Vigilio dichiarò a Giustiniano di ritenere nulle le decisioni del concilio.
L'imperatore rifiutò lo scritto e ordinò di cancellare il nome di Vigilio dai "Dittici" di tutte le chiese ; fece inoltre arrestare i diaconi del seguito del papa, lasciandolo completamente isolato.
E Vigilio, debole, malato e preoccupato di una deposizione, nuovamente ritrattò la sua posizione, approvando i canoni conciliari con una lettera dell'8 dicembre 553 al patriarca Eutichio, e riaffermando poi in dettaglio la sua decisione con la Costituzione apostolica del 26 febbraio 554.
Così, alla fine di un doloroso soggiorno durato otto anni, dopo essersi accordato con l'imperatore, al papa fu concesso di tornare a Roma.