Nel 1906 accettò l'offerta del radical-socialista Ferdinand Sarrien e divenne Ministro dell'educazione.
A causa di questa sua scelta fu espulso dal Partito Socialista Francese; fondò allora un proprio partito, i "Socialisti Repubblicani", i quali perseguirono una linea non marxista.
Rimase Ministro dell'educazione fino al 1909 e diede quindi applicazione alla nuova legislazione coerente alla separazione fra Stato e Chiesa.
Grazie alla propria abilità diplomatica riuscì a trovare un compromesso con il Vaticano.