Sotto la "campata" centrale della fila di destra si svolge la flagellazione vera e propria, con il Cristo alla colonna martoriato da due individui abbigliati all'antica.
Quello di sinistra ha le gambe unite e muove solo il braccio, quello di destra ha una posa plastica con le gambe aperte a compasso.
Sulla colonna si trova una statua dorata.
Assistono alla scena un uomo col turbante di spalle, e un uomo assiso in trono, simboleggiante Pilato, con la berretta e i calzari rossi che lo rendono identificabile con l'imperatore bizantino Giovanni VIII Paleologo, venuto in Italia per il concilio del 1439, di cui resta un'effigie analoga su una famosa medaglia di Pisanello.