Il corpo svuotato dagli organi veniva poi lavato con delle sostanze antibatteriche e, dopo questa operazione, nell'addome venivano introdotte bende impregnate di natron, pezzi di lino e segatura.
Il corpo veniva poi ricoperto con lo stesso sale ed infine unto con appositi oli balsamici .
Al termine di questa fase il cadavere si presentava completamente disidratato, seppur ancora riconoscibile.
Nelle numerose statuette bronzee rappresentanti il suo passaggio da semidio a dio, Imhotep presenta chiari segni delle sue origini umane: appare come un saggio seduto su un trono privo dello scettro o della barba, elementi rappresentativi delle divinità.