Esso fu anche interessato da vicende storiche: nel 1916 funzionò, nell'attuale "Banchina dei Mille", un idroscalo militare della Regia Marina per la difesa delle acque marine circostanti che diventa 280ª Squadriglia.
Nel luglio 1943 esso venne distrutto dagli americani e mai più ricostruito.
Oggi lo scalo di Milazzo è il maggiore porto d'imbarco per le isole Eolie, ma non mancano i collegamenti via aliscafo e nave con Napoli..
È inoltre un importante scalo commerciale sia per lo scambio di idrocarburi che di merci.