Jones nel frattempo s'infiltra negli scavi in corso, riuscendo a scoprire il luogo dove è sepolto il Pozzo delle Anime.
Sceso nel pozzo, lo scopre pieno zeppo di serpenti e di cadaveri.
Sul punto di recuperare l'Arca, intervengono ancora i nazisti che gliela sottraggono, e Toth getta Marion nel Pozzo delle Anime su richiesta di Dietrich e contro la volontà di Belloq.
Improvvisamente l'Arca libera tuttavia una forza ultraterrena che fa esplodere le munizioni delle armi e mette fuori uso le apparecchiature elettriche dei tedeschi.