Nel 1802 il convento, come quello delle Clarisse, è soppresso in forza delle disposizioni napoleoniche, i beni incamerati e venduti al miglior offerente; grazie a una petizione sottoscritta dalla potente Confraternita di S. Antonio, però, la chiesa può tornare subito a essere officiata, sebbene privata del coro, ridotto a magazzino, mentre il Convento viene adibito prima a Dogana e Gendarmeria, poi ad abitazione rustica.
La parte oggi meglio conservata del convento è la chiesa: l'attuale facciata è databile all'inizio del secolo XVII, e il portone d'ingresso, sormontato da un bassorilievo in pietra recante il simbolo dei Francescani, è opera pregevole di intaglio ligneo.
L'interno dell'edificio è dominato dal fastoso altar maggiore in noce, ricco di elementi decorativi e fregi scolpiti, che incornicia il quadro raffigurante la Pietà con i santi Diego e Giulio.
Le pareti laterali, conformemente al modello francescano, ospitano cappelle laterali dotate di austeri altari con cornici e fastigi in legno scolpito.