facts:
Sachverhalt:
A.
Nach der Scheidung von D._ ehelichte B.C._ am 24. März 2013 in Gambia die gambische Staatsangehörige A.C._ (Jahrgang 1989). A.C._ reiste am 24. Oktober 2013 in die Schweiz ein, worauf ihr eine letztmals bis 23. Oktober 2015 verlängerte Aufenthaltsbewilligung erteilt wurde. Spätestens seit anfangs des Jahres 2015 leben die Ehegatten getrennt. Mit Verfügung vom 11. Juni 2015 widerrief das kantonale Migrationsamt die Aufenthaltsbewilligung von A.C._.
B.
Mit Entscheid vom 1. Juni 2016 wies das kantonale Justiz- und Sicherheitsdepartement den von A.C._ gegen die Verfügung vom 11. Juni 2015 erhobenen Rekurs ab. Die zwischen B.C._ und A.C._ geschlossene Ehe wurde mit rechtskräftigem Entscheid vom 9. Mai 2017 durch das Kreisgericht St. Gallen geschieden. Mit Urteil vom 16. Januar 2018 wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen die von ihr gegen den Entscheid vom 29. Juni 2015 erhobene Beschwerde ebenfalls ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. Februar 2018 an das Bundesgericht beantragt A.C._, das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts vom 16. Januar 2018 sei kostenfällig aufzuheben, eventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung an die Vorinstanz oder an das kantonale Migrationsamt zurückzuweisen.
Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde mit Verfügung vom 20. Februar 2018 die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Die Vorinstanz und das kantonale Sicherheits- und Justizdepartement schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

considerations:
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) eingereicht und richtet sich gegen einen Endentscheid einer letzten oberen kantonalen Instanz (<ref-law>; <ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>).
1.2. Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Entscheide über ausländerrechtliche Bewilligungen ausgeschlossen, auf deren Erteilung weder das Bundes- noch das Völkerrecht einen Rechtsanspruch einräumen. Einzutreten ist auf Beschwerden, die sich gegen eine Nichtverlängerung einer Aufenthaltsbewilligung richten, sofern in vertretbarer Weise ein Anspruch auf eine Verlängerung geltend gemacht wird; ob der Anspruch besteht, ist Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.1 S. 179 f.; Urteil 2C_635/2016 vom 17. März 2017 E. 1.2). Die Beschwerdeführerin macht geltend, in ihrer Ehe mit B.C._ Gewalt erfahren zu haben, weshalb ihr gestützt auf Art. 50 Abs. 1 lit. b Abs. 2 Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) ein Anspruch auf Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung zustehe. Die Beschwerde ist, soweit sie sich inhaltlich gegen die Nichtverlängerung der Aufenthaltsbewilligung richtet, zulässig und die Beschwerdeführerin dazu legitimiert (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (<ref-law>), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zu Grunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (<ref-law>). Gemäss <ref-law> kann die Feststellung des Sachverhalts und damit auch die Beweiswürdigung gerügt werden, wenn die Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist (<ref-law>) oder auf einer Rechtsverletzung beruht und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62). Die Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn sie offensichtlich unhaltbar oder aktenwidrig ist oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft, das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges oder entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 3.3.4 S. 123; <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62 mit weiteren Hinweisen). Diesfalls weist das Bundesgericht die Sache regelmässig zu neuer oder weiterer Sachverhaltsfeststellung an die Vorinstanz zurück (<ref-law>; MEYER/DORMANN, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 12 zu <ref-law>). Geht der zu ergänzende Sachverhalt jedoch eindeutig und unter gewahrtem Gehörsanspruch der Betroffenen aus den Akten hervor, käme eine Rückweisung an die Vorinstanz zur weiteren Sachverhaltsfeststellung einem unnötigen Leerlauf gleich, weshalb das Bundesgericht die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen auch selbst vornehmen kann (<ref-law>; <ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 476; CORBOZ, Commentaire de la LTF, 2. Aufl. 2014, N. 19 zu <ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt in Verletzung von Verfahrensrechten ermittelt. Die Beschwerdeführerin habe im vorinstanzlichen Verfahren eine oppressionsbedingte Aufhebung der Hausgemeinschaft geltend gemacht. Die Vorinstanz habe sich darauf beschränkt, der Beschwerdeführerin eine Verletzung ihrer Mitwirkungspflicht (Art. 90 AuG) vorzuwerfen, und ungeachtet des zur Anwendung gelangenden Untersuchungsgrundsatzes den Sachverhalt nicht abgeklärt und das Verfahren entgegen einem gestellten Rückweisungsantrag auch nicht zur weiteren Sachverhaltsabklärung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Bei zutreffender Sachverhaltsfeststellung würden bei der Beschwerdeführerin wegen der erlittenen Gewalt wichtige persönliche Gründe für einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz vorliegen.
2.1. Ausländische Ehegatten von niederlassungsberechtigten ausländischen Personen (Art. 43 AuG) haben - unter Vorbehalt von Erlöschensgründen (Art. 51 Abs. 2 AuG) - Anspruch auf Erteilung und Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung, soweit sie mit diesen zusammenwohnen oder, bei fortdauernder Ehegemeinschaft, ein wichtiger Grund für das Getrenntleben besteht (Art. 49 AuG). Trotz Auflösens bzw. definitiven Scheiterns der Ehe besteht der Bewilligungsanspruch fort, wenn das Zusammenleben mindestens drei Jahre gedauert und die betroffene Person sich hier erfolgreich integriert hat (Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG ["Integrationsklausel"]; vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 291 ff., 345 E. 4 S. 347 ff.; <ref-ruling> E. 3.3.3 S. 119), oder wichtige persönliche Gründe geltend gemacht werden können, die ihren weiteren Aufenthalt in der Schweiz "erforderlich" machen (Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG; <ref-ruling> E. 3 S. 232 ff. "nachehelicher Härtefall"). Solche können "namentlich" vorliegen, wenn die Ehegattin oder der Ehegatte Opfer ehelicher Gewalt oder die Ehe nicht aus freiem Willen geschlossen wurde bzw. die soziale Wiedereingliederung im Herkunftsland stark gefährdet erscheint (vgl. Art. 50 Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 2 AuG). Nach der Rechtsprechung zu Art. 50 Abs. 2 AuG erfasst diese Bestimmung grundsätzlich jede Form ehelicher bzw. häuslicher Gewalt - sei sie physischer oder psychischer Natur; diese kann auch unterhalb der Schwelle strafrechtlich relevanten Verhaltens angesiedelt sein (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 237; Urteil 2C_2/2015 vom 13. August 2015 E. 2.4.1). Häusliche Gewalt bedeutet systematische Misshandlung mit dem Ziel, Macht und Kontrolle auszuüben, indessen nicht eine einmalige Tätlichkeit oder eine verbale Beschimpfung im Verlauf eines eskalierenden Streits. Nicht jede unglückliche, belastende und nicht den eigenen Vorstellungen entsprechende Entwicklung einer Beziehung rechtfertigt bereits die Annahme eines nachehelichen Härtefalls (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 233 f. sowie die Urteile 2C_460/2017 vom 23. März 2018 E. 3.2; 2C_771/2017 vom 8. Februar 2018 E. 3.2).
2.2.
2.2.1. In Verwaltungsverfahren des Bundes findet regelmässig der Untersuchungsgrundsatz Anwendung, wonach es in erster Linie Sache der Behörde und nicht der Parteien ist, den Sachverhalt festzustellen und dazu soweit nötig Beweis zu erheben. Entsprechend wird auch das erstinstanzliche ausländerrechtliche Bewilligungsverfahren durch den Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Urteil 2C_388/2008 vom 16. Dezember 2008 E. 4.1; PETER UEBERSAX, Einreise und Anwesenheit, in: Ausländerrecht, 2009, N. 7.273), ohne dass der Gesetzgeber die Untersuchungsmaxime ausdrücklich im Gesetz verankert hätte. Der historische Gesetzgeber ging stillschweigend von der Geltung der Untersuchungsmaxime aus, was aus dem ausdrücklichen Verweis in der Botschaft vom 8. März 2002 zum Bundesgesetz über die Ausländerinnen und Ausländer (BBl 2002 3820) auf <ref-ruling> E. 2b S. 365 hervorgeht.
2.2.2. Zur Pflicht, den Sachverhalt zu ermitteln, gehört die ("subjektive") Beweisführungslast, d.h. die Obliegenheit, den erforderlichen Beweis zu führen; diese Last fällt grundsätzlich der Behörde zu (Urteile 2C_58/2017 vom 23. Juni 2017 E. 2.2.1; 2C_388/2008 vom 16. Dezember 2008 E. 4.1; PATRICK KRAUSKOPF/KATRIN EMMENEGGER/FABIO BABEY, in: Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2. Aufl. 2016, NN. 16, 20 ff. zu <ref-law>). Die Parteien unterliegen allerdings in ausländerrechtlichen Bewilligungsverfahren bei der Sachverhaltsermittlung einer Mitwirkungspflicht (vgl. die spezialgesetzlich statuierte Mitwirkungspflicht gemäss Art. 90 lit. a AuG; UEBERSAX, a.a.O., N. 7.273; KRAUSKOPF/EMMENEGGER/BABEY, a.a.O., NN. 50 ff. zu <ref-law>) und einer eigentlichen Beweisbeschaffungspflicht (Art. 90 lit. b AuG; Urteile 2C_58/2017 vom 23. Juni 2017 E. 2.2.1; 2C_2/2015 vom 13. August 2015 E. 2.3; 2C_471/2012 vom 18. Januar 2013 E. 4.1; 2C_81/2011 vom 1. September 2011 E. 3.7). Diese Pflichten gelten grundsätzlich für alle Arten von Tatsachen, kommen aber vorab für jene Umstände in Frage, die eine Partei besser kennt als die Behörden und welche diese ohne die Mitwirkung der Partei gar nicht oder nicht mit vernünftigem Aufwand erheben könnten (<ref-ruling> E. 2b S. 365). Dabei trifft die Behörde aber eine Aufklärungspflicht, d.h. sie muss die Verfahrensbeteiligten geeignet auf die zu beweisenden Tatsachen hinweisen (Urteile 2C_58/2017 vom 23. Juni 2017 E. 2.2.1; 2C_388/2008 vom 16. Dezember 2008 E. 4.1; KRAUSKOPF/EMMENEGGER/BABEY, a.a.O., N. 47 zu <ref-law>; TARKAN GÖKSU, Handkommentar zum Bundesgesetz über die Ausländerinnen und Ausländer [AuG], 2009, N. 4 zu Art. 90 AuG), und, als Korrelat zur Mitwirkungspflicht der Parteien, sind die Behörden gehalten, rechtzeitig und formrichtig angebotene Beweismittel zu rechtserheblichen Tatsachen abzunehmen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3 S. 13; <ref-ruling> E. 2 S. 242). Der Beweis ist geleistet, wenn sich das Gericht in Anwendung des zutreffenden Beweismasses von deren Vorhandensein überzeugt hat; bei Anwendbarkeit des Beweismasses der Glaubhaftmachung ist ausreichend, dass die Möglichkeit eines Zutreffens der behaupteten Tatsachen höher eingeschätzt wird als deren Gegenteil (KRAUSKOPF/EMMENEGGER/BABEY, a.a.O., NN. 9, 213 ff.). Untersuchungsgrundsatz und Mitwirkungspflicht ändern hingegen an der objektiven Beweislast nichts, wonach grundsätzlich diejenige Partei die Folgen der Beweislosigkeit eines Sachumstands zu tragen hat, die daraus Vorteile ableitet (zur Anwendbarkeit von <ref-law> auf öffentlichrechtliche Verfahren vgl. <ref-ruling> E. 6.3.1 S. 299). Allerdings kann die Behörde nicht gestützt auf die objektive Beweislastverteilung geringere Gewissenhaftigkeit bei der Abklärung von Tatsachen walten lassen, die sich zugunsten der Verfahrenspartei auswirken. Aus der objektiven Beweislastverteilung dürfen mithin nicht Mitwirkungspflichten ("subjektive Beweisführungspflichten") abgeleitet werden (ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER/MARTIN BERTSCHI, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsverfahrensrecht des Bundes, 3. Aufl. 2013, N. 269; CHRISTOPH AUER, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2008, N. 13 zu <ref-law>; THOMAS MERKLI/ARTHUR AESCHLIMANN/RUTH HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, N. 6 zu Art. 18 VRPG/BE).
