facts:
Faits:
A.
Le 30 avril 2008, les Chemins de fer fédéraux suisses (ci-après: les CFF) ont déposé, auprès de l'Office fédéral des transports (ci-après: l'OFT), une demande d'approbation des plans relatifs à l'assainissement du bruit des chemins de fer dans la commune de Pully. Le projet prévoit la construction de 30 parois antibruit (PAB) en bois d'une hauteur générale de 2 mètres au-dessus du plan de roulement, pour un coût total estimé à environ 12 millions de francs. L'installation d'une paroi antibruit 8.2 dans le secteur L2 Pully-Sud (km 1.879 au km 2.184) et d'une PAB 7 dans le secteur R2 Pully-Sud (km 1.790 au km 2.377) est notamment prévue. Mis à l'enquête publique du 5 novembre au 4 décembre 2008, ce projet a suscité trente et une oppositions de riverains.
Par décision du 4 avril 2011, l'OFT a approuvé les plans déposés par les CFF ainsi que les demandes d'allégement pour tous les secteurs de Pully-Nord et Pully-Sud, sous réserve de certaines modifications et charges. Il a simultanément rejeté la majorité des oppositions et déclaré la plupart sans objet. Il a également accepté trois oppositions au moins partiellement.
B.
Le 19 mai 2011, A._et consorts, agissant collectivement par leur mandataire, ont interjeté recours contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral, en concluant, principalement, à sa réforme en ce sens que les parois antibruit 8.2 (au nord des voies) et 7 (pour le tronçon au sud des voies situé vis-à-vis de la paroi antibruit 8.2) (km 1.879 - km 2.184) ne soient pas autorisées. D'une manière générale, les opposants ont avancé que le projet cause de graves nuisances aux occupants des lieux qui sont, dans leur totalité, opposés à ce projet. Ils ont contesté en particulier la valeur du rapport coût-utilité (RCU) et prétendu que l'aménagement d'un tel mur porterait une atteinte très grave à l'environnement naturel et bâti.
Invité à se déterminer, l'Office fédéral de la culture s'est référé à ses prises de position antérieures. Quant à l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV), il a notamment précisé, en date du 21 décembre 2011, que les rapports coût-utilité étaient plausibles et clairement inférieurs à la limite légale de 80 et qu'aucun motif dû à la configuration des lieux s'opposerait à la construction des parois antibruit litigieuses. Le Département des infrastructures du canton de Vaud et la Municipalité de Pully ont aussi présenté des observations.
Le 20 mars 2012, le Tribunal administratif fédéral a procédé à une vision locale, au cours de laquelle les opposants ont effectué une mesure de bruit complémentaire à l'aide d'un sonomètre. Les CFF, l'OFT, l'OFEV et le Service de la mobilité du canton de Vaud ont émis de sérieuses réserves quant à la méthode et aux valeurs qui en seraient déduites. Le 26 mars 2012, les opposants ont déposé à la procédure les graphiques et données chiffrées obtenus par cette mesure.
Par écriture du 20 avril 2012, les opposants ont requis, comme mesure d'instruction complémentaire, que les intimés fournissent "un calcul transparent et détaillé des rapports coût-utilité (RCU) pour les tronçons de parois antibruit contestés avec des valeurs réalistes", et qu'ils évaluent et comparent "les variantes 1) sans parois antibruit, 2) sans parois antibruit, mais avec des fenêtres antibruit, et 3) le projet CFF actuel par rapport à leurs coûts détaillés et effectifs". Le Tribunal administratif fédéral a ainsi demandé aux CFF, d'une part, de fournir le calcul détaillé du RCU ayant conduit à un résultat de 56 pour le secteur L2 (Pully-Sud) et de 17 pour le secteur R2 (Pully-Sud), et, d'autre part, de calculer les RCU délimités au seul secteur du Coteau. Par écriture du 31 juillet 2012, les intimés ont fourni le calcul du RCU demandé. Le 15 août 2012, les opposants, se référant aux calculs du RCU pour le secteur du Coteau fournis par les intimés, ont relevé qu'ils contenaient de nombreuses erreurs et ont proposé un autre calcul. L'OFT a pris position sur les critiques des opposants, qu'il a rejetées. L'OFEV s'est déclaré en accord avec les observations de l'OFT.
Par arrêt du 6 décembre 2012, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et consorts demandent principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que la décision du 4 avril 2011 de l'OFT est réformée, les parois antibruit 8.2 et 7 (pour le tronçon situé vis-à-vis de la paroi antibruit 8.2) n'étant pas autorisées. Ils concluent subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral, l'OFEV et l'OFT renoncent à se déterminer. Les CFF concluent à l'irrecevabilité du recours formé par les recourants dont la qualité pour recourir ne sera pas admise et au rejet des conclusions du recours formé par les recourants qui ont la qualité pour recourir. Les recourants ont déposé de nouvelles observations par courrier du 20 juin 2013.
Par ordonnance du 27 février 2013, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par les recourants.

considerations:
Considérant en droit:
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>), prise par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) dans une cause de droit public de l'environnement (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public au sens des <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant l'instance précédente (<ref-law>). En tant que propriétaire d'une parcelle directement voisine de la ligne ferroviaire devant être assainie, B._ est particulièrement touché par l'arrêt attaqué confirmant la construction de murs antibruit, qu'il tient en particulier pour non conforme à l'art. 7 al. 3 de la loi fédérale sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer du 24 mars 2000 (LBCF; RS 742.144). Il peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il a dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. La question de la qualité pour recourir des autres recourants peut par conséquent demeurer indécise.
A teneur de l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. La lettre du 20 février 2013 de la Municipalité de Pully, dont se prévalent les recourants dans leur réplique, est postérieure au prononcé de l'arrêt attaqué. Il s'agit donc d'un vrai novum, qui échappe à la cognition du Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 344).
2.
Dans leur réplique du 20 juin 2013, les recourants demandent au Tribunal fédéral d'interpeller la Commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage.
Cette requête ne peut être prise en compte, dans la mesure où les recourants ne l'ont pas formulée dans leur recours. En effet, le mémoire de réplique ne peut contenir qu'une argumentation de fait et de droit complémentaire, destinée à répondre aux arguments nouveaux développés dans le mémoire de réponse. Il ne saurait en revanche être utilisé aux fins de présenter de nouvelles conclusions, de nouveaux griefs ou de nouvelles mesures d'instruction qui auraient déjà pu figurer dans l'acte de recours (cf. <ref-ruling> consid. 1d/aa p. 77 et les références citées). Admettre le contraire aurait en effet pour conséquence de prolonger les délais légaux, ce qui est expressément prohibé par l'<ref-law>, et de créer des inégalités de traitement. Par conséquent, ce moyen n'est pas recevable.
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se plaignent d'une constatation inexacte des faits.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314). Si le recourant entend se prévaloir de constatations de faits différentes de celles de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
3.2. Les recourants reprochent d'abord au Tribunal administratif fédéral de ne pas avoir mentionné que, selon un sondage effectué par les recourants, 87,2% des riverains interrogés étaient favorables au maintien de l'état actuel, sans parois antibruit. Ce grief peut être d'emblée rejeté, d'une part, parce que l'arrêt attaqué retient dans sa partie en faits que "les occupants des lieux sont, dans leur totalité, opposés à ce projet". D'autre part, l'instance précédente a pris en compte, dans la mise en balance des intérêts de l'art. 7 al. 3 let. b LBCF, l'opposition d'une "majorité des habitants actuels touchés" (consid. 6.3 de l'arrêt attaqué).
Les intéressés font ensuite grief à l'instance précédente d'avoir résumé la prise de position de la Municipalité de Pully comme suit: "la Municipalité de Pully a fait savoir, le 21 décembre 2011, qu'elle n'aurait aucune objection à l'abandon des parois sur ce tronçon en raison de leur impact sur le paysage". La formulation exacte de ladite prise de position est la suivante: "nous ne pouvons que confirmer que bien que nous ne nous soyons pas opposés à l'époque à la construction de parois antibruit à cet endroit, nous n'étions pas pour autant convaincus par le projet, compte tenu de l'impact qu'il aurait sur le paysage. Nous n'aurions ainsi aucune objection à l'abandon de ces parois sur ce tronçon". Quoi qu'en disent les recourants, on ne saurait comprendre du résumé opéré par le Tribunal administratif fédéral que la Municipalité se désintéresserait du projet et que sa réalisation ou son abandon lui sont indifférents. Eût-il une influence sur l'issue de la procédure, ce grief doit être rejeté puisque la synthèse rédigée par l'instance précédente n'est pas manifestement inexacte.
4.
Sur le fond, il n'est pas contesté que les valeurs limites d'immission sont dépassées aux points d'immissions concernés par des bâtiments situés aux abords des voies de chemin de fer, ni que l'installation litigieuse doit être assainie (art. 16 al. 1 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 [LPE; RS 814.01]). Les recourants estiment cependant que des mesures d'allégement au sens de l'art. 7 al. 3 LBCF se justifient.
4.1. A teneur de l'art. 7 al. 1 LBCF, les mesures antibruit doivent garantir le respect des valeurs limites d'immission, pour les installations ferroviaires fixes existantes.
L'alinéa 3 de cette disposition prévoit quant à lui que l'autorité accorde des allégements lorsque les mesures entraîneraient des frais disproportionnés (let. a) ou lorsque des intérêts prépondérants, relevant notamment de la protection des sites, de la nature et du paysage, de la sécurité du trafic ou de l'exploitation, s'opposent aux mesures (let. b).
