Attualmente siamo a conoscenza di 36 proteine coinvolte nella biogenesi e nel mantenimento del perossisoma, conosciute con il nome inglese di peroxins, che partecipano al processo di assemblaggio del perossisoma in diversi organismi.
Nelle cellule dei mammiferi sono state caratterizzate 13 di queste proteine.
A differenza dell'importazione di proteine che avviene nel reticolo endoplasmatico  o nei mitocondri, non è necessario che queste subiscano un processo di denaturazione per poter essere importate nel lume del perossisoma.
Il degrado dei perossisomi si chiama pexofagia.