Tridimensionalmente però, le proteine non assomigliano a catene lineari, questo perché ripiegano la loro struttura primaria fino a formare gomitoli e filamenti.
Il ripiegamento tridimensionale delle proteine è guidato dalle proprietà chimiche delle catene laterali.
Se il loro ingombro sterico non lo permette, la proteina non si ripiegherà come previsto e non funzionerà.
Così accade anche se la loro idrofobicità, la loro acidità o la loro basicità non lo permette.