Analisi del manufatto hanno permesso di portare alla luce la forma originale dei pilastri con semicolonne addossate, di fattezza tipicamente romanica, così come l'abside di forma poligonale con contrafforti esterni, la copertura a spicchi e gli archetti binati interrati in corrispondenza della prima campata.
Nel 1500, in seguito alla diffusione della peste, la chiesa, divenuta un lazzaretto, fu disinfettata tinteggiando e ricoprendo tutti gli affreschi della parte originale.
Nel corso degli anni la chiesa era stata praticamente abbandonata e conseguentemente chiusa al pubblico.
Tra il 1412 e il 1475 il feudo di Gambolò venne concesso ad Antonio Beccaria.