エンドソーム
エンドソーム (endosome) はピノサイトーシスによって形成された一重の生体膜からなる小胞。ほぼ全ての真核細胞が持ち、細胞外の分子の取り込みや、細胞表面の分子のソーティングに関わる。その結果エンドソームに取り込まれた一部の分子は再利用され、小胞輸送によって細胞膜へと輸送される。また不要な分子はエンドソームがリソソームと融合することで分解される。エンドサイトーシスの一種であるファゴサイトーシスによって形成された（ヘテロ）ファゴソームはエンドソームに含めないと思われる。
エキソソーム複合体
エキソソームはRNAの品質管理に重要である。原核生物とは違い、真核生物は高活性のRNA監視機構を持つ。この機構はリボソーム等が作られる際に、タンパク質と未修飾、誤修飾されたRNAとの複合体が核から出ることを防ぐ。つまり、タンパク合成等の重要なプロセスに異常な複合体が関わることを妨げる役割を持つと推定されている。[36]