Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Paket misi kedua, berjudul "Rome", dirilis pada 16 November 2010. Bab pertama berlangsung antara tahun 1497 dan 1503, dan bercerita tentang mantan pelacur, Fiora Cavazza. Cerita ini berkaitan dengan keterlibatan Fiora dalam merekrut tentara untuk Borgia, dan pengkhianatan berikutnya. Bab kedua berlangsung pada tahun 1503, dan bercerita tentang Giovanni Borgia, yang melarikan diri dari keluarganya dan akhirnya bergabung di dalam Ordo Assassin. Bab ketiga tentang Francesco Vecellio, dan pelatihannya untuk menjadi seorang assassin di bawah Ezio Auditore. Bab empat kembali berfokus pada Giovanni Borgia, yang menjadi Assassin dan bergabung bersama Hernán Cortés dalam perjalanan menuju Tenochtitlán untuk memperoleh "Piece of Eden", salah satu dari Crystal Skull. Giovanni membawanya ke Bombastus untuk penelitian, sehingga penemuan rumus untuk batu filsuf.