Si aprì un netto conflitto tra Papato ed Impero.
L'imperatore, che si sentiva investito del dovere di difendere l'impero da un papa alleato con i ribelli lombardi, cominciò a conquistare possedimenti dello Stato Pontificio con l'intento di isolare progressivamente Roma.
Gregorio IX chiese aiuto alla Repubblica di Venezia, chiedendo di invadere l'Italia da Sud, precisamente dalla Puglia, e convocò a Roma un concilio ecumenico per la Pasqua del 1241 con lo scopo di deporre l'imperatore.
Alla fine di aprile del 1241 le navi di diversi alti prelati, salpate da Genova, furono bloccate o affondate dagli imperiali tra le isole di Montecristo e del Giglio, nella Battaglia dell'Isola del Giglio.