facts:
Faits :
A.
Par décision du 16 janvier 2018, le Collège des Juges d'application des peines a refusé d'accorder à X._ la libération conditionnelle de la mesure thérapeutique institutionnelle ordonnée à son endroit par le Tribunal criminel de l'arrondissement de Lausanne le 19 mai 2014.
B.
Par arrêt du 1er février 2018, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé par X._ et confirmé la décision du 16 janvier 2018.
En substance, elle a retenu les faits suivants.
B.a. Par jugement du 31 mars 2003, le Tribunal criminel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._ pour crime manqué d'assassinat, lésions corporelles graves, viol qualifié, contrainte sexuelle qualifiée, délit manqué de lésions corporelles simples qualifiées, lésions corporelles simples qualifiées, vol et tentative de vol, dommages à la propriété, injure, menaces, violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires, opposition aux actes de l'autorité, entrave par négligence aux services d'intérêt général et violation grave des règles de la circulation, à dix ans de réclusion, sous déduction de la détention préventive. Il a également ordonné un traitement ambulatoire psychothérapeutique.
Il était en particulier reproché à X._, outre de nombreux actes d'incivilité sur la voie publique et de violence envers des membres de sa famille, des proches ou la police commis entre septembre 1999 et avril 2001, d'avoir agressé une prostituée dans la nuit du 26 au 27 octobre 2000, la frappant violemment puis la violant alors qu'elle était inconsciente. A la suite de cette agression, la victime est demeurée tétraplégique. Dans le courant du mois d'avril 2001, X._ a aussi violemment frappé à la tête un client dans un établissement public au motif qu'il aurait manqué de respect à sa mère. L'homme a été victime d'une contusion hémorragique temporale qui aurait pu potentiellement mettre sa vie en danger.
X._ a été détenu depuis le 5 avril 2001 et a été placé à l'établissement A._ dès le 30 septembre 2002.
B.b. X._ a fait l'objet d'expertises psychiatriques, dont rapports ont été rendus les 29 janvier 2002 et 8 mars 2005. Par arrêt du 15 août 2005, confirmé le 13 mars 2006 par le Tribunal fédéral, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal a admis un recours du Ministère public dirigé contre le jugement du Tribunal criminel de l'arrondissement de Lausanne du 31 mars 2003, et réformé celui-ci en ordonnant la suspension de l'exécution de la peine au profit d'un internement.
Par jugement du 12 novembre 2007, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a ordonné la poursuite de l'internement de X._ en application du nouveau droit. Il a notamment pris acte des rapports établis par divers intervenants dans la prise en charge de ce dernier, qui relevaient que son état psychologique s'était progressivement amélioré et qu'il s'investissait dans sa thérapie, mais qu'il n'entrait pas encore pleinement dans un processus de confrontation, que son discours était plaqué et qu'il lui restait par conséquent un long chemin à parcourir pour prendre conscience de sa dangerosité.
B.c. Selon un nouveau rapport d'expertise psychiatrique du 5 avril 2011, X._ souffrait d'un trouble mixte de la personnalité à traits borderline et dyssociaux. Les experts ont notamment relevé les progrès indéniables accomplis par l'intéressé depuis mars 2005, dans un contexte très structuré. Ils ont estimé qu'une ouverture non progressive du cadre entraînerait un risque de récidive important, sans toutefois être imminent, en le confrontant soudainement à des facteurs de stress non présents en détention, à des interactions sociales élargies et à la possibilité matérielle de consommer à nouveau de l'alcool. Ils ont préconisé un élargissement progressif du cadre dans lequel il exécutait sa mesure, afin de mettre à l'épreuve ses acquis et d'observer l'éventuelle réapparition de troubles du comportement.
Cette expertise a été complétée par un rapport complémentaire du 21 août 2013 dans lequel les experts ont notamment exposé ne plus avoir de critère actif pour permettre de retenir le diagnostic de trouble mixte de la personnalité à traits dyssociaux retenu précédemment. X._ avait intégré l'établissement B._ après avoir obtenu un CFC de boulanger-pâtissier. Deux sorties accompagnées avaient eu lieu dès le 1er mars 2013, à l'occasion desquelles le condamné avait rencontré son amie et sa famille. Son comportement dans son nouveau cadre de vie confirmait qu'il n'y avait pas de risque majeur de dangerosité dans le présent, en milieu fermé. Les différentes évaluations effectuées par les sociothérapeutes reflétaient des progrès qui semblaient réels et non plus associés uniquement à la volonté de se présenter au mieux afin d'alléger les conditions de détention ou de la peine. Les experts souscrivaient ainsi à une ouverture progressive du cadre.
Par jugement du 19 mai 2014, le Tribunal criminel de l'arrondissement de Lausanne a levé la mesure d'internement et ordonné la mise en oeuvre d'une mesure thérapeutique institutionnelle, en se fondant sur les expertises précitées.
B.d. Le 12 mai 2015, le Collège des Juges d'application des peines a refusé d'accorder à X._ la libération conditionnelle de sa mesure, tout en admettant que sa poursuite avait un sens.
Par la suite, cette autorité a mandaté le Dr. C._, médecin adjoint du Centre de psychiatrie D._, afin qu'il procède à une nouvelle expertise psychiatrique de l'intéressé. Ce dernier a rendu un rapport du 17 novembre 2016, duquel il ressortait notamment que X._ souffrait d'un trouble mixte de la personnalité à composantes dyssociales et borderline, avec, en l'état, une atténuation des composantes dyssociales. Il a notamment exposé que le comportement de l'expertisé était stable et a mis en avant une évolution positive qu'il a qualifiée de marquante depuis 2007. L'expert a conclu à un risque de récidive moyen, sans qu'il ne soit imminent, le cadre actuel étant conteneur et mainteneur. L'intéressé avait néanmoins fait les choix de ne plus consommer malgré les possibilités qui s'offraient à lui, d'aboutir une formation et de s'investir dans sa thérapie. Les facteurs favorisant le risque de réitération étaient notamment une précarité financière, une rechute dans la consommation de stupéfiants et d'alcool et des difficultés relationnelles au sein de sa famille, étant précisé que X._ avait plus de stratégies d'adaptation qu'à l'époque et qu'il était désormais en bons termes avec les membres de sa famille. Un acte de violence extrême tel que celui qu'il avait perpétré semblait peu probable, bien que ne pouvant être totalement exclu. Des délits tels que des vols ou de légères atteintes contre l'intégrité physique de tiers semblaient plus envisageables s'il devait récidiver.
L'expert a ensuite indiqué qu'il était important que X._ continue son suivi thérapeutique sur le long terme et a préconisé une évolution vers une réinsertion par étapes successives et progressives. Selon lui, un passage en foyer pouvait être envisageable rapidement, associé à une activité professionnelle externe. Une libération conditionnelle était toutefois encore prématurée. Après une période à définir et en cas de succès du travail externe, il serait possible d'envisager un passage en appartement protégé, suivi d'une phase de travail et de logement externes, et de réactualiser l'expertise psychiatrique en vue d'une libération conditionnelle. Dans la mesure où l'intéressé s'était servi du cadre de la prison pour se structurer intérieurement, autrement dit pour stabiliser sa structure psychique, il était possible qu'en l'absence de ce soutien extérieur, il se déstabilise face à des situations stressantes. Observer les stratégies qu'il adopterait pour rester calme dans sa progression était primordial et permettrait de déterminer ce qu'il avait acquis, de percevoir les éventuelles difficultés qu'il rencontrerait et de l'aider dans sa démarche d'autonomisation.
Le 20 janvier 2017, se fondant sur l'expertise précitée, le Collège des juges d'application des peines a à nouveau refusé d'accorder à X._ la libération conditionnelle de sa mesure.
B.e. Dans un rapport du 1er mai 2017, l'Unité d'évaluation criminologique du Service pénitentiaire (ci-après: UEC) a indiqué que X._ présentait une certaine évolution, notamment concernant l'importance de son suivi psychothérapeutique et des étapes futures de sa mesure. Il semblait davantage conscientiser certaines de ses fragilités. Il avait su mobiliser les discours et les remarques qui lui avaient été faites, le degré auquel il les avait fait siens étant toutefois sujet à interrogations. Le risque de récidive a été qualifié de moyen et le risque de fuite de faible. Afin de prévenir une éventuelle régression due au découragement, les criminologues ont indiqué qu'ils étaient favorables à la poursuite des ouvertures de régime par étapes progressives. Dans un objectif de réinsertion tant professionnelle que privée, des congés, puis un passage en foyer pourraient être envisageables.
B.f. Dans un bilan de phase 7 et proposition de la suite du plan d'exécution de la sanction (ci-après: PES) élaboré en juin 2017 et avalisé par l'Office d'exécution des peines (ci-après: OEP) le 31 août suivant, la Direction de A._ a rapporté que tous les objectifs fixés à X._ avaient été atteints, à l'exception de la poursuite du paiement des frais de justice, et que celui-ci avait respecté toutes les conditions générales mises en place.
Effectuant une synthèse des éléments favorables à une progression de l'exécution de la sanction, la Direction de la prison a relevé que X._ avait su se conformer aux attentes et démontrer sa stabilité. Il maintenait son abstinence aux substances prohibées, s'investissait à l'atelier, adoptait un bon comportement au cellulaire et avait su gérer sa frustration malgré la lassitude omniprésente face à l'exécution de sa mesure. S'agissant d'éléments défavorables, la Direction de la prison a relevé l'impatience de l'intéressé quant à l'exécution de sa mesure, ainsi que sa propension, dans certains contextes, à être envahi par ses é motions, lesquelles ne s'opposaient pas à la progression envisagée. La nécessité d'élargir le cadre par étapes progressives, observées et observables, devait néanmoins être rappelée et maintenue.
La Direction de A._ avait également rapporté les conclusions issues d'une rencontre interdisciplinaire qui s'était tenue le 9 mai 2017. Il en ressortait notamment que X._ avait déjà bénéficié de plusieurs conduites et avait su faire preuve d'adaptation, qu'il n'avait fait l'objet d'aucune sanction disciplinaire, que l'alliance thérapeutique, qualifiée de bonne par le Service de médecine et psychiatrie pénitentiaires (ci-après: SMPP), avait tendance à se dégrader depuis quelques mois dans la mesure où l'intéressé remettait en cause la pertinence du suivi et qu'une évolution positive concernant la reconnaissance de ses émotions, la compréhension de son histoire personnelle et du passage à l'acte avait été mise en évidence par le psychothérapeute. Sur la base de ces éléments, la progression de l'exécution de la sanction pouvait être envisagée, d'une part par la poursuite du régime de conduites sociales et la mise en oeuvre d'un régime de conduites institutionnelles et, d'autre part, par l'instauration d'un régime de congés fractionnés et la poursuite du processus de placement en institution.
Le 14 août 2017, la Direction de A._ a préavisé défavorablement à l'octroi de la libération conditionnelle à X._. Bien que le suivi et l'alliance thérapeutiques étaient bons, celui-ci devait encore progresser dans sa démarche réflexive. Le risque de récidive demeurait moyen et le faible risque de fuite ne pouvait pas être exclu.
B.g. Dans un préavis du 12 septembre 2017, la Commission interdisciplinaire consultative concernant les délinquants nécessitant une prise en charge psychiatrique (ci-après: CIC) a retenu premièrement que, selon l'expertise réalisée en novembre 2016, les troubles de personnalité de X._ pouvaient désormais être considérés comme atténués, qu'il tirait parti de la mesure et que le risque qu'il récidive était considéré comme moyen, non imminent et conditionné par des facteurs de déstabilisation. La CIC a ensuite constaté que, dans ces conditions favorables, les experts préconisaient la poursuite d'un suivi thérapeutique accompagnant les étapes d'une confrontation au monde extérieur, ce programme passant par une admission de l'intéressé en foyer et la recherche d'une activité professionnelle. En outre, l'évaluation criminologique réalisée en mai 2017 notait un début d'évolution positive dans la prise de conscience de X._ de ses fragilités persistantes et qualifiait le risque de réitération de moyen. Enfin, relevant que devant ces constats favorables, le PES avalisé le 31 août 2017 préconisait le placement de X._ en foyer après les indispensables phases de préparation, la CIC a déclaré qu'elle souscrivait à cette orientation, en s'interrogeant cependant sur la pertinence de subordonner cette admission à la réussite d'un congé fractionné qui devrait plutôt intervenir ultérieurement dans le cadre du placement.
B.h. Le 19 octobre 2017, l'OEP a saisi le Collège des Juges d'application des peines d'une proposition tendant au refus de la libération conditionnelle à X._. Il a exposé que celui-ci avait poursuivi son évolution positive, tant au carcéral que dans le cadre de son suivi thérapeutique. Il continuait son régime de conduites et recherchait un foyer adéquat pouvant l'accueillir. Afin de privilégier sa réinsertion en douceur dans la société, tout en maintenant un risque acceptable pour celle-ci, il devait poursuivre l'exécution de sa mesure, avec des phases d'élargissement progressives et prudentes.
