芝加哥大学由董事会管理。董事会监督大学的长期发展和计划，并管理筹款工作，由包括大学校长在内的50名成员组成。校长正下方是教务长，十四名副校长（包括首席财务官，首席投资官和大学学生院长），阿贡国家实验室和费米实验室的负责人，大学秘书和学生申诉专员截至2009年8月[更新]，董事会主席是安德鲁·阿尔珀，大学校长是罗伯特·齐默尔。2013年12月，宣布Argonne国家实验室主任Eric Isaacs将成为Provost。艾萨克斯于2016年3月被丹尼尔·迪尔迈耶（Daniel Diermeier）取代为Provost。
谁经营芝加哥大学？