後醍醐天皇
足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗するが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は光厳上皇の院政のもとで持明院統から光明天皇を新天皇に擁立し、建武式目を制定して幕府を開設する（なお、太平記の伝えるところでは、後醍醐天皇は比叡山から下山するに際し、先手を打って恒良親王に譲位したとされる）。廃帝後醍醐は幽閉されていた花山院を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（現奈良県吉野郡吉野町）に自ら主宰する朝廷を開き、京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まる。後醍醐天皇は、尊良親王や恒良親王らを新田義貞に奉じさせて北陸へ向かわせ、懐良親王を征西将軍に任じて九州へ、宗良親王を東国へ、義良親王を奥州へと、各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとした。しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年 / 暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。享年52（満50歳没）。
崇光天皇
金剛寺で3年あまりの抑留生活を送るが、南朝勢力が衰微して講和へ傾くようになると、正平12年（1357年）2月に光厳院、直仁親王とともに帰京する。不測の事態で皇位を追われた崇光院と、やはり偶然に皇位についた後光厳との関係は微妙なものがあり、応安3年（1370年）8月にいたって後光厳が自らの子息緒仁への譲位を望むと、両者の関係は決裂した。即位の事情から天皇としての正統性を疑われており、緒仁を正式に皇太子に立てることもできなかった後光厳に対し、崇光は自らの皇子栄仁の即位を要求して争った（直仁親王は既に出家）が、管領細川頼之が指導する幕府の不介入方針もあって、最終的には後光厳に押し切られ、後光厳から緒仁への譲位が実現した。後円融天皇である。さらに永徳2年（1382年）4月に後円融が皇子幹仁（後小松天皇）に譲位しようとしたときも、崇光は栄仁の即位を要求したが、このときは逆に将軍足利義満が積極的に紛争に介入し、後円融を強く支持したため、栄仁の即位は実現しなかった。