Risalgono a quell'epoca i suoi buoni rapporti con papa Giulio I e la Chiesa di Roma.
Così la Chiesa d'Occidente, che era fermamente dalla parte di Atanasio, fu coinvolta nella disputa dell'arianesimo.
La Chiesa d'Oriente, abituata all'attività speculativa e culturalmente vivace, presentava molte posizioni diverse, che andavano dall'arianesimo puro alle infinite sfumature del semi-arianesimo.
Atanasio poté rientrare nuovamente ad Alessandria il 22 ottobre 346, dopo un viaggio trionfale che lo portò anche ad essere ricevuto da Costanzo II e ad incontrare alcuni dei suoi acerrimi rivali.