Altre forme di controllo sull'esarca erano rappresentate dall'invio di commissari speciali da Costantinopoli per indagare sul suo operato e dall'obbligo da parte dell'esarca di inviare periodicamente rapporti a Costantinopoli per informare l'Imperatore della situazione in corso.
Inoltre, su temi delicati, come quello religioso, gli esarchi non avevano completa libertà di iniziativa, ma erano tenuti ad attenersi alle disposizioni dell'Imperatore.
Questo sistema di controllo risultò efficace nella maggioranza dei casi, ma in due di essi, quelli di Eleuterio e di Olimpio, l'esarca si rivoltò all'Imperatore e proclamò la propria indipendenza.
Nei castelli più importanti e nelle singole città vi erano presidi cittadini retti da "tribuni" e "comites", che avevano ovviamente la funzione di difenderle dai Longobardi e che, insieme ai vescovi, finirono per amministrarle anche in ambito civile.