吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
日田城
仁寿2年（852年）に鬼蔵大夫永弘が創建したと伝えられ、山上に段状の曲輪を構え、絶壁を花月川に面し、南麓に居館を構えて山城の典型を採っていた。また日田城の西端には、大蔵永季が父・永興を供養するために建立した慈眼山永興寺（じげんざんようこうじ）があった。日田城の廃城時期や経緯は不明である。慈眼山遺跡発掘調査では慈眼山麓の上城内町において、15世紀後半から16世紀中ごろまでに形成された、屋敷跡と推定される建物跡遺構が出土し、この建物群の廃絶は16世紀後半の可能性が指摘されている。廃城後は、館跡、城跡ともに宅地化と農耕地化が進み、改変が見られる。現在は住宅地としては利用されておらず大部分は山林となっている。