Nello stesso anno a Monaco scoppiò un'epidemia di colera che si diffuse in tutta la Baviera settentrionale e in Svevia.
Il padre di Kneipp fu una delle prime vittime del colera a Stephansried.
Il vicario generale presso l'ente vescovile si fece attento e raccolse informazioni su di lui.
Tra la popolazione Kneipp veniva chiamato il "cappellano del colera".