Il quartiere a ridosso del fiume, nella parte centrale della città, era noto come Fyrisholmen, poi divenuto Kvarnholmen, e le sponde a sud erano note come Islandet, probabilmente a causa dell'accumulo di blocchi di ghiaccio in primavera, depositati dal fiume in piena.
Le sponde erano collegate in quell'area da due ponti.
La città crebbe in maniera non strutturata fino al XVII secolo, e fu rallentata da diversi incendi, e dalla guerra civile sfociata nel 1520 nella battaglia del Venerdì Santo.
La cattedrale di Uppsala sorge in Domberget, nel quartiere di Fjärdingen.