Ciò indebolì i mujahidin che si trovarono a fronteggiare il nuovo movimento dei talebani, fondato nel 1994 da Mohammed Omar che aveva combattuto i sovietici dal 1983 al 1991.
Dopo la caduta dello Stato Islamico dell'Afghanistan nel 1996, e l'instaurazione dell'Emirato Islamico dei talebani, i mujahidin si allearono per contrastare la minaccia talebana.
I mujahideen formarono l'Alleanza del Nord e si scontrarono contro i Talebani per il controllo del paese afghano e iniziò una terribile guerra civile.
Nonostante i combattenti talebani fossero reclute inesperte, perlopiù provenienti dai campi profughi e dalle scuole religiose del Pakistan, la superiorità numerica verso i mujahidin portò il movimento a controllare il 90% del paese alla vigilia dell'11 settembre.