facts:
Faits :
A.
A.a. X._ est actionnaire et unique administrateur de A._ SA, une société anonyme qui a pour but des travaux et services dans le domaine de la construction. A._ SA détenait la moitié du capital-actions de B._ Promotions Immobilières SA (ci-après: B._, désormais en liquidation) qui avait pour but la promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant. X._ était membre du conseil d'administration de B._ jusqu'en novembre 2009.
Par contrat du 22 septembre 1998, B._ a donné à bail à A._ SA une maison d'habitation sise sur la commune de C._ (canton de Genève), pour un loyer annuel de 18'000 fr., charges non comprises. X._ y réside depuis le 4 mai 1999.
Dans la feuille C (prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes) des déclarations fiscales de A._ SA pour les années 2006 et 2007, X._ figurait en qualité d'actionnaire, associé ou personne proche.
B.
Le 21 octobre 2011, l'Administration fiscale cantonale (ci-après: l'Administration cantonale) a informé X._ de l'ouverture à son encontre d'une procédure en rappel d'impôt ainsi que d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2007. Il aurait bénéficié de prestations appréciables en argent de la part de A._ SA durant ces périodes, notamment sous la forme de la mise à disposition gratuite d'un logement. Il n'avait par ailleurs jamais déclaré les actions qu'il détenait dans cette société.
Par sommation du 18 octobre 2012, l'Administration cantonale a demandé au contribuable de lui transmettre les justificatifs des paiements de son loyer pour les années 2001 à 2010.
Le 6 janvier 2014, l'Administration cantonale a notifié à X._ des bordereaux de rappel d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2007, les années 2002 et 2003 ayant fait dans ce cadre l'objet d'une taxation d'office. Les reprises concernant le loyer s'élevaient à 27'849 fr. pour 2001 et 2002, à 24'951 fr. pour 2003, à 31'822 fr. pour 2004, à 32'096 fr. pour 2005, à 27'020 fr. pour 2006 et à 27'288 fr. pour 2007 tant pour l'impôt direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC). L'Administration cantonale lui a également notifié des bordereaux d'amende. Le montant des amendes représentait une quotité de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait.
Le 6 février 2014, X._ a formé réclamation contre les bordereaux, contestant les reprises effectuées. ll faisait en substance valoir que la villa de C._ était utilisée comme maison-témoin pour des acquéreurs potentiels de promotions immobilières auxquelles A._ SA participait. Il n'avait pas pu se déterminer sur l'assertion, nouvelle, selon laquelle il détenait des actions de A._ SA.
Par décision du 3 août 2015, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé reprises et amendes. X._ avait reconnu être propriétaire d'actions A._ SA, mais ne les avait jamais déclarées.
Le 3 septembre 2015, X._ a recouru contre la décision sur réclamation du 3 août 2015 auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif), concluant à sa nullité, subsidiairement à son annulation.
Par jugement du 3 mai 2016, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable du contribuable pour les périodes fiscales 2001 à 2007, liées à la détention des actions de A._ SA, et confirmé que le fait d'avoir eu gratuitement à sa disposition la villa dont le loyer était payé par A._ SA représentait une prestation appréciable en argent imposable. Il a par ailleurs d'emblée confirmé le montant des amendes pour soustraction d'impôt qui avaient été fixées dans les décision sur réclamation, qui étaient selon lui entrées en force puisque que l'intéressé ne les avait pas expressément contestées dans son recours.
Le 6 juin 2016, X._ a recouru contre le jugement du 3 mai 2016 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), concluant à son annulation ainsi qu'à celle de la décision sur réclamation du 3 août 2015. En substance, il a fait valoir que c'était à tort que le Tribunal administratif avait estimé qu'il n'avait pas recouru contre les décisions d'amende pour soustraction d'impôt; les amendes étaient du reste étroitement liées aux reprises fiscales qu'il avait contestées. Le Tribunal administratif avait violé la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reoet commis un déni de justice en n'établissant pas les faits pertinents susceptibles de déterminer la réalisation ou non des conditions de la soustraction d'impôt. Par ailleurs, les reprises effectuées dans son revenu imposable n'étaient pas justifiées, car il n'avait pas bénéficié de prestations appréciables en argent de la part de A._ SA. Il n'était par ailleurs propriétaire des actions de A._ SA que depuis 2009.
Dans son arrêt du 2 août 2017, la Cour de justice a d'abord admis que le litige portait bien tant sur le rappel d'impôt que sur la question de la soustraction d'impôt. Au fond, elle a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable de X._ pour les périodes fiscales 2001 à 2007, le contribuable s'étant limité à alléguer sans aucune preuve qu'il n'était actionnaire que depuis 2009. La Cour de justice a également confirmé que, durant ces mêmes périodes fiscales, X._ avait obtenu un avantage appréciable en argent de la part de A._ SA, du fait qu'il avait vécu gratuitement dans la villa sise à C._. La prescription du droit de taxer avait été atteinte s'agissant de la période fiscale 2001, mais pas pour les périodes fiscales 2002 et 2003, qui avaient toutes deux fait l'objet d'une taxation d'office. Le droit de sanctionner la soustraction d'impôt consommée commise durant la période 2001 était en revanche prescrit. La quotité d'amende retenue par l'Administration cantonale, correspondant à 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, ne prêtait pas le flanc à la critique.
En définitive, la Cour de justice a partiellement admis le recours, constaté la prescription du droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001 en matière d'IFD et d'ICC, constaté la prescription du droit de sanctionner la soustraction d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2001 et confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler et de réformer l'arrêt du 2 août 2017 de la Cour de justice en ce sens que les reprises et amendes prononcées par l'Administration cantonale dans sa décision du 3 août 2015 soient toutes annulées.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. Le recourant a répliqué.

considerations:
Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
La décision attaquée est finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La jurisprudence autorise le dépôt d'un seul acte de recours au Tribunal fédéral, lorsqu'il ressort clairement du mémoire qu'il porte sur les deux types d'impôt (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (cf. art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par le destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.7.2 p. 106; <ref-ruling> consid. 1.3 p 41). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à un droit fondamental (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 176; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 521 s.; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). S'agissant du droit cantonal harmonisé, le Tribunal fédéral en vérifie librement la conformité et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'examen du Tribunal fédéral est limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués, en particulier l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 96; V 513 consid. 4.2 p. 516; <ref-ruling> consid. 2 p. 210).
3.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 24) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.).
II. Griefs formels
4.
Le recourant reproche à la Cour de justice de ne pas avoir renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes pour soustraction d'impôt prononcées par l'Administration cantonale, quand bien même elle a admis, contrairement à ce qu'avait retenu cette première instance, que ce point faisait bien partie du litige. Il y voit un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. et un irrespect du double degré de juridiction garanti par l'art. 50 LHID, dès lors que le canton de Genève a fait usage de la possibilité, prévue par l'art. 50 al. 3 LHID, de prévoir une double instance judiciaire cantonale.
Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.
4.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> en lien avec l'art. 4 aCst.; arrêts 1C_326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 3.1 non publié in <ref-ruling>; 2C_1014/2013 du 22 août 2014 consid. 7.1 non publié in <ref-ruling>).
En l'occurrence, force est de constater que la Cour de justice a bien traité le grief de le recourant et qu'elle l'a admis. En effet, elle a jugé, contrairement à ce qu'avait retenu le Tribunal administratif, que le litige comprenait également la question de savoir si les bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt étaient conformes au droit (consid. 4 de l'arrêt attaqué). On ne discerne donc pas en quoi l'instance précédente aurait commis un déni de justice formel au détriment du recourant.
4.2. Selon l'art. 50 al. 3 LHID, le contribuable et l'Administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'administration, à condition que le droit cantonal le prévoie. Le canton de Genève a fait usage de cette possibilité (cf. art. 7 de la loi genevoise sur la procédure fiscale [LPFisc; RSGE D 3 17). L'art. 50 al. 3 LHID s'applique par analogie à la procédure pour soustraction d'impôt, par le renvoi de l'art. 57 bis al. 3 LHID.
La LHID ne contient pas de règle obligeant la seconde instance judiciaire cantonale de renvoyer la cause à la première instance si cette dernière n'a à tort pas traité un grief. Par ailleurs, la seconde instance cantonale revoit à Genève les faits et le droit et dispose ainsi du même pouvoir d'examen que la première instance (cf. <ref-ruling> consid. 9.4 et les références au droit cantonal genevois). Le droit cantonal est donc autonome sur ce point, ce qui limite la cognition du Tribunal fédéral aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. supra consid. 2). Or en l'occurrence, le recourant n'en formule aucun. Il se limite à mentionner l'art. 44 LPFisc, qui prévoit que lorsqu'il est compétent pour statuer en matière fiscale, le Tribunal administratif de première instance siège dans la composition d'un juge, qui le préside, et de deux juges assesseurs spécialisés dans les affaires fiscales. Il n'en tire toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit cantonal.
4.3. Les griefs de déni de justice formel et de violation de l'art. 50 LHID sont partant rejetés.
III. Impôt fédéral direct
III.1 Prescription
5.
S'agissant des reprises fiscales, la Cour de justice a estimé que la période fiscale 2001 était atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer (art. 120 al. 4 LIFD). Quant aux périodes fiscales 2002 et 2003, il fallait considérer qu'elles étaient entrées en force le 3 août 2015.
5.1. Le recourant soutient que le raisonnement conduit par l'instance précédente concernant la prescription du droit de taxer est erroné et arbitraire. Il invoque une violation de l'art. 120 al. 4 LIFD, ainsi qu'un établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.), une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) et de son droit d'accès au juge (art. 29a Cst.).
5.2. Toutes les périodes fiscales litigieuses (soit 2001 à 2007) ont fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt, qui a été ouverte le 21 octobre 2011. L'Administration cantonale a notifié au recourant les éléments imposables par décisions (sur rappel d'impôt) du 6 janvier 2014. Dans ce contexte, les éléments imposables des périodes fiscales 2002 et 2003 ont été établis d'office. Le recourant a contesté les décisions y afférentes par réclamation du 6 février 2014. La décision sur réclamation est intervenue le 3 août 2015 et la Cour de justice a statué le 2 août 2017.
5.3. Les juges précédents ont recouru à l'art. 120 al. 4 LIFD pour examiner la prescription en l'espèce. Ils ont admis que la prescription de quinze ans du droit de procéder à la taxation arrivait à échéance en principe le 31 décembre 2016 pour la période fiscale 2001. Toutefois, cette règle s'appliquait différemment en cas de taxation d'office, en raison de l'obligation de démontrer dans la réclamation, sous peine d'irrecevabilité, le caractère manifestement inexact de la taxation. L'irrecevabilité d'une réclamation entraînait l'entrée en force de la décision la constatant, avec effet ex tunc si cette irrecevabilité devait être confirmée à l'issue d'une procédure de recours. En l'occurrence, le recourant n'avait pas établi le caractère manifestement inexact des taxations d'office 2002 et 2003 dans sa réclamation. Dès lors, l'Administration cantonale "devait en constater l'irrecevabilité et refuser d'entrer en matière sur celle-ci" dans sa décision sur réclamation (arrêt attaqué, consid. 20 1er paragraphe). Les juges précédents poursuivent en relevant qu'en l'espèce, "le rejet du recours a entraîné la confirmation de la décision sur réclamation du 3 août 2015 concernant les années ayant fait l'objet d'une taxation d'office, soit 2002 et 2003; de ce fait, l'ensemble des décisions de taxation en rappel d'impôt pour les exercices y relatifs ont entrées en force avec effet au 3 août 2015, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien-fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable" (consid. 20, 2e paragraphe).
