بعد فترة قصيرة من أحداث 11 سبتمبر 2001 وجهت الولايات المتحدة أصابع أتهام إلى تنظيم القاعدة وزعيمها أسامة بن لادن. في 16 سبتمبر 2001 صرح بن لادن من على شاشة قناة الجزيرة الإخبارية أنه لم يقم بتلك العملية التي وحسب تعبيره "قد يكون جماعة لهم أهدافهم الخاصة بهم وراء العملية" وفي 28 سبتمبر صرح بن لادن في صحيفة الأمة Daily Ummat أن ليس له اي علاقة بالضربة ولم يكن له علم بها  ومن الجدير بالذكر أن القوات الأمريكية عثرت فيما بعد على شريط في بيت مهدم جراء القصف في جلال آباد في نوفمبر 2001 ويظهر في الشريط أسامة بن لادن وهو يتحدث إلى خالد بن عودة بن محمد الحربي عن التخطيط للعملية وقد قوبل هذا الشريط بموجة من الفرح في الشارع العربي  ولكن بن لادن وفي عام 2004 وفي تسجيل مصور تم بثه قبيل الانتخابات الأمريكية في 29 أكتوبر 2004 أعلن مسؤولية تنظيم القاعدة عن الهجوم .
كم تم القبض عليهم في هجمات مومباسا 2002؟