Il nome generico, "Giganotosaurus", deriva dal greco antico per "Gigas"/γίγας , "notos"/νότος  e -"sauros"/-"σαύρος" .
Il nome specifico, "carolinii", onora Carolini, il suo scopritore.
Lo scheletro olotipo è ora ospitato all'Ernesto Bachmann Palaeontological Museum di Villa El Chocón, inaugurata nel 1995 su richiesta di Carolini.
Nel 1996, il paleontologo americano Paul Sereno e colleghi descrissero un nuovo cranio del relativo genere "Carcharodontosaurus" dal Marocco, un teropode descritto nel 1927, ma in precedenza conosciuto solo per resti frammentari .