Una volta sistemata l'imbarcazione, questi scelsero di tornare indietro e riattraversare il Pacifico, seguendo, in senso contrario, la rotta fatta fino a quel punto.
L'ultima nave rimasta, la "Victoria" al comando di Juan Sebastián Elcano, attraversò l'Oceano Indiano e, dopo aver doppiato il Capo di Buona Speranza, giunse prima nelle Isole di Capo Verde  e infine a San Lucar presso Siviglia il 6 settembre 1522 .
Dei sessanta superstiti presenti sulla "Victoria"  quando era salpata dal Brunei, solo diciotto giunsero vivi a Siviglia, malmessi, denutriti e alcuni ammalati; tra loro Pigafetta, insieme ad un altro italiano, Martino de Judicibus.
Tuttavia portavano con sè un grosso carico di preziose spezie: i chiodi di garofano, quindi la spedizione non era stata un fallimento, perché poteva ripagare le spese degli armatori.