Alla prima giornata i giallorossi pareggiano per 1-1 in casa con la Casertana  e la truppa di Mister Tosi conclude il girone di andata in posizione di metà classifica.
Nel mercato invernale il capitano Manuel Pera viene ceduto al Pontedera in Prima Divisione.
Nel girone di ritorno i giallorossi invece iniziano bene ma nel mese di febbraio incappano in un trend negativo di risultati che costa la panchina a Marco Tosi.
Al suo posto arriva in Viale Marconi Archimede Graziani , ma il Poggibonsi sembra aver smarrito il gioco che lo aveva contraddistinto nel girone di andata e chiude il campionato al 16º posto retrocedendo così matematicamente in Serie D il 13 aprile 2014 dopo la sconfitta casalinga subita contro la Vigor Lamezia per 0-2.