Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Pertempuran Hokuetsu
Pertempuran Hokuetsu mengakhiri resistensi terakhir dari pemerintahan Meiji yang baru di pesisir Laut Jepang Honshū, dan mengisolasi pusat resistensi yang tersisa: Aizu. Setelah upaya menghentikan perjuangan tentara kekaisaran gagal pada Pertempuran Bonari Pass, pertempuran penting berikutnya dalam Perang Boshin adalah Pertempuran Aizu.