facts:
Faits :
A.
A._, né en 1976, a subi une lésion traumatique du genou droit en 2005. La demande de prestations qu'il avait déposée en 2006 en raison de cette atteinte à la santé a été rejetée par l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) en 2007.
Le 1 er novembre 2011, l'assuré a déposé une nouvelle demande de prestations consécutive à une intervention sur le genou droit effectuée en février 2011. D'autres opérations ont eu lieu en 2013, 2014 et 2015. Par décision du 9 mars 2015, l'office AI a rejeté la nouvelle demande (rente d'invalidité et mesures professionnelles), car le taux d'invalidité (4 %) était insuffisant pour ouvrir droit à ces prestations.
B.
A._ a déféré cette décision au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales. Un mandat d'expertise orthopédique a été confié aux docteurs B._ (spécialiste en chirurgie orthopédique et traumatologie de l'appareil locomoteur, chef de clinique au sein du Service de chirurgie orthopédique et traumatologie de l'appareil moteur de l'hôpital D._), et C._ (interniste dans le même service), qui ont déposé leur rapport le 12 février 2019.
Par jugement du 7 mai 2019, la juridiction cantonale a rejeté le recours.
C.
A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. A titre principal, il conclut au versement d'une rente entière d'invalidité du 1 er janvier 2014 au 30 septembre 2018 sur la base d'un taux d'invalidité de 100 %, ainsi qu'à l'octroi de mesures de reclassement professionnel en raison d'un degré d'invalidité de 17,46 %. A titre subsidiaire, il conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente, respectivement à l'administration, afin d'instruire la situation médicale après l'intervention du 7 septembre 2015. Il sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il statue par ailleurs sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'en écarter doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut pas être pris en considération.
2.
Les constatations de l'autorité cantonale de recours sur l'atteinte à la santé, la capacité de travail de la personne assurée et l'exigibilité - pour autant qu'elles ne soient pas fondées sur l'expérience générale de la vie - relèvent d'une question de fait et ne peuvent donc être contrôlées par le Tribunal fédéral que sous un angle restreint (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 398). On rappellera, en particulier, qu'il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 205). Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 53).
3.
3.1. Le litige porte sur le droit du recourant à une rente d'invalidité du 1er janvier 2014 au 30 septembre 2018 ainsi qu'à des mesures de réadaptation d'ordre professionnel. Compte tenu des conclusions et motifs du recours, il s'agit en particulier de déterminer si la juridiction cantonale a admis à juste titre que le recourant présentait une pleine capacité de travail dans une activité adaptée. Il faut aussi préciser que le droit éventuel du recourant à une rente d'invalidité au-delà du 9 mars 2015 ne saurait être examiné dans le cadre du présent procès, car la date de la décision administrative marque la limite temporelle du pouvoir d'examen du juge (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 411 et les références).
3.2. La solution du litige ressortit aux art. 8, 28 al. 1 et 2, 28a et 29 al. 1 LAI, et 16 LPGA, mentionnés par la juridiction cantonale. Cette dernière a aussi rappelé les principes relatifs à la valeur probante des rapports médicaux (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 232 et les références), et à la libre appréciation des preuves (art. 61 let. c LPGA). Il suffit d'y renvoyer.
4.
4.1. Sur la base de l'appréciation des experts judiciaires (rapport des docteurs B._ et C._ du 12 février 2019), la Cour des assurances sociales a constaté que le recourant présentait une instabilité postéro-interne post-traumatique du genou droit de grade I à II. Au jour de l'expertise, la situation devait être considérée comme stable, mais à un degré insatisfaisant, dans la mesure où aucune intervention chirurgicale ne pourrait à l'avenir améliorer la situation du recourant. Nonobstant la persistance d'une sensation d'instabilité et de douleurs, le recourant disposait d'une pleine capacité de travail dans une activité strictement adaptée à ses limitations fonctionnelles (principalement sédentaire, sans port de charges, sans déplacement de plus de 20 à 40 minutes par jour), une activité dans le domaine de la manutention ou un travail de précision léger étant parfaitement envisageable. Malgré les multiples interventions subies depuis le 18 février 2011, la situation n'avait pas connu de modification notable.
Sur un plan médical strict, les juges cantonaux ont constaté que le recourant n'avait fait valoir aucun grief susceptible de remettre en cause les conclusions circonstanciées des docteurs B._ et C._. Les brèves considérations du recourant relatives à la multiplicité des interventions chirurgicales, dont il déduisait une absence de capacité de travail et d'aptitude à la réadaptation, n'étaient pas de nature à jeter le doute sur le bien-fondé des conclusions de l'expertise.
4.2. Les premiers juges ont arrêté le degré d'invalidité à 7 %, découlant de la comparaison d'un revenu sans invalidité de 63'173 fr. 15 en 2012 (valeur indexée), avec un revenu d'invalide établi sur la base des statistiques salariales de l'Enquête suisse sur la structure des salaires auquel a été appliqué un abattement de 10 %, soit 58'659 fr. 10.
Compte tenu du taux d'invalidité de 7 %, le droit du recourant à un reclassement dans une nouvelle profession a été nié.
5.
5.1. Le recourant déclare ne pas remettre en cause la valeur probante de l'expertise judiciaire. En revanche, il conteste la lecture qu'en a faite la juridiction cantonale, à qui il reproche d'avoir retenu qu'il aurait présenté un taux de capacité de travail constant depuis février 2011 jusqu'à la date de la consultation par les experts de l'hôpital D._. A cet égard, il fait observer que tant dans le rapport d'expertise des docteurs B._ et C._ que dans l'exposé de l'évolution de sa situation médicale, il avait été rappelé qu'il avait subi de très nombreuses interventions chirurgicales entre 2011 et 2015, respectivement qu'il s'était trouvé en incapacité de travail durant les périodes suivantes: du 18 février au 30 août 2011 (100 % d'incapacité), du 1er septembre au 30 novembre 2011 (50 % d'incapacité), du 1er décembre 2011 au 1er janvier 2012 (25 % d'incapacité). Compte tenu de l'évolution de l'état de son genou droit et en particulier des interventions médicales pratiquées les 14 janvier 2013, 1er septembre 2014 puis le 7 septembre 2015, de l'absence de stabilisation suffisante de son état de santé, et du fait qu'il se déplaçait encore avec une canne lors d'une consultation au Service médical régional le 27 mai 2014, le recourant soutient qu'il n'est pas question de lui reconnaître la moindre capacité de travail de manière continue entre le 1er janvier 2013 jusqu'au 6 juin 2018, date de la consultation d'expertise, même dans le cadre d'une activité adaptée, pas plus qu'une aptitude à suivre un reclassement professionnel.
En conséquence, son droit à une rente d'invalidité devrait être reconnu de manière provisoire entre le 1er janvier 2014, soit à l'échéance d'une année après l'intervention d'ostéotomie de valgisation de janvier 2013, jusqu'au 30 septembre 2018, trois mois après le jour de la consultation d'expertise (6 juin 2018) où la situation était pratiquement stabilisée.
5.2. En ce qui concerne la comparaison des revenus, le recourant conteste uniquement l'abattement de 10 % appliqué sur le revenu d'invalide statistique. Il demande la prise en compte d'un taux de 15 % voire de 20 % à ce titre, compte tenu de l'existence de différents facteurs défavorables, soit des difficultés linguistiques, une absence de formation, ainsi que des séquelles importantes de complications au niveau du genou droit.
Dès lors qu'un abattement de 20 % aboutirait à un taux d'invalidité de 17,46 %, le recourant soutient avoir droit à un reclassement professionnel.
6.
6.1. Dans leur rapport d'expertise du 12 février 2019, les docteurs B._ et C._ ont attesté que la situation était insatisfaisante après plusieurs chirurgies et que le pronostic de stabilisation du genou était mauvais, si bien que l'état n'était pas stabilisé (rapport, p. 16, ch. 7). Les experts ont toutefois aussi indiqué que la situation pouvait être considérée comme stable à un degré insuffisant, malgré tous les traitements de physiothérapie et de rééducation (p. 16, ch. 9).
La question de la stabilisation de l'état de santé et de l'étendue de la capacité de travail n'a pas été concrètement discutée par la juridiction cantonale qui s'est limitée à reprendre les réponses des experts judiciaires (cf. consid. 5b du jugement attaqué). Le recourant, qui est seul à soutenir qu'il était resté entièrement incapable de travailler durant plusieurs années à compter du 1er janvier 2013, ne démontre toutefois pas en quoi l'administration et l'appréciation des preuves procéderaient d'une violation du droit (art. 61 let. c LPGA); en particulier il ne fait pas état d'éléments cliniques ou diagnostiques concrets et objectifs susceptibles de mettre en cause les constatations de fait de la juridiction cantonale, ni de motifs pouvant établir le caractère arbitraire de l'appréciation du tribunal cantonal.
On précisera que les arrêts 8C_1023/2008 et 8C_584/2009 cités par le recourant ne sont pas pertinents parce qu'ils concernent des règles propres à l'assurance-accidents qui ne sont pas applicables dans le présent cas. En tout état de cause, en vertu de son obligation de réduire le dommage, il incombe à l'assuré de mettre sa capacité de gain à profit dès que cela est médicalement exigible. A cet égard, il ressort de l'anamnèse figurant dans le rapport d'expertise judiciaire qu'une incapacité de travail durable (y compris dans une activité adaptée) avait prévalu uniquement au cours de l'année 2011; elle avait toutefois cessé en 2012 et n'entrait donc plus en ligne de compte pour l'octroi d'une rente (cf. <ref-law>). Au début de l'année 2012, le recourant se trouvait ainsi en mesure d'occuper à plein temps une activité lucrative adaptée à l'état non entièrement stabilisé de son genou droit, les docteurs B._ et C._ n'ayant pas attesté que les interventions chirurgicales pratiquées au cours des années suivantes auraient causé ou pu engendrer des incapacités de travail durables dans une activité adaptée.
Il s'ensuit que le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de l'autorité précédente relatives à sa capacité de travail (<ref-law>).
