L'11 febbraio 2009, Favre informò i Jets della decisione di ritirarsi dopo 18 stagioni.
Le sue prestazioni rimasero di proprietà dei Jets fino al 29 aprile 2009, quando la squadra lo rilasciò.
A maggio 2009 fu ufficialmente nelle lista dei ritirati dei Jets.
Nel settembre 2009, Favre fece ancora fare notizia ai Jets, quando la NFL venne a conoscenza del fatto che i Jets temevano si fosse infortunato nella settimana 11 della stagione precedente, multando la squadra per non aver messo a conoscenza la lega dell'infortunio.