facts:
Faits :
A.
A.a. La société Parking Plaine de Plainpalais SA (ci-après: la société ou l'assujettie) a son siège à Genève. Inscrite au registre du commerce le 3 juillet 1968, elle a pour but, entre autres, l'étude, le financement, la construction et l'exploitation de parcs pour voitures pouvant comprendre des garages et des stations-services (extrait du Registre du commerce du canton de Genève du 6 juin 2017). Elle est immatriculée au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) depuis le 1 er janvier 1995.
A.b. Par convention des 22 et 30 juin 1978 (ci-après: la convention), la Ville de Genève a constitué, sur une parcelle lui appartenant, un droit de superficie en faveur de la société, permettant à celle-ci d'établir, maintenir et exploiter un parking souterrain.
Cette convention prévoit notamment, à son article 6, que "considérant l'intérêt public de l'ouvrage et les risques économiques encourus par la superficiaire" (cf. <ref-law>), la Ville de Genève renonce à percevoir une rente de superficie tant et aussi longtemps que les investissements de la superficiaire et des prêteurs ne sont pas rentés et amortis suivant certaines modalités. Le moment à partir duquel la rente devient exigible se détermine selon un calcul effectué sur la base des comptes de la bénéficiaire de la servitude. Il est prévu que si les dépenses dépassent les recettes brutes, le déficit est ajouté aux charges de l'exercice suivant. Dans le cas contraire, la différence positive est premièrement affectée au remboursement des emprunts, des dettes chirographaires et du capital social et aucune rente n'est perçue avant leur remboursement intégral. Selon la convention, le retour des constructions à l'expiration du droit de superficie s'opérera sans contrepartie. Initialement prévue pour 35 ans (jusqu'en 2013), la convention a été modifiée les 1 er février et 17 mars 1999 et le droit de superficie prolongé jusqu'en 2043 (cf. <ref-law>).
Au 2 mai 2017, aucune rente de superficie n'avait encore été perçue par la Ville de Genève.
B.
B.a. A la suite d'un contrôle effectué le 26 mai 2015 et portant sur les périodes fiscales allant du 1 er trimestre 2010 au 4 e trimestre 2013, l'Administration fédérale a constaté, entre autres, que l'assujettie n'avait pas opéré une réduction de la déduction de l'impôt préalable malgré la réception d'une subvention sous la forme d'un droit de superficie sans rente. Elle a estimé le montant du droit de superficie sur la base de la taxe professionnelle communale. Le 29 juin 2015, l'Administration fédérale a adressé à l'assujettie une notification d'estimation fixant les montants de la créance fiscale pour les années 2010 à 2013 à, respectivement, 212'398 fr., 155'392 fr., 200'446 fr. et 210'445 fr., et la correction de l'impôt en sa faveur à 120'233 fr. (<ref-law>).
Par courrier du 18 décembre 2015, l'assujettie a contesté le mode de détermination de la rente de superficie fondé sur la taxe professionnelle communale. Sur la base d'un autre mode de calcul de la rente, fondé sur un montant de 50 fr. par mètre carré avec un rendement de 5 % (de surface extérieure exploitée ou de surface totale utilisée), elle a proposé qu'un montant annuel fixe de 25'000 fr. soit retenu à titre de rente de superficie.
Le 2 mai 2016, l'Administration fédérale a communiqué à l'assujettie son intention de fixer le montant de la rente de superficie sur la base de la convention de superficie, sans tenir compte du déficit reporté. Par courrier du 26 mai 2016, l'assujettie a contesté cette méthode de calcul.
B.b. Par décision du 28 juin 2016, confirmée sur réclamation par décision du 2 mai 2017, l'Administration fédérale a fixé les créances fiscales pour les années 2010 à 2013 à, respectivement, 203'082 fr., 114'997 fr., 186'001 fr. et 198'943 fr. (<ref-law>) et la correction de l'impôt en sa faveur à 44'565 fr.
Contre la décision sur réclamation du 2 mai 2017, l'assujettie a formé un recours auprès du Tribunal administratif fédéral. Par arrêt du 30 janvier 2019, celui-ci a admis le recours, annulé la décision sur réclamation du 2 mai 2017 et renvoyé le dossier à l'Administration fédérale, " afin qu'elle se prononce sur la TVA éventuellement due sur le retour des constructions et quant au sort du montant déjà versé par la recourante". En substance, le Tribunal administratif fédéral a retenu que la renonciation par la Ville de Genève à percevoir une rente superficiaire pendant les années litigieuses n'était pas constitutive d'une subvention, car l'octroi gratuit du droit de superficie se trouvait dans un rapport d'échange avec le retour sans indemnité des constructions à l'échéance de la convention. Selon le Tribunal administratif fédéral, la reprise effectuée par l'Administration fédérale devait partant être annulée.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 30 janvier 2019 et de dire que les montants non encaissés à titre de rente superficiaire par la Ville de Genève constituent des subventions, ce qui entraîne une réduction de la déduction de l'impôt préalable auprès de l'intimée. Elle conclut en outre, principalement, à la confirmation de la valeur des subventions qu'elle a retenue et, subsidiairement, au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue sur cette valeur.
Le Tribunal administratif fédéral, qui se réfère intégralement à son arrêt, indique ne pas avoir d'observations à formuler. La société conclut, sous suite de frais et dépens, principalement à la confirmation de l'arrêt entrepris et, subsidiairement, à la confirmation qu'aucune subvention n'existe en sa faveur tant et aussi longtemps que le résultat d'exploitation annuel, calculé sur la base d'une lecture intégrale de la convention, est négatif.

considerations:
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt entrepris, qui concerne le domaine de la TVA, a été rendu par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) dans une cause de droit public (<ref-law>), qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>. Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public.
1.2.
1.2.1. Le recours au Tribunal fédéral est ouvert contre les décisions finales et partielles visées par les art. 90 et 91 LTF. Le recours est aussi recevable contre les décisions incidentes concernant la compétence et la récusation visées par l'<ref-law>. Contre d'autres décisions incidentes, un recours séparé n'est recevable qu'aux conditions restrictives prévues à l'<ref-law>.
Un arrêt de renvoi constitue en principe une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 148) contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92 et 93 LTF, à moins que l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'ait aucune marge de manoeuvre (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 148; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 143). En vertu de l'<ref-law>, les décisions incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b). Selon la jurisprudence, une autorité qui serait tenue, à la suite d'une décision de renvoi, de rendre une nouvelle décision qui, de son point de vue, serait contraire au droit, sans pouvoir par la suite la remettre en cause devant l'instance supérieure, est réputée subir un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 332; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 109).
1.2.2. En l'occurrence, l'arrêt entrepris est un arrêt de renvoi et donc une décision incidente dans la mesure où le Tribunal administratif fédéral a annulé la décision sur réclamation du 2 mai 2017 et renvoyé le dossier à l'Administration fédérale pour nouvelle décision, tout en lui laissant une marge de manoeuvre sur les montants dus.
D'après les instructions obligatoires du Tribunal administratif fédéral, l'Administration fédérale doit se prononcer sur la TVA éventuellement due sur le retour des constructions à la Ville de Genève - qui aura lieu à l'échéance de la convention en 2043 - et sur le sort du montant déjà versé par l'assujettie. Comme le relève la recourante, elle n'aura d'autre choix dans ce cadre que de considérer, comme le retient l'arrêt de renvoi, que le retour des constructions est dans un rapport d'échange avec le droit de superficie octroyé par la Ville de Genève. Elle devrait donc, à la suite de la décision de renvoi, rendre une nouvelle décision qui, de son point de vue, serait contraire au droit, sans pouvoir par la suite remettre en cause ce point devant l'instance supérieure, ce qui constitue, selon la jurisprudence, un préjudice irréparable ouvrant le recours immédiat au Tribunal fédéral.
1.3. Au surplus, le recours a été formé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>), par l'Administration fédérale, qui a la qualité pour recourir (<ref-law>) en vertu de l'art. 141 de l'ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RS 641.201; arrêt 2C_153/2013 du 16 août 2013 consid. 1.3, non publié in <ref-ruling>). Il est donc recevable et il convient d'entrer en matière.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Aux termes de cet alinéa, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, à savoir exposé de manière claire et détaillée (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41).
2.2. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), hormis dans les cas prévus à l'<ref-law>. Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 377).
2.3. En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). L'exclusion des faits et moyens de preuve nouveaux est la règle. Le Tribunal fédéral est juge du droit et non du fait. Cette règle connaît une exception lorsque c'est la décision de l'autorité précédente qui, pour la première fois, a rendu pertinents ces faits ou moyens de preuve (<ref-ruling> consid. 3.1.2 p. 123).
2.3.1. La recourante produit pour la première fois devant le Tribunal fédéral des exemples de conventions octroyant à des tiers des droits de superficie en lien avec des parkings, afin de démontrer que, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal administratif fédéral, l'octroi gratuit du droit de superficie n'est pas dans un rapport d'échange avec le retour gratuit des constructions à l'expiration de ce droit. Elle fait valoir que ces pièces sont recevables, car ce serait l'argumentation du Tribunal administratif fédéral qui aurait rendu leur production pertinente.
2.3.2. Ainsi qu'il sera vu ci-après (cf. infra consid. 3), la recourante ne peut être suivie lorsqu'elle prétend qu'il était inattendu que le Tribunal administratif fédéral discute de la qualification de la renonciation à la rente de superficie en tant que subvention. Il est partant erroné de soutenir que c'est l'arrêt entrepris qui rend pour la première fois pertinente la production de pièces en lien avec cette question. En conséquence, les pièces produites par la recourante ne tombent pas sous le coup de l'exception envisagée à l'<ref-law> in fineet ne peuvent pas être prises en compte.
3.
Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante estime qu'elle ne pouvait pas s'attendre à ce que le Tribunal administratif fédéral nie l'existence d'une subvention, car elle-même avait toujours considéré que la renonciation par la Ville de Genève à prélever une rente superficiaire était une subvention et l'assujettie n'avait jamais remis en cause cette qualification. En ne lui donnant pas l'occasion de se prononcer sur cette question avant de rendre son arrêt, le Tribunal administratif fédéral aurait violé son droit d'être entendue.
3.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour toute partie de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 170 s.; <ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 52 ss; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités). Le droit d'être entendu se rapporte surtout à la constatation des faits. Le droit des parties d'être interpellées sur des questions juridiques n'est reconnu que de manière restreinte (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 171). L'autorité n'a en principe pas à soumettre par avance aux parties, pour prise de position, le raisonnement qu'elle entend tenir (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 171; arrêt 2C_654/2018 du 20 février 2019 consid. 4.2). Cependant, lorsqu'elle envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, le droit d'être entendu implique de donner aux intéressés la possibilité de se déterminer à ce sujet (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 171; <ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 26; <ref-ruling> consid. 5 p. 39 s.; <ref-ruling> consid. 5b/bb p. 278).
3.2. En l'occurrence, il est vrai que, dans un premier temps, le litige a porté sur la manière de calculer le montant de la rente du droit de superficie, l'assujettie ne contestant pas que la renonciation par la Ville de Genève à percevoir une rente de superficie constituait une subvention. Cela étant, et comme le relève l'intimée, il résulte du dossier que celle-ci a fait valoir, dans un second temps, que la Ville de Genève n'avait pas renoncé à une rente de superficie, mais seulement accepté d'en différer le paiement, et a ainsi contesté la qualification de subvention retenue par l'Administration fédérale. Celle-ci a d'ailleurs expressément relevé, dans sa décision du 28 juin 2016 figurant au dossier, que l'assujettie "mettait en cause l'existence de la subven-tion". La recourante est partant malvenue de prétendre avoir été prise au dépourvu par l'analyse du Tribunal administratif fédéral. On peut en outre relever que la qualification de la renonciation à une rente de superficie en tant que subvention était la prémisse nécessaire à la manière de calculer la rente, qui est au centre du désaccord entre les parties. Ce n'est en effet que dans la mesure où l'absence de rente de superficie constitue bel et bien une subvention que l'assujettie est tenue de réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion de celle-ci (cf. art. 33 al. 2 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 [Loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20]). Dès lors qu'il s'agit de la condition préalable de l'examen du montant de la réduction à opérer sur la déduction de l'impôt préalable, il n'était dans tous les cas pas surprenant que le Tribunal administratif fédéral s'assure que la renonciation à une rente constituait une subvention. Pour le surplus, son analyse s'est fondée sur la convention de superficie, dont l'intégralité figurait au dossier depuis le début de la procédure, ce qui n'est pas contesté. Le Tribunal administratif fédéral n'avait donc pas à interpeller la recourante pour qu'elle prenne position sur ce texte.
3.3. Toujours sous l'angle du droit d'être entendu, la recourante reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir retenu que la TVA sur le retour des constructions ne faisait pas l'objet du litige, sans la consulter et après avoir pourtant conclu à l'existence d'un échange de prestations entre l'octroi gratuit du droit de superficie et le retour gratuit des constructions à l'échéance de la convention. Elle dénonce un défaut de motivation, le Tribunal administratif fédéral n'ayant fourni aucune explication à ce sujet.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 183).
En l'espèce, le raisonnement du Tribunal administratif fédéral est suffisant pour qu'on le comprenne; la recourante parvient d'ailleurs à le critiquer en détail, ce qui montre qu'elle en a saisi la substance. Que ce raisonnement ne l'ait pas convaincue, comme elle l'explique dans son recours, relève d'une question de fond et non du droit d'être entendu.
3.4. Sur le vu de ce qui précède, le grief tiré de la violation du droit d'être entendu est rejeté.
4.
Sur le fond, le litige porte sur la question de savoir si c'est à raison que le Tribunal administratif fédéral a retenu que la renonciation par la Ville de Genève à percevoir une rente de superficie pendant les périodes litigieuses ne constituait pas une subvention et que, partant, l'intimée n'avait pas à réduire en proportion la déduction de l'impôt préalable.
Avant d'examiner les arguments des parties (consid. 7 et 8), il convient de rappeler les principes applicables du point de vue de la LTVA (consid. 5), mais aussi de présenter brièvement le régime du droit de superficie (consid. 6).
5.
5.1. Sont soumises à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse les prestations fournies sur le territoire suisse par des assujettis moyennant une contre-prestation; ces prestations sont imposables pour autant que la LTVA ne l'exclue pas (<ref-law>). La prestation est le fait d'accorder à un tiers un avantage économique consommable dans l'attente d'une contre-prestation; constitue également une prestation celle qui est fournie en vertu de la loi ou sur réquisition d'une autorité (art. 3 let. c LTVA). La prestation peut aussi bien constituer en des livraisons de biens qu'en des prestations de services (art. 3 let. d et e LTVA).
Pour qu'une prestation soit soumise à l'impôt, un échange de prestations est ainsi nécessaire. Il faut qu'un rapport existe entre la prestation et la contre-prestation, c'est-à-dire que la prestation engendre la contre-prestation (arrêts 2C_312/2017 du 8 mars 2018 consid. 4.3, in RDAF 2018 II 231; 2C_307/2016 du 8 décembre 2016 consid. 5.2, in Archives 85 500 [rés.]; cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 241; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 356 s.). La pratique exige un "rapport économique étroit" (" innere wirtschaftliche Verknüpfung "; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 187). Celui-ci se caractérise par l'existence de prestations de valeurs économiques égales (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 187; <ref-ruling> consid. 2.5.1 p. 160), la loi et la jurisprudence n'exigeant cependant pas une équivalence absolue (cf. arrêt 2C_576/2013 du 20 décembre 2013 consid. 2.2.1, in RDAF 2014 II 375). Les rapports concrets entre les personnes concernées sont déterminants pour l'appréciation (arrêts 2C_312/2017 du 8 mars 2018 consid. 4.3; 2C_576/2013 du 20 décembre 2013 consid. 2.2.1 et les références citées).
5.2. L'<ref-law> exclut que "les subventions et autres contributions de droit public" puissent constituer une contre-prestation au sens exigé par la LTVA. L'assujetti qui reçoit de tels fonds doit réduire le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion (<ref-law>).
5.3. Lorsque l'Etat verse une contribution en vue d'encourager et soutenir un certain comportement qui correspond à l'intérêt public, celle-ci constitue une subvention et il n'y a dès lors pas de place pour une imposition sous l'angle de la TVA (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 189; <ref-ruling> consid. 2.5.5 p. 162; arrêts 2C_196/2012 du 10 décembre 2012 consid. 2.5; 2C_105/2008 du 25 juin 2008 consid. 3.2, in Archives 78 587; 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.1, in Archives 78 174; 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 2.3, in RDAF 2004 II 92). En revanche, lorsque l'Etat acquiert une prestation concrète et individualisée pour accomplir une tâche lui incombant, on est en présence d'un échange de prestations soumis à la TVA (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 189). Il est vrai que, même dans le cas d'une subvention, il est attendu du bénéficiaire de celle-ci une sorte de "contrepartie", à savoir qu'il se comporte d'une manière conforme au but d'intérêt public en vue duquel la subvention a été octroyée (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 189; <ref-ruling> consid. 6c p. 453). Abstraction faite de cette "obligation de comportement" du bénéficiaire de la subvention, celle-ci a toutefois lieu sans contre-prestation au sens de la TVA. Le bénéficiaire n'a pas à fournir pour la subvention une prestation de valeur économique équivalente en faveur de la collectivité qui l'octroie (cf. ATF <ref-ruling> consid. 6c p. 453; arrêts 2C_312/2017 du 8 mars 2018 consid. 4.4; 2C_647/2007 du 7 mai 2008 consid. 3.1; 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 2.3; 2A.233/1997 du 25 août 2000 consid. 6, in RDAF 2003 II 256). Comme il n'y a pas de lien économique étroit entre une subvention et une contre-prestation, il ne peut pas être question d'un échange de prestations (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 189; cf. arrêt 2C_312/2017 du 8 mars 2018 consid. 4.4 et les références citées).
5.4. La notion de subvention est en premier lieu un concept économique (ATF <ref-ruling> consid. 6c p. 453), qui, sous l'angle de la TVA, doit être examiné in concretoet indépendamment de sa dénomination (cf. arrêt 2C_312/2017 du 8 mars 2018 consid. 6.2). La jurisprudence admet qu'une subvention ou une autre contribution des pouvoirs publics puisse être accordée par compensation, dans le sens où la collectivité qui l'octroie renonce entièrement ou partiellement à une prestation que le bénéficiaire lui doit (arrêt 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 3).
6.
6.1. Le droit de superficie est la servitude en vertu de laquelle une personne a la faculté d'avoir ou de faire des constructions, soit sur le fonds grevé, soit au-dessous (<ref-law>). Il donne ainsi le moyen de dissocier la propriété du fonds de la propriété des constructions qui s'y trouvent au moment de la constitution ou qui sont édifiées par la suite: en dérogation au principe de l'accession énoncé à l'<ref-law>, ces constructions sont la propriété du titulaire du droit de superficie, conformément à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 315 s.). Même s'il peut être octroyé gratuitement, le droit de superficie est généralement accordé moyennant une contre-prestation, qui représente la rente du sol (cf. PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, Tome III, 4e éd. 2012, n. 2545 et 2545a, p. 126-127; MARYSE PRADERVAND-KERNEN, La valeur du droit de superficie, in Bénédict Foëx [éd.], Droit de superficie et leasing immobilier, Genève 2011, p. 25 ss, p. 36; cf. arrêt 2C_874/2010 du 12 octobre 2011 consid. 5.3, in StE 2012 B 73.11 1). D'un point de vue économique, la rente superficiaire constitue la rétribution pour l'usage de longue durée de l'immeuble (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 331; arrêt 5A_251/2010 du 19 novembre 2010 consid. 4.1). Pour sa part, le superficiaire perçoit, pendant la durée du droit, les éventuels revenus des bâtiments et des installations qu'il a construits (arrêt 2C_874/2010 du 12 octobre 2011 consid. 5.3).
