Sobieski rimase fedele al Re durante la Ribellione di Lubomirski , sebbene fosse una decisione difficile per lui.
Partecipò al Sejm del 1665 e accettò il prestigioso ufficio del maresciallo della corona il 18 maggio di quell'anno.
Verso la fine di aprile o agli inizi di maggio 1666, ricevette un altro alto incarico della confederazione, quello della Grande atamano.
Poco dopo, fu sconfitto nella battaglia di Mątwy e firmò l'Accordo di Łęgonice il 21 luglio, che pose fine alla Ribellione di Lubomirski.