Danach vollzog er mit ihr den Geschlechtsverkehr nur noch mit Kondom. Eine eigene Infektion mit dem HI-Virus schloss er aus und einem HIV-Test unterzog er sich nicht, weil er nie irgendwelche Symptome eines Primärinfektes, ähnlich einer Erkältung oder einer leichten Grippe, verspürte. Zu Gunsten des Beschwerdegegners geht die Vorinstanz davon aus, dass er sich kurz vor der Infizierung der Beschwerdeführerin - z.B. beim ungeschützten Geschlechtsverkehr mit H._ - infiziert hat. Der Ursprung seiner Infektion blieb ungeklärt, wobei die Untersuchung ergeben hat, dass B._ als Infektionsquelle ausgeschlossen werden kann (angefochtener Entscheid, insbes. Ziff. 1.3.1 S. 26 mit Verweis auf das Urteil des Bezirksgerichts, siehe dort S. 16 ff., 20 f., ferner S. 6 ff.).
Die Vorinstanz verneint eine Fahrlässigkeit vorab damit, dass keine Rechtspflicht bestehe, sich nach jedem ungeschützten Geschlechtsverkehr einem HIV-Test zu unterziehen, ehe man sich mit dem nächsten Sexualpartner auf einen ungeschützten Verkehr einlasse. Zu beachten sei sodann, dass das Ansteckungsrisiko pro Sexualkontakt zwischen 0,2-50% betrage. Die Hälfte aller infizierten heterosexuellen Männer wisse während zehn Jahren nicht um ihre HIV-Infektion, 70- 80% der Neuinfizierten zeigten tatsächlich grippeähnliche Symptome (Fieber, Drüsen- und Lymphknoten-Schwellungen, usw.) und die "Fieberschubtheorie" sei in der Bevölkerung ziemlich weit verbreitet. Trotz des beruflichen Erfolgs und seiner Weltoffenheit könne dem Beschwerdegegner nicht mehr Wissen angelastet werden als dem Durchschnittsmenschen. Die Frage, ob er sich in guten Treuen auf das Ausbleiben von "Fieberschüben" habe verlassen dürfen, könne aber offen bleiben. Selbst wenn man eine pflichtwidrige Unvorsichtigkeit darin erblicken wollte, dass er sich nach der Eröffnung von B._ (im Juli 2000) nicht auf das HI-Virus testen liess, fehlte es an der Voraussetzung des hypothetischen Kausalzusammenhangs. Da nämlich anzunehmen sei, dass er sich erst kurz vor der Beschwerdeführerin (im Juni 2002) das HI-Virus zugezogen habe, hätte ein HIV-Test zu jenem Zeitpunkt ein negatives Testresultat erbracht. Es könne somit nicht gesagt werden, dass sein Verhalten mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit oder mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolgs bildete.
5.2 Die Beschwerdeführerin wendet dagegen zusammengefasst ein, das Strafverfahren wegen (Eventual-)Vorsatzes sei nur deshalb eingestellt worden, weil die Staatsanwaltschaft davon ausgegangen sei, dem Beschwerdegegner lasse sich der Wille zur Tatbestandsverwirklichung nicht rechtsgenügend nachweisen. Als Fahrlässigkeit sei ihm aber vorzuwerfen, dass er im Wissen um die Möglichkeit seiner eigenen HIV-Infektion und der Ansteckungsgefahr ungeschützten Geschlechtsverkehr praktizierte, was zur HIV-Übertragung geführt hat. Wer einen konkreten Hinweis habe, dass er Träger des HI-Virus sein könnte, und dennoch ungeschützt sexuell verkehre, verhalte sich nicht sorgfältig und überschreite das noch als zulässig zu bezeichnende Risiko. Das ergebe sich nicht zuletzt aus den Safer-Sex-Regeln. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz könne und müsse von jeder Person mit einem konkreten Hinweis auf die eigene HIV-Infektion verlangt werden, dass sie nur noch geschützten Geschlechtsverkehr praktiziere, bis sie das Risiko durch einen negativen HIV-Test ausgeschlossen habe.
6. Der objektive Tatbestand der schweren Körperverletzung (Art. 122 StGB) sowie des Verbreitens menschlicher Krankheiten (Art. 231 StGB) ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts erfüllt, wenn die HIV-infizierte Person durch ungeschützte Sexualkontakte das HI-Virus auf eine andere überträgt (BGE 116 IV 125 E. 4-5; 131 IV 1 E. 1 und 4). Subjektiv handelt (eventual-)vorsätzlich, wer im Wissen um seine HIV-Infektion und in Kenntnis der Übertragungsmöglichkeit den Partner nicht über die Infektion aufklärt und gleichwohl mit ihm ungeschützt sexuell verkehrt, obschon sowohl die Aufklärung als auch Schutzvorkehrungen ein Einfaches wären (BGE 131 IV 1 E. 2.2 S. 6). Die fahrlässige Verursachung des Tatbestandserfolgs steht gemäss Art. 125 Abs. 2 StGB (schwere Körperverletzung) und Art. 231 Ziff. 2 StGB (Verbreitung menschlicher Krankheiten) ebenfalls unter Strafe. Das Bundesgericht hat sich bisher zur Strafbarkeit der HIV-Übertragung wegen Fahrlässigkeit noch nicht geäussert.
7. 7.1 Gemäss Art. 12 Abs. 3 StGB (in der Fassung des Bundesgesetzes vom 13. Dezember 2002, in Kraft seit 1. Januar 2007) handelt fahrlässig, wer die Folgen seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt (Satz 1). Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (Satz 2).
7.2 Der Ausgangspunkt aller Vorsichts- bzw. Sorgfaltspflichten liegt im prinzipiellen Verbot, fremde Rechtsgüter zu gefährden. Wo besondere Normen ein bestimmtes Verhalten gebieten, bestimmt sich das Mass der im Einzelfall zu beachtenden Sorgfalt in erster Linie nach diesen Vorschriften. Das Gleiche gilt für entsprechende allgemein anerkannte Verhaltensregeln (in Form von Empfehlungen, Richtlinien, Merkblättern usw.), auch wenn diese keine Rechtsnormen darstellen (BGE 118 IV 130 E. 3a S. 133 mit Hinweisen; ferner BGE 126 IV 13 E. 7a/bb; 127 IV 62 E. 2d-e). Das schliesst nicht aus, dass der Vorwurf der Fahrlässigkeit auch auf allgemeine Rechtsgrundsätze wie etwa den allgemeinen Gefahrensatz gestützt werden kann (BGE 127 IV 62 E. 2d S. 65). Danach hat derjenige, welcher eine gefährliche Handlung ausführt, alles Zumutbare vorzukehren, damit die Gefahr nicht zu einer Verletzung fremder Rechtsgüter führt (ANDREAS DONATSCH/BRIGITTE TAG, Strafrecht I, 8. Aufl., Zürich 2006, S. 338).
Nach dem Prinzip des erlaubten Risikos lässt sich eine Gefährdung fremder Rechtsgüter, die über das allgemeine Lebensrisiko nicht hinausgeht, nicht verbieten, sondern gefordert werden kann nur die Einhaltung eines bestimmten Mindestmasses an Sorgfalt und Rücksichtnahme (BGE 117 IV 58 E. 2b S. 61 f.; GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil I, 3. Aufl., Bern 2005, § 9 Rz. 34 und 37 S. 159 f.). Beim erlaubten Risiko tritt an die Stelle des Verbots jeglicher Gefährdung das Gebot, die Gefahr auf dasjenige Minimum einzuschränken, das gar nicht oder nur mit unverhältnismässigem Aufwand ausgeschlossen werden kann, wenn man die entsprechende Tätigkeit überhaupt zulassen will (STRATENWERTH, a.a.O., § 9 Rz. 37 S. 160). Dabei geht es um die Frage, welche Risiken allgemein in Kauf zu nehmen sind, und nicht um eine Ermässigung der Sorgfaltsanforderungen (BGE 117 IV 58 E. 2b S. 62).
7.3 Eine Sorgfaltspflichtverletzung ist nur anzunehmen, wenn der Täter eine Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte voraussehen bzw. erkennen können und müssen. Für die Beantwortung dieser Frage gilt der Massstab der Adäquanz. Danach muss das Verhalten des Täters geeignet sein, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen (BGE 133 IV 158 E. 6.1 S. 168; 131 IV 145 E. 5.1 S. 147 f.). Damit der Eintritt des Erfolgs dem Täter zuzurechnen ist, genügt seine blosse Vorhersehbarkeit nicht. Vielmehr stellt sich die weitere Frage, ob er auch vermeidbar war. Dazu wird ein hypothetischer Kausalverlauf untersucht und geprüft, ob der Erfolg bei pflichtgemässem Verhalten des Täters ausgeblieben wäre. Dabei genügt es für die Zurechnung des Erfolgs, wenn das Verhalten des Täters mindestens mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit oder mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolgs bildete (BGE 130 IV 7 E. 3.2 S. 11, mit Hinweisen).
8. 8.1 Für das Mass der zu beachtenden Sorgfalt im Zusammenhang mit der Übertragungsgefahr des HI-Virus ist von den Empfehlungen des Bundesamtes für Gesundheit (sog. Safer-Sex-Regeln) auszugehen. Danach gilt als genügender Schutz vor einer HIV-Infektion der geschützte Geschlechtsverkehr mit geprüften Präservativen. Ausserhalb treuer Partnerschaften wird Safer Sex immer empfohlen, innerhalb treuer Partnerschaften jedem, der auch nur möglicherweise infiziert ist und eine eigene HIV-Infektion nicht mit hinreichender Sicherheit ausschliessen kann. Hinreichende Sicherheit bietet ein negativer HIV-Test nach Ablauf von drei Monaten (serologisches Fenster) seit der letzten Infektionsmöglichkeit, wozu jede sexuelle Handlung zählt, die nicht als Safer Sex gilt (Beglinger, a.a.O., Art. 231 N 32, mit Hinweisen).
