La chiesa verso la metà del Seicento fu restaurata, ma riteniamo che l'attuale chiesa, nella sua struttura attuale, sia di epoca più recente.
Risulta che nel 1684 i fabbriceri Gottardo Omodei e Gottardo Tampalini lasciavano al tempio di San Gottardo un vistoso patrimonio; probabilmente in quegli anni si stava costruendo l'attuale edificio.
La Chiesa di San Gottardo, con i suoi sei altari, si mostrava dunque quasi completa in tutte le sue parti.
Nell'ancona lignea di questa chiesa compare nella predella forse per la prima volta anche la mano del suo giovane e promettente figlio Giovan Angelo, che diventerà in un breve volgere d'anni il più grande di tutti gli scultori in legno della regione.