In realtà dall'estate 1941 era stata presa una decisione per la soluzione del "problema ebraico" che avrebbe coinvolto in modo decisivo il complesso concentrazionario in continua espansione di Auschwitz.
Dopo il colloquio tra Himmler e Höss in cui il capo delle SS motivò il ruolo centrale assegnato ad Auschwitz anche con la sua vicinanza ad importanti reti ferroviarie, Eichmann visitò il sito e studiò insieme a Höss i problemi dei trasporti.
Nel frattempo il vice di Höss, Karl Fritzsch, sperimentò ad Auschwitz, in una cella del bunker, l'impiego di acido cianidrico, disponibile nel campo per la disinfestazione da parassiti, su alcuni prigionieri russi; poco dopo Höss assistette ad un secondo esperimento organizzato nell'obitorio del campo principale; il comandante di Auschwitz si convinse dell'efficienza del metodo e così da febbraio 1942 l'obitorio divenne la prima camera a gas con due forni nel crematorio.
In autunno era arrivato ad Auschwitz l'ingegnere Kurt Prüfer, esperto delle SS di crematori, dipendente della società J.A.