Nonostante la legittimità delle rivendicazioni Emanuele Filiberto preferì cedere a Berna i territori a occidente, tra cui il Vaud e Losanna, recuperando invece il Genevese, il Gex e il Chiablese.
La questione ginevrina fu lasciata da parte, mentre il duca assicurava la tolleranza religiosa ai riformati dei territori restituiti.
Quest'ultima clausola del trattato, firmato a Losanna nel 1564, provocò le proteste della Santa Sede e dello stesso Filippo II, che rifiutò a lungo di ratificare l'accordo.
Addirittura il Duca volle che la Repubblica facesse da madrina al battesimo del principe Carlo Emanuele nel 1567.