Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Di tengah cerita, Desmond menghidupkan kembali memori Aquilus melalui Animus setelah mati suri pada volume pertama. Assassin Romawi diselamatkan oleh sepupunya, Accipiter, dan ditugaskan untuk menyelamatkan Lugdunum. Dia menemui ayahnya dan menemukan artefak dari peradaban pertama: sebuah ankh yang dapat menghidupkan orang yang telah wafat untuk sementara waktu. Objek misterius tersebut kemudian dicuri oleh senator Templar, Vultur, yang membunuh ayah Aquilus.