Fauna Indonesia
Walaupun 45% daerah Indonesia masih belum berpenghuni dan ditutupi hutan tropis, pertumbuhan populasi Indonesia yang tinggi dengan industrialisasinya, secara perlahan memengaruhi keberadaan fauna di Indonesia. Ditambah lagi, perdagangan hewan ilegal semakin menambah parah kondisi fauna Indonesia, termasuk di antaranya badak, orangutan, harimau, dan beberapa spesies amfibia[5]. Hingga 95% hewan yang dijual di pasar diambil langsung dari hutan dan bukannya melalui konservasi; dan lebih dari 20% hewan ini meninggal dalam perjalanan.[12]. Pada tahun 2003, World Conservation Union mencatat 147 spesies mamalia, 114 burung, 91 ikan dan 2 invertebrata termasuk dalam hewan-hewan yang terancam punah[12].
Sejarah Nusantara
Dari sudut persebaran makhluk hidup, wilayah ini merupakan titik pertemuan dua provinsi flora dan tipe fauna yang berbeda, sebagai akibat proses evolusi yang berjalan terpisah, namun kemudian bertemu. Wilayah bagian Paparan Sunda, yang selalu tidak jauh dari ekuator, memiliki fauna tipe Eurasia, sedangkan wilayah bagian Paparan Sahul di timur memiliki fauna tipe Australia. Kawasan Wallacea membentuk "jembatan" bagi percampuran dua tipe ini, namun karena agak terisolasi ia memiliki tipe yang khas. Hal ini disadari oleh sejumlah sarjana dari abad ke-19, seperti Alfred Wallace, Max Carl Wilhelm Weber, dan Richard Lydecker. Berbeda dengan fauna, sebaran flora (tumbuhan) di wilayah ini lebih tercampur, bahkan membentuk suatu provinsi flora yang khas, berbeda dari tipe di India dan Asia Timur maupun kawasan kering Australia, yang dinamakan oleh botaniwan sebagai Malesia. Migrasi manusia kemudian mendorong persebaran flora di daerah ini lebih jauh dan juga masuknya tumbuhan dan hewan asing dari daratan Eurasia, Amerika, dan Afrika pada masa sejarah.