2007年，一个公共研究者联盟发起了一项棉花的公共基因组测序工作。他们商定了一项对栽培四倍体棉花基因组进行测序的策略。“四倍体”是指栽培棉花细胞核内实际上有两个独立的基因组，称为A和D基因组。测序联盟首先同意对栽培棉花（G.raimondii，一种野生中美洲棉花品种）的D-基因组进行测序，因为其体积小，重复性元素数量有限。它是四倍体棉花（AD）碱基数量的近三分之一，每个染色体只出现一次。[需要澄清]下一步将对乔木线虫的A基因组进行测序。它的基因组大约是雷蒙氏疟原虫的两倍大。这两个基因组在大小上的部分差异是逆转录转座子的扩增。一旦两个二倍体基因组组合好，研究就可以开始对栽培棉花品种的实际基因组进行测序。这种策略是不必要的，如果要对四倍体基因组进行测序，而不是对二倍体基因组进行测序，那么A D基因组的常染色DNA序列将共同组装，而AD基因组的重复成分将分别独立组装成A和D序列。如果不将它们与二倍体的序列进行比较，就无法解开这些混乱的AD序列。
什么样的基因组必须先测序以防止在峡谷之前混淆？