facts:
Faits:
Faits:
A. O._, qui a son siège à S._, est détenue à 100% par P._ qui a également son siège à S._. Cette dernière, qui a un capital-actions de 500'000 fr. divisé en 50 actions au porteur, est détenue à 75%, (l'équivalent de 38 actions) par M._ et à 25% par R._, établissement sis à T._.
M._ est le président du conseil d'administration de O._, société spécialisée dans le nettoyage professionnel et industriel, et le directeur de P._. Il s'est établi en Suisse, à S._, en 1983. Puis il a élu domicile dans le canton de Vaud à la fin 1990, après avoir acquis une propriété à U._ financée notamment avec des fonds propres d'un montant de 1'615'470 fr. Son père, feu N._, était le fondateur de V._, société dont il a vendu les actions dans les années septante à R._, laquelle en a fait l'apport à P._ lors de sa création en 1982. N._ avait cédé la gestion des affaires à son fils depuis qu'il n'était plus en mesure de les mener, soit depuis 1979.
M._ est le président du conseil d'administration de O._, société spécialisée dans le nettoyage professionnel et industriel, et le directeur de P._. Il s'est établi en Suisse, à S._, en 1983. Puis il a élu domicile dans le canton de Vaud à la fin 1990, après avoir acquis une propriété à U._ financée notamment avec des fonds propres d'un montant de 1'615'470 fr. Son père, feu N._, était le fondateur de V._, société dont il a vendu les actions dans les années septante à R._, laquelle en a fait l'apport à P._ lors de sa création en 1982. N._ avait cédé la gestion des affaires à son fils depuis qu'il n'était plus en mesure de les mener, soit depuis 1979.
B. La déclaration d'impôt genevoise 1990 de M._ indiquait une fortune nette totale de 443'910 fr. au 1er janvier 1990 alors que sa déclaration d'impôt vaudoise pour la période 1991-1992 faisait état d'une fortune imposable au 1er janvier 1991 de 7'260'000 fr. Au vu de cette forte augmentation, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration des impôts) lui a demandé des explications. M._ a alors informé l'Administration des impôts que cette augmentation était due à ce qu'il avait touché dans le cadre de la succession de son père décédé en 1986: N._ aurait remis, de son vivant, un patrimoine en fidéicommis à L._, son ami et homme de confiance, avec instruction de transmettre, quatre ans après son décès, les biens suivants à M._ :
- 38 actions de P._
- 3'000'000 fr. sous forme de créance, correspondant à une partie d'un prêt
chirographaire octroyé par R._ à P._
- 4'000'000 fr. en espèces
Ces biens devaient être remis à M._ par R._. Comme preuve, M._ a produit une lettre signée par L._, datée du 2 septembre 1990 et rédigée par la fiduciaire A._, organe de contrôle de P._. Ce même L._, domicilié à B._, contrôlait R._ dont il serait le prétendu bénéficiaire.
Ces biens devaient être remis à M._ par R._. Comme preuve, M._ a produit une lettre signée par L._, datée du 2 septembre 1990 et rédigée par la fiduciaire A._, organe de contrôle de P._. Ce même L._, domicilié à B._, contrôlait R._ dont il serait le prétendu bénéficiaire.
C. A la suite d'une procédure en soustraction d'impôt, l'Administration des impôts a retenu que M._ n'avait pas déclaré tous ses revenus ni tous ses éléments de fortune et ce depuis le début de son assujettissement dans le canton de Vaud. Elle a, en effet, considéré que M._ était le réel ayant droit économique de R._. En conséquence, il détenait l'entier du capital-actions de P._, et pas seulement 75%, comme il le soutenait, et il était le titulaire de la totalité de la créance chirographaire résultant du prêt de R._à P._. Il aurait donc dû déclarer les revenus et la fortune relatifs à ces éléments, ce qu'il n'avait pas fait. Des rendements de titres et de placements capitaux d'un montant global de 988'000 fr. pour les années 1991 à 1994 avaient ainsi échappé à l'impôt sur le revenu. De même n'avaient pas été soumis à l'impôt sur la fortune, des éléments imposables en titres et autres placements de capitaux pour 2'236'977 fr. au 1er janvier 1991, 4'936'944 fr. au 1er janvier 1993 et 6'414'960 fr. au 1er janvier 1995. L'Administration des impôts a donc conclu que M._ avait commis une soustraction. Le 27 février 1998, cette administration, pour le compte du Département des finances du canton de Vaud, lui a ainsi notifié deux décisions, la première concernant l'impôt fédéral direct, la deuxième les impôts cantonal et communal. Cette dernière comprenait des reprises de 107'947.90 fr. pour la période fiscale 1991-1992 avec une amende s'élevant à 43'100.- fr., et de 179'093.60 fr. pour la période fiscale 1993-1994 avec une amende s'élevant à 71'500.- fr. Elle comprenait également une décision de taxation définitive pour la période 1995-1996 avec une majoration de 10% des éléments soustraits, majoration équivalant, selon le droit vaudois, à une amende s'agissant d'une soustraction constatée avant la fin de la période de taxation. Le complément d'impôt, y compris la majoration, pour cette période, se montait à 263'353.20 fr.
C. A la suite d'une procédure en soustraction d'impôt, l'Administration des impôts a retenu que M._ n'avait pas déclaré tous ses revenus ni tous ses éléments de fortune et ce depuis le début de son assujettissement dans le canton de Vaud. Elle a, en effet, considéré que M._ était le réel ayant droit économique de R._. En conséquence, il détenait l'entier du capital-actions de P._, et pas seulement 75%, comme il le soutenait, et il était le titulaire de la totalité de la créance chirographaire résultant du prêt de R._à P._. Il aurait donc dû déclarer les revenus et la fortune relatifs à ces éléments, ce qu'il n'avait pas fait. Des rendements de titres et de placements capitaux d'un montant global de 988'000 fr. pour les années 1991 à 1994 avaient ainsi échappé à l'impôt sur le revenu. De même n'avaient pas été soumis à l'impôt sur la fortune, des éléments imposables en titres et autres placements de capitaux pour 2'236'977 fr. au 1er janvier 1991, 4'936'944 fr. au 1er janvier 1993 et 6'414'960 fr. au 1er janvier 1995. L'Administration des impôts a donc conclu que M._ avait commis une soustraction. Le 27 février 1998, cette administration, pour le compte du Département des finances du canton de Vaud, lui a ainsi notifié deux décisions, la première concernant l'impôt fédéral direct, la deuxième les impôts cantonal et communal. Cette dernière comprenait des reprises de 107'947.90 fr. pour la période fiscale 1991-1992 avec une amende s'élevant à 43'100.- fr., et de 179'093.60 fr. pour la période fiscale 1993-1994 avec une amende s'élevant à 71'500.- fr. Elle comprenait également une décision de taxation définitive pour la période 1995-1996 avec une majoration de 10% des éléments soustraits, majoration équivalant, selon le droit vaudois, à une amende s'agissant d'une soustraction constatée avant la fin de la période de taxation. Le complément d'impôt, y compris la majoration, pour cette période, se montait à 263'353.20 fr.
D. Le 30 mars 1998, M._ a recouru au Tribunal administratif du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision de l'Administration des impôts du 27 février 1998 en matière d'impôts cantonal et communal; il a également déposé une réclamation contre ladite décision en matière d'impôt fédéral direct. Par courriers des 12 juin et 14 juillet 1998, l'Administration des impôts a requis la suspension de l'instruction. Elle voulait, d'une part, que M._ se prononce sur la jonction des causes cantonale et fédérale et, d'autre part, pouvoir compléter le dossier.
Sur demande de l'Administration des impôts, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a déposé le 1er mai 2001 des observations directement auprès du Tribunal administratif. Elle y concluait au rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct. L'Administration des impôts a transmis sa réponse datée du 25 juin 2001 sur le recours en matière d'impôts cantonal et communal au Tribunal administratif. Elle précise dans son courrier que, "par la même occasion, nous répondons également à la réclamation du 30 mars 1998 en matière d'impôt fédéral direct, admise comme recours contre la décision de l'Administration des impôts du 27 février 1998." Cette administration termine en mentionnant qu'elle rejoint les conclusions de l'Administration fédérale et que c'est à bon droit qu'il y avait eu rappels d'impôts, décision de taxation définitive et prononcé d'amende pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal pour les périodes 1991-1992, 1993-1994 et 1995-1996. Dans sa réplique du 27 juillet 2001, M._ s'est opposé à la jonction des contentieux d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct.
Sur demande de l'Administration des impôts, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a déposé le 1er mai 2001 des observations directement auprès du Tribunal administratif. Elle y concluait au rejet du recours en ce qui concerne l'impôt fédéral direct. L'Administration des impôts a transmis sa réponse datée du 25 juin 2001 sur le recours en matière d'impôts cantonal et communal au Tribunal administratif. Elle précise dans son courrier que, "par la même occasion, nous répondons également à la réclamation du 30 mars 1998 en matière d'impôt fédéral direct, admise comme recours contre la décision de l'Administration des impôts du 27 février 1998." Cette administration termine en mentionnant qu'elle rejoint les conclusions de l'Administration fédérale et que c'est à bon droit qu'il y avait eu rappels d'impôts, décision de taxation définitive et prononcé d'amende pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal pour les périodes 1991-1992, 1993-1994 et 1995-1996. Dans sa réplique du 27 juillet 2001, M._ s'est opposé à la jonction des contentieux d'impôts cantonal et communal et d'impôt fédéral direct.
E. Le 14 mars 2001, la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct du canton de Genève a confirmé une décision de l'Administration fiscale de ce canton du 9 juillet 1998 relative à un rappel d'impôt fédéral direct 1989-1990 et à une amende pour soustraction fiscale. Elle a refusé d'admettre l'existence d'un fidéicommis sur la base de la seule attestation de L._.
E. Le 14 mars 2001, la Commission cantonale de recours de l'impôt fédéral direct du canton de Genève a confirmé une décision de l'Administration fiscale de ce canton du 9 juillet 1998 relative à un rappel d'impôt fédéral direct 1989-1990 et à une amende pour soustraction fiscale. Elle a refusé d'admettre l'existence d'un fidéicommis sur la base de la seule attestation de L._.
F. Statuant le 20 août 2002, le Tribunal administratif a confirmé la décision de l'Administration des impôts du 27 février 1998 relative à l'impôt cantonal et communal pour les périodes 1991-1992, 1993-1994 et 1995-1996. Il a renoncé à considérer la réclamation de M._ pour l'impôt fédéral direct comme un recours et à joindre les causes cantonale et fédérale. Le Tribunal administratif a jugé en substance qu'au vu de la jurisprudence et de la doctrine, le fardeau de la preuve devait être renversé. Or, M._ avait échoué dans sa tentative de démontrer qu'il n'était pas le véritable ayant droit économique de R._. En outre, le Tribunal administratif a estimé que la convergence et la précision des indices recueillis, en l'absence de preuves contraires fournies par le contribuable, étaient suffisantes pour admettre une soustraction fiscale.
