ワジリスタン紛争
2004年3月16日、の中心地にアルカーイダの幹部アイマン・ザワーヒリーが潜伏している情報を察知したパキスタン軍はワナを攻撃し、ターリバーンの間で激しい戦闘が起こった（ワナの戦い）。
バルフ州
1989年にソ連軍がアフガニスタンから撤退しても、ムハンマド・ナジーブッラーが率いるカブールの共産党政権はなんとか持ちこたえていた。ムジャーヒディーンはカブールを目指して大攻勢をかけたが、戦闘機や戦車を持つ共産党政権軍は強く、「ジャラーラーバードの戦い」で撃退された。しかし1991年にソビエト連邦が崩壊し、状況は悪くなる一方だった。1992年、ラシッド・ドスタムが共産党政権を裏切って、バグラーン州のイスマーイール派教団のサイイド・マンスール・ナーディリーと共にマザーリシャリーフを占領した。ドスタムは1988年に結成されたジョウズジャーン州のウズベク人民兵組織の司令官であり、それまではムジャーヒディーンと戦っていた。ドスタムはムジャーヒディーンのアフマド・シャー・マスードと共にカブールを攻撃し、共産党政権を倒した。ムジャーヒディーンはカブールに数ヶ月限定の暫定政権を作り、のブルハーヌッディーン・ラッバーニーが大統領に就任した。しかし年末に任期を過ぎても辞職しなかった為、イスラム協会の主力部隊であるマスード軍をのグルブッディーン・ヘクマティヤール、のドスタム、イスラーム統一党のアブドゥルアリー・マザーリーが攻撃し、内戦が始まった。ドスタムは総兵力5万人を擁し、ジュマ・カーン・ハムダードやなどと同盟を結び、ジョウズジャーン州やバルフ州を中心に支配地域を作り上げた。ドスタムの支配地域は宗教的に寛容で、女性はヴェールをかぶらずに歩くことが出来、飲酒や映画鑑賞も許されていた。またと呼ばれる航空便があり、対外的にも一種の独立国のようになっていた。アフガニスタンではその後、ターリバーンが誕生し、内戦は三つ巴の戦いとなった。
1996年、ドスタムやイスラーム統一党の協力を得たターリバーンは6月にゴール州のイスラム協会軍を蹴散らし、9月にはカブールを占領した。それを見たドスタムらは今度はイスラム協会軍と協力して、ターリバーンと戦い始めた。しかしドスタム軍の内部ではドスタムとアブドゥル・マリク将軍が激しく対立していた。1997年5月、ターリバーンはマリク将軍と協力して、マザーリシャリーフを占領した。ドスタムはトルコに逃亡し、イスラム協会軍もクンドゥーズ州から追われて、ターリバーンの全国征服は時間の問題かと思われた。しかし宗教的に寛容なマザーリシャリーフに対して、ターリバーンはイスラム教の教えを厳格に適用しようとしたために激しい反発が起きた。また武装解除に関する約束違反があったと言う説もある。マリク将軍が離反し、イスマーイール派教団とイスラーム統一党軍が蜂起し、イスラム協会軍がサラン峠を封鎖して退路を断った為、マザーリシャリーフのターリバーン軍は大敗した（第一次）。この際、多数のターリバーン幹部が死亡した為、この後の戦闘は凄惨な物になっていった。9月、ターリバーンが再度侵攻してきたが、ドスタムがトルコから戻ってきて撃退した。12月、ターリバーンはバードギース州から侵攻を試みた。ドスタムは一時はターリバンを押し戻したが、逆襲されて1998年6月にファーリヤーブ州やジョウズジャーン州を失った。8月、ターリバーンはヘクマティヤール派の内応などによってマザーリシャリーフを占領し、前回の報復としてハザーラ人などを虐殺した（第二次マザーリシャリーフの戦い）。同年、アフガニスタン北東部で地震や旱魃が続き、数千人が死亡した。1999年からは国際連合の制裁が始まり、それに反発したターリバーンは2001年2月、バーミヤーン州の仏像を破壊して力を誇示した。