Vince in Aragona, Giappone e Australia , negli Stati Uniti e a Valencia giunge secondo e in Olanda, Catalogna, Germania e Repubblica Ceca giunge terzo.
Cade di nuovo in Malesia, al termine del primo giro, in una gara nella quale era uno dei favoriti.
Termina la stagione al 4º posto con 225 punti.
Il 9 luglio 2010 un comunicato ufficiale della Ducati annuncia che con l'ultima gara del campionato 2010 si concluderà la collaborazione con Stoner.