facts:
Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Muri sprach X._ Entscheid vom 21. Oktober 2009 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.A.1 - 10, I.B.1 - 8, I.C.1 - 8 und 11), der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.A.1, II.B und II.C), der mehrfachen Schändung (Anklage, Ziff. III.1 und 2), der mehrfachen sexuellen Belästigung (Anklage, Ziff. IV.B.2) sowie der Drohung (Anklage, Ziff. V) schuldig. Das Verfahren betreffend mehrfache sexuelle Belästigung (Anklage, Ziff. IV.A.1 und 2 sowie IV.B.1) stellte es ein. Von den Vorwürfen der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.C.9, 10 und 12) sowie der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.A.2) sprach es ihn frei. Es verurteilte ihn unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungshaft von 98 Tagen zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten. Zudem verhängte es als teilweise Zusatzstrafe zum Strafmandat der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug vom 29. Juli 2008 eine Busse von Fr. 200.--. Weiter verpflichtete es ihn zur Bezahlung von Schadenersatz sowie Genugtuung an A._, B._ und C._.
B. In teilweiser Gutheissung der Berufung von X._ hob das Obergericht des Kantons Aargau Ziffer 2 (Freisprüche) und 4.1 (Strafmass) des erstinstanzlichen Urteilsdispositiv mit Urteil vom 30. September 2010 auf. Es sprach ihn vom Vorwurf der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.A.9) betreffend das Erzählen von sexistischen Witzen, das Fotografieren von A._, das Auffordern derselben, ihre Bluse auszuziehen, und das Berühren ihrer Brüste frei. Weiter sprach es ihn vom Vorwurf der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.B.8) betreffend das Betrachten von B._ mit lüsternen Blicken, die Bemerkungen mit sexuellem Hintergrund, das Anstarren der Brüste von B._, das Umfassen ihrer Taille, die Klapse auf ihren Po und das Berühren ihrer Brüste frei. Sodann sprach es ihn von den Vorwürfen der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern (Anklage, Ziff. I.C.9, 10 und 12), der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.A.2), der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Abhängigen (Anklage, Ziff. II.C) betreffend die Klapse auf den Po von C._ und das Berühren ihrer Brüste sowie der Schändung (Anklage, Ziff. III.1) frei. Im Übrigen wies es die Berufung von X._ sowie die Anschlussberufung von A._, B._ und C._ ab. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten.
C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei schuldig zu sprechen, was die Anklageziffern I.A.1 - 8 und 10, I.B.1 - 7, I.C.1 - 8 und 11, III.2 sowie V anbelange. Von den Vorwürfen gemäss Anklageziffern I.A.9, I.B.8, I.C.9, 10 und 12, II.A.1 und 2, II.B, II.C, III.1, IV.A.1 und 2 sowie IV.B. 1 und 2 sei er freizusprechen. Er sei unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs mit einer Freiheitsstrafe von höchstens zwei Jahren zu bestrafen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. September 2010 aufzuheben und zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Zudem sei ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und Rechtsanwältin Zaugg als unentgeltliche Rechtsvertreterin beizuordnen.
D. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Obergericht des Kantons Aargau erwägt in seiner Vernehmlassung vom 6. Juni 2011, die Beschwerde sei betreffend Fehler im Dispositiv berechtigt. Zugleich schlägt es ein berichtigtes Dispositiv vor (bundesgerichtliche Akten, act. 20).
Der Beschwerdeführer verzichtet auf eine Replik zur Vernehmlassung des Obergerichts.

considerations:
Erwägungen:
1. Soweit der Beschwerdeführer beantragt, er sei hinsichtlich der Ziffern I.A.1 - 8 und 10, I.B.1 - 7, I.C.1 - 8 und 11, III.2 sowie V der Anklage schuldig zu sprechen und hinsichtlich der Ziffern I.C.9, 10 und 12, II.A.2, IV.A.1 und 2 sowie IV.B.1 der Anklage freizusprechen (Beschwerde, S. 2), fehlt es an einem rechtlich geschützten Interesse im Sinne von <ref-law>. Der vorinstanzliche Entscheid entspricht in diesen Punkten den Anträgen. Im Zusammenhang mit den Vorwürfen gemäss Anklageziffern IV.A.1 und 2 sowie IV.B.1 erfolgte kein Freispruch, sondern eine Einstellung. Ein Anspruch auf materielle Beurteilung besteht nur, wenn die formellen Voraussetzungen zur Beurteilung erfüllt sind (Urteil 6B_174/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 1). Mangels gültig gestellten Strafanträgen sind diese nicht gegeben. Auf die Beschwerde ist in diesen Punkten nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das vorinstanzliche Urteilsdispositiv weise redaktionelle Fehler auf und verletze dadurch das Willkürverbot nach <ref-law> (Beschwerde, S. 4 f.).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das vorinstanzliche Urteilsdispositiv weise redaktionelle Fehler auf und verletze dadurch das Willkürverbot nach <ref-law> (Beschwerde, S. 4 f.).
2.2 2.2.1 Das erstinstanzliche Dispositiv legt in Ziffer 1 die Einstellungen, in Ziffer 2 die Freisprüche, in Ziffer 3 die Schuldsprüche und in Ziffer 4 die Strafe fest (vorinstanzliche Akten, act. 303 f.). Die Vorinstanz hebt in ihrem Dispositiv lediglich die Ziffern 2 und 4.1 auf und ersetzt sie durch eine Neufassung.
Der Beschwerdeführer wird laut vorinstanzlicher Begründung vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern z.N. der Tochter A._ (Anklage, Ziff. I.A.9) vollständig freigesprochen (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3.3 f. S. 22 f.). Das Urteilsdispositiv wurde indessen in einer Weise verfasst, als sei der Freispruch nur ein teilweiser. Da die Vorinstanz Ziffer 3 des erstinstanzlichen Dispositivs nicht aufhebt und neu fasst, bleibt es zudem beim Schuldspruch aufgrund des Vorwurfs gemäss Anklageziffer I.A.9. Hierbei handelt es sich offensichtlich um ein Versehen. Die Absicht, den Beschwerdeführer diesbezüglich vollständig freizusprechen, ergibt sich eindeutig aus der Urteilsbegründung.
Betreffend die Tatvorwürfe gemäss Anklageziffern I.B.8 und II.C erfolgt ein teilweiser Freispruch (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3 S. 21 ff. und E. 3.2 S. 23). Insofern ist es richtig, dass es in diesen Punkten gleichzeitig bei teilweisen Schuldsprüchen bleibt und die Vorinstanz darauf verzichtet, das erstinstanzliche Dispositiv diesbezüglich aufzuheben. Hingegen muss im Dispositiv klar ersichtlich sein, aufgrund welcher Handlung der Schuldspruch erfolgte. Bezüglich der Freisprüche legt dies die Vorinstanz eingehend dar. Eine Neufassung der Ziffer 3 des erstinstanzlichen Dispositivs ist demnach auch aus diesem Grund angezeigt.
Die Vorinstanz spricht den Beschwerdeführer vom Vorwurf der Schändung z.N. von D._ gemäss Anklageziffer III.1 vollständig frei (vorinstanzliches Urteil, E. 5.3 S. 26). Auch diesbezüglich muss Ziffer 3 des erstinstanzlichen Urteilsdispositivs angepasst werden.
Aus der Begründung des vorinstanzlichen Urteils ergibt sich, dass Ziffer 3 des erstinstanzlichen Dispositivs versehentlich nicht aufgehoben und abgeändert wurde. Der Fehler beruht offensichtlich nicht auf einer fehlerhaften richterlichen Willensbildung, sondern auf einem redaktionellen Versehen.
2.2.2 Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer sei vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Abhängigen z.N. seiner Tochter A._ (Anklage, Ziff. II.A.1) vollständig und vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Abhängigen z.N. seiner Tochter B._ (Anklage, Ziffer II.B) teilweise freizusprechen. Ein Schuldspruch habe diesbezüglich lediglich aufgrund der Tathandlung des Berührens im Intimbereich zu erfolgen (vorinstanzliches Urteil, E. 3.1 S. 23). Im vorinstanzlichen Dispositiv bleiben diese Freisprüche indessen gänzlich unberücksichtigt, weshalb es weiterhin auf Schuldspruch in diesen Punkten lautet.
Auch hier handelt es sich offensichtlich um ein Versehen, da der Wille der Vorinstanz, den Beschwerdeführer in diesen Punkten freizusprechen, klar aus ihrer Begründung hervorgeht. Inwiefern der vorinstanzliche Entscheid aufgrund der redaktionellen Fehler hingegen willkürlich sein soll, ist nicht ersichtlich.
2.2.3 Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen. Die Vorinstanz hat das Dispositiv zu berichtigen. Von ihrem Vorschlag in der Vernehmlassung vom 6. Juni 2011 (bundesgerichtliche Akten, act. 20) ist Vormerk zu nehmen.
3. 3.1 Die Beschwerde richtet sich gegen die Verurteilungen wegen sexueller Handlungen mit Kindern z.N. der Tochter B._ (Anklage, Ziff. I.B.8) und wegen sexueller Handlungen mit Abhängigen z.N. der Tochter B._ (Anklage, Ziff. II.B) sowie z.N. der Tochter C._ (Anklage, Ziff. II.C) dadurch, dass der Beschwerdeführer seine Töchter im Intimbereich berührt habe. Der Beschwerdeführer macht geltend, die vorgeworfenen Handlungen würden keine sexuellen Handlungen im Sinne von Art. 187 bzw. <ref-law> darstellen. Es fehle ihnen an der hierfür notwendigen Intensität (Beschwerde, S. 6 ff.).