Il appartient au Conseil fédéral de réglementer l'évaluation de la proportionnalité des coûts (art. 7 al. 4 LBCF), ce qu'il a fait en adoptant l'art. 20 de l'ordonnance sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer du 14 novembre 2001 [OBCF; RS 742.144.1]. A teneur de cette dernière disposition, les coûts engendrés par les mesures de construction antibruit sont réputés proportionnés lorsque le rapport, déterminé selon l'annexe 3, entre le coût des mesures et leur utilité pour la population concernée ne dépasse pas 80. Le rapport coût-utilité (RCU) sert à déterminer le caractère économique des mesures de construction réalisées sur le chemin de propagation. L'annexe 3 détermine précisément comment ce rapport coût-utilité des mesures antibruit prévues doit être calculé, en fonction d'une formule mathématique prédéfinie (ch. 2.1), qui tient notamment compte du coût de la paroi calculé en fonction de sa hauteur (ch. 2.2) et de l'utilité de la construction antibruit, définie par le produit de la réduction du bruit et du nombre de personnes qui en bénéficient (ch. 2.3).
4.2. Les recourants contestent d'abord le calcul de la proportionnalité des coûts. Ils dénoncent le fait que la possibilité d'un allégement en vertu de l'art. 7 al. 3 let. a LBCF est refusée sans fondement, alors qu'ils n'ont pas pu obtenir le calcul détaillé des rapports coût-utilité et procéder à un contrôle approfondi. Ils se prévalent également à cet égard d'une violation de leur droit d'être entendus, au motif que l'instance précédente n'a donné suite à leur réquisition d'un calcul détaillé et précis du rapport coût-utilité pour le tronçon litigieux que dans une faible mesure.
4.2.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 293). Toutefois, le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque les preuves résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 236; <ref-ruling> consid. 3 p. 157; sur la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62).
4.2.2. En l'occurrence, selon le rapport technique des CFF du 30 avril 2008 (annexe 5), le rapport coût-utilité pour le secteur L2 Pully-Sud, où se situe la PAB 8.2 litigieuse, est de 56, respectivement de 17 pour le secteur R2 Pully-Sud, où se situe le tronçon de la PAB 7 litigieux.
Sur requête de l'instance précédente, les CFF ont fourni le calcul plus détaillé du RCU pour les secteurs L2 et R2 ainsi que le calcul du RCU pour le tronçon de ces secteurs qui va du km 1.923 au km 2.213. Ils ont produit une tabelle détaillée des utilités avec notamment pour chaque parcelle le produit de la réduction du bruit et du nombre de personnes, ainsi que le coût des parois calculé en fonction de leur hauteur. Il en résulte un rapport coût-utilité de 36.8 pour le secteur au nord des voies (km 1.923 au km 2.213) et de 11.5 pour le même secteur au sud des voies. Les recourants ont contesté le calcul du RCU pour le tronçon du km 1.923 au km 2.213 et en ont proposé un nouveau. L'OFT et l'OFEV ont appuyé la position des CFF, par courriers respectivement, du 12 septembre 2012 et du 12 octobre 2012.
4.2.3. S'agissant de la violation du droit d'être entendu, l'instance précédente a considéré qu'un calcul encore plus détaillé n'était d'aucune utilité pratique puisque le Tribunal administratif fédéral ne peut revoir la conformité d'éléments techniques que de manière restreinte et qu'il ne peut ordonner l'administration de preuves lors d'examen de questions scientifiques ou techniques qu'en présence de circonstances exceptionnelles: la demande de moyens de preuve supplémentaire devait être rejetée, faute d'influencer l'issue de la procédure.
A cet égard, les recourants font uniquement valoir un "potentiel conflit d'intérêt", résultant du fait que le calcul des RCU est effectué par l'initiateur du projet. Ils ne démontrent cependant pas que les données seraient inexactes ou qu'elles auraient été falsifiées. Ils n'expliquent pas non plus en quoi la production du calcul encore plus détaillé permettrait de contester le résultat des RCU. Ainsi, ils ne démontrent pas que le Tribunal administratif fédéral aurait procédé à une appréciation anticipée des preuves entachée d'arbitraire en renonçant à administrer la preuve requise. Dans ces conditions, le grief de la violation du droit d'être entendu peut être rejeté.
4.2.4. Sur le fond, l'OFEV a considéré que les rapports coût-utilité, tels qu'ils ressortent du rapport technique des CFF du 30 avril 2008 étaient plausibles et inférieurs à la limite légale de 80. L'OFT a également confirmé les chiffres obtenus. Les recourants se contentent d'avancer que, faute d'obtenir un calcul détaillé des RCU, ils ne peuvent procéder à un contrôle approfondi et vérifier que la proportionnalité des coûts est respectée. Ils ne tentent pas de démontrer que les bases du calcul opéré sont erronées. Ils n'allèguent pas non plus que la méthode de calcul serait contraire au droit fédéral. Dans ces conditions, à l'instar du Tribunal administratif fédéral, il y a lieu de considérer que les rapports coût-utilité tels qu'ils figurent dans le rapport technique des CFF du 30 avril 2008 sont fiables.
Pour le reste, les opposants ne contestent pas que le principe d'un RCU de 80 au maximum en tant que moyen permettant de garantir la proportionnalité des coûts des mesures antibruit est conforme au droit fédéral. Dès lors, les rapports coûts-utilité engendrés par la construction des parois antibruit, inférieurs à 80, sont proportionnés au sens de l'<ref-law>. Il s'ensuit que des mesures d'allégement au sens de l'art. 7 al. 3 let. a LBCF ne se justifient pas.
4.3. Les opposants critiquent ensuite la pesée des intérêts opérée par le Tribunal administratif fédéral en application de l'art. 7 al. 3 let. b LBCF.
4.3.1. Le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue quand il convient de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 181; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités). Tel est notamment le cas lorsqu'il s'agit de procéder à la pesée des intérêts prévue à l'art. 7 al. 3 let. b LBCF.
4.3.2. Les recourants font primer l'intérêt à protéger le site de Pully figurant au titre de village urbanisé d'importance nationale dans l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (annexe 4 de l'ordonnance concernant l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse du 9 septembre 1981 [OISOS; RS 451.12]) sur l'intérêt public à assainir les nuisance sonores des chemins de fer.
L'instance précédente, qui a procédé à une inspection locale, a constaté que l'endroit où se situent les parois litigieuses ne présente pas des caractéristiques exceptionnelles méritant d'être protégées et justifiant qu'il soit renoncé au projet. Elle a considéré que les parois antibruit litigieuses ne remettaient nullement en cause le patrimoine de la commune de Pully et qu'elles ne mettaient pas en danger les caractéristiques essentielles du site puisque leur impact sera réduit, notamment par leur construction en bois. Elle a jugé qu'elles avaient pour but de favoriser le logement en augmentant la qualité de vie des habitants par la diminution des nuisances sonores, sans trop altérer la qualité spatiale et sans créer un sentiment d'enfermement.
Face à cette argumentation, les recourants se bornent à avancer que le projet prend place dans un environnement sensible, avec un objectif de sauvegarde des caractéristiques essentielles pour les composantes du site attenantes, sans expliquer en quoi elles consistent. Ils ne démontrent pas qu'une atteinte plus grave à l'environnement résulterait de l'adoption de parois antibruit. Ils n'expliquent pas non plus en quoi le raisonnement du Tribunal administratif fédéral serait contraire au droit fédéral. Dans ces circonstances, le grief doit être rejeté, ce d'autant plus que l'OFEV, l'Office fédéral de la culture et les autorités cantonales compétentes ne voient pas quel motif dû à la configuration des lieux, ni quels intérêts publics majeurs s'opposeraient à la construction des parois litigieuses.
Les recourants font encore valoir que la Municipalité, qui connaît mieux que toute autre autorité les circonstances locales, déplore l'impact du projet sur le paysage. Ce grief peut être écarté. En effet, lors d'une pesée des intérêts, il n'est pas contraire au droit fédéral de faire prévaloir l'intérêt public défendu par les autorités cantonales et fédérales sur celui de la commune, ce d'autant moins que la Municipalité n'a, en l'espèce, pas formellement fait opposition au projet.
Les recourants reprochent également à tort au Tribunal administratif fédéral d'avoir soustrait de la pesée des intérêts les intérêts privés en cause. Celui-ci a en effet tenu compte des intérêts privés des recourants et a consacré un considérant à ce sujet (consid. 6.4 de l'arrêt attaqué). Les recourants rappellent, dans ce contexte, que 87,2% des voisins et riverains qu'ils ont interrogés sont favorables au maintien de la situation actuelle et sont opposés à la construction des parois litigieuses. Ils se réfèrent à une proposition faite lors du processus législatif en 1999 d'ajouter une lettre c à l'art. 7 al. 3 LBCF, selon laquelle "les propriétaires concernés pouvaient renoncer à exiger la mise en oeuvre de mesures de construction parce qu'ils estimaient suffisantes les mesures visées à l'art. 10, sous réserve de l'inscription de la tolérance concernée au registre foncier" (BO 1999 CE p. 788). Ils prétendent que si cette proposition n'avait pas été retenue, c'était parce que la possibilité qu'elle entendait réserver l'était déjà en l'état du texte légal. Cela ne ressort cependant pas des travaux préparatoires. Le Conseiller fédéral Leuenberger avait au contraire recommandé de rejeter la proposition, en insistant sur la nécessité pour les autorités de traiter chaque projet de manière individualisée (BO 1999 CE p. 789). L'instance précédente a d'ailleurs opéré de la sorte, en procédant à une pesée des intérêts en présence et en prenant en compte le fait qu'une majorité des habitants actuels touchés était opposée au projet.
Pour le reste, les opposants font à nouveau valoir que les parois ne tarderont pas à être recouvertes de tags et de graffitis, sans discuter les motifs avancés par le Tribunal administratif fédéral sur ce grief. Fût-il recevable, cet argument ne saurait toutefois justifier de renoncer à la construction des parois litigieuses. En effet, il s'agit plutôt d'un problème de police locale et moins d'une question liée à l'aménagement du territoire.
