Fauna Indonesia
Walaupun 45% daerah Indonesia masih belum berpenghuni dan ditutupi hutan tropis, pertumbuhan populasi Indonesia yang tinggi dengan industrialisasinya, secara perlahan memengaruhi keberadaan fauna di Indonesia. Ditambah lagi, perdagangan hewan ilegal semakin menambah parah kondisi fauna Indonesia, termasuk di antaranya badak, orangutan, harimau, dan beberapa spesies amfibia[5]. Hingga 95% hewan yang dijual di pasar diambil langsung dari hutan dan bukannya melalui konservasi; dan lebih dari 20% hewan ini meninggal dalam perjalanan.[12]. Pada tahun 2003, World Conservation Union mencatat 147 spesies mamalia, 114 burung, 91 ikan dan 2 invertebrata termasuk dalam hewan-hewan yang terancam punah[12].
Fauna Asia
Malesia adalah daerah yang memisahkan antara zona Indomalaya dan Australasia. Daerah ini termasuk semenanjung Malaka dan pulau bagian barat Indonesia (Sumatera, Jawa, kalimantan dan lain-lain, yang dikenal sebagai tanah sunda), filipina, pulau-pulau Indonesia timur, dan New Guinea. Secara botanis kebanyakan tumbuhan di Malesia hampir serupa, bagian timur dan barat Garis Wallace sangat berbeda spesies hewan daratnya; dataran Sunda satwanya serupa dengan dataran utama Asia, sementara pulau-pulau di sebelah timur Garis Wallace masing-masing memiliki sedikit mamalia darat, dan merupakan habitat fauna turunan Australia, termasuk mamalia berkantung (marsupial) dan sejenis burung kasuari. Meskipun demikian, serangga dari New Guinea juga berasal dari Asia.