3.2 Gemäss Rechtsprechung gelten als sexuelle Handlungen im Sinne von <ref-law> Verhaltensweisen, die für den Aussenstehenden nach ihrem äusseren Erscheinungsbild eindeutig einen unmittelbaren sexuellen Bezug aufweisen. Sind die Handlungen objektiv eindeutig sexualbezogen, kommt es nicht mehr auf das subjektive Empfinden, die Motive oder die Bedeutung an, die das Verhalten für den Täter oder das Opfer hat. Schwierigkeiten bieten ambivalente Handlungen, die weder äusserlich neutral noch eindeutig sexualbezogen erscheinen. Der Begriff der sexuellen Handlung erstreckt sich nur auf Verhaltensweisen, die im Hinblick auf das geschützte Rechtsgut - die ungestörte sexuelle Entwicklung des Kindes - erheblich sind. Dabei muss in Zweifelsfällen die Erheblichkeit relativ, etwa nach dem Alter des Opfers oder dem Altersunterschied zum Täter bestimmt werden. Das Merkmal der Erheblichkeit grenzt sozialadäquate Handlungen von solchen ab, die tatbestandsmässig sind. Bedeutsam für die Beurteilung sind qualitativ die Art und quantitativ die Intensität und Dauer der Handlung, wobei die gesamten Begleitumstände zu berücksichtigen sind (Urteil 6S.355/2006 vom 7. Dezember 2006 E. 3.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3b; je mit Hinweisen).
Der Inhalt des Begriffs der sexuellen Handlungen sollte immer in Bezug auf den konkreten Tatbestand bestimmt werden. Das durch <ref-law> geschützte Rechtsgut - die Entwicklung von Unmündigen - deckt sich indessen mit demjenigen von <ref-law>, weshalb der Begriff der sexuellen Handlungen deckungsgleich ist (TRECHSEL/BERTOSSA, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 6 zu <ref-law> und N. 8 zu <ref-law>).
Der Inhalt des Begriffs der sexuellen Handlungen sollte immer in Bezug auf den konkreten Tatbestand bestimmt werden. Das durch <ref-law> geschützte Rechtsgut - die Entwicklung von Unmündigen - deckt sich indessen mit demjenigen von <ref-law>, weshalb der Begriff der sexuellen Handlungen deckungsgleich ist (TRECHSEL/BERTOSSA, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 6 zu <ref-law> und N. 8 zu <ref-law>).
3.3 3.3.1 Hinsichtlich der zu beurteilenden Taten verweist die Vorinstanz auf den in der Anklageschrift geschilderten und unbestrittenen Sachverhalt. Demnach handelt es sich um Berührungen im Intimbereich über den Kleidern. Diese geschahen während des Basketballspielens, wenn der Beschwerdeführer den Ball zwischen den Beinen seiner Töchter B._ oder C._ hervornehmen wollte oder während des Badens im Pool mit B._. Trotz Versuchen seitens der Tochter, dem Vater zu entrinnen, fand dieser stets wieder Möglichkeiten, sie anzufassen. Weiter erwägt die Vorinstanz, es sei zu einer Vielzahl solcher Übergriffe gekommen, gegen welche sich die Töchter gewehrt hätten. Gemäss deren Aussagen habe der Beschwerdeführer jeweils versucht, die Berührungen als zufällig erscheinen zu lassen (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3.1 f. S. 21 und E. 3.2 S. 23).
Soweit der Beschwerdeführer behauptet, die Vorinstanz gehe zu Unrecht von intensiven, länger dauernden Berührungen aus, wohingegen es sich nur um flüchtige Berührungen gehandelt habe (Beschwerde, S. 7), ist die Rüge unbegründet. Die Vorinstanz erwägt, bei den Übergriffen habe es sich um kurze Berührungen im Intimbereich bzw. Griffe an die Genitalien gehandelt. Von längeren, intensiven Berührungen ist nicht die Rede.
3.3.2 Die kurzen Berührungen des Genitalbereichs über den Kleidern sind vor dem Hintergrund der gesamten Begleitumstände und nicht für sich alleine zu betrachten. So wurde eine (versuchte) sexuelle Handlung in einem Fall verneint, in dem der Angeklagte versucht hatte, einem unter 16-jährigen Jungen in der Öffentlichkeit überraschend in den Schritt zu greifen, wobei es zu einer flüchtigen Berührung über den Kleidern kam. Eine derartige Zudringlichkeit sei in Anbetracht des Umstandes, dass die Annäherung in einer Gruppe in der Öffentlichkeit erfolgte, lediglich als sexuelle Belästigung zu würdigen (Urteil 6B_702/2009 vom 8. Januar 2010 E. 5.5 mit Hinweisen). Die vorliegend zu beurteilenden Handlungen sind Teil eines Gesamtgeschehens. Die drei Töchter des Beschwerdeführers waren über Jahre hinweg den Übergriffen ihres Vaters ausgesetzt. Darunter waren sexuelle Handlungen von einer erheblichen Intensität, wie das Berühren und Streicheln der Klitoris, das Verlangen von Zungenküssen, das Veranlassen der Töchter, seinen Penis anzufassen und ihn zu befriedigen, das Einführen eines Fingers in die Vagina, etc. Diese Übergriffe fanden über mehrere Jahre hinweg regelmässig - zum Teil mehrmals in der Woche - statt. Der Beschwerdeführer nahm sie erstmals vor, als seine Töchter noch sehr jung - 8, 6 und 4 Jahre alt - waren (vorinstanzliches Urteil, S. 2 ff.). Die vorliegend zu beurteilenden Berührungen des Genitalbereichs über den Kleidern geschahen, als seine Töchter zwischen 14 und 18 Jahre alt waren, mithin zu einem Zeitpunkt, als sie schon unzählige Übergriffe seitens des Vaters erduldet hatten. In Würdigung dieser Ereignisse, die den Handlungen vorausgegangen waren, sind auch die kurzen Berührungen als sexuelle Handlungen im Sinne von Art. 187 und <ref-law> zu qualifizieren (dazu Urteil 6S.239/2000 vom 30. August 2000 E. 3c und d mit Hinweisen). Vor diesem Hintergrund gibt es keine Zweifel, dass es sich beim Verhalten des Beschwerdeführers nicht bloss um eine Ungeschicklichkeit, Unbeholfenheit oder eine einmalige Entgleisung handelte.
3.3.3 Betreffend die weiteren objektiven und subjektiven Tatbestandsmerkmale von Art. 187 und <ref-law> - insbesondere das Abhängigkeitsverhältnis - ist in Anwendung von <ref-law> auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz beziehungsweise deren Bezugnahme auf das erstinstanzliche Urteil zu verweisen (vorinstanzliches Urteil, E. 2.3.2 S. 22 und E. 3 S. 23; vorinstanzliche Akten, act. 264 ff.). Dass diese Voraussetzungen erfüllt sind, ist unbestritten.
3.3.4 Die Verurteilungen wegen sexueller Handlungen mit Kindern gemäss Anklageziffer I.B.8 und sexueller Handlungen mit Abhängigen gemäss Anklageziffern II.B und II.C verletzen kein Bundesrecht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Verurteilung wegen sexueller Belästigung z.N. der Tochter B._ (Anklage, Ziff. IV.B.2) verletze Bundesrecht. Die flüchtige Berührung der Brust der Tochter könne nicht als tatbestandsmässige Handlung erachtet werden (Beschwerde, S. 8 f.).
Zudem wäre auch bei Vorliegen eines tatbestandsmässigen Handelns die Verjährung der im März 2008 begangenen Übertretung eingetreten (Beschwerde, S. 9).
4.2 Nach <ref-law> wird, auf Antrag, mit Busse bestraft, wer jemanden tätlich oder in grober Weise durch Worte sexuell belästigt. Tätlichkeit bedeutet hier körperliche Berührung, mehr hat der Begriff mit der Tätlichkeit im Sinne von <ref-law> nicht gemein. Erfasst sind namentlich Fälle, in denen jemand auf überraschende Weise eine ahnungslose Person an den Geschlechtsteilen anfasst (Botschaft vom 10. September 1985 über die Änderung des StGB und des MStG, BBl 1985 II 1092). Auch flüchtiges kurzes Berühren der weiblichen Brust über den Kleidern stellt eine tatbestandsrelevante Handlung dar, sofern diese objektiv eindeutig sexualbezogen ist (Urteil 6P.224/2006 vom 16. Februar 2007 E.7.2 mit Hinweisen).
Bei Übertretungen verjährt die Strafverfolgung in drei Jahren (<ref-law>). Die Verjährung beginnt gemäss <ref-law> mit dem Tag, an dem der Täter die strafbare Tätigkeit ausführt. Ist vor Ablauf der Verjährung ein erstinstanzliches Urteil ergangen, so tritt die (Verfolgungs-)Verjährung nicht mehr ein (<ref-law>).
Bei Übertretungen verjährt die Strafverfolgung in drei Jahren (<ref-law>). Die Verjährung beginnt gemäss <ref-law> mit dem Tag, an dem der Täter die strafbare Tätigkeit ausführt. Ist vor Ablauf der Verjährung ein erstinstanzliches Urteil ergangen, so tritt die (Verfolgungs-)Verjährung nicht mehr ein (<ref-law>).
4.3 4.3.1 Gemäss unbestrittenem Sachverhalt half der Beschwerdeführer im März 2008 seiner Tochter B._ beim Umzug. Dabei nahm er ihr eine Tischplatte auf der Höhe ihrer Brüste ab und berührte diese flüchtig. Gemäss Aussage der Tochter hätte er ihr jene abnehmen können, ohne ihre Brust zu berühren (vorinstanzliches Urteil, E. 4.2 S. 25).
In Anbetracht der gesamten Umstände, insbesondere der weitaus schwerwiegenderen Straftaten des Beschwerdeführers seinen Töchtern gegenüber, weist die bloss flüchtige Berührung der Brust seiner Tochter B._ einen unmittelbaren sexuellen Bezug auf, der nicht alleine aufgrund des subjektiven Empfindens der Tochter gegeben ist. Derartige Zudringlichkeiten erfüllen den Tatbestand der sexuellen Belästigung im Sinne von <ref-law>.