6.2. A l'extinction du droit de superficie (généralement au terme prévu par les parties, cf. <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 321), le principe de l'accession s'applique à nouveau et les constructions font retour au propriétaire du fonds (<ref-law>). Pour cet avantage, le propriétaire du fonds doit en principe verser une indemnité équitable en vertu de l'<ref-law>. Le but de cette indemnité est de tenir compte de l'avantage patrimonial que les constructions représentent pour le propriétaire du fonds (PAUL-HENRI STEINAUER, op. cit., n. 2561 p. 132). Le terme "équitable" n'exclut pas une indemnité pleine et entière, mais signifie que toutes les circonstances du cas doivent être prises en compte (PAUL-HENRI STEINAUER, op. cit., n. 2561 p. 132). L'indemnité se détermine en fonction de la valeur de la construction à l'expiration du droit (PAUL-HENRI STEINAUER, Fin et prolongation du droit de superficie, in Guillaume/Pradervand-Kernen [éd.], Le droit de superficie, Bâle; Neuchâtel 2016, p. 121 ss, p. 127). Les parties peuvent prévoir de supprimer toute indemnité pour le retour des constructions au propriétaire. Dans ce cas, le superficiaire, pour ne pas subir de perte, doit amortir ses constructions avant l'expiration du droit (PAUL-HENRI STEINAUER, op. cit., n. 2562 p. 133; MARYSE PRADERVAND-KERNEN, op. cit., p. 4 5).
7.
7.1. Dans son arrêt, le Tribunal administratif fédéral a retenu que tant que la rente de superficie n'était pas due, l'assujettie se trouvait dans la même situation que si la Ville de Genève lui versait le montant de la rente au titre de subvention. Il a toutefois souligné qu'il résultait de la convention de superficie que la société avait renoncé à percevoir une indemnité lorsqu'elle rendrait les constructions à l'échéance du droit de superficie, contrairement à ce que prévoit l'<ref-law>. Pour le Tribunal administratif fédéral, l'absence de rente de superficie tant que les investissements de l'intimée n'étaient pas amortis et rentés découlait de l'appauvrissement que celle-ci allait subir à l'échéance du droit de superficie, à savoir le retour gratuit des constructions à la Ville de Genève. L'absence de rente ne serait ainsi que la compensation de l'absence d'indemnité à l'échéance du droit de superficie. L'octroi du droit de superficie et le retour des constructions à l'échéance de la convention se trouveraient ainsi dans un rapport d'échange, de sorte que l'Administration fédérale aurait à tort retenu l'existence d'une subvention.
7.2. La recourante s'oppose à la conclusion du Tribunal administratif fédéral en relevant que les prestations, à savoir d'une part l'octroi gratuit d'un droit de superficie et d'autre part le retour des constructions sans indemnité ne sont pas dans un rapport d'échange. La gratuité de chacune de ces prestations telle qu'elle est prévue dans la convention ne serait pas dans un rapport de connexité. Selon la recourante, la gratuité du droit de superficie s'expliquerait par la poursuite d'un but d'intérêt général et la gratuité du retour des constructions par l'amortissement complet desdites constructions. Il s'agirait ainsi de prestations indépendantes l'une de l'autre. Faute de se trouver en lien économique étroit avec le retour des constructions à l'expiration du droit de superficie, la renonciation par la Ville de Genève au prélèvement d'une rente superficiaire constituerait une subvention.
8.
8.1. La jurisprudence a déjà été amenée à se prononcer sur la portée, du point de vue de la TVA, de l'octroi, par une collectivité publique, d'un droit de superficie sans versement en contrepartie d'une rente superficiaire (arrêt 2C_174/2010 du 15 juillet 2010, in RF 66 2011 78). Dans cette affaire, la Ville de Saint-Gall avait octroyé à la société assujettie OLMA Messen SA, dont le but consiste en particulier dans l'organisation de "l'OLMA", salon suisse de l'agriculture et de l'alimentation, un droit de superficie sur le site de l'exposition. Ce droit avait été accordé à titre gratuit, avec l'objectif de renforcer la place économique de Saint-Gall. Le Tribunal fédéral a souligné que l'octroi d'un droit de superficie sans rente superficiaire constituait, pour le bénéficiaire, un avantage appréciable en argent. Comme cet avantage avait, en l'espèce, été accordé d'une part sans contreprestation économique équivalente et d'autre part dans le but de soutenir une activité d'intérêt public, la prestation devait être qualifiée de subvention (consid. 2.4). Le Tribunal fédéral a aussi relevé à cette occasion qu'en règle générale l'octroi d'un droit de superficie est rémunéré périodiquement et non par le biais d'une indemnisation unique, de sorte que, en principe, la prestation appréciable en argent à qualifier de subvention consiste dans la renonciation à une rente superficiaire annuelle (consid. 2.5).
8.2. Dans ses directives, l'Administration fédérale retient également que l'octroi par une collectivité publique de droits de superficie sans rente ou avec rente réduite constitue une subvention (Administration fédérale des contributions, Info TVA 05, Subventions et dons, version janvier 2010, point 1.2).
8.3. En l'espèce, il n'est pas contesté que la Ville de Genève n'a pas perçu de rente superficiaire depuis la conclusion de la convention et durant les périodes sous examen, car, selon les calculs prévus dans la convention, cette rente n'est pas encore exigible. La Ville de Genève a donc fourni un avantage appréciable en argent à l'intimée, consistant en la renonciation à une rente tant et aussi longtemps que les investis-
sements de la superficiaire et de ses prêteurs ne sont pas rentés et amortis. Selon l'art. 6 de la convention, la Ville de Genève a par ailleurs renoncé à cette rente pour des motifs d'intérêt public.
8.4. Sur le vu de la jurisprudence et des éléments de fait susmentionnés, il convient de se demander si le raisonnement du Tribunal administratif fédéral, qui exclut en l'occurrence une subvention en mettant en corrélation l'absence de rente superficiaire avec la renonciation de l'intimée à une indemnité lors du retour des constructions à l'échéance de la convention, est admissible sous l'angle de la LTVA.
Le raisonnement du Tribunal administratif fédéral place dans un rapport d'échange la renonciation à la rente de superficie et la renonciation à l'indemnité au moment du retour des constructions, alors qu'en principe la rente de superficie rétribue l'usage du sol et l'indemnité "équitable" la valeur des constructions (cf. supra consid. 6). La rente de superficie et l'indemnité au retour des constructions sont donc des éléments juridiquement indépendants l'un de l'autre. Ce point n'est cependant à lui seul pas décisif, dès lors qu'il faut tenir compte sur le plan de la TVA, ainsi que l'a relevé le Tribunal administratif fédéral, de la réalité économique (cf. supra consid. 5.4).
De ce point de vue, pour qu'un rapport d'échange de prestations soit admis, il faudrait que la rente de superficie et l'indemnité équitable pour les constructions (ou le prix de la "location du sol" et le prix des constructions) soient dans un rapport économique étroit, ce qui suppose que les prestations aient une valeur économique équivalente (cf. supra consid. 5.1). Or, sur ce point, l'arrêt du Tribunal administratif fédéral est muet; il ne contient aucune information, ni sur la valeur des constructions, ni sur le montant de la rente de superficie auquel la Ville de Genève a renoncé. Certes, il paraît complexe d'évaluer ces montants dès lors que l'indemnité pour les constructions se détermine en principe en fonction de la valeur des constructions à l'échéance du droit de superficie (cf. supra consid. 6.2) et que la manière de calculer le montant de la rente annuelle liée à l'usage du sol à laquelle a renoncé la Ville de Genève était précisément l'objet du litige devant l'Administration fédérale. Ces éléments sont toutefois déterminants et il ne saurait être conclu à un échange de prestations en leur absence.
Sur la base des faits constatés (<ref-law>), un rapport d'échange peut en revanche être nié. En effet, la convention de superficie a initialement été conclue jusqu'en 2013. Or, les 1 er février et 17 mars 1999, le droit de superficie a été prolongé jusqu'en 2043, sans que les conditions liées à l'absence de rente de superficie jusqu'à l'amortissement des constructions et à l'absence d'indemnité au retour des constructions n'aient été modifiées. Une fois les constructions amorties et rentées, l'intimée devra verser une rente superficiaire et l'absence d'indemnité pour le retour des constructions n'est pas affectée par cette règle de la convention. Il faut par ailleurs souligner que la convention prévoit l'amortissement complet des constructions. Comme le relève la recourante, celles-ci n'auront donc plus de valeur résiduelle à l'échéance du droit de superficie. Cette valeur résiduelle nulle explique la gratuité du retour. Ces éléments démontrent l'absence de valeur économique équivalente des deux prestations. Le mécanisme prévu par la convention se comprend à la lumière du but d'intérêt public poursuivi: la Ville de Genève est prête à renoncer à une rente, car elle a un intérêt dans la construction d'un parking souterrain par l'intimée. Une fois ce but atteint, il n'y a plus de raison de soutenir l'intimée. Pour sa part, celle-ci aura l'occasion d'amortir les constructions et d'en percevoir les revenus pendant la durée du droit de superficie. Elle ne subit donc pas de perte en lien avec l'absence d'indemnisation au terme du droit de superficie.
