facts:
Fatti:
A.
L'8 agosto 2013 il Servizio specializzato per i controlli di sicurezza relativi alle persone, nel quadro di una procedura di reclutamento nell'Esercito svizzero per una persona soggetta all'obbligo di leva, ha emanato nei confronti di A._ una dichiarazione di rischio, concludendo che esiste un impedimento per la cessione dell'arma personale a norma dell'art. 113 cpv. 1 lett. d LM e ha consigliato alle autorità militari di non cedergli l'arma personale.
B.
Adito da A._, il Tribunale amministrativo federale, Corte I, per giudizio del 12 maggio 2014, ne ha accolto il ricorso ed ha annullato la decisione amministrativa.
C.
Il Servizio specializzato per i controlli di sicurezza relativi alle persone è insorto con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo che la pronuncia di primo grado sia annullata e che la dichiarazione di rischio sia confermata. In via subordinata postula il rinvio al Tribunale amministrativo federale per nuovo giudizio.
A._ chiede innanzitutto di dichiarare il ricorso inammissibile, in subordine di respingerlo. Il Tribunale amministrativo federale, nell'ipotesi in cui dovesse essere ammissibile, chiede la reiezione del ricorso.

considerations:
Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina liberamente, con piena cognizione e senza essere vincolato dalle motivazioni delle parti, l'ammissibilità del rimedio esperito (DTF 140 I 90 consid. 1 pag. 92; 139 V 42 consid. 1 pag. 44). Giova tuttavia ricordare che, nella misura in cui non sono immediatamente ravvisabili, il ricorrente deve dimostrare la sussistenza dei presupposti per riconoscere la sua legittimazione ricorsuale (art. 42 cpv. 2 LTF; DTF 138 IV 86 consid. 3 pag. 88; 135 III 46 consid. 4 pag. 47; 134 II 45 consid. 2.2.3 pag. 48).
1.2. L'opponente ritiene nelle proprie osservazioni che il ricorrente non sia legittimato a ricorrere, poiché nessuna legge federale lo autorizza esplicitamente al riguardo. Il ricorrente, senza peraltro replicare all'opponente, si è limitato a fondare la sua legittimazione sull'art. 89 cpv. 1 e 2 lett. a LTF combinato con l'art. 21 cpv. 1 della legge federale sulle misure per la salvaguardia della sicurezza interna (LMSI; RS 120).
2.
2.1. A norma dell'art. 89 cpv. 1 LTF ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chiunque ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a), è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati (lett. b), e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi (lett. c).
2.2. La clausola generale dell'art. 89 cpv. 1 LTF si indirizza in primo luogo ai privati, tuttavia una corporazione di diritto pubblico può fondare la propria legittimazione, quando impugna una decisione che la colpisce analogamente a un privato oppure quando è toccata in maniera qualificata nei suoi interessi di pubblico imperio degni di protezione (DTF 140 V 321 consid. 2.1.1 pag. 323; 138 I 143 consid. 1.3.1 pag. 149). Per fondare la legittimazione non è sufficiente la circostanza che l'amministrazione fosse soccombente dinanzi all'autorità giudiziaria precedente (DTF 134 II 45 consid. 2.2.1 pag. 47 con riferimenti). Inoltre, va ricordato che un'autorità presa singolarmente o una divisione dell'amministrazione senza personalità giuridica, quand'anche abbia reso la decisione amministrativa e sia all'origine della procedura (DTF 136 V 106 consid. 3.1 pag. 109; 135 II 156 consid. 3.1 pag. 159), non può prevalersi dell'art. 89 cpv. 1 LTF (DTF 136 V 106 consid. 3.1 pag. 108; 134 II 45 consid. 2.2.3 pag. 48).
3.
3.1. Il ricorrente è l'autorità incaricata per i controlli di sicurezza relativi alle persone in seno al Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport (servizio specializzato CSP DDPS) ed esegue i controlli di sicurezza secondo gli articoli 10, 11 e 12 capoverso 1 dell'ordinanza sui controlli di sicurezza relativi alle persone (OCSP; RS 120.4) in collaborazione con gli organi di sicurezza della Confederazione e dei Cantoni (art. 3 cpv. 1 OCSP). Esso è aggregato allo Stato maggiore dell'esercito (allegato 1 lett. B numero IV./1./1.4.1 OLOGA; RS 172.010.1), il quale è a sua volta inglobato nell'Aggruppamento Difesa (art. 7 cpv. 1 lett. c e allegato 1 lett. B numero IV./1./1.4 OLOGA) dell'amministrazione centralizzata del DDPS (allegato 1 lett. B numero IV./1. OLOGA). Il ricorso è sottoscritto in sostituzione del Capo dello Stato maggiore dell'esercito.
3.2. Invano il ricorrente, benché sia incaricato di eseguire i controlli di sicurezza, potrebbe fondare la sua legittimazione sull'art. 89 cpv. 1 LTF dal momento che si tratta di una unità dell'amministrazione centrale del DDPS, sprovvisto di ogni personalità giuridica (DTF 136 V 106 consid. 3.1 pagg. 108 seg.). Il ricorrente si limita a citare la sua competenza decisionale e in maniera generica l'art. 89 cpv. 1 LTF. Sotto questo profilo il ricorrente non può quindi vantare alcun diritto di ricorso al Tribunale federale.
4.
4.1. Secondo l'art. 89 cpv. 2 LTF hanno fra l'altro inoltre diritto di ricorrere la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti (lett. a) e le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale (lett. d).
4.2. L'art. 89 cpv. 2 lett. a LTF conferisce per legge il diritto di ricorso al Tribunale federale al dipartimento competente, in concreto al DDPS. I servizi subordinati al Dipartimento per contro sono legittimati a ricorrere nella loro sfera di competenza - ossia in una questione di una certa attualità nell'applicazione del diritto federale (DTF 135 II 338 consid. 1.2.1 pag. 342) - unicamente se il diritto federale lo prevede. In tale ambito, diversamente dall'art. 89 cpv. 2 lett. d LTF, contrariamente alla tesi sostenuta dall'opponente, una delega per ordinanza è sufficiente (sentenza 2C_805/2013 del 21 marzo 2014 consid. 1.2, non pubblicato in DTF 140 II 202; sentenza 2C_153/2013 del 16 agosto 2013 consid. 1.3, non pubblicato in 139 II 460; sentenza 2C_678/2012 del 17 maggio 2013 consid. 1.3).
4.3. Nei loro rispettivi settori di competenza l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (art. 19 cpv. 1 OAFami; 139 V 429 consid. 1.3 pag. 431; art. 201 OAVS; sentenza 9C_767/2007 del 24 giugno 2008 consid. 1, non pubblicato in DTF 134 V 306 consid. 1), l'Ufficio federale di giustizia (art. 25 cpv. 3 e 80h lett. a AIMP; DTF 133 IV 215 consid. 1.3 pag. 215), l'Ufficio federale della migrazione (art. 14 cpv. 2 Org-DFGP; RS 172.213.1; 2C_861/2013 dell'11 novembre 2013 consid. 1, non pubblicato in DTF 140 II 74; 134 II 201 consid. 1.1 pag. 203), l'Amministrazione federale delle contribuzioni (art. 141 OIVA; RS 641.201; 2C_153/2013 del 16 agosto 2013 consid. 1.3, non pubblicato in DTF 139 II 460; 125 II 326 consid. 2c pag. 329), la Segreteria di Stato dell'economia (art. 102 cpv. 2 LADI; RS 837.0; DTF 136 V 106 consid. 3.2.3 pag. 109 seg.) e l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (art. 48 cpv. 4 OPT; DTF 136 II 359 consid. 1.1 pag. 362) godono di esplicite disposizioni normative, le quali conferiscono loro la facoltà autonoma di ricorso al Tribunale federale.
4.4. Il ricorrente, che peraltro non dimostra la sua legittimazione (consid. 1), non può fondare il suo diritto di ricorso al Tribunale federale su alcuna norma giuridica. La LMSI, la OCSP, l'ordinanza del DDPS sui controlli di sicurezza relativi alle persone (OCSP-DDPS; RS 120.423), ma anche l'ordinanza sull'organizzazione del Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport (OOrg-DDPS; RS 172.214.1) sono del tutto silenti riguardo la legittimazione del ricorrente e si limitano tutt'al più a stabilire la competenza decisionale nell'Amministrazione federale, ciò che non autorizza di per sé, come si è già visto (consid. 2.2), al ricorso (nemmeno nell'eventualità in cui si fosse in presenza di un'autorità di vigilanza: cfr. sentenza 2C_969/2013 del 7 luglio 2008 consid. 5.1.1). A titolo abbondanziale si può soggiungere che la legge militare (LM; RS 510.10) rinvia soltanto alle disposizioni generali dell'organizzazione giudiziaria federale (art. 130 cpv. 1 LM) e le ordinanze di applicazione non contemplano alcunché. Del resto, nelle precedenti controversie in materia di controllo di sicurezza delle persone presentate dall'amministrazione al Tribunale federale correttamente è sempre stato il DDPS (se del caso per il tramite della sua segreteria generale; art. 49 cpv. 1 lett. a LOGA) la parte ricorrente (DTF 130 II 473; sentenze 8C_500/2013 del 15 gennaio 2014; 2A.65/2004 del 26 giugno 2004; 2A.90/2004 del 1° aprile 2004; 2A.34/2001 del 16 luglio 2001).
4.5. Non presentandosi alcuna norma del diritto federale che conferisce al ricorrente il diritto di ricorso al Tribunale federale, è quindi esclusa anche l'eventualità dell'art. 89 cpv. 2 lett. d LTF.
5.
Ne segue che il ricorso è inammissibile. Il ricorrente può essere dispensato dal pagamento delle spese giudiziarie (art. 66 cpv. 4 LTF). La Confederazione dovrà versare tuttavia un'indennità per ripetibili per la presente sede (art. 68 cpv. 1 LTF).

rulings:
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
La Confederazione Svizzera (Servizio specializzato per i controlli di sicurezza relativi alle persone) verserà all'opponente la somma di fr. 2800.- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale, Corte I, nonché per informazione al Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport, Segreteria generale.


facts:
Faits:
A. X._ SA (ci-après: la Société) est une société anonyme ayant pour but toutes opérations et affaires financières, commerciales ou immobilières sur les marchés internationaux; l'achat, la vente, l'échange, la compensation et la représentation de toutes matières premières, marchandises et articles manufacturés de toute nature et de toute provenance, ainsi que le financement de ces opérations; la participation financière à toutes entreprises industrielles, commerciales ou financières.