Betreffend den subjektiven Tatbestand ist auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz zu verweisen (vorinstanzliches Urteil, E. 4.2 S. 24 f.).
4.3.2 Das erstinstanzliche Urteil erging am 21. Oktober 2009. Zu diesem Zeitpunkt war die Verfolgungsverjährung für die im März 2008 begangene Straftat noch nicht eingetreten. Der Einwand des Beschwerdeführers, er sei infolge Verjährung nicht der sexuellen Belästigung schuldig zu sprechen, ist unbegründet.
4.3.3 Die Verurteilung wegen sexueller Belästigung gemäss Anklageziffer IV.B.2 verletzt kein Bundesrecht.
5. 5.1 Die Beschwerde richtet sich sodann gegen die vorinstanzliche Strafzumessung. Der Beschwerdeführer macht geltend, der angefochtene Entscheid verletze <ref-law>. Insgesamt sei eine Freiheitsstrafe von höchstens zwei Jahren angemessen (Beschwerde, S. 9 ff.).
5.2 Das Gericht misst gemäss <ref-law> die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Das Verschulden wird nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Dem urteilenden Gericht steht bei der Gewichtung der einzelnen Strafzumessungsfaktoren ein erheblicher Ermessensspielraum zu. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. durch Überschreiten oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6 mit Hinweisen).
Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so muss der Richter in einem ersten Schritt gedanklich die Einsatzstrafe für das schwerste Delikt festlegen. In einem zweiten Schritt hat er die Strafe zu erhöhen, um die weiteren Delikte zu sanktionieren. Er darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen, und er ist an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 8.1 mit Hinweisen).
Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so muss der Richter in einem ersten Schritt gedanklich die Einsatzstrafe für das schwerste Delikt festlegen. In einem zweiten Schritt hat er die Strafe zu erhöhen, um die weiteren Delikte zu sanktionieren. Er darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen, und er ist an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 8.1 mit Hinweisen).
5.3 5.3.1 Die Rüge des Beschwerdeführers ist insofern unbegründet, als er sich im Zusammenhang mit den beantragten Freisprüchen wegen sexueller Handlungen mit Kindern, sexueller Handlungen mit Abhängigen und sexueller Belästigung zur Strafzumessung äussert (Beschwerde, S. 9).
5.3.2 Das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Strafe sei im Vergleich zur erstinstanzlichen Strafe angesichts der vorinstanzlichen zusätzlichen Freisprüche unverhältnismässig hoch (Beschwerde, S. 9), vermag keine Bundesrechtsverletzung darzutun. Die Vorinstanz ist in ihrer Strafzumessung nicht an die Erwägungen der ersten Instanz gebunden. Auch wenn sie den Beschwerdeführer in weiteren Punkten freispricht, bedeutet dies nicht, dass sie eine mildere Strafe als die erste Instanz aussprechen muss, sofern sie ihr Ermessen nicht missbraucht oder überschreitet. Zu berücksichtigen ist zudem, dass die vorinstanzlichen Freisprüche in Anbetracht der Gesamtheit der Taten mehrheitlich Geringfügigkeiten betreffen.
5.3.3 Die Vorinstanz verweist in ihrer Strafzumessung weitgehend auf die Erwägungen der ersten Instanz, nimmt jedoch betreffend die Strafzumessungsfaktoren Ergänzungen und einige Änderungen vor. Bei der Festlegung des Strafmasses geht sie von der Schändung als schwerstem Delikt aus, legt zunächst das Verschulden bezüglich dieser Tat fest und gewichtet in der Folge die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren hinsichtlich der weiteren Delikte (vorinstanzliches Urteil, E. 8.1 S. 28 ff.; vorinstanzliche Akten, act. 280 ff.).
Dies entspricht der nach <ref-law> vorgeschriebenen Vorgehensweise. Als schwerste Tat gilt jene, die gemäss abstrakter Strafdrohung des Gesetzes mit der höchsten Strafe bedroht ist, und nicht jene, die nach den konkreten Umständen verschuldensmässig am schwersten wiegt (<ref-ruling> E. 2c/bb). Das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Vorinstanz gehe fälschlicherweise von der Schändung als schwerstem Delikt aus, wohingegen im konkreten Fall die sexuellen Handlungen mit Kindern die schwersten Straftaten darstellen würden (Beschwerde, S. 12 f.), erweist sich demnach als haltlos. Zwar unterlassen es die kantonalen Instanzen, für das schwerste Delikt - die Schändung - eine Einsatzstrafe festzulegen. Hingegen ist nicht ersichtlich, dass sich dies zum Nachteil des Beschwerdeführers auswirkt. Insgesamt nimmt die Vorinstanz eine ausführliche Strafzumessung unter Berücksichtigung der relevanten Faktoren vor, so dass sich hinreichend nachvollziehen lässt, wie sie zu einer Gesamtstrafe von vier Jahren und zwei Monaten Freiheitsstrafe gelangt.
5.3.4 Gemäss <ref-law> mildert das Gericht die Strafe, wenn das Strafbedürfnis in Anbetracht der seit der Tat verstrichenen Zeit deutlich vermindert ist und der Täter sich in dieser Zeit wohl verhalten hat. Dieser Strafmilderungsgrund ist in jedem Fall zu beachten, wenn zwei Drittel der Verjährungsfrist verstrichen sind. Der Richter kann diese Zeitspanne unterschreiten, um Art und Schwere der Tat Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 6.2).
Die sexuellen Handlungen mit Kindern bzw. Abhängigen ereigneten sich ungefähr in den Jahren 1993 bis 2008. Die Schändung und die Drohung beging der Beschwerdeführer im Jahre 2008. Es ist somit nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den Strafmilderungsgrund nach <ref-law> nicht berücksichtigt. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist seit den Straftaten nicht viel Zeit verstrichen (Beschwerde, S. 9 f.).
5.3.5 Die Vorinstanz erwägt, das Verschulden betreffend die sexuellen Handlungen mit Kindern wiege sehr schwer. Sie begründet dies insbesondere mit der hohen Anzahl der Übergriffe - teilweise mehrmals pro Woche und über einen langen Zeitraum hinweg - sowie dem Umstand, dass mehrere Opfer betroffen waren. Des Weiteren würdigt sie straferhöhend, dass der Beschwerdeführer das Vertrauen seiner Kinder missbraucht, seine sexuellen Wünsche egoistisch durchgesetzt und Bitten oder Weigerungen seitens seiner Töchter ignoriert habe. Die Geschädigten seien psychisch schwer belastet und hätten Mühe, sexuelle Beziehungen einzugehen. Den Umstand, dass der Beschwerdeführer nie Geschlechts-, Oral- oder Analverkehr erzwungen und nicht gewalttätig gehandelt habe, würdigt die Vorinstanz nicht strafmindernd. Sie erwägt, das Vorliegen solcher schwerwiegender Handlungen wäre straferhöhend zu berücksichtigen gewesen. Dies bedeute indessen nicht, dass die Nichtvornahme solcher Handlungen strafmindernd zu werten sei (vorinstanzliches Urteil, E. 8.1.2 S. 28 f.).
Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind unbehelflich (Beschwerde, S. 10). Die Vorinstanz zieht die massgeblichen Strafzumessungsfaktoren in Erwägung und gewichtet sie angemessen. Insbesondere ist nicht zu beanstanden, dass sie den Umstand, dass sich der Beschwerdeführer an den eigenen Kindern verging, straferhöhend würdigt. Das Vertrauen der Töchter in ihren Vater, der insbesondere in der Kindheit und Jugend eine wichtige Bezugsperson sein sollte, wurde in schwerwiegender Weise erschüttert. Es ist zudem nachvollziehbar, dass es den Geschädigten grössere Mühe bereitet, Hilfe von aussen zu holen, wenn der Täter ein Familienangehöriger ist. Die Opfer müssen in diesem Fall befürchten, zugleich anderen Personen - wie insbesondere der Mutter - Leid zuzufügen. Diese Umstände wertete die Vorinstanz zu Recht als straferhöhend.
Auch hinsichtlich der weiteren Delikte würdigt die Vorinstanz die verschiedenen Strafzumessungselemente angemessen. Insbesondere ist nicht zu beanstanden, dass sie den Beschwerdeführer nicht als besonders strafempfindlich einstuft (Beschwerde, S. 10 f.). Sein Alter und seine Arbeitssituation begründen keine besondere Strafempfindlichkeit. Die Einsicht sowie das Geständnis bezüglich der Schändung und Drohung würdigt die Vorinstanz lediglich leicht strafmindernd (vorinstanzliches Urteil, E. 8.1.3 S. 30), was angesichts dessen, dass der Beschwerdeführer sich im Zusammenhang mit dem Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern im Untersuchungsverfahren nicht kooperativ verhalten hat, angemessen ist.
5.3.6 Die vorinstanzliche Strafzumessung ist nicht zu beanstanden. Die ausgefällte Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten - bei einem denkbaren erweiterten Strafrahmen bis zu 15 Jahren Freiheitsstrafe - liegt sogar noch im unteren Bereich des ordentlichen Strafmasses für die Schändung und ist angesichts des schweren Verschuldens hinsichtlich der sexuellen Handlungen mit Kindern angemessen.
6. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Die Sache ist zur Berichtigung des Dispositivs an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Er ersucht jedoch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Seine finanzielle Bedürftigkeit ist ausgewiesen. Die Beschwerde war nicht von vornherein aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen (<ref-law>). Somit sind keine Gerichtskosten zu erheben.
