Danau Tanganyika
Danau ini berada di Western Rift di daerah Great Rift Valley dan dilingkupi oleh dinding pegunungan dari ngarai tersebut. Danau ini merupakan danau ngarai terbesar dan terdalam di Afrika atau nomor 2 terdalam di dunia serta menyimpan cadangan air tawar terbesar. Panjangnya membentang sekitar 673km pada arah Utara-Selatan dan lebar rata-rata 50km. Danau ini melingkupi area seluas 32,900 km², dengan panjang garis tepi sebesar 1,828km serta kedalaman rata-rata 570 m dengan kedalaman maksimum 1,470 m (di cekungan paling utara) menyimpan cadangan air dengan volume perkiraan sebesar 18,900 km³. Suhu di permukaannya sekitar 25°C dan mempunyai pH rata-rata 8.4.
Danau Toba
Fauna di danau ini meliputi beberapa spesies zooplankton dan hewan bentos. Karena danau ini oligotrof (tidak kaya nutrien), ikan aslinya tergolong langka. Hanya ada dua ikan endemik di danau ini, yaitu Rasbora tobana (bisa disebut hampir endemik karena juga ditemukan di sungai-sungai yang bermuara di danau ini)[23] dan Neolissochilus thienemanni, biasa disebut ikan Batak.[24] Spesies yang disebutkan terakhir itu terancam oleh deforestasi (penyebab siltasi), polusi, perubahan ketinggian air, dan spesies ikan baru yang didatangkan ke danau ini.[24] Spesies ikan asli lainnya adalah Aplocheilus panchax, Nemacheilus pfeifferae, Homaloptera gymnogaster, Channa gachua, Channa striata, Clarias batrachus, Barbonymus gonionotus, Barbonymus schwanenfeldii, Danio albolineatus, Osteochilus vittatus, Puntius binotatus, Rasbora jacobsoni, Tor tambra, Betta imbellis, Betta taeniata, dan Monopterus albus.[25] Spesies ikan pendatang meliputi Anabas testudineus, Oreochromis mossambicus, Oreochromis niloticus, Ctenopharyngodon idella, Cyprinus carpio, Osphronemus goramy, Trichogaster pectoralis, Trichopodus trichopterus, Poecilia reticulata, dan Xiphophorus hellerii.[25]