لم تتوقف ثورات الخوارج في عهد هشام كما كانت الحال في أغلب فترة حكم الأمويين، وكان من أبرز ثوراتهم عليه ثورة «شبيب بن صحاري» الذي قُتلَ في معركة بالعراق سنة 119 هـ، كما شهدت السنة نفسها ثورة في الجزيرة، وشهدَ عهد هشام أيضاً ثورتين في المغرب وثالثة في الأندلس للخوارج. غير أن أكبر الثورات في عهده على الإطلاق كانت ثورة زيد بن علي بن الحسين. وقد بدأت ثورته بأن أرسلَ إليه أهل الكوفة يقولون له: «إنا لنرجو أن تكون المنصور وأن يَكون هذا الزمان الذي يهلك فيه بنو أمية». فردَّ عليهم: «إني أخاف أن تخذلوني وتسلموني كفعلتكم بأبي وجدي». لكنه استجابَ لهم على الرغم من ذلك وأعلنَ الثورة على هشام سنة 121 هـ وبايعه 15,000 رجل، وكانت تلك أول ثورة للشيعة منذ عهد مروان بن الحكم. وقد أمرَ هشام والي الكوفة «يوسف بن عمر الثقفي» بإخماد الثورة، فتوجَّه إلى زيد بن علي، وهُنا انفضَّ عنه أغلب من بايعه فلم يبقى ممن كان معه سوى 200 رجل، وقد هُزمَ وقُتلَ زيد في المعركة، ومع ذلك فقد حزنَ هشام على موته لكرهه سفك الدماء.
لماذا بقيت الجيوش الإسلامية المبكرة داخل المدن؟