Lotario diede subito esempio d'esercizio di potere, accogliendo un'istanza dell'Abbazia di Farfa contro la Santa Sede, accusata di essersi indebitamente appropriata di beni dell'Abbazia, e imponendo la restituzione alla medesima dei beni in questione.
La sentenza fu accolta con gran disappunto dalla Curia romana, ma con soddisfazione dalla nobiltà filofranca, che organizzò una rivolta contro il potere ecclesiale, i cui capi furono il primicerio dei notai romani, Teodoro  e suo genero, il "nomenclator" Leone.
La rivolta fu immediatamente repressa e i due capi furono accecati e poi decapitati.
Papa Pasquale dovette affrontare il problema delle persecuzioni iconoclaste nell'Impero bizantino, iniziate dall'imperatore Leone V ricevendo una richiesta di aiuto da parte di Teodoro Studita, che non poté però esaudire se non scrivendo reprimende all'imperatore.