国鉄労働組合
国労は、日本国有鉄道発足以前[注 1]の1946年2月に<b data-parsoid='{"dsr":[1261,1277,3,3]}'>国鉄労働組合総連合会</b>として結成され、当時の省線鉄道員の96%を組織化した。当初は地域・職域毎に結成された労働組合の連合体であったが、翌年6月には単一組織の国鉄労働組合として改組された。だが結成直後から路線対立が激しく、日本社会党の左右両派や日本共産党の政治対立に巻き込まれることとなる。更に時代が下ると社会主義協会や中核派、革マル派なども組織に入り込み、セクト間の対立が深刻になる。
全日本鉄道労働組合総連合会
その後、旧鉄労系と旧動労系の間で組織をニ分する対立が生じ、結局鉄労色の強いJR東海労組（後のJR東海ユニオン）・JR西労組・JR四国労組・JR九州労組の4組合が総連を離脱した。これらの会社のJR総連支持派組合員はこれに反撥し、新組合JR東海労、JR西労、JR九州労（後に解散。JR九州ユニオンに合流）を結成して総連に加盟し分裂した。これらの会社では総連系の組合は少数派に転落した。その後1992年（平成4年）5月18日に、1987年（昭和62年）2月28日に国労から分離発足した旧日本鉄道産業労働組合総連合（旧鉄産総連）労働組合が総連を離脱した4組合に合流し、日本鉄道労働組合連合会（JR連合）を発足させている。なお、2006年（平成18年）7月に組織問題からJR九州ユニオンがJR総連からの脱退を表明（後に除名）。2006年8月以降、JR四国・JR九州にはJR総連加盟組合は存在しない。