Das Problem des erlaubten Risikos stellt sich bei der Gefahr einer HIV-Übertragung namentlich insofern, als etliche Personen unerkannt Virusträger sind. In der Lehre ist umstritten, ob es diesen Personen erlaubt ist, unabgeschirmt gefährliche Kontakte einzugehen, obwohl sie womöglich mit ihrer HIV-Infektion rechnen müssen (für erlaubtes Risiko: KARL-LUDWIG KUNZ, Aids und Strafrecht, Die Strafbarkeit der HIV-Infektion nach schweizerischem Recht, ZStrR 107/1990 S. 49 ff.; ablehnend: Beglinger, a.a.O., Art. 231 N 33; CHRISTIAN HUBER, Ausgewählte Fragen zur Strafbarkeit der HIV-Übertragung, ZStrR 115/1997 S. 116 f.; ferner DERS., HIV-Infektion und AIDS-Erkrankung im Lichte des Art. 231 StGB sowie der Körperverletzungs- und Tötungsdelikte, SJZ 85/1989 S. 152 f.). Nach zutreffender Auffassung kann die Gefahr der Übertragung des HI-Virus nicht generell ein erlaubtes Risiko darstellen, das der Partner (z.B. der nichts ahnende Ehegatte bei einseitiger Untreue) in jedem Fall hinzunehmen hätte. Der gegenteiligen Auffassung, die darauf abstellt, dass mangels Rechtspflicht und zuverlässiger faktischer Erkennbarkeit kein Sorgfaltsgebot existiere, sich vor infektionsgefährdeten Kontakten der eigenen Gesundheit zu vergewissern (KUNZ, a.a.O, S. 52), kann nicht gefolgt werden. Zum einen vermag das Fehlen einer - ausdrücklichen - Rechtspflicht, sich einem HIV-Test zu unterziehen, die Frage nicht zu beantworten, unter welchen Umständen die Grenze des erlaubten Risikos überschritten wird. Zum anderen wird übersehen, dass sich die staatlichen Empfehlungen gerade an die nichtwissentlich HIV-Infizierten richten (Beglinger, a.a.O., Art. 231 N 33).
Massgebend bleibt somit, ob der Risikostifter zur Zeit der Tat konkrete Anhaltspunkte für die eigene HIV-Infektion hat, was aufgrund der jeweiligen Umstände im Einzelfall zu beurteilen ist. Als Anhaltspunkt gilt grundsätzlich jeder erkannte bzw. bewusst erlebte Risikokontakt in der Vergangenheit, etwa ungeschützte Intimkontakte mit einer Person, deren sexuelles Vorleben er nicht kennt. Bei Vorliegen solcher Verdachtsmomente ist der Risikostifter gehalten, auf ungeschützten Geschlechtsverkehr solange zu verzichten, wie er die eigene HIV-Infektion nicht mit hinreichender Sicherheit ausschliessen kann. Wer trotz Kenntnis der Möglichkeit seiner HIV-Infektion in Missachtung der Safer-Sex-Regeln weiterhin ungeschützt verkehrt, handelt pflichtwidrig und schafft eine objektiv erhöhte Gefahr für die Rechtsgüter seiner Sexualpartner, die das erlaubte Risiko übersteigt.
8.2 Nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz steht fest, dass der Beschwerdegegner während mehreren Jahren mit verschiedenen Partnerinnen ungeschützt sexuell verkehrte. Die Möglichkeit, sich bei einem der Risikokontakte mit dem HI-Virus infiziert zu haben, konnte er nicht ausschliessen, weshalb er gehalten gewesen wäre, risikominimierende Schutzvorkehrungen zu treffen. Spätestens mit der Eröffnung von B._, sie sei HIV-positiv, wurde ihm die Möglichkeit der eigenen HIV-Infektion unmissverständlich vor Augen geführt. In der Folge schützte er sich zwar beim Geschlechtsverkehr mit B._, doch verkehrte er mit den übrigen Sexualpartnerinnen weiterhin ungeschützt. Damit missachtete er die Safer-Sex-Regeln und setzte seine Partnerinnen pflichtwidrig einem unerlaubten HIV-Infektionsrisiko aus.
8.3 Entgegen der Auffassung der Vorinstanz besteht der Vorwurf der Pflichtwidrigkeit nicht darin, der Beschwerdegegner habe sich keinem HIV-Test unterzogen. Vorzuwerfen ist ihm vielmehr nur, dass er beim Geschlechtsverkehr mit der Beschwerdeführerin die ihm zumutbaren Schutzvorkehrungen nicht getroffen hat, obwohl er zur Zeit der Tat konkrete Anzeichen für die eigene HIV-Infektion hatte. Die aufgeworfene (aber offen gelassene) Frage, ob er sich in guten Treuen auf das Ausbleiben von Fieberschüben habe verlassen dürfen, ist zu verneinen. Aufgrund der staatlichen Kampagnen zur AIDS-Prävention gilt als bekannt, dass der ungeschützte Geschlechtsverkehr mit unbekannten oder wechselnden Sexualpartnern ein deutlich erhöhtes Infektionsrisiko mit sich bringt und das Risiko durch entsprechende Schutzmassnahmen zu minimieren ist (Benützen von Präservativen). Bei risikobelastetem Vorverhalten ist diese Schutzmassnahme von jedermann zu verlangen, erst recht von einer gebildeten, weltoffenen und erfahrenen Person wie dem Beschwerdegegner. Unerheblich sind schliesslich die Überlegungen der Vorinstanz zum Ansteckungsrisiko im Allgemeinen. Die Pflicht zu Schutzvorkehrungen besteht unabhängig von der statistischen Wahrscheinlichkeit der Übertragung des HI-Virus. Denn es ist unmöglich zu wissen, ob nicht gerade der eine ungeschützte Sexualkontakt den Partner infiziert (BGE 131 IV 1 E. 2.2 S. 6). Auf den diesbezüglichen Wissensstand kommt es weder beim vorsätzlich noch beim fahrlässig handelnden Täter an. Im Übrigen stellt die Tatbestandsvariante der unbewussten Fahrlässigkeit klar, dass die Unvorsicht nicht nur pflichtwidrig ist, wenn der Täter auf die Folgen seines Verhaltens keine Rücksicht nimmt, sondern auch, wenn er die Gefährdung für die Rechtsgüter des Opfers überhaupt nicht bedenkt (Art. 12 Abs. 3 Satz 1 StGB).
8.4 Nach dem Massstab der Adäquanz ist der ungeschützte Geschlechtsverkehr ohne weiteres geeignet, das HI-Virus auf den Partner zu übertragen, stellen ungeschützte sexuelle Kontakte doch den Hauptgrund für die HIV-Übertragung dar. Die Gefahr des Erfolgseintritts war somit voraussehbar. Hätte der Beschwerdegegner entsprechend den Safer-Sex-Regeln jeweils Schutzvorkehrungen getroffen, wäre die Beschwerdeführerin mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit nicht infiziert worden. Damit ist auch die Voraussetzung der Vermeidbarkeit des Erfolgs gegeben. Zu prüfen bleibt, ob der Erfolgszurechnung das Verhalten der Beschwerdeführerin entgegensteht.
9. 9.1 Die Zurechnung des Erfolgs kann an der Selbstverantwortung des Opfers scheitern. In diesem Zusammenhang ist unter anderem zwischen Mitwirkung an fremder Selbstgefährdung und einverständlicher Fremdgefährdung zu unterscheiden. Die Unterscheidung richtet sich danach, ob der Rechtsgutträger das Tatgeschehen derart beherrscht, dass er darin jederzeit und bis zuletzt steuernd einzugreifen vermag, oder aber das Gefährdungsgeschehen in den Händen des Dritten liegt (BGE 125 IV 189 E. 3a; 131 IV 1 E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts 6S_91/2007 vom 17. Januar 2008, E. 4.5, je mit Hinweisen).
Die Selbstgefährdung ist stets straflos. Die Mitwirkung daran (d.h. die Mitwirkung an fremder Selbstgefährdung) ist es auch, solange der sich selbst Gefährdende das Risiko im selben Masse übersieht wie der Mitwirkende. Die Straflosigkeit der Mitwirkung an fremder Selbstgefährdung ergibt sich aus der Straflosigkeit des Suizids und - vorbehältlich Art. 115 StGB - der Teilnahme hierzu. Wenn schon die Teilnahme an einer Selbsttötung und auch an einer vorsätzlichen Selbstverletzung straflos bleibt, kann um so weniger die Mitwirkung an fremder Selbstgefährdung strafbar sein. Dahinter steht die normative Wertentscheidung, dass kein Grund besteht, die Handlungsfreiheit einzuschränken, solange niemand gegen seinen Willen gefährdet wird (BGE 131 IV 1 E. 3.2; Urteil 6S.91/2007 vom 17. Januar 2008, E. 4.5).
Die Straflosigkeit der Mitwirkung an fremder Selbstgefährdung findet ihre Grenze jedoch dort, wo der Veranlasser oder Förderer ein überlegenes Sachwissen in Bezug auf die in Frage stehende Gefahr hat (BGE 125 IV 189 E. 3a S. 194) oder erkennt, dass das Opfer die Tragweite seines Entschlusses nicht überblickt. In diesem Fall schafft er ein Risiko, das vom Willen des Opfers nicht mehr gedeckt und dessen Verwirklichung daher dem Mitwirkenden zuzurechnen ist (BGE 131 IV 1 E. 3.3 mit Hinweisen).
