Dopo aver raggiunto un lungo passaggio sotterraneo, il cecchino Sniper Wolf tende a Snake un agguato: lo cattura, mentre Meryl resta ferita.
Liquid conferma il sospetto di Snake, riguardo al loro essere fratelli gemelli.
Dopo essere stato torturato da Ocelot, Snake è sorpreso nello scoprire il corpo in decomposizione di Anderson nella sua stessa cella, stranamente morto da qualche giorno.
Riesce a fuggire, si fa strada sulla torre di trasmissione della base e respinge un attacco di Liquid che pilota un elicottero Mil Mi-24.