タンパク質
食物として摂取したタンパク質は消化の過程でアミノ酸にまで分解され吸収され、体内で再びタンパク質へ構成される。このタンパク質を作る基本物質であるアミノ酸は、炭素元素を中心に水溶液中でプラスに荷電するアミノ基とマイナスに荷電するカルボキシル基を持ち、残り2箇所に水素と側鎖と呼ばれる分子構造を持つ[2]。タンパク質をつくるアミノ酸は20種類あるが、これらの差は側鎖の形状の違いで分けられる[2]。
タンパク質タグ
またタンパク質マイクロアレイの作製法として、Biotin Carboxyl Carrier Protein(BCCP)タグ（ビオチン化ペプチド）を用い、ビオチンを介してタンパク質を固定化する方法が用いられる。このタグは大腸菌のアシルCoAカルボキシラーゼに由来するタンパク質で、細胞内のビオチンリガーゼによってそのリジン残基にビオチンが共有結合される。ストレプトアビジンを固定化しておけばこれがビオチンを強固に結合するので、ここに目的のタンパク質が固定化される。このほかにも共有結合により直接固定化されるタグが開発されている。