6.2. En ce qui concerne la fixation du revenu d'invalide, les premiers juges ont exposé les raisons pour lesquelles ils n'entendaient pas s'écarter de l'abattement de 10 % que l'intimé avait appliqué sur le salaire statistique (<ref-ruling>; consid. 6c/cc du jugement entrepris). Comme le recourant ne démontre pas que la juridiction cantonale aurait commis un excès ou un abus de son pouvoir d'appréciation en confirmant cette valeur (les difficultés linguistiques et l'absence de formation invoquées ne sont pas pertinentes dans ce contexte), l'abattement de 10 % ne sera donc pas modifié.
En conséquence, le taux d'invalidité est de 7 % et se situe donc largement en-dessous du seuil de 20 % permettant d'ouvrir droit à un reclassement (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 403). Le recours s'avère également mal fondé sur ce point.
7.
Vu l'issue de la procédure, le recourant doit supporter les frais y afférents (<ref-law>). Il a cependant déposé une demande d'assistance judiciaire visant à la dispense des frais judiciaires et à la désignation d'un avocat d'office. Dès lors que les conditions d'octroi en sont réalisées (art. 64 al. 1 et 2 LTF), l'assistance judiciaire lui est accordée. Le recourant est toutefois rendu attentif au fait qu'il devra rembourser la Caisse du Tribunal fédéral, s'il retrouve ultérieurement une situation financière lui permettant de le faire (<ref-law>).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
L'assistance judiciaire est accordée pour la procédure fédérale et Maître David Métille est désigné comme avocat d'office du recourant.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant. Ils sont toutefois supportés provisoirement par la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Une indemnité de 2800 fr. est allouée à l'avocat du recourant à titre d'honoraires à payer par la Caisse du Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 23 janvier 2020
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Parrino
Le Greffier : Berthoud


facts:
Faits :
A.
A.a. La société X._ SA (ci-après: ou la Société 1), dont le siège est à Genève, a pour but l'acquisition, la possession, l'exploitation et la vente d'immeubles sis dans le canton de Genève. Son capital-actions est de 50'000 fr. Aux termes de l'art. 3 de ses statuts, X._ SA peut "consentir et/ou garantir des avances à ses actionnaires ou en faveur de tiers". A._ a été l'administrateur de X._ SA depuis sa fondation et jusqu'au mois de janvier 2004. A cette date, B._ sa fille, a été nommée administratrice avec signature collective à deux. Depuis 2005, B._ est administratrice unique de X._ SA.
La société C._ SA (ci-après: ou la Société 2), dont le siège se situe à Genève, a pour but "toutes opérations commerciales, achat, vente, représentation, conseils techniques, gérance, participations et toutes opérations financières s'y rapportant". Son capital-actions est de 25'000'000 fr. Les administrateurs de C._ SA sont A._, ses filles B._ et D._ ainsi que son beau-fils E._.
B.
B.a. Un contentieux fiscal oppose depuis des années X._ SA à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale). Après plusieurs demandes de renseignements, échanges de vue, décisions et réclamations, l'Administration cantonale a rendu, le 24 octobre 2016, dix décisions sur réclamation relatives aux années fiscales 2006 à 2015. Pour ce qui intéresse la présente cause, ces décisions concernaient notamment le traitement fiscal des éléments comptables suivants:
- un prêt accordé par X._ SA à A._ en 1993, s'élevant en 2006 à 10'579'785 fr.;
- un prêt consenti par X._ SA à A._ en 2011, pour un montant de 16'700'254 fr.;
- un prêt octroyé par X._ SA à F._ (qui détenait à l'époque 32 % du capital-actions de X._ SA) en 2011 et un prêt accordé par X._ SA à C._ SA en 2011, pour un montant global de 8'694'390 fr.
Dans ses décisions sur réclamation du 24 octobre 2016, l'Administration cantonale a retenu que ces prêts devaient être considérés comme des prêts fictifs (ou simulés). Sur cette base, elle a modifié (pour les années 2006 à 2010), respectivement maintenu (pour les années 2011 à 2015) les taxations contestées, s'agissant tant de l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) que des impôts cantonal et communal (ci-après: ICC).
B.b. Le 23 novembre 2016, X._ SA a recouru contre les décisions sur réclamation du 24 octobre 2016 devant le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI). Le 2 octobre 2017, après avoir implicitement joint les causes, cette autorité a rejeté le recours. Confirmant l'approche adoptée par l'Administration cantonale, le TAPI a retenu, en particulier, que les prêts octroyés à A._, F._ et C._ SA devaient être qualifiés de fictifs et constituaient une prestation appréciable en argent.
B.c. Le 6 novembre 2017, X._ SA a interjeté recours contre le jugement du TAPI auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). De l'avis de la recourante, il était notamment erroné d'estimer que les prêts consentis à A._, F._ et C._ SA étaient simulés.
Par arrêt du 28 août 2018, la Cour de justice a rejeté le recours de X._ SA. Cette autorité a considéré en particulier que, au vu des circonstances de l'espèce et des éléments au dossier, les conditions pour qualifier les prêts litigieux de fictifs étaient remplies.
C.
A l'encontre de l'arrêt du 28 août 2018, X._ SA dépose un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut en substance, sous suite de frais et dépens, à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que "les avances et prêts aux actionnaires et personnes proches" sont considérés comme étant conformes à l'usage commercial et que le provisions y relatives peuvent être déduites de son bénéfice imposable. En outre, X._ SA demande "pour le surplus et au besoin" le renvoi de la cause à l'Administration cantonale pour que cette autorité rende des nouvelles décisions de taxation "tenant compte de ce qui précède". Subsidiairement, X._ SA requiert l'annulation de l'arrêt entrepris et le renvoi de la cause à la Cour de justice ou à l'Administration cantonale "pour nouveau jugement et nouveaux bordereaux de taxation dans le sens des allégués et griefs du présent recours".
La Cour de justice renonce à transmettre des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale dépose des déterminations et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie à l'arrêt attaqué et propose le rejet du recours.

considerations:
Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt valant tant pour l'ICC que pour l'IFD de la recourante, ce qui est en principe admissible, dès lors qu'il ressort clairement dudit arrêt et du recours que le litige porte sur les deux catégories d'impôts (arrêt 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 1).
2.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 116).
2.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte (cf. également les art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11] et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par la contribuable destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF, le présent recours est recevable.
2.2. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Le document que la recourante a transmis au Tribunal fédéral le 4 octobre 2018 ("pièce 0quinquies"), daté du 3 octobre 2018, est un moyen de preuve nouveau établi postérieurement à l'arrêt entrepris. Par conséquent, la Cour de céans ne peut pas le prendre en considération.
3.
3.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 377 s.). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; arrêt 2C_793/2018 du 13 mars 2019 consid. 2).
En l'occurrence, la recourante invoque une constatation arbitraire des faits au sujet des garanties que la Société 2 lui aurait proposées afin d'assurer le remboursement des prêts accordés à ladite société et à A._ (recours, p. 8). Cette critique sera examinée ci-dessous (infra consid. 4). Pour le reste, dans la mesure où la recourante présente une argumentation partiellement appellatoire, en complétant ou en modifiant librement l'état de fait retenu dans l'arrêt entrepris, sans exposer en quoi les conditions qui viennent d'être rappelées seraient réunies, le Tribunal fédéral ne peut pas en tenir compte. Il statuera donc sur la base des faits tels qu'ils ont été constatés dans l'arrêt attaqué. En particulier, la Cour de céans retiendra, ce qui ressort expressément de l'arrêt entrepris, que l'éventualité que la Société 2 puisse recouvrer la créance qu'elle essaye de faire valoir depuis 1992 auprès de la fédération de Russie n'apparaît pas vraisemblable (arrêt attaqué, p. 34 s.). Les critiques que la recourante avance à ce sujet sont en effet purement appellatoires et ne peuvent pas être prises en considération.
3.2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF; arrêts 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 3.2 et 2C_797/2017 du 19 mars 2018 consid. 2).
4.
La recourante invoque une constatation arbitraire des faits s'agissant des engagements pris en 2017 par la Société 2 afin de garantir le prêt que la Société 1 lui avait accordé. Elle invoque également un établissement manifestement inexact des faits au sujet des garanties proposées par la Société 2 en 1992 et en 2017 en faveur de A._ (recours, p. 8). De l'avis de la contribuable, la Cour de justice aurait arbitrairement omis de tenir compte de ces éléments de fait, lesquels auraient pourtant été propres à prouver que A._ et elle-même "bénéficieront de manière certaine des montants que la fédération de Russie versera à [la Société 2]" (recours, p. 8).
4.1. S'agissant de l'appréciation des preuves et des constatations de fait, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
4.2. En l'espèce, la Cour de justice a retenu - ce que la recourante ne remet pas en question sous l'angle de l'arbitraire (cf. supra consid. 3.1) - que la Société 2 était, depuis 1992, dans une situation financière difficile "en raison du non-remboursement de la créance russe" (arrêt attaqué, p. 34), qu'elle ne disposait pas des moyens lui permettant de rembourser le prêt que la recourante lui avait octroyé en 2011 et qu'il n'était pas vraisemblable qu'elle puisse recouvrer la créance qu'elle essayait de faire valoir auprès de la fédération de Russie depuis 1992. Dans ces circonstances, la question de savoir si la Société 2 a effectivement proposé des garanties à la Société 1 n'est pas pertinente pour l'issue du litige, dans la mesure où il ressort de l'arrêt entrepris que, de toute manière, ces garanties n'auraient eu aucune valeur. La constatation des faits opérée par la Cour de justice à ce sujet est donc exempte d'arbitraire.
I. Impôt fédéral direct
5.
5.1. Le présent litige porte sur la question de savoir si les prêts octroyés par la Société 1 à A._, F._ et la Société 2 constituent des prestations appréciables en argent. La Cour de justice, considérant qu'il s'agissait de prêts simulés, a retenu que tel était le cas.
