Grande il problema dei guerriglieri ribelli contro un governo del nord che ha imposto, sin dagli anni ottanta, il duro regime della "Sharīʿa", la Legge coranica.
Contro l'egemonia del GoS  agiscono due principali fazioni ribelli: lo SLM  e il MGU  che continuano a battersi per liberare il sud dal regime imposto.
Rimane l'area di conflitto del Darfur.
In questa zona i conflitti hanno origini remote e risalgono agli scontri fra le popolazioni nomadi arabe e le popolazioni stanziali africane per le risorse vitali come terra e acqua.