Postérieurement à la saisine de l'OEP, le dossier a été complété par différents rapports en lien avec les conduites dont a bénéficié X._, desquels il ressort un bilan globalement favorable. De même, un changement est intervenu au niveau du bilan de phase 7 du PES, après que l'OEP, puis la Chambre des recours du Tribunal cantonale, aient refusé un congé prévu par ledit plan ensuite de l'avis de la CIC, qui ne cautionnait pas ce type d'élargissement antérieurement à un placement.
B.i. Le 28 novembre 2017, le Ministère public central, division affaires spéciales, s'est rallié à l'avis de l'OEP du 19 octobre 2017 en préavisant défavorablement à la libération conditionnelle de la mesure thérapeutique institutionnelle de X._.
B.j. Par décision du 11 janvier 2018, l'OEP a autorisé X._ à poursuivre l'exécution de sa mesure thérapeutique institutionnelle auprès de l'établissement E._, à compter du 15 janvier 2018.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme de l'arrêt de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 1er février 2018 en ce sens qu'il est constaté le caractère illicite de sa détention depuis novembre 2013, que la mesure institutionnelle thérapeutique est levée, que sa libération immédiate est ordonnée et que l'indemnité allouée à son conseil d'office pour la procédure de première instance devant le Collège des Juges d'application des peines est fixée à 7'315 fr. 92, dont 553 fr. 92 de TVA. Subsidiairement, il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en sens que la libération conditionnelle de la mesure thérapeutique institutionnelle lui est accordée. Plus subsidiairement encore, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la Chambre des recours pénale pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale est ouvert pour porter sur l'exécution d'une mesure (<ref-law>).
2.
Le recourant débute ses écritures par une présentation des faits. Dans la mesure où il s'écarte des faits retenus par la cour cantonale sans démontrer que ceux-ci auraient été établis de manière arbitraire, son exposé est appellatoire et, partant, irrecevable (cf. <ref-law>).
3.
Le recourant se plaint d'un déni de justice formel. Il reproche à la cour cantonale de ne pas avoir statué sur le caractère licite de la mesure ainsi que sur la violation des art. 62c et 62 al. 1 CP.
3.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinent pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
3.2. En rapport avec la licéité de la mesure antérieurement à la décision du Collège des Juges d'application des peines du 16 janvier 2018, la cour cantonale a constaté que le caractère licite reposait sur des décisions exécutoires rendues à ce sujet. Au demeurant et pour ce qui concerne la décision du 16 janvier 2018, le recourant ne démontre pas en quoi son grief relatif à l'illicéité de la mesure se distinguerait de celui tiré de la violation des art. 59 et 56 al. 6 CP. L'autorité précédente a examiné, sous l'angle de ces dispositions, si les conditions de la mesure étaient toujours remplies ou si elle devait être levée. Elle a conclu que " la mesure institutionnelle ordonnée à l'endroit de X._ reste justifiée et licite et, compte tenu des élargissement intervenus, elle demeurait proportionnée. " (arrêt attaqué, p. 21).
La cour cantonale a également statué sur les violations alléguées des art. 62c et 62 al. 1 CP en retenant que dans la mesure où la motivation du recourant était similaire à celle présentée sous l'angle des art. 56 al. 6 et 59 CP, les motifs développés en lien avec ces dispositions valaient mutatis mutandisen ce qui concernait les art. 62 c et 62 al. 1 CP. En effet, dans ses considérants précédents, la cour cantonale avait déjà examiné non seulement si la mesure devait être levée (art. 56 al. 6, 59 et 62c CP), mais également si la libération conditionnelle pouvait être octroyée (<ref-law>). Il s'ensuit que la cour cantonale n'a pas manqué de rendre une décision sur les différents griefs soulevés par le recourant.
La question de savoir si ces motifs sont fondés sera examinée ci-après.
4.
Invoquant la violation des art. 5 par. 1 CEDH, 56 al. 6 CP, 59 CP et 62c CP, le recourant réclame la levée de sa mesure et demande qu'il soit constaté le caractère illicite de sa détention depuis novembre 2013. Il conclut à titre subsidiaire à l'octroi de la libération conditionnelle conformément à l'<ref-law>.
4.1.
4.1.1. Conformément à l'art. 5 par. 1 CEDH, toute personne a droit à la liberté et à la sûreté. Nul ne peut être privé de sa liberté sauf, notamment, s'il s'agit de la détention régulière d'une personne susceptible de propager une maladie contagieuse, d'un aliéné, d'un alcoolique, d'un toxicomane ou d'un vagabond (let. e).
Pour respecter l'art. 5 par. 1 CEDH, la détention doit avoir lieu "selon les voies légales" et "être régulière". En la matière, la CEDH renvoie pour l'essentiel à la législation nationale et consacre l'obligation d'en respecter les normes de fond comme de procédure, mais elle exige de surcroît la conformité de toute privation de liberté au but de l'article 5: protéger l'individu contre l'arbitraire (arrêts CourEDH Cervenka c. République tchèque du 13 octobre 2016 [requête no 62507/12] § 105; Bergmann c. Allemagne du 7 janvier 2016 [requête no 23279/14] § 101; Papillo c. Suisse du 27 janvier 2015 [requête no 43368/08] § 41). Selon la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'Homme, les questions du traitement ou du régime adéquats ne relèvent en principe pas de l'art. 5 par. 1 let. e CEDH, sous réserve de l'existence d'un certain lien entre, d'une part, le motif invoqué pour la privation de liberté autorisée et, d'autre part, le lieu et le régime de détention. Dans ce contexte, en principe, la "détention" d'une personne souffrant de troubles mentaux ne sera "régulière" au regard de l'art. 5 par. 1 let. e CEDH que si elle se déroule dans un hôpital, une clinique ou un autre établissement approprié à ce habilité (arrêts CourEDH Bergmann § 99; Papillo § 42; Claes c. Belgique du 10 janvier 2013 [requête no 43418/09] § 114; L.B. c. Belgique du 2 octobre 2012 [requête no 22831/08] § 93; Stanev c. Bulgarie du 17 janvier 2012 [requête no 36760/06] § 147).
4.1.2. Lorsque l'auteur souffre d'un grave trouble mental, le juge peut ordonner un traitement institutionnel si l'auteur a commis un crime ou un délit en relation avec ce trouble et s'il est à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec ce trouble (<ref-law>).
Conformément à l'<ref-law>, une mesure dont les conditions ne sont plus remplies doit être levée. Comme son prononcé suppose qu'elle soit propre à détourner l'auteur de la commission de nouvelles infractions en relation avec son grave trouble mental (cf. <ref-law>), une mesure thérapeutique institutionnelle ne peut être maintenue que si elle conserve une chance de succès, ainsi que le prévoit du reste l'<ref-law>. Au contraire de l'internement, qui consiste principalement à neutraliser l'auteur, la mesure thérapeutique institutionnelle cherche à réduire le risque de récidive par une amélioration des facteurs inhérents à l'intéressé. Il s'ensuit que, pour qu'une mesure thérapeutique institutionnelle puisse être maintenue, c'est le traitement médical, non la privation de liberté qui lui est associée, qui doit conserver une chance de succès du point de vue de la prévention spéciale. La notion de traitement médical doit être entendue largement. Même la simple prise en charge de l'auteur dans un milieu structuré et surveillé accompagnée d'un suivi psychothérapeutique relativement lointain constitue un traitement, si elle a pour effet prévisible d'améliorer l'état de l'intéressé de manière à permettre, à terme, sa réinsertion dans la société (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 204 s.; arrêt 6B_1160/2013 du 20 février 2014 consid. 3.1.2). Selon l'art. 62c al. 1 let. c, la mesure est levée s'il n'y a pas ou plus d'établissement approprié.
4.1.3. Conformément à l'<ref-law>, l'auteur doit être libéré conditionnellement de l'exécution institutionnelle de la mesure dès que son état justifie qu'on lui donne l'occasion de faire ses preuves en liberté. La loi ne définit pas cette notion. Elle n'exige pas la guérison de l'auteur, mais une évolution ayant pour effet d'éliminer ou de réduire dans une mesure suffisante le risque de nouvelles infractions. Il n'est donc pas nécessaire que l'auteur soit mentalement normal. Il suffit qu'il ait appris à vivre avec ses déficits, de manière que l'on puisse poser un pronostic favorable quant à son comportement futur, étant rappelé que s'agissant de la décision sur le pronostic, le principe " in dubio pro reo " est inapplicable (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 202 s.). Ce pronostic doit être posé en tenant compte du principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst. et 56 al. 2 CP) selon lequel l'atteinte aux droits de la personnalité qui résulte pour l'auteur d'une mesure ne doit pas être disproportionnée au regard de la vraisemblance qu'il commette de nouvelles infractions et de leur gravité. Cette disposition postule de la sorte la pesée à effectuer entre l'atteinte aux droits inhérente à la mesure ordonnée et la dangerosité de l'auteur (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 203). Présente un caractère de dangerosité le délinquant dont l'état mental est si gravement atteint qu'il est fortement à craindre qu'il commette de nouvelles infractions. Lors de l'examen du risque de récidive, il convient de tenir compte de l'imminence et de la gravité du danger, ainsi que de la nature et de l'importance du bien juridique menacé. Lorsque des biens juridiques importants, tels que la vie ou l'intégrité corporelle, sont mis en péril, il faut se montrer moins exigeant quant à l'imminence et à la gravité du danger que lorsque des biens de moindre valeur, tels que la propriété ou le patrimoine, sont menacés. Le pronostic doit également tenir compte de la durée de la privation de liberté déjà subie par l'auteur (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 203).
4.1.4. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux, dont l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>), les critiques de nature appellatoire étant irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
4.2. La cour cantonale a constaté que le trouble mixte de la personnalité dont souffrait le recourant avait été diagnostiqué dans le rapport d'expertise initial du 5 avril 2011 et que ce diagnostic demeurait inchangé dans la dernière expertise rendue le 17 novembre 2016, même s'il n'était pas contesté que ce trouble évoluait favorablement et qu'il existait actuellement sous une forme atténuée. Les juges cantonaux ont relevé en outre que le recourant se comportait bien en détention, qu'il n'avait pas commis de nouveaux actes de violence et que son séjour au Centre B._, tout comme ses sorties accompagnées, s'étaient bien déroulées. Cela n'empêchait pas que pour l'heure, il existait encore, à dire d'expert, un risque de récidive moyen en lien avec ledit trouble. Tous les intervenants et toutes les expertises concluaient qu'une ouverture progressive du cadre était nécessaire pour limiter le risque de récidive. S'il ressortait des deux derniers rapports d'expertise qu'il n'y avait pas de risque majeur de dangerosité, ni de risque de récidive imminent, il était précisé que c'était parce que l'intéressé se trouvait en milieu fermé, le cadre étant conteneur et mainteneur.
L'élargissement progressif de la mesure avait débuté par l'octroi de conduites et, tout récemment, par le placement en institution, l'objectif étant qu'en cas de succès, le recourant soit placé en appartement protégé, suivi d'une phase de travail et de logements externes. En définitive, l'évolution positive du condamné démontrait que le traitement institutionnel portait ses fruits et les élargissements dont il bénéficiait, tout comme ceux qui étaient prévus si cette évolution se poursuivait, tenait précisément compte du fait que le risque de récidive allait décroissant. Il demeurait cependant important, dans la perspective desdits élargissements, et ne serait pas réduit dans une mesure suffisante en cas de libération et en l'absence de tout traitement. La mesure institutionnelle restait donc justifiée et licite et, compte tenu des élargissements intervenus, demeurait proportionnée.
4.3.
4.3.1. Le recourant affirme que l'existence d'un grave trouble mental n'est démontré par aucun élément au dossier. Il se prévaut en particulier du rapport d'expertise complémentaire du 21 août 2013 dans lequel les experts ont exposé ne plus disposer de critères actifs pour retenir un trouble mixte de la personnalité.
Selon le rapport d'expertise psychiatrique du 5 avril 2011, le recourant souffre d'un trouble mixte de la personnalité à traits borderline et dyssociaux. Ce diagnostic a été confirmé par l'expertise la plus récente, le Dr. C._ précisant que les composantes dyssociales s'étaient atténuées (rapport du 17 novembre 2016, p. 22). Ainsi, comme on le comprend de cette expertise, l'atténuation des composantes du trouble en milieu fermé ne signifie pas que le recourant ne souffrirait plus d'un grave trouble mental, qui reste diagnostiqué. L'existence d'un tel trouble ressort donc bien des expertises versées à la procédure.
4.3.2. Si les éléments sur lesquels le recourant se fonde pour prétendre qu'il ne présente aucun danger pour la sécurité publique (absence d'actes de violence, abstinence à l'alcool et aux autres substances illicites, bilans de conduite sociale favorables) confirment sa bonne évolution, ils ne sont pas aptes à démontrer que le risque de récidive en liberté n'existerait pas.
