أما التنوع الحيواني فيضم من الثدييات الثعلب والغرير والوشق الإيبيري والذئب الإيبيري والماعز البري والقط البري والقواع وابن عرس والظربان والحرباء والسموريات والزباد والدب البني (مرقط قرب ريو مينيو قرب بينيدا غيريس) وغيرها الكثير. البرتغال همحطة للطيور المهاجرة في أماكن مثل سانت فينسنت كيب أو جبل مونشيكي حيث يمكن رؤية الآلاف من الطيور التي تطير من أوروبا إلى أفريقيا في الخريف أو في الاتجاه المعاكس في الربيع. تجتمع تلك الطيور في شبه الجزيرة الإيبيرية لقربها من أفريقيا. تضم البرتغال نحو 600 نوع من الطيور وكل عام تقريباً هناك سجلات جديدة. تضم الجزر بعض الأنواع الأمريكية والأوروبية والأفريقية الأصل، في حين يضم البر الرئيسي أصنافاً أوروبية وأفريقية.
يوجد في البرتغال ما يزيد على 100 نوع من الأسماك في المياه العذبة والتي تتنوع من سمك السلور الأوروبي العملاق (حديقة تيخو الطبيعية) إلى بعض الأنواع المستوطنة الصغيرة والتي تعيش فقط في البحيرات الصغيرة (المنطقة الغربية على سبيل المثال). بعضها نادر جداً في حين أن آخرين مهددون جداً بالانقراض بسبب ضياع الموائل والتلوث والجفاف. تصل أنواع الأسماك البحرية إلى الآلاف ومنها السردين والتونة والماكريل الأطلسي. يبرز التنوع البحري جيداً (من حيث الألوان والأشكال والأصناف) مع وجود العوالق المتوهجة مثلاً التي يمكن مشاهدتها في بعض الشواطئ. يمكن أيضاً في البرتغال مشاهدة ظاهرة ارتفاع مياه قاع البحر إلى السطح وخصوصاً على الساحل الغربي الأمر الذي يجعل مياه البحر غنية للغاية في المواد الغذائية والتنوع البيولوجي. المياه البحرية البرتغالية هي واحدة من أغناها في العالم من حيث التنوع البيولوجي.
هناك أيضاً العديد من أنواع الحشرات المستوطنة والتي لا توجد إلا في بعض الأماكن في البرتغال. بينما ينتشر البعض الآخر مثل خنفساء ظبي والزيز. الجزر الماكرونيزية (جزر الأزور وماديرا) تمتلك العديد من الأنواع المتوطنة (مثل الطيور والزواحف والخفافيش والحشرات والقواقع والرخويات) والتي تطورت بشكل مختلف عن أماكن أخرى في العالم بسبب مواقعها معزولة وبالتالي ظهرت هناك أنواع فريدة جداً. يمكن فقط في جزيرة ماديرا مراقبة أكثر من 250 نوعاً من الرخويات الأرضية. غابات الغار هو نوع فريد من الغابات شبه المدارية المطيرة في أوروبا وفي العالم. يوجد في ماديرا والأزور وكذلك في جزر الكناري في إسبانيا.
كم عدد أنواع أسماك المياه العذبة الموجودة في البرتغال؟
ما يزيد على 100