Der Beschwerdeführer ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Die Entschädigung ist der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers zuzusprechen. Den Beschwerdegegnerinnen A._, B._ und C._ ist keine Entschädigung auszurichten, da ihnen im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteilsdispositiv des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. September 2010 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen zur Berichtigung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Lisa Zaugg, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. September 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Horber


facts:
Sachverhalt:
A. X._ war Eigentümer des Grundstücks Nr. 1461 in Q._. Am 22. Dezember 1970 trennte er von seinem Grundstück eine Teilfläche als Grundstück Nr. 1939 ab. Dieses verkaufte er Y._. Die Vertragsparteien begründeten zudem je ein "Fahrrecht" zugunsten und zulasten ihrer Grundstücke.
A._ und B._ sind heute Miteigentümer des Grundstücks Nr. 619 (früher Nr. 1461). Das nördlich daran angrenzende Grundstück Nr. 96 (früher Nr. 1939) befindet sich im Miteigentum von C._ und D._. Die beiden Grundstücke grenzen auf der Ostseite an die S._strasse an.
B. Mit Weisung des Friedensrichteramtes R._ vom 26. April 2010 beantragten C._ und D._ dem Bezirksgericht Kreuzlingen die Löschung des ihr Grundstück Nr. 96 belastenden Fahrrechts. A._ und B._ beantragten die Abweisung der Klage und verlangten ihrerseits widerklageweise die Löschung des ihr Grundstück Nr. 619 belastenden Fahrrechts sowie eine Verlegung des zulasten des Grundstücks Nr. 96 von C._ und D._ bestehenden Fahrrechts.
Mit Urteil vom 16. September 2010 hiess das Bezirksgericht die Klage und Widerklage auf Ablösung der Fahrrechte gut. Den Antrag von A._ und B._ auf Verlegung des Fahrrechts erklärte es als gegenstandslos.
C. Dagegen gelangten A._ und B._ an das Obergericht des Kantons Thurgau. Dieses hiess die Berufung mit Urteil vom 15. Februar 2011 insofern teilweise gut (Ziff. 1 des Dispositivs), als es die Ablösung des Fahrrechts zulasten des Grundstücks Nr. 96 von C._ und D._ und zugunsten des Grundstücks Nr. 619 von A._ und B._ nur gegen Leistung einer Entschädigung von Fr. 100.-- erklärte (Ziff. 2 des Dispositivs). Im Übrigen bestätigte es den bezirksgerichtlichen Entscheid betreffend die Ablösung des Fahrrechts zulasten des Grundstücks Nr. 619 von A._ und B._ (Ziff. 3 des Dispositivs) und regelte die Kosten (Ziff. 4 des Dispositivs).
D. Dem Bundesgericht beantragen A._ und B._ (nachfolgend Beschwerdeführer) in ihrer subsidiären Verfassungsbeschwerde vom 1. April 2011 die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheides und die Bestätigung des Bestands des Fahrrechts zulasten des Grundstücks Nr. 96 von C._ und D._ (nachfolgend Beschwerdegegner) und zugunsten ihres Grundstücks Nr. 619, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beschwerdegegner.
Zudem ersuchen die Beschwerdeführer um aufschiebende Wirkung. Die Beschwerdegegner und das Obergericht haben sich dazu nicht vernehmen lassen. Mit Verfügung vom 2. Mai 2011 hat die Abteilungspräsidentin der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Das Bundesgericht hat die Akten, hingegen in der Sache keine Vernehmlassungen eingeholt.

considerations:
Erwägungen:
1. 1.1 Die vorliegende Streitigkeit betrifft eine Zivilsache in einer vermögensrechtlichen Angelegenheit (Art. 72 Abs. 1 und Art. 74 Abs. 1 BGG; Urteil 5D_63/2009 vom 23. Juli 2009 E. 1). Die Beschwerde in Zivilsachen ist damit insbesondere nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>) oder sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>). Das Obergericht hat den Streitwert im angefochtenen Entscheid auf höchstens Fr. 7'999.-- beziffert. Da die Beschwerdeführer nicht ausführen, inwiefern ein höherer Streitwert massgebend sein soll (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.1.1 S. 62) oder sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>), steht - wie beantragt - einzig die subsidiäre Verfassungsbeschwerde zur Verfügung (<ref-law>).
Entschieden hat das Obergericht als letzte kantonale Rechtsmittelinstanz durch Urteil, welches das Verfahren abschliesst (Art. 114 i.V.m. <ref-law> und Art. 117 i.V.m. <ref-law>).
Entschieden hat das Obergericht als letzte kantonale Rechtsmittelinstanz durch Urteil, welches das Verfahren abschliesst (Art. 114 i.V.m. <ref-law> und Art. 117 i.V.m. <ref-law>).
1.2 1.2.1 Die Beschwerde hat ein Begehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel darstellt (Art. 117 i.V.m. <ref-law>), dürfen sich die Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheides zu beantragen, sondern müssen ein Begehren in der Sache stellen.
Die Beschwerdeführer beantragen zwar die Aufhebung des gesamten obergerichtlichen Urteils, stellen jedoch einzig in Bezug auf die Ziff. 2 des Dispositivs (Klage auf Ablösung des Fahrrechts zulasten des Grundstücks Nr. 96 der Beschwerdegegner und zugunsten des Grundstücks Nr. 619 der Beschwerdeführer) einen reformatorischen Antrag, der sinngemäss auf Abweisung der Klage der Beschwerdegegner auf Ablösung dieser Dienstbarkeit lautet. Auch die Beschwerdebegründung - die zur Interpretation der Rechtsbegehren beigezogen werden kann (<ref-ruling> E. 1.2 S. 136) - bezieht sich einzig auf den in Ziff. 2 des angefochtenen Dispositivs geregelten Gegenstand.
Das Rechtsbegehren ist in diesem Sinne zu interpretieren. Da die Beschwerdeführer (zurecht) bereits ihre Berufungsanträge an das Obergericht nur auf diese Streitfrage begrenzt haben, wären darüber hinausgehende Begehren ohnehin unzulässig (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 365).
1.2.2 Die Beschwerdeführer erheben in ihrer Beschwerdebegründung (eventualiter, das heisst für den Fall, dass die Bejahung des Anspruchs der Beschwerdegegner auf Ablösung der Dienstbarkeit nicht beanstandet werden sollte) auch eine Rüge im Zusammenhang mit der Festsetzung der Entschädigung nach <ref-law> und fordern eine höhere Entschädigung. Insoweit fehlt es aber an einem entsprechenden Eventualbegehren, das überdies zu beziffern gewesen wäre (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f.).
Wird damit ein Teil der Begründung - die der Erklärung der Rechtsbegehren dient (Urteil 5A_574/2010 vom 27. Dezember 2010 E. 3.3.3 mit Hinweis) - von den Begehren nicht umfasst, ist auf diese Rüge von vornherein nicht einzutreten.
1.3 In einem ersten Teil der Beschwerde kritisieren die Beschwerdeführer in sachverhaltlicher Hinsicht das erstinstanzliche Urteil des Bezirksgerichts.
Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht ist nicht das Urteil des Bezirksgerichts, sondern einzig der Entscheid der letzten kantonalen Instanz, das heisst vorliegend des Obergerichts, das auf Berufung hin sämtliche Tat- und Rechtsfragen frei überprüfen konnte (vgl. § 223 des Gesetzes des Kantons Thurgau vom 6. Juli 1988 über die Zivilrechtspflege [ZPO; RB 271; in Kraft bis 31. Dezember 2010]).
Soweit die Beschwerdeführer das bezirksgerichtliche Urteil beanstanden, ist darauf nicht einzutreten.
2. 2.1 Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Es gilt insoweit das strenge Rügeprinzip (Art. 117 i.V.m. <ref-law>). Die Rüge muss in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400 f.; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer müssen dabei anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids genau angeben, welches verfassungsmässige Recht durch den angefochtenen kantonalen Entscheid verletzt wurde, und im Einzelnen darlegen, worin die Verletzung besteht. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 2 S. 334; <ref-ruling> E. 4 S. 47).
2.2 Wird eine Verletzung des Willkürverbots - einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - geltend gemacht, muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2.2.1 Willkür in der Rechtsanwendung liegt dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5). Die Sachverhaltsfeststellung beziehungsweise Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der Beschwerdeführer übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 4.2 S. 560; <ref-ruling> E. 4.3 S. 522).
2.2.2 Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.4 S. 315), was die Beschwerdeführer in ihrer Beschwerde aufzuzeigen haben (<ref-ruling> E. 2.1 S. 219).
3. 3.1 Die Beschwerdeführer erklären eingangs ihrer Beschwerde "ihre Eingaben und Ausführungen vor Vorinstanz und vor der ersten Instanz zum integrierenden Bestandteil der vorliegenden subsidiären Verfassungsbeschwerde" (Ziff. 5 S. 3 der Beschwerde).
Die erhobenen Rügen müssen in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein. Der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus und ist unzulässig (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f.).
3.2 Schliesslich beanstanden die Beschwerdeführer in ihrer Beschwerde mehrmals den angefochtenen Entscheid, ohne jedoch rechtsgenügliche Rügen zu erheben und anzugeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt worden sein soll (z.B. Ziff. 3 und 4 S. 5 f. der Beschwerde). So kritisieren sie insbesondere, das Obergericht habe zu Unrecht ihr Vorbringen (wonach das Fahrrecht nicht primär für den Landwirtschaftsbetrieb und die Bewirtschaftung des hinter dem Wohnhaus liegenden Landes, sondern in erster Linie für die Zufahrten zum Wohnhaus mit Holz errichtet worden sei), als nach <ref-law>/TG verspätet erachtet und damit unzulässigerweise nicht berücksichtigt. Eine Rüge (insbesondere der willkürlichen Anwendung von <ref-law>/TG) bringen die Beschwerdeführer nicht vor.