8.5. En définitive, on ne voit pas que l'absence de rente superficiaire puisse compenser économiquement l'absence d'indemnisation pour le retour des constructions à l'échéance de la convention. Le Tribunal administratif fédéral ne pouvait partant pas retenir qu'il y avait un échange de prestations. En l'absence de contreprestation directe de la part de l'assujettie, il n'y a en l'occurrence pas de raison de s'écarter de la qualification de subvention applicable lorsqu'une collectivité publique renonce à une rente de superficie pour des motifs d'intérêt public.
9.
Par conséquent, comme l'a retenu la recourante dans sa décision du 2 mai 2017, l'assujettie doit réduire, pour les années sous examen, le montant de la déduction de l'impôt préalable en proportion de la subvention perçue (cf. <ref-law>). La manière de calculer le montant annuel correspondant à cette subvention est disputée entre les parties et l'arrêt entrepris ne contient pas les faits pertinents. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'établir les faits (cf. supra consid. 2.2), ni de statuer en tant qu'autorité de première instance sur cette question. La cause doit partant être renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il se prononce sur ce point.
10.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 30 janvier 2019 est annulé. La cause sera renvoyée à cette autorité pour nouvel examen dans le sens des considérants.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais seront mis à la charge de l'intimée, qui succombe (<ref-law>). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 30 janvier 2019 est annulé.
2.
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue dans le sens des considérants.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
4.
Le présent arrêt est communiqué à l'Administration fédérale des contributions, au mandataire de l'intimée et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 29 août 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber


facts:
Faits :
A.
Le 4 août 2017, A._SA et B._ SA, titulaires de la marque X._, sous le nom de laquelle elles écoulent, en Suisse et à l'étranger, notamment en Iran, un produit cosmétique, ont déposé plainte pénale contre C._. Celui-ci, propriétaire d'une clinique dermatologique à Y._, avait propagé, depuis le début de l'année 2017, des informations selon lesquelles la crème susmentionnée ne disposerait pas d'autorisation en Suisse. En particulier, le 7 mai 2017, il avait "publié [...] une dépêche" dans l'un des plus importants groupes multimédias du Moyen-Orient, touchant 573 dermatologues, à teneur de laquelle leur produit n'avait passé aucun des tests médicaux nécessaires et n'existait pas en dehors de trois pharmacies du canton de Genève. La publication de ce texte fallacieux leur avait créé de sérieuses difficultés commerciales en Iran, notamment, et avait même eu des effets catastrophiques sur leurs affaires au Moyen-Orient.
Le 2 juillet 2018, le Ministère public du canton de Genève a rendu une ordonnance pénale déclarant C._ coupable de diffamation et de concurrence déloyale. A la suite de l'opposition du prénommé, le ministère public a rendu une nouvelle décision condamnant, d'une part, C._ pour concurrence déloyale au détriment de A._SA et de B._ SA (ordonnance pénale) et, d'autre part, classant les atteintes à l'honneur dont se plaignaient les sociétés ainsi que leur animateur (ordonnance de classement partiel). Les frais de la procédure préliminaire, par 1'055 fr. 50, ont été mis à la charge de C._, à raison d'un tiers pour sa condamnation et de deux tiers pour le classement, dans la mesure où il avait fautivement provoqué l'ouverture des poursuites abandonnées.
C._ a derechef formé opposition. Le ministère public a maintenu sa décision et transmis la cause au Tribunal de police de la République et canton de Genève.
B.
Le 16 juillet 2020, le Tribunal de police a rendu une ordonnance de classement. Dans cette décision, il a retenu que C._ avait agi depuis la France et que ses actes et leur résultat avaient eu lieu à l'étranger. La compétence des autorités de poursuite pénale suisses faisait défaut, de sorte qu'un jugement ne pouvait être rendu. Le comportement de C._ s'avérait fautif car son dénigrement avait porté atteinte à la personnalité de A._SA et de B._ SA. Par conséquent, C._, qui n'avait pas attaqué l'ordonnance de classement partiel rendue par le ministère public mettant à sa charge deux tiers des frais de l'instruction préliminaire, supporterait le tiers restant, ainsi que les frais du tribunal.
C.
Par arrêt du 17 novembre 2020, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a admis le recours formé par C._ et annulé l'ordonnance de classement en tant qu'elle mettait à sa charge des frais de justice à hauteur de 1'229 fr. 85 et rejetait ses prétentions en indemnisation. Elle a alloué à C._ les montants de 20'000 fr. TTC pour ses frais de défense en procédure préliminaire, de 1'597 fr.15 TTC pour ses frais de traduction et de 4'292 fr. pour ses frais de défense en instance de recours, à la charge de A._SA et B._ SA. Elle a également condamné A._SA et B._ SA aux frais de la procédure préliminaire, arrêtés à 1'229 fr. 85, et aux frais de la procédure de recours, arrêtés à 2'000 francs.
D.
A._SA et B._ SA forment un recours en matière pénale contre l'arrêt de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du 17 novembre 2020. Elles concluent principalement, avec suite de dépens, à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens qu'aucune indemnité n'est allouée à C._ pour ses frais de défense en procédure préliminaire et pour ses frais de traduction et que les frais de la procédure préliminaire à hauteur de 1'229 fr. 85 ne sont pas mis à leur charge. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice pour nouvelle décision.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Les recourantes reprochent à la cour cantonale d'avoir refusé de mettre les frais de la procédure préliminaire à la charge de l'intimé en application de l'<ref-law>.
1.1. En tant que parties plaignantes, les recourantes ont un intérêt juridiquement protégé en ce qui concerne cette question (<ref-law>). En effet, la décision sur les frais préjuge de la question de l'indemnisation (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 272; <ref-ruling> consid. 1.8.2 p. 211). Si les frais sont mis à la charge du prévenu en vertu de l'<ref-law>, il en résulte alors également une prétention de la partie plaignante à l'encontre du prévenu en vue d'une juste indemnisation des dépenses obligatoires occasionnées par la procédure (art. 433 al. 1 lit. b CPP; arrêts 6B_582/2020 du 17 décembre 2020 consid. 1.4 destiné à la publication; 6B_1258/2018 du 24 janvier 2019 consid. 3.3).
1.2. Conformément à l'<ref-law>, lorsque la procédure fait l'objet d'une ordonnance de classement ou que le prévenu est acquitté, tout ou partie des frais de procédure peuvent être mis à sa charge s'il a, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure ou rendu plus difficile la conduite de celle-ci. La condamnation d'un prévenu acquitté à supporter tout ou partie des frais doit respecter la présomption d'innocence, consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH. Celle-ci interdit de rendre une décision défavorable au prévenu libéré en laissant entendre que ce dernier serait néanmoins coupable des infractions qui lui étaient reprochées. Une condamnation aux frais n'est ainsi admissible que si le prévenu a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte. Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'<ref-law>. Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement. Une condamnation aux frais ne peut se justifier que si, en raison du comportement illicite du prévenu, l'autorité était légitimement en droit d'ouvrir une enquête. Elle est en tout cas exclue lorsque l'autorité est intervenue par excès de zèle, ensuite d'une mauvaise analyse de la situation ou par précipitation. La mise des frais à la charge du prévenu en cas d'acquittement ou de classement de la procédure doit en effet rester l'exception (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 204 s. et les références citées). Le juge ne peut fonder sa décision que sur des faits incontestés ou déjà clairement établis (<ref-ruling> consid. 2a; arrêt 6B_1462/2020 du 4 février 2021 consid. 2).
1.3. La cour cantonale a considéré que l'<ref-law> ne trouvait pas application en l'espèce. En premier lieu, elle a retenu que dans la mesure où la compétence des autorités de poursuite pénale suisses n'était pas donnée à raison des faits décrits dans l'ordonnance pénale, qui tenait lieu d'acte d'accusation (<ref-law>), ces mêmes autorités ne pouvaient imputer à l'intimé la violation d'une norme quelconque de l'ordre juridique suisse.
En second lieu, la cour cantonale a jugé que les assertions de l'intimé à l'endroit des recourantes n'avaient rien de dénigrant, au sens d'un acte civilement répréhensible selon la LCD, l'<ref-law> ou l'<ref-law>. Elle a constaté que le produit des recourantes n'avait pas été enregistré en Suisse comme un médicament, mais comme un produit cosmétique; en d'autres termes, elle n'avait pas à recevoir d'autorisation médicale. En prétendant que cette crème n'était disponible que dans trois pharmacies à Y._, ce qui n'était pas contesté, l'intimé n'avait pas remis en doute les qualités du produit, mais, tout au plus, en avait fait ressortir la diffusion commerciale dans le canton. Par ailleurs, à teneur des traductions du message de l'intimé fournies par les recourantes, l'intimé enjoignait tout au plus à ses destinataires iraniens de "bloquer [la diffusion et la vente de la X._] par des moyens légaux", respectivement s'apprêtait lui-même à "contacter les autorités de santé pour essayer de l'interdire par la voie légale. Je vous invite à prendre les mêmes mesures en Iran." En ces termes, l'intimé n'avait pas incité à un refus collectif de s'approvisionner, qui serait caractéristique d'un boycottage.
1.4. Le défaut de compétence des autorités de poursuite pénale suisses à raison des faits dénoncés ne signifie pas encore que celles-ci ne peuvent examiner, en rapport avec l'application de l'<ref-law>, si lesdits faits seraient constitutifs d'une violation d'une norme de l'ordre juridique suisse. D'ailleurs, la cour cantonale n'a pas manqué d'examiner, dans la seconde partie de sa motivation, dans quelle mesure le comportement de l'intimé pouvait contrevenir au droit suisse, avant de conclure que tel n'était pas le cas. Sous cet angle, les recourantes font valoir qu'à teneur de l'ordonnance pénale, le ministère public a considéré que l'intimé avait tenu des propos objectivement propres à dénigrer leur marchandise dans la mesure où il avait affirmé, devant des professionnels de la santé, que le produit n'avait subi aucune phase de contrôle médical et qu'il n'était pas en vente en Suisse, hormis dans trois pharmacies. Selon la procureure en charge de la procédure, le fait d'inciter des professionnels de la santé à boycotter le produit, même à l'étranger, revenait à le dénigrer.
