La presenza della chiesetta è documentata dal secolo XV come "oratorio di S. Nicolò" ed era sede del Consolato dei marinai.
Il 15 luglio 1537, un gruppo di saraceni sbarcati nottetempo presso "i tre scogli", nella zona oggi detta "le Ratteghe", penetrarono nell'oratorio catturando e poi uccidendo le due guardie che ivi dormivano:
Aloise Bruno ed Etolo Aicardi.
Tali cognomi ancora oggi sono tipici del Borgo della Foce.