A aplicação dos métodos indiretos divide-se em dois momentos: o primeiro, a cargo da Administração Tributária, que é o da comprovação dos pressupostos para aplicação de métodos indiretos, o qual respondido no sentido afirmativo, permite passar ao segundo momento, que é do da fixação da matéria coletável, neste caso incumbindo ao contribuinte o ónus da prova do excesso da sua quantificação.