Pertempuran Bud Dajo Pertama
Pada 2 Maret 1906, Wood memerintahkan Kolonel J.W. Duncan dari 6th Infantry Regiment (United States) (ditempatkan di Zamboanga, ibukota provinsi) untuk memimpin ekspedisi melawan Bud Dajo. Duncan dan Perusahaan K dan M mengambil transportasi Wright ke Jolo.[9]Gubernur Scott mengirim tiga datu ramah ke atas gunung untuk meminta Bud Dajo Moros untuk melucuti senjata dan membubarkan diri, atau setidaknya mengirim perempuan dan anak-anak mereka ke lembah.[8]Mereka menolak permintaan ini, dan Scott memerintahkan Duncan untuk memulai serangan.
Perang Diponegoro
Untuk menghadapi Perang Diponegoro, Belanda terpaksa menarik pasukan yang dipakai perang di Sumatera Barat untuk menghadapi Pangeran Diponegoro yang bergerilya dengan gigih. Sebuah gencatan senjata disepakati pada tahun 1825, dan sebagian besar pasukan dari Sumatera Barat dialihkan ke Jawa. Namun, setelah Perang Diponegoro berakhir (1830), kertas perjanjian gencatan senjata itu disobek, dan terjadilah Perang Padri babak kedua. Pada tahun 1837 pemimpin Perang Paderi, Tuanku Imam Bonjol akhirnya ditangkap. Berakhirlah Perang Padri.