サービス残業
ほとんどの企業において、三六協定は入社時にすでに会社内で協定されているため、労働者側は（手当の高低を問わず）残業そのものも拒否できない状態におかれ、労働者が残業を拒否した場合には正当に懲戒解雇などの制裁が行われることがある。これは、労働者は会社を選択して入社することができるので、入社する前に会社の三六協定の内容を事前に聞けばよいだけであるからである。 サービス残業を告訴、告発した場合、懲戒解雇などの不当な制裁を行ったり、さらに悪質なケースでは労働者に対する逆恨みで莫大な損害賠償請求を起こす事業主も存在するが、労働者側に具体的なサービス残業の根拠があれば、損害賠償の請求が認められないだけでなく、訴訟費用も会社が負担するよう命ぜられる可能性が高くなる。また、告訴、告発は会社側に刑事的な罰則が適用される可能性もある。サービス残業の具体的な根拠があれば、訴訟費用は請求額で決まってくるので不当な高額を請求しなければ、労働者（および遺族）が訴訟を起こすことは容易である。
労働組合
使用者は労働組合を組織することや加入すること、労働組合を通じて労働運動をすることを理由に不当な待遇をしたり、解雇するなどをすると不当労働行為となる（第7条）。ストライキなどの争議行動は、本来刑事上では騒乱罪（刑法第106条）、民事上では債務不履行（民法第415条）や不法行為（民法第709条）などに相当するが、日本国憲法上で保障される労働運動の権利を守る観点から、正当な争議行為に対しては刑法第35条（「法令又は正当な業務による行為は、罰しない。」）が適用され（第1条第2項、但し、いかなる場合においても暴力の行使は労働組合の正当な行為と解釈されてはならない）、またストライキその他の争議行為によって発生した損害について労働組合又はその組合員に対し賠償を請求することができない（民事免責、第8条）。