特別支援学校
学級には、単一の障害を有する幼児児童生徒（以下、本項では生徒）で構成される「一般学級」と、複数の障害を有する生徒で構成される重複障害学級がある[2]。1学級の定員は15名（千葉県・奈良県等、定員を15名より少なくしている自治体もある。）で、複数の教員が担任することが多い。また自宅からの登校が困難でなおかつ重度の障害児の為に、教員が生徒の自宅へ出向く訪問学級を置いているところもある。さらに短期間ながら医療的支援を必要とする場合に、そのような機能を持つ別の特別支援学校への一時的な転学も珍しくはない。
馬渕教室
現在、基本的に公開テストの成績により上からSSST、SSS、SS、S、Hのクラスに振り分けられる。中1の時にテストを受ければ「灘高専門クラス」(灘、東大寺学園などの最難関高校の受験を専門とするクラス)に入ることができる。中2になると、成績の条件を満たしている希望者のみSSS クラスに入ることができる。SSSクラスは一般コースと違い定期テスト対策が少なくなるが、最難関公立にも対応できる授業が受けられる。