Chi voleva, poteva seguirlo a Costantinopoli.
Martino si rese conto troppo tardi di quanto stava accadendo e di cosa lo aspettava, ma ebbe la presenza di spirito  di non chiedere l'intervento della milizia e del popolo, la cui sollevazione avrebbe potuto risolversi in un forse inutile spargimento di sangue, e seguì Teodoro.
Nella notte del 19 giugno fu caricato su una nave che lo attendeva sul Tevere, accompagnato da soli sei servitori, e salpò verso Costantinopoli, dove arrivò il 17 settembre, dopo un viaggio reso ancora più straziante dalla malattia  e dalla proibizione di scendere a terra nei porti in cui si faceva sosta.
Il 20 dicembre 653 fu sottoposto a processo, dopo tre mesi di detenzione in carcere in stato d'isolamento totale.