Baronio affrontò la questione con l'onestà intellettuale che gli era propria: non soddisfatto delle letture che faceva a Roma, chiese chiarimenti al dotto patrologo gesuita Fronton du Duc in modo peculiare intorno alle fonti che trattavano della presunta papessa.
A tale proposito il suo corrispondente gli suggerì la lettura di uno scritto dello storico francese Florimond de Rémond, confutatore del racconto, cui Baronio si richiamò negli "Annales" quando giunse a trattare l"inanis fabula", per dirla con lo storico.
Partendo dalle osservazioni del Bellarmino, credeva che alla genesi della diceria avessero contribuito essenzialmente due episodi: innanzitutto la debolezza mostrata da Giovanni VIII, che da molti fu considerato "foemina"; poi una lettera che il pontefice Leone IX aveva inviato nel 1054 a Michele Cerulario, patriarca di Costantinopoli, in cui gli rimproverava la promozione di una donna ad alte cariche sacerdotali.
La leggenda acquisì supporto dalla confusione sull'ordine dato ai papi di nome Giovanni; poiché Giovanni è il nome pontificale più usato, e alcuni Giovanni erano antipapi oltre a un Papa Giovanni XIV bis mai esistito, ci fu confusione su quali numeri appartenessero ai veri pontefici Giovanni.