雲仙岳
噴火は約50万年前に始まったとされる。最初に高岳・絹笠岳・矢岳などが形成され、九干部岳火丘群となった。やがて噴火活動は北側に移動し九干部岳、吾妻岳が形成された。10万年前より、野岳、妙見岳、普賢岳の順で火山活動が推移し地形が形成されていった。
新燃岳
便宜上10万年前よりも古い時代を古期活動期、10万年より新しい時代を新期活動期として分けている。古期の活動として、霧島火山群の韓国岳などと共に約15万年前の活動で形成され、数万年の休止期間を経た約6万年前頃に活動を再開したと考えられる。新燃岳としては約1万年前に山体形成が始まり、約5600年前、約4500年前、約2300年前にもプリニー式噴火があり周辺に噴出物を堆積させている。有史以降の活動は、1716年に始まった。