Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Connor pergi ke berbagai kota di Amerika seperti New York dan Boston untuk mencari informasi mengenai Charles Lee dan Piece of Eden. Kemudian ia bertemu dengan ayahnya yang merupakan Ketua Ordo Templar pada saat itu, akhirnya timbul konflik antar keduanya. Connor menyimpan amarah kepada Haytham karena pada saat kejadian itu dia tidak ada untuk menyelamatkan ibunya dan ditambah lagi Charles Lee adalah bawahan dari Haytham. Terjadi pertarungan antar keduanya yang akhirnya Haytham dibunuh oleh Connor. Setelah menjalankan misi Connor pun kembali ke kediaman Achilles dan menemukan Achilles meninggal dengan memegang sebuah surat dan sebuah medali, Connor pun kaget dan langsung meminta pendeta untuk segera memakamkannya, Connor yang masih dalam keadaan sedih pergi untuk membersihkan kediaman Achilles.