Ottone fu persino sconfitto e ferito in battaglia da Filippo il 27 luglio 1206, nei pressi di Wassenberg, e di conseguenza perse anche l'appoggio del papa, che cominciò a pensare di favorire il vincitore apparente nel conflitto.
Ottone fu costretto a ritirarsi nei suoi possedimenti vicino a Braunschweig, lasciando Filippo praticamente incontrastato re di Germania.
A questo punto il papa Innocenzo III costrinse le due parti in conflitto a venire a trattative: nell'incontro di Colonia, Filippo propose a Ottone, in cambio della rinuncia alla sua pretesa al trono, la mano della figlia Beatrice, insieme al Ducato di Svevia e a una dote enorme.
Ottone rifiutò e, appena la guerra civile era di nuovo sul punto di ricominciare, Filippo venne assassinato da Ottone VIII di Baviera l'8 giugno 1208.