ヤマト王権
『魏志』倭人伝は、3世紀前半に邪馬台国に卑弥呼が現れ、国々（ここでいう国とは、中国語の国邑、すなわち土塁などで囲われた都市国家的な自治共同体のことであろう）は卑弥呼を「共立」して倭の女王とし、それによって争乱は収まって30国ほどの小国連合が生まれた、とし、「親魏倭王」印を授与したことを記している。邪馬台国には、大人と下戸の身分差や刑罰、租税の制もあり、九州北部にあったと考えられる伊都国には「一大率」という監察官的な役人が置かれるなど、統治組織もある程度整っていたことが分かる。
倭国大乱
戦前は仲哀天皇の時代でも熊襲の反乱は続き、仲哀天皇の統治の時期には九州に入る事もままならずに、数年は山口の穴門豊浦宮に滞在し、その後にようやく筑紫橿日宮に入り、そこで熊襲の矢で仲哀天皇は殺されたと言う記述もある。これが戦前では日本における倭国大乱だと考えられていた。
戦後になるとGHQにより神功皇后の存在は政治的な理由から否定されてしまい、『日本書紀』『古事記』において倭国大乱を想起させる記述が見られないと主張され、倭国大乱の存在を否定する意見もあるが、記紀はむしろ皇位継承をめぐる内乱などが何度もあったとしており、格別に齟齬をきたすものではない。また安本美典は卑弥呼＝天照大神説をとっており、天照と素戔嗚の争いが倭国大乱の反映である可能性があるという。また、中国文献が倭に悪いイメージを与える目的で大乱の記事を載せたとする意見もあるが、正当な史料批判とはいえない。