Universitas Gadjah Mada
Pada saat didirikan, Universitas Gadjah Mada hanya memiliki enam fakultas, sekarang memiliki 18 Fakultas dan dua Sekolah yaitu Sekolah Vokasi dan Sekolah Pascasarjana (dahulu bernama Program Pascasarjana), dan lebih dari 100 Program Studi untuk S2, S3, dan Spesialis. Universitas Gadjah Mada berlokasi di Kampus Bulaksumur, Yogyakarta. Sebagian besar fakultas dalam lingkungan Universitas Gadjah Mada terdiri atas beberapa jurusan/bagian dan atau program studi. Kegiatan Universitas Gadjah Mada dituangkan dalam bentuk Tri Dharma Perguruan Tinggi yang terdiri atas pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat
Universitas Wahid Hasyim (Unwahas)
Hingga 2018, Unwahas memilki 9 Fakultas dan 1 Program Pascasarjana yang mengelola 20 Program Sarjana (S1), Magister (S2), dan Doktor(S3). Menerbitkan beberapa jurnal ilmiah seperti "Momentum" (sains, teknologi, dan engineering), "Akses" (ekonomi dan bisnis), "Spektrum" (politik dan hubungan internasional), "Mediagro" (pertanian), "Farmasi dan Farmasi Klinik", "Magistra" (Pendidikan dasar dan keislaman), "Progress" (Pendidikan Islam), "Iqtisad" (hukum ekonomi Islam), "Qistie" (hukum), "Tasamuh" (ilmu keislaman), "Tawasut" (Journal of Moderate Islam), "Cendekia Eksata", dan "Abdimas."dan lain-lain.