Oltre all'amicizia nata con Samantha Carter, O'Neill confessa di tenere a lei molto di più di quello che il loro rapporto militare gli consenta.
Il regolamento li blocca dall'intraprendere una relazione amorosa.
I due non smettono comunque di amarsi.
Di ciò viene data la prova quando Sam rompe il fidanzamento con Pete, perché ancora innamorata di Jack.