医学部
医学科 医学科は医師を養成するための6年制の学科である。医学科は「歯学」を除く医学（内科学、外科学、放射線医学など）を履修する課程であり、歯学科とは異なる。 健康科学・看護学科 東京大学医学部保健学科が1992年に学科名を変更して設置された。看護学コースと健康科学コースを有し、必ずしも看護師となるわけではない。保健医療の学際的アプローチを目指している。4年制。 看護学科 以前は附属看護専門学校として多かった看護学科は看護師や保健師を養成するための4年制の学科である。 保健学科 診療放射線技師、臨床検査技師、作業療法士、理学療法士等を養成するための4年制の学科である。これらに加え、看護師や保健師の養成課程を持つところもある。 医科栄養学科 管理栄養士を養成するための4年制学科である。2017年4月現在、徳島大学にのみ設置されている（2014年4月までは「栄養学科」だった）。 総合薬学科 薬剤師を養成するための6年制の学科である。薬学科は当初医学部に設置されていたが、ほとんどが学部として独立し、唯一最後までこの形態で残っていた広島大学も薬学教育6年制移行を機に薬学部として独立した。 生命科学科 医学の基礎知識を習得した生命科学者を養成するための4年制の学科で、1990年鳥取大学に設置され、2007年には九州大学にも新設された。
東京医学校
明治5年（1872年）の学制頒布により、8月3日（新暦9月5日）、東校は「第一大学区医学校」となり、ついで1874年（明治7年）5月、東京医学校と改称された。この東京医学校は予科2年、本科5年からなり、主としてドイツ語を通じて西洋医学教育が行われたが、同年、日本語による薬剤師の簡易速成課程として修業年限2年の「製薬学（通学生）教場」、翌1875年には医師速成課程として修業年限3年の「医学通学生教場」が新設され、ともに日本語による授業が行われた。慶應義塾出身の印東玄得らが教授として着任した。1876年には初めて25名の卒業生を出し、翌1877年4月、東京医学校は東京開成学校（大学南校の後身）と統合され東京大学（（旧）東京大学）の設立に至る。しかし設立当初の東京大学は旧開成学校および医学校の連合体としての性格が強く、しばらくの間、医学校の後身たる医学部では独自の「綜理」（大学総長に相当し池田謙斎が就任）を持つなど、高度な独立性を維持していた。