吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
本堂城
本堂城と本堂領西端の高梨村の間に、真山と長森の2つの小残丘がある。この丘はともに古代の城柵払田柵の一部として利用され、両丘陵を取り囲むかたちで外柵が築かれていたことが、秋田県教育委員会の学術調査によって判明している。政庁などの主要な建物があったのは東の長森丘陵であるが、西の真山は長森に比して標高が高く、急峻であるが、どのように利用されていたか不明な点も多い。戦国時代には、この真山丘陵が館（平山城）として利用されており、館主は堀田氏であった。軍記物（『奥羽永慶軍記』など）によれば、堀田氏は本堂氏の重臣として行動をともにしている。このことより、堀田城は本堂領の西縁を守る役割を担っていたことが推定できる。