Due anni dopo morì anche la madre, e il nuovo lutto gettò Thorpe, che aveva appena 10 anni, in una profonda depressione.
Dopo vari litigi con il padre, scappò di casa e finì a lavorare in un allevamento di cavalli.
Nel 1904 il ragazzo tornò con il padre e si iscrisse alla scuola indiana di Carlisle in Pennsylvania.
Thorpe si rifece nell'azione successiva, segnando un "touchdown" da 97 yarde.