Perang Salib Pertama
Perang Salib Pertama (1096–1099) merupakan yang pertama dari sejumlah perang salib yang berupaya untuk merebut Tanah Suci, disahkan oleh Paus Urbanus II pada tahun 1095. Perang ini dimulai sebagai suatu peziarahan yang meluas dalam Kekristenan Barat dan berakhir sebagai suatu ekspedisi militer oleh bangsa Eropa Katolik Roma untuk mendapatkan kembali Tanah Suci yang diambil dalam penaklukan kaum Muslim atas Levant (632–661). Pada akhirnya menyebabkan direbutnya kembali Yerusalem pada tahun 1099.
Al-Jami' al-Aqsha
Yerusalem direbut oleh Tentara Salib pada tahun 1099, selama Perang Salib Pertama. Alih-alih menghancurkan Al-Jami' al-Aqsha, yang mereka sebut "Bait Salomo", Tentara Salib menggunakannya sebagai istana kerajaan dan kandang kuda. Pada tahun 1119, tempat ini berubah menjadi markas para Ksatria Templar. Selama periode ini, masjid mengalami beberapa perubahan struktural, termasuk perluasan serambi utara, penambahan apse, dan sebuah dinding pembatas. Sebuah kloster baru dan sebuah gereja juga dibangun di situs tersebut, bersama dengan beberapa struktur bangunan lainnya.[21] Para Ksatria Templar membangun pavilyun berkubah di sisi barat dan timur bangunan. Pavilyun barat saat ini berfungsi sebagai masjid untuk jamaah perempuan dan pavilyun timur berfungsi sebagai Museum Islam.[17]