Altri ritrovamenti testimoniano la presenza umana nel territorio di Leni, in località Megna, nel XV secolo a.C.
In seguito alla distruzione di questo insediamento, probabilmente compiuto dagli Ausoni, l'isola restò presumibilmente disabitata fino al VI secolo a.C., quando Lipari e di conseguenza Salina furono popolate da genti di stirpe dorica, che fecero di Santa Marina Salina il centro principale dell'isola.
Nei secoli successivi si susseguirono poi greci, romani e bizantini, fino alla conquista degli arabi nell'840.
Nel XII secolo l'isola venne poi popolata da profughi amalfitani, che sbarcarono a Malfa.