Indiana invece si è nascosto, ma Katanga, per salvarlo, dichiara di averlo ucciso.
Indiana riesce così a imbarcarsi sul sommergibile che trasporta l'Arca fino a un'isoletta a nord di Creta, dove Belloq è intenzionato a compiere un rituale ebraico per controllare la veridicità della reliquia, prima di portarla al cospetto di Adolf Hitler.
Indiana si camuffa da soldato nazista e minaccia Belloq di far saltare l'arca pur di liberare Marion.
Nel terzo film si scoprirà che anche il cane del dottor Jones si chiamava Indiana.