蘇我入鹿
これらの政策により、入鹿は実質最高権力者としての地位を固め、その治世には人々は大いに畏敬し、道に落ちているものも拾わなくなったと言われた。しかし、そのような入鹿の天下は長くは続かなかった。古人大兄皇子の異母弟で、皇位継承のライバルだった中大兄皇子（後の天智天皇）・中臣鎌足らのいわゆる乙巳の変によって、飛鳥板蓋宮の大極殿において皇極天皇の御前で殺害された。享年は一説に35とも。従兄弟に当たる蘇我倉山田石川麻呂が上表文を読み上げていた際、肩を震わせていた事に不審がっていた所を中大兄皇子と佐伯子麻呂に斬り付けられ、天皇に無罪を訴えるも、あえなく止めを刺され、雨が降る外に遺体を打ち捨てられたという。
蘇我田口川堀
孝徳朝の大化元年9月3日（645年）、古人皇子は蘇我田口川掘を中心として物部朴井椎子・吉備笠垂・倭漢文麻呂・朴市秦田来津と共に謀叛を企てた。ところが、9日後に吉備笠垂は中大兄皇子にこの企てを密告し（あるいは阿倍内麻呂と蘇我倉山田石川麻呂の前で自首し）、中大兄は「兵若干」（いくさそこばく）を派遣して、古人らを討ち取ってしまった、あるいは11月30日に兵40人によって息子ともども斬殺され、妃や側室は自殺してしまった。