Nella stagione 2007/2008 l'Isernia arriva 14^ nel campionato di Eccellenza Molisana e retrocede in Promozione dopo essere stata sconfitta nei playout contro la Frentana Larino.
Viene comunque ripescata in Eccellenza al posto del rinunciatario Scapoli.
Nella stagione 2008/2009 l'Isernia Pentra Sport si piazza nuovamente 14^ nel campionato di Eccellenza.
Nel maggio 2009, a seguito della sconfitta nei playout contro il Guglionesi, retrocede in Promozione Regionale.