隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
濃尾崩れ
寛文4年4月7日には、幕府は目付・森川之俊を「美濃天主教徒査検」として美濃国に派遣してキリシタンの調査を実施。尾張藩では同年5月にキリシタン奉行（宗門奉行）2名を任命して、奉行の1人・海保弥兵衛を江戸に派遣して幕府の宗門改役・北条氏長にキリシタン穿鑿の要諦を問わせている。尾張藩は幕府の指示によって領内38か所にキリシタン禁制の高札を立て、五人組を組織した。領内の各寺院には新規に檀徒になる者の吟味をするよう通達し、代官・給人にキリシタン改を命じた。寛文5年正月には宗門奉行に替えて寺社奉行が設置され、宗門改めが毎年2月と11月の2度実施されることとなった。キリシタン検挙のため、丹羽郡・葉栗郡の給人知行所を御付家老の成瀬氏・竹腰氏を除いて他郡に移して、跡地を幕府の蔵入地にした。