9.2 Nach der Rechtsprechung gilt der ungeschützte Sexualkontakt einer HIV-infizierten Person mit einem freiverantwortlich handelnden, informierten Partner als Mitwirkung an einer Selbstgefährdung und nicht als einverständliche Fremdgefährdung. Der entscheidende Gesichtspunkt ist, dass bei Sexualkontakten die Herrschaft über das Gefährdungsgeschehen grundsätzlich beiden Beteiligten zukommt. Sie haben es jederzeit in der Hand, noch rechtzeitig abzubrechen oder aber ein Kondom zu benützen bzw. darauf zu beharren, dass der Partner dieses verwendet (BGE 131 IV 1 E. 3.4 S. 10). Im genannten Entscheid hat das Bundesgericht eine straflose Mitwirkung an einer Selbstgefährdung bejaht, weil das Opfer ab einem bestimmten Zeitpunkt wusste, dass sein Partner HIV-infiziert war, und sich dennoch freiverantwortlich auf ungeschützte sexuelle Kontakte mit ihm einliess. Zu verneinen war dagegen eine Straffreistellung in Bezug auf den Tatbestand des Verbreitens menschlicher Krankheiten (Art. 231 StGB). Bei Delikten der Gemeingefährdung, die sich ausschliesslich gegen öffentliche Interessen richten, kann es auf die Haltung oder das Wissen des zunächst Betroffenen nicht ankommen (BGE 131 IV 1 E. 4, mit Hinweisen).
9.3 Entsprechendes muss gelten, wenn keiner der beiden Sexualpartner (mit Sicherheit) weiss, dass einer von ihnen HIV-infiziert ist. Wer sich auf ungeschützte sexuelle Kontakte einlässt, ohne dass er frühere Risikokontakte und damit die Möglichkeit einer HIV-Infektion seines Partners ausschliessen kann, setzt sich selbst einer Gefährdung für seine Rechtsgüter aus. Die Zurechnung des Verletzungserfolgs scheitert daher in der Regel an der eigenverantwortlichen Selbstgefährdung des Opfers, wenn sich das Risiko der HIV-Übertragung realisiert. Das gilt nach dem Gesagten jedoch nur, solange beide Sexualpartner das Risiko einer früheren HIV-Infektion und die Ansteckungsgefahr im gleichen Mass überblicken. Besteht auf Seiten des Opfers ein konkret entscheidrelevantes Wissensdefizit, ist die Selbstgefährdung nicht mehr von seinem Willen getragen und daher nicht freiverantwortlich. In diesem Fall ist die Risikoverwirklichung dem Mitwirkenden zuzurechnen (vgl. KUNZ, a.a.O., ZStrR 1990/107 S. 55 f.).
9.4 Die Beschwerdeführerin verkehrte gemäss ihren eigenen Aussagen mit anderen Sexualpartnern nur geschützt, während sie in Bezug auf den Beschwerdegegner mit dem ungeschützten Geschlechtsverkehr einverstanden war. Umstände, wonach es ihr nicht möglich oder zumutbar gewesen wäre, sich selbst zu schützen und auf das Benützen eines Kondoms zu bestehen, sind nicht ersichtlich. Hingegen wusste nur der Beschwerdegegner, dass er mit der HIV-infizierten B._ ungeschützt sexuell verkehrt hatte. Die Beschwerdeführerin hat er darüber nicht aufgeklärt. Ebenso wusste diese nicht, dass er sich danach keinem HIV-Test unterzogen und trotz der Information von B._ weiterhin ungeschützte Sexualkontakte hatte, offenbar unbekümmert darum, welches die Folgen seinen Verhaltens sein könnten. Darin liegt ein entscheidrelevantes Wissensdefizit. Denn es lässt sich nicht annehmen, und wird im angefochtenen Entscheid auch nicht festgestellt, dass die Beschwerdeführerin beim gleichen Kenntnisstand - insbesondere im Wissen um die früheren Risikokontakte des Beschwerdegegners mit B._ und deren HIV-Posivität - noch immer mit dem ungeschützten Geschlechtsverkehr einverstanden gewesen wäre.
9.5 Dass sich der Beschwerdegegner das HI-Virus nicht bei B._, sondern bei anderer Gelegenheit zugezogen hatte (E. 5.1), ändert nichts daran, dass die Beschwerdeführerin das HIV-Infektionsrisiko zur Tatzeit nicht im gleichen Mass überblicken konnte. War ihr Entschluss aber nicht freiverantwortlich und gewollt, scheidet die Annahme einer straflosen Mitwirkung an einer eigenverantwortlichen Selbstgefährdung aus. Auf Seiten des Beschwerdegegners bleibt belanglos, welches seine Infektionsquelle war. Richtig ist, dass es für die Zurechnung des tatbestandsmässigen Erfolgs nicht genügt, dass der Täter ein (unerlaubtes) Risiko für dessen Eintritt geschaffen oder gesteigert hat. Vielmehr muss sich im Erfolg gerade jenes Risiko verwirklicht haben, dessentwegen das Verhalten als pflichtwidrig gilt (zum Erfordernis des sog. Risikozusammenhanges siehe STEFAN TRECHSEL, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Aufl., Zürich 1997, Art. 18 N 40; ANDREAS DONATSCH, Sorgfaltsbemessung und Erfolg beim Fahrlässigkeitsdelikt, Habil. Zürich 1987, S. 189 ff.; STRATENWERTH, a.a.O., § 16 Rz. 21 S. 458 und § 9 Rz. 42 S. 163; CLAUS ROXIN, Strafrecht, Allgemeiner Teil I, 4. Aufl., München 2006, § 11 N 69 ff., insbes. N 84 ff. und 87; vgl. auch BGE 133 IV 158 E. 6.1 S. 168). Dem Beschwerdegegner ist als Sorgfaltspflichtverletzung vorzuwerfen, dass er mit der Beschwerdeführerin ungeschützten Geschlechtsverkehr praktizierte, obwohl er sich in der Vergangenheit auf zahlreiche Sexualkontakte einliess, von denen er nicht wusste und nicht weiter abgeklärt hat, ob er sich dabei mit dem HI-Virus angesteckt hatte. Dadurch setzte er zunächst sich selbst und dann seine Partnerinnen einem HIV-Infektionsrisiko aus, das sich im Erfolg der Körperverletzung der Beschwerdeführerin realisiert hat (E. 4.4). Der erforderliche Risikozusammenhang ist damit gegeben, weshalb die Verwirklichung des Risikos dem Beschwerdegegner zuzurechnen ist.
9.6 Der Freispruch vom Vorwurf der fahrlässigen schweren Körperverletzung (Art. 125 Abs. 2 StGB) und des fahrlässigen Verbreitens menschlicher Krankheiten (Art. 231 Ziff. 2 StGB) verletzt aus den dargelegten Gründen Bundesrecht. Die Beschwerde ist gutzuheissen.
10. Heisst das Bundesgericht eine Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück (Art. 107 Abs. 2 BGG). Auf Beschwerde in Strafsachen hin ist es dem Bundesgericht in der Regel verwehrt, reformatorisch zu entscheiden. Ein Entscheid in der Sache kommt nur in Betracht, wenn die Angelegenheit spruchreif ist und sofort und endgültig zum Abschluss gebracht werden kann (bundesrätliche Botschaft, S. 4345 f.). Ansonsten muss es mit der Aufhebung des angefochtenen Entscheids und der Zurückweisung der Sache an die Vorinstanz sein Bewenden haben. Das gilt namentlich bei unvollständiger Feststellung des Sachverhalts, dessen Ergänzung sich nicht ohne weiteres aus den Akten ergibt, oder dort, wo die kantonalen Behörden über einen Ermessensspielraum verfügen wie bei der Strafzumessung. Muss das kantonale Verfahren aus diesen Gründen fortgesetzt werden, ist auch eine Änderung des angefochtenen Entscheids im Kosten- und Entschädigungspunkt (vgl. Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG) nicht angebracht.
Die Vorinstanz hat infolge Freispruchs des Beschwerdegegners zur Strafzumessung weder Feststellungen getroffen noch Erwägungen angestellt und ist auf die Zivilforderungen der Beschwerdeführerin nicht eingetreten. Bei dieser Sachlage fällt ein reformatorischer Entscheid durch das Bundesgericht ausser Betracht. Der angefochtene Entscheid ist deshalb aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit erübrigt es sich, die weiteren Sachanträge der Beschwerdeführerin zu behandeln.
11. Entsprechend dem Verfahrensausgang hat der Beschwerdegegner, der die Abweisung der Beschwerde beantragt, die Gerichtskosten zu tragen (Art 66 Abs. 1 BGG) und die obsiegende Beschwerdeführerin für das Verfahren vor Bundesgericht angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Strafsachen wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, I. Strafkammer, vom 28. März 2007 aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Willisegger


facts:
Faits :
A.
A._, ressortissant français né en 1990, est prévenu depuis le 5 septembre 2014 de dommages à la propriété, violation de domicile et vols en bande et par métier, portant sur une trentaine de motocycles. Il a été mis en détention provisoire du 7 septembre 2014 au 3 octobre 2014. Par ordonnance du 6 octobre 2014, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève (Tmc) a ratifié la libération sous condition prononcée par le Ministère public, moyennant les obligations suivantes:
- domicile fixe et permanent chez la grand-mère du prévenu à Divonne-les-Bains;
- travail régulier auprès de son employeur à Gland, avec justificatifs;
- interdiction de tous contacts avec d'autres prévenus ou suspects;
- obligation de déférer à toute convocation.
Le Tmc a précisé que ces mesures de substitution demeuraient valables "jusqu'à droit jugé".
B.
