隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
禁教令
京都所司代であった板倉勝重はキリシタンには好意的で、そのため京都には半ば黙認される形でキリシタンが多くいた（先述の「デウス町」の住人）。しかし、秀忠は元和2年（1616年）に「二港制限令」、続けて元和5年（1619年）に改めて禁教令を出し、勝重はこれ以上黙認できずキリシタンを牢屋へ入れた。勝重は秀忠のお目こぼしを得ようとしたが、逆に秀忠はキリシタンの処刑（火炙り）を直々に命じた。そして同年10月6日、市中引き回しの上で京都六条河原で52名が処刑される（京都の大殉教）。この52名には4人の子供が含まれ、さらに妊婦も1人いた。