Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Jan Willem Gerungan
Ada laporan pada pertengahan September 1959 bahwa senjata Gerungan dan pasukan Permesta telah dilucuti, dan dibatasi pada wilayah tertentu karena mereka tidak bisa lagi dipercaya. Gerungan disebut-sebut khawatir jika Kahar menyalahkan penyerahan diri dari Bahar dan yang lain kepada dirinya karena ketidaksenangan mereka dengan kerjasama antara Kahar dengan "Permesta Kristen yang kafir", dan bahwa Kahar akan mencoba untuk mencegah penyerahan diri lebih lanjut dengan berbalik melawan Gerungan dan pasukannya. Gerungan kelihatannya mencoba untuk memindahkan pasukannya ke wilayah Toraja, dengan pikiran bahwa mereka mungkin akan memiliki lebih banyak dukungan dari masyarakat setempat, yang memang didominasi oleh penduduk Kristen. Untuk mengurangi kecurigaan Gerungan, Kahar memasukannya dalam Operasi Lokal Komunis (OPLOC-"Local Communist Operation") yang dibentuknya pada bulan Desember 1959. Setelah OPLOC dibentuk, Gerungan meminta kembali senjata yang telah diberikannya kepada Kahar, tetapi ditolak. Ini membuat tensi di antara keduanya semakin memanas.