The Scriptures do not say that the Ark was returned to the Most Holy of the temple rebuilt by Zerubbabel; nor does it seem that a replacement was ever made. ​ — Ezra 1: 7 - 11.
אפשרות אחרת היא שהארון הועבר למשמרת במהלך השיפוצים שערך יאשיהו במקדש (‏ דברי הימים ב ’.