Par arrêt du 22 décembre 2014, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours formé par le prévenu. Celui-ci ne contestait pas les mesures de substitution, mais demandait leur limitation à trois mois comme en matière de détention provisoire. La cour cantonale a estimé que la durée de la détention provisoire subie, combinée avec celle des mesures de substitution, n'était pas disproportionnée. La mise en accusation paraissait encore éloignée, mais les mesures de substitution pouvaient être revues en tout temps, y compris à l'initiative du prévenu. La protection juridique était ainsi suffisante et les mesures de substitution portaient une atteinte moins grave que la détention, de sorte qu'il n'y avait pas lieu d'instituer un contrôle périodique.
C.
Par acte du 22 janvier 2015, A._ forme un recours en matière pénale avec une demande d'assistance judiciaire. Il conclut à ce que l'ordonnance du Tmc soit complétée en ce sens que les mesures de substitution sont limitées à trois mois au maximum. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
La Chambre pénale se réfère à son arrêt, sans observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours en se référant aux observations déposées devant l'instance précédente.
Le recourant a renoncé à présenter des observations complémentaires et persiste dans ses conclusions.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF) est ouvert contre une décision relative à la détention provisoire au sens des art. 212 ss CPP (ATF 137 IV 22 consid. 1 p. 23). Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF, le prévenu a qualité pour faire valoir que les mesures de substitution qui lui ont été imposées devraient être prononcées pour une durée limitée. Le recours a été formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'art. 107 al. 2 LTF. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
Invoquant son droit d'être entendu, le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir examiné les griefs selon lesquels les mesures de substitution devraient être soumises à un contrôle périodique.
2.1. La jurisprudence déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst., art. 3 al. 2 let. c CPP) l'obligation pour le juge de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 139 IV 179 consid. 2.2 p. 182; 134 I 83 consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités).
2.2. Pour l'essentiel, la cour cantonale a examiné si, par leur durée, la détention provisoire subie et les mesures de substitution pouvaient se rapprocher de la peine encourue. L'arrêt attaqué retient toutefois également que l'art. 237 al. 4 CPP ne limite pas la durée des mesures de substitution, que celles-ci portent une atteinte moins grave aux droits fondamentaux que la détention avant jugement et que la protection juridique du prévenu apparaît suffisante. Sous l'angle du droit d'être entendu, cela peut constituer une réponse suffisante aux objections du recourant.
Le grief d'ordre formel doit ainsi être écarté.
3.
Sur le fond, le recourant persiste à considérer que les art. 237 al. 4 CPP et 227 al. 7 CPP imposeraient, comme pour la détention provisoire, un contrôle périodique des mesures de substitution. On ne pourrait dès lors les ordonner pour une période indéterminée et les maintenir, comme l'a fait le Tmc, "jusqu'à droit jugé", même si le prévenu peut en tout temps contester les mesures de substitution. Le recourant relève que ces mesures (obligation de domicile, de travail et de production d'attestations, interdiction de relations avec certaines personnes), constituent une atteinte à la liberté de mouvement et à sa sphère privée.
3.1. Concrétisant le principe de la proportionnalité, l'art. 237 al. 1 CPP prévoit que le tribunal compétent ordonne une ou plusieurs mesures moins sévères en lieu et place de la détention provisoire ou de la détention pour des motifs de sûreté si ces mesures permettent d'atteindre le même but que la détention. Selon l'alinéa 2 de cette disposition, font notamment partie des mesures de substitution: la fourniture de sûretés (let. a), la saisie des documents d'identité et autres documents officiels (let. b), l'assignation à résidence ou l'interdiction de se rendre dans un certain lieu ou un certain immeuble (let. c), l'obligation de se présenter régulièrement à un service administratif (let. d), l'obligation d'avoir un travail régulier (let. e), l'obligation de se soumettre à un traitement médical ou à des contrôles (let. f) et l'interdiction d'entretenir des relations avec certaines personnes (let. g). Pour surveiller l'exécution de ces mesures, le tribunal peut ordonner l'utilisation d'appareils techniques qui peuvent être fixés à la personne sous surveillance (al. 3).
3.2. Selon l'art. 237 al. 4 CPP, les dispositions sur la détention provisoire et la détention pour des motifs de sûreté s'appliquent par analogie au prononcé des mesures de substitution ainsi qu'au recours contre elles.
Selon l'art. 227 al. 7 CPP, la détention provisoire peut être prolongée plusieurs fois, chaque fois de trois mois au plus et, dans des cas exceptionnels, de six mois au plus. Ce contrôle périodique doit permettre de vérifier que les motifs de détention existent toujours et que les principes de célérité et de proportionnalité sont encore respectés (ATF 137 IV 180 consid. 3.5 p. 186). Ce contrôle périodique s'impose durant l'instruction et la procédure de première instance, et jusqu'à la saisine de la juridiction d'appel (ATF 139 IV 186).
3.3. Le renvoi général de l'art. 237 al. 4 CPP aux règles matérielles et formelles concernant la détention se justifie par le fait que les mesures de substitution sont ordonnées aux mêmes conditions que la détention provisoire, soit en présence de soupçons suffisants ainsi que de risques de fuite, de collusion ou de réitération (art. 221 CPP), conditions qui doivent en elles-mêmes faire l'objet d'une réévaluation périodique. En outre, contrairement à ce que soutient la cour cantonale, les mesures de substitution ne sauraient sans autre être considérées comme des atteintes bénignes aux droits fondamentaux du prévenu: l'assignation à résidence constitue une certaine forme de détention, et l'obligation de travailler, de se soumettre à un traitement médical, voire un placement en institution (arrêt 1B_654/2011 du 7 décembre 2011) représentent des atteintes considérables à la liberté personnelle. A l'instar de la détention provisoire ou pour des motifs de sûreté, les mesures de substitution doivent en tout temps demeurer proportionnées au but poursuivi, tant par leur nature que par leur durée (ATF 140 IV 74 consid. 2.2 p. 78).
L'ensemble des raisons qui ont conduit à l'instauration d'un contrôle périodique de la détention provisoire doit dès lors aussi s'appliquer, en principe, à l'égard des mesures de substitution, y compris celles qui ne sont pas expressément mentionnées à l'art. 237 al. 2 CPP. Il peut être fait exception pour les mesures les plus légères qui consistent dans l'accomplissement d'un acte ponctuel. Ainsi, le versement de sûretés fait l'objet de dispositions spécifiques: l'art. 239 CPP précise les circonstances, les conditions et les modalités de la libération des sûretés, le législateur étant parti du principe que celles-ci doivent être maintenues jusqu'à l'issue de la procédure (cf. art. 239 al. 3 CPP). Un engagement solennel de se présenter aux actes de procédure n'a pas non plus à être confirmé ou renouvelé périodiquement. Il en va de même du dépôt des papiers d'identité, qui permet au prévenu de conserver l'essentiel de sa liberté de mouvement. Pour ce type de mesures de substitution, la possibilité de demander en tout temps une levée constitue une garantie de procédure suffisante.
En revanche, les autres mesures prévues à l'art. 237 al. 2 let. c à g CPP doivent être prononcées pour une durée déterminée. L'ordonnance du Tmc doit dès lors être réformée dans ce sens.
Selon l'art. 227 al. 7 CPP, la prolongation peut être de trois mois au plus, et de six mois dans des cas exceptionnels. En l'occurrence, le recourant se voit imposer des mesures manifestement moins lourdes qu'une détention provisoire, et dont il ne conteste d'ailleurs pas le bien-fondé. Compte tenu de ces circonstances particulières, il se justifie de réformer l'ordonnance du Tmc et de fixer la durée des mesures de substitution à six mois, ce qui correspond au maximum prévu par la loi, étant précisé que le recourant pourra en tout temps saisir l'autorité d'une demande de révocation ou de modification des mesures de substitution (art. 237 al. 5 et 228 CPP, par renvoi de l'art. 237 al. 4 CPP).
4.
Le recours doit dès lors être admis pour les motifs qui précèdent. L'arrêt du 22 décembre 2014 est annulé et l'ordonnance du Tmc du 6 octobre 2014 est réformée en ce sens que les mesures de substitution sont ordonnées pour une durée de six mois. Conformément à l'art. 68 al. 2 LTF, une indemnité de dépens est allouée au recourant, à la charge du canton de Genève. Cela rend sans objet la demande d'assistance judiciaire. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il n'est pas perçu de frais judiciaires. La cause doit par ailleurs être renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis; l'arrêt du 22 décembre 2014 est annulé et l'ordonnance du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève du 6 octobre 2014 est réformée en ce sens que les mesures de substitution sont ordonnées pour une durée de six mois. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
2.
Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée au mandataire du recourant, à la charge du canton de Genève. La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public, au Tribunal des mesures de contrainte et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 16 février 2015
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
Le Greffier : Kurz

region: Federation

bge_label: critical


facts:
Faits:
A.
A.a. R._ (né en 1943) a été chargé de cours à l'École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) à partir de l'année académique 1980/1981. Le 10 mai 2004, l'EPFL l'a informé que sa charge ne serait pas reconduite pour l'année académique 2004/2005, motif pris de l'existence d'un conflit d'intérêts entre sa fonction de chargé de cours et ses activités au sein d'un institut préparant notamment aux examens d'admission à l'EPFL.
Il s'en est suivi un litige sur la nature juridique des rapports liant le prénommé à l'EPFL qui a été porté jusqu'au Tribunal fédéral. Dans un arrêt rendu le 28 juin 2006, celui-ci a considéré que la charge de cours de l'intéressé était soumise à la Loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers; RS 172.220.1) et que R._ devait en conséquence bénéficier d'un contrat de durée indéterminée, dans le respect des règles régissant les assurances sociales.
A.b. Par décision du 27 novembre 2007, l'EPFL a notamment constaté que le contrat de travail la liant à l'intéressé prendrait fin le 30 avril 2008 et que celui-ci aurait dû en principe être affilié à une caisse de pensions depuis le 1 er octobre 1980, date à partir de laquelle il avait été au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée; elle a cependant considéré qu'il appartenait à la Caisse fédérale de pensions Publica (ci-après: Publica) d'examiner formellement cette question et que le dossier de R._ devait lui être transmis à cette fin.
