Ashikaga Takauji
Selanjutnya, pihak Istana Selatan yang dipimpin Pangeran Muneyoshi, Nitta Yoshioki, Nitta Yoshimune, serta Hōjō Tokiyuki menyerang pasukan Takauji. Setelah sempat mundur hingga ke Provinsi Musashi, lewat serangan balasan terhadap kekuatan Istana Selatan di daerah Kanto, Takauji melakukan akhirnya merebut kembali Kyoto. Sesudah itu, Tadafuyu menyerang Kyoto, namun gagal dan terpaksa mundur ke Kyushu. Pada tahun 1354, pihak Istana Selatan untuk sementara berhasil menduduki Kyoto untuk direbut kembali oleh Istana Utara pada tahun berikutnya. Takauji secara pribadi masih memiliki rencana untuk membunuh Tadafuyu, namun penyakit bisul (radang di bawah kulit) lebih dulu merenggut nyawanya. Ashikaga Takauji, 54 tahun, meninggal dunia di rumah kediamannya di daerah Nijō, Kyoto pada tahun 1358.
Ashikaga Takauji
Setelah Kamakura direbut kembali, Takauji dan Tadayoshi terus menduduki Kamakura dan menjadikannya sebagai markas. Takauji menyita tanah dan membagi-bagikannya kepada samurai anak buahnya. Akibatnya, Kaisar Go-Daigo memerintahkan Takauji untuk pulang ke Kyoto. Takauji menolak perintah kaisar, dan mendirikan pemerintahan militer dengan caranya sendiri. Takauji menyatakan bahwa di antara samurai yang setia terhadap kaisar, kekuatan militer yang terbesar ada di tangan Nitta Yoshisada (kepala kantor prajurit Mushadokoro),dan meminta agar dirinya diberi izin untuk menghancurkan Yoshisada. Sebagai jawaban, Kaisar Go-Daigo mengirim Yoshisada dan pasukannya dari Kyoto untuk menghabisi Takauji. Setelah Kitabatake Akiie dan pasukannya juga diturunkan dari Ōshū, Takauji memohon pengampunan dan menyatakan dirinya pensiun.