5.2. L'autorité précédente a exposé le droit applicable (art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD) et la jurisprudence relative à la notion de prêt simulé (<ref-ruling> consid. 5 p. 62 ss; arrêts 2C_252/2014 du 12 février 2016 consid. 2.4 et 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.3) et, plus en général, aux prêts qu'une société accorde à un actionnaire ou à un proche (<ref-ruling> consid. 5 p. 94 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 et 3.2 p. 60 s.; arrêts 2C_252/2014 du 12 février 2016 consid. 2.2 et 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.2) de façon correcte et détaillée. Il y est donc renvoyé.
5.3. En l'occurrence, il n'est pas contesté que les bénéficiaires des prêts litigieux sont des personnes proches de la recourante. A._ en a été l'administrateur jusqu'en 2004. Il est en outre administrateur et actionnaire de la Société 2. Quant à F._, au moment de l'octroi du prêt, elle détenait 32 % du capital-actions de la recourante. Il sied ainsi d'examiner si, sur la base de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, les conditions pour qualifier les prêts en question de prestations appréciables en argent sont remplies.
I/a. Le prêt accordé à A._ en 1993
5.4.
5.4.1. La Cour de justice a retenu que le prêt octroyé par la Société 1 à A._ en 1993 était simulé. La question de savoir si tel était effectivement le cas souffre de demeurer indécise. En effet, comme on le verra ci-dessous (consid. 5.4.2), ce prêt constitue de toute manière une prestation appréciable en argent. Dès lors, la question, plus spécifique, consistant à savoir si le prêt était en réalité simulé, faute de volonté de remboursement initiale de la part de A._, n'a pas besoin d'être tranchée (pour un cas similaire, cf. arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.7.2).
5.4.2. Sur la base des éléments de fait retenus dans l'arrêt attaqué, force est de constater que le prêt octroyé en 1993 à A._ n'aurait jamais été accordé à un tiers aux mêmes conditions.
En premier lieu, l'octroi du prêt n'a été assorti d'aucune garantie. Or, bien que l'arrêt entrepris n'indique pas quel était le montant initial du prêt, la Cour de justice a constaté que celui-ci s'élevait en 2006 à 10'579'785 fr., soit environ 70 % des actifs de la recourante. Au vu des montants en jeu, le fait qu'aucune garantie n'ait été exigée par la Société 1 apparaît pour le moins insolite. En outre, l'autorité précédente a constaté que le prêt n'avait pas fait l'objet d'un contrat écrit, qu'aucun plan de remboursement n'avait été mis en place et que A._ n'avait jamais manifesté aucune volonté de s'acquitter de sa dette. A cela s'ajoute le fait que, malgré la détérioration de la situation financière de A._, la recourante n'a pas invité l'intéressé à lui soumettre un échéancier en vue du remboursement du prêt.
Dans ces circonstances, indépendamment de l'éventuel caractère simulé du prêt octroyé en 1993 à A._, c'est à bon droit que la Cour de justice a considéré que ledit prêt constituait une prestation appréciable en argent.
I/b. Le prêt accordé à A._ en 2011
5.5. En 2011, le prêt octroyé à A._ a été augmenté de 16'700'254 fr. et représentait ainsi 85,80 % des actifs de la Société 1, ce qui constitue un pourcentage très élevé. En outre, il ressort des faits constatés dans l'arrêt entrepris - que la recourante ne remet pas en question sur ce point sous l'angle de l'arbitraire (cf. supra consid. 3.1) - que, en 2011, A._ ne disposait d'aucune fortune ni d'aucun revenu imposable et que l'éventuelle garantie représentée par les engagements que la Société 2 aurait prétendument pris en sa faveur n'avait de toute manière aucune valeur au vu de la situation financière de la société en question (cf. supra consid. 4.2). Par ailleurs, le prêt a été accordé sans convention écrite et en l'absence de toute condition (termes de remboursement, taux d'intérêt,..). Au vu de ces éléments, notamment de la situation financière très délicate de A._ au moment de l'octroi du prêt, c'est sans violer le droit fédéral que les juges cantonaux ont qualifié le prêt accordé à l'intéressé en 2011 de simulé, celui-ci n'étant pas en mesure d'exécuter dans la durée et par ses propres moyens les obligations découlant du prêt (cf. arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.3).
I/c. Le prêt accordé à F._ en 2011
5.6. En 2011, la Société 1 a également octroyé un prêt à F._. La Cour de justice a relevé que la recourante avait produit, en cours de procédure, le contrat y relatif, faisant état d'un prêt de 2'350'000 fr. à un taux d'intérêt de 2,25 %.
5.6.1. Il ressort des faits retenus dans l'arrêt attaqué, que la contribuable ne remet pas en question sur ce point par une motivation conforme à l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 3.1), qu'en 2011 les revenus et la fortune de F._ étaient nuls. La recourante affirme certes que cette constatation de fait serait "fau[sse]" et soutient avoir produit devant la Cour de justice "deux pièces [...] attestant de l'existence d'une fortune nette excédant CHF 5 millions et du fait que Madame F._ ne faisait l'objet d'aucune poursuite ou acte de défaut de biens" (recours, p. 11). A ce sujet, il sied toutefois de relever, en premier lieu, que l'intéressée n'indique pas avec précision la nature des "deux pièces" en question et qu'elle n'expose pas en quoi la Cour de justice les aurait écartées de manière arbitraire. En outre, après examen du dossier, force est de constater que le seul document produit par la recourante devant l'autorité précédente attestant que la fortune nette de F._ en 2011 était "supérieure à 5 millions de francs" est une "déclaration sur l'honneur" établie par celle-ci le 22 novembre 2016 (cf. pièce 28 du bordereau de pièces produit par la recourante auprès de la Cour de justice), laquelle n'a qu'une valeur probante très limitée. Quant à l'attestation de l'Office des poursuites du canton de Genève, datée du 25 juillet 2011 (cf. pièce 29 du bordereau de pièces produit par la recourante auprès de la Cour de justice), elle démontre uniquement qu'à cette date F._ ne faisait l'objet d'aucune poursuite ni acte de défaut de biens, mais ne fournit aucune indication quant à l'état de fortune de l'intéressée. Enfin, et surtout, le bordereau de taxation ICC 2011 de F._ et de son mari (cf. art. 105 al. 2 LTF) fait état d'un revenu imposable et d'une fortune imposable nuls. Au vu de ces éléments, les critiques de la recourante au sujet de l'insolvabilité de F._ en 2011, à supposer qu'elles soient recevables, ne peuvent qu'être écartées.
5.6.2. Pour le reste, l'autorité précédente a constaté que l'emprunteuse n'avait procédé à aucun versement à titre de remboursement ou de paiement d'intérêts. Il ne ressort par ailleurs pas de l'arrêt entrepris que le prêt consenti en 2011 à F._ aurait fait l'objet d'une quelconque garantie de la part de celle-ci.
5.6.3. Au vu de l'ensemble de ces circonstances, notamment de l'insolvabilité de F._ au moment de l'octroi du prêt, c'est à bon droit que les juges cantonaux ont qualifié celui-ci de fictif. Le fait que, contrairement aux autres prêts dont il est ici question, celui accordé à F._ ait fait l'objet d'un contrat écrit, n'y change rien, dans la mesure où cet élément ne constitue qu'un indice parmi d'autres dans l'examen du caractère simulé (ou pas) d'un prêt.
I/d. Le prêt accordé à la Société 2 en 2011
5.7. Quant au prêt octroyé à la Société 2 en 2011, dont l'arrêt entrepris n'indique pas le montant mais précise que, ajouté à celui consenti à F._, il représente 8'694'390 fr., c'est également à juste titre que la Cour de justice a considéré qu'il était simulé. En effet, le prêt a été accordé sans convention écrite et sans prévoir aucun plan de remboursement, à un moment où les prêts aux actionnaires et personnes proches dépassaient les actifs de la société 1 (arrêt entrepris, p. 35). En outre, et surtout, l'autorité précédente a constaté - ce que, encore une fois, la recourante ne critique pas sous l'angle de l'arbitraire (cf. supra consid. 3.1) - que la Société 2 ne disposait pas des moyens lui permettant de rembourser le prêt litigieux.
I/e. Conclusion intermédiaire
5.8. Il ressort de ce qui précède que les prêts litigieux (doit trois étaient simulés) doivent tous être qualifiés de prestations appréciables en argent. Partant, c'est sans violer le droit fédéral que la Cour de justice a confirmé l'appréciation du TAPI et de l'Administration cantonale à ce sujet. Le recours doit donc être rejeté s'agissant de l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2006 à 2015.
II. Impôt cantonal et communal
6.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (<ref-ruling> consid. 10 p. 101; arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 6). Il peut ainsi être renvoyé s'agissant de l'impôt cantonal et communal à la motivation développée en matière d'impôt fédéral direct. Le recours doit par conséquent aussi être rejeté s'agissant de l'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales 2006 à 2015.
7.
En résumé, le recours doit être rejeté tant en ce qui concerne l'IFD 2006 à 2015 que l'ICC 2006 à 2015.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct 2006 à 2015.
2.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal 2006 à 2015.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 29 août 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Ermotti

canton: CH

region: Federation


facts:
Faits :
A.
Le 16 avril 2018, le Tribunal de police des Montagnes et du Val-de-Ruz a reconnu A._ coupable d'infractions aux art. 19 al. 1 et 2, 19a de la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121), de lésions corporelles simples, de dommages à la propriété, de menaces, de blanchiment d'argent et d'infraction à l'art. 33 de la loi fédérale du 20 juin 1997 sur les armes, les accessoires d'armes et les munitions (LArm; RS 514.54). Il l'a condamné à une peine privative de liberté de vingt mois, peine partiellement complémentaire à celles prononcées les 6 mai 2013, 10 juin, 23 juillet 2014 et 2 septembre 2015.
Par jugement du 20 décembre 2018, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel - composée des Juges Marie-Pierre de Montmollin, Présidente, B._ et Pierre Cornu - a notamment rejeté l'appel formé par le prévenu contre la décision susmentionnée et rectifié le dispositif du jugement de première instance en ce sens que A._ était condamné pour blanchiment d'argent sur la base de l'<ref-law> et non 305ter CP.
