Il 3 vendemmiale IX anche la Cisalpina fu affidata come la Francia ad un triumvirato, il "Comitato di governo", composto da Giovanni Battista Sommariva, Sigismondo Ruga e Francesco Visconti.
Al vertice del dipartimento della guerra venne designato Giovan Battista Bianchi d’Adda, a quello degli affari interni e esteri Francesco Pancaldi, Ambrogio Soldini fu nominato ispettore generale del dipartimento delle finanze, mentre a Smancini venne attribuito quello della polizia e giustizia.
Nel frattempo, a far data dal 1º vendemmiale IX Napoleone decretò che il territorio della repubblica fosse ampliato ad ovest annettendogli il Novarese, che la Lombardia aveva perso nelle varie guerre del Settecento: il 6 brumaio venne quindi creato il Dipartimento dell'Agogna.
Ci fu poi il trattato di Lunéville del 9 febbraio 1801 che portò a un nuovo assetto territoriale dell'Italia, tra cui il ripristino della Repubblica Piemontese con il nome di Repubblica Subalpina.