隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
マグナート陰謀
レオポルト1世は、領国の体制宗教であるローマ・カトリックに敵対するプロテスタントがもたらすと予想される脅威を根絶しようと考えた。そこで皇帝は陰謀露見から2年間のあいだ、陰謀に対する報復として、およそ6万人のプロテスタントにカトリックへの改宗を強制した。さらに、800のプロテスタント教会が閉鎖された。1675年までに、41人のプロテスタント牧師が反乱を教唆したとして有罪宣告を受け、公開処刑になった。