Kesultanan Mataram
Sutawijaya naik tahta setelah ia merebut wilayah Pajang sepeninggal Hadiwijaya dengan gelar Panembahan Senopati. Pada saat itu wilayahnya hanya di sekitar Jawa Tengah saat ini, mewarisi wilayah Kerajaan Pajang. Pusat pemerintahan berada di Mentaok, wilayah yang terletak kira-kira di timur Kota Yogyakarta dan selatan Bandar Udara Adisucipto sekarang. Lokasi keraton (tempat kedudukan raja) pada masa awal terletak di Banguntapan, kemudian dipindah ke Kotagede. Sesudah ia meninggal (dimakamkan di Kotagede) kekuasaan diteruskan putranya Mas Jolang yang setelah naik tahta bergelar Prabu Hanyokrowati.
Kanjeng Ratu Kidul
Menurut legenda, pangeran Panembahan Senopati berkeinginan untuk mendirikan sebuah kerajaan yang baru, yaitu Kesultanan Mataram, untuk melawan kekuasaan Kesultanan Pajang. Ia melakukan tapa di pantai Parang Kusumo yang terletak di selatan kediamannya di Kota Gede. Meditasinya menyebabkan terjadinya fenomena supernatural yang mengganggu kerajaan di Laut Selatan. Sang Ratu datang ke pantai untuk melihat siapa yang menyebabkan gangguan di kerajaannya. Saat melihat pangeran yang tampan, ia jatuh cinta dan meminta Panembahan Senopati untuk menghentikan tapanya. Sebagai gantinya, sang Ratu penguasa alam spiritual di laut selatan setuju untuk membantunya dalam mendirikan kerajaan yang baru. Untuk menjadi pelindung spiritual kerajaan tersebut, sang Ratu dilamar oleh Panembahan Senopati untuk menjadi pasangan spiritualnya serta semua penggantinya nanti, yaitu para raja Mataram.