Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Desmond dan teman-temannya berlindung di reruntuhan vila Monteriggioni, dan Desmond masuk kembali ke dalam Animus untuk melanjutkan memori Ezio, terutama untuk mengidentifikasi lokasi Apple of Eden. Setelah menghadapi Rodrigo Borgia, Ezio kembali ke Monteriggioni, namun terjadi penyerangan yang di lakukan oleh Cesare Borgia, anak dari Rodrigo. Mario (paman Ezio) terbunuh dan Apple of Eden direbut kembali. Ezio bersumpah untuk membalas dendam dengan membantu membebaskan rakyat Roma dari pengaruh keluarga Borgia. Saat Ezio diam-diam mengubah penduduk kota menjadi penentang keluarga Borgia, dia memperoleh pengikut yang ingin bergabung di dalam perjuangannya, dan Ezio melatih mereka menjadi Assassin. Dalam usaha membunuh Cesare dan Rodrigo di Castel Sant'Angelo, Ezio justru menyaksikan Cesare memaksa ayahnya untuk memakan apel beracun yang sudah dia siapkan untuk membunuh anaknya. Ezio mengejar Cesare dan pada akhirnya Ezio berhasil menangkapnya dan mendapatkan kembali Apple of Eden. Cesare dipenjara di Viana, Spanyol tetapi berusaha kabur dengan bantuan sekutunya. Para Assassin memimpin pertarungan melawan Cesare dan tentara setianya, dan kemudian Ezio membunuh Cesare dengan melemparnya dari atas dinding benteng. Tanpa adanya ancaman, Ezio menyembunyikan Apple of Eden di Colosseum. Di masa kini, Desmond mampu menjelajahi ruang-ruang di bawah Colosseum untuk mencari lokasi Apple of Eden . Saat mengangkatnya, Desmond disaksikan oleh sosok hologram yang lain, menyebut dirinya Juno, dan yang mengontrol Desmond untuk menikam Lucy (yang berkhianat ke Templar) sebelum Desmond jatuh pingsan.