阪神・淡路大震災
近畿圏の広域（兵庫県を中心に、大阪府、京都府も）が大きな被害を受けた。特に震源に近い神戸市市街地（東灘区、灘区、中央区（三宮・元町・ポートアイランドなど）、兵庫区、長田区、須磨区）の被害は甚大で、当時東洋最大の港であった近代都市での災害として、日本国内のみならず世界中に衝撃を与えた。犠牲者は6,434人に達し、第二次世界大戦後に発生した地震災害としては、東日本大震災に次ぐ被害規模である。戦後に発生した自然災害全体でも、犠牲者の数で伊勢湾台風の5,098人を上回り、東日本大震災が発生するまでは最悪のものであった。
灘駅
工事に際し、地域住民からは、第二次世界大戦・阪神・淡路大震災を乗り越えた旧駅舎は「貴重で歴史的価値があるため保存すべき」との声が挙がっていたが、駅施設を充実させるためには大掛かりな改築工事が必要と判断され、工事開始と共にすべて取り壊され、仮駅舎で営業が行われた。なお、新駅舎の北壁面デザインは旧駅舎のモチーフが取り入れられ、正面部分の外観のスケールもほぼ踏襲されているなど、当時の面影を残している。また、内部は天井が高く開放的なものとなっている。