In precedenza l'imperatore si era sposato con Beatrice di Borgogna, di cui Baudolino s'innamora, ma questo amore proibito lo tormenta per buona parte della sua vita.
Baudolino viene coinvolto come consigliere dell'imperatore nelle questioni italiane, in particolare con la città di Milano, che resiste ai numerosi assedi dell'esercito, inoltre, terminati i suoi studi, Baudolino viene inviato come ambasciatore nelle città italiane, dove viene coinvolto nella fondazione di Alessandria  e quando Federico rimane ferito in un assedio Baudolino gli parla della lettera del Prete Giovanni, ma durante una missione di spionaggio di Baudolino per conto dell'impero, fa amicizia con il monaco Zosimo, che ruba l'idea della lettera del Prete Giovanni, facendola recapitare per primo a Andronico I Comneno, tuttavia Zosimo viene scoperto e fatto prigioniero da Baudolino.
Dunque il padre per raggiungere il Regno del Prete Giovanni  partecipa alla terza crociata guidata da Federico, .
la crociata procede seguendo come filo conduttore la ricerca della mitica terra del Prete Giovanni, leggendario re-sacerdote di un immenso stato nestoriano in estremo oriente.