後醍醐天皇
足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗するが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は光厳上皇の院政のもとで持明院統から光明天皇を新天皇に擁立し、建武式目を制定して幕府を開設する（なお、太平記の伝えるところでは、後醍醐天皇は比叡山から下山するに際し、先手を打って恒良親王に譲位したとされる）。廃帝後醍醐は幽閉されていた花山院を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（現奈良県吉野郡吉野町）に自ら主宰する朝廷を開き、京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まる。後醍醐天皇は、尊良親王や恒良親王らを新田義貞に奉じさせて北陸へ向かわせ、懐良親王を征西将軍に任じて九州へ、宗良親王を東国へ、義良親王を奥州へと、各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとした。しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年 / 暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。享年52（満50歳没）。
摂関政治
1068年、御堂流を母とする男子皇族が絶えた状況で後冷泉天皇が崩御したことから後三条天皇が即位した。後三条天皇は藤原北家の祖父を持たない約170年ぶりの天皇であり、それを支援したのは同じ摂関家ながらその就任資格から排除された藤原能信（頼通の異母弟）らであった。後三条天皇は能信の養女茂子を女御とする程度しか御堂流との繋がりはなかったものの、関白には頼通の同腹弟である教通が就き、外戚と関白の地位が分立することとなった。後三条が皇太子時代に頼通らから圧迫を受けていたこともあり、後三条は関白の献言をあまり取り上げず実質的な親政を行い、天皇の威信と律令の復興を意図する政策を次々と打ち出した。この間、摂関家では頼通と教通が確執を起こして、天皇に対して具体的な対抗手段を取れる状況ではなかった。しかし、皇位は茂子所生の白河天皇に譲っている。