研修医
日本では大学において6年間の医学教育が行われているが、医師免許・歯科医師免許を持たない学生は法律的に医療行為を行えないため、大学卒業時点では医師・歯科医師としての実地経験はないに等しい。歯学部は、文部科学省高等教育局医学教育課長通知「（15高医教第12号 平成15年6月11日）」に基づき、「歯科医師卒前臨床実習については、患者の同意の下で、歯科医師としての資質向上を目的として卒前教育の一環として行われるものであり、侵襲性が相対的に小さいことや指導医の指導・監督の下に行われることなど、適正な体制の下に相当な手段で実施される場合には、社会通念から見て相当であり、歯科医師法上の違法性は阻却されるものと考えられること」との考えのもと、歯学部・歯科大学の附属医療機関内等で指導者の指導・監督の下に臨床実習生（歯学部学生）が歯科医業の一部を実施することが許容されている。しかし、それだけでは不十分であるため、診療に従事しようとする医師・歯科医師に対し、免許取得の後に、臨床研修の名で指導医（指導歯科医）・上級医（上級歯科医）の指導の下に臨床経験を積む卒後教育が制度化された。臨床研修を受けることは以前は努力規定であったが、医科では2004年から義務化され、歯科では2006年より義務化された。
鍼医
しかし、江戸時代に築かれた高度な鍼医制度は明治維新により財政的基盤を崩壊する。ただし、民衆の支持も多く江戸鍼医制度の崩壊は段階的だったと推定され、具体的に崩壊が決定的になったのは明治政府の厚生政策で1874年（明治7年）長与専斎によって明治の医制が定められてからであった。以降はドイツ医学を学んだドイツ医のみが医療を行いうる者とみなされ、オランダ医、イギリス医、漢方医、鍼医などは排除された。なお、鍼灸関係者に西洋医優先で東洋医者が排除されたと記述される例がほとんどだが、実際には西洋東洋関係なくドイツ医以外は排除された。これの起源は明治2年の相良知安の提言による。相良は佐賀藩出身で、公費により西洋を留学見聞してきたが、その結果、(当時)今後の主流はドイツ流医学になると強く主張した。幕末の薩摩藩はイギリスと同盟を組んでおり、その結末からイギリス人医者を受け入れていた。その際の医者がウィリアム・ウィリスで、自らの危険を顧みず敵(幕府)の患者を治療したい意を伝えるなど、仁ある医者として知られていた。西郷隆盛などは気に入り、土佐藩の山内容堂は治療をきっかけにウィリアム・ウィリスを気に入る。なお、明治2〜3年当初の文部卿(教育大臣)は山内容堂である。明治当初、明治政府の中でイギリス医を押す西郷、山内らと帰国し強くドイツ医を押す相良で強烈な意見の対立が起きる。当初、相良はドイツ流の推薦を行うばかりで、他流医術の排除を行うものではなく、相良案では漢方も鍼も排除するものではなかった。対立は激しくなり、明治3年には、相良が逮捕され牢獄に入れられる事態になっている。一旦、牢獄から出されたものの、後に相良は更迭されている。なお、相良は東京医学校初代校長(後の東大医学部)として静かに祀られている。相良が就任していた文部省医務課長の後に、就任した長与専斎は、文部省医務局となり、すぐに内務省医務局そして内務省衛生局となり、これが現在の厚生省の母体となっている。長与は、鍼医（および漢方医など）から医者の名称や医の名称使用と治療を禁止しようとした。その時の記述は｢医師の試験法はかく前後九年に亘り三たびの改正を経て大体の基礎は定まりけるが、この前後にありて漢医者流はようやくその業の衰運に傾けるをかこち、いかにしてかその系統を存せんものをと朝野の間に奔走して回復を謀るも多く、あるいは議難しあるいは哀訴し、甚だしきは陰かに恐嚇の手段を取るものさえ起こり、陰に陽に百万術策を尽くして至らざるはなく、その上要路の向々にても、漢法医なりとて捨つべきものにあらず、別にこの科の試験法を儲くべしとの論も起こりほどなれば、余は四面攻撃の衛に当たりて数年の間ひとり弁論説明の責に任じ、筆は禿し舌は燗（ただ）れんばかりなりき。およそ余が事業中医開業試験の制定ほど意想外に心を苦しめ思いを焦がしたるものはなし。｣である。ともかく、一旦禁止されそうになるが、鍼医あるいは鍼医と共に抗議した漢方医(こちらの方が主力だったらしい)の陳情の結果、鍼治療は医療というよりは視覚障害者の職業として残されることとなり、その後は規制の緩和と強化とを繰り返していたが、戦後に医師法第33条により医師以外の者が広告・看板等で「医」の文字を使うことが禁じられたため、現在ではほぼ死語となり、職業名として鍼医を使用することはなくなった。なお、長与が推し進めた結果輸入されたドイツ医学としてはレオポルト・ミュルレルが明治時代に送られた。偶然であったが、これはドイツ医の中でも軍医であり、今後は日本医学の潮流にドイツ軍の軍医を中心とした軍隊式が取り入れられる事となる。鍼医についての現在では、法律の規制外に当たる学術団体などが団体名の一部に使用するほか、職制として使用する場合は、歴史的用法を示すものとして使われる。なお、現代の長與が制定した明治以降の医法に反発する意味でも使う例がまれにある。中国語では書籍タイトルの一部として鍼医の名称が使用されている。