A cet égard, l'expertise du 17 novembre 2016 a conclu à un risque de récidive moyen, sans qu'il ne soit imminent, le cadre actuel étant conteneur et mainteneur. Un acte d'une violence extrême tel que celui qu'il avait perpétré semblait peu probable, bien que ne pouvant pas être totalement exclu. L'expert a précisé que dans la mesure où l'intéressé s'était servi du cadre de la prison pour stabiliser sa structure psychique, il était possible qu'en l'absence de ce soutien extérieur, il se déstabilise face à des situations stressantes. C'est pourquoi, il était important que le recourant continue son suivi thérapeutique sur le long terme et qu'une évolution vers une réinsertion devrait se faire par étapes successives et progressives (p. 22-24). L'expertise complémentaire du 21 août 2013, dont se prévaut le recourant, retient que son comportement dans son nouveau cadre de vie confirmait qu'il n'y avait pas de risque majeur de dangerosité dans le présent, en milieu fermé, mais qu'en l'absence de cadre, en particulier si celui-ci devait être ouvert de manière abrupte, le risque de commettre des actes de violence serait alors toujours présent, toutefois sans être imminent (p. 10).
Ainsi, quoi qu'en dise le recourant, les experts n'ont pas retenu un risque théorique de récidive insuffisant pour justifier une mesure; il découle de leur appréciation que le risque de récidive paraît bien contrôlé dans un cadre soutenant et abstinent, mais qu'il est nécessaire, pour le réduire dans un cadre plus autonome, de procéder à des élargissements progressifs. Il persiste donc un risque de récidive qu'en l'état, seule une mesure institutionnelle permet de réduire.
4.3.3. Il ressort également de ce qui précède que la mesure continue de servir l'objectif consistant à prévenir la commission de nouvelles infractions en relation avec un trouble mental. L'expertise du 26 novembre 2016 relève en particulier que le recourant tire des bénéfices de la mesure thérapeutique institutionnelle et que la poursuite du suivi thérapeutique, ainsi qu'une confrontation au monde extérieur par étape est vraisemblablement nécessaire (rapport d'expertise, p. 23-24). En tant que le recourant soutient que la CIC n'a pas préconisé un placement en milieu pénitentiaire et que tous les membres de son réseau sont favorables à un placement en institution, il ne fait rien d'autre que de confirmer le bien-fondé de la poursuite de la mesure, actuellement exécutée au sein d'un établissement médico-social. Le rapport du SMPP indique certes que le suivi psychiatrique du recourant a pour objectif le soutien et l'accompagnement du recourant dans son parcours carcéral. On comprend cependant de l'ensemble des avis recueillis que non seulement le suivi psychiatrique, mais également le cadre conteneur du caractère institutionnel de la mesure demeurent nécessaires afin d'accompagner l'évolution du recourant et de préparer son autonomie en vue d'une libération, considérée comme prématurée à ce stade. On rappellera encore que selon la jurisprudence, même la simple prise en charge de l'auteur dans un milieu structuré et surveillé accompagnée d'un suivi psychothérapeutique relativement lointain constitue un traitement si elle a pour effet prévisible d'améliorer l'état de l'intéressé et de manière à permettre, à terme, sa réinsertion dans la société (consid. 3.1.1). En l'espèce, le recourant bénéficie bien d'un tel traitement.
C'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a considéré que les conditions de la mesure de l'<ref-law> étaient toujours remplies et que, partant, il n'y avait pas lieu de la lever selon les <ref-law> et 62c al. 1 let. a CP, ni de constater son illicéité.
4.3.4. En ce qui concerne le lieu d'exécution de la mesure, s'il invoque l'art. 62 al. 1 let. c CP, le recourant n'indique pas en quoi l'établissement au sein duquel il est actuellement placé ne serait pas adapté à l'exécution d'une mesure thérapeutique institutionnelle. Il ne fait donc pas valoir de grief recevable (<ref-law>).
4.3.5. Il découle également de ce qui précède que l'art. 5 par. 1 CEDH n'a pas été violé. A cet égard, le recourant procède à une lecture erronée de l'arrêt Kadusic c. Suisse du 9 janvier 2018 lorsqu'il affirme que les motifs de cette décision seraient également applicables en l'espèce. En effet, une violation de l'art. 5 par. 1 CEDH a été constatée par la CourEDH aux motifs que la mesure thérapeutique institutionnelle litigieuse, qui avait été imposée seulement vers la fin de l'exécution de la peine initiale, ne se fondait pas sur des expertises suffisamment récentes et que le requérant se trouvait, depuis plus de quatre ans et demi après l'expiration de sa peine d'emprisonnement, dans une institution manifestement inadaptée aux troubles dont il souffrait, à savoir la prison F._ (arrêt CourEDH Kadusic c. Suisse du 9 janvier 2018 [requête no 43977/13] § 58). En l'espèce, le recourant ne se plaint, à raison, ni de l'ancienneté des expertises, ni du caractère inadapté de l'établissement (médico-social) au sein duquel il exécute actuellement sa mesure. En outre, à la différence de cette affaire, la mesure institutionnelle du recourant a été précédée par un internement (<ref-law>); c'est en se fondant sur la bonne évolution du recourant que l'internement a été levé et qu'une mesure moins lourde, le traitement institutionnel de l'<ref-law>, a été prononcée par le tribunal.
4.4. En rapport avec la libération conditionnelle (<ref-law>), le recourant soutient qu'elle ne pouvait lui être refusée qu'à la condition que le risque de récidive soit élevé et imminent, ce qui ne ressortait pas du dossier. La cour cantonale s'était uniquement fondée sur les actes pour lesquels il avait été jugé, ce que proscrivait la jurisprudence constante. Il fallait également tenir compte du fait que la durée de la privation de liberté avait déjà dépassé de plus de 7 ans la peine à laquelle il avait été condamné.
4.4.1. Selon la jurisprudence, la libération conditionnelle est octroyée à condition que l'on puisse poser un pronostic favorable quant au comportement futur de l'auteur. Lors de l'examen du risque de récidive, il convient de tenir compte de l'imminence et de la gravité du danger, ainsi que de la nature et de l'importance du bien juridique menacé (consid. 3.1.3 supra). Il ne s'agit donc pas d'exiger un risque de récidive élevé et imminent in abstracto, mais bien plutôt de procéder à une pesée des intérêts entre l'atteinte aux droits inhérente à la mesure ordonnée et la dangerosité de l'auteur.
4.4.2. De l'avis de l'ensemble des intervenants, une libération conditionnelle constituerait une transition précipitée (En fait, B., et consid. 3.3.3 supra). Les juges cantonaux pouvaient en particulier déduire des expertises psychiatriques que l'évolution certes favorable du recourant ne permettait pas encore d'éliminer ou de réduire suffisamment la commission de nouvelles infractions, notamment des actes de violence (consid. 3.3.2 supra). Puisque seule une mesure institutionnelle, accompagnée d'élargissements progressifs du cadre, permettait de réduire le risque de récidive, l'état du recourant ne justifiait pas de lui donner l'occasion de faire ses preuves en liberté. Quoi qu'il en dise, le recourant ne saurait se prévaloir du principe in dubio pro reo, inapplicable s'agissant de la décision sur le pronostic (consid. 3.1.3 supra).
Enfin, le maintien de la mesure thérapeutique institutionnelle n'apparaît pas disproportionné compte tenu du risque de récidive et de la nécessité, soulignée de manière unanime par tous les intervenants, de procéder à une réinsertion par étapes successives et progressives. Bien que le recourant soit privé de sa liberté depuis 17 ans alors que la peine privative de liberté infligée était de 10 ans, il convient de relever qu'il ne séjourne plus dans un établissement carcéral, mais qu'il a été récemment placé dans un EMS, ce qui atténue l'atteinte portée à ses droits. En outre, la poursuite des allégements dont il bénéficie est prévue dans le plan d'exécution de sa mesure.
Partant, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en confirmant le rejet de la demande de libération conditionnelle du recourant.
5.
Selon ses conclusions, le recourant demande que l'indemnité allouée à son conseil d'office soit fixée pour la procédure de première instance devant le Collège des Juges d'application des peines à 7'315 fr. 92, dont 553 fr. 92 de TVA.
L'<ref-law> prévoit que le défenseur d'office peut former un recours contre la décision fixant son indemnité d'office. Selon la jurisprudence constante, le prévenu n'a pas d'intérêt juridiquement protégé à obtenir l'augmentation de l'indemnisation fixée en faveur de son conseil d'office (arrêts 6B_1395/2017 du 30 mai 2018 consid. 4.1; 6B_178/2018 du 21 février 2018 consid. 3; 6B_451/2016 du 8 février 2017 consid. 2.4 in SJ 2017 I 340; 6B_511/2016 du 4 août 2016 consid. 5.3.1; 6B_1017/2014 du 3 novembre 2015 consid. 4).
Il s'ensuit que le recourant n'a pas la qualité pour recourir en rapport avec l'indemnisation de son conseil. Le grief est dès lors irrecevable.
6.
Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de rejeter le recours dans la mesure où il est recevable. Il était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant supporte les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 28 juin 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy


facts:
Sachverhalt:
A.
A.A._ und B.A._ hatten 1990 in U._ (NW) geheiratet. Im Eheschutzverfahren vor dem Kantonsgericht Nidwalden hielt die vorsitzende Richterin im Verhandlungs-/Parteibefragungsprotokoll vom 26. März 2009 fest, dass sich die Parteien (soweit vor Bundesgericht noch relevant) wie folgt geeinigt hätten:
"1. Die Parteien einigen sich auf eine güterrechtliche Zahlung des Gesuchs gegners an die Gesuchstellerin von Fr. 1.55 Millionen.
2. Von diesem Betrag überweist der Gesuchsgegner der Gesuchstellerin ei ne Teilzahlung von Fr. 500'000.00 bis Ende April 2009.
[...]
5. Jegliche Nach- und Strafsteuern werden je hälftig getragen.
[...]"
B.
B.a. Mit Urteil vom 14. April 2011 schied das Kantonsgericht Nidwalden die Ehe der Parteien gestützt auf Art. 112 ZGB. Die Parteien hatten über die Scheidungsfolgen eine Vereinbarung getroffen, die das Kantonsgericht genehmigte und in das Scheidungsurteil aufnahm. Die güterrechtliche Auseinandersetzung konnte nicht durchgeführt werden und wurde in ein separates Verfahren verwiesen, weil im Zeitpunkt der Scheidung beim kantonalen Steueramt Nidwalden gegen die Parteien ein Nach- und Strafsteuerverfahren hängig war. Das abgetrennte Verfahren blieb bis zum Abschluss des Nach- und Strafsteuerverfahrens sistiert.
B.b. Mit Schreiben vom 16. August 2012 bestätigte das kantonale Steueramt Nidwalden, dass das Nach- und Strafsteuerverfahren der Parteien abgeschlossen sei und die Nach- und Strafsteuern auf insgesamt Fr. 2'953'963.55 festgesetzt worden seien.
B.c. Am 7. Mai 2013 fällte das Kantonsgericht sein Urteil im separaten Verfahren ZK 11 21 betreffend die güterrechtliche Auseinandersetzung. Es verurteilte A.A._, B.A._ aus Güterrecht Fr. 426'964.00 zu bezahlen. Dagegen legte die Frau Berufung beim Obergericht des Kantons Nidwalden ein. Das Obergericht wies das Rechtsmittel ab und bestätigte den erstinstanzlichen Entscheid (Urteil ZA 13 18 vom 20. Februar 2014). Daraufhin erhob A.A._ Beschwerde beim Bundesgericht. Dieses hiess ihre Beschwerde gut und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zu neuem Entscheid an das Obergericht zurück (Urteil 5A_378/2015 vom 15. März 2016). In Gutheissung der Berufung der Frau hob das Obergericht das Urteil des Kantonsgerichts vom 7. Mai 2013 in der Folge auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung an das Kantonsgericht zurück (Entscheid ZA 16 5 vom 16. November 2017).
C.
C.a. In seinem neuen Urteil ZK 17 46 vom 2. Mai 2018 genehmigte das Kantonsgericht die Vereinbarung der Parteien vom 26. März 2009 (Bst. A), "soweit sie nicht nichtig ist" (Dispositiv-Ziffer 1). Ziffer 5 der besagten Vereinbarung lautet in der genehmigten Fassung wie folgt: "Jegliche Nachsteuern werden hälftig je getragen." Weiter verurteilte das Kantonsgericht B.A._ zu einer Zahlung aus Güterrecht von Fr. 645'113.35 (Dispositiv-Ziffer 2). Die Gerichtskosten des erstinstanzlichen Verfahrens von Fr. 30'000.-- auferlegte es B.A._, ebenso die zweitinstanzliche, auf Fr. 4'000.-- bestimmte Entscheidgebühr (Dispositiv-Ziffern 3 und 4). Überdies wurde B.A._ verurteilt, A.A._ mit Fr. 27'092.90 (erstinstanzliches Verfahren) und Fr. 3'200.-- (zweitinstanzliches Verfahren) zu entschädigen (Dispositiv-Ziffern 5 und 6).
