Il 12 giugno, dopo anni di assenza, rientrò nella città natia e si diede a un'intensa attività pastorale, esaminando una sessantina di monasteri nei primi mesi dal suo ingresso e ribadendo l'importanza dell'Indice dei libri proibiti.
Nel 1589 indisse un sinodo e una terza visita pastorale, indirizzata soprattutto a pievi, confraternite di ospedali e parrocchie di campagna, anche questa gestita dal Ceccarelli; un'altra seguì nel 1593.
Oltre a ciò organizzò una serrata ricognizione delle reliquie possedute nelle varie chiese e facilitò l'introduzione della pratica delle Quarantore.
Dopo aver fatto rinnovare il palazzo episcopale fin dal 1574, finanziò anche il restauro del Duomo nel 1582.