L'episodio è tragicamente noto come "Il sacco di Prato".
Temendo che al sacco di Prato potesse seguire il sacco di Firenze il governo fiorentino si consegnò volontariamente alla fazione medicea e così i Medici poterono riprendere il controllo della città , pur mantenendone le istituzioni repubblicane.
Giovanni e il fratello Giuliano si prodigarono per sedare le tensioni e gli odi e tentare di rappacificare le fazioni.
Ma in città lo spirito repubblicano era ancora molto forte e fu scoperto un complotto contro i Medici proprio nel momento in cui giungeva la notizia da Roma della morte di papa Giulio II, avvenuta il 23 febbraio 1513.