Sejarah Nusantara (1509–1602)
Portugis masuk ke Nusantara(Indonesia) di bawah pimpinan pelaut terkenal Alfonso de Albuquerque(1453–1515). Afanso arsitek utama ekspansi portugis ke Asia serta orang Eropa pertama yang memulai kolonisasi Eropa atas Nusantara.
Pakistan-Indonesia
Masa ini adalah masa kedatangan para datuk dari Walisongo yang dipelopori oleh keluarga besar Syekh Jamaluddin Akbar dari Gujarat, Ia besama putra-putra berdakwah jauh ke seluruh pelosok Asia Tenggara hingga Nusantara dengan strategi utama menyebarluaskan Islam melalui pernikahan dengan penduduk setempat utamanya dari kalangan istana-istana Hindu.
Pada tahun 1877 pelabuhan Tanjung Priok, Jakarta Utara mulai dibangun secara modern, selanjutnya KPM ("Koninklijke Paketvaart Maatschappij"), sebuah perusahaan pelayaran Belanda dioperasikan tahun 1888 dengan rute Eropa–Hindia Belanda, sehingga memungkinkan orang-orang dari India, Pakistan, Arab Yaman atau Arab Mesir, melakukan migrasi ke Nusantara secara berangsur-angsur mulai tahun 1870 hingga setelah tahun 1888.
Gelombang kedatangan suku Pakistan dengan berbondong-bondong ke Nusantara sekitar tahun 1880-an. Tidak seperti Syeh Jamaluddin Akbar dengan strategi menyebarkan agama Islam dengan menikahi penduduk setempat, pada abad ini strategi menyebarkan Islam sambil berdagang di Nusantara. Kaum pendatang ini tidak banyak melakukan kawin campur dengan penduduk pribumi-Nusantara, tetapi sebagian juga melakukan kawin campur dengan penduduk pribumi-Nusantara.