G. Agissant par la voie du recours de droit administratif (no 2A.479/2002), M._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 20 août 2002, d'annuler la décision du 27 février 1998 de l'Administration des impôts, de dire qu'il ne doit pas être procédé à un rappel d'impôt cantonal et communal de 550'394.70 fr. pour les périodes 1991-1992, 1993-1994 et 1995-1996 et que l'amende pour soustraction de 114'600 fr. n'est pas due pour les périodes 1991-1992 et 1993-1994, ou de renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision.
Agissant également par la voie du recours de droit public (no 2P.215/2002), M._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 20 août 2002. Il se plaint d'une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), de la répartition du fardeau de la preuve, ainsi que de normes de la procédure cantonale vaudoise. En outre, il soutient que l'arrêt entrepris est entaché d'arbitraire (art. 9 Cst.).
L'Administration des impôts conclut au rejet des deux recours dans la mesure où ils sont recevables. Le Tribunal administratif conclut au rejet des recours.
Par ordonnance du 28 octobre 2002, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif contenue dans le recours de droit public.

considerations:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 58, 66 consid. 1 p. 67).
1.2 L'intéressé a déposé simultanément deux recours, l'un de droit administratif, l'autre de droit public, contre le même arrêt concernant uniquement l'impôt cantonal et communal. Par économie de procédure, il convient dès lors de prononcer la jonction des causes et de statuer sur les mérites des deux recours dans un seul et même arrêt (<ref-law> et 40 OJ; <ref-ruling> consid. 1 p. 33). Le recours de droit public ayant un caractère subsidiaire (art. 84 al. 2 OJ), il convient d'examiner en priorité la recevabilité du recours de droit administratif.
1.3 L'art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), entrée en vigueur le 1er janvier 1993, a étendu le recours de droit administratif aux décisions cantonales de dernière instance lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres deuxième à cinquième et sixième chapitre premier de cette loi.
Les cantons disposaient d'un délai de huit ans, qui a expiré le 31 décembre 2000, pour adapter leur droit aux règles d'harmonisation désormais fixées par la loi fédérale (<ref-law>). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la voie du recours de droit administratif prévue par l'<ref-law> n'est pas ouverte contre les décisions fiscales cantonales de dernière instance relatives à des taxations antérieures à 2001, cela même à l'égard des cantons qui avaient déjà adapté leur législation (<ref-ruling> consid. 2 p. 591). En l'occurrence, le recours concerne des décisions de taxation pour les périodes de taxation 1991-1992, 1993-1994 et 1995-1996. Le recours de droit administratif (no 2A.479/2002) est dès lors irrecevable.
1.4 Comme la prétendue violation ne peut être soumise au Tribunal fédéral par un autre moyen de droit quelconque, la voie du recours de droit public est en principe ouverte (art. 84 al. 2 OJ).
1.5 Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre un arrêt final pris en dernière instance cantonale et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés, le recours de droit public (no 2P.215/2002) est recevable au regard des art. 84 ss OJ.
1.6 En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (<ref-ruling> consid. 1c p. 76; <ref-ruling> consid. 4a p. 30; <ref-ruling> consid. 2b p. 318).
Les griefs du recourant doivent être examinés à la lumière de ces principes.
Les griefs du recourant doivent être examinés à la lumière de ces principes.
2. Le recourant se plaint d'une constatation et d'une appréciation erronées des faits par le Tribunal administratif et estime que celui-ci a ainsi violé le principe de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.).
2.1 Dans le cadre du recours de droit public, le Tribunal fédéral examine l'appréciation des faits opérée par l'instance inférieure sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3a p. 366 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral ne qualifie d'arbitraire (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 168 et la jurisprudence citée) l'appréciation des preuves que si l'autorité a admis ou nié un fait en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et les éléments du dossier. Une jurisprudence constante reconnaît au juge du fait un large pouvoir d'appréciation en ce domaine (<ref-ruling> consid. 4b p. 40 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst. (art. 4 aCst.), que si le juge cantonal a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte (<ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 3 p. 371; <ref-ruling> consid. 4 p. 127), lorsque des constatations de faits sont manifestement fausses (<ref-ruling> consid. 5 p. 306; <ref-ruling> consid. 3a p. 142 et la jurisprudence citée), enfin lorsque l'appréciation de preuves est tout à fait insoutenable (<ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 2b p. 88).
2.2 Le recourant soutient que le Tribunal administratif a mis en doute à tort l'existence de L._, signataire du document du 2 septembre 1990 relatif au fidéicommis et soit-disant bénéficiaire de R._. Pièces à l'appui, il établit que cette personne existe bel et bien. Le recourant en conclut que, avec la démonstration de l'existence de L._, c'est toute la thèse du Tribunal administratif qui s'effondre. Selon le recourant, L._ étant réel, il est donc bel et bien l'ayant droit économique de R._.
Le Tribunal administratif a souligné, dans son arrêt, que le document du 2 septembre 1990 n'était pas authentifié et qu'à part cette attestation, L._ se refusait à tout signe de vie. Si doute il y avait quant à l'existence de celui-ci, il est levé puisque le recourant a fait authentifier la signature figurant sur le document en question. Toutefois, ce n'est pas parce que la personne existe qu'il faut en conclure qu'elle est la bénéficiaire de R._, comme le prétend le recourant. Quoiqu'il en soit, cet élément n'était pas déterminant dans la motivation du Tribunal administratif. Celui-ci ne faisait en effet que signaler l'absence d'authentification de signature et le fait que L._ ne s'était jamais manifesté, alors que son aide, s'il était effectivement l'ayant droit économique de R._, aurait pu être précieuse au recourant quant aux preuves réclamées par l'autorité fiscale.
2.3 Le recourant prétend que le Tribunal administratif admet à tort qu'il y avait une relation entre les démarches entreprises par la fiduciaire C._ en 1981 et la prise de domicile en Suisse du recourant en 1983. En effet, C._ avait écrit à l'Administration fédérale, le 27 octobre 1981, en ces termes: "Le bénéficiaire de R._ serait désireux de constituer une holding dans le canton de Vaud, à laquelle R._ ferait apport des participations énumérées... Nous relevons au surplus que le bénéficiaire de R._ viendra prendre domicile en Suisse. Au cas où il se substituerait à l'établissement E._ et déclarerait lui-même les actions de la holding, pourriez-vous lui accorder le remboursement de l'impôt anticipé frappant les dividendes éventuels de la holding suisse". Le 16 août 1982, cette même fiduciaire faisait savoir à l'Administration fédérale, toujours en parlant du bénéficiaire de R._ mais sans dévoiler son identité, que "le client est domicilié en France et va le rester, renonçant à son projet de prendre domicile en Suisse". Puis, en 1983, le recourant est venu s'installer en Suisse. Le Tribunal administratif suggère donc que le bénéficiaire de R._, que la lettre de C._ ne mentionne pas nommément, est le recourant.
Le recourant, questionné sur cette coïncidence, a déclaré que ces courriers ne faisaient certainement pas référence à sa personne. Il a exposé qu'il s'agissait peut-être de son père. Le Tribunal administratif n'a pas retenu cette version puisque le recourant avait auparavant indiqué de manière contradictoire que son père avait vendu les actions du holding français à R._ à la fin des années septante et que cette dernière était depuis lors contrôlée par L._. Même si le recourant a expliqué cette interprétation par le fait que L._ est domicilié à B._ et non en France, de sorte que la lettre ne pouvait pas lui faire référence, il n'était pas insoutenable, au vu de ces explications peu claires, de considérer que le recourant était effectivement la personne à laquelle se référait la lettre de C._ de 1981.
2.4 Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir admis, contrairement aux pièces fournies, qu'il avait signé un ordre bancaire pour le compte de R._. A la suite de la production des deux pièces en question, et contrairement à ce que prétend le recourant, le Tribunal administratif n'a pas retenu la version selon laquelle celui-ci aurait signé un ordre pour le compte de R._. Il a clairement admis que c'était bien le compte de P._ qui avait été débité en faveur de R._. Cependant, et c'est ce que relève l'arrêt attaqué, il a été rajouté à la machine à écrire, sur l'ordre bancaire, à côté de la signature, à l'endroit où doit être apposé le timbre de la société, la raison sociale "R._" au lieu de P._. Le Tribunal administratif pouvait estimer sans arbitraire que cette erreur était révélatrice des relations qu'entretient le recourant avec R._. Il est en effet troublant, si le recourant n'a effectivement rien à voir avec R._, qu'il mentionne par mégarde cette société à côté de sa signature au lieu de P._.
2.5 L'arrêt attaqué retient que le procès-verbal d'une séance de conseil d'administration de V._ du 12 août 1988 porte la signature du recourant et qu'à cette époque cette société appartenait à R._. Le recourant affirme que le Tribunal administratif se trompe et qu'en 1988 V._ était propriété de P._. Ce point, tendant à démontrer que le recourant n'est pas aussi étranger à R._ qu'il le dit, n'est pas déterminant à lui seul et, même si l'on admet une erreur du Tribunal administratif, ne modifie pas le résultat.
2.6 Le Tribunal administratif a en outre considéré que le fait, d'une part, que le recourant gérait les affaires de son père depuis 1979 et, d'autre part, qu'il ne connaissait pas la part successorale reçue par ses soeurs et n'avait pas connaissance de l'existence du fidéicommis faisait douter de sa version des faits. Le recourant n'indique pas en quoi cette interprétation des faits serait arbitraire et son argumentation est insuffisante au regard des exigences de motivation de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ.
2.7 Le recourant cite à maintes reprises la lettre du 26 janvier 2001 de l'Administration des impôts au Tribunal administratif qui mentionne que "les faits tels qu'ils ont été établis en matière d'impôts cantonaux, communaux et fédéraux sont contestés dans leur ensemble par le contribuable et son mandataire. (...). Un complément d'instruction doit donc intervenir qui devrait soit aboutir à des reprises fiscales sur d'autres bases, soit à l'abandon des prétentions du fisc, auquel le fardeau de la preuve incombe". Le recourant estime que, l'Administration des impôts n'ayant ni complété son instruction, ni prouvé que le recourant était le bénéficiaire de R._ elle aurait dû abandonner ses prétentions. Cette argumentation n'indique pas en quoi le Tribunal administratif, dont la décision est seule litigieuse en l'espèce, aurait agi arbitrairement en s'estimant suffisamment renseigné.
2.8 Finalement, le recourant s'en prend à l'arrêt du Tribunal administratif en tant que celui-ci le considère comme l'ayant-droit économique de R._. Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir estimé que cette société constituait une société écran et qu'en conséquence les revenus de R._ devaient lui être imputés. Il en allait de même des actions de P._ détenues par R._ et du prêt chirographaire octroyé par cette dernière à P._. Ces biens devaient être considérés comme faisant partie de la fortune propre du recourant. La capacité contributive du recourant se trouvait, en effet, augmentée de ces éléments.
