Molto interessante è la flora galleggiante del Lago di Varese e del Lago di Comabbio e quella delle paludi circostanti dove cresce il nanufaro , la ninfea bianca , il millefoglio  e tra le specie della lista rossa la castagna d'acqua  e il limnantemio .
Notevoli sono anche le estese paludi di Biandronno e della Brabbia, dove fino agli anni settanta veniva estratta la torba.
Soprattutto nella palude di Biandronno si conserva ancora una tipica flora di torbiera, diventata estremamente rara nella Pianura Padana.
Sono presenti le orchidee Orchis incarnata e Epipactis palustris  e le carnivore Drosera rotundifolia e Utricularia australis.