Duncan chiuse la stagione 1997-98 vincendo il Rookie of the Year con la media di 21,1 punti e 11,9 rimbalzi a partita mentre gli Spurs finirono con un record 56-26 e furono eliminati ancora dagli Utah Jazz.
Nel 1998-99 venne acquistato Steve Kerr, con una stagione meravigliosa chiusa con un record 37-13 gli Spurs vincono il loro primo titolo, eliminando ai Playoff i Minnesota Timberwolves per 4-1, i Los Angeles Lakers per 4-0, i Portland Trail Blazers per 4-0 e sconfiggendo nelle NBA Finals per 4-1 i New York Knicks.
Quell'anno si portarono a casa anche il McDonald's Open.
Al primo turno dei playoff gli Spurs hanno sconfitto i Denver Nuggets 4-1, e i Phoenix Suns 4-2 nel secondo.