5.4. Le raisonnement de la Cour de justice est confus sur le plan des faits et erroné sur le plan du droit.
5.4.1. S'agissant des faits, on ne parvient pas savoir si les juges cantonaux considèrent que l'Administration cantonale a rendu une décision d'irrecevabilité sur réclamation concernant les périodes fiscales 2002 et 2003 (ce qui ressort du premier paragraphe du consid. 20) ou s'ils retiennent au contraire que cette administration est entrée en matière sur la réclamation pour ensuite la rejeter au fond (ce qui ressort du deuxième paragraphe du même considérant). Ce point souffre de rester indécis en l'espèce, puisque l'argumentation de la Cour de justice est de toute manière contraire au droit fédéral.
5.4.2. En appliquant l'art. 120 al. 4 LIFD pour calculer la prescription, les juges précédents ont perdu de vue que l'art. 120 LIFD concerne la prescription du droit de taxer. Or, cette disposition ne peut pas entrer en ligne de compte en l'espèce, puisque l'ensemble des périodes fiscales litigieuses avait déjà fait l'objet de taxations, l'Administration cantonale ayant ouvert une procédure en rappel d'impôt pour chacune d'elles. Ce sont donc les règles sur la prescription du rappel d'impôt, qui figurent à l'art. 152 LIFD, qui s'appliquent.
Selon l'art. 152 al. 3 LIFD, le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte. Ce délai de quinze ans est un délai de péremption (cf. arrêts 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C_146/2013 du 4 septembre 2013 consid. 3.2).
En vertu de cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017. Le fait que l'Administration cantonale ait procédé par taxation d'office au cours de la procédure en rappel d'impôt, ce qui est possible (art. 153 al. 3 en lien avec l'art. 130 al. 2 et 132 al. 3 LIFD; cf. arrêt 2C_304/2013 du 22 octobre 2013 consid. 3.4 et les références) n'a pas d'incidence sur le calcul de la prescription (cf. sur ce point l'arrêt 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 3.1.2, dûment cité par le recourant dans sa réplique). Le raisonnement de la Cour de justice est partant contraire à l'art. 152 al. 3 LIFD.
Au surplus, le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que (hors procédure de rappel d'impôt), un arrêt cantonal constatant ou confirmant l'irrecevabilité d'une réclamation formée contre une décision de taxation d'office a pour conséquence de faire entrer en force avec effet ex tunc ladite taxation n'est pas d'emblée évident. Au vu de ce qui précède, il n'est toutefois pas nécessaire de trancher cette question en l'espèce.
5.4.3. Il faut donc constater que le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017. En revanche, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2003 n'est pas éteint, le délai de quinze ans échéant au 31 décembre 2018.
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner au surplus si le recourant a motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LIFD les griefs d'ordre constitutionnels qu'il fait aussi valoir en lien avec la question de la prescription (cf. supra consid. 5).
6.
Il convient également d'examiner la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée.
6.1. S'agissant des amendes pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, prévoit que la poursuite pénale se prescrit par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète. Selon le nouvel art. 184 al. 2 LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1) avant l'échéance du délai de prescription. Cela implique que la prescription est atteinte si aucune décision n'a été rendue par l'autorité cantonale compétente dans les dix ans après la fin de la période fiscale concernée (cf. arrêts 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.2, non publié in <ref-ruling>; 2C_1010/2016 du 19 juillet 2017 consid. 2.4.1).
Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par quinze ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1 et al. 2 aLIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b CP (arrêt 2C_173/2015 du 21 novembre 2014 consid. 5.1.1, in RF 71/2016 p. 882).
Selon l'art. 205f LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 2017, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. arrêts 2C_844/2017 du 17 août 2018 consid. 2.3.1; 2C_12/2017 précité consid. 4.1 non publié).
6.2. En l'occurrence, la Cour de justice, qui a statué après l'entrée en vigueur du nouveau droit, aurait dû constater d'office la prescription de la poursuite de la soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 et 2003 en appliquant le nouveau droit en tant que lex mitior. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration cantonale, qui n'est intervenue que le 6 janvier 2014, soit plus de dix ans après la fin des périodes fiscales 2002 et 2003
7.
La période fiscale 2002 est ainsi prescrite, tant s'agissant du droit de procéder au rappel d'impôt que du droit de sanctionner la soustraction d'impôt. La période fiscale 2003 est prescrite s'agissant du droit de sanctionner la soustraction d'impôt.
Restent donc litigieuses les périodes fiscales 2004 à 2007 ainsi que la période fiscale 2003, mais uniquement, pour cette période, s'agissant de la reprise d'impôt.
III.2 Griefs relatifs à l'existence d'avantages appréciables en argent
8.
Le recourant soutient que la Cour de justice a violé les art. 57 et 58 al. 1 let. b cinquième tiret LIFD en retenant que la mise à sa disposition de la villa sise à C._ était constitutive d'une distribution dissimulée de bénéfice et qu'elle a partant à tort procédé aux reprises dans son revenu imposable.
8.1. Le litige ayant trait à l'imposition sur le revenu du recourant, ce sont les dispositions relatives à cet impôt qui sont applicables en premier lieu.
L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1 LIFD). Selon l'art. 20 al. 1 let. c LIFD, est imposable au titre de rendement de la fortune mobilière les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations en tout genre.
8.1.1. Font partie des avantages appréciables en argent au sens de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD les distributions dissimulées de bénéfice, à savoir les prestations qu'une société fournit sans obtenir de contre-prestation correspondante à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près, qu'elle n'aurait pas accordées à de telles conditions à un tiers et que la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société savaient ou auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 92 et les références; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 59 s.). Le point de savoir s'il existe une disproportion (manifeste) entre les prestations se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (principe de pleine concurrence; "dealing at arm's length"; cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 92 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 607; arrêt 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 6.3.4).
8.1.2. Il y a distribution dissimulée de bénéfice si une société effectue une dépense qui ne sert qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir (cf. arrêt 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a ainsi, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (par exemple arrêts 2C_276/2018 du 15 juin 2018 consid. 2.4; 2C_795/2015 du 3 mai 2015 consid. 2.2; 2A.55/2001 du 6 mars 2002 consid. 4.4; 2A.315/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2a, in Archives 63 p. 145, traduit in RDAF 1995 p. 38), lorsqu'elle prend à sa charge des frais d'entretiens ou de travaux dans la villa de l'actionnaire (cf. arrêt 2C_543/2008 du 27 mars 2009 consid. 3) ou lorsqu'elle assume les frais relatifs à un bateau, utilisé sans justification commerciale mais pour satisfaire le goût personnel de l'actionnaire (arrêt 2C_124/2016 précité consid. 6.3). Dans l'arrêt 2C_795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office), constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt 2C_795/2015 consid. 4.5 et 4.6).
8.1.3. S'agissant du fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou alors seulement une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF <ref-ruling> consid. 7.1 p. 66; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).
8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a retenu que le recourant logeait gratuitement et depuis 1999 dans une villa qui était mise à sa disposition par A._ SA et que cette société payait aussi des charges afférentes à cette villa. Elle a estimé que, dans un telle situation, l'existence d'un avantage appréciable en argent était présumée et qu'il incombait au recourant de démontrer le contraire. Or, le recourant avait échoué à le faire. Il avait allégué en vain que la villa représentait le siège de A._ SA. Il apparaissait en effet que le siège de la recourant était à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009 et que ce n'était qu'à compter de 2010 qu'il avait été déplacé à C._. Le recourant n'avait par ailleurs pas prouvé que A._ SA avait conclu le contrat de bail avec B._ dans le but d'exercer son activité lucrative dans la villa. Il ressortait de ses allégations que le recourant utilisait la villa comme logement privé et qu'il s'en servait accessoirement à des fins professionnelles et commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile). Or, le fait de travailler à la maison procédait d'un choix personnel de sa part. De même, le fait que la villa serve de maison-témoin pour des expositions avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer payé par A._ SA, lequel avait été abaissé en conséquence. La société n'aurait d'ailleurs jamais mis à disposition gratuitement la villa à un tiers étranger. En outre, c'était en vain que le recourant soutenait que s'il n'avait pas occupé le logement, celui-ci serait demeuré vide et A._ SA aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité. Ces faits n'étaient que des hypothèses sans pertinence sur l'appréciation juridique du cas d'espèce.
8.3. Le recourant objecte que la villa était le lieu depuis lequel A._ SA déployait son activité principale. Le fait qu'elle soit utilisée comme villa-témoin pour des expositions requérait un entretien impeccable régulier, de sorte qu'elle ne pouvait pas être louée à un tiers. Son utilisation pour son activité commerciale permettait à la société d'éviter d'avoir à payer un loyer pour des locaux commerciaux pour le travail effectué par le recourant. Le fait que l'actionnaire occupe cette villa, sans engendrer de charges supplémentaires ni manque à gagner pour elle, ne pouvait pas être constitutif d'un avantage appréciable en argent. X._ avait du reste fourni une contre-prestation puisqu'il avait dû subir des visites et prendre en charge de nombreux frais d'entretien, faisant économiser à A._ SA les frais de gardiennage de la villa.
8.4. Ces éléments ne permettent pas de conclure à l'absence d'avantage appréciable en argent.
En premier lieu, c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que l'existence d'un avantage appréciable en argent était présumée dans les circonstances d'espèce. Le fait pour un actionnaire de bénéficier d'un logement gratuit dans une villa, le loyer étant payé par la société qui en assume du reste aussi à tout le moins une partie des charges d'entretien, constitue a priori manifestement un avantage appréciable en argent qui n'aurait pas été accordé à un tiers.
Les arguments développés par le recourant dans son recours pour prouver le contraire ne convainquent pas.
D'abord, ses arguments comportent des allégations appellatoires, qui contredisent les éléments de fait constatés par l'arrêt attaqué ou qui n'y figurent pas, sans que le recourant ne se plaigne de constatation arbitraire des faits. C'est ainsi que, contrairement à ce que soutient le recourant, il n'est pas établi que la villa était le lieu depuis lequel A._ SA déployait son activité principale. L'arrêt attaqué constate au contraire que le siège de la société se trouvait à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009. L'allégation selon laquelle la villa ne pouvait pas être louée à un tiers ne repose par ailleurs sur aucun fait constaté, de même que le fait que la présence du recourant aurait permis à A._ SA d'économiser des frais de gardiennage.