C.b. B.A._ legte Berufung beim Obergericht ein. Er verlangte, die Dispositiv-Ziffern 2-6 des erstinstanzlichen Urteils aufzuheben und A.A._ zu einer güterrechtlichen Zahlung von Fr. 367'266.60 zu verpflichten; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter habe die Frau die Gerichtskosten "in allen Instanzen" zu tragen und ihn "für das Verfahren in 1. und 2. Instanz angemessen zu entschädigen." A.A._ beantragte, die Berufung abzuweisen und das erstinstanzliche Urteil zu bestätigen.
C.c. In seinem Berufungsentscheid ZA 19 4 stellte das Obergericht fest, dass die Dispositiv-Ziffer 1 des erstinstanzlichen Urteils vom 2. Mai 2018 am 17. Mai 2018 (Bst. C.a) in Rechtskraft erwachsen ist. In teilweiser Gutheissung der Berufung bestimmte das Obergericht die von B.A._ geschuldete Zahlung aus Güterrecht auf Fr. 296'053.10. Die Prozesskosten der vorangegangenen erst- und zweitinstanzlichen Verfahren (Bst. C.a) teilte es im Verhältnis von 54 % (Mann) zu 46 % (Frau) unter den Parteien auf. In gleicher Weise verfuhr es mit den Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- für das neuerliche Berufungsverfahren. Bezüglich der Parteikosten ist den Entscheidgründen, nicht jedoch dem Rechtsspruch des Obergerichts zu entnehmen, dass die Honorarnoten von Fr. 23'254.60 (Anwalt von B.A._) und Fr. 7'832.50 (Anwalt von A.A._) in vollem Umfang genehmigt wurden und die Frau dem Mann gestützt auf das besagte Teilungsverhältnis nach Verrechnung der gegenseitigen Ansprüche unter diesem Titel Fr. 6'467.55 zu bezahlen hat. Der Entscheid datiert vom 29. August 2019 und wurde am 8. Januar 2020 an die Parteien versandt.
D.
D.a. Mit Beschwerde vom 1. Februar 2020 wendet sich A.A._ (Beschwerdeführerin) an das Bundesgericht (Verfahren 5A_80/2020). Sie beantragt, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben und das Urteil des Kantonsgerichts hinsichtlich dessen Dispositiv-Ziffern 2-6 (s. Bst. C.a) zu bestätigen (Ziffer 1). Weiter seien die Prozesskosten des vorinstanzlichen Verfahrens unter Berücksichtigung des Streitwerts von Fr. 1'012'379.95 B.A._ (Beschwerdegegner) aufzuerlegen; eventualiter sei die Sache diesbezüglich zur Neufestlegung ans Obergericht zurückzuweisen (Ziffer 2). In prozessualer Hinsicht ersucht die Beschwerdeführerin darum, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
D.b. Der Beschwerdegegner ficht den Entscheid des Obergerichts mit Beschwerde vom 5. Februar 2020 ebenfalls beim Bundesgericht an (Verfahren 5A_102/2020). Er hält an seiner güterrechtlichen Forderung von Fr. 367'266.60 (s. Bst. C.b) fest. Die Gerichtskosten der vorangegangenen (erst- und zweitinstanzlichen) Verfahren seien zu 96 % der Beschwerdeführerin und zu 4 % ihm selbst aufzuerlegen. Weiter fordert er von der Beschwerdeführerin für die Verfahren ZK 11 21, ZA 13 18 und ZK 17 46 (s. Bst. B.c und C.a) eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 66'373.14 und für das Verfahren ZA 16 5 (s. Bst. B.c) - nach Verrechnung der gegenseitigen Ansprüche - eine solche von Fr. 3'170.69. Schliesslich habe die Beschwerdeführerin für die Gerichtskosten des vorinstanzlichen Verfahrens ZA 19 4 (s. Bst. C.c) aufzukommen und ihn, den Beschwerdegegner, für dieses Verfahren mit Fr. 23'254.60 zu entschädigen. Im Eventualantrag verlangt der Beschwerdegegner, die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Wie die Beschwerdeführerin (Bst. D.a) stellt auch der Beschwerdegegner ein Gesuch um aufschiebende Wirkung.
D.c. Mit Verfügungen vom 4. März 2020 erteilte der Präsident der II. zivilrechtlichen Abteilung den Beschwerden in den Verfahren 5A_80/2020 (Bst. D.a) und 5A_102/2020 (Bst. D.b) die aufschiebende Wirkung.

considerations:
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerden richten sich gegen den Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz, die als oberes Gericht auf Rechtsmittel hin über die vermögensrechtlichen Folgen einer Ehescheidung, also über eine Zivilsache im Sinne von Art. 72 Abs. 1 BGG, befunden hat. Die Streitwertgrenze gemäss Art. 74 Abs. 1 Bst. b BGG ist erreicht. Die rechtzeitig (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. Art. 45 Abs. 1 BGG) eingereichten Beschwerden sind zulässig.
1.2. Die beiden Beschwerden richten sich gegen denselben Entscheid und betreffen dieselbe Streitsache, in der sich dieselben Parteien gegenüberstehen. In dieser Situation rechtfertigt es sich, die Beschwerdeverfahren 5A_80/2020 und 5A_102/2020 in sinngemässer Anwendung von Art. 24 BZP i.V.m. Art. 71 BGG zu vereinigen.
2.
Im ordentlichen Beschwerdeverfahren sind in rechtlicher Hinsicht alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig. Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG) und urteilt mit freier Kognition. Was den Sachverhalt angeht, legt das Bundesgericht seinem Urteil die Feststellungen der Vorinstanz zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Zum vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gehören nicht nur die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, sondern auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f.). Diesbezüglich kann die rechtsuchende Partei nur vorbringen, die vorinstanzlichen Feststellungen seien offensichtlich unrichtig (Art. 97 Abs. 1 BGG), das heisst willkürlich (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 1.5 S. 130 mit Hinweis), oder würden auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG (z.B. Art. 29 Abs. 2 BV oder Art. 8 ZGB) beruhen (Urteil 5A_374/2010 vom 9. Juli 2010 E. 1). In der Beschwerde ist auch darzutun, inwiefern die Behebung der gerügten Mängel für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22).
3.
Der Streit dreht sich hauptsächlich um den Betrag der Nachsteuern, die von den Parteien gemäss Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 "je hälftig getragen" werden (s. Sachverhalt Bst. A und C.a).
3.1. Die Vorinstanz zitiert zuerst aus der Erwägung 6 des bundesgerichtlichen Urteils 5A_378/2015 vom 15. März 2016. Gestützt auf die vom Beschwerdegegner mit der Berufungsschrift eingereichten Unterlagen mit einer Forderung von insgesamt Fr. 2'779'436.60 nimmt sie darauf "die vom Bundesgericht geforderte Unterteilung" vor; dabei werde aufgezeigt, wer in welchem Umfang und im Zusammenhang mit wessen Steuerpflicht gebüsst wurde. Die Bussen im Gesamtbetrag von Fr. 158'623.20 würden vom Beschwerdegegner nicht mehr thematisiert, so die weitere Feststellung des Obergerichts. Auf der nächsten Seite ist eine Liste mit dem Titel "Belege des Berufungsklägers" abgedruckt. Darauf sind die einzelnen Steuerbetreffnisse nach Belegnummer, Steuersubjekt (A._ AG oder die Eheleute A._), Steuer (Kantons- und Gemeindesteuern, Direkte Bundessteuern oder Mehrwertsteuer), Steuerart (ordentliche Steuer oder Nachsteuer) und Steuerjahr aufgeführt. Die den einzelnen Positionen zugehörigen Geldbeträge sind ausserdem nach Steuerforderung und Verzugszins aufgeschlüsselt. Gemäss dieser Aufstellung belaufen sich die Steuerforderungen, die der Beschwerdegegner zur Hälfte der Beschwerdeführerin überbürden will, auf die erwähnte Summe (Fr. 2'779'436.60 inkl. Verzugszinsen von Fr. 189'447.35).
Das Obergericht stellt fest dass sich die ordentlichen Steuern gemäss den aufgelegten Belegen auf Fr. 1'271'542.-- belaufen würden. Davon entfielen Fr. 475'388.05 auf die A._ AG, Fr. 757'100.50 auf die Ehegatten A._ und Fr. 39'054.30 auf den Beschwerdegegner. Die Nachsteuern von total Fr. 1'274'445.75 setzen sich dem angefochtenen Entscheid zufolge aus einer Nachsteuerforderung von Fr. 127'875.85 gegen die A._ AG und aus einer solchen gegen die Eheleute A._ von Fr. 1'146'569.90 zusammen. Die Mehrwertsteuernachforderung von Fr. 233'448.-- gegenüber der A._ AG habe die eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) gestützt auf eine Steuerkontrolle über die Zeit vom 1. Januar 2002 bis 31. Dezember 2006 am 29. Januar 2008 in Rechnung gestellt.
Das Obergericht erklärt, dass die Nachsteuer keine vom ursprünglichen Steueranspruch verschiedene Forderung, sondern die Mehrsteuer sei, die sich nach der Revision der ursprünglichen Veranlagung ergebe und für die keine besonderen Bemessungsgrundsätze gälten. Es folgert, dass auch die erwähnte Nachforderung der ESTV von der Regelung gemäss Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 erfasst sei. Der Einwand der Beschwerdeführerin, wonach sich die Parteien aufgrund der Ausgestaltung der Mehrwertsteuer als indirekte Steuer nicht hätten einigen können, überzeuge nicht. Dass bei der Mehrwertsteuer das Steuersubjekt und der Steuerträger auseinanderfallen, stehe der Vereinbarung nicht entgegen. Steuerpflichtig sei weiterhin die A._ AG; die Beschwerdeführerin treffe die Vertragspflicht, für deren Nachsteuern hälftig aufzukommen. In der Folge weist das Obergericht darauf hin, dass der Betrag der Mehrwertsteuernachforderung von Fr. 233'448.-- vom Beschwerdegegner bereits bei der güterrechtlichen Auseinandersetzung berücksichtigt und bei der Bewertung der Aktien der A._ AG in Abzug gebracht worden sei. Bereits zum damaligen Zeitpunkt seien die Parteien somit "zumindest von der Möglichkeit einer Nachzahlung der Mehrwertsteuern" ausgegangen, so die Schlussfolgerung des Obergerichts.
Die Nachsteuern, welche die Parteien gemäss Ziffer 5 ihrer Vereinbarung vom 26. März 2009 je hälftig zu tragen haben, belaufen sich laut Vorinstanz auf insgesamt Fr. 1'507'893.75 (Fr. 233'448.-- Mehrwertsteuer + Fr. 1'146'569.90 Nachsteuern der Ehegatten + Fr. 127'875.85 Nachsteuern der A._ AG). Auf die Parteien entfallen somit je Fr. 753'946.90. Nachdem der Beschwerdeführerin eine güterrechtliche Forderung von 1,55 Mio. Franken zustehe, auf die der Beschwerdegegner unbestrittenermassen eine Teilzahlung von Fr. 500'000.-- geleistet habe (Ziffern 1 und 2 der Vereinbarung vom 26. März 2009; s. Sachverhalt Bst. A), verbleibe der Beschwerdeführerin nach Abzug des hälftigen Nachsteuerbetrages unter dem Titel des Güterrechts eine Forderung von Fr. 296'053.10 (Fr. 1'550'000.--./. Fr. 500'000.--./. Fr. 753'946.90).
3.2. Keine der Parteien will sich damit abfinden, wie die Vorinstanz Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 handhabt.
