隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
殉教
日本では、個々の教義や態度が問題にされるのではなく、キリスト教徒であること自体が罪とされた。逮捕された者は、キリスト教を棄教すれば許された。しかし棄教を拒んだキリシタンは国外追放あるいは死刑に処され、しばしば拷問の末に残酷な方法で殺された。こうして、16世紀末から17世紀初めの日本では、イエズス会士など多くの外国人宣教師と日本人信者が殉教した。信仰が極刑にされた背景には、一向一揆との戦いを経験した武将たちが強い信仰に警戒心を抱いていたこと、一部の外国人が日本人を奴隷として売買していたこと、さらに当時の支配者たちがキリスト教宣教師らを植民地化の尖兵ではないかと危険視したことがある。こうした殉教者の中でも、豊臣政権における日本二十六聖人[4]、徳川政権下での聖トマス西と15殉教者はカトリック教会で列聖され[5]、ペトロ岐部と187殉教者は2008年に長崎市で行われた列福式においてカトリック教会の福者に列せられた[6]。この中には、かつて天正遣欧少年使節の一人であった中浦ジュリアンも含まれている。この時代のキリシタン達は、殉教することによってパライソ（天国）へ行き永遠の命を得られるという教えを固く信じていたため、彼らの多くは拷問や処刑を恐れず嬉々として死の運命を受け入れたと伝えられる。2017年には、信仰のために追放されたユスト高山右近が大阪市で行われた列福式においてカトリック教会の福者に列せられた[7]。