Il ressort du dossier que ni la constatation des faits ni leur appréciation par le Tribunal administratif aboutissant à cette conclusion n'apparaissent comme manifestement fausses. En effet, le Tribunal administratif a considéré, sur la base, notamment, des éléments suivants, que le recourant était l'unique bénéficiaire de R._: le recourant avait repris les affaires depuis que son père n'était plus en mesure de les gérer, soit depuis 1979. Il était donc au courant de ce qui se passait dans le groupe comme l'atteste également la lettre du 22 juillet 1986 de l'Administration fédérale résumant une réunion relative à la restructuration du groupe E._ à laquelle le recourant avait pris part. Le Tribunal administratif a également souligné que le recourant avait déclaré pour la première fois de nouveaux éléments de fortune alors qu'il changeait de canton de domicile et qu'il acquérait un bien immobilier avec des fonds propres dont il devait expliquer l'origine. Le seul document attestant l'existence du prétendu fidéicommis était celui signé par L._ et daté du 2 septembre 1990, établi par la fiduciaire A._, à S._, organe de contrôle de P._. En outre, la succession du père du recourant était importante (nombreux biens immobiliers, sociétés, etc.) et aucun document (testament, convention de partage privée ou notariée), n'avait été produit à ce sujet. Or, le recourant expliquait que cette succession avait fait l'objet de tractations car il demandait à recevoir plus que ses soeurs au motif qu'il s'était occupé des affaires de son père. Il se contredisait, en outre, en disant ne pas savoir ce que les autres héritières avaient reçu lors du partage. L'erreur de timbre sur l'ordre de virement du 2 octobre 1991 d'un montant de 261'639.68 fr. de P._ en faveur de R._ paraissait incompréhensible de la part de quelqu'un qui n'aurait eu aucun rôle dans R._. Au surplus, l'avis de débit du 3 octobre 1991 relatif à la même transaction, qui mentionnait comme bénéficiaire "R._", démontrait l'existence d'une adresse à S._ pour cet établissement liechtensteinois, confirmée par un avis de crédit du 15 août 1991, mentionnant "D'ordre de R._ c/o P._ Att. M._,". De plus, il était probable que l'anonyme "bénéficiaire" de R._ voulant s'installer en Suisse, dont il était question dans la lettre du 27 octobre 1981 de la fiduciaire C._, était le recourant. Dès lors, le Tribunal administratif pouvait estimer qu'il était douteux, au vu du rôle joué par le recourant au sein du groupe E._, que celui-ci n'ait pas pu fournir les documents qu'il lui avait réclamés et qui auraient permis de prouver qu'il n'est pas l'ayant droit économique de R._.
En conclusion, il apparaît que le Tribunal administratif était fondé à considérer que le recourant disposait de R._. Celui-ci se borne à opposer son appréciation des faits à celle du Tribunal administratif et son argumentation est moins convaincante que celle de ce tribunal.
2.9 Au regard de ce qui précède, le Tribunal administratif n'a pas constaté les faits de manière erronée ni ne les a appréciés de façon insoutenable. Le grief du recourant s'avère donc mal fondé.
2.9 Au regard de ce qui précède, le Tribunal administratif n'a pas constaté les faits de manière erronée ni ne les a appréciés de façon insoutenable. Le grief du recourant s'avère donc mal fondé.
3. Le recourant se plaint ensuite d'une violation de son droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'application arbitraire de l'art. 44 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la juridiction et la procédure administratives (ci-après: LJPA/VD). Il reproche, en effet, au Tribunal administratif d'avoir considéré l'Administration fédérale des contributions comme "autorité concernée" et d'avoir accepté la production d'une écriture de sa part dans une procédure relative à l'impôt cantonal et communal où elle ne pouvait pas formellement intervenir.
3. Le recourant se plaint ensuite d'une violation de son droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'application arbitraire de l'art. 44 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la juridiction et la procédure administratives (ci-après: LJPA/VD). Il reproche, en effet, au Tribunal administratif d'avoir considéré l'Administration fédérale des contributions comme "autorité concernée" et d'avoir accepté la production d'une écriture de sa part dans une procédure relative à l'impôt cantonal et communal où elle ne pouvait pas formellement intervenir.
3.1 L'art. 44 al. 2 LJPA/VD, invoqué par le recourant, intitulé "Echange d'écritures" prévoit:
"Le magistrat instructeur recueille les déterminations de la partie intimée et des autorités ou tiers intéressés."
En outre, l'art. 201 la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (ci-après: LI/VD), entrée en vigueur le 1er janvier 2001, de même que l'art. 104 al. 4 de la loi vaudoise du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (ci-après: aLI/VD), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000, soit durant la première partie de la procédure devant le Tribunal administratif, prévoient que, dans la procédure de recours au Tribunal administratif, l'autorité de recours a les mêmes compétences que l'autorité de taxation dans la procédure de taxation. Dans le cadre de l'instruction conduite selon la maxime officielle, le Tribunal administratif pouvait recueillir les observations de l'Administration fédérale puisque cet article l'autorise à consulter des autorités ou tiers intéressés. Or, cette administration avait participé à l'enquête sur une éventuelle soustraction qui pouvait concerner également l'impôt fédéral direct.
Le rapport et les déterminations de l'Administration fédérale sont, dans ce contexte, un élément du dossier de l'Administration des impôts. A cet égard, l'Administration fédérale n'est pas intervenue comme autorité intimée puisque l'impôt fédéral direct n'était pas en cause devant le Tribunal administratif, mais bien comme tiers intéressé. Le recourant conserve d'ailleurs la faculté de recourir contre la décision sur réclamation en matière d'impôt fédéral direct.
L'art. 44 LJPA/VD a ainsi été appliqué sans arbitraire et le grief y relatif doit être rejeté.
3.2 Quant au droit d'être entendu du recourant, on ne voit pas en quoi il aurait été violé. La production d'un rapport et de déterminations par l'Administration fédérale ne viole pas son droit d'être entendu. Ce dernier ne soulève au surplus aucun autre grief motivé conformément à l'art. 90 al. 1 lettre b OJ.
3.2 Quant au droit d'être entendu du recourant, on ne voit pas en quoi il aurait été violé. La production d'un rapport et de déterminations par l'Administration fédérale ne viole pas son droit d'être entendu. Ce dernier ne soulève au surplus aucun autre grief motivé conformément à l'art. 90 al. 1 lettre b OJ.
4. Selon le recourant, le renversement du fardeau de la preuve opéré par le Tribunal administratif viole le principe de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) et l'<ref-law>. Le Tribunal administratif a, en effet, estimé que le renversement du fardeau de la preuve se justifiait dans le cas d'espèce et que c'était au recourant de prouver qu'il n'était pas l'ayant droit économique de R._
4.1 Selon la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 2 p. 255), la procédure de taxation est régie par la maxime inquisitoriale. Cette maxime est également applicable dans le cadre de la procédure de recours, en matière fiscale, à défaut d'une disposition contraire de la loi fiscale. En l'occurrence, le droit vaudois ne contient pas une telle clause. Cela signifie que l'autorité se doit de déterminer d'office tous les éléments pertinents en vue de la taxation et ceci, même en cas de violation de ses obligations de coopérer par le contribuable. En d'autres termes, il appartient à l'autorité de taxation d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt (<ref-ruling>) ou qui l'augmentent, alors que le contribuable doit alléguer et prouver les faits qui suppriment ou réduisent cette créance (<ref-ruling> consid. 2 p. 256/257). Dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt et d'amende, cette autorité doit prouver que l'imposition est incomplète (RDAF 1993 32 consid. 2b p. 35, 2A.299/1989). Le fisc et le contribuable sont tenus de collaborer dans l'administration des preuves, "soit en précisant les allégations qu'il appartient à la partie chargée de la preuve de détruire, soit en apportant des preuves ou indices positifs contraires. L'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si celles-ci sont vraisemblables" (Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 142; voir aussi Walter Ryser / Bernard Rolli, op. cit., p. 462). Le Tribunal administratif apprécie les preuves apportées par les parties. Il a un large pouvoir d'appréciation dans ce domaine (<ref-ruling> consid. 4b p. 40 et les arrêts cités).
4.2 En l'occurrence, le Tribunal administratif se trompe lorsqu'il estime justifié de renverser le fardeau de la preuve. Il ne l'a d'ailleurs pas fait en réalité. Le Tribunal administratif a admis les faits tels que déterminés par l'Administration des impôts (cf. infra consid. 6.2). A cet égard, celle-ci a réuni de nombreux indices allant dans le sens d'une soustraction et le Tribunal administratif a considéré que ce faisceau d'indices constituait une preuve suffisante. En appréciation des éléments du dossier, il a donc conclu que le recourant est le véritable ayant droit de R._ Il incombait ainsi au recourant d'infirmer ces éléments par la preuve du contraire du moment que les faits établis, sur la base d'indices précis, étaient hautement vraisemblables. (Archives 39 284 consid. 3c p. 288, RDAF 1993 32 consid. 2b p. 35, 2A.299/1989). Le recourant n'a pas été en mesure de fournir de preuves les renversant ou permettant une autre interprétation, comme, par exemple, des documents internes de R._ (tels que des états financiers) que lui réclamaient les autorités fiscales. Les seules "preuves" que le recourant a fournies ne sont pas significatives. Il s'agit tout d'abord de l'attestation de L._ qui, à elle seule et vu les autres éléments du dossier, ne prouve pas l'existence d'un fidéicommis. Ensuite, contrairement à ce qu'il prétend, la déclaration d'impôt vaudoise 1991-1992 du recourant ne constitue pas une preuve. S'il a spontanément déclaré une partie des biens provenant du soit-disant fidéicommis, il n'en a pas déclaré la totalité. En outre, cette déclaration devait expliquer avec quels fonds propres il avait financé l'achat de sa villa, du moment que la fortune annoncée dans sa déclaration d'impôt genevoise 1990 était nettement inférieure aux fonds propres investis dans la villa achetée cette même année.
L'arrêt du Tribunal administratif est donc fondé sur une répartition correcte du fardeau de la preuve puisque celui-ci n'a pas mis ce fardeau à la charge du recourant, mais à celle de l'Administration des impôts qui devait apporter la preuve de la soustraction. Il a ensuite estimé que ladite administration, au vu des indices recueillis, avait prouvé les faits qu'elle avançait. Comme l'a retenu le Tribunal administratif, c'était alors au recourant d'infirmer les faits déterminants. Or, celui-ci s'est contenté de les contester sans apporter de preuve concluante. Par contre, il est exact que la qualification de "renversement du fardeau de la preuve" est erronée, ce qui ne porte pas à conséquence puisqu'en réalité ce fardeau n'a pas été renversé.
L'arrêt du Tribunal administratif est donc fondé sur une répartition correcte du fardeau de la preuve puisque celui-ci n'a pas mis ce fardeau à la charge du recourant, mais à celle de l'Administration des impôts qui devait apporter la preuve de la soustraction. Il a ensuite estimé que ladite administration, au vu des indices recueillis, avait prouvé les faits qu'elle avançait. Comme l'a retenu le Tribunal administratif, c'était alors au recourant d'infirmer les faits déterminants. Or, celui-ci s'est contenté de les contester sans apporter de preuve concluante. Par contre, il est exact que la qualification de "renversement du fardeau de la preuve" est erronée, ce qui ne porte pas à conséquence puisqu'en réalité ce fardeau n'a pas été renversé.
5. Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir violé le principe de la légalité de l'impôt et celui de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.). Il n'apporte toutefois aucun argument conforme aux exigences de motivation de l'art. 90 al. 1 let. b OJ. Ses arguments sont, en effet, purement appellatoires et n'indiquent pas en quoi les principes susmentionnés auraient été violés puisqu'il se borne à en donner la définition. Le recours est, dès lors, irrecevable sur ce point.
5. Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir violé le principe de la légalité de l'impôt et celui de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.). Il n'apporte toutefois aucun argument conforme aux exigences de motivation de l'art. 90 al. 1 let. b OJ. Ses arguments sont, en effet, purement appellatoires et n'indiquent pas en quoi les principes susmentionnés auraient été violés puisqu'il se borne à en donner la définition. Le recours est, dès lors, irrecevable sur ce point.
6. Le recourant fait finalement valoir que l'arrêt du Tribunal administratif est arbitraire dans son résultat et qu'il n'y a pas eu soustraction fiscale.
6.1 L'art. 128 aLI/VD, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000 et applicable au présent cas relatif aux périodes de taxation 1991-1992, 1993-1994 et 1995-1996, prévoit:
"Le contribuable qui se soustrait à l'impôt en éludant intentionnellement ou par négligence les obligations qui lui incombent en vertu de la présente loi commet une contravention.
Cette contravention est réprimée:
a) lorsqu'elle est constatée avant la fin de la période de taxation, par une majoration de 10% des éléments soustraits;
b) en cas de soustraction commise dans les deux périodes précédentes, par une amende pouvant atteindre, pour chaque année en cause, cinq fois le montant de l'impôt soustrait, indépendamment de celui-ci.
Le montant de l'amende est fixé d'après le degré de faute du contribuable. L'amende est réduite notamment en cas de déclaration du contribuable ou de ses héritiers avant que l'insuffisance du paiement de l'impôt ait été constatée par les autorités fiscales."
Une condition objective, soit la soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable, ainsi qu'une condition subjective, soit la faute du contribuable, doivent être réunies pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée (Revue Fiscale 2000 p. 122 consid. 5b)cc) p. 125, 2P.241/1998; Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 263).
6.2 Pour qu'il y ait soustraction, il faut que la base d'imposition ait été indûment réduite et, par conséquent, que l'impôt acquitté soit insuffisant.
L'art. 20 al. 1 aLI/VD indique que l'impôt sur le revenu a pour objet le revenu net global du contribuable provenant d'une activité lucrative, de la fortune immobilière et mobilière et de toutes autres sources de gains et avantages, appréciables en argent. La lettre e) de l'alinéa 2 de ce même article précise que sont notamment considérés comme revenus imposables les revenus provenant d'avoirs et de participations de toute nature, tels qu'intérêts, rentes, dividendes, parts aux bénéfices et autres prestations appréciables en argent qui ne représentent pas un remboursement du capital ou de la part sociale. Dans la mesure où le recourant est l'ayant droit économique de R._(cf. supra consid. 2.8), il devait déclarer la totalité des intérêts versés par P._ en rétribution du prêt chirographaire, puisque ceux-ci constituent un revenu soumis à l'impôt cantonal et communal. En ne mentionnant qu'une partie de ces intérêts dans ses déclarations d'impôt pour les périodes fiscales en cause, le recourant a diminué son revenu imposable et a été taxé sur des revenus trop bas. Il a également violé son obligation de déclarer la totalité de ses revenus.
Il en va de même en ce qui concerne la fortune du recourant. L'art. 30 aLI/VD prévoit que l'impôt complémentaire sur la fortune est perçu sur la fortune nette au début de la période de taxation ou au jour où l'assujettissement prend naissance. Les titres non cotés en bourse sont évalués d'après leur valeur vénale (cf. art. 32 et 35 aLI/VD). En ne déclarant qu'une partie du prêt chirographaire octroyé à P._ et des actions de P._ dans ses déclarations d'impôt pour les périodes fiscales en cause, le recourant a violé son obligation de déclarer l'entier de sa fortune et indûment soustrait des éléments imposables. Ainsi, la condition objective de la soustraction fiscale est réalisée.
6.3 Quant à la condition subjective de la soustraction fiscale, soit la faute du contribuable, elle est réalisée puisque l'art. 128 al. 1 aLI/VD prévoit qu'il y a soustraction lorsque le contribuable élude "intentionnellement ou par négligence" les obligations lui incombant. En l'espèce, le dol éventuel est pour le moins établi. Le recourant aurait dû se renseigner sur les éléments de revenus et de fortune qui étaient imposables et devaient, par conséquent, être déclarés d'autant plus qu'il était intéressé à plusieurs sociétés imbriquées les unes dans les autres, dont un établissement au Liechtenstein. Il ne l'a coupablement pas fait. Le Tribunal administratif a donc retenu à bon droit que les conditions de la soustraction fiscale étaient remplies.
6.3 Quant à la condition subjective de la soustraction fiscale, soit la faute du contribuable, elle est réalisée puisque l'art. 128 al. 1 aLI/VD prévoit qu'il y a soustraction lorsque le contribuable élude "intentionnellement ou par négligence" les obligations lui incombant. En l'espèce, le dol éventuel est pour le moins établi. Le recourant aurait dû se renseigner sur les éléments de revenus et de fortune qui étaient imposables et devaient, par conséquent, être déclarés d'autant plus qu'il était intéressé à plusieurs sociétés imbriquées les unes dans les autres, dont un établissement au Liechtenstein. Il ne l'a coupablement pas fait. Le Tribunal administratif a donc retenu à bon droit que les conditions de la soustraction fiscale étaient remplies.
7. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ). Il n'est pas alloué de dépens (art. 159 al. 1 OJ).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2P.215/2002 et 2A.479/2002 sont jointes.
1. Les causes 2P.215/2002 et 2A.479/2002 sont jointes.
2. Le recours de droit administratif (2A.479/2002) est irrecevable.
2. Le recours de droit administratif (2A.479/2002) est irrecevable.
3. Le recours de droit public (2P.215/2002) est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public (2P.215/2002) est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
4. Un émolument judiciaire de 15'000 fr. est mis à la charge du recourant.
4. Un émolument judiciaire de 15'000 fr. est mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie à la mandataire du recourant, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud.
Lausanne, le 7 avril 2003
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière:


facts:
Faits:
A.
M._ s'est inscrit au chômage le 15 janvier 2010.
Par décision du 16 juin 2011, confirmée sur opposition le 9 septembre 2011, l'Office cantonal de l'emploi (ci-après: OCE) a sanctionné l'assuré pour recherches d'emploi «nulles» durant le mois de mai 2011 et prononcé une suspension du droit à l'indemnité de cinq jours.
B.
M._ a recouru contre cette décision devant la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des assurances sociales.
Après avoir entendu les parties le 25 avril 2012, la juridiction cantonale a partiellement admis le recours en ce sens qu'elle a réduit la suspension du droit à l'indemnité de chômage à un jour (jugement du 31 juillet 2012).
C.
L'OCE interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation.
Ni l'intimé ni le Secrétariat d'Etat à l'économie (SECO) ne se sont déterminés.

considerations:
Considérant en droit:
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
La juridiction cantonale a considéré que l'intimé n'avait pas été en mesure de prouver qu'il avait bien déposé sa feuille de recherches d'emploi entre le 25 et le 27 mai 2011 à la réception de l'agence X._, nonobstant ses allégations dans ce sens. Ainsi, même si des dysfonctionnements au sein de l'administration n'étaient pas exclus, (documents égarés ou mal classés), il n'était pas établi que l'assuré avait déposé le formulaire de recherches d'emploi à temps. Par conséquent l'administration était fondée à prononcer une sanction. S'écartant du barème du SECO (cinq jours de suspension en pareil cas), les premiers juges en ont réduit la durée à un jour.
Le recourant se plaint d'une violation des <ref-law> et 26 al 2 OACI.
3.
3.1. Selon l'<ref-law>, dans sa teneur en vigueur dès le 1 er avril 2011 (RO 2011 1179), l'assuré doit remettre la preuve de ses recherches d'emploi pour chaque période de contrôle au plus tard le cinq du mois suivant ou le premier jour ouvrable qui suit cette date. A l'expiration de ce délai, et en l'absence d'excuse valable, les recherches d'emploi ne sont plus prises en considération.
Dans sa version antérieure, l'ordonnance prévoyait à ce sujet que si l'assuré n'avait pas remis ses justificatifs à cette même échéance, l'office compétent lui impartissait un délai raisonnable pour le faire. Simultanément, il l'informait par écrit qu'à l'expiration de ce délai et en l'absence d'excuse valable, les recherches d'emploi ne pourraient pas être prises en considération (ancien art. 26 al. 2 bis OACI). Issu de la 3ème révision de la LACI et de ses dispositions d'exécution sur le modèle d'une directive du SECO, ce nouvel alinéa 2bis a permis d'abolir des pratiques qui, auparavant, différaient d'un canton à l'autre ( BORIS RUBIN, Assurance-chômage, 2 ème éd., 2006, p. 394 note de bas de page 1184). La sanction - la non prise en compte des recherches d'emploi - n'intervenait que si les justificatifs n'étaient toujours pas remis à l'expiration de ce nouveau délai et si l'assuré ne disposait d'aucune excuse valable pour expliquer son «double retard». Dans ce cas, le défaut de recherches d'emploi réalisait l'état de fait visé par l'art. 30 al. 1 let. c LACI et justifiait une suspension du droit de l'assuré à l'indemnité de chômage sur cette base (voir <ref-ruling> consid. 6.2 p. 91). Dans ce dernier arrêt, l'ancien Tribunal fédéral des assurances a jugé que cette disposition de l'ordonnance était conforme à la loi: sauf excuse valable, des recherches d'emploi remises tardivement n'étaient plus prises en compte et ne pouvaient donc plus faire l'objet d'un examen sous l'angle quantitatif et qualitatif. Le Tribunal a précisé que l'<ref-law> était d'une certaine manière calqué sur l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 6.2.3 p. 93). On rappellera que selon cette disposition, si l'assuré ou d'autres requérants refusent de manière inexcusable de se conformer à leur obligation de renseigner ou de collaborer à l'instruction, l'assureur peut se prononcer en l'état du dossier ou clore l'instruction et décider de ne pas entrer en matière; il doit leur avoir adressé une mise en demeure écrite les avertissant des conséquences juridiques et leur impartissant un délai de réflexion convenable.
3.2. La nouvelle version de l'ordonnance, même si elle ne prévoit plus l'octroi d'un délai de grâce, n'apparaît pas non plus contraire à la loi. Tout d'abord, l'ancienne disposition revenait de facto à accorder aux assurés un véritable droit de déposer les preuves de recherches d'emploi en retard, - une excuse valable ne devait être fournie qu'en cas de retard par rapport au délai raisonnable (supplémentaire) imparti par l'office -, situation qui était jugée insatisfaisante tant sur le plan juridique que pratique (cf. RUBIN, op. cit., n o 5.8.6.7 p. 394). Ensuite, dans la LPGA, le domaine des sanctions est régi en priorité par l'<ref-law> qui n'est toutefois pas applicable dans l'assurance-chômage (art. 1er al. 2 LACI). Le législateur a en effet estimé que le régime des sanctions de la LACI ne pouvait pas s'harmoniser avec la LPGA (rapport de la Commission du Conseil national de la sécurité sociale et de la santé du 26 mars 1999 relatif au projet de loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales [LPGA]; FF 1999 p. 4215). On peut ainsi en inférer que l'<ref-law> n'est pas davantage applicable. On ne voit pas en effet que ce même législateur ait voulu soustraire les suspensions du droit à l'indemnité de la réglementation de l'<ref-law>, mais non de celle de l'<ref-law>. La suspension du droit à l'indemnité est donc exclusivement soumise aux dispositions spécifiques de l'assurance-chômage, en particulier l'<ref-law> et les dispositions d'exécution adoptées par le Conseil fédéral ( THOMAS NUSSBAUMER, Arbeitslosenversicherung, in: Soziale Sicherheit, SBVR Vol. XIV, 2 ème éd., n. 825 p. 2424).