Ensuite, le recourant échoue à démontrer que la prise en charge du loyer de 18'000 fr. par an et de frais de la villa par A._ SA soit, même partiellement, justifiée par l'usage commercial. Les juges précédents ont admis que le fait que la villa puisse être utilisée comme villa-témoin pour des promotions constituait un inconvénient pour le recourant, mais ils ont relevé que ce fait avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer. En tout état de cause, cet élément ne justifiait de toute manière pas que X._ ait pu loger durant une dizaine d'années gratuitement dans la villa, et encore moins la prise en charge par la société des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien des locaux et d'autres charges liées à la villa. Par ailleurs, le recourant n'a pas démontré que le travail qu'il a prétendument effectué à domicile justifiait une prise en charge du loyer par la société.
Finalement, en tant que le recourant soutient que A._ SA s'est épargnée des frais de locaux commerciaux en mettant la villa à disposition de son administrateur et actionnaire, de sorte qu'aucun avantage appréciable en argent ne pourrait être retenu, il perd de vue que l'existence d'un tel avantage est fondamentalement axée sur une comparaison de la transaction en cause avec une transaction entre tiers (cf. supra consid. 8.1.1). Il ne s'agit donc pas de savoir si A._ SA a potentiellement économisé des frais supplémentaires, mais si la transaction qui est intervenue avec son actionnaire et administrateur aurait été convenue dans les mêmes termes avec un tiers. Or, c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé qu'une société n'aurait jamais accordé un tel avantage à un tiers.
8.5. La Cour de justice a donc correctement appliqué le droit fédéral en jugeant que la mise à disposition de la villa de C._ au recourant et que la prise en charge de frais d'entretien ou de consommation constituait un avantage appréciable en argent imposable à titre de revenu.
Les autres conditions à l'existence d'un avantage appréciable en argent sont au surplus réunies: la prestation a été fournie au recourant, soit à un actionnaire de la société, et les organes de A._ SA ne pouvaient pas l'ignorer, puisque le bénéficiaire des prestations en était aussi l'administrateur.
Il s'ensuit que les griefs du recourant sont rejetés et que l'arrêt attaqué est confirmé s'agissant des reprises fiscales effectuées dans le revenu imposable.
9.
Le recourant conteste les bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt. Il soutient qu'il n'a pas agi intentionnellement ni même par négligence. On était uniquement en présence d'une appréciation juridique différente de celle des autorités fiscales. Le recourant avait du reste toujours été transparent avec l'administration et sa fiduciaire, car il n'avait jamais caché que la villa était occupée. L'autorité fiscale disposait du reste de tous les documents nécessaires concernant la villa. La production du rapport établi suite au contrôle fiscal effectué dans B._ aurait permis de le démontrer, mais cela avait été arbitrairement refusé par les juges cantonaux, en violation du droit à la preuve du recourant.
9.1. Le grief de violation du droit à la preuve (sur ce point, cf. <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités) n'est pas motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2). Le recourant n'a en particulier pas exposé en quoi les juges auraient procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en jugeant que ce rapport n'apporterait aucun élément pertinent pour juger de la réalisation des conditions de soustraction d'impôt (cf. arrêt attaqué consid. 6). Les juges précédents retiennent du reste que ce rapport semble ne jamais avoir existé, sans que le recourant ne se plaigne de constatation arbitraire des faits.
9.2. Aux termes de l'art. 175 al. 1 LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.1 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).
9.3. La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).
9.4. En l'occurrence, la Cour de justice a jugé à bon droit que le recourant avait régulièrement bénéficié d'économies d'impôt en ne déclarant pas les revenus issus des avantages appréciables en argent perçus de A._ SA et ce au cours de plusieurs exercices fiscaux, qu'au vu de la position qu'il exerçait au sein de cette société, il ne pouvait pas l'ignorer que la jouissance de cette maison à titre gratuit constituait un avantage imposable et qu'il avait donc agi à tout le moins par dol éventuel. Quoi qu'il en dise, on ne se trouve pas dans une simple divergence dans l'appréciation de la valeur des prestations fournies. Par ailleurs, le fait que la présence du recourant dans la villa n'ait pas été cachée à l'Administration cantonale - ce qui n'est au demeurant pas établi - ne change rien au fait qu'en bénéficiant d'un logement gratuit et de la prise en charge d'autres frais, il a accepté un avantage appréciable en argent de la part de la société, dont il ne pouvait ignorer qu'il représentait un revenu imposable. On ne voit au surplus pas que le fait que le recourant ait été, comme il le dit, transparent avec la fiduciaire qui a rempli sa déclaration d'impôt jouerait un rôle dans la réalisation des conditions de la soustraction d'impôt. Comme l'a rappelé à bon droit la Cour de justice, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324).
Le grief de violation de l'art. 175 al. 1 LIFD est partant rejeté.
9.5. Au surplus, le recourant ne formule à juste titre aucun grief concernant la quotité d'amende de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, qui a été confirmée par la Cour de justice. On ne voit en effet pas que cette quotité d'amende procède d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (sur les principes régissant la fixation de l'amende pour soustraction d'impôt, cf. <ref-ruling> consid. 9.1 p. 152 s. et les références).
IV. Impôt cantonal et communal
10.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (<ref-ruling> consid. 10 et les références citées).
10.1. S'agissant de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt, l'art. 53 al. 3 LHID et l'art. 61 al. 3 LPFisc ont la même teneur que l'art. 152 al. 3 LIFD. Le même raisonnement que pour l'IFD s'applique donc pour l'impôt cantonal harmonisé (cf. arrêts 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C_722/2017 précité consid. 3.1.1) et conduit au constat de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes 2001 (comme l'a déjà admis la Cour de justice) et 2002.
S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 58 al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 77 LPFisc dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3 LHID; cf. arrêt 2C_760/2017 précité consid. 4.2). L'art. 78f LHID prévoit également l'application de la lex mitior (cf. arrêt 2C_12/2017 précité consid. 4.3 non publié). Le même raisonnement est partant applicable en matière d'ICC qu'en matière IFD et conduit au constat que la poursuite pénale pour soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 et 2003 est prescrite, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.
10.2. La notion d'avantage appréciable en argent en sens de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD est identique à celle prévue à l'art. 6 let. c de l'ancienne loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu (revenu imposable), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (aLIPP-IV; aRSGE D 3 14, abrogée par l'art. 69 al. 1 de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 en vigueur dès le 1 er janvier 2010; RSGE D 3 08). Elle correspond par ailleurs à l'art. 7 al. 1 LHID. Le raisonnement développé ci-dessus en matière d'IFD est partant aussi applicable en matière d'ICC.
10.3. Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, l'art. 69 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que l'art. 56 LHID et correspondant à l'art. 175 al. 1 LIFD.
11.
S'agissant des reprises effectuées dans la fortune imposable du recourant, en lien avec la détention d'actions de A._ SA, il faut relever ce qui suit.
11.1. L'impôt sur la fortune comprend les actions d'une société anonyme (art. 13 LHID et art. 2 let. b de l'ancienne loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (aLIPP-III; aRSGE D 3 13), abrogée par l'art. 69 al. 1 LIPP.
11.2. L'arrêt attaqué a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable du recourant des périodes fiscales 2001 à 2007 en lien avec la non-déclaration des actions de A._ SA, tout en constatant la prescription du droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001.
11.3. Dans ses conclusions, le recourant demande certes l'annulation de "toutes" les reprises effectuées. Toutefois, il concentre ses griefs sur les reprises qui ont été effectuées dans son revenu et ne formule aucun grief à l'encontre des reprises qui ont été effectuées dans sa fortune en lien avec la détention d'actions de A._ SA. Le mémoire de recours ne contient par ailleurs aucun grief selon lequel les juges précédents auraient arbitrairement constaté qu'il était détenteur d'actions de A._ SA durant toutes les périodes fiscales litigieuses. Il faut donc en déduire que le recourant ne conteste désormais plus qu'il était actionnaire de A._ SA durant ces périodes. Les reprises sont donc confirmées. Comme l'a constaté la Cour de justice, la prescription a toutefois été atteinte s'agissant de la période fiscale 2001. Elle l'est également, depuis le 31 décembre 2017, s'agissant de la période fiscale 2002 (cf. supra consid. 10.1).
V. Conséquences, ainsi que frais et dépens
12.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt est prescrit s'agissant de la période fiscale 2002, tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC, et que le droit de sanctionner la soustraction d'impôt est prescrit pour les périodes fiscales 2002 et 2003, et ce tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
13.
Comme le recourant obtient partiellement gain de cause en raison de la prescription, il ne supportera que les deux tiers des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF), le solde étant à la charge de l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le recourant a droit à des dépens réduits, qui seront supportés par le canton de Genève dans la même proportion (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3 LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction d'impôt sont supprimés pour la période fiscale 2002 et que l'amende pour soustraction d'impôt est supprimée pour la période fiscale 2003. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
2.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction d'impôt sont supprimés pour la période fiscale 2002 et que l'amende pour soustraction d'impôt est supprimée pour la période fiscale 2003. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à raison de 3'000 fr. à la charge du recourant et de 1'500 fr. à la charge du canton de Genève.
4.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de dépens réduite fixée à 1'500 francs.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Zünd
La Greffière : Vuadens


facts:
Sachverhalt:
A.
A.a. B._ (Kunde, Kläger, Beschwerdegegner) ist ein in Antalya/Türkei wohnhafter Geschäftsmann, der mehrere Hotels betreibt.
A.b. Die Bank A._ SA (Bank, Beklagte, Beschwerdeführerin) hat ihren Sitz in Genf und betreibt in Zürich eine Zweigniederlassung. Sie übernahm am 14. Dezember 2011 die Bank C._ im Wege der Absorption.
A.c. Der Kunde eröffnete am 8. Oktober 2009 ein Konto bei der Bank C._. Der Gesamtwert seines Depots betrug ursprünglich USD 7'299'498.15. Er unterzeichnete neben dem Antrag auf Eröffnung einer Bankbeziehung zahlreiche Dokumente und erhielt verschiedene Unterlagen. Seine Kundenbetreuerin war D._. Diese traf sich mit dem Kunden verschiedentlich in der Türkei. Sonst erfolgte die Kommunikation über Telefon und Telefax.
A.d. Die Kundenberaterin stellte dem Kunden selbst erstellte Vermögensübersichten zu, die den offiziellen Depotauszügen der Bank teilweise nicht entsprachen. So wies die Vermögensaufstellung der Kundenberaterin vom 21. Januar 2014 ein Vermögen des Kunden von USD 8'178'393.76 auf, während sich der Vermögensstand nach dem Depotauszug der Bank vom 28. Januar 2014 auf USD 1'804'907.-- belief.
A.e. Nach Darstellung des Kunden bemerkte er am 21. Januar 2014, dass ihm die Kundenberaterin Vermögensaufstellungen zukommen liess, welche nicht den tatsächlichen Verhältnissen entsprachen. Am 24. und 27. Januar 2014 seien die "Options, Futures and Certificates" verkauft und per Ende Februar 2015 die in den Aufstellungen der Kundenberaterin nicht enthaltenen Darlehen saldiert worden. Der Vermögensstand am 28. Februar 2014 habe sich gemäss Bankauszug auf USD 1'804'907.77 belaufen.
B.
