L'Inquisizione cominciò a perseguitare i conversi a Siviglia, e furono istituiti tribunali speciali in rapida successione a Cordova, Jaén, e Ciudad Real, e in seguito nelle regioni di Aragona, Catalogna e Valencia.
Tra il 1486 e il 1492 furono tenuti solamente a Toledo venticinque autodafé, e ne sarebbero stati eseguiti oltre 464 tra il 1492 e il 1826.
In totale, furono processati oltre 13.000 conversi, dal 1480 fino al decreto di espulsione di tutti gli ebrei dalla Spagna del 1492.
Dal 1494, inquisitore generale fu Alonso Suárez de la Fuente del Sauce.