La conversione di Dooku al Lato Oscuro comincia con l'assassinio del Maestro Jedi Sifo-Dyas, suo ex-amico e confidente nell'Ordine ; per far ciò Dooku si accorda con il sindacato Pyke, utilizzando lo pseudonimo di Tyranus, affinché l'organizzazione criminale attaccasse lo Shuttle Jedi 775519 di Sifo-Dyas, il quale era stato inviato su Oba Diah  dal Cancelliere Supremo Finis Valorum  insieme al suo assistente Silman.
Sifo-Dyas muore nell'attacco allo shuttle e il suo corpo è poi dato a Dooku mentre Silman, scampato per miracolo alla morte, è catturato e imprigionato dai Pyke.
A seguito di ciò, quando assume il controllo dei piani di Sifo-Dyas per creare un esercito di cloni per la Repubblica, Dooku approfitta del suo rango di Maestro per accedere al database del Tempio Jedi e cancellare ogni riferimento al pianeta Kamino dagli Archivi Jedi.
Il tempestivo intervento di Mace Windu, Yoda e di molti altri Maestri Jedi a capo del neonato esercito di cloni salva i tre e il conflitto tra le truppe di cloni e di droidi si sviluppa nella battaglia di Geonosis; durante essa Dooku cerca di fuggire portando con sé i piani di un'arma micidiale, la "Morte Nera", ma la sua fuga viene ostacolata dall'intervento di Obi-Wan e Anakin.