Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Assassin's Creed (film)
Di Spanyol, 1492, Aguilar dan rekannya Maria dikerahkan untuk menyelamatkan Pangeran Ahmed de Granada, yang telah diculik oleh pemimpin Templar, Tomas de Torquemada, untuk memaksa ayah Pangeran Ahmed, Sultan Muhammad XII, untuk menyerah Apple Eden . Aguilar dan Maria mencegat kereta mengangkut Ahmed, tetapi kemudian disergap dan ditangkap oleh penegak Torquemada ini, Ojeda, seperti Callum ditarik keluar dari Animus oleh Sophia.