La limitata biodiversità terrestre è compensata dalla ricca varietà di fauna marina.
La barriera corallina fornisce un ricco habitat per le creature marine, tra cui ci sono cetrioli di mare , squali, barracuda , mante, murene, delfini e le tartarughe  in pericolo di estinzione.
A Nuku Hiva, nelle Marchesi, i delfini di Elettra, detti anche peponocefali, si riuniscono in centinaia di esemplari, dando vita a un fenomeno unico al mondo.
A Rurutu, Tahiti e Mo'orea è invece possibile nuotare con le megattere.