Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Kebebasan beragama di Indonesia
Kasus pengrusakan tempat ibadah yang terkait dengan Perber Menag-Mendagri 2006 antara lain adalah pengrusakan sebuah rumah yang digunakan sebagai tempat ibadah Kristen Pantekosta di Ngaglik, Sleman oleh Front Jihad Islam pada tanggal 2 Juni 2014, setelah sebelumnya disegel pada tahun 2012 karena izin IMBnya ditolak oleh masyarakat pada tahu 2010. Pembakaran juga dialami Sanggar Sapta Darma di Rembang (11 November 2015) oleh sekelompok orang yang mengatasnamakan Forum Umat Islam (FUI) Desa Plawangan yang disayangkan Lembaga Studi Sosial dan Agama (eLSA) Semarang karena pembangunan sanggar aliran kepercayaan diatur dalam peraturan bersama Mendagri dan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: 43/41 Tahun 2009 tentang Pedoman Pelayanan Kepada Penghayat Kepercayaan Terhadap Tuhan Yang Maha Esa.