مارس عبد الناصر سياسة ارتجالية ومتفردة في إدارة شؤون سورية. كانت العناصر المصرية تسير شؤون سورية، وبالذات من خلال مكتب المشير عامر. نقلت كميات من السلاح السوفييتي الحديث من سورية إلى مصر بحجة وحدة الجبهة والحاجة إليها في مصر، وكانت هناك خطط لنقل احتياطي الذهب من مصرف سورية المركزي إلى القاهرة. ازدادت المعارضة للوحدة بين بعض العناصر السورية الرئيسية، مثل النخب الاجتماعية والاقتصادية والسياسية والعسكرية. يذكر حسن التهامي في مذكراته أنه قبل الوحدة كانت الزراعة في سورية مربحة وكان فائض القمح السوري يصدر إلى الخارج، وكذلك كانت الصناعة مزدهرة، ولكن عبد الناصر أصدر مرسوما في يوليو 1961 يتضمن تدابير اشتراكية تقضي بتأميم قطاعات واسعة من الاقتصاد السوري، وهو ما تسبب في أزمة اقتصادية. أرجع ناصر تدهور الاقتصاد السوري لسيطرة البرجوازية الكاملة عليه. رفض عبد الناصر نصائح مقربيه حول ضرورة القيام بإصلاحات في سورية تأخذ بعين الاعتبار رأي ومخاوف السوريين وتجاهل تحذيرات حول مخاطر انهيار الوحدة، كان بعضها من صلاح الدين البيطار الذي قال لدى زيارته القاهرة:
كيف استجاب ناصر للمشاكل الاقتصادية في سوريا؟
بتأميم قطاعات واسعة من الاقتصاد السوري،