Entre as diferenças que podem ser apontadas entre estes dois tipos de procedimento de inspecção tributária, afigura-se que uma das mais relevantes, é a suspensão do prazo de caducidade do direito á liquidação durante o desenrolar dos actos de inspecção externa, bastando para tanto que o sujeito passivo seja notificado do início do procedimento vide artigo 46 n. 1 da, suspensão essa, que não se verifica nos casos de inspecção interna.