拘置所
勾留の執行として拘置所に収容される被告人は、既に刑が確定し、その執行として刑務所に収監された受刑者とは法的地位が異なる。拘置所における未決囚（刑事被告人）においては一定の範囲で権利・自由に制限が課せられ、例えば衣類・飲食物・日用品の持ち込み、書籍等の閲覧、外部交通などが制限される場合がある。勾留の目的である「逃走及び罪証隠滅の防止」及び刑事施設の規律秩序を維持する観点等からである（「被告人#被告人の権利自由」の項参照）。
軍事刑務所
日本国憲法下の自衛隊においては、自衛隊刑務所という機関の類は存在しない。日本国憲法第76条第2項が軍法会議を含む全ての特別裁判所及びこれに類するものの設置を禁じている為で、警務隊が自衛隊法違反で逮捕した自衛官の被疑者でも、通常の被疑者同様検察庁へ送り、通常裁判を経て一般の拘置所及び刑務所に収監される。