Fu deciso quindi di costruire una chiesa di irraggiunta grandezza per onorare in giusto modo le reliquie dei tre magi: nel 1248 fu posata la prima pietra del duomo di Colonia.
Ben presto la città divenne città imperiale ed immediata, cioè indipendente e solamente soggetta all'alta potestà dell'imperatore, mentre il suo arcivescovo avendo costituito un principato elettorale nell'ambito dell'Arcidiocesi di Colonia, pose la propria sede a Bonn non potendo soggiornare in città per più di tre giorni senza il permesso del Magistrato cittadino.
Nel 1349, la notte del 23/24 agosto, avvenne il pogrom della notte di San Bartolomeo.
Nel 1424 fu proclamato la espulsione di tutti gli ebrei; bando che dette inizio alla diaspora degli ebrei verso l'est europeo.