facts:
Sachverhalt:
A. Die X._ AG, eine Immobiliengesellschaft mit Sitz in Luzern, ist eine Tochtergesellschaft der börsenkotierten Y._ Holding AG. Mangels einer eigenen Infrastruktur in Luzern erledigte die in A._/ZH (ab 18. September 2006 in B._/ZH) domizilierte Gruppengesellschaft Z._ Verwaltungs AG das Tagesgeschäft und stellte der X._ AG als Schwestergesellschaft hierfür lückenlos Rechnung.
Die X._ AG ist in den Bereichen Immobilienanlagen und -promotionen tätig. Im Anlagebereich nimmt sie die Aufgaben einer klassischen Immobiliengesellschaft wahr, indem sie Renditeobjekte zwecks Erzielung nachhaltiger Mieterträge erwirbt, langfristig hält und im Anlagevermögen bilanziert. Im Bereich Immobilienpromotionen werden Liegenschaften gekauft, (neu) überbaut und in der Regel in Form von Stockwerkeinheiten wieder verkauft. Die betreffenden Liegenschaften werden weniger lang gehalten und entsprechend im Umlaufvermögen bilanziert.
In den Jahren 2001 bis 2004 veräusserte die X._ AG im Geschäftsbereich Immobilienpromotionen Objekte im Wert von rund CHF 387 Mio. (2001: CHF 64.8 Mio.; 2002: CHF 92.8 Mio.; 2003: CHF 129.6 Mio.; 2004: CHF 100 Mio.). Ein Grossteil dieser Objekte befindet sich in verschiedenen Gemeinden des Kantons Zürich. Zu den in der Stadt Zürich verkauften Objekten gehörten u.a. die Liegenschaften Q._strasse 44 (diverse Handänderungen 2001), R._strasse 48-52 (Verkauf am 22. Dezember 2002), S._strasse 15 (Handänderungen 2002 bis 2003) und T._strasse 6 (Handänderungen 2003 bis 2004).
B. Am 22. August 2006 veranlagte die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich die X._ AG betreffend die folgenden Grundstückgewinne:
Liegenschaft
Grundstückgewinn CHF
Steuerbetrag CHF
Q._strasse 44
697'624.--
213'050.--
R._strasse 48-52
469'568.--
177'200.--
S._strasse 15
779'395.--
227'615.--
T._strasse 6
584'126.--
217'666.--
Total
2'530'713.--
835'531.--
Die hiergegen erhobenen Einsprachen der X._ AG wies die Kommission mit Beschlüssen vom 8. Mai 2007 im Wesentlichen ab. Einzig bei der Liegenschaft R._strasse 48-52 berücksichtige sie die Grundstückgewinnsteuer anlagekostenmindernd und reduzierte die Steuerforderung von CHF 177'200.-- auf CHF 126'560.--. Mittels Rekurs vom 13. Juni 2007 beantragte die X._ AG u.a., es sei zusätzlich eine Händlerpauschale in Höhe von 3 % der Verkaufspreise zu berücksichtigen und es seien die in anderen Zürcher Gemeinden erlittenen Verluste mit den vorliegend interessierenden Gewinnen zu verrechnen. Mit Entscheid vom 11. November 2009 hiess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich das Rechtsmittel insoweit teilweise gut, als sie u.a. eine Händlerpauschale von 1 % der Verkaufspreise berücksichtigte, an die Gewinne der Liegenschaft T._strasse 6 ausserkommunale Verluste anrechnete und die zu entrichtenden Grundstückgewinnsteuern neu wie folgt festsetzte:
Liegenschaft
Steuerbetrag CHF
Q._strasse 44
196'100.--
R._strasse 48-52
113'000.--
S._strasse 15
215'625.--
T._strasse 6
196'001.--
Total
720'726.--
Gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission III beschwerte sich die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragte die Erhöhung der berücksichtigten Händlerpauschale auf 2 % sowie die Anrechnung von Betriebsverlusten und von Verlusten aus der Veräusserung von anderen Liegenschaften. Mit Entscheid vom 2. Juni 2010 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab: Die Steuerrekurskommission III habe die Händlerpauschale zutreffend festgesetzt, weitere ausserkommunale Verluste seien ausschliesslich revisionsweise zu berücksichtigen und Betriebsverluste seien nach dem Grundsatz des Vorranges der sog. "Verlustverrechnung in der Zeit" zunächst mit künftigen Betriebsgewinnen zu verrechnen.
C. Mit Eingabe vom 7. September 2010 führt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt sinngemäss, es sei das Urteil der Vorinstanz aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuern seien unter Berücksichtigung einer Händlerpauschale von 2 % sowie unter Verrechnung von Betriebsverlusten und von Verlusten aus der Veräusserung von anderen Liegenschaften wie folgt festzusetzen:
Liegenschaft
Steuerbetrag CHF
Q._strasse 44
0.--
R._strasse 48-52
20'195.--
S._strasse 15
30'240.--
T._strasse 6
0.--
Total
50'435.--
Die Steuerpflichtige rügt im Wesentlichen eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung von Bundesrecht, insbesondere einen Verstoss gegen das Doppelbesteuerungsverbot von <ref-law>.
D. Während das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Abweisung der Beschwerde beantragt, soweit darauf einzutreten ist, verzichten die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich, die Eidgenössische Steuerverwaltung sowie die ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Finanzdepartement des Kantons Luzern auf eine Stellungnahme.

considerations:
Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von <ref-law> ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf <ref-law> zur Ergreifung des Rechtsmittels legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (<ref-law>).
1.2 Bei Beschwerden in Zusammenhang mit interkantonalen Kompetenzkonflikten könnte die bereits rechtskräftige Veranlagung eines andern Kantons mitangefochten werden (<ref-law>); es spielt keine Rolle, dass es sich dabei nicht um ein Urteil im Sinne von <ref-law> handelt (<ref-ruling> E. 2.4 S. 307 ff.). Vorliegend wurden indes nur die Grundstückgewinnsteuerveranlagungen der Stadt Zürich für die Jahre 2001 bis 2004 resp. die betreffenden Rechtsmittelentscheide angefochten, nicht aber die - jedenfalls bis 2003 rechtskräftigen - Veranlagungen der Steuerbehörden des Kantons Luzern betreffend die ordentlichen Gewinn- und Kapitalsteuern dieser Steuerperioden am Hauptsitz der Beschwerdeführerin.
1.3 Das Bundesrecht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Mit einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können diese nur dann gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Zudem ist vom Beschwerdeführer aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Diese Bindung an das vorinstanzlich Festgestellte gilt grundsätzlich auch bei Beschwerden in Doppelbesteuerungssachen (Urteil 2C_514/2008 vom 8. September 2009 E. 3.1 publ. in: StR 65, 138, S. 140 f.), insbesondere wenn wie hier nur das letztinstanzliche Endurteil eines einzigen Kantons Anfechtungsobjekt bildet. Neue Beweismittel sind nur insoweit zulässig, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.4 Die Rechtsfragen im Zusammenhang mit einer Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots prüft das Bundesgericht mit voller Kognition (Urteil 2P.126/1998 vom 27. Januar 2000 E. 1b publ. in: StE 2000 A 24.35 Nr. 1). Die Anwendung von nicht harmonisierungsbedürftigem kantonalem Recht wird dagegen nur auf Willkür hin überprüft (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 158; Urteil 2C_211/2009 vom 12. August 2009 E. 1.2).
2. Die Beschwerdeführerin verlangt die Berücksichtigung einer Händlerpauschale von 2 % während die Vorinstanz lediglich eine solche von 1 % akzeptiert hat.
2.1 Die Grundstückgewinnsteuer wird gemäss § 205 bzw. § 210 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) von den Gemeinden erhoben. Massgeblich sind die Gewinne, die sich bei Handänderungen an Grundstücken oder Anteilen von solchen ergeben (§ 216 Abs. 1 StG/ZH). Beim Grundstückgewinn handelt es sich um den Betrag, um welchen der Erlös die Anlagekosten übersteigt (§ 219 Abs. 1 StG/ZH). Die Anlagekosten entsprechen der Summe von Erwerbspreis (§ 220 StG/ZH) und Aufwendungen (§ 221 StG/ZH; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, Rz. 3 zu § 219 StG/ZH).
Die Aufzählung der anrechenbaren Aufwendungen in § 221 Abs. 1 StG/ZH ist an sich abschliessend (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., Rz. 3 zu § 221 StG/ZH). Allerdings können Liegenschaftshändler nach § 221 Abs. 2 StG/ZH weitere mit der Liegenschaft zusammenhängende Aufwendungen geltend machen. Aufgrund der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Doppelbesteuerungsverbot von <ref-law> hat nämlich der Belegenheitskanton einen Anteil an den allgemeinen Unkosten des Liegenschaftshändlers, in der Regel pauschal 5 % des Verkaufspreises (sog. "Händlerpauschale"), im Sinne einer Gewinnschmälerung anzuerkennen (vgl. BGE 120 la 361 E. 5b S. 366 mit Hinweisen; Höhn/Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl. 2000, Rz. 53 zu § 28; Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. 2009, S. 119 f.; Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, S. 225; Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, a.a.O., Rz. 166 ff. zu § 221 StG/ZH).
Diese Händlerpauschale soll einerseits die "veränderlichen" d.h. auf das einzelne Rechtsgeschäft bezogenen Kosten und andererseits einen Anteil der "festen Kosten" berücksichtigen (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 22. Januar 1969 E. 3 publ. in: ASA 38, 416 S. 420). Sie soll mithin einen Anteil an jenen Unkosten des Liegenschaftshändlers am Hauptsitz übernehmen, die mit dem Verkauf von Liegenschaften zusammenhängen (BGE 111 la 220 E. 2d S. 226 f.). Von dem als Faustregel aufzufassenden Satz von 5 % kann abgewichen werden, wenn hinreichende Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass er zu tief oder zu hoch ist. Ein niedriger Satz kann sich etwa rechtfertigen, wenn Vermittlungsprovisionen und Dienstleistungshonorare an Dritte zum Abzug gebracht werden (Urteil 2P.118/1992 vom 23. Februar 1993 E. 5 publ. in: ASA 62, 720 S. 728 ff.). In einem neueren, auch den Kanton Zürich betreffenden Urteil wurde nur eine Pauschale von 1,75 % zum Abzug zugelassen. Dies deshalb, weil ein Grossteil der normalerweise vom Liegenschaftshändler selbst verrichteten Arbeiten durch Dritte erledigt wurden, wobei sich die entsprechenden Aufwendungen bei der Berechnung des Grundstückgewinnes schon vollumfänglich ertragsmindernd auswirkten (Urteil 2P.58/2007 vom 5. September 2007 E. 2.2). Wo ein Liegenschaftshändler die Hilfe eines Dritten benötigt und er die Anrechnung von Vermittlungsprovisionen verlangt, rechtfertigt es sich, für allgemeine Umtriebe nur einen bescheidenen Pauschalabzug von 1 % vorzunehmen (Ferdinand Zuppinger, Die Besteuerung des Liegenschaftenhändlers im interkantonalen Verhältnis, 1971, S. 30).