Fehlt es an einer Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte, ist darauf nicht einzutreten (vgl. E. 2.1 oben).
4. 4.1 Das Obergericht hielt fest, das strittige Fahrrecht sei am 30. Dezember 1970 folgendermassen in das Grundbuch eingetragen worden:
Fahrrecht zugunsten Parzelle Nr. 619 und zulasten Parzelle Nr. 96: "Jederzeitiges und ungehindertes Fahrrecht auf einer Breite von zwei Metern entlang der Grenze West-Ost mit einem Einlenker auf die Staatsstrasse. Das Fahrrecht darf für die Bewirtschaftung des hinterliegenden Landes sowie für die notwendigen Zufuhren zum Wohnhaus auf Parzelle Nr. 619 benützt werden, insbesondere für Holz, Mist, usw. Die genaue Lage des Fahrrechts ist im beiliegenden Plan skizziert."
4.2 Bei der Prüfung des Inhalts und Umfangs der Dienstbarkeit nach <ref-law> hielt das Obergericht fest, der Grundbucheintrag sei klar. Neben der Breite und Lage des Fahrrechts werde dieses auf zwei Zwecke beschränkt: Einerseits auf die Bewirtschaftung des hinterliegenden Landes und andererseits auf notwendige Zufuhren zum Wohnhaus. Die Bewirtschaftung des Landes sei aber quantitativ und qualitativ wichtiger gewesen und stelle damit den Hauptzweck dar.
Der Hauptzweck sei inzwischen endgültig weggefallen, weil das hinter dem Wohnhaus liegende Landwirtschaftsland überbaut und separat erschlossen worden sei. Nach wie vor ausgewiesen und aktuell sei jedoch das Interesse des berechtigten Grundstücks der Beschwerdeführer an der Holzzufuhr. Mit dem Wegfall des Hauptzwecks sei das Interesse des berechtigten Grundstücks aber "massiv reduziert" beziehungsweise habe sich "unverhältnismässig reduziert", weshalb der Tatbestand von <ref-law> erfüllt sei.
4.3 Die Höhe der Entschädigung gemäss <ref-law> setzte das Obergericht auf Fr. 100.-- fest, da davon ausgegangen werden müsse, dass pro Jahr nicht mehr als eine oder allenfalls zwei Fahrten mit Holz nötig seien, zumal die Beschwerdeführer nicht (rechtzeitig) Angaben zum jährlichen Brennholzverbrauch gemacht hätten. Das verbleibende Interesse sei damit so geringfügig, dass sich keine höhere Entschädigung rechtfertige.
5. 5.1 Die Beschwerdeführer rügen in zweierlei Hinsicht eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law>.
5.2 Das Recht, angehört zu werden, ist formeller Natur. Dessen Verletzung führt ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-ruling> E. 2.6.1 S. 285). Diese Rügen sind deshalb vorweg zu behandeln.
5.2 Das Recht, angehört zu werden, ist formeller Natur. Dessen Verletzung führt ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-ruling> E. 2.6.1 S. 285). Diese Rügen sind deshalb vorweg zu behandeln.
5.3 5.3.1 Einerseits machen sie sinngemäss geltend, von ihnen (und den Beschwerdegegnern) erhobene Beweisanträge auf Einvernahme von Zeugen seien nicht berücksichtigt worden.
Damit berufen sich die Beschwerdeführer auf eine Verletzung ihres Anspruchs auf Beweisführung. Dieser Anspruch beschlägt <ref-law> und ist daher grundsätzlich als Verletzung dieser Bestimmung geltend zu machen. Eine Ausnahme drängt sich indes auf, wenn - wie hier - einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt und somit ein Verstoss gegen <ref-law> im Gegensatz zur Verletzung von <ref-law> nicht frei geprüft werden kann (Urteil 5A_193/2008 vom 13. Mai 2008 E. 3.1).
5.3.2 Der Beweisführungsanspruch verleiht der Partei das Recht darauf, für rechtserhebliche Sachvorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag rechtzeitig und formrichtig erfolgt (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148).
5.3.3 Die Beschwerdeführer legen nicht dar, welche (rechtserheblichen) Tatsachenbehauptungen sie aufgestellt und dazu prozesskonform Beweis angeboten haben sollen. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten (vgl. E. 2.1 oben).
5.3.3 Die Beschwerdeführer legen nicht dar, welche (rechtserheblichen) Tatsachenbehauptungen sie aufgestellt und dazu prozesskonform Beweis angeboten haben sollen. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten (vgl. E. 2.1 oben).
5.4 5.4.1 Andererseits halten die Beschwerdeführer im letzten Satz ihrer Beschwerdeschrift fest, "schliesslich" sei der angefochtene Entscheid auch mangelhaft begründet.
5.4.2 Wesentlicher Bestandteil des Anspruchs auf rechtliches Gehör ist die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 236).
5.4.3 Die Beschwerdeführer erheben einzig die Rüge der mangelhaften Begründung des Entscheides, gehen aber nicht weiter darauf ein. Sie zeigen nicht auf, inwiefern etwa eine Auseinandersetzung mit ihren Argumenten fehlen oder inwieweit eine sachgerechte Anfechtung nicht möglich sein soll. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten (vgl. E. 2.1 oben).
6. 6.1 Die Beschwerdeführer werfen dem Obergericht zudem Willkür (<ref-law>) in der Sachverhaltsfeststellung sowie in der Rechtsanwendung vor.
6. 6.1 Die Beschwerdeführer werfen dem Obergericht zudem Willkür (<ref-law>) in der Sachverhaltsfeststellung sowie in der Rechtsanwendung vor.
6.2 6.2.1 Die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung begründen die Beschwerdeführer damit, dass das Fahrrecht gerade nicht den Hauptzweck gehabt habe, das hinter dem Wohnhaus liegende Land zu bewirtschaften. Dieses Vorbringen hat das Obergericht jedoch als verspätet erachtet und nicht berücksichtigt, was die Beschwerdeführer vor Bundesgericht nicht rechtsgenüglich beanstanden (vgl. E. 3.2). Damit sind diese Tatsachen auch im bundesgerichtlichen Verfahren unbeachtlich (<ref-law>; Urteil 5A_241/2010 vom 9. November 2010 E. 2.2).
Die Beschwerdeführer begnügen sich im Übrigen mit appellatorischer Kritik (<ref-ruling> E. 2.8 S. 494) und simplen Bestreitungen (<ref-ruling> E. 5 S. 489), was unzulässig ist. Sie stellen den Sachverhalt einzig aus ihrer Sicht dar, indem sie insbesondere darlegen, die Bewirtschaftung des hinter dem Wohnhaus liegenden Landes sei über eine andere Parzelle vorgenommen worden, auf der sich auch der Hof befand, von dem aus die Landbewirtschaftung erfolgt sei. Darauf ist nicht einzutreten (vgl. E. 2 oben).
6.2.2 Die Rüge der willkürlichen Rechtsanwendung begründen die Beschwerdeführer ausschliesslich damit, dass sich das Ergebnis der "offensichtlich unkorrekten" Sachverhaltsfeststellung auch auf den Entscheid ausgewirkt habe.
Nur eine Tatsachenfeststellung, die für den Ausgang des Verfahrens erheblich ist, kann als willkürlich gerügt werden (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 588 f.). Dies ist nicht dargetan (vgl. E. 6.2.1 oben). Damit wird der Rüge der willkürlichen Rechtsanwendung von vornherein die Grundlage entzogen und es kann offen gelassen werden, inwieweit die Beschwerdeführer ihre Rüge überhaupt rechtsgenüglich vorbringen.
7. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführer werden unter solidarischer Haftung kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Den Beschwerdegegnern ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden (<ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juli 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Bettler

canton: CH

region: Federation


facts:
Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1973), Staatsangehörige von Bosnien-Herzegowina kroatischer Ethnie, reiste am 6. Dezember 1994 in die Schweiz ein und stellte ein Asylgesuch, das am 23. Januar 1995 abgewiesen wurde. In der Folge wurde sie bis 1997 vorläufig aufgenommen. Am 12. Juni 1997 heiratete sie hier einen Landsmann und reiste mit diesem im August 1997 nach Bosnien aus. Ende 1997 kehrte X._ mit ihrem Ehemann illegal in die Schweiz zurück. Im Jahre 2001 reiste sie nach Kroatien und gebar dort am 1. August 2001 die gemeinsame Tochter Y._. Nach der Geburt kehrte sie mit dem Kind in die Schweiz zurück. Am 15. November 2004 wurde die Ehe geschieden.
A. X._ (geb. 1973), Staatsangehörige von Bosnien-Herzegowina kroatischer Ethnie, reiste am 6. Dezember 1994 in die Schweiz ein und stellte ein Asylgesuch, das am 23. Januar 1995 abgewiesen wurde. In der Folge wurde sie bis 1997 vorläufig aufgenommen. Am 12. Juni 1997 heiratete sie hier einen Landsmann und reiste mit diesem im August 1997 nach Bosnien aus. Ende 1997 kehrte X._ mit ihrem Ehemann illegal in die Schweiz zurück. Im Jahre 2001 reiste sie nach Kroatien und gebar dort am 1. August 2001 die gemeinsame Tochter Y._. Nach der Geburt kehrte sie mit dem Kind in die Schweiz zurück. Am 15. November 2004 wurde die Ehe geschieden.
B. Am 8. Juli 2005 ersuchte X._ die Fremdenpolizei des Kantons Bern um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung aus humanitären Gründen gestützt auf Art. 13 lit. f der Verordnung vom 6. Oktober 1986 über die Begrenzung der Zahl der Ausländer (Begrenzungsverordnung, BVO; SR 823.21). In der Folge wurde das Gesuch an das für den Entscheid über die Ausnahme von der zahlenmässigen Begrenzung zuständige Bundesamt für Migration weitergeleitet, welches mit Verfügung vom 13. Januar 2006 feststellte, X._ bleibe der zahlenmässigen Begrenzung unterstellt.