2.3. Die Beschwerdeführerin hatte im vorinstanzlichen Verfahren geltend gemacht, Opfer ehelicher Gewalt geworden zu sein. Nebst dem, dass B.C._ ihr bei einer tätlichen Auseinandersetzung im August 2014 einen Finger gebrochen und auf den Kopf geschlagen habe, sei sie von ihm in psychischer Hinsicht unterdrückt worden. Mit seinem Handeln und dem angeblich in Gambia durchgeführten Ehescheidungsverfahren nach islamischem Recht habe er versucht, sie vor vollendete Tatsachen zu stellen, und "möglichst billig" loszuwerden. B.C._ habe nach Ankunft in Gambia zudem (erfolglos) versucht, ihr die Reisepapiere abzunehmen, wohl um eine Rückreise in die Schweiz zu verhindern. Dieser Druck zur Trennung bzw. Scheidung dürfe obendrein nicht auch noch staatlichen Schutz erfahren. Die Vorinstanz hat erwogen, für einen "Fall krasser psychischer Gewalt" fehle es an glaubhaften Anzeichen. Zwar möge es sein, dass B.C._ versucht habe, die Beschwerdeführerin in Gambia vor vollendete Tatsachen zu stellen. Dass er, schliesslich ohne Erfolg, versucht habe, den gemeinsamen Migrationshintergrund dazu zu benutzen, um sich einer Regelung der Scheidungsfolgen nach schweizerischem Recht zu entziehen, sei aufgrund der Akten wahrscheinlich. Nicht glaubhaft sei jedoch, dass die eheliche Beziehung von systematischer Erniedrigung der Ehefrau geprägt gewesen sei. Dass die Trennung schliesslich einseitig von B.C._ herbeigeführt worden sei, vermöge eine relevante psychische Herabsetzung ebensowenig zu begründen wie der Umstand, dass die Trennung mit der Bewilligungsfrage unmittelbar verknüpft sei. Die (verständliche) Belastungssituation sei Ausfluss der kurzen Ehedauer, nicht aber des unzumutbaren Dilemmas, entweder in einer unwürdigen Beziehungssituation zu verbleiben, oder die Aufenthaltsbewilligung zu verlieren. Eine darüber hinausgehende systematische, andauernde psychische Misshandlung bzw. Unterdrückung, geschweige denn die daraus entstehende subjektive Belastung habe die Beschwerdeführerin weder objektiv nachvollziehbar konkretisiert noch beweismässig unterlegt. Mit dem unbegründeten Vorwurf an die erste Rechtsmittelinstanz, diesbezüglich die Untersuchungsmaxime verletzt zu haben, verkenne die Beschwerdeführerin die Tragweite ihrer eigenen Mitwirkungspflicht. Nicht an der ersten Rechtsmittelinstanz, sondern vielmehr an der Beschwerdeführerin habe es gelegen, die relevanten Akten des Eheschutz- und Scheidungsverfahrens in das migrationsrechtliche Verfahren einzubringen. Eine Rückweisung an die Vorinstanz zur ergänzenden Feststellung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung falle daher ausser Betracht.
2.4. Die Vorinstanz ging zutreffend davon aus, dass die Beschwerdeführerin im Verfahren vor der ersten Rechtsmittelinstanz wie auch im vorinstanzlichen Verfahren gehalten war, an der Sachverhaltserstellung mitzuwirken. Die Beschwerdeführerin hat in ihrer Beschwerdeschrift nicht geltend gemacht, Arztzeugnisse oder psychiatrische Gutachten, Polizeirapporte, Strafanzeigen, entsprechende strafrechtliche Verurteilungen, glaubwürdige Zeugenaussagen von weiteren Angehörigen und Nachbarn sowie Berichte/Einschätzungen von Fachstellen (Frauenhäuser, Opferhilfe usw.) oder andere Beweismittel im Sinne der nicht als abschliessend (Urteil 2C_460/2017 vom 23. März 2018 E. 3.3.3) zu verstehenden Bestimmung von Art. 77 Abs. 6 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit (VZAE; SR 142.201) in das vorinstanzlichen Verfahren eingebracht zu haben, welche eine systematische Unterdrückung, mit dem Ziel, Macht und Kontrolle auszuüben (vgl. oben, E. 2.1), glaubhaft machen würden, und die Vorinstanz diese Beweismittel in Verletzung des Gehörsanspruches der Beschwerdeführerin nicht berücksichtigt hätte. Aus einem sich in den Vorakten befindenden Rapport der Stadtpolizei St. Gallen vom 26. April 2003, den das Bundesgericht berücksichtigen kann (<ref-law>; vgl. oben, E. 1.4) geht zwar hervor, dass die erste niederlassungsberechtigte Ehefrau von B.C._, E._, am 22. April 2003 von B.C._ im Zusammenhang mit einem Streit in die Wohnung eingeschlossen und dem Wohnungsschlüssel beraubt wurde, worauf diese erste Ehefrau die Polizei alarmieren liess, aus der gemeinsamen Wohnung auszog und kurz darauf die Scheidung einreichte. Allein gestützt auf diesen sich in den Vorakten befindenden Polizeirapport, der sich zudem nicht auf die Beschwerdeführerin, sondern auf die erste Ehefrau ihres geschiedenen Ehemannes bezieht, und zu welchem sich die Beschwerdeführerin nicht geäussert hat, kann die von der Beschwerdeführerin geschilderte Sachverhaltsdarstellung nicht als glaubhaft gemacht angesehen werden. Angesichts der prozessualen Obliegenheit der Beschwerdeführerin, in einem ausländerrechtlichen Verfahren an der Sachverhaltsfeststellung mitzuwirken (Art. 90 AuG), konnte sich die Beschwerdeführerin nicht darauf beschränken, pauschal auf die Untersuchungspflicht der Behörde hinzuweisen und entsprechende Rückweisungsanträge zu stellen. Die erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren eingereichten Beweismittel können nicht berücksichtigt werden (<ref-law>). Die Vorinstanz verletzte somit kein Bundesrecht, wenn sie die fehlende Mitwirkung der Beschwerdeführerin im Rahmen der Beweiswürdigung dahingehend berücksichtigte, dass sie eine Ausübung häuslicher Gewalt als nicht glaubhaft gemacht erachtete. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
3.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin grundsätzlich kostenpflichtig (<ref-law>). Ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann angesichts der ausgewiesenen Bedürftigkeit und ihrer Beschwerde, die nicht als aussichtslos bezeichnet werden kann, gutgeheissen werden (Art. 64 Abs. BGG). Für das bundesgerichtliche Verfahren ist ihr der unterzeichnete Rechtsanwalt Guido Hensch als unentgeltlicher Rechtsvertreter beizugeben (<ref-law>). Rechtsanwalt Guido Hensch wird aus der Gerichtskasse ein amtliches Honorar ausgerichtet (<ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3.
Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Der Beschwerdeführerin wird Rechtsanwalt Guido Hensch als unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben und diesem aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- entrichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Staatssekretariat für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. September 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Mayhall


facts:
Faits :
A.
La société A._ Sàrl a son siège dans le canton de Vaud où elle est inscrite au registre du commerce. Son capital social de 20'000 fr. a été augmenté à 100'000 fr. en 2011. Elle a pour but le commerce de ferraille, la récupération des vieux métaux et la vente de matériel d'occasion. B._ en est l'associé gérant et possède l'entier du capital social de la société.
B. Par décisions des 15 août 2005, 23 février 2006, 8 mars 2007, 27 mars 2008 et 15 avril 2009, la société A._ Sàrl a été taxée pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) des périodes fiscales 2003, 2004, 2005, 2006, respectivement 2007.
C. Le 19 septembre 2012, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a ouvert à l'encontre de la société A._ Sàrl une procédure de rappel et soustraction d'impôt relative aux périodes fiscales 2003 à 2011 en raison de ventes qui n'auraient pas été comptabilisées dans le chiffre d'affaires de la société. En outre, le 2 décembre 2013, l'Administration cantonale a ouvert à l'encontre de B._ une procédure de rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes fiscales 2003 à 2007 en raison de soupçons de prestations appréciables en argent obtenues de la société intéressée. Une procédure séparée, relative aux périodes fiscales 2008 à 2011, a été ouverte pour les mêmes raisons à l'encontre de l'administrateur et sa femme, en raison du mariage du couple, intervenu en 2008. Ces deux procédures ouvertes à l'encontre de l'associé gérant ont fait l'objet de recours jusque devant le Tribunal fédéral (causes 2C_532/2019 et 2C_533/2019).
D. Dans le cadre de la procédure ouverte à l'encontre de la société A._ Sàrl, l'Administration cantonale a demandé à cette société de produire diverses pièces, qui lui sont parvenues après plusieurs rappels et sommations.
E.
