Nelle due stagioni successive la squadra terminò sempre con un record di 11-5, vincendo il suo primo titolo di division nel 1998, e diventando la prima squadra della storia a qualificarsi per i playoff in tre dei suoi primi quattro anni di vita.
Nel 1999 la squadra chiuse col miglior record della lega, vincendo ancora la propria division.
Dopo avere battuto i Miami Dolphins nel primo turno di playoff, fu eliminata dai Tennessee Titans nella finale della AFC.
Nel 2017 i Jaguars promossero come nuovo capo-allenatore l'ex allenatore della linea offensiva line Doug Marrone che riportò il club in finale di conference per la prima volta da 1999 vincendo il terzo titolo di division della propria storia.