Enfin, les conséquences attachées au défaut de production dans le délai des documents probatoires ne doivent pas nécessairement reposer sur une base légale formelle (question évoquée, mais laissée indécise dans l'<ref-ruling> consid. 6.2.3 p. 93). L'assuré doit apporter la preuve de ses efforts en vue de rechercher du travail pour chaque période de contrôle (<ref-law>), sous peine d'être sanctionné (art. 30 al. 1 let. c LACI). L'<ref-law> n'est en définitive que la concrétisation de ces dispositions légales.
3.3. Il en résulte que, sauf excuse valable, une suspension du droit à l'indemnité peut être prononcée si les preuves ne sont pas fournies dans le délai de l'<ref-law>, sans qu'un délai supplémentaire ne doive être imparti. Peu importe que les preuves soient produites ultérieurement, par exemple dans une procédure d'opposition.
4.
4.1. La durée de la suspension du droit à l'indemnité de chômage est fixée compte tenu non seulement de la faute, mais également du principe de proportionnalité ( NUSSBAUMER, op. cit., n. 855 p. 2435). En tant qu'autorité de surveillance, le SECO a adopté un barème (indicatif) à l'intention des organes d'exécution. Un tel barème constitue un instrument précieux pour ces organes d'exécution lors de la fixation de la sanction et contribue à une application plus égalitaire dans les différents cantons. Cela ne dispense cependant pas les autorités décisionnelles d'apprécier le comportement de l'assuré compte tenu de toutes les circonstances - tant objectives que subjectives - du cas concret, notamment des circonstances personnelles, en particulier celles qui ont trait au comportement de l'intéressé au regard de ses devoirs généraux d'assuré qui fait valoir son droit à des prestations (cf. p. ex. DTA 2006 n o 20 p. 229 consid. 2 [C 285/05]; arrêt 8C_33/2012 du 26 juin 2012 consid. 3.2). En revanche, la durée effective du chômage ne constitue pas un critère d'évaluation de la gravité de la faute (DTA 1999 n o 32 p. 184 [C14/97]).
4.2. La quotité de la suspension du droit à l'indemnité de chômage dans un cas concret constitue une question relevant du pouvoir d'appréciation, qui est soumise à l'examen du juge de dernière instance uniquement si la juridiction cantonale a exercé son pouvoir d'appréciation de manière contraire au droit, soit si elle a commis un excès positif («Ermessensüberschreitung») ou négatif («Ermessensunterschreitung») de son pouvoir d'appréciation ou a abusé («Ermessensmissbrauch») de celui-ci (arrêt 8C_33/2012 du 26 juin 2012 consid. 2.2; arrêt 8C_31/2007 du 25 septembre 2007 consid. 3.1, non publié in <ref-ruling> mais dans SVR 2008 ALV n° 12 p. 35). Il y a abus du pouvoir d'appréciation lorsque l'autorité, tout en restant dans les limites du pouvoir d'appréciation qui est le sien, se fonde sur des considérations qui manquent de pertinence et sont étrangères au but visé par les dispositions légales applicables, ou viole des principes généraux du droit tels que l'interdiction de l'arbitraire et de l'inégalité de traitement, le principe de la bonne foi et le principe de la proportionnalité (<ref-ruling> consid. 2 p. 152 et les références). Commet un excès positif de son pouvoir d'appréciation, l'autorité qui exerce son appréciation alors que la loi l'exclut, ou qui, au lieu de choisir entre les deux solutions possibles, en adopte une troisième. Il y a également excès du pouvoir d'appréciation dans le cas où l'excès de pouvoir est négatif, soit lorsque l'autorité considère qu'elle est liée, alors que la loi l'autorise à statuer selon son appréciation, ou qu'elle renonce d'emblée en tout ou partie à exercer son pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2 p. 310 et les références).
4.3. En l'espèce, la juridiction cantonale a motivé la réduction de la quotité du droit à l'indemnité par le fait que l'intimé n'avait eu connaissance de la décision de suspension du 16 juin 2011 que le 5 juillet 2011 - lors d'un entretien, sa conseillère la lui a remise en main propre - et qu'il avait formé opposition immédiatement en produisant la copie de ses huit recherches d'emploi pour mai 2011. Ces motifs ne constituent cependant pas, selon la jurisprudence précitée, des critères d'évaluation pertinents de la gravité de la faute pour fixer la durée de la suspension du droit à l'indemnité. Le présent cas se distingue de l'arrêt 8C_64/2012 du 26 juin 2012, dans lequel le Tribunal fédéral a confirmé une réduction de la suspension au minimum prévu par l'<ref-law>, au motif que l'intéressé avait remis la preuve de ses recherches d'emploi avec un jour de retard seulement et pour la première fois (cf. aussi arrêt 8C_33/2012 du 26 juin 2012). Or, dans le cas particulier, on doit admettre, sur la base des constatations du jugement attaqué, que l'intimé n'a pas remis spontanément les pièces requises. Il l'a fait seulement après avoir pris connaissance de la décision de suspension et de surcroît largement au-delà du délai dont il disposait à cet effet. Dans ces conditions, on doit admettre qu'il y a abus du pouvoir d'appréciation de la part de la juridiction cantonale.
Le recours est ainsi bien fondé.
5.
L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis. Le jugement du 31 juillet 2012 de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, est annulé et la décision sur opposition du 9 septembre 2011 de l'Office cantonal genevois de l'emploi est confirmée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et au Secrétariat d'Etat à l'économie (SECO).
Lucerne, le 26 février 2013
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Leuzinger
La Greffière: Berset

canton: CH

region: Federation


facts:
Faits:
A. La société X._ Ltd (ci-après: la société, l'assujettie ou la recourante), constituée à A._ en 1999, avait pour principal actif un avion de type "Challenger 604". Le 17 novembre 2000, elle a conclu avec la société B._ AG, dont le siège est à C._, un contrat intitulé "Operation Management Agreement" portant sur la maintenance, la gestion et l'exploitation de l'avion, soit la mise à disposition de ses clients de l'appareil pour des vols. Le contrat devait entrer en vigueur lors de l'immatriculation commerciale de l'avion en Suisse.
La société s'est annoncée en décembre 2000 à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale), en vue de son inscription au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA). Elle a précisé que son activité, consistant à affréter à B._ AG un avion importé en Suisse, débuterait le 8 janvier 2001, que son chiffre d'affaires annuel atteindrait 100'000 fr. et que, pour le cas où il se révélerait inférieur, elle souhaitait opter pour l'assujettissement.
La société a été immatriculée en tant qu'assujettie à la TVA le 8 janvier 2001. Elle a importé l'avion en Suisse le 27 février 2001, en s'acquittant de la TVA à l'importation.
Dans ses décomptes TVA afférents à 2001, la société a indiqué un impôt préalable déductible de 3'157'103 fr. 25 et un impôt dû de 5'752 fr. La différence, soit 3'151'351 fr. 25, lui a été versée par l'Administration fédérale.
Le 21 octobre 2002, l'assujettie a conclu avec D._ Ltd, société ayant son siège à E._ (Iles Vierges britanniques), un contrat intitulé "Aircraft Wet Lease Agreement", prévoyant la mise à disposition de l'avion, avec le personnel de vol fourni par B._ AG.
Dans ses décomptes TVA afférents à 2002, la société a indiqué un impôt préalable déductible de 259'493 fr. et un impôt dû de 5'752 fr., d'où il résultait un montant en sa faveur de 253'741 fr.
B. Après avoir requis différents documents, notamment les factures justifiant l'impôt préalable déclaré, et renseignements, en particulier sur l'existence et la nature d'éventuelles prestations fournies à des tiers et sur les prestations grevées d'impôt préalable, l'Administration fédérale a, par décision du 3 juin 2003, radié l'assujettie du registre des contribuables TVA avec effet au 31 décembre 2002. Elle lui a en outre réclamé le paiement de 3'206'085 fr. 45 pour les périodes allant du 1er trimestre 2001 au 1er trimestre 2002 et a corrigé les décomptes relatifs aux périodes allant du 2ème au 4ème trimestre 2002 en ce sens que le chiffre d'affaires et l'impôt préalable étaient nuls.
A l'encontre de cette décision, l'assujettie a formé une réclamation, en concluant à son annulation et au paiement de l'excédent d'impôt préalable résultant des décomptes afférents aux périodes allant du 2ème au 4ème trimestre 2002.
Dans ses décomptes relatifs aux trois premiers trimestres 2003, la société a indiqué un impôt préalable déductible de 164'803 fr. et un montant de TVA égal à zéro. Le 28 août 2003, elle a annoncé que l'avion avait été vendu le 30 juin 2003. Elle a exposé le 26 septembre 2003 que cette circonstance justifiait sa radiation du registre des contribuables TVA avec effet au 30 septembre 2003.
C. Par décision sur réclamation du 27 février 2007, l'Administration fédérale a considéré que les conditions de l'assujettissement de la société et du droit à la déduction de l'impôt préalable devaient être examinées au regard des seules prestations fournies à B._ AG, à l'exclusion de celles effectuées en faveur de D._ Ltd. La déduction de l'impôt préalable ne pouvait être admise que pour la période d'assujettissement, soit les années 2001 et 2002, et au surplus de manière réduite, à savoir exclusivement pour les prestations fournies à B._ AG. L'assujettie devait dès lors restituer 3'156'315 fr. 45 d'impôt préalable déduit à tort, seul un montant de 18'735 fr. 35 étant déductible à ce titre pour les périodes allant du 2ème au 4ème trimestre 2002.
