Nel settembre 1943, durante l'occupazione nazista della Danimarca, Niels Bohr fuggì in Svezia per evitare l'arresto da parte della polizia tedesca e da lì a Londra; si adoperò, riuscendovi, per convincere il governo svedese ad accogliere centinaia di ebrei danesi in fuga dalla deportazione.
Nel novembre dello stesso anno, invece, Bohr e il figlio Aage si trasferirono negli Stati Uniti, prima a New York e poi a Los Alamos per collaborare al Progetto Manhattan, dove, oltre alla sua competenza in materia, risultò importante per informare gli altri scienziati del progetto sullo stato di avanzamento dei progetti nucleari tedeschi.
Dopo la guerra tornò a Copenaghen e sostenne l'uso pacifico dell'energia nucleare.
Nel 1957, su iniziativa sua e del politico svedese Torsten Gustafsson, nacque l'Istituto nordico per la fisica teorica , con sede a Copenaghen.