পূর্ব মালয়েশিয়া দক্ষিণে ইন্দোনেশিয়া, উত্তরে ও পশ্চিমএ দক্ষিণ চীন সমুদ্র ও সর্ব্বোত্তরে সুলু সমুদ্র দিয়ে ঘেরা।
East Malaysia shares its southern border with Indonesia, and is cradled by the South China Sea to the west and north, and the Sulu Sea to the northeast.