Istana Osaka
Pada saat itu, Istana Osaka jauh lebih luas dibandingkan dengan Istana Osaka yang ada sekarang. Toyotomi Hideyoshi berkuasa setelah Oda Nobunaga tutup usia dan menjadikan Istana Osaka sebagai pusat pemerintahan. Toyotomi Hideyoshi tidak tinggal di Istana Osaka, melainkan di tempat-tempat kediamannya yang ada di Kyoto: Jurakudai (yang juga disebut Jurakutei) dan Istana Fushimi.
Heian-kyō
Pada masa pemerintahan Keshogunan Kamakura dan Keshogunan Tokugawa yang bermarkas di wilayah Kanto, Heian-kyō (Kyoto) kehilangan peran sebagai pusat pemerintahan. Ibu kota juga pernah dipindahkan untuk sementara ke Fukuhara-kyō pada tahun 1180. Walaupun demikian, Kaisar Jepang terus berkedudukan dan bertempat tinggal di Heian-kyō (Kyoto) hingga zaman Restorasi Meiji. Sekarang, istana bekas kediaman kaisar di Kyoto disebut Kyoto Gosho.