Par décision de rappel d'impôt (périodes fiscales 2003 à 2007), de taxation définitive (périodes fiscales 2008 à 2011) et de prononcé d'amendes rendue le 8 décembre 2016, l'Administration cantonale a fixé le montant du complément d'impôt (IFD et ICC) à 121'937 fr. 15 et des amendes (IFD et ICC) à 110'800 fr. pour toutes les périodes en cause. La société A._ Sàrl a formé réclamation à l'encontre de cette décision le 23 décembre 2016. Après avoir procédé à des mesures d'instruction complémentaires, l'Administration cantonale, par décision du 26 juin 2018, a partiellement admis la réclamation de la société contribuable, abandonnant les reprises relatives à la période fiscale 2003 en raison de la péremption du droit de taxer, ainsi que quelques reprises pour les périodes 2004 à 2008, à défaut de pouvoir être justifiées par pièces. Elle a également annulé les amendes prononcées pour les périodes fiscales 2003 à 2005 en raison de la prescription de l'action pénale et adapté les amendes pour les périodes 2006 à 2011 en raison de l'abandon de certaines reprises. Le 26 juillet 2018, la société A._ Sàrl a contesté cette décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Celui-ci, par arrêt du 10 mai 2019, a partiellement admis le recours, constatant la prescription de l'action pénale de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt relative aux périodes fiscales 2008 et 2009.
F.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public (cause 2C_531/2019), la société A._ Sàrl demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de modifier l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 mai 2019 en annulant les reprises et amendes liées au bénéfice prétendument soustrait; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
G. Agissant également par la voie du recours en matière de droit public (cause 2C_526/2019), l'Administration cantonale demande pour sa part au Tribunal fédéral, sous suite de frais, de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 mai 2019 en renonçant à annuler les amendes prononcées pour tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2008 et 2009 et de confirmer l'arrêt précité pour le surplus.
H. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur les recours. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours de la société A._ Sàrl. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux considérations et conclusions de l'Administration cantonale.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Les deux recours déposés devant le Tribunal fédéral sont dirigés contre le même arrêt cantonal. Ils concernent des faits de même nature et portent sur des questions juridiques connexes. Il se justifie par conséquent de joindre les causes et de les traiter en un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2.
Les recours concernent une décision rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée. Il en découle que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi <ref-law> [RS 642.11] et 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Pour le surplus, le recours de l'Administration cantonale a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), étant précisé que cette autorité a qualité pour recourir en application du droit fédéral (cf. <ref-law>, 73 al. 2 LHID et 89 al. 2 let. d LTF). Il est donc recevable. Quant à la société contribuable, elle a participé à la procédure devant l'autorité précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Son recours a en outre également été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), si bien qu'il est recevable.
3.
La société recourante se plaint exclusivement d'établissement inexact des faits.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
3.2. Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7.3 p. 174 s. et les références). Lorsque la partie recourante s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 6 p. 358).
3.3. Le Tribunal cantonal a procédé à une appréciation des faits et moyens de preuve globale pour arriver à la conclusion que les reprises effectuées par l'Administration cantonale pour les périodes 2004 à 2011 étaient fondées. Il a ainsi constaté que, sur la base d'attestations remises par une société (ci-après: la société acheteuse) ayant acheté des produits à la société recourante, les ventes effectuées n'avaient pas été intégralement comptabilisées dans le chiffre d'affaires de celle-ci, une différence de 441'527 fr. ayant été constatée pour les années 2004 à 2009. Devant le Tribunal cantonal, la recourante a nié avoir procédé aux ventes litigieuses.
3.4. Pour arriver à la conclusion que la société recourante avait bel et bien perçu de l'argent sur des livraisons, l'autorité précédente a pris en compte le fait que la signature de son administrateur figurait sur des notes de crédit libellées au nom de la société. Certes, devant l'autorité précédente, la contribuable a contesté l'authenticité des signatures de son administrateur sur ces documents, relevant que ces signatures ne ressemblaient pas à l'originale et ajoutant qu'un employé de la société acheteuse avait été licencié en raison de soupçons de malversation. Le Tribunal cantonal a constaté que les signatures étaient différentes, mais a jugé qu'aucune plainte pénale n'avait été déposée par la société recourante pour faux dans les titres et qu'il était peu probable qu'une personne ayant pour dessein de falsifier la signature de l'administrateur de la société procède d'une manière aussi grossière. A ces éléments, il a encore ajouté le fait que, pour certaines des transactions contestées, il était mentionné que la livraison avait été effectuée avec le camion de la contribuable, prenant en exemple un cas concret de livraison. L'autorité précédente a ajouté que l'un des employés de la recourante, un certain "C._" a également signé divers ordres de transport. Outre que la société recourante employait une personne nommée C._, le Tribunal cantonal a jugé que celle-ci n'avait apporté aucune explication convaincante en relation avec cet élément, si ce n'est qu'elle s'était contentée de relever que cette personne ne travaillait pas pour elle durant les années sous revue, mais uniquement depuis 2011. Le Tribunal cantonal a également examiné la fortune de l'administrateur de la contribuable et constaté que les éléments de revenu et de fortune déclarés par celui-ci étaient clairement insuffisants, voire négatifs pour couvrir ses dépenses mensuelles. La société et son administrateur ont été interpellés à plusieurs reprises à ce propos et l'administrateur a finalement affirmé avoir vendu des pièces de monnaie de collection et des voitures, sans toutefois fournir de justificatifs, ce qui a conduit l'autorité précédente a retenir que l'existence de ces biens n'était pas démontrée. Finalement, le Tribunal cantonal a encore relevé que la contribuable avait déjà fait l'objet d'un contrôle fiscal, qui s'était soldé par une proposition de règlement avec l'Administration cantonale en raison de l'absence de déclaration de chiffre d'affaires réalisé avec la même société acheteuse.
3.5. Appréciant tous ces éléments, le Tribunal cantonal a admis l'existence de distributions dissimulées de bénéfice de la société recourante en faveur de son administrateur.
3.6. En l'occurrence, la société recourante conteste l'établissement des faits sous quatre points différents.
3.7. En premier lieu, elle mentionne que les responsables de la société acheteuse ont reconnu qu'ils avaient eu des soupçons de malversation à l'encontre de l'un de leurs employés, celui-ci ayant par la suite été licencié. Selon la contribuable, cet élément corrobore ses déclarations tendant à démontrer qu'elle a été victime d'une tromperie. Elle estime ensuite que c'est de manière contradictoire que l'autorité précédente a retenu qu'il était possible que la signature de son administrateur ait été imitée et, plus loin dans son arrêt, qu'il était néanmoins peu probable qu'une personne désirant falsifier une signature procède d'une manière aussi grossière. La société recourante se plaint également de ce que le Tribunal cantonal se soit fondé sur deux états de fait précis pour arriver à la conclusion qu'elle n'a pas déclaré le chiffre d'affaires lié à des transactions qu'elle aurait passées avec la société acheteuse. Elle est d'avis qu'aucun document au dossier ne permet de prouver que son administrateur a personnellement procédé à la livraison du 2 décembre 2005 et déplore que la personne nommée "C._", qui a signé plusieurs ordres de transport, n'ait pas été entendue par l'autorité précédente. Finalement, la société recourante estime qu'il est arbitraire de se servir de son précédent contrôle fiscal comme preuve de sa culpabilité. Pour elle, une telle manière de faire ne tient pas compte du principe de la présomption d'innocence.
3.8. En l'espèce, la recourante critique divers éléments de l'appréciation effectuée par l'autorité précédente, sans toutefois contester cette appréciation dans son ensemble et dire en quoi les éléments qu'elle avance auraient une incidence sur l'appréciation globale. On peut donc déjà douter que sa motivation remplisse les conditions de l'<ref-law>. Quand bien même il faudrait examiner le grief, force serait de toute façon de l'écarter. En effet, on doit relever que la recourante ne conteste en rien les constatations de l'autorité précédente en lien avec l'évolution de la fortune de son administrateur. Or, il s'agit-là d'un élément déterminant. Il faut rappeler à ce propos que dans ses déclarations pour les années 2005 à 2007, celui-ci a annoncé un revenu mensuel de 5'000 fr., sur lequel il ne prélevait que 1'500 fr., le solde étant comptabilisé en remboursement de son compte courant et, en 2006 et 2007, en augmentation de son épargne privée. Ce seul élément, en l'absence d'explications convaincantes, suffit déjà à lui seul, dans les circonstances du cas d'espèce, pour retenir sans arbitraire que l'administrateur de la société recourante a vécu grâce aux prestations appréciables en argent obtenues de celle-ci. La recourante reconnaît d'ailleurs elle-même implicitement que l'appréciation des faits effectuée par le Tribunal cantonal n'est pas arbitraire, puisqu'elle affirme que ses propres conclusions "ne sont pas moins plausibles" que celles de cette autorité. Les autres éléments qu'elle avance (cf. consid. 3.3 ci-dessus) ne permettent pas d'arriver à une autre conclusion.
3.9. Dans ces conditions, il convient d'écarter le grief d'établissement inexact des faits. Le Tribunal fédéral vérifiera donc la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente. En outre, il ne saurait être question de violation du principe de la présomption d'innocence car celui-ci, en l'occurrence, se confond avec celui d'appréciation arbitraire des preuves (<ref-ruling> consid. 2a p. 41; arrêt 2C_806/2017 du 19 octobre 2017 consid. 4.1).
4.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 171) tant pour l'IFD que l'ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 3.4 p. 172; arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in <ref-ruling>). Par ailleurs, l'autorité recourante se prévalant d'une mauvaise application, par le Tribunal cantonal, des règles relatives à la prescription de la poursuite pénale des périodes fiscales 2008 et 2009, le Tribunal fédéral examinera également cette question.
4.1. S'agissant tout d'abord de la prescription de la procédure de rappel d'impôt, l'<ref-law> prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 73). Les art. 208 al. 1 et 3 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11) et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et l'ICC.
4.2. En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié à la recourante en septembre 2012 pour l'IFD et l'ICC 2003 à 2007. Le délai de péremption de dix ans des <ref-law>, 208 al. 1 LI/VD et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. S'agissant du délai de péremption relatif au droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année fiscale 2003 (<ref-law>, 208 al. 3 LI/VD et 53 al. 3 LHID), celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2018, si bien que c'est à juste titre que l'Administration cantonale a abandonné les reprises pour cette période. Pour le droit de procéder au rappel d'impôt des années 2004 à 2007, celui-ci n'est ni prescrit, ni périmé.
