Quello stesso giorno, tuttavia, il Trevisan fu colto da un violento attacco di febbre terzana e la flotta abbandonò il suo proposito mentre gli ottomani si dedicarono al saccheggio di Cefalonia.
Le condizioni del capitano generale continuarono a peggiorare al che il suo medico gli consigliò di sbarcare a Corfù ma egli rifiutò.
Il 16 luglio era in punto di morte e si riunì un consiglio di guerra dove i capitani affidarono a Girolamo Contarini il governo della flotta in attesa di ricevere da Venezia il suo sostituto.
Trevisan morì alle 3 di notte del 17 luglio.