Pertempuran Bud Dajo Pertama
Pada 2 Maret 1906, Wood memerintahkan Kolonel J.W. Duncan dari 6th Infantry Regiment (United States) (ditempatkan di Zamboanga, ibukota provinsi) untuk memimpin ekspedisi melawan Bud Dajo. Duncan dan Perusahaan K dan M mengambil transportasi Wright ke Jolo.[9]Gubernur Scott mengirim tiga datu ramah ke atas gunung untuk meminta Bud Dajo Moros untuk melucuti senjata dan membubarkan diri, atau setidaknya mengirim perempuan dan anak-anak mereka ke lembah.[8]Mereka menolak permintaan ini, dan Scott memerintahkan Duncan untuk memulai serangan.
Don Juan de Austria
Orang-orang Turki tetap bersatu di bawah pimpinan Uluj Ali, Gubernur Jenderal Aljir sekaligus laksamana terbaik Turki, dan mencoba melawan manuver satuan tempur sayap kanan Doria, memancingnya agar menjauh dari satuan tempur bagian tengah armada Liga Suci. Begitu ada celah antara satuan tempur Doria dan satuan tempur bagian tengah, Uluj Ali dengan cepat berbalik haluan dan menyerang celah itu, menghancurkan tiga galai milik Ksatria Malta yang berlayar di sisi kiri satuan tempur Don Juan. Don Juan dengan cerdik bergerak memutar sementara Markis Santa Cruz maju menggempur Uluj Ali dengan satuan tempur pertahanan belakang yang dipimpinnya. Uluj Ali sendiri dan mungkin setengah dari satuan tempurnya berhasil lolos. Kemenangan sudah di depan mata, dengan hancurnya armada Turki dan hilangnya ribuan pasukan veteran. Korban jiwa lebih dari 13.000 prajurit di pihak Liga Suci sendiri tak dapat disepelekan begitu saja. Meskipun demikian, seusai pertempuran, Liga Suci berhasil membebaskan lebih dari sepuluh ribu budak Kristen, sehingga sedikitnya dapat menutupi kerugian yang mereka derita.[8] Pada malam hari turun badai sehingga pihak pemenang harus berlayar menuju pelabuhan, sementara pemberontakan-pemberontakan sporadis orang-orang Yunani dilindas dengan kejam oleh Turki. Selama dan sesudah Pertempuran Lepanto, Don Juan disapa "Su Alteza" juga "Pangeran", baik dalam surat-menyurat maupun secara langsung. Hal ini bertentangan dengan protokol dan tata-tertib sapaan yang ditetapkan Felipe. Tidak ada keterangan tertulis yang menyiratkan bahwa Felipe pernah menganugerahkan gelar dan sapaan kehormatan itu kepada Don Juan.[2][4]