小田原征伐
天正13年(1585年)から15年(1587年)にかけて秀吉が西国計略を進める裏で関東の無事は放置され、北関東の領主たちは苦境に陥った。北条氏は天正13年1月に佐野を攻撃し、当主の佐野宗綱を戦死させ氏政の六男・氏忠を当主に据えることに成功した。また同月までに館林城の長尾顕長を服属させた。館林は南関東と北関東の結節点に当たり[22]、館林攻略によって北条氏の北関東への侵攻が容易になった。9月には真田領・沼田に侵攻し[23]、14年4月にも再度侵攻した[24]。北条氏は並行して皆川氏にも攻撃を加えた。天正14年5月にいったん和睦したが、その後再び侵攻した。皆川氏は上杉氏の助力を得て撃退に成功するが、天正15年に講和し北条氏の支配下にはいった[25]。また、天正13年閏8月には家康が真田を攻撃し、翌14年(1586年)にも再度侵攻を計画したが、秀吉が間に入って未遂に終わった[26]。
長沼氏
ところが、義秀晩年に子満秀と孫憲秀に先立たれると、憲秀の子彦法師（実名不詳、受領名淡路守、法号生空）と弟の次郎（実名不詳）の間に家督争いが生じ（「皆川文書」11、長沼義秀宛足利持氏書状）、いったんは次郎が家督を継いだものの、彦法師の成人後に家督を奪回して次郎は奥州の足利満直の下に逃れた。永享の乱では次郎は幕府方、淡路守（彦法師）は鎌倉府方についたため、淡路守は幕府の追討対象となる。だが、直後の結城合戦においては結城氏に抵抗して幕府軍の到着まで持ちこたえたことが評価され、淡路守は赦免された。その後、宝徳3年（1451年）に管領畠山持国から関東管領上杉憲忠宛に出された御教書（上杉家文書）には、長沼淡路入道生空への支援が命じられている。だが、その直後に発生した関東管領と古河公方の間の戦いである享徳の乱において、下野国南部は古河公方の制圧下に置かれており、。一方、次郎もしくはその子孫とみられる長沼氏の一流は古河公方に仕えて長沼荘から離れた下野国皆川荘（現栃木市）に移住して皆川氏を称した。戦国時代を生き抜いた皆川氏は、皆川広照が江戸時代の大名として残ったが、孫の時代に無嗣断絶した。