Ma la manovra, dietro la quale il settimanale di Enrico Deaglio "Diario" individua collegamenti con il mondo dalemiano e quello berlusconiano, non va in porto.
L'8 marzo del 2006, con un editoriale sul "Corriere della Sera", dichiara che il suo giornale avrebbe auspicato una vittoria elettorale dell'Unione e di Romano Prodi  alle successive elezioni politiche.
Questa posizione suscita aspre polemiche, non solo tra gli esponenti della Casa delle Libertà, a causa dell'abbandono del cosiddetto "terzismo" da parte della testata.
Paolo Mieli ha collaborato a vari programmi televisivi in particolare riguardanti argomenti storici: "Correva l'anno" , "La grande storia", "Italiani", "Storia della prima guerra mondiale", "Storia della seconda guerra mondiale", "Storia della Repubblica" e "Passato e Presente".