Il lancio della missione evidenziò problemi conosciuti di progettazione e si concluse con la morte del cosmonauta Vladimir Komarov, che si schiantò con l'apparecchio e divenne il primo uomo deceduto durante un viaggio spaziale.
Dopo il disastro e sotto nuove pressioni, Mišin divenne alcolizzato.
Nell'ottobre del 1968 venne lanciata con successo in orbita attorno alla Terra la Sojuz 3, ma nel dicembre dello stesso anno i sovietici furono battuti dagli americani, che riuscirono a far eseguire a tre astronauti con la navicella Apollo 8 varie orbite intorno alla Luna, mentre il similare programma Zond di voli circumlunari non andò mai oltre i voli di prova  senza equipaggio.
Mišin fece pressioni per utilizzare il vettore N1, nonostante i gravi difetti di progettazione sperando di poter sorpassare gli americani.