Il centro iniziò una fase di prosperità fino a divenire un libero comune nel XIII secolo.
Nel 1274 i Pisani ripresero l'esercizio attivo del potere che si protrasse fino alla fine del XIV secolo, periodo in cui fu istituito il libero Comune di Castiglione della Pescaia, che con un atto di sottomissione a Firenze riuscì a farsi garantire la protezione.
Durante il secolo successivo ebbe termine la lunga fase di libero Comune, a seguito della conquista del castello da parte delle truppe di re Alfonso V d'Aragona; precedentemente ci fu una temporanea occupazione senese durante il 1432.
Il fatto che le strutture militari del Regno Unito fossero in possesso di importanti informazioni fece sorgere sospetti di inaffidabilità nei confronti dei servizi segreti italiani.