Kesultanan Mataram
Sutawijaya naik tahta setelah ia merebut wilayah Pajang sepeninggal Hadiwijaya dengan gelar Panembahan Senopati. Pada saat itu wilayahnya hanya di sekitar Jawa Tengah saat ini, mewarisi wilayah Kerajaan Pajang. Pusat pemerintahan berada di Mentaok, wilayah yang terletak kira-kira di timur Kota Yogyakarta dan selatan Bandar Udara Adisucipto sekarang. Lokasi keraton (tempat kedudukan raja) pada masa awal terletak di Banguntapan, kemudian dipindah ke Kotagede. Sesudah ia meninggal (dimakamkan di Kotagede) kekuasaan diteruskan putranya Mas Jolang yang setelah naik tahta bergelar Prabu Hanyokrowati.
Cakraningrat II
Panembahan Cakraningrat II, memerintah antara 1680-1707, adalah seorang penguasa wilayah Madura Barat dan pesisir utara Jawa Timur. Namanya sebelum naik tahta adalah Raden Undagan atau Pangeran Sampang. Kekuasaan Cakraningrat II mendapat dukungan kuat dari para penguasa Surabaya, yang juga adalah menantu dan cucu menantunya, yaitu Ngabehi Jangrana I dan anaknya Jangrana II. Pada masa pemerintahannya, ia juga terlibat dalam kemelut suksesi Mataram, yang antara lain melibatkan Trunojoyo, Amangkurat II, Untung Surapati, Pakubuwana I, Amangkurat III, serta VOC.