In most situations such honor is due even if one’s parents are unbelievers or are failing to set a good example. You should honor your parents all the more if they are exemplary Christians.
ברוב המקרים יהא הולם לגלות כבוד זה אף אם ההורים אינם מאמינים או אינם מציבים דוגמה חיובית.