吉田郡山城
慶長20年（1615年）に江戸幕府が出した一国一城令により吉田郡山城も取り壊され、寛永14年（1637年）に島原の乱が起きると、キリシタンの決起を恐れた幕府によって、石垣や堀なども破却・撤去された[3]。幕末には広島藩の支藩として広島新田藩が成立し、文久3年（1863年）に吉田郡山城の麓部分に陣屋が置かれた（吉田陣屋）[1]。明治2年（1869年）に廃藩となり、陣屋の建物は廃され、もしくは移築された。
吉野城
建武の新政が失敗し、1336年（建武3年）に後醍醐天皇は幽閉されていた花山院を脱出し吉野に逃れる。太平記巻18には、この時に吉水院宗信が吉野山の若い大衆300余りを蔵王堂に集めて説得したとある。後醍醐天皇は、まず吉水院に滞在し行在所としたが、手狭であったので金峯山寺蔵王堂の西にあった実城寺を改造して皇居とした。寺号も金輪王寺と改めている（吉野行宮、現在の吉野朝宮跡）。後醍醐天皇は、1339年（南朝：延元4年、北朝：暦応2年）に吉野の地で崩御し、跡を後村上天皇が継いだが、その後の戦いで南朝方有力武将が次々に戦死し、1348年（南朝：正平3年、北朝：貞和4年）には四條畷の戦いで楠木正成の子、楠木正行、正時兄弟が足利方の高師直の軍勢に討ち取られた。高師直は吉野にも軍勢を進めると、後村上天皇は賀名生（今の五條市）へ移った。高師直の軍勢は吉野山に入り吉野行宮に火を放ったが、風に煽られ蔵王堂はじめ多くの寺院宝塔が焼け吉野山一陣は灰燼に帰したという。それまでも蔵王堂は火災で何度か焼失していたが、この時は再建するのに107年を要した（1455年（康正元年）に再建）。なお、現在の蔵王堂は1581年（天正9年）に火災で焼失し1591年（天正19年）に再建されたものである。