Garuda Indonesia
Maskapai penerbangan PT Indonesian Airlines Aviapatria (Indonesian Airlines) didirikan tahun 1999 dan mulai beroperasi Maret 2001. Pada September 1999, ia memperoleh izin dari pemerintah Indonesia untuk melakukan penerbangan berjadwal di 46 rute. Perusahaan ini dimiliki oleh investor perorangan (75%) dan Rudy Setyopurnomo (25%), Presiden Direktur maskapai ini. Indonesian Airlines menghentikan operasinya pada tahun 2003. Setelah itu kantor pusatnya digabungkan dengan Garuda Indonesia.
Pesawat Kepresidenan Indonesia
Sebelum memiliki pesawat khusus kepresidenan, utamanya yang berkemampuan jarak jauh, baik Presiden ataupun Wakil Presiden Indonesia bepergian menggunakan pesawat sewaan dari Garuda Indonesia. Untuk kunjungan internasionalnya, Soekarno menggunakan Convair 990 serta pernah mencarter DC-8 dari Pan Am, utamanya ketika berkunjung ke Amerika Serikat. Pada era Soeharto, pesawat DC-10 sejak dekade 1970-an atau MD-11 yang dibeli Garuda pada era 1990-an, menjadi pilihan dalam kunjungan internasional, serta Pelita Air Service Avro RJ85 atau Fokker F28 untuk kunjungan dalam negeri. Soeharto juga diketahui pernah menggunakan Boeing 737 Classic dan Airbus A300 Garuda dalam kunjungan kerjanya. Kemudian, pada pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono, jenis pesawat yang digunakan biasanya Boeing 737-800 untuk penerbangan domestik dan penerbangan internasional jarak pendek; sementara pesawat jenis Airbus A330-300 digunakan untuk kebanyakan perjalanan kenegaraan ke luar negeri. TNI-AU memiliki skadron VIP untuk melayani keperluan perjalanan presiden, wakil presiden, dan menteri-menteri negara. Skadron ini adalah Skadron Udara 17 yang mengoperasikan pesawat Boeing 737-200, Boeing 737-400, Fokker F28-1000, dan Lockheed C-130 Hercules, Pada masa pemerintahan Abdurrahman Wahid, skadron ini sempat mengoperasikan Boeing 707 bekas Pelita Air untuk penerbangan internasional. Sementara Skadron Udara 45 mengoperasikan helikopter Aérospatiale AS 332L-1 Super Puma. Semua pesawat terbang dan helikopter tersebut berpangkalan di Bandar Udara Halim Perdanakusuma, Jakarta. Kebanyakan pesawat kepresidenan lepas landas dan mendarat di lapangan terbang ini. Penerbangan kenegaraan menggunakan pesawat Garuda Indonesia, Pelita Air Service dan TNI-AU berlangsung pada masa pemerintahan presiden Soekarno, Soeharto, B.J. Habibie, Abdurrahman Wahid, Megawati Soekarnoputri, dan Susilo Bambang Yudhoyono.