隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
邪教
江戸幕府発足後、2代将軍徳川秀忠の世だった1612年（慶長17年）に出された禁教令を皮切りに、キリシタン（隠れキリシタン）を邪教の徒として弾圧した。転向（棄教）に応じた元キリシタン（転びキリシタン）も、最高6世代の後まで監視されるなど弾圧は苛烈を極めた。