La fauna delle zone desertiche è in parte comune a quella della steppa, ma limitata alle specie resistenti alla sete, come il cammello e l'antilope.
Vari rettili vi passano lunghi periodi in semi-letargo sepolti nella sabbia.
Nella regione meridionale si trovano leoni, leopardi, sciacalli, gazzelle e giraffe, varie specie di uccelli e scimmie.
I margini dei fiumi e del lago Ciad sono popolati da facoceri e ippopotami.