3.2.1. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz im Zusammenhang mit der Mehrwertsteuernachforderung von Fr. 233'448.-- vor, die rechtskräftige Dispositiv-Ziffer 1 des Urteils vom 2. Mai 2018 zu missachten, in der das Kantonsgericht die Vereinbarung vom 26. März 2009 genehmigte (s. Sachverhalt Bst. C.A. und C.c). Die Rechtskraft des besagten Urteilsspruchs bewirke eine "Fixierung des Sachverhaltes hinsichtlich der Bewertung und Anrechnung auf das Güterrecht". Die Beschwerdeführerin argumentiert, dass die schon am 29. Januar 2008 in Rechnung gestellte Nachforderung bereits in Ziffer 1 der Vereinbarung vom 26. März 2009 berücksichtigt sei. Die güterrechtliche Auseinandersetzung sei lediglich hinsichtlich der damals noch nicht bekannten Nachsteuern vom Scheidungsverfahren abgetrennt worden. Die fragliche Mehrwertsteuernachforderung sei im Zeitpunkt des richterlichen Konventionsvorschlages bekannt gewesen und die Parteien hätten sich darüber geeinigt; die im Zeitpunkt der Bewertung der A._ AG in der Bilanz bzw. Erfolgsrechnung eingestellten Rückstellungen für die Mehrwertsteuern seien von der rechtskräftigen Ziffer 1 der Vereinbarung erfasst. Das Obergericht verkenne die Funktion von Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 als Korrektur für die noch nicht bestimmten Passiven: In Ziffer 1 hätten die Parteien die bekannten Aktiven und Passiven bewertet und anhand des Ergebnisses den güterrechtlichen Ausgleichsanspruch bestimmt, in Ziffer 5 hätten sie hinsichtlich der noch nicht bekannten, aber in die Errungenschaftszuweisung aufzunehmenden absehbaren Passiven die hälftige Teilung vereinbart. Die im Zeitpunkt des Abschlusses der Konvention schon bekannten Mehrwertsteuer-Nachsteuern ihr, der Beschwerdeführerin, zweimal anzulasten, entspreche weder dem System der Vereinbarung noch dem "Willen des ZGB-Gesetzgebers". Die Beschwerdeführerin tadelt die Missachtung der abgeurteilten Sache als "offene Verletzung von Bundesrecht", denn der vom Beschwerdegegner erhobene Anspruch auf Teilung der Mehrwertsteuer-Nachsteuer sei identisch mit dem materiell rechtskräftigen Ausgleichsanspruch und beziehe sich auf dasselbe Tatsachenfundament. Zugleich liege eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs, eine (unzulässige) vorweggenommene Beweiswürdigung und ein Verstoss gegen Treu und Glauben (Art. 52 ZPO sowie Art. 2 und 8 ZGB) vor.
3.2.2. Der Beschwerdegegner beanstandet, dass die Vorinstanz die von ihm geltend gemachten Positionen der hälftig zu teilenden Steuerbeträge nicht richtig erfasse. Im Berufungsverfahren habe er eine detaillierte Liste aller geltend gemachten Steuerrechnungen im Gesamtbetrag von Fr. 2'834'533.25 eingereicht. Dieser Betrag entspreche dem im Urteil 5A_378/2015 vom 15. März 2016 bestätigten Betrag von Fr. 2'953'963.55 abzüglich der Bussen. Gegenüber dem Betrag von Fr. 2'779'436.60, von dem die Vorinstanz ausgehe, ergebe sich eine Differenz von Fr. 55'096.55. Der Beschwerdegegner erläutert die einzelnen Positionen, in denen die Unstimmigkeiten seiner Meinung nach auszumachen sind. In einem Anhang, den er zum "integrierenden Bestandteil" seiner Beschwerde erklärt, erneuert er die Liste der vor der Vorinstanz geltend gemachten Steuerrechnungen. Die Differenzen zur (daneben abgedruckten) Auflistung der Vorinstanz sind darin farblich hervorgehoben. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz Willkür vor. Er nenne die Fehlbeträge "auf den Rappen genau" und die Liste der Vorinstanz stehe im Rahmen der unbegründeten Differenzen mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch. Der Fehler des Obergerichts wirke sich für ihn "direkt und unmittelbar" aus, weil er im Ergebnis die Hälfte des Differenzbetrages zu viel bezahlen müsste respektive diesen Betrag von der Beschwerdeführerin nicht zurückfordern könnte.
Weiter macht der Beschwerdegegner geltend, dass sich der angefochtene Entscheid über das Urteil 5A_378/2015 vom 15. März 2016 hinwegsetze. Darin habe das Bundesgericht gestützt auf den (damals) angefochtenen Entscheid festgestellt, dass sich die Nach- und Strafsteuern auf gesamthaft Fr. 2'953'963.55 belaufen. An die Begründung dieses Rückweisungsentscheids seien die kantonalen Instanzen genauso gebunden wie die Parteien und das Bundesgericht selbst. Laut dem angefochtenen Entscheid würden sich die hälftig aufzuteilenden Steuerbeträge aus den Nachsteuern (Fr. 1'274'445.75) und der Nachforderung der Mehrwertsteuer (Fr. 233'488.--) zusammensetzen. Den Betrag von Fr. 1'271'420.00 für ordentliche Steuern (Kantons- und Gemeindesteuer sowie direkte Bundessteuer) zähle die Vorinstanz nicht zu den aufzuteilenden Steuerbeträgen. Damit setze sie sich über den bereits feststehenden Prozessstoff hinweg. Eine Aussonderung der ordentlichen Steuern sei über die gesamte Dauer des Streits um die Festlegung und Verteilung der Steuerbeträge "nie ein Thema gewesen". Es sei auch nicht ersichtlich, dass eine Partei dies nach der Rückweisung des Streits durch das Bundesgericht neu verlangt oder neue rechtliche Argumente oder sogar neue tatsächliche Behauptungen in den Sachverhalt eingebracht hätte.
Im Eventualstandpunkt argumentiert der Beschwerdegegner, dass die Parteien mutmasslich sämtliche Steuern teilen wollten, als sie die Vereinbarung vom 26. März 2009 schlossen. Die Abmachung, die gemäss bindender Feststellung des Bundesgerichts sogar zu erwartende Nach- und Strafsteuern der A._ AG einschloss, sei für noch nicht veranlagte ordentliche Steuern "geradezu selbstverständlich" gewesen, zumal deren Ausmasse anhand der Steuererklärungen genau abschätzbar gewesen seien. Auch die Vorinstanz habe unter "Nachsteuern" die Steuern sämtlicher vergangener Steuerjahre - einschliesslich der Restzahlungen für noch nicht veranlagte Steuerjahre - verstanden, andernfalls sie die ordentlichen Steuern schon im ersten Berufungsverfahren ausgesondert hätte.
3.3. Zuerst ist zu prüfen, ob sich das Obergericht bundesrechtswidrig über die rechtskräftige Dispositiv-Ziffer 1 des erstinstanzlichen Entscheids hinwegsetzt, wie die Beschwerdeführerin moniert (E. 3.2.1).
3.3.1. Materielle Rechtskraft bedeutet Massgeblichkeit eines formell rechtskräftigen Urteils in jedem späteren Verfahren unter denselben Parteien. Sie hat eine positive und eine negative Wirkung. In positiver Hinsicht bindet die materielle Rechtskraft das Gericht in einem späteren Prozess an alles, was im Urteilsdispositiv des früheren Prozesses festgestellt wurde (sog. Präjudizialitäts- oder Bindungswirkung; <ref-ruling> E. 2 S. 212). In negativer Hinsicht verbietet die materielle Rechtskraft jedem späteren Gericht, auf eine Klage einzutreten, deren Streitgegenstand mit dem rechtskräftig beurteilten (res iudicata, d.h. abgeurteilte Sache) identisch ist, sofern der Kläger nicht ein schutzwürdiges Interesse an der Wiederholung des früheren Entscheids geltend machen kann. Die materielle Rechtskraft eines Urteils erstreckt sich nach dem Grundsatz der Präklusion auf den individualisierten prozessualen Anspruch schlechthin. Sie schliesst Angriffe auf sämtliche Tatsachen aus, die im Zeitpunkt des Urteils bereits bestanden hatten, unabhängig davon, ob sie den Parteien bekannt waren, von diesen vorgebracht oder vom Richter beweismässig als erstellt erachtet wurden. Im Hinblick auf die negative Wirkung der materiellen Rechtskraft beurteilt sich die Identität von Streitgegenständen nach den prozessualen Ansprüchen in den Klageanträgen und dem behaupteten Lebenssachverhalt, d.h. dem Tatsachenfundament, auf das sich die Klagebegehren stützen. Dabei ist der Begriff der Anspruchsidentität nicht grammatikalisch, sondern inhaltlich zu verstehen (ausführlich zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 212 f. mit Hinweisen).
Ob die (negative) Prozessvoraussetzung der res iudicata beachtet wurde, prüft das Bundesgericht als Rechtsfrage frei. Das Bundesgericht ist zwar an die Feststellungen der Vorinstanz über den Prozesssachverhalt gebunden (E. 2); aus diesen Feststellungen ergibt sich, welche Ansprüche im hängigen Verfahren eingeklagt sind. Ob diese Ansprüche in einem früheren Urteil definitiv beurteilt wurden, ergibt sich aber nicht aus den Feststellungen des angefochtenen Urteils, sondern aus dem früheren Urteil, dessen Dispositiv die Rechtskraftwirkung entfaltet. Dieses frühere Urteil zieht das Bundesgericht für seine Entscheidung in gleicher Weise bei, wie es auch die Vorinstanz bei der Prüfung der Prozessvoraussetzung hätte tun müssen. Die Erwägungen des früheren Urteils sind zur Auslegung der Tragweite des Dispositivs des Vorentscheids heranzuziehen. Aus diesen Erwägungen des massgebenden früheren Urteils ergibt sich nicht nur, welche Rechtsbegehren im früheren Verfahren gestellt, sondern auch, auf welchen Lebenssachverhalt die eingeklagten Ansprüche gestützt wurden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 213 mit Hinweisen).
3.3.2. Im konkreten Fall stellt die Vorinstanz fest, dass die Dispositiv-Ziffer 1 des Urteils vom 2. Mai 2018, mit der das Kantonsgericht die Vereinbarung der Parteien vom 26. März 2009 genehmigte, nicht angefochten worden und deshalb rechtskräftig geworden sei (s. Sachverhalt Bst. C.a und C.c). Wie sich aus dem aktenkundigen Urteil vom 2. Mai 2018 ergibt, genehmigte das Kantonsgericht die fragliche Vereinbarung in ihrer Gesamtheit (Ziffern 1-7), wobei die genehmigte Fassung von Ziffer 5 nur die hälftige Teilung jeglicher Nachsteuern (und nicht auch jeglicher Strafsteuern) vorsieht. Das Kantonsgericht erklärte Ziffer 5 insofern für nichtig, als die Parteien darin die hälftige Tragung von Strafsteuern vereinbaren, und kam zum Schluss, dass sich die Parteien auf die hälftige Teilung der Nachsteuern beschränkt hätten, falls sie um die Nichtigkeit ihrer Abrede hinsichtlich der Strafsteuern gewusst hätten. Unter Berücksichtigung dessen befand das Kantonsgericht, die Vereinbarung vom 26. März 2009 sei klar, vollständig und nicht offensichtlich unangemessen; dementsprechend genehmigte es die Vereinbarung "soweit sie nicht nichtig ist" (s. Sachverhalt Bst. C.a).
Ob die Vorinstanz in Missachtung der Rechtskraftwirkung von Dispositiv-Ziffer 1 des erstinstanzlichen Urteils auf einen rechtskräftig beurteilten Streitgegenstand zurückkommt, ist anhand des fraglichen Anspruchs und des Lebenssachverhalts zu prüfen, der diesem Anspruch zugrunde liegt (E. 3.3.1). Hier geht es um die Genehmigung einer Vereinbarung über die Scheidungsfolgen, deren Voraussetzungen das Gesetz in Art. 279 Abs. 1 ZPO regelt. Demnach genehmigt das Gericht eine solche Vereinbarung, wenn es sich davon überzeugt hat, dass die Ehegatten sie aus freiem Willen und nach reiflicher Überlegung geschlossen haben und sie klar, vollständig und nicht offensichtlich unangemessen ist; vorbehalten bleiben die Bestimmungen über die berufliche Vorsorge. Dass sich das Obergericht über den erstinstanzlichen Rechtsspruch als solchen hinwegsetzt und der Konvention vom 26. März 2009 die Genehmigung verweigert, behauptet die Beschwerdeführerin zu Recht nicht. Der Begründung des Urteils vom 2. Mai 2018 ist auch nicht zu entnehmen, dass das Kantonsgericht die Vereinbarung vom 26. März 2009 - entsprechend der Lesart der Beschwerdeführerin - gestützt auf die Überlegung genehmigt hätte, dass die streitige Mehrwertsteuernachforderung von Fr. 233'448.-- im Rahmen der Güterrechtszahlung von 1,55 Mio. Franken (Ziffer 1 der Vereinbarung) berücksichtigt und deshalb nicht gemäss Ziffer 5 der Vereinbarung hälftig zu teilen ist. Auch mit Bezug auf das Tatsachenfundament, das der gerichtlichen Genehmigung der Vereinbarung über die Scheidungsfolgen zugrunde liegt, ist der angefochtene Entscheid unter dem Blickwinkel der abgeurteilten Sache somit nicht zu beanstanden. Daran ändert auch die vorinstanzliche Feststellung nichts, wonach die Mehrwertsteuernachforderung am 29. Januar 2008 in Rechnung gestellt wurde, der Beschwerdegegner den fraglichen Betrag bereits im Rahmen der güterrechtlichen Auseinandersetzung bei der Bewertung der Aktien der A._ AG in Abzug brachte und die Parteien somit bereits damals zumindest von der Möglichkeit einer Nachzahlung der Mehrwertsteuern ausgingen (vgl. E. 3.1). Allein daraus folgt nicht, dass das Kantonsgericht die Vereinbarung vom 26. März 2009 mit präkludierender Wirkung unter der Prämisse genehmigte, dass die Mehrwertsteuernachforderung als Element der Bewertung der A._ AG bei der Festsetzung der güterrechtlichen Zahlung im Betrag von Fr. 233'448.-- berücksichtigt wurde. Soweit die Beschwerdeführerin trotzdem darauf besteht, begnügt sie sich mit appellatorischen Behauptungen. Darauf ist nicht einzutreten. Dasselbe gilt für die Vorwürfe der Gehörsverletzung, der (unzulässigen) vorweggenommenen Beweiswürdigung und des Verstosses gegen Art. 52 ZPO sowie Art. 2 und 8 ZGB. Diesbezüglich lässt die Beschwerde schon die vorgeschriebene Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG) vermissen.