4.3. Quant au droit de taxer les années fiscales 2008 à 2011, l'art. 120 al. 1 phr. 1 LIFD, respectivement les art. 170 al. 1 phr. 1 LI/VD et 47 al. 1 LHID, disposent que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Selon les art. 120 al. 3 let. a et d LIFD et 170 al. 3 let. a et d LI/VD, un nouveau délai de prescription commence à courir (a) lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt, ainsi que (d) lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal. Le Tribunal fédéral a jugé que la question de savoir si l'art. 120 al. 3 let. d LIFD s'appliquait également au cas de tentative de soustraction pouvait être laissée ouverte lorsque le contribuable a été informé de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt. Cette information constitue en effet une mesure par laquelle l'autorité fiscale signale au contribuable sa volonté de procéder par la suite à sa taxation et relève ainsi de toute façon d'un cas d'application de l'<ref-law>, respectivement de l'art. 170 al. 3 let. a LI/VD (arrêt 2C_874/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.2 et les références).
4.4. En l'occurrence, en informant la recourante de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2008 à 2011 le 19 septembre 2012, l'Administration cantonale a fait courir un nouveau délai de prescription, raison pour laquelle aucune de ces quatre périodes n'est prescrite à ce jour.
4.5. Avant le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien <ref-law> [RO 1991 1184 p. 1242 s.] cum <ref-law>, en relation avec l'<ref-ruling>). Pour sa part, la poursuite de la tentative de soustraction se prescrivait par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été commise (ancien <ref-law> [RO 1991 1184 p. 1242 s.]). Depuis le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). S'agissant de la tentative de soustraction, la poursuite pénale se prescrit toujours par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise (<ref-law>). Selon l'<ref-law> actuellement en vigueur, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (<ref-law>) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'<ref-law>; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (<ref-law>; cf. art. 254 LI/VD). En vertu des <ref-law> et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1 er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8.2; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in <ref-ruling>).
4.5.1. En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée reprochée à la recourante au cours des périodes fiscales 2006 et 2007 ne s'est pas prescrite, dès lors que l'Administration cantonale a rendu une décision le 8 décembre 2016 pour les années 2003 à 2011, soit avant le délai de dix ans après la fin des périodes fiscales en cause (les amendes pour les années 2003 à 2005 ayant été annulées par l'Administration cantonale en raison de la prescription de l'action pénale). En application de l'ancien droit, la poursuite pénale des périodes fiscales 2006 et 2007 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 19 septembre 2012, l'Administration fiscale a informé la contribuable de l'ouverture de la procédure (cf. ancien <ref-law>).
4.5.2. Finalement, l'autorité recourante critique l'arrêt du Tribunal cantonal en tant qu'il constate la prescription de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2008 et 2009.
4.5.3. Etant donné qu'en l'espèce les autorités cantonales ont statué simultanément sur la taxation des périodes précitées et sur les amendes pour tentative de soustraction d'impôt relatives à ces mêmes périodes, le délai de prescription n'a pas encore commencé à courir. Cela ne sera en effet le cas qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure, c'est-à-dire avec le présent arrêt (arrêt 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.4 et les références). Par conséquent, il convient d'admettre le recours de l'autorité recourante en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2008 et 2009. La suite à donner à cette admission sera examinée ci-après (cf. consid. 6.2), lorsque l'issue du recours de la contribuable aura été déterminée, c'est-à-dire lorsqu'il aura été statué sur les amendes des années 2006 à 2011.
5.
5.1. S'agissant du rappel d'impôt et de la distribution dissimulée de bénéfice, le Tribunal cantonal a correctement rappelé le droit fédéral et cantonal harmonisé applicable (art. 58 al. 1 let. b et 151 al. 1 LIFD, 53 al. 1 LHID, 94 al. 1 let. b et 207 al. 1 LI/VD), ainsi que la jurisprudence y relative (parmi d'autres <ref-ruling> consid. 4.5.1 p. 364 s. et les références; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 549). Il peut donc y être renvoyé.
5.2. Dans la mesure où il ressort des faits retenus sans arbitraire par le Tribunal cantonal que la recourante, durant les années 2004 à 2011, a procédé à des distributions dissimulées en faveur de son administrateur, dans le but de diminuer son bénéfice imposable, sans les avoir déclarées à l'Administration cantonale, qui a donc taxé la contribuable sur une base incomplète, le rappel d'impôt doit être confirmé. Il convient également de confirmer les taxations des années 2008 à 2011, les distributions effectuées durant ces années devant être ajoutées au bénéfice imposable. La recourante ne conteste au demeurant pas l'application du droit faite par l'autorité précédente à ce propos.
6.
6.1. A teneur de l'<ref-law>, respectivement 57 al. 1 LHID et 248 al. 1 LI/VD lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. La soustraction d'impôt est quant à elle prévue à l'<ref-law> (cf. également <ref-law> et 242 LI/VD). Selon cette disposition, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). Pour qu'il y ait soustraction au sens de cette disposition, il faut donc qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier.
6.2. En l'absence de contestation topique de la part de la recourante, le Tribunal cantonal n'a pas traité des amendes prononcées pour soustraction d'impôt, se limitant à constater à tort que celles pour les années 2008 et 2009 étaient prescrites (cf. consid. 4.4 ci-dessus) et à confirmer celles prononcées par l'Administration cantonale pour les années 2006, 2007 (amendes pour soustractions consommées), 2010 et 2011 (amendes pour tentative de soustraction). Si l'on peut regretter cette façon de procéder, s'agissant de droit fédéral, respectivement de droit cantonal harmonisé devant être appliqué d'office, on peut malgré tout confirmer les amendes prononcées par l'Administration cantonale pour les années 2006 à 2011, la recourante ne les ayant pas non plus contestées devant le Tribunal fédéral et reconnaissant, dans ses conclusions devant le Tribunal cantonal, qu'une amende devait être prononcée à son encontre pour les reprises qui n'ont pas été contestées. On doit retenir que les éléments objectif et subjectif fondant la condamnation sont réunis. La recourante n'a pas déclaré une partie de ses bénéfices et ses taxations pour les années 2006 et 2007, entrées en force étaient incomplètes, respectivement ses déclarations pour les années 2008 à 2011 ont été déposées en ne mentionnant pas une partie du bénéfice. En outre, compte tenu des éléments de fait qui ont été présentés ci-dessus (cf. consid. 3), il ne saurait être retenu autre chose qu'un comportement intentionnel de la part de la recourante. Par conséquent, l'arrêt entrepris doit être confirmé en tant qu'il concerne les amendes des années 2006, 2007, 2010 et 2011 et annulé en tant qu'il concerne celles des années 2008 et 2009, la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 devant être confirmée en tant qu'elle traite des amendes de ces deux dernières années.
7.
Sur le vu des considérants qui précèdent, le recours de la contribuable doit être rejeté aussi bien en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal. Le recours de l'Administration cantonale doit pour sa part être admis pour les deux catégories d'impôt. L'arrêt du Tribunal cantonal est annulé en tant qu'il concerne les amendes pour tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2008 et 2009 prononcées à l'encontre de la contribuable recourante et la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 doit être confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
8.
Succombant, la contribuable recourante doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF). Compte tenu de la répartition des frais et dépens pour la procédure qui s'est déroulée devant le Tribunal cantonal (en l'occurrence la contribuable a supporté l'entier des frais et n'a pas obtenu de dépens), il ne se justifie pas de renvoyer la cause à celui-ci pour qu'il procède à une nouvelle répartition (cf. <ref-law>).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_526/2019 et 2C_531/2019 sont jointes.
2.
Le recours de la société contribuable (cause 2C_531/2019) est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours de la société contribuable (cause 2C_531/2019) est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Le recours de l'Administration cantonale (cause 2C_526/2019) est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt du Tribunal cantonal est annulé dans la mesure où il a trait aux amendes pour tentative de soustraction d'impôt prononcées à l'encontre de la contribuable pour les années 2008 et 2009 et la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 est confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
5.
Le recours de l'Administration cantonale (cause 2C_526/2019) est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'arrêt du Tribunal cantonal est annulé dans la mesure où il a trait aux amendes pour tentative de soustraction d'impôt prononcées à l'encontre de la contribuable pour les années 2008 et 2009 et la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 est confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
6.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la contribuable recourante.
7.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la société recourante, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 12 novembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette

canton: CH

region: Federation

origin_facts:
Vu les faits suivants:
A. La société A._ (ci-après: la société ou la recourante), ayant son siège à ******** (VD), est inscrite au registre du commerce depuis le 8 décembre 1992. Elle est composée d'un capital social de 20'000 fr., lequel a été augmenté en 2011 à 100'000 francs. Elle a pour but le commerce de ferraille, la récupération des vieux métaux et la vente de matériel d'occasion.
B._ est l'associé gérant de A._, dont il possède l'entier du capital social.
B. La société a fait l'objet d'un contrôle fiscal relatif à du chiffre d'affaires non déclaré issu de ventes à la société C._ portant sur les années 1995 à 1999. La procédure a été clôturée par une proposition de rectification par procédure simplifiée signée le 29 novembre 2002.
C. Dans ses déclarations d'impôt relatives aux périodes fiscales 2003 à 2011, la recourante a déclaré le bénéfice et le capital imposables suivants:
Période fiscale Date de la déclaration d'impôt Bénéfice imposable Capital imposable 2003 21 septembre 2004 -2'198 fr. 58'958 fr. 2004 24 mars 2005 638 fr. 60'518 fr. 2005 16 mai 2006 4'102 fr. 65'258 fr. 2006 13 septembre 2007 11'643 fr. 76'901 fr. 2007 22 août 2008 9'200 fr. 86'102 fr. 2008 11 mai 2009 13'597 fr. 99'699 fr. 2009 25 mars 2010 5'000 fr. 104'699 fr. 2010 31 octobre 2011 31'624 fr. 136'324 fr. 2011 19 juin 2012 56'198 fr. 282'522 fr.
Par décision de taxation du 15 août 2005, l'Office d'impôt des personnes morales (ci-après: l'Office d'impôt) a fixé pour la période fiscale 2003 le bénéfice imposable à 0 fr. et le capital imposable à 58'000 francs.
Par décision de taxation du 23 février 2006, l'Office d'impôt a fixé pour la période fiscale 2004 le bénéfice imposable à 0 fr. et le capital imposable à 65'000 francs.
Par décision de taxation du 8 mars 2007, l'Office d'impôt a fixé pour la période fiscale 2005 le bénéfice imposable à 4'100 fr. et le capital imposable à 60'000 francs.
