エンドソーム
エンドソーム (endosome) はピノサイトーシスによって形成された一重の生体膜からなる小胞。ほぼ全ての真核細胞が持ち、細胞外の分子の取り込みや、細胞表面の分子のソーティングに関わる。その結果エンドソームに取り込まれた一部の分子は再利用され、小胞輸送によって細胞膜へと輸送される。また不要な分子はエンドソームがリソソームと融合することで分解される。エンドサイトーシスの一種であるファゴサイトーシスによって形成された（ヘテロ）ファゴソームはエンドソームに含めないと思われる。
エキソソーム複合体
エキソソームは様々なRNAの分解、転写後修飾に関わっている。細胞質ではmRNAの代謝回転に関わり、ナンセンス仲介減衰またはノンストップ分解経路によってエラータグが付けられたmRNAを分解できる。mRNAは通常の代謝回転によっても分解される。また、mRNAの3' 非翻訳領域に存在するAUリッチ領域への結合を介してその安定性を制御するいくつかのタンパクがエキソソームと相互作用する。[29][30][31]細胞核では、エキソソームは核内低分子RNAの正しい処理に必要である。[32]核小体はエキソソームの大部分が検出された区画であり、5.8SrRNAの修飾(最初に特定されたエキソソームの機能)やsnoRNAの修飾を行う。[1][32][33]