Nel 1634 truppe francesi al comando di Enrico II di Rohan cacciarono gli Spagnoli.
Quando però Jenatsch si rese conto che la Francia non era affatto intenzionata a restituire ai Grigioni le terre liberate, cominciò a stabilire trattative segrete con gli Asburgo  e nel 1635 abiurò e si convertì al cattolicesimo.
Nel 1637 comandò una rivolta che portò alla cacciata del duca di Rohan e dei Francesi dalla Valtellina e dalle altre terre dei Grigioni.
L'accordo definitivo fu trovato nel 1639: in base ad esso la Valtellina tornava sotto la sovranità delle Tre Leghe, ma con il divieto di residenza per i protestanti: salvo i funzionari governativi, nessun protestante poteva dimorare in Valtellina più a lungo di tre mesi.