Alla terza stagione con i monegaschi riceve la prima convocazione nella Nazionale francese e fa poi parte della vittoriosa squadra del campionato del mondo 1998 organizzato in casa.
Nelle sue cinque stagioni nel Principato di Monaco continua la propria ascesa, portando il numero di gol in Ligue 1 a 20 in 105 presenze.
Nel corso della sua esperienza nel Principato Henry fa spesso coppia con il giovane David Trezeguet.
Ingaggiato con l'obiettivo di sostituire il connazionale Nicolas Anelka, Henry è stato immediatamente utilizzato come attaccante puro, scelta azzeccata che avrebbe dato i suoi frutti negli anni a venire.