Sulla cantoria di fronte, venne costruito nel 1831 dagli stessi organari un altro organo, ma di dimensioni più piccole.
Entrambi gli organi furono smontati durante la costruzione della cupola e rimontati nel 1888.
Agli inizi del XX secolo, Alessandro Mentasti restaurò gli organi secondo i dettami della Riforma Ceciliana.
Durante i lavori di consolidamento della cupola  l'organo maggiore venne pesantemente danneggiato e, alla riapertura della chiesa, al suo posto fu realizzato da Vincenzo Mascioni un nuovo strumento su progetto di Ulisse Matthey, conservando parte del precedente materiale fonico.