Pertempuran Bud Dajo Pertama
Pada 2 Maret 1906, Wood memerintahkan Kolonel J.W. Duncan dari 6th Infantry Regiment (United States) (ditempatkan di Zamboanga, ibukota provinsi) untuk memimpin ekspedisi melawan Bud Dajo. Duncan dan Perusahaan K dan M mengambil transportasi Wright ke Jolo.[9]Gubernur Scott mengirim tiga datu ramah ke atas gunung untuk meminta Bud Dajo Moros untuk melucuti senjata dan membubarkan diri, atau setidaknya mengirim perempuan dan anak-anak mereka ke lembah.[8]Mereka menolak permintaan ini, dan Scott memerintahkan Duncan untuk memulai serangan.
Pertempuran Jolo
Sultan Qudarat secara resmi dinobatkan sebagai Sulu Sultan Nasir ud-Din di Bauang atau Jolo, sekitar akhir tahun 1645, sementara Salikula dan Wasit tetap di Tawi-Tawi. Pada tanggal 14 April 1646, Pemerintah Spanyol Manila menandatangani perjanjian damai dengan Sulu Sulta Nasir ud-Din yang mengakui kemerdekaan kesultanan dari Spanyol, hak kedaulatannya untuk memperluas ke Tawi-Tawi Group sejauh pulau Tup-Tup dan Balabac di Palawan, dan monopolinya pada perdagangan Maguindanao-Sulu-Borneo.