Although spatial considerations and good management play important roles in the application of both concepts, zoning applies to an animal subpopulation defined primarily on a geographical basis (using natural, artificial or legal boundaries), whereas compartmentalisation applies to an animal subpopulation defined primarily by management and husbandry practices related to biosecurity.
Παρά το γεγονός ότι τα χωροταξικά ζητήματα και η καλή διαχείριση παίζουν σημαντικό ρόλο στην εφαρμογή και των δύο εννοιών, η διαίρεση σε ζώνες εφαρμόζεται σε έναν ζωικό υποπληθυσμό που καθορίζεται πρωτίστως σε γεωγραφική βάση (με τη χρήση φυσικών, εθνικών ή νομικών ορίων), ενώ η διαίρεση σε διαμερίσματα εφαρμόζεται σε ένα ζωικό υποπληθυσμό που καθορίζεται πρωτίστως από πρακτικές διαχείρισης και πρακτικές εκτροφής που αφορούν τη βιοασφάλεια.