Nel corso del XVIII secolo, l'edificio ha subito nuove modifiche: a quest'epoca risalgono la realizzazione delle decorazioni in stucco di stile barocco che decorano l'interno e la trasformazione dell'altare maggiore e di quello dedicato a San Paolo , nella seconda cappella a sinistra.
Altri interventi si sono avuti, infine, nel corso del XIX secolo: al 1855 risale la demolizione dell'antico soffitto in legno, decorato al centro da un quadro della Madonna delle Grazie e la sua sostituzione con un solaio in muratura; al 1885 la trasformazione del preesistente altare della Madonna del Rosario, nella prima cappella a sinistra, con un nuovo altare decorato con intarsi di marmi policromi.
Un tempo l'altare custodiva un dipinto con la Madonna del Rosario, realizzato dal pittore gallipolino Catalano prima del 1578.
Altri due altari custodivano pregevoli dipinti, datati anch'essi al XVI secolo: sul primo altare a destra della navata principale era collocato un "Cristo in Gloria"; sul secondo altare a destra si trovava quello della "Madonna con Bambino e anime purganti".