ルイ・リエル
11月6日にリエルは今後の方針について議論する会議の席上にメティの代表者たちと並んで英語使用者たちを招き、12月1日にはこの会議に対し団結を維持するために必要であった権利義務一覧（list of right）を提案した。居留地の多数はメティの視点に立った提案を受諾したが、連邦に組する急進的少数派が、反対の立場を取り始めた。この少数派はジョン・クリスチャン・シュルツ、チャールズ・メイアー、デニス大佐及び余り気乗りしなかったといわれるチャールズ・ボールトン少佐らによって主導され、ゆるやかにカナダ党と呼ばれる集団を形成した。マクドゥーガル大臣はデニス大佐に武装兵からなる分遣隊の召集権限を与えることによって自らの権勢を振るおうと試みたが、英語を使用する移住者達の大多数はこの召集には応じなかった。しかし、シュルツは50人ほどの志願者を集め、自分の家や店舗の防備を固めた。リエルはシュルツの家を包囲することを命じ、多勢に無勢のシュルツ家の守備兵たちは間もなく降伏するとともにギャリー砦に収監された。
政教分離法
1890年代にはいると、共和政と教会との対立抗争はいったん小康状態となった。これは、ローマ教皇レオ13世が「レールム・ノヴァールム」と称される回勅を発して、カトリック教会が近代社会に適応し、同時に資本制がもたらす19世紀の社会問題に正面から向き合うことを初めて表明し、フランスの共和政に対しては従来の「反対」ではなく「ラリマン（加担する）」という政策を打ち出したことも深くかかわっていた。しかし、1894年に端を発したドレフュス事件は国論を二分する冤罪事件へと発展し、今後も自由と民主主義を守っていくかどうか、共和政を今後も存続させていくかどうかをめぐって一大政治闘争の様相を呈した。そうしたなか、保守主義と反ユダヤ主義が結びついた極右勢力も伸張し、反民主主義・反議会主義の主張を劇化させ、1900年5月のパリ市議会選挙では80議席中45議席を獲得するなど、一部ではあるが顕著な成果をあげた。ドレフュス事件を契機にフランス国内で徹底的な政界再編が必要であることが痛感されたのである。
1902年のフランス総選挙は、急進党、民主共和同盟、社会主義者らの「左翼ブロック」の圧勝に終わり、急進共和主義者のが首相となった。1880年代の「宗教戦争」の旗手はフェリーであったが、1900年代の旗手はコンブであった。
教皇庁の「ラリマン」政策に乗じて修道会は復活を遂げていたが、コンブは反教権主義の諸政策を推し進め、就任後まもなく多数の無認可学校と無認可修道会を閉鎖した。前任者ピエール・ワルデック＝ルソーは、無認可修道会の解散令を含む結社法をすでに前年に成立させていたものの緩やかな運用をはかっていたのに対し、コンブは内務大臣と宗教大臣を兼ね、この法律の厳格な適用に踏み切ったのである。1902年に無認可修道系の学校で閉鎖されたのは約3,000、解散を命じられた無認可修道会は300におよび、1903年には、認可申請してきた修道会のうち135会派の申請を却下した。これらの措置によって1880年代同様、2万人におよぶ修道士・修道女が追放された。強制閉鎖にたいする抵抗には軍隊も出動させるなど、反教権政策は苛烈で徹底したものであった。1904年7月には修道会教育基本法を成立させ、認可修道会を含めたすべての修道会士を教団から排除している。これにより、私立学校であっても修道聖職者が教育にかかわることが全面的に禁止された。2,400近い教育施設が閉鎖され、いくつかはベルギーやイタリアなどに移転した。同年、フランスはバチカンとの外交関係を断絶している。信者からは「悪魔」と罵られたコンブであったが、フェリー法に始まった教育の世俗化は法的にはここで完結した。ただし、修道会系の学校は、私立世俗校の体裁で認可を受け、実際には聖職者が運営するというスタイルで、そののちも存続した。