Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Jules Brunet
Lalu pada tahun 1868, Keshogunan Tokugawa ditumbangkan oleh pendukung kekaisaran dalam Perang Boshin. Setelah kendali pemerintahan dikembalikan ke tangan Kaisar Meiji dalam peristiwa yang disebut Restorasi Meiji, misi militer Perancis diperintahkan untuk meninggalkan Jepang melalui sebuah dekret kaisar.
Walaupun sudah diperintahkan untuk pulang ke Perancis, Brunet memilih untuk tetap tinggal di Jepang. Ia mengundurkan diri dari ketentaraan Perancis, dan ikut bersama sisa-sisa tentara keshogunan yang mundur ke utara Jepang sambil berharap dapat melakukan serangan balasan di kemudian hari. Dalam sebuah surat yang dikirimkannya ke Napoleon III, Brunet menjelaskan rencana Aliansi Utara bersama peran dirinya di dalamnya:
Brunet berperan sangat aktif dalam Perang Boshin. Ia dan Kapten André Cazeneuve terlibat dalam Pertempuran Toba-Fushimi (27–31 Januari 1868), dekat Osaka. Setelah dikalahkan tentara kekaisaran, Brunet dan Cazeneuve mengikuti tentara keshogunan yang dipimpin Laksamana Enomoto Takeaki melarikan diri ke Edo (sekarang Tokyo) dengan kapal perang "Fujisan".