Saisi d'un recours contre la décision précitée, le Tribunal administratif fédéral l'a rejeté, par arrêt du 29 juillet 2010. Il a confirmé, en substance, que la société n'avait pas réalisé d'opérations au sens du droit de la TVA avec D._ Ltd: un échange de prestations ne pouvait intervenir qu'entre des sujets distincts au plan économique, condition qui n'était pas réalisée en l'espèce; en outre, les transactions entre la société et D._ Ltd présentaient les caractéristiques de l'évasion fiscale. Dès lors, seules les prestations fournies à B._ AG sur le territoire suisse pouvaient être prises en considération pour se prononcer sur l'assujettissement de la société. Celles-ci dépassant le montant déterminant en 2001, la société était assujettie à titre obligatoire durant l'année en question. Même si elle n'avait pas effectué d'opérations en Suisse en 2002, elle demeurait assujettie jusqu'à la fin de cette année, sa radiation du registre des contribuables TVA avec effet à cette date étant intervenue à bon droit. Le Tribunal administratif fédéral a au surplus confirmé la réduction de l'impôt préalable déductible opérée par l'Administration fédérale au vu de l'absence d'opérations au sens du droit de la TVA avec D._ Ltd et de la fin de l'assujettissement de la société au terme de l'année 2002.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 29 juillet 2010, de reconnaître sa qualité d'assujettie à la TVA et son droit à la déduction complète de l'impôt préalable pour toute la période allant du 8 janvier 2001 au 30 juin 2003, de dire qu'elle n'est redevable d'aucun montant envers l'Administration fédérale au titre de l'impôt préalable qui lui a été restitué (périodes allant du 1er trimestre 2001 au 1er trimestre 2002) et de condamner cette dernière à lui rembourser l'impôt préalable afférent aux périodes allant du 2ème trimestre 2002 au 2ème trimestre 2003, soit un montant total de 357'269 fr. Elle demande également que son recours soit doté de l'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer sur le recours. L'Administration fédérale conclut à son rejet.
Par ordonnance du 20 octobre 2010, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.

considerations:
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par une partie directement touchée par l'arrêt attaqué et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. <ref-law>), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par le Tribunal administratif fédéral (cf. <ref-law>). Déposé dans le délai (cf. <ref-law>) et la forme (cf. <ref-law>) prévus par la loi et ne tombant sous le coup d'aucune des clauses de l'<ref-law>, il est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.2 Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (cf. <ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 584 et les références).
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. En vertu de l'<ref-law>, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. En l'espèce, le litige porte sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 2001 au 30 juin 2003 (1er trimestre 2001 au 2ème trimestre 2003). La présente cause doit dès lors être examinée au regard des dispositions de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA; RO 2000 1300 et les modifications ultérieures).
3. Est assujetti à l'impôt quiconque, même sans but lucratif, exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle en vue de réaliser des recettes, à condition que les livraisons de biens, les prestations de services et les prestations à soi-même qu'il a effectuées sur le territoire suisse dépassent globalement la somme de 75'000 fr. par an (art. 21 al. 1 aLTVA). Hormis l'impôt sur les prestations à soi-même, ne sont soumises à la TVA que les livraisons de biens et les prestations de services effectuées à titre onéreux (cf. art. 5 aLTVA). Une opération est effectuée à titre onéreux, à savoir contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation. Un rapport économique étroit doit exister entre elles, en ce sens que c'est la prestation qui déclenche la contre-prestation (<ref-ruling> consid. 6a p. 451; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 357). Un échange de prestations peut aussi avoir lieu entre des personnes proches. S'agissant de leur caractère imposable, les prestations à l'égard de personnes proches ne doivent en effet pas être traitées différemment de celles qui sont fournies à des tiers, les art. 5 ss aLTVA ne prévoyant aucune exception ou traitement particulier pour les prestations destinées à des proches (cf. arrêts 2C_638/2010 du 19 mars 2012, destiné à la publication, consid. 3.2; 2A.264/2006 du 3 septembre 2008 consid. 3.3, in Archives 78 p. 600, RDAF 2009 II p. 186, RF 64/2009 p. 40).
4. 4.1 La recourante fait valoir en premier lieu que le Tribunal administratif fédéral a arbitrairement nié l'existence d'un échange de prestations avec D._ Ltd, faute de sujets distincts sur le plan économique, et en refusant en conséquence son assujettissement à la TVA au titre de ses relations d'affaires avec cette société. En outre, il n'y aurait pas lieu de retenir une quelconque évasion fiscale.
4.2 Comme indiqué ci-dessus (consid. 3), à supposer que la recourante et D._ Ltd soient des personnes proches, cela n'exclut pas l'existence entre elles d'opérations au sens du droit de la TVA. Sur ce point, la décision entreprise ne peut être suivie. L'autorité précédente a toutefois nié l'existence d'opérations entre ces deux sociétés aussi en admettant l'existence d'une évasion fiscale, ce que la recourante conteste. Il convient ainsi d'examiner si le cas d'espèce présente les caractéristiques de l'évasion fiscale. Des considérations sur ce concept en droit fiscal en général et dans le domaine de la TVA en particulier s'imposent au préalable.
5. 5.1 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 635 s.; arrêt 2C_742/2008 du 11 février 2009 consid. 5.7, in Archives 79 p. 260, RF 64/2009 p. 604), il y a évasion fiscale lorsque a) la forme juridique choisie par le contribuable paraît insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, b) ce choix a été opéré abusivement, dans le seul but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit avaient été aménagés de façon appropriée et c) le procédé conduirait effectivement à une notable économie d'impôt s'il était admis par l'autorité fiscale.
Contrairement à ce que soutiennent certains auteurs (cf. en particulier PETER LOCHER, Rechtsmissbrauchsüberlegungen im Recht der direkten Steuern der Schweiz, Archives 75 p. 675 ss, spéc. p. 680; RENÉ MATTEOTTI, Der Durchgriff bei von Inländern beherrschten Auslandsgesellschaften im Gewinnsteuerrecht, 2003, p. 188 ss), il convient de s'en tenir à ces critères. La doctrine récente a certes raison lorsqu'elle prétend que l'évasion fiscale - comprise comme l'invocation abusive du sens considéré comme déterminant d'une norme (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 568) - ne saurait être envisagée que dans des cas très rares, lorsqu'une imposition ou une exemption fiscales ne sont pas possibles malgré une interprétation fondée sur le sens de la norme (cf. arrêt 2C_742/2008, précité, consid. 5.5; PIERRE-MARIE GLAUSER, Transparence fiscale: vers un nouveau mode d'allocation internationale du profit dans les groupes de sociétés, RF 61/2006 p. 486 ss [ci-après: Transparence fiscale], spéc. p. 502; Idem, Évasion fiscale et TVA, in Évasion fiscale, 2010, p. 21 ss, spéc. p. 42). Dans de tels cas, l'application de la loi conduit à un résultat qui, en raison des particularités de l'état de fait, apparaît comme hautement choquant, voire inconciliable avec le principe d'interdiction de l'arbitraire (cf. LOCHER, op. cit., p. 694; MARKUS REICH, Steuerrecht, 2e éd., 2012, § 6 no 47 p. 149; PIERRE-MARIE GLAUSER, Évasion fiscale et interprétation économique en matière de TVA, Archives 75 p. 727 ss, spéc. p. 742). Lorsque l'existence d'une évasion fiscale est examinée sous cet angle, les critères précités permettent de la distinguer de l'économie d'impôt acceptable du point de vue fiscal (cf. arrêt 2C_638/2010, précité, consid. 4.1).
S'agissant de l'examen de la construction juridique choisie, élément objectif de l'analyse, il convient par conséquent d'accorder une importance décisive à son caractère totalement inapproprié. Pour admettre l'existence d'une évasion fiscale, l'on doit ainsi être en présence d'une construction qui - abstraction faite des aspects fiscaux - n'a aucun sens du point de vue économique (cf. REICH, op. cit., § 6 no 20 p. 141). De son côté, l'élément subjectif joue un rôle déterminant dans la mesure où il est exclu d'admettre une évasion fiscale lorsque la construction juridique repose sur des raisons autres que la simple économie d'impôt. Lorsqu'une norme est invoquée de façon abusive, sans qu'aucun intérêt digne de protection ne le justifie, cela ne saurait rester sans conséquences. En ce qui concerne enfin l'analyse des effets de la construction, il ne faut pas perdre de vue que le contribuable est en principe libre de façonner ses relations juridiques comme il l'entend. Une intervention à l'encontre d'une construction abusive ne se justifie par conséquent que si celle-ci produit réellement des effets au plan fiscal (cf. arrêt 2C_638/2010, précité, consid. 4.1).
La question de savoir si les conditions pour admettre une évasion fiscale sont données doit être examinée en se fondant sur les circonstances concrètes du cas d'espèce. Lorsque l'évasion fiscale est retenue, la jurisprudence du Tribunal fédéral considère que l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur celle qui aurait été appropriée au but économique poursuivi (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 635 s.). Contrairement à l'opinion de la doctrine (voir p. ex. LOCHER, op. cit., p. 680 et 696; GLAUSER, Transparence fiscale, op. cit., p. 502), une telle fiction ne pose pas problème. En effet, ce n'est que la construction juridique formelle qui est niée. En ce qui concerne ses conséquences économiques - seules déterminantes pour l'analyse -, la situation reste inchangée (cf. REICH, op. cit., § 6 no 24 p. 142).
5.2 Contrairement à l'avis de GLAUSER (in Archives 75, op. cit., p. 759), rien ne s'oppose à l'application de ces règles en matière de TVA (cf. arrêts 2C_638/2010, précité, consid. 4.2; 2C_742/2008, précité, consid. 5.5 et 5.6; 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 4.2, in Archives 77 p. 354, RF 63/2008 p. 556). Dans l'ATF <ref-ruling> consid. 10 p. 369 s., le Tribunal fédéral a expressément réservé l'évasion fiscale, de même que dans l'arrêt 2A.748/2005 du 25 octobre 2006 consid. 3.5 (in RF 62/2007 p. 234). Comme le relève à juste titre la recourante, cette jurisprudence a fait l'objet de critiques. On peut se référer à cet égard aux réflexions de principe de la doctrine selon lesquelles une évasion fiscale ne saurait être admise que dans les situations où la norme fiscale se fonde sur le droit civil, ce qui ne serait pas le cas de la TVA, car celle-ci repose principalement sur des concepts économiques (cf. BÉATRICE BLUM, Steuerumgehung bei der Mehrwertsteuer - Halten eines Flugzeuges in einer "Briefkastengesellschaft", in Entwicklungen im Steuerrecht 2009, p. 343 ss, spéc. p. 347; GLAUSER, in Archives 75, op. cit., p. 759; HAROLD GRÜNINGER/STEFAN OESTERHELT, Steuerrechtliche Entwicklungen [insbesondere im Jahr 2008], RSDA 2009 p. 51 ss, spéc. p. 66 s.).
Cette opinion ne saurait être suivie. Il est vrai que, selon une jurisprudence constante, en présence d'une norme fiscale fondée sur des points de rattachement économiques, l'interprétation selon la réalité économique ne dépend pas de la réalisation des conditions d'une évasion fiscale (cf. arrêt 2C_879/2008 du 20 avril 2009 consid. 6.1, in RDAF 2009 II p. 386, StE 2009 B 92.3 no 17; <ref-ruling> consid. 3b p. 241). On ne saurait pourtant en déduire qu'il n'y a plus de place pour l'évasion fiscale lorsqu'une norme doit être interprétée selon la réalité économique: l'admission d'une évasion fiscale se justifie parce que le fait de se prévaloir abusivement d'un droit ou d'invoquer de manière abusive une norme ne mérite pas d'être protégé. Cette réflexion fondamentale garde sa validité que l'on doive interpréter une norme selon son seul contenu de droit civil ou en se plaçant sous l'angle économique. Si l'on constate qu'une construction juridique est totalement inappropriée aux buts économiques poursuivis et qu'en vertu des normes légales pertinentes, son acceptation conduirait à des économies d'impôt indues, le fait de se prévaloir abusivement de cette forme juridique qui ne correspond en définitive pas au but économique poursuivi ne mérite pas d'être protégé. Il importe peu à cet égard que le contenu des normes invoquées de façon abusive soit établi en se fondant sur les seuls concepts de droit civil ou en procédant à une interprétation selon la réalité économique (cf. dans ce sens le modèle à deux niveaux de LOCHER, op. cit., p. 693 s.; voir aussi Danielle Yersin, Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires no 54; d'un autre avis PIERRE-MARIE GLAUSER, Notion d'évasion fiscale - Introduction générale, in Évasion fiscale, 2010, p. 1 ss, spéc. p. 18, lorsqu'il affirme: "Il serait en effet tout à fait contradictoire d'invoquer la réalité économique dans le cadre de l'évasion pour s'écarter d'une disposition interprétée selon la même réalité économique.").
