Il Re longobardo Agilulfo reagì assediando la città di Perugia, dove vi era Maurisione, un Longobardo passato dalla parte dei Bizantini; espugnò Perugia e uccise Maurisione, poi, sistemate le cose, tornò a Pavia.
Nel 593  Agilulfo, approfittando dei rapporti burrascosi tra Romano, l'Esarca di Bisanzio, e il Papa, assediò Roma: nonostante la carenza di uomini e mezzi per difendere la città dai Longobardi, la Città Eterna resistette e Papa Gregorio riuscì a comprare il ritiro dei Longobardi al prezzo di 5000 libbre d'oro.
Papa Gregorio Magno tentò di convincere i Bizantini a firmare una tregua con i Longobardi, ma il bellicoso Esarca Romano non era d'accordo e cercò di screditare in ogni modo il Papa alla corte imperiale.
I rapporti tra Papa e Imperatore si deteriorarono, soprattutto quando Maurizio in una lettera destinata al Santo Padre lo definì un ingenuo in quanto, a suo dire, si faceva ingannare dall'astuzia dei Longobardi;