小泉純一郎
竹下政権にて厚生大臣として初入閣、宇野政権、橋本政権でも厚生大臣を務め、宮澤政権では郵政大臣を務めた。森喜朗の後任として自由民主党総裁に選出され、2001年（平成13年）4月に内閣総理大臣に就任した。内閣総理大臣の在任期間は1980日で、第二次世界大戦後の内閣総理大臣としては佐藤栄作、吉田茂、安倍晋三に次ぐ第4位。平成時代においては安倍晋三に次ぐ第2位の長期政権である。2009年（平成21年）の第45回衆議院議員総選挙には立候補せず、二男の小泉進次郎を後継指名して政界を引退した。引退後は、奥田碩、田中直毅らとシンクタンク「国際公共政策研究センター」を設立し、その顧問を務めていた。
自公連立政権
1999年（平成11年）1月14日、自民党と自由党の連立政権が発足。公明党もいまだ名目上は野党ながら、周辺事態法、国旗・国歌法、通信傍受法、住民基本台帳法改正など、政府・与党の重要法案に次々と協力し、与党入りの足場固めをした。同年10月5日、自民党の小渕内閣との自自連立に正式参加。自自公連立政権が誕生した。これ以降森内閣（森喜朗首相）・小泉内閣（小泉純一郎首相）・第1次安倍内閣（安倍晋三首相）・福田康夫内閣（福田康夫首相）・麻生内閣（麻生太郎首相）、そして、自民党が政権を奪還した第2次安倍内閣（→改造）・第3次安倍内閣（→1次改造→2次改造→3次改造）・第4次安倍内閣（安倍晋三首相）においても公明党は自民党との連立政権を維持した。