Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Perang Boshin(戊辰戦争,Boshin sensō, Perang Tahun Naga)[2] adalah perang saudara di Jepang dari tahun 1868 hingga 1869 antara Keshogunan Tokugawa dan faksi yang ingin mengembalikan kekuasaan politik ke tangan kekaisaran. Perang berawal dari rasa tidak puas kalangan bangsawan dan samurai muda usia atas lunaknya kebijakan keshogunan terhadap orang asing. Aliansi samurai dari Jepang bagian selatan (Domain Choshu dan Satsuma) dan pejabat istana berhasil mengamankan istana kaisar dan memengaruhi Kaisar Meiji yang waktu itu masih belia. Shogun berkuasa, Tokugawa Yoshinobu menyadari posisinya yang lemah, dan menyerahkan kekuasaan politik ke tangan kaisar. Dengan demikian, Yoshinobu berharap kelangsungan klan Tokugawa dapat dipertahankan, dan berharap kelak bisa kembali ke pemerintahan. Pergerakan militer tentara kekaisaran membuat shogun Yoshinobu merasa terdesak. Ditambah kerusuhan yang dibuat simpatisan kekaisaran di Edo, serta perintah kaisar yang dipengaruhi faksi Domain Satsuma dan Choshu untuk membubarkan klan Tokugawa, operasi militer dilancarkan keshogunan untuk merebut istana kaisar di Kyoto. Pasukan faksi kekaisaran jauh lebih unggul dari pasukan keshogunan. Walaupun jumlahnya lebih sedikit, pasukan kekaisaran relatif modern. Setelah kalah dalam serangkaian pertempuran yang berakhir dengan jatuhnya Edo, Yoshinobu secara pribadi menyerah. Pasukan yang loyal kepada Tokugawa mundur ke bagian utara Pulau Honshu sebelum menyeberang ke Hokkaido dan membentuk Republik Ezo. Pendukung Tokugawa kehilangan benteng terakhir mereka setelah kalah dalam Pertempuran Hakodate. Kekuasaan atas seluruh Jepang kembali di tangan pihak kekaisaran, dan sekaligus menandai berakhirnya fase militer Restorasi Meiji.