機動戦士ガンダムSEED
2002年に放送開始した「機動戦士ガンダムSEED」(以下、SEED)であるが、企画は2000年の10月には既に存在したという[7]。監督である福田己津央はインタビューにおいて、従来のガンダムシリーズからよりターゲット年齢層を下げた作品を意識したと語っている[7]。また、ウルトラマンシリーズや仮面ライダーシリーズが時代ごとにその都度に合わせた作品作りをしていたことや、ガンダムシリーズそのものが既に「機動武闘伝Gガンダム」のように新機軸の作品が存在した事から、機動戦士ガンダムとの共通項を持ちつつも時代に合わせた作品を作る方針になったという[7]。また、福田は後年のインタビューにおいては9.11テロの影響を受け、米軍の中で戦うイスラム兵士というコンセプトからSEEDの主人公像を形成したと語っている[8]。登場するメカニックが電力駆動するという設定は福田がかつて監督を務めた「GEAR戦士電童」の影響があり、ガンダムという機体の扱いに関しては、搭乗するキャラクターの象徴としての側面を重視したという[8]。また、「SEED」放送当時にバンダイにてプラモデル担当として携わった狩野義弘はインタビューに際し、メカニック展開において5体編成のガンダムが登場した点に関しては『新機動戦記ガンダムW』の影響によるものだと語っている[9]。
∀ガンダム
なお、『∀ガンダム』の後年に発表された『SEED』シリーズの「コズミック・イラ」もサンライズ監修の漫画『∀ガンダム 月の風』（著者：安田朗）にて黒歴史に含まれるとされた。『機動戦士ガンダムSEED』の「コズミック・イラ」、『機動戦士ガンダム00』の「西暦」、『機動戦士ガンダムAGE』の「アドバンスド・ジェネレーション」、『機動戦士ガンダム 鉄血のオルフェンズ』の「ポスト・ディザスター」などの、本作の後年に発表された他のガンダムシリーズ作品も黒歴史に含まれるかについて、監督を務める富野由悠季は「（「∀」という記号には）“以後”ということも含めてあるので、『∀ガンダム』以降の作品についても認められるようになったわけです。『∀ガンダム』の時代に辿り着くまでには、あと100本の『ガンダム』を作っても余裕がある時間を作ってある」と語っており、他のガンダム作品を劇中のアニメ作品として扱い機動兵器としての「ガンダム」ではなく「ガンプラ（ガンダムプラモデル）」をテーマにした作品（『模型戦士ガンプラビルダーズ ビギニングG』や『ガンダムビルドファイターズ』など）を除いた、これから将来制作されるであろう新たな『ガンダムシリーズ』もすべて含めて、黒歴史の一部として包含されるものとして紹介されてきた。また同時に富野は「『∀ガンダム』以後のガンダム作品を描くとしたら、自分で作るつもりです。そうした設定があるために『∀ガンダム』において、ロランとディアナの物語は完結を迎えましたが、ガンダムについては触れていないんです。マウンテンサイクルという設定も“どこから何年後”という表現を避けるために考えたものなんですよ」とも述べている。