Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Herminio da Costa
Segera sebelum pemungutan suara, ia menuduh UNAMET bias dan mengancam akan menolak hasilnya jika ia menentang sisi pro-integrasi. Setelah pemungutan suara, dan mengetahui hasil yang akan diumumkan akan bertentangan dengan pihaknya, ia mengancam akan 'membantai' semua pro kemerdekaan Timor: 'Jika Unamet mengumumkan bahwa pihak pro-kemerdekaan telah memenangkan pemungutan suara yang saya janjikan itu akan menjadi perang saudara lagi, ... pasukan pro-kemerdekaan tidak layak untuk hidup lagi, karena itu tidak adil ... Rencana saya adalah untuk membawa masalah ke PBB dan meminta mereka mengadakan pemungutan suara lagi, kali ini diselenggarakan oleh Indonesia. Jika mereka menolak, saya lebih baik pergi berperang untuk membantai semua orang pro-kemerdekaan, karena kami akan yakin bahwa mereka telah menipu. Dari markas barunya di Kupang, da Costa kemudian memperingatkan bahwa PPI akan membakar Timor Timur ke tanah. "Ini bukan perang antara Indonesia dan Timor Timur, tetapi perang antara otonomi dan kemerdekaan," katanya.