Sunda Kelapa
Saat ini pelabuhan Sunda Kelapa memiliki luas daratan 760 hektare serta luas perairan kolam 16.470 hektare, terdiri atas dua pelabuhan utama dan pelabuhan Kalibaru. Pelabuhan utama memiliki panjang area 3.250 meter dan luas kolam lebih kurang 1.200 meter yang mampu menampung 70 perahu layar motor. Pelabuhan Kalibaru panjangnya 750 meter lebih dengan luas daratan 343.399 meter persegi, luas kolam 42.128,74 meter persegi, dan mampu menampung sekitar 65 kapal antar pulau dan memiliki lapangan penumpukan barang seluas 31.131 meter persegi.
Pelabuhan Depapre
Pelabuhan Depapre adalah pelabuhan peti kemas, curah cair, curah kering yang terletak di Teluk Tanahmerah menghadap Samudera Pasifik berjarak 30 km dari pelabuhan lama Jayapura, pelabuhan ini sekitar 27 km dari Sentani yang merupakan ibukota Kabupaten Jayapura, dan 60 km dari Jayapura yang merupakan ibu kota provinsi Papua.