In Molise nasce anche il Volturno, che con una lunghezza di 175 km e un bacino esteso per 5.550 km², è il principale fiume dell'Italia meridionale sia per lunghezza sia per portata.
Nel territorio regionale scorre anche parte del fiume Sangro, e nasce il fiume Tammaro.
Altri torrenti importanti sono il Verrino, il Saccione, il Cigno, il Sente, il Tappino, il Quirino.
Nel Molise, che include il settore Mainarde del parco nazionale d'Abruzzo, Lazio e Molise, sono presenti ulteriori vaste aree boschive, soprattutto nella provincia di Isernia.