Le perturbazioni di stampo atlantico-mediterraneo o da quelle di origine artico-russa sono le principali cause delle precipitazioni atmosferiche.
Canegrate, come del resto gran parte della Pianura Padana, soffre di scarsa ventilazione.
L'umidità è invece sempre molto elevata per tutto l'anno.
Ultimamente, le piogge stanno diventando via via meno frequenti, così come il fenomeno della nebbia.