Kesultanan Mataram
Sutawijaya naik tahta setelah ia merebut wilayah Pajang sepeninggal Hadiwijaya dengan gelar Panembahan Senopati. Pada saat itu wilayahnya hanya di sekitar Jawa Tengah saat ini, mewarisi wilayah Kerajaan Pajang. Pusat pemerintahan berada di Mentaok, wilayah yang terletak kira-kira di timur Kota Yogyakarta dan selatan Bandar Udara Adisucipto sekarang. Lokasi keraton (tempat kedudukan raja) pada masa awal terletak di Banguntapan, kemudian dipindah ke Kotagede. Sesudah ia meninggal (dimakamkan di Kotagede) kekuasaan diteruskan putranya Mas Jolang yang setelah naik tahta bergelar Prabu Hanyokrowati.
Pemberontakan Trunajaya
Amangkurat I naik takhta Mataram pada 1646, menggantikan Sultan Agung, yang telah memperluas wilayah Mataram hingga mencakup sebagian besar Jawa Tengah dan Timur, serta beberapa vasal seberang lautan di Sumatera bagian selatan dan Kalimantan.[8] Tahun-tahun awal pemerintahan Amangkurat ditandai dengan eksekusi dan pembantaian terhadap musuh-musuh politiknya. Menanggapi usaha kudeta yang gagal dari saudaranya Pangeran Alit, dia memerintahkan pembantaian terhadap ulama yang dia percaya terlibat dalam pemberontakan Alit.[9] Alit sendiri terbunuh dalam kudeta yang gagal itu.[9] Pada tahun 1659 Amangkurat mencurigai Pangeran Pekik, ayah mertuanya dan putra Adipati Surabaya yang ditaklukkan yang tinggal di keraton Mataram setelah kekalahan Surabaya, yang memimpin sebuah persekongkolan mengancam hidupnya.[10] Dia memerintahkan untuk membunuh Pekik dan para kerabatnya.[10] Pembantaian wangsa kebangsawaan Jawa Timur yang paling penting ini menciptakan keretakan antara Amangkurat dan para kawula Jawa Timur dan menyebabkan konflik dengan putranya, putra mahkota (kelak Amangkurat II), yang juga merupakan cucu Pekik.[10] Selama beberapa tahun berikutnya, Amangkurat melakukan sejumlah pembunuhan lainnya terhadap anggota bangsawan yang telah kehilangan kepercayaannya.[10]