Uno studio filogenetico del 2007 fornisce le relazioni dell'morso malese con altre specie di Ursidae sulla base di sequenze complete di DNA mitocondriale, come mostrato nel cladogramma sottostante.
Si stima che il lignaggio genetico orso bruno/orso polare si sia separato geneticamente dai due orsi neri/morso malese circa 6,72-5,54 milioni di anni fa ; l'morso malese sembra essersi separato dai due orsi neri tra 6,26-5,09 Mya.
e 5.89-3.51 Mya.
Una colorazione del pelo simile si può trovare intorno al muso e agli occhi.