浅草寺
推古天皇36年（628年）、宮戸川（現・隅田川）で漁をしていた檜前浜成・竹成（ひのくまのはまなり・たけなり）兄弟の網にかかった仏像があった。これが浅草寺本尊の聖観音（しょうかんのん）像である。この像を拝した兄弟の主人・土師中知（はじのなかとも、「土師真中知」（はじのまなかち）とも）は出家し、自宅を寺に改めて供養した。これが浅草寺の始まりという。その後大化元年（645年）、勝海上人という僧が寺を整備し観音の夢告により本尊を秘仏と定めた。観音像は高さ1寸8分（約5.5センチ）の金色の像と伝わるが、公開されることのない秘仏のためその実体は明らかでない。平安時代初期の天安元年（857年。天長5年（828年）とも）、延暦寺の僧・円仁（慈覚大師）が来寺して「お前立ち」（秘仏の代わりに人々が拝むための像）の観音像を造ったという。これらを機に浅草寺では勝海を開基、円仁を中興開山と称している。天慶5年（942年）、安房守平公雅が武蔵守に任ぜられた際に七堂伽藍を整備したとの伝えがあり、雷門、仁王門（現・宝蔵門）などはこの時の創建といわれる。
清閑寺
南北朝時代の建武3年（1336年）6月8日、足利尊氏が清閑寺執行及び衆徒に対して新田義貞の軍勢を誅伐するため、京都の東の入口である久々目路（渋谷街道）と阿弥陀峯（阿弥陀ヶ峰）を警固するよう命じるなど、かなりの勢力を誇っていた。尊氏自身も観応2年（1351年）1月16日に当寺で天下泰平武運長久を祈願し、文和4年（1355年）2月18日と4月26日の両日、遊びに訪れている。室町時代には当寺の塔頭である法華堂、大勝院、南地院が醍醐寺に属したほか、三宝院僧正山荘も寺領内に存在した。東山山中に威容を誇った清閑寺も、応仁の乱で伽藍を焼失・破却されて荒廃したが、慶長年間（1596年 - 1615年）に根来寺の性盛法師（後の長谷寺2世化主）により再興されて本堂が再建され、享保15年（1730年）には鐘楼が再建されている。なお、江戸時代は因幡堂平等寺の兼帯寺だった。