Fu, però, solo nel 540 che Vigilio prese una posizione ferma sul monofisismo.
Inviò due lettere a Costantinopoli: una indirizzata all'imperatore Giustiniano I, l'altra al Patriarca Menna.
In entrambe le lettere il papa ribadiva i concetti espressi dal Concilio di Efeso e dal Concilio di Calcedonia e confermava le decisioni del suo predecessore, papa Leone I, approvando in pieno la deposizione del patriarca Antimo.
Teodora non poteva accettare il tradimento di Vigilio, e preparò la sua vendetta.