Par décision de taxation du 27 mars 2008, l'Office d'impôt a fixé pour la période fiscale 2006 le bénéfice imposable à 11'600 fr. et le capital imposable à 76'000 francs.
Par décision de taxation du 15 avril 2009, l'Office d'impôt a fixé pour la période fiscale 2007 le bénéfice imposable à 9'200 fr. et le capital imposable à 86'000 francs.
Dans le cadre de la procédure de taxation des périodes fiscales 2008 et 2009, l'Office d'impôt a adressé une demande de pièces à la recourante le 21 février 2011, laquelle a répondu le 14 avril 2011.
D. A défaut d'avoir obtenu une réponse complète, l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'ACI ou l'autorité intimée) a ouvert le 19 septembre 2012 à l'encontre de la société une procédure pour rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes fiscales 2003 à 2011, ayant des soupçons que des ventes de ferraille n'auraient pas été comptabilisées dans la société.
Un contrôle des comptes de la société a eu lieu le 25 juin 2013 dans les bureaux de son mandataire.
Le 1er juillet 2013, l'ACI a requis de la société qu'elle fasse remplir à des tiers des attestations d'intégralité relatives aux ventes effectuées auprès de ces derniers.
E. Le 2 décembre 2013, l'ACI a ouvert à l'encontre de l'associé gérant de la société une procédure de rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes fiscales 2003 à 2007 en raison de soupçons de prestations appréciables en argent. Cette procédure a fait l'objet d'une décision du 11 décembre 2017, d'une décision sur réclamation du 27 juin 2018, puis d'un recours devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) enregistré sous la référence FI.2018.0155, jugé par arrêt séparé rendu ce jour.
Une procédure parallèle a été ouverte le même jour pour les périodes fiscales 2008 à 2011, vu le mariage de l'associé gérant intervenu en 2008. Cette procédure a fait l'objet d'une décision du 11 décembre 2017, d'une décision sur réclamation du 27 juin 2018, puis d'un recours devant la CDAP enregistré sous la référence FI.2018.0156, jugé par arrêt séparé rendu ce jour.
F. Le 13 janvier 2014, l'ACI a demandé à la société de produire d'autres pièces (bail à loyer concernant la location d'un terrain à ********, documents concernant des frais privés payés par la société, etc.). La même date, elle a rappelé sa demande de pièces du 1er juillet 2013.
Le 18 février 2014, l'ACI a rappelé à la société sa demande de pièces du 13 janvier 2014.
Le 21 février 2014, elle a sommé la société de produire les documents demandés par courriers des 1er juillet 2013 et 13 janvier 2014.
Le 13 mars 2014, la société a répondu aux deux demandes de pièces.
Le 18 août 2014, l'ACI a établi un avis de prochaine clôture de l'enquête pour soustraction et tentative de soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2003 à 2011, faisant étant d'un complément d'impôt (ICC et IFD) de 166'893 fr. 80. Un délai a été imparti à la société pour faire valoir ses observations.
Celle-ci s'est déterminée par courriers des 12 septembre et 18 décembre 2014.
G. Par décision de rappel d'impôt, de taxation définitive et de prononcé d'amendes rendue le 8 décembre 2016, l'ACI a fixé le montant du complément d'impôt (ICC et IFD) à 121'937 fr. 15 et des amendes (ICC et IFD) à 110'800 fr. pour les périodes fiscales 2003 à 2011. Le tableau des reprises sur le bénéfice ICC et IFD de la recourante se présente comme suit:
Pos. Libellé Années de calculs 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 Total ICC et IFD Définitive Définitive Définitive Définitive Définitive Non taxée Non taxée Non taxée Non taxée 440'525 1'002 66'962 13'035 963 1'375 367 508 415 2'689 1 ELEMENTS SOUSTRAITS 82'178 473 20'329 1'424 983 1'375 202 37 10'815 20'029 1'302 710 1'388 508 415 140 1'311 165 222 1.01 1.02 1.03 1.04 1.05 Chiffre d'affaires réalisé avec C._ non comptabilisé Chiffre d'affaires réalisé avec D._ non comptabilisé Frais relatifs au terrain à ********: - Frais architecte, ingénieur, administratif Frais privés: - Téléphones et factures Billag - Assurance-maladie et accident privée - 2 congélateurs neufs - Rotary et abonnement Terre & Nature - Remplacement conduite suite à fuite d'eau - Prime assurance bâtiment Amendes non admises comme charges d'exploitation 1'478 380 4'143 1'708 520 118'767 529 1'493 100 102'682 1'494 120 121'940 26'604 1'437 460 TOTAL DES ELEMENTS SOUSTRAITS AVANT IMPOTS 1'858 6'371 120'889 104'296 150'441 107'001 32'856 2'451 1'698 527'861 Provision impôts ICC et IFD sur reprises soustraites 0 -1'828 -28'219 -24'196 -34'902 -24'824 -7'622 -569 -389 -122'549 TOTAL DES ELEMENTS SOUSTRAITS 1'858 4'543 92'670 80'100 115'539 82'177 25'234 1'882 1'309 405'312 2 2.01 ELEMENTS NON SOUSTRAITS Part privée sur véhicule insuffisante 689 689 TOTAL DES ELEMENTS NON SOUSTRAITS AVANT IMPOTS 0 0 0 0 0 0 0 0 689 689 Provision impôts ICC et IFD sur reprises non soustraites 0 0 0 0 0 0 0 0 -158 -158 TOTAL DES ELEMENTS NON SOUSTRAITS 0 0 0 0 0 0 0 0 531 531 3 TOTAL DES REPRISES SUR LE BENEFICE 1'858 4'543 92'670 80'100 115'539 82'177 25'234 1'882 1'840 405'843
Le tableau des reprises effectuées sur le capital de la recourante se présente comme suit:
Pos. Libellé Années de calculs 31.12.03 31.12.04 31.12.05 31.12.06 31.12.07 31.12.08 31.12.09 31.12.10 31.12.11 Définitive Définitive Définitive Définitive Définitive Non taxée Non taxée Non taxée Non taxée 1 ELEMENTS SOUSTRAITS TOTAL DES ELEMENTS SOUSTRAITS 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 ELEMENTS NON SOUSTRAITS TOTAL DES ELEMENTS NON SOUSTRAITS AVANT PROVISION 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TOTAL PROVISION IMPOTS ICC ET IFD 0 -1'828 -30'047 -54'243 -89'145 -113'969 -121'591 -122'160 -122'707 TOTAL DES ELEMENTS NON SOUSTRAITS 0 -1'828 -30'047 -54'243 -89'145 -113'969 -121'591 -122'160 -122'707 3 TOTAL DES REPRISES SUR LE CAPITAL 0 -1'828 -30'047 -54'243 -89'145 -113'969 -121'591 -122'160 -122'707
Le 23 décembre 2016, la recourante a formé une réclamation contre cette décision.
H. Le 16 janvier 2017, le dossier a été transmis au Centre de Compétences (CC) Entreprises de l'ACI.
Par courrier du 5 mai 2017, l'ACI a requis des compléments d'informations à la recourante, qui a répondu le 16 juin 2017 et a sollicité un entretien.
Un entretien a eu lieu dans les locaux de l'ACI le 21 septembre 2017. A son issue, la recourante s'est engagée à remettre certains documents. Pour sa part, l'ACI s'est engagée à vérifier les calculs d'évolution de fortune effectués dans le cadre du dossier concernant l'associé gérant de la société.
Le 21 novembre 2017, la recourante a transmis des documents.
L'ACI en a accusé réception par courrier du 30 janvier 2018. Elle a informé la recourante qu'elle avait procédé à un calcul des évolutions de fortune de l'associé gérant et qu'elle arrivait à un train de vie négatif. Elle a sollicité des explications sur ce point.
La recourante a répondu le 16 mars 2018, en indiquant notamment que son associé gérant avait vendu des pièces d'or et des véhicules pour assurer son train de vie.
Le 20 mars 2018, l'ACI a demandé au Service des automobiles et de la navigation un relevé des véhicules immatriculés au nom de l'associé gérant, qu'elle a obtenu le même jour. Il ressort de ce relevé que deux motocycles ont été immatriculés au nom de ce dernier pour les années 2003 à 2012.
Le 12 avril 2018, l'ACI a informé la recourante qu'une décision sur réclamation serait rendue.
Par décision du 26 juin 2018, l'ACI a très partiellement admis la réclamation formée contre la décision du 8 décembre 2016, en ce sens qu'elle a abandonné les reprises concernant la période fiscale 2003 en raison de la péremption, ainsi que quelques reprises pour les années 2004 à 2008, à défaut de pouvoir les justifier par pièces signées (déduction de 4'143 fr. en 2004, 641 fr. 30 [-112 fr. 25] en 2005, 7'036 fr. 50 en 2005 et 473 fr. 45 en 2008 de la reprise n° 1.01). Elle a également annulé la reprise n° 1.03 relative aux frais de développement du terrain de la recourante. Enfin, elle a annulé les amendes prononcées pour les périodes fiscales 2003 à 2005, vu l'atteinte du délai de prescription de l'action pénale, et a adapté le montant des amendes pour les périodes 2006 à 2011 en raison de l'abandon de certaines reprises.
I. Le 26 juillet 2018, la recourante s'est pourvue contre cette décision devant la CDAP, par le biais de sa fiduciaire. Elle a pris les conclusions suivantes:
"1. Admettre le recours de A._ dans le sens suivant:
- Modifier les reprises en lien avec les prestations appréciables octroyées à B._ selon détail développé dans le recours, ainsi que les amendes y relatives
- Adapter les amendes aux reprises non-contestées
2. Mettre les frais de procédure à la charge de l'intimée.
3. Allouer des dépens au recourant."
Par avis du 31 juillet 2018, le juge instructeur a notamment invité la recourante à indiquer si elle souhaitait que la procédure de recours soit menée de manière unifiée en ce sens qu'il soit statué, dans un seul arrêt, tant sur le volet "taxation" du litige que sur le volet "amendes".
Le 28 août 2018, la recourante a indiqué qu'elle optait pour la procédure unifiée.
Le 13 septembre 2018, l'ACI a déposé sa réponse dans laquelle elle conclut au rejet du recours.
Invitée à déposer d'éventuelles observations complémentaires, la recourante ne s'est pas manifestée.
J. La Cour a statué par voie de circulation.
Les arguments des parties seront repris ci-dessous dans la mesure utile.

origin_considerations:
Considérant en droit:
1. A teneur de l’art. 140 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le contribuable peut s'opposer à la décision sur réclamation de l'autorité de taxation en s'adressant, dans les trente jours à compter de la notification de la décision attaquée, à une commission de recours indépendante des autorités fiscales. Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11), le recours au Tribunal cantonal s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours ayant été interjeté dans la forme prescrite (cf. art. 140 al. 2 LIFD et 79 de la loi cantonale du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]) et le délai de trente jours, il y a lieu d’entrer en matière.