Enfin, comme s'ils plaidaient devant une cour d'appel, les recourants affirment à nouveau que "l'aménagement des parois litigieuses supprimera les échappées et dégagements, altérera la qualité du site et donnera aux habitants une impression d'enfermement", sans démontrer concrètement et précisément en quoi et pour quel motif l'appréciation de l'instance précédente serait contraire au droit fédéral. Le Tribunal administratif fédéral avait en effet constaté sur place que la perte de vue subie par les recourants correspondait à celle à laquelle tout propriétaire devait légitimement s'attendre en zone à bâtir et qu'elle n'était pas telle qu'elle justifierait de renoncer aux parois litigieuses; celles-ci restreignaient le dégagement dont bénéficient certains recourants dans une moindre mesure, ceci d'autant plus que les propriétaires des étages inférieurs ne disposaient pas pour la plupart d'une vue sur le lac et les montagnes, notamment en raison des haies qui se trouvaient devant leurs fenêtres. Ce moyen, qui ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'<ref-law>, est donc irrecevable.
En définitive, avec la retenue dont doit faire preuve le Tribunal fédéral dans cet examen, la pesée des intérêts effectuée par le Tribunal administratif fédéral peut être confirmée. Comme l'intérêt public d'assainissement des nuisances sonores de chemins de fer l'emporte sur les autres intérêts publics et sur les intérêts privés des recourants, le grief de violation de l'art. 7 al. 3 let. b LBCF doit être écarté.
5.
Dans la dernière phrase de leur mémoire, les recourants affirment que "l'examen des variantes, soit des mesures sur le matériel roulant et/ou la pose de fenêtres antibruit a été escamoté", sans l'expliquer ni le démontrer. Faute de satisfaire aux exigences de motivation de l'<ref-law>, ce grief est irrecevable.
6.
Il s'ensuit que le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). En vertu de l'<ref-law>, les intimés n'ont pas droit à des dépens.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourants, pris solidairement entre eux.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 8 octobre 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Merkli
La Greffière: Tornay Schaller


facts:
Fatti:
A. Il 25 febbraio 2009 D._ ha adito la Pretura del Distretto di Lugano, sezione 1, con un'azione di rivendicazione della proprietà volta ad ottenere dagli avv. A.A._ e B.A._ e dalla C._ la consegna di due cartelle ipotecarie di fr. 500'000.-- ognuna, gravanti le particelle xxx, yyy e zzz di Lugano (causa inc. OA.2009 100).
B. Nella petizione D._ ha fra l'altro chiesto il blocco delle due cartelle ipotecarie in via cautelare, con obbligo per i convenuti di depositare i titoli in Pretura sotto comminatoria dell'<ref-law> (causa inc. DI.2009.250).
La richiesta è stata accolta con decreto supercautelare del 26 febbraio 2009.
C. Il giorno seguente la C._ ha ricusato il Pretore e sollecitato la revoca del decreto supercautelare.
C.a Mediante decreto del 2 marzo 2009 il Pretore ha rigettato lui stesso l'istanza di ricusa - con richiamo alla <ref-ruling> consid. 4.2.2. pag. 464 - rilevando che si trattava della quarta domanda analoga formulata nei suoi confronti. Nel medesimo decreto egli ha revocato con effetto immediato il blocco delle cartelle ipotecarie da lui disposto senza contraddittorio.
C.b Il 6 marzo successivo gli avv. A.A._ e B.A._ e la C._ sono insorti dinanzi alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino onde ottenere, previo conferimento dell'effetto sospensivo alla loro impugnativa, l'annullamento dei due predetti decreti e l'astensione del Pretore dal proprio ufficio.
Il Pretore - competente in forza dell'<ref-law>/TI - ha rifiutato di concedere effetto sospensivo all'appello.
Statuendo il 20 aprile 2009, la I Camera civile ha dichiarato privo d'oggetto l'appello in quanto rivolto contro il decreto supercautelare del 26 febbraio 2009 e, in questa misura, l'ha stralciato dai ruoli.
Con riferimento al decreto del 2 marzo 2009 sulla ricusa, la medesima Corte ha deciso che, avendo il Pretore rifiutato di accordare effetto sospensivo all'appello diretto contro la reiezione della ricusa, l'appello sarà trattato "con la prima appellazione sospensiva", così come prescritto dall'<ref-law>/TI.
Questa decisione non è stata impugnata.
D. Il 5 ottobre 2009 gli avv. A.A._ e B.A._ e la C._ hanno inoltrato alla I Camera civile un'istanza "al di fuori d'un formale rimedio di diritto" volta a far esaminare "anticipata-mente e subito" l'appello da loro inoltrato contro il decreto del 2 marzo 2009.
Statuendo il 7 ottobre 2009, il Tribunale d'appello ha rifiutato di entrare nel merito di tale richiesta, irricevibile.
E. Prevalendosi della violazione di numerose norme della Costituzione federale e del diritto processuale ticinese nonché dell'art. 6 n. 1 CEDU, il 14 ottobre 2009 gli avv. A.A._ e B.A._ e la C._ sono insorti dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile con simultaneo ricorso sussidiario in materia costituzionale, onde ottenere la modifica della predetta decisione nel senso dell'accoglimento dell'istanza di ricusa e, di conseguenza, dell'annullamento di tutti i provvedimenti adottati dal Pretore avv. E._ nell'ambito di questa causa (OA.2009.100 e DI.2009.250); subordinatamente chiedono il rinvio dell'incarto all'autorità cantonale affinché statuisca sulla ricusa.
E.a Contestualmente al gravame essi hanno postulato la concessione dell'effetto sospensivo e l'adozione di vari provvedimenti supercautelari urgenti, segnatamente l'immediata sospensione inaudita altera parte e nelle more del giudizio sull'effetto sospensivo di ogni effetto delle sette decisioni supercautelari pronunciate dal Pretore - inclusa quella concernente il deferimento degli avv. A.A._ e B.A._ al foro penale - e la sospensione del Pretore avv. E._ da ogni funzione nell'attuale procedura.
Queste richieste sono state respinte il 22 ottobre 2009.
E.b Né l'opponente né il Tribunale d'appello sono stati invitati a esprimersi sul ricorso.

considerations:
Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3).
2. A monte della decisione oggetto dell'attuale procedura ricorsuale v'è l'azione di rivendicazione della proprietà di due cartelle ipotecarie del valore di fr. 500'000.-- ciascuna. Trattandosi di una controversia concernente una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 51 cpv. 1 lett. c, 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF) è dunque di principio aperta la via del rimedio ordinario del ricorso in materia civile.
Ciò comporta l'inammissibilità, d'acchito, del ricorso sussidiario in materia costituzionale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5).
3. La possibilità, di principio, d'introdurre un ricorso in materia civile non significa ancora che quello presentato nel caso in rassegna sia ammissibile.
3.1 Il ricorso al Tribunale federale è proponibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento (<ref-law>), contro le decisioni parziali indicate nell'<ref-law> così come contro decisioni pregiudiziali e incidentali separate dal merito che riguardano la competenza o la ricusazione (<ref-law>). Contro altre decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente il ricorso è ammissibile soltanto se "esse possono causare un pregiudizio irreparabile" (<ref-law>) oppure "se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa" (<ref-law>).
3.2 In concreto, i ricorrenti assimilano l'atto da loro contestato a una decisione sulla ricusa, direttamente impugnabile dinanzi al Tribunale federale in virtù dell'<ref-law>.
Si tratta di una tesi assai discutibile. Nell'atto impugnato il Tribunale d'appello non si è infatti determinato in alcun modo sulla domanda di ricusa, limitandosi a dichiarare irricevibile un'istanza presentata "al di fuori d'un formale rimedio di diritto", volta a far esaminare "anticipatamente e subito" l'appello contro la reiezione della domanda di ricusa.
3.3 A mente dei ricorrenti la decisione impugnata sarebbe comunque anche suscettibile di cagionare loro un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law>, "innescandosi validamente e senza più mezzi di difesa dei ricorrenti a livello cantonale, al suo seguito, il deferimento al Ministero Pubblico dei qui ricorrenti [...] nonché il blocco delle cartelle ipotecarie, con pregiudizio grave e definitivo della posizione processuale e materiale dei qui ricorrenti in quattro procedure [...]".
3.4 La ricevibilità del gravame da questo profilo non necessita di essere ulteriormente dibattuta, dato ch'esso è comunque manifesta mente votato all'insuccesso a causa del suo contenuto, per i motivi esposti qui di seguito.
4. Nel loro allegato i ricorrenti descrivono diffusamente l'annosa controversia che li oppone agli eredi di F._ e le varie procedure giudiziarie che ne sono scaturite, con contestuali critiche all'agire del Pretore avv. E._, dimenticando che nel quadro dell'attuale procedimento ricorsuale il Tribunale federale è chiamato a verificare solamente la decisione della I Camera civile di non entrare nel merito dell'istanza ch'essi hanno presentato "al di fuori d'un formale rimedio di diritto".
Ai fini del presente giudizio, non possono pertanto essere tenuti in nessuna considerazione gli argomenti concernenti il diritto dei legali alla remunerazione delle prestazioni fornite a F._, quelli relativi all'azione di rendiconto avviata dagli eredi di quest'ultimo nei loro confronti e all'azione di rivendicazione della proprietà delle cartelle ipotecarie né, infine, quelli concernenti la domanda di ricusa formulata nei confronti del Pretore.
5. L'istanza tendente all'esame anticipato dell'appello del 6 marzo 2009 è stata dichiarata irricevibile poiché sollecita la I Camera civile a "trascurare gli intendimenti del legislatore" e a "disattendere l'<ref-law>/TI", giusta il quale - come già stabilito nel decreto del 20 aprile 2009 - se non è stato concesso effetto sospensivo, il ricorso contro un decreto processuale viene trattato con la prima appellazione sospensiva.
5.1 Ora, il rispetto delle forme processuali è indispensabile per assicu-rare un ordinato svolgimento del procedimento giudiziario, garantire la parità di trattamento e l'applicazione del diritto materiale. Dinanzi al Tribunale federale i ricorrenti non negano che con la loro richiesta essi tendono a ottenere una deroga dalle regole procedurali ticinesi; loro stessi hanno d'altro canto intitolato la loro domanda "istanza al di fuori d'un formale rimedio di diritto". Si reputano tuttavia legittimati ad agire in tal modo per il motivo che la disposizione procedurale evocata dai giudici cantonali non può trovare applicazione al caso in esame, nel quale il Pretore ha egli stesso deciso sulla domanda di ricusa presentata nei suoi confronti, e successivamente, negato effetto sospensivo al ricorso presentato contro la sua decisione. Invocano pertanto un'applicazione arbitraria dell'<ref-law>/TI e chiedono un esame accessorio di costituzionalità di questa stessa norma.