R._ a déféré cette décision à la Commission de recours interne des écoles polytechniques fédérales. Admettant partiellement le recours, le 4 novembre 2008, celle-ci a jugé notamment que R._ était affilié à la Publica qui devait se prononcer sur le caractère éventuellement rétroactif de l'affiliation (ch. 7, première phrase, du dispositif). R._ et l'EPFL ont tous deux interjeté un recours contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral, qui a invité Publica à se déterminer par décision incidente du 17 décembre 2008. Le recours de l'intéressé, qui ne s'en prenait qu'au ch. 7 du dispositif de la décision du 4 novembre 2008 en concluant à ce que le Tribunal administratif fédéral ordonnât son affiliation avec effet rétroactif au 1 er octobre 1980, a été rejeté par celui-ci, le 13 janvier 2010.
A.c. Le 4 mars 2010, Publica a informé R._ qu'elle entamait les démarches administratives en lien avec son affiliation. Après avoir reçu de l'institution de prévoyance un décompte de cotisations tenant compte d'une affiliation rétroactive de l'intéressé au 1 er octobre 1980, l'EPFL a contesté le calcul des cotisations, en faisant valoir que les créances de cotisations plus anciennes que dix ans dès la demande d'affiliation à Publica étaient prescrites.
Par courrier du 13 juillet 2011, Publica a demandé à l'EPFL de lui verser jusqu'au 29 juillet 2011 le montant de 136'068 fr. 80 pour une affiliation rétroactive de R._ au 1 er octobre 1980 ou le montant de 54'695 fr. 70 fr. pour une affiliation rétroactive au 1 er janvier 1999. L'EPFL s'est acquittée de la seconde somme indiquée. Le 17 octobre 2011, Publica a informé l'intéressé que le montant de la rente de vieillesse, à laquelle il avait droit à partir du 1 er mai 2008, s'élevait à 412 fr. 35 par mois ("Décision de prestation").
B.
Le 23 mars 2012, R._ a ouvert action contre Publica et l'EPFL auprès de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Il concluait, d'une part, que l'institution de prévoyance fût condamnée à l'affilier, à titre rétroactif, avec effet au 1 er octobre 1980 et à lui verser les arriérés de rente dus en fonction d'une telle affiliation avec intérêts à 5% dès le 1 er novembre 2011. D'autre part, il concluait à ce que l'EPFL fût condamnée à verser à Publica le montant de 136'068 fr. 80 à titre d'arriérés de cotisations, sous déduction du montant déjà versé.
Statuant le 22 juillet 2013, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois a rejeté les deux demandes.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public contre ce jugement, R._ demande au Tribunal fédéral d'ordonner à Publica de l'affilier rétroactivement avec effet au 1 er octobre 1980 et de lui verser les arriérés de rente dus en fonction d'une telle affiliation, ainsi que d'ordonner à l'EPFL de verser la somme de 136'068 fr. 80 avec intérêts légaux à Publica pour lui, sous déduction du montant déjà versé.
Publica conclut principalement au rejet du recours et à la confirmation du jugement du 22 juillet 2013. À titre subsidiaire, elle demande que le recours soit admis et le jugement cantonal réformé, en ce sens que l'EPFL soit condamnée à lui verser la somme de 136'068 fr. 80 sous déduction de la somme déjà versée, plus intérêts à 5% dès le 18 septembre 2012, à titre d'arriérés de cotisations, en vue du versement par Publica de prestations mensuelles de vieillesse s'élevant à 1672 fr. 65, rétroactivement au 1 er mai 2008, sous déduction des prestations déjà versées.
L'EPFL conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Le 31 mars 2014, R._ a déposé des observations complémentaires.

considerations:
Considérant en droit:
1.
L'écriture adressée par le recourant au Tribunal fédéral le 31 mars 2014, au titre d'argumentation complémentaire à son recours, a été déposée postérieurement à l'échéance du délai de recours et de la clôture de l'échange d'écritures. Elle ne peut dès lors pas être prise en considération.
2.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 130 III 136 consid. 1.4 p. 140).
3.
Dans la procédure d'action qu'il a intentée devant le tribunal compétent en matière de prévoyance professionnelle (cf. art. 73 al. 1 LPP), le recourant a, en vertu de la liberté dont il dispose de définir l'objet du litige - déterminé par les conclusions de la demande et les faits invoqués à l'appui de celle-ci (ATF 135 V 23 consid. 3.1 p. 25 s.) - choisi de diriger son action à la fois contre son (ancien) employeur et contre l'institution de prévoyance à laquelle celui-ci était affilié. À l'égard du premier, il requiert qu'il soit condamné à verser à Publica les cotisations (pour un montant de 136'068 fr. 80) pour la période courant à partir du 1er octobre 1980 (sous déduction de la somme déjà versée); à l'encontre de l'institution de prévoyance, il demande qu'elle soit tenue de l'affilier à partir du 1er octobre 1980 et condamnée à lui verser une prestation de vieillesse correspondant à une telle affiliation rétroactive.
4.
4.1. La juridiction cantonale a fait dépendre la question de l'assurance rétroactive du recourant du point de savoir si les prétentions en paiement des cotisations pour la période du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 étaient prescrites. Elle a considéré que tel était le cas, en application d'un arrêt du Tribunal fédéral du 25 janvier 2010 publié in ATF 136 V 73, et fixé au 1 er janvier 1999 la naissance de la créance de cotisations. Retenant que les "prétentions du [recourant] pour la période allant du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 sont prescrites", elle a rejeté les conclusions prises par le recourant à l'encontre de Publica et de l'EPFL.
4.2. Le raisonnement de l'autorité judiciaire de première instance est contraire au droit dans la mesure où il fixe (implicitement) la date de l'affiliation du recourant à l'institution de prévoyance au moment à partir duquel les premiers juges ont considéré que l'EPFL était tenue de verser rétroactivement des cotisations à Publica (soit le 1 er janvier 1999). En effet, l'affiliation du recourant à l'institution de prévoyance intimée pour la prévoyance professionnelle ne dépend pas de l'obligation en tant que telle de verser des cotisations de la prévoyance professionnelle, ni du versement effectif de celles-ci.
4.2.1. En ce qui concerne la période courant à partir du 1 er janvier 1985, sous l'empire de la LPP, les rapports d'assurance obligatoire entre le salarié et l'institution de prévoyance de son employeur dans le domaine de la prévoyance obligatoire naissent de par la loi, dès que les conditions légales sont réunies (art. 2 al. 1 et 7 al. 1 LPP; ATF 129 III 305 consid. 2.1 p. 307; ATF 120 V 15 consid. 2a p. 19). En matière de prévoyance plus étendue, l'affiliation à l'institution de prévoyance pour les collaborateurs du domaine des Écoles polytechniques fédérales intervient également de plein droit, dès le début des rapports de travail, conformément aux dispositions topiques au regard des modifications intervenues pour la Caisse fédérale d'assurance (art. 14 du Règlement de prévoyance de la Caisse de prévoyance du domaine des EPF pour le personnel du domaine des EPF du 3 décembre 2007 [RP-EPF 1; RS 172.220.142.1], entré en vigueur le 1 er juillet 2008 [art. 108 RP-EPF 1 en relation avec le Contrat d'affiliation à la Caisse de prévoyance du domaine des EPF du 3 décembre 2007, FF 2008 5458]; art. 9 al. 1 de l'ordonnance relative à l'assurance dans le plan de base de la Caisse fédérale de pensions du 25 avril 2001 [OCFP 1; abrogé au 1 er juillet 2008; RO 2001 2327] en relation avec l'art. 42 de l'ordonnance du Conseil des EPF sur le personnel du domaine des écoles polytechniques fédérales [ordonnance sur le personnel du domaine des EPF, OPers-EPF; RS 172.220.113] dans sa version en vigueur jusqu'au 30 juin 2007; art. 4 de l'ordonnance régissant la Caisse fédérale de pensions du 24 août 1994 [Statuts de la CFP; RO 1995 533]; art. 5 al. 1 de l'ordonnance concernant la Caisse fédérale d'assurance du 2 mars 1987 [Statuts de la CFA; ROf 1987 1228]).
4.2.2. En l'occurrence, les rapports de prévoyance ont commencé en même temps qu'ont débuté les rapports de travail entre le recourant et l'EPFL, respectivement au 1 er janvier 1985, pour autant que son salaire atteignît le salaire minimum (cf. art. 2 al. 1, 7 al. 1 et 10 al. 1 LPP, pour la période à partir du 1 er janvier 1985) et qu'il n'existât pas un motif d'exemption au sens de l'art. 1j al. 1 de l'ordonnance sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2; RS 831.441.1; dans sa teneur en vigueur à partir du 1 er janvier 2006, anciennement art. 1 OPP 2). Tel apparaît être le cas au regard des calculs établis par Publica en fonction d'un salaire moyen annuel perçu à partir du 1 er octobre 1980 (cf. courrier de Publica du 17 mars 2011 au recourant). Par ailleurs, Publica a admis le principe de l'affiliation du recourant, sans jamais invoquer un motif d'exclusion. À la suite de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 13 janvier 2010 - selon les considérants duquel le principe d'affiliation de R._ à Publica est chose acquise depuis l'arrêt du Tribunal fédéral du 28 juin 2006 -, l'institution de prévoyance a reconnu devoir affilier l'intéressé; elle a précisé à tort que l'affiliation rétroactive ne pouvait prendre effet que lorsque l'entier des cotisations dues aurait été payé (cf. courrier de Publica du 17 mars 2011 au recourant). En conséquence, Publica, qui a succédé à la Caisse fédérale de pensions à partir du 1 er juin 2003 et auprès de laquelle l'EPFL a assuré ses salariés pour la prévoyance professionnelle (cf. art. 7 OPP 2; Contrat d'affiliation à la Caisse de prévoyance du domaine des EPF du 3 décembre 2007 [FF 2008 5458]), est tenue d'affilier le recourant à titre rétroactif au moins à partir du 1 er janvier 1985.
