隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
汚い戦争
1976年から1983年にかけて警察署付きの司祭であったクリスチャン・フォン・ヴェルニッヒ（）は囚人の拷問、殺害に直接関わっていた。民主化後1985年に行われた裁判において彼は容疑を否認した。1986年に汚い戦争における犯罪の追求を停止する法律が公布されると彼に対する捜査も打ち切られた。この法律が憲法に違反しているとの判断がくだされた後、2003年9月にヴェルニッヒに対する逮捕状が出され、チリの町でクリスチャン・ゴンザレスとの偽名を使い潜伏していたヴェルニッヒは逮捕された。2007年10月にヴェルニッヒは7件の殺人、42件の誘拐、32件の拷問の罪で有罪となり終身刑がくだされた。カトリック教会のヴェルニッヒに対する処分は2010年時点でも行われておらず刑務所の中で囚人に対してミサをおこなっていた。