Le 29 mars 2019, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a partiellement admis le recours formé par A._ contre ce jugement et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision (cause 6B_155/2019). Cette autorité a confirmé la rectification du dispositif opérée par le tribunal cantonal (consid. 1) et le refus de ce dernier d'entendre dix personnes au cours de la procédure d'appel (consid. 2). Le Tribunal fédéral a ensuite considéré qu'au cours de la procédure d'appel, le prévenu avait pu s'exprimer de manière suffisante sur sa situation personnelle, sur les infractions de blanchiment d'argent et sur les agissements reprochés en lien avec l'altercation du 18 mars 2016; en revanche, A._ n'avait pas été interrogé sur le trafic de stupéfiants qui lui était reproché alors qu'il contestait les faits à cet égard. Le Tribunal fédéral a donc renvoyé la cause à la juridiction d'appel pour qu'elle "conduise de nouveaux débats d'appel conformes au droit fédéral"; il était encore précisé qu'il "appartiendra à l'autorité cantonale de déterminer l'ampleur que devra revêtir l'interrogatoire, au regard des preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance " (consid. 3.3).
B.
Par requête du 9 avril 2019, A._ a demandé la récusation des Juges cantonaux ayant statué le 20 décembre 2018; le requérant a également demandé l'octroi de l'assistance judiciaire. A l'appui de sa requête, il soutenait en substance que faute d'instruction de la part du Tribunal fédéral et vu les termes "forts et réitérés" employés dans le jugement d'appel, son interrogatoire plus détaillé par la Cour pénale ne serait qu'un "exercice formel vide de sens", les juges composant cette autorité ayant forgé leur intime conviction quant à la crédibilité de ses déclarations et sur sa culpabilité.
Le 2 mai 2019, les Juges Marie-Pierre de Montmollin et Pierre Cornu ont conclu au rejet de cette demande. Relevant agir au même titre, ils ont en particulier fait valoir que la condamnation reposait très largement sur l'appréciation d'autres moyens de preuve et qu'il n'avait jamais été dit que le requérant serait un "menteur patenté"; dès lors qu'il niait les faits, il était inhérent à l'appréciation de la culpabilité de se prononcer sur la crédibilité de ses déclarations.
Invité à se déterminer et vu le départ à la retraite du Juge D._ le 1 er mai 2019, le requérant a relevé que la requête concernant ce dernier était sans objet. A la suite de la récusation du Juge cantonal E._ - anciennement juge de première instance ayant siégé dans la cause relative à un co-prévenu et portant sur des faits en partie similaire à ceux reprochés au requérant -, ce dernier n'a formulé aucune objection sur la composition de la Cour pénale appelée à statuer sur sa requête de récusation. Le requérant a ensuite indiqué que les déterminations des deux juges intimés confirmaient une apparence objective de prévention.
Le 20 mai 2019, la Cour d'appel a déclaré la requête de récusation concernant l'ancien Juge cantonal D._ sans objet et l'a rejetée pour le surplus (ch. 1). Elle a octroyé l'assistance judiciaire au requérant pour la procédure de récusation (ch. 2) et a fixé les frais judiciaires à 400 fr., ceux-ci étant mis à la charge du requérant sous réserve des règles en matière d'assistance judiciaire (ch. 3). Elle a ensuite invité son mandataire à déposer dans les dix jours sa liste d'opération, l'avertissant qu'à défaut, il serait statué d'office sur son indemnité sur le vu du dossier (ch. 4). La cour cantonale a finalement déclaré que A._ était tenu, dès que sa situation financière le permettait, de rembourser au canton de Neuchâtel les frais d'honoraires alloués à son défenseur dans le cadre de la procédure de récusation (ch. 5).
C.
Par acte du 21 juin 2019, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens que les Juges Marie-Pierre de Montmollin et Pierre Cornu soient récusés pour la suite de la procédure CP_1. Il demande également l'annulation des chiffres 3 et 5 du dispositif cantonal. Par requête séparée du même jour, le recourant sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer, l'autorité précédente, ainsi que les deux juges intimés n'ont pas formulé d'observation, se référant à la décision attaquée. Le recourant n'a pas déposé d'écritures complémentaires.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat pénal peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale. Le recourant, auteur de la demande de récusation rejetée, a qualité pour recourir (<ref-law>). Pour le surplus, le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue par une autorité cantonale statuant en tant qu'instance unique (<ref-law> et 59 al. 1 let. c CPP) et les conclusions prises sont recevables (<ref-law>). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
Invoquant une violation de l'art. 56 let. f CPP, le recourant soutient que la lecture du jugement du 20 décembre 2018 auquel les deux juges intimés avaient participé démontrerait que leur opinion quant à la crédibilité de ses déclarations serait définitivement arrêtée; son audition, seule mesure préconisée par la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral et sans réelle instruction (cause 6B_155/2019), ne suffirait donc pas pour remettre en cause cette appréciation. Selon le recourant, l'issue de la procédure ne serait ainsi plus ouverte, ce que les observations déposées au cours de la procédure de récusation par les juges intimés viendraient confirmer.
2.1. Un magistrat est récusable, selon l'art. 56 let. f CPP, "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes. Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du magistrat est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 74).
De manière générale, les déclarations d'un magistrat - notamment celles figurant au procès-verbal des auditions - doivent être interprétées de manière objective, en tenant compte de leur contexte, de leurs modalités et du but apparemment recherché par leur auteur (arrêt 1B_186/2019 du 24 juin 2019 consid. 5.1 et l'arrêt cité). En particulier, les termes utilisés dans un jugement résultent en principe d'une réflexion achevée et ne peuvent être assimilés à ceux qu'un magistrat est susceptible d'exprimer un peu hâtivement, par exemple au gré d'une audience rendue tendue par le comportement des uns et des autres (arrêt 1B_351/2018 du 25 septembre 2018 consid. 2.3).
2.2. En l'occurrence, le recourant ne critique pas, sur son principe, le renvoi de la cause auprès des mêmes juges cantonaux, manière de procéder conforme à la jurisprudence. Celle-ci considère en effet que le magistrat appelé à statuer à nouveau après l'annulation d'une de ses décisions est en général à même de tenir compte de l'avis exprimé par l'instance supérieure et de s'adapter aux injonctions qui lui sont faites (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 74).
Il s'agit donc d'examiner si on se trouve dans la situation - exceptionnelle - où les magistrats intimés, par leur attitude ou leurs déclarations précédentes, ont clairement fait apparaître qu'ils ne seront pas capables de revoir leur position ou de reprendre la cause en faisant abstraction des opinions émises précédemment (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 146).
2.3. A cet égard, le recourant soutient que les passages suivants du jugement du 20 décembre 2018, mis en évidence dans sa requête de récusation, démontreraient que les juges intimés se seraient forgés une opinion ferme et définitive sur sa crédibilité :
- "la crédibilité générale des déclarations de A._ est plutôt faible " (consid. 5g p. 15);
- "la version de A._ [...] n'est pas crédible et ne trouve aucune assise dans le dossier" (consid. 5h p. 15);
- "en présence d'éléments amenant à douter, de manière générale, de la crédibilité de l'appelant" (consid. 5h p. 15);
- "ses déclarations [...] ne sont guère crédibles" (consid. 7g p. 23);
- "les tentatives d'explications du prévenu [...] ne sont pas convaincantes" (consid. 7i p. 23);
- "les dénégations de A._ [...] n'ont guère de poids, en plus des doutes généraux sur [s]a crédibilité" (consid. 7m p. 23 s.);
- "ses premières déclarations [...] ne sont guère crédibles" (consid. 8c p. 26);
- "sa deuxième tentative pour expliquer [...] n'est pas plus convaincante que la première" (consid. 8c p. 26).
Certes, les éléments susmentionnés font état d'un défaut de crédibilité - même général - des propos tenus par le recourant. Cela étant, cette conclusion découle de l'appréciation des moyens de preuve effectuée par l'autorité d'appel afin d'établir les faits et l'éventuelle culpabilité du recourant (cf. consid. 3.1 du jugement attaqué qui expose le contexte entourant ces expressions). Dans la mesure où ce dernier entend contester cette appréciation, il lui appartient de procéder par le biais de l'appel, respectivement du recours en matière de droit pénal au Tribunal fédéral; en revanche, la voie de la récusation n'est pas celle à suivre pour obtenir une telle correction. Dans le cadre d'une procédure de récusation, on ne saurait donc en principe reprocher aux juges intimés d'avoir effectué un examen entrant dans le cadre des tâches leur incombant, respectivement d'avoir écarté, de manière motivée, la version avancée par le recourant, faute en l'espèce de crédibilité. La cour cantonale a d'ailleurs relevé à juste titre qu'un tel raisonnement aurait pour conséquence de devoir désigner de nouveaux magistrats pour chaque reprise de procédure à la suite d'un renvoi dans les affaires où le prévenu conteste les faits qui lui sont reprochés et où sa version n'a pas été retenue.
2.4. Selon le recourant, les déterminations déposées par les juges intimés au cours de la procédure de récusation démontreraient aussi que l'issue de la cause serait prédéterminée. Le recourant se réfère en particulier à la phrase suivante desdites observations : "A la lecture du jugement du 20 décembre 2018, on constate que les déclarations du prévenu ne sont pas le fondement de sa condamnation et que celle-ci repose très largement sur l'appréciation des autres moyens de preuves administrés".
