気象庁
1887年に発足した内務省中央気象台を前身とする。文部省、運輸通信省への移管を経て1945年5月、運輸省の組織となった。1956年、 運輸省の外局に昇格するとともに現在の気象庁に改称した。2001年の中央省庁再編によって国土交通省の外局になった。
国土地理院
1869年6月（明治2年5月）に民部官庶務司戸籍地図掛として設立  されたのが行政組織としての起源であるが、近代政府としての測量・地図に関する制度的な嚆矢としては、明治元年12月24日に行政官から府県・諸侯に対し発せされた、管轄地図を凡例等について詳細に指示した上で調製させる旨の沙汰[]にまで遡ることができる。戸籍地図掛は翌1870年（明治3年）には民部省地理司へと拡充、1871年（明治4年）に民部省が廃止され、測量地図作成業務は新設された工部省測量司に、戸籍業務は大蔵省租税寮へ移管。内務省が設置された1873年（明治6年）の翌年1月には、太政官達「大蔵省中戸籍、土木、駅逓ノ三寮及租税寮中地理、勧農ノ事務ヲ内務省ニ交割セシム」[]により、同省に地理寮が発足した。その後、同年8月に発せられた太政官達「内務省中測量司ヲ廃シ地理寮ヘ量地課ヲ置キ内史所管地誌課ヲ地理寮ニ併ス」[]により、内務省発足に伴い工部省から引き継いだ測量司（明治4年8月14日設置）及び太政官正院内史地誌課（明治4年6月8日に設置された太政官政表課を源とする）の業務等を移管統合しつつ、1877年（明治10年）に太政官達第3号「各省中諸寮ヲ廃シ局ヲ設ケシム」[]により内務省地理局と改称され、全国大三角測量と地籍調査の実施を主要業務とした。