後醍醐天皇
足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗するが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は光厳上皇の院政のもとで持明院統から光明天皇を新天皇に擁立し、建武式目を制定して幕府を開設する（なお、太平記の伝えるところでは、後醍醐天皇は比叡山から下山するに際し、先手を打って恒良親王に譲位したとされる）。廃帝後醍醐は幽閉されていた花山院を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（現奈良県吉野郡吉野町）に自ら主宰する朝廷を開き、京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まる。後醍醐天皇は、尊良親王や恒良親王らを新田義貞に奉じさせて北陸へ向かわせ、懐良親王を征西将軍に任じて九州へ、宗良親王を東国へ、義良親王を奥州へと、各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとした。しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年 / 暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。享年52（満50歳没）。
長講堂領
後嵯峨院は後深草天皇に代わって弟の亀山天皇を即位させたが、1267年（文永4年）に後嵯峨院が出家するに先立ち、長講堂領の一切の権利を後深草院に譲渡した。このため、後に後嵯峨院は後深草院に長講堂領を譲る代わりに子孫の皇位継承を諦めさせようとしたとする俗説が生まれた。また、後深草院への権利の移転によって亀山天皇の系統（大覚寺統）へ長講堂領が渡る可能性が失われ、1307年（徳治2年）には後深草院は息子である伏見院に譲渡され、以後後深草院の系統（持明院統）の歴代天皇に継承され、大覚寺統の後醍醐天皇も1326年（嘉暦元年）の後伏見院から花園院への長講堂領移転を認め、1351年（南朝：正平6年、北朝：観応2年）の正平一統の時も後村上天皇は当時の光厳院の長講堂領領有を認めた。この一統を機に持明院統（北朝）の皇統が崇光院の系統から後光厳天皇の系統へ移ったため、皇位継承と並んで長講堂領の継承を巡る紛争が発生した。1398年（応永5年）に崇光院が崩御すると、後小松天皇（後光厳天皇の孫）は崇光院の子栄仁親王から長講堂領を没収した。この紛争は1428年（正長元年）に崇光院の曾孫にあたる後花園天皇が後小松院の猶子として皇位を継承するまで続いた。