Salat lima waktu
Salat lima waktu adalah salat yang dikerjakan pada waktu tertentu, sebanyak lima kali sehari. Salat ini hukumnya fardhu 'ain (wajib), yakni wajib dilaksanakan oleh setiap Muslim yang telah menginjak usia dewasa (pubertas), kecuali berhalangan karena sebab tertentu.
Masjid Sultan Ternate
Di samping itu, kehadiran perempuan ditengarai juga dapat memecah kekhusyukan dalam menjalankan ibadah di masjid ini. Sementara larangan bagi jamaah yang memakai sarung atau pakaian sejenisnya didasarkan pada alasan yang bersifat tasawuf. Menurut kepercayaan mereka, posisi kaki pria ketika salat dengan mengenakan celana panjang menunjukkan huruf Lam Alif terbalik yang bermakna dua kalimat syahadat. Hal ini sebagai perlambang bahwa orang tersebut telah mengakui ke-Esa-an Allah dan Muhammad sebagai utusannya, sehingga jiwa dan raganya telah siap untuk melaksanakan ibadah salat. Oleh sebab itu, setiap pria yang akan melaksanakan ibadah wajib mengenakan celana panjang. Untuk menertibkan aturan-aturan adat ini, setiap datang waktu salat, "Balakusu" (penjaga masjid) akan mengawasi setiap orang yang hendak memasuki masjid. Jika ada jamaah yang memakai sarung, maka akan ditegur dan disuruh mengganti dengan celana panjang. Jika tidak, maka jamaah tersebut disarankan untuk salat di tempat lain. Tak hanya wajib mengenakan celana, para jamaah juga diharuskan memakai penutup kepala atau kopiah. Hal ini agar para jamaah tidak terganggu oleh helai-helai rambut ketika sedang melakukan salat. Berbagai macam aturan ini berlaku tidak pandang bulu, sehingga harus ditaati oleh seluruh lapisan masyarakat, termasuk sultan dan para kerabatnya. Di samping peraturan-peraturan unik tersebut, berbagai ritual keagamaan yang diselenggarakan oleh pihak kesultanan juga menambah daya tarik tersendiri bagi masjid ini.