Durante le indagini Sottosanti dimostrò di avere un alibi, che lo lega al caso Pinelli: il giorno dell'attentato infatti era proprio in compagnia del ferroviere anarchico, il quale gli aveva consegnato un assegno di lire, come risarcimento spese da parte della Croce Nera Anarchica  per essere tornato a Milano a testimoniare per confermare l'alibi di Tito Pulsinelli, accusato di aver effettuato un attentato alla caserma di pubblica sicurezza Garibaldi il 19 gennaio 1969.
Pulsinelli, che era già agli arresti con altri anarchici in quanto indagati anche nell'ambito degli attentati del 25 aprile, verrà poi assolto da tutte le accuse in quanto estraneo ad entrambi i fatti.
Proprio la reticenza di Pinelli a parlare della presenza di Sottosanti e dell'assegno, dovuta al fatto che questo avrebbe potuto essere interpretato dalla procura come un pagamento per una confessione falsa, furono, secondo quanto riferito da Allegra in commissione stragi, tra i motivi che prolungarono il fermo dell'anarchico poi morto in questura.
Lo stesso Allegra darà un duro giudizio sulla persona di Sottosanti: