Fu sempre un viaggio a risultargli, infine, fatale.
Egli si ammalò infatti tornando da Lipsia il 4 aprile 1560.
Nella notte fra il 7 e l'8 fu colto da una febbre alta che, malgrado brevi remissioni, durò molti giorni.
Il 19 aprile morì assistito dalla figlia Magdalena e attorniato da molti amici e dai suoi studenti.