Assassin's Creed
Cerita dan periode waktu yang baru diperkenalkan di setiap entri, dan elemen dari cara bermain berkembang dari versi sebelumnya. Terdapat dua kumpulan cerita di dalam seri ini. Untuk lima permainan utama yang pertama, cerita berlatar pada tahun 2012 dan menampilkan tokoh utama Desmond Miles yang menggunakan mesin yang bernama Animus dan menghidupkan kembali memori pendahulunya untuk mencari cara untuk mencegah kemusnahan massal pada tahun 2012. Dalam permainan berikutnya, Assassin Initiative menghidupkan kembali rekaman memori genetik menggunakan perangkat lunak Helix, membantu para Assassin menemukan Piece of Eden yang baru di dunia modern.
Karakter-karakter dan Faksi dalam seri Black Ops
(†/Selamat) Kapten Alex Mason - (Sam Worthington) Protagonis utama, ia dipanggil kembali oleh CIA untuk menyelamatkan Woods, meskipun putranya, David tidak menyukai hal ini, Alex beralasan bahwa, "Dia adalah Paman Woods, Nak. Dia juga akan melakukan ini untukku.". Ia dan Hudson kemudian menyelamatkan Woods di Angola, dan bertemu dengan Menendez saat mencari bantuan. Mason menembak mata kanannya dan kabur bersama Hudson dan Woods. Kemunculan terakhirnya adalah di misi "Suffer With Me", dimana ia dibunuh Menendez lewat Hudson (yang memberi komando pada Woods dan Mason) dan Woods (yang membunuh Nexus/Mason atas komando Hudson). (†/Selamat) Sersan Master Frank Woods - (James C. Burns) Protagonis kedua, ia kabur dari tahanan Vietnam di Hanoi dan selamat sampai di AS. Tetapi segera menjalankan misi di Afrika, yang berujung ia dan timnya ditangkap oleh Menendez. Berusaha mengetahui misi Woods, Menendez menyiksanya, membunuh rekan-rekannya satu persatu, kemudian menguncinya di dalam kontainer dengan mayat-mayat rekannya selama 2 minggu. Ketika ditemukan oleh Mason dan Hudson, kondisinya sangat memprihatinkan, penuh luka dan tergeletak lemas. Meskipun begitu, ia menyelamatkan Hudson dari seorang musuh, tetapi karena misi yang gagal tersebut, membuat Woods mempunyai misi balas dendam untuk membunuh Menendez. Ia tidak sengaja membunuh Mason di dalam misi "Suffer With Me". Ia pensiun dari CIA setelah Mason dan Hudson tewas, dan juga karena lututnya ditembak Menendez, membuatnya lumpuh. Ia mengasuh David selama 36 tahun. † Agen Spesial Jason Hudson - (Michael Keaton) Protagonis ketiga permainan, agen CIA yang merekrut kembali Mason untuk menyelamatkan Woods. Saat di Angola, ia berada di helikopter saat Mason dan Savimbi menghabisi pasukan MPLA. Ia dan Mason kemudian menyelamatkan Woods dan berhasil kabur setelah diselamatkan Savimbi, meskipun terluka di bahu. Di Afghanistan, ia bersama pemimpin Mujahidin berdiskusi tentang serangan Soviet ke markas mereka. Ia meninggal dibunuh Menendez dengan sadis di misi "Suffer With Me". Mark McKnight - (Andrew Hawkes) Seorang penembak jitu Marinir yang tinggal di Panama, membantu Mason dan Woods mencari Noriega dalam Operation False Profit.