Kesultanan Mataram
Sutawijaya naik tahta setelah ia merebut wilayah Pajang sepeninggal Hadiwijaya dengan gelar Panembahan Senopati. Pada saat itu wilayahnya hanya di sekitar Jawa Tengah saat ini, mewarisi wilayah Kerajaan Pajang. Pusat pemerintahan berada di Mentaok, wilayah yang terletak kira-kira di timur Kota Yogyakarta dan selatan Bandar Udara Adisucipto sekarang. Lokasi keraton (tempat kedudukan raja) pada masa awal terletak di Banguntapan, kemudian dipindah ke Kotagede. Sesudah ia meninggal (dimakamkan di Kotagede) kekuasaan diteruskan putranya Mas Jolang yang setelah naik tahta bergelar Prabu Hanyokrowati.
Permusuhan Banten dan Jawa
Pada saat Banten diperintah oleh Sultan Abulmafakhir, pada tahun 1646, saat Amangkurat menggantikan Sultan Agung, Mataram masih ingin manaklukan Banten. Awal tahun 1648 Banten mengambil langkah besar untuk menangkal kemungkinan serangan: kapal-kapal perang besar dibangun dan para penduduk di sekitar kota diperintahkan untuk masuk kedalam perlindungan benteng kota. Usaha tersebut dirasakan manfaatnya beberapa tahun kemudian. Dua tahun kemudian, dua misi diplomatik tiba di Banten; mereka meminta agar Banten menyerahkan diri kepada Mataram. Banten menjawab bahwa Banten hanya tunduk kepada pimpinan besar di Mekah. Mataram segera memberikan reaksi dengan mengirim armada angkatan laut dari Cirebon, jajahan Mataram, untuk menyerang Banten. Terjadilah pertempuran sengit di lautan sekitar Tangerang. Banten memenangkan pertempuran ini serta membunuh lima ratus tentara Cirebon. Dengan demikian Mataram dapat dikalahkan oleh Banten.