La popolazione continuò ad aumentare fino a che, nel 1561, non raggiunse i 91 fuochi, ed iniziarono le proteste dei vari vassalli per strappare confessioni e benefici ai conti di Muro Lucano.
Nonostante ciò, la Terra di Ruoti fu ancora venduta ed i vassalli continuarono ad essere in contrasto con i feudatari.
La situazione durò quasi un secolo, sicché nel 1794 i cittadini, riuniti in pubblico parlamento, richiesero la continuazione di quella causa che tendeva a far passare l'Università di Ruoti sotto il Regio Demanio, e che era stata abbandonata in seguito alle capitolazioni elargite da Zenobia Scaglione .
In seguito cessarono le lotte che gli amministratori di Ruoti avevano portato avanti per più di quattro secoli.