Tra il 1449 e il 1479 il monastero fu chiuso per carenza di vocazioni e trasformato in commenda, affidata a Giovanni Barbo.
Gli edifici andarono in grave disuso, per poi risorgere quando vi subentrò la congregazione Benedettina Cassinese di Santa Giustina di Padova il 13 marzo 1480.
Successivamente il complesso fu affidato al monastero di San Giorgio Maggiore di Venezia, che lo ricostruì, applicando nel cortile centrale il grande tondo con lo stemma del protettore San Giorgio, per dare evidenza di chi fosse da quel momento il nuovo proprietario.
Nel 1489 anche la chiesa, paragonata per grandezza e bellezza al duomo di Treviso, fu restaurata e ingrandita con l'elevazione delle navate laterali, permettendo così la creazione di un secondo piano di chiostro illuminato da bifore.