Danau Tanganyika
Danau ini berada di Western Rift di daerah Great Rift Valley dan dilingkupi oleh dinding pegunungan dari ngarai tersebut. Danau ini merupakan danau ngarai terbesar dan terdalam di Afrika atau nomor 2 terdalam di dunia serta menyimpan cadangan air tawar terbesar. Panjangnya membentang sekitar 673km pada arah Utara-Selatan dan lebar rata-rata 50km. Danau ini melingkupi area seluas 32,900 km², dengan panjang garis tepi sebesar 1,828km serta kedalaman rata-rata 570 m dengan kedalaman maksimum 1,470 m (di cekungan paling utara) menyimpan cadangan air dengan volume perkiraan sebesar 18,900 km³. Suhu di permukaannya sekitar 25°C dan mempunyai pH rata-rata 8.4.
Danau Matano
Danau Matano memiliki 7 spesies tanaman endemik. Syamsiah dkk. dari Universitas Negeri Makassar telah mengidentifikasi 3 jenis tumbuhan pinang-pinangan (Hydriastele) yang masuk dalam kategori endemik. H.C. Hopkins menyatakan bahwa "Weinmannia devogelii" H.C. Hopkins merupakan tumbuhan endemik Danau Matano.
Mata air Danau Matano berasal dari Desa Matano. Oleh warga setempat mata air tersebut telah dibuatkan tembok persegi sehingga menjadi kolam berukuran 12 x 8 meter. Gelembung-gelembung air yang tak henti bermunculan di atas permukaan kolam. Airnya sangat jernih. Penduduk yang tinggal di sekeliling danau menggunakan air danau sebagai bahan baku air minum.
Sebagai sumber daya alam yang sangat potensial maka perusahaan tambang nikel terbesar kedua dunia, PT.INCO (kini PT Vale Indonesia) memanfaatkan Sungai Larona yang berhulu dari Danau Matano sebagai pembangkit listrik tenaga air (PLTA) untuk pemanfaatan di pabrik, dan juga untuk penggunaan oleh masyarakat.