Dal 1912 al 1915 lavorò come assistente non ufficiale di Max Planck.
Nel 1912 le condizioni di lavoro di Hahn e Meitner migliorarono, dopo che ebbero lasciato il laboratorio nei sotterranei dell'istituto di chimica, a causa del livello di radiazioni troppo elevato, e si trasferirono in un nuovo istituto creato appositamente per lo sviluppo delle scienze legate alla radioattività, potendo continuare le loro ricerche nella sezione di radioattività, fondata da Hahn nel nuovo istituto di chimica della "Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft" .
Fino al 1913 Lise Meitner continuò a lavorare gratuitamente, ma in quell'anno divenne finalmente membro scientifico retribuito del "Kaiser-Wilhelm-Institut für Chemie".
Durante la prima guerra mondiale lavorò come infermiera di radiologia per l'esercito austriaco in un ospedale militare del fronte orientale, mentre Otto Hahn era stato chiamato a partecipare ai progetti di ricerca sui gas asfissianti.