Assassin's Creed
Abstergo Industries adalah waralaba konglomerat mega-korporasi yang memiliki banyak cabang, dijalankan diam-diam oleh Ksatria Templar modern. Perusahaan tersebut adalah antagonis utama versi masa kini dari serial permainan. Abstergo diam-diam menciptakan "Animus," sebuah perangkat yang memungkinkan penggunanya untuk menghidupkan "menghidupkan kembali" dan mengalami memori dari pendahulu genetiknya berdasarkan pertalian darah memalui simulasi virtual. Penggunaan berlebih pada Animus menyebabkan "efek perdarahan," yang mengakibatkan pengguna memeroleh keahlian dan kemampuan dari pendahulunya, tetapi juga membahayakan pengguna karena dapat merusak ingatannya, menyebabkan gejala seperti demensia, kegilaan, gangguan identitas disosiatif, atau kerusakan otak. Abstergo berusaha menemukan lokasi dari beberapa artefak historis, yang dikenal sebagai "Piece of Eden." Artefak tersebut memegang kekuatan besar, dan mampu mengontrol kehendak bebas. Abstergo ingin menggunakannya untuk menyingkirkan kehendak bebas dan menggiring umat manusia ke dalam satu kelompok berserikat, sedangkan para Assassin menentangnya. Untuk menemukan Piece of Eden, Abstergo menculik orang-orang yang pendahulunya dicurigai memiliki interaksi yang diduga atau dipastikan secara historis dengan perangkat tersebut, memaksa orang yang diculik untuk menggunakan Animus dan mencari petunjuk memori pendahulu melalui Animus.
Operation C
Dalam permainan "Operation C", pemain mengendalikan Bill Rizer yang harus menetralisir kekuatan musuh yang secara diam-diam menyimpan sel makhluk asing di markas mereka. Seperti permainan "Contra" sebelumnya untuk NES, rincian latar permainan bervariasi di antara versi rilis yang berbeda: dalam versi Jepang, musuh permainan diidentifikasi sebagai tentara dari sebuah bangsa tanpa nama yang bermusuhan dan ingin menggunakan sel makhluk asing untuk memproduksi senjata; dalam versi Amerika, pihak antagonis permainan diidentifikasi sebagai ""Black Viper"" ("Ular Hitam Berbisa"), sebuah entitas makhluk asing yang berhubungan dengan ""Red Falcon"" ("Elang Merah"). Dalam alur cerita edisi Amerika dari permainan "Contra" versi NES, ""Red Falcon"" adalah nama dari suatu entitas makhluk asing.