2.2 Hier ist nicht umstritten, dass die Beschwerdeführerin eine interkantonale Liegenschaftshändlerin ist. Strittig ist hingegen, welche ihrer nur indirekt mit dem An- und Verkauf von Liegenschaften verbundenen allgemeinen Unkosten bei der Festlegung der Händlerpauschale zu berücksichtigen sind. Die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich ging aufgrund des intensiven Leistungsaustauschs zwischen der Beschwerdeführerin und der Z._ Verwaltungs AG davon aus, dass sämtliche Aufwendungen in Form von Drittkosten bei der Grundstückgewinnsteuer gewinnmindernd angerechnet worden seien, weshalb sich jede zusätzliche Händlerpauschale erübrige.
Demgegenüber liess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich gleichwohl eine Händlerpauschale von 1 % zum Abzug zu. Dies begründet sie in ihrem Entscheid vom 11. November 2009 damit, dass gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht nur jene Unkosten abzudecken seien, die objektbezogen mit dem An- und Verkauf von konkreten Liegenschaften zusammenhängen. Vielmehr seien damit auch allgemeine Aufwendungen des Liegenschaftshändlers im Hinblick auf die Gewinnerzielung zu berücksichtigen. Bei der Beschwerdeführerin sei allerdings der auf den Geschäftsbereich der Anlageobjekte entfallende Anteil auszuscheiden. Dieser könne anhand der Erfolgsrechnung der Z._ Verwaltungs AG bestimmt werden und mache 48 % der gesamten Geschäftstätigkeiten aus. Demgegenüber entfielen 52 % der Unkosten der Beschwerdeführerin während den Jahren 2001-2004 auf ihre Tätigkeit als Liegenschaftshändlerin. Dies entspreche einem Betrag von CHF 4'651'021.-- (52 % von CHF 8'944'272.--), bzw. ziemlich genau 1 % der gesamten Verkaufserlöse dieser vier Jahre (CHF 451'851'751.--). Diese Bemessung der Händlerpauschale rechtfertige sich im Übrigen auch deshalb, weil die Beschwerdeführerin für ihre Kaufs- und Verkaufsaktivitäten keine aussenstehende Drittperson beigezogen habe, sondern diese durch die ihr nahestehende Z._ Verwaltungs AG wahrgenommen wurden. Die hierfür entrichteten Mäklerprovisionen würden zusätzlich zur Pauschale berücksichtigt, obwohl sie wirtschaftlich als Eigenprovisionen zu würdigen seien. Die Händlerpauschale sei nur für jene mit dem An- und Verkauf zusammenhängenden Dienstleistungen gerechtfertigt, die über die von einem Mäkler erbrachten Leistungen hinausgehen.
Die Vorinstanz erachtete die Begründung der Steuerrekurskommission III im Wesentlichen als zutreffend und bestätigte im angefochtenen Urteil die Berücksichtigung einer Händlerpauschale von 1 %.
2.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet die von der Vorinstanz und der Steuerrekurskommission III vorgenommene Unkostenaufteilung: Sie erachtet es als offensichtlich unrichtig, dass die Bautreuhandhonorare und die Umsätze aus notariellen Dienstleistungen dem Anlagebereich zugeordnet wurden; diese Auslagen zählten vielmehr zum Geschäftsbereich Immobilienpromotionen. Im Übrigen sei es sachwidrig, als Bezugsgrösse die Erlöse sämtlicher Liegenschaftsverkäufe der Jahre 2001 bis 2004, d.h. auch jene des Anlagebereichs, heranzuziehen; massgeblich seien einzig die Erlöse aus dem Verkauf von Handelsliegenschaften, wogegen die Erlöse aus dem Verkauf von Anlageliegenschaften auszuklammern seien.
Bei diesen Vorbringen der Beschwerdeführerin handelt es sich um eine Sachverhaltsrüge, welche den Begründungsanforderungen von <ref-law> genügen muss (Urteil 2P.58/2007 vom 5. September 2007 E. 2.2; vgl. auch E. 1.3 hiervor). Vor diesem Hintergrund dringt der Einwand der Beschwerdeführerin nicht durch: Sie vermag insbesondere nicht rechtsgenüglich darzutun, dass die beiden Posten "Bautreuhandhonorare" und "Umsätze aus notariellen Dienstleistungen" mit ihrer Tätigkeit als Liegenschaftshändlerin zusammenhängen. Auch die Berechnung der Bezugsgrösse durch die Vorinstanzen erscheint jedenfalls nicht als willkürlich, zumal die Beschwerdeführerin als interkantonale Liegenschaftshändlerin beim Verkauf von Objekten stets eine Händlerpauschale beanspruchen dürfte und somit auch der Verkauf früherer Anlageobjekte in diesem Zusammenhang als relevant erscheint. Im Übrigen rechtfertigt sich im vorliegenden Fall - wie bereits die Steuerrekurskommission III zutreffend festgehalten hat - bereits deshalb eine vorsichtige Bemessung der Händlerpauschale, weil es sich bei den hier angerechneten Mäklerprovisionen wirtschaftlich um Eigenprovisionen handelt (vgl. E. 2.2 hiervor).
Im Gegenteil erscheint sogar die von Verwaltungsgericht und Steuerrekurskommission III zugestandene Händlerpauschale von 1 % als problematisch: Einerseits steht nicht fest, ob der Bereich "Einkauf und Verkauf", der von den Vorinstanzen vollständig dem Promotionsbereich zugeordnet wurde, nicht auch Anlageobjekte umfasst. Andererseits wurde die Beschwerdeführerin jedenfalls für die Steuerperioden 2001 bis 2003 in ihrem Sitzkanton Luzern rechtskräftig veranlagt, wobei davon auszugehen ist, dass die hier im Streit stehenden Unkosten bereits gewinnmindernd anerkannt wurden. Etwas Gegenteiliges ist jedenfalls nicht aktenkundig. Es entspräche somit einem doppelten Abzug, wenn nun im Liegenschaftskanton nochmals Anteile an den allgemeinen Unkosten aus der Bemessungsgrundlage ausgeklammert würden; nur wenn die Beschwerdeführerin auch die Veranlagungen des Sitzkantons mitangefochten hätte, was hier nicht der Fall ist, könnte das Steuersubstrat vom Bundesgericht nach den herkömmlichen Regeln auf die beteiligten Kantone aufgeteilt werden. Letztlich können diese Fragen jedoch offen bleiben, da eine reformatio in peius nicht in Frage kommt (<ref-law>). Somit hat es hier mit der vorinstanzlich berücksichtigten Händlerpauschale von 1 % sein Bewenden.
3. Weiter ist zu prüfen, ob und gegebenenfalls auf welche Art und Weise die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten, im gleichen Jahr entstandenen Veräusserungsverluste betreffend andere Liegenschaften in zürcherischen Gemeinden zu berücksichtigen sind.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind bei einem interkantonalen Liegenschaftshändler die Verluste aus Grundstücksverkäufen mit den im gleichen Jahr und im selben Kanton erzielten Gewinnen zu verrechnen, und es ist diese Verrechnung selbst dann möglich, wenn sie im kantonalen Recht nicht vorgesehen ist (<ref-ruling> E. 3b S. 200; Urteil 2P.63/1993 vom 21. November 1994 E. 3c publ. in: ASA 65, 74 S. 77; Höhn/Mäusli, a.a.O., Rz. 52a zu § 28; Locher, a.a.O., S. 120; De Vries Reilingh, a.a.O., S. 226). Sogar mit dem Gewinn aus dem Verkauf sämtlicher Aktien einer Immobiliengesellschaft kann der Verlust aus dem gleichzeitigen Verkauf eines Grundstücks im selben Kanton verrechnet werden (Urteil 2P.215/1999 vom 19. Juni 2000 E. 3c). Die Vorinstanz geht an sich von dieser Rechtsprechung aus (vgl. E. 4.1 des angefochtenen Entscheids). Sie erwog jedoch weiter, dass die Beschwerdeführerin für die Verrechnung auf den Weg der Revision zu verweisen sei, zumal bezüglich diverser Veräusserungen noch keine rechtskräftige Veranlagung erfolgt sei und Verluste aus Teilveräusserungen von Liegenschaften gemäss § 224 Abs. 3 StG/ZH zunächst innerhalb einer Gemeinde zu bereinigen seien.
Ob die besondere Revisionsmöglichkeit bei Teilveräusserungen von Liegenschaften gemäss § 224 Abs. 3 StG/ZH auch im vorliegenden Fall, betreffend die Verrechnung von Grundstückverlusten in zürcherischen Gemeinden mit Grundstückgewinnen in anderen Gemeinden desselben Kantons analog herangezogen werden darf, ist jedoch fraglich: Eine steuerpflichtige Person hat grundsätzlich Anspruch darauf, dass solche Kompensationsmöglichkeiten bei der Veranlagung berücksichtigt werden. Entsprechend erscheint es als unzulässig, einfach auf den Weg der Revision zu verweisen, zumal dort bedeutsame zeitliche Schranken gelten. Kann mangels genauer Kenntnis der anrechenbaren Verluste noch nicht definitiv veranlagt werden, so ist die Steuer einstweilen nur aufgrund provisorisch festgesetzter Steuerfaktoren zu beziehen (Urteil 2A.585/2005 vom 8. Mai 2006 E. 3.4.2 publ. in: StE 2007 B 97.41 Nr. 19). Wenn das Verwaltungsgericht auf solch unsicherer Grundlage ergangene (definitive) Veranlagungen unter dem Vorbehalt einer Revision geschützt hat und diese Verfügungen in Rechtskraft erwachsen sollen, so kann dem nicht gefolgt werden. Insoweit ist das Urteil der Vorinstanz aufzuheben.
4. Sodann ist streitig, ob die im gleichen Jahr im Kanton Zürich erzielten Betriebsverluste der Beschwerdeführerin mit Gewinnen auf Grundstücken im gleichen Kanton verrechenbar sind.
4.1 Die Vorinstanz verneint eine solche Verrechenbarkeit, indem sie auf die in § 70 Abs. 1 StG/ZH vorgesehene Möglichkeit der sog. "Verlustverrechnung in der Zeit" verweist (E. 4.2 des angefochtenen Entscheids). In der Tat war nach der früheren Rechtsprechung des Bundesgerichts u.a. bei der Behandlung von Aufwandüberschüssen der Liegenschaftshändler die "Verrechnung in der Zeit" im Liegenschaftskanton vorrangig gegenüber der Verrechnung von Verlusten in anderen Liegenschaftskantonen (BGE 111 la 318 E. 4a in fine S. 320; Urteil 2P.305/1988 vom 14. Juni 1989 E. 3d publ. in: ASA 59, 564 S. 567 f.; vgl. auch BGE 116 la 127 E. 3 f. S. 131 ff.; Urteil 2P.439/1997 vom 27. Oktober 1999 E. 4b publ. in: StR 55, 182 S. 186 f.).
