A questa data risale il cedimento strutturale di una parte dell'edificio che ha portato alla costruzione di una nuova chiesa grazie ai fondi trovati dal generale dell'ordine dei Gerolamini, padre Floriano Marcellini, il quale assegnò il lavoro all'architetto Martino Taddei.
Si possono notare alcune differenze rispetto alla chiesa antica, più piccola e provvista di due cappelle per ogni lato, ciascuna dotata di un altare in laterizio.
Dal punto di vista storico, due sono le date da ricordare come fondamentali per l'edificio: il giorno 20 ottobre del 1647, durante il quale le truppe del principe Tommaso di Savoia saccheggiarono la cittadina, e l'anno 1686, quando fu portata la reliquia di San Felicissimo da Roma.
L'inaugurazione ufficiale della chiesa avvenne nell'estate del 1675, ma i lavori di restauro si protrassero anche dopo il 1680.