Questo spingeva le società produttrici ad avere diversi sistemi operativi per le loro macchine.
Cray per esempio ha sviluppato sei versioni distinte del suo sistema operativo UNICOS e prima di questo sistema operativo aveva sviluppato altri sistemi operativi ovviamente incompatibili tra di loro.
Altri produttori seguirono strade simili e difatti sebbene quasi tutti i supercomputer utilizzano varianti Unix fin dagli anni 70 la maggior parte sono incompatibili tra di loro.
Infine molti problemi analizzati dai supercomputer possono venir parallelizzati in modo efficace.