Da qui inizia il primo dei capitoli  del gioco, "Liquid Sun".
Nel corso del primo atto del gioco, Snake reincontrerà vecchi amici, tra i quali Otacon, che gli fornirà gli armamenti necessari per la sopravvivenza in battaglia, come il MK-II  e la benda oculare Solid Eye .
Le nuove conoscenze che Snake farà nel corso del gioco sono: la nuova FOXHOUND, capitanata da Meryl Silverburgh, vecchia amica di Snake, conosciuta in Metal Gear Solid, e Drebin, un trafficante d'armi assistito da un piccolo makako amante delle bevande gassate e dell'ozio.
Dopo aver affrontato Raging Raven, una squadra di soldati americani capitanati da Meryl viene annientata dalle truppe di Liquid, che si è impadronito del Sistema della nanomacchine.