Negli anni sessanta del XVIII secolo si provvide, con il sostegno dei cittadini e dell'Università, ad innalzare il nuovo edificio.
Aperto al culto nel 1767, accolse al suo interno la confraternita del SS.
Sacramento, già istituita nel 1758, e, in seguito, la confraternita dedicata a Santo Stefano, fondata per iniziativa di alcuni cittadini e approvata nel 1834.
Ancora una volta la storia di questo edificio religioso asseconda le esigenze devozionali e demografiche del Casale della Trinità e, risultando troppo piccolo per accogliere il gran numero dei fedeli, fu ricostruito a partire dal 1882 su un progetto dell'architetto Raffaele Mastrapasqua.