En tant que les recourantes se limitent ainsi à se reporter à l'appréciation juridique du ministère public,elles ne démontrent aucunement en quoi la motivation de la cour cantonale serait contraire au droit fédéral.
Pour le reste, il y a lieu de considérer ce qui suit.
1.5. Au nombre des droits de la personnalité dont peuvent se prévaloir les personnes juridiques figurent notamment le sentiment de l'honneur, la protection de la sphère privée ou secrète, le droit à la considération sociale et le droit au libre développement économique, qui est assuré actuellement dans une large mesure par la LCD (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 344). Le dénigrement illicite, au sens de l'<ref-law>, constitue une forme particulière d'atteinte à la personnalité. Par rapport à la protection de la personnalité du Code civil (<ref-law>), l'<ref-law> est à la fois plus limitatif - en tant qu'il vise le bon fonctionnement de la concurrence et ne sanctionne par conséquent pas nécessairement toute forme d'atteinte à la personnalité - et plus large - en tant qu'il ne protège pas seulement du dénigrement de la personne d'un concurrent, mais également de ses prestations - (Nicolas Kuonen, Commentaire romand, Loi contre la concurrence déloyale, 2017, n° 5 ad art. 3).
Aux termes de l'<ref-law>, agit de façon déloyale celui qui dénigre autrui, ses marchandises, ses oeuvres, ses prestations, ses prix ou ses affaires par des allégations inexactes, fallacieuses ou inutilement blessantes. Dénigrer signifie s'efforcer de noircir, de faire mépriser (quelqu'un ou quelque chose) en disant du mal, en attaquant, en niant les qualités. Un propos est dénigrant lorsqu'il rend méprisable le concurrent, ses marchandises, etc. Tout propos négatif ne suffit pas; il doit revêtir un certain caractère de gravité. Une allégation n'est pas déjà illicite au sens de l'<ref-law> du seul fait qu'elle dénigre un concurrent; il faut encore qu'elle soit inexacte - c'est-à-dire contraire à la réalité -, ou bien fallacieuse - soit exacte en elle-même, mais susceptible, par la manière dont elle est présentée ou en raison de l'ensemble des circonstances, d'éveiller chez le destinataire une impression fausse -, ou encore inutilement blessante - à savoir qu'elle donne du concurrent, respectivement de ses prestations au sens large, une image négative, outrancière, que la lutte économique ne saurait justifier - (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 76; arrêt 5A_585/2010 du 15 juin 2011 consid. 4.1).
Le boycott consiste à éviter de manière organisée un commerçant ou un employé dans le but de le contraindre à faire ou à s'abstenir de faire une chose particulière, ou de le discipliner pour avoir fait ou s'être abstenu de faire cette chose (<ref-ruling> consid. 2 p. 371). Les pratiques de boycott sont illicites lorsqu'elles ne se justifient par aucun intérêt légitime et prépondérant et ne poursuivent d'autres buts que d'éliminer un concurrent du marché ou de détruire sa viabilité économique. Une exhortation au boycott peut déjà, selon les circonstances, constituer un comportement contraire aux <ref-law>, 28 CC et 41 CO (cf. Peter Jung, Bundesgesetz gegen den unlauteren Wettbewerb, 2016, n° 85 ad <ref-law>; Lorenza Ferrari Hofer, in UWG Kommentar, 2018, n° 89 ad <ref-law>; Pascal Pichonnaz, in Commentaire romand, Loi contre la concurrence déloyale, 2017, n° 111 ad <ref-law>).
Sur la base des faits constatés, qui lient le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>), il appert que les assertions de l'intimé n'étaient ni inexactes, ni fallacieuses, ni même encore inutilement blessantes, puisqu'il est admis que la crème commercialisée par les recourantes n'était pas autorisée en Suisse comme médicament et était effectivement vendue dans trois pharmacies du canton de Genève. Partant, c'est à raison que la cour cantonale a considéré qu'elles ne tombaient pas sous le coup de l'<ref-law>. Par ailleurs, les faits établis dans la décision attaquée ne permettent pas de retenir qu'en enjoignant les destinataires de son message à prendre des mesures pour bloquer, par des moyens légaux, la diffusion du produit sur leur territoire, l'intimé les exhortait à boycotter la marchandise des recourantes sans intérêt légitime et prépondérant, mais dans le seul objectif de les évincer du marché. Ainsi, une violation de l'<ref-law> ne pouvait davantage être imputée à l'intimé.
Compte tenu de ce qui précède, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en refusant de mettre les frais de la procédure à la charge de l'intimé en l'absence d'un comportement fautif de sa part. Le grief soulevé par les recourantes est rejeté.
2.
Les recourantes contestent que les frais de la procédure liées à leur plainte puissent être mis à leur charge selon l'<ref-law>. Elles se plaignent également de leur condamnation au versement d'une indemnité au prévenu en vertu de l'<ref-law>. Elles ont, sur ces points, qualité pour recourir au Tribunal fédéral sur la base de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 250).
2.1. Aux termes de l'<ref-law>, en cas d'infractions poursuivies sur plainte, les frais de procédure (de première instance) peuvent être mis à la charge de la partie plaignante ou du plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou rendu celle-ci plus difficile, lorsque la procédure est classée ou le prévenu acquitté (let. a) et lorsque le prévenu n'est pas astreint au paiement des frais conformément à l'<ref-law> (let. b).
La règle de l'<ref-law> revêt un caractère dispositif; le juge peut donc s'en écarter si la situation le justifie. La loi est muette sur les motifs pour lesquels les frais sont ou non mis à la charge de la partie plaignante. Le juge doit statuer selon les règles du droit et de l'équité (<ref-law>; arrêt 6B_369/2018 du 7 février 2019 consid. 2.1 non publié in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4.2.4 p. 254). A cet égard, il dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral ne substitue qu'avec retenue sa propre appréciation à celle de la juridiction cantonale. Il n'intervient que si la décision s'écarte sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence, repose sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou encore ne tient pas compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération. En outre, il redresse un résultat manifestement injuste ou une iniquité choquante (arrêt 6B_369/2018 précité consid 2.1 et les références citées).
Conformément à l'<ref-law>, lorsque le prévenu obtient gain de cause sur la question de sa culpabilité et que l'infraction est poursuivie sur plainte, la partie plaignante ou le plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou a rendu celle-ci plus difficile peut être tenu d'indemniser le prévenu pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure.
Dans le cas d'infractions poursuivies sur plainte, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait agi de manière téméraire ou par négligence grave pour être tenue d'indemniser le prévenu qui obtient gain de cause. L'obligation d'indemnisation de la partie plaignante (ayant participé activement à la procédure) est de nature dispositive. En cas de classement de la procédure ou d'acquittement, l'indemnisation du prévenu est à la charge de l'Etat lorsqu'il s'agit d'une infraction poursuivie d'office mais, en cas d'infraction poursuivie sur plainte, elle est (en principe) à la charge de la partie plaignante (arrêt 6B_582/2020 du 17 décembre 2020 consid. 4.2.3-4.2.6 destiné à la publication; cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 252). Lorsque la partie plaignante ou le plaignant supporte les frais en application de l'<ref-law>, une éventuelle indemnité allouée au prévenu peut en principe être mise à la charge de la partie plaignante ou du plaignant en vertu de l'<ref-law> (arrêt 6B_369/2018 précité consid 2.1 et les références citées).
2.2. En l'espèce, les recourantes affirment avoir cherché, par le dépôt d'une plainte pénale, à défendre leurs droits face à une personne ayant sciemment agi dans le seul but de nuire, les déclarations de l'intimé sur leur produit ne poursuivant aucun but louable ou légitime. Dans la mesure où elles s'écartent ainsi des faits retenus par la cour cantonale, sans démontrer que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou auraient été arbitrairement omis, leur argumentation est appellatoire, partant irrecevable (cf. art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF).
2.3. Les recourantes soutiennent par ailleurs que la question de la compétence des autorités pénales suisses n'était pas identifiable au début de la procédure puisque l'intimé était présent et actif à Y._. Or c'est en raison de cette problématique que leur plainte a finalement été classée.
Selon ce qui précède (cf. consid. 1 supra), les recourantes n'ont pas démontré en quoi le comportement de l'intimé aurait enfreint une quelconque norme de l'ordre juridique suisse. Il est sans importance, dans ce cas, qu'elles n'aient pas été en mesure de prévoir le défaut de compétence des autorités de poursuite pénales suisses pour instruire les faits dénoncés. Partant, les recourantes n'établissent pas en quoi la cour cantonale aurait abusé du large pouvoir d'appréciation qui lui est reconnu dans ce contexte en faisant application des art. 427 al. 2 et 432 al. 2 CPP. Elles échouent en tout état à mettre en exergue un résultat manifestement injuste ou une iniquité choquante qui commanderait l'intervention du Tribunal fédéral. Le moyen tiré d'une prétendue violation des art. 427 al. 2 et 432 al. 2 CPP s'avère par conséquent mal fondé.
3.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les recourantes, qui succombent, supportent les frais judiciaires (<ref-law>). L'intimé, qui n'a pas été invité à se déterminer, ne saurait prétendre à des dépens.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 7 avril 2021
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge Présidant : Denys
La Greffière : Musy

canton: CH

region: Federation


facts:
Faits :
A.
A.a. A la suite d'une dénonciation de B._ datée du 19 décembre 2012, A._ a fait l'objet depuis le 17 juillet 2013 d'une instruction pénale menée par l'Office central du Ministère public du canton du Valais. L'enquête a porté en particulier sur des infractions qui auraient été commises dans le cadre de la gestion de la société C._ SA.
Par acte d'accusation du 22 juillet 2019, le Ministère public a engagé l'accusation à l'encontre de A._ devant le Tribunal du district de Sion pour les infractions de gestion déloyale (<ref-law>), de faux dans les titres (<ref-law>) et d'inobservation des prescriptions légales sur la comptabilité (<ref-law>).
A.b. Par acte du 2 août 2019 adressé au Tribunal du district de Sion, A._ s'est prévalu de violations de l'<ref-law> par le Ministère public dans le contexte de sa mise en accusation, dès lors en particulier que cette autorité ne l'avait pas avisé de la prochaine clôture de l'instruction, ni informé au sujet de l'admission à la procédure d'une nouvelle partie plaignante et de la dénonciation d'une des protagonistes de l'affaire auprès des autorités pénales d'un autre canton. Il a fait valoir que, pour ces motifs, "l'acte d'accusation du 22 juillet 2019 ne [pouvait] être que nul, éventuellement annulé et le dossier renvoyé au Ministère public pour qu'il lui accorde un droit d'être entendu suffisant avant la clôture formelle de l'instruction".
Par décision du 16 septembre 2019, la juge suppléante auprès du Tribunal du district de Sion, en la personne de Patrizia Métrailler, a signifié à A._ que l'examen effectué dans le cadre de l'<ref-law> ne justifiait pas de renvoyer l'accusation au Ministère public pour qu'il la complète ou la corrige. Le même jour, elle lui a imparti un délai échéant le 8 octobre 2019 pour présenter et motiver ses réquisitions de preuve conformément à l'<ref-law>.
A.c. Le 7 octobre 2019, A._ a demandé à la magistrate précitée que l'acte du 2 août 2019 soit "transmis sans délai au Tribunal cantonal pour valoir recours contre les actes du Ministère public".
Le 8 octobre 2019, la juge suppléante a informé A._ qu'elle n'entendait pas donner suite à sa demande de transmission.
A.d. Le même jour, A._ a sollicité une prolongation de 20 jours du délai pour présenter ses réquisitions de preuve.
Par courrier du 15 octobre 2019 adressé aux parties, la juge suppléante a accordé à A._ une prolongation de 5 jours du délai imparti le 16 septembre 2019, faute de motivation suffisante pour une prolongation de plus longue durée. La magistrate a par ailleurs annoncé avoir demandé un extrait de casier judiciaire actualisé concernant le prévenu ainsi que l'édition d'un dossier connexe, qui s'était soldé par un classement. Elle a enfin informé les parties, en prévision des débats et en application de l'<ref-law>, que le Tribunal se réservait la possibilité d'examiner également la qualification d'obtention frauduleuse d'une constatation fausse (<ref-law>) éventuellement en concours avec celle de faux dans les titres (<ref-law>).
B.
Le 19 octobre 2019, A._ a demandé à la juge suppléante Patrizia Métrailler sa récusation. Il a fait valoir que la teneur de ses écrits des 16 septembre 2019, 8 octobre 2019 et 15 octobre 2019 dénotait une prévention à son encontre, excluant toute possibilité de procès équitable.
Le 21 octobre 2019, la juge suppléante, qui s'est opposée à la demande de récusation, a transmis cette dernière à la Chambre pénale du Tribunal cantonal valaisan comme objet de sa compétence.
Par ordonnance du 23 décembre 2019, la Chambre pénale a rejeté la demande de récusation, dans la mesure de sa recevabilité.
C.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'ordonnance du 23 décembre 2019. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que la juge suppléante Patrizia Métrailler est récusée. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'ordonnance du 23 décembre 2019 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Invitée à se déterminer, la cour cantonale a indiqué qu'elle n'avait pas d'observations à formuler sur le recours, ni sur la requête d'effet suspensif. Patrizia Métrailler a indiqué pour sa part qu'elle n'avait pas d'observations à formuler sur le recours et qu'elle se rapportait à justice s'agissant de la requête d'effet suspensif.
D.
Par ordonnance du 24 février 2020, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat pénal peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale. Le recourant, auteur de la demande de récusation, a qualité pour recourir (<ref-law>). Pour le surplus, le recours a été interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions prises sont recevables (<ref-law>). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
Invoquant une violation de l'art. 56 let. f CPP, le recourant fait valoir que les actes qui lui ont été adressés par la magistrate intimée les 16 septembre 2019, 8 octobre 2019 et 15 octobre 2019 consacrent, pris dans leur ensemble, l'existence d'une prévention à son égard, ainsi qu'à celui de son conseil.
2.1. Un magistrat est récusable, selon l'art. 56 let. f CPP, "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes. Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du magistrat est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 74).
Des décisions ou des actes de procédure qui se révèlent par la suite erronés ne fondent pas en soi une apparence objective de prévention; seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées, constitutives de violations graves des devoirs du magistrat, peuvent fonder une suspicion de partialité, pour autant que les circonstances dénotent que le juge est prévenu ou justifient à tout le moins objectivement l'apparence de prévention. En effet, la fonction judiciaire oblige à se déterminer rapidement sur des éléments souvent contestés et délicats. Il appartient en outre aux juridictions de recours normalement compétentes de constater et de redresser les erreurs éventuellement commises dans ce cadre. La procédure de récusation n'a donc pas pour objet de permettre aux parties de contester la manière dont est menée l'instruction et de remettre en cause les différentes décisions incidentes prises notamment par la direction de la procédure (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 74 s.).
2.2. Il est observé que la cour cantonale a procédé à un examen détaillé du contenu des écritures mises en cause par le recourant (cf. ordonnance entreprise, p. 7 s).
Elle a ainsi relevé, s'agissant de la décision du 16 septembre 2019, que la magistrate intimée ne s'était aucunement méprise en concluant, à l'issue de l'examen sommaire prescrit par la loi (cf. <ref-law>), qu'il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure afin de compléter l'acte d'accusation, ce qui constituait l'objet central de la vérification qu'elle était tenue d'opérer en vertu de la disposition précitée. De surcroît, aux termes de l'ordonnance que l'autorité précédente avait également rendue le 23 décembre 2019, l'intimée n'avait pas commis de déni de justice en refusant de faire suivre à l'autorité de recours l'acte du 2 août 2019 par lequel le recourant se plaignait de l'acte d'accusation. En tant que l'intimée était revenue sur d'autres points que le seul examen de la conformité de l'acte d'accusation au sens de l'<ref-law>, tels que la question du for ou celle d'une éventuelle jonction de cause, c'était à titre superfétatoire, par souci de clarifier globalement la situation litigieuse entourant l'acte d'accusation, dont le renvoi était requis, et non pour se substituer à l'autorité de recours. En tout état de cause, les griefs du recourant en lien avec la décision du 16 septembre 2019 portaient sur des questions de procédure susceptibles d'être déférées devant des juridictions de recours normalement compétentes pour constater et redresser les erreurs éventuellement commises.
Quant au courrier du 8 octobre 2019, il ne comportait que la simple énonciation de la confirmation de la décision du 16 septembre 2019. Enfin, dans son courrier du 15 octobre 2019, la magistrate intimée avait expliqué de manière plausible et référencée pour quelle raison elle n'avait accordé qu'une prolongation de délai de 5 jours. Il n'y avait non plus rien d'exorbitant ni d'inhabituel d'avoir fait référence à l'<ref-law> pour se réserver une appréciation juridique différente de celle du Ministère public, alors même qu'elle serait fondée sur un fait contesté, voire inexact, comme le soutenait le recourant. Quant à l'édition d'un dossier connexe clos par un classement, celle-ci répondait de façon crédible à un souci de commodité formelle, les actes principaux de ce dossier figurant déjà au dossier de la cause, mais classés de manière éparse.
2.3. A l'instar de la cour cantonale, on ne distingue pas, dans les trois écritures précitées, d'éléments propres à retenir que la magistrate intimée pourrait, par des erreurs qui auraient été commises, avoir contrevenu de manière lourde et répétée à ses devoirs de magistrat, ni a fortiori que leur teneur dénoterait, ainsi que le soutient le recourant, une "hostilité à son égard". En outre, en tant que le recourant prétend que ces écritures consacrent des violations de règles de procédure, telles que notamment celles de son droit d'être entendu (art. 6 CEDH et 29 al. 2 et 32 al. 2 Cst.), de la maxime d'accusation (<ref-law>) et de diverses dispositions du CPP concernant la procédure de première instance (<ref-law>), on ne voit pas qu'il serait empêché, le cas échéant, de remettre en cause les actes de procédure de l'intimée dans le cadre des voies de droit ordinairement prévues par la loi.
La Chambre pénale pouvait par conséquent, sans violer le droit fédéral, rejeter la requête de récusation.
3.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'intimée et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Juge unique de la Chambre pénale.
Lausanne, le 9 mars 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Tinguely


facts:
Faits :
A.
Le 19 avril 2016, A._ SA a, par l'intermédiaire de B._ et C._ - directeur, respectivement administrateur délégué de cette société -, déposé plainte pénale contre inconnu. Les prénommés ont en substance indiqué que D._, comptable de la société, avait, après une longue période d'absence pour cause de maladie, été remplacée par E._, le 16 novembre 2015. Les tâches reprises par cette dernière consistaient notamment à gérer les différentes caisses se trouvant dans le coffre-fort situé dans le bureau fermé de la comptable et dans lequel étaient conservées les liquidités liées au mandat de gestion des caisses du parking de F._. Seules deux personnes avaient auparavant accès au coffre-fort, soit D._ et B._. Le 1er décembre 2015, E._ avait "effectué une prise de caisse" qui avait révélé une différence de près de 25'000 fr. entre le solde comptable et le montant dans le coffre. Par la suite, la prénommée avait "passé" toutes les écritures en souffrance depuis le départ de D._ et avait identifié un écart de près de 60'000 francs. Les erreurs ou justifications avaient été recherchées en vain. D._ avait été contactée à ce sujet et avait indiqué que, pour elle, tout était "en ordre". Un courrier sollicitant une rencontre était par la suite resté sans réponse. Selon A._ SA, lors des révisions annuelles des comptes par la fiduciaire, aucune prise de caisse "afin de valider les montants en caisse vs les montants en comptabilité" n'avait jamais été effectuée, D._ se contentant de déclarer au réviseur que "tout était ok".
