Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Assassin's Creed IV: Black Flag memperkenalkan karakter Olivier Garneau, sebagai CEO dari perusahaan permainan video Abstergo Entertainment (yang membantu Ubisoft mengembangkan permainan video Assassin's Creed dalam cerita fiktif pada seri tersebut). Di dalam cerita tersebut, Garneau pergi ke Chicago, latar tempat untuk permainan Ubisoft yang berjudul Watch Dogs. Pada permainan video berikutnya, Garneau menjadi subjek dari misi sampingan yang melihat protagonis Aiden Pearce menyelamatkannya dari penculikan, yang tersirat oleh Persaudaraan Assassin. Selain itu, kedua tokoh di dalam permainan terlihat sedang memainkan Assassin's Creed II. Ubisoft telah menjelaskan bahwa penampilan tersebut merupakan sisipan ("Easter egg") kecil, dan tidak mengonfirmasi ataupun menyangkal kesinambungan bersama dalam kedua seri.[100] Assassin's Creed Origins menyebutkan kabat tentang insiden yang dialami oleh Garneau di Chicago, beserta gambar Aiden Pearce yang membunuh Garneau.[101] Ubisoft masih tidak mengonfirmasi kesinambungan bersama di antara kedua seri permainan video, tetapi ini hanyalah bentuk crossover yang tampaknya mempertegas cerita bersama.