Geografi Jepang
Selain 4 pulau utama, terdapat 3.000 pulau-pulau berukuran lebih kecil, termasuk Okinawa serta pulau-pulau kecil yang berpenghuni atau tidak berpenghuni. Pada tahun 2006, total luas wilayah Jepang adalah 377.923,1km², di antaranya 374.834km² adalah daratan dan 3.091km² perairan. Sekitar 73% wilayah Jepang adalah daerah pegunungan. Total luas wilayah Jepang kira-kira 80% luas Pulau Sumatra, namun lebih besar dari luas wilayah Jerman, Malaysia, Selandia Baru, dan Britania Raya.
Wilayah perairan Jepang
Perairan Jepang memiliki tiga ekosistem yang berbeda. Di perairan utara, lautan tertutup es di lepas Shiretoko Peninsula yang berbatasan dengan laut Okhotsk. Di perairan tengah bersuhu sedang di semenanjung Izu yang menghadap ke samudra Pasifik dan teluk Toyama yang menghadap ke laut Jepang atau laut Timur. Kepulauan Ryukyu yang berada di antara laut Cina Selatan dan laut Philipina. Di perairan selatan terdapat kepulauan Bonin yang terdiri dari 30 pulau, sekitar 800 km di selatan Tokyo, berada di samudra Pasifik dan berbatasan dengan laut Philipina.