Par décision du 27 janvier 2004, l'Administration fédérale des contributions a procédé à un rappel d'impôt anticipé de 324'100 fr. (35% de 926'000 fr.) pour les périodes fiscales 1994 à 1998, la société ayant fait figurer à tort des commissions versées à des tiers à l'étranger dans ses charges d'exploitation. Elle n'a en revanche pas ouvert de procédure en soustraction d'impôt anticipé.
B. Par décisions des 14 et 15 décembre 2004, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé pour les mêmes faits à un rappel d'impôt fédéral direct pour les années 1998 et 1999 d'un montant de 6'298 fr. 50 (plus intérêts de 1'364 fr. 40) et de 72'403 fr. (plus intérêts de 11'509 fr. 05) et fixé la reprise de l'impôt cantonal et communal pour l'année 1999 à 40'095 fr. 10 (plus intérêts de 6'586 fr. 75). Deux amendes pour soustraction fiscale par négligence à concurrence de la moitié des impôts soustraits ont été infligées à la Société, soit 39'350 fr. pour l'impôt fédéral direct de 1998 et 1999 et 20'047 fr. pour l'impôt cantonal et communal 1999.
La Société a interjeté une réclamation contre les décisions du 14 et du 15 décembre 2004. L'Administration fiscale cantonale a statué sur la réclamation et rendu deux décisions sur réclamation, notamment celle du 22 septembre 2005, par laquelle elle a rejeté la réclamation relative à l'impôt fédéral direct.
La Société a recouru contre la décision du 22 septembre 2005 auprès de la Commission cantonale de l'impôt fédéral direct. Elle a conclu à son annulation. Durant la procédure, elle a modifié ses conclusions pour ne demander plus que l'annulation de l'amende de 39'350 fr. d'impôt fédéral direct. Par décision du 26 septembre 2007, la Commission cantonale a rejeté le recours. La Société a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève, concluant à son annulation.
Le Tribunal administratif a entendu le directeur général de la Société, Z._. Ce dernier a décrit les opérations effectuées par la Société ainsi que ses relations d'affaires.
C. Par arrêt du 29 juillet 2008, le Tribunal administratif a rejeté le recours. En comptabilisant comme charges des rétrocessions d'honoraires à des personnes physiques différentes des sociétés avec lesquelles elle était en relation contractuelle, la Société avait indûment diminué son bénéfice imposable. Compte tenu de sa connaissance du monde des affaires en raison des opérations compliquées et particulières qu'elle mettait sur pied et de l'importance des sommes en jeu, la Société ne pouvait ignorer que le versement de commissions à des tiers ne constituait pas des charges justifiées par l'usage commercial. A tout le moins, elle avait fait preuve d'imprévoyance coupable en ne s'assurant pas du régime fiscal de pareilles commissions. L'absence de procédure de soustraction de l'impôt anticipé ne constituait pas une promesse de l'autorité fiscale de ne pas poursuivre la soustraction en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal. Les éléments objectifs et subjectifs de la soustraction fiscale étaient réalisés et le montant de l'amende n'apparaissait pas disproportionné eu égard à la faute commise par la société.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève et de dire que l'amende de 39'350 fr. est annulée. Elle conteste que soient réalisées les conditions objectives et subjectives de la soustraction ainsi que la quotité de l'amende.
Le Tribunal administratif et la Commission cantonale de l'impôt fédéral direct renoncent à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours.
E. Par courrier du 6 février 2009, le dispositif de l'arrêt rendu le 4 février 2009 par la IIe Cour de droit public en la présente cause a été adressé aux parties dans la teneur suivante:
E. Par courrier du 6 février 2009, le dispositif de l'arrêt rendu le 4 février 2009 par la IIe Cour de droit public en la présente cause a été adressé aux parties dans la teneur suivante:
"1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé en tant qu'il porte sur l'examen de la négligence et le montant de l'amende.
2. L'affaire est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Une indemnité de dépens de 3'500 fr. à charge de l'Administration fiscale du canton de Genève est allouée à la recourante.
5. [Communications: ...]"

considerations:
Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte pour violation de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11; cf. art. 95 lettre a LTF).
1.2 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 lettre a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2 LTF. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
2. D'après l'art. 175 al. 1 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis: la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (RF 55/2000 p. 122, consid. 5 cc et les références citées)
3. La recourante soutient en premier lieu que les versements litigieux, comptabilisés comme charges d'exploitation, ne contreviennent pas au droit comptable, à tout le moins pas de manière flagrante. Elle conteste par conséquent avoir violé une obligation légale.
3.1 D'après l'art. 58 al. 1 lettre a LIFD, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Il s'ensuit que le bénéfice imposable est, sous réserve des règles correctrices prévues notamment par l'art. 58 al. 1 lettres b et c LIFD, celui qui ressort de la comptabilité commerciale, dont le contenu, pour autant qu'il soit conforme au droit commercial, est contraignant pour l'autorité fiscale en vertu du principe de l'autorité du bilan commercial, si bien qu'une soustraction est commise dès qu'il y a irrégularité dans la comptabilité. Il y a violation des règles de droit commercial prévues aux art. 957 ss CO (ainsi qu'aux art. 662 ss CO pour les sociétés anonymes), notamment du principe de sincérité de l'art. 959 CO, lorsque la société comptabilise une charge étrangère à son activité (Robert Danon, Commentaire LIFD, Bâle 2008, n° 169 ad art. 57-58 LIFD, qui précise à ce sujet qu'il s'agit d'une violation "flagrante"; Henri Torrione, Les infractions fiscales en matière d'impôts directs et dans le domaine de l'impôt anticipé, des droits de timbre et de la TVA, in Les procédures en droit fiscal, OREF, 2e éd. 2005, p. 907 ss, p. 1015 ss).
3.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a constaté que la recourante a comptabilisé comme charges des rétrocessions d'honoraires à des personnes physiques différentes des sociétés avec lesquelles elle était en relation contractuelle. La recourante se borne à rappeler que les versements en cause avaient été effectués en faveur des personnes physiques qui représentaient les sociétés mandantes auxquelles elle avait fourni ses services, sans présenter d'autres éléments qui permettraient de juger du caractère commercialement justifié de tels versements.
Dans ces conditions, le Tribunal administratif pouvait juger, sans violer les art. 58 al. 1 lettre a et 175 LIFD, que la recourante avait violé une disposition de droit commercial qui interdit de comptabiliser à charge du compte d'exploitation des charges étrangères à l'activité de la société et constater que l'élément objectif d'une soustraction fiscale était réalisé. Mal fondé, ce grief est rejeté.
Pour le surplus, en comptabilisant dans le compte d'exploitation des charges étrangères à son activité, la recourante a indûment diminué sa charge fiscale. Les taxations d'impôt fédéral direct 1998 et 1999 sont entrées en force incomplètes, ce qu'elle ne conteste pas.
4. La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu à sa charge une imprévoyance coupable sans décrire la situation personnelle de ses organes, notamment de son directeur, dont il n'a par conséquent, selon elle, pas établi la négligence. Ce faisant, la recourante se plaint, au moins implicitement, d'une violation de l'art. 181 LIFD. Dans la mesure où elle est d'avis que le Tribunal a violé les règles relatives à la preuve dont le fardeau incombait à l'Administration fiscale cantonale, son grief se confond avec celui de la violation des art. 175 et 181 LIFD.
4.1 D'après l'art. 181 al. 1 LIFD, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Cette disposition est seule applicable à l'exclusion des art. 102 s. CP (dans leur teneur depuis le 1er janvier 2007, pas applicables ici), lorsque, comme en l'espèce, il ne s'agit pas de sanctionner un crime ou un délit, mais uniquement une soustraction d'impôt fédéral direct. Il s'agit d'une disposition particulière au sens de l'art. 333 al. 1 CP (Roman Sieber, in Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, vol. I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), 2ème éd., Zurich 2008, n° 1 ad art. 181 LIFD).
4.2 Contrairement à l'art. 130 al. 4 de l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct, qui imputait le comportement des organes à la personne morale (arrêt 2A.44/1992 du 30 septembre 1992 in Archives 62, p. 668 ss; arrêt A.76/1986 du 12 décembre 1986 in Archives 57, p. 277), la lettre de l'art. 181 LIFD ne prévoit pas que la responsabilité pénale de la personne morale dépend d'une faute de ses organes. C'est ce qui ressort du Message du Conseil fédéral selon lequel "l'existence d'un acte contraire au droit doit suffire pour sanctionner la personne morale", dans le but d'éviter de devoir identifier parmi les nombreuses personnes qui agissent pour le compte de la personne morale celle qui a effectivement commis une faute (Message concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral; Message sur l'harmonisation fiscale, FF 1983 III 1 ss, p. 75 et 148). D'après le Message sur l'harmonisation fiscale, l'art. 181 LIFD instituerait une responsabilité pénale objective de la personne morale.
L'interprétation qui résulte du Message sur l'harmonisation fiscale entre en conflit avec la présomption d'innocence garantie par l'art. 6 par. 2 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101) et par l'art. 32 al. 1 Cst., dont la personne morale peut se prévaloir (cf. Esther Tophinke, Das Grundrecht der Unschuldsvermutung, Berne 2000, p. 143 s.; L. Moreillon/J. Gauthier, La procédure applicable à la répression des infractions fiscales: procédure administrative ou procédure pénale, in RDAF 1999 II 41 ss n° 41 p. 54 s.; Roman Sieber, op. cit., n° 5 ad art. 181 et les références citées). Elle ne trouve en outre aucun appui dans la lettre de la disposition ni la systématique de la loi. En effet, pour définir l'infraction de soustraction ou de tentative de soustraction et sa sanction, l'art. 181 LIFD renvoie à l'art. 175 LIFD. Or, l'art. 175 al. 1 LIFD conditionne la responsabilité pénale du contribuable à l'existence d'une faute intentionnelle ou d'une négligence, par référence à l'art. 12 CP (jusqu'au 31 décembre 2006, l'art. 18 CP), tandis que l'alinéa 2 précise que le montant de l'amende est fonction de la faute commise et doit tenir compte des circonstances prévues par les art. 47 ss CP (jusqu'au 31 décembre 2006, les art. 48 ch. 2, 63 et 64 CP) en application de l'art. 333 al. 1 CP. Du moment qu'aucune disposition de la loi sur l'impôt fédéral direct ne définit la faute - par hypothèse commise par une personne morale - comme une carence dans son organisation au sens de l'art. 102 CP (dans sa version applicable depuis le 1er janvier 2007; cf. en outre sur ces questions: Diane Monti, op. cit., p. 198; Alain Macaluso, La responsabilité pénale des personnes morales et de l'entreprise, thèse Lausanne 2004, p. 61), la faute, dont le degré doit être pris en considération pour fixer l'amende, reste définie comme le reproche d'avoir manqué aux exigences morales du bien que ses facultés psychiques lui permettent de remplir (Alain Macaluso, op. cit., p. 60 s. et les références). Dans cette mesure, en tant qu'elle suppose des qualités psychiques dont sont dépourvues les personnes morales, la faute au sens des art. 175 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci.
