隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
崩れ
江戸幕府が倒れた後、明治政府は五榜の掲示によってキリシタン禁教の方針を明示し、キリシタンの弾圧を行った。これにより、棄教を受け入れない浦上の村民約3000人が総配流され、五島列島では信徒たちへの弾圧や迫害が行なわれた。欧米諸国の公使は、内政干渉をするつもりはないとしながらも、激しく明治政府に抗議し、政府は彼らに拷問をしないことを約束しながらそれは守られなかった。明治6年（1873年）にキリシタン禁制の高札が撤去され、浦上の村民たちは帰村を許された。しかし、高札撤去はあくまで「法令伝達方法の変更」によるもので、明治政府がキリシタン禁制の解除を宣言したという事実は無い。キリシタン（キリスト教）は解禁されたのでも公認されたのでもなく、あくまで黙認されただけであった。