B.
Par ordonnance du 20 juin 2017, le Ministère public de la République et canton de Genève a refusé d'entrer en matière sur cette plainte.
C.
Par arrêt du 17 novembre 2017, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par A._ SA contre cette ordonnance.
D.
A._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, en concluant, avec suite de dépens, à sa réforme en ce sens que le ministère public doit ouvrir une instruction pour abus de confiance et doit par ailleurs procéder à l'administration des diverses preuves requises.

considerations:
Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4). En vertu de l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. art. 119 al. 2 let. b CPP), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. art. 320 al. 3 CPP). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
1.2. En l'espèce, la recourante a pris part à la procédure de dernière instance cantonale. Elle prétend avoir été victime d'un abus de confiance, qui lui aurait causé un dommage de près de 60'000 fr. - correspondant au total des liquidités qui lui auraient été soustraites -, dont elle entend obtenir réparation auprès de l'auteur de l'infraction. Ces éléments permettent de reconnaître que la recourante dispose d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de l'arrêt attaqué. Elle a donc qualité pour recourir.
2.
La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir violé son droit d'être entendue.
2.1. Le droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 222; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299).
Tel que garanti par les art. 3 al. 2 let. c CPP et 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend, par ailleurs, le droit pour les parties de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10; arrêt 6B_688/2014 du 22 décembre 2017 consid. 6.1.1). Concrétisant les garanties relatives à un procès équitable et aux droits de la défense (art. 32 al. 2 Cst. et 6 par. 3 CEDH), l'accès au dossier est en outre garanti, en procédure pénale, de manière générale par les art. 101 al. 1 et 107 al. 1 let. a CPP (arrêts 6B_723/2014 du 24 novembre 2014 consid. 1.1; 1B_445/2012 du 8 novembre 2012 consid. 3.2).
Avant de rendre une ordonnance de non-entrée en matière, le ministère public n'a pas à prévenir les parties ni à leur donner la possibilité d'exercer leur droit d'être entendu, lequel sera assuré, le cas échéant, dans le cadre de la procédure de recours (arrêts 6B_892/2014 du 17 février 2015 consid. 2.1; 6B_43/2013 du 11 avril 2013 consid. 2.1 et les références citées).
2.2. La recourante se plaint tout d'abord de ne pas avoir été tenue informée du déroulement de la procédure jusqu'à la décision de non-entrée en matière du 20 juin 2017. Une telle manière de faire, de la part du ministère public, n'a cependant nullement violé le droit d'être entendue de la recourante (cf. consid. 2.1 supra).
2.3. La recourante se plaint ensuite de ne jamais avoir pu consulter le dossier de la cause. Elle précise, à cet égard, avoir sollicité, dans son recours contre l'ordonnance de non-entrée en matière, la possibilité de consulter le dossier et de compléter ensuite ses conclusions.
La cour cantonale a, sur ce point, considéré que cette conclusion était irrecevable dès lors que, à teneur de l'art. 89 CPP, les délais fixés par la loi, soit notamment les délais de recours, ne pouvaient être prolongés.
Ce raisonnement de l'autorité précédente ne prête pas le flanc à la critique. Le principe de la bonne foi commande que le justiciable qui requiert la consultation d'un dossier le dernier jour du délai de recours puisse se voir opposer qu'il ne peut pas compléter son écriture. Une demande de consultation ne doit en effet pas permettre de contourner un délai légal et la partie doit s'organiser afin que la consultation intervienne en temps utile (cf. arrêt 6B_93/2014 du 21 août 2014 consid. 3.5). En l'espèce, on comprend du mémoire de recours que la recourante a adressé son recours à la cour cantonale le dernier jour du délai. L'intéressée ne prétend pas qu'une demande aurait été antérieurement formulée afin de consulter le dossier. Elle ne soutient pas davantage avoir été empêchée de consulter celui-ci avant le terme du délai de recours, mais laisse entendre n'avoir consulté un avocat que "quelques jours avant l'échéance du délai", ce qui n'a aucune pertinence. Ainsi, contrairement à ce qu'affirme la recourante, cette dernière n'a nullement été privée de son droit d'accès au dossier, mais a négligé d'en prendre connaissance en temps utile.
Compte tenu de ce qui précède, la question - soulevée par la recourante - de savoir qui, du ministère public ou de la cour cantonale, aurait été compétent pour statuer sur l'accès au dossier durant le délai de recours, peut être laissée ouverte.
En définitive, la cour cantonale n'a pas violé le droit d'être entendue de la recourante. Le grief doit être rejeté.
3.
La recourante reproche par ailleurs à l'autorité précédente d'avoir violé son droit à la preuve et la maxime de l'instruction (art. 6 CPP) en refusant d'ordonner l'administration de diverses preuves.
3.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 51). Selon l'art. 389 al. 1 CPP, la procédure de recours se fonde sur les preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance. L'art. 389 al. 3 CPP règle les preuves complémentaires. Ainsi, la juridiction de recours peut administrer, d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours. Selon l'art. 139 al. 2 CPP, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés. Le législateur a ainsi consacré le droit des autorités pénales de procéder à une appréciation anticipée des preuves. Le magistrat peut renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236).
La maxime de l'instruction oblige les autorités pénales à rechercher d'office tous les faits pertinents (cf. art. 6 CPP). Elle n'oblige toutefois pas le juge à administrer d'office de nouvelles preuves lorsqu'il a déjà pu former son opinion sur la base du dossier et parvient à la conclusion que les preuves en question ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (cf. arrêts 6B_739/2017 du 9 février 2018 consid. 1.2; 6B_481/2013 du 13 mars 2014 consid. 1.4).
3.2. La cour cantonale a exposé que le coffre-fort dans lequel se trouvaient les liquidités provenant des différentes caisses pour lesquelles la recourante avait un mandat de gestion était accessible à D._, comptable, ainsi qu'au directeur de la société. Les allégations de ce dernier, selon lesquelles il n'aurait pas su, avant le 12 novembre 2015, comment ouvrir le coffre-fort, paraissaient peu plausibles, puisqu'il était établi que la prénommée avait été absente durant de longues périodes, en 2013 puis 2014, de sorte que, au cours de celles-ci, soit le directeur avait accès audit coffre pour y déposer des liquidités, soit les enveloppes contenant les valeurs de l'automate du parking, ainsi que les recettes des autres caisses, restaient en sa possession. Le responsable de la caisse du parking, G._, avait déclaré qu'en l'absence de D._, il allait chercher chez le directeur la clé du bureau de celle-ci et y plaçait, dans une armoire, les enveloppes contenant les valeurs. Ainsi, d'une façon ou d'une autre, D._ n'avait pas, seule, accès aux liquidités provenant des diverses caisses dont la recourante assurait la gestion. Les explications fournies par la prénommée, s'agissant tant de la remise des enveloppes contenant la recette de l'automate du parking que du processus de remise des recettes des autres caisses étaient compatibles avec les déclarations de G._. Il ressortait de leurs explications que des problèmes avaient surgi dans la comptabilisation des autres caisses, en particulier par le départ ou l'absence de certaines personnes, et que des mesures n'avaient pas été prises, ou l'avaient été avec du retard. Par ailleurs, aucune prise de caisse n'avait jamais été effectuée pour vérifier l'adéquation du contenu du coffre-fort avec les comptes, de sorte qu'il était difficile d'établir à quel moment des différences étaient apparues, cela même avec l'aide des fichiers Excel établis par D._ lors des transferts des liquidités à la banque, puisque rien ne permettait d'établir que le solde indiqué était celui du coffre et non seulement d'une partie de celui-ci. La prénommée avait par ailleurs été confrontée à une surcharge de travail, durant plus de deux ans, ce qui l'avait empêchée d'effectuer les vérifications nécessaires. Elle avait, de plus, été absente durant de longues périodes, durant lesquelles elle avait partiellement été aidée par un service comptable. Dans ce contexte, il apparaissait que les écarts constatés par la recourante à la fin 2015 ou au début 2016 pouvaient s'expliquer par une succession d'erreurs non volontaires, qui auraient pu commencer bien avant 2015, par l'intervention d'autres personnes durant les absences de D._, voire par une absence de suivi dans la comptabilité au cours de ces périodes. Enfin, rien, dans la situation financière de la prénommée, ne permettait de soupçonner que des détournements avaient eu lieu, à son profit ou à celui de l'un de ses proches.
