Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Permesta
Karena malu terhadap Pemerintah Pusat setelah pesawat yang di kemudikan Pope terjatuh yang membongkar segala bantuan Amerika terhadap Permesta. Sebelum pesawat itu jatuh, Amerika Serikat dengan sangat bersikeras menyatakan bahwa mereka sama sekali tidak terlibat dengan PRRI maupun Permesta. Seperti yang dikutip oleh John Foster Dulles, “Apa yang terjadi di Sumatera adalah urusan dalam negeri Indonesia. AS tidak ikut campur dalam urusan dalam Negeri Negara lain.” Kemudian, Eisenhower selaku Presiden Amerika Serikat, mengadakan jumpa pers terkait Peristiwa yang terjadi di Sumatera dan Sulawesi serta penemuan beberapa senjata buatan AS.