Il 24 ottobre 2003 era stato nominato allenatore l'ex centrocampista del Bordeaux Michel Pavon.
Più tribolata fu la stagione 2004-2005, conclusa addirittura al quindicesimo posto.
A causa di problemi di salute nel giugno 2005 Pavon dovette ritirarsi, continuando la carriera come "scout".
Con undici vittorie di fila nelle ultime undici giornate il Bordeaux stabilì un nuovo primato per la massima serie francese .