A teneur de la lettre de cette remarque, on comprend que la condamnation du recourant a pu être prononcée quasiment indépendamment des déclarations effectuées par celui-ci au cours de la procédure, puisque les autres moyens de preuve figurant au dossier suffisaient très largement pour établir sa culpabilité. Dans son arrêt de renvoi, le Tribunal fédéral n'a ordonné qu'une seule mesure d'instruction supplémentaire, soit l'audition du recourant par la juridiction d'appel afin qu'il puisse se prononcer sur l'accusation relative au trafic de stupéfiants, sur les résultats de la procédure préliminaire, ainsi que sur ceux de la procédure de première instance à cet égard (cf. arrêt 6B_155/2018 du 29 mars 2019 consid. 3.3). Le Tribunal fédéral n'a en revanche donné aucune autre instruction, notamment s'agissant de l'orientation à suivre lors de la confrontation du recourant à ces éléments de preuve et/ou de l'appréciation des preuves à effectuer par l'autorité d'appel. Vu ces circonstances particulières, le recourant peut dès lors légitimement craindre que ses futures déclarations devant la juridiction d'appel puissent n'avoir aucune réelle portée puisque sa culpabilité semble, de l'avis des juges concernés, pouvoir être établie sur la base d'autres éléments de preuve.
Au regard de ces éléments, les observations émises par les juges intimés peuvent donner l'apparence que l'issue de la cause s'agissant de la culpabilité du recourant en lien avec le trafic de stupéfiants reproché pourrait ne plus être indécise. Partant, la Cour de céans ne peut que constater que le refus de récuser les deux juges intimés viole le droit fédéral.
3.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la récusation des Juges Marie-Pierre de Montmollin et Pierre Cornu est ordonnée dans la cause CP_1. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale de récusation.
Le recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens à la charge du canton de Neuchâtel (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire est dès lors sans objet.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 20 mai 2019 de la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel est annulé. La récusation des Juges Marie-Pierre de Montmollin et Pierre Cornu est ordonnée dans la cause CP_1. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle procède au sens des considérants.
2.
La requête d'assistance judiciaire est sans objet.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'000 fr., est allouée au mandataire du recourant à la charge de la République et canton de Neuchâtel.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 5 septembre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Kropf


facts:
Sachverhalt:
A.
A.a. A._ (geb. 1971) und B._ (geb. 1975), beide russische Staatsangehörige, heirateten 1995 in Moskau (Russische Föderation). Während der Ehe adoptierten sie drei Kinder: C._ (geb. 2005), D._ (geb. 2006) und den mittlerweile volljährigen E._ (geb. 1999). Seit 2009 wohnen die Beteiligten in der Schweiz. Die Ehe wurde 2012 in Moskau geschieden. A._ erhielt dabei die alleinige elterliche Sorge und die Obhut über die drei Kinder zugeteilt. B._ wurde ein jederzeitiges Besuchsrecht und ein dreiwöchiges Ferienrecht mit den Kindern eingeräumt.
A.b. Mit Verfügung vom 24. Oktober 2013 der Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde Region St. Gallen (nachfolgend KESB) wurde B._ vorsorglich jeder persönliche Verkehr mit den Kindern verboten. Am 7. April 2014 wies die KESB einen Antrag von B._ auf Einräumung eines Besuchsrechts ab, gewährte ihr jedoch das Recht auf telefonischen Kontakt mit den Kindern unter Aufsicht des Kindsvaters oder einer Hilfsperson. Gleichzeitig ordnete sie ein Erziehungsfähigkeitsgutachten an, welches am 5. November 2014 vom Zentrum für Forensik, KJPD St. Gallen, erstattet wurde.
A.c. A._ reichte Ende 2014 beim Bezirksgericht Kunzewo der Stadt Moskau eine Klage gegen die Kindsmutter auf Aufhebung der Adoption ein. Mit Entscheid vom 10. Februar 2015 hob das russische Bezirksgericht die Adoption in Bezug auf alle drei Kinder auf. Dieser Entscheid erwuchs in Rechtskraft nachdem die von der Kindsmutter eingelegte Berufung am 14. Mai 2015 vom Moskauer Stadtgericht abgewiesen worden war.
A.d. Die KESB verfügte am 1. März 2016, dass das Urteil des Bezirksgerichts Kunzewo der Stadt Moskau vom 10. Februar 2015 betreffend Aufhebung der Adoption vollumfänglich anerkannt werde (Ziffer 1), dass B._ unter dem Titel von <ref-law> keinen Anspruch auf persönlichen Verkehr mit C._, D._ und E._ habe (Ziffer 2) und dass über einen allfälligen Anspruch auf persönlichen Verkehr nach <ref-law> in einem separaten Verfahren entschieden werde (Ziffer 3). Die Kosten des Verfahrens wurden je zur Hälfte den Parteien auferlegt (Ziffer 4); jede Partei habe zudem ihre eigenen Parteikosten zu tragen (Ziffer 5).
B.
B.a. Gegen das Urteil der KESB erhob B._ Beschwerde bei der Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Sie beantragte hauptsächlich die Aufhebung des Beschlusses der KESB vom 1. März 2016 sowie die Nichtanerkennung des russischen Urteils, die Anweisung der KESB zur Regelung des persönlichen Verkehrs sowie die superprovisorische Aufhebung des Kontaktverbotes und gleichzeitig Einräumung eines Kontaktrechts. Der Beschwerdeführer beantragte die Abweisung der Beschwerde. Mit Entscheid vom 7. Dezember 2018 schrieb die Verwaltungsrekurskommission das Beschwerdeverfahren in Bezug auf E._ als erledigt ab und hiess die Beschwerde im Übrigen gut, wobei sie Ziffer 1 bis 3 der KESB-Verfügung vollumfänglich aufhob; Ziffer 4 und 5 wurden bestätigt. Weiter entschied die Verwaltungskommission, dass das Urteil des Bezirksgerichts Kunzewo der Stadt Moskau vom 10. Februar 2015 nicht anerkannt werde. Sodann wies es die Streitsache zur Regelung des persönlichen Verkehrs zwischen B._ und den Kindern C._ und D._ an die KESB zurück. Die Kosten auferlegte sie der KESB und A._ je hälftig, wobei diese B._ zu entschädigen hätten.
B.b. Dagegen erhob A._ beim Kantonsgericht St. Gallen Beschwerde. Es sei das Urteil des Bezirksgerichts Kunzewo anzuerkennen und festzuhalten, dass B._ unter dem Titel von <ref-law> keinen Anspruch auf persönlichen Verkehr mit E._, C._ und D._ habe. Das Verfahren betreffend den persönlichen Verkehr sei im Übrigen als gegenstandslos abzuschreiben. B._ beantragte die Abweisung der Beschwerde und die als vorsorgliche Massnahme zu erlassende Anweisung an die KESB zur sofortigen Regelung des persönlichen Verkehrs. Mit Entscheid vom 8. Januar 2020 wies das Kantonsgericht die Beschwerde ab und schrieb das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen zufolge Gegenstandslosigkeit ab.
C.
C.a. Mit Beschwerde vom 17. Februar 2020 wendet sich A._ (Beschwerdeführer) an das Bundesgericht mit dem Begehren, es sei das Urteil des Bezirksgerichts Kunzewo der Stadt Moskau vom 10. Februar 2015 vorfrageweise anzuerkennen. Weiter sei zu entscheiden, dass B._ unter dem Titel von <ref-law> keinen Anspruch auf persönlichen Verkehr mit C._ und D._ habe. Im Übrigen sei das Verfahren betreffend den persönlichen Verkehr als gegenstandslos abzuschreiben. Die Kosten der vorinstanzlichen Verfahren seien der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Letztere sei ferner zur Bezahlung einer angemessenen Prozessentschädigung (zzgl. MWSt) für die vorinstanzlichen Verfahren zu verpflichten. Daneben beantragte der Beschwerdeführer die aufschiebende Wirkung der Beschwerde.
C.b. Mit Verfügung vom 18. Februar 2020 wies der Präsident der urteilenden Abteilung das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung ab.
C.c. Das Kantonsgericht erklärte mit Eingabe vom 26. Februar 2020 seinen Verzicht auf eine Vernehmlassung. Es beantragt jedoch die Abweisung der Beschwerde. Die KESB hat sich nicht vernehmen lassen. Die Beschwerdegegnerin hat sich mit Eingabe vom 1. April 2020 auf Einladung hin geäussert, wobei sie die Abweisung der Beschwerde ohne Erteilung der aufschiebenden Wirkung verlangt. Die Vernehmlassung wurde dem Beschwerdeführer zwecks Wahrung des rechtlichen Gehörs zugestellt.
C.d. Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten eingeholt.

considerations:
Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob auf eine Beschwerde eingetreten werden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 143 mit Hinweisen).
1.2. Gegenstand des kantonsgerichtlichen Verfahrens bildete die Anerkennung eines ausländischen Entscheides betreffend die Aufhebung einer Adoption sowie die Regelung des persönlichen Verkehrs zwischen der Kindsmutter und den Kindern (Art. 72 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b Ziff. 1 BGG). Das Kantonsgericht hat als letzte kantonale Instanz auf Rechtsmittel hin entschieden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist an der Aufhebung bzw. Änderung des vorinstanzlichen Urteils interessiert (<ref-law>). Die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Zu prüfen bleibt, inwiefern der angefochtene Entscheid ein beschwerdefähiges Anfechtungsobjekt ist.
1.3. Die Verwaltungsrekurskommission hat auf eigenständiges Begehren des Beschwerdeführers hin separat über die Anerkennung des russischen Urteils einen Entscheid gefällt. Darüber hinaus hat sie die Sache zur Regelung des persönlichen Verkehrs an die KESB zurückgewiesen. Mithin enthält der angefochtene Entscheid einen abschliessenden Entscheid über einen Teil des Streitgegenstandes sowie einen Rückweisungsentscheid. Beim Entscheid betreffend die Anerkennung handelt es sich um einen beschwerdefähigen Teilentscheid gemäss <ref-law>. Dass der Beschwerdegegner vor Bundesgericht lediglich die vorfrageweise Anerkennung verlangt, ändert an dieser Beurteilung nichts, zumal die vorinstanzlich gestellten Begehren vor Bundesgericht nicht abgeändert werden dürfen (vgl. <ref-law>). Auf die Beschwerde gegen den Teilentscheid ist einzutreten.
