Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Setelah Apple of Eden direbut Girolamo Savonarola, Ezio diperintahkan untuk menemui Antonio, rekan sesama Assassin. Saat menemuinya, Ezio melihat Antonio bersama pria lain bernama Luis Santangel, yang meminta Ezio untuk menyelamatkan temannya Christoffa Corombo dari perangkap Templar yang diduga dirancang oleh Rodrigo Borgia. Ezio menyelamatkan Christoffa dari perangkap tersebut, dan diberitahu bahwa para Assassin di Spanyol ditangkap dan dieksekusi oleh Tomas Torquemada. Ezio, yang merasa bahwa ini adalah tugasnya untuk menyelamatkan Assassin, pergi ke Spanyol untuk berjuang kembali melawan Inkuisisi Spanyol. Di sepanjang jalan, Ezio mengetahui bahwa Torquemada diperintahkan untuk melakukan tindakan tersebut dari Rodrigo Borgia, yang menuntun Torquemada untuk mempercayai apa yang Tuhan kehendaki. Ezio juga mengetahui bahwa teman dekatnya, Luis Santangel dan Raphael Sanchez, sebenarnya merupakan Assassin. Ketika pada akhirnya menghadapi Torquemada, Ezio memutuskan untuk tidak membunuhnya dan berpikir bahwa Torquemada hanya disesatkan oleh Borgia dan bukan merupakan Templar. Ezio kemudian kembali ke Italia untuk melanjutkan pencarian Apple of Eden.