Infine riunì tutti i vescovi del Mezzogiorno, con cardinali, abati, religiosi e tutti i conti Normanni nel Concilio di Melfi .
Pasquale II verificò i rapporti fra il Papato e i conti Normanni.
Al concilio tentò di ricomporre il conflitto con l'Impero bizantino, e mostrò un atteggiamento duttile nei confronti della "dispensatio" e nel modo di intendere il rapporto fra lo stesso Papa ed il concilio.
Probabilmente fu in quest'occasione che il pontefice concesse al vescovo di Melfi il privilegio di dipendere direttamente dalla sede di Roma.