Danau Tanganyika
Danau ini berada di Western Rift di daerah Great Rift Valley dan dilingkupi oleh dinding pegunungan dari ngarai tersebut. Danau ini merupakan danau ngarai terbesar dan terdalam di Afrika atau nomor 2 terdalam di dunia serta menyimpan cadangan air tawar terbesar. Panjangnya membentang sekitar 673km pada arah Utara-Selatan dan lebar rata-rata 50km. Danau ini melingkupi area seluas 32,900 km², dengan panjang garis tepi sebesar 1,828km serta kedalaman rata-rata 570 m dengan kedalaman maksimum 1,470 m (di cekungan paling utara) menyimpan cadangan air dengan volume perkiraan sebesar 18,900 km³. Suhu di permukaannya sekitar 25°C dan mempunyai pH rata-rata 8.4.
Danau Kyoga
Kedalaman danau ini mencapai 5,7 meter, namun sebagian besar danau ini memiliki kedalaman kurang dari 4 meter. Bagian sedalam kurang dari 3 meter dipenuhi seluruhnya oleh teratai-terataian, sementara sebagian besar dari garis pantainya dipenuhi papirus dan eceng gondok. Papirus di danau tersebut juga membentuk pulau terapung yang terhanyut dari satu pulau permanen ke pulau permanen lainnya. Lahan basah luas yang terbentuk dari sistem arus dan sungai yang rumit mengelilingi danau tersebut.