Sennonché questi argomenti non riguardano tanto la decisione di non entrare nel merito dell'istanza presentata "al di fuori d'un formale rimedio di diritto", oggetto del presente ricorso, quanto il decreto del 20 aprile 2009, nel quale la Corte cantonale ha deciso che, avendo il Pretore rifiutato di accordare effetto sospensivo all'appello diretto contro la reiezione della ricusa - com'era sua prerogativa in virtù dell'<ref-law>/TI - l'appello sarà trattato "con la prima appellazione sospensiva", come previsto dall'<ref-law>/TI. Contro questa decisione i ricorrenti non si sono aggravati; essi sono pertanto malvenuti a contestarla ora, al di fuori dei rimedi di diritto previsti dalla legge.
5.2 Altrettanto inconferente è la censura relativa alla violazione della garanzia a un giudice imparziale e indipendente nonché della garanzia procedurale a un'autorità composta correttamente (art. 29 cpv. 1 e 30 Cost., art. 6 n. 1 CEDU), che la Corte cantonale avrebbe commesso avallando l'agire del Pretore.
La Corte cantonale non si è (ancora) pronunciata su tale questione; essa ha infatti ripetutamente spiegato che il giudizio sulla fondatezza dei motivi in base ai quali il Pretore ha respinto la domanda di ricusazione potrà infatti avvenire solo nel quadro della sentenza emanata in esito alla prima appellazione sospensiva.
5.3 I ricorrenti non hanno infine miglior fortuna laddove pretendono che, omettendo di esaminare (e accogliere) l'istanza da loro presentata "al di fuori d'un formale rimedio di diritto", la Corte cantonale permetterebbe al Pretore contro il quale è pendente la domanda di ricusa (sospesa in appello) di continuare a giudicare in un modo arbitrario e che tende all'abuso di potere "con decisioni inappellabili prese nelle more della sospensione - da lui stesso provocata - al fine di procrastinare la decisione stessa sulla ricusa sospesa dalla I Camera civile fino al primo appello con effetto sospensivo".
L'argomento secondo cui, in sostanza, "il decreto del Pretore sarebbe uno stratagemma giuridico per non consentire l'applicazione degli art. 26 segg. CPC/TI", è già stato sollevato dinanzi all'autorità cantonale e da questa adeguatamente evaso. La I Camera civile ha infatti escluso un suo intervento "al di fuori d'un formale rimedio di diritto" per tale motivo, non essendo un'autorità di vigilanza.
Dinanzi al Tribunale federale i ricorrenti non si confrontano con queste considerazioni né indicano quali sarebbero i diritti violati dalla Corte cantonale, sicché su questo punto il gravame si avvera inammissibile già per carente motivazione (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 ).
5.4 In definitiva, i ricorrenti non sono stati in grado di presentare nessun argomento suscettibile di sostanziare la tesi secondo cui, rifiutando di entrare nel merito dell'istanza da loro presentata "al di fuori di un formale rimedio di diritto", la I Camera civile del Tribunale d'appello avrebbe violato il diritto costituzionale o applicato arbitrariamente il diritto processuale cantonale.
6. In assenza di adeguate censure contro la decisione impugnata, anche il ricorso in materia civile, come quello sussidiario in materia costituzionale, risulta pertanto inammissibile.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dei ricorrenti, in solido (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF). Alla controparte, che non è stata invitata a determinarsi, non spetta alcuna indennità per ripetibili della sede federale.

rulings:
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile.
2. Il ricorso in materia civile è inammissibile.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.

canton: CH

region: Federation


facts:
Faits:
A. Le 16 mai 2011, la Banque X._ SA (poursuivante) a fait notifier à Y._ (poursuivi) un commandement de payer portant sur les sommes de 710'000 fr., avec intérêts à 4 % l'an dès le 1er janvier 2011, de 8'768 fr.90 et de 450 fr.; en bref, la poursuivante se fonde sur un «acte de cautionnement solidaire» souscrit le 4 mars 2009 par le poursuivi et son épouse en garantie d'un crédit de 850'000 fr. octroyé le 18 février 2009 au A._ SA.
La poursuivante a requis le 31 mai 2011 la mainlevée provisoire de l'opposition. Statuant le 9 novembre 2011, à la suite d'une audience du 14 octobre 2011, le Juge de paix du district de Lavaux-Oron a rejeté la requête. Par arrêt du 9 mai 2012, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé ce prononcé.
B. Par acte du 12 juin 2012, la poursuivante exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral; elle conclut à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que la mainlevée provisoire est accordée à concurrence des montants faisant l'objet du commandement de payer.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. Le poursuivi propose le rejet du recours.

considerations:
Considérant en droit:
1. Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) à l'encontre d'une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>) par un tribunal supérieur du canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF); la valeur litigieuse est atteinte (<ref-law>); la poursuivante, qui a été déboutée de ses conclusions par l'autorité précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>).
La décision attaquée ne porte pas sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, en sorte que la cognition du Tribunal fédéral n'est pas restreinte à la violation des droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 1.3.1).
2. Analysant le titre de mainlevée produit, la cour cantonale a recherché si les époux cautions s'étaient engagés «en commun», c'est-à-dire en considération de l'engagement de l'autre, ou s'ils avaient assumé des engagements indépendants. Elle a estimé - contrairement au premier juge - que le fait que les cautions soient «solidaires» n'est pas l'indice d'un cautionnement conjoint, car des cautions indépendantes peuvent être aussi solidaires. Elle a constaté que l'acte de cautionnement ne parle pas expressément des cautions conjointes, mais bien de cautions individuelles, ce dernier terme étant de surcroît mis en évidence dans l'acte notarié par l'emploi de caractères gras. Cependant, comme l'acte traite de l'engagement de deux garants, ce n'est pas un cautionnement plural qui a voulu être écarté; par cautionnements individuels, il faut dès lors comprendre «deux cautionnements personnels et non pas un seul cautionnement collectif ou social».
Pour interpréter le contrat de cautionnement, l'autorité cantonale s'est référée au contrat de prêt signé le 20 février 2009, à savoir quelques jours avant l'établissement de l'acte de cautionnement dont il constitue la cause. Dans la liste des garanties, ce contrat de prêt fait état d'un «cautionnement conjoint solidaire de CHF 850'000 (montant maximal) selon contrat de cautionnement séparé»; or, rien ne permet de penser que cette volonté de cautionner conjointement se serait modifiée entre ces deux dates. L'indication de cautions individuelles par rapport à celle de caution (au singulier) de deux personnes physiques dans le contrat de prêt «a ainsi vraisemblablement pour objet de clarifier la pluralité des garanties et d'exclure un seul engagement commun au profit de deux engagements personnels»; au surplus, si l'indépendance de tout autre cautionnement est précisée dans l'acte, c'est pour «éviter de se lier conjointement à d'autres cautionnements extérieurs et pour se lier uniquement entre ceux visés dans l'acte». Partant, l'on se trouve en présence «de deux cautions, individuelles, conjointes, garantissant la même dette». Cette interprétation est confirmée par d'autres éléments mis en exergue par le juge de paix: les deux cautions sont des époux, administrateurs de la même société anonyme, débitrice principale, dont l'emprunt a notamment servi à éteindre une dette bancaire antérieure qui leur était personnelle, chacun d'eux étant au fait de l'engagement de l'autre; ces «liens subjectifs confortent la claire et indubitable intention exprimée dans le contrat de prêt de garantir conjointement».
3. Au sens de l'<ref-law>, constitue une reconnaissance de dette, en particulier, l'acte sous seing privé, signé par le poursuivi - voire son représentant -, d'où ressort sa volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée, ou aisément déterminable, et exigible (<ref-ruling> consid. 4.2.2, 627 consid. 2 et la jurisprudence citée). Le contrat de cautionnement solidaire vaut, en principe, reconnaissance de dette dans la poursuite contre la caution (sur les conditions, cf. parmi plusieurs: Panchaud/Caprez, La mainlevée d'opposition, 2e éd., 1980, par. 81; VOCK, in: Kurzkommentar SchKG, 2009, n° 29 ss ad <ref-law>).
3.1 A teneur de l'acte de cautionnement du 4 mars 2009, le poursuivi et son épouse «s'engagent envers la Banque X._, indépendamment de tous autres cautionnements actuels ou futurs, à garantir solidairement, en tant que cautions individuelles toutes les créances que la Banque X._ détient actuellement ou pourra obtenir à l'avenir contre A._ S.A., [...], indépendamment de la cause juridique ou de l'opération commerciale dont elles découlent, [...], et ce à hauteur d'un montant maximum de HUIT CENT CINQUANTE MILLE FRANCS [...] résultant d'une limite de crédit de huit cent cinquante mille francs [...], selon contrat de prêt du 18 février 2009».
3.2 Quoi qu'en dise la recourante, c'est avec raison que la juridiction précédente a considéré que l'acte en question ne se rapporte pas à un cautionnement individuel, à savoir celui où une seule caution s'engage pour une même dette envers le créancier (TERCIER ET AL., Les contrats spéciaux, 4e éd., 2009, n° 6812), mais bien à un cautionnement plural, à savoir celui où plusieurs cautions - en l'occurrence les époux Y._ - s'engagent pour une même dette envers le créancier (TERCIER ET AL., op. cit., n° 6825); les termes de l'accord ne corroborent pas une conclusion différente. Il reste à examiner s'il s'agit d'un cautionnement conjoint, mais individuel - comme l'a admis l'autorité précédente -, ou d'un cautionnement indépendant au sens de l'<ref-law> (cf. à ce sujet: SCHÖNENBERGER, Zürcher Kommentar, 2e éd., 1945, n° 74 ss ad <ref-law>, avec les citations).
