Gli affeschi tardobarocchi del presbiterio sono invece databili agl'inizi del Settecento, secolo che si concluse con una provvisoria soppressione del convento ; la chiusura definitiva del convitto francescano avvenne nel 1810.""
Tra gli affreschi settecenteschi collocati sulle pareti interne dell'edificio, un dipinto situato alla base destra dell'arco trionfale raffigura Sant'Ambrogio nell'atto di indicare la chiesa sul monte Barro come la località dove far portare una statua mariana.""
Questa scultura, che la tradizione popolare vuole esser stata donata dallo stesso vescovo milanese, è tuttora conservata all'interno della chiesa.""
Nell'ottobre 2003 la proprietà passò al comune, il Parco del Monte Barro acquistò il giardino storico di circa 7000 m², un'ala della dimora e la dipendenza di 635 m² di superficie utile in cui, dal 2006, ospita la sede centrale del "Centro Flora Autoctona della Regione Lombardia".