東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
マリ・アルカティリ
2007年6月30日に行われた議会選挙では、グスマン党首率いる東ティモール再建国民会議（CNRT）が議会第2党に躍進。この選挙で、名簿順位2位で再選された。この選挙で、東ティモール独立革命戦線は、かろうじて第1党であったが、88議席中21議席と大幅に議席を減らした。これは前大統領シャナナ・グスマンがCNRTを結成して選挙に挑んだからにほかならない。そこで、ラモス・ホルタ大統領は、与野党による挙国一致内閣を目指したがフレティリンはこれに異を唱えた。グスマンとの確執からにほからないが、一旦はその考えを受け入れる。しかし、CNRT率いる野党連合とフレティリンは、何週間も論争を繰り返したが合意には至らず、ラモス・ホルタ大統領は、野党連合による連立政権を組閣することを決断。8月6日にグスマン党首を首相に指名し、組閣を指示、8月8日にグスマンが首相に就任した。これに対して、東ティモールの憲法に違反するとして、法的手段で闘うと述べている。このことを受け、フレティリンはラモス・ホルタ大統領の決定を非難している。