Egli è il cervello dietro una grossa operazione di mercenari in Outer Heaven e controlla l'intera nazione con un pugno di ferro.
È stato Big Boss a spingere la NATO ad inviare Solid Snake, il suo agente meno esperto, diffondendo informazioni errate in Occidente.
Ma non ha calcolato che il giovane ce la potesse fare, e ora deve affrontarlo in un combattimento feroce.
La missione di Snake consiste nel destituire il dittatore di Zanzibar Land, che si rivela essere nuovamente Big Boss, che possiede un altro Metal Gear, denominato Metal Gear D ed ha tra i suoi ranghi Gray Fox.