Mit Klageschrift vom 28. November 2014 beantragte der Kunde vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich, die Bank sei zu verurteilen, ihm USD 6'373'485.99 zusätzlich 5% Zins seit dem 1. März 2014 sowie Fr. 36'083.85 zusätzlich 5% Zins seit dem 1. Dezember 2014 zu zahlen. Neben vorprozessualen Anwaltskosten verlangte der Kläger damit den Ersatz des Schadens, den er durch die von ihm nicht angeordneten oder nicht genehmigten Transaktionen erlitten habe.
Mit Beschluss vom 4. Oktober 2017 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich den Antrag des Klägers auf Beizug der Strafakten ab und verpflichtete die Beklagte mit gleichentags ergangenem Urteil, dem Kläger USD 5'670'090.-- zuzüglich Zins zu 5% ab 1. März 2014 zu bezahlen. Im Mehrbetrag wies es die Klage ab.
Das Handelsgericht kam zum Schluss, der Vertrag zwischen den Parteien habe die Anlageberatung zum Gegenstand gehabt, wobei sich der Kunde mit der nachträglichen Information über die Transaktionen einverstanden erklärt habe. Der Kläger habe grundsätzlich eine ausgewogene Anlagestrategie verfolgt, sei zur Erzielung eines höheren Ertrags aber bereit gewesen, gewisse Risiken einzugehen. Hierbei habe er eine entsprechende Diversifikation vorausgesetzt. Die Beklagte habe ohne Weisungen des Klägers Transaktionen durchgeführt, soweit diese nicht aus den Faxmitteilungen der Kundenberaterin ersichtlich seien, wobei sie sich nicht wirksam auf die Zustellungs- und Genehmigungsfiktion berufen könne. Den Schaden schätzte das Handelsgericht gemäss <ref-law> anhand von Referenzwerten auf USD 5'670'090.--.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beklagte die Rechtsbegehren, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 4. Oktober 2017 (mit Ausnahme der Bemessung der Gerichtsgebühr) aufzuheben und die Klage sei vollumfänglich abzuweisen, eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin rügt im Wesentlichen, der Beschwerdegegner habe seinen Schaden im Verfahren vor Vorinstanz nicht substanziiert und die Vorinstanz habe Art. 42 Abs. 1 und 2 OR sowie <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> verletzt, indem sie die Voraussetzungen für eine Schadensschätzung bejaht habe; sie sei schliesslich bei der Schätzung unter Verletzung von <ref-law> willkürlich verfahren.
Der Beschwerdegegner beantragt in der Antwort, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Das Handelsgericht des Kantons Zürich verzichtet auf Vernehmlassung.
D.
Mit Verfügung vom 7. Dezember 2017 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

considerations:
Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>), sie richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten entschieden hat (<ref-law>). Ein Streitwert ist nicht erforderlich (<ref-law>), die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen nicht vollständig durchgedrungen (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2, Art. 106 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe die Voraussetzungen für eine Schadensschätzung nach <ref-law> bundesrechtswidrig bejaht.
2.1. Nach der Praxis des Bundesgerichts kommen für die Abwicklung von Börsengeschäften bzw. die Anlagetätigkeit grundsätzlich drei verschiedene Vertragsbeziehungen in Betracht: die blosse Konto-/Depotbeziehung, die Anlageberatung und die eigentliche Vermögensverwaltung (<ref-ruling> E. 5.5; <ref-ruling> E. 7.1; Urteile 4A_54/2017 vom 29. Januar 2018 E. 5.1.1; 4A_436/2016 E. 3.1 vom 7. Februar 2017; 4A_593/2015 vom 13. Dezember 2016 E. 7.1.1; vgl. zum Ganzen MONIKA ROTH, Die Spielregeln des Private Banking in der Schweiz, 4. Aufl. 2016, S. 71 ff.).
2.1.1. Mit dem Vermögensverwaltungsvertrag beauftragt der Kunde die Bank, die Verwaltung eines bestimmten Vermögens gegen Honorar selbständig im Rahmen der vereinbarten Anlagestrategie und zwecks Erreichens des persönlichen Anlageziels des Kunden zu besorgen (vgl. Urteile 4A_54/2017 vom 29. Januar 2018 E. 5.1.2; 4A_436/2016 vom 7. Februar 2017 E. 3.1; 4A_593/2015 vom 13. Dezember 2016 E. 7.1.2; 4A_41/2016 vom 20. Juni 2016 E. 3.1; 4A_336/2014 vom 18. Dezember 2014 E. 4.1). Von der Vermögensverwaltung, bei der die Bank die auszuführenden Transaktionen im Rahmen der Sorgfalts- und Treuepflicht sowie der vereinbarten Anlagestrategie selbst bestimmt, unterscheidet sich die Anlageberatung durch die Zuständigkeit des Kunden für den Anlageentscheid. Der Anlageberatungsvertrag zeichnet sich in Abgrenzung von der reinen Konto-/Depot-Beziehung dadurch aus, dass der Kunde die Anlageentscheide zwar selbst trifft, die Bank ihm jedoch dabei beratend zur Seite steht (Urteile 4A_54/2017 vom 29. Januar 2018 E. 5.1; 4A_436/2016 vom 7. Februar 2017 E. 3.1; 4A_593/2015 vom 13. Dezember 2016 E. 7.1; 4A_336/2014 vom 18. Dezember 2014 E. 4.1; 4A_525/2011 vom 3. Februar 2012 E. 3.1).
2.1.2. Die Vorinstanz hat den Vertrag zwischen den Parteien als Anlageberatung qualifiziert, wobei der Beschwerdegegner damit einverstanden war, dass die Beschwerdeführerin auch Transaktionen unter Vorbehalt nachträglicher Genehmigung ausführte. Sie hat namentlich 16 Positionen festgestellt, die zwar für das Depot des Beschwerdegegners erworben und auf den Depotauszügen der Beschwerdeführerin aufgeführt sind, die aber in der von der Kundenberaterin verfassten und dem Beschwerdegegner zugestellten Aufstellung fehlen. Für diese Positionen hat sie geschlossen, dass die Beschwerdeführerin ohne Weisung des Beschwerdegegners gehandelt hat und sich die Beschwerdeführerin auch nicht auf die Genehmigungsfiktion berufen kann.
2.2. Nach dem allgemeinen Schadensbegriff, wie er in der Praxis des Bundesgerichts verwendet wird, ist der Schaden eine unfreiwillige Vermögensverminderung, der in einer Verminderung der Aktiven, einer Vermehrung der Passiven oder im entgangenen Gewinn bestehen kann. Er entspricht der Differenz zwischen dem gegenwärtigen Vermögensstand und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 8.1, 321 E. 2.2.1, 359 E. 4, 564 E. 6.2; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen). Zu beachten ist indessen, dass der so definierte allgemeine Schadensbegriff im Einzelfall konkretisiert werden muss, damit er brauchbare Kriterien für die Schadensberechnung liefern kann. So ist für die Abwicklung von Anlagegeschäften namentlich wie folgt zu differenzieren: Einerseits kann eine Schädigung aufgrund sorgfaltswidriger Verwaltung eines gesamten Portfolios, durch Verfolgung einer pflichtwidrigen Anlagestrategie, erwachsen. Anderseits kann sich das sorgfaltswidrige Verhalten auf einzelne und damit bestimmbare pflichtwidrige Anlagen beschränken. Im ersten Fall ist auf das gesamte zur Verwaltung übergebene Vermögen abzustellen, im zweiten Fall dagegen bloss auf den Teil des Vermögens, der für die sorgfaltswidrigen Anlagen eingesetzt wurde (Urteile 4A_436/2016 vom 7. Februar 2017 E. 5.1; 4A_364/2013 vom 5. März 2014 E. 7.1; 4C.158/2006 vom 10. November 2006 E. 4.3 und 4.4.2; vgl. auch CHRISTOPHE ROSAT, Der Anlageschaden, 2009, S. 89 ff.; JEAN-MARC SCHALLER, H andbuch des Vermögensverwaltungsrechts, 2013, S. 172 ff. Rz. 465 ff.; CHRISTOPH GUTZWILLER, Schadensstiftung und Schadensberechnung bei pflichtwidriger Vermögensverwaltung und Anlageberatung, SJZ 101/2005, S. 362 ff.; HANS PETER WALTER, Prozessuale Aspekte beim Streit zwischen Kunden und Vermögensverwalter, ZSR 127/2008, S. 113; PACHMANN/VON DER CRONE, Unabhängige Vermögensverwaltung: Aufklärung, Sorgfalt und Schadensberechnung, SZW 2005 S. 153 f.). In beiden Fällen ist bei nicht gehöriger Erfüllung nach Art. 398 Abs. 2 i.V.m. <ref-law> aufgrund der Unterstellung des Anlageberatungsvertrags unter das Auftragsrecht grundsätzlich das Erfüllungsinteresse (positives Interesse) zu ersetzen (GUTZWILLER, a.a.O., S. 361 mit Hinweisen; vgl. ferner für den Vermögensverwaltungsvertrag die Urteile 4A_54/2017 vom 29. Januar 2018 E. 5.3.4; 4A_364/2013 vom 5. März 2014 E. 7.1; 4C.158/2006 vom 10. November 2006 E. 4.4.2; SCHALLER, Handbuch, a.a.O., S. 169 ff. Rz. 454 ff., S. 182 Rz. 490; WALTER, a.a.O., S. 113).
2.2.1. Für den Fall, dass das gesamte Portfolio sorgfaltswidrig verwaltet worden ist, bildet Grundlage der Schadensberechnung der Vergleich zwischen dem tatsächlichen Stand des verwalteten Vermögens (effektives Portfolio) und dem Vermögensstand, der bestünde, wenn das Vermögen in der gleichen Periode unter Beachtung der vertraglichen Sorgfaltspflichten verwaltet worden wäre (hypothetisches Portfolio) (Urteile 4A_436/2016 vom 7. Februar 2017 E. 5.1; 4A_364/2013 vom 5. März 2014 E. 7.1; 4A_481/2012 vom 14. Dezember 2012 E. 3; 4A_351/2007 vom 15. Januar 2008 E. 3.2.2; 4C.158/2006 vom 10. November 2006 E. 4.3; GUTZWILLER, a.a.O., S. 363; WALTER, a.a.O., S. 113; PACHMANN/VON DER CRONE, a.a.O., S. 152 ff.). Diesfalls kann der Schaden bzw. das hypothetische Vergleichsportfolio nur geschätzt werden (Art. 99 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>). Diese ermessensweise Schätzung beruht - von der ausnahmsweisen Berücksichtigung abstrakter Erfahrungssätze abgesehen - auf Tatbestandsermessen, gehört mithin zur Feststellung des Sachverhalts und ist daher vom Bundesgericht nur auf Willkür überprüfbar (<ref-ruling> E. 8.2.5.2 S. 323; <ref-ruling> E. 5.1 S. 364; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 277; <ref-ruling> E. 3b S. 222). Bei der Vergleichshypothese ist im Regelfall auf die Sorgfalt eines durchschnittlich erfolgreichen Vermögensverwalters während der gleichen Periode abzustellen (vgl. Urteile 4A_364/2013 vom 5. März 2014 E. 7.1; 4C.158/2006 vom 10. November 2006 E. 4.4.3; vgl. ferner PACHMANN/VON DER CRONE, a.a.O., S. 152; ROSAT, a.a.O., S. 68; WALTER, a.a.O., S. 114 f.).
