MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
SMP Ali Maksum
SMP Ali Maksum didirikan tahun 2009 oleh K.H. Atabik Ali. Nama Ali Maksum diambil dari nama Rais Aam Syuriyah Pengurus Besar Nahdlatul Ulama periode 1980-1984, yaitu K.H. Ali Ma’shum yang merupakan ayah kandung K.H. Atabik Ali. Semasa hidupnya, Ali Maksum pernah memimpin Pondok Pesantren Al Munawwir (1968-1989). Legal formal SMP Ali Maksum berada di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Ali Maksum Krapyak Yogyakarta di mana Atabik Ali berposisi sebagai pembina bersama Dr. H. Anas Urbaningrum. Sementara itu, Hj. Athiyyah Laila menjadi pengawas. Dalam mengoperasikan Yayasan Pondok Pesantren Ali Maksum Krapyak Yogyakarta, Atabik Ali dibantu H. Khoirul Fuad, M.S.I., Hj. Dinazad, dan Hj. Maryati.