Dopo uno scontro armato, Oda e il figlio si suicidarono mentre il tempio fu dato alle fiamme per loro stesso ordine.
La riunificazione del Giappone nel 1590 e la sconfitta di tutti i clan rimanenti fu portata avanti da Toyotomi Hideyoshi .
Tuttavia, il clan Hideyoshi fu subito indebolito dalla sconfitta nelle due guerre di Corea, pianificate per conquistare la Cina della Dinastia Ming.
Dopodiché, il periodo è caratterizzato da episodi di repressione del cristianesimo.