2.2.2. Falls hingegen nur einzelne Anlagen vertragswidrig getätigt worden sind, beschränkt sich die Schadensberechnung auf die Ermittlung der Differenz zwischen dem tatsächlichen Wert der einzelnen pflichtwidrigen Anlagen und dem hypothetischen Wert, den das konkret pflichtwidrig investierte Kapital bei vertragskonformer Anlage hätte (vgl. Urteile 4A_280/2016 vom 10. Oktober 2016 E. 4.2; 4C.158/2006 vom 10. November 2006 E. 4.3; ROSAT, a.a.O., S. 90 f.; OLLIVIER/GEISSBÜHLER, La monnaie des conclusions dans les litiges bancaires, AJP 2017 S. 1446 f., 1451 f.; SCHALLER, Handbuch, a.a.O., S. 181 f. Rz. 487 ff.; GUTZWILLER, a.a.O., S. 362 f.). Nur für die pflichtwidrig getätigten Anlagen besteht eine Ersatzpflicht. Die haftpflichtige Person ist nicht befugt, Gewinne auf pflichtgemäss getätigten Anlagen mit Verlusten aus sorgfaltswidrig getätigten zu verrechnen. Ferner ist zu vermeiden, dass allfällige Verluste auf dem Teil des vertragskonform angelegten Vermögens die Ersatzpflicht erhöhen (vgl. Urteil 4A_280/2016 vom 10. Oktober 2016 E. 4.2; vgl. auch ROSAT, a.a.O., S. 90; PACHMANN/VON DER CRONE, a.a.O., S. 154). Als Vergleichsmassstab kommen hier passende Alternativanlagen in Betracht, die der vertraglichen Anlagestrategie entsprechen und pflichtgemäss vom Vertragspartner oder einem durchschnittlich erfolgreichen Vermögensverwalter bzw. Anlageberater getätigt worden wären (vgl. ROSAT, a.a.O., S. 90 f.; SCHALLER, Handbuch, a.a.O., S. 181 f. Rz. 487 ff.; GUTZWILLER, a.a.O., S. 363).
2.3. Die Partei, die Schadenersatz wegen nicht gehöriger Erfüllung einer vertraglichen Verpflichtung (<ref-law>) begehrt, hat grundsätzlich zu behaupten und zu beweisen, dass die Gegenpartei eine vertragliche Verpflichtung nicht (gehörig) erfüllt hat und dass der Klägerin dadurch - adäquat-kausal - der Schaden entstanden ist, dessen Ersatz sie begehrt (vgl. <ref-ruling> E. 3.1, 127 III 543 E. 2b S. 546, 111 II 156 E. 3b; vgl. auch Urteile 4A_403/2016 vom 18. April 2017 E. 3.2; 2C_1101/2016 vom 24. Juli 2017 E. 3.3). Nach Art. 99 Abs. 3 i.V.m. <ref-law> ist der Schaden so konkret wie möglich zu beweisen (vgl. <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 4). <ref-law> sieht für den nicht ziffernmässig nachweisbaren Schaden eine Beweiserleichterung vor, was voraussetzt, dass ein strikter Beweis nach der Natur der Sache nicht möglich oder nicht zumutbar ist (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2b/aa). Selbst wenn diese Voraussetzung erfüllt ist, erlaubt <ref-law> dem Geschädigten nicht, ohne nähere Angaben Forderungen in beliebiger Höhe zu stellen. Vielmehr sind auch im Rahmen dieser Norm - soweit möglich und zumutbar - alle Umstände zu behaupten, die Indizien für den Bestand eines Schadens darstellen und die Schätzung des Umfangs des Schadens erlauben (<ref-ruling> E. 8.2.5.2 S. 323; <ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 3a; vgl. auch TOM FREY, Die Ermittlung des Schadens und anderer quantifizierbarer Werte im Anwendungsbereich von <ref-law>, S. 173 Rz. 300, S. 180-201 Rz. 314-348; ROSAT, a.a.O., S. 68-70). Die Substanziierungsobliegenheit gilt unvermindert auch für den Fall, in dem zwar die Existenz eines Schadens, nicht aber dessen Umfang sicher ist (Urteile 4A_481/2012 vom 14. Dezember 2012 E. 4; 4A_154/2009 vom 8. September 2009 E. 6). Liefert die geschädigte Person nicht alle im Hinblick auf die Schätzung des Schadens notwendigen Angaben, ist eine der Voraussetzungen von <ref-law> nicht gegeben und die Beweiserleichterung kommt nicht zum Zuge (vgl. Urteile 4A_125/2017 vom 20. November 2017 E. 6.2.5 nicht publ. in <ref-ruling>; 4A_97/2017 vom 4. Oktober 2017 E. 4.1.3; je mit Hinweisen; vgl. ferner FREY, a.a.O., S. 183 f. Rz. 318-319).
2.3.1. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Urteil erwogen, dass der Beschwerdegegner - wenn er sich auf die nicht genehmigten Einzelanlagen stützt - den durch diese jeweils verursachten Verlust oder Gewinn unter hypothetischer Berücksichtigung weisungsgemässer Anlagen hätte darlegen müssen. Sie stellt zum Prozesssachverhalt fest, dass er dies nicht getan hat. Danach hat der Beschwerdegegner in der Klage seinen Schaden mit USD 6'373'485.99 berechnet, indem er die Differenz zwischen den auf dem Auszug der Kundenberaterin vom 21. Januar 2014 ausgewiesenen Vermögensbetrag von USD 8'178'393.76 und dem tatsächlichen Vermögensstand von USD 1'804'907.77 ermittelte. In der Replik führte er eine Eventualberechnung anhand eines Referenzportfolios mit einer Festgeldstrategie durch, womit zwischen dem 31. März 2010 und dem 28. Februar 2014 eine Vermögenssteigerung um rund 2,8% möglich gewesen wäre, und sich das investierte Kapital von USD 7'299'498.15 entsprechend auf USD 7'405'344.-- erhöht hätte. Die Vorinstanz hält indes vorliegend den vom Beschwerdegegner aufgrund des gesamten Depotwerts behaupteten Schaden für als im Sinne von <ref-law> genügend substanziiert behauptet. Zur Begründung führt sie an, die Schadensberechnung aufgrund einer Einzelbetrachtung sei im vorliegenden Fall angesichts der Vielzahl von Anlagen über einen Zeitraum von mehreren Jahren nicht mehr möglich oder mindestens unzumutbar. Bei Optionen sei sodann eine Ausscheidung des zu Grunde liegenden Vermögens definitionsgemäss nicht möglich. Ferner setze sich eine auf Einzelanlagen beschränkte Schadensberechnung eher dem Vorwurf aus, nur die Verluste zu berücksichtigen und die im Wege der Vorteilsanrechnung zu beachtenden Gewinne auszublenden. Dem Verhältnis zwischen pflichtwidrigen und pflichtkonformen Anlagen könne dadurch Rechnung getragen werden, dass als Anfangszeitpunkt der Moment gewählt werde, in welchem sich die gesamthaft pflichtwidrige Verwaltung des Depots erstmals deutlich manifestiert habe.
2.3.2. Die Beschwerdeführerin rügt, der Beschwerdegegner habe seinen Schaden im vorinstanzlichen Verfahren nicht rechtsgenüglich substanziiert. Sie bringt vor, der Beschwerdegegner hätte die nicht autorisierten bzw. instruktionswidrig ausgeführten Transaktionen und den daraus entstandenen Schaden spezifizieren müssen. Sie führt zu Recht aus, dass sie nur insoweit vertragswidrig gehandelt hat, als ihre Kundenberaterin die sechzehn im angefochtenen Urteil individuell aufgeführten Transaktionen getätigt hat, die sie in den dem Beschwerdegegner unterbreiteten Vermögensaufstellungen nicht aufgeführt hatte. Der Beschwerdegegner hätte danach dartun können und müssen, welche der über sein Konto durchgeführten Transaktionen von ihm nicht autorisiert waren und er hätte auf dieser Grundlage die daraus resultierenden Gewinne und Verluste behaupten müssen. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie eine Schadensschätzung vorgenommen habe, obwohl der Beschwerdegegner die nicht autorisierten Transaktionen und die sich daraus ergebenden Gewinne und Verluste nicht spezifiziert habe.
2.3.3. Die Abgrenzung zwischen pflichtwidrigen Einzelanlagen und einem gesamthaft pflichtwidrig angelegten Portefeuille kann sich im Einzelfall als schwierig erweisen, wie die Vorinstanz unter Verweis auf entsprechende Lehrmeinungen ausführt. So wird in der Lehre zwar daran festgehalten, dass als Faustregel davon auszugehen ist, dass eine gesamthaft pflichtwidrige Anlage nur dann vorliegt, wenn die pflichtwidrigen Anlagen nicht mehr einzeln bestimmbar sind; dieser Grundsatz wird aber eingeschränkt, wenn im Verhältnis zu den einzeln bestimmbaren pflichtwidrigen Anlagen nicht genügend pflichtkonforme Anlagen vorliegen. Für diesen Fall wird aus Praktikabilitätsgründen vertreten, es sei das gesamte Kapital der Differenzhypothese zu unterwerfen (ROSAT, a.a.O., S. 92). Dieser Ansicht folgend wird ein pflichtwidrig verwaltetes Depot angenommen, wenn der Anteil pflichtwidriger Anlagen die pflichtkonformen überwiegt bzw. die Abweichung von der ursprünglich vereinbarten Anlagestrategie sich deutlich in den Vermögensausweisen manifestiert (vgl. SCHALLER, Handbuch, a.a.O., S. 174 Rz 470; derselbe, Der perfekte Vermögensvertrag, AJP 2012 S. 62 Fn. 59; vgl. auch GUTZWILLER, a.a.O., S. 363).
Die Vorinstanz hat nicht geprüft, ob diese Voraussetzungen im vorliegenden Fall gegeben wären. Sie hat nicht dargelegt, inwiefern die von ihr einzeln aufgeführten sechzehn Transaktionen im Verhältnis zu den pflichtkonformen Anlagen hätten überwiegen sollen oder sich der Anteil pflichtwidriger Anlagen im Verhältnis zu den vom Beschwerdegegner angeordneten oder genehmigten Transaktionen derart deutlich in den Vermögensausweisen manifestiert hätte, dass die pflichtwidrigen Anlagen die gesamte Verwaltung des Depots geprägt hätten. Bei Gegenüberstellung der dem Beschwerdegegner von der Kundenberaterin unterbreiteten Vermögensaufstellung mit dem von der Beschwerdeführerin aufgewiesenen Vermögensstand bestand anfangs 2014 eine erhebliche Differenz. Hieraus kann jedoch nicht geschlossen werden, die pflichtwidrigen Anlagen hätten im Zeitpunkt ihrer Tätigung im Vergleich zu den pflichtkonformen die gesamte Verwaltung des Portfolios derart geprägt, dass die vereinbarte Anlagestrategie für das gesamte vertragsgegenständliche Vermögen nicht mehr eingehalten worden wäre.
