ヒトの虹彩の色
ヒトの目の色のバリエーションは、虹彩の中のメラニン細胞が作り出すメラニン色素の割合によって決定される。上皮細胞の色素、虹彩のストロマに付着するメラニンとその細胞の密度が色を構成する3つの要因である。メラニン色素は基本的に黒色であり、個体の目の色が何色であろうと黒色は含まれていることになるが、一般的に「目の色」として我々が認識するのはストロマの中のメラニン色素である。ストロマの細胞の密度はどれだけの光を吸収できるかを決定する。例外的に目の色の明るい品種の鳥などの目の色はメラニンによっては決定されずプリン、カロテノイド、プテリジンの量による。
ヒトの髪の色
しかしながら、この二つの遺伝子対によるモデルでは、栗毛や金髪、赤毛の中にも多様な色合い（例えばプラチナブロンドとダークブロンド）が存在する理由や、また、ある金髪を持つ子供が成長するにつれて栗毛に変わることがあるのに、別の金髪の子供は成長後も金髪である理由を説明できない。ある研究によれば、蓄積することにより効果を持つ、淡い色の髪と濃い色の髪を決定する幾つかの遺伝子対が存在している。これに従えば、これらの優性遺伝子が多ければ多いほど、毛髪の色は濃い色を示すようになる。