Danau Tanganyika
Danau ini berada di Western Rift di daerah Great Rift Valley dan dilingkupi oleh dinding pegunungan dari ngarai tersebut. Danau ini merupakan danau ngarai terbesar dan terdalam di Afrika atau nomor 2 terdalam di dunia serta menyimpan cadangan air tawar terbesar. Panjangnya membentang sekitar 673km pada arah Utara-Selatan dan lebar rata-rata 50km. Danau ini melingkupi area seluas 32,900 km², dengan panjang garis tepi sebesar 1,828km serta kedalaman rata-rata 570 m dengan kedalaman maksimum 1,470 m (di cekungan paling utara) menyimpan cadangan air dengan volume perkiraan sebesar 18,900 km³. Suhu di permukaannya sekitar 25°C dan mempunyai pH rata-rata 8.4.
Sungai Mahakam
Terdapat sekitar 76 danau tersebar di daerah aliran Sungai Mahakam dan sekitar 30 danau terletak di daerah Mahakam bagian tengah termasung tiga danu utamanya (danau Jempang 15,000 Ha; Danau Semayang 13,000 Ha; Danau Melintang 11,000 Ha). Tinggi muka air danau danau ini berfluktuasi sesuai musim dari 0.5m – 1m selama musim kering hingga tujuh meter pada musim hujan. Danau-danau di Mahakam dan sekitarnya berperan sebagai perangkap sedimen yang terkandung dalam air yang mengalir ke danau-danau tersebut yang diketahui semakin dangkal pada saat ini, kemungkinan disebabkan oleh ketidakseimbangan masukan sedimen yang berasal dari daerah tangkapannya.