Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Pihak kekaisaran tidak jadi mengusir orang asing dari Jepang, melainan beralih ke modernisasi negeri dan melakukan negosiasi ulang perjanjian tidak adil dengan kekuatan asing. Perubahan kebijakan terhadap orang asing terjadi pada awal Perang Boshin. Pada 8 April 1868, papan-papan pengumuman baru dipasang di Kyoto (dan kemudian di seluruh negeri) yang secara khusus melarang kekerasan terhadap orang asing.[53] Semasa Perang Boshin, Kaisar Meiji secara pribadi menerima delegasi dari Europa, pertama di Kyoto, dan kemudian di Osaka dan Tokyo.[54] Kaisar Meiji juga secara tidak diduga-duga di Tokyo menerima kunjungan Alfred, Duke dari Edinburgh.[55]