Nell'agosto del 551 Vigilio, che si era rifugiato in una chiesa con il suo seguito, fu raggiunto da un distaccamento di polizia imperiale guidato dal "praetor plebis".
Il clero che cercava di proteggerlo venne malmenato ed il Papa fu aggredito.
Vigilio si avvinghiò all’altare, mentre gli aggressori lo tiravano per la barba e per i piedi, finché l'altare gli cadde addosso; siccome sopraggiunsero molte persone, i gendarmi preferirono allontanarsi lasciando Vigilio tramortito e atterrito.
Venne successivamente segregato nella sua residenza costantinopolitana, da cui nella notte del 23 dicembre fuggì rocambolescamente  per rifugiarsi a Calcedonia.