Dopo la nomina del Presidente i membri della Commissione vengono proposti dal Presidente stesso, in accordo con gli Stati membri.
Quindi, la Commissione formata si presenta al Parlamento che può approvare o respingerla.
Nella pratica, il Parlamento non ha mai votato contro un Presidente o la sua Commissione, ma si ritiene che lo avrebbe fatto quando fu avanzata una proposta per la formazione della Commissione Barroso.
Se si verifica un disaccordo, viene formata una commissione di conciliazione come accade per le proposte legislative ordinarie in terza lettura.