雲仙岳
最高峰の平成新山(1,483m)を中心に、周囲に、普賢岳(1,359m)、国見岳(1,347m)、妙見岳(1,333m)、野岳(1,142m)、九千部岳(1,062m)、矢岳(943m)が存在する。普賢岳や平成新山の溶岩は千々石カルデラ由来である。つまり、小浜温泉沖合いの橘湾地下のマグマだまりから供給されている[1]。主峰は普賢岳（ふげんだけ）だが、1990年（平成2年）から1995年（平成7年）にかけての火山活動で平成新山（へいせいしんざん）が出来、こちらの方が標高が高くなった。また平成新山は長崎県の最高峰でもある。
雲仙岳
2002年から2004年にかけて、雲仙火山火道掘削プロジェクトチーム[54]により、火道（マグマが地下から上昇した経路）を探しだし掘削する調査が行われた。その結果、普賢岳山頂の北約1km、標高840mの箇所から山頂直下に向かって斜めに掘り進んだ掘削に於いて、掘削深度1977m（標高約-150m）の位置で平成噴火の火道溶岩を掘り当てサンプルを採集した[55]。このサンプル採集により火道のでき方や噴火機構の解明がされることが期待されている[56]。