Dopo la loro conversazione, ci si trova di fronte all'agente Smith, entità che cerca di distruggere sia il mondo umano che quello delle macchine.
Il protagonista sfugge a malapena alle centinaia di cloni dell'Agente Smith ed all'originale.
Una volta fuori da Matrix, la nave Logos viene attaccata dalle macchine, che vengono sconfitte grazie ad un impulso elettromagnetico.
Il gioco si conclude con Niobe e Ghost in attesa nella Logos, che si augurano di essere salvati.