国鉄労働組合
国労は、日本国有鉄道発足以前[注 1]の1946年2月に<b data-parsoid='{"dsr":[1261,1277,3,3]}'>国鉄労働組合総連合会</b>として結成され、当時の省線鉄道員の96%を組織化した。当初は地域・職域毎に結成された労働組合の連合体であったが、翌年6月には単一組織の国鉄労働組合として改組された。だが結成直後から路線対立が激しく、日本社会党の左右両派や日本共産党の政治対立に巻き込まれることとなる。更に時代が下ると社会主義協会や中核派、革マル派なども組織に入り込み、セクト間の対立が深刻になる。
日本鉄道労働組合連合会
2013年12月16日にジェイアール東日本労働組合（ジェイアール東日本ユニオン）とジェイアール労働組合（JR東労組から脱退した構成員が主体）が統一し、JR東日本労働組合（東日本ユニオン）が発足したが、両者が過去に鋭く対立した経緯から各地で大量脱退や仙台地本の委員長や書記長が辞任、新潟地本では統一大会すら開催できないなど組織混乱が発生した。さらに、JR連合はJR東日本労働組合の委員長に制裁を科し、組合員数も1,200人弱に激減した。また、東日本ユニオンはJR連合への正加盟が認められなかった。
その後も東日本ユニオンは正加盟の申請を続けていたが、2015年に正加盟の申請が認められないことを理由にJR連合との関係を一旦白紙に戻すとした。現在は、JR東日本労働組合を脱退した一部組合員が設立した、ジェイアール・イーストユニオンがJR連合へオブサーバー加盟している。