Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Kaisar Kōmei setuju dengan sentimen anti-Barat, dan mulai berperan aktif dalam urusan negara. Bagaikan mendapat kesempatan untuk lepas dari keshogunan, kaisar mengkritik keras berbagai perjanjian Jepang dengan dunia Barat dan ikut campur dalam urusan suksesi shogun. Usaha Kaisar Kōmei berpuncak dengan dikeluarkannya Dekret Pengusiran Orang Barbar. Walaupun tidak berkeinginan melaksanakan dekret tersebut, keshogunan menjadi sasaran kekerasan. Orang asing di Jepang juga menjadi sasaran kemarahan, termasuk insiden berdarah dengan berakhir dengan tewasnya pedagang Inggris bernama Charles Lennox Richardson. Kematian Richardson membuat keshogunan harus membayar ganti rugi sebesar 100 ribu poundsterling Inggris.[5] Insiden lainnya termasuk ditembakinya kapal-kapal asing di Shimonoseki.[6]