八幡神
現在の神道では、八幡神は応神天皇（誉田別命）の神霊で、欽明天皇32年（571年）に初めて宇佐の地に示顕したと伝わる[3]。応神天皇（誉田別命）を主神として、比売神、応神天皇の母である神功皇后を合わせて<b data-parsoid='{"dsr":[543,553,3,3]}'>八幡三神</b>として祀っている。また、八幡三神のうち、比売神や、神功皇后に代えて仲哀天皇や、武内宿禰、玉依姫命を祀っている神社も多くある。
八坂刀売神
平安時代の初め頃には既に下社に女神が祀られていることは平城天皇より下賜されたといわれる「印」の存在から窺える。なお、中世以降には混乱が生じ、下社の祭神に建御名方神、片倉辺命、事代主神、沼河姫、もしくは下照姫をあてる文書はいくつかある。現在は八坂刀売神とともに建御名方神が主祭神となっており、事代主神が配祀されている。
現在、八坂刀売神は下社のほかに上社の祭神ともされているが、これは国史に見られる「前八坂刀売神」の「」を「まえ」と読まれたことから生じた誤りである。古文献からは、前宮の本来の祭神は「二十の御社宮神（ミシャグジ）」であることがわかる。