Il generale Lothar von Trotha, comandante delle forze coloniali tedesche, ordinò il completo sterminio delle tribù herero.
Durante la guerra si ebbero i primi esempi di campi di concentramento all'interno dei quali venivano reclusi gli herero e i nama ridotti in schiavitù.
Nei campi si svolsero anche esperimenti scientifici e sociologici estremi ai danni dei prigionieri, in particolare sui gemelli e sui meticci, in quella che è considerata un'anticipazione delle pratiche svolte dai nazisti durante la seconda guerra mondiale.
A capo degli esperimenti, ossessionato dalla ricerca della purezza della razza, vi era lo scienziato Eugen Fischer che divenne in seguito rettore dell'Università di Berlino, dove insegnò medicina, e che ebbe fra i suoi allievi Josef Mengele, noto per gli esperimenti genetici condotti sui bambini ebrei nel campo di concentramento di Auschwitz.