Ai lati delle navate ci sono gli altari settecenteschi ornati da stucchi e finti marmi policromi, dedicati a vari santi e ai Misteri del Rosario: spicca il terzo altare a destra dell'ingresso che reca l'icona bizantina della Madonna del Carmine .
Il pulpito pregevole di scuola napoletana è intagliato con eleganti fiorami dorati e inquadrati da cornici rinascimentali.
La cantoria è della metà del XVIII secolo, in legno dorato posta sulla controfacciata, e reca scolpiti i tradizionali miracoli del santo di Bari; nelle altre formelle si ripetono motivi pastorali e altri ornamenti barocchi.
Nel 1866 fu riacquistato dai Cappuccini, e riconsacrato nel 1901, tornando in piena attività solo negli anni '60.