Ryan scelse nel Draft NFL 2009 il quarterback Mark Sanchez e guidò la squadra a due finali della AFC consecutive nel corso delle sue due prime stagioni.
Nella stagione 2011 invece, complice una sconfitta decisiva contro i rivali cittadini dei Giants nel finale di campionato, la squadra non raggiunse i playoff concludendo con un record di 8-8.
Con le prestazioni di Sanchez in calo, i Jets terminarono con un record di 6-10 nel 2012.
A marzo 2018 i Jets si accordarono con gli Indianapolis Colts per avere la terza scelta nel draft, con cui si aggiudicarono il promettente quarterback Sam Darnold, che fu poi nominato titolare.