Sunda Kelapa
Saat ini pelabuhan Sunda Kelapa memiliki luas daratan 760 hektare serta luas perairan kolam 16.470 hektare, terdiri atas dua pelabuhan utama dan pelabuhan Kalibaru. Pelabuhan utama memiliki panjang area 3.250 meter dan luas kolam lebih kurang 1.200 meter yang mampu menampung 70 perahu layar motor. Pelabuhan Kalibaru panjangnya 750 meter lebih dengan luas daratan 343.399 meter persegi, luas kolam 42.128,74 meter persegi, dan mampu menampung sekitar 65 kapal antar pulau dan memiliki lapangan penumpukan barang seluas 31.131 meter persegi.
Pelabuhan Kuala Tanjung
Operator pelabuhan milik negara Pelindo I telah bekerja sama dengan Pelabuhan Rotterdam yang berbasis di Belanda dan operator pelabuhan yang bermarkas di Dubai DP World dalam membangun pelabuhan terpadu ini, yang akan menelan biaya total sekitar Rp34 triliun (US$2,5 miliar). Terletak di lokasi strategis dekat perairan Selat Malaka yang sibuk, Kuala Tanjung akan menjadi pusat transit terbesar di Indonesia setelah selesai. Kawasan Ekonomi Khusus Sei Mangkei sedang dibangun bersamaan dengan Pelabuhan Kuala Tanjung sebagai bagian dari strategi untuk mengubah Sumatera Utara manjadi hub internasional. Pelabuhan Kuala Tanjung akan dikembangkan dalam empat fase. Fase pertama adalah pembangunan terminal multiguna dari 2015 hingga 2017. Fase kedua adalah pengembangan 3000 hektar zona industri dari 2016 hingga 2018. Fase ketiga adalah pengembangan pelabuhan kontainer dan kawasan pemukiman dari 2017 hingga 2019. Fase keempat adalah pembangunan zona industri terpadu atau kota pelabuhan dari 2012 hingga 2023. Tahap pertama proyek diperkirakan menelan biaya Rp2,5 triliun (US$188 juta). Pelabuhan diperkirakan akan mulai beroperasi sebagian pada akhir 2017. Kapal pertama yang berlabuh di pelabuhan ini adalah kapal pesiar "SuperStar Libra" pada 5 April 2018 yang datang dari Pelabuhan Klang, Malaysia. Soft launching akan dilakukan pada Juni 2018, dan pelabuhan ini akan diresmikan pada Agustus 2018.