Nel 476 la regione viene annessa da Odoacre e nel 489 da Teodorico re degli Ostrogoti.
I Bizantini non raggiungeranno mai la val Pusteria dopo aver sconfitto gli Ostrogoti nella Guerra gotica , cosicché l'intera valle viene occupata dai Longobardi nel 553 e dai Bavari nel 560.
I Franchi subentrarono nel 774.
Nessuno di questi popoli ha lasciato testimonianze a Villabassa, ma, proprio a partire dall'Alto Medioevo, la germanizzazione della lingua sostituì progressivamente quella latina e celtica antecedenti.