Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Ketika Haytham meninggal terjadi kekosongan kekuasaan dalam Ordo Templar, dan Charles Lee ditunjuk sebagai ketua Ordo Templar. Mendengar kabar tersebut Connor pergi untuk menumpaskan balas dendamnya tapi gagal karena tertangkap oleh pasukan Templar tetapi kemudian Connor dapat melarikan diri. Connor mengejar Charles Lee dan terjadi pertarungan sengit antara keduanya, Charles Lee berhasil kabur dari Connor namun tidak lama setelah itu Connor mampu melacak keberadaan Charles yang berada di sebuah bar dan langsung membunuhnya dengan menusuk jantung Charles. Kisah Connor pun berakhir dan dia kembali ke desanya, Connor bertemu dengan sosok Juno dan Juno memberitahukan kepada Connor bahwa medali yang dia dapat dari Achilles merupakan kunci yang akan dibutuhkan oleh masa depan nanti, mendengar kata tersebut Connor pergi ke makam Achilles dan mengubur medali tersebut. Desmond kemudian terbangun pada tanggal 21 Desember dan akhirnya mengetahui letak kunci dari pintu besar itu, dia dan teman-temannya langsung pergi untuk menemukan kunci tersebut. Mereka kembali ke gua untuk membuka pintu yang di dalamnya berisi sebuah bola besar yang mampu menghentikan badai matahari. Juno membujuk Desmond untuk menyentuh bola tersebut, tetapi Minerva muncul dan mencegahnya, karena meski melepas Juno dapat membebaskan umat manusia dari badai matahari, Juno dapat pula menjadi ancaman bagi masa depan umat manusia. Juno justru menyangkal bahwa Minerva-lah yang menginginkan kehancuran manusia. Akhirnya dengan berpikir panjang Desmond memutuskan untuk membebaskan Juno, mempercayai bahwa umat manusia memiliki peluang yang lebih baik untuk melawan Juno. Desmond kemudian menyentuh bola tersebut, energi dari bola tersebut melindungi Bumi dari badai matahari, tetapi membuat Desmond meninggal. Juno kemudian berkata kepada jasad Desmond bahwa tugasnya sudah selesai, dan kini saatnya bagi dia untuk melakukan pekerjaannya.