已经提出了鼠疫耶尔森氏菌的多种替代物。Twigg认为原因是炭疽的一种形式，Norman Cantor（2001）认为可能是炭疽和其他大流行的结合。斯科特（Scott）和邓肯（Duncan）认为，大流行是一种传染病，其特征是出血性瘟疫类似于埃博拉病毒。考古学家巴尼·斯隆（Barney Sloane）认为，伦敦中世纪滨水区的考古记录中没有足够的证据表明大量老鼠已经灭绝，并且鼠疫传播得太快，以至于无法支持鼠疫耶尔森菌是从蚤类身上传播的论点。但是，没有任何一种替代解决方案获得广泛接受。许多学者认为鼠疫耶尔森氏菌是大流行病的主要病原体表明，它的程度和症状可以通过将鼠疫与其他疾病（包括斑疹伤寒，天花和呼吸道感染）结合起来解释。除了腺管感染以外，其他人指出，还有其他形式的败血性（一种“血液中毒”）和肺炎性（一种空气传播的瘟疫，它会在身体其余部位袭击肺部），从而延长了整个疫情的爆发时间2014年，英国公共卫生部的科学家宣布了从伦敦Clerkenwell地区发掘出的25具尸体的检查结果，以及在此期间在伦敦登记的遗嘱的研究结果，这些结果支持了肺炎假说。
谁发现了鼠疫耶尔森氏菌？