4.2.3. En ce qui concerne l'affiliation du recourant pour la période entre le 1 er octobre 1980 et le 31 décembre 1984, il ressort des dispositions alors applicables que le recourant doit également être affilié à Publica à titre rétroactif pour cette période.
Selon l'art. 2 des Statuts de la caisse d'assurance du personnel de l'administration générale de la Confédération (Caisse fédérale d'assurance) du 29 septembre 1950 (RO 1950 II 945), tel que modifié par les modifications des 30 août 1972 (RO 1973 35) et 24 juin 1974 (RO 1974 2116), sont, entre autres personnes, admis dans la caisse les fonctionnaires au sens de la loi sur le statut des fonctionnaires (al. 1 let. b) et les autres agents de la Confédération, en tant que le Conseil fédéral prescrit leur admission (al. 1 let. c). L'affiliation est obligatoire. Le Conseil fédéral peut décider l'admission du personnel d'entreprises de droit public de la Confédération, des secrétariats d'organisations nationales de partis politiques, d'organisations fondées par la Confédération ou à son initiative ou auxquelles elle participe d'une façon déterminante, ainsi que d'associations du personnel fédéral (al. 2).
Conformément à l'art. 3 al. 1 des Statuts, tel que modifié par le complément n° 4 du 3 novembre 1959 (RO 1959 2177), l'agent acquiert la qualité de membre au moment où il est admis comme tel par l'administration de la caisse. Il la perd en quittant le service de la Confédération, en tant que l'affiliation ne subsiste pas en vertu du 2 e alinéa. Sous le titre "Admission", l'art. 12 al. 1 des Statuts prévoit qu'est assuré celui qui sera probablement employé d'une manière durable au service de la Confédération et qui est déclaré assurable par le service médical administratif.
À cette époque (cf. Message du 14 décembre 1987 concernant la loi sur les écoles polytechniques fédérales, FF 1988 I 697, 718 s. ch. 215), le personnel occupé dans les Écoles polytechniques fédérales était soumis aux dispositions du Statut des fonctionnaires du 30 juin 1927 ou du règlement des fonctionnaires (1) du 10 novembre 1959, ainsi que du règlement des employés du 10 novembre 1959, à l'exception des rapports de service du corps enseignant, dont le statut était régi par la loi sur le statut des fonctionnaires, par la loi du 7 février 1854 sur la création d'une école polytechnique suisse et par la réglementation transitoire (Arrêté fédéral sur les écoles polytechniques du 24 juin 1970, du 20 juin 1975 et du 21 mars 1980 [réglementation transitoire]).
Il résulte de ces dispositions que le recourant aurait acquis la qualité de membre de la Caisse fédérale de pensions à partir du moment "où il [aurait été] admis comme tel par l'administration de la caisse". Dans la mesure où les rapports liant le recourant à l'EPFL relevaient d'un contrat de travail de durée indéterminée, l'administration de la Caisse fédérale de pensions aurait, au degré de la vraisemblance prépondérante, admis le recourant comme membre à partir du moment où il était entré au service de l'EPFL, soit le 1 er octobre 1980. Il ne ressort par ailleurs pas du dossier, et les intimées ne le prétendent pas, que le recourant aurait été atteint dans sa santé et risqué, de ce fait, de ne pas être déclaré assurable au sens de l'art. 12 al. 1 des Statuts.
5.
5.1. Le recourant conclut au versement des "arriérés de rente qui lui sont dus en fonction d'une affiliation rétroactive avec effet au 1 er octobre 1980". Ce faisant, il requiert le versement d'une rente de vieillesse plus élevée que celle fixée par Publica, en fonction d'une période d'affiliation plus longue remontant au 1 er octobre 1980.
5.2. Selon les calculs de Publica, le montant de la rente de vieillesse auquel peut prétendre le recourant à partir du 1 er mai 2008 s'élève à 1672 fr. 65 par mois en prenant en considération une période d'assurance ayant débuté le 1 er octobre 1980 (courrier du 17 mars 2011 au recourant, réponse au recours du 18 février 2014). Ce montant correspond en revanche à 412 fr. 35 par mois en tenant compte d'une période d'affiliation commençant seulement le 1 er janvier 1999 (courrier du 26 mai 2011 au recourant, réponse du 18 février 2014). Pour l'institution de prévoyance, dès lors que l'EPFL a versé les cotisations pour la période courant à partir du 1 er janvier 1999 (soit 54'695 fr. 70), elle doit octroyer au recourant seulement les prestations de vieillesse correspondant à une affiliation à partir de cette date-là.
5.3. Comme on l'a vu (consid. 4 supra ), l'affiliation du recourant à Publica est en soi indépendante du versement (effectif) des cotisations de la prévoyance professionnelle; à l'inverse, l'affiliation entraîne l'obligation de verser des cotisations. Autre est la question de savoir s'il y a lieu de prendre en considération, pour déterminer la prestation de vieillesse que peut prétendre le recourant, les cotisations qui auraient dû être versées dès le 1 er octobre 1980.
Sur ce dernier point, la juridiction cantonale a retenu que les créances de cotisations de la prévoyance professionnelle relatives à l'activité exercée par le recourant au service de l'EPFL du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 étaient prescrites. Il s'agit donc d'examiner d'abord la question de la prescription en relation avec des créances de cotisation pour une période pendant laquelle l'institution de prévoyance n'avait pas connaissance des rapports de service du recourant, ni, partant, des rapports de prévoyance individuels.
6.
6.1. Se fondant sur l'ATF 136 V 73, les premiers juges ont considéré qu'en raison de l'existence d'un contrat d'affiliation entre l'EPFL et Publica, le délai de prescription pour les créances de cotisation ne commençait pas à courir avec l'établissement du rapport de prévoyance du recourant, mais dès l'exigibilité des primes correspondant à la prestation de travail soumise à cotisations. Le recourant avait en principe été soumis à la couverture de l'institution de prévoyance dès le début des relations de travail, et ce malgré le fait que l'EPFL ne l'avait pas annoncé à Publica. Toutefois, comme l'institution de prévoyance n'avait été informée de l'existence des rapports de travail entre l'EPFL et le recourant qu'à l'occasion du litige qui opposait ceux-ci devant le Tribunal administratif fédéral (à la suite de l'envoi de la décision incidente du 17 décembre 2008), l'exigibilité était reportée au 18 décembre 2008 (en raison du comportement reprochable de l'employeur débiteur, qui avait manqué d'annoncer un salarié). À cette date, comme l'échéance des cotisations était mensuelle, seules pouvaient encore être exigées les cotisations mensuelles dues pour les différents mois d'assurance qui ne comptaient pas plus de dix ans, en raison du délai absolu de dix ans (par opposition au délai de prescription relatif de cinq ans) introduit par l'ATF 136 V 73. La naissance de la créance de cotisations devait dès lors être fixée au 1 er janvier 1999, soit à l'échéance de la prime de décembre 1998. Les prétentions du recourant relatives à la période antérieure au 1 er janvier 1999 (et remontant jusqu'au 1 er octobre 1980) étaient donc prescrites.
6.2. Le recourant ne conteste pas que l'application des principes dégagés par le Tribunal fédéral dans l'ATF 136 V 73, telle que retenue par la juridiction cantonale, conduit à constater que les créances de cotisations afférentes à la période antérieure à la date du 1 er janvier 1999 sont prescrites. Il soutient en revanche que la jurisprudence de l'ATF 136 V 73 rendu le 25 janvier 2010 ne lui est pas applicable, parce que son statut et "les droits sociaux qui s'y rattachent", y compris au regard de la prescription, ont été définitivement fixés le 28 juin 2006, par l'arrêt du Tribunal fédéral qui a tranché le litige l'opposant à son ancien employeur. Or, le 28 juin 2006, les arriérés de cotisations dus par l'EPFL remontaient jusqu'au premier jour des relations contractuelles qui les liaient l'un à l'autre, soit au 1 er octobre 1980. Le recourant fait par ailleurs valoir que l'application du délai de prescription de dix ans (découlant de l'ATF 136 V 73) lui porte préjudice - sa rente de vieillesse de la prévoyance professionnelle étant réduite en fonction des cotisations non versées à titre rétroactif du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 -, de sorte que la nouvelle jurisprudence ne peut s'appliquer à son cas, le principe de l'affiliation à Publica ayant été acquis avant janvier 2010. Admettre le contraire reviendrait à violer le droit fédéral, au regard aussi du fait que l'attitude de l'EPFL l'avait contraint à engager différentes procédures pour faire reconnaître ses droits.
6.3.
6.3.1. Dans l'arrêt publié in ATF 136 V 73, rendu le 25 janvier 2010 (et résumé dans le Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 117 du 31 mars 2010, édité par l'Office fédéral des assurances sociales), le Tribunal fédéral a retenu que lorsqu'un employeur est affilié à une institution de prévoyance, le point de départ de l'exigibilité de créances de cotisations relatives à un salarié particulier qui n'avait pas été annoncé à l'institution de prévoyance correspond en principe à la date d'échéance des primes relatives aux rapports de travail soumis à cotisations, et non pas à la date de la constitution effective des rapports contractuels d'assurance (comme cela avait été admis par le passé). Toutefois, si l'institution de prévoyance n'a pas connaissance de l'existence de rapports de travail soumis à cotisations à cause d'une violation qualifiée de l'obligation de déclarer de l'employeur, l'exigibilité des créances de cotisations est différée jusqu'au moment où l'institution de prévoyance a connaissance de l'existence des rapports de travail déterminants. Dans un tel cas, la créance individuelle de cotisations se prescrit cependant de manière absolue par dix ans à compter de sa naissance (virtuelle).
