Ekologi
Pembahasan ekologi tidak lepas dari pembahasan ekosistem dengan berbagai komponen penyusunnya, yaitu faktor abiotik dan biotik. Faktor abiotik antara lain suhu, air, kelembaban, cahaya, dan topografi, sedangkan faktor biotik adalah makhluk hidup yang terdiri dari manusia, hewan, tumbuhan, dan mikroba. Ekologi juga berhubungan erat dengan tingkatan-tingkatan organisasi makhluk hidup, yaitu populasi, komunitas, dan ekosistem yang saling memengaruhi dan merupakan suatu sistem yang menunjukkan kesatuan.
Taman Nasional Kepulauan Seribu
Jenis-jenis vegetasi yang dapat dijumpai di Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu adalah pandan laut (Pandanus tectorius), butun (Barringtonia asiatica), cemara laut (Casuarina equisetifolia), mengkudu (Morinda citrifolia), sentigi (Pemphis acidula), ketapang (Terminalia Catappa) dan seruni (Wedelia biflora). Ekosistem mangrove asli dalam kawasan Taman Nasional Kepulauan Seribu hanya terdapat di 11 pulau, yaitu Pulau Penjaliran Barat, Penjaliran Timur, Jagung, Sebaru Besar, Puteri Barat, Pemagaran, Melintang, Saktu, Harapan, Kelapa, Tongkeng. Terdapat 15 jenis mangrove sejati yaitu, Avicennia marina (Forssk.) Vierh, Bruguiera gymnorrhiza (L.) Lam., Bruguiera cylindrica (L.) Blume, Ceriops tagal C.B. Rob, Rhizophora stylosa Griff., Rhizophora apiculata Blume., Sonneratia alba J. Sm., Sonneratia caseolaris (L.) Engl., Lumnitzera racemosa Willd., Xylocarpus granatum Koen., Xylocarpus molluccensis (Lam.) M. Roem., Xylocarpus rumphii (Kostel.) Mabb., Aegiceras corniculatum L. Blanco, Pemphis acidulata J. R. Forst. & G. Forst., Excoecaria agallocha L.. Jenis mangrove yang paling dominan dalam kawasan TNKpS adalah jenis Rhizophora stylosa Griff. Untuk jenis tumbuhan laut, kawasan TNKpS ditumbuhi 7 jenis lamun dan 18 jenis alga (rumput laut). Jenis lamun yang dapat teridentifikasi yaitu Thalassia hemprichii (Ehrenb.) Asch., Cymodocea rotundata Ehrenb. & Hempr. ex Asch., Cymodocea serrulata (R.Br.) Asch. & Magnus, Enhalus acoroides (L.F.) Royle, Halophila ovalis (R. Brown) J.D. Hooker, Syringodium isoetifolium (Ascherson) Dandy, Halodule uninervis (Forsk.) Asch. Sedangkan jenis alga (rumput laut) dapat dipisahkan ke dalam tiga kelompok, yaitu 9 jenis alga hijau (Chlorophyta), 3 jenis alga coklat (Phaeophyta) dan 6 jenis alga merah (Rhodophyta).