3.3.3. Ob die Mehrwertsteuernachforderung von Fr. 233'448.-- unter Ziffer 1 oder unter Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 fällt bzw. in welchem Verhältnis die beiden Ziffern zueinander stehen, ist - wie auch die Beschwerdeführerin letztlich verstanden zu haben scheint - eine Frage der Auslegung. Auch wenn sie ihren vertraglichen Charakter mit der gerichtlichen Genehmigung einbüsst (<ref-ruling> E. 3 S. 300; <ref-ruling> E. 1 S. 168 f.), ist eine Vereinbarung über die Scheidungsfolgen nach denselben Regeln wie ein Vertrag auszulegen (Urteile 5A_351/2019 vom 3. Dezember 2019 E. 3.3.1; 5A_493/2011 vom 12. Dezember 2011 E. 2; 5A_487/2011 vom 2. September 2011 E. 4.1; je mit Hinweisen). Hier wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz vor, ohne Rücksicht auf die "komplementäre Funktion" der Ziffern 1 und 5 einfach nach Nachsteuern zu suchen, und bestreitet, dass die "asymmetrische Zuweisung von Passiven" ein Vergleichsvorschlag sein könne, dem sie zugestimmt hätte (vgl. 3.2.1). Die Beschwerdeführerin begnügt sich damit, pauschal ihr Verständnis der fraglichen Bestimmungen darzulegen. Dem Obergericht ist nicht entgangen, dass zumindest die Möglichkeit einer Nachforderung für Mehrwertsteuern bereits bei der Bewertung der Aktien der A._ AG ein Thema war (s. E. 3.3.2). Zwar macht die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht sinngemäss geltend, dass die Nachforderung für Mehrwertsteuern als bereits damals bekannte Grösse zur Hälfte, also im Betrag von Fr. 116'724.-- in die Berechnung der güterrechtlichen Zahlung von von 1,55 Mio. Franken gemäss Ziffer 1 der Vereinbarung vom 26. März 2009 eingeflossen sei. Dass diese Argumentation (zumindest als Eventualstandpunkt) auch im vorinstanzlichen Verfahren Gegenstand der Beurteilung gewesen wäre, ist dem angefochtenen Entscheid jedoch nicht zu entnehmen. Laut Vorinstanz bestritt die Beschwerdeführerin im Berufungsverfahren nur, dass indirekte Steuern wie die Mehrwertsteuern überhaupt von der Konvention vom 26. März 2009 erfasst sind. Damit hat es sein Bewenden. Denn dass das Obergericht den Prozesssachverhalt diesbezüglich offensichtlich unrichtig feststellt (vgl. E. 2), behauptet die Beschwerdeführerin nicht. Sie hat es selbst zu verantworten, wenn das Obergericht das Verhältnis der streitigen Ziffern 1 und 5 im Zusammenhang mit der Mehrwertsteuernachforderung nicht thematisiert und nur die erhobenen Beanstandungen prüft (<ref-ruling> E. 2.2.4 S. 417 mit Hinweisen; Urteil 4A_397/2016 vom 30. November 2016 E. 3.1). Mangels materieller Ausschöpfung des Instanzenzugs kann ihr Vorwurf, dass die Vorinstanz "keine normative Auslegung der Konvention" vornehme, im hiesigen Verfahren nicht gehört werden (s. zur materiellen Ausschöpfung des Instanzenzuges <ref-ruling> E. 1.1 S. 292 f. mit zahlreichen Hinweisen; Urteil 4A_32/2018 vom 11. Juli 2018 E. 5.2.1).
3.4. Als nächstes ist auf die Beanstandungen einzugehen, die der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzlichen Feststellungen über die Summe der hälftig zu teilenden Nachsteuern erhebt, zunächst auf den Vorwurf, der angefochtene Entscheid vertrage sich nicht mit dem bundesgerichtlichen Urteil 5A_378/2015 vom 15. März 2016 (E. 3.2.2).
3.4.1. Nach der Rechtsprechung bindet ein bundesgerichtlicher Rückweisungsentscheid sowohl das Bundesgericht selbst als auch die kantonalen Instanzen (<ref-ruling> E. 5.3.3 S. 222 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 335; je mit Hinweisen). Im Falle eines Rückweisungsentscheids hat die mit der Neubeurteilung befasste kantonale Instanz die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wird, ihrer Entscheidung zugrunde zu legen. Wegen dieser Bindung der Gerichte ist es diesen wie auch den Parteien verwehrt, die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden waren (<ref-ruling> E. 5.3.3 S. 222 f.; <ref-ruling> E. 2 und E. 2.1 S. 335 f. mit Hinweisen). Wird die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts zurückgewiesen, so bedeutet dies nicht, dass auf jegliche verbindliche Sachverhaltsfeststellungen zurückgekommen werden könnte (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 und 2.1 S. 335 f. mit Hinweisen). Die Bindungswirkung bringt es mit sich, dass der Beurteilung des Rechtsstreits grundsätzlich kein anderer als der bisherige Sachverhalt unterstellt werden darf. Die Neubeurteilung beschränkt sich auf den Rahmen und die Elemente des Sachverhalts, zu deren Klärung die Sache im Rückweisungsentscheid zurückgewiesen wurde (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 94 mit Hinweisen). Vorbehalten bleiben allenfalls zulässige Noven, die sich indes im Rahmen jenes Tatsachenkomplexes bewegen müssen, welchen die Vorinstanz nach Massgabe des Rückweisungsentscheids neu zu beurteilen hat (Urteil 5A_874/2019 vom 22. Juni 2020 E. 4.2 mit Hinweisen).
3.4.2. In Erwägung 3 seines Urteils 5A_378/2015 vom 15. März 2016 stellt das Bundesgericht fest, dass sich der Gesamtbetrag aller Nach- und Strafsteuern laut dem obergerichtlichen Entscheid vom 20. Februar 2014 (s. Sachverhalt Bst. B.c) auf Fr. 2'953'963.55 belaufe. Auf die Rüge, mit der die Beschwerdeführerin diesen Betrag in tatsächlicher Hinsicht in Frage stellte, tritt das Bundesgericht nicht ein. Erwägung 4 des Urteils kommt zum Schluss, die Parteien hätten mit der hälftigen Teilung jeglicher Nach- und Strafsteuern gemäss Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 auch die Steuern der A._ AG erfassen wollen. Erwägung 5 behandelt die Frage, ob sich die Beschwerdeführerin überhaupt verpflichten konnte, für Strafsteuern aufzukommen. Das Bundesgericht erklärt, Ziffer 5 der Vereinbarung sei nichtig, soweit die Beschwerdeführerin Strafsteuern bzw. Steuerbussen tragen muss, die ihr nicht selbst oder zusammen mit dem Beschwerdegegner auferlegt wurden (zit. Urteil 5A_378/2016 E. 5.7). Mit Blick auf die Rückweisung fasst das Bundesgericht die Tragweite der besagten Ziffer 5 in Erwägung 6 noch einmal zusammen. Bezüglich der Frage, in welchem Umfang die Beschwerdeführerin auch Steuerbussen mittragen muss, erläutert es die Unterscheidungen, die das Obergericht in seinem neuen Entscheid zu treffen hatte.
Der Beschwerdegegner täuscht sich, wenn er meint, dass der jetzt angefochtene Entscheid die Vorgaben des Urteils 5A_378/2015 vom 15. März 2016 sprenge. Was den Betrag von Fr. 2'953'963.55 angeht, steht mit diesem Urteil (auch für die kantonalen Instanzen verbindlich) fest, dass es sich dabei um die Summe Geldes handelt, auf die sich die Nach- und Strafsteuern gemäss dem Schreiben des kantonalen Steueramts Nidwalden vom 16. August 2012 beliefen. Dies zeigt sich (auch) daran, dass Erwägung 3 des Rückweisungsentscheids auf die entsprechende Stelle (Bst. B.b) im Sachverhaltsteil verweist. Hingegen finden sich in diesem Urteil keinerlei Erkenntnisse darüber, ob bzw. in welcher Höhe der Betrag von Fr. 2'953'963.55 von Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 erfasst ist. Auch Erwägung 6 des Rückweisungsentscheids äussert sich lediglich allgemein zur Frage, inwiefern diese Klausel über die gesetzlichen Regeln hinaus in der güterrechtlichen Auseinandersetzung der Parteien bezüglich der Nachsteuern ihre Wirkung entfaltet. Was unter dem dort verwendeten Ausdruck "Nachsteuern" zu verstehen ist bzw. ob die Parteien damit auch Forderungen des Fiskus für ordentliche Steuern (der Ehegatten und/oder der A._ AG) im Auge hatten, beschlägt wiederum die Auslegung (s. E. 3.3.3). Darüber ist mit dem Urteil 5A_378/2015 vom 15. März 2016 nichts entschieden. Die Beschwerde des Beschwerdegegners erweist sich insofern als unbegründet.
3.4.3. Unter dem Titel einer Bundesrechtsverletzung macht der Beschwerdegegner eventualiter geltend, Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 sei nach dem hypothetischen Parteiwillen in dem Sinne auszulegen bzw. zu ergänzen, dass die Parteien auch die noch offenen Betreffnisse für ordentliche Steuern teilen wollten (E. 3.2.2). Mit dieser Rüge scheitert der Beschwerdegegner aus denselben Gründen wie die Beschwerdeführerin im Streit um die Mehrwertsteuernachforderung (E. 3.3.3) : Zwar forderte der Beschwerdegegner im Berufungsverfahren, den Betrag von Fr. 2'779'436.60 zu teilen (vgl. E. 3.1). Laut der Berufungsschrift handelt es sich dabei um die "gesamten Nach- und Strafsteuern" in der Höhe von Fr. 2'953'963.55 gemäss Schreiben des kantonalen Steueramts vom 16. August 2012 (vgl. Sachverhalt Bst. B.b), die "um den Betrag der Bussen zu korrigieren" seien. Zutreffend weist der Beschwerdegegner darauf hin, dass die Feststellung dieses Betrages "nach wie vor richtig" sei. Wie oben ausgeführt, ist mit dieser Sachverhaltsfeststellung aber nichts darüber gesagt, wie der Ausdruck "Nachsteuern" in Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 zu verstehen ist. Obwohl das Kantonsgericht lediglich "Nachsteuern" für die Steuerjahre 1999 bis 2005 unter diese Ziffer 5 subsumiert hatte, beklagte sich der Beschwerdegegner vor Obergericht nicht darüber, dass die erste Instanz die ordentlichen Steuern der Jahre 2006 bis 2009 unberücksichtigt liess, noch bestand er darauf, den mutmasslichen Parteiwillen im jetzt vor Bundesgericht geltend gemachten Sinn zu ermitteln. Dem angefochtenen Entscheid zufolge bemängelte er lediglich, dass sich das Kantonsgericht auf Steuerrechnungen beschränkt habe, die sowohl an ihn als auch an die Beschwerdeführerin adressiert sind, was für die Steuerforderungen an die A._ AG nicht zutreffe. Der Beschwerdegegner macht nicht geltend, dass die Vorinstanz den Prozesssachverhalt diesbezüglich offensichtlich unrichtig feststellt (vgl. E. 2). In dieser Situation kann dem Obergericht nicht vorgeworfen werden, dass es - dem Wortlaut von Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 folgend - lediglich diejenigen Steuerforderungen hälftig teilt, die in den (vom Beschwerdegegner aufgelegten) Belegen als "Nachsteuern" bezeichnet sind, und nicht von sich aus danach forscht, ob nach dem wahren Sinn der fraglichen Klausel auch die ordentlichen Steuern hälftig zu teilen wären (s. zur Bedeutung des Wortlauts bei der Vertragsauslegung <ref-ruling> E. 2.2 S. 409). Mit seinem Vorwurf, dass die Vorinstanz die Vereinbarung vom 26. März 2009 in Verkennung des mutmasslichen Parteiwillens falsch auslege, ist der Beschwerdegegner mangels materieller Ausschöpfung des Instanzenzugs vor Bundesgericht nicht zu hören, hatte er nach dem Gesagten doch schon vor der Vorinstanz reichlich Anlass, die angebliche Bundesrechtsverletzung geltend zu machen (vgl. E. 3.3.3).
