Vereenigde Oostindische Compagnie
Tujuan utama dibentuknya VOC seperti tercermin dalam perundingan 15 Januari 1602 adalah untuk “menimbulkan bencana pada musuh dan guna keamanan tanah air”. Yang dimaksud musuh saat itu adalah Portugis dan Spanyol yang pada kurun Juni 1580 – Desember 1640 bergabung menjadi satu kekuasaan yang hendak merebut dominasi perdagangan di Asia. Untuk sementara waktu, melalui VOC bangsa Belanda masih menjalin hubungan baik bersama masyarakat Nusantara.
Kapitan Jonker
Setelah Gubernur Jendral Cornelis Speelman pada tahun 1684 meninggal dunia, pengaruh Jonker yang terlalu besar menimbulkan rasa tidak suka dari pimpinan VOC di Batavia saat itu, yaitu Isaac de l’Ostale de Saint Martin. Jonker dianggap tidak bisa dikendalikan. Kekuasaan Jonker mulai dikurangi, dan seorang Kapitan Buleleng keturunan Bali yang bekas budak Jonker diperintahkan VOC untuk memisahkan kelompok perkampungan dari pasukan Jonker berdasarkan suku-suku mereka. Puncak konflik yang terjadi ialah pada tahun 1689, yaitu ia dituduh akan memberontak dan terjadinya pertempuran antara Jonker dan pengikutnya di Pejongkoran melawan pasukan VOC dan pendukungnya. Tercatat bahwa seorang Kapitan Melayu bernama Wan Abdul Bagus yang ditugaskan oleh VOC terluka parah dalam pertempuran tersebut. Kapitan Jonker yang semula dianggap berjasa oleh VOC, akhirnya tewas terbunuh.