Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Di dalam "inti" terkomputerisasi dari Animus, Subject 16 (Clay Kaczmarek) menjelaskan kepada Desmond yang sedang koma bahwa pikirannya harus mencapai sinkronisasi penuh bersama Altaïr dan Ezio, atau dia akan jatuh ke dalam kondisi demensia. Desmond melihat memori Ezio yang sudah mulai menua beberapa tahun setelah cerita di Brotherhood. Ezio meneliti tentang sejarah Assassin dan pergi ke Masyaf untuk mencari lokasi perpustakaan Altaïr, yang dirumorkan memiliki kekuatan besar. Para Templar juga berusaha untuk membuka perpustakaan ini, tetapi hanya bisa dibuka dengan lima kunci yang tersebar di Konstantinopel, Kesultanan Ottoman. Ezio mengetahui bahwa kota Konstantinopel sedang berada dalam perseteruan antara Selim dan Ahmet yang memperebutkan jabatan sultan. Ezio dibantu oleh Sofia Sartor; di mana keduanya kemudian jatuh cinta. Ahmet belakangan diketahui sebagai Templar, dan dibunuh oleh Selim setelah bertarung melawan Ezio. Ezio menggunakan kunci yang diperoleh tersebut untuk menyaksikan memori Altaïr sebelum dan setelah kematian Al Mualim, yang memperlihatkan kematian istri dan anak bungsu dari Altaïr di tengah kudeta di antara para Assassin. Altaïr mengasingkan diri selama dua puluh tahun, kemudian kembali ke Masyaf untuk membunuh perampas kekuasaan dan mengambil kembali kekuasaannya. Altaïr menggambarkan memorinya di dalam kunci tersebut dan meminta temannya Niccolò Polo untuk menyembunyikannya. Setelah itu, Ezio dan Sofia pergi ke Masyaf dan membuka perpustakaan untuk menemukan mayat Altaïr dan Piece of Eden. Ezio meninggalkannya bersama peralatan assassin-nya, dan menyampaikan kepada Desmond, yang kini memahami perannya sebagai utusan baginya. Makhluk holografik yang menyebut dirinya Jupiter menjelaskan kepada Desmond (melalui Ezio) bahwa bagaimana masyarakatnya musnah akibat badai semburan matahari, dan kunci untuk menghentikan badai matahari 2012 terletak pada teknologi peradaban pertama yang disimpan di dalam ruang brangkas yang terhubung dengan ruang brankas di New York. Di dalam Animus, Clay mengorbankan dirinya untuk membantu Desmond terbangun dari koma, menyatakan bahwa memorinya selesai. Bersama Shaun, Rebecca, dan ayahnya William, Desmond berangkat ke New York untuk menyelamatkan umat manusia.