Le fu permesso di ritirarsi alla Reggia di Colorno a Parma, ma una volta a Lione, con il pretesto di condurla verso la sua destinazione, fu scortata a Nizza, dove venne tenuta sotto stretta vigilanza.
Progettò di fuggire in Inghilterra, ma le sue lettere furono intercettate.
Maria Luisa venne arrestata il 26 luglio e condannata ad essere imprigionata in un convento a Roma, mentre suo figlio rimase sotto le cure di suo nonno Carlo IV.
La pensione Maria Luisa venne ridotta a 1500 franchi; tutti i suoi gioielli e oggetti di valore furono portati via e con la figlia e una cameriera, il 14 agosto 1811, fu imprigionata nel convento di Santi Domenico e Sisto, nei pressi del Quirinale.