Certamente dovette attraversare momenti duri e molte volte fu costretto a chiedere aiuto all'amico Lalande, anche solo per rifornire di olio la lampada che usava la notte per le osservazioni.
Nel settembre 1793 Messier scoprì una nuova cometa in Ophiuco.
Gli astronomi parigini erano dispersi, rimaneva solo Saron, ma in prigione.
Colpito da idropisia, morì nella notte dell'11 aprile 1817, all'età di ottantasei anni.