Nel 1550 divenne feudataria di Seclì, con il titolo ducale, la nobile famiglia spagnola dei "D'Amato" giunta in Italia al seguito degli aragonesi.
Nel 1686 passò ai Sanseverino, nel 1796 ai baroni Rossi, signori di Caprarica di Lecce, ed infine nell'Ottocento ai "Papaleo".
Nel 1861, con l'Unità d'Italia e con la nascita del Regno d'Italia, Seclì divenne un comune della provincia di Terra d'Otranto.
Nel 1930 fu annesso al Comune di Aradeo, divenendone una frazione.