I siti di legame sono isolati dall'ambiente acquoso in cui sono immersi dal momento che alcune catene laterali poste in prossimità del sito di legame tendono a respingere le molecole d'acqua; è inoltre sfavorevole per una molecola d'acqua dissociarsi dalla rete di legami idrogeno con cui è interconnessa alle altre molecole d'acqua per reagire con una catena laterale di un amminoacido del sito di legame.
Il ligando può essere attratto mediante alcuni espedienti, come il raggruppamento in siti specifici di amminoacidi provvisti di carica, che sono quindi in grado di attrarre più facilmente ligandi di carica opposta e nel contempo di respingere quelli con la stessa carica.
Le possibili interfacce tra una proteina e il suo ligando sono molti, tra le più comuni le interazioni superficie -stringa , oppure elica-elica , o ancora, più comunemente delle altre due, superficie-superficie .
Le lectine sono proteine altamente specifiche per determinati zuccheri.