3.4.4. Als willkürlich rügt der Beschwerdegegner schliesslich, dass die vom Obergericht aufgelisteten Steuerrechnungen im Betrag von Fr. 55'096.55 von den Rechnungen abweichen, die er im Berufungsverfahren geltend gemacht habe (E. 3.2.2). Auch dieser Rüge ist kein Erfolg beschieden. Der Beschwerdegegner begnügt sich damit, seine eigene Liste derjenigen im angefochtenen Entscheid gegenüberzustellen und die von ihm ausgemachten Ungereimtheiten aus seiner Sicht zu beschreiben. Soweit er sich darüber beklagt, dass der angefochtene Entscheid "mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch" stehe, verkennt er, dass die tatsächliche Situation nicht in den Behauptungen zum Ausdruck kommt, die er vor der Vorinstanz in Gestalt einer selbst angefertigten Liste aufstellte, sondern allenfalls in den Belegen, die er mit seiner Berufungsschrift einreichte. Auf diese Beweisstücke, die der vorinstanzlichen Zusammenstellung zugrunde liegen, geht der Beschwerdeführer nicht ein. Insbesondere ist der Beschwerde nicht zu entnehmen, inwiefern das Obergericht bestimmte Urkunden gänzlich übersehen oder deren Inhalt offensichtlich unrichtig oder unvollständig erfasst und übernommen hat. Beispielsweise bringt der Beschwerdegegner auf seiner eigenen Liste als "Zahlungsbetrag" für die direkte Bundessteuer 2008 der Ehegatten Fr. 343'183.-- in Anschlag. Er führt dazu aus, die Steuerforderung belaufe sich auf diesen Betrag; mit dem Betrag von Fr. 334'684.50 anerkenne die Vorinstanz Fr. 8'498.50 zu wenig. Gemäss der aktenkundigen Steuerrechnung vom 11. Mai 2012, die der Beschwerdegegner im Berufungsverfahren als Beleg Nr. 3/46 einreichte und auf welche die vom Obergericht erstellte Liste verweist, beläuft sich der Steuerbetrag auf Fr. 334'684.50. Davon zieht das Steueramt geleistete Zahlungen in der Höhe von Fr. 343'183.00 und einen Rückerstattungszins von Fr. 700.15 ab. Das resultierende Guthaben von Fr. 9'198.65 wird gemäss den Angaben des Steueramtes mit der Rechnung Bundessteuern 2006 verrechnet. Weshalb für die hälftige Teilung der Steuern gemäss Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 nicht die tatsächlich veranlagte Steuer, sondern - trotz Verrechnung des Überschusses - die in höherem Umfang geleisteten (Akonto-) Zahlungen massgebend sein sollen, mag der Beschwerdegegner nicht erklären. Auf diese Weise ist keine "Willkür durch Aktenwidrigkeit" darzutun.
4.
Anlass zur Beschwerde gibt sodann die Verteilung der Prozesskosten der verschiedenen kantonalen Verfahren.
4.1. Das Obergericht stellt fest, dass der Beschwerdegegner im erstinstanzlichen Verfahren ZK 17 46 zu einer Zahlung aus Güterrecht von Fr. 645'113.35 verpflichtet wurde (vgl. Sachverhalt Bst. C.a) und infolge der teilweisen Gutheissung noch Fr. 296'053.10 zu leisten hat (vgl. E. 3.1). Es folgert daraus, dass der Beschwerdegegner zu 46 % obsiege, weshalb sich eine Kostenteilung im Verhältnis 54 % zu 46 % rechtfertige. Von der Gerichtsgebühr für das erstinstanzliche Verfahren von Fr. 30'000.-- habe der Beschwerdegegner somit Fr. 16'200.-- (54 % von Fr. 30'000.--) und die Beschwerdeführerin Fr. 13'800.-- (46 % von Fr. 30'000.--) zu tragen. Im selben Verhältnis verteilt das Obergericht die erstinstanzlichen Parteikosten. Es addiert die vom Kantonsgericht festgesetzten Parteientschädigungen von Fr. 27'092.90 (Beschwerdeführerin) und Fr. 27'342.25 (Beschwerdegegner) und rechnet vor, dass der Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 29'395.-- (54 % von Fr. 54'435.15) und die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner eine solche von Fr. 25'040.15 (46 % von Fr. 54'435.15) zu bezahlen habe. Nach Verrechnung der gegenseitigen Ansprüche habe der Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 2'052.75 (Fr. 27'092.90 abzüglich Fr. 25'040.15) zu bezahlen.
In der Folge wendet die Vorinstanz das Verteilungsverhältnis von 54 % (Beschwerdegegner) zu 46 % (Beschwerdeführerin) auch auf das Berufungsverfahren ZA 16 5 (s. Sachverhalt Bst. B.c) und auf das Berufungsverfahren ZA 19 4 an, das in den jetzt angefochtenen Entscheid mündete (s. Sachverhalt Bst. C.c). Was die Parteientschädigungen dieses Verfahrens anbelangt, genehmigt das Obergericht die Honorarnoten der Anwälte der Streitparteien von Fr. 7'832.50 (Beschwerdeführerin) und Fr. 23'254.60 (Beschwerdegegner). Es addiert die beiden Betreffnisse und erklärt, der Beschwerdegegner habe somit eine Parteientschädigung von Fr. 16'787.05 (54 % von Fr. 31'087.10) und die Beschwerdeführerin eine solche von Fr. 14'300.05 (46 % von Fr. 31'087.10) zu bezahlen; nach Verrechnung der gegenseitigen Ansprüche habe die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegner mit Fr. 6'467.55 (Fr. 14'300.05 abzüglich Fr. 7'832.50) zu entschädigen.
4.2. Beide Parteien bemängeln, wie die Vorinstanz mit Blick auf die Kostenverteilung Obsiegen und Unterliegen der Parteien ermittelt.
4.2.1. Die Beschwerdeführerin fordert, den Streitwert gemäss Art. 91 ZPO aufgrund der beim Obergericht gestellten Parteianträge zu bestimmen. Dem angefochtenen Entscheid zufolge habe der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerdeführerin zu einer güterrechtlichen Zahlung von Fr. 367'266.60 zu verurteilen; sie, die Beschwerdeführerin, habe die Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils verlangt, wonach ihr der Beschwerdegegner unter diesem Titel Fr. 645'113.35 zu bezahlen habe. Der massgebliche Streitwert entspreche der Differenz dieser Parteianträge und belaufe sich damit auf Fr. 1'012'379.95. Zu diesem Betrag wären die dem Beschwerdegegner vom Obergericht zugesprochenen Fr. 233'448.-- "ins Verhältnis zu setzen", woraus sich ergebe, dass sie, die Beschwerdeführerin, nur zu 23 % unterliege und entsprechend zu 77 % obsiege. Die Beschwerdeführerin folgert, dass sowohl die Gerichtskosten als auch die Parteientschädigungen in diesem Verhältnis hätten verteilt werden müssen. Mit dem Verteilungsverhältnis von 54 % zu 46 % verletze das Obergericht zu ihren Lasten Bundesrecht. Hinsichtlich der Verteilung der Parteientschädigungen des vorangegangenen Berufungsverfahrens beanstandet die Beschwerdeführerin überdies als nicht nachvollziehbar, "was nun bei den Prozessparteien... gegeneinander verrechnet werden können soll". Wenn sie als obsiegende Partei dem unterlegenen Beschwerdegegner eine Zahlung schulden soll, weil die Honorarnote ihres Anwalts tiefer ausfalle als diejenige des Gegenanwalts, so widerspreche dies der Grundregel von Art. 106 Abs. 1 und 2 ZPO, die auch durch Art. 107 ZPO nicht ausgehebelt werden könne; "wenn es nicht anders geht", müsse das Honorar nach dem Tarif bestimmt werden.
4.2.2. Der Beschwerdegegner verweist auf die kantonalen Urteile vom 7. Mai 2013 und 20. Februar 2014 (s. Sachverhalt Bst. B.c) und erinnert daran, dass ursprünglich ein Steuerbetrag von Fr. 2'953'963.55 streitig gewesen sei und die Beschwerdeführerin ihm ausgehend von diesem Betrag Fr. 426'964.-- zu zahlen gehabt habe. Die Gutheissung seiner Beschwerde vorausgesetzt, seien gemäss Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 Steuern im Betrag von Fr. 2'834'533.25 zu verteilen, was 96 % des ursprünglich streitigen Betrages entspreche. Damit obsiege er zu 96 % und die Beschwerdeführerin zu 4 %; entsprechend seien die Gerichtsgebühren und Entschädigungen aller früheren kantonalen Urteile unter den Parteien aufzuteilen. Daran ändert nach der Meinung des Beschwerdegegners nichts, dass ihm nach Verrechnung mit der güterrechtlichen Abfindung im Ergebnis eine Forderung von Fr. 367'266.60 bleibe, die lediglich 86 % des mit Urteil vom 7. Mai 2013 zugesprochenen Betrages entspreche. Bezüglich des vorangehenden Verfahrens beruft sich der Beschwerdegegner für den Fall der Gutheissung seiner hiesigen Beschwerde darauf, mit seiner Berufung zu 100 % obsiegt zu haben, zumal er nur noch die Aufteilung aller relevanten Steuern abzüglich der Steuerbussen verlangt habe. Entsprechend habe die Beschwerdeführerin sämtliche Gerichtskosten zu tragen und ihn, den Beschwerdegegner, voll zu entschädigen.
4.3. Art. 106 Abs. 1 ZPO stellt den Grundsatz auf, dass die Prozesskosten der unterliegenden Partei auferlegt werden. Hat keine Partei vollständig obsiegt, so werden die Prozesskosten nach dem Ausgang des Verfahrens verteilt (Art. 106 Abs. 2 ZPO). Diese Regelung räumt dem Gericht bei der Kostenverteilung ein weites Ermessen ein (Urteil 4A_207/2015 vom 2. September 2015 E. 3.1 mit Hinweisen). Art. 106 Abs. 2 ZPO spricht generell vom "Ausgang des Verfahrens". Wie das Verfahren für die Parteien ausgegangen ist, das heisst in welchem Umfang eine Partei obsiegt hat oder unterlegen ist, bestimmt sich grundsätzlich nach den gestellten Rechtsbegehren. Entsprechend ist für die Kostenverteilung nach Art. 106 Abs. 2 ZPO das Ergebnis des Prozesses mit den Rechtsbegehren zu vergleichen, welche die Parteien gestellt haben (Urteil 4A_226/2013 vom 7. Oktober 2013 E. 6.2 mit Hinweisen). Soweit sich der Streit um Geldforderungen dreht, kommt eine rechnerische Gegenüberstellung in Frage (Denis Tappy, in: Commentaire romand, Code de procédure civile, 2. Aufl. 2019, N 34 zu Art. 106 ZPO). In der Praxis wird in der Regel ein geringfügiges Unterliegen im Umfang von einigen Prozenten nicht berücksichtigt. Im Übrigen kann das Gericht bei der Kostenverteilung auch das Gewicht der einzelnen Rechtsbegehren innerhalb eines Rechtsstreits oder den Umstand berücksichtigen, dass eine Partei in einer grundsätzlichen Frage (z.B. grundsätzliche Berechtigung der Werklohnforderung) obsiegt hat (zit. Urteil 4A_207/2015 a.a.O.).
Ermessensentscheide, zu denen der Entscheid über die Kostenverlegung nach Art. 106 Abs. 1 und 2 ZPO nach dem vorstehend Ausgeführten zählt, prüft das Bundesgericht mit Zurückhaltung. Es schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn Tatsachen berücksichtigt wurden, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn umgekehrt Umstände ausser Betracht geblieben sind, die zwingend hätten beachtet werden müssen. In derartige Ermessensentscheide wird ferner eingegriffen, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 11.2 S. 98; <ref-ruling> E. 2.1.3 S. 445, 671 E. 3.1; je mit Hinweisen).
4.4. Die Einwände, welche die Parteien im hiesigen Verfahren vortragen, sind nicht geeignet, die vorinstanzliche Verteilung der Prozesskosten zu erschüttern.
4.4.1. Soweit allein die kalkulatorische Gegenüberstellung der streitigen Geldbeträge in Frage steht, weist die Beschwerdeführerin zutreffend darauf hin, dass das Obergericht das Obsiegen und Unterliegen im Berufungsverfahren nicht anhand des Ergebnisses des erstinstanzlichen Prozesses, sondern unter Berücksichtigung der im Berufungsverfahren gestellten Rechtsbegehren hätte beurteilen müssen. Eine derartige Beurteilung des Verfahrensausgangs hätte sich mithin daran orientieren müssen, dass der Beschwerdegegner mit seiner Berufung einen güterrechtlichen Anspruch von Fr. 367'266.60 geltend machte, während die Beschwerdeführerin die Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils verlangte, das ihr Fr. 645'113.35 zusprach (vgl. Sachverhalt Bst. C.a und C.b). Wie von der Beschwerdeführerin errechnet, waren die Parteien im Berufungsverfahren also über einen Betrag von Fr. 1'012'379.95 (Fr. 367'266.60 + Fr. 645'113.35) entzweit.
