吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
吉田城 (三河国)
輝政は吉田城および城下町の大改築や吉田大橋（豊橋）の架け替えを行った。整備は11年間にわたって行われたが、関ヶ原の戦いの翌年慶長6年（1601年）に輝政は播州・姫路に移封された。現存する城跡は近世城郭ではあるが、輝政の統治下では完成しなかった。