2. Le litige porte, d'une part, sur les reprises opérées par l'ACI dans le bénéfice imposable de la recourante pour les périodes fiscales 2004 à 2011 (la reprise concernant la période fiscale 2003 ayant été abandonnée par l'ACI en raison de l'atteinte du délai de péremption à fin 2018, cf. art. 152 al. 3 LIFD et 208 al. 3 LI), et, d'autre part, sur les amendes infligées pour soustraction et tentative de soustraction fiscale pour les années 2006 à 2011 (les amendes relatives aux périodes fiscales 2003 à 2005 ayant été annulées par l'ACI en raison de la prescription de l'action pénale, cf. art. 184 LIFD et 254 LI).
3. a) En tant qu’il protège le droit de l'accusé de ne pas s'incriminer lui-même (selon l'adage "nemo tenetur se ipsum accusare vel procedere"), l'art. 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101) s’applique à la procédure fiscale de caractère pénal. En revanche, le contentieux qui se rapporte à la taxation fiscale n’entre pas dans le champ d’application de cette disposition; partant, la maxime précitée ne vaut pas dans ce domaine (arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme Ferrazzini c. Italie du 12 juillet 2001, Recueil 2001-VII p. 327, par. 29, et J. B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001-III p. 455; ATF 138 IV 47 consid. 2.6.1 p. 51; 132 I 140 consid. 2.1 p. 145 s.; 121 II 257 consid. 4b p. 264 s., et les références citées). Afin d'éviter que les renseignements obtenus dans la procédure de taxation – à laquelle le contribuable a le devoir de collaborer – ne soient utilisés pour les besoins de la procédure pénale dans laquelle l'accusé a le droit de se taire, le Tribunal cantonal statue en deux étapes: il rend un arrêt partiel sur la taxation, avant de se prononcer, par un arrêt séparé, sur les amendes. Avec l'accord des contribuables toutefois, il peut adopter une procédure unifiée et rendre un arrêt unique statuant aussi bien sur la taxation que sur les amendes (CDAP FI.2016.0149 du 12 mars 2018 consid. 3; FI.2015.0069 du 11 juillet 2016 consid. 3; FI.2010.0015 du 7 avril 2014 consid. 3).
b) Interpellée sur ce point, la recourante a déclaré par courrier du 28 août 2018 qu'elle souhaitait que la procédure soit menée de manière unifiée. Le présent arrêt portera ainsi tant sur le rappel d'impôt que sur les amendes pour soustraction et tentative de soustraction d'impôt, pour autant que celles-ci soient contestées.
4. a) Les tribunaux cantonaux, lorsqu'ils se prononcent sur une question relevant tant de l'impôt fédéral direct que de l'impôt cantonal et communal, comme en l'occurrence, doivent en principe rendre deux décisions – qui peuvent toutefois figurer dans le même arrêt –, l'une pour l’impôt fédéral direct et l'autre pour l’impôt cantonal et communal, avec des motivations séparées et des dispositifs distincts, ou du moins un dispositif distinguant expressément les deux impôts. Cette exigence se justifie par le fait qu'il s'agit d'impôts distincts, qui reviennent à des collectivités différentes et font l'objet de procédures et de taxations séparées (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262, et les références citées). Il y a lieu cependant de relativiser cette jurisprudence lorsque la question juridique à trancher par l'autorité cantonale de dernière instance est réglée de la même façon en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé et peut, partant, être soumise à un raisonnement identique. Dans un tel cas, il est admissible de statuer sur le litige par un seul arrêt, sans que le dispositif ne distingue entre les deux catégories d'impôt; encore faut-il que la motivation de l'arrêt permette de saisir clairement que l'arrêt vaut aussi bien pour un impôt que pour l'autre (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.).
b) En l'espèce, les questions à trancher sont les mêmes pour les deux catégories d'impôt, les règles sur le rappel d'impôt et sur l'imposition du bénéfice étant similaires en droit fédéral et cantonal. La Cour statuera dès lors en un seul arrêt, sans distinguer entre l'impôt fédéral direct, d'une part, et l'impôt cantonal et communal, d'autre part, comme la jurisprudence qui vient d'être rappelée lui permet de le faire (cf. CDAP FI.2018.0074 du 22 novembre 2018 consid. 2; FI.2016.0149 du 12 mars 2018 consid. 4; FI.2016.0013 du 14 novembre 2017 consid. 3).
5. La recourante conteste le bien-fondé de la reprise effectuée dans son bénéfice imposable pour les périodes fiscales 2004 à 2009 (reprise n° 1.01 du tableau ci-dessus présenté sous let. G).
a) Pour les périodes fiscales 2004 à 2007, qui ont fait l'objet d'une taxation définitive et exécutoire, la reprise est soumise aux conditions du rappel d'impôt, qui seul autorise la réouverture par l’autorité fiscale d’une taxation entrée en force.
D'après les art. 151 al. 1 LIFD, 53 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et communes (LHID; RS 642.14), ainsi que l'art. 207 al. 1 LI, dont les teneurs sont identiques, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
Le rappel d'impôt est le pendant, en faveur du fisc, de la révision en faveur du contribuable (cf. TF 2C_640/2010 du 11 décembre 2010 consid. 4.3). Cette procédure porte sur la perception d'impôts qui n'ont pas pu être prélevés par l'administration cantonale au cours de la taxation ordinaire. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il implique qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale; il suppose aussi l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque-là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 p. 364; TF 2C_676/2016 du 5 décembre 2017 consid. 4.1; 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.3, in RDAF 2015 II 267; 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 8.1, in RDAF 2012 II 37).
L'autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l'autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie, lorsqu'il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 p. 365; TF 2C_676/2016 du 5 décembre 2017 consid. 4.1; 2C_632/2012 du 28 juin 2013 consid. 3.4; 2C_1225/2012 du 7 juin 2013 consid. 3.1 et les références citées). Il incombe au contribuable de démontrer que l’autorité de taxation aurait, le cas échéant, dû connaître l’élément nouveau qu’elle invoque à l’appui du rappel (Hugo Casanova/Claude-Emmanuel Dubey, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Noël/Aubry Girardin [éds], 2ème éd. Bâle 2017, n° 6 ad art. 153 LIFD).
b) Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a; cf. également art. 94 al. 1 let. a LI), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let b; cf. également art. 94 al. 1 let. b LI). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ("Massgeblichkeitsprinzip"), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; 132 I 175). Au nombre des prélèvements visés par l'art. 58 al. 1 let. b LIFD figurent notamment les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b 5ème tiret).
Il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. par exemple ATF 143 IV 228 consid. 4.1 p. 231; 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.; TF 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 5.1). Il convient ainsi d'examiner si la prestation aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, soit si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence ("Dealing at arm's length"; ATF 138 II 545 consid. 3.2 p. 549; 138 II 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées, in RDAF 2012 II p. 299; TF 2C_644/2013 du 21 octobre 2013 consid. 3.1, 2C_798 et 799/2015 du 26 septembre 2016).
c) Il appartient à l'autorité fiscale de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158; TF 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 7.1). Dans le domaine des distributions dissimulées de bénéfice, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158; TF 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).
6. Il convient d'examiner ci-après le bien-fondé des reprises effectuées par l'autorité intimée dans le bénéfice imposable de la recourante.
a) La seule reprise contestée (reprise n° 1.01) a trait à du chiffre d'affaires réalisé avec l'entreprise C._, qui n'a pas été comptabilisé par la recourante.
Il ressort de l'extrait du registre du commerce que la recourante est active dans le domaine de la récupération de vieux métaux, ainsi que dans la vente de ferraille et de matériel d'occasion. Selon ses explications, elle achète ou récupère auprès de tiers des métaux de plus ou moins grande valeur pour les revendre. En contrepartie, elle se voit octroyer des notes de crédit qu'elle encaisse cash ou sous forme de virements bancaires après livraison chez les clients. Il peut également arriver que le client vienne chercher directement la marchandise dans ses locaux. Le chiffre d'affaires de la société a principalement été réalisé, durant les périodes concernées par le rappel d'impôt, avec les sociétés C._ et D._.
Sur la base d'attestations d'intégralité remises notamment par C._, l'ACI a constaté que les ventes effectuées par la recourante, comptabilisées dans les achats de C._, n'avaient pas été intégralement comptabilisées dans le chiffre d'affaires de A._. La différence portant sur les périodes fiscales 2004 à 2009 s'élève à 441'527 fr. et correspond, selon l'ACI, à des ventes encaissées en cash par la recourante.
La recourante nie avoir effectué ces ventes. Elle soutient que toute personne peut livrer de la marchandise sous son nom chez C._. Elle indique que durant les années 2004 à 2009, le comptable de C._ confiait l'argent à son responsable commercial, E._, lequel était chargé de le remettre en mains propres aux différents ferrailleurs. E._ ne lui aurait jamais versé cet argent et a été licencié par C._ en raison de soupçons de malversation. La recourante en veut pour preuve que les notes de crédit libellées à son nom n'auraient pas été signées par son associé gérant. Sa signature aurait été falsifiée. Elle déclare se sentir victime d'une arnaque, qui aurait été mise en place par E._ dans le but de blanchir des livraisons de marchandises chez C._ en faisant croire que les matériaux provenaient de chez elle. Elle accuse également E._ d'avoir commercialisé chez C._ des marchandises de peu de valeur emportées gratuitement de chez A._.
C._ a confirmé dans une attestation du 13 novembre 2017 que différentes personnes pouvaient lui livrer de la marchandise pour le compte de la recourante, mais qu'elles ne pouvaient pas encaisser de l'argent en cash. En effet, la note de crédit ou la quittance de caisse était signée par la personne qui attestait être le propriétaire de la marchandise livrée. C._ a également confirmé que son comptable remettait l'argent destiné au paiement notamment de la recourante à E._, à charge de ce dernier de payer les fournisseurs. Les responsables de C._ ont en outre reconnu à l'occasion d'une discussion avec l'ACI avoir eu des soupçons de malversation à l'encontre de E._, lequel a été licencié. Aucune plainte n'a toutefois été déposée.
La question est donc de savoir si les ventes litigieuses, qui ont été comptabilisées chez C._ comme des achats payés en cash à la recourante, résultent de livraisons de cette société.