Selon la cour cantonale, les auditions requises par la recourante n'apporteraient aucun élément probant. Ses organes avaient produit l'analyse des écarts de caisse. Même s'ils venaient contester la désorganisation de la société, cela n'établirait pas encore l'existence de détournements, commis volontairement par D._ ou un autre employé. Des précisions sur l'organisation de la société n'amèneraient rien de plus, G._ ayant déjà confirmé les déclarations de la prénommée s'agissant des relevés de caisses, seule information pertinente en l'occurrence. La nouvelle comptable n'ayant pas été présente durant la période concernée, son témoignage était dépourvu de valeur probante. Ses constatations n'apporteraient rien de plus à ce qui figurait déjà dans l'analyse des écarts de caisse produite et, à ce stade, l'ampleur du préjudice était peu pertinente. L'audition du représentant de la fiduciaire, qui avait effectué les constats en compagnie de la nouvelle comptable, n'était pas davantage utile. On ne voyait pas ce que l'organe de révision - hormis confirmer qu'il n'avait pas procédé, quelle qu'en fût la raison, à la vérification du contenu du coffre-fort et que D._ affirmait que tout était "en ordre" - pourrait déclarer. Par ailleurs, la recourante avait requis une vérification "par le biais de l'informatique", respectivement une audition des responsables de la société, afin de répondre aux allégations de D._ concernant des dysfonctionnements du système informatique comptable. Or, selon la cour cantonale, non seulement la vérification requise était imprécise, mais le contexte et l'absence d'un processus de vérification rigoureux et systématique des remises des caisses étaient à même d'engendrer des erreurs, voire, en cas de malversations, de rendre impossible l'identification de leur auteur, puisque trois personnes avaient eu accès aux liquidités. Pour l'autorité précédente, il apparaissait ainsi disproportionné de procéder à des perquisitions bancaires sur les comptes de trois collaborateurs - soit D._, G._ et le directeur - sans que des soupçons concrets ne vinssent, au préalable, justifier une telle mesure. En outre, s'agissant de supposés détournements d'argent liquide, rien ne laissait supposer que des valeurs eussent été versées sur un compte bancaire. Enfin, le fait que D._ eût contracté un prêt, en 2012, portant sur environ 137'000 fr. pour financer le rachat d'une part d'un bien immobilier au Portugal ne constituait pas, à lui seul, un indice pointant la commission d'une infraction pénale, non plus que le fait d'avoir requis, en 2015, une avance de salaire de 2'000 francs. Ainsi, les mesures d'instruction requises n'étaient pas propres à étayer une prévention pénale.
3.3. La recourante soutient que la cour cantonale aurait arbitrairement refusé d'auditionner B._ et C._, lesquels auraient été à même de contester la désorganisation de la société évoquée par D._. Elle prétend par ailleurs que E._ et H._, qui avaient constaté les détournements subis et procédé à des recherches y relatives, auraient pu fournir des renseignements sur l'ampleur du préjudice. La recourante conteste ensuite l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle l'organe de révision n'avait jamais "procédé à un comptage physique du coffre-fort". Elle ne prétend pas que tel aurait été le cas, mais indique qu'à défaut de preuve du contraire, il convenait de l'auditionner.
La recourante ne démontre aucunement en quoi l'appréciation anticipée de ces preuves serait arbitraire. En effet, l'autorité précédente a constaté que s'il existait une différence entre les liquidités trouvées dans le coffre-fort lors de l'arrivée de la comptable E._ et la comptabilité de la société, aucun comptage physique de l'argent n'avait jamais été réalisé auparavant. Il était dès lors impossible de définir à quelle époque d'éventuels prélèvements illicites auraient été effectués. Il n'était pas davantage possible de déterminer si les montants remis à D._ durant ses années d'activité correspondaient à ceux qui lui étaient annoncés par G._, ni si les sommes déposées dans le coffre-fort auraient pu faire l'objet de prélèvements sans enregistrement comptable. Le cas échéant, dès lors que, d'une part, D._ n'était pas la seule à pouvoir accéder au coffre-fort durant son activité au sein de la recourante et que, d'autre part, divers montants n'avaient pas été déposés directement dans le coffre au cours des périodes où la prénommée était absente, il était impossible d'identifier l'éventuel auteur des soustractions dénoncées. En l'occurrence, aucune des auditions requises par la recourante n'apparaît à même de clarifier l'un de ces points. Celle-ci n'explique d'ailleurs nullement quelle indication décisive pourrait en résulter. Il n'était donc pas insoutenable de considérer que d'éventuelles informations complémentaires concernant l'organisation de la recourante ou le montant exact des sommes disparues ne pourraient permettre de clarifier les faits à cet égard.
Par ailleurs, contrairement à ce que laisse entendre la recourante, la cour cantonale n'a pas retenu, sur la base des explications de D._, que "tout était en ordre" ou que le logiciel comptable de la société aurait disfonctionné. Celle-ci a seulement mentionné les explications fournies par la prénommée. Quoi qu'il en soit, la recourante ne démontre pas en quoi il aurait été arbitraire de considérer que ni l'audition de l'organe de révision concernant son contrôle des comptes ni une vérification du logiciel comptable ne pouvaient permettre d'identifier la période durant laquelle des sommes auraient pu être indûment prélevées, l'étape d'acheminement de l'argent concerné ou encore l'auteur de tels actes.
3.4. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir refusé de perquisitionner les relations bancaires de D._. Selon elle, une telle mesure d'instruction aurait été nécessaire pour déterminer si la prénommée "n'avait pas opéré des mouvements de fonds douteux sur ses comptes, ne se trouverait pas dans une situation de besoin de liquidités particulière, aurait amorti soudainement une dette ou encore aurait cessé de prélever de ses comptes bancaires les montants nécessaires au paiement de ses charges courantes dont découlerait l'expression de l'utilisation d'argent de provenance inconnue pour assumer ces dernières".
Contrairement à ce que soutient la recourante, il n'apparaît pas qu'il existerait "trop de doutes" pour rejeter - sans arbitraire - l'administration de la preuve requise. A titre de soupçons justifiant une telle mesure d'instruction, celle-ci indique que D._ fait partie "des quelques rares personnes ayant eu accès au coffre". On ne perçoit cependant pas en quoi une telle affirmation constituerait un indice pointant la commission d'une infraction par la prénommée. Il n'apparaît nullement que D._ pourrait être davantage soupçonnée d'un abus de confiance que G._ ou B._, pour ne mentionner que les personnes dont il ressort de l'arrêt attaqué qu'elles ont eu accès aux liquidités litigieuses. En l'absence d'indices indiquant une implication de D._ dans la soustraction de fonds, la cour cantonale pouvait, sans verser dans l'arbitraire, refuser d'ordonner une mesure d'instruction dont le résultat s'avérait empreint d'une complète incertitude.
3.5. La recourante soutient que l'autorité précédente aurait dû mener des "investigations auprès de I._ SA". Elle précise avoir découvert, dans le bureau de D._, un contrat de prêt portant sur un montant de 90'000 fr. en capital, au nom de la prénommée et de son frère, "dont on peut inférer soit un besoin de liquidités, soit un projet d'acquisition onéreux en cours". Selon elle, la recourante aurait contracté divers emprunts "à des conditions extrêmement défavorables" ce qui révélerait "une situation d'endettement, très vraisemblablement liée à des dépenses personnelles et non pas à un quelconque financement immobilier". La recourante prétend ainsi qu'il serait "pertinent et primordial de vérifier auprès de I._ SA, si des mensualités ont été payées, si elles l'ont été régulièrement, si elles l'ont été par le débit des comptes bancaires de [D._] [...] ou par des versements en espèces ou encore si, par hypothèse, le crédit a été amorti de manière anticipée de manière concomitante à la période pénale".
Sur ce point également, la recourante ne démontre pas en quoi l'appréciation anticipée de la preuve à laquelle s'est livrée la cour cantonale serait arbitraire, mais présente de pures conjectures, les investigations demandées devant en définitive confirmer des hypothèses qui ne reposent sur aucun indice laissant soupçonner la commission d'une infraction par D._.
3.6. En définitive, la cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire, ni violé la maxime de l'instruction, en rejetant les réquisitions de preuves formulées par la recourante. Le grief doit être rejeté.
4.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 310 CPP en confirmant le refus d'entrer en matière s'agissant d'une éventuelle infraction d'abus de confiance.
4.1. Conformément à l'art. 310 al. 1 let. a CPP, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis. Selon la jurisprudence, cette disposition doit être appliquée conformément à l'adage "in dubio pro duriore" (arrêt 6B_1104/2017 du 13 avril 2018 consid. 2.3.1 et les références citées). Celui-ci découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 1 CPP en relation avec les art. 309 al. 1, 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91) et signifie qu'en principe un classement ou une non-entrée en matière ne peuvent être prononcés par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 243; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91; 186 consid. 4.1 p. 190).
4.2. La recourante conteste l'allégation de D._ selon laquelle des problèmes seraient apparus au sein de la société s'agissant de la comptabilisation des caisses. Elle soutient que cette affirmation ne serait pas prouvée. On ne perçoit cependant pas la pertinence de cet élément. En l'occurrence, il apparaît qu'en l'absence d'une somme de référence comprise dans le coffre-fort ainsi que de tout élément qui permettrait de déterminer les montants effectivement déposés ou retirés - de même que de définir, le cas échéant, par qui et à quel moment -, il n'apparaît pas que la commission d'un abus de confiance (cf. art. 138 CP) pourrait être démontrée ni imputée à D._. La recourante ne présente quant à elle aucun élément susceptible de lever les incertitudes existant en la matière. Par ailleurs, dans la mesure où la recourante affirme que D._ "n'effectuait pas convenablement son travail" et aurait dû procéder à des "vérifications" relatives aux liquidités encaissées, celle-ci n'avance aucun indice relatif à la commission d'une infraction d'abus de confiance par la prénommée. Pour le reste, la recourante ne précise pas quelles conclusions auraient dû être tirées par la cour cantonale de la "comptabilité parallèle" dont elle fait état, ni ne démontre en quoi la contraction d'un crédit dénoterait "des difficultés financières" et fonderait un "mobile", était rappelé que, selon l'arrêt attaqué, D._ ne fait l'objet d'aucune poursuite.
Au vu de ce qui précède, on ne voit pas que les probabilités d'une condamnation de la prénommée seraient égales ou supérieures aux probabilités de son acquittement. La cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en confirmant le refus d'entrer en matière du ministère public.
5.
Le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 14 mai 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Graa