MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
MAN Babakan Lebaksiu
Periode 1982 s.d sekarang diganti oleh KH. Abdul Malik Mufti, namun beliau wafat tahun 2000 sehingga diteruskan oleh para cucunya.
Perkembangan selanjutnya, berdasarkan usulan permohonan penegerian MMA tertanggal 1 Maret 1968 yang ditandatangani oleh ketua pengasuh pondok pesantren Bapak KH. Isa Mufti dan Kepala MMA Bapak KH. Shofwan Mufti, BA., dan Surat Keputusan (SK) Menteri Agama Nomor 81 Tahun 1968, tertanggal 19 April 1968 TMT. 01 Januari 1968 maka Madrasah Menengah Atas (MMA) berubah menjadi Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN) dengan Pejabat Sementara (PJs) Kepala terpilih atas nama Pejabat Kepala Inspeksi Pendidikan Agama Islam Kabupaten Tegal yaitu RM. Kholid, setengah tahun pesantren Babakan Tegal, walaupun sudah resmi penegerian di bawah naungan Departemen Agama. Sedangkan kondisi murid masih hanya kalangan santri dan masyarakat sekitarnya.
Pada akhir tahun pelajaran 1978/ 1980 MAAIN dengan izin Allah SWT memiliki tanah seluas 2.580 m² atas usaha dan kerja keras kepala sehingga dapat tanah bengkok carik, berkat tukar tambah terletak di sebelah timur Dukuh Babakan dengan tanah yang dibeli BP.3 MAAIN dengan luas 9.200 m² , kemudian dibangun 3 lokal dan 1 ruang kantor bantuan daru Departemen Agama.
Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN) terus disandang sampai tahun 1975, berdasarkan , MAAIN berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) TMT tertanggal, 1 Januari 1975.