Nella stagione 2000-2001 realizzò 9 reti, mentre quella successiva soltanto 3, ma si rese comunque protagonista contro il Norwich il 16 gennaio 2002 in una partita di Coppa d'Inghilterra: su un'azione di calcio d'angolo il pallone arriva verso Zola a mezz'altezza, quest'ultimo lascia scendere leggermente la palla e la colpisce col tacco destro facendola passare sotto la gamba sinistra infilandola in rete.
Questa rete è annoverata tra i gol più belli della storia del calcio.
Dopo 14 reti nella stagione 2002-2003, Zola decise di ritornare in Italia.
Con il Chelsea giocò complessivamente 7 stagioni e, in 229 presenze, realizzò complessivamente 59 reti.