吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
吉田郡山城
しかし、山間部の盆地に位置する吉田郡山城は交通の便も悪く、天正19年（1591年）に広島城がほぼ完成すると、吉田郡山城は毛利氏の本拠としての役割を終え、家臣や城下町の商人らは広島城下に移住した。廃城時期は、毛利氏の広島移住後の天正19年[3]、関ヶ原の戦い直後の慶長5年（1600年）頃[1]などと諸説あるが、毛利氏の本城としての役目を終えた天正19年が事実上の廃城時期と言って差し支えないと考えられる。この時に、山麓の堀は埋められた[3]とも言われているが、大坂城天守閣[注釈 3]で保存されている穂井田元清書状内で、文禄3年（1594年）に元清が兄の小早川隆景とともに吉田に出頭したとあり、何らかの形で吉田郡山城が維持されていたことが確認できる。また、山城を重視する輝元が、完全な平城である広島城に対して、詰めの城として引き続き吉田郡山城を温存していたとの見方もある[2]。