I dati relativi all'ultimo anno di abitazione sulle isole, per le isole minori, sono incompleti, ma la gran parte di esse fu abitata per qualche periodo durante il Neolitico, l'età del ferro, l'Alto Medioevo o nei periodi norreni.
In comune con molti altri arcipelaghi della Scozia, molte delle isole minori e più remote furono abbandonate tra il XIX secolo ed il XX secolo, in alcuni casi dopo insediamenti continui fin dalla preistoria.
Queste isole erano percepite come economie agricole relativamente auto-sufficienti, ma in generale gli isolani ritennero che le isole più remote non avevano i servizi essenziali di una moderna economia industriale.
La popolazione delle isole maggiori crebbe tuttavia di più del 12% tra il 1981 ed il 2001.