大学入試問題ネット投稿事件
2011年1月18日（センター試験直後）に「宮城県仙台市でいい精神科･心療内科を教えてください」という質問をしており、投稿者は逮捕前からネットでは東北地方に住む人間と予想されていた（実際に投稿者は仙台市に住む予備校生であった）。
2018年における医学部不正入試問題
2018年12月25日、文部科学省から「不適切な可能性が高い」と指摘されたことを受け、普段から大学の監査を担当している公認会計士と弁護士の2人による内部調査を始めることを決めたが、2018年12月28日、柴山昌彦文部科学大臣（当時）は２８閣議後記者会見で「率直に言って何をしているんだろうと思います。文科省としては、中立・公正な立場から事実関係の速やかな調査をすることが必要だと繰り返し、申し上げている」と述べ、第三者委員会を設置しない聖マリアンナ医科大学の市営に対し不快感を示し、第三者委員会を設けて速やかに調査するよう求めた。2018年10月18日の定例記者会見で、学長（当時）が「本学で得点操作はないと信じている。選考手順は募集要項で全てオープンにしており、操作できる余地がない」と述べた。山形大学は2013年-2018年の6年間の男女の合格率格差が1.29倍で東北の国公立大学医学部の中で最大であり、単年度では2013年入試において全国79国公私立大医学部（学校数は当時）で最大の1.99倍であった。
2018年10月26日、10月11日に厚生労働省による訪問調査を受けたが「不適切と考えられるような事案はない」と発表。慶應大学の2012年-2018年の過去6年間の入試では男子の合格率が女子の1.37倍であったが「公正な審査の結果だ」としている。
2018年11月6日、会見を開き「不正は一切ない」と明言した。その上で2019年度入学試験から、受験番号や点数、性別が書かれた合否判定資料から性別の欄を削除する方針を示した。
2018年11月7日、「現在はもちろん、過去においても大学関係者子弟の優遇を行ったことはない」と公表。文科省の全国調査で「男性優遇」についても、「面接を含む学力テスト以外の結果で入学者を選抜することはなく、応募要項に書かれている選抜方法がすべて」と回答している。