Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed
Assassin's Creed, Volume 2: Aquilus adalah novel grafik berbahasa Perancis yang ditulis oleh Eric Corbeyran dan digambar oleh Djilalli Defaux. Cerita dimulai dengan Desmond muda yang mengingat percakapannya dengan ayahnya. Dia terbangun dan kemudian berbicara kepada Lucy. Setelah menemui Rebecca, Shaun, dan assassin yang lainnya, mereka masuk ke dalam sebuah truk dan pergi ke Monteriggioni.