تبدأ العدوى عندما يدخل كائن حي (فيروس أو بكتيريا) الجسم بنجاح وينمو ويتضاعف بداخله، أغلب البشر لا يصابون بسهولة ولكن الضعفاء والمرضى الذين يعانون من سوء التغذية والمصابون بالسرطان أو السكري لديهم قابلية عالية للأمراض المزمنة ؛والمرضي بقمع الجهاز المناعي عرضي للأمراض الانتهازيه. الدخول لجسم المضيف يحدث عن طريق الفتحات مثل الفم والأنف والعين والأعضاء التناسلية والشرج كما أن الميكروبات يمكن أن تظخل عن طريق جروح مفتوحة، بعض الميكروبات يمكنها أن تنمو في المكان التي تدخل منه ؛الغالبية يهاجرون إلى أعضاء الجسم المختلفة. بعض الجراثيم تنمو ف الخلايا المضيفة بينما الاخر ينمو في سوائل الجسم. ليست كل الخلايا الاستعمارية مضرة للجسم فهناك بعض المستعمرات البكتيرية في جسم الإنسان غير معدية مثل بعض انواع البكتيريا اللاهوائية التي تستعمر قولون الثدييات وبكتيريا ال staph التي توجد علي جلد الإنسان؛ الفرق بين العدوى والاستعمار هي الظروف المحيطة فالكائنات الغير مؤذية يمكن أن تتحول إلى ضارة عند تغير بعض الظروف المحيطة مثل نقص في مناعة الانسان. المتغيرات التي يتوقف عليها نتيجه مهاجمة الميكروبات للخلايا:
ما المجموعة ليست مصابة بسهولة؟
البشر