吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
新城藩
家康が小田原征伐後に関東に移ると、新城は東三河4郡（宝飯郡・設楽郡・渥美郡・八名郡）15万2000石を統べる三河吉田城主として入封した池田輝政（当時は照政）の支配下に入った。新城には、照政の配下である片桐半右衛門が代官として赴任、川舟による吉田城への領米供出などを請け負った。一方で、野田城を破却した上に、新城とは別に代官所を新たに設けるなど、家康勢力下の菅沼氏・奥平氏の風潮を排し、池田氏の支配色を強めようとした感も推測される。