2.3.4. Sind die pflichtwidrig ausgeführten Transaktionen einzeln bestimmbar, so ist daran festzuhalten, dass der aus diesen einzelnen Transaktionen resultierende Schaden je gesondert zu behaupten und zu beweisen ist. Der Vorinstanz kann nicht gefolgt werden, wenn sie annimmt, bei einer (absolut) grossen Anzahl pflichtwidriger Einzelanlagen sei eine Schadensberechnung nicht mehr möglich oder wenigstens nicht mehr zumutbar. Zwar muss der Schaden, der durch eine einzelne pflichtwidrige Anlage entsteht, unter Umständen aufgrund allgemeiner Parameter geschätzt werden (vgl. SCHALLER, Handbuch, a.a.O., S. 182 Rz. 489 zu diesen, von Fondswerten abweichenden Parametern). Doch erlaubt dies keine Abweichung vom Grundsatz, dass die Schadenersatzpflicht sich allein nach den Folgen pflichtwidriger Handlungen bemisst und die Folgen pflichtgemässen Verhaltens sich weder zum Vorteil noch zum Nachteil des Haftpflichtigen auswirken sollen. Insofern ist die Ansicht der Vorinstanz nicht nachvollziehbar, wonach sich eine gestützt auf Einzelanlagen durchgeführte Schadensberechnung "eher dem Vorwurf aussetze", nur die Verluste zu berücksichtigen und die anzurechnenden Gewinne auszublenden. Auch dass ein allfälliger Schaden aus Geschäften mit Optionen anders berechnet werden muss, als ein Schaden aus Vermögensanlagen mit bestimmtem Ertrag, vermag ein Abweichen nicht zu rechtfertigen. Ob überhaupt aus Praktikabilitätsgründen darauf verzichtet werden kann, den durch vertragswidrige Einzelanlagen verursachten Schaden einzeln zu bestimmen und zu berechnen, sei dahingestellt. Jedenfalls kann Schadenersatz nur für die Folgen vertragswidrigen Verhaltens zugesprochen werden. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz vermag schliesslich auch eine entsprechende Wahl des Zeitpunkts, in dem sich die gesamthaft pflichtwidrige Verwaltung "des Depots" erstmals deutlich manifestiert habe, hieran nichts zu ändern.
2.3.5. Die Vorinstanz ist im angefochtenen Urteil zu Unrecht davon ausgegangen, dass der Schaden aus den sechzehn vom Beschwerdegegner nicht genehmigten Transaktionen nicht je für die einzelnen Transaktionen behauptet und bewiesen werden muss. Mit der Schätzung des Schadens aufgrund des Verlustes, den der Beschwerdegegner auf seinem gesamten, bei der Beschwerdeführerin deponierten Vermögen erlitten hat, hat die Vorinstanz in unrichtiger Anwendung von Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 42 Abs. 1 und 2 OR den Grundsatz verkannt, dass der Haftpflichtige ausschliesslich den Schaden zu ersetzen hat, den er durch rechts- bzw. vertragswidrige Handlungen (adäquat-) kausal verursacht. Da der Beschwerdegegner den Schaden nicht ausreichend anhand der einzelnen, vertragswidrig ausgeführten Transaktionen substanziierte, ist seine Klage abzuweisen.
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Klage ist abzuweisen.
Diesem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner zu auferlegen (<ref-law>). Dieser hat der Beschwerdeführerin deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 4. Oktober 2017 wird aufgehoben und die Klage des Beschwerdegegners wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 26'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat der Beschwerdeführerin deren Parteikosten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 31'000.-- zu ersetzen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hug

canton: CH

region: Federation


facts:
Sachverhalt:
A.
A.a. Im Zusammenhang mit dem Nachlass von D._ sel. (im Folgenden: der Verstorbene) lief im Kanton St. Gallen eine Strafuntersuchung. Dieser lag eine Strafanzeige der Eltern des Verstorbenen zugrunde. Darin beschuldigten sie die frühere Lebenspartnerin des Verstorbenen, E._, und A._, am 25. Juni 2018 in Gossau/SG eine Falschbeurkundung erschlichen zu haben. Gemäss der Strafanzeige sollen die beiden auch Vermögensdelikte begangen haben. Im Raum stand dabei der Vorwurf, E._ habe mit Unterstützung von A._ unrechtmässig das Eigentum an Aktien der F._ AG und der G._ AG für sich beansprucht. Die entsprechenden Beteiligungen hätten den Kindern des Verstorbenen (H._ und I._) gehört.
Mit Eingabe vom 29. Januar 2020 forderte A._, Staatsanwalt B._ und Staatsanwältin C._ seien wegen Amtsmissbrauchs, Verletzung des Amtsgeheimnisses und Insiderdelikten zu bestrafen. Das kantonale Untersuchungsamt St. Gallen übermittelte die Eingabe als Gesuch um Erteilung einer Ermächtigung zur Strafverfolgung der Anklagekammer des Kantons St. Gallen.
A.b. Im Laufe des Schriftenwechsels vor der Anklagekammer warf A._ den beiden Staatsanwälten weitere Straftaten vor.
Die Anklagekammer verweigerte mit Entscheid vom 30. Juni 2021 die Ermächtigung zur Strafverfolgung von Staatsanwalt B._ und Staatsanwältin C._. Sie führte aus, es sei kein hinreichender Anfangsverdacht auf ein strafbares Verhalten dieser Beamten gegeben.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. August 2021 beantragt A._ beim Bundesgericht, den Entscheid vom 30. Juni 2021 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, die Ermächtigung zur Strafverfolgung von Staatsanwalt B._ und Staatsanwältin C._ zu erteilen.
Die Anklagekammer und das kantonale Untersuchungsamt verzichten auf Vernehmlassung. Staatsanwalt B._ beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Staatsanwältin C._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Eingabe vom 10. Dezember 2021 hält der Beschwerdeführer an seinem Rechtsbegehren fest.

considerations:
Erwägungen:
1.
1.1. Die Ermächtigung zur Strafverfolgung stellt eine Prozessvoraussetzung für das Strafverfahren dar, wird jedoch in einem davon getrennten Verwaltungsverfahren erteilt. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist deshalb das zutreffende Rechtsmittel (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen).
Angefochten ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz, der das Verfahren abschliesst (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Eine Ausnahme von der Zulässigkeit der Beschwerde nach <ref-law> besteht nicht. Lit. e dieser Bestimmung, wonach Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal von der Beschwerdemöglichkeit ausgenommen sind, ist nur auf die obersten Vollziehungs- und Gerichtsbehörden anwendbar, denn nur bei diesen dürfen politische Gesichtspunkte in den Entscheid einfliessen (<ref-ruling> E. 1.3.2 mit Hinweis). Die Beschwerdegegner fallen nicht in diese Kategorie (vgl. Urteil 1B_49/2020 vom 16. Oktober 2020 E. 1.2).
1.2. In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen, wobei hier das strenge Rügeprinzip gilt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4). Die Begründung muss sodann in der Eingabe an das Bundesgericht selbst enthalten sein. Eine blosse Verweisung auf frühere Eingaben - wie die in der vorliegenden Beschwerde enthaltene Verweisung auf eine Eingabe des Beschwerdeführers vom 25. Februar 2021 - ist nicht ausreichend (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.3).
1.3. Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (lit. c). Das Rechtsschutzinteresse muss aktuell und praktisch sein (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Die beschwerdeführende Partei muss aus dem beantragten Verfahrensausgang einen praktischen Nutzen dergestalt ziehen, dass ihre tatsächliche oder rechtliche Situation beeinflusst werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 mit Hinweis; s. zum Ganzen: Urteil 1C_67/2020 vom 23. November 2020 E. 1.3).
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Möglichkeit, bei erfolgreicher Beschwerdeführung an der Strafuntersuchung teilzunehmen und Parteirechte auszuüben, ein praktischer Nutzen der genannten Art. Eine Person, die Strafanzeige erstattet, ist deshalb zur Beschwerde gegen einen Entscheid legitimiert, mit dem die Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung verweigert wird, soweit sie hinsichtlich der beanzeigten Straftaten als geschädigte Person im Sinne von <ref-law> gilt. Insoweit könnte sie sich bei einer Gutheissung der Beschwerde in der erwähnten Weise an der Strafuntersuchung beteiligen. Dies ist hingegen nicht der Fall, soweit ihr in Bezug auf eine beanzeigte Straftat die Stellung einer geschädigten Person fehlt (Art. 301 Abs. 2 und 3 StPO). Insoweit mangelt es ihr daher am Rechtsschutzinteresse nach Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG und ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (s. zum Ganzen: Urteile 1C_67/2020 vom 23. November 2020 E. 1.3; 1C_3/2017 vom 14. März 2017 E. 1.2.2 f.; 1C_270/2016 vom 16. Februar 2017 E. 1.2.1 ff.).
Als geschädigte Person gilt nach <ref-law> die Person, die durch die Straftat in ihren Rechten unmittelbar verletzt worden ist. Die zur Stellung eines Strafantrags berechtigte Person gilt in jedem Fall als geschädigte Person (<ref-law>). Unmittelbar verletzt ist, wer Träger des Rechtsguts ist, das durch die fragliche Strafbestimmung vor Verletzung oder Gefährdung geschützt oder zumindest mitgeschützt werden soll. Im Zusammenhang mit Strafnormen, die nicht primär Individualrechtsgüter schützen, gelten praxisgemäss nur diejenigen Personen als Geschädigte, die durch die darin umschriebenen Tatbestände in ihren mitgeschützten Rechtsgütern beeinträchtigt werden, sofern diese Beeinträchtigung unmittelbare Folge der tatbestandsmässigen Handlung ist. Werden durch Delikte, die (nur) öffentliche Rechtsgüter verletzen, private Interessen auch, aber bloss mittelbar beeinträchtigt, ist die betroffene Person nicht Geschädigte im Sinne von <ref-law> (s. zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 2.3; Urteil 1C_67/2020 vom 23. November 2020 E. 1.3; je mit Hinweisen).
1.4. Mit Blick auf das Dargelegte ist zu prüfen, ob der Beschwerdeführer hinsichtlich der angeblich von den Beschwerdegegnern begangenen Straftaten als geschädigte Person zu qualifizieren ist. Dabei ist einzig auf diejenigen Tatvorwürfe einzugehen, in Bezug auf welche eine hinreichende Beschwerdebegründung vorliegt (vgl. E. 1.2).
1.4.1. Der Straftatbestand des Amtsmissbrauchs (<ref-law>) schützt nebst öffentlichen Interessen sekundär auch das Interesse der Bürgerinnen und Bürger, nicht unkontrollierter sowie willkürlicher staatlicher Machtentfaltung ausgesetzt zu werden (<ref-ruling> E. 1b; Urteile 1C_661/2020 vom 15. April 2021 E. 4.1; 6B_214/2019 vom 15. Mai 2019 E. 4.7). Als geschädigt gelten dabei nur Personen, die durch die tatbestandsmässige Handlung unmittelbar beeinträchtigt worden sind (vgl. Urteile 6B_297/2018 vom 6. September 2018 E. 4.6.2; 1C_270/2016 vom 16. Februar 2017 E. 1.2.2; s. zum Ganzen: Urteil 1C_67/2020 vom 23. November 2020 E. 1.3.2).
