浅草寺
推古天皇36年（628年）、宮戸川（現・隅田川）で漁をしていた檜前浜成・竹成（ひのくまのはまなり・たけなり）兄弟の網にかかった仏像があった。これが浅草寺本尊の聖観音（しょうかんのん）像である。この像を拝した兄弟の主人・土師中知（はじのなかとも、「土師真中知」（はじのまなかち）とも）は出家し、自宅を寺に改めて供養した。これが浅草寺の始まりという。その後大化元年（645年）、勝海上人という僧が寺を整備し観音の夢告により本尊を秘仏と定めた。観音像は高さ1寸8分（約5.5センチ）の金色の像と伝わるが、公開されることのない秘仏のためその実体は明らかでない。平安時代初期の天安元年（857年。天長5年（828年）とも）、延暦寺の僧・円仁（慈覚大師）が来寺して「お前立ち」（秘仏の代わりに人々が拝むための像）の観音像を造ったという。これらを機に浅草寺では勝海を開基、円仁を中興開山と称している。天慶5年（942年）、安房守平公雅が武蔵守に任ぜられた際に七堂伽藍を整備したとの伝えがあり、雷門、仁王門（現・宝蔵門）などはこの時の創建といわれる。
飛鳥寺
『書紀』の推古天皇4年（596年）11月条に「法興寺を造り竟（おわ）りぬ」との記事がある。『書紀』は続けて、馬子の子の善徳が寺司となり、恵慈（高句麗僧）と恵聡（百済僧）の2名の僧が住み始めたとある。『元興寺』縁起に引く「露盤銘」にも「丙辰年十一月既（な）る」との文言があり、この丙辰年は596年にあたる。しかし、後述のように、飛鳥寺本尊の釈迦三尊像（鞍作止利作）の造立が発願されたのはそれから9年後の推古天皇13年（605年）、像の完成はさらに後のことで、その間、寺はあるが本尊は存在しなかったということになる。この点については研究者によってさまざまな解釈がある。毛利久は、現存の釈迦如来像（飛鳥大仏）は、推古天皇4年に渡来系の工人によって造立されたもので、推古天皇13年から造られ始めたのは東金堂と中金堂の本尊であったとする、二期造営説を唱えた。これとは別に、久野健、松木裕美らが唱えた本尊交代説もある。すなわち、蘇我馬子が所持していた弥勒石像が当初の中金堂本尊であったが、後に鞍作止利作の釈迦三尊像が本尊になったとする。この弥勒石像は敏達天皇13年（584年）鹿深臣（かふかのおみ）が百済から将来し、馬子が「宅の東の仏殿」に安置礼拝していたものである。久野説では、飛鳥寺中金堂跡に現存する本尊台座が石造であり、この台座が創建時から動いていないことから、その上に安置されていた仏像も石造であったと推定する。これに対し、町田甲一、大橋一章らは一期造営説を取り、中金堂本尊は交代していないとの立場を取る。この説では、推古天皇4年の「法興寺を造り竟りぬ」は、『書紀』編者が塔の完成を寺全体の完成と誤認したものとみなし、寺の中心的存在で仏舎利を祀る塔がまず完成し、他の堂宇は長い年月をかけて徐々に完成したとみる。今日では、この説が有力となっている。