Danau Tanganyika
Danau ini berada di Western Rift di daerah Great Rift Valley dan dilingkupi oleh dinding pegunungan dari ngarai tersebut. Danau ini merupakan danau ngarai terbesar dan terdalam di Afrika atau nomor 2 terdalam di dunia serta menyimpan cadangan air tawar terbesar. Panjangnya membentang sekitar 673km pada arah Utara-Selatan dan lebar rata-rata 50km. Danau ini melingkupi area seluas 32,900 km², dengan panjang garis tepi sebesar 1,828km serta kedalaman rata-rata 570 m dengan kedalaman maksimum 1,470 m (di cekungan paling utara) menyimpan cadangan air dengan volume perkiraan sebesar 18,900 km³. Suhu di permukaannya sekitar 25°C dan mempunyai pH rata-rata 8.4.
Danau Sentani
Di danau ini juga diadakan Festival Danau Sentani untuk menarik wisatawan. Festival Danau Sentani biasanya diadakan pada pertengahan bulan Juni tiap tahun, FDS sendiri telah ditetapkan sebagai festival tahunan dan masuk dalam kalender pariwisata utama. Festival ini diisi dengan tarian-tarian adat di atas perahu, tarian perang khas Papua, upacara adat seperti penobatan Ondoafi, dan sajian berbagai kuliner khas Papua.
Di danau ini terdapat 30 spesies ikan air tawar dan empat di antaranya merupakan endemik Danau Sentani yaitu ikan gabus Danau Sentani ("Oxyeleotris heterodon"), ikan pelangi Sentani ("Chilatherina sentaniensis"), ikan pelangi merah ("Glossolepis incisus") dan hiu gergaji ("Pristis microdon"). Danau Sentani kaya akan beragam biota laut dan sudah dimanfaatkan untuk budidaya ikan air tawar. Danau Sentani juga dijadikan lokasi wisata untuk berenang, bersampan, menyelam, memancing, ski air serta wisata kuliner. Di antaraketiga ikan endemik danau sentani yang populasinya semakin menyusut adalah ikan gabus Danau Sentani, hal ini dikarenakan telur ikan ini dimakan oleh ikan gabus dari jenis yang lain.