Sunda Kelapa
Saat ini pelabuhan Sunda Kelapa memiliki luas daratan 760 hektare serta luas perairan kolam 16.470 hektare, terdiri atas dua pelabuhan utama dan pelabuhan Kalibaru. Pelabuhan utama memiliki panjang area 3.250 meter dan luas kolam lebih kurang 1.200 meter yang mampu menampung 70 perahu layar motor. Pelabuhan Kalibaru panjangnya 750 meter lebih dengan luas daratan 343.399 meter persegi, luas kolam 42.128,74 meter persegi, dan mampu menampung sekitar 65 kapal antar pulau dan memiliki lapangan penumpukan barang seluas 31.131 meter persegi.
Tanjung Priok, Jakarta Utara
Pengerjaan Pelabuhan Tanjung Priok dimulai pada bulan Mei 1877 dan selesai pada tahun 1886. Dimulai dengan pembangunan Pelabuhan I setelah adanya ketentuan bahwa kegiatan Pelabuhan Sunda Kelapa dipindahkan ke Tanjung Priok. Perencana pelabuhan ini adalah Ir.J.A.A. Waldrop, seorang insinyur yang berasal dari Belanda sedangkan pelaksananya adalah Jr. J.A. de Gelder dari Departement B.O.W., seorang Insinyur Perairan. Dengan diresmikannya Pelabuhan Tanjung Priok 1886, maka kegiatan pelabuhan utama Batavia yang semula berada di Kali Ciliwung sekitar kasteel Batavia dialihkan ke Pelabuhan Tanjung Priok, dan Pelabuhan Kali Ciliwung tersebut, kemudian dikenal dengan nama Pelabuhan Pasar Ikan. Selain membangun Pelabuhan Tanjung Priok, KPM juga membangun Pelabuhan Teluk Bayur-Padang (Port Van der Capellen) pada tahun 1886 dan Pelabuhan Belawan Deli tahun 1891. Pada awal peresmiannya, hanya beberapa kapal bermesin uap dan mayoritas adalah kapal-kapal layar. Memasuki abad ke-20 jumlah kapal bermesin uap meningkat menggantikan kapal-kapal layar. Pada tahun 1912 sejalan dengan perkembangan ekonomi yang pesat pelabuhan itu dirasakan terlalu kecil maka dilakukan perluasan.