Si formano in risposta a condizioni ambientali sfavorevoli, ad esempio temperature non ottimali, scarsa presenza di nutrienti o di acqua.
Durante lo sviluppo di un'endospora le funzioni vitali principali della cellula, come l'accrescimento vegetativo o la divisione cellulare, si arrestano.
La spora si forma all'interno della cellula e la sua costruzione utilizza le risorse dell'organismo.
Le spore delle diverse specie hanno spesso forma caratteristica, possono essere allungate, ovali, simmetriche o asimmetriche, con superficie liscia o rugosa, con o senza appendici