京都
京都は、桓武天皇が784年の長岡京に続いて、794年平安京に遷都したことに始まる千年の都である。京都に都が移された理由は諸説ある。例えば、長岡京の建設責任者であった藤原種継が暗殺されたことや、長岡京が桂川や小畑川氾濫によりしばしば水害に遭ったからとする説、長岡京での早良親王怨霊説などである。
平安京
明治維新の際には、明治天皇の東京行幸で留守の都となり、留守官が置かれた（明治4年廃止）。江戸を東京と改名する詔勅は下されたものの、京都に残る公家らの反発が大きかったため、「遷都」という言葉は避けられた（→東京奠都）。以後も天皇の京都行幸はたびたび行われ、その際には、勅旨で保存された京都御所または仙洞御所（京都大宮御所）に宿泊することが慣例となった。なお、天皇の玉座である高御座も、京都御所の紫宸殿に据え置かれている。