À cet égard, le Tribunal fédéral a considéré que dans le cas où le débiteur (employeur) adopte un comportement reprochable, l'exigibilité des créances de cotisations individuelles est reportée sans limites jusqu'au moment où la créancière des cotisations en prend (ou aurait dû en prendre) connaissance. Or, la possibilité de pouvoir recouvrer rétroactivement et de façon illimitée les créances de cotisations originaires de la part de l'employeur ayant violé son obligation d'annoncer ne paraît pas conciliable avec le système de la prescription dans son ensemble (qui prévoit, par exemple, un délai de prescription de dix ans à compter de la violation de l'obligation pour les prétentions secondaires découlant d'un contrat). Aussi, le délai de prescription relatif de cinq ans à compter de la connaissance (raisonnablement présumée) doit être complété, par la voie du comblement d'une lacune, par un délai absolu: la créance individuelle de cotisations se prescrit en tous les cas par dix ans à compter de sa naissance (virtuelle) aussi lorsqu'on admet une violation qualifiée de l'obligation d'annoncer et que l'institution de prévoyance a ignoré durablement et sans faute de sa part les faits justifiant le prélèvement de cotisations.
6.3.2. Une nouvelle jurisprudence ou un changement de celle-ci s'appliquent immédiatement et vaut pour les cas futurs, ainsi que pour les affaires pendantes devant un tribunal au moment de l'adoption de la nouveauté ou du changement ( ex nunc et pro futuro ). Elle s'applique donc également, mais sans effet rétroactif, quand l'événement assuré s'est produit avant le prononcé du changement de jurisprudence (consid. 2 de l'arrêt B 35/95 du 30 septembre 1996 non publié in ATF 122 V 306 et l'arrêt cité; 119 V 410 consid. 3 p. 412). On peut s'inspirer, à cet égard des règles relatives à la non-rétroactivité d'une nouvelle disposition légale (en l'absence de dispositions transitoires particulières; ATF 122 II 113 consid. 3b/dd p. 124; arrêt 2C_236/2010 du 14 octobre 2010 consid. 1.1, in RDAF 2011 II p. 84). L'interdiction de la rétroactivité fait obstacle à l'application d'une nouvelle disposition légale à des faits entièrement révolus avant son adoption (rétroactivité proprement dite); il est en revanche admissible d'appliquer la nouvelle norme à des faits ayant pris naissance sous l'empire du droit antérieur, mais qui déploient encore des effets sous le nouveau droit (rétroactivité improprement dite), sous réserve des droits acquis.
6.3.3. La jurisprudence de l'arrêt ATF 136 V 73 s'applique ex nunc et pro futuro. Elle est opposable aux institutions de prévoyance et aux autres intéressés à partir du mois de mars 2010, soit dès le moment où les communications de l'OFAS relatives à la prévoyance professionnelle ont fait connaître le contenu essentiel de l'arrêt. Elle s'applique donc également à la situation du recourant, même si certains des faits déterminants (survenance de l'événement assuré, affiliation à la prévoyance professionnelle) sont survenus avant son adoption, dès lors qu'ils déploient des effets au-delà de cette date.
6.3.4. Les arguments que soulève le recourant à l'encontre de l'application de l'ATF 136 V 73 à sa situation n'y changent rien.
Dans la mesure tout d'abord où il s'agit de se prononcer sur l'obligation de son ancien employeur de verser des cotisations à l'institution de prévoyance - le recourant a aussi conclu au versement par l'EPFL à Publica du montant de cotisations en cause (consid. 3 supra ) -, il prétend en vain que le litige concernerait avant tout, selon sa formulation, "l'autre volet du lien de prévoyance, entre l'assuré et la Caisse Publica" (et non le lien entre l'employeur et l'institution de prévoyance). On ne saurait par ailleurs considérer que ses "droits sociaux" ont été "définitivement fixés depuis le 28 juin 2006". Dans son arrêt rendu à cette date, le Tribunal fédéral a statué sur la nature des rapports juridiques noués entre l'EPFL et le recourant. Celui-ci était lié à l'EPFL par un contrat de travail soumis au droit public (et non pas par un contrat de mandat) et devait "être mis au bénéfice d'un contrat de durée indéterminée, dans le respect des règles régissant les assurances sociales" (consid. 4 de l'arrêt 2A.658/2005 du 28 juin 2006). Si le statut du recourant (employé de l'EPFL sous contrat de durée indéterminée à partir du 1er octobre 1980) a alors été clairement défini et qu'il en résultait une obligation de la part de l'employeur d'assurer obligatoirement le recourant à l'institution de prévoyance auprès de laquelle il avait affilié ses employés, les droits et obligations résultant d'une telle assurance (qui sortaient de l'objet de la contestation alors portée devant le Tribunal fédéral) n'ont nullement été déterminés ("fixés") par l'arrêt du 28 juin 2006. L'affiliation du recourant, même si elle découlait dans son principe de la qualification de contrat de travail (de droit public) de son engagement auprès de l'EPFL, impliquait des démarches auprès de Publica pour que soient déterminés les droits et obligations respectifs des parties. Celles-ci n'ont cependant pas été entreprises et Publica a été informée de l'existence des rapports de travail entre l'EPFL et son chargé de cours seulement le 18 décembre 2008 (selon les constatations de la juridiction cantonale qui lient le Tribunal fédéral [art. 105 al. 1 LTF]). Depuis lors, l'institution de prévoyance a déterminé le montant de la prestation de vieillesse qu'elle a reconnue au recourant, ce qui a conduit au présent litige, lequel a précisément pour objet les droits et obligations des parties en ce qui concerne l'affiliation du recourant à la prévoyance professionnelle qui produit des effets au-delà du mois de mars 2010.
La référence que fait ensuite le recourant à l'arrêt du Tribunal fédéral publié aux ATF 119 V 40 ( recte 410), soutenu en cela par l'institution de prévoyance intimée, en invoquant que l'application du délai de prescription de dix ans (découlant de l'ATF 136 V 73) lui porte préjudice, de sorte que la nouvelle jurisprudence ne peut s'appliquer à son cas, ne lui est d'aucun secours. Dans l'ATF 119 V 410, le Tribunal fédéral a retenu qu'une nouvelle jurisprudence valait pour les cas futurs ainsi que pour les affaires pendantes devant un tribunal au moment de son changement; elle ne pouvait cependant pas conduire, en principe, à modifier des prestations périodiques fondées sur une décision (assortie d'effets durables) entrée en force formelle (pour des exceptions à ce principe, ATF 135 V 215 consid. 5.1 p. 219). Comme, en l'espèce, l'institution de prévoyance n'a pas rendu - et n'a pas le pouvoir de rendre (cf. ATF 115 V 224 consid. 2 p. 228), comme elle le précise à juste titre - une décision sur des prestations périodiques, on ne se trouve pas dans la situation visée par l'ATF 119 V 410 dans laquelle un changement de jurisprudence était susceptible de conduire à la modification d'une décision entrée en force (avec des effets pour l'avenir).
On ne saurait dès lors reprocher à la juridiction cantonale, comme le fait en vain l'institution de prévoyance intimée, d'avoir abusé de son pouvoir d'appréciation en faisant application en l'espèce des principes découlant de l'ATF 136 V 73.
6.4. Il résulte de ce qui précède que l'EPFL peut se prévaloir de la prescription des créances de cotisations pour la période du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998. Par conséquent, la conclusion du recourant tendant au versement par son ancien employeur des cotisations afférentes à cette période est mal fondée et doit, partant, être rejetée.
7.
Il reste à examiner si le fait que les cotisations n'ont pas à être payées par l'employeur pour la période du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 a une influence sur l'étendue de la prestation de vieillesse que peut prétendre le recourant.
7.1. Du point de vue temporel, il convient d'appliquer les dispositions légales et réglementaires en vigueur au moment de la survenance du cas de prévoyance. Le recourant a atteint l'âge ouvrant le droit aux prestations de vieillesse, soit 65 ans, le 2 avril 2008 (cf. art. 13 al. 1 let. a LPP; cf. ATF 130 V 156 consid. 5.2 p. 160). Ce sont donc les dispositions légales et réglementaires en vigueur au 2 avril 2008 qui sont applicables pour déterminer l'étendue des prestations de vieillesse auxquelles a droit le recourant.
7.2. Conformément à l'art. 33 al. 3 première phrase OCFP 1, le montant de la rente de vieillesse annuelle correspond au montant de la rente de vieillesse acquise au moment de la retraite. Selon l'art. 32 OCFP 1, le montant annuel de la rente acquise correspond à 1,5% du gain assuré pour chaque année d'assurance, toutefois elle ne peut pas dépasser 60% du gain assuré. Les fractions intermédiaires sont ajoutées au prorata. L'art. 15 al. 1 OCFP 1 définit les années d'assurance de la manière suivante: "Compte comme années d'assurance la période s'écoulant entre le 1 er du mois suivant l'âge de 22 ans révolus et la survenance d'un événement d'assurance, durant laquelle des cotisations ont été versées pour la prévoyance vieillesse, augmentée des années d'assurance rachetées. Les parts de prestation de sortie prélevées aux fins d'encouragement à la propriété du logement ou, en cas de divorce attribuées au conjoint divorcé, entraînent une réduction des années d'assurance."
