Alla fine di ogni terzo livello, Mario può scegliere se sconfiggere il boss oppure semplicemente oltrepassarlo per raggiungere il traguardo.
Biokinton e Tatanga sono gli ultimi due avversari e Mario deve per forza sconfiggerli per finire il gioco.
Una volta completato il gioco, il giocatore potrà riaffrontare l'impresa selezionando l'"Hard Mode".
In questa modalità aumenteranno le insidie e il numero di mostri in ogni livello rendendo il gioco ancora più arduo.