Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Tokugawa Yoshinobu
Setelah tiba di gerbang masuk kota Kyoto, pasukan Tokugawa dilarang masuk. Mereka diserang oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Peristiwa ini merupakan awal dari Pertempuran Toba-Fushimi yang merupaan bentrokan bersenjata pertama dalam Perang Boshin. Meskipun pasukan Tokugawa unggul dalam jumlah, moral pasukan jatuh setelah melihat panji-panji kekaisaran dikibarkan oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Di tengah berlangsungnya pertempuran, Yoshinobu menyelinap dari markas besarnya di Osaka dan berangkat ke Edo. Ia memasukkan dirinya ke dalam kurungan secara sukarela, dan menyatakan dirinya tunduk kepada istana. Kesepakatan damai akhirnya tercapai setelah Tayasu Kamenosuke, kepala keluarga berusia muda dari sebuah percabangan keluarga Tokugawa diadopsi dan diangkat sebagai kepala keluarga Tokugawa. Pada 11 April 1868, Istana Edo jatuh ke tangan tentara kekaisaran, dan kota ini terhindar dari perang habis-habisan.