チアミン
糖質および分岐脂肪酸の代謝に用いられ、不足すると脚気や神経炎などの症状を生じる。酵母、豚肉、胚芽、豆類に多く含有される。
ビタミンB6
イチョウの銀杏にはビタミンBの類縁体4-O-メチルピリドキシン (ギンコトキシン、4-O-methylpyridoxine、MPN) が含まれているが、これはビタミンBに拮抗してビタミンB欠乏症を呈しGABAの生合成（GABAは脳内でグルタミン酸のα位のカルボキシル基が酵素反応により除かれることによって生成）を阻害し、まれに痙攣などを引き起こす。大人の場合かなりの数を摂取しなければギンナン食中毒になることはないが、場合によっては、1日5 - 6粒程度でも中毒になることがあり、特に報告数の70%程度が5歳未満の小児である。