Manning però,  disse pubblicamente che si sarebbe rifiutato di giocare coi Chargers così fu organizzato uno scambio coi Giants, di cui divenne il quarterback titolare a metà stagione.
La prima parte dell'epoca di Coughlin produsse risultati insoddisfacenti  suscitando le perplessità dei media.
Durante questo periodo della loro storia, gradi giocatori che militarono nei Giants furono il defensive end Michael Strahan, che stabilì il record stagionale di sack della NFL nel 2001 e il running back Tiki Barber, che stabilì il record di franchigia per yard corse in una stagione nel 2005.
Le cose cambiarono nella stagione 2007 quando il club conquistò il suo terzo Super Bowl dopo avere battuto in finale gli allora imbattuti in stagione New England Patriots in una delle più grandi sorprese della storia del football.