外部監査制度
日本における地方公共団体の外部監査制度の導入は、地方公共団体による不正な公金の支出が問題となり、1997年（平成9年）に地方自治法が改正され同年6月4日付けで公布、1998年（平成10年）10月1日付けで施行されたものである。
みのり監査法人
これまでも農協監査士による監査制度は、公認会計士監査制度の動向を踏まえ三審制審査体制の構築や本部審査への公認会計士受け入れ等により、品質の向上に努めてきた経緯がある。しかし監査業務を担うJA全国監査機構そのものがJA全中内部に設立されていることから、指導機能及び監査機能がJA全中に集中しているとの批判が強かった。第3次安倍内閣のもとで農協改革が一つの目玉として推進され、2015年（平成27年）8月28日に改正農協法が成立・2016年（平成28年）4月1日に施行された。この中には2019年9月末までにJA全中を一般社団法人とすること、全中の地域農協への指導権を廃止すること、都道府県中央会を連合会へ移行させること、農協監査士制度を廃止し公認会計士監査を導入することが盛り込まれている。これにより監査組織の独立が図られ、企業監査同様に内部統制を考慮したリスク・アプローチの導入や日本公認会計士協会や公認会計士・監査審査会のレビュー対象にもなることとなった。