Nel campionato di 1995-1996 approdò sulla panchina silana l'allenatore Bortolo Mutti, che disputò una buona stagione senza patemi, conducendo i suoi all'undicesimo posto finale, con un organico che aveva in Cristiano Lucarelli e Tomaso Tatti le sue punte di diamante.
Più complicata fu la stagione 1996-1997: il Cosenza di Gianni De Biasi, esonerato dopo 15 giornate con la squadra fuori dalla zona retrocessione per far spazio a Franco Scoglio, a sua volta esonerato dopo altre 12 giornate  e sostituito con il rientrante De Biasi.
La squadra retrocesse in Serie C1 negli ultimi minuti di gioco dell'ultima giornata di campionato.
La stagione 2001-2002, caratterizzata anche dai derby con la Reggina e il Crotone, si conclude con una salvezza conquistata a Empoli nell'ultima giornata di campionato; segue l'anno nero del calcio cosentino  con la cancellazione a fine torneo da tutti i campionati professionistici dopo quasi 90 anni di storia.