4.2 Mit <ref-ruling> hat das Bundesgericht allerdings seine Rechtsprechung bezüglich der Steuerausscheidung bei Liegenschaften im interkantonalen Verhältnis grundlegend geändert. Es ist nun bestrebt, die sog. Ausscheidungsverluste möglichst zu vermeiden. Solche Verluste können entstehen, falls der Kanton der gelegenen Sache einen Grundstücksertrag bzw. -gewinn selbst dann in voller Höhe besteuern kann, wenn der Gesamtgewinn bzw. das Gesamteinkommen der steuerpflichtigen Person infolge von anderen Verlusten oder Abzügen niedriger ist. Ebenso soll mit der neuen Praxis die Ausscheidungsvielfalt reduziert werden. In <ref-ruling> E. 6.3 in fine S. 262 hält das Bundesgericht fest, dass Betriebsliegenschaften zum betriebsnotwendigen Vermögen gehören und der Leistungserbringung dienen, weshalb sich eine Inpflichtnahme des Kantons der gelegenen Sache - welcher am Geschäftsergebnis ebenfalls partizipiert - sachlich begründen lässt. Im erwähnten Leitentscheid ging es um den Wertzuwachsgewinn auf einer Betriebsliegenschaft eines Liegenschaftshändlers. Das Gericht erwog, dass der Gewinn dem Belegenheitskanton grundsätzlich zur ausschliesslichen Besteuerung zusteht, wobei er einen allfälligen Geschäftsverlust daran anrechnen muss. Diese Rechtsprechung wurde mit <ref-ruling> weitergeführt, wo ein Nebensteuerdomizil (Spezialsteuerdomizil des Liegenschaftsortes) den Gewinnungskostenüberschuss einer Privatliegenschaft am Hauptsteuerdomizil zu übernehmen hatte. Mit <ref-ruling> wurde sodann einem Nebensteuerdomizil (Spezialsteuerdomizil der Kapitalanlageliegenschaft) der Verlust am Hauptsteuerdomizil angelastet. Gemäss <ref-ruling> sind schliesslich die Schuldzinsen auch bei Liegenschaftshändlern proportional nach Lage der Aktiven und nicht mehr objektmässig zu verlegen. Aus E. 6 des letztgenannten Urteils geht in eindeutiger Weise hervor, dass das Bundesgericht den Grundsatz des Vorrangs der "Verlustverrechnung in der Zeit" aufgegeben hat.
4.3 Gestützt auf diese neue bundesgerichtliche Rechtsprechung gab die Schweizerische Steuerkonferenz (SSK) das Kreisschreiben Nr. 27 vom 15. März 2007 heraus. Nach dessen Ziffer 3.1.4 werden in den Liegenschaftskantonen die (Geschäfts-)Verluste mit Grundstückgewinnen des Geschäftsvermögens verrechnet, unabhängig davon, ob diese Gewinne mit der Einkommens- oder mit der Grundstückgewinnsteuer erfasst werden. Dabei ist auch nicht massgebend, ob die Grundstückgewinne des Geschäftsvermögens das Anlagevermögen oder das Umlaufvermögen betreffen. Zwar trifft es zu, dass ein Kreisschreiben der SSK das Bundesgericht nicht zu binden vermag, doch weicht letzteres nicht ohne triftigen Grund davon ab, soweit das Kreisschreiben die rechtlichen Vorgaben überzeugend konkretisiert (<ref-ruling> E. 8.1 S. 315; <ref-ruling> E. 5.4.2 S. 352; Urteil 2C_800/2008 vom 12. Juni 2009 E. 5 publ. in: StR 64, 910 S. 913). Soweit hier von Interesse, gibt das Kreisschreiben Nr. 27 der SSK die neue Bundesgerichtspraxis korrekt wieder und zieht daraus sachgerechte Schlüsse: Verluste von juristischen Personen seien in erster Linie mit im gleichen Kanton steuerbaren Gewinnen/Erträgen zu verrechnen, wobei diese Verlustübernahme definitiv sei (Ziff. 3.2.1 und Ziff. 3.2.4). Dieselbe Lösung wird im Übrigen auch von der Lehre postuliert (Julia von Ah, Besteuerung des Liegenschaftenhandels und Ermittlung des Grundstückgewinns bei Geschäftsgrundstücken [inkl. Verrechnung von Geschäfts- und Grundstücksverlusten], zsis vom 24. November 2006 [Aufsätze N. 2], Ziffer 2.4.2.5; Schenk/Walter, Ausscheidungsverlusten [fast] den Garaus gemacht, ST 79 [2005], S. 617 ff., insbesondere S. 621).
4.4 Zu prüfen bleibt, ob dieses grundsätzlich erst ab der Steuerperiode 2006 gültige Kreisschreiben hier schon angewendet werden darf. In seiner Ziffer 4 ist vorgesehen, dass die Grundsätze des Kreisschreibens auf Antrag der steuerpflichtigen Personen auch schon auf frühere pendente Steuerperioden angewandt werden können, um Ausscheidungsverluste zu vermeiden. Ein solcher Antrag liegt hier vor. Die Vorinstanz lehnt die Anwendung des Kreisschreibens jedoch mit der Begründung ab, dass die Beschwerdeführerin an ihrem Hauptsitz jedenfalls bis zur Steuerperiode 2003 rechtskräftig veranlagt sei, weshalb diese Perioden i.S. von Ziff. 4 des Kreisschreibens "nicht mehr offen" seien (E. 4.2 des angefochtenen Entscheids). Diese Begründung des Verwaltungsgerichts überzeugt nicht: Entscheidend ist vielmehr, dass die hier interessierenden Veranlagungen zur Grundstückgewinnsteuer noch pendent sind, weshalb einer Anwendung des Kreisschreibens insoweit nichts entgegensteht. Im Übrigen geht es hier nicht nur um die Anwendung eines Kreisschreibens der SSK sondern in erster Linie um die Umsetzung einer Praxisänderung des Bundesgerichts (vgl. E. 4.1 und E. 4.2 hiervor). Eine solche ist grundsätzlich sofort in allen hängigen Verfahren anzuwenden (BGE 133 V 96 E. 4.4.6 S. 103; <ref-ruling> E. 5.1 S. 159; vgl. auch Urteil 2C_156/2008 vom 28. Juli 2008 E. 5.1 publ. in: RtiD I-2009, 466 S. 470). Nichts anderes gilt im vorliegenden Fall. Als interkantonale Liegenschaftshändlerin kann die Beschwerdeführerin daher die im Kanton Zürich erlittenen Betriebsverluste an die in zürcherischen Gemeinden erzielten Grundstückgewinne anrechnen. Dass das geltende zürcherische Grundstückgewinnsteuerrecht eine solche Verlustanrechnung (noch) nicht kennt (vgl. E. 4.5 hiernach), bildet keinen Hinderungsgrund. Die Beschwerde erweist sich mithin auch in diesem Punkt als begründet.
4.5 Nur der Vollständigkeit halber ist darauf hinzuweisen, dass praktisch sämtliche Kantone, welche (wie der Kanton Zürich) ein monistisches System der Grundstückgewinnbesteuerung besitzen, nunmehr auch im innerkantonalen Verhältnis eine solche Verlustverrechnung eingeführt haben. Während einzelne Kantone (wie z.B. der Kanton Bern und der Kanton Jura) eine solche Verlustanrechnung an Gewinne auf Geschäftsliegenschaften schon immer kannten (vgl. Art. 143 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 bzw. Art. 100 des Steuergesetzes des Kantons Jura vom 26. Mai 1988), sehen nun auch die Kantone Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Schwyz und Nidwalden eine entsprechende Möglichkeit vor (§ 108 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Basel-Stadt über die direkten Steuern vom 12. April 2000; § 79 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Basel-Landschaft über die Staats- und Gemeindesteuern vom 7. Februar 1974; Art. 119 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 9. Februar 2000; Art. 150 Abs. 2 des Gesetzes des Kantons Nidwalden über die Steuern des Kantons und der Gemeinden vom 22. März 2000; vgl. auch Niederer/Stuck, Verrechnung von Grundstückgewinnen mit Geschäftsverlusten, in: ST 82 [2008], S. 480 ff.).
Im Kanton Tessin ordnete die Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello mit Urteil vom 19. Mai 2010 eine solche Verlustanrechnung aus Gründen der Gleichbehandlung von inter- und innerkantonalen Sachverhalten an (RtiD II-2010, 432). Auch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich stellt im Übrigen in seinem Urteil vom 25. August 2010 (SB.2009.00079) unmissverständlich fest, dass die im innerkantonalen Recht fehlende Möglichkeit, Geschäftsverluste mit den der Grundstückgewinnsteuer unterworfenen Gewinnen auf Geschäftsgrundstücken zu verrechnen, den Grundsatz der Rechtsgleichheit verletze und sich damit als verfassungswidrig erweise (E. 3.2 des erwähnten Urteils); das Verwaltungsgericht erachtete es jedoch als Aufgabe des Gesetzgebers, die gebotene Gleichbehandlung der inner- und ausserkantonalen Unternehmungen herbeizuführen.
Abschliessend bleibt anzumerken, dass auch im Rahmen der sog. "Unternehmenssteuerreform II" vorgesehen war, die Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung zu verpflichten, die Verrechnung von Geschäftsverlusten mit realisierten Gewinnen aus der Veräusserung von Geschäftsliegenschaften zuzulassen. Zwar wurde dieses Vorhaben vorläufig zurückgestellt; indessen soll es in die Botschaft zum Bundesgesetz über die Vereinheitlichung der zeitlichen Bemessung, über die Vereinfachung der Besteuerung der Lotteriegewinne und über die Bereinigung des Veranlagungs- und Steuerausscheidungsverfahrens integriert werden (vgl. BBI 2005 4821 in fine).
5. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde bezüglich zweier Punkte als begründet und sie ist insoweit teilweise gutzuheissen. Die fraglichen Veranlagungen sind aufzuheben und die Sache ist zwecks Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen an die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich sowie zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten je zur Hälfte der Stadt Zürich, welche im vorliegenden Verfahren Vermögensinteressen verfolgt hat, sowie der Beschwerdeführerin zu auferlegen (Art. 65 f. BGG). Die Stadt Zürich hat der Beschwerdeführerin zudem eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 2. Juni 2010 wird aufgehoben und die Sache an die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich zwecks Neuveranlagung im Sinne der Erwägungen sowie an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zwecks Regelung der Kosten für das kantonale Verfahren zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von CHF 10'000.-- werden je hälftig der Beschwerdeführerin und der Stadt Zürich auferlegt.
