京都
京都は、桓武天皇が784年の長岡京に続いて、794年平安京に遷都したことに始まる千年の都である。京都に都が移された理由は諸説ある。例えば、長岡京の建設責任者であった藤原種継が暗殺されたことや、長岡京が桂川や小畑川氾濫によりしばしば水害に遭ったからとする説、長岡京での早良親王怨霊説などである。
日本の首都
2011年、当時の石原慎太郎東京都知事と橋下徹大阪府知事は、東京を「首都」、大阪を「副首都」とすることを目指す方針で合意をした。橋下は「副首都」について「東京から行政機関を移転するということではなく、副首都を担える行政機構、都市機能を整備していくということ」と説明した。2018年（平成30年）現在、日本の首都を直接定める現行法令は存在しない。そこで、旧法、現行法及び慣習法の読み方によって、東京（東京都）を唯一の首都と解さない論者もいる。論争に登場する主要な立法及びその解釈について列記する。歴史上における日本の首都は、天皇の居住地を都として定められた。古墳時代以降は、皇居のための宮殿（御所）建設と周辺の市街地整備を一体として行い、首都にふさわしい都市を計画的に建設するようになった。