C._ a remis à l'ACI les pièces justificatives liées aux ventes contestées par la recourante. Il s'agit de notes de crédit, parfois accompagnées d'autres justificatifs (bulletins de pesage du camion de livraison ou ordres de transport indiquant le lieu d'enlèvement de la marchandise).
Le tableau récapitulatif des documents répertoriés par l'ACI pour justifier les reprises maintenues dans sa décision sur réclamation se présente comme suit:
Numéro de la note de crédit Date figurant sur la note de crédit Indication sur le transport Lieu d'enlèvement Signature sur le document Prix de vente encaissé en cash 42'262 22.03.2005 8'403 fr. 55 42'329 31.03.2005 7'968 fr. 30 42'747 04.05.2005 A._ 7'301 fr. 75 43'039 01.07.2005 6'837 fr. 45 43'376 30.08.2005 Bulletins de pesage visés 15'626 fr. 75 43'552 09.09.2005 4'786 fr. 60 44'099 02.12.2005 Bulletins de pesage visés 60'806 fr. 05 45'386 30.04.2006 23'624 fr. 65 45'966 17.07.2006 12'998 fr. 10 46'169 16.08.2006 15'850 fr. 75 46'571 30.09.2006 Bulletins de pesage visés 25'148 fr. 90 47'114 01.10.2006 Bulletins de pesage visés 5'786 fr. 30 47'138 30.11.2006 75 fr. 75 47'249 01.10.2006 482 fr. 05 47'250 30.11.2006 151 fr. 50 47'282 18.12.2006 Bulletins de pesage visés Document non signé 18'563 fr. 90 47'837 19.01.2007 275 fr. 45 48'481 23.04.2007 16'305 fr. 70 48'746 31.05.2007 43'697 fr. 50'841 11.12.2007 A._ B._ / F._ 16'017 fr. 55 50'898 18.12.2007 Bulletins de pesage visés A._ B._ / F._ 45'644 fr. 80 24'666 03.04.2008 A._ B._ / F._ 31'511 fr. 50 25'203 04.06.2008 A._ B._ / F._ 32'160 fr. 80 26'080 09.09.2008 A._ B._ / F._ 18'505 fr. 60 26'803 30.01.2009 A._ B._ / F._ 9'816 fr. 35 28'493 15.12.2009 998 fr. 80 Total des reprises maintenues par l'ACI, mais contestées par la recourante 429'345 fr. 90
aa) L'ACI a répertorié en annexe à son courrier du 5 mai 2017 toutes les signatures des notes de crédit contestées. L'autorité consent que ces paraphes sont différentes les unes des autres. En principe, elles commencent par un O, pour B._, sauf dans quelques cas où elles commencent par un C. Elle constate que si la signature usuelle de B._ a évolué au fil des ans, elle commence toujours par un C. Cela est également corroboré par les documents d'identités signés de l'associé gérant produits par la recourante dans le cadre de la procédure de réclamation.
La recourante soutient que la signature de son associé a été grossièrement imitée par un tiers. Selon elle, seule l'authentification des signatures permettrait d'identifier de manière fiable le bénéficiaire de l'argent remis en espèces. De l'avis de l'ACI, si la signature apposée sur les notes de crédit ne renseigne guère sur l'identité du signataire, d'autres éléments fournissent des renseignements fiables, qui permettent d'établir que la société a procédé aux ventes litigieuses et encaissé l'argent remis en espèces.
La Cour constate à l'instar de l'autorité intimée que les signatures apposées sur les documents, trop différentes les unes entres elles, ne permettent pas d'établir avec certitude qu'elles proviennent de la main de l'associé gérant. A cela s'ajoute que C._ a confirmé que l'identité de la personne qui livre des marchandises – et encaisse l'argent – n'est pas vérifiée au moyen, par exemple, de la présentation d'une pièce d'identité. Seule la signature est demandée pour l'encaissement du montant figurant sur la note de crédit. Il est ainsi possible, comme le prétend la recourante, que la signature de son associé ait été imitée. Il est toutefois curieux que la recourante ou son associé, qui se prétendent victimes d'une infraction pénale, n'aient pas déposé plainte pour faux dans les titres (cf. art. 251 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 [CP; RS 311.0]), constatant que l'usage abusif de leur signature était susceptible de porter gravement atteinte à leurs intérêts pécuniaires. La prescription de l'action pénale pour cette infraction n'était au demeurant pas atteinte lorsque la recourante a pris connaissance des notes de crédit prétendument falsifiées, soit au plus tard en 2016 (cf. art. 97 al. 1 let. b CP).
Il paraît néanmoins peu probable qu'une personne ayant pour dessein de falsifier la signature de B._ procède de manière aussi grossière, en la faisant débuter par un O au lieu d'un C. On aurait pu s'attendre à ce que l'auteur du méfait travaillant chez C._ tente de copier plus fidèlement la signature de sa victime, qu'il connaissait vraisemblablement puisque la recourante reconnaît que certaines notes de crédit ont été signées par son associé. Cela étant, une expertise graphologique en vue d'authentifier les signatures n'est pas nécessaire puisque d'autres éléments de preuve permettent d'affirmer que la recourante a effectué les ventes litigieuses.
bb) Il ressort en effet des bulletins de pesage visés par un employé de C._ se rapportant à des transactions mentionnées dans les notes de crédit du tableau ci-haut (cf. colonne "indication sur le transport"), que la marchandise a été livrée par le camion de la recourante, son nom apparaissant sous la rubrique "client". Ainsi, selon le bulletin de pesage du 2 décembre 2005 à 15h12, pris en exemple par l'ACI, la recourante a livré, avec son camion, 340 kg de "radiateurs alu/cuivre" et 2'644 kg d'"alu plaques offset pures" à C._. Ces livraisons figurent dans la note de crédit n° 44099 du 2 décembre 2005, qui mentionne le prix de chaque livraison, soit 612 fr. pour les radiateurs et 5'288 fr. pour l'alu plaques. Ces ventes, ainsi que les autres répertoriées dans cette note de crédit (pour un total de 60'806 fr. 05), ne figurent pas dans le chiffre d'affaires comptabilisé de la société. Si le bulletin de pesage visé mentionnant le camion de la recourante permet déjà d'établir que celle-ci a livré la marchandise, la présence de son associé gérant dans les locaux de C._ le 2 décembre 2005 est corroborée par une troisième pièce. En effet, à 15h23, soit quelques minutes après les livraisons de radiateurs et d'alu plaques, une quittance de caisse portant sur d'autres livraisons (vieille tôle de zinc, jantes en aluminium, catalyseurs, cuivre neuf, douilles en laiton mélangées et déchets de bronze) a été émise par C._ et signée par B._. Il s'agit d'une quittance de caisse comptabilisée par la recourante, remise en annexe à son courrier du 16 mars 2018 adressé à l'ACI. On peut dès lors déduire de ces trois documents que contrairement à ce que prétend la recourante, son associé gérant était présent dans les locaux de C._ le 2 décembre 2005, qu'il a lui-même effectué la livraison de "radiateurs alu/cuivre" et d'"alu plaques offset pures" mentionnée dans le bulletin de pesage et qu'il a encaissé en espèces la somme de 60'806 fr. 05 figurant sur la note de crédit établie à la même date.
La recourante soutient qu'il n'est pas concevable d'effectuer à quelques minutes d'intervalle une vente "officielle", dont le produit est comptabilisé, et une autre au noir, en utilisant pour le surplus deux signatures différentes (une pour la note de crédit commençant par C et une autre pour la quittance de caisse commençant par O). Or, la Cour relèvera à l'instar de l'ACI qu'il est tout à fait plausible que la recourante n'ait comptabilisé qu'une partie du produit des livraisons effectuées le même jour et qu'elle ait encaissé l'autre partie au noir, ainsi que cela se produit régulièrement dans les dossiers ayant trait à du chiffre d'affaires non déclaré. Il est également envisageable que l'associé de la recourante ait utilisé une signature pour les transactions déclarées et une autre pour celles non déclarées.
Certes, de tels bulletins de pesage n'existent pas (ou n'ont pas été produits) pour l'ensemble des transactions figurant dans les notes de crédit. Cela étant, ces pièces constituent une preuve supplémentaire permettant de lier les ventes litigieuses à la recourante.
cc) L'ACI a également mis en évidence que pour six transactions du tableau présenté ci-haut (cf. colonne "lieu d'enlèvement"), des ordres de transport signés de la main d'un certain "F._ " attestent que des matériaux ont été enlevés par un camion de C._ dans les locaux de la recourante. Ainsi, ces documents mentionnent comme lieu d'enlèvement "A._ " et portent la signature susmentionnée sur la ligne réservée à la "signature client". Les marchandises enlevées par C._ figurent dans les notes de crédit dont le produit n'a pas été comptabilisé par la recourante.
La recourante explique que les matériaux enlevés chez elle par C._ consistaient en des déchets sans valeur. Une benne vide aurait été mise à sa disposition par C._ et aurait été enlevée gratuitement par cette dernière, au retour d'une course, ce qui aurait évité tout frais de transport.
Concernant la signature figurant sur ces ordres de transport, la recourante souligne qu'aucune personne portant le nom de "F._ " n'a fait partie de son effectif. Elle reconnaît cependant qu'un dénommé "G._ " a été son employé, mais seulement à compter de l'année 2011, soit après les transactions litigieuses intervenues en 2008 et 2009. Elle dénonce les insinuations de l'ACI selon lesquelles elle aurait engagé du personnel au noir avant 2011.
Pour le reste, la recourante indique que son associé n'était pas présent lors de l'enlèvement des bennes, ni durant le transport, ni pendant le pesage de la marchandise chez C._. Elle suppose ainsi que E._ profitait d'une entrée officielle de marchandises en provenance de chez elle pour "blanchir" une livraison de marchandises au noir issue d'un commerce parallèle.
Les explications de la recourante ne convainquent pas. A l'évidence, la personne ayant signé les ordres de transport chez la recourante devait être au service de cette dernière au moment des faits. Elle indique elle-même que son associé n'était pas présent lors de l'enlèvement de la benne par C._, soit lorsque les ordres de transport étaient signés. Il se trouve en plus qu'un certain G._ a effectivement travaillé officiellement pour le compte de la recourante à partir de 2011. Or si cette personne n'y travaillait pas déjà en 2008 et 2009, on ne s'explique pas pourquoi sa signature figure sur les ordres de transport, qui plus est, sur la rubrique réservée à la "signature client". La recourante n'apporte aucun éclaircissement à ce sujet.
