In seguito ad un nuovo attacco del mostro, Tidus è separato dal gruppo e giunge sull'isola di Besaid, dove incontra Wakka, capitano della locale formazione di Blitzball, Lulu, Kimahri e Yuna, una giovane invocatrice che si appresta a iniziare il suo pellegrinaggio per ottenere l'Invocazione Suprema e sconfiggere Sin.
Tidus si unisce alla comitiva per aiutare Wakka e la sua squadra nell'imminente torneo di Blitzball e per trovare il modo di ritornare a casa.
Nel loro viaggio attraverso Spira i cinque si recano ai templi di Yevon per ottenere Eoni e devono affrontare mostri e scaglie di Sin.
Yuna, sentendosi tradita e abbandonata dal suo credo, è attanagliata da dubbi sul reale scopo del suo pellegrinaggio.