Il Comune estende la sua sfera d'influenza su Assisi  e Foligno  e conosce un imponente sviluppo urbano che si protrarrà fino alla metà circa del Trecento.
La città è amministrata all'epoca da un governo mercantile, esercitato dai Priori, eletti fra gli iscritti alle arti, e con sede nel Palazzo dei Priori .
Nella seconda metà del Duecento Perugia è all'apice della sua potenza di stato autonomo e controlla un territorio che si estende per buona parte dell'attuale Umbria e che spiega le notevoli dimensioni che oggi presenta la provincia e il comune di Perugia.
A causa delle lotte interne e del tentativo di sottrarsi al dominio papale, si succedono diverse signorie .