Disegnò una linea sul muro del blocco dei bambini, alta circa 150 centimetri, ordinando l'esecuzione nella camera a gas di chi non raggiungeva tale misura.
Quando un capannone venne infestato dal tifo, Mengele decise di uccidere tutte le 750 deportate che vi risiedevano.
Il 25 maggio del 1943 ordinò la morte di 528 donne e 507 uomini per evitare una nuova epidemia di tifo.
In aggiunta alle sue mansioni come medico del campo, Mengele conduceva "ricerche" sui gemelli monozigoti, sui nani e su bambini nati con anomalie; i soggetti dei suoi esperimenti erano scelti nell'intero campo di Auschwitz.