隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
宣教師
1587年のバテレン追放令によってキリスト教への締め付けを初めて行ったのは豊臣秀吉であったが、その時代には一度宣教師の処刑（日本二十六聖人の殉教）が行われたものの、大規模な迫害は行われなかった。その後、徳川家康はキリスト教禁止を国策化し、慶長17年（1612年）に江戸幕府による正式な禁教令が出された。