Der Beschwerdeführer macht unter dem Titel Amtsmissbrauch insbesondere geltend, die Beschwerdegegner hätten die Strafuntersuchung gegen ihn trotz fehlender territorialer Anknüpfung, fehlenden Strafantrags und Wegfalls des Tatverdachts (weiter-) geführt. Insoweit ist er im Rahmen der Eintretensprüfung als geschädigte Person zu betrachten, richtete sich die Strafuntersuchung doch unmittelbar gegen ihn selbst.
1.4.2. Einen Amtsmissbrauch sieht der Beschwerdeführer zudem darin, dass die erwähnte Strafuntersuchung auch gegen E._ geführt worden sei. Er legt jedoch nicht dar und es ist nicht ersichtlich, inwiefern ihn die Strafuntersuchung unmittelbar beeinträchtigt haben soll, soweit sie E._ betraf. In diesem Punkt ist somit mangels Geschädigtenstellung bzw. fehlender Legitimation des Beschwerdeführers nicht auf das Rechtsmittel einzutreten.
1.4.3. Der Tatbestand der Verletzung des Amtsgeheimnisses (<ref-law>) schützt das Interesse der Allgemeinheit an der zur ungehinderten Erfüllung der staatlichen Aufgaben unabdingbaren Verschwiegenheit der Behördenmitglieder und Beamten. Der Tatbestand bezweckt damit in erster Linie die Wahrung öffentlicher Interessen und dient namentlich dem reibungslosen Funktionieren der Verwaltung sowie der Rechtspflege. Soweit das Amtsgeheimnis eine geheimhaltungsbedürftige Tatsache aus der Privatsphäre des Einzelnen betrifft, schützt <ref-law> auch dessen Geheimhaltungsinteresse (vgl. <ref-ruling> E. 5.1; Urteile 6B_825/2019 vom 6. Mai 2021 E. 5.2.1; 1C_51/2020 vom 19. Oktober 2020 E. 1.2.1; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer bringt vor, die Beschwerdegegnerin habe der Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde (KESB) Dielsdorf mitgeteilt, die finanziellen Mittel würden auf dem Konto der Kinder des Verstorbenen liegen. Seiner Auffassung nach ist dies aus einer Telefonnotiz der KESB vom 21. August 2019 ersichtlich. Die entsprechende Mitteilung sei mutmasslich im Einvernehmen mit dem Beschwerdegegner erfolgt und bilde eine Verletzung des Amtsgeheimnisses.
Die Beschwerdegegner haben die Information, wonach sich die finanziellen Mittel auf dem Konto der Kinder des Verstorbenen befänden, zwar im Rahmen der Strafuntersuchung gegen den Beschwerdeführer erlangt. Es handelt sich aber nicht um eine Information aus seiner Privatsphäre. <ref-law> schützt in diesem Kontext nicht ein Geheimhaltungsinteresse des Beschwerdeführers, sondern das Geheimhaltungsinteresse der Kinder des Verstorbenen als Geheimnisherren. Die Weitergabe der fraglichen Information an die KESB beeinträchtigte ihn nur (allenfalls) mittelbar. Soweit es um die Ermächtigung zur Verfolgung der erwähnten Verletzung des Amtsgeheimnisses (<ref-law>) geht, ist folglich mangels Legitimation ebenfalls nicht auf die Beschwerde einzutreten.
1.5. Der Beschwerdegegner macht geltend, es fehle an einer Prozessvoraussetzung, weil sich der Beschwerdeführer bislang trotz mehrfacher behördlicher Aufforderung geweigert habe, seinen Wohnsitz bekannt zu geben.
Gemäss <ref-law> haben die Parteien dem Bundesgericht "ihren Wohnsitz oder Sitz" anzugeben. Nach der Rechtsprechung ist der Begriff des Wohnsitzes im Sinne dieser Bestimmung in einem umfassenderen Sinne als der zivilrechtliche Wohnsitz nach <ref-law> zu verstehen. Die in <ref-law> statuierten Anforderungen müssen im Lichte des Zwecks der Zustellungsbestimmungen, die Rechtssicherheit und die Verfahrensökonomie zu gewährleisten, auch dann als eingehalten gelten, wenn die Parteien eine von ihrem Wohnsitz abweichende Zustelladresse angeben. Für eine solche Auslegung von <ref-law> spricht auch <ref-law>, der es den Parteien erlaubt, eine elektronische Zustelladresse anzugeben und ihr Einverständnis mit der elektronischen Eröffnung zu erklären (vgl. zum Ganzen sowie zu <ref-law>: <ref-ruling> E. 1.1).
Der Beschwerdeführer hat zwar offenkundig eine von seiner Wohnsitzadresse abweichende Zustelladresse angegeben. Mit Blick auf das hiervor Ausgeführte bildet dies aber kein Prozesshindernis.
1.6. Mit vorgenannten Einschränkungen (vgl. E. 1.2, 1.4.2 und 1.4.3) ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe Beweisanträge übergangen, welche er mit einer Eingabe vom 25. Februar 2021 gestellt habe. Insbesondere habe sie seinem Antrag nicht entsprochen, die Telefonnotiz der KESB vom 21. August 2019 beizuziehen. Sie habe diesen Antrag mit keinem Wort erwähnt. Damit habe sie sein rechtliches Gehör verletzt.
2.2. Es ist nicht erkennbar, inwiefern sich eine die erwähnte Telefonnotiz betreffende (allfällige) Gehörsverletzung auf die Teile des angefochtenen Entscheids auswirken könnte, welche im gegenwärtigen Verfahren materiell zu überprüfen sind.
Zwar sollen der Telefonnotiz Anhaltspunkte für die vom Beschwerdeführer behauptete Verletzung des Amtsgeheimnisses zu entnehmen sein. Hinsichtlich dieses Tatvorwurfes ist jedoch nicht auf das Rechtsmittel einzutreten (vgl. vorne E. 1.4.3). Folglich gibt es keinen Anlass, weiter auf die Frage einzugehen, ob im Zusammenhang mit der Telefonnotiz eine Gehörsverletzung vorliegt. Daran nichts zu ändern vermag der Umstand, dass die betroffene Person trotz fehlender Legitimation in der Sache die Verletzung von Parteirechten rügen kann, deren Missachtung einer formellen Rechtsverweigerung gleichkommt. Denn nach dieser sog. "Star"-Praxis unzulässig sind Vorbringen, die im Ergebnis wiederum auf eine materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielen, wie die Behauptung, die Begründung sei unvollständig oder zu wenig differenziert bzw. die Vorinstanz habe sich nicht oder in willkürlicher Weise mit den Argumenten der Partei auseinandergesetzt und Beweisanträge in offensichtlich unhaltbarer antizipierter Beweiswürdigung abgelehnt (vgl. <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 6.2; <ref-ruling> E. 3c [zum OG]). Bei der Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe den Beweisantrag betreffend die Telefonnotiz unter willkürlicher antizipierter Beweiswürdigung und in Verletzung der Begründungspflicht übergangen, handelt es sich um ein solches, auf die materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielendes Vorbringen. Damit ist es von vornherein nicht zu berücksichtigen, soweit vorliegend (wie ausgeführt) nicht auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten ist.
Inwiefern sein rechtliches Gehör im Zusammenhang mit den weiteren Beweisanträgen der Eingabe vom 25. Februar 2021 verletzt worden sein soll, legt der Beschwerdeführer nicht substanziiert dar.
3.
Als Verletzung des rechtlichen Gehörs macht der Beschwerdeführer auch geltend, die Vorinstanz sei nicht auf seine Vorbringen zum fehlenden Tatverdacht eingegangen. Er habe im vorinstanzlichen Verfahren erklärt, aus von der Staatsanwaltschaft bei der Bank J._ edierten Dokumenten und einer eidesstattlichen Erklärung von E._ vom 5. März 2020 ergebe sich, dass der Beschwerdegegner um das Fehlen eines für die Strafuntersuchung hinreichenden Anfangsverdachts gewusst habe oder habe wissen müssen.
3.1. Die Rechtsprechung leitet aus <ref-law> die Verpflichtung der Behörde ab, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich die betroffene Person über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 5.2).
3.2. Die Vorinstanz hielt im angefochtenen Entscheid fest, es sei nicht zu erkennen, in welcher Weise sich die Beschwerdegegner eines Amtsmissbrauchs schuldig gemacht haben könnten. Sie erklärte dazu, die Vorbringen des Beschwerdeführers seien, abgesehen vom nicht stichhaltigen Vorwurf der fehlenden örtlichen Zuständigkeit der Staatsanwaltschaft, nicht in nachvollziehbarer Weise begründet.
Mit diesen Erwägungen erwähnte die Vorinstanz zumindest kurz die Überlegungen, von welchen sie sich hat leiten lassen und auf welche sie ihren Entscheid stützt. Insbesondere hat sie damit jedenfalls implizit kundgetan, dass sie die Ausführungen des Beschwerdeführers zum (fehlenden) Tatverdacht der Staatsanwaltschaft für nicht massgebend bzw. nicht verständlich hält. Damit war es dem Beschwerdeführer möglich, den vorinstanzlichen Entscheid sachgerecht anzufechten. Den verfassungsrechtlichen Begründungsanforderungen wurde vor diesem Hintergrund Genüge getan (vgl. E. 3.1).
4.
4.1. Die Strafbehörden sind gemäss <ref-law> verpflichtet, im Rahmen ihrer Zuständigkeit ein Strafverfahren einzuleiten und durchzuführen, wenn ihnen Straftaten oder auf Straftaten hinweisende Verdachtsgründe bekannt werden. Gemäss <ref-law> können die Kantone vorsehen, dass die Strafverfolgung der Mitglieder ihrer Vollziehungs- und Gerichtsbehörden wegen im Amt begangener Verbrechen oder Vergehen von der Ermächtigung einer nicht richterlichen Behörde abhängt.
Nach Art. 17 Abs. 2 lit. b des Einführungsgesetzes des Kantons St. Gallen vom 3. August 2010 zur Schweizerischen Straf- und Jugendstrafprozessordnung (EG StPO; SGS 962.1) entscheidet die Anklagekammer (unter Vorbehalt einer vorliegend nicht einschlägigen Zuständigkeit des Kantonsrates) über die Ermächtigung zur Eröffnung des Strafverfahrens gegen Behördenmitglieder oder Mitarbeitende des Kantons und der Gemeinden wegen Verbrechen und Vergehen, welche deren Amtsführung betreffen.
4.2. Für die Erteilung der Ermächtigung bedarf es genügender minimaler Hinweise auf strafrechtliches Verhalten. Namentlich begründet nicht jeder behördliche Fehler eine Pflicht, die Ermächtigung zur Strafverfolgung zu erteilen. Mit anderen Worten muss ein strafrechtlich relevantes Verhalten in minimaler Weise glaubhaft erscheinen. Es müssen mithin genügende Anhaltspunkte für eine strafbare Handlung vorhanden sein (s. zum Ganzen: Urteile 1C_175/2021 vom 16. Juni 2021 E. 5.1; 1C_120/2020 vom 30. November 2020 E. 2.2; 1B_49/ 2020 vom 16. Oktober 2020 E. 3.2; je mit Hinweisen).
