ヒトの虹彩の色
ヒトの目の色のバリエーションは、虹彩の中のメラニン細胞が作り出すメラニン色素の割合によって決定される。上皮細胞の色素、虹彩のストロマに付着するメラニンとその細胞の密度が色を構成する3つの要因である。メラニン色素は基本的に黒色であり、個体の目の色が何色であろうと黒色は含まれていることになるが、一般的に「目の色」として我々が認識するのはストロマの中のメラニン色素である。ストロマの細胞の密度はどれだけの光を吸収できるかを決定する。例外的に目の色の明るい品種の鳥などの目の色はメラニンによっては決定されずプリン、カロテノイド、プテリジンの量による。
原色
大多数の人間のもつ三色型色覚以外の生物の見る世界は色が狂って見える、と考えるのは誤りと言える。そのように生まれた生物にとってはそれが普通な世界の色であり、そうした生物が色を知覚する能力は人間の色覚の能力とは種類が違うであろう。また人間にとって自然な色に見えるものは、他の生物たちにとっても自然に見える。しかし三原色の光を使って人工的に再現した色（たとえばカラーテレビの画面）を見る場合、人間にとっては自然な色に見えても他の生物にとっては自然な色には見えない。つまり、原色を使って色を再現するときには、再現する者の色覚のシステムに依存した再現がなされる。