Nel XII secolo Magliano è già una fortezza ben munita e importante, tanto che ospita nel 1155 Adriano IV e Federico Barbarossa ed è soggetto al papato.
Nel 1278 gli abitanti sono circa 1.500.
In questo periodo si scontra con il comune Narni, con cui stabilisce un patto di amicizia.
Nel 1700 « … questa Città videsi nella dura necessità, che questa Popolazione dovesse abbandonare le proprie Case, e fissare la rispettiva residenza chi negli Orti esistenti dentro la medesima, e chi nelle proprie Campagne... ». Inoltre «Nella Comunità di Magliano in Sabina per causa di terremoti, e tempi di piogge, molte famiglie oneste muoiono per la fame, per cui si deve provvedere... ».