鎌倉幕府
まず1180年（治承4年）に鎌倉の大倉郷に頼朝の邸となる大倉御所が置かれ、また幕府の統治機構の原型ともいうべき侍所が設置されて武家政権の実態が形成された。朝廷は寿永二年十月宣旨（1183年）で頼朝に対し、東国における荘園・公領からの官物・年貢納入を保証させると同時に、頼朝による東国支配権を公認した。壇ノ浦の戦い（1185年）で平氏を滅ぼし、同年、文治の勅許（1185年）では頼朝へ与えられた諸国への守護・地頭職の設置・任免を許可した。そして1190年（建久元年）頼朝が権大納言兼右近衛大将に任じられ、公卿に列し荘園領主の家政機関たる政所開設の権を得たことで、いわば統治機構としての合法性を帯びるようになり、さらに1192年、征夷大将軍の宣下がなされた。こうして、名実ともに武家政権として成立することとなった。守護の設置で諸国の治安維持を幕府は担当したものの、その支配は限定的であったが次第に範囲を拡大し、承久の乱や元寇を経て、得宗家の専制支配が全国的な支配権を確立するに至った。
鎌倉
室町時代には鎌倉府は京都の幕府と対立し、永享の乱などが起こる。康正元年（1455年）、5代公方の足利成氏は室町幕府側と対立し、下総国古河（茨城県古河市）に逃れて、以後「古河公方」となる。永正9年（1512年）には北条早雲が現在の鎌倉市大船に小田原城の支城である玉縄城を築いた。
明応7年8月25日（1498年9月20日)に発生した明応地震で、鎌倉は津波に襲われた。高徳院の大仏殿は津波で倒壊して、鎌倉の大仏が露坐となったとする説がある。