Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Desmond Miles adalah seorang bartender yang merupakan keturunan dari beberapa generasi Assassin terkemuka; meski dibesarkan sebagai Assassin, ia meninggalkan keluarga nomadennya untuk mencari gaya hidup yang lebih umum. Dia awalnya diculik oleh Abstergo, yang menyadari garis keturunan pendahulunya. Desmond dipaksa untuk menggunakan Animus dan diketahui menjadi Subject 17; banyak dari enam belas subjek sebelumnya meninggal karena akibat dari penggunaan berlebihan Animus.