E il club, per la prima volta nella storia, non entra nei playoff scudetto.
Ma i risvolti peggiori sono di carattere finanziario: il giocatore Sani Bečirovič, costretto all'inattività da problemi al ginocchio, apre una vertenza con la società , lamentando la mancanza del pagamento degli emolumenti da parte della Virtus.
Nel corso dell'estate, parallelamente alla causa Bečirovič, sopraggiungono altre richieste di "lodo", nei giorni in cui scricchiola anche l'azienda di Madrigali, la C.T.O. s.p.a..
Tutto precipita il 4 agosto 2003, giorno in cui il Consiglio Federale della Federazione Italiana Pallacanestro decreta la radiazione della Virtus e la sua esclusione da tutti i campionati nazionali per la stagione 2003-04: la posizione di Sani Bečirovič rimaneva infatti insoluta.