Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Ōnin
Akibat perang berkepanjangan dan tindakan anarki kelompok perampok, Kyoto berulang kali dibakar dan dibiarkan terbengkalai sebagai padang ilalang. Perang juga meluas ke provinsi yang menjadi wilayah kekuasaan daimyo yang mengirimkan pasukannya ke Kyoto. Sebagai akibatnya, mereka tidak dapat memusatkan perhatian kepada perang di Kyoto. Para daimyo mulanya saling berperang untuk menjadi kekuatan militer terbesar keshogunan, namun akhirnya kehilangan alasan untuk berperang setelah keshogunan mengalami kemunduran.