Perang Barito
Pada 22 Februari 1860, kembali kapal perang Celebes dan Monterado dikirim menyerang benteng Leogong. Benteng ini dikepung dengan dua buah kapal perang di hulu dan disebelah hilir serta 200 serdadu didaratkan. Pertempuran sengit pun terjadi sepanjang sungai Barito. Menyadari terhadap pengepungan ini Pangeran Antasari dan Tumenggung Surapati melakukan siasat mundur untuk menghindarkan banyaknya jatuh korban. Perang ini berakhir tanpa hasil yang memuaskan bagi Belanda. Untuk mengantisipasi kapal-kapal perang Belanda, Tumenggung Surapati dan Pangeran Antasari mengerahkan beratus-ratus perahu dengan sebuah perahu komando yang besar. Pada perahu besar ini dipancangkan bendera kuning. Armada perahu ini disertai pula dengan beberapa buah lanting kotta-mara (katamaran) semacam panser terapung. Bentuk kotta-mara ini sangat unik karena dibuat dari susunan bambu yang membentuk sebuah benteng terapung. Kotta-mara dilengkapi dengan beberapa pucuk meriam dan lila. Selain kapal perang Onrust yang berhasil ditenggelamkan pada 26 Desember 1859, sebelumnya yaitu pada bulan Juli 1859 juga ditenggelamkan kapal perang Cipanas dalam pertempuran di sepanjang Barito di sekitar pulau Kanamit.
Kota Kinabalu
Beberapa pemberontakan terhadap pemerintahan tentara Jepang sempat terjadi di "Api-Api". Satu pemberontakan besar yang terjadi pada 10 Oktober 1943 oleh Gerilyawan Kinabalu yang merupakan penduduk pribumi. Tentara Jepang menghentikan pemberontakan ini setelah pemimpinnya, Albert Kwok, ditangkap dan dibunuh pada tahun 1944.
Pada tahap akhir perang, kota ini sekali lagi dihancurkan oleh tentara Sekutu dengan pengeboman siang dan malam dalam waktu lebih dari enam bulan sebagai bagian dari Kampanye Borneo pada tahun 1945. Sebagai akibat dari aksi ini, hanya tiga bangunan yang tetap berdiri. Perang di Borneo Utara berakhir dengan penyerahan diri resmi Angkatan Darat Jepang ke-37 oleh Letjen Baba Masao di Labuan pada 10 September 1945.