Ashikaga Takauji
Selanjutnya, pihak Istana Selatan yang dipimpin Pangeran Muneyoshi, Nitta Yoshioki, Nitta Yoshimune, serta Hōjō Tokiyuki menyerang pasukan Takauji. Setelah sempat mundur hingga ke Provinsi Musashi, lewat serangan balasan terhadap kekuatan Istana Selatan di daerah Kanto, Takauji melakukan akhirnya merebut kembali Kyoto. Sesudah itu, Tadafuyu menyerang Kyoto, namun gagal dan terpaksa mundur ke Kyushu. Pada tahun 1354, pihak Istana Selatan untuk sementara berhasil menduduki Kyoto untuk direbut kembali oleh Istana Utara pada tahun berikutnya. Takauji secara pribadi masih memiliki rencana untuk membunuh Tadafuyu, namun penyakit bisul (radang di bawah kulit) lebih dulu merenggut nyawanya. Ashikaga Takauji, 54 tahun, meninggal dunia di rumah kediamannya di daerah Nijō, Kyoto pada tahun 1358.
Kyoto
Perang Jōkyu yang dimenangkan Keshogunan Kamakura membuka kesempatan bagi pemerintah Keshogunan Kamakura untuk membangun kantor pemelihara keamanan yang disebut Rokuhara Tandai di Kyoto. Kantor tersebut antara lain digunakan untuk memata-matai kegiatan kaum bangsawan istana. Pada akhir zaman Kamakura, Rokuhara Tandai dihancurkan oleh Ashikaga Takauji. Setelah kejatuhan pemerintah Keshogunan Kamakura, Kaisar Go-Daigo memulihkan kekuasaan ke tangan kaisar (Restorasi Kemmu). Sistem pemerintahan yang baru ternyata mengundang ketidakpuasan di kalangan samurai. Akibatnya, Ashikaga Takauji berontak melawan kaisar dan mendirikan pemerintahan Istana Utara. Peristiwa ini menandai dimulainya zaman Namboku-chō.