خلال ثلاثينيات القرن الثالث عشر، غزت إمبراطورية المغول إمارة زاكاريان فضلاً عن بقية أرمينيا. شكل الجنود الأرمن جزءاً هاماً من جيش إلخانات. سرعان ما تلا الغزوات المغولية قبائل أخرى من آسيا الوسطى (قراقويونلو والتيموريين وآق قويونلو)، الأمر الذي استمر من القرن الثالث عشر حتى الخامس عشر. ضعفت أرمينيا حينها بسبب الغزوات المتواصلة التي جلبت الدمار إلى البلاد. خلال القرن السادس عشر اقتسمت الدولة العثمانية والدولة الصفوية أرمينيا فيما بينهما. بينما ضمت الإمبراطورية الروسية لاحقاً أرمينيا الشرقية (التي تتألف من خانات يريفان وقره باغ  في فارس الصفوية) في عامي 1813 و1828.
تحت الحكم العثماني، منح الأرمن حكماً ذاتياً واسعاً في مناطقهم وعاشوا في انسجام نسبي مع المجموعات الأخرى في الإمبراطورية (بما في ذلك الأتراك الحاكمين). رغم ذلك عانى الأرمن من التمييز لكونهم مسيحيين في ظل نظام اجتماعي إسلامي. عندما ضغطوا بالتمرد من أجل المزيد من الحقوق في إطار الإمبراطورية العثمانية، واجهتهم السلطات العثمانية بالمجازر الحميدية بين 1894 و1896 تحت حكم السلطان عبد الحميد الثاني. وتعد المجازر الحميدية سلسلة من المجازر التي نفذها السلطان العثماني عبد الحميد الثاني بحق المسيحيين القاطنين شرق الأناضول من الأرمن والاشوريين[؟] بين عامي 1894-1896، وراح ضحيتها ما بين 80,000-300,000. كما خلفت المجازر مع يقرب من 50,000 يتيم.
عدد الأرمن الذين تم ذبحهم بين عامي 1894 و 1896
80,000-300,000