隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
南島原市
しかし晴信の子有馬直純の代になると、江戸幕府より禁教令がしかれたため、キリシタン大名であった直純も棄教し、逆にキリスト教を迫害した。1614年（慶長19年）に直純の願い出により有馬氏は転封、代わって松倉氏が入封し、松倉重政とその子松倉勝家により、キリシタンに対する弾圧をはじめとする圧政が行われる。