Si rifugiò a Pyrford, nel Surrey, sotto la protezione di un cugino della moglie; ricevette sussidi da Lady Magdalen Herbert e dalla contessa di Bedford.
Furono anni duri per Donne, che si accostò al vescovo anglicano Thomas Morton  e che solo nel 1609 si riappacificò con il suocero.
L'anno dopo rese pubblica la sconfessione della sua fede con la diffusione di un libello anticattolico, guadagnandosi le simpatie del sovrano Giacomo I.
Il monumento rimase integro anche dopo l'incendio del 1666 e venne spostato nella cattedrale di San Paolo, gestita da Donne quando era in vita.