La grande rotta del Reno del 1457 spostò l'alveo del fiume, che prima scorreva ad ovest di Cento, tra le due comunità, accentuando così ancora di più la divisione tra i due borghi.
Man mano che l'autorità temporale del vescovo di Bologna andava diminuendo, cresceva la volontà di potenza ed autonomia dei Comuni di Cento e di Pieve, decisi a strappare concessioni di terre e benefici.
Il Comune di Bologna però, deciso anch'esso ad accrescere il suo territorio, dopo essere riuscito già nel 1334 a farsi concedere in affitto queste terre dal vescovo Bertrando di Furnel, nel 1381 ottenne che esse entrassero a far parte del territorio bolognese, pur riconoscendo loro una larga autonomia e numerosi privilegi legali e commerciali.
Legato da allora alla città di Bologna, il cento-pievese nei secoli XIV e XV seguì le sorti politiche del comune emiliano, finché nel 1502 passò sotto la dominazione estense quale dono di nozze del papa Alessandro VI Borgia alla figlia Lucrezia, andata in sposa ad Alfonso I d'Este duca di Ferrara.