プエルトリコ
1493年11月19日のクリストバル・コロンによる到着以来、スペインやアメリカを始めとするヨーロッパ人によって開発が続けられ現在に至る。当初、プエルトリコ島は「聖ヨハネ（サンフアン）島」と呼ばれており、プエルト・リコ（豊かな港の意）とはサン・フアン市街のみを指していた[2]。しかし、やがて商人や島を訪れる人々は島そのものをプエルトリコ島と呼ぶようになり、一方でサン・フアンは港と首都を指すようになった。
パリキール
もともと連邦の首都は同島最大の町・コロニアに置かれていたが、1986年に独立した連邦はパリキールに新たな政府施設の建設を決定。主にアメリカ合衆国からの支援により行政庁舎や裁判所などの近代的な施設が作られ、1989年に連邦の新たな首都となった。