Fransiskus dari Assisi
Pada 1209 Fransiskus memimpin pengikutnya ke Roma dan meminta izin Paus untuk mendirikan sebuah ordo keagamaan baru. Meskipun kemiripan yang jelas antara prinsip Fransiskus dan ide fundamental dari pengikut Peter Waldo yang izin serupanya telah ditolak oleh Paus sebelumnya, Assisi bersaudara sukses dalam mendapatkan persetujuan Paus Innocent III. Alasan dari persetujuan yang tidak wajar ini karena setelah penolakan Paus terhadap Waldo, kelompok mereka telah menjadi lebih populer dari sebelumnya. Menyadari hal ini, Paus berharap menghindari mengulangi kesalahan sebelumnya dalam usaha untuk memerangi ajaran sesat, yang telah menjadi masalah yang meningkat bagi Gereja. Oleh karena itu, Paus percaya bahwa dia dapat mencegah penyebaran Fransiskan, atau paling tidak mengontrolnya, dengan memberikan mereka pengakuan resmi.
Ordo mendikan
Kemunculan gerakan membiara yang baru bukan tanpa pertentangan. Tantangan utama muncul dari universitas, uskup, dan para imam. Gereja pertama di bawah Fransiskan juga dibawah pengawasan dari Ordo Benediktin. Anggota dari ordo-ordo mendikan ini pada awalnya sudah merupakan orang-orang berpendidikan yang bisa disejajarkan para doktor dari universitas-universitas terkemuka di jamannya. Ordo Dominikan menekankan para anggotanya dari orang-orang yang berpendidikan tinggi dalam peraturannya, dan untuk gerakan mendikannya mungkin meneladan Fransiskus Asisi. Anggota ordo Fransiskan mempersyaratkan pendidikan tinggi bagi para pengkotbahnya. Di pihak lain, Gereja juga menghargai hasil kerja mereka, dengan pemberian izin dari uskup, memberikan keleluasaan untuk berkotbah, mendengarkan pengakuan dosa, hak untuk dikuburkan di dalam gereja mereka. Motif terjadinya pertentangan ini adalah, sebenarnya karena masalah ekonomi, para imam paroki biasanya, pada masa itu, mendapatkan pendapatan yang banyak dari persembahan umat beriman / jemaat gereja, tetapi pendapatan ini bisa berkurang karena kepopuleran ordo-ordo mendikan ini dan Gereja melindungi kepentingan imam-imam paroki ini. Tantangan yang terbesar datang dari Universitas Paris pada khususnya, dan Perancis pada umumnya. Di Inggris penolakan sedikit lebih keras, terutama dari Universitas Oxford. Antara tahun 1231-1232 Paus Gregorius IX, melindungi ordo mendikan ini dari serangan-serangan yang ingin menjadikannya subjek dari hukum gereja, yang menghendaki mereka berstatus seperti awam/ umat gereja. Keributan besar terjadi di Paris saat Ordo Dominikan mendirikan sekolah mereka, dan mendirikan dua sekolah teologi (tahun 1229-1230) yang diikuti kemudian oleh para Fransiskan (1231). Pihak universitas mencoba membatasi mereka dengan hanya memberikan satu kursi profesor saja pada dominikan (1252). Pihak universitas juga mencari sekutu yaitu para imam dan uskup yang kemudian masuk dalam konfik ini, pada tahun itu muncul peraturan oleh Paus Inosensius IV, yang mencabut hak prerogratif untuk berkotbah, pengakuan dosa, dan untuk dikubur di biaranya, alasan pengeluaran peraturan ini tidak sepenuhnya dipahami. Penerus Paus Innosensius IV, yaitu Paus Alexander IV mengubah peraturan yang dikeluarkan paus sebelumnya, dan memberikan perlakuan baru dan melarang tuntutan pada kaum mendikan. Paus kembali memberi izin kepada ordo mendikan untuk kembali ke masyarakat, mengurus sekolah-sekolahnya, dan mengembalikan kedudukan Dominikan di Universitas. Akan tetapi pemimpin Ordo Dominikan, yang bergelar Master General, merasa terancam , dan berusaha berhati-hati untuk tidak memprovokasi para imam keuskupan / imam non biarawan.