L'imperatore e il patriarca Eutichio convocarono quindi il Concilio di Costantinopoli II, nel quale vennero condannati i Tre Capitoli e l'origenismo.
Per conto dell'imperatore, infine, il patriarca Eutichio pretese l'approvazione dei canoni conciliari di condanna del nestorianesimo.
Dopo otto anni di prigionia il Papa accettò e, nel 554, come atto finale consentì a Giustiniano di riunire l'Italia all'Impero.
L'imperatore rispose prontamente con la "prammatica sanctio", con la quale estendeva alla nuova Prefettura d'Italia la legislazione bizantina.