Cette conclusion rejoint l'opinion de la doctrine majoritaire qui considère que l'imputation d'une contravention objective à la personne morale est contraire au principe de la culpabilité qui s'applique largement en droit fiscal (cf. Henri Torrione, op. cit., p. 907 ss, p. 1024; Diane Monti, Les contraventions en droit fiscal harmonisé, Thèse Lausanne 2001, p. 197; Sandra H. Lütolf, Strafbarkeit der juristischen Person, Thèse Zurich 1997, p. 230 s.; Roman Sieber, op cit., n° 5 ad art. 181 LIFD; Pietro Sansonetti, Commentaire LIFD, Bâle 2008, n° 10 ad art. 181 LIFD; F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 6 ad art. 181 et les références citées par ces auteurs; contra: Blumenstein/Locher, System des Steuerrechts, Zurich 2002, p. 368 s. et les références citées, qui admettent toutefois qu'il s'agit d'une brèche dans le système du droit pénal, p. 370).
4.3 La notion de négligence de l'art. 175 LIFD est identique à celle de l'art. 12 CP (dans sa version applicable depuis le 1er janvier 2008; F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 49 ad art. 175 LIFD) ainsi qu'à celle de l'art. 18 CP (dans sa version applicable jusqu'au 31 décembre 2007, dont la portée est semblable à l'ancienne version: arrêt 6B_227/2007 du 5 octobre 2007, consid. 5): commet un crime ou un délit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 60 et 61 ad art. 175 LIFD et les références citées).
4.4 Selon l'art. 175 al. 2 LIFD, en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée. La fixation de l'amende infligée à la personne morale pour soustraction fiscale (art. 181 LIFD) doit par conséquent obéir aux critères qui sont applicables au degré de la faute des organes tandis que la situation économique dont il faut tenir compte est celle de la personne morale au profit de laquelle la soustraction a eu lieu et non pas celles de ses organes (cf. arrêt 2A.44/1992 du 30 septembre 1992 in Archives 62, p. 668 consid. 3a).
4.5 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a jugé qu'en versant les montants litigieux à des personnes physiques, juridiquement distinctes des sociétés cocontractantes avec lesquelles elle était en relation contractuelle, la recourante ne pouvait ignorer, avec la connaissance qu'elle avait du monde des affaires, avoir versé des commissions à des tiers et non effectué une rétrocession d'honoraires. Ce faisant, le Tribunal administratif a directement imputé une négligence à la recourante, sans examiner la culpabilité de ses organes, autrement dit, sans examiner les circonstances personnelles relatives aux organes de la recourante dont dépend la qualification d'imprévoyance coupable. Il est vrai que le Tribunal administratif a entendu Z._, directeur général de la recourante depuis 1962, sur les aspects techniques des versements litigieux, mais il ne s'est pas intéressé aux circonstances personnelles de ce dernier ou d'autres organes de la recourante qui permettent d'établir, le cas échéant, une négligence. Dans ces conditions, le Tribunal administratif n'a pas non plus tenu compte du degré de faute des organes de la recourante dans la fixation de l'amende.
En imputant une négligence directement à la recourante et en fixant l'amende indépendamment du degré de faute des organes de la recourante, le Tribunal administratif a violé les art. 175 et 181 LIFD.
5. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, à l'annulation de l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève en tant qu'il porte sur l'examen de la négligence et le montant de l'amende et au renvoi de l'affaire au Tribunal administratif pour nouvelle décision au sens des considérants (art. 107 al. 2 LTF).
Un émolument judiciaire est mis à la charge de l'Administration fiscale du canton de Genève, qui succombe et défend un intérêt patrimonial (art. 65 et 66 al. 2 LTF). L'Administration fiscale du canton de Genève versera une indemnité de partie à la recourante (art. 68 LTF).
6. D'après l'art. 129 al. 1 LTF, si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
Le dispositif adressé aux parties le 6 février 2009 (cf. ci-dessus lettre E) est contradictoire en ce qu'il admet le recours et accorde une indemnité de dépens à la recourante, mais la condamne au paiement des frais de procédure. Il entre également en contradiction avec les motifs de l'arrêt (cf. consid. 5 ci-dessus). Il doit par conséquent être rectifié d'office en ce sens que les frais de la procédure sont mis à la charge de l'Administration fiscale du canton de Genève.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 29 juillet 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé en tant qu'il porte sur l'examen de la négligence et le montant de l'amende.
2. L'affaire est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'Administration fiscale du canton de Genève.
4. Une indemnité de dépens de 3'500 fr. à charge de l'Administration fiscale du canton de Genève est allouée à la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale genevoise, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, à la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 4 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey

region: Federation

bge_label: critical


facts:
Faits:
A. Le 12 août 2009, le Juge d'instruction près le Tribunal de Grande Instance de Nancy a adressé à la Suisse une commission rogatoire dans le cadre d'une procédure pénale dirigée contre A._, pour trafic de stupéfiants. Une précédente demande d'entraide, qui visait notamment les comptes détenus en Suisse par A._, avait été retirée. Dans sa demande du 12 août 2009, le magistrat expliquait qu'il avait ordonné la mise en liberté de A._ moyennant le versement d'une moitié de la caution, fixée à 3 million d'euros. A._ avait demandé une réduction de ce montant, expliquant que ses actifs en Suisse se limitaient à 1,8 million d'euros, et étaient nantis en faveur d'une banque. Le Juge d'instruction désirait vérifier ces affirmations et savoir si A._ était titulaire d'autres comptes en Suisse ou dans d'autres pays.
Par ordonnance de clôture du 9 octobre 2009, après avoir procédé à la remise simplifiée de certains renseignements, le Juge d'instruction du canton de Genève a ordonné la transmission à l'autorité requérante d'une liste des comptes bancaires dont A._ pourrait être le titulaire ou l'ayant droit économique. Cette décision a fait l'objet de deux recours formés par A._ et par la société B._ auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral. Les recourants s'opposaient à la transmission de renseignements figurant dans la liste, relatifs à quatre comptes qu'ils détenaient aux Bahamas et à New York.
B. Par arrêt du 5 février 2010, la Cour des plaintes a admis les recours et annulé l'ordonnance de clôture. La transmission de renseignements dans le cadre d'une procédure de libération sous caution n'était prévue ni par la CEEJ, ni par les art. 48 ss de la Convention d'application de l'Accord de Schengen et 1 par. 2 let. b de l'Accord bilatéral complétant la CEEJ. Un tel mode d'entraide n'était a priori pas exclu au regard du droit interne (art. 63 al. 3 EIMP). Il contrevenait toutefois au principe de la proportionnalité: la documentation requise ne permettait pas de déterminer de manière certaine et définitive la situation économique du prévenu; l'autorité étrangère pouvait interroger ce dernier plutôt que d'agir par voie d'entraide. Si elle estimait les renseignements utiles dans le cadre de son enquête, l'autorité française pourrait renouveler la demande qu'elle avait précédemment retirée.
C. L'Office fédéral de la justice (OFJ) forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, dont il requiert l'annulation.
La Cour des plaintes s'en rapporte à l'appréciation du Tribunal fédéral sur la recevabilité du recours et se prononce dans le sens du rejet du recours. Le Juge d'instruction conclut à l'admission du recours. Les intimés A._ et B._ concluent au rejet du recours.

considerations:
Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé contre un arrêt rendu par le TPF en matière d'entraide pénale internationale, s'il a notamment pour objet la transmission de renseignements concernant le domaine secret (ce qui est le cas en l'occurrence), et s'il concerne un cas particulièrement important (art. 84 al. 1 LTF). Selon l'art. 84 al. 2 LTF, un cas est particulièrement important notamment lorsqu'il y a des raisons de penser que la procédure à l'étranger viole les principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves. En dehors de ces cas, le Tribunal fédéral peut aussi être amené à entrer en matière lorsqu'il s'agit d'une affaire de principe ou quand le TPF s'est écarté de la jurisprudence suivie jusque-là (ATF 133 IV 215 consid. 1.2 p. 218).
1.1 En l'occurrence, il n'est pas prétendu que la procédure à l'étranger présenterait des vices graves au sens de l'art. 84 al. 2 LTF. Toutefois, le recours de l'OFJ porte sur la question de savoir si, et à quelles conditions l'entraide judiciaire pénale peut être accordée lorsqu'elle est requise afin de déterminer le montant d'une caution, dans le cadre d'une procédure de mise en liberté provisoire. Il s'agit là d'une question de principe, ce qui justifie d'entrer en matière.
1.2 L'OFJ est chargé, en tant qu'autorité de surveillance, de veiller à une application correcte du droit fédéral. Il a, à ce titre, qualité pour agir en vertu des art. 25 al. 3 EIMP et 89 al. 2 let. a LTF (ATF 1C_454/2009 du 9 décembre 2009).
2. L'office recourant considère que l'énumération des cas d'entraide figurant à l'art. 63 de la loi fédérale sur l'entraide internationale en matière pénale (EIMP; RS 351.1) ne serait pas exhaustive. La fixation de la caution à fournir par un détenu ferait partie des procédures pénales pour lesquelles la collaboration devrait être accordée. La Cour des plaintes aurait dû trancher la question.
Selon la Cour des plaintes, l'entraide judiciaire ne pourrait être accordée dans un tel cas sur la base de la Convention européenne d'entraide judiciaire en matière pénale (CEEJ; RS 0.351.1), de son deuxième protocole additionnel (RS 0.351.12), et de la Convention d'application de l'Accord Schengen du 14 juin 1985 entrée en vigueur pour la Suisse le 12 décembre 2008 (CAAS; n° CELEX 42000A0922(02)). En revanche (bien qu'elle prétende dans sa réponse au recours avoir tranché la question par la négative), la Cour des plaintes a estimé que l'on ne pouvait a priori exclure l'octroi de l'entraide sur la base de l'art. 63 al. 3 EIMP, mais que la transmission par voie d'entraide de données bancaires à seule fin de fixer le montant d'une caution violait à plusieurs égards le principe de la proportionnalité. Les deux questions doivent être examinées successivement.
