後醍醐天皇
足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗するが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は光厳上皇の院政のもとで持明院統から光明天皇を新天皇に擁立し、建武式目を制定して幕府を開設する（なお、太平記の伝えるところでは、後醍醐天皇は比叡山から下山するに際し、先手を打って恒良親王に譲位したとされる）。廃帝後醍醐は幽閉されていた花山院を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（現奈良県吉野郡吉野町）に自ら主宰する朝廷を開き、京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まる。後醍醐天皇は、尊良親王や恒良親王らを新田義貞に奉じさせて北陸へ向かわせ、懐良親王を征西将軍に任じて九州へ、宗良親王を東国へ、義良親王を奥州へと、各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとした。しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年 / 暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。享年52（満50歳没）。
昌泰の変
その一方で醍醐天皇の即位当時、仁明天皇の嫡流子孫である元良親王（陽成天皇皇子）らを皇位継承者に擁立する動きに強い警戒感を抱いていた宇多法皇は自分の同母妹為子内親王を醍醐天皇の妃として男子出生を願ったが内親王は早世した。そこで醍醐天皇は藤原時平と相談してその妹である藤原穏子の入内を進めた。だが、宇多法皇はこれを時平が外戚の地位を狙うものとして強く反発した。阿衡事件（阿衡の紛議）の苦い経験から、藤原氏腹の皇子の誕生を望まなかった宇多上皇と藤原氏との連携によって政権の安定を図る醍醐天皇の路線対立が明確になっていった。