隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
南蛮誓詞
キリスト教の禁教令は豊臣秀吉の時代から何度も発布されていたが、江戸時代になってからの1635年（寛永12年）8月、徳川家光は諸大名に領民への宗門改の実施を命令した。続いて9月、京都では寺院による寺請証文の発行を偽り無く実施し、キリシタンに偽って檀家の証文を与えた場合は、キリシタンと同罪として処断されることが命令されている。この時、従来のキリシタン摘発方法に加えて南蛮誓詞が導入された。従来の日本誓詞は日本の神仏に対してキリスト教の棄教し、二度と信じないことを誓う起請文であった。しかし、日本の神仏を信仰していないキリシタンには効果が薄かった。これに対し、南蛮誓詞では、デウスやサンタ・マリア、アンジョ（天使）、ベアト（聖人）などのキリシタン自身の信仰対象に対して、キリシタンの言葉を使って、もし棄教の誓いを破った場合はキリシタンの教えや言葉で罰を被ることが明記され、宣誓された。