Nel 1094, infatti, il re d'Ungheria Ladislao eresse una sede vescovile sulla collina di Kaptol.
Sulla vicina collina di Gradec si sviluppò, nel contempo, un'altra comunità, indipendente dal vescovo.
I due insediamenti soffrirono l'invasione dei Mongoli del 1242.
Nel 1621 Zagabria fu scelta come sede dei viceré di Croazia.