Alla fine del conto alla rovescia, il giorno finisce e la Dolphin andrà nella bassa orbita del pianeta assieme alle Cipolle fino all'alba del nuovo giorno.
I Pikmin sono molto fragili, e a causa dei nemici e dei pericoli, possono morire facilmente se il giocatore non fa attenzione.
Se tutti i Pikmin di un tipo muoiono, si verificherà un'estinzione parziale, e se non ne rimane più nessuno, si verificherà un"'estinzione di Pikmin" e il giorno finirà immediatamente.
I Pikmin si nutrono anche di nettare, che fa sbocciare immediatamente la loro foglia.