O Juiz de Instrução tem de se pronunciar, em regra, aberta a instrução, salvo nos casos admitidos por lei expressa, sobre os factos apurados no inquérito, mas fá-lo na fase de instrução e depois desta ser aberta e pode nessa fase conhecer de qualquer nulidade artigo 30, n. 3 do, mas a decisão instrutória é sempre nula se se pronunciar alterando substancialmente o objeto do processo.