It means that divine counsel reached the deepest parts of David’s being and settled there, correcting his innermost thoughts and emotions.
הכוונה היא שהעצות מטעם אלוהים חלחלו עד נבכי נפשו של דוד ונותרו בקרבו, תוך שהן מתקנות את מחשבותיו ואת רגשותיו הצפונים עמוק פנימה.