As there are many different ways of utilizing PHP, there are many configuration options controlling its behaviour.
CGI binary 형태의 PHP는 어떤 이유로 (아파치 같은) 서버 소프트웨어의 모듈로 사용되기를 원하지 않는 경우에 사용할 수 있고, PHP를 다른 종류의 CGI wrapper와 함께 안전한 chroot와 setuid 환경을 만들어 내는 곳에 때에 사용할 수 있다. 이 설정은 보통 실행할 PHP binary를 웹서버의 cgi-bin디렉토리에 설치해야 한다. CERT 권고사항 CA-96.11 에 따르면 모든 인터프리터들은 cgi-bin에 설치하도록 권고된다. 비록 PHP binary가 독립적인 인터프리터로 사용된다 할지라도, PHP는 이런 설정에서 받을 수 있는 공격을 다음과 같이 막아내도록 설계되어 있다.: