Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Sementara permainan ditampilkan melalui protagonis Desmond Miles, sebagian besar dari isi permainan ini dimainkan saat Desmond mengalami memori pendahulunya melalui perangkat canggih yang disebut Animus. Perangkat ini menyediakan sarana antarmuka diegetik, menampilkan kesehatan, peralatan, tujuan, dan fitur lain dari pendahulu Desmond sebagai bagian dari antarmuka Animus. Animus ini didasarkan pada cara pemain mengendalikan assassin untuk menjaga sinkronisasi antara memori Desmond dan pendahulunya. Melakukan tindakan yang bertentangan dengan cara Assassin atau sekarat merusak sinkronisasi, secara efektif mengharuskan pemain untuk memulai kembali di checkpoint sebelumnya. Selain itu, pemain tidak dapat menjelajahi daerah luar yang belum dialami oleh assassin. Terdapat pula kelainan dalam Animus dari pengguna perangkat sebelumnya.