Ce qui précède trouve une illustration dans les situations où il s'impose en définitive de nier l'existence juridique d'une personne morale (Durchgriff). Même si l'activité exercée par la personne morale devait, en vertu d'une norme comportant des points de rattachement économiques, entraîner des conséquences fiscales pour celle-ci, l'invocation de l'existence autonome de la personne morale, indépendamment du titulaire des droits de participation, apparaît dans de tels cas de figure comme totalement inappropriée à la réalité économique. Si l'application des normes pertinentes conduit à un résultat totalement inacceptable et insoutenable, qui ne correspond en aucun cas aux intentions du législateur, il est possible d'atténuer l'effet d'écran lié à la personne morale ou de le supprimer complètement (cf. REICH, op. cit., § 18 no 15 p. 441; voir aussi GLAUSER, in Évasion fiscale, op. cit., p. 21 ss, spéc. p. 39; Idem, in Archives 75, op. cit., spéc. p. 762 s., qui aboutit apparemment au même résultat). Le fait que, dans certaines circonstances, l'interprétation fondée sur la réalité économique suffit à admettre que l'on n'est pas en présence d'opérations au sens du droit de la TVA, de sorte qu'il ne reste plus de place pour l'évasion fiscale, ne saurait rien y changer (cf. arrêt 2C_638/2010, précité, consid. 4.2).
Il convient par conséquent d'examiner si l'autorité précédente a admis à juste titre l'existence d'une évasion fiscale dans le cas d'espèce.
5.3 Le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'interposition de deux sociétés offshore - disposant d'ailleurs de la même adresse et du même numéro de fax en Arabie saoudite - aux fins de détenir l'avion devait être qualifiée d'insolite. Les risques inhérents à la détention d'un avion pouvaient en effet être réduits autrement, notamment en concluant une assurance appropriée ou en constituant une personne morale d'un autre type. La construction juridique en cause paraissait donc avoir été choisie dans le seul but de réaliser une notable économie d'impôts, ce qui aurait été le cas si elle avait été acceptée par les autorités fiscales.
5.3 Le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'interposition de deux sociétés offshore - disposant d'ailleurs de la même adresse et du même numéro de fax en Arabie saoudite - aux fins de détenir l'avion devait être qualifiée d'insolite. Les risques inhérents à la détention d'un avion pouvaient en effet être réduits autrement, notamment en concluant une assurance appropriée ou en constituant une personne morale d'un autre type. La construction juridique en cause paraissait donc avoir été choisie dans le seul but de réaliser une notable économie d'impôts, ce qui aurait été le cas si elle avait été acceptée par les autorités fiscales.
5.4 5.4.1 Dans l'arrêt 2C_632/2007, précité, le Tribunal fédéral a considéré que le fait d'interposer une personne morale comme détentrice d'un avion n'avait en soi guère de sens - cette personne morale ne disposant pas d'une organisation professionnelle aux fins d'exploiter celui-ci - et que l'argument lié à une prétendue limitation de la responsabilité n'y changeait rien. Si la personne physique recourait à une personne morale sans activité propre, agissant comme simple "société relais" (Durchlaufgesellschaft), pour détenir son avion, cela apparaissait comme insolite (consid. 4.5). Or, on ne saurait s'en tenir à ces considérants de manière aussi générale. En premier lieu, il convient de constater qu'il est d'usage courant de ne pas détenir des avions à titre privé, mais par l'entremise d'une personne morale (cf. XAVIER OBERSON/JACQUES PITTET, La jurisprudence du Tribunal fédéral rendue en 2008 en matière de TVA, in Archives 79 p. 149 ss, spéc. p. 163 ss, qui relèvent en particulier le fait qu'aucune personne physique ne figure comme détenteur dans le registre matricule des aéronefs; cf. aussi URS R. BEHNISCH/ANDREA OPEL, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 2008, in RSJB 145/2009 p. 503 ss, spéc. p. 576 ss; BLUM, op. cit., p. 350; GRÜNINGER/OESTERHELT, op. cit., p. 66). Comme divers auteurs le soulignent, ce sont des raisons liées au financement des avions et à la limitation de la responsabilité qui déterminent ce choix (cf. OBERSON/PITTET, op. cit., p. 164; GRÜNINGER/OESTERHELT, loc. cit.). Les dommages pouvant découler de l'utilisation d'un avion peuvent en effet s'avérer importants, en particulier si l'on songe que, dans certains États, les dommages-intérêts représentent un multiple de ceux qui ont cours dans notre pays (cf. BLUM, loc. cit.). C'est ainsi en particulier la limitation de la responsabilité qui constitue dans de nombreux cas un motif économiquement adéquat pour exercer une activité risquée par le biais d'une personne morale distincte (cf. aussi ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Actualités en matière fiscale dans le champ de l'aviation, ASDA 2009 p. 33 ss, spéc. p. 38). Cet aspect a été négligé dans l'arrêt précité. Des raisons supplémentaires de détenir un avion d'affaires par l'entremise d'une personne morale peuvent consister dans le fait que les banques subordonnent leur financement à l'existence de telles constructions, ou que la transparence du registre matricule des aéronefs - qui est public - peut être atténuée de cette manière (cf. GRÜNINGER/OESTERHELT, loc. cit.; cf. aussi GLAUSER, in Évasion fiscale, op. cit., p. 21 ss, p. 39).
5.4.2 Il en va en revanche autrement lorsque la société est utilisée principalement aux fins de satisfaire des besoins privés de son actionnaire unique. Le Tribunal fédéral a relevé il y a longtemps déjà - en relation avec la détention, par une société anonyme, d'une maison de vacances mise à la disposition presque exclusive de l'actionnaire unique - qu'il est dans la nature des choses qu'un tel objet soit destiné principalement à satisfaire les besoins personnels de l'actionnaire et que les autres objectifs qui sont normalement visés par la création d'une société immobilière deviennent tout à fait secondaires. Envisagée dans son ensemble, une telle construction de droit civil apparaît comme totalement inappropriée aux réalités économiques effectives (cf. arrêt du 12 novembre 1969, in Archives 40 p. 210 ss, spéc. p. 219 ss). Cette conclusion s'impose en principe de même lorsque la société est créée principalement aux fins de mettre un avion à la disposition de l'actionnaire pour son usage privé. L'abus ne consiste certes pas dans le fait de constituer une personne morale servant à détenir l'avion utilisé à titre privé. Mais il y a abus lorsque l'on tente par là d'obtenir en plus un avantage fiscal, notamment en se faisant rembourser l'impôt préalable dont le montant est plus élevé que les sommes versées au titre de la TVA. Or, si l'avion n'est utilisé qu'à titre privé par l'ayant droit économique de la personne morale, l'inscription dans le registre des contribuables TVA ne peut poursuivre que ce seul but. Il se justifie alors de ne pas reconnaître une telle personne morale comme sujet fiscal distinct.
5.4.3 Il appartient à l'autorité fiscale d'apporter la preuve d'une évasion fiscale. Il lui suffit à cet effet de démontrer qu'il n'existe aucune raison économique ou commerciale justifiant l'utilisation de l'avion. On peut alors en déduire, dans le sens d'une présomption naturelle, que l'avion est utilisé à des fins privées par l'actionnaire ou les proches de ce dernier. Cela vaut notamment dans un contexte international, où les exigences en matière de preuves sont accrues (cf. <ref-ruling> consid. 7.2 p. 166; arrêts 2A.79/2002 du 27 janvier 2003 consid. 5.2, in Archives 72 p. 736, RDAF 2003 II p. 382, RF 58/2003 p. 368; 2A.609/2003 du 27 octobre 2004 consid. 2.4, in StE 2005 A 23.2 no 2, PJA 2005 p. 869). Le contribuable peut de son côté renverser la présomption, en démontrant qu'il a besoin de l'appareil à des fins commerciales.
5.5 En l'espèce, il ressort du contrat intitulé "Operation Management Agreement" que B._ AG s'est engagée vis-à-vis de la recourante à maintenir l'avion prêt à l'usage 24h sur 24 (ch. 2.3). Lorsque l'avion n'était pas utilisé par la recourante, B._ AG devait s'efforcer de le louer à des tiers, location qui ne pouvait toutefois avoir lieu sans le consentement écrit de celle-ci (ch. 1.2, 5.1 et 5.2). Il apparaît ainsi que l'avion devait principalement servir à la recourante, ainsi qu'à des personnes proches de celle-ci. A cet égard, il n'y a pas lieu de s'écarter de la constatation de l'autorité précédente, selon laquelle il y a identité entre le ou les ayant(s) droit économique(s) de la recourante et ceux de D._ Ltd. Le Tribunal administratif fédéral a en effet considéré que la recourante s'était toujours refusée à donner des indications nominatives à ce propos, mais qu'elle avait finalement déclaré, dans un courrier du 3 janvier 2006, que "les usagers de l'avion étaient en grande partie, voire tous, des membres d'une famille qui possède un groupe international de sociétés [...], tous résidents hors de Suisse [et ayant] tous utilisé l'avion dans le cadre de leurs activités de direction ("active management") des sociétés qu'ils possèdent dans le monde entier, mais principalement en Grande-Bretagne et au Moyen-Orient". L'autorité précédente a en outre relevé que les deux sociétés en question disposaient de la même adresse en Arabie saoudite et du même numéro de fax. Quoi qu'en dise la recourante, il n'est à tout le moins pas arbitraire de conclure, dans ces conditions, à l'identité de l'/des ayant(s) droit économique(s) des deux sociétés.
Dans un courrier du 17 décembre 2004, l'Administration fédérale a demandé à la recourante de produire les billets de passage (Flugscheine) et la liste des passagers transportés pendant les années 2001 à 2003, ce à quoi la recourante s'est refusée (courrier du 28 février 2005). Par ailleurs, lors d'une séance tenue le 19 septembre 2005 en présence des mandataires de la recourante, la question de savoir si l'avion avait été utilisé à des fins privées ou commerciales a été soulevée par les représentants de l'Administration fédérale. Dans une écriture du 12 janvier 2006, faisant suite au courrier précité de la recourante du 3 janvier 2006, l'Administration fédérale a demandé une nouvelle fois des précisions au sujet de l'abréviation "PVT" qui figurait sur le plan de vol en regard d'une grande partie des vols effectués par l'avion durant les années 2001 à 2003, abréviation qui désignait, selon les renseignements donnés par B._ AG, les trajets parcourus en faveur du propriétaire de l'avion ou de personnes proches de celui-ci. La recourante était invitée à dire, en particulier, si les vols en question avaient servi à transporter des employés de la société D._ Ltd. Dans sa décision sur réclamation du 27 février 2007, l'Administration fédérale a indiqué qu'elle avait voulu par là déterminer aussi s'il s'agissait de vols liés à des activités imposables ou à un usage privé (ch. 4.8). Elle a en outre relevé qu'au vu des pièces figurant au dossier, il n'était pas établi que l'avion avait été utilisé à des fins commerciales, en vue de réaliser des opérations imposables (ch. 4.15 p. 25, ch. 6.2 et 6.3). Or, dans son recours au Tribunal administratif fédéral, la recourante n'a, pas davantage qu'auparavant, remis en cause cette constatation.
