Quando le truppe francesi raggiunsero il Veneto, Aviano andò a combattere e Fracastoro lo seguì come medico.
Gli orrori della guerra furono ricordati da Fracastoro nel suo ""De Morbo Gallico".
Dopo la guerra Fracastoro fece ritorno a Verona dove trovò la città distrutta e mise la sua arte medica al servizio del popolo.
Egli curò indifferentemente ricchi e poveri senza pretendere onorario.