Il 1º luglio 1379 Manuele e Giovanni entrarono da vincitori a Costantinopoli, mentre Andronico scappò a Galata, colonia genovese.
La guerra civile si protrasse fino all'aprile 1380 quando finalmente le due parti si accordarono e Andronico sarebbe tornato ad essere l'erede al trono.
Ma questo accordo toglieva a Manuele il diritto al trono ed egli non la prese bene: nonostante fosse sempre stato fedele al padre, non riusciva più a sopportare il disfattismo ed il malgoverno del padre.
Si rifiutò quindi di riconoscere agli ottomani il dominio balcanico, che il padre aveva concesso.