サービス残業
ほとんどの企業において、三六協定は入社時にすでに会社内で協定されているため、労働者側は（手当の高低を問わず）残業そのものも拒否できない状態におかれ、労働者が残業を拒否した場合には正当に懲戒解雇などの制裁が行われることがある。これは、労働者は会社を選択して入社することができるので、入社する前に会社の三六協定の内容を事前に聞けばよいだけであるからである。 サービス残業を告訴、告発した場合、懲戒解雇などの不当な制裁を行ったり、さらに悪質なケースでは労働者に対する逆恨みで莫大な損害賠償請求を起こす事業主も存在するが、労働者側に具体的なサービス残業の根拠があれば、損害賠償の請求が認められないだけでなく、訴訟費用も会社が負担するよう命ぜられる可能性が高くなる。また、告訴、告発は会社側に刑事的な罰則が適用される可能性もある。サービス残業の具体的な根拠があれば、訴訟費用は請求額で決まってくるので不当な高額を請求しなければ、労働者（および遺族）が訴訟を起こすことは容易である。
サービス残業
文字の上ではあくまでも「あまり残業をするな」という規定でしかなく、法的な強制力はない。しかし、このような規定だけを設けても、実際には定められた時間内に仕事をこなすことが不可能な場合、本来は、従業員は上司に仕事の状況を説明して、残業を継続するか、残業を終えるかの指示を受ける義務がある。従業員がやむを得なかったとしても自己の判断で「内規に反して」サービス残業を始めることは、内規違反として懲戒処分を受ける場合もある。このため、労働者は原則、会社の規則に従って残業をすることが必要である。内規に反して働いた場合、内規違反という状態になるため残業を「申請」しにくく、記録上は規定内の残業時間で仕事がこなせているように見えてしまうので、人員を増やす理由も仕事量を減らす理由も記録上は見えなくなり、以後それが常態化してしまいやすい。そのような職場では、本来「あまり残業するな」という意味だったはずの内規が「残業してもいいが、残業賃金は払わない」という意味にもなるが、労働者からの上司への適切な報告を行いことにより防ぐことができる。