Durante i lavori di consolidamento della cupola  l'organo maggiore venne pesantemente danneggiato e, alla riapertura della chiesa, al suo posto fu realizzato da Vincenzo Mascioni un nuovo strumento su progetto di Ulisse Matthey, conservando parte del precedente materiale fonico.
L'organo venne inaugurato nel 1949 ed è stato restaurato nel 1977.
Lo strumento è a trasmissione elettrica e la consolle, collocata in presbiterio, ha tre tastiere di 61 note ciascuna e pedaliera concavo-radiale di 32.
L'organo minore Serassi, invece, pur rimanendo integro nelle sue caratteristiche foniche, è attualmente  in pessimo stato.