Con pochi indizi, fermando ed interrogando tutti i navigli avvistati, Nelson giunse a Malta solo pochi giorni dopo che la flotta francese, che scortava centinaia di navi da trasporto, aveva lasciato l'isola e posto termine al secolare governo dell'Ordine dei Cavalieri di Malta saccheggiandone il tesoro.
A quel punto Nelson iniziò a sospettare, e lo scrisse a Spencer, che i francesi avessero in animo di impadronirsi di Alessandria d'Egitto e di trasportare le truppe in India.
Si affrettò dunque verso Alessandria, ma vi giunse addirittura prima dei francesi.
Se fosse arrivato poche ore dopo avrebbe sorpreso nel porto non solo la flotta di Brueys ma anche tutte le navi da trasporto, con l'armata francese e lo stesso Napoleone alla sua completa mercé.