プロテスタント
1517年以降、マルティン・ルターらによりカトリック教会の改革を求める宗教改革運動が起こされた。
カトリック教会
カトリック教会とプロテスタントの諸教会との間での教義的な差異は、東方教会よりさらに大きい。プロテスタントは、カトリック教会が使徒本来の教えをゆがめてきたと考えてきた。一方カトリック教会側は、2007年の「教会論のいくつかの側面に関する問いに対する回答」において「16世紀の宗教改革から生まれたキリスト教共同体（プロテスタント）は、使徒継承による司祭職の秘跡を欠くため、カトリックの教えによれば、固有の意味で『教会』と呼ぶことはできない」としている。