Nel 2003 è protagonista in "L'ultimo samurai", per la regia di Edward Zwick.
Dopo aver lavorato con il regista Michael Mann in "Collateral" nel 2004, la coppia Cruise-Spielberg dà vita a "La guerra dei mondi" .
Nel 2006, riprende il suo ruolo di Ethan Hunt nel terzo capitolo della serie ', mentre nel 2007 gira "Leoni per agnelli" con Meryl Streep, diretto e interpretato da Robert Redford, il 19 luglio c'è il primo ciak del film "Operazione Valchiria" diretto da Bryan Singer, tormentato da alcune polemiche riguardo alla sua interpretazione del colonnello Claus von Stauffenberg che complotta per uccidere Hitler.
Durante le riprese del film, per i suoi cinquanta anni, il regista gli regala una delle moto utilizzate nel film.