3. L'arrêt attaqué retient que l'entraide judiciaire ne peut être accordée sur la base de la CEEJ. L'art. 1 al. 2 CEEJ précise en effet expressément que la Convention ne s'applique pas "à l'exécution des décisions d'arrestation et des condamnations". L'accord conclu le 28 octobre 1996 entre la France et la Suisse en vue de compléter la CEEJ (RS 0.351.934.92) étend le champ d'application de la CEEJ aux affaires concernant le sursis à l'exécution d'une peine ou d'une mesure, la libération conditionnelle, le renvoi ou l'interruption de l'exécution d'une peine ou d'une mesure, ainsi que les procédures de grâce ou d'indemnisation pour détention injustifiée (art. I al. 2). Il s'agit de questions relevant exclusivement de l'exécution des condamnations; l'accord ne s'applique pas aux mesures prises antérieurement, en particulier au stade de la détention préventive. Quant à l'art. 49 CAAS, qui vient également compléter et étendre le champ d'application de la CEEJ (cf. art. 48 CAAS), il ne va pas plus loin que l'accord sur ce point. L'OFJ ne conteste d'ailleurs pas que l'entraide judiciaire ne peut pas être accordée sur la base du droit conventionnel pour les besoins d'une procédure relative à la seule détention préventive.
3. L'arrêt attaqué retient que l'entraide judiciaire ne peut être accordée sur la base de la CEEJ. L'art. 1 al. 2 CEEJ précise en effet expressément que la Convention ne s'applique pas "à l'exécution des décisions d'arrestation et des condamnations". L'accord conclu le 28 octobre 1996 entre la France et la Suisse en vue de compléter la CEEJ (RS 0.351.934.92) étend le champ d'application de la CEEJ aux affaires concernant le sursis à l'exécution d'une peine ou d'une mesure, la libération conditionnelle, le renvoi ou l'interruption de l'exécution d'une peine ou d'une mesure, ainsi que les procédures de grâce ou d'indemnisation pour détention injustifiée (art. I al. 2). Il s'agit de questions relevant exclusivement de l'exécution des condamnations; l'accord ne s'applique pas aux mesures prises antérieurement, en particulier au stade de la détention préventive. Quant à l'art. 49 CAAS, qui vient également compléter et étendre le champ d'application de la CEEJ (cf. art. 48 CAAS), il ne va pas plus loin que l'accord sur ce point. L'OFJ ne conteste d'ailleurs pas que l'entraide judiciaire ne peut pas être accordée sur la base du droit conventionnel pour les besoins d'une procédure relative à la seule détention préventive.
3.1 Si le droit conventionnel ne prévoit pas expressément un certain mode de collaboration, cela n'empêche pas la Suisse de l'accorder en vertu des dispositions de son droit interne, soit de l'EIMP. La jurisprudence constante permet en effet l'application du droit interne lorsque celui-ci apparaît plus favorable à la coopération que le droit conventionnel (ATF 123 II 134 consid. 1a p. 136; 122 II 140 consid. 2 p. 142; 120 Ib 120 consid. 1a p. 122/123, 189 consid. 2a p. 191/192; 118 Ib 269 consid. 1a p. 271, et les arrêts cités).
3.2 Selon l'art. 1 al. 1 let. b EIMP, la loi règle toutes les procédures relatives à la coopération internationale en matière pénale, soit notamment l'entraide "en faveur d'une procédure pénale étrangère" ("zur Unterstützung eines Strafverfahrens im Ausland"). Cette matière est régie à la troisième partie de la loi (art. 63 ss). Selon l'art. 63 al. 1 EIMP, l'entraide comprend la communication de renseignements "lorsqu'ils paraissent nécessaires à la procédure menée à l'étranger et liée à une cause pénale" ("... für ein Verfahren in strafrechtlichen Angelegenheiten im Ausland ..."). Selon l'art. 63 al. 3 EIMP, par procédure liée à une cause pénale, il faut entendre notamment la poursuite d'infractions (let. a), les mesures administratives à l'égard de l'auteur d'une infraction (let. b), l'exécution de jugements pénaux et la grâce (let. c) ainsi que la réparation pour détention injustifiée (let. d).
3.3 La formulation de l'art. 63 al. 1 EIMP et le caractère exemplatif de l'art. 63 al. 3 EIMP font clairement ressortir que la notion de procédure "liée à une cause pénale" doit être comprise dans un sens élargi. La jurisprudence considère ainsi qu'il n'est pas nécessaire qu'une inculpation ou une mise en accusation formelle ait été prononcée; une enquête préliminaire suffit, pour autant qu'elle puisse aboutir au renvoi d'accusés devant un tribunal compétent pour réprimer les infractions à raison desquelles l'entraide est demandée (ATF 123 II 161 consid. 3a p. 165; 118 Ib 457 consid. 4b p. 460; 116 Ib 452 consid. 3a p. 460/461, et les arrêts cités). La collaboration judiciaire de la Suisse a ainsi pu être accordée pour des enquêtes menées par des autorités administratives, dans la mesure où celles-ci constituaient le préalable à la saisine des autorités judiciaires compétentes pour procéder à une mise en accusation (ATF 109 Ib 50 consid. 3 concernant la Securities and Exchange Commission) et pouvaient aboutir au renvoi devant un juge pénal (ATF 121 II 153). L'entraide est aussi accordée pour des procédures préliminaires, lorsque l'Etat requérant déclare d'emblée et clairement qu'il a la volonté d'ouvrir une procédure pénale (ATF 113 Ib 257 consid. 5 p. 271). Les renseignements transmis par la Suisse peuvent également servir à des procédures connexes à la procédure pénale, par exemple une procédure civile destinée à indemniser la victime de l'infraction (ATF 122 II 134 consid. 7 p. 136) ou à confisquer civilement le produit de l'infraction (ATF 132 II 178), une enquête menée par une commission parlementaire (ATF 126 II 316 consid. 4 p. 322), voire une procédure administrative destinée à résoudre une question préjudicielle décisive pour le procès pénal (ATF 128 II 305).
3.4 La détention préventive est incontestablement une mesure de caractère pénal. Elle n'est d'ailleurs ordonnée qu'en relation avec une compétence répressive dans l'Etat requérant (cf. ATF 132 II 178 consid. 5 p. 186), et en présence de raisons plausibles de soupçonner la commission d'une infraction. Elle tend notamment à garantir la présence du prévenu aux actes d'instruction (cf. notamment l'art. 5 par. 1 let. c CEDH). En ce sens, elle tend à assurer le bon déroulement de l'instruction pénale dont elle constitue un aspect indissociable. Une détention injustifiée ou disproportionnée constitue par ailleurs un vice qui entache la procédure dans son ensemble et peut également, sous cet angle, avoir des incidences sur le fond de la cause.
Il y a donc lieu de considérer la procédure relative à la détention préventive comme une cause de caractère pénal et judiciaire permettant l'octroi de l'entraide au sens de l'art. 63 EIMP.
4. L'OFJ relève ensuite que la question de savoir si les renseignements requis sont utiles à la procédure étrangère, doit être laissée à l'appréciation de l'autorité requérante. Dans la perspective de la fixation de la caution, les renseignements transmis présenteraient en tout cas une utilité potentielle.
4.1 En vertu du principe de la proportionnalité, l'entraide ne peut être accordée que dans la mesure nécessaire à la découverte de la vérité recherchée par les autorités pénales de l'Etat requérant. La question de savoir si les renseignements demandés sont nécessaires ou simplement utiles à la procédure pénale est en principe laissée à l'appréciation des autorités de poursuite. La coopération internationale ne peut être refusée que si les actes requis sont manifestement sans rapport avec l'infraction poursuivie et impropres à faire progresser l'enquête, de sorte que la demande apparaît comme le prétexte à une recherche indéterminée de moyens de preuve (ATF 122 II 367 consid. 2c p. 371; 121 II 241 consid. 3a p. 242/243). Le principe de la proportionnalité empêche aussi l'autorité suisse d'aller au-delà des requêtes qui lui sont adressées et d'accorder à l'Etat requérant plus qu'il n'a demandé (ATF 121 II 241 consid. 3a p. 243). Cela n'empêche pas d'interpréter la demande selon le sens que l'on peut raisonnablement lui donner. Le cas échéant, une interprétation large est admissible s'il est établi que toutes les conditions à l'octroi de l'entraide sont remplies. Ce mode de procéder évite aussi une éventuelle demande complémentaire (ATF 121 II 241 consid. 3a p. 243).
4.2 La demande d'entraide, du 12 août 2009, expose qu'une procédure pénale est actuellement ouverte contre A._, son chauffeur et le fils de celui-ci, pour trafic de stupéfiants et blanchiment d'argent. A._ était détenu depuis le 26 janvier 2009. Le Juge d'instruction avait ordonné sa mise en liberté moyennant le versement d'une caution de 1,5 million d'euros. Cette somme n'avait pas été versée et le détenu avait déposé une demande de modification du montant de la caution. Selon les indications fournies par son avocat en Suisse, ses actifs s'élevaient à 1,8 million d'euros, et étaient nantis en faveur d'une banque, en garantie de crédits. Le Juge français demande confirmation de ces affirmations. Le cas échéant, il demande que soient précisés le ou les comptes bancaires concernés par le nantissement. Il désire aussi savoir si les autorités suisses sont en possession de l'ensemble des comptes dont A._ est le bénéficiaire économique, et si ce dernier serait titulaire d'autres comptes en Suisse ou à l'étranger.
4.3 Dans la perspective de la fixation d'une caution, la demande du magistrat étranger apparaît proportionnée. En effet, lorsqu'une libération sous caution est envisagée (art. 5 par. 3 in fine CEDH), le montant de la caution doit être déterminé avec soin: il doit être suffisamment élevé pour dissuader l'intéressé de prendre la fuite, mais ne doit pas apparaître prohibitif. L'autorité compétente doit ainsi tenir compte de l'ensemble des circonstances, de la situation financière et des relations du prévenu, ainsi que, le cas échéant, des montants en rapport avec les infractions poursuivies (cf. notamment CourEDH, arrêt du 25 avril 2000 dans la cause Punzelt contre République Tchèque, § 85 ss).
4.4 La Cour des plaintes a estimé qu'il était douteux que les informations bancaires requises soient propres à établir de façon certaine la situation économique de l'intéressé. Elle méconnaît ainsi que l'entraide judiciaire est régie par le principe de l'utilité potentielle et que seuls les documents n'ayant manifestement aucune utilité pour l'autorité étrangère ne doivent pas être transmis (ATF 122 II 367 consid. 2c p. 371). L'entraide doit en revanche être accordée lorsque les renseignements requis sont susceptibles d'apporter des éclaircissements propres à faire progresser l'enquête en cours. Il n'est en revanche pas nécessaire que ces renseignements apportent des réponses exhaustives et définitives aux questions soulevées.
