Nel 1489 anche la chiesa, paragonata per grandezza e bellezza al duomo di Treviso, fu restaurata e ingrandita con l'elevazione delle navate laterali, permettendo così la creazione di un secondo piano di chiostro illuminato da bifore.
Interventi e migliorie continuarono negli anni a seguire.
Del 1604 sono gli affreschi del refettorio riportanti brani di vita benedettina.
Vi si trovano raffigurati un paio di miracoli di San Benedetto e le Abbazie di Montecassino, Praglia  e Santa Giustina con Prato della Valle.