雲仙岳
噴火は約50万年前に始まったとされる。最初に高岳・絹笠岳・矢岳などが形成され、九干部岳火丘群となった。やがて噴火活動は北側に移動し九干部岳、吾妻岳が形成された。10万年前より、野岳、妙見岳、普賢岳の順で火山活動が推移し地形が形成されていった。
島原大変肥後迷惑
1791年（寛政3年）末ごろから、雲仙岳西側で有感地震が多発。震源が徐々に普賢岳に向かって行った。1792年2月10日（寛政4年1月18日）、普賢岳で噴火が始まり、溶岩流や火山ガスの噴出も見られるようになった。溶岩は2か月掛けて2キロメートル、千本木と呼ばれた部落まで流れて止まった。穴迫谷（あなさこたに）と呼ばれる山中の谷を埋めたと言う。1792年4月1日（寛政4年3月1日）から1週間ほど地震が群発し、普賢岳から火が噴き、吹き上げられた石は雨のごとく地面に降り注ぎ、また前に聳える眉岳・天狗岳（708メートル）に落石し、地割れが各所で起こった。
その後、地震は島原の近くに震源を移し、有感地震が続いた。4月21日からは、島原近辺での地震活動が活発になった。