Dopo una lunga guerra civile, Aulnay venne nominato governatore dell'Acadia nel 1647.
Durante la sua amministrazione Aulnay fece enormi sforzi per colonizzare l'Acadia: costruì tre forti, fece insediare una ventina di famiglie dalla Francia e ordinò il dissodamento dei terreni vicini a Port-Royal, a Pentagouet e a Saint-Jean.
Per rifornire gli acadiani di vettovaglie, ogni anno venivano tre-quattro navi dalla Francia.
Nell'inverno tra il 1665 e il 1666 l'intendente francese Jean Talon promosse un censimento nella Nuova Francia.