S'il est exact que, d'un point de vue terminologique, «individuel» n'est pas synonyme d'«indépendant», c'est dans ce dernier sens qu'il y a lieu de comprendre l'engagement litigieux. Il est manifeste que la mise en évidence, en caractères gras, des termes «cautions individuelles» était destinée à attirer l'attention du garant sur la portée de son engagement (cf. par exemple, pour la clause de prorogation de for [«typographische Praxis»]: <ref-ruling> consid. 2.3; Bohnet, RSPC 2012 p. 525 ch. 1, avec d'autres citations); dans cette optique, il se justifiait d'insister sur les conséquences d'un accord qui améliorait la situation du créancier, tout en privant la caution des exceptions instituées par les al. 1 à 3 de l'<ref-law> (SCHÖNENBERGER, ibid., n° 10 et 75; Meier, in: Commentaire romand, CO I, 2e éd., 2012, n° 32/33 ad <ref-law>), alors que le fait d'insister sur le caractère «conjoint» dudit engagement n'eût répondu sous cet angle à aucune logique. A cela s'ajoute - comme le reconnaît d'ailleurs l'autorité cantonale - l'absence de la moindre référence à un tel engagement (cf. l'exemple cité par MEIER, ibid., note 69). Le renvoi au contrat de prêt n'apparaît pas décisif, dès lors que celui-ci réserve le «contrat de cautionnement séparé», dont le texte s'écarte précisément sur ce point de la convention de base.
Cette appréciation n'est pas contredite par les arguments suivants. La jurisprudence a certes relevé que, dans le cautionnement indépendant, les cautions ignorent que d'autres garants se sont engagés (<ref-ruling> consid. 2c); comme le remarque Meier, les cautions indépendantes peuvent également envisager l'intervention d'autres garants, mais s'en désintéresser (ibid., n° 32). En l'espèce, les cautions se sont engagées solidairement à garantir le prêt accordé à la débitrice principale, alors qu'il n'existe pas de solidarité entre les cautions indépendantes (Beck, Das neue Bürgschaftsrecht, Kommentar, 1942, n° 67 ad <ref-law>), le créancier disposant d'un concours d'actions contre celles-ci pour l'entier de leurs engagements (Meier, ibid., n° 33; SCHÖNENBERGER, ibid., n° 75; Tercier et al., op. cit., n° 6826). Cependant, force est de constater que l'acte de cautionnement n'évoque expressément aucune solidarité des cautions entre elles et paraît ainsi viser la solidarité de chaque caution avec la débitrice principale (cf. <ref-ruling> consid. 2; cf. sur cette «solidarité»: Beck, op. cit., n° 76 ss, spéc. 79 ad <ref-law>). Quoi qu'il en soit, cette formulation n'infirme pas, à elle seule, le motif déduit des caractéristiques formelles de la clause en discussion (cf. supra).
Le contentieux de la mainlevée de l'opposition, soumis à la procédure sommaire (<ref-law>), est un «Urkundenprozess» (cf. <ref-law>), dont le but n'est pas de constater la réalité d'une créance, mais l'existence d'un titre exécutoire; le juge de la mainlevée provisoire examine uniquement la force probante du titre produit par le créancier poursuivant, sa nature formelle, et non pas la validité de la prétention déduite en poursuite (<ref-ruling> consid. 4.1.1 et la jurisprudence citée). Or, la juridiction précédente s'est essentiellement fondée sur des éléments extrinsèques à l'acte et a procédé à une interprétation de la volonté des intéressés qui excède la cognition du juge de la mainlevée (cf. sur le problème: STOFFEL, La mainlevée d'opposition - modèle d'une «procédure simple et rapide»?, in: Centenaire de la LP, 1989, p. 241 ss, avec les références). Il faut concéder aux magistrats cantonaux que la distinction entre cautionnement conjoint et cautionnement indépendant peut s'avérer délicate (cf. sur ce point: SCHÖNENBERGER, ibid., n° 15 et les citations); cas échéant, il appartiendra au juge du procès en libération de dette d'en connaître, au terme d'une procédure probatoire complète (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.3).
3.3 En raison du motif retenu, la cour cantonale n'a pas examiné si la débitrice principale (en faillite), à savoir A._ SA, avait reconnu sa dette (cf. sur cette exigence: D. Staehelin, in: Basler Kommentar, SchKG I, 2e éd., 2010, n° 134 ad <ref-law>). En particulier, les constatations relatives au «contrat de prêt» ne permettent pas de déterminer avec précision s'il s'agit d'un «crédit en compte courant» ou d'une «avance ferme» (sur cette distinction: <ref-ruling> consid. 2c et les références), ce point n'ayant, par ailleurs, pas été discuté par la juridiction précédente. Il ressort de l'extrait ad hoc - produit à l'appui du recours cantonal - que l'administration de la masse a intégralement admis la créance de la poursuivante (i.e. 719'248 fr.90); cependant, la seule admission de la créance garantie à l'état de collocation ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 2c; D. Staehelin, loc. cit.). Il appartiendra dès lors aux magistrats cantonaux de compléter leurs constatations et de statuer à nouveau sur ce point (<ref-law>).
4. En conclusion, le présent recours doit être partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et l'affaire renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Malgré l'issue incertaine de la procédure (de mainlevée), les frais et dépens incombent à l'intimé (art. 66 al. 1, art. 68 al. 1 et 2 LTF; arrêt 5A_378/2012 du 6 décembre 2012 consid. 6.2 [non destiné à la publication], avec les citations).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et l'affaire est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 12'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
Le Greffier: Braconi


facts:
Sachverhalt:
A. Die 1954 geborene G._, gelernte Floristin und Absolventin einer Ausbildung zur Hilfspflegerin, war ab Mai 2000 als Haus- und Reinigungsdienstleiterin im Betagtenheim X._ tätig und dadurch bei der Elvia Schweizerische Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Elvia) obligatorisch gegen Unfallfolgen versichert. Sie kündigte dieses Anstellungsverhältnis auf den 31. März 2001. Noch während der Kündigungsfrist erlitt sie am 15. März 2001 einen Verkehrsunfall. Sie prallte mit dem von ihr gelenkten Motorroller gegen die linke Seite eines vortrittswidrig einmündenden Personenwagens und zog sich ein schweres Polytrauma zu. Die Elvia gewährte Heilbehandlung und richtete Taggeld aus. Nach Einholung eines polydisziplinären medizinischen Gutachtens des Zentrums Y._, vom 7. Juni 2007 schloss die Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Allianz) als Rechtsnachfolgerin der Elvia den Fall mit Verfügung vom 6. Juni 2008 unter Einstellung der Heilbehandlungs- und Taggeldleistungen auf den 31. Dezember 2007 ab. Sie sprach G._ für die verbleibenden Unfallfolgen mit Wirkung ab 1. Januar 2008 eine Invalidenrente auf der Grundlage einer Erwerbsunfähigkeit von 35 % sowie eine Integritätsentschädigung auf der Basis einer Integritätseinbusse von 40 % zu. Einspracheweise beantragte die Versicherte höhere Leistungen. Hierauf setzte die Allianz, nach Ankündigung einer solchen Schlechterstellung, den Erwerbsunfähigkeitsgrad für die Invalidenrente auf 25 % herab und hielt im Übrigen an der Verfügung vom 6. Juni 2008 fest (Einspracheentscheid vom 13. Juli 2009).
B. G._ erhob hiegegen Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Uri gewährte ihr die unentgeltliche Verbeiständung, senkte den Erwerbsunfähigkeitsgrad für den Rentenanspruch nach entsprechender Vorankündigung weiter auf 22 % und wies die Beschwerde im Übrigen ab, soweit es darauf eintrat. Die Entschädigung an den unentgeltlichen Rechtsbeistand setzte das Gericht auf Fr. 1'875.- fest (Entscheid vom 27. Mai 2011).
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids seien eine Invalidenrente auf der Basis eines 50 % übersteigenden Invaliditätsgrades sowie eine Integritätsentschädigung auf der Grundlage eines 50 % übersteigenden Integritätsschadens und eventuell (rückwirkend) weiterhin Taggelder zuzusprechen; subeventuell seien die Akten mit einem neutralen Gutachten zur Frage der Unfallkausalität von Kopf- und Nackenschmerzen sowie zur Notwendigkeit einer Kniegelenksprothese zu ergänzen oder sei die Sache zur Vornahme weiterer Abklärungen an die Vorinstanz resp. die Allianz zurückzuweisen. Weiter wird beantragt, für das kantonale Verfahren sei im Rahmen der unentgeltlichen Verbeiständung eine angemessene (höhere) Entschädigung zuzusprechen, und es wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren ersucht.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

considerations:
Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob die Voraussetzungen für das Eintreten auf die bei ihm erhobenen Beschwerden erfüllt sind (<ref-ruling> E. 1 S. 99 mit Hinweisen).
1.1 Nach der Rechtsprechung kann gegen eine von einem kantonalen Gericht im Rahmen der unentgeltlichen Verbeiständung festgesetzte Entschädigung nur vom Rechtsvertreter Beschwerde beim Bundesgericht erhoben werden. Die rechtsvertretene Person selber ist dazu nicht legitimiert. Die Entschädigung kann auch nicht durch eine vom Rechtsvertreter im Namen seines Mandanten erhobene Beschwerde angefochten werden (SVR 2008 MV Nr. 2 S. 3, M 2/06 E. 5.3.2 mit Hinweisen; Urteil 8C_775/2009 vom 29. Januar 2010 E. 4; vgl. auch Urteil 5D_88/2008 vom 14. August 2008 E. 1).
Die vorliegende Beschwerde wurde vom Rechtsvertreter im Namen der Versicherten erhoben. Soweit sie sich gegen die Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes richtet, ist nach dem Gesagten nicht auf sie einzutreten.
