後醍醐天皇
足利軍が入京すると後醍醐天皇は比叡山に逃れて抵抗するが、足利方の和睦の要請に応じて三種の神器を足利方へ渡し、尊氏は光厳上皇の院政のもとで持明院統から光明天皇を新天皇に擁立し、建武式目を制定して幕府を開設する（なお、太平記の伝えるところでは、後醍醐天皇は比叡山から下山するに際し、先手を打って恒良親王に譲位したとされる）。廃帝後醍醐は幽閉されていた花山院を脱出し、尊氏に渡した神器は贋物であるとして、吉野（現奈良県吉野郡吉野町）に自ら主宰する朝廷を開き、京都朝廷（北朝）と吉野朝廷（南朝）が並立する南北朝時代が始まる。後醍醐天皇は、尊良親王や恒良親王らを新田義貞に奉じさせて北陸へ向かわせ、懐良親王を征西将軍に任じて九州へ、宗良親王を東国へ、義良親王を奥州へと、各地に自分の皇子を送って北朝方に対抗させようとした。しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年 / 暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。享年52（満50歳没）。
光明天皇
後醍醐天皇の建武の新政から離反した足利尊氏が湊川の戦いで宮方に勝利し、延元元年（1336年）に京都に入ると後醍醐天皇は比叡山延暦寺に逃走する。後醍醐天皇の代わりに8月15日に豊仁が三種の神器の無い状況で光厳上皇の院宣により即位して光明天皇となり、北朝が成立する。三種の神器がない状況での即位は後鳥羽天皇が後白河法皇の院宣により即位した先例に従ったものであり、この時代は三種の神器が皇位継承の絶対条件ではなかったのである。兄の光厳上皇による院政が行われた。