Con quest'ultimo vince per la terza volta, la Coppa UEFA in finale contro i francesi dell'Olympique Marsiglia.
Nell'andata dei sedicesimi di finale contro i polacchi del Wisła Cracovia, Baggio viene ferito alla testa da un coltello lanciato da un tifoso che gli causa cinque punti di sutura.
A causa di ciò il Wisła fu sospeso dalle coppe europee per un anno.
Nello stesso anno conquistò la Coppa Italia in finale contro la Fiorentina e ad agosto la Supercoppa italiana sul Milan campione d'Italia.