アメリカ国防総省
国防総省はワシントンD.C.の外郭部、ポトマック川を越えたバージニア州アーリントン郡に所在するペンタゴンを本拠とする。1789年に設立されたアメリカ合衆国旧陸軍省 ("United States Department of War"「戦争省」と訳されることもある) と、1780年設立の海事部が1798年に変わったアメリカ合衆国海軍省、および新設されたアメリカ合衆国空軍省を傘下に設立された。よって現在、「省」の内部に「省」を有する、アメリカで唯一の組織である。
航空総隊
ミサイル防衛では、航空総隊司令官が内閣総理大臣及び防衛大臣からの「弾道ミサイル等の破壊措置命令」や防衛出動等の行動命令を受けた場合は、海上自衛隊のイージス艦をも含めたBMD統合任務部隊の指揮官を兼務する。これに関連し、航空総隊司令部は2011年7月1日に航空総隊副司令官職を新設した他、アメリカ軍との防空・ミサイル防衛の情報共有・連携強化を通じて、実質的な防空作戦能力の向上を図ることを目的として2012年3月26日に府中基地から横田飛行場内に移転完了・運用開始した。横田の司令部庁舎は、アメリカ第5空軍司令部庁舎と隣接し、地下連絡通路の他、共同統合運用調整所も設置される等、日米の連携強化が図られている。
（航空総隊直轄部隊）