Queste fatiche ebbero come risultato, nel 1840, la pubblicazione della sua opera in due volumi intitolata "Etudes sur les glaciers" .
In quest'opera si discuteva dei movimenti dei ghiacciai, delle loro morene, della loro influenza sull'erosione delle rocce e sulla formazione delle striature  osservate nei paesaggi di tipo alpino.
Agassiz non solo accettava l'idea di Charpentier secondo la quale alcuni ghiacciai delle Alpi si sarebbero estesi oltre le pianure e le valli per opera del fiume Aar e dal Rodano, ma si spinse oltre.
Nel 1847 fu nominato docente di zoologia e di geologia all'Università Harvard.