I Comuni furono spesso in guerra fra loro e, proprio nel XII secolo, anche contro l'autorità imperiale rappresentata nel 1152 da Federico Barbarossa.
Violento fu soprattutto lo scontro fra l'imperatore e il Comune di Milano, a cui Trecate era vincolata, scontro che si concluse, con vicende alterne, nel 1183 con la pace di Costanza, in base alla quale Trecate passò sotto il dominio del Comune di Novara.
L'antica appartenenza del borgo al Comune di Milano, rese difficili i rapporti con i nuovi alleati, i Novaresi, per cui la "villa" di Trecate non ottenne mai dal comune di Novara il privilegio di trasformarsi in "borgo" e poter costruire delle mura di difesa.
Con la fine dei Visconti e nel periodo di confusione politica che ne seguì, nel 1447, Trecate riuscì a staccarsi da Novara, e a sottrarsi al feudatario Lampugnano ponendosi sotto la protezione della Repubblica Ambrosiana, prima che quest'ultima fosse costretta a capitolare sotto le armi dello Sforza.