Sunan Kudus
Pada tahun 1550, Sunan Kudus meninggal dunia saat menjadi Imam sholat Subuh di Masjid Menara Kudus, dalam posisi sujud. kemudian dimakamkan di lingkungan Masjid Menara Kudus.
Ki Ageng Pamanahan
Ki Ageng Pamanahan, isteri dan putranya setelah wafat dimakamkan di kompleks Pemakaman Kotagede yang berada di selatan Masjid Kotagede.
Menurut "Babad Tanah Jawi", sepeninggal Sultan Trenggana tahun 1546, Kesultanan Demak mengalami krisis politik akibat perebutan takhta. Putranya yang naik takhta, bergelar Sunan Prawata, tewas dibunuh atas perintah sepupunya sendiri, yaitu Arya Penangsang, adipati Jipang. Arya Penangsang, yang didukung Sunan Kudus, juga membunuh Pangeran Hadiri, suami Ratu Kalinyamat (Jepara), putri Sultan Trenggana. Sejak itu, Ratu Kalinyamat memilih hidup bertapa di Gunung Danaraja (kompleks Gunung Muria) menunggu kematian Arya Penangsang.