Dopo il medioevo ellenico il centro principale si spostò sull'istmo; qui fiorì la città di Alalkomene, dalla posizione imprendibile celebrata da Cicerone nel "De oratore" : "... ut Ithacam illam in asperrimis saxulis tamquam nidulum adfixam".
La città, probabilmente sotto l'influenza corinzia, era però indipendente; lo testimoniano un trattato di Aristotele sulla "Costituzione degli Itacesi" che non ci è pervenuto, e le monete del III sec.
a.C con l'effige di Ulisse sul retto e quella di Atena sul verso che portano la scritta ΙΘΑΚΩΝ .
La prima fase del dominio delle potenze italiane sulle isole ionie termina nel 1479, quando i Turchi prendono Cefalonia e Itaca.