京都
京都は、桓武天皇が784年の長岡京に続いて、794年平安京に遷都したことに始まる千年の都である。京都に都が移された理由は諸説ある。例えば、長岡京の建設責任者であった藤原種継が暗殺されたことや、長岡京が桂川や小畑川氾濫によりしばしば水害に遭ったからとする説、長岡京での早良親王怨霊説などである。
京都代官
寛永11年（1635年）、五味豊直が京都の代官奉行に任じられ、二条城の西側に陣屋を設置したために「京都郡代」と呼称されたのが最初と言われている。当初は伏見奉行とともに畿内の訴訟を扱い、また所司代と共同で京都の市政なども管轄していたが、職務が繁忙となってきた。このため、万治3年（1660年）の五味豊直死去後に後任となった五味豊旨（豊直の子）と伏見奉行の小出尹貞の間で代官奉行の職務の分割が行われ、五味豊旨が代官業務専任となる。これが「京都代官」の始まりとされる（ただし、寛文4年（1664年）に五味豊旨の後を受けた鈴木重辰が代官に任じられた時を「京都代官」の始期とする説もある）。続いて4年後に所司代を含めた職務の再編成が行われて、新たに京都町奉行が発足した。その後、再び五味豊旨が継いだが、延宝8年（1680年）に五味豊旨の死去によって就任した小堀正憲以後は小堀氏による世襲となった。