Pertempuran Bud Dajo Pertama
Pada 2 Maret 1906, Wood memerintahkan Kolonel J.W. Duncan dari 6th Infantry Regiment (United States) (ditempatkan di Zamboanga, ibukota provinsi) untuk memimpin ekspedisi melawan Bud Dajo. Duncan dan Perusahaan K dan M mengambil transportasi Wright ke Jolo.[9]Gubernur Scott mengirim tiga datu ramah ke atas gunung untuk meminta Bud Dajo Moros untuk melucuti senjata dan membubarkan diri, atau setidaknya mengirim perempuan dan anak-anak mereka ke lembah.[8]Mereka menolak permintaan ini, dan Scott memerintahkan Duncan untuk memulai serangan.
Suku Bugis
Sebagian orang-orang Bugis Wajo dari kerajaan Gowa yang tidak mau tunduk dan patuh terhadap isi perjanjian Bongaja, mereka tetap meneruskan perjuangan dan perlawanan secara gerilya melawan Belanda dan ada pula yang hijrah ke pulau-pulau lainnya di antaranya ada yang hijrah ke daerah Kesultanan Kutai, yaitu rombongan yang dipimpin oleh Lamohang Daeng Mangkona (bergelar Pua Ado yang pertama). Kedatangan orang-orang Bugis Wajo dari Kerajaan Gowa itu diterima dengan baik oleh Sultan Kutai.