Ashikaga Takauji
Selanjutnya, pihak Istana Selatan yang dipimpin Pangeran Muneyoshi, Nitta Yoshioki, Nitta Yoshimune, serta Hōjō Tokiyuki menyerang pasukan Takauji. Setelah sempat mundur hingga ke Provinsi Musashi, lewat serangan balasan terhadap kekuatan Istana Selatan di daerah Kanto, Takauji melakukan akhirnya merebut kembali Kyoto. Sesudah itu, Tadafuyu menyerang Kyoto, namun gagal dan terpaksa mundur ke Kyushu. Pada tahun 1354, pihak Istana Selatan untuk sementara berhasil menduduki Kyoto untuk direbut kembali oleh Istana Utara pada tahun berikutnya. Takauji secara pribadi masih memiliki rencana untuk membunuh Tadafuyu, namun penyakit bisul (radang di bawah kulit) lebih dulu merenggut nyawanya. Ashikaga Takauji, 54 tahun, meninggal dunia di rumah kediamannya di daerah Nijō, Kyoto pada tahun 1358.
Ashikaga Takauji
Setelah menguasai Kyoto, Takauji mengajak Kaisar Go-Daigo untuk berdamai. Tawaran tersebut diterima Kaisar Go-Daigo yang menyerahkan Tiga Harta Suci kepada Kaisar Kōmyō (adik mantan Kaisar Kōgon). Selanjutnya, Takauji menetapkan 17 pasal Kemmu Shikimoku sebagai kebijakan dasar pemerintahan, dan mengumumkan berdirinya pemerintahan militer yang baru. Sementara itu, Kaisar Go-Daigo melarikan diri dari Kyoto dengan membawa Tiga Harta Suci. Di Yoshino, Kaisar Go-Daigo mendirikan pemerintahan Istana Selatan, dan Tiga Harta Suci yang berada di tangan Kaisar Kōmyō dinyatakan sebagai barang palsu.