En l'occurrence, les renseignements bancaires paraissent propres à confirmer ou à infirmer une partie au moins des affirmations du prévenu à propos des avoirs dont il peut disposer. Sous l'angle de la proportionnalité, il est indifférent que l'autorité requérante puisse se procurer d'une autre manière les renseignements qu'elle demande par voie d'entraide. L'autorité suisse requise n'a pas en effet à se prononcer sur la manière dont la cause est instruite à l'étranger. Contrairement à ce que retient la Cour des plaintes, l'autorité étrangère qui désire connaître la situation financière du prévenu pour fixer le montant de sa caution, ne saurait se satisfaire des seules explications du prévenu ou des pièces que celui-ci serait invité à produire, en particulier lorsqu'il se trouve soupçonné d'actes de blanchiment d'argent. Le fait qu'une précédente demande d'entraide ait été retirée par l'autorité requérante n'a pas non plus d'incidence puisque la nouvelle demande est formée dans un contexte distinct et porte sur une documentation réduite.
La décision de clôture ne porte que sur une liste de comptes dont A._ "pourrait être" le titulaire ou l'ayant droit économique. Cette liste, établie sur la base des éléments de l'enquête nationale et des pièces d'exécution des précédentes commissions rogatoires, se limite à l'énoncé des comptes et des établissements concernés, à l'identité des titulaires, ainsi qu'aux dates d'ouverture et le cas échéant de clôture. Il n'est fait aucune mention des montants déposés, et les extraits de comptes n'ont pas été produits. Le principe de la proportionnalité est dès lors respecté, de ce point de vue également. Les intimés n'ont d'ailleurs soulevé aucun grief à ce sujet dans leur recours à la Cour des plaintes.
5. Sur le vu de ce qui précède, c'est à tort que l'entraide judiciaire a été refusée par la Cour des plaintes. Le recours doit donc être admis. Selon l'art. 107 al. 2 LTF, dans un tel cas, le Tribunal fédéral peut soit statuer lui-même, soit renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. En l'occurrence, il apparaît que les arguments soumis à la Cour des plaintes doivent tous être écartés, de sorte que les recours formés devant cette autorité doivent être rejetés. La cause est renvoyée à la Cour des plaintes pour nouvelle décision sur les frais et dépens. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires pour la procédure devant le Tribunal fédéral sont mis à la charge solidaire des intimés, qui succombent. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé. Les recours formés devant la Cour des plaintes par A._ et B._ sont rejetés et la décision de clôture rendue le 9 octobre 2009 est confirmée. La cause est renvoyée à la Cour des plaintes pour nouvelle décision sur les frais et dépens.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge solidaire des intimés A._ et B._.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 12 avril 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz


facts:
Sachverhalt:
A. Auf Gesuch der Interprofession du Gruyère trug das Bundesamt für Landwirtschaft mit Verfügung vom 6. Juli 2001 die Bezeichnung "Gruyère" als geschützte Ursprungsbezeichnung im Register gemäss Art. 13 der Verordnung vom 28. Mai 1997 über den Schutz der Ursprungsbezeichnungen und geographischen Angaben für landwirtschaftliche Erzeugnisse und verarbeitete landwirtschaftliche Erzeugnisse (GUB/GGA-Verordnung; SR 910.12) ein. Die Interkantonale Zertifizierungsstelle (Organisme intercantonal de certification, OIC) erteilte A.X._ und B.X._, welche Inhaber der Käserei R._ sind, am 2. Mai 2002 das Zulassungszertifikat für Gruyère, befristet bis zum 30. April 2004. Dies hatte unter anderem zur Folge, dass die Interprofession du Gruyère ihnen, unter Aufsicht der Zertifizierungsstelle, Kaseinmarken als Identitätsmarken abgab, die auf den zertifizierten Käsen angebracht werden.
B. A.X._ und B.X._ sowie die Milchverwertungsgenossenschaft R._ stellten am 16. Juli 2004 beim Kantonalen Laboratorium Bern den Antrag, es sei festzustellen, dass sie für den in der Käserei R._ aus den täglich einmal eingelieferten Milchen hergestellten Gruyèrekäse die Bezeichnung "Gruyère AOC" oder "Gruyère" bzw. "Greyerzer" verwenden dürfen. Das Kantonale Laboratorium verfügte am 7. Dezember 2004, dass die Käserei bis Ende Juli 2005 im Besitz des Zertifikats der zuständigen Zertifizierungsstelle zur Verwendung der eingetragenen Ursprungsbezeichnung sein müsse und dass ab Ende Juli 2005 nur noch Gruyère abgegeben werden dürfe, der die Voraussetzungen von Art. 18 und 40 des Pflichtenheftes für Greyerzerherstellung erfülle. Unter anderem ist dafür vorgeschrieben, dass die verwendete Milch zweimal pro Tag eingeliefert wird unter Vorbehalt des einmaligen Milchbezugs pro Tag bei Erfüllung bestimmter Voraussetzungen. Das Kantonale Laboratorium bestätigte seine Verfügung mit Einspracheentscheid vom 4. Januar 2005. Am 24. November 2005 wies die Gesundheits- und Fürsorgedirektion des Kantons Bern eine gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde ab, soweit sie darauf eintrat.
C. A.X._ und B.X._ sowie die Milchverwertungsgenossenschaft R._ gelangten am 27. Dezember 2005 mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern.
Mit Verfügung vom 30. März 2006 hiess der Instruktionsrichter der verwaltungsrechtlichen Abteilung des Verwaltungsgerichts das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen gut und verpflichtete die Interprofession du Gruyère, für die Dauer des Beschwerdeverfahrens vor dem Verwaltungsgericht weiterhin Identitätsmarken (Kaseinmarken) an A.X._ und B.X._ abzugeben. Mit Urteil vom 10. Juli 2006 wies das Bundesgericht eine von der Interprofession du Gruyère erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 2A.223/2006). Im Übrigen verzichtete die Interprofession du Gruyère auf eine Beteiligung am Beschwerdeverfahren in der Sache selbst.
Mit Zwischenentscheid vom 3. Juli 2007 bezeichnete das Verwaltungsgericht des Kantons Bern den bei ihm hängigen Rechtsstreit als solchen von vorab lebensmittelrechtlicher Natur und bejahte gestützt darauf seine Zuständigkeit. Dieser Entscheid blieb unangefochten. Am 20. November 2007 fällte das Verwaltungsgericht des Kantons Bern in der Sache im Wesentlichen das folgende Urteil:
"Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid der Gesundheits- und Fürsorgedirektion des Kantons Bern vom 24. November 2005 wird aufgehoben. Es wird festgestellt, dass die Mitglieder der Milchverwertungsgesellschaft R._ ihre Milch zwecks Produktion von Greyerzerkäse einmal täglich in die Käserei R._ einliefern dürfen. Es wird angeordnet, dass die Käserei R._ bis drei Monate nach Rechtskraft des vorliegenden Urteils im Besitz des Zertifikats der zuständigen Zertifizierungsstelle zur Verwendung der eingetragenen Ursprungsbezeichnung sein muss. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist."
D. Mit als Verwaltungsbeschwerde bezeichneter Eingabe vom 7. Januar 2008 an das Bundesverwaltungsgericht beantragt das Bundesamt für Landwirtschaft, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern in den wesentlichen Teilen aufzuheben; gleichzeitig sei festzustellen, dass A.X._ und B.X._ die in der Käserei R._ hergestellten Käselaibe aus Milch, die einmal täglich geliefert wird, nicht als Gruyère bezeichnen dürfen, solange dies nicht von der zuständigen Zertifizierungsstelle erlaubt sei; überdies sei festzustellen, dass A.X._ und B.X._ die in der Käserei R._ hergestellten Käselaibe nicht als Gruyère bezeichnen dürfen, solange sie von der zuständigen Zertifizierungsstelle nicht zertifiziert sei. In formeller Hinsicht wird ersucht, den Meinungsaustausch mit dem Bundesgericht einzuleiten, falls das Bundesverwaltungsgericht zum Schluss gelangen sollte, das Bundesgericht sei zuständig.
Mit Schreiben vom 13. März 2008 überwies das Bundesverwaltungsgericht die Eingabe des Bundesamts für Landwirtschaft an das Bundesgericht bzw. eröffnete mit diesem den Meinungsaustausch über die Zuständigkeit. Am 18. März 2008 teilte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts dem Bundesverwaltungsgericht mit, das Bundesgericht werde gestützt auf die erfolgte Überweisung der Angelegenheit ein förmliches Beschwerdeverfahren eröffnen.
E. A.X._ und B.X._ sowie die Käserei R._ stellen Antrag, auf die als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zu behandelnde Eingabe sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
Die Gesundheits- und Fürsorgedirektion des Kantons Bern hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern erachtet das Bundesverwaltungsgericht als unzuständig und gleichzeitig die Überweisung der Angelegenheit vom Bundesverwaltungsgericht an das Bundesgericht als ausgeschlossen; ausgehend davon, dass das Bundesamt an die falsche Instanz gelangt sei, schliesst es auf Nichteintreten auf die Beschwerde. Ergänzend hat es sich nochmals zu einzelnen materiellen Gesichtspunkten geäussert.

considerations:
Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen und mit freier Kognition die Zulässigkeit der ihm unterbreiteten Beschwerden (BGE 133 III 439 E. 2; 132 III 747 E. 4 S. 748).
1.2 Nach Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Gemäss Art. 83 lit. s BGG ist die Beschwerde unzulässig gegen Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend die Milchkontingentierung oder die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters. Die Regelung des Schutzes von Ursprungsbezeichnungen gehört zum öffentlichen Recht (Urteil des Bundesgerichts 2A.515/2006 vom 1. Februar 2007, E. 1.2) und fällt nicht unter die Ausnahmen von Art. 83 lit. s BGG.
1.3 Gemäss Art. 86 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde insbesondere zulässig gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts (lit. a) oder letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist (lit. d).
1.3.1 Der angefochtene Entscheid wurde vom Verwaltungsgericht des Kantons Bern getroffen und enthält als Rechtsmittelbelehrung den Hinweis, es stehe die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Dabei nimmt das Verwaltungsgericht des Kantons Bern an, es handle sich um einen schwergewichtig lebensmittelrechtlichen Streit. Das beschwerdeführende Bundesamt ist demgegenüber der Ansicht, das Urteil des bernischen Verwaltungsgerichts sei beim Bundesverwaltungsgericht anzufechten, weshalb es seine Beschwerdeschrift bei diesem eingereicht hat. Im Unterschied zum bernischen Verwaltungsgericht geht das Bundesamt von einer landwirtschaftsrechtlichen Angelegenheit aus.
