Perang Ōnin
Perang antara Pasukan Timur dan Pasukan Barat makin sulit karena kelompok-kelompok militer dari kedua belah pihak, demi keuntungan sendiri, berulang kali membelot ke pihak musuh. Sebagian di antaranya kemudian kembali membelot ke pasukan asal. Dalam keadaan tersebut, hanya sedikit kelompok yang benar-benar berusaha memenangkan perang. Perang Pasukan Timur melawan Pasukan Barat berakhir dalam keadaan tidak ada pihak yang kalah atau menang. Jenderal Ashigaru Honekawa Dōken dari Pasukan Timur mencoba mencari nama dengan mengacau di garis belakang dengan taktik perang gerilya. Namun sebagian besar pasukannya adalah pelaku kriminal, termasuk kelompok perampok dan penjahat, sehingga perang tidak juga bisa diakhiri.
Perang Boshin
Walaupun Yoshinobu sudah mengundurkan diri dan jabatan tingkat atas dalam pemerintahan menjadi kosong, anak buahnya tetap menjalankan tugas seperti biasa. Pemerintah keshogunan, khususnya keluarga Tokugawa, tetap merupakan kekuatan utama dalam sistem politik, dan masih memegang kekuasaan eksekutif.[21] Keadaan ini tidak dapat ditolerir kalangan garis keras dari Satsuma dan Chōshū.[22] Peristiwa penting terjadi pada 3 Januari 1868 ketika faksi garis keras mengambil alih istana kaisar di Kyoto. Pada hari berikutnya, Kaisar Meiji yang waktu itu berusia 15 tahun mengumumkan kembalinya kekuasaan di tangan kaisar. Walaupun mayoritas dewan penasihat setuju dengan proklamasi resmi kekuasaan langsung di tangan istana, mereka cenderung mendukung kerja sama dengan keluarga Tokugawa di bawah konsep pemerintahan bersama. Saigō Takamori mengancam dewan agar menghapus jabatan shogun dan mengeluarkan perintah penyitaan tanah-tanah yang dimiliki Yoshinobu.[23]