エンドソーム
エンドソーム (endosome) はピノサイトーシスによって形成された一重の生体膜からなる小胞。ほぼ全ての真核細胞が持ち、細胞外の分子の取り込みや、細胞表面の分子のソーティングに関わる。その結果エンドソームに取り込まれた一部の分子は再利用され、小胞輸送によって細胞膜へと輸送される。また不要な分子はエンドソームがリソソームと融合することで分解される。エンドサイトーシスの一種であるファゴサイトーシスによって形成された（ヘテロ）ファゴソームはエンドソームに含めないと思われる。
マンノース-6-リン酸
M6Pでタグ付けされたリソソーム酵素は小胞輸送によって後期エンドソームへと送り出される。いくつかのリソソーム蓄積症に対する酵素補充療法（ERT）は、人工酵素をそれらが特定の基質を代謝することができるリソソームへと効率的に向かわせるためにこの経路に依存している。後期エンドソーム内のpHは6.0にも達し、これによって受容体からのM6Pの解離が引き起こされる。一旦遊離すると、酵素はリソソームにおけるそれらの最終目的地へと運ばれる。マンノース-6-リン酸受容体は後期エンドソームから離れるベシクルへと詰め込まれ、トランス-ゴルジ網へ戻る。このようにして、マンノース-6-リン酸受容体は再利用することができる。