1.3.2 Gemäss Art. 53 des Bundesgesetzes vom 9. Oktober 1992 über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände (Lebensmittelgesetz, LMG; SR 817.0) regeln die Kantone das Einsprache- und Beschwerdeverfahren nach kantonalem Recht im Rahmen des Lebensmittelgesetzes, wobei sie eine Beschwerdeinstanz einsetzen, die Verfügungen nach dem Lebensmittelgesetz überprüfen kann. Nach Art. 54 LMG richten sich das Einsprache- und Beschwerdeverfahren nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege. Diese Regelung schliesst die Zuständigkeit des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich des Lebensmittelrechts grundsätzlich aus, da gemäss Art. 32 Abs. 2 lit. b VGG die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht unzulässig ist gegen Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
1.3.3 Nach Art. 33 lit. i VGG ist die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig gegen Verfügungen kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz dies vorsieht. Gemäss Art. 166 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG; SR 910.1) kann beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde erhoben werden gegen Verfügungen der Bundesämter, Departemente und letzter kantonaler Instanzen in Anwendung des Landwirtschaftsgesetzes und seiner Ausführungsbestimmungen mit Ausnahme von kantonalen Verfügungen über Strukturverbesserungen, die mit Beiträgen unterstützt werden. Die GUB/GGA-Verordnung stützt sich auf das Landwirtschaftsgesetz. Verfügungen, die in Anwendung dieser Verordnung ergehen, fallen nicht unter die Ausnahmetatbestände von Art. 166 Abs. 2 LwG. Nach Art. 21 Abs. 2 und 3 der Verordnung vollziehen die Organe der kantonalen Lebensmittelkontrolle den 3. Abschnitt über den Schutz der geschützten Bezeichnungen, d.h. Art. 16-17a GUB/GGA-Verordnung, gemäss der Lebensmittelgesetzgebung, wobei sie dem Bundesamt, den Zertifizierungsstellen und den Gruppierungen die festgestellten Unregelmässigkeiten melden (sog. Sanktionsverfahren).
1.3.4 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist das Bundesverwaltungsgericht mangels abweichender Regelung gemäss Art. 166 Abs. 2 LwG sachlich zuständig, wenn ein Hersteller eines mit einer geschützten Ursprungsbezeichnung versehenen Lebensmittels einen Entscheid einer kantonalen Behörde anficht, der sich auf die im 3. Abschnitt der GUB/GGA-Verordnung enthaltene Regelung bezieht, auch wenn insoweit der Vollzug den Organen der kantonalen Lebensmittelkontrolle übertragen wurde; daran ändert nichts, dass auch hygienische Gesichtspunkte eine Rolle spielen können (Urteil des Bundesgerichts 2A.515/2006 vom 1. Februar 2007, E. 3, in sic! 6/2007 S. 455).
1.3.5 Das Bundesamt für Landwirtschaft reichte die Beschwerde zwar beim Bundesverwaltungsgericht ein, beantragte diesem aber subsidiär, den Meinungsaustausch mit dem Bundesgericht einzuleiten, falls es zum Schluss gelangen sollte, nicht zuständig zu sein. Das Bundesverwaltungsgericht hat dies denn auch getan, und das Bundesgericht hat die Beschwerde übernommen. Im Übrigen war dieser Rechtsmittelweg bereits seit dem Zwischenentscheid des bernischen Verwaltungsgerichts vom 3. Juli 2007 über dessen Zuständigkeit vorgezeichnet. Auch das Bundesamt, dem der Entscheid eröffnet worden war, focht diesen nicht an. Wegen dieser besonderen prozessualen Ausgangslage ist auf die Beschwerde einzutreten, obwohl aufgrund der Sachlage und des Erkenntnisses des angefochtenen Entscheides an sich davon auszugehen ist, dass inhaltlich landwirtschafts- und nicht lebensmittelrechtliche Fragen im Vordergrund stehen. Für das vorliegende Verfahren bedeutet dies, dass der zu beurteilende Streitgegenstand durch den Rahmen des Sanktionsverfahrens und des Lebensmittelrechts definiert wird. In Zukunft werden die beteiligten Behörden freilich solche Fälle gemäss der erwähnten bundesgerichtlichen Rechtsprechung im landwirtschaftsrechtlichen Verfahren zu behandeln haben. Auch das Bundesgericht selbst wird sich künftig daran halten.
2. 2.1 Nach Art. 14 Abs. 1 lit. d LwG kann der Bundesrat im Interesse der Glaubwürdigkeit und zur Förderung von Qualität und Absatz Vorschriften über die Kennzeichnung von landwirtschaftlichen Erzeugnissen und deren Verarbeitungsprodukten erlassen, die sich unter anderem aufgrund ihrer Herkunft auszeichnen. Er schafft ein Register für Ursprungsbezeichnungen und regelt dazu die Eintragungsberechtigung, die Voraussetzungen für die Registrierung, insbesondere die Anforderungen an das Pflichtenheft, das Einsprache- und Registrierungsverfahren sowie die Kontrolle (vgl. Art. 16 LwG). Er erlässt die dafür erforderlichen Ausführungsbestimmungen (vgl. Art. 177 Abs. 1 LwG). Die GUB/GGA-Verordnung stützt sich auf diese Bestimmungen des Landwirtschaftsgesetzes (dazu J. DAVID MEISSER/DAVID ASCHMANN, Herkunftsangaben und andere geographische Bezeichnungen, in: Roland von Büren/Lucas David [Hrsg.], Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, Bd. III/2, 2. Aufl., Basel/Genf/München 2005, S. 295 ff.).
Geschützte Ursprungsbezeichnungen beruhen auf einer entsprechenden Eintragung beim Bundesamt für Landwirtschaft, deren Voraussetzungen in einem spezifischen Pflichtenheft definiert werden (vgl. Art. 5 ff. GUB/GGA-Verordnung). Sie können grundsätzlich von jeder Person verwendet werden, die landwirtschaftliche Erzeugnisse oder verarbeitete landwirtschaftliche Erzeugnisse vermarktet, welche dem betreffenden Pflichtenheft entsprechen (Art. 1 Abs. 2 GUB/GGA-Verordnung). Gemäss Art. 16 ff. GUB/GGA-Verordnung darf unter anderem der Vermerk "geschützte Ursprungsbezeichnung" nicht für landwirtschaftliche Produkte und verarbeitete landwirtschaftliche Erzeugnisse benützt werden, deren Bezeichnung nicht vorschriftsgemäss eingetragen wurde; zudem ist die kommerzielle Verwendung einer geschützten Bezeichnung für vergleichbare Erzeugnisse verboten, die das Pflichtenheft nicht erfüllen (vgl. insbes. Art. 17 Abs. 1 lit. a und Art. 17a GUB/GGA-Verordnung). Wer eine eingetragene Ursprungsbezeichnung verwendet, muss eine der im Pflichtenheft aufgeführten Zertifizierungsstellen mit der Kontrolle der Erzeugung, Verarbeitung oder Veredelung des fraglichen Produktes betreuen (Art. 18 GUB/GGA-Verordnung).
2.2 Am Ursprung des vorliegenden Falles standen mehrere Taxationsmeldungen des Kantonalen Laboratoriums Bern, die offenbar Fragen nach der zulässigen Bezeichnung der Produkte der Beschwerdegegner aufwarfen. Auf Gesuch derselben hin traf das Laboratorium eine Feststellungsverfügung, worin es unter anderem festhielt, die Beschwerdegegner müssten zur weiteren Verwendung der eingetragenen Ursprungsbezeichnung für Gruyère bis Ende Juli 2005 im Besitz des entsprechenden Zertifikats sein; ab diesem Zeitpunkt dürfe nur noch Gruyère abgegeben werden, der Art. 18 und 40 des entsprechenden Pflichtenheftes erfülle. Während Art. 40 des Pflichtenheftes vor allem unter Qualitätsgesichtspunkten die Taxationskriterien umschreibt, was vorliegend nicht Streitgegenstand bildet, lautet Art. 18, dessen Tragweite hier vor allem strittig ist, wie folgt:
"Art. 18 Lieferung
1 Die Milch muss zweimal im Tag an die Käserei geliefert werden, und zwar sofort nach dem Melken, zu den von der Käserei und der Produzentenorganisation vereinbarten Zeiten.
2 Eine einmalige Lieferung pro Tag wird ausnahmsweise bei Genossenschaften erlaubt, die:
a) schon vor dem 22. Januar 1998 nur einmal im Tag lieferten;
b) regelmässig qualitativ guten Gruyère herstellen;
c) Milch guter Qualität produzieren;
d) die Milch nicht während mehr als 11⁄2 Stunden transportieren, und
e) sie bei einer Temperatur von 12 bis 18° C lagern.
3 Die betreffenden Genossenschaften dürfen auf keinen Fall andere Milch nur einmal im Tag einsammeln.
4 Diese Regeln gelten analog für einzelne Produzenten."
2.3 In der Sache geht es im Wesentlichen darum, ob die Voraussetzungen von Art. 18 des Pflichtenheftes erfüllt sind, namentlich ob die Beschwerdegegner die erforderliche Qualität angesichts der Umstände der Milchsammlung in der fraglichen Käserei gewährleisten bzw. ob sie weiterhin von der Ausnahme von der Pflicht zur täglich zweimaligen Milchlieferung profitieren können. Bezeichnend ist insoweit die Formulierung des Dispositivs im angefochtenen Entscheid des bernischen Verwaltungsgerichts.
3. 3.1 Das beschwerdeführende Bundesamt ist der Auffassung, die Vorinstanz habe die Verhältnismässigkeit der Regelung im Pflichtenheft nicht vorfrageweise überprüfen dürfen. Es handle sich um eine direkt umsetzbare Allgemeinverfügung, über deren Rechtmässigkeit im Einspracheverfahren endgültig entschieden worden sei. Darauf könne nun nicht mehr im Einzelfall zurückgekommen werden.