3. Die Stadt Zürich hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von CHF 5'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, sowie dem Finanzdepartement des Kantons Luzern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. April 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Zähndler


facts:
Faits:
Faits:
A. Marié à Y._, X._ exerce une activité indépendante de médecin urologue FMH à Z._. Il détenait des participations dans les sociétés Centre médico-chirurgical A._ SA (ci-après: A._ SA) depuis sa constitution en 1983, B._ SA depuis sa constitution en 1987, Clinique C._ SA (ci-après: C._ SA) depuis sa constitution en 1988 et Ambulances D._ SA (ci-après: D._ SA) dont il acquis des titres en 1989.
A._ SA, dont la faillite a été prononcée le 22 avril 1999, était administrée par X._ et avait pour but l'exploitation d'un centre médico-chirurgical. B._ SA, dont la faillite a été prononcée le 1er octobre 1999, avait pour but l'acquisition et l'exploitation d'appareils mobiles destinés à fragmenter par voie extra-corporelle les calculs rénaux et biliaires. C._ SA, dont la faillite a été prononcée le 5 juillet 2001, avait pour but toute activité dans le domaine médical, notamment la gestion et l'exploitation de cliniques, permanences médicales, cabinets de groupe et entreprises de secours. D._ SA, dont la faillite a été prononcée le 6 juillet 2000, avait pour but l'exploitation d'un service d'ambulances et de premiers secours ainsi que le transport de malades et blessés.
A._ SA, dont la faillite a été prononcée le 22 avril 1999, était administrée par X._ et avait pour but l'exploitation d'un centre médico-chirurgical. B._ SA, dont la faillite a été prononcée le 1er octobre 1999, avait pour but l'acquisition et l'exploitation d'appareils mobiles destinés à fragmenter par voie extra-corporelle les calculs rénaux et biliaires. C._ SA, dont la faillite a été prononcée le 5 juillet 2001, avait pour but toute activité dans le domaine médical, notamment la gestion et l'exploitation de cliniques, permanences médicales, cabinets de groupe et entreprises de secours. D._ SA, dont la faillite a été prononcée le 6 juillet 2000, avait pour but l'exploitation d'un service d'ambulances et de premiers secours ainsi que le transport de malades et blessés.
B. Dans leur déclaration pour la période fiscale 1993/1994, les époux X._ ont fait état d'un revenu imposable de 699'127 fr. et d'une fortune nulle. Le 1er avril 1996, la Commission d'impôt du district de Lausanne (ci-après: la Commission d'impôt) leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 717'800 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 742'000 fr. Contre cette décision, les intéressés ont déposé une réclamation, retirée le 5 septembre 1996.
Dans leur déclaration pour la période fiscale 1995/1996, les époux X._ ont fait état d'un revenu imposable de 92'692 fr. et d'une fortune nulle. Le 26 juin 1997, la Commission leur a notifié une taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 123'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 112'000 fr. Le 25 juillet 1997, la Commission leur a notifié une nouvelle taxation définitive. Pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 478'000 fr. et une fortune nulle. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 467'800 fr. Le 20 août 1997, les intéressés ont déposé une réclamation contre cette décision, qui a été confirmée par la Commission. La réclamation a été maintenue le 25 septembre 1997.
Pour la période fiscale 1997/1998, les époux X._ n'ont pas déposé de déclaration en temps utile. L'Administration cantonale des impôts (agissant également comme Administration cantonale de l'impôt fédéral direct; ci-après: l'Administration cantonale) leur a notifié des taxations d'office le 26 février 1998 pour l'impôt cantonal et communal et le 3 mars 1998 pour l'impôt fédéral direct, arrêtant le revenu imposable à 1'130'000 fr. et une fortune nulle. Le 26 mars 1998, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions. Le 9 avril 1998, ils ont déposé leur déclaration, faisant état d'un revenu imposable de 794'700 fr. et d'une fortune nulle.
Le 10 octobre 1997, l'Administration cantonale a notifié un avis de contrôle aux époux X._ pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998 et ouvert une procédure en soustraction d'impôts à leur encontre. Le contrôle des comptes a eu lieu entre le 18 et le 21 novembre 1997. Les 27 mai, 15 juin, 24 juillet, 25 août, 13 octobre et 5 novembre 1998 puis les 16 et 29 avril 1999, l'Administration cantonale leur a adressé des rappels aux fins d'obtenir des pièces complémentaires. Durant cette période, les mandataires successifs des intéressés ont produit leurs observations et divers documents.
Le 25 mars 2003, l'Administration cantonale a fixé à un montant supplémentaire total de 335'655 fr. 35 l'impôt cantonal et communal et à un montant supplémentaire total de 121'007 fr. l'impôt fédéral direct dus pour l'ensemble des périodes en cause. Elle a prononcé des amendes d'un montant total de 389'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 152'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le 25 avril 2003, les époux X._ ont déposé une réclamation contre cette décision.
Le 25 mars 2003, l'Administration cantonale a fixé à un montant supplémentaire total de 335'655 fr. 35 l'impôt cantonal et communal et à un montant supplémentaire total de 121'007 fr. l'impôt fédéral direct dus pour l'ensemble des périodes en cause. Elle a prononcé des amendes d'un montant total de 389'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et de 152'700 fr. pour l'impôt fédéral direct. Le 25 avril 2003, les époux X._ ont déposé une réclamation contre cette décision.
C. Le 1er septembre 2005, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 20 août 1997, 26 mars 1998 et 25 avril 2003. S'agissant de la période fiscale 1993/1994, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 934'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 958'300 fr. S'agissant de la période fiscale 1995/1996, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 294'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 283'900 fr. S'agissant de la période fiscale 1997/1998, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 832'000 fr. et la fortune à 1'328'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 822'700 fr. Les rappels d'impôts cantonal et communal sur le revenu ont été fixés à un montant total de 141'487 fr. 20 et sur la fortune à 4'453 fr. 75, les rappels d'impôt fédéral direct à un montant total de 49'749 fr. Les montants des amendes pour soustraction fiscale en 1993/1994 (218'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 74'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) et pour tentative de soustraction fiscale en 1995/1996 (90'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 44'400 fr. pour l'impôt fédéral direct) et 1997/1998 (majoration de 10% des éléments soustraits pour l'impôt cantonal et communal et 5'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) ont été corrigés en conséquence.
C. Le 1er septembre 2005, l'Administration cantonale a admis partiellement les réclamations des 20 août 1997, 26 mars 1998 et 25 avril 2003. S'agissant de la période fiscale 1993/1994, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 934'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 958'300 fr. S'agissant de la période fiscale 1995/1996, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 294'100 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 283'900 fr. S'agissant de la période fiscale 1997/1998, pour l'impôt cantonal et communal, elle a fixé le revenu imposable à 832'000 fr. et la fortune à 1'328'000 fr. Pour l'impôt fédéral direct, elle a retenu un revenu imposable de 822'700 fr. Les rappels d'impôts cantonal et communal sur le revenu ont été fixés à un montant total de 141'487 fr. 20 et sur la fortune à 4'453 fr. 75, les rappels d'impôt fédéral direct à un montant total de 49'749 fr. Les montants des amendes pour soustraction fiscale en 1993/1994 (218'900 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 74'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) et pour tentative de soustraction fiscale en 1995/1996 (90'700 fr. pour l'impôt cantonal et communal et 44'400 fr. pour l'impôt fédéral direct) et 1997/1998 (majoration de 10% des éléments soustraits pour l'impôt cantonal et communal et 5'600 fr. pour l'impôt fédéral direct) ont été corrigés en conséquence.
D. Contre cette décision, les époux X._ ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif. Durant la procédure, une demande de récusation datée des 11 et 20 octobre 2005 dirigée contre le juge instructeur F._ a été rejetée par la Cour plénière du Tribunal administratif, dont la décision a été confirmée par arrêt du Tribunal fédéral du 3 mars 2006.
Par courrier des 8 décembre 2005 et 2 février 2006, le juge instructeur a avisé les parties qu'il restreignait l'instruction de la cause au seul examen des taxations fiscales en cause, reportant l'instruction portant sur la soustraction fiscale à une date ultérieure. Par décision incidente du 29 mars 2006, le juge instructeur a rejeté les demandes des intéressés tendant à la consultation et à la production des pièces relatives aux procédures fiscales concernant les sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA.
Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 25 avril 2006. Lors de l'audience puis par décision séparée du 26 avril 2006, le Tribunal administratif a rejeté les réquisitions tendant à l'apport de dossiers fiscaux concernant des tiers et le complètement des moyens présentés. Les parties ont déposé des déterminations finales le 10 mai 2006.
Une audience d'instruction et de jugement a eu lieu le 25 avril 2006. Lors de l'audience puis par décision séparée du 26 avril 2006, le Tribunal administratif a rejeté les réquisitions tendant à l'apport de dossiers fiscaux concernant des tiers et le complètement des moyens présentés. Les parties ont déposé des déterminations finales le 10 mai 2006.
E. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal. Le droit de taxer n'était pas prescrit. S'agissant de leur droit d'être entendus, les intéressés avaient eu libre accès à leur dossier fiscal et le droit d'en lever une copie. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. Les requêtes de production des dossiers pénaux ainsi que d'audition du juge d'instruction devaient être écartées, parce que les investigations de l'enquête pénale portaient sur d'autres aspects que la taxation fiscale. L'audition du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA était écartée car il n'était pas en mesure de fournir des renseignements utiles sur les comptes des sociétés et les prestations accordées à X._. L'audition de l'ancien chef de la Division de l'inspection fiscale n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant les éclaircissements nécessaires. Enfin, il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procès civils opposant X._ à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, ces procès n'ayant aucune influence sur la procédure de taxation. Pour le surplus, les violations du droit d'être entendu qu'aurait commises l'Administration cantonale étaient guéries en procédure de recours devant le Tribunal administratif. Aucun motif ne justifiait de retrancher de la procédure les extraits de dossiers de procédure pénale et de procédure civile obtenus par l'Administration cantonale. Sur le fond, le refus de déduire les pertes liées à la vente des participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune.
E. Par arrêt du 12 juin 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôts cantonal et communal. Le droit de taxer n'était pas prescrit. S'agissant de leur droit d'être entendus, les intéressés avaient eu libre accès à leur dossier fiscal et le droit d'en lever une copie. La production des dossiers fiscaux des sociétés dans lesquelles X._ détenait une participation ne pouvait être ordonnée en raison du secret fiscal. Au demeurant, toutes les pièces relatives aux prestations de ces sociétés à ce dernier figuraient dans son dossier. Les requêtes de production des dossiers pénaux ainsi que d'audition du juge d'instruction devaient être écartées, parce que les investigations de l'enquête pénale portaient sur d'autres aspects que la taxation fiscale. L'audition du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA était écartée car il n'était pas en mesure de fournir des renseignements utiles sur les comptes des sociétés et les prestations accordées à X._. L'audition de l'ancien chef de la Division de l'inspection fiscale n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant les éclaircissements nécessaires. Enfin, il n'y avait pas lieu de suspendre la procédure jusqu'à droit connu sur les procès civils opposant X._ à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, ces procès n'ayant aucune influence sur la procédure de taxation. Pour le surplus, les violations du droit d'être entendu qu'aurait commises l'Administration cantonale étaient guéries en procédure de recours devant le Tribunal administratif. Aucun motif ne justifiait de retrancher de la procédure les extraits de dossiers de procédure pénale et de procédure civile obtenus par l'Administration cantonale. Sur le fond, le refus de déduire les pertes liées à la vente des participations que X._ détenait dans A._ SA, C._ SA et B._ SA devait être confirmé, parce que ces participations n'appartenaient pas à sa fortune commerciale, subsidiairement parce que les pertes n'avaient pas été comptabilisées. Les autres reprises concernant l'activité indépendante de X._ et les prestations appréciables en argent dont il avait bénéficié devaient être confirmées. Il en allait de même des reprises sur la fortune.
