Ashikaga Takauji
Selanjutnya, pihak Istana Selatan yang dipimpin Pangeran Muneyoshi, Nitta Yoshioki, Nitta Yoshimune, serta Hōjō Tokiyuki menyerang pasukan Takauji. Setelah sempat mundur hingga ke Provinsi Musashi, lewat serangan balasan terhadap kekuatan Istana Selatan di daerah Kanto, Takauji melakukan akhirnya merebut kembali Kyoto. Sesudah itu, Tadafuyu menyerang Kyoto, namun gagal dan terpaksa mundur ke Kyushu. Pada tahun 1354, pihak Istana Selatan untuk sementara berhasil menduduki Kyoto untuk direbut kembali oleh Istana Utara pada tahun berikutnya. Takauji secara pribadi masih memiliki rencana untuk membunuh Tadafuyu, namun penyakit bisul (radang di bawah kulit) lebih dulu merenggut nyawanya. Ashikaga Takauji, 54 tahun, meninggal dunia di rumah kediamannya di daerah Nijō, Kyoto pada tahun 1358.
Klan Tokugawa
Setelah meninggalnya Toyotomi Hideyoshi dan Pertempuran Sekigahara tahun 1600, kekuasaan pemerintah di Jepang beralih dari klan Toyotomi ke tangan Ieyasu. Dari pusat pemerintahan di Edo, klan Tokugawa menguasai Jepang sebagai shogun selama lebih dari 250 tahun hingga akhir zaman Edo. Pada masa awal pemerintahannya, klan Tokugawa menetapkan dasar-dasar hukum untuk shogun, bangsawan, dan samurai. Klan Tokugawa menjalankan kebijakan Jepang sebagai negara tertutup (Sakoku), membagi masyarakat Jepang menjadi kelas-kelas yang ketat (daimyo, samurai, petani, tukang, dan pedagang). Periode damai di bawah pemerintahan klan Tokugawa berakhir pada awal abad ke-19 ketika kekuatan-kekuatan negara asing mencoba membuka Jepang untuk berdagang. Seluruhnya ada 15 shogun dari klan Tokugawa. Mereka begitu berpengaruh sehingga sejumlah buku sejarah lebih memilih menggunakan istilah "era Tokugawa" daripada periode Edo.