Kerajaan Medang
Mulai saat itu Wangsa Sailendra berkuasa di Pulau Jawa, bahkan berhasil pula menguasai Kerajaan Sriwijaya di Pulau Sumatra. Sampai akhirnya, sekitar tahun 840-an, seorang keturunan Sanjaya bernama Rakai Pikatan berhasil menikahi Pramodawardhani putri mahkota Wangsa Sailendra. Berkat perkawinan itu ia bisa menjadi raja Medang, dan memindahkan istananya ke Mamrati. Peristiwa tersebut dianggap sebagai awal kebangkitan kembali Wangsa Sanjaya.
Kerajaan Tidung
Menurut Kakawin Nagarakretagama yang ditulis tahun 1365 menyebutkan Tirem (=Tirun/Tidung) sebagai salah satu negeri yang telah ditaklukkan Kerajaan Majapahit oleh Gajah Mada. Menurut Hikayat Banjar, sejak masa kekuasaan Maharaja Suryanata (Raden Aria Gegombak Janggala Rajasa), pangeran dari Majapahit yang menjadi raja Negara Dipa (Banjar) yang ke-2 pada masa Hindu, penguasa Karasikan sudah menjadi taklukannya. Karasikan adalah sebutan dari Kesultanan Banjar untuk Kerajaan Tidung. Karasikan dalam Hikayat Banjar disebutkan sebagai salah satu "tanah di atas angin" (= negeri di sebelah timur atau utara) yang telah ditaklukkan. Karasikan (= Tarakan) dianggap sebagai salah satu vazal Banjarmasin, sehingga ketika Banjarmasin jatuh ke tangan VOC sebagai daerah protektorat (= tanah pinzaman) pada 13 Agustus 1787 maka vazal-vazal Banjarmasin oleh Sultan Tamjidullah I diserahkan kepada VOC, maka Karasikan atau wilayah Suku Tidung ini menjadi wilayah VOC. Karasikan yaitu wilayah Suku Tidung meliputi utara Kalimantan Timur hingga daerah-daerah pada Divisi Tawau dan sekitarnya termasuk pulau Sipadan dan Ligitan, sehingga tidak mengherankan ketika VOC membuat peta tahun 1787, wilayah VOC lebih ke utara daripada perbatasan Kalimantan Timur-Sabah yang ada pada masa kini.