Comme le relève l'ACI, les notes de crédit démontrent en outre que contrairement aux affirmations de la recourante, C._ lui facturait le débarras des déchets sans valeur parfois contenus dans la benne avec les autres métaux (cf. notes de crédit n° 45386 ou 45966). Il est autrement plus douteux de prétendre que le débarras se faisait gratuitement, au retour d'une autre course de C._, dès lors qu'il ressort des ordres de transport que le camion de cette entreprise effectuait régulièrement deux allers-retours le même jour jusqu'à la société pour enlever la benne. Ces ordres de transport détaillent en outre précisément le contenu de la marchandise (ferraille, métaux, aluminium, inox) emportée, ce qui porte à croire qu'il ne s'agissait pas que de déchets, mais bien de métaux qui possédaient une valeur marchande, comme cela ressort des notes de crédit correspondantes.
Ces ordres de transport s'ajoutent ainsi aux autres pièces du dossier qui permettent d'affirmer que la recourante a procédé aux ventes litigieuses sans les comptabiliser.
dd) Du reste, il convient de constater que le chiffre d'affaires de 2004 à 2009 de la société, même augmenté des reprises effectuées par l'ACI, demeure dans la fourchette du chiffre d'affaires usuellement réalisé par la recourante, ce que celle-ci ne conteste pas.
b) Outre les pièces répertoriées par l'ACI, l'examen de l'évolution de la fortune de l'associé gérant démontre que ce dernier a bénéficié de prestations appréciables en argent provenant de la société. En se basant sur les éléments de revenu et de fortune déclarés par B._, l'ACI a constaté que le montant mensuellement disponible pour couvrir ses dépenses était clairement insuffisant, voire négatif. Ainsi, pour les années 2005 à 2007, le revenu mensuel déclaré par l'associé s'est élevé à 5'000 fr. brut, versé 12 fois l'an. Celui-ci n'en prélevait toutefois que 1'500 fr. par mois, le solde étant comptabilisé en remboursement de son compte courant. L'analyse de l'ACI a également démontré que l'associé avait fait des économies en 2006 et 2007 (augmentation de l'épargne privée de 21'724 fr. en 2006 à 41'384 fr. en 2007) et que sa créance envers la société avait aussi augmenté (39'129 fr. en 2005 à 44'258 en 2006). En 2007, l'associé est devenu débiteur de la société pour un montant de 15'788 fr. 95. Cela était dû, selon les explications de l'ACI non contestées, à un emprunt de 80'000 fr. contracté par ce dernier auprès de la société pour acquérir un terrain. En faisant abstraction de cet investissement extraordinaire, sa créance aurait encore augmenté en 2007 à 64'211 fr. (80'000 fr. - 15'788 fr. 95).
Interpellé à plusieurs reprises sur cette évolution de fortune négative (cf. courriers de l'ACI du 4 juillet 2014, du 7 octobre 2014, du 7 mai 2015, du 14 décembre 2015, du 1er juillet 2016 et du 30 janvier 2018), l'associé est resté longtemps muet sur ce point. Il a indiqué pour la première fois le 16 mars 2018 qu'il avait vendu, entre 2004 et 2011, des pièces de monnaie de collection et des voitures pour assurer son train de vie, sans pour autant fournir de justificatifs. Il a toutefois transmis un tableau répertoriant les gains réalisés par la vente de ces objets (10'000 fr. en 2005 et 15'000 fr. en 2006 provenant de la vente de pièces de monnaie, 30'000 fr. en 2007 provenant de la vente de véhicule et de pièces de monnaie). Il a en outre soutenu que l'ACI avait retenu à tort dans sa décision un rendement immobilier de 24'000 fr. en lieu et place de 30'000 fr. dans ses revenus et a fait remarquer qu'elle n'avait pas tenu compte d'un remboursement de son assurance-maladie de 7'859 fr. intervenu en 2007.
La recourante n'a pas repris ces arguments dans le cadre du présent recours. Ainsi, comme l'a retenu l'ACI dans sa décision sur réclamation, les montants des gains réalisés par son associé par la vente de voitures et de pièces de monnaie sont douteux et ne sont corroborés par aucune pièce. L'attestation du Service des automobiles et de la navigation obtenue par l'ACI mentionne d'ailleurs que l'associé ne possédait aucun véhicule immatriculé à son nom au moment des ventes qu'il allègue. Il n'existe en outre aucune entrée d'argent correspondante sur ses comptes pour les années concernées.
S'agissant du rendement immobilier annuel retenu par l'ACI, il convient effectivement de tenir compte de revenus locatifs de 30'000 fr. par an et non de 24'000 fr. (= loyer brut - 20% de frais d'entretien déduits par l'ACI), la location d'un immeuble entraînant forcément des frais d'entretien qui peuvent être estimés à 20%. Quoi qu'il en soit, même si l'on ne tient pas compte de cette déduction, le solde mensuel disponible de l'associé reste insuffisant pour couvrir ses dépenses. Quant à la somme versée par son assurance-maladie, elle n'entraîne aucune augmentation du patrimoine dès lors qu'elle a préalablement été décaissée pour payer des frais médicaux (mouvement de liquidités neutre). Partant, le tableau d'évolution de fortune établi par l'ACI ne prête le flanc à la critique. La recourante n'ayant pas pu justifier les problèmes détectés dans l'évolution de fortune de son associé, ni prouver avec quels moyens financiers celui-ci couvrait ses dépenses mensuelles, il convient de présumer qu'il a vécu grâce aux distributions dissimulées de bénéfice de la société.
c) On ne saurait non plus occulter le fait qu'à la clôture d'un contrôle fiscal portant sur les années 1995 à 1999, la recourante a accepté la proposition de règlement de l'ACI démontrant ainsi qu'elle acquiesçait les reprises effectuées pour un montant total de 65'866 francs. Déjà à cette époque, les autorités fiscales lui avaient notamment reproché de ne pas avoir déclaré du chiffre d'affaires réalisé avec les sociétés C._ et D._. Il semble dès lors peu vraisemblable que dès 2003, les différences constatées entre les montants comptabilisés comme achats dans les comptes de C._ et non reportés comme ventes chez la recourante résultent d'un stratagème mis en place par la première société pour nuire à la seconde ou avantager son responsable commercial. La décision sur réclamation confirme également plusieurs autres reprises dans le bénéfice de la recourante qui n'ont pas été contestées par celle-ci (cf. reprise n° 1.04 relative aux frais privés payés par la société). La recourante semble ainsi durablement peiner à se conformer à ses obligations de contribuable, ce qui conduit immanquablement les autorités fiscales – et la Cour de céans – à accroître leur méfiance à l'égard de ses allégations. On notera également la persistance de la recourante à nier l'évidence en allant par exemple jusqu'à prétendre que le dénommé "F._ " ne travaillait pas pour elle entre 2007 et 2009 lorsqu'il a signé, pour son compte, les ordres de transport de C._. On relèvera enfin la mesure dont l'ACI a fait preuve en ne confirmant dans sa décision sur réclamation que les reprises pour lesquelles il existe des documents portant la signature de l'associé, alors même que d'autres pièces (sans signature) produites par C._ tendent à démontrer que la recourante n'aurait pas déclaré d'autres ventes conclues avec cette société.
A défaut d'avoir démontré l'exactitude de ses allégations contraires, un faisceau d'indices suffisants permet de conclure que la recourante a procédé à des distributions dissimulées de bénéfice dans le but de le diminuer, ces distributions correspondant à l'argent comptant encaissé par son associé suite à des ventes chez C._, non comptabilisées par la société.
c) Compte tenu de l'ensemble de ces éléments, les reprises dans le bénéfice imposable relatives au chiffre d'affaires réalisé avec C._ non comptabilisé (reprises n° 1.01) doivent être confirmées.
7. Il convient dans un second temps d'examiner les amendes confirmées par l'autorité intimée pour soustraction et tentative de soustraction d'impôt.
a) Dans sa décision sur réclamation, l'ACI a annulé les amendes pour les périodes fiscales antérieures à 2006 en raison de la prescription de l'action pénale.
aa) Depuis le 1er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). En cas de tentative de soustraction d'impôt, ce délai est ramené à six ans (art. 184 al. 1 let. a LIFD). Selon le nouvel art. 184 al. 2 LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1 LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 254 LI a la même teneur. En vertu des art. 205f LIFD et 277h LI, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant le 1er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. TF 2C_11/2018 du 10 décembre 2018 consid. 5.2; 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3).
bb) En application du nouveau droit, plus favorable à la recourante, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée commise lors des périodes fiscales 2003 à 2005 était effectivement prescrite, aussi bien pour l'IFD que l'ICC, au moment du prononcé d'amendes intervenu le 8 décembre 2016. C'est ainsi à juste titre que l'autorité intimée a annulé les amendes relatives à ces périodes fiscales et qu'elle a confirmé les amendes pour les années 2006 et 2007, le délai de prescription de dix ans n'ayant pas encore été atteint.
Cela étant, l'ACI a faussement appliqué ce délai de prescription décennal aux années fiscales 2008 à 2011 lors desquelles une tentative de soustraction d'impôt a été commise. Pour ces périodes n'ayant pas fait l'objet de taxations définitives antérieures, il convenait d'appliquer le délai de prescription de six ans prévu par les art. 184 al. 1 let. a LIFD et 254 al. 1 let. a LI. La poursuite pénale était ainsi prescrite pour les années 2008 et 2009 lorsque l'autorité a rendu sa décision de prononcés d'amendes, le 8 décembre 2016. Le recours doit ainsi être partiellement admis sur ce point et la décision attaquée modifiée en ce sens que les amendes prononcées pour les années fiscales 2008 et 2009 sont annulées.
b) Pour le reste, la recourante ne conteste pas la quotité des amendes ICC et IFD prononcées, mais demande uniquement à ce qu'elles soient "adaptées aux reprises non-contestées". Vu la confirmation des reprises opérées par l'autorité intimée, il sied de confirmer également le montant des amendes, sous réserve de leur annulation pour les années 2008 et 2009, en se dispensant d'examiner leur quotité non discutée.
8. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission très partielle du recours et à la réforme de la décision attaquée en ce sens que les amendes ICC et IFD prononcées pour les périodes fiscales 2008 et 2009 sont annulées.
Les frais doivent être entièrement mis à la charge de la recourante, qui succombe dans une large mesure, et qui n'a pas invoqué le moyen tiré de la prescription de l'action pénale conduisant à l'admission partielle du recours (art. 49 al. 1, 91 et 99 LPA-VD, 2 al. 1 du tarif des frais judiciaires et des dépens en matière administrative [TFJDA; BLV 173.36.5.1]). Pour le même motif, il n'y a pas lieu de lui allouer des dépens (art. 55, 56 al. 1, 91 et 99 LPA-VD).