La sua patologia si rivelò un tumore a rapido accrescimento nella parte inferiore del corpo, il quale premeva sui vasi.
Mentre giaceva a letto malato, il "movimento dei laicisti" e la "frazione dei medici" litigavano già per la sua eredità.
Kneipp stesso ora passava la maggior parte del tempo nella propria camera e si faceva trattare con applicazioni idroterapiche.
Numerosi medici vennero da lui e lo visitarono, tuttavia egli rifiutò l'unico metodo utile, un'operazione chirurgica.