5.
Der Beschwerdeführer macht geltend, es bestünden für eine Ermächtigung zur Strafverfolgung genügende Hinweise auf einen Amtsmissbrauch. Die Beschwerdegegner hätten diesen Tatbestand erfüllt, indem sie die Untersuchung betreffend allfällige Vermögensdelikte im Zusammenhang mit dem Nachlass trotz fehlender örtlicher Zuständigkeit und trotz Fehlens eines Strafantrages durchgeführt hätten. Ein Amtsmissbrauch liege auch darin, dass sie das Verfahren trotz Wegfalls des Tatverdachts fortgesetzt hätten. Der Anfangsverdacht, E._ habe mittels Übertragung der Aktien der F._ AG sowie der G._ AG auf sich selbst die Kinder des Verstorbenen geschädigt, habe sich nämlich mit Blick auf die edierten Bankdokumente und die eidesstattliche Erklärung vom 5. März 2020 als unbegründet erwiesen.
Nach Auffassung der Vorinstanz bestehen hingegen keine Anhaltspunkte für einen Amtsmissbrauch. Insbesondere sei nicht ersichtlich, dass die Beschwerdegegner (bewusst) ein Strafverfahren u.a. gegen den Beschwerdeführer geführt hätten, ohne dafür örtlich zuständig zu sein.
5.1. Gemäss <ref-law> wird Amtsmissbrauch mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft. Die Amtsgewalt missbraucht, wer die Machtbefugnisse, die ihm sein Amt verleiht, unrechtmässig anwendet, das heisst kraft seines Amtes verfügt oder Zwang ausübt, wo dies nicht geschehen dürfte (<ref-ruling> E. 1a/aa mit Hinweisen; Urteil 1C_120/2020 vom 30. November 2020 E. 2.3). In subjektiver Hinsicht ist (Eventual-) Vorsatz erforderlich. Daran fehlt es etwa, wenn der Amtsträger im Glauben handelt, er übe seine Machtbefugnisse pflichtgemäss aus. Vorausgesetzt ist zudem die (Eventual-) Absicht, sich oder einem Dritten einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen oder einem anderen einen Nachteil zuzufügen (s. zum Ganzen: Urteil 1C_175/2021 vom 16. Juni 2021 E. 5.2.1 mit Hinweis).
5.2.
Nach <ref-law> sind für die Verfolgung und Beurteilung einer Straftat die Behörden des Orts zuständig, an welchem die Tat verübt worden ist.
Wie im angefochtenen Urteil verbindlich festgehalten wurde (vgl. <ref-law>), trug sich der im Strafverfahren gegen E._ und den Beschwerdeführer zur Diskussion stehende Sachverhalt in Gossau im Kanton St. Gallen zu. Dort wurde gemäss der Strafanzeige insbesondere die Falschbeurkundung erschlichen. Nach den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil, die nicht hinreichend substanziiert als willkürlich bestritten wurden (vgl. Art. 42 Abs. 2, Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3), ist davon auszugehen, dass in Gossau auch allfällige Tathandlungen der in Frage stehenden Vermögensdelikte ausgeführt worden sein könnten. Es lässt sich unter diesen Umständen nicht sagen, die Beschwerdegegner hätten (eventual-) vorsätzlich ihre Amtsgewalt missbraucht. Auch bestehen keine Anhaltspunkte, dass sie mit einer unzuständigerweise geführten Strafuntersuchung zumindest im Sinne einer Eventualabsicht sich selbst oder einem Dritten einen Vorteil verschaffen oder einem anderen einen Nachteil zufügen wollten. Schon mit Blick auf die erforderlichen subjektiven Tatbestandselemente erscheint folglich ein Amtsmissbrauch in Form der Führung einer Strafuntersuchung trotz fehlender Zuständigkeit nicht in minimaler Weise glaubhaft.
5.3. Ebenso zu verneinen sind minimale Hinweise auf einen Amtsmissbrauch durch Missachtung des Strafantragserfordernisses:
Bei Antragsdelikten bildet der Strafantrag eine Prozessvoraussetzung (<ref-ruling> E. 6.3.2). Das Erschleichen einer falschen Beurkundung (<ref-law>) ist aber ein Offizialdelikt. Was die zur Diskussion stehenden Vermögensdelikte betrifft, werden diese zwar, wenn sie zum Nachteil eines Angehörigen oder Familiengenossen begangen wurden, nur auf Antrag hin verfolgt (Veruntreuung [<ref-law>], Diebstahl [<ref-law>] und ungetreue Geschäftsbesorgung [<ref-law>]). Es handelt sich indessen um sog. relative Antragsdelikte, bei welchen aussenstehende Personen von Amtes wegen verfolgt werden (vgl. Urteil 6B_1117/2013 vom 6. Mai 2014 E. 8). Da der Beschwerdeführer kein Angehöriger bzw. Familiengenosse der Kinder des Verstorbenen ist, stellt das Antragserfordernis bei diesen Delikten die Rechtmässigkeit der gegen ihn geführten Strafuntersuchung nicht in Frage.
5.4. In den von der Staatsanwaltschaft beschafften Bankdokumenten sind die beiden Kinder des Verstorbenen im Zusammenhang mit Beziehungen der Bank J._ zur F._ AG und zur G._ AG als wirtschaftlich berechtigte Personen aufgeführt. Dies schliesst aber nicht aus, dass E._ zusammen mit dem Beschwerdeführer durch Vermögens- und Urkundendelikte versucht hat, sich Zugang zum Nachlass des Verstorbenen zu verschaffen. Eine solche Möglichkeit bestand auch deshalb, weil E._ und der Beschwerdeführer gemäss diesen Bankdokumenten über Zugriffsrechte betreffend die Konten der F._ AG und G._ AG verfügten. Folglich gab es für die Staatsanwaltschaft auch nach Erlangung der Unterlagen der Bank J._ Anlass, einem entsprechenden Verdacht nachzugehen.
Ob und inwieweit der Verdacht auf Vermögensdelikte - wie in der Vernehmlassung des Beschwerdegegners ausgeführt wird - auch durch die Modalitäten einer Wohnsitzverlegung der Familie des Verstorbenen nach Monaco gestützt wird, kann hier dahingestellt bleiben. Auch ist unter den gegebenen Umständen nicht relevant, ob die Familie den Wohnsitz entsprechend der Darstellung in der Eingabe des Beschwerdeführers vom 10. Dezember 2021 ins Ausland verlegt hat, weil eine Liquidation von Anteilen des Verstorbenen an der H._ AG durch die KESB drohte.
5.5. E._ hat am 5. März 2020 eidesstattlich erklärt, sie habe am 25. Juni 2018 im Rahmen eines fiduziarischen Rechtsgeschäfts alle Aktien ihrer Kinder an der F._ AG und der G._ AG treuhänderisch auf sich übertragen und die Urkundsperson (I._) darüber orientiert. Selbst wenn diese eidesstattliche Erklärung vorliegend mitzuberücksichtigen wäre, liesse sich daraus nicht ableiten, dass die Staatsanwaltschaft ohne Tatverdacht (resp. trotz weggefallenen Tatverdachts) ermittelt hat: Hinsichtlich der Frage, ob die von E._ am 5. März 2020 gemachten Angaben zutreffen, kommt der eidesstattlichen Erklärung keine verstärkte Beweiskraft im Sinne von <ref-law> zu (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.4 mit Hinweisen). Folglich handelt es sich bei diesen Angaben lediglich um eine nicht näher belegte Behauptung einer der beschuldigten Personen, welche den Tatverdacht nicht zu entkräften vermag.
5.6. Die Vorinstanz hat nach dem Gesagten in bundesrechtskonformer Weise genügende Anhaltspunkte für einen Amtsmissbrauch verneint. Dabei bleibt es auch unter Berücksichtigung der weiteren Ausführungen des Beschwerdeführers zum angeblich generell unethischen Verhalten des Beschwerdegegners, wonach der Beschwerdegegner generell unredlich sei und sich namentlich durch den Bezug von Einkünften als Verwaltungsratsmitglied einer Brauerei unethisch verhalten habe. Er legt nicht dar, weshalb der angefochtene Entscheid insoweit Bundesrecht verletzen sollte.
6.
6.1. Der Beschwerdeführer beruft sich im Übrigen auf einen Zirkulationsentscheid vom 15. Januar 2019, den die Vorinstanz auf ein Ermächtigungsbegehren vom 18. Dezember 2018 hin und (wegen Kollusionsgefahr) ohne vorgängige Durchführung eines Schriftenwechsels erliess. Mit diesem Entscheid ermächtigte die Vorinstanz die Staatsanwaltschaft insbesondere, I._ wegen Urkundenfälschung im Amt nach <ref-law> zu verfolgen. Nach Meinung des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz bei der Prüfung, ob die Staatsanwaltschaft zur Verfolgung von als Verbrechen oder Vergehen zu qualifizierenden, von I._ in Ausübung seines Amtes als öffentlicher Notar allenfalls begangenen Urkundendelikten zu ermächtigen ist, weniger strenge Massstäbe angelegt als beim vorliegend angefochtenen Entscheid. Damit seien das Gleichbehandlungsgebot (<ref-law>), der Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law>) sowie das Willkürverbot (<ref-law>) verletzt worden.
6.2. Dieses Vorbringen ist nicht stichhaltig. Denn den beiden Ermächtigungsverfahren liegen nicht miteinander vergleichbare Sachverhalte zugrunde, nämlich zum einen allfällige Delikte in Ausübung des Amtes des öffentlichen Notars und zum anderen allfällige Delikte, die im Rahmen der Strafverfolgung begangen worden sein sollen.
Selbst wenn die Vorinstanz den Anzeigern im Verfahren betreffend I._ durch eine gesetzwidrige Ermächtigung zur Strafverfolgung entgegengekommen wäre, liesse sich daraus nicht ableiten, dass unter Gleichbehandlungsgesichtspunkten Entsprechendes auch vorliegend geschehen müsste: Gestützt auf <ref-law> besteht praxisgemäss nur dann ein Anspruch, wie eine andere rechtsunterworfene Person gesetzwidrig begünstigt zu werden, wenn die Behörde nicht nur in einem oder in einigen Fällen, sondern in ständiger Praxis vom Gesetz abweicht und zu erkennen gibt, dass sie auch in Zukunft nicht gesetzeskonform entscheiden werde; dabei dürfen keine überwiegenden öffentlichen oder privaten Interessen es erforderlich machen, der richtigen Rechtsanwendung den Vorzug zu geben (Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht; <ref-ruling> E. 5.3.1; <ref-ruling> E. 7.1; Urteil 1C_1/2021 vom 30. Juli 2021 E. 5.3). Vorliegend fehlt es schon an einer ständigen gesetzwidrigen Praxis.
7.
Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (vgl. <ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Kantonales Untersuchungsamt, und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Januar 2022
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: Hahn