Nonostante un rendimento altalenante della squadra nella prima metà di stagione, che portò a far vociferare di un possibile trasferimento di Riise stesso già nella finestra invernale di calciomercato, nel corso del 2009 le prestazioni del norvegese si resero più solide, venendo peraltro coronate dalla prima marcatura di sempre in terra italiana, proprio contro l'Inter .
Dimostrò buone doti anche come centrale di difesa, ruolo al quale venne adottato in via straordinaria nella gara di ritorno degli ottavi di Champions League contro l' , che i giallorossi persero solo ai tiri di rigore.
Il 5 novembre 2009 realizzò la sua prima marcatura in UEFA Europa League, contribuendo al successo dei romanisti sul .
Il 23 gennaio 2010 siglò il gol-vittoria nella trasferta di campionato contro la , riportando la Roma alla vittoria a Torino a 9 anni dall'ultimo precedente.