Il suo fondovalle era molto incavato, come dimostrano carotaggi e studi geologici recenti, ed era solcato dal cosiddetto Arno Tiberino.
Fino all'ultima era geologica  il Clanis riceve le acque dell'Arno  che ivi giungevano dalla piana aretina, passando tra il colle di San Zeno  Sargiano, laddove oggi transitano la linea ferroviaria, la S.R. 71 e la SS73 (invero la Goletta di Chiani, tra il colle Chiani e il colle di San Zeno, non era interessata da tale percorso fluviale, trattandosi di un canale artificiale del sec.
XIII scavato nella roccia per portare le acque della Val di Chiana verso nord, sfruttando un notevole dislivello).
L'influenza delle lucumonie di Arezzo, Cortona e Chiusi permise una sistematica coltivazione delle terre chianine a cereali, specie il farro, molto apprezzato dagli Etruschi.