Dopo la distruzione avvenuta nel XVI secolo per opera dei genovesi, la cattedrale fu subito ricostruita mantenendo le porzioni architettoniche romaniche e bizantine sopravvissute, tra cui resti di mura, alcune colonne originali e una finestra che si trova lungo la navata principale.
L'area dell'altare e sulle pareti di un locale posto a sud si possono ancora vedere frammenti del pavimento originale a mosaico del V e del VI secolo con ancora leggibili le iscrizioni che citano i nomi dei mecenati che pagarono all'epoca il pavimento della cattedrale.
Le finestre delle navate laterali furono ricostruite in stile gotico dopo la distruzione di quelle originali del VI secolo, che furono distrutte in un incendio avvenuto nel 1242.
Il campanile, che si trova di fronte alla chiesa, fu realizzato, tra il 1671 e il 1707, anche grazie a pietre prelevate dall'Arena di Pola.