Sunda Kelapa
Saat ini pelabuhan Sunda Kelapa memiliki luas daratan 760 hektare serta luas perairan kolam 16.470 hektare, terdiri atas dua pelabuhan utama dan pelabuhan Kalibaru. Pelabuhan utama memiliki panjang area 3.250 meter dan luas kolam lebih kurang 1.200 meter yang mampu menampung 70 perahu layar motor. Pelabuhan Kalibaru panjangnya 750 meter lebih dengan luas daratan 343.399 meter persegi, luas kolam 42.128,74 meter persegi, dan mampu menampung sekitar 65 kapal antar pulau dan memiliki lapangan penumpukan barang seluas 31.131 meter persegi.
Kadipaten Surabaya
Dengan ekonomi yang berorientasi pada perdagangan, Surabaya menjadi pelabuhan perdagangan utama pada awal abad ke-16. Kapal-kapal yang terlihat di seluruh Nusantara, sejauh barat Malaka dan sejauh timur hingga Kepulauan Maluku. Ia menjadi penting berkat letaknya pada jalur perdagangan internasional antara dua titik. Selain itu, lokasi di delta Brantas terhubung dengan pedalaman daerah pertanian. Hulu sungai masyarakat menyediakan beras, baik sebagai makanan untuk rakyat dan sebagai komoditi dagang untuk pedagang. Surabaya menyediakan masyarakat pedalaman dengan perdagangan barang-barang seperti pakaian, perhiasan, dan porselen. Sebagian besar kota-kota pelabuhan lain di pantai timur laut Jawa, seperti Demak dan Tuban, yang bersekutu dengan Surabaya sebelum mereka jatuh di bawah Mataram.VOC memiliki sebuah pos perdagangan di Gresik, sebuah kota pelabuhan di bawah kontrol Surabaya, dari tahun 1602 hingga tahun 1615. Pada saat itu, VOC hanya mengontrol Batavia (sekarang Jakarta).