Durante i primi 10 anni, le vittime del terrore di stato furono principalmente studenti, lavoratori, professionisti e personalità dell'opposizione di qualsivoglia tendenza politica, ma negli ultimi anni vi furono migliaia di vittime fra i maya contadini e non-combattenti.
Più di 450 villaggi maya vennero distrutti condannando alla diaspora oltre un milione di persone.
Questo è considerato uno dei più tremendi eventi di pulizia etnica verificatisi nell'America Latina moderna.
In certe aree, come Baja Verapaz, la Commissione per la Verità concluse che lo Stato guatemalteco avviò intenzionalmente una politica di genocidio contro determinati gruppi etnici.