東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
ポルトガル領ティモール
1702年、ポルトガルはアントニオ・コエーリョ・ゲレイロを最初の総督としてリファウに派遣し、リファウは小スンダ列島におけるポルトガル保護領の主都となった。初期の頃は、ポルトガルによる統治は完全には行き渡らず、特に内陸の山岳地域で顕著であった。また、ドミニコ会の修道士や後からこの地域に進出していたオランダ、そして原住民たちが統治に反対を唱えた。このため、総督が実際に統治できたのは主にディリに限られてしまい、その他の地域については現地の部族長に頼らざるを得なかった。19世紀後半まで、ティモールは交易所のような軽んじられた扱いを受け続けた。インフラ整備や保健衛生、教育に対する投資は最小限に抑えられていた。この間、ビャクダンが主な輸出品として経済基盤を支え続け、19世紀半ばにはコーヒーが重要な輸出品となっている。ポルトガルの法律が適用された地域では、暴政と搾取が行われる傾向にあった。