Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Permesta
Selain itu, di dalam tubuh pemerintahan RI banyak terjadi pergolakan politik.terutama dengan silih bergantinya kabinet seiring dengan penerapan Demokrasi Liberal. Di sisi lain, hubungan Dwi-Tunggal Soekarno dan Hatta mengalami keretakan. Hal ini terjadi akibat dari kedekatan Soekarno dengan Partai Komunis Indonesia yang selalu memusuhi Hatta. Akhirnya dengan berat hati, Hatta mengundurkan diri dari jabatan sebagai Wakil Presiden Republik Indonesia di kala suasana negara yang kritis. Akibat pemutusan hubungan Permesta dengan pusat, Kota Manado menjadi sangat mencekam. Kegelisahan meghantui setiap penjuru Manado. Warga seakan tak bisa tenang untuk sesaat pun karena khawatir akan adanya serangan dari Pemerintah Pusat yang diperkirakan tak lama lagi akan datang menyerbu daerah yang dikuasai Permesta.