La città è in seguito occupata dai nazisti con la zelante collaborazione del prefetto Papon.
Il porto di Bordeaux acquisisce durante la guerra un ruolo nuovo e importante nell'economia di guerra del Reich.
Una base sottomarina in calcestruzzo viene costruita  e dei cargo forzano il blocco britannico per approvvigionare la Germania di materie prime  provenienti dall'Estremo Oriente.
Il sindaco di Bordeaux, Adrien Marquet, s'impegna nella collaborazione al fianco di Marcel Déat con il quale aveva fondato prima della guerra il partito dei neo-socialisti, vicini alle idee fasciste.