MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
MAN Babakan Lebaksiu
Periode ketiga sejak tahun 1947 s.d 1982 M diteruskan oleh KH. Isa Mufti dan K. Abdul Malik sebagai upaya untuk meningkatkan kualitas pendidikan pondok pesantren maka didirikan pendidikan berbasis pengetahuan agama yaitu Madrasah Diniyah Tsanawiyah (sekarang Madrasah Tsanawiyah) yang dipimpin oleh KH. Baedowi Mufti dan Madrasah Diniyah Mualimat dipimpin oleh K. Muslih Ma’shum, BA. Kemudian didirikan dan dikembangkan pendidikan yang berbasis pengetahuan umum di antaranya Madrasah Menengah Pertama (MMP), dan Madrasah Menengah Atas (MMA) yang dipimpin oleh KH. Shofwan Mufti, BA.