Durante il regno del nipote Thutmose III, però, fu decisa la traslazione di Thutmose I nella nuova tomba KV38, con un nuovo corredo funerario.
Di conseguenza, Hatshepsut potrebbe essere stata spostata nella tomba  della sua balia Sitra.
Un possibile promotore di questi spostamenti potrebbe essere stato Amenofi II, figlio di Thutmose III e di una sposa secondaria, nel tentativo di rinsaldare i propri diritti di successione.
Verso la fine del regno di Thutmose III e durante quello del figlio Amenofi II, ebbe inizio la graduale cancellazione di Hatshepsut da alcuni monumenti e da alcune cronache faraoniche.