Gereja Baru Theotokos
ka|jmpl|250x250px|Reruntuhan Nea. Dua narasumber kontemporer menggambarkan bangunan Nea, tapi penulis tidak mencatat banyak mengenai bentuk dan organisasi kompleks gereja. Cyril dari Scythopolis, seorang pendeta Kristen yang hidup pada tahun 525-558, mencatat bahwa pembangunan gereja itu dimulai oleh Patriark Elias tetapi belum selesai sampai Yustinian mengalokasikan dana untuk penyelesaiannya atas permintaan St. Sabas pada tahun 531.[2] Catatan lebih rinci mengenai gereja dan konstruksinya berasal dari Procopius, sejarawan utama dari abad ke-6 dan sumber utama informasi mengenai pemerintahan Kaisar Justinian. Dalam bukunya De Aedificiis, ia menulis, "di Yerusalem ia [Justinian] mendedikasikan kepada Bunda Allah suatu tempat suci yang tidak dapat dibandingkan dengan yang lain."[3] Nea terletak di Gunung Sion, bukit tertinggi di kota Yerusalem, dekat Gereja para Rasul Kudus (dibangun tahun 347) dan Basilika Hagia Sion (dibangun tahun 390). Karena topografi yang naik turun, arsitek Theodoros pertama-tama harus memperpanjang bagian tenggara bukit dan menopang gereja dengan sejumlah substruktur besar. Catatan Procopius ini sesuai dengan penggalian Yoram Tsafrir, serta tablet yang ditemukan pada cistern bawah tanah berkubah yang memuat tanggal pembangunan yang pasti pada tahun 543.[4]
Hagia Sophia
Yustinianus memilih ahli fisika, Isidore dari Miletus dan ahli matematika Anthemius dari Tralles sebagai arsitek. Tetapi Anthemius meninggal pada tahun pertama pembangunan. Pembangunan ini dijelaskan dalam "Tentang Bangunan-bangunan" ("Peri ktismatōn", Latin: "De aedificiis") dari sejarawan Bizantium bernama Procopius. Tiang-tiang dan marmer lain didatangkan dari segala penjuru kekaisaran, di seluruh Mediterania. Pendapat bahwa tiang-tiang ini merupakan rampasan dari kota-kota seperti Roma dan Efesus dikemukakan belakangan. Meskipun tiang-tiang itu dibuat khusus untuk Hagia Sofia, namun ukurannya tampak bervariasi. Lebih dari sepuluh ribu orang dipekerjakan. Gereja baru ini secara serentak diakui sebagai karya arsitektur besar. Teori-teori Heron dari Aleksandria mungkin telah digunakan untuk mengatasi tantangan-tantangan yang muncul dalam membangun kubah luas yang membutuhkan ruang sedemikian besar. Bersama dengan Patriark Menas, kaisar meresmikan basilika ini pada 27 Desember 537, lima tahun sepuluh bulan setelah pembangunan dimulai. Sedangkan mosaik yang terdapat di dalam gereja baru selesai pada masa Kaisar Yustinus II yang memerintah pada tahun 565–578 M.