B. Am 8. Juli 2005 ersuchte X._ die Fremdenpolizei des Kantons Bern um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung aus humanitären Gründen gestützt auf Art. 13 lit. f der Verordnung vom 6. Oktober 1986 über die Begrenzung der Zahl der Ausländer (Begrenzungsverordnung, BVO; SR 823.21). In der Folge wurde das Gesuch an das für den Entscheid über die Ausnahme von der zahlenmässigen Begrenzung zuständige Bundesamt für Migration weitergeleitet, welches mit Verfügung vom 13. Januar 2006 feststellte, X._ bleibe der zahlenmässigen Begrenzung unterstellt.
C. Dagegen erhob X._ am 16. Februar 2006 Beschwerde an das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement. Am 22. Februar 2006 verlangte dieses die Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 600.--, worauf X._ am 23. März 2006 ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege stellte. Mit Zwischenverfügung vom 12. Juni 2006 wies das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement das Gesuch wegen fehlender Erfolgsaussichten der Beschwerde ab und hielt an der Bezahlung des Kostenvorschusses fest.
C. Dagegen erhob X._ am 16. Februar 2006 Beschwerde an das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement. Am 22. Februar 2006 verlangte dieses die Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 600.--, worauf X._ am 23. März 2006 ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege stellte. Mit Zwischenverfügung vom 12. Juni 2006 wies das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement das Gesuch wegen fehlender Erfolgsaussichten der Beschwerde ab und hielt an der Bezahlung des Kostenvorschusses fest.
D. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 20. Juni 2006 beantragt X._, den Entscheid des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements vom 12. Juni 2006 aufzuheben und ihr für das Beschwerdeverfahren gegen die Verfügung des Bundesamtes für Migration die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Zudem stellt sie das Begehren, ihr für das bundesgerichtliche Verfahren ebenfalls die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu bewilligen.
Das Bundesgericht hat die Akten des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements beigezogen, jedoch keine Vernehmlassung eingeholt.

considerations:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Gegen Entscheide über die Ausnahme von den Höchstzahlen der Begrenzungsverordnung ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 404 f. mit Hinweis). In diesen Verfahren kann die Verwaltungsgerichtsbeschwerde auch gegen Zwischenverfügungen ergriffen werden, sofern sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (Art. 97 Abs. 1 und Art. 101 lit. a OG in Verbindung mit Art. 5 Abs. 2 und Art. 45 Abs. 1 und Abs. 2 lit. h VwVG). Das ist hinsichtlich der Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege der Fall. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher einzutreten.
1. Gegen Entscheide über die Ausnahme von den Höchstzahlen der Begrenzungsverordnung ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 404 f. mit Hinweis). In diesen Verfahren kann die Verwaltungsgerichtsbeschwerde auch gegen Zwischenverfügungen ergriffen werden, sofern sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (Art. 97 Abs. 1 und Art. 101 lit. a OG in Verbindung mit Art. 5 Abs. 2 und Art. 45 Abs. 1 und Abs. 2 lit. h VwVG). Das ist hinsichtlich der Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege der Fall. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Eine bedürftige Partei, deren Begehren nicht zum Vornherein als aussichtslos erscheint, kann auf Gesuch hin davon befreit werden, Verfahrenskosten zu bezahlen (Art. 65 Abs. 1 VwVG). Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement hat das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wegen fehlender Erfolgsaussichten der Beschwerde abgewiesen.
2.2 Nach Art. 13 lit. f BVO sind Ausländer von den Höchstzahlen der Begrenzungsverordnung ausgenommen, wenn ein schwerwiegender persönlicher Härtefall vorliegt. Für die Anerkennung eines Härtefalls gelten strenge Voraussetzungen. Verlangt wird, dass sich der Ausländer in einer persönlichen Notlage befindet; seine Lebens- und Daseinsbedingungen müssen gemessen am durchschnittlichen Schicksal von Ausländern in gesteigertem Masse in Frage gestellt sein (<ref-ruling> E. 3 S 41 f.; Pra 2004 Nr. 140 S. 791). Die Tatsache, dass der Ausländer sich seit längerer Zeit in der Schweiz aufhält, hier sozial und beruflich gut integriert ist und sein Verhalten zu keinen Klagen Anlass gegeben hat, bildet für sich allein noch keinen schwerwiegenden persönlichen Härtefall.
2.3 Die Beschwerdeführerin hielt sich von Ende 1997 bis im Juli 2005 unbestrittenermassen illegal in der Schweiz auf; seither wird ihr Aufenthalt aufgrund des hängigen Verfahrens betreffend Härtefallbewilligung geduldet, was aber nicht einem ordentlichen Aufenthalt gleichgestellt werden kann. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts werden illegale Aufenthalte in der Schweiz im Rahmen der Überprüfung eines Härtefalls in der Regel nicht berücksichtigt, namentlich weil andernfalls die beharrliche Verletzung von geltendem Recht gewissermassen belohnt würde (<ref-ruling> E. 3 S. 42). Es besteht kein Anlass, vorliegend von dieser Regel abzuweichen. Weiter fallen Umstände, die allgemein die politische und wirtschaftliche Situation im Herkunftsland betreffen, im Zusammenhang mit Härtefallbewilligungen regelmässig ausser Betracht. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin betreffend diesbezügliche Schwierigkeiten im Fall einer Rückkehr ins Heimatland sind daher unerheblich. Beruflich und sozial ist die Beschwerdeführerin in der Schweiz nicht aussergewöhnlich gut integriert. Sie ist in Bosnien-Herzegowina aufgewachsen und hat gemäss ihren Angaben im Asylverfahren sowohl dort als auch in Kroatien, wohin sie sich offenbar für die Geburt ihrer Tochter begeben hat, Familienangehörige. Es kann davon ausgegangen werden, dass sie mit den in ihrer Heimat geltenden Gepflogenheiten nach wie vor vertraut ist. Ihre Tochter ist in einem Alter, wo Kinder noch stark an die Eltern gebunden sind und sie daher eine Rückkehr nicht besonders hart trifft (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 128 ff. mit Hinweisen). Wenn die Vorinstanz unter diesen Umständen zur Auffassung gelangte, das Beschwerdebegehren habe kaum Aussicht auf Erfolg und das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abwies, lässt sich dies nicht beanstanden.
2.3 Die Beschwerdeführerin hielt sich von Ende 1997 bis im Juli 2005 unbestrittenermassen illegal in der Schweiz auf; seither wird ihr Aufenthalt aufgrund des hängigen Verfahrens betreffend Härtefallbewilligung geduldet, was aber nicht einem ordentlichen Aufenthalt gleichgestellt werden kann. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts werden illegale Aufenthalte in der Schweiz im Rahmen der Überprüfung eines Härtefalls in der Regel nicht berücksichtigt, namentlich weil andernfalls die beharrliche Verletzung von geltendem Recht gewissermassen belohnt würde (<ref-ruling> E. 3 S. 42). Es besteht kein Anlass, vorliegend von dieser Regel abzuweichen. Weiter fallen Umstände, die allgemein die politische und wirtschaftliche Situation im Herkunftsland betreffen, im Zusammenhang mit Härtefallbewilligungen regelmässig ausser Betracht. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin betreffend diesbezügliche Schwierigkeiten im Fall einer Rückkehr ins Heimatland sind daher unerheblich. Beruflich und sozial ist die Beschwerdeführerin in der Schweiz nicht aussergewöhnlich gut integriert. Sie ist in Bosnien-Herzegowina aufgewachsen und hat gemäss ihren Angaben im Asylverfahren sowohl dort als auch in Kroatien, wohin sie sich offenbar für die Geburt ihrer Tochter begeben hat, Familienangehörige. Es kann davon ausgegangen werden, dass sie mit den in ihrer Heimat geltenden Gepflogenheiten nach wie vor vertraut ist. Ihre Tochter ist in einem Alter, wo Kinder noch stark an die Eltern gebunden sind und sie daher eine Rückkehr nicht besonders hart trifft (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 128 ff. mit Hinweisen). Wenn die Vorinstanz unter diesen Umständen zur Auffassung gelangte, das Beschwerdebegehren habe kaum Aussicht auf Erfolg und das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abwies, lässt sich dies nicht beanstanden.
3. 3.1 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich somit als offensichtlich unbegründet und ist im vereinfachten Verfahren nach Art. 36a OG abzuweisen.
3.2 Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin grundsätzlich kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 OG). Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren ist abzuweisen, da das Beschwerdebegehren nach dem Gesagten zum Vornherein aussichtslos war (Art. 152 OG), wobei dahingestellt bleiben kann, ob die Beschwerdeführerin ihre Bedürftigkeit nachgewiesen hat. Der finanziellen Lage der Beschwerdeführerin wird bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung getragen (Art. 153a OG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 300.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 300.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. August 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:


facts:
Sachverhalt:
A. A.a Die Y._ SA mit Sitz in Belgien, (Klägerin, Beschwerdegegnerin) klagte am 29. März 2010 beim Zivilgericht Basel-Stadt gegen die X._ AG, Basel, (Beklagte, Beschwerdeführerin) auf Übertragung verschiedener Patentanmeldungen.
Die Klägerin begründete in ihrer Klageschrift die Zuständigkeit des Zivilgerichts Basel-Stadt damit, dass dieses die einzige kantonale Instanz im Sinne des damals geltenden aArt. 76 PatG sei. Die Beklagte stellte die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts nicht in Frage.
Die Beklagte schloss in ihrer Klageantwort vom 29. September 2010 auf Abweisung der Klage. In ihrer Replik vom 23. August 2011 ergänzte bzw. präzisierte die Klägerin ihre Rechtsbegehren. Am 22. Dezember 2011 reichte die Beklagte dem Zivilgericht ihre Duplik ein.
