Danau Tanganyika
Danau ini berada di Western Rift di daerah Great Rift Valley dan dilingkupi oleh dinding pegunungan dari ngarai tersebut. Danau ini merupakan danau ngarai terbesar dan terdalam di Afrika atau nomor 2 terdalam di dunia serta menyimpan cadangan air tawar terbesar. Panjangnya membentang sekitar 673km pada arah Utara-Selatan dan lebar rata-rata 50km. Danau ini melingkupi area seluas 32,900 km², dengan panjang garis tepi sebesar 1,828km serta kedalaman rata-rata 570 m dengan kedalaman maksimum 1,470 m (di cekungan paling utara) menyimpan cadangan air dengan volume perkiraan sebesar 18,900 km³. Suhu di permukaannya sekitar 25°C dan mempunyai pH rata-rata 8.4.
Danau Paniai
Sebagaimana sebagian besar topografi Kabupaten Paniai yang berada di wilayah pegunungan dan perbukitan yang berhawa sejuk, Danau Paniai pun terletak di daerah ketinggian, yaitu sekitar 1.700 meter di atas permukaan laut (dpl). Meskipun demikian, Danau Paniai menyimpan aneka jenis ikan air tawar dan udang. Ikan nila ("oreochromis niloticus"), ikan mujair ("oreochromis mossambicus"), ikan mas/ikan karper ("cyprinus carpio"), ikan sembilan hitam, dan ikan belut ("synbranchus") adalah di antara jenis ikan yang dapat dijumpai di danau ini. Sedangkan ikan pelangi (rainbow/"melanotaenia ayamaruensis") merupakan biota Danau Paniai yang sering dicari oleh para nelayan dan hobiis ikan hias karena bernilai ekonomi tinggi. Bila beruntung, di Danau Paniai wisatawan dapat melihat udang endemik Papua yang kini sudah mulai langka, yaitu udang selingkuh (cherax albertisii). Dinamakan demikian karena udang tersebut memiliki capit/jepit besar seperti halnya kepiting. Sampai saat ini, setiap orang yang berkunjung ke Tanah Papua, terutama ke Kota Wamena, Ibu Kota Kabupaten Jayawijaya, senantiasa mencari udang selingkuh sebagai menu untuk bersantap.