1.2 Die Voraussetzungen für das Eintreten auf die übrigen Beschwerdebegehren sind erfüllt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_934/2008 vom 17. März 2009 E. 1 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2009 UV Nr. 35 S. 120).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Streitig und zu prüfen ist hauptsächlich die Höhe der Erwerbsunfähigkeit und der Integritätseinbusse, welche den zugesprochenen UVG-Leistungen Invalidenrente und Integritätsentschädigung zugrunde zu legen ist. Eventualiter wird sodann beantragt, es sei rückwirkend weiterhin, mithin über den 31. Dezember 2007 hinaus, UVG-Taggeld zuzusprechen.
4. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law>), insbesondere auf eine Invalidenrente (Art. 6 Abs. 1; Art. 18 Abs. 1 UVG) und auf eine Integritätsentschädigung (Art. 24 f. UVG i.V. mit <ref-law> und Anhang 3 UVV), sowie über die Begriffe Invalidität (<ref-law>) und Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und über die Bestimmung des Invaliditätsgrades mittels Einkommensvergleich (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Richtig wiedergegeben wurden auch die von der Rechtsprechung erarbeiteten Grundsätze zum für einen Leistungsanspruch erforderlichen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden, zur Beweiswürdigung, namentlich im Hinblick auf ärztliche Berichte und Gutachten, zur Bestimmung der Vergleichseinkommen bei der Invaliditätsbemessung anhand von Tabellenlöhnen sowie zur Bedeutung der von der Medizinischen Abteilung der SUVA erarbeiteten Tabellen (sog. Feinraster) für die Bestimmung der Integritätsentschädigung. Darauf wird verwiesen.
5. Unfallversicherer und Vorinstanz haben bei der Beurteilung des medizinischen Sachverhalts namentlich auf das Gutachten des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007 abgestellt. Die Beschwerdeführerin erhebt verschiedene grundsätzliche Einwände gegen diese Expertise. Darauf ist vorab einzugehen.
5.1 Die Versicherte beanstandet zunächst, die Namen der begutachtenden Fachärzte des Zentrums Y._ seien ihr vorgängig nicht bekannt gegeben worden. Auf die Expertise des Zentrums Y._ könne daher aus formellen Gründen nicht abgestellt werden.
Nach <ref-law> und der dazu ergangenen Rechtsprechung (insbes. <ref-ruling>; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.4 S. 246 f.) sind der versicherten Person die Namen der beauftragten Experten vorab bekannt zu geben, damit sie Ausstands- und Ablehnungsgründe (<ref-law>) vorbringen kann. Im vorliegenden Fall war im Schreiben vom 9. Januar 2007, mit welchem die Beschwerdeführerin zur Begutachtung eingeladen wurde, das Fachärztekollegium des Zentrums Y._ namentlich aufgeführt, darunter sämtliche ärztlichen Experten, die dann auch an der konkreten Begutachtung in diesem Fall beteiligt waren (Dres. med. B._, D._, L._, A._ und E._). Nicht genannt ist einzig der vom psychiatrischen Experten Dr. med. E._ beigezogene lic. phil. U._, welcher die neuropsychologischen Tests vorgenommen hat. Selbst wenn nun eine Verletzung von Verfahrensvorschriften bejaht würde, wäre diese aber jedenfalls im kantonalen Verfahren geheilt worden, zumal die Beschwerdeführerin zu keinem Zeitpunkt - auch nicht nach Zustellung des Gutachtens des Zentrums Y._ - gesetzliche Ausstands- oder Ablehnungsgründe geltend gemacht hat (vgl. Urteile 8C_254/2010 vom 15. September 2010 E. 4.1.2 und 8C_741/2009 vom 11. Mai 2010 E. 3.3 mit Hinweisen).
5.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet im Weiteren den Beweiswert der Expertise des Zentrums Y._ mit der Begründung, der "Kommission", welche die abschliessende Beurteilung vorgenommen habe, hätten nicht sämtliche an der Expertise mitwirkenden Teilgutachter des Zentrums Y._ angehört und es habe offensichtlich auch keine interdisziplinäre Sitzung stattgefunden.
Das kantonale Gericht hat diese Einwände richtigerweise für unbegründet erklärt. Alleine der Umstand, dass die Ergebnisse der einzelnen Teilgutachten abschliessend von einer Kommission zusammengefasst und gewürdigt wurden, dem nicht alle Teilgutachter angehören, ändert entgegen der Auffassung der Versicherten nichts am Charakter des Gesamtgutachtens als poly- oder interdisziplinäre Expertise und lässt deren Beweiswert nicht dahinfallen. Auch musste nicht zwingend eine eigentliche Schlussbesprechung unter Teilnahme sämtlicher beteiligter Gutachter erfolgen. Massgebend ist, ob die Einschätzungen der einzelnen Experten in die abschliessende Gesamtbeurteilung eingeflossen sind (vgl. Urteil U 599/06 vom 10. Januar 2008 E. 3.4.1). Im vorliegenden Fall wird nicht geltend gemacht und ist auch sonst nicht ersichtlich, inwiefern dies im Rahmen der vorgenommenen Begutachtung des Zentrums Y._ nicht erfolgt sein soll.
5.3 Die Kritik der Versicherten an der Zusammensetzung der Kommission rechtfertigt ebenfalls kein anderes Ergebnis. Namentlich fanden die vom Neurologen Dr. med. A._ und vom Neuropsychologen lic. phil. U._ erhobenen Befunde Eingang in die Gesamtbeurteilung. Der Einwand einer zu sehr aus psychiatrischer Sicht geprägten Würdigung verfängt ebenfalls nicht. Der Kommission gehörten mit den Dres. D._ und L._ auch nichtpsychiatrische Fachärzte an. Zudem sind Anhaltspunkte für eine ungenügende Berücksichtigung der somatomedizinischen Aspekte weder vorgebracht worden noch sonst ersichtlich. Es ist sodann auch nicht nachvollziehbar, inwiefern der Umstand, dass das Gutachten durch Dr. med. A._ anstelle des Kommissionsmitglieds Dr. med. D._ mitunterzeichnet wurde, die Verlässlichkeit der Expertise mindern könnte.
5.4 Wie das kantonale Gericht weiter zutreffend erwogen hat, gibt die Art und Weise, wie die fachmedizinischen Untersuchungen durchgeführt wurden, ebenfalls keinen Anlass, um die Expertise des Zentrums Y._ in Frage zu stellen. Die Vorbringen in der Beschwerde zu Effizienz und Gestaltung der gutachterlichen Abklärungen führen zu keinem anderen Ergebnis, zumal sie nur sehr allgemein gehalten sind.
5.5 Was mit der beantragten Edition der "Grunddaten und Unterlagen zur Begutachtung" an entscheidrelevanten neuen Erkenntnissen gewonnen werden könnte, ist nicht nachvollziehbar. Mit dem kantonalen Gericht ist daher in antizipierter Beweiswürdigung von solchen Beweismassnahmen abzusehen (SVR 2010 UV Nr. 20 S. 40, 8C_626/2009 E. 3.2 mit Hinweisen).
5.6 Die dargelegten grundsätzlichen Einwände der Beschwerdeführerin vermögen somit nicht, den Beweiswert des Gutachtens des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007 in Frage zu stellen.
6. In der Beschwerde wird sodann der Zeitpunkt des Fallabschlusses beanstandet. Von diesem Einwand hängt u.a. der Zeitpunkt des Rentenbeginns ab. Er ist daher als nächstes zu prüfen, ob schon der damit einhergehende Antrag, es sei weiterhin Taggeld zuzusprechen, nur eventualiter gestellt wird.
6.1 Nach Gesetz und Praxis hat der Unfallversicherer den Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen (u.a. Taggeld) abzuschliessen und den Anspruch auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung zu prüfen, sobald von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des - unfallbedingt beeinträchtigten - Gesundheitszustandes mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung (IV) abgeschlossen sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 201 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 113 ff.).
6.2 Eingliederungsmassnahmen der IV stehen vorliegend nicht zur Diskussion.
Sodann kann nach Lage der Akten verlässlich gesagt werden, dass im Zeitpunkt des vorgenommenen Fallabschlusses weitere ärztliche Behandlung keine namhafte Besserung mehr versprach. Daran vermag der Hinweis der Versicherten auf das Gutachten des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007 und auf den Bericht des Dr. med. Z._, Leitender Arzt Orthopädie, Spital C._, vom 2. Juli 2009 nichts zu ändern: Die Experten des Zentrums Y._ verneinten eine solche Besserung vielmehr ausdrücklich und Dr. med. Z._ erwähnte lediglich die Möglichkeit eines operativen Eingriffs in einer späteren Phase. Die Rechtmässigkeit des Fallabschlusses ist damit nicht in Frage gestellt. Demnach braucht auf die Kritik der Beschwerdeführerin an der Art und Weise, wie das kantonale Gericht ihr entsprechendes vorinstanzliches Vorbringen behandelt hat, nicht weiter eingegangen zu werden.
7. Umstritten ist weiter, welche unfallbedingten Gesundheitsschäden vorliegen und den Ansprüchen auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung zugrunde zu legen sind.
Als unfallkausal anerkannt sind gemäss Einspracheentscheid der Allianz vom 13. Juli 2009 folgende Leiden: organische Persönlichkeitsstörung mit kognitiver Leistungseinschränkung; posttraumatisches Impingementsyndrom der linken Schulter; Gonarthrose und Patellararthrose links; Schmerzen und Beschwerden in der linken unteren Extremität; belastungsabhängige Schmerzen am rechten Knie; CTS-Symptomatik infolge der einseitigen Belastungen durch die Verwendung von Amerikanerstöcken.
