MAN Insan Cendekia
Untuk memenuhi kebutuhan sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam penguasaan IPTEK yang didasari nilai keimanan dan ketakwaan, pada tahun 1996 atas ide dari Prof. Dr. -Ing. Bacharuddin Jusuf Habibie, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) mendirikan Magnet School yang nantinya berubah namanya menjadi SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo melalui program penyetaraan IPTEK STEP (Science and Technology Equity Program) bagi sekolah-sekolah yang berada di lingkungan pondok pesantren.[2]
MAN Insan Cendekia
Sejak tahun pelajaran 2000/2001 SMU Insan Cendekia, baik yang berada di Gorontalo maupun di Serpong, dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT kepada Departemen Agama RI. Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan IPTEK dan IMTAK, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya, Departemen Agama dan BPPT terus melakukan kerja sama. Selanjutnya nama SMU Insan Cendekia ditransformasikan menjadi Madrasah Aliyah Insan Cendekia dengan tanpa mengurangi dan mengubah sistem pengajaran secara keseluruhan yang telah berjalan selama ini.[3]