Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Jonathan Hawk dikirim oleh seorang eksekutif tinggi dan seorang teknisi laboratorium untuk menghidupkan kembali memori Accipiter. Dia dikirim ke tahun 259 M, saat pasukan Alaman Accipiter menyeberangi Rodanus menuju Genava dan Aube untuk menghadapi pasukan Romawi di Oppidum. Pertempuran tersebut penuh dengan pertumpahan darah dan berlangsung lama, namun pada akhirnya pasukan Accipiter memenangkan pertempuran. Accipiter ditemui oleh Assassin Iberia Cuervo setelah pertempuran, yang datang untuk memberi selamat kepada pasukan Alaman atas kemenangannya dan kemudian membahas rencana-rencana berikutnya.