Bacone allora acconsentì e nel 1267 inviò al papa la sua opera, intitolata "Opus Majus", un trattato sulle scienze .
Questa venne seguita nello stesso anno da una "Opus Minus", un sommario delle idee più rilevanti della sua prima opera.
Nel 1268 riuscì ad inviare al papa la sua "Opus Tertium"; il pontefice però morì quello stesso anno.
Bacone cadde allora in disgrazia e successivamente venne imprigionato per la seconda volta, nel 1278, dallo stesso Ordine francescano, con l'accusa di diffusione di idee dell'alchimia araba, ma senza dubbio anche per il fatto che le sue proteste contro l'ignoranza e l'immoralità del clero avevano fatto nascere nei suoi confronti un'accusa di stregoneria.