隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
踏み絵
江戸幕府は、1612年（慶長17年）徳川家康によるキリシタン禁令（禁教令）、1619年（元和5年）徳川秀忠によるキリシタン禁令の高札設置などの度重なるキリスト教の禁止を経て、1629年（寛永6年）に絵踏を導入、以来、年に数度「キリシタン狩り」のために前述したキリストや聖母が彫られた板などを踏ませ、それを拒んだ場合は「キリスト教徒」として逮捕、処罰した。踏み絵の発案は、オランダ人説・沢野忠庵説など様々であるが、定説はなく詳細不明である。