Una volta ottenuto il titolo di Granduca di Toscana da papa Pio V nel 1569, mantenne la divisione giuridica ed amministrativa tra il Ducato di Firenze  ed il Ducato di Siena (detto "Stato Nuovo", quindi tenendo le due zone sapientemente separate e con magistrature proprie.
Rinnovò l'amministrazione della giustizia, facendo emanare un nuovo codice criminale.
Rese efficienti i magistrati e la polizia.
Le sue carceri erano tra le più temute d'Italia.