Nel XVI secolo chiesa e convento subirono parziali demolizioni per la costruzione della nuova cinta muraria cittadina.
La chiesa fu ricostruita a partire dal 1556.
Alla sua ricostruzione contribuirono numerose famiglie patrizie che avevano le loro tombe gentilizie nella chiesa e che tra il XVI e il XVIII secolo l'arricchirono di opere d'arte, chiamando ad eseguirle i più valenti artisti dell'epoca.
Nel 1894 ai lati del portale d'ingresso furono collocate le statue dei santi Ambrogio e Andrea, di Michele Ramognino.