隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
津和野街道
幕末の1867年（慶応3年）、信徒発見を機に長崎で大規模な隠れキリシタン弾圧事件が起きる（→浦上四番崩れ）。ほどなく江戸幕府は瓦解するが、明治新政府は当初キリスト教禁教政策を引き継ぎ、中心人物を処刑した上で信徒を含む浦上村民3,394名全員を津和野・萩・福山ほか全国に配流した。廿日市の津和野藩御船屋敷には信徒など153名が到着、津和野街道を約90キロメートル歩いて津和野・乙女峠の光琳寺に幽閉された。以後1870年（明治3年）まで流刑された村民は日夜拷問され、36名が信仰を捨てずに殉教したという。日本はすでに開国後で外国人相手の教会もあり、岩倉使節団が欧米の訪問先でことごとく禁教政策を厳しく非難される中での悲劇であった。