Ashikaga Takauji
Selanjutnya, pihak Istana Selatan yang dipimpin Pangeran Muneyoshi, Nitta Yoshioki, Nitta Yoshimune, serta Hōjō Tokiyuki menyerang pasukan Takauji. Setelah sempat mundur hingga ke Provinsi Musashi, lewat serangan balasan terhadap kekuatan Istana Selatan di daerah Kanto, Takauji melakukan akhirnya merebut kembali Kyoto. Sesudah itu, Tadafuyu menyerang Kyoto, namun gagal dan terpaksa mundur ke Kyushu. Pada tahun 1354, pihak Istana Selatan untuk sementara berhasil menduduki Kyoto untuk direbut kembali oleh Istana Utara pada tahun berikutnya. Takauji secara pribadi masih memiliki rencana untuk membunuh Tadafuyu, namun penyakit bisul (radang di bawah kulit) lebih dulu merenggut nyawanya. Ashikaga Takauji, 54 tahun, meninggal dunia di rumah kediamannya di daerah Nijō, Kyoto pada tahun 1358.
Yakushi-ji
Yakushi-ji asli dibangun di Fujiwara-kyō, ibu kota Jepang pada zaman Asuka, diperintahkan oleh Kaisar Tenmu pada tahun 680 untuk mendoakan kesembuhan permaisurinya dari penyakit, yang kemudian menjadi Kaisar Wanita Jitō menggantikan Kaisar Tenmu. Tindakan membangun kuil dalam bakti kepada para tokoh Buddhis merupakan praktik umum di kalangan bangsawan Jepang ketika agama Buddha pertama kali masuk dari Tiongkok dan Korea. Kaisar Tenmu telah wafat pada saat Kaisar Wanita Jitō menyelesaikan kompleks tersebut sekitar tahun 698; dan dibongkar dan dipindahkan ke Nara delapan tahun setelah Istana Kekaisaran menetap di tempat yang saat itu merupakan ibu kota baru.