Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Pihak kekaisaran pada bulan April 1869 mengirimkan armada angkatan laut dan 7000 prajurit infanteri ke Ezo, dan memulai Pertempuran Hakodate. Pasukan kekaisaran maju dengan lancar dan memenangi Pertempuran Laut Hakodate. Pertempuran laut di Teluk Hakodate merupakan pertempuran laut pertama dalam skala besar di Jepang yang melibatkan angkatan laut modern. Benteng di Goryokaku yang dipertahankan hanya oleh 800 prajurit dalam keadaan terkepung. Setelah situasi makin memburuk, para penasihat militer Perancis melarikan diri dengan kapal Coëtlogon yang telah siap sedia di Teluk Hakodate. Di bawah komando Dupetit-Thouars, mereka pulang ke Perancis setelah sebelumnya singgah di Yokohama. Pemerintah Jepang meminta penasihat militer Perancis untuk diadili di Perancis. Namun ternyata jasa-jasa mereka diakui di Perancis sehingga mereka bebas dari hukum.