لم يكن اللاهوت الطبيعي عقيدة موحدة، وعلى الرغم من أن بعضهم أمثال لويس أغسيز كانوا معارضين بشدة لأفكار الكتاب، فقد سعى آخرون للمصالحة لاقتناعهم بنظرية التطور وكونها هادفة. وفسر بعض العلماء الليبراليين في كنيسة إنجلترا إن الانتقاء الطبيعي أداة من تصميم الله، مع رجل دين تشارلز كنغسلي الذي رأى أنها (مجرد نبيلة كما تصور مفهوم الإله).
في الطبعة الثانية من شهر يناير عام 1860 م اقتبس داروين من كنغسلي بأنه (رجل الدين المحتفى به) و أضاف عبارة (من قبل الخالق) إلى الجملة الختامية، والتي قُرأت لاحقاً على "الحياة، مع العديد من صلاحياته، بعد أن تم النفخ في الأصل من قبل الخالق في بضعة أشكال أو في واحد". في حين اتخذ بعض المعلقين هذا بمثابة تنازل عن الدين سيندم عليه داروين لاحقًا، وكانت وجهة نظر داروين في ذلك الحين على أن الله خلق الحياة من خلال قوانين الطبيعة، وحتى في الطبعة الأولى هناك العديد من الإشارات إلى "الخلق".
أشاد بادن باول "بحجم براعة السيد داروين داعماً المبدأ الكبير لقوة التطور الذاتي للطبيعة". في أمريكا، كان آسا جراي (Asa Gray) يجادل بأن التطور هو التأثير الثانوي، أو طريقة عمل للسبب الأول، التصميم ، ونشر كتيب للدفاع عن الكتاب من حيث التطور الايماني، والانتقاء الطبيعي لا يتعارض مع أصول الدين الطبيعية. أصبح التطور الإيماني حلاً وسطاً شعبياً، وكان القديس جورج جاكسون ميفارت يتقبل نظرية التطور لكنه قام بمهاجمة نظريات داروين لآليات الطبيعة. في نهاية المطاف، كان من الواضح أن تدخل الطبيعة شيء خارق و لا يمكن أن يكون تفسيراً علمياً، والآليات الطبيعية مثل اللاماركية الجديدة كانت تفضل الانتقاء الطبيعي أكثر باعتباره أكثر توافقاً مع الغرض .
على الرغم من أن الكتاب قد لمح نوعاً ما في تطور الإنسان، فإنه سرعان ما أصبح الموضوع الرئيسي في النقاش كما شوهدت الصفات العقلية والأخلاقية و الجوانب الروحية من الروح، و كان يعتقد أن الحيوانات لا تملك الصفات الروحية. يمكن التوفيق بين هذا الصراع من خلال الافتراض بأن هناك بعض التدخل الخارق للطبيعة المؤدي للبشر، أو مشاهدة التطور باعتباره التطور الهادف والتدريجي للجانب البشري الطبيعي . في الوقت الذي قبل فيه العديد من اللاهوتيين المحافظين فكرة التطور، كان تشارلز هودج يناقش وينتقد في كتابه 1874 "ما هي الداروينية ؟" وكان أن "الداروينية "، والتي عرفها بأضيق نطاق بما في ذلك رفض التصميم وكذلك الإلحاد على الرغم من أنه أقر بأن آسا جراي لم يرفض التصميم . وردّ آسا جراي أن هذه التهمة حرفت نص داروين . وبحلول أوائل القرن الـعشرين، أشار أربعة كتاب مشاهير من الذين شاركوا في كتابة كتاب "الأساسيات" بصراحة إلى إحتمالية أن الله خلق من خلال التطور ، ولكن الأصولية ألهمت الأمريكيين بالجدل حول خلق التطور التي بدأت في 1920. بعض المحافظين من الكتاب الرومانيين الكاثوليكيين واليسوعيين عارضوا التطور في أواخر القرن التاسع عشر وأوائل القرن العشرين، لكن الكتاب الكاثوليكيون الأخرون بدءاً بـ (ميفارت)، أشاروا إلى أن آباء الكنيسة الأوائل لم يفسروا كيفية التكوين حرفياَ في هذا المجال  وذكر الفاتيكان في موقف رسمي عام 1950 المنشور البابوي، والذي رأى أن التطور لا يتعارض مع التعاليم الكاثوليكية .
أي عالم جادل بأن الداروينية كانت الإلحاد؟
تشارلز هودج