Fauna Indonesia
Walaupun 45% daerah Indonesia masih belum berpenghuni dan ditutupi hutan tropis, pertumbuhan populasi Indonesia yang tinggi dengan industrialisasinya, secara perlahan memengaruhi keberadaan fauna di Indonesia. Ditambah lagi, perdagangan hewan ilegal semakin menambah parah kondisi fauna Indonesia, termasuk di antaranya badak, orangutan, harimau, dan beberapa spesies amfibia[5]. Hingga 95% hewan yang dijual di pasar diambil langsung dari hutan dan bukannya melalui konservasi; dan lebih dari 20% hewan ini meninggal dalam perjalanan.[12]. Pada tahun 2003, World Conservation Union mencatat 147 spesies mamalia, 114 burung, 91 ikan dan 2 invertebrata termasuk dalam hewan-hewan yang terancam punah[12].
Taman Nasional Manusela
Sekitar 117 jenis burung terdapat di Taman Nasional Manusela, di mana 14 jenis di antaranya endemik seperti kesturi ternate ("Lorius garrulus"), nuri tengkuk ungu/nuri kepala hitam ("L. domicella"), kakatua Seram ("Cacatua moluccensis"), raja udang ("Halcyon lazuli" dan "H. sancta"), burung madu Seram besar ("Philemon subcorniculatus"), dan nuri raja/nuri ambon ("Alisterus amboinensis").
Burung kakatua seram dan kalong seram ("Pteropus ocularis") merupakan salah satu satwa endemik Maluku, yang keberadaannya terancam punah di alam akibat perburuan liar, perusakan dan penyusutan habitatnya. Satwa lainnya di taman nasional ini adalah rusa ("Cervus timorensis moluccensis"), kuskus ("Phalanger orientalis orientalis"), soa-soa ("Hydrosaurus amboinensis"), babi hutan ("Sus celebensis"), luwak ("Pardofelis marmorata"), kadal panama ("Tiliqua gigas gigas"), duyung ("Dugong dugon"), penyu hijau ("Chelonia mydas"), dan berbagai jenis kupu-kupu. Satwa marsupial yang terancam atau sudah punah antara lain bandikot seram ("Rhynchomeles prattorum").