MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
Madrasah Tsanawiyah Alam Al Hafidz
Pada tahun 2009, atas dukungan orang tua siswa dan tokoh masyarakat Kota Bontang, ada percepatan pendirian jenjang Sekolah Dasar (SD) dari Grand Desain yang sudah disusun oleh Bidang Pendidikan YBR. Dan dengan melalui perjuangan yang ekstra, akhirnya sekolah tersebut berdiri dengan nama SD Alam Baiturrahman. Dan pada tahun 2016, dengan menimbang hasil survei tingkat kepuasan orang tua siswa dan jajak pendapat tentang pendirian jenjang SMP/MTS. Maka Bidang Pendidikan memutuskan untuk mendirikan MTS Alam Al Hafidz pada tahun itu.