Queste accuse furono presto ritirate, ma il rapporto con il suo sovrano, il re Manuele, ne uscì definitivamente compromesso, con la corona lusitana che si rifiutò di aumentargli la pensione di oltre mezzo cruzado al mese.
Nel frattempo, Magellano cominciò seriamente a pensare a un percorso marittimo che potesse condurlo alle «Isole delle Spezie» da ovest, stando però attento a non parlarne con il suo monarca .
Alla fine, chiese semplicemente alla corona di liberarlo dai suoi obblighi.
Fin dalla "Junta de Toro" nel 1505, la corona si era posta l'obiettivo di scoprire la rotta occidentale che avrebbe condotto gli spagnoli in Asia, evitando così di dover compiere il faticoso percorso che prevedeva di circumnavigare l'intera Africa; che un progetto simile potesse realizzarsi era pertanto nell'aria.