Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Mereka mengembangkan cerita naratif di mana pemain akan mengontrol seorang Assassin yang bertugas sebagai pengawal untuk tokoh Prince yang tidak dimainkan, menamai permainan tersebut sebagai Prince of Persia: Assassin. Ubisoft tidak senang dengan permainan Prince of Persia tanpa Prince sebagai tokoh yang dapat dimainkan, tetapi kemudian divisi pemasaran menyarankan judul Assassin's Creed, yang berpusat pada Assassin, "tidak ada yang benar; semuanya diperbolehkan." Ubisoft Montreal mengikuti saran tersebut dengan menciptakan kekayaan intelektual yang sepenuhnya baru, menghilangkan sosok Prince dan menciptakan konflik antara Assassin dan Ksatria Templar. Selanjutnya, dalam menentukan dalil pembunuhan lain yang berkaitan dalam sejarah manusia, mereka memperoleh ide dari memori genetik dan menciptakan perangkat "Animus" dan elemen alur cerita modern, yang kemudian memungkinkannya untuk menjelaskan aspek tertentu dari permainan, seperti misalnya ketika pemain gagal dalam suatu misi, dengan cara yang serupa seperti pada The Sands of Time.[3]