サービス残業
ほとんどの企業において、三六協定は入社時にすでに会社内で協定されているため、労働者側は（手当の高低を問わず）残業そのものも拒否できない状態におかれ、労働者が残業を拒否した場合には正当に懲戒解雇などの制裁が行われることがある。これは、労働者は会社を選択して入社することができるので、入社する前に会社の三六協定の内容を事前に聞けばよいだけであるからである。 サービス残業を告訴、告発した場合、懲戒解雇などの不当な制裁を行ったり、さらに悪質なケースでは労働者に対する逆恨みで莫大な損害賠償請求を起こす事業主も存在するが、労働者側に具体的なサービス残業の根拠があれば、損害賠償の請求が認められないだけでなく、訴訟費用も会社が負担するよう命ぜられる可能性が高くなる。また、告訴、告発は会社側に刑事的な罰則が適用される可能性もある。サービス残業の具体的な根拠があれば、訴訟費用は請求額で決まってくるので不当な高額を請求しなければ、労働者（および遺族）が訴訟を起こすことは容易である。
SRSホールディングス
2016年9月末、大阪労働局過重労働撲滅特別対策班が、法人としての同社、およびさん天事業推進部長や店長を含む計5人を労働基準法違反の疑いで書類送検した。社員およびアルバイト従業員計7人に対し、1ヶ月で最大111時間18分の残業をさせた上、法律に定める割増賃金を、最大で224,982円支払っていなかった。同社が設置した第三者委員会の調査によると、2014年～2015年の全店舗での未払い賃金の合計額は約4億円であった。また、時間外労働の限度に関する労使協定（三六協定）を店舗ごとに結んで労働基準監督署に届け出ていたが、労働者代表の選出に不備があり、有効な協定として認められていなかった。なお、同社が労使協定で決めた残業の上限は月40時間であった。