Sunda Kelapa
Saat ini pelabuhan Sunda Kelapa memiliki luas daratan 760 hektare serta luas perairan kolam 16.470 hektare, terdiri atas dua pelabuhan utama dan pelabuhan Kalibaru. Pelabuhan utama memiliki panjang area 3.250 meter dan luas kolam lebih kurang 1.200 meter yang mampu menampung 70 perahu layar motor. Pelabuhan Kalibaru panjangnya 750 meter lebih dengan luas daratan 343.399 meter persegi, luas kolam 42.128,74 meter persegi, dan mampu menampung sekitar 65 kapal antar pulau dan memiliki lapangan penumpukan barang seluas 31.131 meter persegi.
Sarawak
Sarawak memiliki empat pelabuhan utama di Kuching, Sibu, Bintulu, dan Miri.[200] Pelabuhan Bintulu berada di bawah yuridiksi pemerintah federal Malaysia. Pelabuhan tersebut juga merupakan pelabuhan tersibuk di Sarawak, terutama penanganan produk-produk gas alam cair dan perkapalan kargo standar. Pelabuhan-pelabuhan sisanya berada di bawah otoritas-otoritas pelabuhan negara bagian masing-masing. Pelabuhan lainnya di Sarawak meliputi Pelabuhan Industrial Samalaju dan Pelabuhan Industrial Tanjung Manis. Seluruh pendapatan dari empat pelabuhan utama tersebut adalah 61.04juta ton massa freight pada 2013.[202] Sarawak memiliki 55 jaringan sungai ternavigasi dengan panjang secara keseluruhan 3,300 kilometres (2,100mi). Selama berabad-abad, sungai-sungai Sarawak telah menjadi tempat transportasi utama dan rute untuk mengantar kayu dan barang-barang pertanian lainnya untuk diekspor ke pelabuhan-pelabuhan besar di negara tersebut. Pelabuhan Sibu adalah pusat utama di sepanjang sungai Rajang, yang berjarak 113 kilometres (70mi) dari mulut sungai, yang biasanya menangani produk-produk kayu. Namun, sejak pendirian Pelabuhan Industrial Tanjung Mani, total pendapatan pelabuhan Sibu telah menurun.[202] Perahu-perahu ekspres adalah alat transportasi penting di sepanjang sungai-sungai Sarawak.[200]