L'onagro e il kulan apparterrebbero, secondo alcuni studiosi, alla stessa sottospecie, ma secondo gli attuali studi di genetica molecolare sulla filogenesi degli equidi le due popolazioni possono essere chiaramente differenziate l'una dall'altra.
Un'altra sottospecie, l'asino selvatico del Gobi , viene talvolta separata dall'emione a causa della diversa colorazione del mantello, ma gli esperti fanno notare quanto la colorazione sia molto variabile anche in seno alla stessa popolazione.
Tuttavia, il fatto che tutte le sottospecie siano di origine monofiletica non è stato confermato dalle analisi del DNA del 2009, in quanto l'onagro è risultato essere più strettamente imparentato con la zebra di montagna.
Di poco più giovane è la sottospecie fossile "E. h. nalaikhaensis", della Mongolia, i cui resti provenienti dai depositi del fiume Tuul risalgono all'epoca dell'evento di Jaramillo, un fenomeno di inversione del campo magnetico terrestre avvenuto circa anni fa.