استقبل مشرعو الكنيسة نبأ الدعوة للمجمع ببرودة فقد كانوا مقتنعين من جهتهم بأن الكنيسة عاشت في حالة ازدهار في عهد بيوس الثاني عشر لذلك فلم يجدوا أي فائدة في التغييرات التي أراد إحداثها البابا الجديد. بعض كرادلة الفاتيكان حاولوا فعل كل ما كان باستطاعتهم لإعاقة انعقاد المجمع، ولكن البابا مضى قدماً بخطته وعاش كفاية ليرى افتتاح أعماله في خريف عام 1962. وبناء على رغبة يوحنا الثالث والعشرون تعهد آباء المجمع بالحفاظ على الإيجابية فلم تصدر عنهم أي أدانة أو حرمان لأي أحد، وتجنبوا الخوض في مسائل العدائية السياسية، واعترفوا قبل كل شيء بحقيقة عدم كون الكنيسة سيدة للبشرية بل خادمة لها. اعتبر البابا المجمع الفاتيكاني الثاني مجمعاً رعوياً، بحيث لم تصدر عنه أي عقائد كاثوليكية جديدة ولكنه رغم ذلك أعاد دراسة وتمحيص عقائد وتشريعات قديمة. وصف يوحنا الثالث والعشرون المجمع بأنه "يوم عنصرة جديد" وتدفق جديد للروح القدس.
متى تم تطهير البابا يوحنا الثالث والعشرين؟