Kesultanan Mataram
Sutawijaya naik tahta setelah ia merebut wilayah Pajang sepeninggal Hadiwijaya dengan gelar Panembahan Senopati. Pada saat itu wilayahnya hanya di sekitar Jawa Tengah saat ini, mewarisi wilayah Kerajaan Pajang. Pusat pemerintahan berada di Mentaok, wilayah yang terletak kira-kira di timur Kota Yogyakarta dan selatan Bandar Udara Adisucipto sekarang. Lokasi keraton (tempat kedudukan raja) pada masa awal terletak di Banguntapan, kemudian dipindah ke Kotagede. Sesudah ia meninggal (dimakamkan di Kotagede) kekuasaan diteruskan putranya Mas Jolang yang setelah naik tahta bergelar Prabu Hanyokrowati.
Kadipaten Sumenep
Pemerintahan Kadipaten Sumenep mulai dipengaruhi Kesultanan Mataram pada masa pemerintahan Raden Mas Anggadipa, namun sebelum dikuasainya wilayah Kadipaten Sumenep oleh Mataram, seluruh wilayah Madura bergejolak melawan penyerangan yang dilakukan oleh Mataram ke wilayah Madura. Penyerangan tersebut terjadi pada masa pemerintahan Pangeran Lor II beserta Kanjeng Pangeran Ario Cokronegoro I.