In questo secolo il comune si dotò di norme proprie per l'elezione del podestà  e, soprattutto, vide la presenza nel suo territorio di san Francesco d'Assisi, che, in compagnia dell'amico Egidio, sostò nella località detta delle "Tombette"  nell'anno 1210.
La presenza francescana divenne elemento determinante nella storia della comunità con l'istituzione, al centro del paese, di uno dei primi conventi francescani delle Marche, forse già esistente nel 1230.
La presenza della "fratellanza", a cui si aggiunsero successivamente anche le "moniali" seguaci di Santa Sperandia, diede grande impulso alla vita del comune, avviando, nel tempo, la costituzione di vari istituti, quali l'ospedale di santa Maria degli Infermi, la scuola pubblica, il Monte di Pietà e il Monte frumentario.
Nel frattempo Pavolozo, sceso a compromessi con l'Albornoz, tornò signore di Staffolo e vi rimase fino alla sua morte avvenuta nel 1375.