Accadde poi durante queste trattative un episodio che esacerbò ulteriormente gli animi: il cardinale Raniero Capocci, contro la volontà del pontefice, fomentò una rivolta contro Federico nella città di Viterbo, che all'epoca era vicina all'imperatore.
Federico pose sotto assedio la città, ma non riuscì a conquistarla, anzi, i soldati viterbesi guidati dal Capocci, in un furioso contrattacco, sconfissero e misero in fuga l'esercito imperiale.
Si addivenne quindi alla pace stipulata in Laterano il 31 marzo 1244: l'imperatore si impegnava a restituire i prigionieri e alcuni dei territori dello Stato Pontificio, ma nulla veniva stabilito sui diritti imperiali nei confronti dei comuni lombardi.
Quando i delegati imperiali, giunti dal Papa, chiesero a quali penitenze dovesse sottostare Federico per vedersi annullata la scomunica, il Papa richiese l'immediata restituzione di tutti i territori da lui usurpati allo Stato della Chiesa.