Solo poche lingue Niger-Congo sono non-tonali; la più conosciuta di queste è forse lo Swahili, ma se ne possono trovare altre nel ramo Atlantico.
Si pensa che il Proto-Niger-Congo fosse una lingua tonale con due livelli contrastanti.
Studi sincronici e comparativo-storici del sistema tonale mostrano che un tale sistema di toni può facilmente sviluppare più contrasti tonali per l'influenza delle depressor consonants o mediante l'introduzione di un downstep.
Le lingue con più livelli tonali tendono ad utilizzare i toni più per contrasti lessicali che per quelli grammaticali.