東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
ティモール島
1975年、インドネシアが東ティモールに侵攻し実効支配したが、国連及びポルトガルはこれを認めず、東ティモール人はゲリラ戦法でインドネシアに抵抗した。1999年の国民投票によって東ティモールは独立国となった。インドネシア政府はこれが西ティモールの独立運動へ飛び火することをおそれており、実際に2001年にはティモール島全土統一を目指す「ティモール・ラヤ（大ティモール）」運動が西ティモールで起こりつつある。