ワジリスタン紛争
2004年3月16日、の中心地にアルカーイダの幹部アイマン・ザワーヒリーが潜伏している情報を察知したパキスタン軍はワナを攻撃し、ターリバーンの間で激しい戦闘が起こった（ワナの戦い）。
東トルキスタン独立運動
1955年に成立した新疆ウイグル自治区では、1957年の反右派闘争により、少数民族出身の党幹部の多くが粛清された。1958年から開始された大躍進政策の失敗は、住民から多くの餓死者を出すこととなった。
1966年には、新疆にも文化大革命が波及し、中国本土から派遣された紅衛兵により、旧文化の象徴と目されたモスクや、宗教指導者に対する迫害が行われた。1967年には、紅衛兵同士の武装闘争に少数民族が動員され、多くの死傷者を出すなど、新疆の社会情勢は大混乱に陥った。