Nel mercato invernale 2009 sfuma il trasferimento in altre squadre e resta alla Roma, che nel frattempo lo ha escluso dalla squadra e dalla lista Champions.
La settimana successiva Panucci in un comunicato ufficiale chiede pubbliche scuse a tifosi e società, venendo reintegrato in rosa.
Alla terz'ultima gara di campionato realizza il suo ultimo gol con la maglia giallorossa al Catania, gara finita 4-3 per la Roma.
Il 30 giugno, finito il contratto con la Roma, è svincolato.