Gereja Baru Theotokos
ka|jmpl|250x250px|Reruntuhan Nea. Dua narasumber kontemporer menggambarkan bangunan Nea, tapi penulis tidak mencatat banyak mengenai bentuk dan organisasi kompleks gereja. Cyril dari Scythopolis, seorang pendeta Kristen yang hidup pada tahun 525-558, mencatat bahwa pembangunan gereja itu dimulai oleh Patriark Elias tetapi belum selesai sampai Yustinian mengalokasikan dana untuk penyelesaiannya atas permintaan St. Sabas pada tahun 531.[2] Catatan lebih rinci mengenai gereja dan konstruksinya berasal dari Procopius, sejarawan utama dari abad ke-6 dan sumber utama informasi mengenai pemerintahan Kaisar Justinian. Dalam bukunya De Aedificiis, ia menulis, "di Yerusalem ia [Justinian] mendedikasikan kepada Bunda Allah suatu tempat suci yang tidak dapat dibandingkan dengan yang lain."[3] Nea terletak di Gunung Sion, bukit tertinggi di kota Yerusalem, dekat Gereja para Rasul Kudus (dibangun tahun 347) dan Basilika Hagia Sion (dibangun tahun 390). Karena topografi yang naik turun, arsitek Theodoros pertama-tama harus memperpanjang bagian tenggara bukit dan menopang gereja dengan sejumlah substruktur besar. Catatan Procopius ini sesuai dengan penggalian Yoram Tsafrir, serta tablet yang ditemukan pada cistern bawah tanah berkubah yang memuat tanggal pembangunan yang pasti pada tahun 543.[4]
Konstantinopel
Kebakaran yang disulut para pemberontak Nika menghanguskan basilika St. Sophia yang dibangun Konstantinus, yakni gedung Gereja utama Konstantinopel, yang berdiri di utara Augustaeum. Yustinianus menugaskan Anthemius dari Tralles dan Isidorus dari Miletus untuk menggantikannya dengan gedung Gereja St. Sophia yang baru dan yang tiada duanya. Gedung ini adalah katedral agung Gereja Ortodoks, yang kubahnya konon bertahan di ketinggian atas kehendak Tuhan semata, dan yang terhubung langsung dengan istana sehingga keluarga kerajaan dapat pergi ke Gereja tanpa perlu melalui jalanan.[14] Peresmiannya digelar pada 26 Desember 537 dan dihadiri kaisar, yang berseru, "Wahai Salomo, aku telah menyaingimu!"[15] Pengurusan St. Sophia ditangani oleh 600 orang termasuk 80 imam, dan menghabiskan biaya pembangunan sebesar 20.000 pon emas.[16]