吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
久保田城
1880年（明治13年）の大火で城内の建造物はほぼ焼失しており、市街再建の過程で堀の多くも埋め立てられ、城下の中通を中心に秋田県初期の官庁街へと変貌した。現在、久保田城本丸・二の丸一帯は千秋公園となり、三の丸には秋田県民会館や秋田市立中央図書館明徳館、平野政吉美術館、秋田県立脳血管研究センターなどが整備されている。秋田県知事公舎は三の丸御殿の跡地に建てられている。建造物としては、前述の大火を逃れかつ解体も移築もされなかった御物頭御番所が現存し、本丸新兵具隅櫓（御隅櫓）、本丸表門が再建されている。移築された建造物としては、焼失を免れた裏門が、楼門から平屋へと改修を受けた上で旭北寺町の鱗勝院に現存している。