La recourante a ainsi eu à de nombreuses reprises l'occasion de démontrer que l'avion avait été utilisé à des fins commerciales, ce qu'elle n'a pas fait. Dans ces conditions, il y a lieu de s'en tenir à la présomption selon laquelle l'appareil a servi à l'usage privé du ou des ayant(s) droit économique(s) de la recourante ainsi que de D._ Ltd. Pour ce qui est des opérations réalisées entre ces deux sociétés, il apparaît dès lors que l'immatriculation de la recourante au registre des contribuables TVA poursuivait essentiellement le but d'obtenir un avantage fiscal, en se faisant rembourser l'excédent d'impôt préalable résultant de ces opérations. Dans cette mesure, il se justifie de retenir l'existence d'une évasion fiscale, comme l'a admis l'autorité précédente. Cela implique de faire abstraction de la personnalité morale (Durchgriff) de la recourante ainsi que de D._ Ltd, pour ce qui est des opérations réalisées entre elles; lesdites opérations doivent être imputées à la sphère privée de l'/des ayant(s) droit économique(s) des deux sociétés, avec pour conséquence qu'elles ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable comme activités privées au sens de l'art. 38 al. 4 aLTVA. De même, ces opérations n'ont pas à être prises en considération pour se prononcer sur l'assujettissement de la recourante à la TVA.
Il n'y a en revanche pas de raison d'admettre l'existence d'une évasion fiscale en relation avec les opérations que la recourante a réalisées avec B._ AG, qui est indépendante vis-à-vis d'elle. A la différence de celles effectuées entre la recourante et D._ Ltd, ces opérations - pour autant que les autres conditions soient réunies - doivent donc être prises en considération pour statuer sur l'assujettissement de la recourante et, par ailleurs, elles donnent droit à la déduction de l'impôt préalable. S'agissant de ce dernier point, il y a ainsi eu double affectation au sens de l'art. 41 aLTVA, dès lors que la recourante a utilisé des biens et des services grevés de l'impôt à la fois pour des affectations donnant droit à la déduction de l'impôt préalable (opérations avec B._ AG) et à d'autres fins (opérations avec D._ Ltd).
6. La recourante conteste que son assujettissement à la TVA ait pris fin au 31 décembre 2002. Elle soutient qu'elle est demeurée assujettie jusqu'à la vente de l'avion, intervenue à la fin du 2ème trimestre 2003.
6.1 En vertu du contrat intitulé "Operation Management Agreement", B._ AG devait s'efforcer de louer l'avion à des tiers, lorsque la recourante n'en avait pas besoin elle-même (cf. ci-dessus consid. 5.5). En cas de location à des tiers, B._ AG devait créditer la recourante de 3'820 USD par heure de vol, 700 USD par atterrissage et 700 USD pour les frais d'hébergement de l'équipage (ch. 5.3 dudit contrat). Le fait de mettre l'avion à la disposition de B._ AG moyennant les contre-prestations précitées constitue en droit de la TVA une livraison de biens au sens de l'art. 6 al. 1 et 2 let. b aLTVA (cf. arrêt 2C_904/2008 du 22 décembre 2009 consid. 2.2, in RF 65/2010 p. 344). Compte tenu du fait que l'avion servait en premier lieu à la recourante et ne pouvait être loué à des tiers qu'avec le consentement de cette dernière, il y a lieu d'admettre, à l'instar de l'autorité précédente et conformément à l'arrêt précité 2C_904/2008 (consid. 5.4), qu'il n'y a pas eu une seule livraison (en 2001, lorsque l'avion a été pour la première fois mis à la disposition de B._ AG), mais plusieurs livraisons successives.
Aux termes de l'art. 21 al. 1 aLTVA, seules les opérations réalisées sur le territoire suisse sont prises en considération afin de déterminer si la limite de chiffre d'affaires de 75'000 fr. par année est atteinte et, partant, s'il y a assujettissement obligatoire. La question de l'assujettissement est ainsi liée à celle de la localisation des opérations.
La livraison consistant à mettre à disposition un avion est localisée à l'endroit où l'appareil se trouve lorsqu'il est remis au destinataire (cf. art. 13 let. a aLTVA et arrêt 2C_904/2008, précité, consid. 2.2).
6.2 En l'occurrence, l'autorité précédente a relevé pour 2001 que deux des notes de crédit figurant au dossier de la cause représentaient à elles seules un montant de plus de 75'000 fr. pour la mise à disposition de B._ AG de l'avion au départ de la Suisse. Par conséquent, la recourante était assujettie à titre obligatoire durant l'année en question, ce qui n'est pas contesté.
S'agissant de 2002, l'autorité précédente a retenu sur la base des notes de crédit et du listing ("Flight information System, Aircraft movements") figurant au dossier que la recourante n'avait pas réalisé d'opérations en Suisse avec B._ AG durant l'année en question. La recourante ne faisant pas valoir - en tout cas pas d'une manière conforme aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law> rappelées ci-dessus - que cette appréciation des preuves serait arbitraire, cette constatation de fait lie le Tribunal de céans (cf. consid. 1.2 ci-dessus). L'absence d'opérations en Suisse en 2002 n'empêche pas que la recourante est demeurée assujettie à la TVA durant cette année, puisqu'en vertu de l'art. 29 let. b aLTVA, l'assujettissement prend fin au terme de l'année civile au cours de laquelle les montants déterminants n'ont plus été dépassés, si l'on peut s'attendre à ce qu'ils ne le soient pas non plus pendant l'année civile suivante.
L'autorité précédente a considéré que les conditions de l'art. 29 let. b aLTVA étaient réunies à la fin de l'année 2002, de sorte que l'assujettissement de la recourante avait cessé à ce moment-là. La recourante conteste que l'on ait pu s'attendre à la fin 2002 à ce que le montant déterminant ne serait pas atteint durant l'année 2003. Or, s'il est exact que la loi n'exige pas la preuve stricte d'un chiffre d'affaires futur, encore faut-il que le contribuable établisse, au plan de la prévisibilité, que ce chiffre d'affaires pourrait atteindre le montant déterminant pour l'assujettissement. La recourante, qui a expliqué la baisse du chiffre d'affaires en 2002 par la conjoncture défavorable sur le marché de l'aviation, n'a fait état d'aucune amélioration prévisible pour l'année 2003. Elle n'a notamment allégué aucune circonstance permettant de prévoir qu'en 2003 l'avion serait mis à la disposition de B._ AG en Suisse, contrairement à ce qui s'était passé pendant toute l'année 2002. De telles prévisions ne se sont d'ailleurs pas réalisées, puisque le chiffre d'affaires que la recourante indique avoir réalisé avec B._ AG en 2003 est documenté par trois notes de crédit, qui indiquent toutes un aéroport de départ se situant hors de Suisse. Ces prestations constituaient donc des opérations à l'étranger, qui ne sont pas déterminantes pour l'assujettissement obligatoire. C'est dès lors à bon droit que l'autorité précédente a considéré que l'assujettissement de la recourante avait cessé à la fin de l'année 2002.
Quant à la vente de l'avion, intervenue à la fin du 2ème trimestre 2003, elle ne pouvait conduire à faire réinscrire la recourante au registre des contribuables TVA pour les deux premiers trimestres 2003. L'assujettissement à la TVA suppose en effet une activité économique durable (cf. arrêt 2A.501/2001 du 27 mai 2002 consid. 2, in Archives 73 p. 222, RDAF 2003 II p. 14, RF 57/2002 p. 674), condition qui n'était plus remplie dès lors que la recourante avait vendu son principal actif. Les conditions de l'assujettissement obligatoire n'étaient ainsi pas remplies durant les deux premiers trimestres de l'année 2003.
6.3 La recourante se prévaut des règles sur l'assujettissement à option. Elle soutient qu'elle demeurait assujettie durant l'année 2003 à titre volontaire, en application de l'art. 56 al. 3 aLTVA, disposition aux termes de laquelle toute personne qui ne réalise plus le chiffre d'affaires déterminant l'assujettissement et omet de l'annoncer est censée avoir opté pour ce dernier. Elle fait valoir qu'elle avait en effet atteint, tant en 2002 qu'en 2003, la limite requise pour l'assujettissement à option, étant précisé que les livraisons effectuées à l'étranger doivent selon elle être prises en considération à cet égard, conformément à la brochure spéciale no 2, intitulée "Assujettissement à la TVA", éditée par l'Administration fédérale en septembre 2000 (ch. 4.2.1).
Selon la brochure précitée, la condition pour un assujettissement volontaire est de réaliser annuellement plus de 40'000 fr. de chiffre d'affaires provenant notamment "d'exportations ou de livraisons/prestations de services effectuées à l'étranger par des entreprises suisses, qui seraient imposables si elles étaient fournies sur le territoire suisse [...]" (loc. cit.; voir aussi les Instructions 2001 sur la TVA, ch. 688). On peut se demander si cette disposition est conforme à la loi, en particulier dans la mesure où elle prévoit que les opérations effectuées à l'étranger sont prises en considération. La question n'a toutefois pas à être tranchée en l'espèce, du moment que l'option n'est de toute manière offerte qu'aux entreprises suisses, de sorte que la recourante ne peut s'en prévaloir.
6.4 Au vu de ce qui précède, c'est à bon droit que l'autorité précédente a jugé que la recourante avait cessé d'être assujettie à la TVA à la fin de l'année 2002.
7. S'agissant du droit à la déduction de l'impôt préalable, la recourante prétend que celui-ci doit lui être reconnu aussi pour ce qui est des opérations réalisées avec D._ Ltd. A cet égard, il peut être renvoyé au consid. 5.5 ci-dessus.
A titre subsidiaire, la recourante soutient que la vente de l'avion donne également droit à la déduction de l'impôt préalable. Le fait qu'elle n'était plus assujettie à la TVA à compter de la fin de l'année 2002 (cf. consid. 6 ci-dessus) y fait toutefois obstacle. A cela s'ajoute que les charges préalables en cause, liées aux prestations d'"aircraft management" de B._ AG, ont servi essentiellement à l'utilisation de l'avion et non à la vente de celui-ci (cf. détermination de l'Administration fédérale sur le recours au Tribunal de céans, p. 5). Pour ce motif aussi, la vente en question ne saurait donner droit à la déduction de l'impôt préalable litigieux.
8. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (cf. <ref-law>) et n'a pas droit à des dépens (cf. <ref-law> a contrario).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 28 juin 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin