Tuttavia, anche in questa occasione, nel quadro di una strategia di attesa per vedere se Margherita fosse o no in grado di concepire un erede, i francesi non concessero nulla, cosa che non poterono più fare una volta che nel gennaio del 1562 nacque Carlo Emanuele, erede di Emanuele Filiberto e futuro duca.
Percependo vicina la fine dell'occupazione, la truppa francese, dietro permesso del comandante Carlo de Brissac, si lasciò andare a saccheggi, estorsioni e ruberie che inimicarono alla Francia tutta la popolazione piemontese che a quel punto invocò il ritorno del duca.
Assieme alle vecchie fortificazioni  furono distrutti talvolta, come a Moncalieri, quartieri abitativi.
Da qui le sue cure, già dai primi mesi del ritorno in Piemonte, a Nizza e poi a Vercelli, per una riforma del sistema fiscale e per la creazione di una struttura militare permanente.