Dopo la delusione parigina vince per la quarta volta in carriera il torneo di Los Angeles e raggiunge la finale al Canada Masters, venendo sconfitto dal nuovo numero 2 del mondo Rafael Nadal.
All'US Open contro ogni previsione riesce ad arrivare fino in finale ma viene nuovamente battuto da Roger Federer; comunque un grande risultato per Agassi che ottiene anche un trionfo di pubblico.
Successivamente, a New York, si infortuna seriamente all'anca , ma rientra in tempo per la Tennis Masters Cup, in cui però non riesce a essere competitivo .
Finisce l'anno come numero 7 del mondo.