後醍醐天皇
足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗するが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は光厳上皇の院政のもとで持明院統から光明天皇を新天皇に擁立し、建武式目を制定して幕府を開設する（なお、太平記の伝えるところでは、後醍醐天皇は比叡山から下山するに際し、先手を打って恒良親王に譲位したとされる）。廃帝後醍醐は幽閉されていた花山院を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（現奈良県吉野郡吉野町）に自ら主宰する朝廷を開き、京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まる。後醍醐天皇は、尊良親王や恒良親王らを新田義貞に奉じさせて北陸へ向かわせ、懐良親王を征西将軍に任じて九州へ、宗良親王を東国へ、義良親王を奥州へと、各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとした。しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年 / 暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。享年52（満50歳没）。
藤原頼通
後冷泉天皇が崩御すると、尊仁親王が即位した（後三条天皇）。新帝は藤原氏とは直接の血縁がなく、35歳と壮年で25年の長い東宮時代を耐えた天皇は意欲的に国家財政の改革に着手し、有名な延久の荘園整理令を出した。藤原氏ら権門の荘園も審査の対象たるを逃れなかった。『愚管抄』は記録所が頼通にも文書提出を求めたとき、「そんなものはないので全て没収しても構わない」と答え、頼通の荘園のみ文書の提出を免除されたという話を伝えているが、実際には頼通の荘園も文書を提出したことや、その審査の過程で規定外の荘園が没収されたことなどが、孫の師通の日記『後二条師通記』に記されている。もっとも、頼通の荘園の中核であった平等院領の9か所については、全く手をつけることが出来なかった。『古事談』では天皇が官使を派遣して平等院領の検注を行うように命じたことを知った頼通は自ら官使を迎える準備をしていたものの、頼通を恐れた官使が誰も宇治に赴かなかったとされている。しかも、後三条天皇の視点からおいても、後冷泉天皇の崩御の直前に駆け込みで得たとは言え、平等院領の太政官符・太政官牒の効力を否定することは、太政官符・太政官牒を荘園の公験として扱い、これを持たない荘園を停廃するとした延久の荘園整理令の方針に反するものであった。頼通は表面上は整理令を受け入れつつも、天皇に自己の荘園の中核（平等院領）を認めさせたという点では、頼通が政治的には一矢報いる形となったのである。