吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
三河牧野氏
今橋合戦で敗死した古白入道成時ではあったが、その孫（実は子）の信成が新たに城主となる。だが享禄2年（1529年）5月（天文元年（1532年）説もある）には、岡崎城主の松平清康による進攻を受け、吉田城 下の下地（しもじ、現・豊橋市下地町）における合戦で壊滅し、信成の居城吉田城も落城して滅亡、嫡子田蔵某は家臣神谷氏の縁で尾張国知多郡大野（現・常滑市大野町）に亡命した。