隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
八重山キリシタン事件
同事件の後、琉球にも本格的な禁教策（琉球国内のキリシタン弾圧のみならず、弾圧により九州などから逃亡してきたキリシタン、外国船の漂着による宣教師の上陸防止など）が実施されることとなり、石垣永将が火刑に処せられた翌1636年、薩摩藩は琉球にも宗門改の実施を命じ、キリシタンでないと認められた住民には手札が渡された。その後、5年から10年の間隔で宗門改が実施されたが、その間も各間切・シマに宗旨の点検を報告させた。また、それに併せて琉球王府の宮古・八重山統治もより厳格化していった。