Con quattro vittorie e un pareggio nelle prime cinque giornate in carica, il tecnico è protagonista del migliore inizio in Primera División per un allenatore del Villarreal.
La squadra si conferma quinta in campionato, ottenendo una nuova qualificazione europea.
A causa di un difficile inizio della stagione 2018-2019, con soli 14 punti nelle prime 15 giornate e il diciassettesimo posto in classifica, il 10 dicembre 2018 Calleja è esonerato e rimpiazzato da Luis García Plaza.
Anche questi è, tuttavia, esonerato dopo un solo mese in carica senza ottenere vittorie e sostituito, il 29 gennaio, dal rientrante Calleja.