B. B.a Mit Eingabe vom 23. Dezember 2011 beantragte die Klägerin dem Zivilgericht Basel-Stadt die Überweisung des Verfahrens an das Bundespatentgericht.
Mit Verfügung vom 27. Dezember 2011 stellte das Zivilgericht Basel-Stadt den Parteien die Duplik vom 22. Dezember 2011 und die Eingabe der Klägerin vom 23. Dezember 2011 je zur Kenntnis zu und überwies das Verfahren an das Bundespatentgericht.
Mit Schreiben vom 13. Januar 2012 bestätigte das Bundespatentgericht gegenüber der Klägerin die Überweisung des Verfahrens und setzte ihr Frist zur Zahlung eines Kostenvorschusses an.
B.b Mit Eingabe vom 11. Januar 2012 beantragte die Beklagte dem Zivilgericht Basel-Stadt, es sei die Verfügung vom 22. Dezember 2011 in Wiedererwägung zu ziehen und der Antrag der Klägerin auf Verfahrensüberweisung abzuweisen; eventualiter sei der Überweisungsentscheid schriftlich zu begründen.
Mit Verfügung vom 12. Januar 2012 zog das Zivilgericht Basel-Stadt die Überweisungsverfügung an das Bundespatentgericht samt Kostenabrechnung vom 27. Dezember 2011 in Wiedererwägung und hob die Verfügung auf. Im Weiteren setzte das Gericht der Beklagten Frist an zur Stellungnahme zum Antrag der Klägerin auf Verfahrensüberweisung an das Bundespatentgericht.
B.c Mit Eingabe vom 25. Januar 2012 beantragte die Beklagte erneut, es sei der Antrag der Klägerin auf Überweisung des Verfahrens abzuweisen und das Verfahren vor dem Zivilgericht Basel-Stadt fortzuführen; zudem sei der Entscheid von der Kammer zu fällen und schriftlich zu begründen.
Mit Schreiben vom 18. Januar 2012 teilte der Präsident des Bundespatentgerichts dem Präsidenten des Zivilgerichts Basel-Stadt seine Rechtsauffassung mit, wonach das Verfahren infolge der Überweisung beim Bundespatentgericht anhängig geworden und keine rechtliche Grundlage ersichtlich sei, diese Rechtshängigkeit durch eine "Rücküberweisung" an das Zivilgericht Basel-Stadt aufzuheben; hingegen dürfte den Parteien gegen den Entscheid vom 27. Dezember 2011 die Beschwerde an das Bundesgericht offenstehen und das Verfahren könne bis zum Ablauf der Rechtsmittelfrist bzw. bis zum Entscheid des Bundesgerichts über die Gewährung der aufschiebenden Wirkung sistiert werden.
Mit Verfügung vom 25. Januar 2012 ersuchte das Zivilgericht Basel-Stadt die Parteien, zur Rechtsauffassung des Bundespatentgerichts Stellung zu nehmen. Die Parteien hielten an ihren im bisherigen Verfahrensverlauf gestellten Anträgen fest.
Mit Verfügung vom 17. Februar 2012 stellte das Zivilgericht Basel-Stadt fest, dass mit der Überweisung der Akten nach der Verfügung vom 27. Dezember 2011 das Verfahren am Bundespatentgericht hängig gemacht worden sei; die Wiedererwägungsverfügung vom 12. Januar 2012 sei daher ergangen, ohne dass das Zivilgericht Verfahrensherrschaft gehabt hätte, weshalb sie keine Wirkung entfalten könne.
B.d Mit Eingabe vom 2. März 2012 teilte die Beklagte dem Zivilgericht Basel-Stadt mit, dass sie die Hauptanträge gemäss ihrer ursprünglichen Eingabe vom 11. Januar 2012 als erledigt erachte. Gleichzeitig ersuchte sie das Zivilgericht um schriftliche Begründung des Überweisungsentscheids vom 27. Dezember 2011.
Mit Verfügung vom 2. April 2012 trat das Zivilgericht Basel-Stadt auf den Antrag der Beklagten um Begründung der Überweisungsverfügung nicht ein. Es merkte jedoch an, das Bundespatentgericht übernehme, sofern es zuständig sei, gemäss Art. 41 des Bundesgesetzes über das Bundespatentgericht die Beurteilung der Verfahren, die beim Inkrafttreten dieses Gesetzes bei kantonalen Gerichten hängig sind, sofern die Hauptverhandlung noch nicht stattgefunden habe. Das Zivilgericht äusserte seine Rechtsauffassung hinsichtlich der erwähnten Übergangsbestimmung im Allgemeinen sowie zu deren Anwendung im konkreten Verfahren.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei die Verfügung des Zivilgerichts Basel-Stadt vom 27. Dezember 2011 aufzuheben, es sei der Antrag der Klägerin auf Überweisung des Verfahrens an das Bundespatentgericht vom 23. Dezember 2011 abzuweisen und festzustellen, dass das Zivilgericht Basel-Stadt als einzige kantonale Instanz weiterhin in der Sache zuständig ist. Eventualiter sei die Verfügung des Zivilgerichts Basel-Stadt vom 27. Dezember 2011 aufzuheben und die Sache an das Zivilgericht Basel-Stadt zurückzuweisen; subeventualiter sei die Verfügung zur Verbesserung an das Zivilgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Zudem sei festzustellen, dass das Bundespatentgericht für die Streitsache zuständig ist.
Die Beschwerdeführerin reichte dem Bundesgericht am 26. Juni 2012 eine Replikschrift ein. Die Beschwerdegegnerin verzichtete mit Eingabe vom 3. Juli 2012 auf eine Duplik. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Verfügung vom 31. Mai 2012 gewährte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.

considerations:
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
1.1 Nach <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide über die Zuständigkeit steht gemäss <ref-law> ebenfalls die Beschwerde offen; diese können später nicht mehr angefochten werden (<ref-law>). Diese Bestimmung beruht auf Gründen der Verfahrensökonomie, da es sich um Fragen handelt, die unmittelbar entschieden werden müssen, ohne den Ausgang der Hauptsache abzuwarten. Anfechtbar sind Entscheide, die sich auf die örtliche, sachliche oder auch auf die funktionelle Zuständigkeit beziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 290; Urteil 4A_184/2012 vom 18. September 2012 E. 1.3, zur Publikation vorgesehen).
Mit der angefochtenen Verfügung vom 27. Dezember 2011 überwies das Zivilgericht Basel-Stadt das Verfahren mit sämtlichen Akten an das Bundespatentgericht. Der Entscheid enthält keine Begründung; aus der später ergangenen Verfügung vom 2. April 2012 geht jedoch hervor, dass das Zivilgericht gestützt auf die Übergangsbestimmung von Art. 41 des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über das Bundespatentgericht (Patentgerichtsgesetz, PatGG; SR 173.41) erwog, das Bundespatentgericht übernehme die Verfahren, welche die Voraussetzungen nach dieser Bestimmung erfüllten, "ex lege". Das Zivilgericht hielt einerseits zwar fest, mit der Verfügung vom 27. Dezember 2011 sei kein negativer Kompetenzentscheid ergangen, sondern der Instruktionsrichter habe "alleine gemäss den bundesrechtlichen Vorgaben gehandelt", es erachtete jedoch andererseits die Voraussetzungen von Art. 41 PatGG als erfüllt und hielt dafür, dass der Beschwerdegegnerin - falls keine ausschliessliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts vorliegen sollte - ein nachträgliches Wahlrecht zustehe, das sie zugunsten des Bundespatentgerichts ausgeübt habe.
Mit der angefochtenen Überweisungsverfügung hat das Zivilgericht Basel-Stadt die Streitsache weder materiell entschieden noch formell abschliessend behandelt. Vielmehr bleibt die Rechtshängigkeit durch die Überweisung erhalten und das Bundespatentgericht, an das die Sache überwiesen worden ist, führt das Verfahren weiter. Aufgrund der Auswirkungen der Überweisung auf die sachliche Zuständigkeit, indem das überweisende Gericht nicht mehr mit der Klage befasst ist, erscheint der Überweisungsentscheid als Zwischenentscheid über die sachliche Zuständigkeit (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 181 zur Qualifikation des Überweisungsentscheids nach Art. 36 Abs. 2 aGestG [AS 2000 2363] unter der Herrschaft des OG; vgl. nunmehr <ref-law>). Die Frage braucht jedoch nicht vertieft zu werden, da der Entscheid auch angefochten werden könnte, sofern er als Endentscheid nach <ref-law> einzuordnen wäre (vgl. auch Urteil 9C_1000/2009 vom 6. Januar 2010 E. 1.2; FELIX UHLMANN, in: Basler Kommentar, 2. Aufl. 2011, N. 8a zu <ref-law>).
Der Einwand der Beschwerdegegnerin, die Beschwerde hätte sich (auch) gegen die Verfügung des Bundespatentgerichts vom 13. Januar 2012 richten müssen, verfängt nicht. Entgegen der in der Beschwerdeantwort vertretenen Ansicht stellt diese Verfügung keinen positiven Zuständigkeitsentscheid dar. Das Bundespatentgericht hat darin der Beschwerdegegnerin gegenüber lediglich die Überweisung des Verfahrens bestätigt und ihr Frist zur Zahlung eines Kostenvorschusses angesetzt; ein Entscheid über die Zuständigkeit ist darin nicht zu erkennen. Auch das Bundespatentgericht äusserte im Übrigen in dem von der Beschwerdegegnerin ebenfalls ins Feld geführten Schreiben vom 18. Januar 2012 seine Rechtsauffassung, wonach gegen den Entscheid des Zivilgerichts Basel-Stadt vom 27. Dezember 2011 die Beschwerde in Zivilsachen offensteht und die Zuständigkeitsfrage auf Anfechtung dieser Verfügung hin durch das Bundesgericht zu entscheiden ist.
