Dopo due settimane Frusciante venne avvisato da Flea che i Thelonious Monster , stavano tenendo un'audizione per un chitarrista, ma lo avvisò che comunque loro avrebbero avuto la precedenza sull'ingaggio se ne avessero avuto bisogno.
Frusciante passò l'audizione a cui assistette anche Anthony Kiedis e nel tardo pomeriggio dopo averne parlato insieme a Flea, intorno alle 18:00, Frusciante venne chiamato e gli venne chiesto di diventare il nuovo chitarrista ufficiale dei Peppers, proposta che John accettò con grande entusiasmo ed effettivamente entrò nella band poco prima di Chad Smith.
John divenne il membro chiave del gruppo nell'epoca di "Mother's Milk": l'album, uscito nell'agosto del 1989, ebbe un buon successo, permettendo al gruppo di iniziare a farsi conoscere in ambito internazionale.
L'album presenta forti influenze funk-metal, in parte accentuate e portate all'estremi dal produttore dell'album , con parti di chitarra spesso veloci e molto ritmate.