Giovanni II allora, dopo aver concesso a Leonardo l'investitura del marchesato, allarmato, sentenziò nei confronti di tutta la famiglia Alagón – una terribile condanna di morte e la confisca di tutti i beni concessi.
A quel punto nel 1475, la rivolta si allargò ulteriormente e Leonardo de Alagón, riallacciandosi alle eroiche gesta dei Giudici di Arborea, che combatterono contro il regno di Sardegna in difesa dell'indipendenza del loro regno, radunò sotto le insegne del glorioso giudicato tutte quelle popolazioni dell'Isola insofferenti del dominio straniero.
Dalla Spagna e dagli altri stati della Corona furono inviati rinforzi, mentre sull'isola una violenta epidemia di peste bubbonica devastava i villaggi e le città.
Fu rinchiuso nel castello di Xativa, dove morì il 3 novembre 1494.