Egli incontrò dunque il cardinale Nuno da Cunha e Ataíde, Grande Inquisitore del Portogallo, il quale lo assicurò che se avesse promesso di costruire un convento per i francescani a Mafra, appena fuori Lisbona, Maria Anna gli avrebbe dato un erede sulla fine dell'anno.
Il fatto avvenne e la costruzione ebbe inizio nel 1717, con l'intenzione di costruire una modesta chiesa e un convento per un centinaio di frati.
A ogni modo, negli anni successivi, con l'afflusso continuo e copioso di oro dalle colonie americane del Brasile e del Maranhao, i piani vennero cambiati trasformando la struttura nella "magnum opus" del regno di Giovanni per accomodarvi trecento frati e trasformando il tutto in un ibrido convento-palazzo, includendovi una biblioteca reale, una basilica e un gran numero di appartamenti reali per la famiglia del sovrano.
Notando la vastità della costruzione e lo scopo del progetto, Charles de Merveilleux, un nobile svizzero che viveva in Portogallo nel 1726, disse che "re Giovanni ha deciso di costruire un secondo Escorial".