Ekologi
Pembahasan ekologi tidak lepas dari pembahasan ekosistem dengan berbagai komponen penyusunnya, yaitu faktor abiotik dan biotik. Faktor abiotik antara lain suhu, air, kelembaban, cahaya, dan topografi, sedangkan faktor biotik adalah makhluk hidup yang terdiri dari manusia, hewan, tumbuhan, dan mikroba. Ekologi juga berhubungan erat dengan tingkatan-tingkatan organisasi makhluk hidup, yaitu populasi, komunitas, dan ekosistem yang saling memengaruhi dan merupakan suatu sistem yang menunjukkan kesatuan.
Taman Nasional Taka Bonerate
Ada sebanyak lima belas buah pulau di Taman Nasional Taka Bonerate sehingga sangat bagus untuk kegiatan menyelam, snorkeling, dan wisata bahari lainnya. Topografi kawasan sangat unik dan menarik, di mana atol yang terdiri dari gugusan pulau-pulau gosong karang dan rataan terumbu yang luas dan tenggelam, membentuk pulau-pulau dengan jumlah yang cukup banyak. Di antara pulau-pulau gosong karang, terdapat selat-selat sempit yang dalam dan terjal. Sedangkan pada bagian permukaan rataan terumbu, banyak terdapat kolam kecil yang dalam dan dikelilingi oleh terumbu karang. Pada saat air surut terendah, terlihat dengan jelas daratan kering dan diselingi genangan air yang membentuk kolam-kolam kecil.Terdapat sekitar 295 jenis ikan karang dan berbagai jenis ikan konsumsi yang bernilai ekonomis tinggi seperti kerapu (Epinephelus spp.), cakalang (Katsuwonus spp.), Ikan Napoleon (Cheilinus undulatus), dan baronang (Siganus sp). Sebanyak 244 jenis moluska di antaranya lola (Trochus niloticus), kerang kepala kambing (Cassis cornuta), triton (Charonia tritonis), batulaga (Turbo spp.), kima sisik (Tridacna squamosa), kerang mutiara (Pinctada spp.), dan nautilus berongga (Nautilus pompillius). Jenis-jenis penyu yang tercatat termasuk penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), dan penyu lekang (Dermochelys coriacea).
Terumbu karang yang sudah teridentifikasi sebanyak 261 jenis dari 17 famili di antaranya Pocillopora eydouxi, Montipora danae, Acropora palifera, Porites cylindrica, Pavona clavus, Fungia concinna, dan lain-lain. Sebagian besar jenis-jenis karang tersebut telah membentuk terumbu karang atol (barrier reef) dan terumbu tepi (fringing reef). Semuanya merupakan terumbu karang yang indah dan relatif masih utuh.