Per la sua centralità e la qualità di nodo stradale Bergara divenne presto un centro commerciale di notevole importanza tanto che vi si teneva il mercato ben tre volte alla settimana; favorita anche dal ripopolamento di altre zone della provincia dove erano state create ex novo altre città, si determinò in Bergara un'intensa attività edilizia con la costruzione di alberghi dell'ospedale e di altri locali di soggiorno per i viaggiatori che si recavano o passavano dalla città che viveva di agricoltura, di artigianato e commercio.
Si formarono anche aziende di modeste dimensioni dedite al tessile: filande, tessitorie, tintorie ecc.
che ebbero un maggiore sviluppo nel "secolo d'oro" per tutta la Spagna: il '600.
Nel convento trovarono rifugio negli anni sessanta e 70 i separatisti baschi dell'ETA.