Assassin's Creed
Abstergo Industries adalah waralaba konglomerat mega-korporasi yang memiliki banyak cabang, dijalankan diam-diam oleh Ksatria Templar modern. Perusahaan tersebut adalah antagonis utama versi masa kini dari serial permainan. Abstergo diam-diam menciptakan "Animus," sebuah perangkat yang memungkinkan penggunanya untuk menghidupkan "menghidupkan kembali" dan mengalami memori dari pendahulu genetiknya berdasarkan pertalian darah memalui simulasi virtual. Penggunaan berlebih pada Animus menyebabkan "efek perdarahan," yang mengakibatkan pengguna memeroleh keahlian dan kemampuan dari pendahulunya, tetapi juga membahayakan pengguna karena dapat merusak ingatannya, menyebabkan gejala seperti demensia, kegilaan, gangguan identitas disosiatif, atau kerusakan otak. Abstergo berusaha menemukan lokasi dari beberapa artefak historis, yang dikenal sebagai "Piece of Eden." Artefak tersebut memegang kekuatan besar, dan mampu mengontrol kehendak bebas. Abstergo ingin menggunakannya untuk menyingkirkan kehendak bebas dan menggiring umat manusia ke dalam satu kelompok berserikat, sedangkan para Assassin menentangnya. Untuk menemukan Piece of Eden, Abstergo menculik orang-orang yang pendahulunya dicurigai memiliki interaksi yang diduga atau dipastikan secara historis dengan perangkat tersebut, memaksa orang yang diculik untuk menggunakan Animus dan mencari petunjuk memori pendahulu melalui Animus.
Assassin's Creed
Di dalam "inti" terkomputerisasi dari Animus, Subject 16 (Clay Kaczmarek) menjelaskan kepada Desmond yang sedang koma bahwa pikirannya harus mencapai sinkronisasi penuh bersama Altaïr dan Ezio, atau dia akan jatuh ke dalam kondisi demensia. Desmond melihat memori Ezio yang sudah mulai menua beberapa tahun setelah cerita di Brotherhood. Ezio meneliti tentang sejarah Assassin dan pergi ke Masyaf untuk mencari lokasi perpustakaan Altaïr, yang dirumorkan memiliki kekuatan besar. Para Templar juga berusaha untuk membuka perpustakaan ini, tetapi hanya bisa dibuka dengan lima kunci yang tersebar di Konstantinopel, Kesultanan Ottoman. Ezio mengetahui bahwa kota Konstantinopel sedang berada dalam perseteruan antara Selim dan Ahmet yang memperebutkan jabatan sultan. Ezio dibantu oleh Sofia Sartor; di mana keduanya kemudian jatuh cinta. Ahmet belakangan diketahui sebagai Templar, dan dibunuh oleh Selim setelah bertarung melawan Ezio. Ezio menggunakan kunci yang diperoleh tersebut untuk menyaksikan memori Altaïr sebelum dan setelah kematian Al Mualim, yang memperlihatkan kematian istri dan anak bungsu dari Altaïr di tengah kudeta di antara para Assassin. Altaïr mengasingkan diri selama dua puluh tahun, kemudian kembali ke Masyaf untuk membunuh perampas kekuasaan dan mengambil kembali kekuasaannya. Altaïr menggambarkan memorinya di dalam kunci tersebut dan meminta temannya Niccolò Polo untuk menyembunyikannya. Setelah itu, Ezio dan Sofia pergi ke Masyaf dan membuka perpustakaan untuk menemukan mayat Altaïr dan Piece of Eden. Ezio meninggalkannya bersama peralatan assassin-nya, dan menyampaikan kepada Desmond, yang kini memahami perannya sebagai utusan baginya. Makhluk holografik yang menyebut dirinya Jupiter menjelaskan kepada Desmond (melalui Ezio) bahwa bagaimana masyarakatnya musnah akibat badai semburan matahari, dan kunci untuk menghentikan badai matahari 2012 terletak pada teknologi peradaban pertama yang disimpan di dalam ruang brangkas yang terhubung dengan ruang brankas di New York. Di dalam Animus, Clay mengorbankan dirinya untuk membantu Desmond terbangun dari koma, menyatakan bahwa memorinya selesai. Bersama Shaun, Rebecca, dan ayahnya William, Desmond berangkat ke New York untuk menyelamatkan umat manusia.