Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Setelah Shogun Yoshinobu menyerah,[38] seluruh wilayah Jepang menerima kekuasaan kaisar, kecuali beberapa domain di Jepang Utara pendukung klan Aizu yang tetap membangkang.[39] Pada bulan Mei, beberapa daimyo utara membentuk Aliansi Utara (Ouetsu Reppan Domei) yang berintikan kekuatan militer Domain Sendai, Domain Yonezawa, Domain Aizu, Domain Shonai, dan Domain Nagaoka. Aliansi Utara berkekuatan total sekitar 50.000 prajurit.[40] Pangeran Kitashirakawa Yoshihisa ikut melarikan diri ke utara bersama pendukung Keshogunan Tokugawa. Pangeran Yoshihisa ditunjuk sebagai Kepala Aliansi Utara dengan maksud mengangkatnya di kemudian hari sebagai "Kaisar Tobu".