隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
宗門改
幕府の宗門改役は、配下に与力6騎、同心30名が配属され、幕府直轄地に対してのキリシタン及び宣教師の捜索を行い、また諸藩に対するキリシタン改帳の作成やその送付、点検も行っていた。棄教したキリシタン（転びキリシタン）の監視も監督し、切支丹類族帳に記載された者が死亡した場合には宗門改役に届け出る必要があった。