اتهم الجيش الإندونيسي بانتهاكات حقوق الإنسان خلال معاركها السابقة مع GAM، وهي اتهامات نفتها بشكل عام.
كثيرا ما اتهم الجيش الإندونيسي بانتهاكات حقوق الإنسان خلال معركة الجمهورية الاندونيسية من أجل الاستقلال، وهي تهم نفتها بشكل عام بينما اتهم الانفصاليين بارتكاب انتهاكات حقوقية.