Sultan Agung dari Mataram
Sesuai dengan wasiatnya, Sultan Agung yang meninggal dunia tahun 1645 digantikan oleh putranya yang bernama Raden Mas Sayidin sebagai raja Mataram selanjutnya, bergelar Amangkurat I.
Kanjeng Kyai Tunggul Wulung
Menurut para abdi dalem Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat, bendera ini berasal dari kain kiswah Ka’bah dari Mekah. Menurut perkiraan, usia panji ini sudah sangat tua, bahkan lebih tua daripada Keraton Yogyakarta sendiri, yang berdiri tahun 1755. Keberadaan bendera Kangjeng Kyai Tunggul Wulung adalah berkat jasa Sultan Agung Hanyakrakusuma. Konon, setiap hari Jumat, Sultan Agung dapat pergi mengaji ke Mekah karena kesaktiannya. Pada suatu ketika terjadi wabah di Mekah, Sultan Agung membantu hingga wabah tersebut berhenti. Karena jasanya, Sultan Agung dihadiahi serban berwarna biru-hitam yang konon pernah dikenakan seseorang yang dekat dengan Nabi Muhammad. Setelah tiba kembali di Yogyakarta, serban tersebut dibuat menjadi bendera.