サービス残業
ほとんどの企業において、三六協定は入社時にすでに会社内で協定されているため、労働者側は（手当の高低を問わず）残業そのものも拒否できない状態におかれ、労働者が残業を拒否した場合には正当に懲戒解雇などの制裁が行われることがある。これは、労働者は会社を選択して入社することができるので、入社する前に会社の三六協定の内容を事前に聞けばよいだけであるからである。 サービス残業を告訴、告発した場合、懲戒解雇などの不当な制裁を行ったり、さらに悪質なケースでは労働者に対する逆恨みで莫大な損害賠償請求を起こす事業主も存在するが、労働者側に具体的なサービス残業の根拠があれば、損害賠償の請求が認められないだけでなく、訴訟費用も会社が負担するよう命ぜられる可能性が高くなる。また、告訴、告発は会社側に刑事的な罰則が適用される可能性もある。サービス残業の具体的な根拠があれば、訴訟費用は請求額で決まってくるので不当な高額を請求しなければ、労働者（および遺族）が訴訟を起こすことは容易である。
日本におけるLGBTの権利
携帯電話キャリアによっては家族割のような割引が、居住地が一緒の同性愛者のカップルにも適用されることがある。女装での出勤を禁止した業務命令や、配置転換に従わなかったとして解雇された性同一性障害者の会社員が解雇を無効にするよう提訴した。それに対し2002年（平成14年）6月20日東京地裁は、「債権者は本件申出をした当時には、性同一性障害（性転換症）として、精神的、肉体的に女性として行動することを強く求めており、他者から男性としての行動を要求され又は女性としての行動を抑制されると、多大な精神的苦痛を被る状態にあったということができる」とし、「女性の容姿をした社員を就労させることが、会社における企業秩序又は業務遂行において、著しい支障を来すと認められないから、本件服務命令違反を理由とする懲戒解雇に相当性は認められない」と述べ、解雇は無効であるとの判決を下した。