MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta
Dalam rangka menjadikan PTAIN Yogyakarta dan ADIA Jakarta lebih memenuhi kebutuhan umat Islam akan pendidikan tinggi Agama Islam, maka dikeluarkanlah Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 1960 tentang Pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Al-Jami'ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah yang berkedudukan di Yogyakarta. Dengan PTAIN sebagai induk dan ADIA Jakarta sebagai fakultas dari Institut tersebut. IAIN ini diresmikan pada tanggal 24 Agustus 1960 di Yogyakarta oleh Menteri Agama pada saat itu yaitu K.H.M. Wahib Wahab dengan Prof. Mr. Sunarjo sebagai rektornya. IAIN Al-Jami'ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah inilah IAIN pertama di Indonesia.