Il 31 agosto 2007, pur non scendendo in campo, vinse la Supercoppa europea contro il .
Il 16 dicembre 2007 giocò gli ultimi minuti della finale di Coppa del mondo per club contro il , finale che i rossoneri vinsero per 2-4.
Il 16 maggio 2008, nel corso della trasmissione televisiva "Segni Particolari" in onda su Milan Channel, Cafu e il connazionale Serginho annunciarono l'addio al Milan e il giorno seguente Cafu scrisse una lettera aperta per salutare i suoi tifosi.
Sempre da subentrante giocò, seppur per pochi secondi, i quarti di finale vinti contro i .