後醍醐天皇
足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗するが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は光厳上皇の院政のもとで持明院統から光明天皇を新天皇に擁立し、建武式目を制定して幕府を開設する（なお、太平記の伝えるところでは、後醍醐天皇は比叡山から下山するに際し、先手を打って恒良親王に譲位したとされる）。廃帝後醍醐は幽閉されていた花山院を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（現奈良県吉野郡吉野町）に自ら主宰する朝廷を開き、京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まる。後醍醐天皇は、尊良親王や恒良親王らを新田義貞に奉じさせて北陸へ向かわせ、懐良親王を征西将軍に任じて九州へ、宗良親王を東国へ、義良親王を奥州へと、各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとした。しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年 / 暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。享年52（満50歳没）。
後醍醐天皇
皇后：藤原（西園寺）禧子（後京極院、1303-1333） - 西園寺実兼女 皇女（1314-?） 皇女：懽子内親王（宣政門院、1315-1362） - 光厳天皇後宮 皇后：珣子内親王（新室町院、1311-1337） - 後伏見天皇皇女 皇女（1335-?） - 南朝系図は幸子内親王とする 女御：藤原（二条）栄子（安福殿） - 二条道平女 典侍：藤原（五辻）親子（中納言典侍） - 五辻宗親女 皇子：満良親王（花園宮・常陸親王?） 典侍：源氏（大納言典侍） - 北畠師重女 典侍：藤原氏（新按察典侍） - 持明院保藤女 典侍：某氏（帥典侍讃岐） - 父不詳 掌侍：藤原氏（勾当内侍） - 世尊寺経尹女 皇女 掌侍：菅原氏（少将内侍） - 菅原在仲女 皇子：聖助法親王 - 聖護院 後宮：藤原（阿野）廉子（三位局、新待賢門院 1301-1359） - 阿野公廉女、洞院公賢養女 皇子：恒良親王（1325-1338） - 後醍醐天皇皇太子 皇子：成良親王（1326-1344） - 征夷大将軍、光明天皇皇太子 皇子：義良親王（後村上天皇、1328-1368） 皇女：祥子内親王 - 斎宮 皇女：惟子内親王 - 今林尼衆 皇女?：新宣陽門院 - 『大日本史』は後村上天皇皇女とする 後宮：源（北畠）親子（民部卿三位） - 北畠師親女、一説に日野経光女・経子 皇子：護良親王（尊雲法親王・大塔宮、1308-1335） - 梶井門跡、征夷大将軍 皇女：姚子内親王 - 今林尼衆 皇子 - 南朝系図は尊性法親王とする 皇女 - 近衛基嗣室 後宮：藤原（二条）為子（権大納言局） - 二条為世女 皇子：尊良親王（一宮、?-1337） 皇子：宗良親王（尊澄法親王、1311-1385?） - 天台座主、征夷大将軍 皇女：瓊子内親王（1316-1339） 皇女 後宮：藤原（洞院）実子 - 洞院実雄女 皇女 後宮：藤原（洞院）守子（1303-1357） - 洞院実泰女 皇子：玄円法親王（?-1348） - 一乗院 皇子?：最恵法親王 - 妙法院 後宮：憙子内親王?（昭慶門院、1270-1324） - 亀山天皇皇女 皇子：恒性（越中宮、1305-1333） - 大覚寺 皇子：無文元選（1323-1390） - 遠江方広寺開山 後宮：藤原氏（権大納言三位局・霊照院、?-1351） - 二条為道女 皇子：法仁法親王（躬良親王、1325-1352） - 大聖院 皇子：懐良親王（鎮西宮・筑紫宮、1329-1383） - 征西将軍 皇女 後宮：藤原氏（遊義門院一条局） - 橋本実俊女 皇子：世良親王（?-1330） 皇子：静尊法親王（恵尊法親王） - 聖護院 皇女：欣子内親王 - 准三后 後宮：藤原氏（少納言内侍） - 四条隆資女 皇子：尊真（醍醐宮） - 南朝系図は杲尊法親王と同一人とする 後宮：藤原氏（大納言局） - 洞院公敏女、一説に正親町実明女 皇女 - 南朝系図は瑜子内親王とする 後宮：藤原氏（左衛門督局） - 二条為忠女? 皇女 - 今林尼衆 後宮：藤原氏（権中納言局） - 洞院公泰女? 皇女 - 南朝系図は貞子内親王とする 後宮：藤原氏 - 吉田定房女 後宮：藤原氏?（坊門局） - 坊門清忠女? 皇女：（用堂?） 後宮：源氏 - 堀川基時女 皇女 後宮：源康子（飛鳥井局・延政門院播磨） - 源康持女 後宮：源氏（若水局） - 源康持女、康子妹 後宮：源氏 - 堀口貞義（貞満の父）女? 皇女 - 吉水院宗信妻、尊寿丸母 後宮：某氏（昭訓門院近衛局） - 父不詳 皇子：知良王 - 『南朝紹運図』は守永親王と同一人とする 生母不詳 皇女：用堂（?-1396） - 東慶寺5世住持 皇女 - 六条有房室、上記何れの皇女か不明 皇子？：竜泉令淬（?-1366） - 万寿寺住持 皇子：賢光 光遍寺5代住職