Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Angkatan Laut Kekaisaran tiba di Pelabuhan Miyako pada 20 Maret 1869, namun kedatangan mereka sudah dinanti-nanti oleh tentara Republik Ezo. Para pemberontak menyusun strategi untuk merampas kapal tempur Jepang Kotetsu. Di bawah pimpinan komandan Shinsengumi bernama Hijikata Toshizo, tiga kapal perang dikirim untuk melakukan serangan mendadak. Peristiwa ini disebut Pertempuran Teluk Miyako yang berakhir dengan kegagalan pihak pemberontak. Cuaca buruk, kerusakan mesin, dan penggunaan senapan Gatling oleh pasukan kekaisaran sangat menyulitkan pihak penyerang yang terdiri dari para samurai.[45]