Tra il luglio e l'ottobre del 1944, l'Armata Rossa tornò ad occupare i territori dei Paesi baltici e iniziò la seconda occupazione sovietica.
Le prime elezioni che seguirono al conflitto si tennero nell'inverno del 1946, al fine di eleggere 35 membri del Consiglio Supremo della RSS lituana.
I risultati furono nuovamente poco trasparenti  e la vittoria dei candidati del Partito Comunista fu schiacciante.
Il Consiglio Supremo era formalmente in mano di autorità locali e sostanzialmente gestito dal primo segretario del Comitato Centrale del Partito Comunista, Antanas Sniečkus fino al 1974.