Klan Minamoto
Klan Minamoto terdiri dari 21 percabangan klan yang secara garis besar dapat dibagi menjadi dua golongan: klan Minamoto yang menjadi samurai dan klan Minamoto yang menjadi kuge (aristokrat istana).
Amakusa Shirō
Sebagai hasil Pertempuran Sekigahara, penguasa Domain Karatsu, Kepulauan Amakusa yang merupakan bekas wilayah Konishi Yukinaga diserahkan kepada Terazawa Hirotaka pada tahun 1601. Penduduk menderita kelaparan akibat cuaca buruk dan paceklik dari tahun 1634 hingga 1637. Klan Terazawa memerintah dengan sewenang-wenang dan membebankan pajak yang berat kepada penduduk Kepulauan Amakusa dan Shimabara. Dalam buku yang ditinggalkan Pastor Marco Ferraro (1554-1628) sebelum diusir ke Makau pada tahun 1614, terdapat catatan yang meramalkan bahwa "Dua puluh lima tahun dari sekarang, ketika awan langit timur dan barat menjadi merah menyala, serta tanah di seluruh negeri berayun dan bergemuruh, akan muncul seorang anak Tuhan, dia akan menyelamatkan orang-orang." Ketika pulang dari Nagasaki pada tahun 1637, Shirō mengetahui kehidupan rakyat Kepulauan Amakusa dan Shimabara makin sulit. Penduduk desa makin bertambah banyak dengan kedatangan penduduk kota yang melarikan diri dari penindasan Kekristenan yang dilakukan klan Terazawa.
Amakusa Shirō mulai berkeliling di desa-desa menyampaikan ceramah agama Kristen. Kisah hidup dirinya kemudian bercampur aduk dengan legenda. Menurut desas-desus di Kepulauan Amakusa dan Shimabara waktu itu, ia dapat melakukan berbagai mukjizat, termasuk menyembuhkan orang sakit atau berjalan di atas air. Pada bulan Oktober 1637, massa bergerak sebelum dimulainya musim pengumpulan pajak tanah, dan pecah Pemberontakan Shimabara. Shirō waktu itu masih remaja berusia 16 tahun. Berdasarkan saran dari kakak iparnya (Watanabe Kosaemon), pemberontak oleh para petani dan ronin dari Amakusa dan Semenanjung Shimabara mengangkat Shirō sebagai pemimpin. Pemberontak meminta penguasa untuk menurunkan pajak dan menghapus pelarangan agama Kristen. Mereka hanya bersenjatakan tongkat, garu, dan batu, namun berhasil membakar kota Shimabara dan membunuh sekitar 40 orang bangsawan. Dalam aksinya, para pemberontak menghancurkan simbol-simbol agama Buddha, termasuk patung-patung Jizo. Jumlah para pemberontak kemungkinan sekitar 20.000 orang. Walaupun tidak semuanya penganut Kristen, mereka membawa bendera bertuliskan pujian terhadap agama Kristen dalam bahasa Portugis.