Per tutta risposta, il presidente del Consiglio allora in carica, De Mita, afferma che Alemi si era posto "al di fuori del circuito istituzionale"; nel settembre 1988 il ministro della Giustizia, Vassalli, apre un'indagine disciplinare, poiché il giudice istruttore aveva indicato nel suo provvedimento i nomi degli onorevoli Flaminio Piccoli, Antonio Gava, Vincenzo Scotti e Francesco Patriarca come partecipi delle trattative.
Alcuni giorni dopo il deposito della sentenza-ordinanza, inoltre, senza che fosse conosciuto alcun atto processuale, esce un articolo che attribuisce ad Alemi la responsabilità di aver commesso "diffamazione a mezzo giudice", dando conto di "un orrendo insieme di sospetti e di insinuazioni".
Nel 1990 il CSM assolve Alemi, riconoscendo la correttezza del suo operato; dopo 12 anni dal sequestro, la sentenza di appello consacrerà le conclusioni a cui era giunto il magistrato.
Vincenzo Casillo e Mario Cuomo sono vittime di un attentato a Roma il 29 gennaio 1983 grazie a una bomba nascosta in un'automobile.