Si poteva montare un lanciatore "catamarano" per due "Sidewinders" aggiuntivi in posizione avanzata della fusoliera, anche se questo tipo di installazione portava i missili molto vicini al suolo durante gli spostamenti a terra, rendendo le teste di guida vulnerabili ai detriti.
Ai modelli F-104S vennero aggiunti altri due piloni lungo la fusoliera sotto gli agganci già disponibili per il trasporto di bombe convenzionali.
L'F-104S venne inoltre dotato di un pilone supplementare sotto ogni ala, portando il totale complessivo a nove.
Le velocità di decollo erano nella regione dei 190 nodi , con il pilota che doveva rapidamente retrarre il carrello di atterraggio per evitare di superare il limite di velocità di 260 nodi  oltre la quale si sarebbe danneggiato.