Presso l'ingresso delle catacombe sorge la cosiddetta basilichetta di Santa Sofia, ad aula unica.
Essa mostra due fasi edilizie: la più antica - di cui rimane solo un tratto inglobato in quella successiva - è in conci di tufo locale, come le murature degli edifici paleocristiani di Canosa.
La seconda fase presenta una costruzione a muratura listata, tradizionale nella pratica edilizia beneventana, centro del principato longobardo.
Essa è stata individuata nell'autunno del 2006 sul Piano di San Giovanni.