F. Agissant par la voie du recours de droit administratif (2A.429/2006), X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. A titre subsidiaire, ils demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif, "en ce sens que les recourants, en matière d'impôt fédéral direct, ne sont tenus à aucune prestation en argent pour les périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, subsidiairement en ce sens qu'ordre est donné à l'Administration cantonale vaudoise de l'impôt fédéral d'établir de nouvelles taxations des contribuables qui tiennent compte de la déductibilité des pertes commerciales invoquées sous chiffre VI § C lit. a du présent recours pour les périodes fiscales sous revue".
Agissant par la voie du recours de droit public (2P.185/2006), X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 12 juin 2006 par le Tribunal administratif.
Exposant une argumentation identique dans leurs deux mémoires, ils se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus et de la garantie d'indépendance et d'impartialité des autorités. Ils se plaignent en outre de la violation du droit fédéral s'agissant de l'attribution de biens à la fortune privée, de la comptabilisation de pertes commerciales et des reprises fiscales. Au titre de mesures d'instruction, ils requièrent du Tribunal fédéral qu'il donne l'ordre à l'Administration cantonale des impôts de produire l'intégralité des dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA. Une fois produits, ils demandent la possibilité de les consulter et de compléter leurs moyens.
Le Tribunal administratif renonce à déposer une réponse aux recours. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.

considerations:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Dirigés contre le même arrêt, les deux recours reposent sur le même état de fait et soulèvent des griefs similaires. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure.
Comme X._ est pratiquement le seul impliqué, il ne sera fait état que de lui, et exceptionnellement de son épouse, quand bien même les recours ont été formellement déposés par les époux.
1.2 Le Tribunal fédéral est suffisamment renseigné sur les faits avec le dossier que le Tribunal administratif a produit. Les requêtes d'instruction supplémentaires du recourant doivent être rejetées.
I. Impôt fédéral direct
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Déposé en temps utile contre une décision rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale (<ref-ruling> consid. 2 et 3 p. 67 ss) et fondée sur le droit public fédéral, le présent recours de droit administratif est recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), en vigueur depuis le 1er janvier 1995. En tant qu'il demande l'annulation complète de l'arrêt du 12 juin 2006 qui porte également sur les impôts cantonaux et communaux, il est en revanche irrecevable.
2.2 Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 188; <ref-ruling> consid. 2b p. 60; <ref-ruling> consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 262, 47 consid. 1.3 p. 50; <ref-ruling> consid. 2 p. 366 et les arrêts cités).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 24; définition des faits manifestement inexacts : <ref-ruling> consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; <ref-ruling> consid. 1 p. 184).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 24; définition des faits manifestement inexacts : <ref-ruling> consid. 3.1 p. 44). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; <ref-ruling> consid. 1 p. 184).
3. Selon le recourant, le Tribunal administratif aurait retenu à tort que les décisions de taxation relatives aux périodes fiscales 1995/1996 et 1997/1998 étaient définitives, ce qu'il comprend comme entrées en force. A son avis, seule la décision de taxation du 1er avril 1996 concernant la période fiscale 1993/1994 pouvait l'être.
3.1 Le recourant perd de vue que l'Administration cantonale qualifie une décision de taxation de définitive par opposition à une décision de taxation provisoire. Une telle qualification a pour seul effet de signaler à son destinataire qu'elle peut faire l'objet des voies de droit à sa disposition, contrairement à une décision de taxation provisoire. Dans ces conditions, qualifier une décision de taxation de définitive n'indique pas si elle est entrée en force de chose jugée. Pour le surplus, il convient de rappeler que la procédure de rappel d'impôt ne s'ouvre que dans le cas où la taxation effectuée est entrée en force (<ref-law>). Le rappel est, en effet, le pendant, en faveur du fisc, de la révision (Klaus A. Vallender in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung des direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2ème éd., ad. <ref-law>, p. 831 ss, ch. 1 à 4). En l'espèce, seule la décision de taxation de la période fiscale 1993/1994 était entrée en force et a fait l'objet d'un rappel d'impôt; les décisions des périodes 1995/1996 et 1997/1998 ne sont pas entrées en force car les montants déclarés ont fait l'objet de reprises dans les procédures de taxation, de réclamation et de recours.
3.2 D'après les art. 129 ss AIFD et la jurisprudence y relative, le recourant ne peut être astreint à payer un rappel d'impôt qu'en cas d'infraction fiscale - en particulier de soustraction d'impôt (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458). En l'espèce, le Tribunal administratif ayant suspendu la procédure relative aux soustractions d'impôts, le rappel d'impôt de la période fiscale 1993/1994 est soumis à la condition qu'une telle infraction soit réalisée. Dans cette mesure, le présent arrêt a le caractère d'une décision partielle.
3.2 D'après les art. 129 ss AIFD et la jurisprudence y relative, le recourant ne peut être astreint à payer un rappel d'impôt qu'en cas d'infraction fiscale - en particulier de soustraction d'impôt (cf. Archives 52 p. 454 consid. 2 p. 458). En l'espèce, le Tribunal administratif ayant suspendu la procédure relative aux soustractions d'impôts, le rappel d'impôt de la période fiscale 1993/1994 est soumis à la condition qu'une telle infraction soit réalisée. Dans cette mesure, le présent arrêt a le caractère d'une décision partielle.
4. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que l'<ref-law>, le recourant se plaint que le Tribunal administratif lui a refusé la consultation et la production complète des dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, B._ SA, C._ SA et D._ SA.
4.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2c p. 578 s.; <ref-ruling> consid. 3a p. 436; <ref-ruling> consid. 2b p. 137 et la jurisprudence citée).
En matière d'impôt fédéral direct, le contribuable a le droit de consulter les pièces qu'il a produites ou signées (<ref-law>). Il peut prendre connaissance des autres pièces une fois les faits établis et à condition qu'aucune sauvegarde d'intérêts publics ou privés ne s'y oppose (al. 2). Le secret fiscal peut s'opposer à la consultation de certaines pièces. En effet, les personnes chargées de l'application de la loi sur l'impôt fédéral direct ou qui y collaborent doivent garder le secret sur les faits dont elles ont connaissance dans l'exercice de leur fonction ainsi que sur les délibérations des autorités et refuser aux tiers la consultation des dossiers fiscaux, sauf si une base légale de droit fédéral les y autorise (<ref-law>). Lorsqu'une autorité refuse au contribuable le droit de consulter une pièce du dossier, elle ne peut se baser sur ce document pour trancher au détriment du contribuable que si elle lui a donné connaissance, oralement ou par écrit, du contenu essentiel de la pièce et qu'elle lui a au surplus permis de s'exprimer et d'apporter ses propres preuves (<ref-law>). Cela vaut en particulier pour des documents provenant du dossier fiscal d'un tiers.
4.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a refusé au recourant la production et la consultation des dossiers fiscaux des sociétés en cause en raison du secret fiscal dont ces dernières bénéficiaient en vertu du droit fédéral. Ce dernier objecte, comme il l'a déjà fait devant le Tribunal administratif, que le secret fiscal ne trouvait pas d'application en l'espèce dès lors que sa situation et celle des sociétés en cause étaient connexes et que l'administration fiscale, à l'occasion des procédures en soustraction ouvertes contre ces dernières, était parvenue à collecter l'ensemble des pièces comptables pertinentes pour fonder ses décisions à l'encontre de chacune d'elles, ce qui, de l'avis du recourant, l'autorisait à consulter toutes les pièces pertinentes liées aux états financiers de ces sociétés dans la mesure où elles fondaient les reprises effectuées dans son propre chapitre.
D'après l'<ref-law>, qui réserve le secret fiscal et prévoit que des renseignements ne peuvent être communiqués que dans la mesure où une base légale de droit fédéral le prévoit expressément, le recourant n'avait donc pas le droit de consulter les dossiers fiscaux des sociétés en cause qui sont des contribuables distinctes. Le droit fiscal suisse ne connaissant pas, sous réserve de dispositions particulières - de droit des groupes de sociétés (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 40 et les références citées), c'est en vain que le recourant tente de tirer argument, en faveur de la levée du secret fiscal, d'une éventuelle connexité entre sa situation et celle des sociétés en cause. Pareille connexité n'a aucun effet sur le secret fiscal dont bénéficient - quoi qu'en pense le recourant - les sociétés tierces en cause, quand bien même elles ont fait faillite. Cette connexité ne joue au surplus pas de rôle dans l'attribution à sa fortune commerciale ou privée des titres de participations détenus par le recourant dans celles-ci, ni dans la qualification des montants que le fisc a repris.
Au demeurant, le Tribunal administratif a constaté que tous les documents relatifs aux prestations des sociétés en faveur du recourant figuraient dans son dossier fiscal et l'a autorisé à en consulter l'intégralité. Ce dernier n'expose pas en quoi les pièces relatives aux reprises effectuées dans son chapitre provenant des sociétés en cause seraient insuffisantes ou lacunaires. La comptabilisation des montants en cause dans les comptes des sociétés n'influence en rien leur qualification au chapitre fiscal du recourant qui, de toute manière, devait savoir ce qu'il avait reçu des sociétés en cause et pour quels motifs.
4.3 Au vu des considérants qui précédent, le refus des offres de preuves du recourant et de sa demande de consulter les dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA ne violait pas de règles essentielles de procédure, en particulier son droit d'être entendu, au sens de l'art. 105 al. 2 OJ, de sorte que le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué.
4.3 Au vu des considérants qui précédent, le refus des offres de preuves du recourant et de sa demande de consulter les dossiers fiscaux des sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA ne violait pas de règles essentielles de procédure, en particulier son droit d'être entendu, au sens de l'art. 105 al. 2 OJ, de sorte que le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué.
5. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que l'<ref-law>, le recourant se plaint encore que le Tribunal administratif a refusé certaines de ses offres de preuve telles que la production de dossiers de procédures pénales et civiles dont il avait requis la production, ainsi que l'audition du chef de la Division de l'inspection fiscale et du président du conseil d'administration de A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._.
