MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Ketika Muallimin membuka jurusan Keagamaan dalam program pendidikan Aliyah pada tahun pendidikan 1996/1997, antara lain untuk mengimbangi program MAN PK (Pendidikan Keagamaan) yang digagas dan dicanangkan oleh Menteri Agama RI waktu itu, Prof. Drs. H. Munawir Sjadzali, M.A., maka Muallimin pun mempertegas orientasi program pendidikannya dengan memberikan peluang sebesar-besarnya kepada para siswanya untuk melanjutkan studi ke berbagai Perguruan Tinggi Agama dan Umum, baik di dalam negeri maupun di luar negeri. Program pendidikan yang dimaksud terbagi dua, yaitu pertama, Madrasah Aliyah Umum (MAU) jurusan IPA dan IPS, serta kedua, Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK).