Durante un interrogatorio da parte di Antonino Allegra  e del commissario Luigi Calabresi, in presenza di quattro agenti della polizia in forza all'Ufficio Politico  e del tenente dei carabinieri  Savino Lograno, Pinelli precipitò dalla finestra dell'ufficio al quarto piano della questura in un'aiuola sottostante.
Portato all'ospedale Fatebenefratelli, ci arrivò già morto.
La prima versione data dal questore Marcello Guida nella conferenza stampa convocata poco dopo la morte dell'anarchico, a cui parteciparono anche il dott.
Antonino Allegra ed il commissario Calabresi, fu quella del suicidio , dovuto al fatto che il suo alibi si era rivelato falso; versione poi ritrattata quando l'alibi di Pinelli si rivelò invece credibile.