Klan Minamoto
Klan Minamoto terdiri dari 21 percabangan klan yang secara garis besar dapat dibagi menjadi dua golongan: klan Minamoto yang menjadi samurai dan klan Minamoto yang menjadi kuge (aristokrat istana).
Klan Taira
Secara garis besar, klan Minamoto (Genji) menguasai Jepang bagian timur dan klan Taira menguasai Jepang bagian barat. Walaupun demikian, klan Taira juga berusaha memiliki pijakan di Jepang bagian timur. Taira no Masakado asal Shimousa-Hitachi pernah berusaha membentuk pemerintahan sendiri di provinsi di sebelah timur namun gagal. Setelah kegagalan Masakado, keturunan klan Taira yang berasal dari wilayah klan Taira Bandō justru beralih menjadi pasukan pendukung Minamoto no Yoritomo. Selain itu, basis yang kuat di provinsi di bagian timur negeri juga dimiliki klan Fujiwara, terutama keluarga Fujiwara Hokke yang dibentuk dari klan-klan seperti Utsunomiya, Oda, Nasu, Oyama, Yūki, Sano, dan Hiki.