吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
小川光氏
既存の日隈城には毛利高政が城代を置いていたため、日田郡夜開郷永山に新しく丸山城を築いた。城が完成する間の3年間は日田郡友田村丸山を居城とした。この丸山の所在については諸説あり、現在の北友田三郎丸にある星隈公園（三郎丸砦跡）とする一方、岡為造著の『日田郡史』（1915年）では現在の日田市光岡岳林寺の裏手の山としている。