鎌倉幕府
まず1180年（治承4年）に鎌倉の大倉郷に頼朝の邸となる大倉御所が置かれ、また幕府の統治機構の原型ともいうべき侍所が設置されて武家政権の実態が形成された。朝廷は寿永二年十月宣旨（1183年）で頼朝に対し、東国における荘園・公領からの官物・年貢納入を保証させると同時に、頼朝による東国支配権を公認した。壇ノ浦の戦い（1185年）で平氏を滅ぼし、同年、文治の勅許（1185年）では頼朝へ与えられた諸国への守護・地頭職の設置・任免を許可した。そして1190年（建久元年）頼朝が権大納言兼右近衛大将に任じられ、公卿に列し荘園領主の家政機関たる政所開設の権を得たことで、いわば統治機構としての合法性を帯びるようになり、さらに1192年、征夷大将軍の宣下がなされた。こうして、名実ともに武家政権として成立することとなった。守護の設置で諸国の治安維持を幕府は担当したものの、その支配は限定的であったが次第に範囲を拡大し、承久の乱や元寇を経て、得宗家の専制支配が全国的な支配権を確立するに至った。
室町幕府
延元元年（1336年）5月、九州から東上した足利尊氏が湊川の戦いで楠木正成を破る。後醍醐天皇は比叡山に退去したが、正成とともに「三木一草」と称された後醍醐の武将ら（結城親光・名和長年・千種忠顕）もこの前後に相次いで戦死したため苦境に立たされることとなった。翌月入京した足利軍は光厳上皇を治天の君に擁立し、8月には光厳の弟豊仁親王（光明天皇）が即位する。和睦の成立によって10月に帰洛した後醍醐は幽閉され、11月2日に光明へ神器が譲与される。同月7日、建武式目の制定によって新たな武家政権の施政方針が示されたが、室町幕府の実質的な成立</b>はこの時期とされる。北朝から権大納言に任ぜられた尊氏は「鎌倉大納言」と称され、鎌倉将軍（鎌倉殿）を継承する存在と見なされた。