Proprio per questa sua totale identificazione dei principi religiosi con quelli filosofici, Eriugena ebbe molti nemici.
Secondo il monaco irlandese, il legame e l'accordo fra fede e ragione è intrinseco, in quanto entrambe sono generate da una medesima causa, ovvero la Sapienza divina, che si è rivelata nella Sacra Scrittura.
Se non è sostenuta dalla ragione, la fede rischia di vacillare arrivando a dire che bisogna "credere a ciò che si dice con verità intorno all'unico principio delle cose" e "intendere ciò che con verità si crede".
In questo, dunque, Eriugena si avvicina molto al pensiero di Agostino d'Ippona, per il quale vigeva il "credo ut intelligam et intelligo ut credam" .