Il nuovo tempio fu compiuto nel 1872 su progetto dell'architetto Filippo Botta.
L'interno, in stile rinascimentale, presenta tre navate divise da colonne ioniche.
Le volte, le tre cupole, l'abside ed il transetto sono decorati con pregevoli affreschi realizzati da Luigi Tagliatatela e da Raffaele Iodice durante il ventennio fascista; quest'ultimo nel 1943 ha firmato le due scene della vita di San Cesario, gli Evangelisti, l’Eterno Padre e la pesca miracolosa che campeggia sulla cantoria.
Nella chiesetta vennero sepolti i bambini di Cesa morti durante l'epidemia vaiolosa del 1836; fu abbandonata per lungo tempo, riaperta al culto e rimessa a nuovo da fra' Domenico da Monopoli nel XX secolo.