JR九州キハ200系気動車
車体は普通鋼製20m車体で、片側3箇所にステップ付きの両開き扉を設置しており、前面は貫通扉を設けた構造となっている。ブレーキシステムを電気指令式とし、自動空気ブレーキの在来車両との併結は考慮していないため、連結器は電車と同じ密着式のものを採用しているが、非常時に在来車と連結するための中間連結器を装備している。走行用機関は新潟鉄工（現：新潟原動機）またはコマツ（220形200番台）の331kW（450PS）の出力のものを2エンド側に1基装備して連結面側台車の2軸を駆動する。これに伴い排気管を車体外部の連結面に設置して室内スペースを確保しているが、両運転台付きのキハ220形では従来通り室内に排気管を貫通させている。
JR九州キハ200系気動車
車体デザインは水戸岡鋭治率いるドーンデザイン研究所が手がけており、基本的には赤色一色で客用ドアのみステンレス無塗装の銀色である。長崎地区の車両は、青一色に客用ドアを赤色として側窓の下等に「SEA SIDE LINER」のロゴが標記されている。鹿児島地区の車両は製造当初は他地域と同じ赤色であったが、1995年（平成7年）にキハ200-7・5007が「いぶすきキャンペーン」の一環として黄色一色に客用ドアを赤色と同じ、ステンレス無塗装の銀色として側窓の下等に「NANOHANA」のロゴを入れたものに変更され、1997年から他の車両も順次同じ色に塗り替えられた。