Né Abacha, né Abubakar tolsero il decreto che aveva sospeso la costituzione del 1979, e la costituzione del 1989 non venne completata.
L'autorità e l'indipendenza del potere giudiziario fu limitata in maniera significativa durante l'era di Abacha dal regime militare che si arrogava il potere giudiziario e la proibizione di qualsiasi giudizio da parte di una corte giudicante sulle proprie azioni.
Il sistema giudiziario continuò ad essere afflitto dalla corruzione e dalla mancanza di risorse dopo la morte di Abacha.
Nel tentativo di alleviare questi problemi, il governo di Abubakar aumentò le paghe dei dipendenti pubblici del settore e fece altre riforme.