Hingegen gehen die Meinungen darüber auseinander, ob auch die Kopf- und Nackenschmerzen, an welchen die Versicherte leidet, sowie die festgestellten Diskushernien C5/C6 und C6/C7 natürlich kausal auf den Unfall von 2001 zurückgeführt werden können. Allianz und kantonales Gericht haben diesen kausalen Zusammenhang verneint, die Versicherte bejaht ihn. Im Einzelnen ergibt sich Folgendes:
7.1 Das kantonale Gericht hat erwogen, die Kopf- und Nackenschmerzen seien von der HWS-Bewegung abhängig und mit den mittels MRI festgestellten Diskushernien C5/C6 und C6/C7 zu erklären. Diese HWS-Veränderungen wiederum seien krankheitsbedingter degenerativer Art und nicht auf den Unfall vom 15. März 2001 zurückzuführen.
Diese Beurteilung beruht auf einer sorgfältigen Würdigung der medizinischen Akten. Sie stützt sich namentlich auf das Gutachten des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007. Danach ist das festgestellte cervico-cephale Syndrom bei intraforaminaler Diskushernie C5/C6 sowie C6/C7, klinisch ohne Radikulopathie, unfallfremd. Diese fachärztliche Einschätzung ist in der Expertise überzeugend begründet worden. Das kantonale Gericht hat sodann in schlüssiger Weise dargelegt, weshalb die übrigen Arztberichte keine abweichende Betrachtungsweise rechtfertigen.
7.2 Was die Beschwerdeführerin vorbringt, führt zu keinem anderen Ergebnis:
7.2.1 Der Einwand, bei der Begutachtung des Zentrums Y._ sei die kurz davor erfolgte Untersuchung der Halswirbelsäule (HWS) mittels MRI trotz ausdrücklichen Hinweises der Versicherten nicht beachtet worden, ist aktenwidrig. Die durch MRI vom 13. April 2007 erhobenen Befunde sind in der Expertise des Zentrums Y._ wiederholt ausdrücklich erwähnt und auch gewürdigt worden (Gutachten S. 26, 27, 29, 31, 32, 35 und 43; vgl. auch E. 4.1 hievor). Dem von der Versicherten weiter erwähnten Bericht des PD Dr. med. H._, Facharzt Neurochirurgie FMH, vom 25. April 2007 lassen sich keine Aussagen entnehmen, welche den geltend gemachten Kausalzusammenhang zu stützen vermöchten.
7.2.2 Die Beschwerdeführerin hält daran fest, die Diskushernien seien unfallkausal. Wie das kantonale Gericht indessen zutreffend erwogen hat, entspricht es einer medizinischen Erfahrungstatsache im Bereich des Unfallversicherungsrechts, dass praktisch alle Diskushernien bei Vorliegen degenerativer Bandscheibenveränderungen entstehen und ein Unfallereignis nur ausnahmsweise, unter besonderen Voraussetzungen, als eigentliche Ursache in Betracht fällt. Als weitgehend unfallbedingt kann eine Diskushernie betrachtet werden, wenn das Unfallereignis von besonderer Schwere und geeignet war, eine Schädigung der Bandscheibe herbeizuführen, und die Symptome der Diskushernie (vertebrales oder radikuläres Syndrom) unverzüglich und mit sofortiger Arbeitsunfähigkeit auftreten (SVR 2009 UV Nr. 1 S. 1, 8C_677/2007 E. 2.3, und UV Nr. 41 S. 142, 8C_1020/2008 E. 4.1; RKUV 2000 Nr. U 379 S. 192, U 138/99 E. 2a; aus jüngster Zeit: Urteil 8C_246/2011 vom 25. August 2011 E. 3.1). Im vorliegenden Fall sind Beschwerden, welche allenfalls mit den cervicalen Diskushernien erklärt werden könnten, nach Lage der medizinischen Akten frühestens im Sommer 2006 aufgetreten (MRI-Bericht vom 13. April 2007; Bericht Dr. med. W._, Neurologische Praxis, vom 29. Juni 2007). Mit den Experten des Zentrums Y._ und der Vorinstanz ist schon aus diesem Grund die Unfallkausalität der Diskushernien zu verneinen. Das lange Zeitintervall zwischen dem Unfall vom 15. März 2001 und dem Auftreten der Beschwerden spricht auch klar dagegen, dass diese mit einer durch dieses Ereignis hervorgerufenen Verschlimmerung eines HWS-Vorzustandes zu erklären sind.
7.2.3 Die Versicherte macht vergeblich geltend, die Beschwerden aus den HWS-Veränderungen seien aufgrund der übrigen beim Unfall erlittenen Verletzungen übersehen resp. in ihrer Bedeutung verkannt worden. Wenn HWS-Beschwerden aufgetreten wären, hätte dies sicher in den zahlreichen Arztberichten aus der Zeit zwischen Unfall und Sommer 2006 Erwähnung gefunden. Dem standen die unbestrittenermassen bei der Kollision erlittenen Verletzungen nicht entgegen, zumal diese nach Lage der Akten rasch einen guten Verlauf nahmen.
7.2.4 Sodann gestattet entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung der Umstand, dass sich eine Kollision zwischen Roller und Auto ereignet hat, noch nicht den Schluss, dass es hiebei auch zu einer HWS-Verletzung gekommen ist. "Der Vollständigkeit halber" erwähnt die Versicherte weiter, sie habe vor dem Unfall keine entsprechenden Beschwerden aufgewiesen. Daraus liesse sich ein kausaler Zusammenhang aber ebenfalls nicht herleiten, da dies auf einen beweisrechtlich unzulässigen "post hoc ergo propter hoc"-Schluss hinausliefe (erwähntes Urteil SVR 2010 UV Nr. 20, E. 3.2 mit Hinweis).
8. In Bezug auf den rentenbestimmenden Grad der Erwerbsunfähigkeit ergibt sich Folgendes:
8. In Bezug auf den rentenbestimmenden Grad der Erwerbsunfähigkeit ergibt sich Folgendes:
8.1 8.1.1 Die unfallbedingten Leiden wirken sich gemäss Gutachten des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007 wie folgt auf die Arbeitsfähigkeit aus: "Nicht zumutbar sind das repetitive Heben und Halten von Lasten über 10 kg, regelmässige körperliche Tätigkeiten mit Überkopfarbeiten sowie häufiges In-die-Hocke-gehen. Eingeschränkt sind auch lange Gehstrecken, d.h. mehr als 30 Minuten am Stück, vorwiegend stehendes Arbeiten ist ebenfalls nicht zumutbar. Eine leichte Einschränkung besteht auch infolge der kognitiven Störung bei dem Erlernen neuer Inhalte und Tätigkeiten". Die medizinischen Experten gelangten zum Ergebnis, die Versicherte sei aufgrund dieser Faktoren im Beruf einer Haus- und Reinigungsdienstleiterin und in hinsichtlich Anforderungsprofil vergleichbaren Tätigkeiten zu 30 % in der Arbeitsfähigkeit eingeschränkt. In Tätigkeiten, bei denen sich die Versicherte nicht häufig bücken und in die Hocke gehen müsse, nicht Gewicht von mehr als 10 kg repetitiv heben oder halten müsse, nicht über Schulterhöhe arbeiten müsse, ihre Körperposition zwischen Gehen, Stehen und Sitzen regelmässig wechseln könne und keine neuen, schwierigen Inhalte zu erlernen habe, bestehe eine volle Arbeitsfähigkeit. Als aus medizinischer Hinsicht speziell geeignete Verweistätigkeiten werden genannt: vorwiegend sitzend ausübbare Kontrolltätigkeiten, Überwachungstätigkeiten, Telefon- oder Portierdienste.
8.1.2 Unfallversicherer und Vorinstanz haben auf dieses Zumutbarkeitsprofil abgestellt. Das ist nicht zu beanstanden.
Was die Beschwerdeführerin vorbringt, rechtfertigt keine abweichende Beurteilung. Die HWS-Problematik wurde nach dem zuvor Gesagten (E. 7 hievor) zu Recht als unfallfremd erachtet und bei der Zumutbarkeitsprüfung nicht berücksichtigt. Den noch bestehenden unfallbedingten Einschränkungen wurde in nachvollziehbarer Weise Rechnung getragen. Die bestätigten Funktionsdefizite lassen weder einzeln noch gesamthaft betrachtet die bestätigte Arbeitsunfähigkeit als unangemessen tief erscheinen. Dass die Versicherte ein Polytrauma mit schweren Verletzungen erlitten hat, ist unbestritten, steht aber der Zumutbarkeitsbeurteilung gemäss Expertise des Zentrums Y._ ebenso wenig entgegen wie davor bestätigte Arbeitsunfähigkeiten, zumal in den medizinischen Akten wiederholt ein günstiger Heilungsverlauf bestätigt wurde. Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, eine sitzende Tätigkeit sei nicht zumutbar. Sie verweist dabei auf ihr Schreiben vom 7. Juni 2006 und den diesem beigelegten hausärztlichen Bericht vom 23. Mai 2006. Im Schreiben vom 7. Juni 2006 machte die Versicherte indessen Beinbeschwerden beim längeren Stehen am Arbeitsplatz geltend. Eine Einschränkung beim Sitzen geht daraus gerade nicht hervor. Zu beachten ist zudem Folgendes: Der Hausarzt führte im Bericht vom 23. Mai 2006 aus, aktuell stehe ein gemischtes Oedem des linken Beines im Vordergrund. Den Akten lässt sich sodann entnehmen, dass der Hausarzt deswegen Dr. med. I._, Facharzt für Rheumatologie und Innere Medizin FMH, beizog. Dieser wiederum hielt mit Bericht vom 29. Januar 2007 fest, die Versicherte habe bei der Abschlusskontrolle vom 5. Januar 2007 keine Schmerzen am linken Oberschenkel mehr vermeldet. Gesichtspunkte, welche die Zumutbarkeitsbeurteilung gemäss Expertise des Zentrums Y._ in Frage stellen könnten, ergeben sich daraus mithin ebenfalls nicht.
8.2 Die wirtschaftlichen Auswirkungen aufgrund der unfallbedingten Beeinträchtigung sind unstreitig mittels Einkommensvergleich (<ref-law>) zu bestimmen, wobei von den Verhältnissen im Jahr 2008 (Rentenbeginn als massgeblicher Vergleichszeitpunkt: <ref-ruling>) auszugehen ist.