En application de ces dispositions, le montant annuel de la rente acquise correspond, en l'espèce, à 1,5% du gain assuré pour les années durant lesquelles des cotisations pour la prévoyance vieillesse ont été versées. Par conséquent, le calcul s'effectue sans tenir compte de la période courant du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 pour laquelle Publica n'a reçu aucun versement de cotisations et ne peut plus en réclamer de l'employeur (consid. 6 supra ). Le calcul effectué par l'institution de prévoyance (cf. courrier du 26 mai 2011 au recourant) en ne prenant en considération que les années d'assurance au sens de l'art. 15 OCFP 1 apparaît dès lors correct et n'est pas, pour le surplus, contesté par le recourant.
7.3. Le recourant ne peut rien tirer non plus en sa faveur des dispositions légales sur la prévoyance professionnelle obligatoire.
7.3.1. Selon l'art. 14 al. 1 LPP, la rente de vieillesse est calculée en pour-cent de l'avoir de vieillesse acquis par l'assuré au moment où celui-ci atteint l'âge ouvrant le droit à la rente (taux de conversion). Le taux de conversion minimal s'élève à 6,8 % à l'âge ordinaire de 65 ans pour les hommes et les femmes (art. 14 al. 2 LPP); il correspond à 7,05% pour les rentes de vieillesse pour les hommes de la classe d'âge 1943 et l'âge ordinaire de la retraite de 65 ans (let. a des dispositions finales de la modification de l'OPP 2 du 18 août 2004). L'avoir de vieillesse comprend les bonifications de vieillesse, avec les intérêts, afférentes à la période durant laquelle l'assuré a appartenu à l'institution de prévoyance, cette période prenant toutefois fin à l'âge ordinaire de la retraite (art. 15 al. 1 let. a LPP), ainsi que l'avoir de vieillesse versé par les institutions précédentes et porté au crédit de l'assuré, avec les intérêts (art. 15 al. 1 let. b LPP).
Aux termes de l'art. 16 LPP, les bonifications de vieillesse sont calculées annuellement en pour-cent du salaire coordonné. Les taux suivants sont appliqués: âge 25-34: 7% du salaire coordonné, âge 35-44: 10% du salaire coordonné, âge 45-54: 15% du salaire coordonné, âge 55-65 ans: 18 % du salaire coordonné. L'institution de prévoyance doit tenir pour chaque assuré un compte de vieillesse indiquant son avoir de vieillesse conformément à l'art. 15 al. 1 LPP (art. 11 al. 1 OPP 2). À la fin de l'année civile, ce compte individuel de vieillesse sera crédité notamment des bonifications de vieillesse sans intérêt pour l'année civile écoulée (art. 11 al. 2 OPP 2).
7.3.2. Il résulte de ces dispositions que le capital de prévoyance déterminant sur lequel se fonde le calcul des prestations de vieillesse obligatoires est formé de manière individuelle dans le système de la prévoyance obligatoire. Ce capital est formé par les bonifications de vieillesse, qui sont annuellement portées en compte de chaque affilié, en pourcentage du salaire coordonné. En additionnant les bonifications de vieillesse (y compris les intérêts) accumulées au cours des années, on doit aboutir à un capital de prévoyance - au sens du système de capitalisation sur lequel repose la prévoyance professionnelle - permettant de fournir les prestations de vieillesse correspondantes ( THOMAS FLÜCKIGER, in LPP et LFLP, 2010, ad art. 15 LPP n° 3 p. 288; JÜRG BRÜHWILER, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, 1989, p. 201 et 203; RIEMER/RIEMER-KAFKA, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2 ème éd. 2006, p. 103). Les prestations de vieillesse selon la LPP sont donc financées selon le système de la capitalisation: les cotisations sont fixées de telle manière que le capital accumulé découlant des cotisations et des intérêts suffise pour financer les prestations futures de la prévoyance obligatoire des assurés.
Le lien entre les bonifications de vieillesse, respectivement l'avoir de vieillesse, et la prestation de vieillesse est l'expression du principe d'équivalence individuelle, selon lequel il doit exister un équilibre du point de vue de la technique d'assurance, au sein d'un rapport d'assurance particulier, entre les prestations individuelles et les cotisations pour l'affilié particulier. Cet équilibre individuel en fonction des rapports de prévoyance n'est donné qu'en relation avec une durée d'assurance totale de 40 ans pour les hommes (cf. art. 7, 13, 16 en relation avec 65 LPP); ce n'est qu'en relation avec cette durée d'assurance totale que la somme des cotisations plus intérêts versés correspond en principe au capital de couverture nécessaire pour financer les prestations de vieillesse, au sein d'un rapport d'assurance particulier. De cet équilibre individuel entre les cotisations et les prestations au sein d'un rapport d'assurance concret, il y a lieu de distinguer l'équilibre du point de vue de la technique d'assurance entre les cotisations et les prestations au sein de l'institution de prévoyance dans son ensemble, avec toutes les personnes affiliées (salariés d'une entreprise). Il s'agit du principe d'équivalence collective, selon lequel l'institution de prévoyance est tenue de garantir qu'elle soit en mesure de fournir les prestations prévues dès qu'elles sont exigibles (art. 65 al. 1 et 2 LPP). Il doit donc exister en tout temps un équilibre entre les cotisations et les prestations au sein de l'institution de prévoyance, tandis que l'équilibre entre les cotisations et les prestations de vieillesse au sein d'un rapport individuel d'assurance n'est exigible qu'en relation avec la durée légale complète d'assurance (Brühwiler, op. cit., p. 204). En d'autres termes, les bonifications prévues à l'art. 16 LPP constituent une prétention minimale à laquelle l'affilié a droit au titre de la prévoyance professionnelle obligatoire et à l'aune de laquelle doivent être déterminées les prestations et les cotisations, dans le sens d'une primauté des bonifications (cf. ATF 114 V 239 consid. 6a p. 245 s.; BRÜHWILER, op. cit., p. 205; le même, Beitragsbemessung in der obligatorischen beruflichen Vorsorge nach BVG, insbesondere Zusatzbeiträge für die Finanzierung des BVG-Mindestzinses und des BVG-Umwandlungssatzes, RSAS 2003 p. 323).
En conséquence, au regard de la relation étroite entre les cotisations et le montant des prestations de vieillesse de la prévoyance obligatoire (art. 14 LPP), on ne saurait admettre, sans violer le principe de l'équivalence collective, un droit à des prestations de vieillesse calculées en fonction de bonifications de vieillesse afférentes à une période d'assurance pendant laquelle des cotisations correspondantes n'ont pas été versées (dans ce sens, JACQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, ATF 127 V 259: La fin du système de la biprimauté des prestations dans la prévoyance professionnelle?, RSAS 2002 p. 215), même si les bonifications de vieillesse ne correspondent pas forcément, dans le système légal, au montant des cotisations versées.
7.3.3. Il découle de ce qui précède que la prestation de vieillesse du recourant due en vertu de la prévoyance professionnelle obligatoire doit être déterminée en fonction des bonifications de vieillesse pour les périodes d'assurance pour lesquelles des cotisations ont été ou doivent effectivement être versées de manière rétroactive. La période du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 ne peut par conséquent pas être prise en considération.
A cet égard, le recourant ne prétend pas que la rente qui lui a été reconnue par Publica (412 fr. 35 par mois) ne correspondrait pas au moins à la prestation de vieillesse obligatoire calculée en fonction des bonifications de vieillesse afférentes à la période du 1 er janvier 1999 au 30 avril 2008. Sa conclusion visant à obtenir une rente de vieillesse d'un montant supérieur en fonction de la période du 1 er octobre 1980 au 31 décembre 1998 est dès lors également mal fondée, sous l'angle du seul régime obligatoire.
8.
En conséquence de ce qui précède, il apparaît que parmi les conclusions du recourant, seule celle portant sur son affiliation rétroactive à Publica à partir du 1 er octobre 1980 doit être admise. La détermination de la date à partir de laquelle le recourant est affilié à l'institution de prévoyance intimée, à titre rétroactif, peut, le cas échéant, jouer un rôle pour fonder d'éventuelles prétentions en dommages et intérêts résultant de la violation du contrat d'affiliation, dont ont fait état les premiers juges. Le jugement entrepris doit donc être réformé en ce sens.
9.
En définitive, le recours est partiellement admis sur la question de l'affiliation du recourant. Celui-ci supportera les frais de la présente procédure, arrêtés à 800 fr. en application de l'art. 65 al. 4 LTF, à concurrence de trois quarts, le quart restant étant mis à la charge de Publica, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). La requête d'assistance judiciaire présentée à titre subsidiaire par le recourant, qui demandait que les frais de la procédure soient fixés en application de l'art. 65 al. 4 LTF, n'a dès lors pas d'objet.
Le recourant, qui obtient partiellement gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens réduits, fixés à 1000 fr., de la part de Publica. Il doit cependant prendre à sa charge les dépens réduits, également fixés à 1000 fr., auxquels seule l'EPFL peut prétendre, l'institution de prévoyance intimée obtenant (partiellement) gain de cause dans l'exercice de ses attributions officielles (art. 68 al. 3 LTF; arrêt 9C_920/2008 du 16 avril 2009 consid. 7 et les références, non publié in ATF 135 V 163, mais in SVR 2009 BVG n° 30 p. 109).
Par ailleurs, au vu de l'issue du litige, il n'y a pas lieu de revenir sur la non-allocation de dépens par la juridiction cantonale (cf. art. 68 al. 5 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est partiellement admis. Le ch. I de la décision du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, du 22 juillet 2013 est réformé comme suit: la demande formée par R._ contre Publica est partiellement admise, en ce sens que Publica est tenue d'affilier R._ à titre rétroactif dès le 1 er octobre 1980. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant à concurrence de 600 fr., le solde de 200 fr. étant supporté par Publica.
3.
Publica versera au recourant une indemnité de 1000 fr. à titre de dépens pour la procédure fédérale.
4.
Le recourant versera à l'EPFL une indemnité de 1000 fr. à titre de dépens pour la procédure fédérale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 23 avril 2014
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
La Greffière: Moser-Szeless