Convocato un nuovo concilio a Costantinopoli nell'879-880, revocò le disposizioni del precedente consesso e riaprì le controversie dottrinali e teologiche con Roma.
Dichiarò inoltre la Bulgaria sottoposta all'autorità del proprio patriarcato.
Tali atti lo portarono a una nuova scomunica da parte del Papa, che come unico effetto sortì solo un nuovo scisma con la chiesa occidentale.
La questione sembrò risolversi nell'886, quando il nuovo imperatore Leone VI il Saggio rimosse Fozio, sostituendolo col proprio fratello, Stefano I. Papa Stefano V, però, ritenne tale procedura irregolare e scomunicò anche il nuovo patriarca.