Tuttavia l'inefficace gestione pontificia finì per consolidare, soprattutto nel capoluogo umbro, le correnti liberali e massoniche, e l'adesione alla causa nazionale e alla politica del Piemonte.
Nel giugno 1859, tutte queste componenti finirono per convergere, in violenti e cruenti combattimenti, noti come le "stragi di Perugia": il 14 giugno i gruppi liberali, i quali erano sostenuti da gran parte della popolazione studentesca perugina, si alzarono contro le autorità pontificie, dando vita ad un governo provvisorio che rimase in carica una sola settimana, dato che le truppe pontificie, riorganizzatesi, riconquistarono la città il 20 giugno dopo violenti scontri.
Il vescovo Pecci, pur non nascondendo la sua soddisfazione per il ritorno del governo pontificio a Perugia, non mancò di lamentare la severità di alcuni provvedimenti presi, soprattutto circa la decisione di chiudere l'Università al fine di punire gli studenti che parteciparono all'insurrezione.
Egli invano cercò di ottenere un atteggiamento più indulgente da Roma, tenendo conto che la causa dell'insurrezione andava ricercata anche nella cattiva amministrazione della città.