Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Pemberontakan Hōgen
Pada akhirnya, Yoshitomo meminta izin kepada kaisar untuk membakar istana musuh dengan menggunakan api. Permintaan ini dikabulkan, dan pasukan mantan Kaisar Sutoku menjadi sibuk memadamkan api sambil bertahan dari serangan musuh. Pertempuran dimenangkan pihak Kaisar Go-Shirakawa setelah pasukan mantan kaisar melarikan diri.