3.2 Es erscheint fraglich, ob es sich beim Pflichtenheft um eine Allgemeinverfügung handelt. Allgemeinverfügungen sind Anordnungen, die einen Einzelfall regeln, sich dabei aber an eine individuell nicht bestimmte Vielzahl von Adressaten richten (PIERRE TSCHANNEN/ULRICH ZIMMERLI, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Aufl., Bern 2005, § 28 Rz. 49). Sie kennzeichnen sich mithin durch ihre direkte Anwendbarkeit für eine mögliche Mehrheit von Betroffenen aufgrund einer genügend konkreten Tatbestandserfassung, ohne dass es eines weiteren umsetzenden Hoheitsaktes bedarf. Diese Voraussetzungen sind hier nicht erfüllt. Der Umstand, dass die Verwendung einer geschützten Ursprungsbezeichnung eine Zertifizierung voraussetzt, belegt deren Abstraktheit. Die Zertifizierungsstelle kontrolliert die Erzeugung, Verarbeitung oder Veredelung des fraglichen Produkts (vgl. Art. 18 Abs. 1 GUB/GGA-Verordnung). Das Pflichtenheft bestimmt in allgemeiner Weise, was bei der Käseherstellung erlaubt oder verboten ist (vgl. STÉPHANE BOISSEAUX/DOMINIQUE BARJOLLE, Geschützte Ursprungsbezeichnungen bei Lebensmitteln, Bern/Stuttgart/Wien 2006, S. 31), und bedarf in diesem Sinne der Umsetzung durch einen Zertifizierungsentscheid. Daran ändert nichts, wenn dieser, wie hier, einer privaten Organisation übertragen wird.
Das Pflichtenheft hat demnach eher den Gehalt einer generell-abstrakten Regelung, die der Umsetzung im Einzelfall bedarf. Damit kann es, grundsätzlich gleich wie Verordnungen, vorfrageweise und unabhängig vom Ergebnis des Einspracheverfahrens, auf seine Gesetz- und Verfassungsmässigkeit hin überprüft werden. Dem Einspracheverfahren kommt damit eine vergleichbare Tragweite zu wie der abstrakten Normenkontrolle bei der Überprüfung eines Erlasses.
3.3 Selbst wenn angenommen würde, es handle sich beim Pflichtenheft um eine Allgemeinverfügung, schlösse dies deren vorfrageweise Überprüfung auf Verfassungsmässigkeit nicht aus. Gemäss der Rechtsprechung ist die vorfrageweise Kontrolle der Rechtmässigkeit von Allgemeinverfügungen im Anwendungsfall zulässig, wenn der Kreis der Adressaten offen ist und diese durch die Anordnung der Allgemeinverfügung nur virtuell betroffen werden (BGE 125 I 313 E. 2b S. 317). Als typisches Beispiel gelten Verkehrszeichen (vgl. TSCHANNEN/ ZIMMERLI, a.a.O., § 28 Rz. 50), bei denen eine inzidente Überprüfung als zulässig erachtet wird, wenn dadurch die Verkehrssicherheit nicht leidet (vgl. die Erwägungen und Hinweise im Urteil des Bundesgerichts 6P.47/2002 vom 29. Mai 2002, E. 4.2). Analoges muss generell bei Allgemeinverfügungen gelten, solange die Rechtssicherheit nicht in Frage gestellt wird. Das fragliche Pflichtenheft für die geschützte Ursprungsbezeichnung von Greyerzerkäse richtet sich zwar nur an die Produzenten von solchem Käse; deren Kreis ist aber offen, da sich im betreffenden Produktionsgebiet grundsätzlich jeder Käsehersteller dem Pflichtenheft unterstellen kann. Ausserdem leidet die Rechtssicherheit nicht unter einer vorfrageweisen Überprüfung des Pflichtenheftes.
3.4 Sodann braucht es nicht widersprüchlich zu sein, das Pflichtenheft nicht abstrakt im Einspracheverfahren anzufechten, sondern dessen Rechtmässigkeit erst nachträglich in Frage zu stellen. Nicht anders als bei der Normenkontrolle kann die entsprechende Einsicht erst nachträglich reifen. Ohnehin muss es Neueinsteigern, die an der Erstellung des Pflichtenheftes noch nicht beteiligt waren bzw. dannzumal keine Gelegenheit hatten, sich gegen dessen Inhalt zur Wehr zu setzen, möglich bleiben, diesen auf Gesetz- und Verfassungsmässigkeit überprüfen zu lassen. Im Übrigen folgen die abstrakte und die konkrete Kontrolle von Rechtsregeln nicht zwingend immer den genau gleichen Grundsätzen. Schliesslich findet sich in diesem Sinne auch im Schrifttum die Auffassung, die Rechtmässigkeit des Pflichtenheftes müsse im Rahmen eines allfälligen Sanktionsverfahrens vorfrageweise überprüft werden können (SIMON HOLZER, Geschützte Ursprungsbezeichnungen [GUB] und geschützte geographische Angaben [GGA] landwirtschaftlicher Erzeugnisse, Bern 2005, S. 316 und S. 335).
3.5 Die Vorinstanz durfte demnach das fragliche Pflichtenheft vorfrageweise auf dessen Verfassungsmässigkeit überprüfen.
4. 4.1 Die Vorinstanz ging davon aus, dass der Ausnahmetatbestand von Art. 18 Abs. 2 des Pflichtenheftes vorab der Bevorzugung von bisherigen Produzenten von Greyerzerkäse diene und sich kaum lebensmittelrechtlich bzw. mit hygienischen Argumenten begründen lasse. Das beschwerdeführende Bundesamt wendet dagegen ein, die Qualitätsanforderungen eines landwirtschaftlichen Produkts mit geschützter Ursprungsbezeichnung gingen über die lebensmittelrechtlichen Mindestanforderungen hinaus, weshalb eine allfällige Prüfung der Verhältnismässigkeit der Voraussetzungen des Pflichtenheftes, soweit dies überhaupt zulässig sei, nach diesem erhöhten Qualitätsmassstab zu erfolgen habe.
4.2 Art. 18 Abs. 1 des Pflichtenheftes schreibt grundsätzlich vor, dass die Milch zur Herstellung von Greyerzerkäse mit geschützter Ursprungsbezeichnung zwei Mal am Tag einzuliefern ist. Die einmalige tägliche Milchlieferung wird nach Art. 18 Abs. 2 des Pflichtenheftes ausnahmsweise bei jenen Herstellern erlaubt, die nebst der Erfüllung weiterer Voraussetzungen schon vor dem 22. Januar 1998 nur einmal am Tag lieferten. Dieser Ausnahmetatbestand ist nicht als Übergangsregelung formuliert, sondern auf Dauer ausgerichtet. Es wird denn auch von keiner Seite geltend gemacht, es stehe vorliegend eine Übergangslösung in Frage, wie sie etwa in Art. 17a GUB/GGA-Verordnung vorgesehen ist. Gemäss Art. 18 Abs. 3 des Pflichtenheftes darf sodann keine andere Milch, d.h. solche, die für die Herstellung anderer Produkte verwendet wird, nur einmal am Tag eingesammelt werden.
4.3 Die unteren kantonalen Instanzen verneinten vorliegend einen Ausnahmetatbestand, obwohl die Milch der fraglichen Käserei schon vor dem Stichtermin (22. Januar 1998) nur einmal am Tag eingeliefert wurde. Sie begründeten dies im Wesentlichen, gestützt auf Art. 18 Abs. 3 des Pflichtenheftes, damit, die Milchproduzenten hätten ihre Milch teilweise nicht zur Herstellung von Greyerzerkäse in der Käserei R._, sondern zur Produktion von Emmentalerkäse in andere Käsereien geliefert. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hat sich nicht eindeutig dazu geäussert, ob die Voraussetzungen eines Ausnahmetatbestandes vorliegen würden, wenn Art. 18 Abs. 2 des Pflichtenheftes uneingeschränkt anwendbar wäre. Es verweist insofern lediglich auf die Auffassung seiner Vorinstanzen, die keine Ausnahme anerkannt hätten, ohne dazu in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht Stellung zu nehmen. Das Verwaltungsgericht stellt sich hingegen auf den Standpunkt, dass die Verpflichtung zur zweimaligen täglichen Milcheinlieferung zur Gewährleistung einer bestimmten Qualität von Greyerzerkäse aus milchhygienischen Gründen nicht erforderlich und daher unzulässig sei.
4.4 Grundsätzlich ist es bei der Erstellung eines Pflichtenheftes für eine geschützte Ursprungsbezeichnung zulässig, Qualitätsanforderungen zu stellen, die strenger sind als diejenigen des Lebensmittelrechts. Die mit geschützter Ursprungsbezeichnung versehenen Produkte beruhen regelmässig auf den jeweiligen spezifischen regionalen Verhältnissen und verwerten die besonderen Ressourcen einer bestimmten Gegend wie Relief, Klima, Böden, Vegetation sowie lokale Ökosysteme und Traditionen (vgl. BOISSEAUX/BARJOLLE, a.a.O., S. 55). Das Pflichtenheft dient auch dazu, solche Ziele umzusetzen. Für sich allein führt die Voraussetzung von lebensmittelhygienisch nicht zwingend erforderlichen Qualitätsansprüchen daher nicht zur Unzulässigkeit eines Pflichtenheftes. Dessen Bestimmungen dürfen aber nicht sinn- und zwecklos und damit willkürlich sein (vgl. HOLZER, a.a.O., S. 322 f.), und sie müssen rechtsgleich angewendet werden.
4.5 Gemäss den unbestrittenen und für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (vgl. Art. 97 BGG) bildet bei den Herstellern von Greyerzerkäse im Kanton Bern die ausschliesslich zweimalige tägliche Milchlieferung die Ausnahme. Von insgesamt 16 fraglichen Käsereien mit einer Jahresproduktion von rund 500 Tonnen lassen sich nur sieben durch 65 Landwirte ausschliesslich zweimal pro Tag beliefern. Fünf Käsereien mit einer Gesamtproduktion von etwa 720 Tonnen verfolgen eine gemischte Praxis, d.h. sie werden von 64 Landwirten zweimal, von 31 Landwirten aber nur einmal beliefert. Die restlichen vier Käsereien mit einer Produktion von rund 700 Tonnen beziehen ihre Milch lediglich einmal täglich von 84 Landwirten. Zwar liefern insgesamt knapp mehr Landwirte zweimal als einmal am Tag, nämlich 129 gegenüber 115. Sowohl bei der Anzahl der betroffenen Käsereien (neun gegenüber sieben) als auch bei der Menge des hergestellten Käses (1420 Tonnen gegenüber 500 Tonnen) überwiegt aber die Produktion mit ausschliesslicher oder zumindest teilweise einmaliger täglicher Lieferung. Damit erweist sich das Verhältnis zwischen Grundsatz und Ausnahme bei der Regelung des Pflichtenheftes für die Greyerzerproduzenten im Kanton Bern als vertauscht: Die Ausnahme wird zum hauptsächlichen Anwendungsfall, und der Grundsatz bildet für den Kanton Bern die Ausnahme.
