グラフィカルユーザインタフェース
世界初の実用となったGUIは1963年に完成したSAGEというアメリカ空軍の開発した防空管制システムである。これはCRTとライトガンを備えており、核爆弾を搭載した敵航空機を迎撃するために多数のレーダーからの情報を統合し、複数のオペレーターがライトガンで迎撃目標を指示するだけで全軍の適切な箇所に自動で指令が届き、その結果レーダー情報の膨大さを気にすることなく的確に敵機を迎撃できるというものであった。リアルタイムに膨大な情報から適切な選択を行うという点において、このシステムはGUIの本質を示すものである。コンピュータより前からある技術として、レーダーの表示などといったものを考えれば、テレタイプライタなどの（同様に、コンピュータ以前からある）CUIと、GUIは同時に発展してきたものと言える。勿論軍事的にも、CUIによるシステムも同時に使われていた[1]。
Visual Molecular Dynamics
VMDはイリノイ大学およびベックマン研究所の理論・計算物理学グループによって開発されている。VRChemと呼ばれるオリジナル版は1992年にMike Krogh、Bill Humphrey、Rick Kufrinによって開発された。VMDの最初のバージョンはWilliam Humphrey、Andrew Dalke、Ken Hamer、Jon Leech、James Phillipsによって書かれ、1995年にリリースされた。VMDの最初期のバージョンはシリコングラフィックスのワークステーションのために開発され、CAVE内でも動作でき、NAMDシミュレーションと通信できた。VMDのオリジナル開発者らが次のキャリアに移った後、Sergei Izrailevが1998年までプログラムのメンテナンスを引き継いだ。1998年、John StoneがVMDの主開発者となり、VMDをその他多くのUnivオペレーティングシステムへ移植し、最初のフル機能OpenGLバージョンを完成させた。Microsoft WindowsプラットフォームのためのVMDの最初のバージョンは1999年にリリースされた。2001年、Justin Gullingsrud、Paul Grayson、John Stoneが触覚フィードバック・デバイスのためのサポートを追加し、双方向性の分子動力学シミュレーションを行うためのVMDとNAMDとの間のインタフェースをさらに発展させた。続く開発において、Jordi Cohen、Gullingsrud、Stoneはグラフィックユーザインタフェースを完全に書き直し、容積データの表示および加工のためのビルトインサポートを追加し、OpenGL Shading Languageを初めて使用した。