Ashikaga Takauji
Selanjutnya, pihak Istana Selatan yang dipimpin Pangeran Muneyoshi, Nitta Yoshioki, Nitta Yoshimune, serta Hōjō Tokiyuki menyerang pasukan Takauji. Setelah sempat mundur hingga ke Provinsi Musashi, lewat serangan balasan terhadap kekuatan Istana Selatan di daerah Kanto, Takauji melakukan akhirnya merebut kembali Kyoto. Sesudah itu, Tadafuyu menyerang Kyoto, namun gagal dan terpaksa mundur ke Kyushu. Pada tahun 1354, pihak Istana Selatan untuk sementara berhasil menduduki Kyoto untuk direbut kembali oleh Istana Utara pada tahun berikutnya. Takauji secara pribadi masih memiliki rencana untuk membunuh Tadafuyu, namun penyakit bisul (radang di bawah kulit) lebih dulu merenggut nyawanya. Ashikaga Takauji, 54 tahun, meninggal dunia di rumah kediamannya di daerah Nijō, Kyoto pada tahun 1358.
Minamoto no Yoshitsune
Fujiwara no Hidehira kuatir dengan kekuatan militer Yoritomo yang terus bergerak ke arah barat Kanto sampai ke Provinsi Mutsu dengan alasan untuk menghabisi Yoshitsune. Hidehira bermaksud menjadikan Yoshitsune sebagai shogun untuk menumbangkan pemerintah Kamakura pimpinan Yoritomo, tapi tidak sempat karena lebih dulu meninggal pada 29 Oktober 1187. Putra pewaris Hidehira, Fujiwara no Yasuhira berhasil ditekan Yoritomo untuk mau bekerja sama menghabisi Yoshitsune. Yasuhira melanggar wasiat sang ayah agar melindungi Yoshitsune dan membunuh adiknya sendiri, Fujiwara no Yorihira yang merupakan sahabat dekat dan pelindung Yoshitsune. Cerita lain mengatakan bukan Fujiwara no Yorihira yang dibunuh, melainkan Fujiwara no Tadahira. Pada 30 April 1189, sekitar 500 pasukan berkuda menyerang Yoshitsune yang hanya dilindungi belasan pasukan berkuda. Pada waktu diserang, Yoshitsune sedang berada di tempat bernama Koromogawa no tachi yang merupakan wilayah Fujiwara no Motonari (sekarang tempat ini disebut kota Ōshū). Dalam keadaan terkepung pasukan Hidehira, Yoshitsune sama sekali tidak berniat melawan, dan malah mengunci diri di ruang altar keluarga ("jibutsudō"). Setelah membunuh istri dan anak perempuannya yang masih berusia 4 tahun, Yoshitsune bunuh diri. Yoshitsune meninggal di usia 31 tahun.