特別支援学校
学級には、単一の障害を有する幼児児童生徒（以下、本項では生徒）で構成される「一般学級」と、複数の障害を有する生徒で構成される重複障害学級がある[2]。1学級の定員は15名（千葉県・奈良県等、定員を15名より少なくしている自治体もある。）で、複数の教員が担任することが多い。また自宅からの登校が困難でなおかつ重度の障害児の為に、教員が生徒の自宅へ出向く訪問学級を置いているところもある。さらに短期間ながら医療的支援を必要とする場合に、そのような機能を持つ別の特別支援学校への一時的な転学も珍しくはない。
馬渕教室
教室によって違うが、基本はN（灘中学校志望生徒専用）、K（甲陽学院中学校志望生徒専用）、KJ（神戸女学院中学部志望生徒専用）、T、Fクラスがあり、公開模擬テストや到達テストなどの成績で決まる。各クラスに担任が1人いて、個人懇談や保護者会もある。それ以外にも特別講座が数多くあり、6年生は受験の時期に近づいてくるとA、B、C、Dと志望校別にクラスが分かれている。