Oltre alle aggressioni dall'esterno, non mancarono i conflitti interni: il signore di Forlì, Girolamo Riario, fu vittima di una congiura.
Il pontefice non intervenne con prontezza per avocare alla Santa Sede il governo diretto della città, ripiegando sulla concessione del vicariato al figlio del Riario, Ottaviano.
Nell'autunno dello stesso anno Perugia si ribellò al dominio del Papa: la famiglia dei Baglioni cercò di rendersi completamente autonoma dal Papa.
Molti sono gli errori nelle date riportate sulle due lapidi presenti nel monumento funebre in San Pietro.