Nello stesso anno, Verón venne eletto miglior giocatore del Sudamerica, vincendo il premio per il Calciatore sudamericano dell'anno.
Nel 2009 vinse la Coppa Libertadores con la maglia dell'Estudiantes, e a dicembre fu eletto per la seconda volta consecutiva Calciatore sudamericano dell'anno.
Nel 2010 vinse il Torneo Apertura.
Nel 2011 annunciò il suo ritiro in occasione dell'ultima partita dell'Apertura 2011, salvo ripensarci e decidere di proseguire per altri sei mesi.