5.1 D'après l'<ref-law>, les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation (cf. à cet égard, Peter Locher, System des Steuerrechts, 6e édition, Zurich 2002, p. 401). Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes lorsque le fait à établir est sans importance pour la taxation, qu'il résulte déjà de constatations ressortant du dossier ou lorsque le moyen de preuve avancé est impropre à fournir les éclaircissements nécessaires. L'appréciation anticipée des preuves ne constitue pas une atteinte au droit d'être entendu directement déduit de l'art. 29 Cst. (<ref-ruling> consid. 6c/cc p. 135 et les arrêts cités). Au même titre que toute appréciation des preuves, l'appréciation anticipée de celle-ci est soumise à l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5b p. 285 et les références citées).
5.2 Dans son arrêt, le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait déposé une plainte pénale pour suppression de titres, les pièces de la comptabilité de la B._ SA ayant été selon lui indûment détruites. Il a également constaté que le recourant était partie à deux procès civils l'opposant à la masse en faillite de C._ SA et de B._ SA, d'une part et d'autre part, à la banque N._. Il a rejeté les requêtes de production des dossiers civils et pénal en cause en considérant que leur contenu n'avait aucun intérêt dans la procédure fiscale en cours. Il a jugé que l'audition du chef de la Division d'inspection fiscale et du président du conseil d'administration n'était pas nécessaire, les pièces du dossier apportant tous les éclaircissements nécessaires.
Du moment que les pièces comptables des sociétés justifiant les reprises effectuées par l'administration fiscale figuraient au dossier, le Tribunal administratif pouvait, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, juger que les offres de preuve du recourant n'étaient pas pertinentes. Ce dernier n'expose d'ailleurs pas quels éléments la production de ces dossiers et l'audition des témoins proposés permettraient d'établir, de sorte que ce grief doit être rejeté.
Du moment que les pièces comptables des sociétés justifiant les reprises effectuées par l'administration fiscale figuraient au dossier, le Tribunal administratif pouvait, par une appréciation anticipée des preuves dénuée d'arbitraire, juger que les offres de preuve du recourant n'étaient pas pertinentes. Ce dernier n'expose d'ailleurs pas quels éléments la production de ces dossiers et l'audition des témoins proposés permettraient d'établir, de sorte que ce grief doit être rejeté.
6. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint aussi que le Tribunal administratif n'ait pas purement et simplement annulé la décision sur réclamation du 1er septembre 2005, comme le commandait, selon lui, le caractère formel du droit d'être entendu.
6.1 Le droit d'être entendu est de nature formelle. Sa violation entraîne en principe l'annulation de l'arrêt attaqué sans égard au mérite du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 1a p. 18). Le Tribunal fédéral admet à certaines conditions la possibilité de réparer après coup une violation du droit d'être entendu, en particulier lorsque la décision entachée est couverte par une nouvelle décision qu'une autorité supérieure - jouissant d'un pouvoir d'examen au moins aussi étendu - a prononcée après avoir donné à la partie lésée la possibilité d'exercer effectivement son droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 4b p. 120/121; <ref-ruling> consid. 2 p. 95).
6.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a dûment constaté que le recourant n'avait pas pu librement consulter son dossier devant l'autorité de réclamation, mais que la violation de son droit d'être entendu avait été guérie en instance de recours, dans la mesure où il avait pu alors librement consulter l'intégralité de son dossier. La guérison de ce vice de procédure est conforme à l'art. 29 Cst. et à la jurisprudence y relative. En effet, comme le Tribunal administratif dispose d'un pouvoir d'examen libre en fait et en droit (art. 53 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la procédure et la juridiction administrative; [RSVD173.36]) et qu'il a autorisé la consultation de l'intégralité du dossier, le recourant a pu exercer pleinement son droit d'être entendu de sorte que le vice survenu devant l'autorité inférieure a été guéri.
6.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a dûment constaté que le recourant n'avait pas pu librement consulter son dossier devant l'autorité de réclamation, mais que la violation de son droit d'être entendu avait été guérie en instance de recours, dans la mesure où il avait pu alors librement consulter l'intégralité de son dossier. La guérison de ce vice de procédure est conforme à l'art. 29 Cst. et à la jurisprudence y relative. En effet, comme le Tribunal administratif dispose d'un pouvoir d'examen libre en fait et en droit (art. 53 de la loi vaudoise du 18 décembre 1989 sur la procédure et la juridiction administrative; [RSVD173.36]) et qu'il a autorisé la consultation de l'intégralité du dossier, le recourant a pu exercer pleinement son droit d'être entendu de sorte que le vice survenu devant l'autorité inférieure a été guéri.
7. Le recourant se plaint de la violation de la garantie d'impartialité ancrée dans les art. 29 al. 1 Cst. et 6 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH; RS 0.101). A son avis, cette garantie constitutionnelle exigeait que l'instruction de la procédure de réclamation prévue par les art. 134 et 135 LIFD ne soit confiée ni à l'autorité inférieure ni à quiconque avait participé à l'élaboration de la décision attaquée. Il n'aurait découvert que durant la procédure devant le Tribunal administratif que son dossier fiscal avait été complété durant la procédure de réclamation par le chef de la Division d'inspection fiscale avec des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles, alors que son dossier n'était plus sous la responsabilité de ce dernier mais sous celle de l'Administration cantonale en sa qualité d'autorité de réclamation.
7.1 Comme l'a jugé à bon droit le Tribunal administratif, l'art. 6 par. 1 CEDH ne trouve pas d'application dans les procédures fiscales, qui n'ont, comme en l'espèce, pas un caractère pénal (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 146 et les références citées). Dans la mesure où le recourant conteste la constitutionnalité de la composition de l'autorité de réclamation en matière d'impôt fédéral direct, son grief n'est recevable qu'en tant qu'il porte sur une mauvaise application des <ref-law> (cf. art. 191 Cst. qui exclut le contrôle constitutionnel notamment des lois fédérales).
7.2 D'après l'<ref-law>, l'autorité de taxation, l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et l'Administration fédérale des contributions jouissent des mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans celle de taxation. L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut déterminer à nouveau tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier (<ref-law>). L'<ref-law> précise que l'autorité de taxation prend la décision sur réclamation. La procédure de réclamation peut par conséquent être confiée au taxateur, à un autre fonctionnaire ou à une commission de fonctionnaires, la composition de l'autorité de taxation relevant du droit cantonal, à moins que le droit fédéral en dispose autrement (<ref-law>; cf. Martin Zweifel, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2b, Zweifel/Athanas Ed., Helbing & Lichtenhahn 2000, n° 5 ad <ref-law>).
Dans le canton de Vaud, d'après l'art. 2 de l'arrêté du 15 février 1995 d'application de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ALIFD/VD, RSVD 658.11.1), les autorités de taxation des impôts directs cantonaux notamment des personnes physiques sont également, pour ces mêmes personnes, autorités de taxation et de perception de l'impôt fédéral direct. Ce qu'il faut entendre par autorité de taxation dans le canton de Vaud est précisé par l'art. 152 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSVD 642.11), qui désigne comme telle, pour les personnes physiques, les offices d'impôts de district ainsi que l'Administration cantonale des impôts; l'inspectorat fiscal qui fait partie de l'Administration cantonale des impôts peut intervenir dans la taxation des personnes physiques dans les conditions fixées par l'Administration cantonale de l'impôt fédéral direct.
7.3 En l'espèce, les réclamations du recourant ont été examinées par l'Administration cantonale des impôts, qui a procédé au réexamen complet des décisions de taxation et de rappel d'impôt. Quoi qu'en pense le recourant, rien dans les <ref-law> et les dispositions cantonales d'application ne permet ni n'exige d'instaurer une distinction entre l'Administration cantonale des impôts agissant comme autorité de réclamation et sa (sub)division de l'inspection fiscale, d'autant moins lorsque, comme, en l'espèce, cette division avait été saisie du dossier comme autorité de taxation en raison de la complexité des faits. Enfin, l'autorité de réclamation jouissant des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation, le Tribunal administratif a jugé à bon droit qu'elle n'avait nullement outrepassé ses compétences en versant au dossier fiscal du recourant, durant la procédure de réclamation, des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles le concernant au titre de plaignant ou de partie utiles à l'établissement des éléments imposables. Le grief de violation de l'art. 29 Cst. doit par conséquent être rejeté.
7.3 En l'espèce, les réclamations du recourant ont été examinées par l'Administration cantonale des impôts, qui a procédé au réexamen complet des décisions de taxation et de rappel d'impôt. Quoi qu'en pense le recourant, rien dans les <ref-law> et les dispositions cantonales d'application ne permet ni n'exige d'instaurer une distinction entre l'Administration cantonale des impôts agissant comme autorité de réclamation et sa (sub)division de l'inspection fiscale, d'autant moins lorsque, comme, en l'espèce, cette division avait été saisie du dossier comme autorité de taxation en raison de la complexité des faits. Enfin, l'autorité de réclamation jouissant des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation, le Tribunal administratif a jugé à bon droit qu'elle n'avait nullement outrepassé ses compétences en versant au dossier fiscal du recourant, durant la procédure de réclamation, des pièces provenant de dossiers de procédures pénales et civiles le concernant au titre de plaignant ou de partie utiles à l'établissement des éléments imposables. Le grief de violation de l'art. 29 Cst. doit par conséquent être rejeté.
8. Le recourant considère que le Tribunal administratif a apprécié de manière arbitraire les preuves figurant au dossier.
8.1 Le Tribunal fédéral ne qualifie d'arbitraire (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9 et la jurisprudence citée) l'appréciation des preuves que si l'autorité a admis ou nié un fait en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et les éléments de son dossier. Une jurisprudence constante reconnaît au juge du fait un large pouvoir d'appréciation en ce domaine (<ref-ruling> consid. 4b p. 40 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst. (art. 4 aCst.), que si le juge cantonal a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte (<ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 3 p. 371; <ref-ruling> consid. 4 p. 127), lorsque des constatations de faits sont manifestement fausses (<ref-ruling> consid. 5 p. 306; <ref-ruling> consid. 3a p. 142 et la jurisprudence citée), enfin lorsque l'appréciation des preuves est tout à fait insoutenable (<ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 2b p. 88).
9. En l'espèce, le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu comme preuve le procès-verbal d'une séance tenue le 22 mai 2000 entre lui-même, accompagné de deux précédents mandataires (Me G._ et H._), et deux inspecteurs et un juriste de l'Administration cantonale des impôts qui portait sur des reprises envisagées par cette dernière et protocolait les explications apportées par les premiers. Comme il l'a fait valoir pour la première fois devant le Tribunal administratif en audience du 25 avril 2006, à son avis, ce document serait dénué de toute validité parce qu'il a été rédigé par l'administration et n'a pas été contresigné par lui. A bon droit, le Tribunal administratif a considéré que ce procès-verbal contenait les déclarations spontanées du recourant et de ses deux mandataires dont l'un était avocat. Il a retenu que ceux-ci en avait reçu une copie et que le contenu du procès-verbal avait même été confirmé par courrier du 15 juin 2000. Dès lors, le Tribunal administratif pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, accorder foi aux déclarations contenues dans ce procès-verbal et juger contraire à la bonne foi leur remise en cause cinq ans plus tard.