Der Beschwerdeführerin, die sich gegen die Überweisung an ein nach ihrer Auffassung unzuständiges Gericht wehrt, kann im Übrigen ein schutzwürdiges Interesse (<ref-law>) entgegen der in der Beschwerdeantwort vertretenen Ansicht nicht abgesprochen werden.
1.2 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen (<ref-law>). Eröffnet die Vorinstanz ihren Entscheid in Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts zunächst ohne Begründung, können die Parteien innert 30 Tagen ab Mitteilung des Urteilsdispositivs die Nachreichung einer schriftlichen Begründung verlangen (<ref-law>). Für den Fall, dass eine solche verlangt wird, stellt <ref-law> klar, dass die Frist für die Beschwerde an das Bundesgericht erst mit der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des Entscheids ausgelöst wird.
Der angefochtene Überweisungsentscheid vom 27. Dezember 2011 enthält lediglich das Urteilsdispositiv. Die Beschwerdeführerin verlangte am 11. Januar 2012 eine schriftliche Begründung der Überweisungsverfügung für den Fall, dass diese nicht wiedererwägungsweise aufgehoben werden sollte. Nachdem das Zivilgericht dem Hauptantrag der Beschwerdeführerin entsprochen und die Überweisungsverfügung mit Entscheid vom 12. Januar 2012 aufgehoben sowie Frist zur Stellungnahme zum Überweisungsantrag angesetzt hatte, wurde der Eventualantrag auf Nachreichung der Begründung gegenstandslos. Entgegen der in der Beschwerdeantwort vertretenen Ansicht kann in der gerichtlichen Anmerkung, dass der Instruktionsrichter irrtümlich davon ausgegangen sei, dass die Überweisung an das Bundespatentgericht eine reine Formsache darstelle, weshalb der entsprechende Antrag der Beschwerdegegnerin ohne Anhörung der Beschwerdeführerin direkt gutgeheissen worden sei, keine nachträgliche Begründung der ursprünglichen Überweisungsverfügung erblickt werden, welche die Beschwerdefrist auslösen würde.
Am 25. Januar 2012 beantragte die Beschwerdeführerin innert der angesetzten Frist unter anderem erneut, der Entscheid über die Überweisung sei von der Kammer mit schriftlich begründetem Entscheid zu fällen. Auch die Verfügung vom 17. Februar 2012, in der das Zivilgericht Basel-Stadt feststellt, dass die Wiedererwägungsverfügung vom 12. Januar 2012 keine Wirkung entfalten könne, enthält keine Begründung des Überweisungsentscheids, sondern weist lediglich darauf hin, dass der Instruktionsrichter hinsichtlich der Wiedererwägungsverfügung einem Irrtum unterlegen sei.
Die Beschwerdeführerin verlangte daraufhin mit Eingabe vom 2. März 2012 erneut eine schriftliche Begründung des Überweisungsentscheids vom 27. Dezember 2011. Darauf trat das Zivilgericht Basel-Stadt mit Verfügung vom 2. April 2012 nicht ein, merkte allerdings dennoch an, weshalb es die Voraussetzungen für die sachliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts nach der Übergangsbestimmung von Art. 41 PatGG als erfüllt erachte. Erst mit dieser Verfügung wurde der Antrag der Beschwerdeführerin um Nachreichung einer schriftlichen Begründung der ursprünglichen Überweisungsverfügung behandelt bzw. wurden ihr die Gründe für die Überweisung in einer gerichtlichen Anmerkung mitgeteilt, womit die dreissigtägige Beschwerdefrist für die Anfechtung der Überweisungsverfügung nach <ref-law> ausgelöst wurde. Die Verfügung wurde der Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 4. April 2012, d.h. während des Fristenstillstands (vgl. <ref-law>), zugestellt. Die Frist für die Anfechtung der Überweisungsverfügung vom 27. Dezember 2011 begann damit am 16. April 2012 zu laufen und wurde mit Eingabe der Beschwerdeführerin vom 7. Mai 2012 gewahrt.
Die Beschwerdeführerin verlangte daraufhin mit Eingabe vom 2. März 2012 erneut eine schriftliche Begründung des Überweisungsentscheids vom 27. Dezember 2011. Darauf trat das Zivilgericht Basel-Stadt mit Verfügung vom 2. April 2012 nicht ein, merkte allerdings dennoch an, weshalb es die Voraussetzungen für die sachliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts nach der Übergangsbestimmung von Art. 41 PatGG als erfüllt erachte. Erst mit dieser Verfügung wurde der Antrag der Beschwerdeführerin um Nachreichung einer schriftlichen Begründung der ursprünglichen Überweisungsverfügung behandelt bzw. wurden ihr die Gründe für die Überweisung in einer gerichtlichen Anmerkung mitgeteilt, womit die dreissigtägige Beschwerdefrist für die Anfechtung der Überweisungsverfügung nach <ref-law> ausgelöst wurde. Die Verfügung wurde der Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 4. April 2012, d.h. während des Fristenstillstands (vgl. <ref-law>), zugestellt. Die Frist für die Anfechtung der Überweisungsverfügung vom 27. Dezember 2011 begann damit am 16. April 2012 zu laufen und wurde mit Eingabe der Beschwerdeführerin vom 7. Mai 2012 gewahrt.
1.3 1.3.1 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen. Bei der letzten kantonalen Instanz muss es sich um ein oberes Gericht handeln (<ref-law>). Zudem muss dieses obere Gericht als Rechtsmittelinstanz entscheiden (<ref-law>), es sei denn, es liege einer der Ausnahmefälle von Art. 75 Abs. 2 lit. a-c BGG vor. Die den Kantonen zur Anpassung ihrer Bestimmungen an <ref-law> gewährte Übergangsfrist (<ref-law>) ist mit Inkrafttreten der Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO; SR 272) am 1. Januar 2011 abgelaufen. Seither ist die Beschwerde in Zivilsachen, wie im Übrigen auch die subsidiäre Verfassungsbeschwerde (vgl. <ref-law>), nur noch zulässig gegen Urteile letzter kantonaler Instanzen, die zugleich obere Gerichte sind und - unter Vorbehalt der Ausnahmen gemäss Art. 75 Abs. 2 lit. a-c BGG - auf Rechtsmittel hin entschieden haben (<ref-ruling> E. 1.1 S. 42; <ref-ruling> E. 2.2 S. 239 f., 424 E. 2.1 S. 426). Diese Anforderungen gelten demnach für die nach dem 1. Januar 2011 eröffneten Urteile vollumfänglich, weil für diese der übergangsrechtliche Vorbehalt von <ref-law> keine Anwendung findet.
1.3.2 Der angefochtene Entscheid erging am 27. Dezember 2011. Er ist daher nur mit Beschwerde beim Bundesgericht anfechtbar, wenn er von einem oberen kantonalen Gericht erlassen wurde. Das Zivilgericht Basel-Stadt ist kein oberes kantonales Gericht im Sinne von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 98). Auf die Beschwerde kann nicht eingetreten werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.2/2.3; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 und E. 6.4).
Das Zivilgericht Basel-Stadt war bei Einleitung der Klage am 29. März 2010 gestützt auf aArt. 76 Abs. 1 PatG (AS 1955 892) in Verbindung mit dem damals geltenden § 27 des kantonalen Gerichtsorganisationsgesetzes vom 27. Juni 1895 (GOG; in der bis 31. Dezember 2010 gültigen Fassung) als einzige kantonale Instanz zur Beurteilung patentrechtlicher Klagen zuständig. Mit dem Inkrafttreten von <ref-law> war der Kanton Basel-Stadt verpflichtet, ein oberes kantonales Gericht einzusetzen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Dieser Verpflichtung ist er mit § 11 des seit 1. Januar 2011 geltenden Gesetzes des Kantons Basel-Stadt über die Einführung der Schweizerischen Zivilprozessordnung (EG ZPO; GS 221.100) nachgekommen. Danach ist für Streitigkeiten im Zusammenhang mit geistigem Eigentum nunmehr die besondere zivilrechtliche Abteilung des Appellationsgerichts zuständig.
Nach der Rechtsprechung ist die Sache an die zuständige Vorinstanz des Bundesgerichts zur weiteren Behandlung zu überweisen, wenn die kantonale Gerichtsorganisation den Beschwerdeweg ans Bundesgericht nicht rechtzeitig sicherstellt (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 104). Die vorliegende Streitsache ist daher zur Weiterbehandlung an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt zu überweisen. Dieses wird zu befinden haben, ob es zur Beurteilung der Streitsache sachlich zuständig ist oder ob eine Überweisung an das Bundespatentgericht in Frage kommt.
2. Auf die beim Bundesgericht eingereichte Beschwerde ist demnach nicht einzutreten und die Sache ist zur weiteren Behandlung an das Appellationsgericht Basel-Stadt zu überweisen. Das Bundespatentgericht ist anzuweisen, die Verfahrensakten dem Appellationsgericht zu übermitteln.
Der fehlerhafte Verfahrensablauf, der zum Nichteintretensentscheid führt, geht auf die Gerichtsorganisation des Kantons Basel-Stadt zurück; die entsprechenden Kosten lassen sich nicht der Beschwerdeführerin anlasten. Es rechtfertigt sich im konkreten Fall, auf die Erhebung von Gerichtskosten und die Zusprechung von Parteientschädigungen zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 BGG).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Sache wird zur weiteren Behandlung an das Appellationsgericht Basel-Stadt überwiesen.
3. Das Bundespatentgericht wird angewiesen, die Verfahrensakten dem Appellationsgericht Basel-Stadt zu übermitteln.
4. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Zivilgericht Basel-Stadt, dem Appellationsgericht Basel-Stadt und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann