L'8 dicembre vince la sua prima partita in campionato con la Sampdoria per 2-0 contro il ; con lo stesso risultato perde invece il 6 gennaio seguente contro il Napoli, la prima gara stagionale.
Quattro giorni dopo viene eliminato agli Ottavi di finale di Coppa Italia dalla .
Il 3 febbraio 2014 vince il Derby di Genova per 1-0 grazie al gol di Maxi López.
Conclude la stagione al 12º posto con 45 punti totali; di cui 36 ottenuti nelle 26 partite in cui è Siniša a sedere in panchina.