9. En l'espèce, le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir retenu comme preuve le procès-verbal d'une séance tenue le 22 mai 2000 entre lui-même, accompagné de deux précédents mandataires (Me G._ et H._), et deux inspecteurs et un juriste de l'Administration cantonale des impôts qui portait sur des reprises envisagées par cette dernière et protocolait les explications apportées par les premiers. Comme il l'a fait valoir pour la première fois devant le Tribunal administratif en audience du 25 avril 2006, à son avis, ce document serait dénué de toute validité parce qu'il a été rédigé par l'administration et n'a pas été contresigné par lui. A bon droit, le Tribunal administratif a considéré que ce procès-verbal contenait les déclarations spontanées du recourant et de ses deux mandataires dont l'un était avocat. Il a retenu que ceux-ci en avait reçu une copie et que le contenu du procès-verbal avait même été confirmé par courrier du 15 juin 2000. Dès lors, le Tribunal administratif pouvait, sans tomber dans l'arbitraire, accorder foi aux déclarations contenues dans ce procès-verbal et juger contraire à la bonne foi leur remise en cause cinq ans plus tard.
10. Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir refusé la déduction des pertes subies lors de la vente des participations qu'ils détenaient dans A._ SA, B._ SA, C._ SA et D._ SA. Les activités de ces sociétés étaient suffisamment connexes à celles de son activité indépendante pour que ces titres entrent dans sa fortune commerciale. En outre, les états annexés au recours du 3 octobre 2005 et à la réplique du 23 mars 2006 adressés au Tribunal administratif répondaient aux exigences légales de comptabilisation.
10.1 D'après l'art. 27 al. 1 et 2 lettre b LIFD (art. 22 al. 1 lettre c AIFD encore applicable à la période fiscale 1993/1994), les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées.
D'après l'<ref-law>, les personnes physiques doivent joindre à leur déclaration notamment les certificats de salaire concernant tous les revenus provenant d'une activité lucrative dépendante (lettre a); les attestations concernant les prestations que le contribuable a obtenues en sa qualité de membre de l'administration ou d'un autre organe d'une personne morale (lettre b); l'état complet des titres et des créances, ainsi que celui des dettes (lettre c). D'après l'<ref-law>, les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés. L'art. 89 al. 3 AIFD exige des contribuables qui exercent une activité lucrative indépendante dont les recettes annuelles brutes provenant de cette activité atteignent le montant de 100'000 fr. qu'ils établissent un relevé complet des recettes et des dépenses et un état complet de la fortune et des dettes.
L'<ref-law> (art. 89 al. 3 AIFD) ne précise pas ce qu'il faut entendre par "état des actifs et des passifs, relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés". Les exigences auxquelles doivent répondre ces états dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (arrêt 2A.272/2003 du 13 décembre 2003 in Archives 73 p. 656; Martin Zweifel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, Zweifel/Athanas Ed., Helbing & Lichtenhahn 2000 n° 30 ss ad <ref-law>; cf. circulaire n° 2 de l'Administration fédérale des contributions publiée en janvier 1980 sur l'obligation de conserver les documents et pièces justificatives et d'établir des relevés et des états faits aux contribuables exerçant une activité lucrative indépendante, in Archives 48, p. 412).
Il n'appartient pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante du contribuable, même si elles peuvent ordonner des expertises aux frais du contribuable aux conditions de l'<ref-law>.
10.2 Pour les années de calcul des périodes fiscales 1993/1994 à 1997/1998, le recourant s'est borné, comme l'autorise l'<ref-law>, à remplir les questionnaires général et complémentaire pour médecins, dentistes et vétérinaires auxquels il a annexé les relevés de ses recettes et dépenses ainsi que de ses prélèvements et apports privés. Ces relevés ont été établis par une société fiduciaire. Les participations dans les sociétés A._ SA, C._ SA, B._ SA et D._ SA n'ont pas été reportées dans le "Tableau des actifs et passifs" des questionnaires général et complémentaire. Le recourant a en revanche produit au Tribunal administratif un "Etat des participations commerciales au 14 décembre 1993 (bilan d'entrée)", un "Compte de pertes et profits des participations commerciales pour la période du 14 décembre 1993 au 31 décembre 1993 (16 jours)", un "Etat des participations commerciales au 31 décembre 1993" ainsi qu'un tel "Etat des participations commerciales" au 31 décembre des années 1994 à 2000.
Ces états ne sont ni signés ni datés et ont été établis a posteriori en 2006. Dans ces conditions, les pertes que le recourant affirme avoir subies sur ses titres n'ont pas été comptabilisées dans des états d'actifs et de passifs établis chronologiquement aux dates successives de bouclement des exercices commerciaux déterminant pour les périodes fiscales en cause. Au surplus, les participations en cause appartenaient au recourant bien avant la date du bilan d'entrée au 14 décembre 1993. Non seulement la date du bilan d'entrée - qui semble correspondre à la date de vente de ses actions dans B._ SA par le recourant à C._ SA - est insolite, mais encore il est douteux qu'à cette date, les participations aient pu encore être comptabilisées à leur valeur, semble-t-il, nominale. Par conséquent, en jugeant que les pertes dont se prévaut le recourant n'ont pas été comptabilisées et ne pouvaient par conséquent être déduites de son revenu imposable, le Tribunal administratif a correctement appliqué l'<ref-law>.
La déduction de pertes effectives n'étant admise qu'à la double condition qu'elles portent sur des éléments de la fortune commerciale et qu'elles aient été comptabilisées, il n'est pas nécessaire d'examiner en outre à quelle fortune - commerciale ou privée - du recourant appartenaient ces participations.
La déduction de pertes effectives n'étant admise qu'à la double condition qu'elles portent sur des éléments de la fortune commerciale et qu'elles aient été comptabilisées, il n'est pas nécessaire d'examiner en outre à quelle fortune - commerciale ou privée - du recourant appartenaient ces participations.
11. Le recourant juge injustifiée la reprise de certains montants comme revenus de l'activité indépendante ou comme prestations appréciables en argent des sociétés A._ SA et B._ SA.
11.1 Tous les revenus des personnes physiques provenant de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont soumis à l'impôt (<ref-law>; art. 21 AIFD, encore applicable à la période fiscale 1993/1994). Les rendements de la fortune mobilière sont imposables, en particulier les dividendes, les parts de bénéfices et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (art. 20 al. 1 lettre c LIFD; art. 21 al. 1 lettre c AIFD).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (<ref-ruling> consid. 5 p. 607 ss; <ref-ruling> consid. 2 p. 119; <ref-ruling>).
11.2 Rubrique 1.01.- Le Tribunal administratif a constaté que des sommes pour un montant de 85'776 fr. au total entre 1991 et 1994 n'ont pas été déclarées. Ce montant provenait de redevances que la société I._ SA versait à J._, société qualifiée de "virtuelle", dont le compte bancaire était en réalité un compte privé du recourant, et qui le rémunérait pour son rôle d'intermédiaire dans la location d'appareils portables ("bips").
C'est en vain que le recourant expose que J._ était une raison individuelle inscrite au registre du commerce détenue par un tiers et que la preuve que ces montants n'ont pas été imposés auprès de ce dernier n'aurait pas été apportée. Il suffit en effet de constater que le recourant a bien bénéficié de revenus non déclarés.
11.3 Rubrique 1.02.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant aurait omis de déclarer des honoraires versés par la Clinique C._ SA (108'572 fr. au total entre 1991 et 1996). C'est en vain que le recourant objecte que ces montants n'ont pas influencé le compte de résultat de C._ SA. Le traitement fiscal de ces montants dans les comptes de la société ne joue aucun rôle s'agissant de leur imposition comme revenu dans le chapitre du recourant.
11.4 Rubrique 1.03.- Le Tribunal administratif a constaté que des versements pour un montant total de 153'000 fr. ont été déposés en espèces durant l'année 1992 - sans qu'il soit possible de les qualifier d'avancements d'hoirie ou de parts d'héritage - sur des comptes de la banque N._ ouverts à cette fin aux noms du recourant et de son épouse. Il a ainsi confirmé leur imposition au titre de produits cachés. Le recourant n'oppose à ces faits que de simples dénégations sans apporter de preuve de ce qu'il soutient.
11.5 Rubrique 2.01/1.- Le Tribunal administratif a constaté qu'en 1992, la Clinique C._ SA a versé au recourant un montant mensuel d'honoraires de 25'000 fr sur le compte du cabinet médical, à l'exception d'un versement ayant trait au mois de décembre, qui a été versé le 8 janvier 1993 sur un compte privé de ce dernier. Il a jugé avec raison que ce montant n'avait pas été déclaré et qu'il devait être imposé pour l'année de calcul 1992. Le recourant se borne en vain sur ce point à qualifier d'insolite l'appréciation de l'autorité fiscale et du Tribunal administratif, considérant que, faute d'avoir accès à la comptabilité de la société, il lui est impossible d'apporter des justifications. Il n'y avait pas lieu toutefois de réserver un traitement fiscal différent au versement du mois de décembre 1992, à moins que le recourant prouve qu'il ne s'agissait pas d'honoraires, ce qu'il n'a pas fait. Pareille preuve ne dépend nullement de la production de la comptabilité de la société en cause.
11.6 Rubrique 2.01/5.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait admis lors de son audition du 22 mai 2000 qu'un montant de 4'000 fr. concernant la revue "K._", dont il était le rédacteur, n'avait pas été déclaré, malgré son virement sur un compte privé après avoir transité par un compte bancaire ouvert au nom de A._ SA. C'est en vain que le recourant se borne à affirmer que le produit des abonnements aurait été versé sur le compte bancaire de A._ SA - ce que le Tribunal administratif a notamment retenu - du moment que le montant de 4'000 fr. a bien ensuite été versé sur son compte privé.
11.7 Rubrique 2.01/2 et 2.03/1.- Le Tribunal administratif a constaté que Y._ a utilisé une Mercedes 300 TE dont les frais de leasing (12'900 fr. en 1992) étaient payés par la Clinique C._ SA. Il a également constaté que les frais d'entretien (Garage L._ SA) et d'assurances (M._ assurance SA) de cette voiture ont été pris en charge par B._ SA (5'660 fr. pour 1991 et 1992). Il a jugé à bon droit qu'il s'agissait de prestations appréciables en argent en faveur d'un proche du recourant en se fondant sur les déclarations de la séance du 22 mai 2000 (cf. consid. 8 ci-dessus).
11.8 Rubrique 2.01/6.- Le Tribunal administratif a constaté qu'une facture des éditions O._ concernant la brochure "P._" éditée par le recourant dans le cadre de sa campagne politique pour accéder au Conseil d'Etat du canton de Vaud a été payée par C._ SA et jugé avec raison qu'il s'agissait au moins en partie d'une prestation à l'actionnaire qui devait être reprise pour un montant de 3'000 fr. L'action politique du recourant relevant de ses dépenses privées, ses critiques sont inopérantes.
