Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Hakodate, Hokkaido
Setelah Kono Kaganokami Masamichi meninggal dunia, putranya yang bernama Kono Suemichi beserta keluarganya terusir dari Hakodate hingga ke Kameda ketika terjadi Pemberontakan Ainu 1512. Sebagai akibatnya, selama 100 tahun berikutnya, catatan sejarah mengenai daerah ini hanya sedikit. Di Semenanjung Oshima terus menerus terjadi konflik kecil-kecilan dengan orang Ainu ketika pedagang bersenjata seperti keluarga Kono mendirikan basis mereka untuk menguasai perdagangan di kawasan ini. Konflik dengan orang Ainu memuncak pada perang tahun 1669 hingga 1672 yang dipimpin ksatria Ainu bernama Shakushain. Perang ini berakhir dengan kekalahan orang Ainu.