ルイ・リエル
11月6日にリエルは今後の方針について議論する会議の席上にメティの代表者たちと並んで英語使用者たちを招き、12月1日にはこの会議に対し団結を維持するために必要であった権利義務一覧（list of right）を提案した。居留地の多数はメティの視点に立った提案を受諾したが、連邦に組する急進的少数派が、反対の立場を取り始めた。この少数派はジョン・クリスチャン・シュルツ、チャールズ・メイアー、デニス大佐及び余り気乗りしなかったといわれるチャールズ・ボールトン少佐らによって主導され、ゆるやかにカナダ党と呼ばれる集団を形成した。マクドゥーガル大臣はデニス大佐に武装兵からなる分遣隊の召集権限を与えることによって自らの権勢を振るおうと試みたが、英語を使用する移住者達の大多数はこの召集には応じなかった。しかし、シュルツは50人ほどの志願者を集め、自分の家や店舗の防備を固めた。リエルはシュルツの家を包囲することを命じ、多勢に無勢のシュルツ家の守備兵たちは間もなく降伏するとともにギャリー砦に収監された。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史
1890年代にはいると、共和政と教会との対立抗争は小康状態となった。これには、ローマ教皇レオ13世が「レールム・ノヴァールム」と称される回勅を発して、カトリック教会が近代社会に適応し、同時に資本制がもたらす社会問題に正面から向き合うことを表明して、フランスの共和政に対しては「反対」ではなく「ラリマン（加担）」する政策を打ち出したこともおおいにあずかっていた。しかし、1894年、フランス陸軍参謀本部の将校アルフレド・ドレフュス大尉がドイツのスパイ容疑で告発されるドレフュス事件が起こり、かれがアルザス出身のユダヤ人であったことから、ジャーナリズムを中心に反ユダヤ主義的世論が興るとともに、それに対して自然主義文学の作家エミール・ゾラがフェリックス・フォール大統領への公開質問状「私は弾劾する」を新聞紙上で発表して再審要求がなされるなど国論を二分する冤罪事件に発展した。1899年、ドレフュスは再審の結果、有罪判決が下されたうえで大統領令によって特赦されるという政治決着がはかられ、ようやく世論は沈静化した。ドレフュス事件は、今後も自由と民主主義を擁護するか否か、あるいは共和政を今後も存続させるか否かをめぐって一大政治闘争の様相を呈し、フランス国内に徹底的な政界再編が必要であることを示した。
1902年のフランス総選挙は、急進党、民主共和同盟、社会主義者らの「左翼ブロック」の圧勝に終わり、急進共和主義者のが首相に就任した。1880年代の「宗教戦争」の旗手はフェリーであったが、1900年代の旗手はコンブであった。教皇庁の「ラリマン」政策に乗じて修道会は復活を遂げていたが、コンブは反教権主義の諸政策を推し進め、就任後まもなく多数の無認可学校と無認可修道会を閉鎖した。前任者であるピエール・ワルデック＝ルソーは、無認可修道会の解散令を含む結社法をすでに前年に成立させていたものの寛容な運用をはかっていたのに対し、コンブは内務大臣と宗教大臣を兼ね、この法律の厳格な適用に踏み切ったのである。1902年に無認可修道系の学校で閉鎖されたのは約3,000、解散を命じられた無認可修道会は300におよび、1903年には、認可申請してきた修道会のうち135会派の申請を却下した。こららの措置によって1880年代同様、2万人におよぶ修道士・修道女が追われたのである。強制閉鎖にたいする抵抗には軍隊も出動させるなど、反教権政策は苛烈で徹底したものであった。1904年7月には修道会教育基本法を成立させ、認可修道会を含めたすべての修道会士を教団から排除している。これにより、私立であっても修道聖職者が教育にかかわることが全面的に禁止された。2,400近い教育施設が閉鎖され、いくつかはベルギーやイタリアなどに移転している。同年、フランスはバチカンとの外交関係を断絶している。コンブ自身は、かつて神学を専攻し、修道会系コレージュで教授した経験をもっており、信者からは悪魔と罵られ、教皇庁からも断罪されたが、フェリー法に始まった教育の世俗化は法的にはここで完結した。ただし、修道会系の学校は、私立世俗校の体裁で認可を受け、実際には聖職者が運営するというスタイルで、そののちも存続した。
政教分離法は1904年11月に上程されたが、1905年1月にコンブ内閣が総辞職し、後任の内閣によって1905年12月に成立した。この政教分離法によって、フランス国家および地方公共団体の宗教予算は一切廃止となり、信仰は完全に私的領域に限定されることとなった。聖職者の政治活動は禁止され、宗教的祭儀における公的性格も剥奪されることとなった。教会財産の管理と組織運営は信徒会に委ねられた。これによって、19世紀の政教関係を100年余にわたって規定してきたナポレオン1世とローマ教皇の間で結ばれた1801年のコンコルダ（政教協約）、すなわち、カトリックを「フランス国民の多数の宗教」と認め、フランス革命中にカトリック協会が受けた損害を聖職者に俸給を支払うことによって補償するとした協定は破棄され、16世紀以来のガリカニスム体制も最終的には解体された。これは、伝統的に国家と強く結びついてきたフランスのカトリック教徒にとっては容易に承認できることではなかったので、翌年の財産目録作成の際にはバリケードをつくるなど激しい抗議行動を展開した。ローマ教皇ピウス10世も、政教分離法を掠奪法であると称して猛然と非難し、信徒会の結成も否認した。