MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
MTs Negeri Majenang
Tahun 1991 Madrasah Tsanawiyah Negeri Karanganyar Filial di Pahonjean meningkat statusnya menjadi mandiri menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Majenang Kabupaten Cilacap dengan SK Nomor : 137 Tahun 1991, Kepala Madrasah yang pertama adalah Drs. H. Bunyamin kemudian berturut-turut digantikan oleh Drs. Khujirno, Hj. Ngadiyah B.A. dan Drs. Muslimin Winoto, M.Pd.I. sehingga sampai dengan tahun 2010 MTs Negeri Majenang telah mengalami 5 (lima) kali pergantian kepala. Sejak Februari 2010 yang menjabat Kepala MTs Negeri Majenang adalah H. Moch. Makhrus, S.Pd , M.Pd.