Nell'ottobre 1860, quando il ministro Marco Minghetti invitò i vescovi del Regno a manifestare la propria adesione al nuovo regime politico, il cardinale Pecci volle indirizzare, a nome di tutto l'episcopato umbro, una lettera a papa Pio IX per riaffermare l'esigenza per la Chiesa cattolica dell'esercizio del potere temporale.
Scrisse anche alcune lettere a Vittorio Emanuele II protestando fermamente per l'introduzione nelle nuove provincie dell'Umbria del matrimonio civile e per l'espulsione degli eremiti camaldolesi di Montecorona.
Cionondimeno, queste proteste non furono mai poste con toni particolarmente aspri ed il suo comportamento non fu mai provocatorio o smodato, bensì equilibrato e moderato, tanto che, quando nel 1869 Vittorio Emanuele si recò in visita a Perugia il 30 gennaio 1869, il cardinal Pecci volle inviargli una lettera nella quale affermava che "non avrebbe esitato di porgere senza indugio un riverente omaggio" alla persona del re, se non lo avessero trattenuto "le attuali condizioni e attinenze fra Chiesa e Governo" e "la sua vacillante salute".
Non mancava di manifestare, comunque, il suo "profondo ossequio" al sovrano.