Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Sampel yang diambil dari tubuh Desmond Miles beberapa saat setelah kematiannya telah memungkinkan Abstergo Industries untuk terus menggali memori genetik menggunakan kemampuan komputasi awan terbaru dari Animus. Karakter pemain yang tidak disebutkan namanya disewa oleh divisi hiburan Abstergo untuk menelusuri memori Edward Kenway, seorang bajak laut abad kedelapan belas dan kakek dari Connor. Secara diam-diam, hal ini dilakukan untuk mengumpulkan materi untuk permainan video interaktif yang diberdayakan oleh Animus; namun pada kenyataannya, Abstergo dan Templar mencari Observatorium, struktur Prekursor yang memungkinkan pengguna untuk melihat melalui mata subjek. Sebagai Kenway, pemain harus mengungkap konspirasi antara Templar tinggi untuk memanipulasi imperium Inggris, Spanyol, dan Perancis ke lokasi Sage – yang kemudian diidentifikasi sebagai Bartholomew Roberts – yang merupakan satu-satunya orang yang dapat menuntun mereka menuju Observatorium.