Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Sepanjang tahun 1864, kekuatan asing menanggapinya dengan pembalasan bersenjata, termasuk Bombardemen Kagoshima oleh tentara Inggris dan Bombardemen Shimonoseki oleh kekuatan multinasional. Pada bersamaan, tentara Domain Chōshū didukung ronin yang benci orang asing mengobarkan Pemberontakan Hamaguri untuk menguasai ibu kota kekaisaran di Kyoto. Namun pemberontakan berhasil dipadamkan pasukan yang dikirim Tokugawa Yoshinobu. Ketika itu, sikap istana dan pemimpin Domain Chōshū mulai melunak. Walaupun demikian, tahun berikutnya Keshogunan Tokugawa tidak dapat mengendalikan para daimyo yang melawan pemerintah pusat di Edo.[7]