In ihren Erörterungen zur Frage, in welchem Ausmass der Beschwerdegegner im Berufungsverfahren obsiegte, beruft sich die Beschwerdeführerin nun auf den Betrag von Fr. 233'448.--, den das Obergericht dem Beschwerdegegner zugesprochen haben soll. Soweit sie damit die Mehrwertsteuernachforderung von Fr. 233'448.-- anspricht, die das Obergericht (im Unterschied zum Kantonsgericht) bei der Ermittlung des zu teilenden Steuerbetrags berücksichtigt, übersieht sie indes ein Doppeltes: Erstens geht der Berufungsentscheid nicht nur in diesem Punkt, sondern auch bezüglich weiterer Steuern (der Ehegatten und der A._ AG) über das erstinstanzliche Urteil vom 2. Mai 2018 hinaus, berücksichtigt er doch Steuerrechnungen in der Höhe von Fr. 1'507'893.75 (vgl. E. 3.1). Zweitens wäre für eine kalkulatorische Ermittlung von Obsiegen und Unterliegen im vorinstanzlichen Verfahren auch nicht darauf abzustellen, welche Steuerrechnungen gemäss Ziffer 5 der Vereinbarung vom 26. März 2009 hälftig zu teilen sind. Massgeblich wäre vielmehr das Ergebnis des Berufungsverfahrens, also die güterrechtliche Ausgleichszahlung von Fr. 296'053.10, zu der das Obergericht den Beschwerdegegner verurteilt: Vor der Vorinstanz erstritt der Beschwerdegegner in der Höhe von Fr. 349'060.25 (Fr. 645'113.35./. Fr. 296'053.10) eine Ermässigung der gegnerischen Geldforderung; gemessen an den Berufungsanträgen der Parteien obsiegte er also zu 34 % (Fr. 349'060.25 / Fr. 1'012'379.95 x 100 %). Die Forderung der Beschwerdeführerin, die Prozesskosten der kantonalen Verfahren nach Massgabe des jeweiligen Unterliegens der Parteien zu 23 % (Fr. 233'448.-- / Fr. 1'012'379.95 x 100 %) ihr selbst und zu 77 % dem Beschwerdegegner aufzuerlegen, fusst somit auf falschen Grundlagen. Andere Gründe, weshalb das Obergericht mit dem Verteilungsverhältnis von 46 % (Beschwerdeführerin) zu 54 % (Beschwerdegegner) Bundesrecht verletze, nennt die Beschwerdeführerin nicht. Entsprechend muss es mit dem angefochtenen Entscheid sein Bewenden haben.
Mit Bezug auf die Parteientschädigungen des Berufungsverfahrens bemängelt die Beschwerdeführerin, dass sie trotz Obsiegens dem unterlegenen Beschwerdegegner eine Zahlung schuldet. Auch wenn sie diesen Vorwurf unabhängig von der Beanstandung des Verteilungsverhältnisses erheben sollte, ist darauf nicht weiter einzugehen. Die Beschwerdeführerin begnügt sich mit der simplen Behauptung, die Parteientschädigungen hätten anstatt gestützt auf die genehmigten Honorarnoten "eben nach dem Tarif" bestimmt werden müssen. Allein damit genügt sie den Anforderungen an die Begründung der Beschwerde an das Bundesgericht (Art. 42 Abs. 2 BGG) nicht.
4.4.2. Der Beschwerdegegner ficht den vorinstanzlichen Prozesskostenentscheid nicht unabhängig von der Hauptsache an. Seine Forderungen, wie die Prozesskosten der kantonalen Verfahren zu verteilen seien, stellt er ausdrücklich unter die Bedingung, dass das Bundesgericht seine Beschwerde gutheisst. Nachdem sich diese Beschwerde als unbegründet erweist (E. 3.4), erübrigen sich weitere Erörterungen.
5.
Im Ergebnis erweisen sich die Beschwerden als unbegründet. Sie sind abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens müssen beide Parteien - bezogen auf ihre jeweiligen Beschwerden - als unterlegen gelten. Es rechtfertigt sich deshalb, ihnen die Gerichtskosten je zur Hälfte aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen. In der Sache hat das Bundesgericht keinen Schriftenwechsel angeordnet. Im Übrigen hat sich die Beschwerdeführerin zum Gesuch des Beschwerdegegners um aufschiebende Wirkung (Verfahren 5A_102/2020) nicht vernehmen lassen. Der Beschwerdegegner widersetzte sich dem entsprechenden Gesuch der Beschwerdeführerin im Verfahren 5A_80/2020 nicht.

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 5A_80/2020 und 5A_102/2020 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden werden abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden je zur Hälfte A.A._ und B.A._ auferlegt.
4.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. August 2020
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Der Gerichtsschreiber: Monn

canton: CH

region: Federation


facts:
Faits :
A.
A.a. A._ Ltd., dont le siège est à... en Valais, a pour but la création, la gestion et la détention de participations d'autres sociétés en Suisse et à l'étranger, ainsi que toute transaction portant sur des droits, des brevets et des licences.
C._ en est l'administrateur unique.
B._ SA, dont le siège est à..., est active dans le commerce international de métaux précieux.
D._ en est l'administrateur unique.
Le capital-actions de B._ SA s'élève à 100'000 fr. et est subdivisé en 100 actions à 1'000 fr. Ont également été émis 10'000 bons de participation d'une valeur de 10 fr. chacun, soit 100'000 fr. au total.
Selon l'art. 5 bis des statuts de B._ SA, les bons de participation ne confèrent aux participants ni le droit de vote ni aucun des droits qui s'y rapportent, ni le droit de convoquer l'assemblée générale, d'y prendre part ou encore d'obtenir des renseignements, de consulter les documents ou de faire des propositions.
A.b. Alors détentrice de l'intégralité des actions et des bons de participation de B._ SA, A._ Ltd. a vendu à D._ et E._, le 15 novembre 2018, l'intégralité desdites actions et 80 % desdits bons de participation. Le prix de vente convenu était de 1 fr.
L'accord passé entre les parties prévoyait notamment que D._ et E._ apporteraient en faveur de B._ SA 50'000 fr. par virement et 4 millions de token swisscoins SIC, dont la valeur était de 240'000 fr. au 31 décembre 2017 et 480'000 fr. en 2018.
Il contenait également une clause d'élection de droit en faveur du droit suisse et une clause de prorogation de for en faveur des juridictions genevoises.
A.c. Les parties sont en litige sur l'exécution de leurs obligations respectives.
Les 29 janvier, 31 mai et 8 juillet 2019, A._ Ltd. a déclaré qu'elle se départissait de l'accord passé le 15 novembre 2018, faisant valoir notamment l'erreur, le dol et la lésion. Les 11 et 17 juin 2019, elle a reversé à D._ et E._ le prix de vente, soit 1 fr.
A.d. Le 18 avril 2019, B._ SA a tenu son assemblée générale ordinaire. Elle avait publié la convocation y relative dans la Feuille d'avis officielle (FAO) de la République et canton de Genève du xxx 2019 mais n'avait pas directement informé A._ Ltd.
Le 31 mai et les 8 et 27 juin 2019, A._ Ltd. a notamment sollicité que soit ajoutée à l'ordre du jour la proposition d'instituer un contrôle spécial.
B.
Le 29 octobre 2019, A._ Ltd. a formé auprès de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) une requête tendant à l'institution d'un contrôle spécial portant sur les exercices 2018 et 2019 de B._ SA.
Par arrêt du 5 mai 2020 notifié à A._ Ltd. le 3 juin 2020, la Cour de justice, statuant en instance unique, a rejeté la requête formée par A._ Ltd.
C.
Le 2 juillet 2020, A._ Ltd. (ci-après: la requérante ou la recourante) a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt cantonal. En substance, elle a conclu à ce qu'un contrôleur spécial soit désigné et à ce que B._ SA soit enjointe à communiquer aux actionnaires et aux participants le rapport que le contrôleur spécial établirait ainsi que tous autres futurs documents liés audit contrôle spécial.
B._ SA (ci-après: la citée ou l'intimée) n'a pas été invitée à répondre au recours.

considerations:
Considérant en droit :
1.
1.1. La requête tendant à l'institution d'un contrôle spécial donne lieu à une procédure indépendante d'une éventuelle action en responsabilité, de sorte que la décision rendue à son sujet doit être considérée comme une décision finale au sens de l'<ref-law> (arrêts 4A_319/2014 consid. 1 non publié in <ref-ruling>; 4A_648/2011 du 4 avril 2012 consid. 1.1 non publié in <ref-ruling>; 4C.334/2006 du 7 février 2007 consid. 2 non publié in <ref-ruling>).
Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions tendant à l'institution d'un contrôle spécial et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant en qualité d'instance cantonale unique au sens de l'art. 5 al. 1 let. g CPC (cf. <ref-law>), le recours en matière civile est, sans égard à la valeur litigieuse (<ref-law>), en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2. Dans un recours au Tribunal fédéral, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). L'exclusion des faits et moyens de preuve nouveaux est la règle. Aussi bien, le Tribunal fédéral est juge du droit, et non du fait. Cette règle connaît une exception lorsque c'est la décision de l'autorité précédente qui, pour la première fois, a rendu pertinents ces faits ou moyens de preuve. Il peut s'agir, notamment, de faits et moyens de preuve qui se rapportent à la procédure conduite devant l'instance précédente, telle une prétendue irrégularité affectant la composition de l'autorité ayant rendu la décision querellée (arrêt 4A_18/2010 du 15 mars 2010 consid. 2.1). Il appartient, le cas échéant, au recourant d'exposer les raisons pour lesquelles il considère être en droit de présenter exceptionnellement des faits ou des moyens de preuve nouveaux (<ref-ruling> consid. 3 p. 395).
En l'espèce, la recourante fait valoir des faits postérieurs au prononcé de l'arrêt attaqué et relatifs à une éventuelle proposition faite à l'assemblée générale 2020 de l'intimée d'instituer un contrôle spécial. S'agissant de véritables nova, le Tribunal fédéral ne peut pas en tenir compte.
2.
La requête tendant à l'institution d'un contrôle spécial ayant été rejetée par l'autorité précédente, il convient de déterminer si les conditions nécessaires à l'institution dudit contrôle sont remplies en l'espèce comme le soutient la recourante.
2.1. L'<ref-law> dispose que, " [si] l'assemblée générale ne donne pas suite à la proposition [d'instituer un contrôle spécial], des actionnaires représentant 10 % au moins du capital-actions ou des actions d'une valeur nominale de 2 millions de francs peuvent, dans les trois mois, demander au juge la désignation d'un contrôleur spécial ".
Avant de s'adresser au juge, l'actionnaire doit proposer à l'assemblée générale l'institution d'un contrôle spécial (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 256; BIANCA PAULI PEDRAZZINI, in P. Tercier et al. (édit.), Commentaire Romand - Code des Obligations II, 2e éd., 2017, no 1 ad <ref-law>).
2.2. En l'espèce, comme l'a relevé à juste titre l'autorité précédente, la requérante n'a demandé l'institution d'un contrôle spécial qu'à partir du 31 mai 2019, soit postérieurement à l'assemblée générale de la citée qui a eu lieu le 18 avril 2019 (cf. supra consid. A.d), ce que la recourante admet du reste explicitement dans son recours.
Dès lors, l'assemblée générale de la citée ne s'est pas prononcée sur la proposition de la requérante d'instituer un contrôle spécial.
Partant, les conditions de l'<ref-law> ne sont manifestement pas remplies.
Les griefs que la recourante fait valoir s'agissant de la convocation de ladite assemblée générale ne sont ici pas pertinents. Ils doivent faire l'objet d'une procédure tendant à l'annulation ou la nullité des décisions de cette assemblée générale (cf. <ref-law>; DIETER DUBS/ROLAND TRUFFER, in H. Honsell et al. [édit.], Basler Kommentar - Obligationenrecht II, 5e éd., 2016, no 18 ad <ref-law> et les références), procédure que la recourante allègue avoir entamée.
Il n'est pas nécessaire d'examiner les autres motifs de l'autorité précédente, l'invalidation du contrat de vente passé entre les parties et les griefs de la recourante, soit l'établissement inexact des faits, l'interdiction du formalisme excessif, la violation du droit à la preuve et le fait que la cause aurait été gardée à juger " sans équité " (sic), dès lors que la recourante ne remet pas en cause le fait qu'elle n'a pas proposé à l'assemblée générale 2019 de l'intimée d'instituer un contrôle spécial.
Pour le même motif, il n'y a pas lieu d'examiner le grief concernant l'administration des preuves.
Le grief est infondé.
3.
Le recours doit par conséquent être rejeté selon la procédure simplifiée prévue par l'<ref-law>, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF).
Au vu de ce qui précède, le montant des frais judiciaires sera réduit.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 8 septembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Douzals