في الفصل الثالث يتساءل داروين كيف للأنواع المختلفة "والتي دعوتها أنواع أولية" أن تصبح أنواع مميزة, وفي الاجابة على هذا التساؤل يقدم المبدأ الرئيسي الذي يسميه الانتقاء الطبيعي، ويضيف في الاصدار الخامس "لكن التعبير المستخدم عادة من قِبل السيد هربرت سبنسر القائل "البقاء للأصلح" هو أكثر دقة، وفي بعض الاحيان مناسب أيضًا على حد سواء".
ما الذي تم إدراكه فيما بعد والذي تسبب في تبني آليات طبيعية مثل اللاماركية الجديدة؟
أن تصبح أنواع مميزة, وفي الاجابة على هذا التساؤل يقدم المبدأ