有证据表明，在过去的21,000年中，通过最后一次冰期最大值（LGM）和随后的冰消作用，亚马逊雨林植被发生了显着变化。对来自亚马逊盆地古湖和亚马逊扇的沉积物的分析表明，在LGM时期流域内的降雨低于目前，这几乎可以肯定是与盆地内潮湿的热带植被覆盖有关。但是，关于减少量的范围存在争议。一些科学家认为，雨林被缩小为孤立的避难所，被开阔的森林和草地隔开；事实证明，这种辩论难以解决，因为在雨林中工作的实际局限性意味着数据采样偏离了亚马逊河流域的中心，并且两种解释都得到了可用数据的合理支持。
科学家不同意亚马逊雨林随时间变化的说法，有人争论说，雨林被归结为孤立的庇护所，由什么分隔？