Il giocatore della svolta in quegli anni fu il quarterback Joe Montana, allenato in panchina da Bill Walsh, cui si aggiunsero il running back Roger Craig nel 1983 e il wide receiver Jerry Rice nel 1985.
Negli anni novanta, Montana fu sostituito da un altro quarterback membro della Pro Football Hall of Fame, Steve Young, che portò il quinto Super Bowl alla franchigia battendo nel 1994 i San Diego Chargers.
Dopo il ritiro di Young nel 1998, la squadra sperimentò delle annate difficili.
All'inizio della stagione 1949, la prima nella NFL, i 49ers adottarono tre strisce nelle loro maglie rosse, indossando caschi e pantaloni color oro, senza strisce, e calzini rossi con tre strisce.