8.2.1 Das kantonale Gericht hat das ohne unfallbedingte Gesundheitsschädigung mutmasslich erzielte Einkommen (Valideneinkommen) auf Fr. 52'802.- festgesetzt. Es ging dabei davon aus, die Versicherte wäre nicht mehr als Haus- und Reinigungsdienstleiterin, sondern jeweils während der Sommersaison als Hüttenwartin und für den Rest des Jahres als Floristin tätig. Die jeweiligen Teilverdienste setzte es gestützt auf konkrete Lohnangaben zu einer Stelle als Hüttenwartin, welche die Versicherte anzunehmen gedachte, sowie, für die Tätigkeit als Floristin, gestützt auf Tabellenlöhne gemäss der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) fest.
Nach Auffassung der Beschwerdeführerin ist der Schluss auf einen Berufswechsel ungerechtfertigt und muss das Valideneinkommen gestützt auf den Verdienst als Haus- und Reinigungsdienstleiterin bestimmt werden.
Dieser Betrachtungsweise kann nicht gefolgt werden. Die Versicherte hat die Anstellung im Betagtenheim X._ vor dem Unfall gekündigt. Wie sie wiederholt bestätigt hat, tat sie dies in der Absicht, jeweils während der Sommersaison als Hüttenwartin und für den Rest des Jahres im erlernten Beruf einer Floristin tätig zu sein (Austrittsbericht Klinik K._ vom 25. Juli 2007; Bericht Klinik für Unfallchirurgie/Poliklinik des Spitals V._ vom 11. Dezember 2001; Bericht Schadenaussendienst der Allianz vom 10. April 2002; Gutachten des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007). Ein Arbeitsvertrag für die erste Saison als Hüttenwartin stand kurz vor dem Abschluss und auch der Einsatz als Floristin bei einer Kollegin war vereinbart. Diese Berufsgestaltung plante die Versicherte nicht nur für das Jahr 2001, sondern auch für die Folgejahre (Gutachten des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007). Es ist demnach nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz das Valideneinkommen nach Massgabe der Verdienste einer Hüttenwartin und einer Floristin bestimmt hat. Daran vermögen die Vorbringen in der Beschwerde nichts zu ändern. Insbesondere bestehen keine verlässlichen Anhaltspunkte dafür, dass die Versicherte beabsichtigte, wieder im Haus- und Reinigungsdienst tätig zu sein.
Das Festsetzung des Valideneinkommens im angefochtenen Entscheid ist im Übrigen nicht umstritten und gibt keinen Anlass zu Weiterungen.
8.2.2 Das trotz unfallbedingter Beeinträchtigung zumutbarerweise noch erzielbare Einkommen (Invalideneinkommen) bestimmte die Vorinstanz anhand von Tabellenlöhnen gemäss LSE. Sie ging vom auf einer Wochenarbeitszeit von 40 Stunden beruhenden Bruttolohn von Fr. 4'116.- der mit einfachen und repetitiven Tätigkeiten (Anforderungsniveau 4) im gesamten privaten Sektor beschäftigten Frauen aus (LSE 2008 Tabelle TA1 S. 26) und rechnete ihn auf ein Jahr hoch (x 12) sowie auf die betriebsübliche Wochenarbeitszeit von 41.6 Stunden um. Vom resultierenden Jahreslohn von Fr. 51'368.- nahm sie aufgrund der 70 resp. 100%igen Restarbeitsfähigkeit einen leidensbedingten Abzug von 20 % vor. Das ergibt ein Invalideneinkommen von Fr. 41'094.- und in Gegenüberstellung mit dem Valideneinkommen von Fr. 52'802.- eine unfallbedingte Erwerbseinbusse von 11'708.-, entsprechend einer Erwerbsunfähigkeit von (gerundet) 22 %.
Was die Beschwerdeführerin vorbringt, vermag die vorinstanzliche Beurteilung nicht in Frage zu stellen. Schon nach dem zuvor Gesagten ist die Arbeitsunfähigkeit nicht höher anzusetzen. Das gestützt auf das Gutachten des Zentrums Y._ angenommene Zumutbarkeitsprofil ist genügend präzise, um eine verlässliche Bestimmung des Invalideneinkommens anhand von Tabellenlöhnen zu ermöglichen. Die vorinstanzliche Annahme, es bestünden auf dem massgebenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt (<ref-law>) diesem Zumutbarkeitsprofil entsprechende Stellen, ist nicht bundesrechtswidrig. Das Alter der Versicherten führt zu keiner anderen Betrachtungsweise und vermag auch keinen höheren Abzug beim Invalideneinkommen zu begründen. Es liegt sodann kein unterdurchschnittliches Valideneinkommen vor, welches Anlass für eine Parallelisierung der Vergleichseinkommen im Sinne von <ref-ruling> bilden könnte. Damit bleibt es bei dem vom kantonalen Gericht festgesetzten Invaliditätsgrad von 22 %, welcher der Invalidenrente zugrunde zu legen ist.
9. Zu prüfen bleibt die Höhe des Integritätsschadens, nach welchem sich die Integritätsentschädigung bemisst.
9.1 Gemäss Gutachten des Zentrums Y._ vom 7. Juni 2007 beträgt der unfallbedingte Integritätsschaden 35 %, bestehend aus 5 % für das Kniegelenk inkl. möglicher Progression der Arthrose, 10 % für das Schultergelenk sowie 20 % für die leichte kognitive Einschränkung und leichte hirnorganisch bedingte Wesensveränderung. Die Allianz rechnete zusätzliche 5 % für die beginnende Arthrose im Kniegelenk an. Die resultierende Integritätseinbusse von gesamthaft 40 % hat das kantonale Gericht bestätigt.
9.2 Nach Auffassung der Beschwerdeführerin ist der Integritätsschaden auf weit über 50 % anzusetzen.
9.2.1 Begründet wird dies zunächst mit den festgestellten cervicalen Diskushernien. Mit dem kantonalen Gericht ist aber festzustellen, dass diese nicht unfallkausal sind (E. 7 hievor) und daher bei der Bestimmung des anspruchsbegründenden Integritätsschadens zu Recht nicht berücksichtigt wurden.
9.2.2 Geltend gemacht wird weiter, die kognitiven Einschränkungen aufgrund der Hirnverletzungen und der Wesensveränderung seien ungenügend berücksichtigt worden.
Die hiefür abgegebene Begründung überzeugt nicht. Wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat, liegt ausschliesslich ein Integritätsschaden nach SUVA-Tabelle 8 vor. Anhaltspunkte für eine zusätzliche psychische Störung, welche ihrerseits einen Integritätsschaden gemäss SUVA-Tabelle 19 zu begründen vermöchte, ergeben sich weder aus der Expertise des Zentrums Y._ noch aus den übrigen medizinischen Akten. Anhang 3 UVV lässt sich ebenfalls nichts entnehmen, was die beschwerdeführerische Argumentation zu stützen vermöchte, zumal die darin enthaltene Skala - ebenso wie die weiterführenden SUVA-Tabellen - Richtwerte aufführt, welche je nach medizinischem Befund erhöht oder herabgesetzt werden können (vgl. ALFRED MAURER, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, 2. Aufl. 1989, S. 421; siehe auch <ref-ruling> E. 1c S. 32). Dass die generelle Bestreitung des Beweiswerts des Gutachtens des Zentrums Y._ nicht gerechtfertigt ist, wurde bereits festgehalten (E. 5 hievor). Sodann erscheint die Qualifizierung der Störung als leicht auch unter Berücksichtigung der übrigen medizinischen Akten als richtig.
9.2.3 Beanstandet wird schliesslich, bei der Integritätseinbusse für das Kniegelenk sei nebst der bestehenden Behinderung das künftige Fortschreiten der Arthrose ungenügend berücksichtigt worden. Die Annahme eines Integritätsschadens von lediglich 5 % sei im Hinblick auf das bereits in Aussicht gestellte Einsetzen eines künstlichen Kniegelenks unangemessen. Gemäss SUVA-Tabelle 5 "Integritätsschaden bei Arthrosen" betrage die Integritätseinbusse bei einer Pangonathrose 10 - 40 % und bei einer Endoprothese zusätzlich 20 - 40 %.
Die Einwände sind nicht begründet. Eine Pangonarthrose wurde nicht diagnostiziert. Abgesehen davon schlösse dies im Sinne des zuvor Gesagten nicht aus, dass gestützt auf den medizinischen Befund von dem in der SUVA-Tabelle enthaltenen Richtwert nach unten abgewichen wird (E. 9.2.2 hievor). Sodann hat die Vorinstanz zutreffend erwogen, dass der aus medizinischer Sicht zu erwartenden Verschlimmerung der Arthrose in Anwendung von <ref-law> Rechnung getragen wurde. Bezüglich des künstlichen Kniegelenks bezieht sich die Beschwerdeführerin auf den bereits erwähnten Bericht des Dr. med. Z._ vom 2. Juli 2009. Darin wird aber lediglich von der Möglichkeit einer künftigen Indikation einer Knie-Teilprothese gesprochen. Damit liegt keine hinreichend gesicherte prognostische Entwicklung vor, welche gestatten würde, eine solche Prothese in die Bemessung des Integritätsschadens einzubeziehen. Sollte sich künftig die Notwendigkeit einer Prothese ergeben, wird dies gegebenenfalls unter dem Gesichtswinkel einer Revision im Sinne von Art. 36 Abs. 4 zweiter Satz UVV zu prüfen sein. Von weiteren Sachverhaltsabklärungen ist auch hier in antizipierter Beweiswürdigung abzusehen.
9.3 Es bleibt damit bei einem Integritätsschaden von 40 %. Der Beschwerde ist folglich auch diesbezüglich kein Erfolg beschieden.
10. Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.
Der Allianz steht entgegen ihrem Antrag und ungeachtet ihres Obsiegens keine Parteientschädigung zu, da sie als mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Institution in ihrem amtlichen Wirkungskreis handelt (<ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Rechtsanwalt Urs Schaffhauser, Luzern, wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Oktober 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Lanz