Beim Rückweisungsentscheid handelt es sich demgegenüber um einen Zwischenentscheid, der unter den Voraussetzungen nach <ref-law> direkt beim Bundesgericht angefochten werden kann. Ob diese Voraussetzungen erfüllt sind, kann indessen offen gelassen werden. Wie sich aus den nachstehenden Erwägungen ergeben wird, kann das Bundesgericht im Falle der Gutheissung der Beschwerde die Frage des persönlichen Verkehrs nicht regeln, da es die Sache an das Kantonsgericht zwecks weiteren Abklärungen zurückweisen muss.
2.
2.1. Mit der Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht in diesem Bereich von Amtes wegen an (<ref-law>) und prüft mit freier Kognition, ob der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Es befasst sich aber grundsätzlich nur mit formell ausreichend begründeten Einwänden (<ref-law>), was eine Auseinandersetzung mit dessen Begründung erfordert (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 286).
2.2. Sodann ist das Bundesgericht an den festgestellten Sachverhalt grundsätzlich gebunden (<ref-law>). Gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz kann einzig vorgebracht werden, sie seien offensichtlich unrichtig (<ref-law>), das heisst willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2 S. 278 mit Hinweisen), oder sie würden auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (z.B. <ref-law> oder <ref-law>) beruhen. Ausserdem muss in der Beschwerde aufgezeigt werden, inwiefern die Behebung der vorerwähnten Mängel für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22).
3.
Der Streit dreht sich um die Frage, ob das russische Urteil betreffend die Aufhebung der Adoption im Widerspruch zum schweizerischen Ordre public steht. Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, das Kantonsgericht habe <ref-law> verletzt, indem es zu Unrecht davon ausgegangen sei, das russische Urteil verstosse gegen den schweizerischen Ordre public.
3.1. Gemäss Kantonsgericht hob das russische Gericht mit Auflösung der Adoption das bestehende Kindesverhältnis zur Kindsmutter unter Hinweis auf eine Gefährdung des Kindeswohls auf. In der Schweiz sei die ultima ratio Massnahme bei einer Kindeswohlgefährdung die Entziehung der elterlichen Sorge (<ref-law>), und zwar unter Berücksichtigung des Verhältnismässigkeitsprinzips. Das Kindesverhältnis zu den Eltern und damit das Persönlichkeitsrecht des Kindes sowie sein Recht auf eine Familie werde bei den Schutzmassnahmen für eine Kindeswohlgefährdung nicht berührt. Die Aufhebung der Adoption, wie sie im russischen Urteil erfolgt sei, habe - obschon die Adoption nach Schweizer Recht unauflöslich sei - e contrario zur Folge, dass sämtliche verwandtschaftlichen Beziehungen der Kinder zur Herkunftsfamilie von B._ unwiderruflich gelöst werden. Früher angeordnete Besuchsrechte erlöschten ebenfalls. Die dem Kindsverhältnis in allen Rechtsbereichen seitens der Mutter geschaffenen Wirkungen würden entfallen (z.B. Zeugnisverweigerungsrecht, Sozialversicherungsleistungen, Erbenstellung). Mit dem Ergebnis des russischen Entscheids werde eine für die Kinder elementare, tiefgreifend persönliche Rechtsgrundlage aufgehoben. Die bisherige soziale Mutterschaft werde aus dem Leben der Kinder gelöscht und sie sollten nur noch einen Vater haben. Dies widerspreche dem geschützten Persönlichkeitsrecht auf eine Beziehung zu Mutter und Vater. Die Auswirkungen des Ergebnisses des russischen Aufhebungsentscheids sei im Vergleich mit den in der Schweiz geltenden Leitprinzipien für den Schutz des Kindeswohls ein tiefgreifender, unverhältnismässiger Einschnitt in das Leben der Kinder. Eine Kindeswohlgefährdung sei in der Schweiz kein schwerwiegender Mangel im Sinne des Adoptionsanfechtungsgrundes nach <ref-law>; ihr sei mit anderen Massnahmen zu begegnen. Das Ergebnis sei mit der hiesigen Rechts- und Sittenauffassung offensichtlich unvereinbar und erscheine unerträglich. Selbst wenn die Aufhebung der Kindesverhältnisse mit dem schweizerischen Recht vereinbar wäre, hätten die Abklärungen zum Kindeswohl bei einer solch gewichtigen Entscheidung vertiefter erfolgen müssen, als sie im russischen Entscheid zur Situation in der Schweiz vorgenommen worden seien. Ob der Ordre public verletzt sei, beurteile sich ferner nicht abstrakt. Entscheidend seien die Auswirkungen der Anerkennung und Vollstreckung im Einzelfall. Der materielle Ordre public sei verletzt, wenn ein ausländisches Urteil - wie hier - gegen qualifiziert zwingende Bestimmungen des schweizerischen Rechts verstossse. Damit sei das Ergebnis resp. die Wirkung des russischen Urteils im Sinne von Art. 25 lit. c i.V.m. <ref-law> Ordre public-widrig und dieses könne nicht anerkannt werden. Entstehe dadurch ein hinkendes Rechtsverhältnis zu Russland, so sei es in diesem konkreten Einzelfall zugunsten des Wohls der schon lange in der Schweiz lebenden Kindern hinzunehmen.
3.2. Gemäss <ref-law> wird eine im Ausland ergangene Entscheidung in der Schweiz nicht anerkannt, wenn die Anerkennung mit dem schweizerischen Ordre public offensichtlich unvereinbar wäre. Nicht jeder Verstoss gegen das Rechtsempfinden, die Wertvorstellungen oder zwingendes Recht rechtfertigt den Eingriff mit dem Ordre public. Für die Verletzung ist vielmehr erforderlich, dass die Anerkennung und Vollstreckung des ausländischen Entscheids in der Schweiz mit den hiesigen rechtlichen und ethischen Werturteilen schlechthin unvereinbar wäre. Ob der Ordre public verletzt ist, beurteilt sich nicht abstrakt. Entscheidend sind die Auswirkungen der Anerkennung und Vollstreckung im Einzelfall. Die Anwendung des Ordre public-Vorbehalts ist im Rahmen der Anerkennung und Vollstreckung eines ausländischen Urteils nach dem Wortlaut des Gesetzes ("offensichtlich") restriktiv anzuwenden, denn mit der Weigerung der Anerkennung werden hinkende Rechtsverhältnisse geschaffen. In diesem Sinne wird zur Vermeidung hinkender Rechtsverhältnisse das Eingreifen des Ordre public-Vorbehaltes umso mehr eine Ausnahme bleiben, je loser die Beziehungen zur Schweiz sind und je länger der Zeitraum zwischen der Ausfertigung der Urkunde oder dem Entscheid und der Prüfung ist (<ref-ruling> E. 4 und E. 4.1 S. 316 f. mit zahlreichen Hinweisen). Die Beurteilung dieser Voraussetzung darf nicht auf eine Nachprüfung des ausländischen Entscheids in der Sache hinauslaufen, die kraft Gesetzes ausgeschlossen ist, sondern erfolgt durch vergleichende, ergebnisbezogene Wertung (Urteil 5P.128/2005 vom 11. Juli 2005 E. 2.1). Zu berücksichtigen ist schliesslich die Europäische Menschenrechtskonvention, welche als Bestandteil des Bundesrechts ebenfalls zur Bestimmung des schweizerischen Ordre public beiträgt (<ref-ruling> E. 4c S. 205; Urteil 5A_780/2016 vom 9. Juni 2017 E. 6.2 mit Hinweisen).
3.3. Gemäss Art. 8 EMRK hat jede Person das Recht auf Achtung ihres Privat- und Familienlebens, ihrer Wohnung und ihrer Korrespondenz (Abs. 1). Eine Behörde darf in die Ausübung dieses Rechts nur eingreifen, soweit der Eingriff gesetzlich vorgesehen und in einer demokratischen Gesellschaft notwendig ist für die nationale oder öffentliche Sicherheit, für das wirtschaftliche Wohl des Landes, zur Aufrechterhaltung der Ordnung, zur Verhütung von Straftaten, zum Schutz der Gesundheit oder der Moral oder zum Schutz der Rechte und Freiheiten anderer (Abs. 2). Nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) ist der Entzug der elterlichen Verantwortung und die Zulassung einer Adoption mit der Konsequenz, dass die rechtliche Beziehung des Elternteils zum Kind endgültig aufgelöst wird, unter dem Titel von Art. 8 EMRK unter ausserordentlichen Umständen zulässig. Eine solche Massnahme muss dabei durch das übergeordnete Interesse am Kindeswohl gerechtfertigt sein (Urteile Strand Lobben gegen Norwegen vom 10. September 2019 Nr. 37283/13 § 209; Aune gegen Norwegen vom 28. Oktober 2010 Nr. 52502/07 § 66).
3.4. Aus der EGMR-Rechtsprechung folgt, dass die Auflösung der rechtlichen Beziehung zwischen Elternteil und Kind gegen den Willen des betroffenen Elternteils nicht per se konventionswidrig ist, sondern unter bestimmten Voraussetzungen rechtmässig erfolgt. Im Lichte dieser Rechtsprechung betrachtet, überzeugt die kantonsgerichtliche Beurteilung, wonach die Aufhebung der Adoption bzw. die Auflösung der Eltern-Kind-Beziehung gegen den Willen der Kindsmutter gegen den schweizerischen Ordre public verstösst, nicht. Dass das schweizerische Recht einen solchen Aufhebungstatbestand im Adoptionsrecht nicht kennt, vermag an diesem Ergebnis freilich nichts zu ändern, zumal der Ordre public-Vorbehalt nur restriktiv Anwendung findet; eine vom schweizerischen Rechtsverständnis abweichende ausländische Lösung genügt nicht (vgl. E. 3.2). Vielmehr hat das ausländische Urteil für das einheimische Rechtsempfinden unerträglich zu sein. Hält man sich dabei vor Augen, dass auch das schweizerische Recht unter bestimmten Voraussetzungen die gegen den Willen eines Elternteils vorgenommene Aufhebung einer Eltern-Kind-Beziehung kennt, so unter dem Titel der Anfechtung der Anerkennung nach <ref-law>, so lässt sich schwerlich erkennen, inwiefern ein aufgehobenes Adoptionsverhältnis geradezu unerträglich sein soll. Im Übrigen wird die Ungültigerklärung und der Widerruf von Adoptionen in Art. 4 lit. b des Haager Kindesschutzübereinkommens (HKsÜ; SR 0.211.231.011) - wenn auch als Ausnahmetatbestand - genannt, womit dieser Vorgang nicht als aussergewöhnlich erachtet werden kann. Schliesslich sprechen auch die engen Beziehungen der Beteiligten zu Russland (Staatsangehörigkeit, Adoption, Heirat/Scheidung) nicht gegen die Anerkennung eines russischen Entscheids, auch wenn sie in der Schweiz wohnhaft sind.
Entsprechend verstösst das russische Urteil nicht gegen den materiellen Ordre public nach <ref-law>, womit sich die Beschwerde in diesem Punkt als begründet erweist.
3.5. Das Kantonsgericht hat es infolge Bejahung des Verstosses gegen den materiellen Ordre public offen gelassen, ob der formelle Ordre public nach <ref-law> verletzt ist, weshalb die Sache zur Nachholung dieser Prüfung an das Kantonsgericht zurückzuweisen ist. Im Rahmen der Rückweisung wird die Vorinstanz gegebenenfalls auch über die Kosten- und Entschädigungsfolgen der kantonalen Verfahren neu zu befinden haben.
4.
Da die Sache zurück an das Kantonsgericht geht, kann im vorliegenden Beschwerdeverfahren kein Entscheid betreffend den persönlichen Verkehr getroffen werden. Vielmehr hat sich auch das Kantonsgericht hierzu - nach Beurteilung der Anerkennungsfähigkeit des russischen Urteils - erneut zu äussern.
5.
Die Beschwerde erweist sich damit als begründet und der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Die Rückweisung der Angelegenheit zum erneuten Entscheid gilt im Hinblick auf die Gerichtskosten und die Parteientschädigung als Obsiegen des Beschwerdeführers, auch wenn er keinen entsprechenden Antrag gestellt hat und der Ausgang des Verfahrens offen ist (<ref-ruling> E. 11.1 S. 312; Urteile 5A_403/2019 vom 12. März 2020 E. 5.1; 5A_139/2018 vom 25. Juni 2019 E. 3). Folglich sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Weiter hat sie dem Beschwerdeführer die Parteikosten zu ersetzen (<ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Sache zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Kantonsgericht St. Gallen zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'200.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde Region St. Gallen, C._, D._ und der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. August 2020
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Die Gerichtsschreiberin: Scheiwiller


facts:
Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft See/Oberland des Kantons Zürich eröffnete am 18. September 2019 gegen B._, C.a_ und D.a_ eine Strafuntersuchung wegen Verletzung des Geheim- oder Privatbereichs durch Aufnahmegeräte (<ref-law>) sowie gegen E._ wegen Anstiftung dazu. Im Fall von B._ erstreckt sich die Eröffnungsverfügung darüber hinaus auf die Tatbestände der Drohung (<ref-law>) und Nötigung (<ref-law>). E._ ist in der Zwischenzeit verstorben.
Am 24. September 2019 führte die Kantonspolizei Zürich auf Anordnung der Staatsanwaltschaft am Wohn- und am Arbeitsort von E._ eine Hausdurchsuchung durch. Die dabei sichergestellten Dokumente und Gegenstände beschlagnahmte die Staatsanwaltschaft mit Verfügung vom 1. Oktober 2019. Mit Schreiben vom 10. Oktober 2019 verlangte die A._AG die Siegelung, und am 14. Oktober 2019 beantragte die Staatsanwaltschaft dem Zwangsmassnahmengericht am Bezirksgericht Meilen die Entsiegelung.
Mit Urteil (recte: Verfügung) vom 4. Dezember 2019 stellte das Zwangsmassnahmengericht fest, dass die Voraussetzungen für eine Siegelung auf das Gesuch der A._ vom 10. Oktober 2019 nicht gegeben seien und auf das Entsiegelungsgesuch der Staatsanwaltschaft nicht eingetreten werde. Zur Begründung hielt es fest, das Siegelungsbegehren sei verspätet gewesen.
B.
Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 15. Januar 2020 beantragt die A._, der Entscheid des Zwangsmassnahmengerichts sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass das Siegelungsgesuch rechtzeitig erfolgt sei.
Das Zwangsmassnahmengericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Die Staatsanwaltschaft hat sich nicht vernehmen lassen.
Mit Präsidialverfügung vom 4. Februar 2020 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

considerations:
Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entsiegelungsentscheid (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), der das Verfahren für die Beschwerdeführerin abschliesst (<ref-law>; Urteil 1B_499/2019 vom 29. November 2019 E. 1). Die Beschwerdeführerin machte im kantonalen Verfahren Geschäftsgeheimnisse geltend (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.3 S. 32). Sie hat damit ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids (<ref-law>). Sie ist darüber hinaus auch deshalb zur Beschwerde berechtigt, weil sie vorbringt, im kantonalen Verfahren in ihren Parteirechten verletzt worden zu sein (sog. "Star-Praxis"; <ref-ruling> E. 1.1 S. 5 mit Hinweisen).
Ein Interesse an einer gesonderten Feststellung, dass das Siegelungsgesuch rechtzeitig erfolgt sei, ist nicht ersichtlich und auch nicht dargetan (<ref-ruling> E. 2a S. 255; Urteil 1C_504/2016 vom 19. Oktober 2017 E. 1.5; je mit Hinweisen). Eine Auslegung der Beschwerdeschrift nach Treu und Glauben ergibt insofern jedoch, dass die Beschwerdeführerin mit ihrem Begehren lediglich den Rahmen umschreibt, in dem die von ihr beantragte Rückweisung an die Vorinstanz zu erfolgen hätte.
Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Das Zwangsmassnahmengericht hält in der angefochtenen Verfügung fest, der "Head of Global Security Services" der A._, F._, sei am 18. September 2019 von der Polizei befragt worden. Unbestritten sei zudem, dass die Beschwerdeführerin von den Hausdurchsuchungen aufgrund der Berichterstattungen in den Medien Kenntnis gehabt habe, gehe es doch beim Strafverfahren um eine Observation des ehemaligen Chefs der Vermögensverwaltung der A._. Die Beschlagnahmeverfügung sei am 1. Oktober 2019 an den Rechtsvertreter des beschuldigten F._ gesandt worden. Als Geschäftspartnerin von E._ bzw. der G._GmbH habe die Beschwerdeführerin davon ausgehen müssen, dass sich unter den Sicherstellungen auch sie betreffende elektronische Daten befänden. Nach der allgemeinen Lebenserfahrung würden bei Hausdurchsuchungen in aller Regel auch Sicherstellungen von elektronischen Datenträgern vorgenommen. Dabei sei zu berücksichtigen, dass Informationsbeschaffung und -bewirtschaftung zum Geschäftsmodell der G._GmbH gehöre und die Staatsanwaltschaft erkennbarerweise ein Interesse an allfälligen Verbindungen zwischen E._ bzw. der G._GmbH und der Beschwerdeführerin gehabt habe. F._s Arbeitsvertrag sei zwar gemäss der Darstellung der Beschwerdeführerin am 1. Oktober 2019 bereits gekündigt und er selbst freigestellt gewesen, doch sei er bis heute im Handelsregister mit Kollektivzeichnungsrecht eingetragen. Den Empfang der Beschlagnahmeverfügung, aus der sich die Vielzahl der sichergestellten Speichermedien ergebe, habe er am 3. Oktober 2019 über seinen Rechtsvertreter schriftlich bestätigt. Unter diesen Umständen habe die Beschwerdeführerin spätestens am 3. Oktober 2019 Kenntnis von der Sicherstellung elektronischer Daten gehabt, die ihr Geschäftsgeheimnis tangieren könnten. Das weder sofort noch einige Stunden nach Kenntnisnahme der Sicherstellungen erfolgte Siegelungsbegehren sei deshalb verspätet. Daran ändere nichts, dass die Beschwerdeführerin formell nicht gehörig ins Verfahren einbezogen worden sei. Dieser Umstand sei jedoch bei den Kostenfolgen zu berücksichtigen.
2.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, erst am 7. Oktober 2019 von den Sicherstellungen erfahren zu haben. Sie vertritt unter Hinweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung und die Gesetzesmaterialien zur laufenden Revision der Strafprozessordnung zudem die Auffassung, ihr Siegelungsgesuch wäre selbst dann rechtzeitig erfolgt, wenn man mit dem Zwangsmassnahmengericht davon ausgehe, dies sei stattdessen spätestens am 3. Oktober 2019 gewesen. Soweit das Zwangsmassnahmengericht anzunehmen scheine, dass sie aufgrund der medialen Berichterstattung bereits vor diesem Datum Anlass für ein Siegelungsgesuch gehabt habe, stelle es willkürliche Spekulationen an. Zum einen hätten die Medien die Hausdurchsuchungen erstmals am 5. Oktober 2019 erwähnt und zum andern hätten sie dabei lediglich darauf hingewiesen, dass Computer und Handys beschlagnahmt worden seien. Eine derart umfangreiche Sicherstellung, wie sie stattgefunden habe, sei gestützt darauf nicht erkennbar gewesen. Weiter hätten ihr weder der Beschuldigte F._ noch sein Rechtsvertreter die Beschlagnahmeverfügung zugestellt. Es gebe zudem keine rechtliche Grundlage, die es erlauben würde, ihr deren Wissen anzurechnen. Die in diesem Zusammenhang erfolgte Erwähnung von "besonders gemünzten" Informations- und Sorgfaltspflichten im angefochtenen Entscheid sei nicht nachvollziehbar. Schliesslich sei hervorzuheben, dass die Staatsanwaltschaft die Kantonspolizei im Hausdurchsuchungsbefehl angewiesen habe, nach sämtlichen sie betreffenden Unterlagen zu suchen. Dass sie selbst unter diesen Umständen nicht ins Verfahren einbezogen worden sei, erscheine als schwere Pflichtverletzung und die Geltendmachung der Verspätung des Siegelungsgesuchs deshalb als rechtsmissbräuchlich.
