Per l'altare della madonna della Neve, su cui era fondata l'omonima compagna, nel 1482 fu realizzata una pala con la Madonna e Santi, da Domenico e David del Ghirlandaio oggi purtroppo perduta.
Nel 1869 l'intero edificio fu demolito per la costruzione di una nuova chiesa voluta dal priore don Paolo Magni e su disegno dell'architetto Bernardo Bernardini, il nuovo edificio di impronta neoclassica su tre navate coperto in volta, era al momento della consacrazione nel 1872 il più grande nel contado di Pistoia.
Al suo interno si conserva un monumentale organo opera di Cesare Tronci purtroppo gravemente modificato nel 1966.
La parrocchia di San Niccolò comprende la vecchia e la nuova chiesa.