Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed (film)
Callum ditempatkan di Animus sekali lagi, dimana Aguilar dan Maria menyergap pertemuan antara Muhammad dan Ojeda untuk bertukar Ahmed untuk Apple Eden, membunuh Templar dan mengambil Apple Eden. Ojeda menangkap Maria memaksa Aguilar untuk menyerah, tapi Maria memilih kematian dan Ojeda fatal menusuk sebelum Aguilar membunuhnya. Aguilar kemudian lolos, tampil lain Leap of Faith, menyebabkan Animus kerusakan. Aguilar kemudian memberikan Apple Eden untuk Christopher Columbus, di mana ia ditemukan oleh Abstergo di makamnya. Rikkin dan para pengikutnya kemudian berkumpul di sebuah Templar sanctuary di London untuk melakukan ritual untuk memanfaatkan kekuatan, sementara Callum melihat halusinasi dari ibunya dan nenek moyangnya, semua dalam pakaian pembunuh, sepenuhnya merangkul keturunan pembunuhnya.