2.3. Aufzeichnungen und Gegenstände, die nach Angaben der Inhaberin oder des Inhabers wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht durchsucht oder beschlagnahmt werden dürfen, sind gemäss <ref-law> zu versiegeln und dürfen von den Strafbehörden weder eingesehen noch verwendet werden. Nach der Rechtsprechung muss ein Siegelungsgesuch sofort gestellt werden. Ein mehrere Wochen oder Monate nach der vorläufigen Sicherstellung der Aufzeichnungen oder Gegenstände gestelltes Siegelungsgesuch ist grundsätzlich verspätet. Demgegenüber kann ein Gesuch, welches eine Woche danach gestellt wird, gegebenenfalls noch als rechtzeitig angesehen werden. Es kommt auf die Umstände des Einzelfalles an (zum Ganzen: Urteil 1B_85/2019 vom 8. August 2019 E. 4.2; 1B_516/2012 vom 9. Januar 2013 E. 2.3; 1B_322/2013 vom 20. Dezember 2013 E. 2.1; je mit Hinweisen).
Die Anforderung, dass das Siegelungsgesuch sofort gestellt wird, setzt eine entsprechende Aufklärung des Betroffenen durch die Strafverfolgungsbehörden voraus. Die Untersuchungsbehörde, welche Aufzeichnungen und Gegenstände vorläufig sicherstellt, hat deren Inhaber anlässlich der Hausdurchsuchung darüber zu informieren, dass er, falls er Geheimnisrechte geltend machen möchte, die einer Durchsuchung bzw. Beschlagnahme der sichergestellten Unterlagen entgegenstehen könnten, die Siegelung verlangen kann. Ebenso ist der Betroffene darüber in Kenntnis zu setzen, dass nach erfolgter Siegelung (und auf allfälliges Entsiegelungsgesuch der Untersuchungsbehörde hin) der Entsiegelungsrichter über die Zulässigkeit der Durchsuchung entscheidet und dass der Betroffene mangels sofortigen Siegelungsgesuchs den Rechtsschutz verwirkt bzw. mit der Durchsuchung der Unterlagen rechnen muss. Die Information des betroffenen Inhabers über seine Verfahrensrechte muss rechtzeitig, das heisst spätestens nach Abschluss der Hausdurchsuchung, und inhaltlich ausreichend erfolgen. Ohne den Nachweis einer ausreichenden Information des Betroffenen über seine Verfahrensrechte ist eine "konkludente" Einwilligung in die Durchsuchung nicht zu vermuten und liegt kein verspätetes Entsiegelungsgesuch vor (zum Ganzen: Urteil 1B_85/2019 vom 8. August 2019 E. 4.2 mit Hinweisen).
Da auch Geheimnisschutzberechtigte, die nicht Gewahrsamsinhaber sind, legitimiert sind, einen Antrag auf Siegelung zu stellen, muss die Strafverfolgungsbehörde dafür sorgen, dass auch sie dieses Verfahrensrecht rechtzeitig und wirksam ausüben können. Wohl hat die Strafverfolgungsbehörde vor einer Sicherstellung bloss den Inhaber von Aufzeichnungen zum Inhalt und zu allfälligen Siegelungsgründen anzuhören (<ref-law>). Nach der Entgegennahme bzw. Sicherstellung und noch vor der Durchsuchung der Aufzeichnungen hat sie aber von Amtes wegen weiteren Berechtigten zur Wahrung des rechtlichen Gehörs (vgl. <ref-law>) die Möglichkeit einzuräumen, ein Siegelungsbegehren zu stellen (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 4.3.5 S. 37 mit Hinweisen).
Mitbetroffene Dritte, die über ein bereits anhängiges Entsiegelungsverfahren zwar nicht von der Strafbehörde informiert worden sind, aber auf andere Weise davon ausreichend Kenntnis haben, trifft die prozessuale Obliegenheit, ihre Beteiligung am Verfahren auf eigenen Antrieb rechtzeitig zu beantragen. Eine rechtssuchende Person, die sich zu Unrecht als vom Prozess ausgeschlossen wähnt, kann im Licht des Grundsatzes von Treu und Glauben nicht einfach das Verfahrensende abwarten und erst bei einem für sie ungünstigen Ergebnis geltend machen, sie sei zu Unrecht nicht einbezogen worden (zum Ganzen: Urteil 1B_451/2019 vom 1. April 2020 E. 2.2 mit Hinweisen).
2.4. Der Bundesrat hat dem Parlament mit einer Botschaft vom 28. August 2019 einen Entwurf zur Änderung der Strafprozessordnung vorgelegt. Dieser sieht unter anderem auch eine Änderung von <ref-law> vor, die sich im Wesentlichen an der dargelegten bundesgerichtlichen Rechtsprechung orientiert. Das Siegelungsbegehren ist danach "unverzüglich" zu stellen, wobei der Bundesrat davon ausgeht, die Auslegung dieses Worts könne sich nach der Rechtsprechung zur Regelung über den Ausstand (<ref-law>) richten, wonach "unverzüglich" innert sechs bis sieben Tagen bedeute. Weiter wird im vorgeschlagenen Gesetzeswortlaut eine Höchstfrist von 10 Tagen statuiert, wobei der Bundesrat dazu festhält, dieser Frist bedürfe es für jene Fälle, in denen eine berechtigte Person erst nach längerer Zeit von der Sicherstellung erfahre, die Strafbehörde die sichergestellten Aufzeichnungen oder Gegenstände aber schon ausgewertet habe (s. zum Ganzen die Botschaft vom 28. August 2019 zur Änderung der Strafprozessordnung, BBl 2019 6750, sowie den dazugehörigen Entwurf, BBl 2019 6795).
2.5. Wie das Zwangsmassnahmengericht zu Recht festhält, wäre die Staatsanwaltschaft gehalten gewesen, die Beschwerdeführerin über ihre Verfahrensrechte zu informieren. Die Staatsanwaltschaft hat dies unterlassen, obwohl sie die Kantonspolizei in ihrem Hausdurchsuchungs- und Durchsuchungsbefehl vom 24. September 2019 ausdrücklich dazu angehalten hatte, nach sämtlichen Unterlagen betreffend die Beschwerdeführerin zu suchen. Es fragt sich vor diesem Hintergrund, zu welchem Zeitpunkt die Beschwerdeführerin dennoch die Obliegenheit traf, ihre Verfahrensrechte geltend zu machen und ein Siegelungsgesuch zu stellen. Nach den obigen Ausführungen dürfen die diesbezüglichen Anforderungen an Betroffene, die von den Strafbehörden nicht ordnungsgemäss informiert wurden, nicht überspannt werden.
Das Zwangsmassnahmengericht legt nicht dar, wann die von ihm als wesentlich erachtete Berichterstattung in den Medien über die Hausdurchsuchungen erfolgt sein soll. Auch geht es mit keinem Wort auf deren konkreten Inhalt ein. Es bleibt deshalb unklar, was es daraus in Bezug auf den Wissensstand der Beschwerdeführerin ableiten will. Letztere bringt in ihrer Beschwerdeschrift vor, die Hausdurchsuchungen seien in den Medien erstmals am 5. Oktober 2019 erwähnt worden. Anders als das Zwangsmassnahmengericht ist sie zudem der Auffassung, sie habe daraus nicht schliessen können, dass auch sie betreffende Daten sichergestellt worden seien. Zum Beweis legt sie drei Zeitungs- bzw. Zeitschriftenartikel vor. Was sich aus diesen genau ergibt, kann hier jedoch offenbleiben, denn, wie im Folgenden darzulegen sein wird, erfolgte ihr Entsiegelungsgesuch ohnehin rechtzeitig.
Nicht mit <ref-law> und der dazu ergangenen Rechtsprechung ist vereinbar, angesichts des Empfangs der Beschlagnahmeverfügung durch F._ davon auszugehen, die Beschwerdeführerin habe ab diesem Zeitpunkt Kenntnis von der Sicherstellung sie betreffender Aufzeichnungen gehabt. War F._ zu jenem Zeitpunkt bereits freigestellt und zudem selbst Beschuldigter, konnte nicht davon ausgegangen werden, er würde seine Arbeitgeberin über die Beschlagnahme informieren. Daran ändert auch nichts, dass er im Handelsregister zu jenem Zeitpunkt als kollektivzeichnungsberechtigte Person eingetragen war. Eine gehörige Unterrichtung durch die Strafbehörden über das Recht, die Siegelung zu verlangen, konnte somit durch die Zustellung der Beschlagnahmeverfügung an F._ nicht ersetzt werden.
Es erscheint deshalb als bundesrechtswidrig, davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin bereits am 3. Oktober 2019 über das anhängige Entsiegelungsverfahren ausreichend informiert war. Stellt man stattdessen auf den 5. Oktober 2019 ab, so oblag es der Beschwerdeführerin, sich in der Folge bei den Strafbehörden nach dem Verfahren zu erkundigen und ihren Einbezug zu verlangen (E. 2.3 hiervor). Sie tat dies, indem sie am 10. Oktober 2019 direkt ein Siegelungsgesuch einreichte. Angesichts des Umstands, dass eine gehörige Rechtsbelehrung durch die Staatsanwaltschaft nicht erfolgt war, kann ein innert fünf Tagen eingereichtes Gesuch nicht als verspätet bezeichnet werden. Die Rüge der Beschwerdeführerin erweist sich somit unabhängig davon als begründet, ob man als Zeitpunkt der Kenntnisnahme den 5. oder den 7. Oktober 2019 zu Grunde legt.
3.
Die Beschwerde ist aus diesen Gründen gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist, und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Sache wird zur neuen Beurteilung an das Zwangsmassnahmengericht zurückgewiesen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Verfügung des Bezirksgerichts Meilen, Zwangsmassnahmengericht, vom 4. Dezember 2019 aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Beurteilung an das Zwangsmassnahmengericht zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Staatsanwaltschaft See/Oberland und dem Bezirksgericht Meilen, Zwangsmassnahmengericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Dold