Danau Tanganyika
Danau ini berada di Western Rift di daerah Great Rift Valley dan dilingkupi oleh dinding pegunungan dari ngarai tersebut. Danau ini merupakan danau ngarai terbesar dan terdalam di Afrika atau nomor 2 terdalam di dunia serta menyimpan cadangan air tawar terbesar. Panjangnya membentang sekitar 673km pada arah Utara-Selatan dan lebar rata-rata 50km. Danau ini melingkupi area seluas 32,900 km², dengan panjang garis tepi sebesar 1,828km serta kedalaman rata-rata 570 m dengan kedalaman maksimum 1,470 m (di cekungan paling utara) menyimpan cadangan air dengan volume perkiraan sebesar 18,900 km³. Suhu di permukaannya sekitar 25°C dan mempunyai pH rata-rata 8.4.
Ranu Pani
Kegiatan pertanian dianggap sebagai salah satu faktor menyempitnya luas danau Ranu Pani, pembukaan perbukitan sebagai lahan pertanian menyebabkan terjadinya erosi. Fungsi pepohonan besar untuk menahan pengikisan tanah tidak dapat digantikan oleh tanaman pertanian.
Selain itu banyaknya pendaki maupun pengunjung yang membuang sampah sembarangan, mengakibatkan menumpuknya berbagai macam limbah dan mengakibatkan kedalaman danau semakin berkurang. Bahkan beberapa kali pendaki kerap membakar sampahnya. Sebelumnya pada tahun 1998 kedalaman Danau Ranu Pani mencapai 12 meter, pada tahun 2013 danau menjadi semakin dangkal pada tengah danau kedalaman hanya mencapai 7 meter. Usaha pembersihan tanaman liar di sekitar Ranu Pani dinilai tidak efektif, sehingga dilakukan program perbaikan lingkungan di sekitar danau dan penanaman pagar hidup di perbatasan danau dengan pemukiman penduduk untuk mengurangi sedimentasi dan masuknya sampah ke danau.
Sejak tahun 2010, TNBTS bekerja sama dengan Universitas Brawijaya dan Badan Kerja Sama Internasional Jepang (JICA) berupaya mengembalikan fungsi danau seperti semula.