Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Ninja Assasin
Raizo yang telah dilatih oleh klan Ozunu sejak kecil untuk menjadi seorang pembunuh mematikan kembali ke klan tersebut untuk melakukan pembalasan dendam terhadap pembantai beberapa anggota dari klan Ozunu. Bekerja sama dengan seorang Agen dari Europol, Raizo mulai membabat musuh-musuhnya hingga ia menemukan kenyataan yang mengejutkan tentang pengkhianatan yang terjadi di dalam klan Ozunu.