拘置所
勾留の執行として拘置所に収容される被告人は、既に刑が確定し、その執行として刑務所に収監された受刑者とは法的地位が異なる。拘置所における未決囚（刑事被告人）においては一定の範囲で権利・自由に制限が課せられ、例えば衣類・飲食物・日用品の持ち込み、書籍等の閲覧、外部交通などが制限される場合がある。勾留の目的である「逃走及び罪証隠滅の防止」及び刑事施設の規律秩序を維持する観点等からである（「被告人#被告人の権利自由」の項参照）。
軍事刑務所
陸軍の軍事刑務所は、各鎮台、後に常備師団の衛戍地に置かれた。海軍の軍事刑務所は、鎮守府などに置かれた。それぞれ、陸軍軍人・軍属などと海軍軍人・軍属などで懲役刑か禁固刑に処せられた者を服役させる施設として用いられたほか、未決拘禁者や死刑囚を拘置する拘置所相当の施設も併設されていた（陸軍監獄令1条1項および3条。海軍監獄令1条1項および3条）。別に、各部隊には懲罰用の営倉も置かれ、捜査機関である憲兵隊には容疑者を勾留する留置場があった。なお、犯罪傾向の進んだ者については、陸軍教化隊（初期には陸軍懲治隊）という出獄後の矯正機関が姫路市に設けられていた。