Il GUGB fu separato dall'NKVD e rinominato Commissariato del popolo per la Sicurezza dello Stato .
Dopo l'invasione tedesca, l'NKGB confluì nell'NKVD, il 20 luglio 1941.
La sezione KI venne reinserita nell'NKVD nel gennaio del 1942.
Nell'aprile del 1943, le sezioni del KI vennero nuovamente trasferite ai Commissariati del popolo di difesa e marina, diventando Smerš ; contemporaneamente, l'NKGB fu di nuovo separato dall'NKVD.