4.6 Allerdings wird Greyerzerkäse nicht vorrangig im Kanton Bern, sondern vorwiegend in verschiedenen Kantonen der Romandie, insbesondere im Kanton Freiburg, hergestellt (vgl. BOISSEAUX/BARJOLLE, a.a.O., S. 46). Vor diesem Hintergrund lässt sich nicht zwingend folgern, Art. 18 Abs. 1 und 3 des Pflichtenheftes seien sinn- und zwecklos. Rein milchhygienisch lässt sich das Erfordernis der zweimaligen täglichen Milchlieferung zwar nicht begründen, was vor Bundesgericht an sich nicht mehr wirklich strittig ist. Als zusätzliche, über die lebensmittelrechtlichen Anforderungen hinaus gehende Voraussetzung könnte sich dieses Erfordernis gemessen an den regionalen Verhältnissen aber durchaus rechtfertigen lassen, wobei es im vorliegenden Verfahren an entsprechenden tatsächlichen Feststellungen fehlt, um dies verbindlich beurteilen zu können. Die Voraussetzung von Art. 18 Abs. 3 des Pflichtenheftes wiederum steht in engem Zusammenhang mit Abs. 1, d.h. sie ist sinnvoll, wenn tatsächlich zweimal am Tag geliefert wird, weil sie diesfalls garantiert, dass es nicht zu Verwechslungen zwischen einmalig und möglicherweise beim Milchproduzenten zwischengelagerter und zweimalig und damit unmittelbar nach dem Melken gelieferter Milch kommt. Greift hingegen der Ausnahmetatbestand von Art. 18 Abs. 2 des Pflichtenheftes, dann erscheint die Anforderung von Art. 18 Abs. 3 unbedeutend, da der Milchproduzent ohnehin zu gewährleisten hat, dass er die Milch vorschriftsgemäss, insbesondere gekühlt und hygienisch einwandfrei, zwischenlagert. Ob die Anforderungen von Art. 18 Abs. 1 und 3 des Pflichtenheftes sinnvoll und damit verfassungsmässig sind, lässt sich somit im vorliegenden Verfahren nicht abschliessend beurteilen. Dies kann allerdings auch offen bleiben.
4.7 Als entscheidend erweist sich nämlich das Rechtsgleichheitsgebot nach Art. 8 Abs. 1 BV. Solange der im Pflichtenheft vorgesehene Grundsatz im Kanton Bern die Ausnahme und die Ausnahme den Hauptanwendungsfall bildet, darf im gleichen Kanton nicht in Einzelfällen eine strengere Praxis verfolgt werden. Den Beschwerdegegnern dürfen daher nicht strengere Rahmenbedingungen gestellt werden als der Mehrheit der Hersteller von Greyerzerkäse im Kanton Bern. Im vorliegenden Sanktionsverfahren ist einzig die bernische Praxis zu beurteilen, weshalb es auch ausschliesslich auf die bernischen Verhältnisse ankommt. Obwohl sich die Begründung des angefochtenen Entscheides insofern als nicht ganz stichhaltig erweist, verstösst dieser im Ergebnis somit nicht gegen Bundesrecht.
5. 5.1 Das beschwerdeführende Amt macht überdies geltend, die Verwendung der geschützten Ursprungsbezeichnung setze nicht nur die Vereinbarkeit der Produktion mit dem Pflichtenheft voraus, sondern unterliege auch der Zertifizierungspflicht. Die von den Beschwerdegegnern hergestellten Käse dürften daher nicht als Gruyère bezeichnet werden, solange sie von der zuständigen Zertifizierungsstelle nicht zertifiziert seien.
5.2 Die entsprechende Passage des Urteilsdispositivs des bernischen Verwaltungsgerichts lautet wie folgt:
"Es wird angeordnet, dass die Käserei R._ bis drei Monate nach Rechtskraft des vorliegenden Urteils im Besitz des Zertifikats der zuständigen Zertifizierungsstelle zur Verwendung der eingetragenen Ursprungsbezeichnung sein muss."
In der Begründung des angefochtenen Entscheids wird dazu ausgeführt, die Käserei R._ bedürfe eines Zertifikats der zuständigen Zertifizierungsstelle und es sei ihr dazu eine neue Frist einzuräumen. Abgewiesen wurde gleichzeitig ein Antrag der Beschwerdegegner, es sei ihnen zu gestatten, ihren Käse als Greyerzer zu bezeichnen, da dies noch von der Qualität bzw. der Taxation der einzelnen Käselaibe abhänge.
5.3 Was das Verwaltungsgericht genau anordnete, ist nicht völlig eindeutig. Die Frist von drei Monaten kann zweierlei bedeuten: Entweder bildet sie eine Anweisung an die Zertifizierungsstelle, das Zertifikat innert drei Monaten zu erteilen, was mit einer maximal gleich langen Wartefrist für die Beschwerdegegner verbunden wäre, die strittige Ursprungsbezeichnung zu verwenden. Dafür spricht der Wortlaut des Urteilsdispositivs. Oder die Anordnung des Verwaltungsgerichts enthält die Ermächtigung an die Beschwerdegegner, die strittige Ursprungsbezeichnung bereits vor Fristablauf zu verwenden, sofern sie noch die dafür erforderlichen Taxationen erhalten, danach aber nur noch, wenn sie bis dahin das Zertifikat bezogen haben. Für dieses Verständnis spricht an sich eher die Urteilsbegründung, wobei die Abweisung des Antrags, die produzierten Käse als Greyerzer zu bezeichnen, Zweifel daran erweckt. In ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht bezeichnen die Beschwerdegegner die Frist als Nachfrist, die ihnen eingeräumt worden sei. Für die Dauer des Beschwerdeverfahrens vor dem Verwaltungsgericht wurde die zuständige Zertifizierungsstelle mit vorsorglicher Verfügung angewiesen, den Beschwerdegegnern weiterhin Identitätsmarken (Kaseinmarken) abzugeben. Ob dies auch weiterhin so geschah, nachdem das Urteil des Verwaltungsgerichts ergangen war, wird, soweit ersichtlich, von den Verfahrensbeteiligten nicht dargelegt und ist nicht bekannt. Vorsorgliche Massnahmen zur Klarstellung der Rechtslage während des bundesgerichtlichen Verfahrens wurden von keiner Seite beantragt.
5.4 Im vorliegenden Sanktionsverfahren nach Art. 21 Abs. 2 GUB/GGA-Verordnung ist das Verwaltungsgericht grundsätzlich nicht berechtigt, einer Käserei das nötige Zertifikat selbst direkt zuzusprechen. Zwar kann hier offen bleiben, ob es sich beim Zertifizierungsverfahren, das einer privaten Organisation übertragen ist, um ein Verwaltungsverfahren handelt oder nicht, wobei die entsprechenden Zertifizierungsstellen immerhin gemäss Art. 19 Abs. 1 GUB/GGA-Verordnung für das jeweilige Erzeugnis akkreditiert sein müssen und insofern auch eine öffentliche Aufgabe wahrnehmen. Das Verwaltungsgericht war aber so oder so nicht befugt, Massnahmen zu treffen, die nicht unter die Zuständigkeit der Organe der kantonalen Lebensmittelkontrolle im Sinne von Art. 21 Abs. 2 GUB/GGA-Verordnung fallen. Der Vollzug der Verordnung mit Ausnahme des dritten Abschnittes sowie die Überwachung der Zertifizierungsstellen obliegen dem Bundesamt für Landwirtschaft, das insoweit im Übrigen die landwirtschaftliche Gesetzgebung anzuwenden hat (vgl. Art. 21, insbes. Abs. 1 und 4, GUB/GGA-Verordnung; vgl. auch HOLZER, a.a.O., S. 364 f.). Das Verwaltungsgericht verfügte somit im vorliegenden Sanktionsverfahren nicht über die Kompetenz, der hier zuständigen Zertifizierungsstelle Weisungen zu erteilen, weshalb seiner Anordnung ein solcher Sinn nicht zukommen kann.
5.5 Das Verwaltungsgericht war im vorliegenden Sanktionsverfahren hingegen zuständig, die Schutzregelung nach Art. 16-17a GUB/GGA-Verordnung durchzusetzen (vgl. Art. 21 Abs. 2 der Verordnung; dazu HOLZER, a.a.O., S. 365 ff.; MEISSER/ASCHMANN, a.a.O., S. 302 f.). Nach Art. 16 Abs. 3 der Verordnung gelten die Verbote der Verwendung von geschützten oder von verwechselbaren Vermerken auch für landwirtschaftliche und verarbeitete landwirtschaftliche Erzeugnisse, deren Bezeichnung zwar eingetragen, aber nicht nach Art. 18 GUB/GGA-Verordnung zertifiziert wurde. Die Zertifizierung ist für die Käseproduzenten zwar fakultativ, wer aber von einer geschützten Ursprungsbezeichnung profitieren will, muss sich vorweg zertifizieren lassen (vgl. Art. 14 Abs. 2 LwG; MEISSER/ASCHMANN, a.a.O., S. 308). Aufgrund dieser Rechtslage kann Sinn der fraglichen Anordnung somit einzig sein, dass die Käserei R._ bis zu höchstens drei Monaten nach Rechtskraft des angefochtenen Entscheids in Abweichung von Art. 16 Abs. 3 GUB/GGA-Verordnung und unter Vorbehalt der entsprechenden Taxation Greyerzerkäse herstellen und als solchen bezeichnen darf, ohne über das an sich erforderliche Zertifikat zu verfügen. Nach Ablauf dieser Frist wird sie jedoch im Besitz des Zertifikats sein müssen, um dies weiterhin tun zu dürfen.
5.6 Die Anordnung dient mithin der beschleunigten Durchsetzung der grundsätzlich als rechtmässig erkannten Berechtigung der Beschwerdegegner, ihr Produkt als Greyerzerkäse zu bezeichnen, und verfolgt namentlich die privaten Interessen der Beschwerdegegner. Dagegen sprechen keine überwiegenden öffentlichen Interessen, und der Grundsatz der gesetzlichen Regelung wird dadurch nicht in Frage gestellt. Angesichts des bisher durchlaufenen Verfahrens erscheint die Massnahme auch verhältnismässig. So verstanden liegt sie überdies im Zuständigkeitsbereich der Vorinstanz. Sie verletzt demnach Bundesrecht nicht.
6. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Hingegen hat das beschwerdeführende Bundesamt die Beschwerdegegner als Solidargläubiger für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (vgl. Art. 68 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Das Bundesamt für Landwirtschaft hat die Beschwerdegegner als Solidargläubiger für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juli 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Uebersax