11.9 Rubrique 2.02/1.- Le Tribunal administratif a retenu qu'en 1992, A._ SA aurait versé un montant de 130'000 fr. (13 fois 10'000 fr.) qui a été remboursé à A._ SA à hauteur de 120'000 fr., de sorte que la différence de 10'000 fr., non déclarée, devait être imposée. Le recourant ne conteste pas les montants. L'autorité fiscale ayant suffisamment démontré l'existence du montant litigieux, il appartenait au recourant, contrairement à ce qu'il affirme, d'expliquer l'opération et ce qu'il était advenu de ce montant, ce qu'il n'a pas fait. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif en a confirmé l'imposition.
11.9 Rubrique 2.02/1.- Le Tribunal administratif a retenu qu'en 1992, A._ SA aurait versé un montant de 130'000 fr. (13 fois 10'000 fr.) qui a été remboursé à A._ SA à hauteur de 120'000 fr., de sorte que la différence de 10'000 fr., non déclarée, devait être imposée. Le recourant ne conteste pas les montants. L'autorité fiscale ayant suffisamment démontré l'existence du montant litigieux, il appartenait au recourant, contrairement à ce qu'il affirme, d'expliquer l'opération et ce qu'il était advenu de ce montant, ce qu'il n'a pas fait. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif en a confirmé l'imposition.
12. Le recourant se plaint que le Tribunal administratif ait confirmé la reprise de dépenses dont l'Administration cantonale des impôts considérait qu'elles n'étaient pas justifiées commercialement.
12.1 D'après l'art. 27 al. 1 et 2 lettre b LIFD (22 al. 1 lettres a et c AIFD), les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. La justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses encourues pour l'entretien et l'amortissement de biens acquis par l'entrepreneur qui servent à son entretien ou à son propre plaisir ou à celui de sa famille. Dans ce cas, l'entrepreneur grève indûment le compte de résultats de son activité lucrative de dépenses privées qui comprennent des frais de représentation (arrêt 2P.153/2002 du 29 novembre 2002 in StE 2003 B 72.14.2 n° 31 consid. 3.2; arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Archives 63 p. 208 consid. 2a 212 s.; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Zurich 1995, ch. 4 ad art. 26; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, Zurich 1995, p. 245).
Selon un principe généralement admis en matière fiscale, il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (arrêt 2A.461/2001 du 21 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2; Revue fiscale 54 118 consid. 9a p. 126; <ref-ruling> consid. 4c/aa p. 266 et les arrêts cités). Il s'ensuit qu'il incombe à l'entrepreneur de prouver que ses charges sont justifiées par l'usage commercial et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (Archives 68, 746 consid. 2b p. 749/750 et les références citées).
12.2 Rubrique 1.04.- D._ SA, dont le recourant était actionnaire majoritaire et créancier pour un montant de 62'400 fr., lui a facturé le 15 décembre 1993 un montant de 60'000 fr. comme "participation au service des gardes sanitaires à la Centrale de permanence". Le recourant n'ayant pas démontré que ce montant correspondait à une contre-prestation plausible, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a admis qu'il avait fait un abandon de créance sans justification, de sorte que ce montant devait être ajouté à son bénéfice commercial. Que ce montant ait ou non été repris au titre de bénéfice imposable au sein de la société n'influence nullement le sort de celui-ci dans le chapitre du recourant.
12.3 Rubriques 1.05, 1.06 1.07 et 1.09.- Le Tribunal administratif a constaté que le recourant avait passé en charge de ses comptes des achats de tableau (11'500 fr. en 1991, 15'000 fr. pour 1992 et 11'500 fr. pour 1993), un abonnement aux services d'une entreprise de déménagement de meubles d'une durée de trois ans (1'122 fr. en 1991, 1'386 fr. en 1992 et 736 fr. en 1993), des lunettes (806 fr. en 1992), les frais de fiduciaire pour l'établissement de sa déclaration fiscale privée (2'800 fr. en 1993), d'autres frais (que ceux déjà examinés sous le consid. 10.8 ci-dessus) pour la publication de la revue "P._" (6'771 fr.) et une cotisation aux Editions O._ (1'000 fr. en 1994).
Le Tribunal administratif a jugé avec raison que de telles dépenses ne pouvaient être considérées comme des frais justifiés par l'usage commercial et par conséquent déductibles. En effet, le caractère privé de ces dépenses ne pouvait échapper au recourant. En particulier, le recourant n'a pas établi que les verres de ses lunettes avaient été étudiés spécialement dans le but d'opérer. Les factures relatives à l'abonnement de déménagement portent son adresse privée. Les dépenses relatives aux activités politiques et les publications y afférent relèvent des dépenses privées pour une part au moins, ce que le Tribunal administratif a reconnu à bon droit en confirmant une reprise limitée de 3'300 fr. sur les frais de publication de la revue "P._" S'agissant des tableaux, c'est en vain que le recourant affirme que les conditions pour procéder au rappel de l'impôt sur ces montants ne seraient pas réalisées. L'Administration cantonale des impôts pouvait se fier aux déclarations du recourant et n'était pas tenue d'examiner la composition du poste global inscrit par ce dernier dans le "tableau des amortissements" sous "achats ou dépenses d'investissement" des exercices 1991 et 1992 dans le "questionnaire général pour médecins" aux fins de s'assurer qu'il ne recelait pas de dépenses d'ordre privé.
II. Impôts cantonal et communal
II. Impôts cantonal et communal
13. 13.1 Déposé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale, qui ne peut être attaquée que par la voie du recours de droit public et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés, le présent recours est recevable au regard des art. 84 ss OJ. En tant qu'il demande l'annulation complète de l'arrêt du 12 juin 2006 qui porte également sur l'impôt fédéral direct, il est en revanche irrecevable.
13.2 En vertu de l'art. 90 al. 1 lettre b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261). En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (<ref-ruling> consid. 7a p. 312; <ref-ruling> consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée).
C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciés les moyens soulevés par le recourant.
C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciés les moyens soulevés par le recourant.
14. Le recourant se plaint de la violation de la garantie d'impartialité ancrée dans les art. 29 al. 1 Cst. et 6 CEDH. A son avis, cette garantie constitutionnelle exigeait que l'instruction de la procédure de réclamation prévue par l'<ref-law> ne soit confiée ni à l'autorité inférieure ni à quiconque avait participé à l'élaboration de la décision attaquée.
14.1 L'art. 6 CEDH ne trouve pas d'application en l'espèce (cf. ci-dessus consid. 5.1). L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Le droit à la composition impartiale d'une autorité judiciaire en revanche est garanti par l'art. 30 Cst. qui ne concerne que les procédures judiciaires (Pascal Mahon, Petit commentaire de la Constitution fédérale de la Confédération suisse, Schulthess 2003, n° 1 ss ad art 29 et n° 1 ad art. 30 Cst.).
14.2 D'après la jurisprudence, la réclamation est une voie de droit ordinaire dont la particularité est de confier le réexamen à l'autorité qui a rendu la décision et non pas à une autorité supérieure. La procédure de réclamation est instaurée pour des motifs d'économie de procédure et tend à décharger la juridiction administrative. En principe gratuite, elle permet au contribuable de signaler à l'autorité de taxation des imprécisions et des erreurs afin que celle-ci puisse procéder à leur rectification. La procédure de réclamation fait partie de la procédure de taxation. La décision sur réclamation, qui confirme ou modifie la première décision, constitue une nouvelle décision de taxation, puisqu'en principe, l'autorité de réclamation dispose des mêmes droits et obligations que l'autorité de taxation (arrêt A.335/1976 du 17 février 1978, in Archives 47, p. 541, consid. 7 p. 545; cf. en outre Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Thèse Berne 1995, p. 91 s.).
Dans ces conditions, la composition de l'autorité de réclamation par définition identique à celle de l'autorité de taxation n'est pas contraire à l'art. 29 Cst. L'art. 30 Cst. n'est par ailleurs pas applicable en raison de l'appartenance de la procédure de réclamation à la procédure de taxation et non à celle de la juridiction administrative.
14.3 Les autres griefs, en particulier relatifs à la violation du droit d'être entendu et à l'appréciation des preuves, doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 4 ss). En effet, l'art. 161 LI/VD, dont la teneur est pratiquement identique à celle de l'<ref-law>, ne lui confère pas un droit de consulter le dossier plus étendu que celle qui résulte de l'art. 29 al. 2 Cst.
14.3 Les autres griefs, en particulier relatifs à la violation du droit d'être entendu et à l'appréciation des preuves, doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 4 ss). En effet, l'art. 161 LI/VD, dont la teneur est pratiquement identique à celle de l'<ref-law>, ne lui confère pas un droit de consulter le dossier plus étendu que celle qui résulte de l'art. 29 al. 2 Cst.
15. Sur le fond, le recourant expose des griefs de nature appellatoire, identiques à ceux qu'il a formulés dans son recours de droit administratif. Dans la mesure où, contrairement aux exigences de l'art. 90 OJ, il n'indique pas quelles dispositions du droit cantonal vaudois il entend invoquer ni en quoi elles auraient, le cas échéant, été appliquées de manière contraire à un droit ou une garantie constitutionnels par le Tribunal administratif, son recours doit être déclaré irrecevable.
A supposer qu'au regard de l'art. 90 OJ, le fait de compléter le mémoire de recours de droit administratif aux fins de déposer un recours de droit public en ajoutant uniquement les termes "23 lit. c aLI" et "20 al. 3 LI" constitue une motivation suffisante du grief relatif au refus de déduire les pertes subies lors de la vente des participations dans les sociétés en cause, le grief devrait quoi qu'il en soit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 9).
A supposer qu'au regard de l'art. 90 OJ, le fait de compléter le mémoire de recours de droit administratif aux fins de déposer un recours de droit public en ajoutant uniquement les termes "23 lit. c aLI" et "20 al. 3 LI" constitue une motivation suffisante du grief relatif au refus de déduire les pertes subies lors de la vente des participations dans les sociétés en cause, le grief devrait quoi qu'il en soit être rejeté pour les mêmes motifs que ceux exposés ci-dessus (cf. consid. 9).
16. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours de droit administratif ainsi qu'à celui du recours de droit public dans la mesure où ils sont recevables.
Succombant, les recourants supportent les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 156 al. 1 OJ) et n'ont pas droit à des dépens.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2A.429/2006 et 2P.185/2006 sont jointes.
1. Les causes 2A.429/2006 et 2P.185/2006 sont jointes.
2. Le recours de droit administratif 2A.429/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours de droit administratif 2A.429/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public 2P.185/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours de droit public 2P.185/2006 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Un émolument de justice de 15'000 fr. est mis à la charge de X._ et Y._, solidairement entre eux.
4. Un émolument de justice de 15'000 fr. est mis à la charge de X._ et Y._, solidairement entre eux.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 27 novembre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier:

canton: CH

region: Federation