東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
東ティモール独立革命戦線
独立後初めて行われた2007年6月の議会選挙では、FRETILINは65議席中21議席と大幅に議席を減らしてしまった。これは前大統領シャナナ・グスマンが東ティモール再建国民会議（CNRT）を結成して選挙に挑んだからにほかならない。そして、CNRTは18議席を獲得し、第2党に躍進した。しかしマリ・アルカティリ書記長は、ラモス・ホルタ大統領による挙国一致内閣の構想に対して異を唱えた。それは、かつてアルカティリが首相だった時に遡るグスマンとの確執によるものと、議席数において圧倒的な差がついていなかった為と思われる。だがCNRT率いる野党連合とFRETILINは、何週間も論争を繰り返したが合意には至らなかった。これによりラモス・ホルタ大統領は、野党4党による連立政権を組閣することを決断。8月6日にグスマン党首を首相に指名し組閣を指示、8月8日にグスマンは首相に就任した。これに対して、第1党から首相を選出するとする東ティモールの憲法に違反するとして、アルカティリが法的手段で闘うと述べ、FRETILINはラモス・オルタ大統領の決定を非難した。