タンパク質
食物として摂取したタンパク質は消化の過程でアミノ酸にまで分解され吸収され、体内で再びタンパク質へ構成される。このタンパク質を作る基本物質であるアミノ酸は、炭素元素を中心に水溶液中でプラスに荷電するアミノ基とマイナスに荷電するカルボキシル基を持ち、残り2箇所に水素と側鎖と呼ばれる分子構造を持つ[2]。タンパク質をつくるアミノ酸は20種類あるが、これらの差は側鎖の形状の違いで分けられる[2]。
野菜
スイスのバーゼル大学の生理学者、グスタフ・フォン・ブンゲ () は、肉を食べると含硫アミノ酸（メチオニン、システインなど）のチオール基が硫酸に代謝され、体組織を酸性にするのでアルカリ性のミネラルを摂取する必要がある、と主張した。2002年のWHOの報告書では、カルシウムの摂取量が多い国に骨折が多いという「カルシウム・パラドックス」の理由として、カルシウムの摂取量よりも、タンパク質によるカルシウムを排出させる酸性の負荷の悪影響のほうが大きいのではないか、と推論されている。
ハーバード大学で、栄養学を教えているウォルター・ウィレット教授は、タンパク質を摂取しすぎれば酸を中和するために骨が使われるので骨が弱くなる可能性がある、として注意を促している。野菜は果物とともにアルカリ性食品に分類されている（「酸性食品とアルカリ性食品」を参照のこと）。